税務訴訟資料第２７３号（順号１３９１６）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（武蔵野税務署長）
令和５年１２月２２日棄却・確定
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士別紙１代理人等目録の１記載のとおり
同訴訟復代理人弁護士別紙１代理人等目録の２記載のとおり
同補佐人税理士別紙１代理人等目録の３記載のとおり
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁武蔵野税務署長
藤井秀一
同指定代理人別紙１代理人等目録の４記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 武蔵野税務署長（以下「本件税務署長」という。）が令和２年３月３０日付けで原告に対してした原告の平成２７年１１月１日から平成２８年１０月３１日までの課税期間（以下「平成２８年１０月課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下、併せて「消費税等」という。）に係る更正処分（以下「本件更正処分（平成２８年１０月課税期間分）」という。）のうち、納付すべき消費税額１億２４３１万１０００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額３３５６万６８００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分（平成２８年１０月課税期間分）」という。）をいずれも取り消す。
２ 本件税務署長が令和２年３月３０日付けで原告に対してした原告の平成２８年１１月１日から平成２９年１０月３１日までの課税期間（以下「平成２９年１０月課税期間」という。）の消費税等に係る更正処分（以下「本件更正処分（平成２９年１０月課税期間分）」という。）のうち、納付すべき消費税額２億２７９０万７４００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額６１４９万９１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分（平成２９年１０月課税期間分）」という。）をいずれも取り消す。
３ 本件税務署長が令和２年３月３０日付けで原告に対してした原告の平成２９年１１月１日から平成３０年１０月３１日までの課税期間（以下「平成３０年１０月課税期間」という。）の消費税等に係る更正処分（以下「本件更正処分（平成３０年１０月課税期間分）」という。また、本件更正処分（平成２８年１０月課税期間分）、本件更正処分（平成２９年１０月課税期間分）及び本件更正処分（平成３０年１０月課税期間分）を併せて「本件各更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税額マイナス３８７４万１２２６円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス１０４５万２９５７円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分（平成３０年１０月課税期間分）」という。また、本件賦課決定処分（平成２８年１０月課税期間分）、本件賦課決定処分（平成２９年１０月課税期間分）及び本件賦課決定処分（平成３０年１０月課税期間分）を併せて「本件各賦課決定処分」、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、新築又は中古の収益不動産の販売業を営む原告が、平成２８年１０月課税期間から平成３０年１０月課税期間まで（以下、併せて「本件各課税期間」という。）の消費税等について、消費税法３０条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）の規定の適用上、同条２項１号所定の方法（以下「個別対応方式」という。）を選択して、合計２３棟の新築建物（別紙２の各表の「名称」欄記載の各建物。以下「本件各新築建物」という。）に係る課税仕入れ（以下「本件各課税仕入れ」という。）につき、同号にいう「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」（以下「課税対応課税仕入れ」という。）に区分すべきであるとして、課税仕入れに係る消費税額（以下、同条１項の規定に基づき控除される消費税額を「控除対象仕入税額」という。）を算出して各確定申告をしたところ（以下「本件各確定申告」といい、原告が提出した確定申告書をそれぞれの課税期間ごとに「本件確定申告書（平成２８年１０月課税期間分）」などという。）、本件税務署長が、本件各課税仕入れについては同号にいう「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」（以下「共通対応課税仕入れ」という。）に区分されるべきであることなどを理由として、本件各更正処分等をしたことから、原告が、これを不服として、前記第１のとおりの取消しを求めた事案である。
２ 主な関係法令等の規定
主な関係法令等の規定は、別紙３のとおりである（なお、別紙において定義した略語については、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実
次の事実は、当事者間に争いのない事実又は当裁判所に顕著な事実のほか、掲記の証拠（なお、以下、書証番号は、特記しない限り、枝番の記載を省略する。）又は弁論の全趣旨によって認めることができる事実である。
（１）原告の事業の概要等
ア 原告は、平成元年２月●日に設立された株式会社であり、主として、マンションの企画・開発・販売、不動産の売買・仲介事業及び不動産の賃貸事業を行っており、その際、事業の一環として、新築ないし中古の収益不動産を取得するとともに、原告の関連会社であり建物管理や賃貸管理業等を営む株式会社Ｅ（以下「Ｅ社」という。）に委託して賃借人を募集し、その収益力及び投資物件としての資産価値を向上させた上で、これを個人投資家等に販売するというビジネスモデル（以下「本件ビジネスモデル」という。）を採用していた。（甲１０、乙４、５、弁論の全趣旨）
イ（ア）原告は、平成２６年４月１日、Ｅ社との間で賃貸住宅管理業務委託契約（以下「本件業務委託契約」という。）を締結したところ、これに係る契約書（以下「本件業務委託契約書」という。）の主な内容は、別紙４のとおりであった（以下、本件業務委託契約書に規定する「管理物件」を単に「管理物件」という。）。（乙５）
（イ）原告は、平成２６年４月１日に、Ｅ社との間で、「株式会社Ｄ所有に係る賃貸住宅の管理について」と題する文書を取り交わし、「管理物件」の追加等をした旨の通知をする際に用いる「賃貸借住宅管理業務追加委託物件通知書」及び「賃貸借住宅管理業務委託解除物件通知書」の各様式を定めた。（乙５）
ウ 原告は、本件ビジネスモデルの一環として、他の者から役務の提供（建設工事）等を受け、別紙２の「課税仕入日」記載の日（以下「本件各課税仕入日」という。）に、本件各新築建物の引渡しを受けてこれを取得し、棚卸資産として計上していた（原告が当該役務の提供を受けたことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）。（弁論の全趣旨）
エ 本件各新築建物は、いずれもマンションであり、このうち、別紙２の２の表の順号４記載の「Ｆ」という建物（以下「Ｆ」といい、他の建物についても同様に呼称する。）及び別紙２の３の表の順号１０記載のＧ（以下、Ｆと併せて「本件各新築建物（仕入日非管理物件）」という。）以外の建物（以下「本件各新築建物（仕入日管理物件）」という。）については、別紙２の各表のとおり、各建物の各課税仕入日以前から「管理物件」とされており、Ｅ社において、本件業務委託契約に基づき、賃借人の募集等をしており、中には、ＨやＩなど、原告が取得するよりも前に、原告が賃借人との間で賃貸借契約を締結した物件もあった。
もっとも、それらの物件においても、賃貸借期間の始期は原告が物件を取得した日よりも後の日とされており、本件各課税仕入日において、本件各新築建物に現に居住する賃借人はいなかった。（乙６、８～１４、弁論の全趣旨）
オ 他方で、本件各新築建物（仕入日非管理物件）については、それに係る各課税仕入日以前には「管理物件」とされていなかったところ、これらに係る賃借人の募集等の状況は、次のとおりであった。（乙６、１１、１５～１９、弁論の全趣旨）
（ア）Ｆ
原告は、平成２９年３月１３日、Ｆの引渡しを受けて取得した上で（別紙２の２の表のとおり、同日が課税仕入日となる。）、同月１４日、Ｅ社との間で、これに係る賃貸借契約を締結し、当該契約に基づき、その全居室を貸し付けた。
Ｅ社は、同日、賃借人（転借人）との間で、Ｆの２０１号室に係る賃貸借（転貸借）契約（居住用）を締結し、当該契約に基づき、これを賃貸（転貸）した。
（イ）Ｇ
原告は、平成３０年６月２０日、Ｇの引渡しを受けて取得した（別紙２の３の表のとおり、同日が課税仕入日となる。）。
原告は、別紙２の３の表のとおり、同年７月１日付けでＧを「管理物件」とした上で、同月２１日、その６０４号室に係る賃貸借契約（居住用）を締結し、当該契約に基づき、これを賃借人に貸し付けた。
カ 原告は、本件各課税仕入日以降、買主への引渡日（所有権の移転日）までの間に、本件各新築建物の全棟について、居室の全部又は一部を居住の用に供する目的で賃貸し、その賃料を収受しており、これを計上する際には、その消費税の区分を「非売上」としていた。（乙７、弁論の全趣旨）
（２）本件訴えの提起に至る経緯等
ア 原告は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式を選択した上で、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべきであるとして、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を課税標準額に対する消費税額から控除して、別紙５の各表の「確定申告」欄のとおり、法定申告期限までに本件各確定申告をした。（甲２、乙１）
イ 本件税務署長は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式による控除対象仕入税額の計算上、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分されるべきであることなどを理由として、令和２年３月３０日付けで、別紙５の各表の「更正処分等」欄のとおりの本件各更正処分等をした。（甲２）
ウ 原告は、別紙５の各表の「審査請求」欄のとおり、令和２年５月２６日、本件各更正処分等を不服とする審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和３年５月１１日付けで、いずれも棄却する旨の裁決をした。（甲５、７）
エ 原告は、令和３年１１月１１日、本件訴えを提起した。
（３）本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張
本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張は、別紙６のとおりである。
４ 争点
（１）本件各課税仕入れの用途区分（争点１）
（２）通則法６５条４項所定の「正当な理由」の有無（争点２）
５ 争点に関する当事者の主張
（１）争点１（本件各課税仕入れの用途区分）について
（被告の主張）
消費税法３０条２項１号所定の用途区分の判定について、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業者の事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが同法の趣旨に沿うものというべきであり、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当であるところ（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・民集７７巻３号４４０頁（以下「最高裁令和５年判決」という。）参照）、その用途区分の判断に当たっては、事業者が建物を最終的に転売しようとしているなどの事業者の主観的な目的は考慮せず、課税仕入れ時の状況のほか、その前後の状況に関する客観的な事実関係を総合考慮した上で、客観的に判断すべきである。
本件各課税仕入れは、原告が、新築の不動産物件を取得し、Ｅ社に委託して賃借人の募集を行い、その資産価値等を高めた上で、これらの物件を顧客に販売することにより利益を得るというビジネスモデルに基づいて本件各新築建物を取得したものである。そして、本件各新築建物は、いずれも本件各課税仕入日の時点で住宅として賃貸することが予定されており、また、原告は、本件各新築建物の各居室の全部又は一部について住宅として賃貸し、賃料を収受していた。このような客観的な事実関係からすれば、本件各新築建物課税仕入れは、課税資産の譲渡等である本件各新築建物の販売のみならず、その資産の譲渡等である本件各新築建物の住宅としての賃貸にも対応するものということができる。
したがって、本件各課税仕入れは、その原告の事業における位置付けや原告の意図等にかかわらず、共通対応課税仕入れに該当するというべきである。
（原告の主張）
「課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である。」との最高裁令和５年判決の規範を当てはめたとしても、本件においては、次のとおり、課税対応課税仕入れに該当する。
すなわち、まず、最高裁令和５年判決の事案は、購入時から全部又は一部が住宅として賃貸されていた中古物件に係るものであり、そのような賃貸の実態のない新築物件については、なお納税者の事業における位置付けや意図等を考慮すべきである。
原告の営む事業は、飽くまでも新築物件を購入し、それを顧客である個人投資家に部屋（戸）単位で販売するという販売業であって、不動産賃貸業ではない。そして、新築物件については、取得時に賃借人は存在しておらず、原告による保有期間中は資産価値及び収益力を向上させるためのバリューアップの一環として、Ｅ社による賃借人の募集が行われているにすぎないし、原告が投資家（顧客）に物件を販売する際には、原則として、Ｅ社が投資家から４年間借り上げた上でＥ社が賃借人に貸付けをするというマスターリース及びサブリースの方式がとられており、投資家にとって、収益不動産の購入後の賃料収入が一定期間保証されることから、収益不動産の取得時までに賃借人が存在することを要求する動機付けは強くない。したがって、賃借人が存在しない状態で顧客が収益不動産を購入することも十分にあり得ることであり、実際にも、本件各新築建物の部屋の一部については賃借人が存在しない状態で販売されており、その場合には、結局原告は賃料収入を得ていない。
このような原告の事業の実態に照らせば、最高裁令和５年判決を前提としても、本件各課税仕入れは、「事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れ」として、課税対応課税仕入れに該当する。
（２）争点２（通則法６５条４項所定の「正当な理由」の有無）について
（原告の主張）
ア 「正当な理由」が認められる場合
通則法６５条４項にいう「正当な理由」が認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解される。
イ 用途区分に係る税務当局の解釈等
事業者の経済活動に関する個別の事情に即して仕入れの目的に基づいて用途区分の判定を行うべきであり、収益の発生が客観的に見込まれていることをもって用途区分の判定をすべきではないという国税庁の解釈は、消費税法成立当時に一般に周知されていた。
そして、平成６年に作成された全国国税局消費税課長・統括国税調査官会議資料「消費税審理事務当面の問題について」と題する国税庁内部の正式な資料（甲５９。以下「平成６年文書」という。）及び平成９年に作成された東京国税局の質疑事項回答整理表（甲６０。以下「平成９年文書」という。）からも明らかなとおり、平成９年の時点において、本件各課税仕入れ類似の課税仕入れは課税対応課税仕入れに用途区分すべき旨が課税庁の執行上の公式の解釈として採用されていた（以下、当該解釈を「平成９年見解」という。）。平成９年見解は、事実上、原告を含む不動産業界の納税者の間において周知共有され、納税者の税務処理に当たって依拠される高度の蓋然性を有するものであるところ、課税庁は、本件各課税期間に係る消費税の法定申告期限までに、平成９年見解を変更したことについて、法令改正や通達の改正はおろか、質疑応答事例の公表等の課税庁として考え得る対応を一切行わなかった。課税庁は、租税法規の解釈上微妙な点を含む問題について、従来の解釈を改め、課税上の取扱いを変更したにもかかわらず、変更後の取扱いが国民の間に定着するような必要な措置を講じていなかったことによって生じた「新解釈の未定着状態」があったとみるべきであり、従来の解釈・取扱いに従って本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに用途区分して本件各確定申告を行った原告の判断について、納税者の主観的な事情に基づく単なる法令解釈の誤りにすぎないということはできない。
したがって、本件各更正処分により納付すべきこととなった税額の全額について、「正当な理由」があるというべきである。
ウ 税務調査での回答等
原告は、平成２７年４月２日から同月２２日にかけて原告に対して実施された消費税の税務調査（以下「平成２７年税務調査」という。）において、税務調査の担当者との間で具体的に新築物件に関する消費税の取扱いについて問答を行い、これに従ってその後も新築物件に係る仕入れにつき、課税対応課税仕入れとして税務処理を行ってきた。
すなわち、平成２７年税務調査において、税務調査の担当者が、中古物件については、購入時に賃借人が存在するか否かで用途区分を判断し、存在する場合には共通対応課税仕入れに、存在しない場合には課税対応課税仕入れに該当すると発言したことを受け、原告の従業員が、同担当者に対し、建物購入時は空室で購入の翌日に賃借人が付いた場合は課税対応課税仕入れでよいのかを尋ねたところ、同担当者は、これを肯定し、また、同従業員が「そういうことであれば、新築はそもそも引渡しを受ける際に賃借人は当然存在していないので、今のままの課税対応課税仕入れという処理でよいのでしょうか。」と質問したところ、同担当者は、これを肯定した上、新築は共通対応課税仕入れの対象外となる旨を回答した。原告は、同担当者から明確な見解が示されたことに依拠して、引き続きその後の課税期間についても、新築物件の仕入れに関しては課税対応課税仕入れに区分して税務処理をしてきたものの、その後、突如としてこの点が覆され、本件各更正処分等を受けるに至ったものである。
このように、原告は、税務当局より示された見解に即して税務処理を行ってきたにもかかわらず、それが突如として覆されたのであるから、この点からも、「真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合」に該当し、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるというべきである。
（被告の主張）
ア 「正当な理由」の有無の判断枠組み
納税者が法令解釈を誤り、その結果過少申告となった場合に「正当な理由」があると認められるのは、納税者が申告において依拠した法令解釈について、相応の論拠が客観的に存在し、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情が認められ、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になると評価し得る場合に限られるというべきである。
そして、課税庁が納税者に対して法令解釈に係る見解を示す場合、当該見解について、課税庁が統一的に用いるものとして一般に広く周知されて初めて、それに対する法的安定性と予測可能性が生じ、納税者の信頼の保護が要請されることからすれば、上記の納税者の依拠した法令解釈に相応の論拠が客観的に存在するといえるためには、少なくとも、当該確定申告以前に、課税庁において当該問題に係る課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いが統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在するなどしてその公権的解釈ないし課税上の取扱いが一般の納税者に明らかにされていたことが必要であり、その上で、当該解釈に関連する裁判例の状況等の諸要素を総合的に考慮し、「正当な理由」の有無を判断するのが相当というべきである。
イ 用途区分に係る税務当局の解釈等
原告が本件各確定申告において依拠した法令解釈（原告がいかなる法解釈に基づき本件各確定申告を行ったのかは不明であるが、原告は、本件訴訟において、当初、個別対応方式における用途区分の判定は、事業者がどのような収益（資産の譲渡等）に係る費用（コスト）として課税仕入れを行ったのかという事業者が行う事業の収益・費用の構造等に即して行うべきであるとの判断基準（訴状・４０頁）に基づき、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当する旨を主張していた。）については、課税庁において統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在していない。
また、原告が指摘する平成６年文書は、課税仕入れの日に住宅の賃貸の用に供される客観的見込みがない分譲用の物件の課税仕入れに関する個別対応方式における用途区分について、課税対応課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えないとしたものと考えられるのであって、原告が主張する前記の判断基準の根拠になるものとはいえない。そして、平成９年文書は、東京国税局が更正の請求事案の処理を担当する部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、当該部署が具体的な事案を処理するために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎない。その意味で、平成９年文書は、飽くまでも東京国税局が取り扱った個別事案に対する事例判断であり、それも同局内での使用を念頭に置いた内部資料にとどまるものであって、個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を一般的に示したものとみることはできない。
加えて、原告が依拠した前記判断基準は、平成６年文書の記載内容及び平成９年文書における回答要旨と必ずしも一致せず、原告が平成６年文書及び平成９年文書に依拠して本件各確定申告をしたものでないことは明らかである。
しかも、本件各確定申告の当時において、原告が依拠する判断基準の論拠となり得る裁判例は全く存在しない一方、これに反して、本件各課税仕入れのような課税仕入れ一般に類する態様の課税仕入れを共通対応課税仕入れに区分すべきものとした課税処分について、これを是認する判断を示した公表裁決や裁判例が存在していた上、課税庁が監修した公刊物ではないものの、課税庁の上記解釈に沿う記述をした複数の公刊物が存在しており、このような事実からすると、遅くとも平成１７年以降、課税庁が本件各課税仕入れ又はこれに類する態様の課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当するとの統一的取扱いをしていたことは明らかである。
ウ 「正当な理由」はないこと
以上のとおり、原告が本件各確定申告において依拠した用途区分の判断基準に相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、本件各確定申告の申告額が過少であったことは、個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的な解釈とは異なる解釈（判断基準）に基づく単なる法令解釈の誤りによるものにすぎないから、本件は、通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められる」場合に当たらない。
また、原告の主張によれば、平成２７年税務調査の前より、新築の建物に係る課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して税務処理をしていたことが明らかであるから、平成２７年税務調査の担当者がしたとされる説明の有無にかかわらず、原告は、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分していたものと認められる。したがって、仮に、前記説明があったとしても、国税当局による税務調査時の説明の過誤による不利益を原告に被らせたという事情は存在しないから、本件において「正当な理由」は認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件各課税仕入れの用途区分）について
（１）消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとしている（消費税法３０条１項１号）。もっとも、同法は、所定の場合において当該課税期間中に行った課税仕入れにつき用途区分が明らかにされていないときは、課税仕入れに係る消費税額に、課税売上割合、すなわち、課税期間中の所定の売上げの総額に占める課税資産の譲渡等に係る売上げの割合を乗じて計算する方法により控除対象仕入税額を計算するものとし（同条２項２号）、また、帳簿及び請求書等の保存がない場合には原則として当該課税仕入れに係る消費税額の控除を認めないものとする（同条７項）など、課税の明確性の確保や適正な徴税の実現といった他の目的との調和を図るため、税負担の累積が生じても課税仕入れに係る消費税額の全部又は一部が控除されない場合があることを予定しているものということができる。
そして、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、税負担の累積が生ずる課税資産の譲渡等と累積が生じないその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れにつき一律に課税売上割合を用いることは、課税の明確性の確保の観点から一般に合理的といえるのであり、課税売上割合を用いることが当該事業者の事業の状況に照らして合理的といえない場合には、課税売上割合に準ずる割合を適切に用いることにより個別に是正を図ることが予定されていると解されることにも鑑みれば、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが消費税法の趣旨に沿うものというべきである。このように解することは、課税仕入れを課税資産の譲渡等「にのみ」要するもの（課税対応課税仕入れ）、その他の資産の譲渡等「にのみ」要するもの（非課税対応課税仕入れ）及び両者「に共通して」要するもの（共通対応課税仕入れ）に区分する同法３０条２項１号の文理に照らしても自然であるということができる。
そうすると、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である（最高裁令和５年判決参照）。
（２）これを本件についてみると、確かに、本件各課税仕入日において、本件各新築建物に現に居住する賃借人はいなかったものの（前提事実（１）エ）、Ｅ社に委託して賃借人を募集し、その収益力及び投資物件としての資産価値を向上させた上で個人投資家等に販売するという本件ビジネスモデルの一環として、本件各新築建物（仕入日管理物件）については、その各課税仕入日以前から「管理物件」とされてＥ社による賃借人の募集が行われており、中には課税仕入日よりも前に原告が賃借人との間で賃貸借契約を締結した物件もあったし（前提事実（１）エ）、本件各新築建物（仕入日非管理物件）であるＦ及びＧについても、課税仕入日の翌日ないし１１日後にＥ社の「管理物件」とされ、課税仕入日の翌日ないし約１か月後には賃貸借契約が締結されているのであるから（前提事実（１）オ）、本件各新築建物は、いずれも、客観的にみて、本件各課税仕入日の時点において、住宅として賃貸されることが予定されていたと認められる。しかも、原告は、本件各課税仕入日以降、買主への引渡日までの間、本件各新築建物の全棟について、居室の全部又は一部を居住の用に供する目的で賃貸し、その賃料を収受していたものである（前提事実（１）カ）。そうすると、本件各課税仕入れは、原告の事業において、「課税資産の譲渡等」である本件各新築建物の販売のみならず、「その他の資産の譲渡等」である本件各新築建物の住宅としての貸付けにも対応するものであるということができる。
よって、原告が本件各新築建物を購入したのはこれらを販売するためであり、本件各新築建物の収益力及び投資物件としての資産価値を向上させるために賃借人を募集しているにすぎないといった、原告の事業における位置付けや原告の意図等にかかわらず、本件各課税仕入れは、共通対応課税仕入れに該当するものと認められる。
（３）これに対し、原告は、前記第２の５（１）のとおり、最高裁令和５年判決の事案は、購入時から全部又は一部が住宅として賃貸されていた中古物件に係るものであり、そのような賃貸の実態のない新築物件については、なお納税者の事業における位置付けや意図等を考慮すべきであるとした上で、原告の営む事業は、飽くまでも新築物件を購入し、それを顧客である個人投資家に部屋（戸）単位で販売するという販売業であることや、新築物件については、取得時に賃借人は存在しておらず、原告による保有期間中は資産価値及び収益力を向上させるためのバリューアップの一環としてＥ社による賃借人の募集が行われているにすぎず、実際にも、本件各新築建物の部屋の一部については賃借人が存在しない状態で販売されており、その場合には、結局原告は賃料収入を得ていないといった原告の事業の実態に照らせば、本件各課税仕入れは、「事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れ」として、課税対応課税仕入れに該当するなどと主張する。
しかしながら、前記（２）で認定、説示したとおり、本件各新築建物は、本件各課税仕入日において、現に居住する賃借人はいなかったものの、客観的にみて、住宅として賃貸されることが予定されており、実際、原告は、本件各課税仕入日以降、買主への引渡日までの間、本件各新築建物の全棟について、居室の全部又は一部を居住の用に供する目的で賃貸し、その賃料を収受していたのであるから、課税仕入れの時点でみても、課税期間の終了時点でみても、本件各課税仕入れが「その他の資産の譲渡等」である本件各新築建物の住宅としての貸付けにも対応するものであると認められるのであって、これが「課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れ」に当たらないことは明らかである。
（４）原告は、このほか種々の主張をするが、前記（２）及び（３）で認定、説示したところに照らし、採用することができない。
２ 争点２（通則法６５条４項所定の「正当な理由」の有無）について
（１）過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。このような過少申告加算税の趣旨に照らすと、通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに過少申告による納税義務違反の発生を防止して適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、同第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
（２）これを本件についてみると、証拠（甲３８、乙３５から４１）及び弁論の全趣旨によれば、平成１７年以降、本件各確定申告がされるまでの間、税務当局の元職員らが執筆した公刊物において、事業者の最終的な目的は（中古）マンションの転売であっても、転売までの間に非課税売上げである家賃が発生する場合には、当該マンションの購入は共通対応課税仕入れに該当する旨の見解が示され、また、本件各確定申告当時に公表されていた複数の国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例において、中古マンションの事例のみならず、本件各課税仕入れと同様、新築建物の取得の事例においても、その用途区分につき、上記と同様の見解に基づく税務当局側の主張が採用されていたこと（甲３８、乙３５の２、乙３６）が認められる。
このような事実関係等によれば、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各確定申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や、公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものということができる。
他方、原告が指摘する平成６年文書には、仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し、将来的には全て分譲することとしている住宅の購入については、課税対応課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えないとの記載があるが、これは、マンション市況の状況等から、買い取った分譲用マンションの分譲の完了までに数年（最長７年程度）を見込んでおり、それまでの間はこの分譲用マンションの一部を一時期賃貸することとしたという事案に関するものであり、課税仕入れの時点では課税資産の譲渡等にのみ要するものに該当することが明らかであることから、課税対応課税仕入れに該当するとされたものであって（甲５９）、前記１（２）のとおり課税仕入れの時点から住宅として賃貸されることが予定されていた本件とは事案が大きく異なるものといわざるを得ない。むしろ、平成６年文書の上記見解は、分譲用マンションのような販売用の住宅を取得した後に、資金繰りその他の事情によりこれを一時的に賃貸した場合には、課税対応課税仕入れに該当するとされている（乙３９）のと同様、課税仕入れを行った日の状況により課税仕入れの用途区分を判定するという課税実務（消費税法基本通達１１－２－２０（乙２））からの帰結を説明したにすぎないと考えられる。また、平成９年文書からは、税務当局は、平成９年頃、関係機関からの照会に対し、賃借人が居住している状態でマンションを購入した場合でも、転売目的で購入したことが明らかであれば、課税対応課税仕入れに該当する旨の回答をしたことがうかがわれるものの、このことから、直ちに、税務当局が一般的に当該課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分する取扱いをしていたものということはできないし、平成９年文書が公表されるなどしたとの事情もうかがわれない。
そうすると、平成１７年以降、税務当局が、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分する取扱いを周知するなどの積極的な措置を講じていないとしても、事業者としては、上記取扱いがされる可能性を認識してしかるべきであったということができる。
そして、上記取扱いは消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であるといえ、本件各確定申告当時、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等があったともうかがわれないこと等をも考慮すれば、原告が本件各確定申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
（３）原告は、前記第２の５（２）（原告の主張）イ記載のとおり、平成６年文書や平成９年文書等を基に、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに用途区分して本件各確定申告を行った原告の判断を納税者の主観的な事情に基づく単なる法令解釈の誤りにすぎないということはできないなどと主張するが、前記（２）の認定、説示から明らかなとおり、この主張には理由がない。
（４）また、原告は、前記第２の５（２）（原告の主張）ウ記載のとおり、平成２７年税務調査において、税務調査の担当者は新築建物に係る仕入れについて課税対応課税仕入れとして区分することを原告に対して是認したものであり、原告はこれに依拠して本件各課税仕入れについても同様に区分したなどとして、前記「正当な理由」が認められる旨主張する。
しかしながら、本件記録を精査しても、平成２７年税務調査において、税務調査の担当者が原告の主張する発言を行ったことを認定するに足りる的確な証拠はないし、仮に、税務調査の担当者がそのような発言を行ったとしても、これをもって、税務当局がその公権的な解釈ないし課税上の統一的な取扱いを公表していたとはいえない。以上に加え、前記（２）のとおり、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各確定申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて一般の納税者も知り得たこと、原告は、平成２７年税務調査よりも前から、本件と同種の事案について課税対応課税仕入れに該当するものとして確定申告を行ってきたこと（弁論の全趣旨）を併せ考えると、平成２７年税務調査の際に原告の主張するやり取りがあったとしても、本件において、「真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合」に該当するとまではいえない。
原告の上記主張も、理由がない。
（５）以上によれば、本件において、通則法６５条４項所定の「正当な理由」があるとは認められない。
３ 本件各更正処分等の適法性
（１）本件各更正処分について
以上の検討の結果を前提として、原告の本件各課税期間の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額を計算すると、別紙６「本件各更正処分等の根拠及び適法性（被告の主張）」のとおりとなり（消費税額について別紙６の１（１）アからウまでの各（エ）「差引税額」欄、地方消費税の譲渡割額について同各（ク）「納付すべき譲渡割額」欄）、本件各更正処分における納付すべき消費税額（別紙５の各表の各「更正処分等」欄の「納付すべき消費税額」欄）及び地方消費税の譲渡割額（別紙５の各表の各「更正処分等」欄の「納付すべき地方消費税額」欄）とそれぞれ同額であるから、本件各更正処分は、いずれも適法である。
（２）本件各賦課決定処分について
上記（１）のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、前記２のとおり、原告が本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実につき、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
以上を前提として、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額を計算すると、別紙６「本件各更正処分等の根拠及び適法性（被告の主張）」の２（１）のとおりとなり、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額（別紙５の各表の各「更正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄）とそれぞれ同額であるから、本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
（３）したがって、本件各更正処分等は、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は、いずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官 篠田賢治
裁判官 渡邉哲
裁判官 鈴木真耶
〔PDF 13～46頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙２、４省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13916.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。