主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 主位的請求
処分行政庁が原告に対し平成22年12月６日付けでしたさいたま地方法務局飯能出張所平成22年11月18日受付第〈略〉号登記申請を却下する処分は無効であることを確認する。
２ 予備的請求
処分行政庁が原告に対し平成22年12月６日付けでしたさいたま地方法務局飯能出張所平成22年11月18日受付第〈略〉号登記申請を却下する処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，別紙物件目録〈略〉記載の土地（以下「本件土地」という。）について所有権持分の譲渡を受けた原告が，さいたま地方法務局飯能出張所において売買を原因とする所有権持分全部移転登記申請をしたところ，処分行政庁が，認定に係る登録免許税額の納付がないとして不動産登記法25条12号の規定に基づき上記申請を却下する処分（以下「本件処分」という。）をしたことに関し，原告は適切な登録免許税額相当額を納付しており同号所定の事由は存しないと主張して，主位的に本件処分の無効確認を求めるとともに，予備的に本件処分の取消しを求めている事案である。
１ 前提事実（当事者間に争いがない事実，各項末尾掲記の証拠又は弁論の全趣旨により容易に認めることができる事実。）
原告は，平成22年11月18日，さいたま地方法務局飯能出張所において，別紙登記申請目録〈略〉記載の内容で本件土地についての所有権持分全部移転登記申請（さいたま地方法務局飯能出張所平成22年11月18日受付第〈略〉号。以下「本件申請」という。）を行い，その申請書（以下「本件申請書」という。）に「課税価格金426,000円，登録免許税金4,200円」と記載して4200円分の収入印紙を貼付し，これを納付した。（〈証拠略〉）
処分行政庁は，登録免許税法25条及び26条の規定に基づき，本件申請書に記載された課税標準及び登録免許税の各金額を調査したところ，これらの各金額と処分行政庁の調査結果が異なっていたため，課税標準の金額の認定を行い，平成22年11月19日付けで，原告に対し，不動産登記規則190条１項の規定に基づく告知として本件申請に係る登録免許税の課税標準の金額を322万円と認定したことを告知した。（〈証拠略〉）
原告は，処分行政庁による課税標準の金額及び税額の認定処分には不服があるとして，平成22年11月25日，国税不服審判所長に対し，審査請求をした。（〈証拠略〉）
処分行政庁は，平成22年11月30日，原告に対し，本件申請に係る登録免許税の課税標準の金額は322万円であり，同年12月３日までに登録免許税額を4200円から３万2200円に補正すること（不足額を納付すること）を求める旨の通知書を送付したが，原告はこれに応じなかった。（〈証拠略〉）処分行政庁は，平成22年12月６日，登記官が認定した登録免許税額が納付されていないとして，不動産登記法25条12号の規定に基づき本件申請を却下する決定（本件処分）をした。
原告は，平成22年12月19日，本件訴えを提起した。（顕著な事実）本件土地の現況地目は公衆用道路であり，平成22年度の固定資産評価証明書及び土地評価証明書上の評価額は０円である。また，土地評価証明書の備考欄には，近傍類似価格（宅地）として１ｍ2当たり３万8900円と記載されている。（〈証拠略〉）
法務省民事局民事第二課長は，登記機関による恣意的な課税標準の金額及び登録免許税の額の認定を排除し，全国一律の基準に基づいた登録免許税の徴税をすることを目的として，平成14年12月19日付けで，法務局長及び地方法務局長に対し，「評価額のない新築建物及び公衆用道路の課税標準価額の認定基準について」（同日付け法務省民二第3173号依命通知。以下「法務省依命通知」という。）を発出し，評価額のない公衆用道路の課税標準の金額については，近傍宅地の価格の100分の30に相当する価格を認定基準とするよう通知をし，これを受けて，さいたま地方法務局長は，上記依命通知をそのままの内容で同局管内の職員に対して通達し（同月27日付け１（不登）１第1198号移達）た。更にその後，さいたま地方法務局では，同局管内における登記官の認定の統一を図るため，同局首席登記官（不動産登記担当）依命通知「不動産登記の登録免許税課税標準価額の認定基準の一部改訂について」（平成15年２月27日付け１登３第146号依命通知。以下「さいたま局依命通知」といい，法務省依命通知と併せて「本件各依命通知」という。）が発出され，評価額のない公衆用道路の課税標準の金額については，近傍宅地の価格の100分の30に相当する価格を認定基準とするよう通知がされた。（〈証拠略〉）
２ 争点及びこれに関する当事者の主張の要旨
本件の争点は，本件申請が不動産登記法25条12号所定の「登録免許税を納付しないとき」に該当するか否かである。
なお，不動産登記における登録免許税の額は，課税標準の金額に租税特別措置法72条１項１号イ所定の税率である1000分の10を乗じた金額から100円未満の端数を切り捨てた金額（国税通則法119条１項）となるが，この計算方法については当事者間に争いがない。
被告の主張の要旨
ア 不動産登記のうち所有権移転登記に係る登録免許税の課税標準は，登記の時における不動産の価額によるとされ（登録免許税法10条１項前段），この不動産の価額の算定方法は，当分の間，固定資産課税台帳（以下「課税台帳」という。）に登録された価格（以下，単に「登録価格」という。）を基礎として政令で定める価額によることができるとされている（同法附則７条）。そして，ここでいう政令で定める価額とは，登録免許税法施行令附則３項本文において，登録価格のない不動産については，当該不動産の登記の申請の日において当該不動産に類似する不動産で登録価格のあるものの次の各号に掲げる当該申請の日の区分に応じ当該各号に掲げる金額を基礎として当該登記に係る登記機関が認定した価額とすると規定されており，同項２号において，登記の申請の日がその年の４月１日から12月31日までの期間内であるものについては，その年の１月１日現在において課税台帳に登録された当該不動産の価格に100分の100を乗じて計算した金額とする旨規定されている。以上の法令の規定に加え，本件各依命通知の定めによれば，登録価格のない公衆用道路の不動産の価額は，当該不動産の近傍宅地の価格の100分の30に相当する価格となる。そして，当該不動産登記における登録免許税の課税標準の金額は，上記価格について，国税通則法118条１項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた金額となる。
イ これを本件についてみると，本件土地は，現況の地目が地方税法348条２項５号所定の公共の用に供する道路であり，固定資産税を課することができない土地であるから，登録価格のない不動産に当たる。
そして，本件土地の土地評価証明書の備考欄に記載されている近傍宅地の価格は，１ｍ2当たり３万8900円であるから，本件土地の課税標準の金額は，登録免許税法10条１項，同法附則７条及び同法施行令附則３項並びにさいたま局依命通知に基づき，上記３万8900円に100分の30を乗じた１万1670円を本件土地の１ｍ2当たりの価額として，これに本件土地の地積（516ｍ2）及び本件申請に係る所有権持分の割合（516分の276）を乗じて算出される322万0920円について，国税通則法118条１項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた金額となり，322万円となる。
したがって，この課税標準の金額を前提とすると，本件土地の登録免許税の額は３万2200円となる。
ウ 上記のとおり，本件申請に係る登録免許税の額は３万2200円であるところ，原告が納付したのは4200円とそれに満たないものであり，処分行政庁が平成22年11月30日付けで登録免許税額の不足分の納付を同年12月３日までに行うことを求める旨の通知を行ったにもかかわらず，原告は不足分を納付しなかった。したがって，不動産登記法25条12号所定の「登録免許税を納付しないとき」に当たるから，本件申請を却下した本件処分は適法である。なお，原告は，主位的に本件処分の無効確認を求めているところ，本件処分は上記のとおり適法な処分であり，その外形上，客観的に瑕疵が一見して看取し得るとは到底いえないことは明らかであるから，本件処分を無効であるとする原告の主張には何ら理由がない。
原告の主張の要旨
ア 不動産登記法25条12号所定の登録免許税とは，納税義務が成立したもの，すなわち公定力が生じているものをいうところ，不動産登記に係る登録免許税の課税標準及び税額は，国税通則法15条の規定からも明らかなとおり，登記の時に直接法令の規定によって具体的に確定するのであって，登記官の処分行為によって確定され，納税義務が生ずるものではない。このことは，東京高裁平成７年（行コ）第130号同８年４月22日判決及びこれを追認した最高裁平成８年（行ツ）第168号同10年２月24日第三小法廷判決（集民187号169頁参照）からも明らかである。
原告は登録免許税として4200円を納付しているところ，上記のとおり登記官に課税処分権がないことは明らかであり，原告には登記官が通知した登録免許税額を納付すべき義務は生じていないから，「登録免許税を納付しないとき」（不動産登記法25条12号）には当たらない。処分行政庁としては，本件申請を却下することなく，登録免許税法28条に基づいて納付不足額の通知をするべきである。
イ 仮に，登記官による課税標準の金額の認定等が処分行為に当たり，これによって，課税標準の金額が確定しているとしても，Ａ社が作成した本件土地の不動産鑑定評価書（〈証拠略〉）によれば，本件土地の鑑定評価額は１ｍ2当たり5150円であり，この5150円に100分の30を乗じた1545円を本件土地の１ｍ2当たりの価格として，これに本件土地の地積（516ｍ2）及び本件申請に係る所有権持分の割合（516分の276）を乗じて算出される42万6420円について，国税通則法118条１項の規定により1000円未満の端数を切り捨てた42万6000円が本件申請に係る課税標準の金額となる。これを前提に算出される登録免許税の額は4200円であり，原告はこれを納付しているから，「登録免許税を納付しないとき」（不動産登記法25条12号）には当たらない。
ウ 課税標準の金額の算出に係る被告の主張に対する反論
ア登記官は，固定資産税・都市計画税課税明細書の評価額が０円の場合，これを登録価格のない不動産として，土地評価証明書の備考欄に近傍宅地の価格の記入を求め，記入された近傍宅地の価格を評価額とみなして課税標準の金額を計算しているが，固定資産評価証明書（土地評価証明書）上の評価額が０円であっても当該不動産自体に価格がないとはいえないから，「課税台帳に登録された価格のない不動産」というべきではないし，固定資産評価額とは，処分の結果の数字をいうところ，土地評価証明書の備考欄に記入された近傍宅地の価格は処分の結果の数字ではないこと，上記の近傍宅地の価格は，地方税法381条所定の課税台帳登録事項に含まれていないことからすれば，この近傍宅地の価格を当該不動産の課税標準の金額の算定の基礎とすべきではない。
イ登記機関による認定行為によって，近傍宅地の価格を算定の基礎として認定した額を事実上公定力のある評価額とみなし，登録免許税の納税義務が成立すると解して納税額を告知し，納税されないと却下するとして登記機関が認定した評価額を前提とする登録免許税の納付を間接強制していることは，登録免許税法施行令附則３項が認定の基礎となる価格について「当該不動産に類似する不動産で課税台帳に登録された価格のあるもの」としているにもかかわらず，課税台帳に登録されていない価格をもって認定するもので，職権濫用（刑法193条）に当たり違法・無効である。
ウ登記機関が認定する課税標準の金額（不動産登記規則190条１項）は，公定力のある登録価格に基づくものでなければならないところ，さいたま県飯能市固定資産課長は，本件土地の土地評価証明書の備考欄に記入された近傍宅地の価格は路線価であると説明しており，公定力のある登録価格ではない。したがって，本件土地の土地評価証明書に記入された近傍宅地の価格を登録免許税法施行令附則３項に従って評価額の認定に使うことはできない。
第３ 当裁判所の判断
１ 不動産登記法25条12号について
国税通則法は，国税を納付する義務が成立し，その納付すべき税額が確定した場合には，納税義務者は国税を納付しなければならない旨規定するところ（34条以下），登録免許税は，登記，登録，特許，免許，許可，認可，認定，指定又は技能証明（以下「登記等」という。）の時に納税義務が成立し，納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定するとされる，いわゆる自動確定の租税であるから（15条２項12号，同条３項５号），登録免許税の課税標準及び税額も，登記等の時に直接法令の規定によって具体的に確定するのであって，登記官による行政処分によってそれらが確定され，納税義務が生じることになるものではない。
他方で，登録免許税法は，登記等を受ける者は，同法に別段の定めがある場合を除き，当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税を国に納付しなければならならない旨を規定し（21条，22条，23条１項），登記等の申請の際に登録免許税を納付することを求めている。そして，登記機関は，登記等をするときは，当該登記等につき課されるべき登録免許税の額の納付の事実を確認しなければならず（同法25条），登記等の申請書に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき，その他当該課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額がその調査したところと異なるときは，その調査したところにより認定した課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとされ（同法26条１項），この通知を受けた者は，当該通知に係る登記等を受けることをやめる場合を除き，遅滞なく，当該通知を受けた登録免許税の額と当該登記等の申請書に記載された登録免許税の額との差額に相当する登録免許税を国に納付し，その納付に係る領収証書を当該通知に係る登記官署等に提出しなければならないとされている（同条２項）。その上で，不動産登記法は，登記官は，登録免許税を納付しないときは，理由を付した決定で登記の申請を却下しなければならないと規定している（25条12号）。
登録免許税が登記等の時に納付すべき税額が自動確定するものである以上，登記等の申請の時点ではその具体的な額が確定しているわけではないものの，上記各規定の文言に照らせば，登録免許税法及び不動産登記法は，登記申請の際に，国税に関する法律の規定に従って算出された「当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税」（登録免許税法21条，22条，23条１項）について，その納付を求めており，納付がなければ登記申請を却下することとして，先納付義務を課したものと解するのが相当である。以上によると，登記等の申請者には，登録免許税の納税義務の成立前である当該登記等の申請の際に，国税に関する法律の規定に従って算出された当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税の先納付義務が生じていると認められる。
原告は，不動産登記法25条12号所定の登録免許税とは，納税義務が成立したものをいうところ，登録免許税の課税標準及び税額は，登記等の時に直接法令の規定によって具体的に確定するのであって，登記官の処分行為によって確定され，納税義務が生ずるものではないから，原告には登記官（処分行政庁）が通知した登録免許税額を納付すべき義務は生じていない旨主張するが（前記第２の２ア），上記のとおり，登録免許税の納税義務の成立前に国税に関する法律の規定に従って算出された登録免許税額について先納付義務が生じている以上，登録免許税の納税義務が成立しなければ同号所定の事由（登録免許税を納付しないとき）に該当しないとすることはできず，また，登記官が通知した額が「国税に関する法律の規定に従って算出された当該登記等につき課されるべき登録免許税の額」に合致するものである限り，不足額を納付しなければ，同号所定の事由に該当するものとして登記申請が却下されるものといわざるを得ないのであって，原告の上記主張は採用することができない。
また，原告は，登記機関が通知した金額よりも納付額が不足している場合には，登記機関は，納付不足額の通知（登録免許税法28条１項）をすれば足り，登記申請を却下するべきではない旨主張するが，登録免許税法28条１項の規定は，納付された登録免許税額に不足があったことを看過して登記がされた場合を前提とした規定であり，これを理由に本件申請を却下することが違法であるということもできない。
２ 本件申請において納付すべき登録免許税額について
不動産の所有権移転登記に係る登録免許税の課税標準は，当該登記の時における当該不動産等の価額（当該登記が所有権の持分の取得に係るものであるときは，当該持分の割合を乗じて計算した金額）によるものとされ（登録免許税法10条１項・２項，同法別表第１の１参照），上記の不動産の価額は，当分の間，当該登記の申請の日の属する年の１月１日現在又はその前年12月31日現在における当該不動産の登録価格を基礎として政令で定める価額によることができるとされている（登録免許税法附則７条）。そして，登録免許税法施行令附則３項は，登録免許税法附則７条で規定する政令で定める価額は，地方税法341条９号に掲げる固定資産課税台帳（課税台帳）に登録された価格（登録価格）のある不動産については，次の各号に掲げる当該不動産の登記申請の日の属する日の区分に応じ当該各号に掲げる金額に相当する価額とし，課税台帳に登録された価格のない不動産については，当該不動産の登記の申請の日において当該不動産に類似する不動産で課税台帳に登録された価格のあるものの次の各号に掲げる当該申請の日の区分に応じ当該各号に掲げる金額を基礎として当該登記に係る登記機関が認定した価額とすると規定し，同項２号で，登記の申請の日がその年の４月１日から12月31日までの期間内であるものについては，その年の１月１日現在において課税台帳に登録された当該不動産の価格に100分の100を乗じて計算した金額とすると規定する。
これは，前記１のとおり，登録免許税が登記等の時に納付すべき税額が確定するいわゆる自動確定の租税であることに鑑み，登録免許税の課税標準の金額も，登記等の時における当該不動産の価額に基づいて算出することとしたものであるが，他方で，登記等の時における不動産の客観的な価額を算出することは容易でなく，登記の都度，登記官において個々の不動産の価額を評価することは実際的でないばかりか，不動産の価額に関する評価が関係者によって多岐に分かれるおそれがあることから，課税の公平・納税者の便宜等を考慮して，登録価格のある不動産の場合には，当該不動産の登録価格を基礎として政令で定める価額によって不動産の価額とすることができることとし，仮にその登録価格が当該不動産の客観的に適正な時価と一致していなかったとしても，専らその登録価格によって登録免許税の課税標準を算出することも許されることとしたものである。そして，登録価格のない不動産についても，登録価格のある場合とない場合とで価額の不均衡が生じないよう，類似する不動産の登録価格を基礎としてその価額を認定することとして，あくまで登録価格に依拠してその価額を求めることとしたものである。前記前提事実のとおり，本件土地は，固定資産評価証明書上の評価額が０円とされており，また，その現況が地方税法348条２項５号所定の公共の用に供する道路に該当する公衆用道路であるから，固定資産税を課することができない。したがって，本件土地は，登録価格がない公衆用道路であるから，登録免許税法施行令附則３項所定の登録価格のない不動産に該当するところ，上記の各規定に照らせば，平成22年11月18日にされた本件申請に係る登録免許税の課税標準の金額は，本件土地に類似する不動産で課税台帳に登録された価格のあるもののその年の１月１日現在において課税台帳に登録された価格に100分の100を乗じて計算した金額を基礎として登記機関が認定した価額によることとなる。
原告は，固定資産評価証明書（土地評価証明書）上の評価額が０円であっても「登録価格のない不動産」とみるべきではないなどと主張するが（前記第２の２ウア），登録免許税法施行令附則３項の文言に明らかに反する独自の解釈であり，採用することができない。
アこの点，本件各依命通知は，固定資産評価額のない公衆用道路の課税標準の金額については，近傍宅地の価格の100分の30に相当する価格を認定基準とすることとしており（前提事実），被告は，処分行政庁が本件各依命通知の認定基準に従って，本件土地の土地評価証明書の備考欄に記載された近傍宅地の価格を基に本件申請に係る登録免許税の課税標準の金額を算出したところ，本件土地の課税標準の金額は322万円となる旨主張する。本件各依命通知は，上級行政機関が下級行政機関に対して不動産登記の登録免許税の課税標準である不動産の価額の認定基準について指示したものにすぎず，それ自体が直接国民に対する関係で法的拘束力を有するものではないから，処分行政庁が本件各依命通知に従って本件土地の価額を近傍宅地の価格の100分の30として算出したことが登録免許税法及び登録免許税法施行令（以下，これらを併せて「登録免許税法等」という。）の各規定に適合する合理的なものといえるかどうかについて検討する必要がある。もっとも，不動産登記に係る登録免許税の実務的取扱いにおいては，通達や通知に基づく画一的な取扱いがされており，このような取扱いは，納税者間の公平，納税者の便宜，徴税費用の節減という見地から見て合理的なものというべきであるから，本件各依命通知の定めが登録免許税法等に照らして合理性を有し，これに依拠することが著しく不合理であって登録免許税法等の趣旨・目的に反するものでない限り，登録免許税法等の適用に当たっては，本件各依命通知の定めに従った解釈，運用を行うのが相当である。したがって，以下，本件各依命通知が登録免許税法等の規定に照らして合理性を有するか否かについて検討する。
イ 前記のとおり，登録免許税法施行令附則３項が，登録価格のない不動産について，当該不動産に類似する不動産で課税台帳に登録された価格のあるものの登録価格に100分の100を乗じて計算した金額を基礎として当該不動産の価額を算出することとしたのは，登録価格のない不動産の場合についても，あくまで登録価格に依拠してその価額を求めることにより，登録価格のある場合とない場合とで価額の均衡を図ることにある。そして，このような同項の趣旨に照らすと，同項所定の「当該不動産に類似する不動産」とは，当該不動産と価額の均衡が図られる近傍類似の不動産を意味するものというべきである。この点，当該不動産の現況が地方税法348条２項５号所定の公共の用に供する道路に該当する公衆用道路である場合には，これに対して固定資産税を課することができないため，固定資産税の登録価格がなく，その類似地としての他の公衆用道路の登録価格も同様の理由から存在しないから，これを用いることは不可能であり，むしろ公衆用道路を含む私道一般が，その性質上，近隣の宅地と密接な関連を有しているものであることからすれば，登録価格のない公衆用道路の価額の認定に当たっては，類似する不動産として近傍宅地の登録価格を基礎に算定するのが最も妥当であるということができる。
もっとも，地方税法348条２項５号所定の公共の用に供する道路に該当する公衆用道路は，通常，当該道路の現況が一般的利用について何等の制約を設けず開放されている状態にあり，かつ，当該私道の他の道路への連絡状況，周囲の宅地の状況等からみて客観的に広く不特定多数の者の利用に供されるという性質を有するものであるから，通常の宅地よりも公共性が高く，取引対象となりにくい上，上記のように不特定多数の者の利用に供されているという利用形態のため用途変更についても事実上の制限が伴うから，その価額を通常の宅地と同様に評価することはできないというべきであり，その性質上，近傍宅地の価格を前提とした場合には，その価格からある程度の減価をすべきものであることが明らかである。そして，登録価格のない公衆用道路であっても，その形状や権利の態様，利用状況等の個別具体的な事情によって減価の程度も異なるのが通常といえるものの，前記のとおり，そもそも登録免許税法等が，登録免許税の課税標準の金額を各不動産の登録価格に依拠して算出しようとしたのは，登録免許税の納付の際に，登記官において個々の不動産の性質に応じてその評価額をその都度算出することが実際的でないとの考慮によるものであることからすれば，登録価格のない公衆用道路について一律の減価率を用いてその価額を算出することも合理的であるといえる。そして，土地の取引価格算出の指標の一つである国土交通省が発付する土地価格比準表（「国土利用計画法の施行に伴う土地価格の評価等について」（昭和50年50国土地第４号国土庁土地局地価調査議長通達）別添一）によれば，共用私道の私道減価率は50％から80％，準公的私道の私道減価率は80％以上とされていること，相続税及び贈与税の算出の基礎とされる財産評価基本通達においては，不特定多数の者の通行の用に供されている私道の価額は評価しないとされているが，それ以外の私道の用に供されている宅地の価額は，宅地の価額の100分の30に相当する価額によって評価するものとしていること，登録免許税法等は，課税台帳に登録された価格のない不動産（例えば公衆用道路）であっても，その登録免許税を免除する旨の規定を設けておらず，当該不動産の登録免許税の課税標準の金額を０円とすること（すなわち，減価率を100％とすること）を予定していないこと，固定資産評価基準は，登録価格のない公衆用道路と同様，売買実例が極めて少なく，他の用途への変更の可能性も低いと解される鉄軌道用地について，沿接する土地の価額の３分の１によってその価額を算出するとしていること等に照らせば，登録価格のない公衆用道路について，その減価率を70％としたことも合理性があるというべきである。
そうすると，【判示事項】本件各依命通知の定めは，登録免許税法等の規定に照らし，合理性を有するということができるから，これに基づいて算出される課税標準の金額も合理性を有するというべきである。
ウ 前提事実のとおり，本件土地の土地評価証明書の備考欄には，近傍類似価格（宅地）として１ｍ2当たり３万8900円との記載があるところ，証拠（〈証拠略〉）によれば，この土地評価証明書は，使用目的を登記用に限定して埼玉県飯能市長から発行されていることが認められ，登記の際の登録免許税算定の資料として用いられることが想定されているものといえるし，当然，前記の登録免許税法等の定めやこれに基づく運用を前提として作成されているものと考えられることに照らせば，上記の近傍類似価格（宅地）も，本件土地に類似する近傍宅地の登録価格（又は，これに基づく価格）が記載されたものと推認するのが合理的である。この点，原告は，土地評価証明書の備考欄に記入された近傍宅地の価格は登録価格ではなく，さいたま県飯能市固定資産課長の説明によれば路線価である（前記第２の２ウア，ウ）旨主張するが，上記の近傍類似価格（宅地）が路線価であることを認めるに足りる証拠はなく，その他，上記推認を覆すに足りる証拠はない以上，原告の上記主張は採用することができない。
以上によれば，本件土地の近傍宅地の登録価格（又は，これに基づく価格）は，土地評価証明書記載のとおり１ｍ2当たり３万8900円であると認められるところ，処分行政庁は，上記の３万8900円の100分の30である１万1670円に本件土地の地積である516ｍ2及び移転される所有権持分の割合である516分の276を乗じて算出した322万0920円のうち1000円未満の金額を切り捨てた金額である322万円を課税標準の金額として算出していることが認められる。これは上記アの本件各依命通知の基準に従って算出されたものであり，登録免許税法等の規定に適合した合理的なものということができる。
よって，【判示事項】本件土地の価格を322万円とした処分行政庁の認定は登録免許税法等の規定に照らし合理的なものであり，違法とはいえない。原告は，その趣旨は判然としないものの，近傍宅地の価格は，地方税法381条所定の課税台帳登録事項に含まれていないことからすれば，そもそも近傍宅地の価格を当該不動産の課税標準の金額の算定の基礎とすべきではない（前記第２の２ウア）などとして，本件土地に係る不動産鑑定評価書で評価された評価額に基づいて課税標準の金額を算出し，これに基づいて登録免許税額を算出すべき旨主張している（前記第２の２イ）。そして，原告が提出する不動産鑑定評価書（〈証拠略〉）によれば，１ｍ2当たりの価格が5150円と前記アの本件各依命通知に基づいて算出された本件土地の１ｍ2当たりの価格（１万1670円）と比較して倍近くの差額が生じていることが認められる。
しかし，前記のとおり，不動産の価額に関する評価が関係者によって多岐に分かれるおそれを防止し，登録価格のある不動産と登録価格のない不動産との間の均衡を図るという見地から，登録価格のない不動産について近傍宅地の登録価格を基礎としてその価額を算出することが不合理であるということはできないし，登録価格のある不動産については，仮にその登録価格が当該不動産の客観的に適正な時価と一致していなかったとしても，専らその登録価格によって登録免許税の課税標準を算出することも許されるものとされていること（前記参照）に照らせば，登録価格のない不動産についても，登録免許税法施行令附則３項に基づいて登記官によって認定される価額が，必ずしも当該不動産の客観的に適正な時価と一致していなくても，当該不動産に類似する不動産の登録価格を基礎として合理的に算定されたものである限り，同項に反するものではないと解するのが相当である。そして，そもそも登録免許税法施行令附則３項は，類似する不動産の要件として，その価格が登記申請に係る不動産の課税台帳登録事項に含まれていることを要求するものではなく，本件土地の近傍宅地の登録価格は，前記ウのとおり認定することができるのであるから，これを基礎として前記ウのとおり処分行政庁が認定した本件土地の価額は，本件土地に類似する不動産の登録価格を基礎として合理的に算定されたものといえる。したがって，不動産鑑定評価書の評価額に基づいて本件土地の価格を算出しなかった点をもって違法であるということはできないし，不動産鑑定評価書上の本件土地の評価額と処分行政庁による認定額に上記のような差があるとしても，そのことから処分行政庁による本件土地の価額の認定が違法であるということはできない。
原告は，登記機関による認定行為によって，近傍宅地の価格算定の基礎として認定した額を事実上公定力のある評価額とみなし，これに基づく登録免許税額が納税されないと却下するとして登記機関が認定した評価額を前提とする登録免許税の納付を間接強制していることが，職権濫用（刑法193条）に当たり違法・無効であるとも主張するが（前記第２の２ウイ），上記のとおり，近傍宅地の登録価格を基礎として処分行政庁が認定した本件土地の価額は合理的なものといえ，これに基づいて算出された納付すべき登録免許税の額は，「国税に関する法律の規定に従って算出された当該登記等につき課されるべき登録免許税の額」に当たるということができる。そして，前記１のとおり，不動産登記法が登録免許税の先納付義務を課している以上，登記機関が認定した登録免許税額を納付しないことによって登記申請が却下されることとしても，これをもって職権濫用であるとか，違法であるということはできない。
以上によれば，原告の上記主張はいずれも採用することができない。
３ 前記２ウで算出した本件土地の課税標準の金額（322万円）を前提に，本件申請に係る登録免許税の額を算出すると，課税標準額322万円に租税特別措置法72条１項１号イ所定の税率1000分の10を乗じて計算した金額３万2200円のうち100円未満の端数を国税通則法119条１項の規定により切り捨てた３万2200円が登録免許税の税額となる。そうすると，前記前提事実によれば，原告は，処分行政庁が上記３万2200円と原告が本件申請時に納付していた4200円との差額である２万8000円の納付を求める旨の通知を行ったにもかかわらず，本件申請に係る税額として4200円しか納付していなかったのであるから，処分行政庁が，登録免許税額の納付がないとして本件申請を却下した決定（本件処分）は適法である。
原告は，主位的に本件処分の無効確認を，予備的に本件処分の取消しをそれぞれ求めているが，上記のとおり，本件処分が適法である以上，本件処分に重大かつ明白な瑕疵が存するとは認められないから，本件処分が無効であるということはできず，これを取り消すべき理由がないことも明らかである。
４ 結論
以上によれば，原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法61条を適用して主文のとおり判決する。
（裁判官川神裕林史高牛尾可南）
別紙〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報59巻5号1299頁。
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