税務訴訟資料第２７４号（順号１３９３５）
札幌地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（小樽税務署長）
令和６年２月５日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士沼上剛人
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
同指定代理人唐津祐吾
同川村哲司
同坂田祐輔
同新吾正義
同中祐規
処分行政庁小樽税務署長
宮崎潤
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
小樽税務署長が、原告に対して令和３年６月２８日付けでした平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額１１０万４０００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分、同年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正のうち納付すべき地方法人税額４万８５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分及び同年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正のうち納付すべき消費税額３１９万７３００円並びに納付すべき地方消費税額８６万２７００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、独立行政法人Ｂ（以下「本件機構」という。）が施工するＣ建設工事に関連して、本件機構に対して別紙１の物件目録記載の各土地（以下「本件各土地」という。）を譲渡したところ、その譲渡に係る収益を益金の額に算入していなかったことについて、小樽税務署長が、本件各土地の引渡しは既に完了しているため同収益を益金の額に算入すべきであるとして、法人税等の更正処分等を行ったのに対し、原告が、本件各土地の引渡時期は、本件各土地上の物件（建物、工作物等。以下「本件建物等」という。）の解体、撤去等が完了したことを本件機構が確認した令和２年１２月１４日であり、同処分等には本件各土地の引渡時期を誤って認定した違法があると主張して、同処分等の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
別紙２のとおり
２ 前提事実（争いがない事実並びに後掲証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定できる事実）
（１）原告は、素材製材の販売等を目的とする株式会社である。
（２）原告と本件機構は、本件機構が施行するＣ建設工事のため、平成３０年９月７日、原告が所有していた本件各土地を６４４５万００４７円（以下「本件売買代金」という。）で本件機構に譲渡する売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結するとともに（甲２）、原告に対し、原告が本件各土地上の本件建物等を解体・撤去することなどの補償金として２億３６３７万０５１０円（以下「本件補償金」という。）を支払う旨の本件建物等の移転に伴う物件移転補償契約（以下「本件補償契約」という。）を締結した（甲３）。
なお、本件機構は、本件各土地の取得事務をＤ公社（以下「本件公社」という。）に委託しており、上記契約に係る原告との書類のやり取り等は、本件公社を通じて行った。
（３）原告は、平成３１年２月２８日付けで、本件売買代金を平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）及び平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の所得の金額の計算上益金の額に算入せずに、別紙３別表１の「確定申告」欄記載のとおり、本件事業年度の法人税及び本件課税事業年度の地方法人税の確定申告をした（乙１０）。
また、原告は、平成３１年２月２８日付けで、本件売買代金を資産の譲渡等の対価の額の合計額に含めず、平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の課税売上割合を９９．９９パーセントとした上で、消費税法３０条１項（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する国内において行った課税仕入れ（同法２条１項１２号）に係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）を計算し、別紙３別表１の「確定申告」欄記載のとおり、本件課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告をした（乙１１）。
（４）これに対し、小樽税務署長は、令和３年６月２８日付けで、原告に対し、本件売買代金を本件事業年度及び本件課税事業年度の所得の金額の益金の額に算入すべきであり、また、本件売買代金を本件課税期間の資産の譲渡等の対価の額の合計額に含めるべきであるとして、別紙３別表１の「更正処分等」欄記載のとおり、本件事業年度の法人税の更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）、本件課税事業年度の地方法人税の更正処分（以下「本件地方法人税更正処分」という。）及び本件課税期間の消費税等の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」といい、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分と併せて「本件各更正処分」いう。）をし、さらに、本件事業年度の法人税、本件課税事業年度の地方法人税及び本件課税期間の消費税等の過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をした（乙１２～１４）。
（５）原告は、令和３年８月１６日付けで、本件各更正処分等を不服として国税不服審判所長に対し審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、令和４年３月２２日付けで、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲１）。
（６）そのため、原告は、令和４年９月１５日、本件各更正処分等の取消しを求めて、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 争点及び当事者の主張
本件各土地の「引渡しの日」（法人税法２２条の２第１項）及び「引渡しがあった日」（消費税法基本通達９－１－１３。以下、両者を併せて単に「引渡しの日」という。）は、平成３０年１２月２０日であるといえるか。
（原告の主張）
（１）本件売買契約及び本件補償契約は、実質的に収用目的のもので、本件各土地上に存する本件建物等の撤去と一体となっている契約であり、本件補償契約の記載事項及び各契約の履行状況等の取引実態の事実を考慮して総合的に判断されるべきである。そして、本件各土地の引渡しは、買主である本件機構が収用目的（建設工事）に従った土地の使用を開始し得ることになったことになって初めて完了したというべきであるから、本件土地の「引渡しの日」は、本件建物等の解体、撤去及び整地を終えたことを本件公社が確認した令和２年１２月１４日というべきである。
（２）原告は、圧縮記帳による節税を受けられることが重要であり、本件機構もかかるメリットを原告が受けられることを当然の前提として説明していたところ、圧縮記帳によるメリットを受けるためには、原告が、令和２年１２月１４日に本件各土地を引渡すことにより、本件売買代金及び本件補償金の残金を受領した上で、これを令和２年度の収入に計上するとともに、新たな土地購入費用や建物建築費用、引越し費用等の経費を費用に計上して、圧縮記帳をすることができるのであるから、本件各土地の「引渡しの日」は、令和２年１２月１４日というべきである。
（３）しかし、処分行政庁は、本件建物等の存在及び解体等の事実の有無を考慮することなく、本件各土地の「引渡しの日」を、本件土地に設定されていた根抵当権が抹消された平成３０年１２月２０日と認定し、土地譲渡益の計上漏れを理由とする本件各更正処分等をしたのであるから、本件各更正処分等は違法である。
（被告の主張）
（１）ア不動産の譲渡の取引においては、代金の支払と同時に当該不動産の引渡しや所有権移転登記がされることにより取引が一時に完了し、「引渡しの日」が客観的に明白な場合がある一方、諸般の事情により各契約当事者の給付等が段階的に複数回に分かれてされ、外見上は「引渡しの日」が必ずしも明らかでない場合も存在するところ、後者のような場合には、「引渡しの日」を判断するに当たっては、契約上買主に所有権がいつ移転するものとされているかに加えて、代金の支払に関する約定の内容及び実際の支払の状況、所有権移転登記の申請に必要な書類等の引渡しの状況、当該不動産に係る経費の負担の売主から買主への移転時期、所有権の移転の登記の時期等の取引に関する諸事情を考慮し、当該不動産の現実の支配が移転した時期をもって、当該不動産に係る「引渡しの日」であると判断するのが相当である。また、現実の支配が移転した時期の判断に当たっては、法人税基本通達２－１－１４及び２－１－２の定めにおいて、代金の相当部分を収受するに至った日又は所有権移転の申請（所有権移転登記の申請に必要な書類の相手方への交付を含む。）をした日のいずれか早い日とされていることも参照して検討するのが相当である。
本件売買契約においては、本件各土地の所有権の移転（１条２項）、引渡期限（２条）、所有権の移転登記（３条）、代金の請求及び支払（５条）の日がそれぞれ異なっており、本件売買契約上、本件各土地の引渡しの日が客観的に明白であるとはいえない。したがって、本件においては、本件売買契約に関する諸事情を考慮し、本件各土地の現実の支配が移転したといえる時期をもって、本件各土地の引渡しの日であると判断するべきである。
本件機構は、本件売買契約締結の時点で本件各土地に係る所有権の移転を受けた上、本件売買契約において、「原告は、平成３１年１月３１日までに本件機構に本件各土地を引き渡す。」とされていたところ、原告は、本件各土地の引渡しに当たって本件売買契約上の義務として負っていた根抵当権の抹消登記を平成３０年１２月２０日に行った。これは、原告が本件各土地の引渡しに向けて本件売買契約上の義務を果たしたものであり、この根抵当権の抹消登記がされたことで、本件機構は、あらかじめ原告から提供を受けていた本件各土地に係る所有権移転登記の申請に必要な書類によって同登記をすることができるようになった。この時点で、原告は、本件売買契約上、本件各土地の引渡しのために必要な行為は全て尽くしたものと認められる。他方、原告は、根抵当権の抹消登記をしたことによって、本件売買契約上、本件各土地の引渡しがあった後に受け取ることのできるとされていた本件売買代金の約７割に相当する金員を受け取ることができるようになり、本件機構においてその支払のための手続を行った。そして、本件売買契約上、本件各土地に対する公租公課について、本件各土地の引渡日の属する年までのものは原告が負担するとされていたところ、本件各土地の固定資産税及び都市計画税は、平成３０年度までは原告が負担し、平成３１年度以降は、原告ではなく本件機構が納税義務者として負担していた。そして、原告と本件機構との間で、本件機構が納めた税額の調整等を行っていないことからすれば、原告及び本件機構においても、本件各土地の引渡しの日が平成３０年中であると認識していたといえる。
そうすると、平成３０年１２月２０日の時点で、本件機構は、本件各土地について観念的ではなく、登記名義上も本件各土地について所有権移転を受けたことを公示することのできる状態になった上、原告においても、本件売買代金の約７割の代金を受け取ることのできる状態となったのであるから、この時点で、本件各土地の現実の支配は、本件機構に移転したものと認められる。
したがって、本件各土地の引渡しの日は、平成３０年１２月２０日である。
イ 本件売買契約は、本件各土地の売買を目的とする契約である一方、本件補償契約は、本件建物等の移転補償等を目的として、原告と本件機構との間で別途締結された契約であって、それぞれが異なる目的のために締結された独立の契約である。本件売買契約書の内容によれば、本件補償契約に基づく本件建物等の移転の時期は、本件各土地の引渡しの時期に影響を及ぼさないものであったというべきである。
（２）原告が本件事業年度に代替資産を取得しなかったとしても、租税特別措置法６４条の２に基づく圧縮記帳の特例を適用する余地はあるから、本件各土地の「引渡し日」を平成３０年１２月２０日とすると圧縮記帳の特例を適用できないとする原告の主張は前提を欠いている。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実（前提事実及び争いのない事実に加え、後掲証拠及び弁論の全趣旨によって認められる事実）
（１）本件売買契約の契約書（甲２）には、次のような内容が定められている。
ア １条２項
本件各土地の所有権は、契約締結の日（平成３０年９月７日）に本件機構に移転するものとする。
イ ２条１項
原告は、平成３１年１月３１日までに本件機構に本件各土地を引き渡すものとする。この場合、本件各土地に質権、抵当権又は先取特権が設定されているときは、原告において、あらかじめ当該権利を消滅（当該権利が登記されているときは、当該権利を抹消する。）させるものとする。
ウ ２条２項
本件各土地に物件〔中略〕が存するときは、原告と本件機構とは、この契約締結に先立って別途物件移転補償契約を締結するものとする。
エ ３条
本件各土地の所有権移転登記は本件機構が嘱託するものとし、原告は、本件機構が本件各土地の所有権移転登記を嘱託するために必要な関係書類を遅延なく本件機構に提出するものとする。
オ ５条１項
原告は、次の各号により本件売買代金の支払を請求することができるものとする。
１号２条により土地を引き渡し、かつ、３条に規定する書類を提出したときに６４４５万００４７円のうち４５１１万円
２号本件各土地の所有権移転登記が完了したときに６４４５万００４７円から前号の規定により請求した金額を控除した金額
（２）本件補償契約の契約書（甲３）には、次のような内容が定められている。
ア ２条
原告は、平成３３年（令和３年）３月３１日までに本件建物等を移転するものとする。
イ ３条１項
原告は、次の各号により本件補償金の支払を請求することができる。
１号この契約を締結したときに、１億６５４５万円
２号本件建物等の撤去を完了した後、２億３６３７万０５１０円から前号の規定により請求した金額を控除した金額
（３）原告は、平成３０年９月３日までに、本件機構に対し、本件各土地の所有権移転登記に必要となる登記原因証明情報兼登記承諾書、印鑑証明書を提出した。
（４）原告は、平成３０年９月２０日、本件機構から本件補償金のうち１億６５４５万円を受領した。
（５）原告は、平成３０年１２月２０日、本件各土地に設定されていた根抵当権設定登記の抹消登記手続を行い、同日付で同登記がされた（乙５の１ないし４）。
（６）原告は、平成３１年１月３１日、本件機構から本件売買代金のうち４５１１万円を受領した。
（７）本件機構は、本件各土地について、平成３０年１２月２８日、同年９月７日売買を原因とする原告から本件機構への所有権移転登記を登記官に嘱託し、同年１２月２８日付けで同登記がされた（乙５の１ないし４）。
（８）本件機構と原告は、本件売買契約締結後、上記（１）オの５条１項２号が定める本件売買代金の残金について、本件建物等の解体及び撤去後に支払う旨口頭で合意した。
（９）本件公社は、令和２年１２月１４日、本件建物等の撤去が完了したことを確認した。
（10）原告は、令和２年１２月１８日、本件機構から本件売買代金の残金及び本件補償金の残金を受領した。
２（１）ア法人税法上、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資本等取引以外の取引に係る収益の額とするものとされ（同法２２条２項）、当該事業年度の収益の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算すべきものとされている（同条４項）ことからすると、ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきであり、これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入すべき権利が確定したときの属する年度の益金に計上すべきものと解するのが相当である（最高裁平成５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７頁参照）。
イ そして、法人税基本通達は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に適合すると解されるから、同法２２条の２第１項の目的物の引渡しの日の解釈については、同通達に基づいて検討することができるというべきであるところ、同通達２－１－１４本文は、「固定資産の譲渡に係る収益の額は、別に定めるものを除き、その引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入する。」「（注）本文の扱いによる場合において、固定資産の引渡しの日がいつであるかについては、２－１－２の例による。」と定め、同通達２－１－２により、引渡しの日がいつか明らかでないときは、（１）代金の相当部分（おおむね５０％以上）を収受するに至った日か、（２）所有権移転登記の申請（その登記の申請に必要な書類の相手方への交付を含む。）をした日のうちいずれか早い日にその引渡しがあったものとすることができると定めている。
なお、消費税法上の資産の譲渡等の時期についても、法人税法の収益の計上時期と同様に解されるところ、消費税法基本通達９－１－１３、９－１－２が、上記法人税基本通達と同趣旨の取扱を定めている。
（２）法人税法上、本件各土地の譲渡に係る収益の額（本件売買代金額）は、本件各土地の引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入すべきところ（同法２２条の２、法人税基本通達２－１－１４本文）、前記認定事実のとおり、本件売買契約では、契約書の１条２項において、本件各土地の所有権は、契約締結の日（平成３０年９月７日）に本件機構に移転するとされる一方、２条１項において、原告は、平成３１年１月３１日までに本件機構に本件各土地を引き渡すものとされていたものの、本件各土地には根抵当権が設定されていたことから、原告は、あらかじめこれらの根抵当権設定登記を消滅させるものとされていたこと、また、５条１項１号において、本件売買代金の支払は、本件各土地を引渡し、かつ、本件各土地の所有権移転登記に必要な書類を提出したときに、本件売買代金６４４５万００４７円のうち４５１１万円を支払うこととされ、さらに、本件機構と原告との間で、本件売買代金の残金を、本件建物等の解体及び撤去後に支払うことが口頭で合意されていたことなどの事情によると、本件各土地の「引渡し日」がいつであるかは一義的に明確であるとはいえない。
そうすると、法人税基本通達２－１－２（消費税法基本通達９－１－２）に従うと、①原告は、平成３１年１月３１日に本件売買代金の約７０％（≒４５１１万円÷６４４５万００４７円×１００）を収受するに至っているが、②これにより早い日である平成３０年１２月２０日に、原告は、本件各土地に設定されていた根抵当権設定登記の抹消登記をし、かつ、原告は、既に、同年９月３日までに、本件機構に対して、本件各土地の所有権移転登記に必要な書類を提出していたから、本件各土地の引渡しの日は、平成３０年１２月２０日であるということができる。
そして、本件売買契約の取引の内容に照らしても、平成３０年１２月２０日の時点で、原告は、本件機構に対して負っていた本件売買契約上の義務を全て尽くし、本件売買代金の約７０％を請求することができるようになっている上、本件機構は、本件各土地について、いつでも所有権移転登記手続をすることができる状態となっていることからすると、本件各土地は、平成３０年１２月２０日の時点で、現実の支配の移動があったということができるから、取引の実態に即してみても、平成３０年１２月２０日の時点をもって、本件各土地の「引渡し日」とすることは相当であるということができる。
３（１）原告は、本件売買契約及び本件補償契約は、実質的に収用目的のもので、本件各土地上に存する本件建物等の撤去と一体となっている契約であり、本件各土地の引渡しは、買主である本件機構が収用目的（建設工事）に従った土地の使用を開始し得ることになったことになって初めて完了したというべきであるから、本件土地の「引渡しの日」は、本件建物等の解体、撤去及び整地を終えたことを本件公社が確認した令和２年１２月１４日というべきである旨主張する。
しかし、本件売買契約と本件補償契約は、別個に締結された契約である上に、本件売買契約において、本件補償契約の内容とは無関係に、本件各土地の所有権移転登記がされることとされ、かつ、原告も本件売買代金の約７０％を請求することができることになっていたことからすると、本件機構が施行するＣ建設工事のために本件売買契約と本件補償契約が締結され、これらの契約が関連していることや、本件売買代金の約３０％の残金の支払時期が本件建物等の解体及び撤去後に変更されたことなどを踏まえても、上記認定を左右するには足りない。
（２）また、原告は、収用等があった場合における圧縮記帳の特例（租税特別措置法６４条、６４条の２）によるメリットを受けるためには、新たな土地を取得し、建物を建築することが前提であり、令和２年１２月１４日に本件各土地を引き渡さなければ、本件売買代金及び本件補償金の残金を受領できず、圧縮記帳をすることによる税法上のメリットを受けることができなかったから、本件各土地の引渡しは、令和２年１２月１４日とすべきである旨主張する。
しかしながら、同法６４条の２第１項は、収用等のあった日を含む事業年度において代替資産を取得しなくとも、当該事業年度から２年以内に取得する見込みがある場合には、課税を繰り延べる余地があることを定めているのであるから、本件建物等を解体及び撤去することにより本件売買代金及び本件補償金の残金を受領しなければ、圧縮記帳をすることによる税法上のメリットを得ることができなかったとはいえない。
したがって、原告の上記主張は理由がない。
４ 以上によれば、本件各土地の「引渡しの日」は、平成３０年１２月２０日であるというべきところ、これを前提とした本件各更正処分等は、別紙３の本件各更正処分の根拠記載のとおり、適法なものと認めることができる（弁論の全趣旨）。
５ よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。
札幌地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 右田晃一
裁判官 小野健
裁判官 小林遼平
〔PDF 9～27頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13935.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。