税務訴訟資料第２７４号（順号１３９８６）
福岡地方裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税及び復興特別所得税の更正処分取消請求事件
国側当事者・国（八幡税務署長）
令和６年５月１５日一部認容・控訴
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 八幡税務署長が令和元年９月１３日付けで原告に対してした原告の平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち納付すべき税額１７４７万４０００円を超える部分を取り消す。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は、これを１００分し、その９９を原告の負担とし、その余は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
八幡税務署長が令和元年９月１３日付けで原告に対してした原告の平成２５年分の所得税及び復興特別所得税（以下、併せて「所得税等」という。）に係る更正処分（以下「本件更正処分」という。）のうち納付すべき税額９１５万３９００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、平成２５年分の所得税等の確定申告において、貸付用不動産の譲渡による譲渡所得の金額の計算について事業用資産の買換特例（租税特別措置法〔平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。〕３７条１項（同項の表第９号）。ただし、同条４項で準用する場合を含む。以下「買換特例」といい、買換特例に係る新たに取得した資産を「買換資産」という。）を適用して申告した後、税務調査における指摘を受けて修正申告をした。その後、原告は、譲渡所得の金額の計算に係る取得費（所得税法３３条３項）及び買換資産の取得価額にそれぞれ追加すべき金額があるとして更正の請求をしたところ、八幡税務署長は、本件更正処分をした。
本件は、原告が、被告を相手に、本件更正処分のうち、納付すべき税額９１５万３９００円を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関連法令の定め等
別紙１「関連法令等の定め」のとおり（以後、別紙で定義した略称は、特に断りなく使用する。）
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者
原告は、遅くとも平成元年から個人事業主として不動産賃貸業を営んでいる者である。
（２）原告が譲渡した資産の取得経緯
ア 原告は、平成元年７月４日に北九州市戸畑区●●の土地（以下「Ａ土地」という。）を、平成２年５月３０日に北九州市戸畑区●●の土地（以下「Ｂ土地」という。）を、平成３年７月１９日に北九州市戸畑区●●の土地（以下「Ｃ土地」といい、Ａ土地及びＢ土地と併せて「本件譲渡土地」という。）をそれぞれ取得した（乙３の１～３）。
イ 原告は、平成７年３月１５日、本件譲渡土地の上に、鉄筋コンクリート造コンクリート屋根１０階建ての建物（以下「本件譲渡建物」といい、本件譲渡土地と併せて「本件譲渡資産」という。）を新築し、貸付事業の用に供した（甲１・２頁、乙３の４）。
（３）本件譲渡資産の譲渡
原告は、平成２５年９月１８日、Ｄ有限会社に対し、本件譲渡資産を３億３５００万円で譲渡した（以下「本件譲渡」という。乙３の１～４、乙５）。
（４）平成２５年分の所得税等の確定申告
ア 原告は、平成２５年分の所得税等の確定申告において、本件譲渡による譲渡所得の金額の計算につき、原告が新たに取得する事業用資産があるから、買換特例（措置法３７条４項で準用する場合のもの）の適用があるとして、買換資産の取得価額の見積額により譲渡所得の金額の計算をし、別紙２の１「課税の経緯」の「確定申告」欄記載のとおり、納付すべき税額を３９２万３２００円とする確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした（甲１）。
イ 原告は、平成２７年２月３日付けで買換資産の取得期限を平成２８年１２月３１日までとする措置法３７条４項所定の税務署長の承認を受け、同日までに買換資産として複数の不動産を取得した（甲１）。
（５）平成２５年分の所得税等の修正申告
原告は、実際に取得した事業用資産の取得価額が前記（４）アの見積額に至らず不足額が生ずることとなったなどとして、平成２９年４月２５日、平成２５年分の所得税等について、別紙２の１の「修正申告」欄記載のとおり、納付すべき税額を１７８１万１３００円とする修正申告（以下「本件修正申告」という。）をした（乙１）。
（６）更正請求及び更正処分
ア 原告は、本件修正申告における譲渡所得の金額の計算において、本件譲渡資産の取得費に追加すべき金額があること及び買換資産として追加すべき資産があること等を理由として、平成３１年３月１５日、国税通則法（令和２年３月３１日法律第８号による改正前のもの。以下「通則法」という。）２３条１項に基づき、別紙２の１の「更正請求」欄記載のとおり、納付すべき税額を９１５万３９００円とする更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をした（乙２）。
イ 八幡税務署長は、令和元年９月１３日付けで、本件更正請求に対し、その一部を認め、別紙２の１の「更正処分」欄記載のとおり、納付すべき税額を１７５４万９２００円とする本件更正処分をした（甲９）。
（７）再調査の請求及び審査請求
ア 原告は、令和元年１０月２１日付けで、八幡税務署長に対し、本件更正処分を不服として再調査の請求（以下「本件再調査請求」という。）をした。これに対し、八幡税務署長は、平成２５年分の所得税等の納付すべき税額について、本件更正処分による額（前記（６）イ）が再調査による決定額（別紙２の１の「再調査決定」欄の「納付すべき税額」）を下回っているとして、令和２年１月１５日付けで、本件再調査請求を棄却する旨の決定をした。（甲２）
イ 原告は、令和２年２月１２日付けで、国税不服審判所長に対し、本件更正処分を不服として審査請求（以下「本件審査請求」という。）をした。これに対し、国税不服審判所長は、平成２５年分の所得税等の納付すべき税額について、本件更正処分による額（前記（６）イ）が同審判所の認定額（別紙２の１の「裁決」欄の「納付すべき税額」）を下回っているとして、令和３年２月１日付けで、本件審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲１）
（８）本件訴えの提起
原告は、令和３年８月３日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点
本件の争点は、本件更正処分の適法性であり、具体的には、次の３点である。
（１）本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、本件譲渡資産の取得費に追加すべき金額の有無（２）本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、買換資産に追加すべき資産の有無（３）信義則違反の有無
４ 争点に関する当事者の主張
（１）本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、本件譲渡資産の取得費に追加すべき金額の有無（原告の主張）
別紙２の２（ただし、用語の定義は、後記のとおりである。）のとおり事業を維持するための経費及び不動産の取得過程でかかった経費は、全て取得費として認められるべきである。
（被告の主張）
ア 本件譲渡土地取得のための株式会社Ｅ銀行（以下「Ｅ銀行」という。）からの借入金利子（以下「本件Ｅ銀行利子」という。）について
本件Ｅ銀行利子については、原告が独自に作成した書類があるのみであって、原告が本件Ｅ銀行利子を支払った事実や、原告が支払った本件Ｅ銀行利子が原告において本件譲渡土地を取得してからその使用を開始するまでの期間に対応する借入金利子に該当すること等、本件Ｅ銀行利子が本件譲渡土地の取得費に該当することを示す事実関係は全く明らかにされておらず、不明といわざるを得ない。
したがって、本件Ｅ銀行利子については、本件譲渡土地の取得費であることをうかがわせる具体的な事実をおよそ認めることができず、本件譲渡土地の取得費に該当するとは認められない。
また、原告の主張のうち、①原告がＥ銀行から平成３年１２月２０日に借り入れた６３００万円に係る原告推計計算に基づく原告主張額（７５６万８１４７円）は、その前提に誤りがあり、合理的根拠に基づかずに過大な額を見積もったものであるから、正確な額とはかけ離れており、これに基づいて本件Ｅ銀行利子の額を認定すべきでないこと、②原告がＥ銀行から平成３年の３回にわたる約束手形の振出により借り入れた５０００万円に係る原告推計計算に基づく原告主張額は、仮に当該借入金が本件譲渡土地のうちＣ土地の取得に充てられたとしても、その額は一部にとどまり、４０００万円を上回ることはない上、当該借入金のうち該当するものは当初の借入金（平成３年１０月２２日まで）に限られることから、誤って過大に見積もられていることに照らし、その前提となる額自体について理由がないというべきである。
イ 本件譲渡資産に係る株式会社Ｆ銀行（以下「Ｆ銀行」という。）からの借入金利子（以下「本件Ｆ銀行利子」という。）のうち、資産の取得に要した金額から控除される償却費の累積額を構成する部分（以下「本件否認Ｆ銀行利子」という。）について
原告が支出した本件Ｆ銀行利子の合計額１２３９万５６４５円のうち７６５万７１６１円は本件譲渡建物の取得に要した金額（所得税法３８条１項）に算入されるが、このうち本件否認Ｆ銀行利子（４４９万４３５０円）は当該金額から控除される償却費の累積額（同条２項１号）であるから、本件譲渡資産の取得費には該当しない。
ウ 住宅融資保証料
住宅融資保証料は、本件譲渡建物の取得に係る資金を借り入れる際に支払った信用保証料（以下、本件に係るものを「本件保証料」という。）であるが、当該保証料は、基本的には保証金額と保証期間に比例して、融資の種類によって定まる保証率を乗じて算定され、原則として支払者に返戻されないが、最終返済日前に借入金が完済されたなどの理由により返戻保証料が生じた場合に限り返戻される。
本件保証料は、原告が本件譲渡建物を取得するための資金を借り入れる際にＧ業務代理店としてのＦ銀行に支払ったものであるが、本件保証料が保証金額と保証期間に応じた金額となっており、原告が最終返済日前に本件保証料の返還を受けていることからすれば、一定の契約に基づき継続的に役務の提供を受けるために支出した費用ということができる。
そうすると、本件保証料は前払費用に該当し、その後、役務の提供と対応する年分における原告の不動産所得の必要経費に算入されるべきものと認められる。ただし、原告が平成１８年に本件保証料に係る返戻保証料を受領していることからすれば、遅くとも平成１８年中には本件保証料に係る契約、すなわち、信用保証という継続的な役務提供は、終了して精算されたというべきである。
したがって、本件保証料は、原告の平成２５年分の不動産所得の金額に何ら影響を与えるものではなく、また、不動産所得の必要経費として算入すべき費用である以上、譲渡所得の金額の計算上取得費に追加すべき金額でもない。
エ 平成７年分及び平成８年分の不動産所得の各損失額
原告は、平成７年分及び平成８年分の所得税の各確定申告において不動産所得の各損失額（以下「本件不動産所得損失額」という。）が認められるが、当該各年分において、原告が不動産所得に併せて給与所得を得ており、給与所得と本件不動産所得損失額を損益通算（所得税法６９条）して納付すべき税額を申告した。
したがって、それぞれの申告の翌年以降に繰り越すべき本件不動産所得損失額は、そもそも存在しないことから、本件譲渡資産の取得費には該当しない。
オ 平成７年分～平成９年分の損益通算の対象外とされた土地の負債利子額
平成４年分以降、不動産所得の金額の計算上生じた損失の金額がある場合、当該不動産所得の金額の計算上必要経費に算入した金額のうちに不動産所得を生ずべき業務の用に供する土地を取得するために要した負債の利子があるときは、損益通算（所得税法６９条）その他の所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失は生じなかったものとみなされる（措置法４１条の４）。
したがって、損益通算が認められなかった平成７年分～平成９年分の土地の負債利子額（以下「本件負債利子額」という。）は、不動産所得の計算上必要経費に算入され得ることを除いては、所得税に関する法令の適用上、生じなかったものとみなされるから、本件譲渡資産の取得費にも該当しない。
カ 平成７年分の所得税の不動産所得に係る借入金利子の確定申告と修正申告との計上差額原告が「平成７年分の不動産所得の必要経費に計上した借入金利子について当時の税務調査で認めてもらえなかった」と主張する当初申告と修正申告との借入金利子の計上差額（以下「本件利子差額」という。）については、平成７年分の確定申告と修正申告との間で借入金利子に差異が生じたことがうかがえる記載がないことからすると、本件利子差額はそもそも生じていないことになるから、資産の取得費に当たるものではない。
キ 原告が本件修正申告の譲渡所得の金額の計算上取得費として控除した本件譲渡建物の取得に係る設計料（以下「本件設計料」という。）及び本件譲渡建物を取得したときの代金の一部で本件確定申告時に取得価額に含めていなかったもの（以下「本件譲渡建物未算入取得価額」という。）について
本件設計料に関しては平成１２年～平成１９年分、本件譲渡建物未算入取得価額に関しては平成７年～平成１９年分の不動産所得の金額の計算上減価償却費として正しく計上されていなかったようであるが、そうであるとしても、所得税法４９条により計算した金額が償却費の累積額となるものであり、償却費として各種所得の必要経費に算入したか否かは関係なく資産の取得に要した金額から控除されることになるから、当該累積額相当額は、本件修正申告における取得費から減算すべきものである。
（２）本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、買換資産に追加すべき資産の有無（原告の主張）
ア 北九州市戸畑区●●の宅地（以下「Ｈ土地」という。）について買換特例の適用を受けているが、Ｈ土地と地続きになっている北九州市戸畑区●●の宅地（以下「Ｉ土地」という。）についても買換資産として認められるべきである。
イ 北九州市戸畑区●●、●●、●●及び●●の４筆の土地（以下、これらを併せて「本件Ｊ土地」という。）及び本件Ｊ土地の上に建つ家屋番号●●の建物（以下「本件Ｊ建物」といい、本件Ｊ土地と併せて「本件Ｊ土地等」という。）は、平成２６年分の譲渡所得における買換資産として申告されているが、本来、平成２５年分の譲渡所得における買換資産となるのが正しい。
（被告の主張）
ア 措置法３７条１項は、買換資産につき本項の適用を受けるためには、土地であれば面積が３００㎡以上であることを要件としているところ（措置法３７条１項の表９号）、そもそも原告が同項の適用があるとして申告しているＨ土地の面積は、８４．８２㎡であり、また、同土地と地続きであると主張するＩ土地の面積は４７．１４㎡であり、両土地を合計しても１３１．９６㎡にとどまるから、そもそも両土地とも買換資産には該当しない。
イ 買換特例の適用に当たっては、原則として、納税者が確定申告書に特例の適用を受けようとする旨の記載をし、買換資産等の明細書等を申告書に添付することが要件として規定されている（措置法３７条６項）が、ある資産が２以上の年分の買換資産に該当し得る場合、当該資産をいずれの年分の買換資産とするかについては特段の規定はなく、納税者の選択に委ねられていると解するのが相当である。
原告は、平成２６年分の所得税等の申告に当たって本件Ｊ土地等が買換資産に該当するとして、同年分の所得税等の修正申告（以下「平成２６年分修正申告」という。）をしたものである。通則法２３条１項１号は、更正の請求ができる場合について、納税申告書の提出により納付すべき税額又は更正後の税額が過大であるだけでなく、それが「当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」又は「当該計算に誤りがあったこと」に基づいている場合に限定しているところ、ある資産が２以上の年分の買換資産に該当し得る場合に、当該資産をいずれの年分の買換資産とするかは、上記のとおり納税者の選択に委ねられていると解するのが相当であるから、原告が本件Ｊ土地等を平成２６年分の買換資産に選択したことは、「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」に該当せず、「当該計算に誤りがあったこと」にも該当しない。
したがって、平成２６年分の買換資産として原告が申告した本件Ｊ土地等につき、更正の請求の事由があり、平成２５年分の譲渡所得における買換資産になる旨の原告の主張には理由がない。
（３）信義則違反の有無
（原告の主張）
平成７年～平成１１年、平成２０年～平成２４年の２度の税務調査の時に、税務調査をした期間で発覚した内容については認めるが、調査期間外の経費については、事業用ビルを譲渡したときに請求するようにいわれ、修正申告をした。「行為計算の否認」が税務職員の都合でまかり通ることは、適切な税務調査ではない。判らないふりをして、税務職員の都合の良いことを強制され、駆け引きされ、笑顔で恫喝される。このようなことがまかり通っていることが理解できない。信義則違反であり権利の濫用といわざるを得ない。
（被告の主張）
原告の主張は、何ら具体的事実を主張せず、これを示す証拠を何ら提示していない。本件は、納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお原告の譲渡所得に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別な事情が存在するとは認められないから、信義則の適用を考慮する場合には該当しない。
５ 被告の主張する本件更正処分の根拠及び適法性
別紙３「本件更正処分の根拠及び適法性」のとおりであり、原告は、前記４で主張するところを除いては、争うことを明らかにしない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、本件譲渡資産の取得費に追加すべき金額の有無）について
（１）判断枠組み
ア 通則法２３条１項に基づく更正の請求は、納税者の提出した納税申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大である場合等に、納税者が、税務署長に対し、当該申告書に係る国税の法定申告期限から５年以内に限ってすることができる申立てである。そして、申告納税方式による国税に係る税額は、その後に更正がされない限り、納税者の納税申告のとおり確定するものであること、納税申告の前提となった事実関係及びそれを誤りであるとする事実関係は更正の請求をする納税者が熟知していること等に照らせば、更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟において、更正の請求に係る事実関係は、納税者が主張、立証すべきものと解するのが相当である。
そして、このことは、本件更正請求の一部に理由があるとした本件更正処分の取消訴訟においても、同様に解すべきである。なぜなら、更正の請求の一部に理由があるとする減額更正処分は、その余の更正の請求部分について、申告税額を減額しないという趣旨を含むものであり、更正をすべき理由がない旨の通知処分としての性質を包摂するものと解されるからである。
イ 譲渡所得の金額について、所得税法は、当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除して計算するものとし（３３条３項）、上記の「資産の取得費」は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額としている（３８条１項）。譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に、これを清算して課税する趣旨のものであるところ（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５０年５月２７日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁参照）、前記のとおり、所得税法３３条３項が総収入金額から控除し得るものとして、当該資産の客観的価格を構成すべき金額のみに限定せず、取得費と並んで譲渡に要した費用をも掲げていることからすれば、上記「資産の取得に要した金額」には、当該資産の客観的価格を構成すべき取得代金の額のほか、登録免許税、仲介手数料等当該資産を取得するための付随費用の額も含まれると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号平成４年７月１４日第三小法廷判決・民集４６巻５号４９２頁参照）。そして、上記「当該資産を取得するための付随費用」とは、当該資産の取得に通常、必要不可欠な費用をいうものと解すべきである。
ウ ところで、個人がその営む事業の用に供するために不動産を取得するに際しては、代金の全部又は一部の借入れを必要とする場合があり、その場合には借入金の利子の支払が必要となるところ、一般に、当該借入金の利子は、当該事業の必要経費となることがあるとしても、当該不動産の客観的価値を構成する金額に該当せず、また、当該不動産の取得に通常、必要不可欠な費用である当該不動産を取得するための付随費用に当たるということもできない。そうすると、上記借入金の利子は、原則として、当該不動産の譲渡による譲渡所得の金額の計算上、所得税法３８条１項にいう「資産の取得に要した金額」に該当しないものと解すべきである。
しかしながら、当該借入れの後、当該個人が当該不動産をその営む事業の用に供するに至るまでにはある程度の期間を要するのが通常であり、当該個人は上記期間中当該不動産を使用することなく利子の支払を余儀なくされるところ、当該個人が当該不動産を即座に利用可能な状態で取得した場合には、その借入金の利子は、不動産所得等にあっては、その金額の計算上必要経費に算入することができることと比べて、課税上の均衡を失することがあり得る。
以上を踏まえれば、上記借入金の利子のうち、当該不動産を取得してから当該不動産の使用を開始するまでの期間に対応するものは、当該個人の不動産所得や事業所得等の必要経費に算入されているときを除き、当該不動産を取得するための付随費用に当たるものとして、所得税法３８条１項にいう「資産の取得に要した金額」に含まれるものと解すべきである。
（２）認定事実
前提事実及び掲記証拠並びに弁論の全趣旨によれば、以下の事実（以下「認定事実」といい、項番号等により「認定事実ア」等と略称する。）が認められる。
ア 原告は、平成元年４月２５日、当時のＡ土地の所有者との間で、当該土地を代金１３００万円で買い受ける旨の売買契約を締結し（甲１５の７の１）、同年７月４日、当該土地について、同売買を原因とする所有権移転登記を受け（乙３の１）、同年１２月２５日、当該土地上に鉄骨造り６階建ての事務所を新築すること（工事着工予定日は同月１８日、工事完了予定日は平成２年５月３１日）について建築確認を受けた（甲１５の８、乙３１）。
イ 原告は、前記アの事務所の建築には着工せず（甲１０）、平成２年４月１６日、Ａ土地に隣接するＢ土地及び同土地上の建物（二階建の居宅）の所有者との間で、当該土地等を代金２１００万円で買い受ける旨の売買契約を締結し（甲１５の１、甲１５の７の２）、同年５月３０日、当該土地について、同売買を原因とする所有権移転登記を受けた（乙３の２）。
ウ 原告は、平成３年６月１９日、Ｂ土地と隣接するＣ土地の所有者との間で、当該土地を代金４７５０万円（税込）で買い受ける旨の売買契約を締結した（甲１５の１、甲１５の７の３）。当該売買契約においては、上記代金総額のうち７５０万円は手付金として同日中に支払うこと、残代金４０００万円については、取引期間を同年の銀行融資日までと定めた上、同期間内に所有権移転登記申請に必要な手続を完了し、これと引換えに支払わなければならないこと、所有権は売買代金全額の授受が完了すると同時に買主に移転すること、引渡し期日は同年の銀行融資日までとすること等が定められた（甲１５の７の３）。同年７月１８日、原告は、Ｅ銀行から手形貸付の方法で、支払期日を同年１０月１８日、利率を年８．３７５％として、５０００万円を借り入れ（以下、この借入れを「本件手形借入れ」という。）、同年７月１８日、Ｅ銀行に対し、支払期日までの利息合計１０６万６９５２円を支払った（甲１５の２・１～３枚目）。原告は、同年７月１９日、Ｃ土地について、同日売買を原因とする所有権移転登記を受けた（乙３の３）。
エ 原告は、平成３年９月２５日、Ｂ土地上の建物を、Ｃ土地上まで増築すること（増築部分も２階建てである。）について建築確認を受けたが、その後、中間検査や完了検査は受けなかった（乙３１）。
オ 原告は、本件手形借入れについて、平成３年１０月２２日、支払期日を同年１１月３０日、利率を年７．７５０％として手形書換を受け、その際、同年１０月１９日から同月２２日までの期日後利息４万５８９０円、同月２３日から同年１１月２９日までの期間利息４０万３４２４円、印紙料１万円及び手形用紙料１０円を支払った（甲１５の２・２枚目、１５の３）。なお、原告は、この時、平成元年９月２９日にＥ銀行から融資を受けた消費者ローンに係る利息合計１７万１６１９円も支払っており（甲１５の６）、平成３年１０月２２日にＥ銀行に対し少なくとも合計６３万０９４３円の利息等を支払った。
原告は、本件手形借入れについて、平成３年１１月２９日、支払期日を同年１２月２０日、利率を年７．３７５％として手形書換を受け、その際、同年１１月３０日から同年１２月２０日までの期間利息２１万２１５７円を支払った（甲１５の４）。原告は、同日、Ｅ銀行から最終返済期日を３０年後とする住宅ローンで６３００万円を借り入れ（以下、この借入れを「平成３年借入れ」という。）、本件手形借入れの元金を返済した（甲５、１５の４）。
カ 原告は、平成４年６月２０日、Ｂ土地上の建物に住民票上の住所を移転し、遅くともこの頃から平成５年１１月頃まで同建物を住居として利用していた（甲１７、乙２９、弁論の全趣旨）。原告と関係のあった税理士は、この頃、Ｂ土地上の建物に原告を訪ねた際には、空き地となっていたＣ土地上に、自身の車を駐車していた（乙３２）。
キ Ｆ銀行三萩野支店が原告に宛てた平成５年１０月２５日付の「ご融資提案書」と題する書類（甲４・２枚目）には、融資金額４億５０００万円、融資期間３０年、保証保険料０．２５％（年払初年度１０３万４０６８円、一括払１１９４万７６３９円）、本件譲渡土地及び同所建物等を担保とする旨等の記載がある。
ク 原告は、平成５年１１月５日、本件譲渡土地上に、建築物の名称を「（仮称）●●ビル」、主要用途を「共同住宅・事務所・店舗」とする鉄筋コンクリート造１０階建ての建物（本件譲渡建物）を新築するため、建築確認申請を行い、同年１２月２０日、建築確認を受けた（甲１５の９）。
ケ 原告作成の書面（甲１０）によれば、本件譲渡建物の建築に着工した日は平成６年１月２６日であるところ、原告は、同日、Ｅ銀行に対し、平成３年借入れの残元金６０１４万７６４５円を未払利息、取扱手数料と共に一括して繰上返済し（甲５）、本件譲渡土地及びＢ土地上の建物に、根抵当権者を株式会社Ｆ銀行、極度額を４億５０００万円とする根抵当権を設定した（乙３の１～３。なお、Ｂ土地上の建物も根抵当権の対象とされていることにつき、乙２６の１～３の共同担保目録参照。同目録によれば、上記建物は、平成６年３月２日受付で滅失とされている。）。
コ 原告は、平成７年３月１５日、本件譲渡土地上に、本件譲渡建物を新築し（乙３の４）、同日付けで、八幡税務署長に対し、「所得税の減価償却資産の償却方法の届出書」（乙４）を提出し、本件譲渡建物の償却方法を定率法とする旨を届け出た。同月２９日、Ｆ銀行から原告の口座に借入金として４億４９８９万９８００円が入金された（甲４・５枚目）。原告は、同月から本件譲渡建物を貸付事業の用に供した（甲１・２頁）。同年４月２７日、本件譲渡建物に、前記ケの本件譲渡土地に対する根抵当権と共同の根抵当権（根抵当権者を株式会社Ｆ銀行、極度額を４億５０００万円とするもの）が設定された（乙３の４）。
サ 原告は、平成３年分から平成６年分までの所得税の申告に際し、給与所得（株式会社Ｋに係る役員報酬）と不動産所得のみを申告したところ、当該不動産所得は、いずれも北九州市小倉北区●●所在の貸住居・貸店舗の賃料収入に係るもののみである。原告は、本件手形借入れに係る借入金の利子を平成３年分の不動産所得に係る必要経費に含めて申告した。他方、原告は、平成４年分から平成６年分までの不動産所得に係る必要経費に、Ｅ銀行八幡支店に対して支払った借入金利子（平成４年分は９２７万７９３２円、平成５年分は９５３万５３３２円、平成６年分は１９４万２６５３円）を含めて申告したが、上記のうち、平成４年分の借入金利子の額は、原告がＥ銀行八幡支店から昭和６２年１０月に借り入れた３０００万円（毎月元利均等払による返済で最終返済期日は平成２９年１０月）及び昭和６３年１１月に借り入れた１億円（毎月元利均等払による返済で最終返済期日は平成３０年１１月）に対する平成４年分の支払利息（甲１７の２・７枚目及び８枚目）の額と一致しており、平成３年借入れに係る借入金の利子は含まれていなかった。このことからすれば、平成４年分及び平成５年分の必要経費として申告した借入金利子の額にも、平成３年借入れに係る借入金利子は含まれていないものと推認することができる。（甲１７の１～４、弁論の全趣旨）
シ 原告は、平成２９年４月２５日にした本件修正申告において、Ｃ土地の取得費に、原告が平成３年７月１８日にＥ銀行に対して支払った本件手形借入れに係る借入金の利子１０６万６９５２円（同日から同年１０月１８日までの期間に対応するもの。認定事実ウ）を含めて申告した（甲１・別表３）。原告は、本件修正申告の際、Ｃ土地の取得費に、原告が平成３年１０月２２日にＥ銀行に対して支払った６３万０９４３円（本件手形借入れに係る借入金の利子のうち同月１９日から同年１１月２９日までの期間に対応するものが含まれている。認定事実オ）を含めていなかったなどとして、本件更正請求をしたところ、本件更正処分においては、これも取得費として認められた（甲９）。原告は、本件再調査請求において、本件譲渡土地の取得費に、Ｅ銀行に対して支払った借入金の利子７１５万３２２９円を更に加算すべきであると主張したが、八幡税務署長は、本件更正請求において主張されておらず、再調査の請求の対象とならないとして、取得費に該当するか否かの判断をしなかった（甲２）。原告は、本件審査請求において、本件譲渡資産の取得費に、Ｅ銀行に対して支払った借入金の利子８９６万１２５０円を加算すべきであると主張したが（甲１・別表５）、国税不服審判所長は、本件審査請求の時点で、平成２５年分の所得税等の更正の請求の期限は経過しており、本件更正請求で主張されていない上記利子に係る事由を違法事由として主張することができないとして、取得費に該当するか否かの判断をしなかった（甲１）。原告は、本訴訟の第３回弁論準備手続において、取得費に算入されるべき本件Ｅ銀行利子の額は本件手形借入れに係る借入金の利子と平成３年借入れに係る借入金の利子の合計額である９２５万０６８０円であると主張するに至った（甲１５の５の１）。
（３）本件Ｅ銀行利子について
ア（ア）本件Ｅ銀行利子に係る借入金が本件譲渡資産の取得代金に充てられたといえるか否かをみるに、認定事実によれば、次の事実を指摘することができる。
ａ 原告は、平成元年にＡ土地を代金１３００万円で購入し（認定事実ア）、平成２年にＢ土地及び同土地上の建物を代金２１００万円で購入し（認定事実イ）、平成３年６月にＣ土地を代金４７５０万円で購入したところ（認定事実ウ）、同年７月１８日、Ｅ銀行から５０００万円の本件手形借入れをしたものである（認定事実ウ）。
ｂ Ｃ土地に係る売買契約においては、銀行融資日までに所有権移転登記申請に必要な手続を完了すること及び残代金４０００万円は同手続と引換えに支払われることが定められていたところ、本件手形借入れの翌日（平成３年７月１９日）付けでＣ土地の所有権移転登記が経由されたから（認定事実ウ）、本件手形借入れのうち４０００万円が上記残代金に充てられたものと推認することができる。
ｃ その後、原告は、本件手形借入れにつき、平成３年１０月及び同年１１月に手形書換えを受け、同年１２月、Ｅ銀行から６３００万円の平成３年借入れをして、本件手形借入れの元金を返済したから（認定事実オ）、平成３年借入れは、本件手形借入れの借換えであると推認することができる。
ｄ 原告は、平成６年１月２６日、本件譲渡土地（Ａ土地、Ｂ土地及びＣ土地）上の建物（本件譲渡建物）の建築に着工し、平成７年３月１５日、本件譲渡建物が完成し、同月２９日、Ｆ銀行から４億４９８９万９８００円を借り入れ、同月から本件譲渡建物を貸付事業の用に供した（認定事実キ、ケ、コ）。
なお、平成３年借入れについては、本件譲渡建物の建築着工日である平成６年１月２６日、繰上返済がされた（認定事実ケ）。
（イ）以上の事実によれば、本件手形借入れに係る借入金のうち少なくとも４０００万円は、Ｃ土地の購入代金に充てられたものといえる（このことは、本件手形借入れに借換えに当たる平成３年借入れのうち同額に相当する部分も同様である。）が、他方、その借入れ時期に照らし、これがＡ土地及びＢ土地の購入代金に充てられたとはいい難い。
他方、本件手形借入れに借換えに当たる平成３年借入れに係る借入金は、本件譲渡建物の建築着工日（平成６年１月２６日）から２年以上前の平成３年１２月にされたものである上、本件譲渡建物の建築費用はＦ銀行から調達されたものと認められるから（前記（ア）ｄ参照）、これが本件譲渡建物の建築費用に充てられたとはいえない。他に、Ｅ銀行からの借入金（本件手形借入れ又は平成３年借入れに係る借入金）がＣ土地以外の本件譲渡資産（本件譲渡土地及び本件譲渡建物）の取得代金等に充てられたと認めるに足りる的確な証拠はない。
イ（ア）前記ア（イ）の本件手形借入れに係る借入金（平成３年借入れによる借換後のものを含む。以下同じ。）中の４０００万円部分の利子が、Ｃ土地を取得してからその使用を開始するまでの期間に対応するものであるか否かをみるに、認定事実によれば、次の事実を指摘することができる。
ａ 原告は、平成元年１２月、Ａ土地上に６階建ての事務所を新築することについての建築確認を受け（認定事実ア）、その後、上記事務所の新築に着工せず、隣接するＢ土地、Ｃ土地を順次取得し（認定事実イ、ウ）、平成５年１１月、本件譲渡土地上に１０階建ての本件譲渡建物を新築するための建築確認申請を行ったこと（認定事実ク）からすれば、原告は、当初から賃貸用建物を建設する目的で本件譲渡土地を順次取得したことがうかがわれる。
ｂ 原告は、平成３年９月、Ｂ土地上の建物（二階建ての居宅）を、Ｃ土地上まで増築することについて建築確認を受けたが、完了検査は受けておらず（認定事実エ）、実際に増築したことをうかがわせる事情は認められない。前記ａのとおり、原告が賃貸用建物を建設する目的で本件譲渡土地を順次取得したことがうかがわれる上、平成５年１１月に１０階建ての賃貸用建物（本件譲渡建物）の建築確認申請を行ったこと（認定事実ク）からすれば、上記増築に係る建築確認は、原告が主張するとおり、金融機関から融資を受ける目的で行われたもので、実際の増築工事は行われなかった可能性が高い。
ｃ 本件譲渡土地は、Ｂ土地がＡ土地及びＣ土地と隣接する地続きの土地であるところ（認定事実イ、ウ）、原告は、遅くとも平成４年６月２０日からＢ土地上の建物（二階建ての居宅）を住居として利用しており（認定事実カ）、上記建物は、平成６年１月、根抵当権の対象とされており、同月の本件譲渡建物の着工に至るまで存続していたことがうかがえる（認定事実ケ）。しかしながら、原告がＢ土地上の建物を住居として利用していた期間も、Ｃ土地は空き地であり、原告の訪問客が駐車場として利用することはあったものの（認定事実カ）、他にＣ土地が使用されていたような事情はうかがえない。原告が申告した平成３年分から平成６年分までの不動産所得は、全て、北九州市小倉北区●●所在の貸住居・貸店舗の賃料収入に係るもののみであるから（認定事実サ）、Ｃ土地は有料駐車場等としても利用されていなかったものと認められる。
ｄ Ｃ土地を含む本件譲渡土地を敷地とする本件譲渡建物は、平成７年３月以降、貸付事業の用に供されていた（認定事実コ）。
（イ）以上の事実によれば、被告の指摘する事情（前記ｂのＢ土地上の建物の建築確認に関する事情や前記ｃの訪問客に関する事情等）を十分考慮したとしても、原告は、平成７年３月に本件譲渡建物を貸付事業の用に供した際、その敷地であるＣ土地の使用を開始したものであって、それより以前には、Ｃ土地を使用していなかったものというべきである。他に、この認定を覆すに足りる的確な証拠はない。
ウ 前記ア（イ）の本件手形借入れに係る借入金中の４０００万円部分の利子が、原告の不動産所得や事業所得等の必要経費に算入されているか否かをみるに、認定事実サによれば、原告は、当該借入金の利子のうち平成３年分を同年分の不動産所得に係る必要経費に含めて申告したが、平成４年分以降のものについては、不動産所得に係る必要経費として申告していなかったものと認められる。
エ 以上によれば、前記ア（イ）の本件手形借入れに係る借入金中の４０００万円部分の利子は、平成４年１月１日から一括返済のあった平成６年１月２６日（認定事実ケ）までの間に支払われたものに限り、原告の本件譲渡による譲渡所得の計算上、所得税法３８条１項にいう「資産の取得に要した金額」に該当するものというべきである。
以上の認定に反する被告の主張は、いずれの点も採用することはできない。
オ 他方、前記エ以外の本件Ｅ銀行利子を本件譲渡土地の取得費に含めるべき旨の原告の主張は、採用することができない。
（４）その他の原告の主張について
原告は、本件Ｅ銀行利子以外の事業を維持するための経費及び不動産の取得過程でかかった経費等についても、別紙２の２のとおり全て本件譲渡資産の取得費として認められるべきである旨を主張する。
しかしながら、これらが取得費に含まれないことは、前記第２の４（１）記載の被告の主張のとおりであると認められる。
原告は、私有財産の侵害であるとか、個人事業と法人事業で取扱いが異なるのは不公平であるなどとも主張するが、いずれも独自の見解によるもの又は事実の基礎を欠くものであって、採用することができない。
（５）小括
以上によれば、本件手形借入れに係る借入金中の４０００万円部分の利子で平成４年１月１日以降に支払われたもの（以下「裁判所認定利子額」という。）は、本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、本件譲渡資産の取得費に算入すべきであるが、その他の原告主張の各費目については、本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、本件譲渡資産の取得費に算入すべきものとは認められない。
２ 争点（２）（本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、買換資産に追加すべき資産の有無）について
（１）Ｈ土地及びＩ土地について
原告は、Ｈ土地が買換特例の適用を受けていることを前提に、同土地と地続きになっているＩ土地も買換資産として認められるべきであると主張する。
しかしながら、措置法３７条１項は、同項の適用を受ける買換資産について、土地であれば面積が３００㎡以上であることを要件としているところ（同項の表９号）、掲記の証拠によれば、Ｈ土地は、その面積が８４．８２㎡であり（乙１５）、そもそも買換特例が適用されない。その点を措くとしても、Ｉ土地は、その面積が４７．１４㎡であり（乙１６）、Ｈ土地と併せたとしても、両土地の面積は合計１３１．９６㎡にとどまるから、Ｉ土地が買換資産に該当するとは認められない。
したがって、原告の上記主張は、採用することができない。
（２）本件Ｊ土地等について
原告は、本件Ｊ土地等が、平成２５年分の譲渡所得における買換資産として認められるべきであると主張するところ、本件Ｊ土地等は平成２６年５月に取得されたものであること（甲１・別表５、乙２２の２）からすると、平成２５年分の譲渡所得に係る当該譲渡をした日の属する年の翌年中に取得した資産として、措置法３７条１項が準用されるべきこと（同条４項参照）を主張したものと解される。
しかしながら、掲記の証拠によれば、原告は、平成２６年分修正申告において、本件Ｊ土地等を措置法３７条１項の買換資産、すなわち平成２６年分の譲渡所得に係る当該譲渡の日の属する年の１２月３１日までに取得した資産として申告しており（乙２２の１、２）、このようにある資産が２以上の買換資産に該当し得る場合に、当該資産をいずれの年分の買換資産とするかについては納税者の選択に委ねられていると解するのが相当であるから、原告が本件Ｊ土地等を平成２６年分の譲渡所得に係る買換資産として申告し、平成２５年分の譲渡所得に係る買換資産として申告しなかったことが、更正の請求の要件である「当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」又は「当該計算に誤りがあったこと」（通則法２３条１項１号）に該当しないことは明らかである。
したがって、原告の上記主張は、採用することができない。
（３）小括
以上によれば、原告主張の各資産については、本件譲渡による譲渡所得の金額の計算上、買換資産に追加すべき資産に当たるとは認められない。
３ 争点（３）（信義則違反の有無）について
原告は、本件修正申告に当たって税務職員による強制等があったなどとして、本件更正処分が信義則違反又は権利濫用であると主張する。
しかし、原告の上記主張を基礎付ける具体的な事情を認めるに足りる的確な証拠はないから、原告の上記主張は、採用することができない。
４ 当裁判所が認定した原告の平成２５年分の所得税等の税額について
証拠（甲５、１５の５の１）及び弁論の全趣旨によれば、原告が支払った裁判所認定利子額（前記１（５）参照）は、別紙７の「Ｈ４．１．１～Ｈ６．１．２６」欄のとおり、４８０万３２４３円と認められる。
上記の額をＣ土地の取得費に算入して原告の平成２５年分の所得税等の税額を計算した結果は別紙８のとおりであり、原告の納付すべき税額は、１７４７万４０００円である。そうすると、本件更正処分は、同額を超える部分に限り、違法であるから、取り消されるべきである。
以上の判断に反する被告の主張は、理由がなく、採用することができない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、本件更正処分のうち納付すべき税額１７４７万４０００円を超える部分の取消しを求める限度で理由があるから認容すべきであり、その余は理由がないから棄却すべきである。よって、主文のとおり判決する。
福岡地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官林史高
裁判官溝渕章展
裁判官加納紅実
〔PDF 15～26頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙３）
本件更正処分の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が本件において主張する原告の平成２５年分の所得税等の課税標準等及び税額等は次のとおりである。
（１）総所得金額
【７１７万２５９２円】
次のア及びイの金額の合計額である。
６，６２２，５９２円＋５５０，０００円＝７，１７２，５９２円
ア 不動産所得の金額
【６６２万２５９２円】
次の（ア）の金額から（イ）及び（ウ）の金額を控除した後の金額である。
７９，００４，３１５円－７２，２８１，７２３円－１００，０００円＝６，６２２，５９２円
（ア）総収入金額
【７９００万４３１５円】
原告が、本件修正申告に係る申告書（以下「本件修正申告書」という。）の「収入金額等」の「不動産」・「ウ」欄に記載した不動産所得の収入金額である（乙第１号証１枚目）。
（イ）必要経費の合計額
【７２２８万１７２３円】
原告が、本件確定申告の際に添付した平成２５年分所得税青色決算書（不動産所得用）（乙第１７号証。以下「本件決算書」という。）の「⑱」欄に記載した不動産所得の必要経費の金額６７２３万０１９７円（同号証１枚目）に、次のａ及びｂを加えた金額である。
６７，２３０，１９７円＋６５１，２７３円＋４，４００，２５３円＝７２，２８１，７２３円
ａ 減価償却費（追加分）
【６５万１２７３円】
１１８，１１４円＋２９８，６９５円＋２３４，４６４円＝６５１，２７３円（ａ）Ｆ銀行からの借入金利子
【１１万８１１４円】
本件Ｆ銀行利子のうち本件譲渡建物に対応する部分は、建物を取得するため
の付随費用に当たり、建物の価値を構成するものとして減価償却の対象となることから、平成２５年分の不動産所得金額の計算上、平成２５年１月１日から本件譲渡の日までの減価償却費を計算する必要がある。具体的には、本件Ｆ銀行利子１２３９万５６４５円（乙第８号証）を本件譲渡建物及び本件譲渡土地に関する借入れの割合で按分すると、本件譲渡建物の取得に係る部分が７６５万７１６１円、本件譲渡土地の取得に係る部分が４７３万８４８４円となることから、本件譲渡建物に係る部分（７６５万７１６１円）につき旧定率法（所得税法施行令１２０条１項１号イ（２）参照。なお、本件譲渡建物については、平成９年までは、平成１０年大蔵省令第５０号による改正前の減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表第１及び第９による耐用年数６０年、償却率０．０３８により〔別紙４（１）参照〕、平成１０年分以降は上記改正後の同省令別表第１及び第９による耐用年数４７年、償却率０．０４８〔別紙４（１）参照〕による。）により各年分の減価償却費を計算し、その累積額を控除して算出された平成２４年末の未償却残高３２８万０９２５円（別紙４（１）の平成２４年の未償却残高）に、償却率０．０４８を乗じた上、本件譲渡をした平成２５年９月までの期間（９か月分）で按分した金額である。
３，２８０，９２５円×０．０４８×９／１２＝１１８，１１４円
（ｂ）本件譲渡建物未算入取得価額
【２９万８６９５円】
甲第３号証の「●●ビル売却申告資料」との記載で始まる資料（以下「●●
ビル申告資料」という。）の「建物減価償却差額」として記載された１９３６万４０００円（④欄）は、本件譲渡建物の取得価額の一部であるが、本件更正処分に至るまで減価償却費の算定に当たり考慮されていなかったものと認められる（本件譲渡建物未算入取得価額）。当該金額につき旧定率法により各年の減価償却費を計算し、その累積額を控除して算出した平成２４年末の未償却残高８２９万７０５６円（別紙４（２）の平成２４年の未償却残高）に、償却率０．０４８を乗じた上、本件譲渡をした平成２５年９月までの期間（９か月分）で按分した金額である。
８，２９７，０５６円×０．０４８×９／１２＝２９８，６９５円
（ｃ）設計料
【２３万４４６４円】
●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の当初の設計料として記載された１
５２０万円（⑤欄）は、本件譲渡建物の設計料であり（本件設計料）、取得価額の一部であるが、本件更正処分に至るまで減価償却費の算定に当たり考慮されていなかったものと認められる。当該金額につき旧定率法により各年の減価償却費を計算し、その累積額を控除して算出した平成２４年末の未償却残高６５１万２８７０円（別紙４（３）の平成２４年の未償却残高）に、償却率０．０４８を乗じた上、本件譲渡をした平成２５年９月までの期間（９か月分）で按分した金額である。
６，５１２，８７０円×０．０４８×９／１２＝２３４，４６４円
ｂ 繰上返済手数料
【４４０万０２５３円】
上記金額は、「繰上返済手数料計算書」（甲第６号証１枚目）の「繰上返済手数料」欄の４２５万０７００円と「ご返済利息計算書」（甲第６号証２枚目）の「お利息額」欄の１４万９５５３円の合計額であり、原告の平成２５年分の不動産所得に係る業務に関してＬ銀行へ支払われた繰上返済手数料及び返済利息額の金額の合計額であり、不動産所得の金額の計算上必要経費に該当する（所得税法３７条）が、本件更正処分に至るまで必要経費に計上されていなかったものである。
４，２５０，７００円＋１４９，５５３円＝４，４００，２５３円
（ウ）青色申告特別控除額
【１０万円】
措置法２５条の２第１項１号の金額である（本件決算書（乙第１７号証）では、誤って「専従者給与」欄に記載されている。）。
イ 給与所得の金額
【５５万円】
原告が、本件修正申告書（乙第１号証）の「所得金額」の「給与」・「⑥」欄に記載した給与所得の金額である。
（２）長期譲渡所得金額
ア 措置法３７条１項適用前の総収入金額
【３億３５００万円】
本件譲渡における本件譲渡資産の譲渡価額である（乙第５号証）。
イ 措置法３７条１項適用前の取得費
【２億００３６万９９９１円】
次の（ア）ないし（オ）の金額の合計額である。
１６，０１９，４００円＋２５，３９３，１００円＋５１，１７０，０００円＋４，７３８，４８４円＋１０３，０４９，００７円＝２００，３６９，９９１円
（ア）Ａ土地の取得価額
【１６０１万９４００円】
原告が、本件修正申告において上記土地の取得費として申告した金額の合計額で、●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の「土地関係」の「Ａ地」の「土地合計」欄の金額である（別紙５順号１の「小計」欄）。
（イ）Ｂ土地の取得価額
【２５３９万３１００円】
原告が、本件修正申告において上記土地の取得費として申告した金額の合計額で、●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の「土地関係」の「Ｂ地」の「土地合計」欄の金額２５３８万２９００円から取得費とならない「抵当権抹消等」欄の９８００円を控除し、収入印紙２万円を加算した金額である（別紙５順号２の「小計」欄）。
なお、原告は、上記土地に係る抵当権抹消費用９８００円は上記土地の取得費に該当する旨主張しているが、原告から支払の事実を確認できる書類の提示がないことから、取得費に該当するとは認められない。
２５，３８２，９００円－９，８００円＋２０，０００円＝２５，３９３，１００円（ウ）Ｃ土地の取得価額
【５１１７万円】
原告が、本件修正申告において上記土地の取得費として申告した金額の合計額で、●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の「土地関係」の「Ｃ地」の「土地合計」欄の金額からＣ土地の取得費に該当しない借入金利子１０６万６９５２円及び６３万０９４３円を控除し、収入印紙２万円を加算した金額である（別紙５順号３の「小計」欄）。
５２，８４７，８９５円－１，０６６，９５２円－６３０，９４３円＋２０，０００円＝５１，１７０，０００円
（エ）Ｆ銀行の借入金利子のうち本件土地の取得に係る金額
【４７３万８４８４円】
前記（１）ア（イ）ａ（ａ）のとおり、本件Ｆ銀行利子のうち、本件譲渡土地の取得に係る部分の金額である（別紙５順号４）。
（オ）本件譲渡建物の取得価額
【１億０３０４万９００７円】
次のａないしｄの金額の合計額である。
８５，６０９，４２９円＋７，９９８，３６１円＋６，２７８，４０６円＋３，１６２，８１１円＝１０３，０４９，００７円
ａ 本件修正申告において原告が計上していた本件譲渡建物の未償却残高相当額【８５６０万９４２９円】
●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の「建物」欄（③欄）の金額である。
ｂ 本件譲渡建物の取得価額の一部
【７９９万８３６１円】
原告が前記ａの金額を計上するに当たり斟酌していなかった本件譲渡建物の取得価額の一部（本件譲渡建物未算入取得価額。●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）「建物減価償却差額」欄（④欄）の１９３６万４０００円）について、前記（１）ア（イ）ａ（ｂ）のとおり、各年の減価償却費を控除するなどして算出した本件譲渡時である平成２５年９月時点における未償却残高である（別紙４（２）の平成２５年の未償却残高）。
ｃ 設計料
【６２７万８４０６円】
●●ビル申告資料（甲第３号証１枚目）の当初の設計料（本件設計料）として記載された１５２０万円（⑤欄）について、前記（１）ア（イ）ａ（ｃ）のとおり、各年の減価償却費を控除するなどして算出した本件譲渡時である平成２５年９月時点における未償却残高である（別紙４（３）の平成２５年の未償却残高）。
ｄ Ｆ銀行の借入金利子のうち本件譲渡建物の取得に係る金額
【３１６万２８１１円】
前記（１）ア（イ）ａ（ａ）のとおり、本件Ｆ銀行利子のうち、本件譲渡建物の取得に係る部分の金額である７６５万７１６１円につき、各年の減価償却費を控除するなどして算出した本件譲渡時である平成２５年９月の時点における未償却残高である（別紙４（１）の平成２５年の未償却残高）。
ウ 措置法３７条１項適用前の譲渡費用
【８万円】
本件譲渡に係る不動産売買契約書（乙第５号証）に貼付されている収入印紙の金額である。
エ 買換資産の取得価額
【６６１８万１０６１円】
次の（ア）ないし（ウ）の金額の合計額である。
９，１８６，５００円＋５２，９１２，７０１円＋４，０８１，８６０円＝６６，１８１，０６１円
なお、Ｈ土地及びＩ土地については、買換資産とは認められない。
（ア）北九州市戸畑区●●の土地及び家屋番号●●の建物の取得価額
【９１８万６５００円】
原告が本件修正申告において申告した金額である（内訳は別紙６の「順号２」欄）。
（イ）下関市●●、●●、●●及び●●の土地及び家屋番号●●の建物の取得価額【５２９１万２７０１円】
原告が本件修正申告において申告した金額である（内訳は別紙６の「順号３」欄）。
（ウ）Ｈ土地上の家屋番号●●の建物の取得価額
【４０８万１８６０円】
原告は、本件修正申告において、買い換えた資産の土地及び建物の取得価額は１０７７万３２８０円と申告しているが、Ｈ土地は３００平方メートル以下であるため措置法３７条１項は適用できないことから（同項表９号）、買い換えた土地及び建物の取得価額１０７７万３２８０円からＨ土地の金額６４１万４５１２円及び土地の取得に要した付随費用２７万６９０８円を控除した金額である。
なお、当該土地及び当該土地上の建物の金額の合計額は６５０万円であり、契約書上は区分されていないが（乙第１８号証）、隣接するＩ土地の坪単価が２５万円であることに基づき合理的に土地と建物の金額を按分すると、Ｈ土地の金額が６４１万４５１２円、その建物本体価額は８万５４８８円となる。
その内訳については別紙６順号１の「被告主張の金額」欄のとおりである。
１０，７７３，２８０円－６，４１４，５１２円－２７６，９０８円＝４，０８１，８６０円
オ 長期譲渡所得金額
【１億１３２８万５１４３円】
本件譲渡による収入金額である前記アの金額が買換資産の取得価額である前記エの金額を超えるため、前記アの金額からエの金額の１００分の８０に相当する金額を控除した２億８２０５万５１５１円（Ｘの金額）から、イとウの金額の合計額にＸの金額がアの金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額１億６８７７万０００８円（Ｙの金額）を控除した金額である（措置法３７条１項、措置法施行令２５条５項。なお、計算式については乙第１９号証の３（２）を参照。）。
３３５，０００，０００－６６，１８１，０６１×８０％＝２８２，０５５，１５１
（ア） （エ）Ｘ
（２００，３６９，９９１＋８０，０００）×２８２，０５５，１５１／３３５，００
（イ） （ウ）Ｘ（ア）
０，０００＝１６８，７７０，００８
Ｙ
２８２，０５５，１５１－１６８，７７０，００８＝１１３，２８５，１４３ＸＹ（長期譲渡所得金額）
（３）所得控除の額の合計額
【１３９万１７４６円】
本件修正申告書第１表の「医療費控除⑪」欄の金額６１万３８５１円、「社会保険料控除⑫」欄の金額３４万７８９５円、「生命保険料控除⑭」欄の金額５万円、「基礎控除㉔」欄の金額３８万円の合計額である（乙第１号証１枚目）。
６１３，８５１＋３４７，８９５＋５０，０００＋３８０，０００＝１，３９１，７４６円
（４）課税総所得金額
【５７８万円】
前記（１）の金額から前記（３）の金額を差し引いた後の金額（ただし、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
７，１７２，５９２円－１，３９１，７４６円＝５，７８０，０００（１，０００未満切捨）
（５）課税長期譲渡所得金額
【１億１３２８万５０００円】
前記（２）オの金額（ただし、通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（６）納付すべき税額
【１８０９万３３００円】
次のア、イ及びエの金額の合計額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
７２８，５００円＋１６，９９２，７５０円＋３７２，１４６円＝１８，０９３，３００円（１００円未満切捨）
ア 課税総所得金額に係る税額
【７２万８５００円】
前記（４）の課税総所得金額５７８万円に所得税法８９条１項に規定する税率（課税総所得金額１９５万円以下の部分につき５パーセント、１９５万円を超え３３０万円以下の部分につき１０パーセント、３３０万円を超え６９５万円以下の部分につき２０パーセント）を乗じて算出した金額である。
１，９５０，０００円×５／１００＋（３，３００，０００円－１，９５０，０００円）×１０／１００
＋（５，７８０，０００円－３，３００，０００円）×２０／１００＝７２８，５００円
イ 課税長期譲渡所得金額に係る税額
【１６９９万２７５０円】
前記（５）の課税長期譲渡所得金額１億１３２８万５０００円に措置法３１条１項に規定する税率（１５パーセント）を乗じて算出した金額である。
１１３，２８５，０００×１５／１００＝１６，９９２，７５０円
ウ 住宅借入金等特別控除額
なお、原告は本件修正申告において住宅借入金等特別控除として２０万円を控除していたが、前記（１）及び（２）オの合計が１億２０４５万７７３５円となり、所得金額及び長期譲渡所得金額の合計が３０００万円を超えていることから措置法４１条１項の住宅借入金等特別控除の適用はない。
エ 復興特別所得税額
【３７万２１４６円】
前記アとイの合計額に東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法１３条の規定により算出した金額である。
（７２８，５００円＋１６，９９２，７５０円）×２．１／１００＝３７２，１４６円
２ 本件更正処分の適法性
被告が主張する原告の平成２５年分の所得税等の税額は、前記１（６）のとおり、１８０９万３３００円であり、別紙２のとおり、これを１７５４万９２００円であるとした本件更正処分は上記の範囲内でされているから、適法である。
以上
別紙２の２、４～８省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13986.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。