主文
１ 被告らは，原告に対し，連帯して，8105万9661円及びこれに対する平成21年３月６日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
２ 訴訟費用は被告らの負担とする。
３ この判決の第１項は仮に執行することができる。
事実及び理由
第１ 請求
主文と同じ。
第２ 事案の概要
１ 本件は，旧日本軍が中華人民共和国（以下「中国」と表記する。）内に持ち込んで遺棄した化学兵器の廃棄処理事業（以下「本件事業」という。）に関する業務を被告Ｙ1に委託していた原告が，被告Ｙ1及び同被告から委託業務の一部の再委託を受けていた被告Ｙ2の役員や従業員が，共同して，直接人件費の対象とし得ない技術者を直接人件費の対象とする直接人件費内訳表に基づく見積書を作成提出する等により，原告に高額な業務委託費を内容とする業務委託契約を締結させ，業務委託費の精算に至るまで同様の内容の業務日誌，変更見積書あるいは精算報告書を作成提出することにより，原告が概算払いした業務委託費の返還を免れ，原告に損害を与えたとして，不法行為に基づく損害賠償請求権に基づき，被告らに対し，連帯して，平成16年度から平成18年度の委託業務に関する損害額３億7969万5293円（各年度の業務委託費確定日あるいはその翌日から被告らによる一部弁済がされた日までの民法所定の年５分の割合による遅延損害金合計5130万1424円を含む。）から被告らが弁済した２億9863万5632円を控除した損害金元本8105万9661円及びこれに対する上記弁済の日の翌日から支払済みまで年５分の割合による遅延損害金の支払を求める事案である。
２ 前提となる事実（証拠を付記しない事実は，当事者間に争いがないか，弁論の全趣旨により容易に認められる。）
⑴原告は平成７年９月15日に，中国は平成９年４月25日に，それぞれ「化学兵器の開発，生産，貯蔵及び使用の禁止並びに廃棄に関する条約」を批准し，同月29日に同条約が発効したことから，同条約に基づき，原告は遺棄締約国として，旧日本軍が中国に持ち込んで遺棄した化学兵器の廃棄処理を行う義務を負った。
⑵原告は，平成11年７月30日，中国との間で，「中国における日本の遺棄化学兵器の廃棄に関する覚書」〈証拠略〉を締結し，これにより，原告は，遺棄化学兵器の廃棄のため，全ての必要な資金，技術，専門家，施設及びその他の資源を中国に提供することとなった。
⑶原告は，平成11年３月の閣議決定により，本件事業の所管を総理府とし（平成13年に内閣府に変更。以下，変更の前後を問わず「内閣府」という。），同年４月，内閣府に「遺棄化学兵器処理担当室」（以下「担当室」という。）を設置し，平成12年度から本件事業に関する予算措置を講じた。⑷平成12年度から平成15年度における本件事業
ア 担当室は，本件事業が遺棄化学兵器の調査のほか，発掘，回収及び廃棄等の実処理を行うものであり，経験や知見の蓄積のない事業であったことから，民間の事業者などに，発掘・回収事業から実処理業にいたるまでの全体の基本計画の作成，これら事業に関する施設や装置の基本設計等の総合コンサルティング業務（以下「本件コンサルティング業務」という。）を委託することとし，平成12年10月31日，公募型プロポーザル方式による競争入札手続の開始を公示した〈証拠略〉。
高度の専門的能力を必要とする科学的技術の事項に関する全般的コンサルタント業務等を目的とする株式会社である被告Ｙ2は，同年11月，上記手続に参加するため，ＡＴ社と共同事業体Ｂを結成した。Ｂにおいては，総括業務，遺棄化学兵器の発掘回収に係る業務は被告Ｙ2の担当，回収された遺棄化学兵器の処理に係る業務はＡＴ社の担当とされた。
イ 担当室は，本件コンサルティング業務については，上記公募手続により受注者として選定された業者が，次年度以降も随意契約により担当することが予定されていたこと等から，参加を表明した各業者に対し，本件コンサルティング業務を実施する上で付随的な調査，研究業務等は一部を再委託できるが，業務の主たる部分については再委託できないことを説明するとともに，本件コンサルティング業務の遂行に必要な人材を子会社などから派遣・出向させることは一定の範囲で認めることとし，公募による選定手続で提出させる「技術提案書」には，「協力事務所」として，「再委託先」と「補強先」（技術者の派遣元）を記載させ，業務に従事する技術者について，能力，経験及び勤務先等を記載した「主任技術者等経歴書」を提出させることとした。
被告Ｙ2は，本件コンサルティング業務のうち，Ｂにおいて同被告が担当する業務を行うに足りる技術者を同被告内部のみでは確保できないことから，公募に参加する段階から同業務の一部を外部に委託する予定であったが，技術提案書にその旨を記載すると，被告Ｙ2所属の技術者だけでは本件コンサルティング業務を遂行できないと評価され，受注者として選定されないおそれがあったため，技術提案書中の平成12年度及び平成13年度の要員計画表には被告Ｙ2及びＡＴ社の従業員のみが主任技術者として関与する旨を記載し，「協力事務所」としては「再委託先」のほか「補強先」として被告Ｙ2の関連会社のみを記載して提出した〈証拠略〉。
ウ 内閣府は，平成13年１月，Ｂを本件コンサルティング業務の受注者と決定し，同年２月１日，Ｂとの間で，本件コンサルティング業務の委託契約〈証拠略〉を締結した。
以後，平成13年度から平成15年度まで毎年度，内閣府は，Ｂとの間で，随意契約により，本件コンサルティング業務の委託契約〈証拠略〉を締結した（以下，各年度毎に締結された上記委託契約を「本件コンサルティング業務委託契約」と総称する。）。
なお，本件コンサルティング業務委託契約においては，①Ｂに対し，業務の全部を一括してあるいは委託仕様書において指定された部分を，第三者に委任又は請け負わせることを禁止する旨，②Ｂは，業務の一部を第三者に委任し，又は請け負わせようとするときは，あらかじめ内閣府の承認を得なければならない旨が定められていた〈証拠略〉。
⑸被告Ｙ1の設立と総合管理業務委託契約締結
ア 内閣府は，本件事業の実施のため，遺棄化学兵器の発掘回収・実処理施設の建設・運営及び管理等の実施主体について検討し，被告Ｙ2やＡＴ社と交渉していたが，被告Ｙ2の持株会社であるＡ社が100％出資して新たに管理会社を設立し，同会社に対し随意契約の方式により本件コンサルティング業務を含む総合管理業務を委託することとなった。
なお，本件コンサルティング業務については，管理会社がＢとの間で再委託契約を締結し，引き続きＢが実施することが予定されていた。
イ 平成16年３月５日，Ａ社の出資により，管理会社として，中国に存在する旧日本軍の遺棄化学兵器の廃棄処理に関するコンサルティング及び機材調達，施設建設並びに施設運営・管理等の業務などを目的とする被告Ｙ1が設立され，同日，内閣府とＡ社との間で，以下の内容を含む「管理会社の設立に関する契約」（〈証拠略〉。以下「本件基本契約」という。）が締結された。
ア 内閣府は，中国吉林省ハルバ嶺地区における本件事業を円滑・着実に完遂するため，同事業のコンサルティング業務及び調達業務（以下「本件管理業務」という。）について内閣府を専ら補佐する特定目的の株式会社の設立を依頼し，Ａ社はこれを引き受ける。
イ 内閣府とＡ社は，被告Ｙ1の設立後，直ちに内閣府と被告Ｙ1との間で次の内容を含む協定書を締結する。
① 内閣府は，協定書に基づき被告Ｙ1に委託されるべき業務の全部又は一部を被告Ｙ1以外に委託しない。
② 内閣府は，本件事業の事業主体として本件事業の実施に必要な意思決定を行い，被告Ｙ1は，その決定に基づき本件管理業務を行う。被告Ｙ1は，内閣府の意思決定の内容又は内閣府の意思決定に従い被告Ｙ1が実施した業務の内容について責任を追及されない。
③ 内閣府は，被告Ｙ1に対し，協定書に基づき年度毎に締結されるコンサルティング業務に関する個別業務委託契約書及び調達案件毎に締結される個別業務委託契約書に基づく業務の対価として，業務委託費を支払う。業務委託費は，被告Ｙ1の業務に必要な全ての実費及び利益とし，その具体的な金額，支払方法等は，上記各個別業務委託契約書に定める。
④ 被告Ｙ1は，協定書の定めるところにより内閣府の承認を得た事項については，内閣府から故意又は過失の責任を追及されない。
⑤ 被告Ｙ1は，コンサルティング業務に関する個別業務委託契約により内閣府から受託した業務の一部を第三者に再委託する必要がある場合には，あらかじめ内閣府に対し，その承認を得る。
ウ 内閣府は，上記イ⑤にかかわらず，被告Ｙ1が内閣府から受託したコンサルティング業務の一部をＢに再委託することを承認する。
ウ 内閣府と被告Ｙ1は，平成16年７月頃，同年４月１日付けで，本件基本契約に関し，「協定書」（〈証拠略〉。以下「本件協定書」という。）を締結し，これに伴い，「確認書」（〈証拠略〉。以下「本件確認書」という。）を締結した。
エ 本件基本契約の締結により，内閣府は，平成16年度から平成19年度まで，被告Ｙ1との間で，本件管理業務の委託契約（〈証拠略〉。以下，各年度毎に締結された上記委託契約を「本件管理業務委託契約」と総称する。）を締結し，被告Ｙ1は，同業務のうち，本件コンサルティング業務をＢに再委託する契約を締結した（以下，各年度毎に締結された再委託契約を「本件再委託契約」と総称する。）。
なお，本件管理業務委託契約においては，被告Ｙ1が業務の一部を第三者に再委託するときは，内閣府の承認を得る必要があり，再委託先に関する事項を内閣府に通知しなければならないとされていた。これは，被告Ｙ1の再委託先であるＢも同様であり，Ｂが被告Ｙ1に無断で業務を再々委託することは禁止されていた。そして，被告Ｙ1は，Ｂが再委託された業務について再々委託をした場合に，内閣府に対しその承認を申請し，事後的に再々委託の内容等を通知していた〈証拠略〉。
⑹本件管理業務委託契約の締結から業務委託費精算の概要
ア 被告Ｙ1は，年度毎に，本件管理業務委託契約の業務委託費決定のため，本件管理業務の見積内訳書を担当室に提出していたが，被告Ｙ1に対する業務委託費の相当部分を被告Ｙ1からＢへの再委託費が占めることから，担当室には，被告Ｙ1に対するＢの見積内訳書も提出された。
なお，内閣府においては，本件コンサルティング業務委託契約や本件管理業務委託契約の業務委託費を決定するための基準が存在しなかったことから，その見積りは，国土交通省や国際協力事業団（平成15年10月に独立行政法人国際協力機構に変更。以下，変更の前後を問わず「ＪＩＣＡ」という。）が設計業務等の業務委託費を算出する際に使用していた積算基準によっており，被告Ｙ1が内閣府に提出した見積書の項目は①直接費，②一般管理費，③消費税及び地方消費税，及び④中国側協力経費に分けられ，直接費はさらに，出張旅費，業務事務費，事務所維持費，事務所賃貸借費，諸謝金，再委託費，給与・報酬・諸手当人件費に分けられていた〈証拠略〉。
また，Ｂが被告Ｙ1に提出した見積書は，直接費と間接費に分けられ，直接費は，出張費用，翻訳・通訳費，医師派遣費，調査費及び報告書作成費を含む直接経費と直接人件費（各技術者の日額単価にマンデー〔各技術者が担当業務を完了させるために１年間に作業に専従することが必要な日数〕を乗じて算出する。）に分けられ，間接費は，本件確認書に従い，直接人件費に120％を乗じた間接経費（平成15年度までの「諸経費」に相当。）と直接人件費と間接経費の合計額に40％を乗じた技術費（直接人件費に88％を乗じた額と同額となる。平成15年度までの「技術経費」に相当。）に分けられていた〈証拠略〉。
被告Ｙ1の一般管理費には，被告Ｙ1の利益が含まれているところ，その金額は本件確認書により，再委託費に３％を乗じた額と再委託費を除く直接費の額に15％を乗じた額で算出されていたから，本件管理業務委託契約においては，被告Ｙ1からＢに対する再委託費が増加すれば，被告Ｙ1の利益も増加する関係にあった。
イ 本件管理業務委託契約には，内閣府が被告Ｙ1に対し，業務委託費の概算払い（金銭債権の履行期限の到来前に，未確定の債務金額を概算をもって支出すること。会計法22条，予算決算及び会計令58条等）をすることができる条項（32条４項）が設けられており，被告Ｙ1は，平成16年度から平成18年度まで（以下「本件各年度」という。），これに基づき内閣府から業務委託費の概算払いを受けた。
また，本件再委託契約においても，Ｂが被告Ｙ1から概算払いの支払を受けることができるとされており，Ｂは，被告Ｙ1から概算払いを受けた。
ウ 本件管理業務委託契約には，被告Ｙ1に対し，契約金額内訳書のうち精算を必要とする費目について，支出状況報告書を作成し，業務日誌等の証拠書類を添付して，翌四半期開始月の10日まで（ただし，平成18年度は，翌四半期開始月の20日まで）に内閣府に提出し確認を求めることを義務付ける規定があり（31条２項），被告Ｙ1は，内閣府に対し四半期毎の支出状況報告書を提出していた。被告Ｙ1とＢの本件再委託契約にも同様の規定があり（32条２項。〈証拠略〉），Ｂは，上記と同様に被告Ｙ1に支出状況報告書を提出していたが，被告Ｙ1のＢへの再委託費の支払内訳の適正を検討するため，Ｂ作成の支出状況報告書も内閣府に提出されていた。
エ 被告Ｙ1による業務の進捗状況等に応じ，内閣府が各年度において被告Ｙ1に委託する本件管理業務の量が変動することから，内閣府と被告Ｙ1は，各年度末に，業務委託費の額等を変更した業務委託変更契約を締結していた。また，これにより，被告Ｙ1からＢに再委託される業務や再委託費も変動することから，被告Ｙ1とＢとの間でも本件再委託契約の変更契約が締結されていた。
オ 本件管理業務委託契約には，被告Ｙ1に対し，翌会計年度の４月10日までに，担当室長を経由して，内閣府に「業務完了通知書」及び「契約金額精算報告書」（以下「精算報告書」という。）の提出を義務付ける規定があり（31条１項），被告Ｙ1は，Ｂの被告Ｙ1に対する精算報告書等とともに，これを提出していた。
本件管理業務委託契約は，精算報告書の提出があった場合には，内閣府は，速やかにこれを検査の上，契約金額の範囲内において契約金額を精算することにより支払金額を確定し，被告Ｙ1に通知すると規定していた（31条４項）。これにより，被告Ｙ1の支出金額が契約金額よりも高い場合には，原則として，契約金額が被告Ｙ1に支払われるべき業務委託費として確定し，支出金額が契約金額より低額である場合は，支出金額が被告Ｙ1に支払われるべき業務委託費として確定し，概算払いによる既払額が確定した業務委託費を上回る場合には，被告Ｙ1は差額を返納するものとされていた。⑺本件各年度における被告らの内閣府に対する被告Ｙ2の直接人件費の申告内容等
ア 被告Ｙ2では，平成16年度当時，本件事業のプロジェクトマネージャー（以下「ＰＭ」と表記する。）が実施責任を負い，所管部門である環境・エネルギー開発部が監督し，さらに所管事業部であるプロジェクトマネジメント事業部が統轄管理していたところ，Ｃは被告Ｙ2の取締役，本件事業のＰＭ兼プロジェクトマネジメント事業部部長であり，Ｄは環境・エネルギー開発部部長，ＥはＰＭ補佐であった（以下，Ｃ，Ｄ及びＥの３名を「Ｃら」という。）。
平成17年度には，環境・エネルギー開発事業部傘下のプロジェクトマネジメント部が本件事業を所管することとなり，同部の部門長となったＥがＣに代わって本件事業のＰＭに就任した。Ｄは，前年度と同様，環境・エネルギー開発事業部部長であった。Ｅ及びＤは，平成18年度においても，同様の役職にあった。
なお，Ｃは，平成17年12月に被告Ｙ2の代表取締役専務となったことにより，同被告の事業部単位では本件事業の関与部署から離れた〈証拠略〉。
イ 被告Ｙ2は，本件再委託契約に基づき再委託を受けた本件コンサルテイング業務の一部を，平成16年度においては，Ｆ社，Ｇ社，Ｈ社，及びＩ社に，平成17年度及び平成18年度においては，Ｈ社，Ｇ社及びＪ社に再々委託していた（以下，上記各社を「再々委託先業者」と総称する。）。被告Ｙ2と各再々委託先業者との間では業務委託契約が締結されていたが，その契約内容はいずれも，被告Ｙ2が一定金額の業務委託費を支払い，再々委託先業者が一定の納期までに成果品を完成させて，被告Ｙ2に納入するとの請負契約であった。
ウ 被告Ｙ2においては，平成15年度まで，本件コンサルティング契約の業務仕様書に記載された業務については，再委託している場合でも，当該業務に従事する再委託先の技術者を直接人件費内訳書に記載し，直接人件費及びそれを基礎とする間接費の対象としていたが，平成16年度の本件再委託契約の再委託費の積算にあたっても，Ｃらの了解の下，再々委託先業者の技術者を直接人件費の対象とし，直接人件費内訳書に記載した。
平成17年度及び平成18年度については，Ｅが，被告Ｙ2の従業員に対し，直接人件費の対象とする人員の案とマンデーの積み上げを指示するとともに，再々委託先業者に所属する従業員についても，平成16年度までと同様，直接人件費の対象とするように指示した。
これにより，被告Ｙ2において，平成16年度については別紙１〈略〉の，平成17年度については別紙２〈略〉の，平成18年度については別紙３〈略〉の各「所属」欄記載の再々委託先業者に関係する「氏名」欄記載の各技術者が直接人件費の対象として直接人件費内訳書に記載され，これを元に直接人件費，間接経費及び技術費を計上した見積書が，ＣやＤの承認の下，被告Ｙ1に提出された。
エ 被告Ｙ1の代表取締役であったＫは，被告Ｙ2の取締役を退任後，平成16年３月の被告Ｙ1の設立と同時に代表取締役に就任した者であり，被告Ｙ2の業務内容に精通していたところ，本件各年度のいずれにおいても，被告Ｙ2の見積書の直接人件費に再々委託先業者所属の技術者の人件費が含まれていることを認識しながら，Ｂ作成の見積書を前提とした再委託費を含む被告Ｙ1の見積書を作成し，Ｂの見積書とともに内閣府に提出した。
オ 本件各年度のいずれにおいても，被告Ｙ1が提出した見積書の額を前提として本件管理業務委託契約（ただし，平成17年度については，当初平成16年度とほぼ同内容の契約〈証拠略〉が締結されたため，１度目の業務委託変更契約〈証拠略〉が，実質的な同年度の委託契約であった。）が締結され，被告Ｙ1とＢとの間で本件再委託契約が締結された。
カ 内閣府の要請により，平成16年度においてＢの直接人件費内訳表に記載されていた技術者全員の主任技術者等経歴書が内閣府に提出されたが，被告Ｙ2は，既に主任技術者等経歴書を内閣府に提出していた技術者を除き，再々委託先業者関係の技術者の経歴書に，当該技術者の所属が被告Ｙ2であるとの虚偽の事実を記載して提出した。
キ Ｅは，本件各年度のいずれにおいても，再々委託先業者関係の技術者に関し，実働と異なる内容の業務日誌を作成し，四半期毎の支出状況報告書に添付して順次被告Ｙ1に提出した。被告Ｙ1のＫは，当該業務日誌の内容を承認して，内閣府に提出した。これらの支出状況報告書等に基づき，内閣府は，被告Ｙ1に業務委託費の概算払いを行った。
ク Ｅは，本件各年度のＢの精算報告書を提出するに当たり，ＣやＤの承認を得た上，再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象とし，これに基づく間接費を計上した精算報告書を作成して被告Ｙ1に提出した。被告Ｙ1は，Ｋの承認の下，Ｂの上記報告書に従って再委託費を計上した精算報告書を作成し，Ｂの精算報告書とともに内閣府に提出した。これにより，本件各年度について，本件管理業務に関する業務委託費の精算手続が終了し，再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象とした再委託費を含む業務委託費の額が確定した。
⑻被告ら役員等に関する刑事事件
Ｋ，Ｃ，Ｄ及びＥ（以下，この４名を「Ｋら」という。）は，平成20年６月，本件に関し詐欺罪により東京地方裁判所に起訴され（〈事件番号等略〉〈証拠略〉以下「本件刑事事件」という。），同裁判所は，平成21年３月24日，いずれに対しても執行猶予を付した有罪判決を宣告し〈証拠略〉，各判決は同年４月８日に確定した。
なお，本件刑事事件において検察官により主張された原告の被害額は，平成16年度について１億4155万9945円，平成17年度について8895万0272円，平成18年度について6812万5415円であり，これらの被害額が判決においても認定された〈証拠略〉。
⑼被告らによる一部弁済
ア 内閣府は，平成21年３月４日，被告らに対し，本件各年度の本件管理業務委託契約に関し，被告らの不法行為により被った損害について納入告知書を送付したので速やかに納付するよう求める通知書〈証拠略〉及び納入告知書３通（納付目的を平成16年度本件管理業務委託における不法行為による損害賠償金，納付期限を平成17年４月18日，遅延損害金の起算日を同月19日，延滞金の利率を年５％とする元本額１億5545万5085円のもの〈証拠略〉，納付目的を平成17年度本件管理業務委託における不法行為による損害賠償金，納付期限を平成18年４月20日，遅延損害金の起算日を同月21日，延滞金の利率を年５％とする元本額9773万2997円のもの〈証拠略〉，納付目的を平成18年度本件管理業務委託における不法行為による損害賠償金，納付期限を平成19年４月15日，遅延損害金の起算日を同月17日，延滞金の利率を年５％とする元本額7568万4031円のもの〈証拠略〉。以下「本件各納入告知書」という。）を送付した。
これに対し，被告らは，平成21年３月５日，平成16年度分について１億4155万9945円，平成17年度分について8895万0272円，平成18年度分について6812万5415円の合計２億9863万5632円を支払った（以下「本件弁済」という。）。
イ 内閣府は，本件弁済の額が本件各納入告知書記載の元本額の一部であったことから，平成21年３月27日，被告らに対し，本件各年度について，本件弁済を弁済日までの延滞金，元本の順に充当したこと，充当後の残元本額及び本件弁済の翌日からの延滞金の支払を求める督促状を送付した（〈証拠略〉。以下「本件各督促状」といい，本件各納入告知書と併せて「本件各納入告知書等」という。）が，被告らはこれを納付しなかった。
⑽被告Ｙ1は，平成22年８月26日に解散した。
原告は，会社法499条１項に基づき，債権届出の催告〈証拠略〉を受け，同年10月29日，本件各年度の損害に関し，国の債権の管理等に関する法律17条６号に基づき，被告Ｙ1に対し，本件各年度について本件各督促状に記載したと同内容の債権の届出を行った〈証拠略〉。
３ 争点
⑴被告らに対し，本件管理業務委託業務に関する民事上の責任を問うことができないか否か（争点１）
（被告らの主張）
本件事業は，国際条約に基づき，じゅん爆等の未知の危険にさらされるおそれのある国家的責任のある大規模かつ複雑困難で秘匿性の高い事業であり，かつ緊急に処理をする必要があったところ，被告Ｙ1は，原告とＡ社との間の本件基本契約１条１項に基づき，本件事業の主管となった内閣府を専ら補佐する特別目的の株式会社として設立されたものである。
また，本件基本契約においては，被告Ｙ1が原告の意思決定の内容又は原告の意思決定に従い被告Ｙ1が実施した業務の内容について何ら責任を追及されないとの規定（３条１項２号）や被告Ｙ1が本件協定書の定めるところにより内閣府の承認を得た事項については，原告から故意又は過失の責任を追及されないとの規定（３条１項５号）が設けられている。本件協定書においては，本件事業の実施に起因し又は関連し，訴訟又は訴訟外でクレーム，損害賠償請求，環境浄化，その他の行為の請求等がなされた場合には，内閣府がその解決に当たり，被告Ｙ1は必要な協力を行うとされており（４条），さらに本件確認書において，被告Ｙ1が本件協定書に従い行うべき本件事業に関する特別業者調達業務等についても，被告Ｙ1は内閣府から責任を追及されないとされている（１条４項）。
このように被告Ｙ1は，一般に原告と契約関係にある事業者が当該契約に関し不法行為責任を問われることがあり得る場合とは責任関係が著しく相違する特別な地位にあり，原告との契約内容に照らすと，被告Ｙ1は原告と対立する契約当事者というより，むしろ国家行政組織の一部に組みこまれた公務員と同視し得る立場にあり，原告の行政指導，勧告等によって是正措置が採られることは別として，本件管理業務委託契約に関し，原告からその民事上の責任を問われることがなくなったというのが相当であり，したがって，原告は，被告Ｙ1に不法行為責任を問うことはできない。
そして，被告Ｙ2は，本件基本契約３条２項に基づき原告から再委託先として承認された共同企業体であるＢの構成企業であることから，内閣府と被告Ｙ1との責任関係は，当然に原告と被告Ｙ2との間に適用され，被告Ｙ2も原告から不法行為責任を問われることはない。
（原告の主張）
国家行政組織については，内閣法，内閣府設置法及び国家行政組織法がこれを定めているところ，被告らは，上記各法の定める国家行政組織の一部ではなく，その構成員である公務員でもないことは明らかである。被告Ｙ1が内閣府を専ら補佐する特別目的の株式会社であることにより，被告Ｙ1が国家行政組織の一部に組み込まれた公務員と同視し得る立場にあることにはならない。
被告らについて民事無答責という特殊な地位が認められるためには，その法令上の根拠が必要であるが，そのような根拠は存在しない。
また，被告らの主張する本件基本契約，本件協定書及び本件確認書の内容は，被告Ｙ1の民事上の損害賠償責任を全面的に免除することを意味するものではない。このことは，本件協定書10条に本件協定書に係る訴訟の提起や調停の申立てに関する管轄裁判所の合意が設けられていることからも明らかである。
⑵Ｋらが，本件管理業務委託契約の再委託費の内容となる本件再委託契約の直接人件費において，再々委託先業者の技術者をその対象としたことが原告に対する不法行為を構成するか（争点２）
（原告の主張）
ア Ｋらは，共謀の上，本件各年度の本件管理業務委託契約に関し，同契約の業務委託費には，被告Ｙ1からＢに対する再委託費が含まれ，再委託費には，被告Ｙ2の指揮監督下で業務に従事する技術者の人件費である直接人件費並びにこれに同契約所定の率を乗じた金額の間接経費及び技術費が含まれていたところ，被告Ｙ2は再委託を受けた事業の一部を再々委託先業者に再々委託していたにもかかわらず，この事実を秘匿し，再々委託先業者の指揮監督下で再々委託業務に従事する技術者を被告Ｙ2の指揮監督下で業務に従事する技術者として直接人件費の対象とする直接人件費内訳書を含む見積書や主任技術者等経歴書を作成提出して，不当に高額な業務委託費で本件管理業務委託契約を締結させるとともに，同契約の変更契約締結に際しても，同様の直接人件費内訳書を含む変更見積書を内閣府に提出した。
さらに，Ｋらは，被告Ｙ1において内閣府から概算払いを受けていた本件各年度の業務委託費を精算するに際し，Ｂが直接人件費の対象とする再々委託先業者の技術者について虚偽の内容の業務日誌を提出する等して，不当に高額な業務委託費を記載した精算報告書を内閣府に提出した。これにより，内閣府は，被告Ｙ1の業務委託費の請求及びＢの再委託費の請求が正当なものであると誤信し，それにより被告Ｙ1は，概算払いで支払われていた業務委託費の一部について精算による返還義務を免れた。
イ 本件管理業務委託契約において業務委託費の積算に用いられていた国土交通省やＪＩＣＡにおける積算基準の分類，諸経費（間接経費）や技術経費（技術費）の意義とそれらが直接人件費に一定率を乗じて算出されることに照らすと，直接人件費は，被告Ｙ2から直接業務上の指揮監督を受けるなどして業務に従事する技術者の人件費に限られる。そして，これが内閣府及び被告らの共通した認識であったことは，Ｃらが，平成16年度の主任技術者等経歴書の提出において，被告Ｙ2に所属していない技術者について，その所属を被告Ｙ2であると記載した虚偽の書類を提出し，直接人件費の不正な計上を隠蔽しようとしたことからも明らかである。
（被告らの主張）
ア 本件管理業務委託契約に関しては国土交通省大臣官房技術調査課監修の「設計業務等標準積算基準書」等が参考とされていたところ，同基準書は，予定価格を作成するための根拠となるものであり，実際の業務の実施方法を規定するものではなく，また，受注者が１社で全ての業務を行う場合を仮定して，直接人件費を積算金額の一部として計上することとされていた。そのため，同基準書には「外注費」の費目はなかったが，国土交通省が調査設計業務に係る各種経費の実態を調査し，積算基準検討の基礎資料とするために行ったモニタリング調査において，外部機関への外注費は委託費として記入するよう指示されていた。これは同基準書において下請業者への外注を容認するとともに，その場合にも直接人件費として計上することが可能であることを示すものである。
そもそも，同基準書は直接人件費を「業務処理に従事する技術者の人件費」と規定するのみであり，「受注者であるコンサルタント等から直接業務遂行上の指揮命令・監督指示を受ける立場の技術者の人件費」に限るとはしていない。したがって，本件管理業務委託契約及び本件再委託契約において再々委託先業者の技術者を直接人件費の対象として積算を行ったことは何ら違法なものではない。
イ 日本のコンサルタント業務は請負であり，コンサルタント会社が直接人件費を計上して業務委託契約が締結された場合でも，その一部を外注することが実態であり許容されていた。また，建設コンサルタント業者があらゆる業務に対応可能な技術者を予め雇用することは不可能であり，被告Ｙ2も本件コンサルティング業務に同被告の雇用していない技術者を関与させる予定であったが，特殊で大規模な本件事業を遂行し，被告Ｙ2の人的規模や専門分野を知悉していた内閣府おいてもこれを認識しており，上記技術者の関与を概括的に承認していたものである。このことは，平成13年度から平成15年度の本件コンサルティング業務委託契約に関し，被告Ｙ2が提出した再々委託先業者を所属先として明示した主任技術者等経歴書を内閣府が問題なく受領していることからも明らかである。
ウ 被告Ｙ2は，元請業者として全体的な計画の策定を行い，同被告が瑕疵担保責任や工期について責任を負うことを前提とした上で，付随する業務の一部を再々委託先業者に下請に出したに過ぎず，工程管理・品質管理・コスト管理のマネージメントを行い，下請業者の業務について保険を付するなどして間接費を支出していたのであるから，再々委託先業者の技術者は，実質的には被告Ｙ2の指揮監督の下で業務に従事していたと同視し得る状況にあった。
また，平成16年頃行われたＢによる三次元大気拡散数値解析業務や平成17年頃行われた林野弘済会の調査業務といった直接経費（調査費）で処理されるのが相当な業務について，担当室の指示了解の下，直接人件費で処理がされたことがあり，Ｋらは，内閣府が必ずしも直接人件費と調査費を厳密に区別しているわけではなく，事案に応じて対応していると認識していた。上記のような事情に照らすと，Ｋらには，不法行為の成立に必要な故意あるいは過失はない。
⑶原告の損害額（争点３）
（原告の主張）
ア 被告Ｙ2が，本件再委託契約において，直接人件費の対象とならない技術者を直接人件費の対象としたことにより，①当該直接人件費，それに120％を乗じる間接経費，88％を乗じる技術費，及びこれらに対する消費税相当額，並びに②被告Ｙ1のＢに対する業務委託費（消費税相当額を除く）の３％相当額である被告Ｙ1の一般管理費のうち①に対応する部分及びそれに対する消費税相当額は，いずれも不正にＢの再委託費及びこれを含む被告Ｙ1の業務委託費とされたことになる。
もっとも，被告Ｙ2が再々委託先業者に支払った再々委託費は，再々委託について承認を受け直接経費として計上すれば，被告Ｙ1，ひいては内閣府に請求し得るものであったから，上記①からＢが再々委託先業者に支払った再々委託費を控除し，上記②の額の損害についても，これを控除した額を原告の損害とする。
イ 以上により算出される原告の損害額は，平成16年度に関し，別紙１〈略〉の「損害元本額」欄記載のとおり合計１億5522万9023円（これに対する同年度の業務委託金確定日である平成17年４月19日から本件弁済がされた平成21年３月５日までの年５分の割合による遅延損害金は3013万1441円），平成17年度に関し，別紙２〈略〉の「損害元本額」欄記載のとおり合計9759万0874円（これに対する同年度の業務委託金確定日である平成18年４月21日から平成21年３月５日までの年５分の割合による遅延損害金は1403万7043円），平成18年度につき，別紙３〈略〉の「損害元本額」欄記載のとおり合計7557万3972円（これに対する同年度の業務委託金確定日の翌日である平成19年４月17日から平成21年３月５日までの年５分の割合による遅延損害金は713万2940円）である。
ウ 本件管理業務委託契約に基づく業務委託費は，被告らが本来直接人件費の対象とならない技術者をその対象として提出した見積書や契約金額精算書に基づいて確定されているところ，このような規定の方法と異なる算定方法により，規定の方法より高額な業務委託費を取得することは，業務の遂行による成果の有無にかかわらず不法な利益の取得であり，原告に損害を生じさせたことになる。
エ 消費税相当額の請求について
Ｋらの不法行為がなければ，原告は被告Ｙ1に対し，本件刑事事件において被害額とされた額に対する消費税相当額を支払うことはなかったのであるから，被告らが消費税を納税していたとしても，上記消費税相当額は上記不法行為による損害に該当する。その賠償を求めることは，損害賠償金に対し消費税を課すこととは異なり，消費税法の原則に反することはない。
オ 本件弁済の充当について
本件弁済に関し，原告と被告らとの間には，充当に関する合意は成立しておらず，国の債権の管理等に関する法律における弁済充当の順序にも適用の
マ マママ
ある民法491により，本件弁済に係る金員は当該弁済の時点ので発生していた遅延損害金，損害金元本の順に充当された。
（被告らの主張）
ア 本件管理業務委託契約は，業務委託金額の上限が定められ，契約金額の範囲内において後日精算を行うと定められていたところ，変更契約を締結して精算を行う段階では，精算の対象となる業務仕様書の項目毎に成果品の検収が行われたが，個々の技術者の稼働実績等を確認する作業は行われず，成果品が提出された項目について当初定められたマンデー分の業務委託費が支払われ，成果品のない項目については業務量の多寡にかかわらず報酬は支払われなかった。このような業務成果検収型の精算が行われていたことからすると，本件管理業務委託契約は総価請負型ないし業務成果検収型契約である。そして，当初見積もられた業務委託費は，所定の成果品を提出して検収を受ければ当然支払を受けられるものであったところ，被告らは同契約に基づく所要の成果を上げたのであるから，再々委託先業者の技術者を直接人件費の対象とする計算による業務委託費を受領したことは不法な利益を得たことにはならず，原告に損害はない。
なお，本件基本契約31条の契約金額の精算とは，契約期間中に一部の計画変更等があり，業務委託費が変更された場合や当初計画されていた出張が取りやめになるなどの事情があった場合に関するものであり，受託者側の稼働人員数や実働時間等により契約内容や契約金が変動することを意味するものではない。
イ 消費税相当額が損害とならないこと
被告らが受領した業務委託費あるいは再委託費に対する消費税相当額は，消費税法に従って納税する目的で受領したものであり，被告らに帰属させる目的で受領したものではないから，当該受領が不法行為となることはない。そして，被告らは，受領した消費税相当額を，各年度の精算手続後，消費税法に従って納税しており，不法に領得した等の事情はないから，当該金員は国庫に帰属しており，これについて原告に損害はない。
なお，原告の主張する消費税相当額は，不法行為損害賠償金額の一部であり，消費税そのものではないが，本件においてこれを損害賠償の一部として請求することは，損害賠償金に対する消費税法基本通達（国税庁庁官平成８年４月１日制定）５─２─５の趣旨に照らし許されない。
ウ 弁済充当合意の存在
本件弁済は，内閣府から被害額の回収交渉の委任を受けていた代理人弁護士から本件刑事事件の起訴対象金額の返納を求められ，遅延損害金や消費税相当額については別途協議するものとして，起訴対象金額の全額を弁済したものである。この際の折衝により，内閣府から被告らに送付されていた損害金についての納入通知書記載の金額を下回る金額での弁済がされたことからすると，当事者の合理的意思解釈として，原告と被告らとの間には，本件弁済にかかる金員を原告の被害金額の元本に充当する黙示の合意が成立していた。同合意に基づき本件弁済金が充当されると，損害金元本は消滅するから，本件弁済以後は遅延損害金が発生することはない。
⑷原告による本訴請求が信義則に反し，あるいは権利濫用に該当するか（争点４）
（被告らの主張）
ア 被告らが内閣府の意思決定に従い実施した業務は，本件事業の円滑な実施のために必要な技術的コンサルティング等であるところ，被告らはこの点において所要の成果を上げている上，原告と被告Ｙ1との関係は，契約内容の全般にわたり，詳細な約定規定を置いており，両者の契約上の紛争はこれらの約定規定の中で解決されるべきものであり，原告が，被告らとの紛争解決手段として通常の紛争解決のための中間過程の全てを省略，無視して，不法行為による損害賠償訴訟のみを選択して訴訟提起する実質的合理性は見当たらない。業務委託費の精算処理に関する事務処理等の問題は，原告の是正措置に委ねられるべき事柄であり，被告らとしても妥当な措置を受け入れるべき用意があった。
原告は，直接人件費の積算段階における取扱いを長年にわたり認識しながら，格別の検証を行うことなく，被告らに一任していたのであり，この間，原告が的確な行政指導，勧告，ないしは契約当事者としての指導，助言等を行うことはなかった。このように自らの行政責任あるいは契約当事者としての責任を回避したまま，恣意的な検察権の行使による本件刑事事件の有罪判決確定を待って，これのみに依拠し，被告らに対し本件刑事事件の被害額を超え，消費税相当額をも加算して損害賠償を求めることは，信義則に反し，権利の濫用に該当する。
イ 被告らは，被告Ｙ1の解散前に，担当室との間で裁判外において協議による解決をしたい旨，担当室の代理人である弁護士を通じ再三の提案をしたにもかかわらず，一切無視され，担当室からは何ら対応策を示されることのないまま１年以上が経過した。その後，本件訴訟を提起して遅延損害金まで請求することは，信義則に反する。
さらに，本件管理業務委託契約は，総価請負型ないしは業務成果検収型契約であるところ，被告Ｙ2は，本件各年度について，少なくとも合計6725マンデーの超過業務量の負担を余儀なくされており，億単位の実質的損失を被っている。原告がこの点を考慮せず，被告らとの間で何ら協議を行うことなく，本件の請求を行うことは，信義則に反し権利の濫用に該当する。
ウ 本件訴訟提起前，内閣府から原告の損害額の回収等の依頼を受けた代理人弁護士は，不法行為に基づく損害賠償請求の立証責任が原告にあるにもかかわらず，被告らに資料の提出を求め，本件刑事事件の提訴により優位な立場にあることを利用して原告に有利な証拠を収集しようとしたり，被告Ｙ1の代表者に対し，全年度の返還を求められることを告げ，Ｋらの訴追により被告らが弱い立場にあるのに乗じて，権威的かつ性急に原告の請求を認めようとする発言をしたり，何ら協議することなく，一方的に原告に有利な内容の合意書案を送付し，被告らがこれに応じない旨の回答をすると，本件刑事事件の再開を求めＫらについて厳罰を求める旨の発言をしたものであり，対等な契約当事者としての行動をとらなかった。
エ 以上の事情に照らせば，原告による本件訴訟の提起は，信義則に反し，権利の濫用に該当するから，不適法として却下されるべきであり，仮に却下されなくとも，権利行使が許されないものとして棄却されるべきである。
（原告の主張）
ア 担当室においては，平成14年度にＢから提出された主任技術者等経歴書にＧ社の代表取締役らが直接人件費の対象者となる技術者として記載されていたことから，これをＣに質すなどの対応を行っており，これに対し，Ｃが，当該技術者らはＢの業務を実施する期間は，被告Ｙ2の指揮監督下で業務に専従する旨の虚偽の事実を述べ，本件各年度については，被告Ｙ2に所属していない技術者を被告Ｙ2の所属と偽った主任技術者等経歴書を提出することにより，本来，直接人件費の対象とならない技術者を対象としていることの発覚を免れていたものである。
イ 提訴前に被告らからの協議の提案に応じるか否か，提訴するか否かは原告が判断すべき事項であり，提訴前の原告の対応を根拠に，本件訴えの提起が信義則違反又は権利濫用に該当するとの被告らの主張は失当である。⑸過失相殺（争点５）
（被告らの主張）
本件コンサルティング業務委託契約及び本件管理業務委託契約における直接人件費の取扱いは，業務の特殊性に鑑み，被告らの独断による処理ではなく，内閣府の指導監督の下に遂行されてきた。その間，原告には，行政指導，勧告，あるいは契約当事者としての指導，助言等に不十分，不徹底な点があり，これにより損害が発生又は拡大したのであるから，公平の原則に照らし過失相殺されるべきである。
（原告の主張）
被告らは故意により不法行為を行っており，種々の手段を労して不法行為の発覚を免れようとしていたのであるから，本件において過失相殺は許されない。
仮に過失相殺に関する規定の適用の余地があるとしても，被告らの帰責性の大きさに対し，原告において被告らの提出した主任技術者等経歴書等の記載の正確性について調査等を行うべき注意義務があったとはいえないことからすれば，原告には民法722条２項の過失があったとはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（被告らの民事無答責の有無）について
被告らは，①被告Ｙ1の設立目的，②本件基本契約に被告Ｙ1の責任を追及しない旨の規定があること，③本件協定書において，被告Ｙ1が本件管理委託契約に基づく調達業務を実施するに当たっては，会計法等に基づく原告の契約手続に準じて行うとされていること（１条８項），本件事業の実施に起因し又は関連して訴訟又は訴訟外でクレーム，損害賠償請求，環境浄化，その他の行為の請求等がなされ，又は刑事責任等の追及がされた場合には，原告がその解決にあたり，被告Ｙ1は必要な協力を行うとされていること（４条），本件協定によって生じた権利義務の全部又は一部を相手方の承認なしに第三者に譲渡又は継承させてはならないとされていること（６条），本件協定の解除を限定する規定が設けられていること（８条），④本件確認書において，被告Ｙ1は本件事業の実施に必要な発掘回収用及び実処理用の施設の建設等を請け負う業者及び当該施設の運営業務を受託する業者の調達に関し，入札等により選定された個別の業者との間に，原告の委託を受けた補助者として契約を締結するとされており，入札等が不成立の場合に原告は被告Ｙ1に対し，入札等対象の業務の実施責任を要求しないとされていること（１条２項），原告は，上記個別の業者に対し，被告Ｙ1の契約の履行を連帯して保証する旨の保証状を発行するとされていること（１条３項），被告Ｙ1は，上記個別の業者が遂行すべき業務等について，同業者が履行しなかった業務等について責任を負わないとされていること（１条４項），施設の建設や運営に関し上記個別の業者に課される瑕疵担保責任，機械的保証，プロセス性能保証，納期保証，履行保証を含む一切の契約上の責務は，被告Ｙ1の責任の範囲には含まれないとされていること（１条５項），日本及び中国において被告Ｙ1に科せられる全ての公租公課が被告Ｙ1の業務に必要な実費として原告から被告Ｙ1に支払われるとされていたこと（２条），原告は被告Ｙ1による本件管理業務の遂行が円滑かつ効率的に行われるよう，原告の組織・職務・権限・人事等の主要な変更，本件事業の全体工程，全体予算等本件事業の基本条件に係わる原告の方針，制度等の変更について，被告Ｙ1に対し文書により通知するとされていたこと（６条２項），原告及び被告Ｙ1が単独又は連帯して，法律上，第三者に対する損害賠償義務を負うことになった場合，原告は，過失の有無・割合にかかわらず，第一次的に損害賠償額全額について，当該第三者に対し支払うとされていたこと（８条１項）を根拠として，被告Ｙ1は原告の内部又は下部機関類似の特殊な地位にあり，本件事業に関する受託業務については民事上の責任を問われないことになっていたと主張する。
なるほど，被告Ｙ1が専ら内閣府の補佐を目的として設立された株式会社であり，本件基本契約に，一定の場合において，被告Ｙ1の責任を問わない旨の規定があることは当事者間に争いがない（上記前提となる事実⑸イイ）。また，〈証拠略〉によると，本件協定書及び本件確認書には，被告らが主張する各規定が設けられていることが認められる。
しかしながら，［判示事項］被告Ｙ1の設立目的は，それだけで被告Ｙ1が原告との関係で民事上の責任を負わないとの効果まで生じさせるものではないし，本件基本契約は，被告Ｙ1が内閣府の意思決定に従い実施した業務の内容や内閣府の承認を得た事項について責任を追及されないとするのみであって，被告Ｙ1が内閣府に対し事実を秘匿したり，虚偽内容の書類を提出する等，本件で原告が主張するような不法行為を行った場合の民事上の責任を免れさせると規定するものではない。
また，本件協定書及び本件確認書の上記各規定は，中国における遺棄化学兵器の回収廃棄のための総合管理業務という被告Ｙ1の受託する業務の特殊性から，被告Ｙ1の責任の範囲を明確にするとともに，本件事業の円滑な遂行のために中国所在の企業や個人を含め第三者への対処方法等を定めたものと解されるが，これらにより，民間企業であり原告との間の本件管理業務委託契約の当事者である被告Ｙ1が，原告の内部又は下部機関類似の特殊な地位に位置づけられたとまでは認めることができない。
そして〈証拠略〉によると，本件管理業務委託契約は，天災等の不可抗力により生じた履行の遅延又は不履行は，その程度において，同契約上の義務の不履行又は契約違反とみなさない旨の規定（28条２項），被告Ｙ1の責めに帰すべき事由により履行期限内に業務を完了することができない場合においては，内閣府は被告Ｙ1に対し損害金の支払を請求しうる旨の規定（35条１項），被告Ｙ1の契約違反により本件管理業務委託契約の目的を達成することができないと認められる場合には，内閣府は同契約を解除することができ，この場合，被告Ｙ1は業務委託費の10分の１に相当する違約金を支払う必要がある旨の規定（36条）を置いているところ，これらの規定によれば，被告Ｙ1が本件管理業務に関し，契約当事者である原告に対し，民事上の責任を負うとされていることは明らかである。
また，本件協定書及び本件管理業務委託契約は，いずれも同協定書あるいは同契約に関する訴訟の提起又は調停の申立てについて，日本国の裁判所を専属管轄裁判所とする合意を定めているところ（本件協定書10条，本件管理業務委託契約１条８項），同合意管轄が適用される本件協定あるいは本件管理業務委託契約に関する訴訟等の当事者は原告及び被告Ｙ1であり，両者間の民事紛争の存在が予定されていると解されるところ，当該紛争から，一方当事者の他方に対する不法行為に基づく損害賠償請求が排除されると解すべき事情は本件全証拠をもっても認められない。
以上によれば，被告Ｙ1が本件管理業務に関し，民事上の責任を問われないとの被告らの主張は理由がなく，これを前提とする被告Ｙ2に関する主張も理由がない。
２ 争点２（Ｋらの不法行為の成否）について
⑴平成16年度の本件再委託契約に関し別紙１〈略〉記載の，平成17年度の本件再委託契約に関し別紙２〈略〉記載の，平成18年度の本件再委託契約に関し別紙３〈略〉記載の，再々委託先業者に関連する技術者が，Ｃらにより直接人件費の対象とされ，それに伴う間接費を含めた再委託費の見積書が作成提出されたこと，Ｋは被告Ｙ1の代表取締役として，Ｂの同見積書を前提とする被告Ｙ1の見積書を作成し内閣府に提出したこと，本件各年度の本件管理業務委託契約の変更見積書や精算報告書においても同様の記載がされ，再々委託先業者に関連する技術者の直接人件費及び間接経費並びにそれに関する消費税相当額を含む金額が再委託費に含まれるとして各年度の業務委託費の精算金額が確定されたことは当事者間に争いがない。
このように，Ｃらが，再々委託先業者に関連する技術者を本件再委託契約における直接人件費の対象とし，それに基づくＢの見積書及び変更見積書，精算報告書等の作成提出を行い，Ｋにおいてこれらを認識しながら，これらに基づいた被告Ｙ1の見積書，変更見積書，精算報告書の作成提出等を行ったことが，原告に対する不法行為を構成するか否かが問題となる。⑵〈証拠略〉に，上記前提となる事実を加えると，以下の事実が認められる。
ア 本件コンサルティング業務委託契約，本件管理業務委託契約及び本件再委託契約（以下「本件各委託契約」という。）の業務委託費の積算基準
ア 本件各委託契約の業務委託費算定は，国土交通省やＪＩＣＡの発注にかかる設計業務の積算基準を参考として行われたところ，国土交通省大臣官房技術調査課が監修する「設計業務等標準積算基準書・設計業務等標準積算基準書（参考資料）」（〈証拠略〉。以下「国交省基準」という。）は，業務委託料が「業務価格」と「消費税相当額」から構成されるとし，業務価格は，①業務処理に従事する技術者の人件費である「直接人件費」及び事務用品費，旅費交通費等の「直接経費」から構成される「直接業務費」，②建設コンサルタント等における平素からの技術能力の高度化に要する経費等で技術研究費及び専門技術料からなる「技術経費」並びに業務処理に必要な経費のうち直接経費以外のもので，当該業務担当部署の事務職員の人件費及び福利厚生費，水道光熱費等の経費及び専門業に外注する場合に必要となる経費等を含む「業務管理費」から構成される「間接業務費」，③建設コンサルタント等の当該業務担当部署以外の経費である「一般管理費」と，建設コンサルタント等を継続的に運営するのに要する費用である「付加利益」（法人税，内部保留金等を含む。）から構成される「一般管理費等」からなるとしている。
上記のうち，業務管理費及び一般管理費等を併せて「諸経費」とし，その額は直接人件費に一定率を乗じて算出するものとし，技術経費は，直接人件費に諸経費を加えたものに技術経費率を乗じて算出するとしている。直接人件費には，対象とする技術者の基本給相当額，諸手当，賞与相当額のほか，退職積立金，健康保険等の事業主負担額が含まれる。
なお，国交省基準は，国土交通省が発注する設計業務，調査，計画業務等の予定価格を積算するために作成されたものであり，受注者が全ての業務を１社で行う場合を想定して直接人件費を計上することとしているため，予定価格の積算の段階では，直接人件費の対象は受注者の従業員と想定されていることになるが，当該想定自体が，実際の業務の実施方法を規定するものとはされていない。
イ ＪＩＣＡの発注業務の予定価格の積算基準を定める「コンサルタント契約等によって実施する業務に係る価格の積算基準について」（平成19年10月31日ＪＩＣＡ（ＰＲ）第10-31013号）と題する通知は，開発調査プロジェクト経費に基づく調査業務（測量作業及び地質・土質調査業務に係るものを除く。）の価格の積算基準（以下「ＪＩＣＡ基準」という。）を定めているところ，同基準は「直接費」を構成する「直接経費」には国内再委託費，ローカルコンサルタント委託経費，ローカルＮＧＯ委託経費が含まれるとし，「現地又は国内において当該業務に従事する技術者の人件費」である「直接人件費」（業務従事者の格付けに応じ，原則として基準月額を上限として算定される。）はこれと別の直接費の費目としている。これに対し国内再委託費は「本邦業者により契約により実施させる各種調査等の経費」とされ，直接経費のうちの一般業務費に含まれるとされている。
ＪＩＣＡ基準における「間接費」は「業務管理費」及び「一般管理費等」を含む「諸経費」及び「技術経費」からなるところ，諸経費は直接人件費に諸経費率を乗じることで算出され，技術経費は直接人件費と諸経費の合計額に技術経費率を乗じて算出するとされている。業務管理費及び一般管理費の内容は，国交省基準と同様である。
ウ 以上のように，国交省基準及びＪＩＣＡ基準のいずれにおいても，業務管理費や一般管理費，技術経費が業務委託費の一部とされているのは，コンサルティング等の業務の遂行には，当該業務に直接従事する技術者のみでなく，技術者をサポートする担当部署の職員や事務職員の人件費等の経費，あるいは組織全体をマネージメントする役員や地代家賃など受注業者自体を維持するための経費が必要であり，また，受注業者がその雇用する技術者の技術能力を維持向上させるために研修や教育を行う必要があるからである。しかし，これらを正確に計算することは困難であるため，発注される業務を行う技術者の人数が増加すれば，そのサポートや管理のための業務量，研修や教育の費用が増加するとの経験則から，直接人件費に一定の割合を乗じて算出することとされているものである。
イ 平成12年度から平成15年度の本件コンサルティング業務委託契約関係
ア 内閣府は，本件コンサルティング業務を委託する業者を選定するための公募手続に関し，平成12年11月７日に開催した説明会において，技術提案書の記載要領を説明するとともに，公募による選定後，随意契約を締結して委託することから，本件コンサルティング業務を外部に再委託して，いわゆる丸投げすることは随意契約の趣旨に反することから，同業務の主たる部分については再委託の対象としないことを説明した。
もっとも，大規模で複雑なコンサルティング業務を自社の社員のみを使って実施できるコンサルタント業者は限られており，常時あらゆる分野の技術者を確保しておくことは業者にとって負担であることから，業務の遂行のために共同企業体を結成することや，受注者の従業員以外の技術者を受注業務の遂行のために自社外から確保すること，いわゆる「補強」は認められていた。
イ 被告Ｙ2はＡＴ社と共同企業体であるＢを構成した上，本件コンサルティング業務の実施計画や業務内容等を記載した技術提案書を内閣府に提出した。技術提案書には，「協力事務所」について，再委託を予定していた外国企業等を「再委託先」として，被告Ｙ2の関連会社を「補強先」として記載したが，自社の技術者以外の技術者を多く記載すると受注できない可能性があると考えたため，再々委託先業者は補強先として記載しなかった。また，平成12年度及び平成13年度の要員計画においても，この当時から被告Ｙ2の技術者のみで担当業務を行える可能性がなかったにもかかわらず，同被告の技術者のみが従事する内容の計画を作成提出した。
ウ Ｂが本件コンサルティング業務を受注することが決定した後の平成13年２月27日，直接人件費内訳表等について，担当室からＢに対し作成指示と説明が行われたが，被告Ｙ2においてこれに関与していたＬは，直接人件費内訳表に記載する技術者に関し「事ム所にじょうちゅうする担当者の名前」とメモした〈証拠略〉。
エ Ｆ社に対する再委託
被告Ｙ2は，平成12年度及び平成13年度の本件コンサルティング業務委託契約の締結に向けて，予定される業務を担当する主任技術者を確保する必要があったが，内閣府から素案を示された業務仕様書記載の業務のうち，発掘回収グループの機械技術者として，砲弾搬送システムの計画，設計等の業務を担当する技術者を同被告の社員，嘱託社員や派遣技術者から探すことができなかった。平成12年度からＢの管理技術者として本件事業に関与していたＣは，かつて行った業務を通じて面識を有していたＭに対し，平成13年３月頃，砲弾搬送システムの計画，設計等の請負を依頼し，Ｍはこれを了承した。なお，被告Ｙ2では，ＭがＦ社の代表取締役を務めており，本件コンサルティング業務に専従することは困難であり，Ｂの事務所で仕事をすることもないと認識していたが，平成13年度から直接人件費内訳表にＭを機械技術者として記載した。
平成13年６月頃，Ｍを直接人件費の対象とする内容で本件コンサルティング業務委託契約が締結され，それと前後して，被告Ｙ2とＦ社は，砲弾搬送システムの計画設計等の業務について請負契約を締結した。また，この頃，Ｃは，Ｍのように下請の形態で関与する技術者についても本件コンサルティング業務委託契約に関する直接人件費内訳表に記載するとの方針をＥらに説明した。
Ｆ社に対する被告Ｙ2からの発注は当初から複数年にわたることが想定されており，平成16年度まで継続した。Ｍは，Ｆ社で請け負った上記業務を，Ｆ社の他の業務と並行し，自由に執務時間を定めて行うとともに，Ｂにおいて打合せを行うなどした。もっとも，搬送系システムの専門家はＭのみであったため，Ｍが業務を行うにあたり，Ｂから指示を受けることはなかった。
なお，被告らから内閣府に対し，Ｆ社に対する業務委託について事前に了承が求められることはなく，事後に通知されたこともなかった。
オ Ｇ社及びＨ社に対する再委託
平成13年度途中である平成14年２月頃，本件コンサルティング業務として，同年度の業務で予定されていなかった新たな構造設計や電気設備関係の業務が必要となった。このような場合，Ｂから内閣府に申請を行い，直接人件費の対象となる技術者を追加して，業務委託費が変更されることになっていたが，年度末が差し迫っていたこと等から，Ｃらは直接人件費内訳表への技術者の追加を行わず，内閣府に連絡することなく，平成13年度の業務として必要となり，次年度以降も遂行することになる業務のうち，化学砲弾等の発掘地域における発掘棟，回収棟及び一時保管庫棟の建物を耐爆性を勘案して設計する業務をＧ社に，カスケードシステム（気圧差を調整することにより化学兵器によって汚染された空気を合目的的に誘導することを図るなどした空調設備）の設計をＨ社にそれぞれ下請に出し，平成14年度以降に両社の技術者を直接人件費の対象とすることにより上記各下請の代金を支払うこととした。
これにより直接人件費の対象とされることとなったＧ社のＮは取締役として同社を経営しており，Ｈ社のＯはかねてから被告Ｙ2の下請業務を行っていた同社の代表取締役であったことから，Ｃらは，Ｎ及びＯが上記各業務に専従するのではなく，Ｂの事務所に常駐しないことを認識していた。Ｎ及びＯは，平成14年２月ころから上記各業務に従事するようになり，Ｃらは，両名を平成14年度の本件コンサルティング業務委託契約の業務委託費算定のための直接人件費内訳表に記載した。なお，平成15年度からは，発掘回収装置の空調関係等の設計業務が増加することを理由として，Ｈ社の下請先であるＰほか３名も直接人件費内訳表に技術者として記載されたが，Ｈ社の下請先として技術者を確保するよう依頼し，下請先に依頼する業務も含めＨ社に対する請負契約とすることを申し入れたのは被告Ｙ2であった。なお，被告らから内閣府に対し，上記両社に対する業務委託について事前に了承が求められることはなく，事後に通知されたこともなかった。
カ Ｉ社及びＪ社に対する再委託
Ｉ社は，広島市に事務所を置く会社であり，Ｑは同社の従業員として広島で勤務していたが，Ｌがかねてから面識を有しており，平成14年７月頃，化学砲弾等の自動発掘回収装置の見積り等を行う専門知識を有するので下請として使いたい旨をＬがＣに申し入れた。これを契機に，被告Ｙ2は，Ｉ社に対し，化学砲弾等の自動発掘回収装置の見積もり等の業務を発注した。また，本件コンサルティング業務には要員宿舎の設計等が含まれており，Ｎだけでは構造設計技術者が不足することが想定されていたことに加え，平成14年10月頃，年度当初の予定になかった構造設計業務が入ったことから，被告Ｙ2は，かねてから同社の下請業務を行っていたＪ社のＲに対し，当該業務を下請として発注した。
被告Ｙ2は，上記各下請の発注について内閣府に連絡せず，平成14年度の下請代金については，本件コンサルティング業務委託契約の業務委託費とは無関係に被告Ｙ2が負担した。そして，上記下請業務は平成15年度にも継続予定であったため，平成15年度からは，両社への下請発注を継続しながら，ＱやＲを直接人件費内訳表に記載した。
Ｑは広島市において就業するＩ社の従業員であり，ＲはＪ社の代表者であったことから，Ｃらは，Ｑ及びＲが下請業務に専従するのではなく，Ｂの事務所に常駐しないことを認識していた。
キ 被告Ｙ2は，上記エからカで再委託した業者の技術者で直接人件費内訳表に記載して直接人件費の対象とした技術者について，職歴や手持業務量の記載を含む主任技術者等経歴書を内閣府に提出していたが，平成14年までに提出した同経歴書には，当該技術者らが再々委託先業者に所属していると記載していた。なお，主任技術者については，技術者毎に，能力，経験，勤務先等を記載した主任技術者等経歴書を作成提出することとなっており，これにより１から４の格付けがされ，直接人件費の単価が決定されていた。
ク 平成14年度に担当室において本件コンサルティング業務委託契約の業務委託費の精算の業務を担当していたＳは，主任技術者等経歴書を見て，Ｃに対し，ＭやＮは直接人件費としてＢで管理すべき者なのか疑問を呈し，再委託として整理すべき作業ではないかと尋ねた。また，Ｓは，Ｎが他の業務を並行して行っているのに，Ｂの業務日数が多く計上されていることから，他の業務の作業日程を確認したいと申し出た。
これに対し，Ｃは，同人らの会社は小規模の個人企業であり経営に多忙ではない旨，Ｂの業務に従事するよう決めた期間はＢの事務所において業務に専従できる体制になっているので直接人件費の対象とすることに問題はない旨をＳに説明した。
Ｓとの上記やりとりの後である平成15年６月，被告Ｙ2は，Ｅが作成に関与して平成15年度に新たに直接人件費内訳表に記載したＨ社関係者４名の主任技術者等経歴書を内閣府に提出したが，同経歴書には，当該技術者の所属が被告Ｙ2であるとの虚偽の記載がされていた。
ケ 本件コンサルティング業務委託契約においては，Ｂの構成企業である被告Ｙ2は，間接費である諸経費及び技術経費から利益を得ることになっていたところ，平成15年度の同委託契約においては，本来は間接費となるＢの事務所賃料を直接経費に分類した上，諸経費を直接人件費の110％相当額，技術経費を直接人件費と諸経費の合計額の40％相当額（直接人件費の84％に相当。）とする業務委託費の合意がされていた。
ウ 本件基本契約等の締結と間接経費の算出割合
ア 本件管理業務の遂行主体となる被告Ｙ1の設立にあたっては，出資者となるＡ社の意向により，被告Ｙ1が民間の株式会社として成り立つよう，本件基本契約において，業務委託費を「被告Ｙ1の業務に必要なすべての実費及び利益」とすることが取り決められた。しかし，平成16年度の本件管理業務委託契約締結にあたっては，被告Ｙ1の利益となる一般管理費の算出比率，Ｂに対する再委託費のうちＢの利益となる間接経費や技術費の算出比率について内閣府が疑義を示すなどし，合意がすぐには調わなかった。この際，Ｃは，内閣府に対し，諸経費に含まれるもののうち，人数の増加に比例して経費が増加するものとして，コンピュータ購入費，総務や経理等の事務員の費用，コピー代，消耗品代費，備品費など，技術者がＢの事務所で業務を行う場合に必要な費用を挙げて本件コンサルティング業務委託契約における間接費計上の相当性を説明し，Ｋもこれを認識していた。
その後，同年６月上旬頃，間接費に関し合意に達したことから，本件協定書及び本件確認書が締結された。
イ 本件協定書３条は，内閣府は，本件管理業務に対し，業務委託費として「業務に必要な実費及び適切な利益を含む一般管理費」を支払うと定め，本件確認書２条１項は，「業務に必要な実費」について，①経費として，出張旅費，業務事務費，事務所維持費，事務所賃貸借費，諸謝金，再委託費，給与・報酬・諸手当等人件費，その他，及び②被告Ｙ1に発生する法人税，地方税，印紙税その他日本及び中国において被告Ｙ1に課せられる全ての公租公課と定めるとともに，上記再委託費のうち，被告Ｙ2及びＡＴ社に対する本件再委託契約の再委託費について，ⅰ）委託先からの派遣社員の直接人件費，ⅱ）ⅰの派遣社員の直接人件費にかかわる間接経費（直接人件費の120％）及び技術費（直接人件費の88％），ⅲ）直接経費（委託費その他の経費）と定めていた（これは，本件コンサルティング業務委託契約において直接経費とされていたＢの事務所賃貸料を間接費とする代わりに，直接人件費の110％とされていた諸経費〔間接経費〕を直接人件費の120％とすることで，技術経費を直接人件費の88％相当額としたものである。）。また，本件確認書２条３項は，本件協定書３条の利益を含まない狭義の「一般管理費」について，上記①の経費（ただし，再委託費及びその他を除く。）の年間合計額の15％相当額に再委託費の年間合計額の３％相当額を加算した額と定めており，この割合は，同条４項により，本件確認書締結後３年毎に見直しをするものとされていた。
ウ 平成18年３月頃，内閣府は，Ｂに対し，従来の基準では，Ｂの利益となる間接費が高額であるため，技術経費率を40％から０％に引き下げたい旨の申入れをした。しかし，ＤがＢの利益率は低い旨を述べ，Ｋもこれを擁護する発言をしたこと等から，同年11月頃，平成19年度からの間接費の経費率のうち，技術経費を直接人件費と間接経費の合計額の38％相当額とすることとなった。
エ 本件各年度における再々委託の状況と直接人件費内訳表への記載
ア 本件各年度において，Ｂは被告Ｙ1から本件コンサルティング業務の再委託を受けることになったが，被告Ｙ2は，平成16年３月頃のＣの指示等により，同業務に関する再委託費の積算のために作成した直接人件費内訳表に，平成15年までと同様，業務仕様書記載の業務を行う下請業者の技術者を全て記載することとした。
イ Ｆ社に対する再々委託
Ｆ社は，平成16年度も被告Ｙ2から業務の下請を行ったが，同年６月頃，被告Ｙ2のＬは，Ｍに対し，担当室との打合せ結果として，Ｍについて160マンデーの業務を発注するとして，回収技術者として３名を確保するよう求めた。そこで，Ｍは，同社の従業員のＴ，Ｕ及びＦ社が業務の一部をさらに下請に出したＶ社を経営するＷをＢの業務に関与する技術者とすることを伝えたが，Ｕについてはその経歴から被告Ｙ2が技術者として申告せず，Ｍ，Ｔ及びＷが直接人件費内訳表に記載された。
なお，平成16年７月にＢの事務所がＡＭビルに移転した際，Ｌから，机を用意するのでＭとＴが交代ででも週に１日か２日，Ｂの事務所で作業を行うよう依頼され，ＭとＴは週２日程度，Ｂの事務所で作業や打合せをしたが，その時間は一定していなかった。ＷについてはＢの事務所に机は設けられておらず，Ｌは，ＷがＦ社から製図業務の一部の下請を受けた者であると認識していた。
ウ Ｇ社に対する再々委託
被告Ｙ2のＧ社に対する構造設計業務の発注は，本件各年度も行われ，Ｎは，本件各年度の直接人件費内訳表にいずれも記載された。
エ Ｈ社に対する再々委託
被告Ｙ2のＨ社に対するカスケードシステム設計業務等の発注は，本件各年度においても行われ，平成16年度から被告Ｙ2における本件事業関係の業務量が増加したことを理由として，平成16年度には別紙１〈略〉とおりＯほか11名の，平成17年には別紙２〈略〉とおりＯほか８名の，平成18年度にはＯほか９名のＨ社従業員あるいはＨ社の下請先の技術者が，直接人件費内訳表に記載された（平成18年度に記載されたＸは，同年度中に勤務先が倒産したことにより，Ｈ社からの下請業務を継続できなくなり，平成16年度及び平成17年度において下請先であったＺが代わって記載された。）。なお，平成16年度以降，Ｈ社は，被告Ｙ2の依頼を受けて，直接人件費内訳表に記載されたＨ社の従業員や下請先の技術者をＢの北京事務所や国内の事務所に常駐させたことがあったが，これらの業務も含め一定額を報酬額とする請負契約が締結されていたのであり，被告Ｙ2の担当者も「Ｈ社業務再委託費」等と記載した書類を作成していた。
また，Ｏは，平成14年２月頃から平成17年１月頃にかけて，被告Ｙ2との間で嘱託雇用契約を締結していたが，これは，被告Ｙ2が別に行っていたＪＩＣＡの無償資金援助による建築案件に関連するものであり，本件事業に関連するものではなかった。
オ Ｉ社に対する再々委託
被告Ｙ2のＩ社に対する業務の発注は平成16年度も行われ，同年６月頃，被告Ｙ2のＬは，Ｑのほかに，同社の従業員であるＡＡ及び下請先であるＡＢ社代表者のＡＣをＢの技術者とすることを告げ，上記３名が直接人件費内訳表に記載された。なお，この経緯の中で，Ｌは，Ｉの鉄構部次長であるＡＤに対し，Ｂの事務所にＱの席をもうけ，Ｑが同事務所に常駐しているかのような形をとると告げたが，Ｑは同事務所に１回打合せに行った程度であり，Ｑ，ＡＡ及びＡＣのいずれも，その所属先において，他の業務を並行させながら被告Ｙ2から請け負った業務を行っていた。
カ Ｊ社に対する再々委託
被告Ｙ2のＪ社に対する業務の発注は，本件各年度にも行われ，Ｒは，本件各年度の直接人件費内訳表にいずれも記載された（ただし，平成16年度においてＲが直接人件費の対象とされたことは，本件請求の基礎とされていない。）。なお，平成17年度は，Ｒが中国において中国側が行う設計の支援業務を行うことが予定され，月額110万円が「人件費」の名目で支払われたが，Ｒはその間も他の業務を行うことがあり，被告Ｙ2との契約状況に変更はなかった。
キ ＡＥ社と再々委託先業者との基本契約の締結
再々委託先業者のうち，Ｆ社，Ｇ社，Ｈ社及びＪ社は，いずれも，平成16年８月頃，被告Ｙ2の担当者から，被告Ｙ2から請け負う各業務に関し，契約の相手方を被告Ｙ2から，被告Ｙ2のグループ会社であるＡＥ社に変更するよう依頼され，被告Ｙ2とＡＥ社との間の覚書に基づき，ＡＥ社との間で，ＡＥ社が被告Ｙ2から受託した本件コンサルティング業務に関する技術者派遣に関する基本契約がそれぞれ締結され，これらの再々委託先業者に対する請負報酬は派遣技術者に関する日額単価による対価の名目で，ＡＥ社から支払われるようになった。しかし，再々委託先業者の技術者の業務の実態は平成15年度までと同様，請負であり人材派遣ではなく，上記覚書の内容とされていた被告Ｙ2監督員の指示する日時及び場所での勤務はなく，契約内容の打合せもＡＥ社ではなく被告Ｙ2との間で行われていた。また，そもそも上記覚書の内容は再々委託先業者に説明されなかった。
再々委託先業者とＡＥ社が契約する方式が採られたのは被告Ｙ2及びＡ社のグループ企業に利益を得させるためであったところ，ＡＥ社を巡る報道等により平成17年６月にＣが中止を決定したが，平成17年度においても，Ｇ社及びＨ社については，年度途中までＡＥ社との形式的な契約形態が継続された。
ク Ｋは，平成16年度の業務委託契約締結に向けて被告Ｙ2が直接人件費内訳表を作成していた段階から，同内訳表に被告Ｙ2の技術者ではなく，下請先の技術者が記載されていることを認識していた。
ケ 平成16年度に被告らが内閣府に提出した見積書については，内閣府から多岐にわたる質問事項が提示され，Ｂの見積書における「調査費」について，被告Ｙ1が再委託を行う場合には内閣府の承認が必要とされていることから，Ｂが内閣府の承認なく再々委託をすることにより，その抜け道となることは困るとの指摘がされ，Ｂが再々委託をする場合も，被告Ｙ1を通じ，内閣府の承認を得ることが必要であることが被告らと内閣府との間で確認された。
なお，この経緯の中で，Ｋらは，内閣府に対し，被告Ｙ2が既に本件コンサルティング業務の一部を下請に出していることを告げず秘匿した。
コ 担当室は，平成17年７月15日，被告Ｙ1に対し，「遺棄化学兵器処理事業に係る再委託の承認等について」と題する以下の内容を含む文書〈証拠略〉を送付し，本件管理業務委託契約においてあらかじめ内閣府の承認を求めるとされている再委託について，平成17年度以降の具体的な取扱いについて通知した。
ａ 契約相手方が再委託を行う場合には，あらかじめ書面をもって内閣府の承認を得るものとするが，承認に代わる措置及び承認を必要としない範囲のものは除く。
ｂ 承認に代わる措置
被告Ｙ1からＢへの再委託は，届出制（契約締結後に契約書の写しを提出する。）によって処理する。
被告Ｙ1が調達業務として扱う案件については，原告と被告Ｙ1の契約書に請負業者との契約書を添付するので，これをもって承認があったものとみなす。
ｃ 承認を必要としない範囲
以下の事項に係る再委託については，委託業務の根幹に係わらない軽微な再委託として取り扱うこととし，承認や届出を不要とする。ただし，その適正な履行を確保するため担当室において必要な監督を行う。
①教育訓練費，②業務支援契約（専門的技術を有する個人又は法人と業務委託契約を結び処理機構内において業務を行うもの等〔派遣労働を含む〕），③監査法人との契約，④弁護士，税理士との顧問契約，⑤外貨送金を行う際の手数料について銀行と行う契約，⑥入札公告を行う際の新聞社との契約，⑦小規模事業における通訳（10名程度）の派遣契約，⑧中国からの訪日団受入れのための旅行会社への各種手配，⑨外国において契約する場合，⑩その他上記に準ずるもの
ｄ Ｂ等が再々委託を行う場合は，内閣府に対し，当該業務における相手方住所，氏名並びに再々委託を行う範囲及び必要性を記載した書面の提出を求め，委託契約の履行体制を把握するものとする。
サ 平成18年２月末頃，担当室は，被告Ｙ1及びＢに対し，同時点において多くの業務が被告Ｙ1からＢに再委託されていることには公共調達における透明性確保の観点から問題があり，Ｂの知見が絶対に必要なもの以外はＢに再委託せず，一般競争入札を行うべきである旨を伝えた。しかしながら，Ｋらが従来の方針を踏襲すべきであると反論したこと等から，要員宿舎や廃棄物最終処分場の設計業務等については一般競争入札が行われることになったが，その他の業務はＢに再委託されることになった。
オ 本件各年度における主任技術者等経歴書の提出
ア 被告Ｙ2は，平成16年７月頃，被告Ｙ1を通じて，内閣府から，平成16年度の直接人件費の算定対象となっている技術者全員について主任技術者等経歴書の提出を求められた。Ｅは，被告Ｙ2の従業員に対し，以前に主任技術者等経歴書が内閣府に提出されている技術者については，従前提出した経歴書どおりの記載内容とするが，新たに経歴書を提出する技術者については，内閣府から再委託であるとの疑問を抱かれないよう，被告Ｙ2の外部の技術者も被告Ｙ2に所属している旨の経歴書を作成するよう指示した。これにより，平成15年度までに正確な所属を記載した経歴書が提出されていたＭ及びＮ，追加提出であったため正確な職歴を記載したままの経歴書が提出されたＷを除き，平成15年度以前から被告Ｙ2に所属していると記載されていたＯ，平成15年度には正確な職歴を記載した経歴書が提出されていたが平成16年度の経歴書において同年４月から被告Ｙ2に所属しているとされたＲ及びＱを含め，別紙１〈略〉記載の各技術者について，被告Ｙ2に所属しているとの経歴書が作成され，内閣府に提出された。
イ 上記経歴書は，被告Ｙ2から送付された雛形に再々委託先業者が入力する方法で作成されたものであった。
Ｏは，別紙１〈略〉記載のＨ社関連の技術者について，自らの経歴書については所属を被告Ｙ2であると記載したものの，他の技術者については下請先の技術者を含めＨ社に所属している旨の記載をし，「手持ち業務量」欄はこれを意識せず，当初からの入力内容どおり「なし」のまま被告Ｙ2に送付した（実際には，Ｏを含めＨ社関係の技術者は，他に複数の案件を並行して行っていた。）。被告Ｙ2は，Ｏを除く全ての技術者の経歴書について，いずれの技術者もＨ社を退社し，被告Ｙ2に所属するに至った旨の記載（その時期は，ＡＦを除き，ほとんどが平成16年４月入社であった。）を追加した。また，平成16年度に提出されたＮの主任技術者等経歴書は，同年度までに被告Ｙ2に送信されていた経歴書のデータを使用したものであったが，Ｎは「手持ち業務量」欄に他の業務を記載していたのに，平成16年度の経歴書では，Ｎに対する確認なしに，被告Ｙ2により「なし」との記載がされた。Ｉ社は，平成15年度にＱの主任技術者等経歴書を作成して被告Ｙ2に電子データを送信したが，その内容は，Ｌの依頼により「手持ち業務量」をなしとした以外は事実に合致したものであったが，被告Ｙ2は同年度に経歴書を提出する際，Ｑに外国語の能力がある旨の記載を加え，平成16年度には，同年３月にＱがＩ社を退職し，同年４月から被告Ｙ2に所属している旨記載した。被告Ｙ2は，平成16年度に送付を受けたＡＡ及びＡＣの主任技術者等経歴書についても，事前に手持ち業務量をなしとする依頼をしたほか，Ｑと同様の職歴の追加を行った。
ウ 平成17年度からは，担当室の了解の下，新たに直接人件費内訳表に記載された技術者についての主任技術者等経歴書のみがＢから内閣府に提出されたが，それらにおいても再々委託先業者関係の技術者は被告Ｙ2の所属とされた。
エ なお，Ｅは，本件刑事事件に関し，被告Ｙ2本社やＢの事務所が捜索される可能性があった平成19年10月，被告Ｙ2に所属しているとの虚偽記載部分を再々委託先業者関係の技術者の主任技術者等経歴書から抹消することにより，虚偽記載をしていた事実を隠蔽しようとした。
カ 被告らによる支出状況報告書及び添付資料としての業務日誌の提出等
ア 被告Ｙ1は，本件管理業務委託契約に基づき，内閣府に対し，四半期毎に，契約金額内訳書のうち精算を要する費目について支出状況報告書を作成し，業務日誌等の書類を添付して提出していたが，その際，本件再委託契約に基づきＢから被告Ｙ1に対し提出されていたＢの支出状況報告書も，再委託費の支出の適正さを検証するために，被告Ｙ1の決済を経て内閣府に提出していた。内閣府においては，被告らの支出状況報告書及びその添付書類を下に，直接人件費等の支出の適正さを検証しており，各日の作業内容，実働時間等を記載した業務日誌の作成は内閣府がＢや被告Ｙ1に求めたものであった。
イ Ｆ社関係技術者の業務日誌
Ｍは，平成15年度までは自らの業務日誌を，平成16年度はこれに加えＴ及びＷの業務日誌を，被告Ｙ2から送付される雛形に入力する方法により，毎月被告Ｙ2に提出していた。Ｍは，自らの業務の遂行状況について記録を残していなかったことから，Ｂの事務所に赴いたことのほかは，適宜な日に適宜な時間数を入力して業務日誌を作成したが，それにより被告Ｙ2の担当者が把握している海外出張中においても業務を遂行していた旨の記載がされることがあった。また，Ｗについても，実際に業務に従事した時間よりは多くの時間が業務日誌に記載された。Ｍがこのような業務日誌を作成したのは，Ｌから，被告Ｙ2の契約上のマンデーを全て消化する内容の業務日誌を求められていたからであり，ＬはＭに対し，年度途中においてマンデーの消化率の予想を伝えていた。
ウ Ｎの業務日誌
Ｎは，平成14年度から，被告Ｙ2に求められて業務日誌を提出していたが，平成16年４月には業務を行った時間が少なかったため，実際より多くの時間数を記載した業務日誌とともに，被告Ｙ2の担当者に対し「今月はあまり仕事をしていないのですが，これでよろしいでしょうか」と問い合わせた。また，翌５月についても，同年度の業務が開始されておらず，ほとんど業務を行っていなかったことから，業務日誌をどのようにすればよいか被告Ｙ2の担当者に問い合わせたところ，同担当者は，具体的な業務内容を挙げて業務日誌をできるだけ埋めるように指示した。そこで，Ｎはこれに従った業務日誌を作成して提出した。本件各年度の他の月についても，Ｎは実際に業務を行ったよりも多くの時間を記載した業務日誌を作成して提出した。
エ Ｈ社関係技術者の業務日誌
Ｏは，Ｈ社取締役であるＡＦと分担し，平成14年後半頃にＨ社関係の技術者がＢにおいて直接人件費の対象となった頃から，毎月，各技術者について業務日誌を作成し，被告Ｙ2に提出していた（ただし，Ｂの国内あるいは北京の事務所に常駐していた時期のある技術者については，常駐時期の業務日誌は直接被告Ｙ2に提出されていた。）。
Ｏは，業務日誌の実働時間や実働日数が，各技術者について予定されている年間予定マンデーを超える数字となるよう作成することが必要であると認識しており，被告Ｙ2の担当者も同様の認識で，マンデーが不足するので業務日誌を埋めるよう求めたことがあったため，Ｈ社関係技術者の業務日誌は，実際に就労した時間や日数よりも多くの時間や日数が記載されたものがあった。また，被告Ｙ2の了解の下，Ｂにおいて直接人件費の対象とされていない技術者や下請先の行った業務についても，直接人件費の対象とされている技術者の業務として記入していた。なお，Ｈ社従業員のＡＧについては，Ｈ社に対し発注される業務量との関係で直接人件費の対象となる技術者とされたものの，ＯはＡＧに対し被告Ｙ2から受注した業務を行わせず，Ｈ社が請け負っていた他の業務に従事させ，同人の業務日誌には，Ｈ社の外注先や他の従業員が行った作業を記載した。
オ Ｉ社関係技術者の業務日誌
Ｑは，平成15年８月から被告Ｙ2に対し業務日誌を提出していたが，その頃，被告Ｙ2のＬから，業務日誌には，実際の作業時間にかかわらず，予定の作業時間をできるだけ消化するよう適当に作業時間を振り分けて，毎月70時間程度を計上するよう求められた。
また，平成16年度には，Ｉ社の休業日に休業した旨を記載した業務日誌を提出したところ，業務日誌は被告Ｙ2あるいはＢの就業規則に合わせて記載するよう依頼されていたことから，被告Ｙ2から修正を求められ，実際には休業日で就労していないにもかかわらず，稼働した旨の業務日誌を作成して提出した。
カ Ｒの業務日誌
Ｒは，平成17年５月頃まで業務日誌を自ら作成したことはなく，その頃，支援業務の遂行のため中国に渡航する際に，被告Ｙ2の担当者から作成を求められた。その際，被告Ｙ2の担当者は，就業時間は実働時間を７時間として予め入力済みであり，中国で作業をする場合には就業時間を抹消すること，平日は休暇を取らない限り業務日誌を埋めること，土日や休日は作業の有無にかかわらず作業内容を入力しないこと等を指示した。
Ｒは，業務日誌に概ね実働時間を記載していたが，仕事をしていない休日に業務を遂行した旨記載するなどにより，実働時間より長い作業時間が記載されることがあった。他方，就業時間が１日一律７時間とされていたため，実働時間より短い作業時間しか記載されない場合もあった。他方，実際には業務をしているのに，他の業務との関係で，被告Ｙ2の了解を得た上，作業に従事したことを記載しないこともあった。
キ 上記イからカまでのとおり，被告Ｙ2は，再々委託先業者から提出された業務日誌の記載には実働時間・日数と異なる部分があることを認識していた。また，被告Ｙ2は，再々委託先業者が提出した業務日誌に午後９時まで等を作業時間とする記載や休日に作業を行った旨の記載があった場合，再々委託先業者に確認することなく，遅い時間の作業や休日の作業を削除するなど，その内容を変更することがあった。そして，被告Ｙ2は，再々委託先業者の技術者がＢの事務所において仕事をしておらず業務の状況を直接把握していなかったにもかかわらず，業務日誌の「責任者」欄に，ＰＭであるＣやＥの印を押捺した上，支払状況報告書に添付して被告Ｙ1に提出し，内閣府にも提出していた。
被告Ｙ1では，Ｋを含む役員らが，上記業務日誌を含むＢの支払状況報告書を承認し，それを前提とした被告Ｙ1の支払状況報告書を内閣府に提出した。内閣府は，これらに基づいて，本件各年度における被告Ｙ1に対する業務委託費の概算払いを行い，被告Ｙ1もＢに対する再委託費の概算払いを行った。
キ 本件各年度における変更契約等の締結
本件各年度の第４四半期において，内閣府と被告Ｙ1との間で，本件管理業務委託契約の変更契約が締結された。その締結に関し，被告Ｙ2は，平成16年度において別紙１〈略〉記載の，平成17年度において別紙２〈略〉記載の，平成18年度において別紙３〈略〉記載の再々委託先業者関係の各技術者をＢの直接人件費の対象として本件再委託契約の変更見積書を作成し，被告Ｙ1は同変更見積書の金額を再委託費に含めた金額の変更見積書を作成し，それに基づき業務委託変更契約が締結された。
ク 本件各年度における精算報告書の提出及び精算手続
Ｅは，本件各年度のＢの精算報告書を提出するに当たり，平成16年度については別紙１〈略〉記載の，平成17年度については別紙２〈略〉記載の，平成18年度については別紙３〈略〉記載の再々委託先業者関係の各技術者をＢの直接人件費の対象とする内容の精算報告書を作成して被告Ｙ1に提出した。被告Ｙ1は，Ｋの承認の下，Ｂの上記報告書を前提とする精算報告書を作成し，Ｂの精算報告書とともに内閣府に提出した。
これにより，Ｂへの再委託費を含め被告Ｙ1の実支出額が確定され，それに基づき間接経費を含む業務委託費が確定された（確定日は，遅くとも平成16年度は平成17年４月19日，平成17年度においては平成18年４月21日，平成18年度は平成19年４月16日である〈証拠略〉。）。そして，いずれの年度においても概算払いによる既払額が確定された業務委託費を超えていたことから，被告Ｙ1は内閣府に対し超過額を返納した。
ケ 被告Ｙ2における原価管理等
被告Ｙ2は，「ＪＰＳ」という独自のコンピュータ・ソフトを用いて管理会計を行い，業務の原価管理を行っていたが，本件コンサルティング業務の一部を委託していた再々委託先業者に関しては，「直接費」の費目の「国内又は現地委託費」に請負契約に基づく業務報酬を記載するのみで，間接費は計上していなかった。また，被告Ｙ2の社員や嘱託社員に対して行うタイムシートによる労務管理も，再々委託先業者関係の技術者に対しては行っていなかった。
⑶上記⑵で認定した事実に基づき検討する。
ア 本件コンサルティング業務委託契約の業務委託費や本件再委託契約の再委託費を算定するために用いられた国交省基準ないしＪＩＣＡ基準においては，直接人件費は業務処理に従事する技術者の人件費とされていたが，これ以上にいかなる勤務形態で業務に従事する技術者が直接人件費の対象となるか等について明文で記載したものは見あたらない。しかしながら，直接人件費は，技術者の基本給相当額，諸手当，賞与相当額のほか，退職積立金，健康保険等の事業主負担額が含まれるとされていること（上記⑵アア），いずれの基準においても，直接人件費とともに業務委託費を構成する，平素からの技術能力の高度化に要する経費等である「技術経費」や当該業務担当部署の事務職員の人件費及び福利厚生費，水道光熱費等の経費及び専門業に外注する場合に必要となる経費等を含む「業務管理費」，当該業務担当部署以外の経費である「一般管理費」は直接人件費を基礎として，その金額に一定の割合を乗じることで算出することとされていること（上記⑵ア）からすれば，直接人件費の対象となる技術者とは，当該業務を受注する建設コンサルタント等において，健康保険等の事業主負担，当該技術者の技術向上のための費用支出，当該業務の担当部署や他の部署の職員による支援が必要となる技術者をいうと解するのが相当であり，少なくとも，業務を受注した建設コンサルタントが受注した業務の一部を再委託する（下請に出す）場合の再委託先の技術者が直接人件費の対象とならないことは，ＪＩＣＡ基準が国内再委託費を直接人件費ではなく，直接経費のうちの一般業務費としていることからも明らかである。
なお，国交省基準は，受注者が全ての業務を１社で行う場合，すなわち受注者に所属する技術者が業務に従事する場合を想定して直接人件費を計上することとしているため，予定価格の積算の段階では再委託費を計上することが想定されていないが，当該想定自体が，実際の業務の実施方法を規定するものではないとされており（上記⑵アア），このような予定価格の積算が行われても業務の一部を下請に出すことは一般的には許容されていたものと認められる〈証拠略〉。
しかしながら，本件においては，Ｂが本件コンサルティング業務の受注者に選定される前から，同業務の主たる部分については再委託が認められない旨が被告Ｙ2に内閣府より明確に伝達されていた上（上記⑵イア），本件管理業務委託契約や本件再委託契約に関しては，業務の本質的な部分についての再委託は認められず，再委託を行う場合には，原則として事前に内閣府の了承を得ることが必要であるとの規定が置かれたり，その旨が確認されていた（前提となる事実⑸エ，上記⑵エケ）のであるから，上記一般論を適用することはできず，実際の業務の実施方法としても，受注業者であるＢに所属する技術者が業務に従事する必要があったというべきである。
また，本件協定書３条において，本件再委託契約の再委託費について，直接人件費について「委託先からの派遣社員の直接人件費」と定められていること（上記⑵ウイ）からも，直接人件費の対象が上記のとおり限定されていたことが裏付けられる。
イ Ｋらも，本件コンサルティング業務委託契約や本件再委託契約における直接人件費の対象が，業務を受注する建設コンサルタント等において，健康保険等の事業主負担，当該技術者の技術向上のための費用支出，当該業務の担当部署や他の部署の職員による支援が必要となる技術者をいい，業務を受注した建設コンサルタントが受注した業務の一部を再委託する場合の再委託先の技術者が直接人件費の対象とならないとの認識を有していたことは，以下の事実から推認される。
すなわち，Ｃは，平成14年度に再委託を行っていたＦ社のＭ及びＧ社のＮについて内閣府の担当者から，直接人件費の対象とすることに対し疑問を呈され，再委託として整理すべきではないかと指摘されたのに対し，ＭやＮがＢの事務所において業務に専従しておらず，その後もその予定がなかったにもかかわらず，Ｍ及びＮがＢの事務所においてＢの業務に専従できるとの虚偽の説明をしているところ（上記⑵イク），Ｃがこのような説明を行ったのは，自ら会社を経営し，当該会社の受注業務の一つとして他の業務を並行してＢの業務を行うのでは，本件コンサルティング業務委託契約における直接人件費の対象とし得ないと考えていたからにほかならない。そして，この指摘の後に提出された平成15年度の主任技術者等経歴書，被告Ｙ1が設立され，Ｂが内閣府からの再々委託先になったことにより改めて提出された平成16年度の主任技術者等経歴書の多く及び平成17年度に新たに提出された主任技術者等経歴書のいずれにも，再々委託先業者関係の技術者が被告Ｙ2に所属している旨の虚偽の記載が被告Ｙ2によりなされたこと（上記⑵イク，オア～ウ）も，Ｅを含め，被告Ｙ2において，直接人件費の対象とするには，当該技術者が被告Ｙ2に所属し，被告Ｙ2が健康保険等の事業主負担，平素からの技術向上のための費用支出，当該業務の担当部署や他の部署の職員による支援が必要な者であることを要すると認識しており，実際には被告Ｙ2に所属しておらず，直接人件費の対象とできない再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象とするためであったと解するのが合理的である。
支出状況報告書の添付資料として，内閣府の要求に応じて作成提出していた業務日誌に関し，内閣府から直接人件費内訳書に記載する技術者について事務所に常駐する担当者であるとの説明を受けていたＬを含め被告Ｙ2の複数の担当者が，再々委託先業者に対し，実態とは異なるにもかかわらず，予定されているマンデーが消化できるように記載することや，Ｂの事務所の休業日や就業時間に従った記載をするように求めたり，その旨の修正をしていたこと（上記⑵イウ，カ）も同様である。
そして，Ｋは，被告Ｙ1の代表者に就任する前は被告Ｙ2の従業員であった者であり，平成16年度のＢの直接人件費内訳表を見た段階から，被告Ｙ2に所属する技術者ではない者が記載されているのを認識しており，内閣府からは上記内訳表を含むＢの見積書に対してＢの再々委託の問題等が指摘されたにもかかわらず，既に行われていた被告Ｙ2による再々委託の問題を内閣府に告げずに秘匿していたのは（上記⑵エクケ），被告Ｙ2が直接人件費の対象とはできない技術者をその対象としていることを認識していたからであると解するのが合理的である。
ウ 本件各年度において，直接人件費内訳表に記載された別紙１から同３〈略〉までの各技術者は，対象となる年度の前の年度までに，被告Ｙ2から本件コンサルティング業務の一部の再々委託を受けていた再々委託先業者の技術者かその下請先の技術者であり，被告Ｙ2は再々委託先業者に対し，仕事の完成に対する対価として再々委託費を支払っていたものであることは，被告らもこれを認めるところである（上記⑵イエからカ，エイからカ）。そうであれば，これらの技術者は，上記で認定説示したところから，本件再委託契約における直接人件費の対象となるものではないというべきである。そして，再々委託であることを明らかにした場合には，内閣府から再々委託への承認を得られなければ当該技術者に関する業務の再委託を受けられないおそれがあり，内閣府から承認を得られた場合でも再々委託先業者に対し支払う再々委託費がＢの直接経費とされ，被告Ｙ2に同業務に関して利益が生じる可能性はないのに対し，直接人件費の対象とした場合には，直接人件費のほか，その208％に相当する間接経費及び技術費（以下「直接人件費等」という。）を再委託費に計上することができ，再々委託先業者に支払う請負報酬が同業者に関する技術者の直接人件費等の合計額を下回る場合には，被告Ｙ2に利益が生じることになり，また，再委託費全体の額が多額になることにより，被告Ｙ1においても再委託費の３％相当額の一般管理費が増加することになる。これにより，再々委託費として計上する場合に比して増加するＢへの再委託費や被告Ｙ1の一般管理費は，Ｋらが再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象としなければ，内閣府において負担する理由のない金員である。
上述したように，Ｋらは，再々委託先業者関係の技術者が直接人件費の対象とならないことを認識しており，加えて，再々委託費の計上ではなく，直接人件費の対象とすることにより被告らに上記のような経済上の利益が生じることは，本件管理業務委託契約や本件再委託契約の内容として当然に認識しており，被告らの利益に対応して原告に損害が生じることも認識していたというべきであるから，本件各年度において，再々委託であることが確定していた再々委託先業者との関係を秘匿し，再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象としたことは，原告に対する不法行為を構成するというべきである。
⑷ア被告らは，建設コンサルタント業者があらゆる業務に対応可能な技術者を予め雇用することは不可能であるところ，特殊で大規模な本件事業を遂行し，被告Ｙ2の人的規模や専門分野を知悉していた内閣府は，被告Ｙ2が同被告の雇用していない技術者を関与させることを概括的に承認していたから，不法行為を構成しないと主張する。
なるほど，本件コンサルティング業務委託契約に関し，被告Ｙ2から技術者が下請業者に所属することを明示した主任技術者等経歴書が内閣府に提出されていることは認められる（上記⑵イキ）。しかしながら，これに対しては，内閣府の担当者から疑義が呈され，ＣがＢの事務所において専従する旨の説明を行っていることに加え，平成16年度の本件管理業務委託契約締結に関する協議において，内閣府がＢの再々委託について取り上げ，内閣府と被告らとの間で，Ｂの再々委託についても内閣府の了承を得ることが必要であるとの確認がされたこと，担当室は，平成17年７月にも被告Ｙ1に対し「遺棄化学兵器処理事業に係る再委託の承認等について」と題する文書を送付し，同文書においてＢ等が再々委託を行う場合には，再々委託を行う範囲や必要性等を記載した書面の提出が必要である旨を改めて告知していること（上記⑵エケコ）からすると，内閣府が被告Ｙ2が本件コンサルティング業務を下請に出すことを概括的に承認していたとは認めることができない。他にこれを認めるに足りる証拠はない。
また，内閣府は，平成18年３月，Ｂに対し，従前の基準ではＢの利益となる間接費が高額であるとして，技術経費率の引き下げを申し入れているところ（上記⑵ウウ），被告らは，この申入れは内閣府において，再々委託先業者の技術者が被告Ｙ2に常駐していないことを認識かつ了解していたことを示すものであると主張する。しかしながら，本件確認書には，被告Ｙ1の一般管理費の算出割合について３年毎に見直しをするとの規定が設けられており（上記⑵ウイ），Ｂの技術経費率は被告Ｙ1の一般管理費に影響することから，上記申入れは，本件確認書の規定に基づくものとも解されること，内閣府は，上記申入れの直前である同年２月頃，被告Ｙ1及びＢに対し，被告Ｙ1からＢに対し多くの業務が再委託されていることを公共調達における透明性確保の点から問題としており（上記⑵エサ），技術経費率の引下げは上記透明性確保とも関係することが否定できない。そうすると，被告らの指摘する上記事実をもって，内閣府が被告Ｙ2による再々委託の事実を認識し，これを了解していたと認めることはできないというべきである。
イ さらに，被告らは，被告Ｙ2は付随する業務の一部を下請に出したに過ぎず，工程管理，品質管理，コスト管理のマネージメントを行い，下請業者の業務について保険を付すなどして間接費を支出しており，再々委託先業者関係の技術者は，実質的には被告Ｙ2の指揮監督の下で業務に従事していたと同視しうる状況にあったと主張する。しかしながら，Ｃらの本件刑事事件に関する公判供述〈証拠略〉や陳述書〈証拠略〉によっても，被告Ｙ2が下請業者に対する対応として必要なもの以外に特殊な工程管理や品質管理，コスト管理を行ったと認めるには足りず，他にこれを認めるに足りる証拠もない。
なお，被告らは，直接経費で処理されるべきであった平成16年頃のＢによる三次元大気拡散数値解析業務及び平成17年頃行われたＡＬの調査業務が，担当室の指示了解の下，Ｂの直接人件費として処理されたことから，Ｋらは，内閣府が必ずしも直接人件費と調査費を厳密に区別しているわけではなく，事案に応じて対応していると認識していたから，同人らには不法行為の成立に必要な故意あるいは過失がないと主張する。
なるほど，〈証拠略〉によれば，平成16年度に行われた三次元大気拡散シミュレーション業務につき，被告Ｙ1と内閣府との協議の上，被告Ｙ1からＢに再委託した上でＡ社の子会社であるＡＨ社が実施することとなり，その費用については，Ｂにおける調査費の計上ではなく，Ｂの直接人件費のうちＡＴ社の直接人件費を増加させる方法によったこと，平成17年度に行われた林地事業可能性調査報告書に対する現地確認調査業務は，内閣府との協議の上，被告Ｙ1からＢに再委託され，ＢがＡＬに再々委託する方法で行われたが，その費用については，Ｂにおける調査費の計上ではなく，Ｂのうち被告Ｙ2の直接人件費とされたことが認められる。
しかしながら，これらの業務に関する費用の処理は，内閣府と被告Ｙ1及びＢの協議により定められたものであり，Ｋらも内閣府が事案に応じて対応していると認識していたというのであるから，再々委託された業務の費用が直接人件費で処理されたことがあったとしても，そのことにより，本来再々委託が認められておらず，再々委託の事実を内閣府に秘匿していた再々委託先業者への再委託について再々委託先業者関係の技術者を直接人件費として計上しうると認識するに至ったとは到底解することができない。
したがって，Ｋらには故意や過失がなかったとの被告らの主張は理由がない。
⑸以上によれば，被告Ｙ2はＣらの使用者として民法715条１項に基づき，Ｋが代表取締役であった被告Ｙ1は会社法350条に基づき，Ｋらの上記不法行為に基づく損害を賠償する責任を負うというべきである。
３ 争点３（原告の損害額）について
⑴上記２で認定説示したように，Kらの行った不法行為は，本件各年度において，再々委託であることが確定していた再々委託先業者との関係を秘匿し，再々委託先業者関係の技術者を直接人件費の対象とすることにより，Ｂの再委託費及び被告Ｙ1の一般管理費を不当に増額させたというものであり，内閣府との精算手続においてその額を確定させることにより，被告Ｙ1が概算払いにより受領していた金員から上記増額分の金員の返還を免れたことにより，原告に損害が生じたことになる。その額は，本件再委託契約における再委託費の算出方法，本件管理業務委託契約における一般管理費の算出方法に照らすと，再々委託先業者毎に，その関係する技術者の直接人件費等及びこれに関し内閣府が支出した消費税相当額の合計額を算出し，同金額から被告Ｙ2が再々委託先業者に対し支払った再々委託費（消費税相当額を含む。）を控除した金額が，Ｂの再委託費において不当に増額された損害額となると解される。そして，このように不当に増額された再委託費（ただし，直接人件費等には消費税相当額を含めず，再々委託費には消費税相当額を含めて算出する。）の３％相当額及びそれに対する消費税相当額が，被告Ｙ1の一般管理費が不当に増額された損害額になると解するのが相当である。なお，Ｅは，再々委託費について，内閣府の承認を得て再々委託費として計上する手続を採った場合には，その額が被告Ｙ2が支払った額よりも高くなった可能性がある旨，本件刑事事件の公判廷で供述しているが〈証拠略〉，再々委託先業者は現実に被告Ｙ2の支払った金額で再々委託業務を行っていること，上記２⑷イで認定説示したように，被告Ｙ2において再々委託先業者に対し，通常の下請業者に対する以上の管理を行っていたとは認められないことからすると，原告の損害額の算定においては，実際に被告Ｙ2の支払った再々委託費を前提とするのが相当である。
以下，各年度の損害額について検討する。
ア 平成16年度の損害額
〈証拠略〉によると，平成16年度において，再々委託を受けていたＦ社，Ｇ社，Ｈ社及びＩ社関係の技術者であり，直接人件費の対象とされた技術者の直接人件費等の額は，いずれも別紙１〈略〉の「直接人件費」欄及び「間接費」欄記載のとおりであることが認められ，その合計額は消費税相当額を含め２億7868万9950円となる。
他方，〈証拠略〉から，上記再々委託先業者に対し，被告Ｙ2が支払った再々委託費（消費税相当額を含む。）は，Ｆ社に対し1642万2000円，Ｇ社に対し1256万8500円，Ｈ社に対し8397万7160円，Ｉ社に対し1501万4500円の合計１億2798万2160円であると認められる。
したがって，被告Ｙ2が別紙１〈略〉記載の各技術者を不当に直接人件費の対象としたことにより，被告Ｙ1からＢに対し支払われる再委託費が１億5070万7790円増額したことになる。そして，この増額分（ただし，消費税相当額を除く。）の３％相当額及びこれに対する消費税相当額の合計である452万1233円が，被告Ｙ1の一般管理費が増額したことによる損害額となる。以上によれば，平成16年度に関するＫらの不法行為による損害額は１億5522万9023円となる。
イ 平成17年度の損害額
〈証拠略〉によると，平成17年度において，再々委託を受けていたＧ社，Ｈ社及びＡＩ社の技術者であり，直接人件費の対象とされた技術者の直接人件費等の額は，いずれも別紙２〈略〉の各「直接人件費」欄及び「間接費」欄記載のとおりであることが認められ，その合計額は消費税相当額を含め１億7616万7622円となる。
他方，〈証拠略〉から，上記各再々委託先業者に対し，被告Ｙ2が支払った再々委託費（消費税相当額を含む。）は，Ｇ社に対し1047万4800円，Ｈに対し5884万4400円，Ｊ社に対し1210万円の合計8141万9200円であると認められる。
したがって，被告Ｙ2が別紙２〈略〉記載の各技術者を不当に直接人件費の対象としたことにより，被告Ｙ1からＢに対し支払われる再委託費が9474万8422円増額したことになる。そして，この増額分（ただし，消費税相当額を除く。）の３％相当額及びこれに対する消費税相当額の合計である284万2452円が被告Ｙ1の一般管理費が増額したことによる損害額となる。以上によれば，平成17年度に関する被告らの不法行為による損害額は9759万0874円となる。
ウ 平成18年度の損害額
〈証拠略〉によると，平成18年度において，再々委託を受けていたＧ社，Ｈ社及びＡＩ社の技術者であり，直接人件費の対象とされた技術者の直接人件費等の額は，いずれも別紙３〈略〉の各「直接人件費」欄及び「間接費」欄記載のとおりであることが認められ，その合計額は消費税相当額を含め１億5186万3789円となる。
他方，〈証拠略〉から，上記各再々委託先業者に対し，被告Ｙ2が支払った再々委託費（消費税相当額を含む。）は，Ｇ社に対し2100万円，Ｈ社に対し4429万1000円，Ｊ社に対し1320万円の合計7849万1000円であると認められる。したがって，被告Ｙ2が別紙３〈略〉記載の各技術者を不当に直接人件費の対象としたことにより，被告Ｙ1からＢに対し支払われる再委託費が7337万2789円増額したことになる。そして，この増額分（ただし，消費税相当額を除く。）の３％相当額及びこれに対する消費税相当額の合計である220万1183円が被告Ｙ1の一般管理費が増額したことによる損害額となる。以上によれば，平成18年度に関する被告らの不法行為による損害額は7557万3972円となる。
⑵被告らは，本件管理業務委託契約がいわゆる総価請負契約ないし業務成果検収型契約であり，成果品が検収されているのであるから，被告らが当初の契約で合意された報酬額を受領することは不当な利益を得たことにはならず，原告には損害がないと主張する。
しかしながら，Ｋらの不法行為は，本件管理業務委託契約の業務委託費を算定する段階から，不当な直接人件費等を含む再委託費を計上していたものであり，被告らが主張する当初の契約で合意された報酬額自体がすでに不当に増額されたものであったのであるから，本件管理業務委託契約の性質や被告らによる成果品の納入に係わらず，原告には上記損害が発生したというべきである。
⑶消費税相当額の損害該当性について
ア 不法行為を原因として原告が賠償を求めうる損害の範囲は，当該不法行為と相当因果関係のある損害であるところ，Ｋらの不法行為により，Ｂの再委託費や被告Ｙ1の一般管理費が不当に増額されたことにより，これらに対する消費税相当額も増額し，内閣府は，各年度の概算払金との精算においてその返納も受けられなかったのであるから，上記消費税相当額もＫらの不法行為と相当因果関係のある損害というべきである。このことは，被告らが納税の意思をもって消費税相当額を受領したか否かにより左右されない。
イ 被告らは，被告らがいずれも消費税法上の納付義務を履行しているところ，消費税法には，不法行為に基づく損害賠償として消費税相当額の賠償を行った場合について，既に納付した消費税額の返還を受けられる，あるいは実質的にそれと同一の結果が得られることとなる根拠規定は存在しないから，被告らは消費税相当額について原告に二重払いを強いられることになり不当であると主張する。
しかしながら，消費税相当額名目で不当に取得した金員について，取得者が消費税法上の納付義務を履行すれば，消費税法上，不法行為に基づく損害賠償義務の履行を理由とする既納付の消費税額の返還を認める規定がないことにより，損害賠償責任を負う者が，被告らの主張するいわゆる二重払いの状態となることは，不法行為により損害を被ったのが消費税の納付を受ける原告でない場合でも同様である。そうであれば，消費税相当額の損害を受けたのが原告である本件においても，被告らの主張する二重払いの状態となることを理由に，不法行為の損害賠償の範囲が変動することになるとは解することができない。
したがって，被告らの上記主張は失当である。
ウ また，被告らは，消費税相当額を不法行為に基づく損害賠償の一部として請求することは，損害賠償金に対する消費税法基本通達の趣旨に反すると主張するが，理由がない。
⑷本件弁済に関する充当の合意の有無について
ア 被告らは，本件弁済の当時，原告と被告らとの間において，本件弁済金は，損害額元本に充当するとの黙示の合意が成立していたと主張する。なるほど，本件弁済は，本件刑事事件において被害額とされた金額と同額であり，本件刑事事件においては，被告人となったＫらの情状として被害弁償が問題となっており，被告らの意思としては，本件刑事事件において原告に生じた被害とされたものに対する弁済として本件弁済を行ったものと認められる（なお，本件弁済に際し，被告らが充当の指定を行ったとの主張はなく，またこれを認めるに足りる証拠もない。）。
しかしながら，〈証拠略〉及び上記前提となる事実によると，被告らは，平成20年11月に内閣府から本件事業関連詐欺事件に係る被害額の回収等に関する被告らその他関係者に対する任意交渉業務の委任を受けた弁護士ＡＪ弁護士ほか２名（以下「ＡＪら」という。）との間で，Ｋらの刑事弁護人であった弁護士ＡＫら（以下「ＡＫら」という。）を通じて被害弁償について交渉し，本件刑事事件の被害額については支払を申し入れていたものの，被害額はこれに限定されないとする内閣府は，本件各年度について消費税相当額を損害額に含め，遅延損害金も発生するとした内容の合意書の締結を求めるなど，上記被害額のみの支払には応じていなかったこと，そのため，本件刑事事件は被害弁償のないまま平成21年２月13日に一旦終結されたこと，同月23日にＡＪとＡＫが協議し，本件刑事事件の被害額を早期に返納し，消費税相当額や遅延損害金については別途協議することとなったこと，内閣府は，同年３月３日頃，被告らに対し，本件納入告知書を送付し，消費税相当額が損害に含まれ，返納すべき金額が定まった日の翌日から民法所定の年５％の割合の遅延損害金を請求することを通知したこと（前提となる事実⑼ア）が認められる。
以上の事実に照らすと，内閣府あるいはその代理人であるＡＪらは，本件各年度に関する損害額に争いのある状態で一部の弁済を受けることには同意したものの，その充当方法についてまで被告らとの間で何らかの合意をしたとまでは認めることはできない。
このことは，内閣府が，本件弁済の後である平成21年３月27日に本件各督促状を被告らに送付し（前提となる事実⑼イ），同年４月１日頃，ＡＪらが，ＡＫらに対し，同様の督促を行ったこと〈証拠略〉からも明らかである。
他に，被告らが主張する充当合意を認める足りる証拠はない。
⑸本件弁済充当後の損害額
以上で検討したところによれば，本件各年度について，原告には上記⑴で認定した損害が発生しているところ，不法行為に基づく損害賠償債務については，不法行為の日から民法所定の年５分の割合の遅延損害金が付されることになる。Ｋらの不法行為は，遅くとも本件管理業務委託契約の精算金額が確定した時点において終了したというべきであるから，遅くとも平成16年度の損害に対しては平成17年４月19日から，平成17年度の損害に対しては平成18年４月21日から，平成18年度の損害に対しては平成19年４月17日から各支払済みまで上記割合の遅延損害金が発生することになる。
そうすると，本件弁済がなされた平成21年３月５日までに平成16年度の損害に関しては3013万1441円の，平成17年度の損害については1403万7043円の，平成18年度の損害については713万2940円の遅延損害金が発生していたことになり，本件弁済金は，民法489条により，各年度毎に，遅延損害金，元本の順に充当される。
したがって，弁済充当後の損害残元本は，平成16年度について4380万0519円，平成17年度について2267万7645円，平成18年度について1458万1497円の合計8105万9661円となり，被告らは，同金額及びこれに対する本件弁済の日の翌日である平成21年３月６日から支払済みまで年５分の割合の遅延損害金の支払義務を負うことになる。
４ 争点４（本訴請求の信義則違反，権利濫用該当性）について
⑴被告らは，原告と被告Ｙ1との間には詳細な契約規定があるのに，契約上の是正措置や紛争解決のための協議を行わず，本件刑事事件の有罪判決に依拠し，同事件の損害額を超えた額について損害賠償請求訴訟を提起することは，信義則に反し，権利の濫用に該当する旨の主張をする。
しかしながら，内閣府と被告らとの各契約は，被告らの不法行為を律するまでの規定を設けているものではなく，Ｋらの不法行為について，内閣府が是正措置を採るべき契約上の義務があったとは認められず，行政上の措置についても同様である。
また，上記３⑷で認定したように，内閣府と被告らとの間では本件弁済の前から，原告が本件で請求している損害について協議が行われており，本件弁済の後には，内閣府から被告らに対する督促も行われていたところ，被告らは，本件刑事事件における執行猶予の付された有罪判決が確定した後の平成21年５月15日にＡＫらを通じて送付した「お尋ね」と題する書面（以下「本件質問書」という。）において，本件訴訟における被告らの主張と同様の主張を記載し，被告らには本件各年度に限っても，原告の請求に応じる義務はないと考える旨を伝え〈証拠略〉，さらに，平成22年８月から同年12月に，ＡＫら，被告Ｙ1及び被告Ｙ2がそれぞれ原告に送付した書面において，被告らには原告の主張する損害賠償に応じる義務がない旨記載されていたこと〈証拠略〉からすると，原告が，平成23年７月13日に本件訴訟を提起したことが被告らとの協議をことさらに回避した不当なものであると評価することはできない。このことは，本件質問書に，意見交換を行い双方が納得する適切妥当な解決策を導くことが望ましい旨，原告との間で訴訟による最終的決着を希望するものではなく，協議を通じて合理的な妥協点を見いだすことができれば，和解・事前も視野に置きたい旨の記載があり〈証拠略〉，ＡＫらが，本件質問書とともに円満な話し合いを求める旨を記載した書簡を送付していたこと〈証拠略〉を考慮しても同様である。
さらに，上記３⑶で検討したように，消費税相当額は原告の損害であると認められるのであるから，本件刑事事件において被害額とされていなかったからといって，同損害の回復を求めることが信義則に反するとも解されない。
⑵上記のほか，被告らが信義則違反あるいは権利濫用を基礎付けるものとして主張するところは，被告らがその内容を理解して締結した本件管理業務委託契約や本件再委託契約の内容，上記で認定した被告らの損害賠償義務を巡る対応等に照らし，本件提訴の信義則違反，権利濫用を基礎付けるものとは認められない。
⑶したがって，原告による本件訴訟の提起が信義則に違反し，権利の濫用に該当するとの被告らの主張は理由がない。
５ 争点５（過失相殺）について
上記２で認定説示したＫらの不法行為の態様，本件各年度における本件管理業務委託契約及び本件再委託契約の締結から精算に至る状況に照らすと，本件において，原告に損害の発生あるいは拡大に影響する過失があったとは認められない。
よって，過失相殺の主張は採用できない。
６ 結論
以上で検討したところによれば，原告の請求はいずれも理由があるから，これを認容することとして，主文のとおり判決する。
（裁判官倉地真寿美本多健司蕪城真由子）
別紙当事者目録〈略〉
別紙１から３まで〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報60巻5号1023頁。
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