税務訴訟資料第２７４号（順号１３９２３）
神戸地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税の還付請求に理由がない旨の通知処分の取消請求事件
国側当事者・国（明石税務署長）
令和６年１月１８日棄却・控訴
判決
当事者別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
明石税務署長が令和４年２月２８日付けで原告に対してした、原告の令和２年７月１日から令和３年６月３０日までの事業年度の欠損金の繰戻しによる令和元年７月１日から令和２年６月３０日までの事業年度の法人税の還付請求に理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
本件は、原告が、法人税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下「法」という。）８０条１項に基づく欠損金の繰戻しによる還付を請求したところ、処分行政庁から、還付請求書が確定申告書の提出期限までに提出されておらず、提出期限後に提出されたことについてやむを得ない事情も認められないことを理由として、上記還付請求には理由がない旨の通知処分を受けたことから、原告が、処分行政庁の属する被告に対し、上記通知処分の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは、別紙「関係法令等の定め」のとおりである。別紙で用いた略語は本文中でも用いる。
３ 前提事実（当事者間に争いのない事実又は後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告について
原告は、水産物の加工及び販売等を目的とする株式会社であり、平成元年６月期（昭和６３年７月１日から平成元年６月３０日までの事業年度）から、法人税確定申告書を青色申告書により提出することの承認を受けている。（甲１、乙４、５）
（２）確定申告書の提出等
ア 原告は、令和２年８月２８日、処分行政庁に対し、別表の「確定申告」欄の「令和２年６月期」欄のとおり記載した令和２年６月期（令和元年７月１日から令和２年６月３０日までの事業年度）の法人税の青色申告書である確定申告書を、国税電子申告・納税システム（以下「ｅ－Ｔａｘ」という。）を利用して提出した。（乙６）
イ 原告は、令和３年８月１８日、処分行政庁に対し、別表の「確定申告」欄の「令和３年６月期」欄のとおり記載した令和３年６月期（令和２年７月１日から令和３年６月３０日までの事業年度）の法人税の青色申告書である確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を、ｅ－Ｔａｘを利用して提出した。本件確定申告書の提出は、原告が税務代理人と定めた乙税理士（以下「本件税理士」という。）が行った。（甲３、乙１）
（３）還付請求
ア 原告は、令和３年９月１７日、処分行政庁に対し、法８０条１項に基づき、欠損金の繰戻しによる還付請求書（以下「本件還付請求書」という。）を、ｅ－Ｔａｘを利用して提出し、法人税の還付の請求（以下「本件還付請求」という。）をした。本件還付請求書の提出は、本件税理士が行った。本件確定申告書の提出期限は、同年８月３１日であった。（甲４、乙７）
イ 本件税理士は、令和３年９月２４日、処分行政庁に対し、「還付請求書だけが期限後に提出された理由について」と題する書面を提出し、同年１１月１６日、処分行政庁に対し、同日付けの「嘆願書」と題する書面を提出した。（乙８、９〔いずれも枝番を含む。〕）
（４）通知処分
処分行政庁は、令和４年２月２８日付けで、原告に対し、本件還付請求には理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」といい、本件通知処分に係る通知書を「本件通知書」という。）を行った。（甲２）
（５）審査請求及び裁決
原告は、令和４年５月９日、国税不服審判所長に対し、本件通知処分の全部の取消しを求める審査請求をした。これに対し、国税不服審判所長は、同年１０月２４日付けで、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲５の１、甲６）
（６）本件訴えの提起
原告は、令和５年４月２０日、本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
４ 争点及びこれに対する当事者の主張
本件の争点は、本件通知処分の適法性である。
【被告の主張】
（１）法８０条１項の還付請求は、欠損事業年度の青色申告書である確定申告書の提出と同時に所定の事項を記載した還付請求書を納税地の所轄税務署長に提出して行うのが原則である。法人が確定申告書を提出期限までに提出したが還付請求書を確定申告書の提出期限までに提出しなかった場合において、同還付請求書による欠損金の繰戻しによる還付請求が適法なものと取り扱われるのは、その法人の責めに帰することのできない特別の事情がある場合に限られる。そして、法人の責めに帰することのできない特別の事情とは、外部的事実を原因とした法人の責めに帰することのできないような事情をいい、当該法人の不注意等の事情はこれに含まれないと解すべきである。
原告が本件還付請求書を本件確定申告書の提出期限までに提出しなかったことの原因は、本件税理士の単なる不注意という原告と本件税理士との間の内部事情にある。このような事情は、原告の責めに帰することのできない特別の事情であると評価することはできない。
（２）合理性を持った通達が定められ、一般にはそれに従った取扱いが行われている状況において、特定の納税者についてのみ、特段の事情がないのに当該通達によらずに課税処分を行うことは平等原則違反により違法となる。そのため、仮に原告が主張するように、処分行政庁が法８０条の適用を認めた「同様の事例」が存在するとしても、本件において、処分行政庁は、原告に対して、法や本件通達に沿って本件通知処分をしたにすぎず、原告に対してのみ、当該通達によらずに本件通知処分をしたわけではないから、平等原則違反はない。
（３）本件通知書には、本件通知処分の原因となる根拠法令、事実関係、判断過程が漏れなく記載されており、理由提示に違法はない。仮に原告が主張する「同種の事例」が存在するとしても、同種の事例と判断を異にした理由を明示することを必要とする根拠はない。
【原告の主張】
（１）ア法８０条６項は還付請求書の提出期限を定めていないため、法８０条１項の還付請求をするに当たっては、提出期限までに確定申告書を提出するのと同時に還付請求をする意思が示されていれば足り、確定申告書の提出と同時に還付請求書を提出する必要はない。原告は、処分行政庁に対し、提出期限までに本件確定申告書を提出し、本件確定申告書により還付請求をする意思を表示したから、法８０条１項が適用されるべきである。仮に、原告が本件確定申告書の提出期限までに本件還付請求書を提出しなければならないとしても、同条３項による適用除外は、青色申告書である確定申告書が提出期限後に提出された場合に限定されており、還付請求書のみが提出期限後に提出された場合については規定されていないから、同項により適用が除外されることはない。
イ 法８０条３項によれば、確定申告書が提出期限後に提出された場合であっても、やむを得ない事情があれば、還付請求が許容される。原告は、処分行政庁に対して本件確定申告書により還付請求の意思を表示したが、還付請求書の添付のみを失念したにすぎないから、同条の趣旨を踏まえると、還付請求が認められるべきである。還付請求を認める場合を「真に」やむを得ない理由のある場合に限定する本件通達は、法８０条３項と整合せず不合理である。
ウ 仮に本件通達を前提にするとしても、①本件確定申告書に還付請求の意思が表示されている以上、原告が提出期限までに本件還付請求書を提出しなかったことは、本件通達の「真にやむを得ない理由」の内容の一例としての「錯誤」に該当する。また、②原告が提出期限までに還付請求書を提出しなかったのは、本件税理士が利用する電子申告ソフトウェアが還付請求書を提出する仕様となっていなかったことによるものであるから、原告には本件通達の「真にやむを得ない理由」があるといえる。
（２）処分行政庁は、以前に同様の事例において還付請求を認めており、本件通知処分は平等原則に違反する。
（３）原告が本件通知処分に先立ち、本件と同種の事例との同一性を主張していたにもかかわらず、本件通知処分の通知書には同種の事例と判断を異にした理由が明示されておらず、また、処分行政庁が複数回にわたって原告に対して説明や報告を求めていた電子申告ソフトウェアの仕様等についても何ら判断がされていないから、本件通知処分の理由提示には重大な瑕疵がある。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件通知処分の適法性
（１）判断枠組み
ア 法８０条１項、３項及び６項によれば、内国法人の青色申告書である確定申告書を提出する事業年度において生じた欠損金額がある場合、その内国法人が、当該確定申告書の提出と同時に、納税地の所轄税務署長に対し、法人税の還付を請求することができるとされ、還付請求をするためには、欠損事業年度の確定申告書をその提出期限までに提出すること、所定の事項を記載した還付請求書を納税地の所轄税務署長に提出することが必要であるとされている。これらの規定によれば、欠損金の繰戻しによる法人税の還付請求は、原則として、欠損事業年度の確定申告書をその提出期限までに提出し、その提出と同時に還付請求書を所轄税務署長に提出することを要するものと解される。
これに対し、原告は、法８０条６項は還付請求書の提出期限を定めていないため、同条１項の還付請求をするためには、提出期限までに確定申告書を提出するのと同時に還付請求をする意思が示されていれば足り、確定申告書と同時に還付請求書を提出する必要はない旨主張する。しかし、①上記のとおり、欠損金の繰戻しによる法人税の還付請求が、欠損事業年度の確定申告書の提出と同時に行うことに加え、所定の事項を記載した還付請求書の提出を求めていることからすれば、還付請求書を確定申告書の提出と同時に提出することを要求していると解するのが合理的である。加えて、②原告の上記主張は、同項所定の事項を記載していない確定申告書を、実質的に同項の還付請求書と同視することとなる点でも相当でない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
イ 法８０条３項によれば、確定申告書が提出期限後に提出された場合であっても、その期限後の提出について「やむを得ない事情」があると認められるときは、例外的に、還付請求が許容される。かかる規定に照らすと、法は、確定申告書が提出期限までに提出され、当該申告書に記載された欠損金額に基づいて還付請求書が確定申告書の提出期限後に提出された場合についても同様に、同期限後の提出について「やむを得ない事情」があると認められるときは、同期限後の還付請求を許容する趣旨であると解され、本件通達は、上記の法の趣旨を受けたものであると考えられる。
そして、本件通達は、確定申告書と還付請求書を確定申告書の提出期限までに同時に提出するという法の定める要件を緩和するものである以上、上記「真にやむを得ない理由」とは、法人の責めに帰することのできない事情により法人が確定申告書の提出期限までに還付請求をなし得なかったと認められる場合をいうものと解すべきである。
これに対し、原告は、本件通達は還付請求を認める場合を「真に」やむを得ない理由がある場合に限定する点で不合理である旨主張する。しかし、「真にやむを得ない理由」の意義を上記のように解する限度で、本件通達は法８０条３項の趣旨に反するものではないから、原告の上記主張は採用することができない。
ウ したがって、確定申告書の提出期限までに本件確定申告書が提出され、確定申告書の提出期限後に本件還付請求書が提出されたという本件の事実関係（前提事実（２）、（３））の下において、本件通知処分が適法であるか否かは、原告の責めに帰することのできない事情により原告が確定申告書の提出期限までに本件還付請求をなし得なかったと認められるか否かにより、判断されるべきこととなる。
（２）検討
ア 前記前提事実、証拠（乙９の１・２）及び弁論の全趣旨によれば、原告は、確定申告の事務を委任した本件税理士を通じて、処分行政庁に対し、令和３年８月１８日に本件確定申告書を提出したが、本件還付請求書は、確定申告書の提出期限である同月３１日を経過した後の同年９月１７日に提出されたこと、本件還付請求書が確定申告書の提出期限までに提出されなかった理由は、本件税理士が、電子申告ソフトウェアを利用して本件確定申告書を提出する際、同申告書が正常に送信されたことをもって、本件還付請求書も正常に送信されたものと誤信したためであることが認められる。
上記経緯からすれば、原告が本件還付請求書を確定申告書の提出期限までに提出しなかったのは、本件確定申告書の提出の際に、本件還付請求書の提出の有無を確認しなかったという本件税理士の事務処理上の不注意によるものにすぎないといえる。
そして、原告は、確定申告の事務を本件税理士に委任していたのであるから、原告の責めに帰することのできない事情の存否の判断に当たっては、本件税理士に係る事情が、原告の事情と評価されるところ、上記のとおり本件還付請求書が確定申告書の提出期限までに提出されなかった理由が本件税理士の不注意にすぎないことからすれば、原告の責めに帰することのできない事情により原告が確定申告書の提出期限までに本件還付請求をなし得なかったとは認められない。
その他、原告が確定申告書の提出期限までに本件還付請求をなし得なかったと認めるべき原告の責めに帰することのできない事情があるとは証拠上認められない。
以上からすれば、本件還付請求書が確定申告書の提出期限後に提出されたことについて「真にやむを得ない理由」があるとは認められない。
イ これに対し、原告は、本件税理士が利用する電子申告ソフトウェアの仕様が原因で本件確定申告書の提出と同時に本件還付請求書を提出できなかった旨を主張する。しかし、本件税理士は、電子申告ソフトウェアを利用するか否か、また、いかなる電子申告ソフトウェアを利用するかについて、自らの判断で選択しているのであるから、原告が主張する上記事情は、当該電子申告ソフトウェアを利用することを選択した本件税理士の責めに帰することのできない事情とは評価できない。また、原告が主張する電子申告ソフトウェアの仕様を踏まえても、原告が確定申告書の提出期限までに本件還付請求をなし得なかったのは、本件税理士が、本件確定申告書の提出の際に、本件還付請求書の提出の有無を確認しなかったという事務処理上の不注意によるものである。
そして、上記のとおり、これらの本件税理士に係る事情は、原告の事情と評価されるので、原告の責めに帰することのできない事情とは評価できない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
ウ 原告は、本件還付請求書の提出の有無に関し、本件通達にいう「錯誤」があった旨主張する。しかし、法８０条の趣旨や本件通達の文言を踏まえると、本件通達の「錯誤」は申告者の責めに帰することのできない事情の例示にすぎないと解すべきである。そして、上記イの説示のとおり、原告が確定申告書の提出期限までに本件還付請求をなし得なかったのは、本件税理士の事務処理上の不注意によるものであり、これは原告の責めに帰することのできない事情に当たらない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
エ 原告は、明石税務署の職員が本件還付請求書が確定申告書の提出期限後に提出されたことにつきやむを得ない事情がある旨の発言したことから、本件通知処分には裁量権の行使に疑義がある旨主張する。しかし、証拠上、明石税務署の職員が原告に対して処分行政庁の正式な見解を表示したと認めるに足りる証拠はないから、本件通知処分が信義則に反すると評価することはできないし、税務署職員の発言が裁判所の法的判断を拘束するとみることもできない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（３）原告のその余の主張の検討
ア 平等原則違反に関する主張
原告は、処分行政庁が同様の事例について還付請求を認めたことを根拠に、本件通知処分は平等原則に違反する旨を主張する。この点、確定申告書の提出期限までに還付請求をなし得なかったと認めるべき法人の責めに帰することのできない事情の有無は、各事案の個別事情に応じて考えるべきものである。そして、本件と原告が主張する他の事案との間で、確定申告書の提出期限後に還付請求を行った点以外に共通する事情があることを認めるに足りる証拠はなく、そうすると、両事案は事実関係が異なるために税務署長の判断が異なったにすぎないものと考えられる。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
イ 本件通知処分の理由提示の不備に関する主張
行政手続法１４条１項本文が、不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される（最高裁判所平成２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照）。
証拠（甲２）によれば、処分行政庁は、本件通知書に処分の理由として、「本件関与税理士は、本件還付請求書が本件提出期限後に提出された理由について、本件還付請求書を代理送信する際に、本件確定申告書が正常送信されたことをもって、本件還付請求書も送信されていると思い込んでいたが、本件還付請求書に係る還付がなく、本件提出期限後に送信記録を確認したところ、本件還付請求書が送信されていないことが判明し、本件還付請求書を送信したためである旨供述しています。」、「本件還付請求書が本件提出期限後に提出されたことについて、同条（法８０条）第３項括弧書きに規定するやむを得ない事情がある場合に該当せず、他にやむを得ないと認められる事情の申出もありません。」と表示したことが認められる。かかる記載によれば、原告は、処分行政庁がいかなる事実関係に対していかなる法令を適用したのかを知ることができるから、行政手続法１４条１項本文の趣旨に反するところはなく、理由の提示に瑕疵はないと認められる。なお、法８０条３項括弧書きは、確定申告書が提出期限までに提出されたが、還付請求書が確定申告書の提出期限後に提出された場合の特例を定めたものではないから、本件通知書中の、本件還付請求が法８０条３項括弧書きの要件に該当するか否かを示している点は不正確であるが、結論に影響を及ぼすものではなく、上記の理由提示の趣旨を踏まえるとしても、瑕疵があるとはいえない。
これに対し、原告は、本件通知書には原告が主張していた同種の事例と判断を異にした理由が明示されていないこと、処分行政庁が本件税理士に対して説明を求めていた電子申告ソフトウェアの仕様等について何ら言及していないことから、本件通知処分の理由提示には重大な瑕疵がある旨主張する。しかし、上記の処分理由の提示の趣旨に照らすと、理由提示に当たって、処分の名宛人の主張に個別に応答し、処分行政庁が事実確認を行った事項に言及することは要求されないと解されるから、原告の上記主張は採用することができない。
ウ 本件通知処分により原告に二重の不利益が生じる旨の主張
原告は、本件通知処分により欠損金の繰戻しがされないだけでなく、繰戻し分につき欠損金が減じられる二重の不利益を被っているから、本件通知処分は違法である旨主張する。
しかし、上記事情は、本件還付請求書が確定申告書の提出期限後に提出されたこととは関係がないから、本件通知処分の適法性を左右するものではない。この点を措くとしても、本件通知処分の結果、原告には法８０条の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となった欠損金額が存在しないこととなるから、本件還付請求に係る欠損金額に相当する金額は、原則どおり損金の額に算入されることとなる（法５７条１項本文）。そうすると、原告の主張は前提に誤りがあるから、採用することができない。
（４）小括
以上によれば、本件通知処分は適法である。
２ 結論
よって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。神戸地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官 龍見昇
裁判官 齊藤一美
裁判官 関根隆朗
〔PDF 8～12頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13923.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。