税務訴訟資料第２７４号（順号１３９５１）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正請求に対する更正すべき理由がない旨の通知処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和６年２月２８日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、令和●●年（○○）第●●号、令和５年７月２０日判決、本資料２７３号・順号１３８６５）
判決
控訴人一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
同山中健児
同延増拓郎
同岸聖太郎
同松井健祐
被控訴人国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁鹿児島税務署長
吉田清
同指定代理人髙橋紀子
同岸岡貴子
同田中暁人
同山崎仁
同福田和哉
同矢上澄子
同西田健太
同鈴木章義
同尾野泰洋
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 鹿児島税務署長が令和３年１１月１９日付けで控訴人に対してした令和２年４月１日から令和３年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
３ 鹿児島税務署長は、控訴人の令和２年４月１日から令和３年３月３１日までの事業年度に係る法人税額について、還付金額を７５４７万３２３４円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要（以下、略語は、特に定めない限り、原判決の表記に従う。）
１ 本件は、非営利型法人（法人税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）２条９号の２）に該当する一般財団法人である控訴人が、鹿児島税務署長（処分行政庁）に対し、令和２年４月１日から令和３年３月３１日までの事業年度に係る法人税の確定申告をした後、支払を受けた利子及び配当等（法人税法６８条１項）について源泉徴収された所得税の額に係る税額控除を適用し、これにより控除しきれなかった金額の還付を求める旨の更正の請求（本件更正請求）をしたところ、同署長から更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件通知処分）を受けたことから、本件通知処分の取消しを求めるとともに、同署長が上記更正の請求の内容どおりの更正処分をすることの義務付けを求める事案である。
原審は、本件通知処分が適法であるものと認め、控訴人の本件通知処分の取消請求を棄却し、更正処分の義務付けを求める請求については、その訴え（本件義務付けの訴え）が行政事件訴訟法３７条の３第１項２号所定の要件を欠く不適法なものであるとして、これを却下した。
控訴人が、これを不服として控訴した。
２ 関係法令の定め及び前提事実
次のとおり補正するほか、原判決の「第２事案の概要」の２及び３記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）２頁２０行目の「別紙」を「原判決別紙」に改める。
（２）３頁５行目の「現在の名称に変更した」を「その名称を現在のものに変更し、同年５月１２日付けで、鹿児島税務署長に対し、同年４月１日に一般財団法人に法人区分を変更した旨の届出をした」に改め、６行目の「原告は、」の次に「法人税法２条９号の２にいう」を加える。
（３）５頁１０、１１行目の「公益法人制度」を「制度」に改め、１７行目の「比率」の次に「（１５条）」を加え、１７、１８行目の「公益性認定」を「公益認定」に改め、６頁３行目末尾に「（以下「本件税制改正」ともいう。）」を加える。
３ 争点及びこれに関する当事者の主張
次のとおり補正し、当審における控訴人の補充主張の要旨を付加するほか、原判決の「第２事案の概要」の４記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）原判決の補正
ア ８頁５、６行目の「収益事業以外から生じた利子及び配当等」を「非営利型法人である控訴人が支払を受ける利子及び配当等は収益事業以外から生じたもの」に改め、９頁１１行目の「が公益法人」の次に「となること」を加える。
イ ９頁１９行目の「法人税法」を「同法」に、１０頁２０行目の「所得税」を「所得税法」にそれぞれ改め、１０頁２５行目の「から、」の次に「その」を加える。
（２）当審における控訴人の補充主張の要旨
（本件通知処分の適法性（争点（１））について）
ア 本件税制改正が税法の基本原則に反するものであることについて
法人に課税される税は飽くまで法人税であるというのが税法の基本原則であり、法人税法が非営利型法人に該当する一般財団法人の公益性に着目して、非収益事業から生じた所得に対して法人税を課さないこととしている以上、同所得について所得税が課されることはない。ところが、被控訴人は、本件税制改正において、非営利型法人に該当する一般財団法人について、法人税法がその法人税を非課税にするにもかかわらず、支払を受ける利子及び配当等につき所得税を源泉徴収し、その所得税の額を法人税の額から控除することも認めないという、所得税と法人税との同質性を無視し、法人税法４条の趣旨を没却し、上記の税法の基本原則に反する税制改正を行い、これを漫然と放置し、運用し続けている。このような立法、立法不作為及び法の運用は、不合理であることが明白であって、控訴人の財産権を侵害し、違憲である。
控訴人が支払を受ける利子及び配当等に対する所得税の課税は、実質的には法人税の課税であって、本件利子及び配当等については、法人税法４条の趣旨に基づき、非課税とすべきである。なお、控訴人は、平成２９年３月期に関しては、法人税及び地方法人税確定申告の際に支払を受けた利子及び配当等に課税された所得税８３９２万５１１５円から同期の法人税６７万９６５０円を控除した８３２４万５４６５円の還付請求をしたところ、被控訴人は、同額を加えた額を「差引納付すべき『法人税』額」として更正決定及び同額に対する過少申告加算税賦課決定をしており、このことからすれば、被控訴人は、実質的のみならず、形式的にも、控訴人の非収益事業から生じた利子及び配当等に係る所得税の額を法人税として課税しているものであって、これは、法人税法４条に反する。
イ 総合課税制度に基づき確定申告をする利益の侵害について
被控訴人は、本件税制改正において、控訴人を含む非営利型一般財団法人に対して非収益事業から生じた利子及び配当等に対して所得税を課税する一方、徴税された税金の還付を受けられなくするという、税法の基本原則に反する法改正をするのみで、それにより生ずる法体系の矛盾の是正を怠っており、その結果、控訴人は、非収益事業から生じた利子及び配当等に係る所得税について、本来であれば適用されるべき総合課税を受ける権利（利子及び配当等に係る収入から経費及び損金を控除した後の「所得」を課税標準額として課税される権利）を侵害されている。このことからしても、本件税制改正は、不合理であることが明白であり、控訴人の財産権を侵害し、違憲である。
ウ 公益法人関連三法の制定に伴う本件税制改正により公益法人には収支相償が求められる結果控訴人の存続が妨げられることについて
控訴人のように大規模な公益事業を永続的に実施するためには、公益目的事業によってある程度収益を得て運転資金を積み立て、更新投資や新規投資のための内部留保をすることを要し、そのような内部留保をすることは、控訴人の事業や控訴人自体の存続において必要不可欠であるが、仮に控訴人が公益法人となることを選択し、公益法人認定法５条６号の収支相償の要件が課されることとなった場合には、その事業の継続が困難となることは確実である。このことは、「新しい時代の公益法人制度の在り方に関する有識者会議」がその最終報告（甲２２）において、上記要件につき問題点を指摘し、その抜本的な見直しの必要性を指摘していることなどからも明らかである。
公益法人関連三法の制定に伴う本件税制改正は、約７０年にわたり公益事業を営んできた控訴人が非営利型法人に該当する一般財団法人と公益財団法人とのいずれを選択しても、必然的に控訴人の事業の継続を困難にするものであって、不合理であることは明白であり、控訴人の財産権を侵害し、違憲である。
エ 税の専門家が非営利型法人に該当する一般財団法人の利子及び配当等に係る課税を疑問視していることについて
非営利型法人に該当する一般財団法人の利子及び配当等に係る課税については、中里実教授がその不合理性を指摘し（甲１１、１２）、成道秀雄教授においても、同様の指摘をするほか、金銭貸付業に対する課税との矛盾も指摘しており（甲１８）、これらのことからも、本件税制改正は、法的な整合性を欠くものであって、明らかな立法の過誤であり、不合理であることが明白である。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、原審と同じく、本件通知処分は適法であって、控訴人のその取消請求は理由がなく、また、本件義務付けの訴えについては、行政事件訴訟法３７条の３第１項２号所定の要件を欠く不適法なものであり、これを却下するのが相当であるものと判断する。その理由は、次のとおり補正し、当審における控訴人の補充主張に対する判断を付加するほか、原判決の「第３当裁判所の判断」記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）原判決の補正
ア １１頁１４行目の「原告に」を「したがって、控訴人については」に改め、１７行目の「該当する」の次に「内国法人である」を加え、１２頁２０行目及び２１行目の各「法人税法」をいずれも「同法」に改める。
イ １３頁１７行目の「前提事実（４）」の次に「イ」を、１８行目の「対しては、」の次に「支払を受ける利子及び配当等につき」を、２３行目の「前提事実（４）ア」の次に「（ウ）」を、１５頁４行目の「以上、」の次に「被控訴人において」をそれぞれ加える。
ウ １５頁１０行目の「また、」の次に「控訴人が学生寮や美術館・工芸館等の施設を所有してその運営に係る事業を行っており、当該事業の継続のためには当該施設の運転資金を積み立て、更新投資や新規投資のための内部留保をする必要があるなどとする控訴人の主張を踏まえても、本件証拠上、控訴人が支払を受ける」を加え、１１、１２行目の「ことを認めるに足りる証拠はない上、仮にそのような状態に陥っていた」を「とまでは認め難く、また、仮に、控訴人が現にそのような状態に陥っており、又はそのような状態に陥る可能性がある」に改める。
エ １５頁２１行目の「同法３７条の３第１項２号により、当該処分」を「その提起が適法なものであるためには、同法３７条の３第１項２号により、本件取消処分」に改める。
オ １５頁２５行目冒頭から１６頁２行目末尾までを次のように改める。
「３まとめ
したがって、控訴人の本件通知処分の取消請求は理由がなく、また、本件義務付けの訴えについては、これを却下するのが相当であるものと認める。」
（２）当審における控訴人の補充主張について
ア 控訴人は、前記第２の３（２）のとおり、諸点を挙げて、公益法人関連三法の制定に伴う本件税制改正については、不合理であることが明白であり、控訴人の財産権を侵害し、違憲であるとして、本件通知処分は違法である旨主張する。
イ しかしながら、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的な判断に委ねるほかはなく、裁判所は、基本的にはその裁量的判断を尊重せざるを得ないものというべきであり、そうであれば、その租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された区別の態様が上記立法目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これを憲法１４条１項の規定に違反するものということはできず、また、租税法と財産権の侵害との関係についても、当該租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された課税要件等の定めが上記立法目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない場合は、公共の福祉に適合するものとして、憲法２９条に違反するものではないと解するのが相当であること、前記引用に係る原判決の「第２事案の概要」の３（当審における補正部分を含む。以下「前提事実」という。）（４）イのとおり、公益法人関連三法の制定に伴う租税法の改正（本件税制改正）により、非営利型法人に対しては、公益法人とは異なり、支払を受ける利子及び配当等につき源泉徴収による所得税が課されることとなったところ、そのような課税上の取扱いの区別が設けられた目的は、公益法人とそれ以外の一般社団・財団法人とのその公益性の差異を踏まえ、公益目的事業の促進と適正かつ公平な課税の実現との調整を図ることにあるものと解されるから、その立法目的は正当なものといえること、前提事実（４）ア（ウ）のとおり、公益法人については、公益法人認定法により、この公益目的事業を適正に実施し得る法人であることが制度上担保されているのに対し、非営利型法人については、飽くまで一般社団・財団法人の一種であって、事業活動等について公益法人のように行政庁の厳格な監督に服することもなく、したがって、利子及び配当等に対する課税について、公益法人と非営利型法人も含む一般社団・財団法人との間で上記のような課税上の取扱いの区別を設けることについては、上記立法目的との関連において著しく不合理であることが明らかであるということはできず、憲法１４条１項に違反するものとはいえないこと、また、上記のとおり、非営利型法人も含む一般社団・財団法人については、必ずしも高い公益性を保持する制度的な担保がされていないことからして、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税を源泉徴収し、その額を法人税の額から控除することを認めないことは、適正かつ公平な課税の実現という立法目的において正当であり、具体的に採用された課税要件等の定めは、同目的との関連で著しく不合理であることが明らかであるとはいえず、憲法２９条に違反するものとはいえないこと、したがって、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等につき所得税が源泉徴収され、その額につき法人税の額からの控除が認められないことが憲法の規定に違反するものということはできず、また、そのことが憲法の規定に違反するものでない以上、被控訴人においてこのような状態を是正する立法措置を採らないことについても、憲法の規定に違反するものということはできないことは、前記引用に係る原判決の「第３当裁判所の判断」の１（２）（１２頁２４行目から１５頁５行目まで。当審における補正部分を含む。）において認定説示したとおりであり、さらに、控訴人が学生寮や美術館・工芸館等の施設を所有してその運営に係る事業を行っており、当該事業の継続のためには当該施設の運転資金を積み立て、更新投資や新規投資のための内部留保をする必要があるなどとする控訴人の主張を踏まえても、本件証拠上、控訴人が支払を受ける利子及び配当等への所得税の課税によってその存続自体が危うくなっているとまでは認め難く、また、仮に、控訴人が現にそのような状態に陥っており、又はそのような状態に陥る可能性があるとしても、そのことから直ちに当該課税自体が違憲、違法となるものではないことは、同（３）（１５頁６行目から１３行目まで。当審における補正部分を含む。）において認定説示したとおりである。
ウ なお、控訴人は、前記アの主張に関連して、前記第２の３（２）アのとおり、控訴人の平成２９年３月期に係る法人税及び地方法人税確定申告に関してされた更正決定等に触れて、被控訴人においては、実質的のみならず、形式的にも、控訴人の非収益事業から生じた利子及び配当等に係る所得税の額を法人税として課税しているものであって、これは法人税法４条に反する旨を主張するところ、同主張は、控訴人の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税に係る「法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書」（甲２０）の区分２０「差引納付すべき又は減少（―印）する法人税額」の「申告又は更正前の金額」欄に「－８３，２４５,４６５」、「更正又は決定の金額」欄に「８４，３４２，２００」とそれぞれ記載されていることをその根拠とするものと解されるが、上記通知書には、「更正の理由」として、本件利子等（利子及び配当等の合計金額５億５３１４万１７３９円）は「収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生じた所得と認められるため、法人税法第６８条第２項の規定により、本件利子等の金額に係る所得税額８３，９２５，１１５円を法人税の額から控除することはできません。」との記載がされ、同通知書の区分１３「控除所得税額等」及び区分１５「還付所得税額等」の各「更正又は決定の金額」欄には「０」との記載がされており、それらの記載内容については、控訴人が上記事業年度についての法人税及び地方法人税確定申告において、法人税の額から控除することができない利子及び配当等に係る所得税の額を控除していたため、上記のとおりのものとなったことが認められるところであって、当該記載をもって、被控訴人が控訴人の非収益事業から生じた利子及び配当等に係る所得税の額を法人税として課税したものとみることができないことは明らかであり、この点に関する控訴人の上記主張は、何ら前記イの認定説示を左右するものではない。
また、控訴人は、前記アの主張に関連して、前記第２の３（２）ウ及びエのとおり、同主張を基礎付けるものとして、①「新しい時代の公益法人制度の在り方に関する有識者会議」がその最終報告において、公益法人認定法５条６号の収支相償の要件につき問題点を指摘し、その抜本的な見直しの必要性を指摘していること、②非営利型法人に該当する一般財団法人の利子及び配当等に係る課税について、中里実教授及び成道秀雄教授がそれぞれの不合理性等を指摘していることを挙げるが、それらを含め、公益法人関連三法の制定又はこれに伴う本件税制改正に対して控訴人の主張に沿うような立法論的な批判があるとしても、そのことは、直ちに前記イの認定説示を左右するものではない。
エ 以上のとおり、前記アの控訴人の主張は、いずれも失当であって、採用することができず、他に控訴人が種々主張するところも、いずれも以上の認定判断を左右しないものと認める。
２ よって、原判決は相当であって、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第２２民事部
裁判長裁判官 相澤哲
裁判官 増田𠮷則
裁判官 富岡貴美
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13951.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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