主文
第１ 原告ら並びに被告Y1 の控訴に基づき原判決を次のとおり変更する。
１ 別紙結果第1表の原告欄記載の各原告に対して各自
（１） 被告Y1 は，同表の各原告に対応する同表「Y1 関係認容額」欄記載の各金員
（２） 被告国及び被告熊本県は，同表の各原告に対応する同表「国・県関係認容額」欄記載の各金員
及びこれらに対する同表記載の各原告に対応する各起算日から完済に至るまで年5分の割合による金員を支払え。
２ 別紙結果第2表の原告欄記載の各原告に対して，被告Y1 は，同表の各原告に対応する同表「Y1 関係認容額」欄記載の各金員及びこれに対する同表記載の各起算日から完済に至るまで年5分の割合による金員を支払え。
３ 被告Y1 に対する，別紙結果第1，第2表の原告欄記載の各原告のその余の請求並びに別紙結果第3表の原告欄記載の各原告の請求をいずれも棄却する。
４ 被告国，被告熊本県に対する別紙結果第1表の原告欄記載の各原告のその余の請求並びに結果第2，第3表の原告欄記載の各原告の請求をいずれも棄却する。
５ 訴訟費用は，第1，2審を通じて5分し，5分の3を被告Y1 の，5分の1を被告国及び被告熊本県の，5分の1を原告らの負担とする。
第２ （平成11年（ネ）第4203号仮執行の原状回復等請求事件）
１ 別紙返還等申立結果一覧表第1の1，2記載の原告らは，被告Y1 に対して，各原告に対応する同表「返還等負担額」欄記載の各金員及びこれに対する平成6年11月5日から完済に至るまで年5分の割合による金員を支払え。
２ 被告Y1 の別紙返還等申立結果一覧表第1の2に記載の原告らに対するその余の申立及び同表第2に記載の原告らに対する申立を棄却する。
３ 訴訟費用は，被告Y1 の負担とする。
第３ この判決は，主文第1の1項の，被告Y1 に対する認容部分並びに同2項に限り，仮に執行することができる。
事実及び理由
第１章控訴の趣旨等
第１ 原告ら関係
１ 原判決を次のとおり変更する。
２ 被告らは，別紙請求金額目録記載の原告らに対し，各自，各原告に対応する同表「請求金額」欄記載の各金員及びこれに対する同表「起算日」欄記載の日から支払済みまで年5分の割合による金員を支払え。
３ 訴訟費用は第1，2審とも被告らの負担とする。
４ 仮執行宣言
第２ 被告Y1 関係
１ 控訴の趣旨
（１） 原判決中，被告Y1 敗訴部分を取り消す。
（２） 原告らの請求を棄却する。
（３） 訴訟費用は第1，2審とも原告らの負担とする。
２ 平成11年（ネ）第4203号事件
（１） 別紙返還等申立表の原告欄記載の原告らは，被告Y1 に対し，それぞれ同表の合計額欄記載の各金員を返還し，かつこれに対する平成6年11月5日から返還済みまで年5分の割合による金員を支払え
（２） 前項の裁判に関する費用は，これら各原告らの負担とする。
（３） 仮執行の宣言
第２章事実
第１ 事案の概要
１ 本件は，かつて水俣湾周辺地域に居住し，後に関西地方に移り住んだ住民が，被告Y1 水俣工場からのメチル水銀化合物を含む排水によって汚染された水俣湾周辺地域の魚介類を摂取したことにより，そのメチル水銀が体内に蓄積され，様々な症状等が生じる水俣病に罹患したとして，被告Y1 に対しては，民法709条に基づき，被告国及び被告熊本県に対しては，規制権限の不行使あるいは行政指導の不作為等の違法があったとして国家賠償法1条1項（規制権限の不行使，行政指導の不作為等の違法），同法2条（公の営造物の管理責任）に基づき，損害賠償を請求している事案である。
（以下，「水俣病（メチル水銀中毒症）」に罹患しているかどうかの審理対象となっている対象者を，訴え提起前又は提起後に死亡した場合を含めて「本件患者」といい，被告熊本県については，単に「被告県」又は「県」という。）
２ 本件の主要な争点は，本件患者らの症状が被告Y1 の排出したメチル水銀中毒症によるものか及び被告国，県の国賠法上の責任の有無である。
３ 原審は，除斥期間の経過により，一部の原告らの請求を棄却し，また，その余の原告らの被告国，県に対する請求は，国賠法上の責任はないとして棄却したが，原告らの一部の者について，確率的因果関係に基づき，割合的認定に応じて被告Y1 に対する請求の一部を認容した。
４ 原審が損害賠償請求を認容した各原告は，仮執行の宣言の付された原判決の執行力ある正本に基づき，被告Y1 に強制執行を行ない，認容額及び執行費用相当の金員の給付を受けたところ，被告Y1 は，民訴法260条2項に基づき，別紙返還等申立結果一覧表の一審原告欄記載の一審原告らに対して，その返還を求めている（平成11年（ネ）第4203号事件）。
第２ 争いのない事実
原判決「事実及び理由」の「第二章」の「第二争いのない事実」〈編注・訟務月報41巻8号（以下月報巻号省略）1807ページ下段12行目〉を引用する。
第３ 争点
本件における争点は，本件において除斥期間の適用の当否及びその起算点のほか，大別すると以下の三点である。
１ メチル水銀中毒症の病像
いかなる症候があれば，メチル水銀中毒症と認められるかという問題である。この点について，原告らは，被告らが主張する病像は狭きに失するとし，後記のようなより広い病像を主張しているが，被告ら主張の病像で必要とされる症候を持つ者をメチル水銀中毒症と判断すること自体は争っていない。
２ メチル水銀中毒症の有無
次に，被告らに，民法709条又は国家賠償法上の損害賠償請求を認めるための要件が問題となる。具体的には，本件患者が水俣病に罹患しているか（メチル水銀中毒症であるか）の問題である。
３ 被告らの責任
メチル水銀中毒症に罹患していると判断された本件患者について，被告Y1 については民法709条の不法行為責任，被告国及び県については国賠法上の責任の存否の問題である。
なお，被告Y1 は，原審第1回口頭弁論期日において，「原告ら主張の被告Y1 に対する過失の事実は基本的には争わない。」と答弁しており，過失の評価を基礎づける評価根拠事実の主要部分については争っていない。したがって，被告Y1 関係では，不法行為の成立要件のうち，この点以外が争点である。
第３章争点に対する当事者の主張
控訴理由及び当審における主要な主張として次のとおり付加するほか，原判決「事実及び理由」の「第三章」〈編注・1822ページ9行目〉を引用する。（原告らの主張）
第１ 被告国・県の責任について
１ 被告国・県に対する責任原因は，整理すると次の3点である。
（１） 水俣病被害を拡大させ，放置し，これを切り捨てた責任
この責任原因の主張は，当審において，明確にしたのであるが，その具体的内容は，被告国・県が水俣病患者を隠匿，放置し，住民調査・集団検診・追跡調査を懈怠したうえ，データを隠匿し，患者を切り捨て続けたことについての責任である。すなわち，水俣病患者診査協議会は基本的に患者切り捨て機関としての性格を持ったものであるし，被告国や県は住民調査・集団検診と（ママ）怠ったうえ，一部の研究者や職員が苦労して得た貴重なデータ（例えば毛髪水銀量調査）を無視・放置し，かえってこれを隠蔽したりし，また，認定申請制度においては本人申請主義をとった上で不充分な広報活動しかしなかった。さらに，52年判断基準は不当な内容であって，患者切り捨てを目的としたものである。
（２） 被告Y1 の有機水銀垂れ流しに加担したという共同不法行為責任
（３） 被害発生を防止し得なかったという不作為の不法行為責任
２ 個別法規の解釈適用について
原判決は，食品衛生法を消極的な警察取締法規とし，また，水質二法については食中毒の防止ということまで具体的に対象としていないとして，行政庁の規制権限を認めなかったが，その説示は，抽象的であって，説得力のあるものではなく，極めて硬直した判断である。また，熊本県漁業調整規則32条適用の要件がなかったとの判断も失当である。
３ 除斥期間について
（１） 原判決は，民法724条後段の規定を除斥期間とする最高裁判決（平成元年12月21日，民集43巻12号2209頁）を引用したうえ，除斥期間については，当事者の主張がなくとも，裁判所は請求権を消滅したものと解するべきだとして，除斥期間の経過を理由に，原告ら12名の請求を棄却した。
しかし，原審の引用する民法724条後段の規定を除斥期間とする最高裁判決については，ごく一部を除き学説はこぞって反対している。また，最高裁判決は，下級審判例の集積の上に，あるいは充実した法理論的検討になされたものとは言い難い。民法724条の立法系譜はドイツ法系に属するとされているところ，100年余にわたり判例史を有するドイツにあって，判例理論上，除斥期間に信義則の適用があることは確立している。よって，上記の最高裁判決は誤っており，早期に修正，変更されるべきものである。
ちなみに，集団的公害・労災訴訟において，下級審は，被害者本人に責任のない種々の事情から，不法行為による損害賠償請求の提訴が遅れた場合に，被害者の権利が保全されるよう理論構成をしてきた。
（２） 本件において，信義則上あるいは権利濫用の法理によって，加害債務者に除斥期間の経過による受益が許されるべきでない事情が無尽蔵であるが，原告らが責任原因において主張している事情，すなわち，被告Y1 及び行政当局が，メチル水銀による侵害事実を隠蔽・放置し，被害を拡大させ，正しい対処方法を教示しないで，原告ら住民を切り捨てたこと及び認定申請手続の不教示と申請手続に対する妨害，長期保留等をもって明白といえる。
原判決は，除斥期間の適用に，弁論主義の適用はない旨断言しているが，弁論主義の不適用は，民法90条の公序良俗違反等の自由な処分行為に委ねるのが適当でないといった法秩序が問題となる場合になされることである。
被告Y1 が除斥期間の援用をしなかったのは，不法行為責任を回避することができないし，これを回避しないことが企業としての社会的責任を果たすことにあるとの企業判断によるものであって，このような任意の意思表示を無効として契約義務の不存在を強制することは，司法権限の濫用である。
（３） 原判決は，除斥期間の起算点に関して，民法724条後段に，不法行為の時と定められている以上，客観的に不法行為の要件が充足された最初の時点，すなわち，客観的に損害の一部でも発生した時点であるとし，原告らに関しては，本件患者らが水俣湾周辺地域から転居して水俣湾内の魚介類の摂食を中止してから遅くとも4年を経過した時点をもって，客観的に損害の一部でも発生した時点であるとして除斥期間の起算点とした。
しかし，そもそも，有機水銀中毒症は，毒物摂取を断ってから10年以上経過してから発症することもあり得る。そして，本件患者らは，水俣周辺地を離れてから，相当の時間をかけて次第に水俣病の症状を発現するに至ったもので，長い期間中に症状が多様化し且つ深刻化してきた者が多い。また，遅発性水俣病の発症は，多くの場合，知覚症状に始まり，漸次他の症状に及んでいくのである。
これらの事情からすると，本件患者らが水俣湾周辺地域から転居して4年を経過した時点をもって除斥期間の起算点とする原判決の考えに合理性はない。起算点は，水俣病の初期症状のあった時点ではなく，各原告に即して，水俣病の完成がみられる時期，すなわち，水俣病の症状の憎（ママ）悪過程が終了した時期とするべきである。
また，被告Y1 による水俣病被害者は，補償制度を唯一の救済を受けるべき制度として活用してきた，換言すれば，水俣病認定申請は，水俣病被害者にとって，実質的にはY1 に対する損害賠償請求だったのであって，この点からも原判決の判断は失当である。
（４） 原告らの基本的主張は，本件では，そもそも除斥期間を論じること自体が誤っているというものであるが，少なくとも水俣病について政府の公式見解発表の日である1968年9月26日までは除斥期間の起算はされるべきではない。
第２ 因果関係の立証及び病像論について
１ 原判決は，52年判断条件を絶対的基準として，原告らの症状が水俣病症状であるか否かを判定している。しかし，52年判断基準は，水俣病症状を幾つかの症状に限定的に類型化し，その症状の一定の組合せを水俣病と認める不可欠の要件とする点にあり，同条件に該当しない四肢末端優位の感覚障害を有する1万人以上の患者を水俣病でないとして切り捨てる基準である。水俣病の症状は，メチル水銀汚染魚介類を長期間摂食した人に不可逆的に生じる症状であることは周知の事実であるのに，52年判断条件は，メチル水銀の曝露条件では不充分であるとし，別に設定された類型該当性を要求するもので，極めて不当な条件である。
２ 疫学による因果関係について
疫学は，科学に裏付けられた経験則であって，その結論は高度の蓋然性を有し，イタイイタイ病事件（富山地裁昭和46年6月30日判決），四日市ぜんそく事件（津地裁昭和47年7月24日判決），大阪西淀川大気汚染公害事件（大阪地裁平成7年7月5日判決），川崎大気汚染公害事件（横浜地裁平成10年8月15日判決）等の判例及び学説により法的因果関係の証明として採用されている。
疫学によれば，メチル水銀の曝露を受けた事実と四肢末端優位の感覚障害があれば，当該患者が99パーセント以上の確率をもって水俣病（メチル水銀中毒症）であることが証明されている（〈証拠略〉の「水俣病問題に関する意見書」，〈証拠略〉の「日本精神神経学会見解書」）。よって，本件患者らがメチル水銀中毒症に罹患していることは明白である。
被告国は，当審においても，データーに基づく科学的根拠によることなく，疫学について批判しているだけである。
３ 四肢末梢優位の感覚障害について
メチル水銀中毒の主要な症状の一つに四肢末梢優位の感覚障害があるが，その原因は大脳皮質が障害されることにある（いわゆる中枢説）。この点につき，原告らは，原審では，末端神経が障害されることが原因だとしてきたが，当審ではその主張を変更する。その事情は次のとおりである。
（１） 被告国，県は，わが国の水俣病の病理研究を無批判に肯定して，水俣病の感覚障害には大脳の障害と末梢神経の障害のいずれもが関与しているとの立場を維持しているが，それでも病理学的知見等において，中枢優位を示唆する知見が多いことは認めているのであって，この限度では双方の見解は一致しているともいえる。
（２） 水俣病の初期の論文に現れている症例は，大脳皮質障害であることを示唆していた。すなわち臨床症状についての報告（〈証拠略〉「熊大医学部水俣病研究報告班報告」48頁等）は，38名の症例で腱反射が正常または亢進，運動麻痺がなく，しびれ感などの異常知覚，四肢末端での障害が認められたとしており，初期の病理の報告（〈証拠略〉）も，末梢神経に顕著な病変がないと大脳皮質障害を示唆していた。
また，ハンター・ラッセルの報告（〈証拠略〉），スウェーデンレポート（〈証拠略〉），イラクのメチル水銀中毒に関する1974年の報告（〈証拠略〉）WHO環境保護クライテリアＩ，101（〈証拠略〉），イラクのメチル水銀中毒に関する1980年の論文（〈証拠略〉），アメリカニューメキシコ州のメチル水銀中毒に関する報告（〈証拠略〉）及び最近刊行される著名な海外の文献（〈証拠略〉）も同様の見解である。
さらに，二宮・浴野らによる疫学調査（〈証拠略〉）及びA病院の検査結果などによって明白である。すなわち，二宮らは，不知火海沿岸住民には，有意に，大脳皮質障害に特徴的な複合感覚の低下（二点識別覚，立体覚，アクテブセンセーション等の低下）が口周囲と手の末端に現れることを疫学調査で実証し，また，A病院のB・C医師を中心とするチームは，1997年7月から8月にかけて（一部は1999年3月），死亡原告を除く患者39名全員と対照群78名を対象にして感覚障害に関する集団検診を実施した。この調査によって，両グループ間の感覚障害に関する検査値に截然とした相違のあること，そして，原告らの感覚障害が中枢性（大脳皮質感覚領野起因）のものであることが，劇的に証明された。
すなわち，A病院での上記集団検診において極めて特徴的に見い出されたことは，まず第一に，大脳皮質障害により特異的に生ずる2点識別覚障害についてのテストで，〈証拠略〉（二点識別覚閾値の散布図《舌先》）に見るように，水俣病群（緑色菱形）と対照群（朱色丸形）とが年令に関係なく2mm以下と3mm以上の領域にはっきりと分かれることである。対照群では圧倒的多数が2mm以下であるが，水俣病群ではマーク2個を除く全員が3mm以上の検査値を示しているのである。こうした著差は定量知覚計による痛覚閾値の検査でもみられる（〈証拠略〉，定量知覚《針手掌》痛覚閾値の散布図）。
他方，A病院が，念のため，逆の視点から傾向を見た末梢神経の伝導速度のテストでは，〈証拠略〉（筋電計・MCV《正中神経》値の散布図）にみるとおり，朱・緑のマークが完全に入り乱れ，両グループ間に差のないことが確認されている。これは運動神経の伝導速度について検査したものであるが，両者に有意差のないことが極めて鮮明にあらわれており，水俣病群・対照群ともに末梢神経が障害されていないことを強く推認させる検査結果である。
ちなみに，被告国・県は，このような疫学的調査をしたことはなく，感覚障害検査の一般的な信用性や限界（感覚が鈍麻していればテストはできない云々）などを持ち出して難癖をつける程度にとどまっている。
４ 大脳皮質障害による感覚被害の特徴
（１） これまでの研究結果，海外も含む医学書によれば，大脳皮質障害による感覚被害の特徴として，[1]全身が障害されるが，四肢末端，口周囲の感覚障害の優位に障害されること，[2]感覚が全部なくなる訳ではないこと，[3]識別性感覚（2点識別覚や立体覚など）が強く障害されることが指摘されている。
（２） そして，大脳皮質障害による感覚被害において，[1]すべての感覚が同じように障害されるとは限らず，痛覚は強く，触覚は弱く障害されたり，2点識別覚は強く，立体覚は弱く障害されるなどの所見の垂離すること，[2]日によって，また同一日でも時間によって，同一程度の刺激を与えても検査での反応が異なり，しきい値が定めがたいこと，すなわち所見の変動などがあることが国内外の文献（〈証拠略〉）で指摘されている。
５ 水俣病の感覚障害の判定の留意点
（１） 大脳皮質が障害された患者は，自分が障害されていることを自覚できないため，訴えが拙劣で，その所見が変動するが，判定において，この点に留意しなければならない。
（２） さらに，以下の点にも留意するべきである。
[1] 全身型の感覚障害も水俣病の感覚障害であること（中心後回が両側とも障害された場合は，体性感覚野が全身の感覚を司っているので，全身の感覚障害が起こるが，全身の中で，手，足，唇，舌が占める範囲が広いために，四肢末端や口周囲の感覚障害が優位に認識される。このことは，水俣病の場合も同様で，原判決は，全身型の感覚障害は四肢末端優位の感覚障害に比べて水俣病らしさが低減するかのように断じているが，これは誤りで，むしろ四肢末端優位という所見が取れないほどに全身の感覚が低下していると考える方が合理的である）。
[2] 水俣病の感覚障害については表在感覚のみならず複合感覚（識別性感覚）の検査も必要である。表在感覚が低下していても，消失の程度に至らない場合には複合覚障害の検査は十分可能で，イラクのメチル水銀中毒の事例でも，複合覚の検査は行われており，表在感覚の低下と共に複合覚の低下が認められた患者の報告がなされている（〈証拠略〉）。
[3] 人間だからね（ママ）多少の左右差はあってもおかしくないしね（ママ）脳血管障害を合併している可能性もあるから半身優位の感覚障害も水俣病には存在する。
[4] 患者の訴えが正しいか否かはコントロールとの比較でわかることであり，変形成頸椎症，糖尿病との鑑別等，他疾患との鑑別は極めて容易である。
６ 原判決は，感覚障害のみのメチル水銀中毒症が存在するとは言えないと結論づけているが，感覚障害のみのメチル水銀中毒症（水俣病）の存在は実証済みである（〈証拠略〉）。
また，原判決は，原告患者59名のうち，棄却した原告患者を除く42名全員について，運動失調なしとしたが，原告患者と同年齢のコントロール群に一人も運動失調の所見を持つ者がいないということはありえない。原判決がこのような過ちを犯したのは，運動失調を小脳性に限定し，また，運動失調の所見のみかたを曲解した結果，A病院で取った所見の（総合的）判断をことごとく信用できないと判断したためで，このような判断の不当性を裏付けるものである。
第３ 個別患者について
１ 上記のとおり，疫学によれば，水俣湾沿岸に居住していて水俣湾の魚介類を多食していたという経歴のある者が，四肢末端優位の感覚障害の症状を有していれば，それだけでメチル水銀中毒に罹患していると認定して良い。また，A病院の検査結果は信用すべき内容であり，本件患者ら全員がメチル水銀中毒に罹患していることは明らかである。
２ 損害額であるが，公害健康被害補償法施行令10条は，法26条が定める障害補償費について，特級から3級までの四段階に区分している。そして，特級と1級はいずれも障害補償標準給付月額の1・0（100％），2級が0・5，3級が0・3となっており，公害患者に対する補償が労働者災害補償給付と比して較差を生じないように措置することを基準にしていることが判明する。
ここで公害患者の中で特級とは，労働することができず，日常生活に著しい制限を受ける程度の心身の状態で，常時介護を必要とするもの，1級とは，労働することができず，日常生活に著しい制限を受けるか，又は労働してはならず，日常生活に著しい制限を加えることを必要とする程度の心身の状態であり，2級は労働に著しい制限を受け，日常生活に制限を受けるか，又は労働に著しい制限を加え，日常生活に制限を加えることを必要とする程度の心身の状態，3級は労働に制限を受け，日常生活にやや制限を受けるか，又は労働に制限を加え，日常生活にやや制限を加えることを必要とする程度の心身の状態にあるが，本件一審原告らはいずれも，この特級～3級のいずれかに該当する人たちである。
（被告Y1 の主張）
第１ 損害賠償責任について
被告Y1 は，原審が損害賠償請求を認容した本件患者らについても，水俣病に罹患している高度の蓋然性はないと判断しており，賠償責任はない。
第２ 平成11年（ネ）第4203号事件（民訴法260条2項の申立）について別紙返還等申立表の原告欄記載の各原告らは，仮執行の宣言の付された原判決の執行力ある正本（大阪地方裁判所昭和57年（ワ）第8234号，同59年（ワ）第4359号，同60年（ワ）第4018号，同60年（ワ）第10506号，同61年（ワ）第9297号，同63年（ワ）第1169号併合事件の仮執行宣言付判決正本）に基づいて，平成6年7月11日，同年8月4日，同年9月5日，同年10月5日，同年11月4日，被告Y1 本店において強制執行を行い，小切手及び現金をそれぞれ差押え（小切手は，請求債権の支払いのために差押えられたものであり，各現金は，執行費用の総額として差押えられたもの），各同日，各小切手の支払いを受け，平成6年11月4日までに，各自，別紙返還等申立表の求償請求債権支払額欄記載の各金員の給付を受けると共に，執行費用支払額欄記載の各金員の給付を受けた。
そこで，被告Y1 は，民訴法260条2項の申立をして，これら原告らに対し，それぞれ別紙返還等申立表の請求債権支払額欄記載の金員及び執行費用支払額欄記載の金員を合計した同表合計額欄記載の各金員の返還及びこれに対する平成6年11月5日から返還済まで民法所定の年5分の割合による損害金の支払いを求めた。
（被告国，県の主張）
第１ 責任について
１ 現時点でこそ，メチル水銀中毒発生のメカニズムや，被告Y1 水俣工場の製造過程でメチル水銀が発生し，それが水俣湾に流出していたことが判明しており，それを前提にすれば，被告国・県のとった方策に批判があるかもしれない。
しかし，問題は，当時において，何が判明しており，そして，どのような対応が出来たかである。本件患者らが水俣湾周辺地域を離れた当時の科学的知見では，上記のようなことは解明されていなかった。さらに，メチル水銀を含む排水の規制をしようにも，メチル水銀の検出そのものが昭和43年ころまでは出来なかったのである。
２ したがって，原告らの主張する食品衛生法，水質2法などを根拠とする規制は，法律上の根拠を欠き，実施できるものではなかった。被告国・県は，限られた状況の中で適切な行政指導をしており，その面でも違法な点はない。
第２ 病像について
１ 52年判断基準が正しいことは，原判決の「被告らの主張」のとおりである。水俣病は，メチル水銀が魚介類に蓄積され，それを多量経口摂取することによって神経系が障害される中毒性疾患であり，消化管から吸収されたメチル水銀が，血液を介して全身に分布し，特定の神経を障害することによって発症する神経系疾患で，障害される神経部位に対応した臨床症状を呈するものである。
水俣病患者の病理解剖の結果によれば，体内に摂取されたメチル水銀は，人の神経系の「特定部位」を障害することが判明している。この「特定部位」とは，大脳においては，後頭葉鳥距野（視野の中枢），頭頂葉中心後回領域（感覚の高次中枢），側頭葉の横回領域（聴覚の高地中枢）の各部位を，小脳においては，虫部及び半球の双方の部位であり，脊髄末梢知覚神経も侵される（脊髄末梢運動神経は，軽度か，全く障害をみないことが多い。）。このように，メチル水銀の障害部位は，極めて高度の取込みがあった場合は別として，基本的にこれら神経系の特定部位に限定されている。
そして，[1]大脳中心後回及び末梢知覚神経が障害されることにより四肢末端の感覚障害が，[2]全小脳が障害されることにより小脳性運動失調（協調運動障害及び平衡障害）が，[3]後頭葉鳥距野が障害されることにより求心性視野狭窄が，[4]側頭葉横回が障害されることにより後迷路性難聴が，それぞれ出現するとされている。
２ このように，水俣病は，経口摂取されて消化管から吸収されたメチル水銀が，血液を介して全身に分布し，その結果として，メチル水銀に障害され易い特定の複数の部位を障害することによって発症する神経系疾患であるから，単一の症状のみが出現することは考え難いし，症候は左右均等に現れ，何らかの合併症でも存しない限り左右差が生じるということは考えにくいのである。
また，水俣病は，主として中枢神経系疾患であり，障害される中枢神経部位が特定している上に，いったん障害された中枢神経細胞が再生し，回復することはないから，障害部位が変動するということはないし，時が経つにつれて脳の代償作用によって症候が多少改善するということはあっても，時期によって臨床症候が出現したり消失したりするということも考え難い。そして，これらの障害される部位の特徴ある組合せから病理学的に水俣病と診断することができる。
３ 水俣病にみられる感覚障害は，主として脳の頭頂葉の中心後回領域（感覚の高次中枢）及び四肢の末梢知覚神経が障害されることにより生じるものと考えられて，表在感覚（触覚，痛覚，温度覚等），深部感覚（関節位置覚，振動覚，圧痛覚等）及び複合感覚（二点識別覚，立体覚等）が低下し，その程度はほとんど感覚の脱失に近いものからごく軽度のものまで様々である。また，各感覚障害の現れる部位は，原則として，左右の四肢の末端部（末端部ほど強い）であり，左右対称的に現れる，いわゆる多発性神経炎型（手袋靴下型）の感覚障害である。
また，水俣病にみられる運動失調は，小脳の障害による器質的障害であるから，失調症状が真実認められるものとすれば，検査時期を異にしても，異常がみられたり，正常であったりと検査結果が変動することはない。そして，メチル水銀により小脳の虫部及び半球の双方が障害される結果，平衡障害及び四肢の協調運動障害が，左右同程度に出現するもので，通常，四肢の協調運動障害と平衡障害の一方だけが出現することはなく，上肢と下肢の検査所見との間にも，顕著な所見の差はみられず，殊に半身性に現れることはない。
その態様も，協調運動についていえば，動作の不規則性を基調として，ターミナルトレモール（運動時，特に終結点によくみられる企図振戦），ジスメトリア（随意運動を目標のところで正確に止めることができない現象），デコンポジション（動作の解体）といった小脳障害の特徴を有する。
したがって，運動失調が左右の一側にのみ生じている例，上肢のみ，あるいは下肢のみに生じている例，協調運動の異常所見が乏しいにもかかわらず平衡機能のみに顕著な異常を示している例，あるいは，その異常が小脳障害の場合における特徴を有していない例等については，水俣病にみられる全小脳性の運動失調があると判断することはできない。
４ なお，原判決は，「少なくとも，新潟水俣病で確認されたような類型の遅発性水俣病が存在すると認めることができる。」としているが，長期微量汚染が水俣病の発症に影響を及ぼすとは考えられず，遅発性水俣病は，仮説の域を出ないもので，認められるべきではない。
５ 疫学について
疫学的因果関係の推論は，あくまで集団的な因果関係の推論であり，その推論を当該調査対象集団に属しない個人についてまで及ぼすことは飛躍である。
６ 確率的因果関係について
原審の採用した確率的因果関係は，因果関係の認められる蓋然性の程度（確率）に応じて賠償額を認めようとする考え方であるが，このような考え方は，訴訟における証明の程度について，高度の蓋然性を要求し，これに達しない場合には証明責任を尽くしていないとして，証明責任を負担する側の主張を排斥するという民事訴訟の一般原則に反するものであって，認められるべきではない。因果関係の認定としては，肯定するか，否定するか，真偽不明とするかの三者しかなく，中間的な認定の余地はない。原判決は，本件は例外的に確率的判断ができる事由を挙げているが，事由となっていない。
７ 個別患者について
52年判断基準に照らせば，本件患者らは水俣病に罹患しているとはいえない。^n
８ 除斥期間について
（１） 原判決が引用している判決後においても，最高裁は，傍論においてではあるが民法724条後段に規定する20年の期間が除斥期間である旨を判示している。そして，その起算点は，文言どおり，「損害発生の原因となる加害行為が行われた」時点を意味していると解するべきで，圧倒的多数の裁判例がこの立場に立っている。
そして，〈略〉（原告番号17），〈略〉（原告番号24），〈略〉（原告番号32），〈略〉（原告番号33），〈略〉（原告番号39），〈略〉（原告番号40），〈略〉（原告番号50），〈略〉（原告番号51），〈略〉（原告番号54），〈略〉（原告番号56），〈略〉（原告番号58）の原告らは，供述録取書等からすれば，本訴提起時までに，水俣周辺地から転居して除斥期間である20年以上を経過している。よって，これら原告に関しては，損害賠償請求権が発生していても，除斥期間の経過により消滅している。
（２） 客観的に損害の一部でも発生した時点を起算点とするべきであるとの原判決の立場は，上記のとおり遅発的水俣病という考え方自体に問題があり，また，転居4年後に症状の一部が発症したとの立証はない。よって，起算点を転居4年後とする原判決判断はこの点からも失当である。
第４章損害賠償請求についての判断
（概要）
被告Y1 に関しては，当裁判所も，原判決が説示するところと同様の理由により賠償責任があり，（原審とは立論を異にするが）後記の原告らについては，損害賠償請求の一部は認容されるべきものと判断する。そして，被告国，県についても，被告Y1 が昭和35年1月以降も有機水銀を含む排水を放置していたことについて，国賠法上の責任があると判断するものである。
原告らの罹患の有無の判断は，認容されるべき賠償額とも関連することなので，まず，被告国，県の責任原因及びその範囲（民法724条後段の解釈，除斥期間の起算点の問題等）について検討する。原審の認定，判断は極めて詳細になされているので，煩雑さを避け，当審での判断が明確になるように配慮したうえで，以下において，原審の認定，判断と同旨の部分はできる限りこれを引用する。
なお，以下において，「水俣病」ではなく，できるだけ「メチル水銀中毒症」あるいは「本件メチル水銀に起因する症状」との文言を用いるが，その理由は，後記のとおりである。
（被告Y1 の責任について）
原判決「第二被告Y1 の責任」「一過失の自認」（第二分冊，二一〇頁から二一一頁）〈編注・2015ページ上段12行目から2016ページ上段6行目〉判示のとおりであるから，これを引用する。
（被告国，県の責任について）
第１ 基本的問題点
１ 公権力の行使に当たる公務員の行為が国賠法1条1項の適用上，違法であると評価されるには，損害賠償を求めている当該国民に対して，当該公務員が個別具体的な職務上の法的義務を負担し，且つ，当該行為がこの職務上の法的義務に違反してなされた場合でなければならない。よって，規制権限の行使・不行使に係る当該公務員の職務上の法的義務は，基本的にその規制権限を規定する根拠法規に求められる。
公務員の規制権限の行使は，原則として法律上の明文の根拠を要する（法律による行政の原理）が，根拠法規によって与えられたこの規制権限の不行使が違法であるか，すなわち，権限行使の作為義務が認められるかは，規制権限が付与された趣旨・目的等に照らして検討されるべきである。
公務員の職務上の法的義務は，基本的にその規制権限を規定する根拠法規に求められるので，公務員に規制権限を行使すべき作為義務あるいは行政指導すべき作為義務があるというためには，（１）原則として，法律上の明文の根拠を要し，（２）且つ，権限不行使の時点において権限を行使し得る要件が充足されていることが必要である。
２ 他方，法により，規制権限を行使するための要件が充足されていても，[1]（ママ）その権限を行使するか否かについて一定の裁量が認められている場合，あるいは（２）権限を行使する要件の存否の判断について裁量が認められている場合，のように，規制権限の行使及び要件が行政庁の裁量にゆだねられている場合には，その時点における知見等を基準として，権限行使を行政庁にゆだねた根拠規定の趣旨，目的，性格等に照らし，その権限の不行使が許容される限度を逸脱して著しく不合理と認められるなど特段の事情のない限り，原則として，行政庁に作為義務は発生せず，したがって，公務員が規制権限を行使しないことにつき，その当・不当が問題とされることはあっても，それが違法とされることはない。
３ 被告国，県の規制権限の行使あるいは不行使の違法は，以上の見地から検討されるべきである。
第２ 基本的事実経過
次のとおり削除付加あるいは訂正するほかは，原判決第六章第一「基本的事実経過」（第二分冊，八七頁から二〇九頁）〈編注・1943ページ下段16行目から2015ページ上段10行目〉のとおりである。以下において，煩雑さを避けるため，加除，訂正部分の特定は，その項目を「『』」で特定し，その開始頁と終了頁を記載することとした。なお，削除付加は，被告国，県の責任の存否に関係する事実である。
１ 第六章第一「四昭和34年12月以降原因の確定まで」の『2 有機水銀の抽出まで』（原判決第二分冊，一七二頁から一七四頁）〈編注・1993ページ上段6行目から1994ページ上段14行目〉の項全部を次のとおり変更する。
「2 有機水銀の抽出まで
（１） 内田教授らの研究
内田教授らは昭和35年から同36年にかけて，生化学的立場から水俣湾産のヒバリガイモドキから有毒物質を抽出し，これが水俣病類似症状を惹起し得ることを確認し，昭和36年になって，それがCH3-Hg-S-CH3であると発表した（〈証拠略〉）。
（２） 入鹿山教授らの研究
入鹿山教授は，水俣湾産のヒバリガイモドキを磨砕し，ペプシン消化し，これを水蒸気蒸留して有機溶媒で抽出し，これを猫などに投与すると，脳幹を通過して蓄積することが判明し，ヒバリガイモドキの中に有機水銀が存在することが確認されたので，この実験結果を昭和36年9月1日発表した（〈証拠略〉）。
このように，水俣湾産の魚介類から有機水銀を抽出することに時間がかかったのは，メチル水銀のような低級アルキル水銀が生体中のタンパク質と結合していて，単純な操作では有機溶媒に抽出されなかったことによる（〈証拠略〉）。
入鹿山教授らは，昭和34年8月及び昭和35年10月にY1 水俣工場の酢酸工程の反応管から直接採取していた水銀滓から有機水銀を抽出することに成功したが，その構造は，内田教授らが水俣湾産ヒバリガイモドキから抽出したのとは異なり，CH3HgClであるとし，この実験結果を昭和37年8月に発表した（〈証拠略〉）。入鹿山教授らは，アセトアルデヒド製造施設内におけるメチル水銀化合物の生成機序について解明すべく，Y1 水俣工場のアセトアルデヒド施設で用いた触媒（無機水銀）からメチル水銀化合物が生成するかについて実験を行ったところ，生成機序のすべてを証明し得たとはいえないとしながらも，アセチレンと無機水銀との反応では直接メチル水銀化合物は生成しないが，これに無機水銀，鉄塩，二酸化マンガン及び塩化物を加えることによりメチル水銀化合物の生成が推知されたとし，昭和42年6月，この実験結果を発表した（〈証拠略〉）。
さらに，入鹿山教授らは，昭和41年7月，10月及び12月にY1 水俣工場内の排水処理系統の水銀汚染の調査を行い，アセトアルデヒド製造設備の精溜塔排液等からメチル水銀化合物（CH3 HgCl）を検出し，昭和42年8月，その調査結果を発表した（〈証拠略〉）。」
２ 第六章第一「七メチル水銀に関する知見」の「3 水銀の定量分析の変遷」の『（一）昭和34年当時の有機水銀の定量分析技術』（原判決第二分冊一九〇から一九二頁）〈編注・2003ページ下段14行目から2004ページ下段15行目〉を次のとおり変更する。
「（１）昭和34年当時の有機水銀の定量分析技術
昭和34年当時の総水銀の一般的な定量分析技術としては，無機あるいは金属水銀を分析対象とする発光分析法，水溶状態にした（イオン化した）水銀を分析対象とするジチゾン比色法があった。
このうち，発光分析法の原理は，元素（原子）が放出するその元素特有のエネルギー（輝線スペクトル）の種類と強さを検出することにより元素の特定と定量を行うというものであるが，これでは金属成分（元素）の定性分析しかなし得ず，水銀化合物の分析は不可能であり，その分析限界も数ppmであった。したがって，排水中などに含まれる微量の水銀化合物の定量分析は全くできなかった。
他方，ジチゾン比色法というのは，ある特定の条件下（酸性）で，特定金属イオンとジチゾン（ある種の有機試薬）が結合した化合物（キレート）の呈する色の強弱を比色計で測り，その金属の定性，定量を行うというもので，あらかじめ試料に酸化剤を加えて加熱し，酸化分解すれば，有機又は無機の金属化合物が分解され，金属イオンが単離するので，含まれているすべての金属を分析できる。したがって，有機水銀であろうが，無機水銀であろうが，試料を酸化分解しジチゾン比色法を用いることにより，総水銀の定量分析がなされる。これについては，通常の操作ではサンプル量500ミリリットル当たり（当時としては，これがサンプルの限界量であった）で0.0 1ppmが定量限界であった（〈証拠略〉）。
しかし，昭和34年11月下旬ころにおいて，工業技術院東京工業試験所は独自に工夫したジチゾン比色法によって総水銀を0.001ppmレベルまで定量分析し得る技術を有していた。そして，東京工業試験所は，昭和34年11月26日から翌昭和35年8月24日までの間，通産省の依頼によって，Y1 水俣工場の工場排水中の総水銀をジチゾン比色法によって定量分析し，0.002ないし0.084ppmの検査結果を報告している。（〈証拠略〉）」
３ 第六章第一「七メチル水銀に関する知見」の「4 メチル水銀中毒（ママ）の副生」の『（二）アセトアルデヒド生産工程における副生』（原判決第二分冊，一九六頁から一九八頁〈編注・2007ページ下段2行目から2008ページ上段17行目〉を次のとおり変更する。
「（２）アセトアルデヒド生産工程における副生
アセトアルデヒド生産工程中のアセチレン加水反応において，触媒たる無機水銀化合物は何らの化学反応もせずに存在しているわけではなく，極めて模式化していえば，最初にアセチレンと反応して一定の中間体を形成し（炭素との結合を有するので一種の有機水銀化合物というべきであるが，メチル水銀化合物ではない。），次の段階でアセトアルデヒドを放出して元の無機水銀化合物に戻るという反応を繰り返すのである。そして，その過程でアセチレンからアセトアルデヒドが生成されるのであるが，このような当時一般に考えられていた反応を繰り返している限りは，メチル水銀化合物が形成されることも，それが工程外に排出されることもない。この化学反応において中間体が有機水銀化合物であることは，早くから知られているが，それ自体は，水俣病等を引き起こすものではない（〈証拠略〉）。水俣病の原因究明における問題点は，アセトアルデヒド製造工程においてこの一般的に考えられていた反応とは別の副反応が存在し，そこで有害なメチル水銀化合物が生成され，それが最終的に反応工程外に排出された点にあった。
アセトアルデヒド製造工程において，このメチル水銀の副生が発生することが解明されたのは，昭和41年に喜田村らが実証してからである（〈証拠略〉）。しかしながら，アセトアルデヒド製造工程におけるメチル水銀化合物の副生を化学的立場から指摘又は実証したものではなかったとはいえ，1930年に発表されているツァンガー論文（〈証拠略〉）には，諸外国においてアセトアルデヒド製造工場の労働者に有機水銀中毒が発生していたことが報告されており（1933年に発表のバーダー・ホルスタイン論文・〈証拠略〉には，参考文献として上記ツァンガー論文があげられている），また，1937年の発表されたケルシュ論文（〈証拠略〉）でもアセトアルデヒドを製造する際の副産物としてのメチル及びエチル水銀化合物は産業病理学的な関心であったと記されているのであって，アセトアルデヒド製造過程において有機水銀化合物が生成される可能性のあることを被告国・県が知ることは可能であったと考えられる。」
４ 第六章第一「八 Y1 水俣工場排水中のメチル水銀量の変遷」の『3 Y1 水俣工場排水経路の変遷』（原判決第二分冊二〇〇頁から二〇七頁）〈編注・2009ページ下段11行目から2013ページ下段17行目〉の項全部を次のとおり変更する。「3 Y1 水俣工場排水経路の変遷
Y1 水俣工場における主要な排水は，カーバイド残渣排水（アセチレン残渣排水とも称され，排水量は時期により多少の変動があるが，昭和34年当時で毎時約110立方メートル。以下同様），アセトアルデヒド排水（毎時約6立方メートル），塩化ビニール排水（毎時約10立方メートル），燐酸排水（毎時約70立方メートル），硫酸ピーボディ塔排水（毎時60立方メートル），重油ガス化排水（毎時約80立方メートル），カーバイド密閉炉排水（毎時約250立方メートル）の七系統（〈証拠略〉）である。このうち，水銀を含む排水はアセトアルデヒド排水と塩化ビニール排水（昇汞を触媒とし，アセチレンガスと塩化水素ガスとを反応させて塩化ビニールモノマーを生成した際，残存する塩化水素ガスを洗い流した排水であり，微量の水銀を含む。）のみであり，アセトアルデヒド製造工程で副生した微量のメチル水銀を除きほとんどが無機水銀である（〈証拠略〉）。
アセトアルデヒド排水の量は，昭和34年当時では，全体の排水量の約1パーセント程度でしかなく，また，同様に水銀を含む塩化ビニール排水の量と併せても，全体の約3パーセント程度にすぎない（〈証拠略〉）。したがって，Y1 水俣工場の排水が混合して排出された場合，排水中に含まれる水銀はメチル水銀としても総水銀としても微量である。
昭和21年から昭和33年8月まで，Y1 水俣工場では，アセトアルデヒド製造施設に鉄屑槽を設置し，これを通過させた排水を同様の経路で百間港に排出していた。この鉄屑槽は，その設置時期からも明らかなとおり，水俣病問題とは関係なく，同工場で使用する金属水銀の回収を目的として設置されたものであるが，鉄屑に多く含まれる不純物（金属）は，水銀化合物（メチル水銀も含む。）とアマルガムを作る効果があることから，メチル水銀も，鉄屑槽に精ドレン排水が滞留した時間に比例して金属水銀に還元されることになり結果として，精ドレン排水中の約20パーセントのメチル水銀を除去する効果があったことになる（〈証拠略〉）。
昭和33年9月から昭和34年10月までの間においては，アセトアルデヒド排水の排出先が百間港から水俣川に面した八幡中央排出溝に変更され，メチル水銀は八幡沖海域に排出された。正確には，精ドレン排水は，前記鉄屑槽を経て八幡プールに送られ，同プールから八幡中央排水溝に排出されることになるが，このプール及び八幡中央排水溝には，それ以前からカーバイド残渣排水，燐酸排水，硫酸ピーボディ塔排水，重油ガス化排水及びカーバイド密閉炉排水などが排出されていたのであり，これに加えて新たに比較的少量のアセトアルデヒド排水も排出されることになった。
昭和34年10月19日に酢酸プールが完成し，同年12月19日までの間，アセトアルデヒド排水と塩化ビニール排水はここを通して八幡プールに送られるようになった。これは，Y1 水俣工場が水銀の除去を目的として計画実施した施設であるが，鉄屑を敷きつめて滞留させた排水中の水銀を除去しようとするものであることから，水銀を除去する原理は前記鉄屑槽と同一である。
これに加えて，同年10月30日以降の，八幡プールの排水を八幡中央排水溝に排出するのを停止し，同プールの上澄水をアセチレン発生施設に逆送するように排水路が変更された。
昭和34年12月20日にサイクレーターの運転が開始されたが，これは，水俣病の原因物質が明らかでない段階で総合的な排水浄化を目的として設計されたものであったため，メチル水銀除去効果まで考えられていない。その浄化システムは，排水のPHを調節した後，凝集沈澱剤により排水中の固形物を除去するというものであり（〈証拠略〉），循環式凝集沈澱方式による排水浄化設備であって，実際に凝集沈澱剤を用いてもメチル水銀を除去するだけの効果はなかったが，現在では他の粒子状の物質あるいは凝集沈澱可能の物質が混入していれば，メチル水銀も一緒に沈澱することがあると考えられており，一概に効果はないと断じることはできず，現に排水がサイクレーターに流入した前後において，排水中の含有水銀量が著しく減少したとのデータもある（〈証拠略〉）。サイクレーターの運転が開始されたことに伴い，Y1 水俣工場の排水系統は，短期間のうちに何度かの変更が加えられたが，昭和35年1月末からのアセトアルデヒド排水の経路は，鉄屑層，酢酸プールを経過した後，八幡プール等を経てサイクレーターに入り，そこから百間排水溝を経由して最終的に百間港に排出されるというものである。
昭和35年8月以降，精ドレン排水をアセトアルデヒド製造装置内で循環させるといういわゆる装置内循環方式が完成したことから，他のアセトアルデヒド製造工程から生じる排水はともかく，精ドレン排水に限れば，事故時や定期解体時等の場合を除いては原則として工場外に排出されることはなくなった（〈証拠略〉）。このことは，水俣湾内の魚介類の総水銀値をみても，定着性のあるヒバリガイモドキ（イ貝）やアサリの水銀量が昭和35年から38年にかけての数回にわたる測定によれば，一時的に高くなっている時があるものの，徐々に低下していることからも裏付けられる（〈証拠略〉）。昭和41年7月以降は，Y1 水俣工場では排水を工場内で循環させるといういわゆる完全循環方式が採用され，事故時を除きすべてのアセトアルデヒド排水がY1 水俣工場外に原則として排出されることはなくなり，昭和43年5月のアセトアルデヒド生産停止により，完全に環境中にメチル水銀を排出する要因が喪失するに至った。
５ 住民の水銀汚染に関する資料
住民がどの程度水銀に汚染させたかを知る資料としては，毛髪中の水銀調査と臍帯の水銀分析がある。
（１） 喜多村らによる昭和34年12月から翌35年1月の毛髪（爪）の水銀量の調査（〈証拠略〉）によれば，患者25名中，最高は705ppmで，9名が100ppm以上を示しており，水俣地区以外の健康者16名の水銀値がほとんどが3ppm以下（他は，3，4，7ppm台が各1名）であるのに比べると大きな違いがある。なお，水俣地区の健康者19名中14名が10ppmを超えており，地区全体としてみても汚染度が高い。
（２） 熊本県は，昭和35年から昭和37年にかけて住民の毛髪水銀量を調査している（〈証拠略〉）ところ，昭和35年11月から翌36年3月の水俣市，D町，E町，F村，G村，H村の調査では，最高で920ppm，10ppm以上の数値を示した者がどの地区でも約80％以上を示しており，50ppm以上の者は水俣市では30％を超えていた。昭和36年の最高値は御所浦の600ppm，水俣市の平均値は35・1ppmで50ppm以上の者が11％，昭和37年の最高値はI地区の153ppm，水俣市の平均値は17・3ppmで50ppm以上の者が約5％であった。
（３） 鹿児島県の昭和37年の調査（〈証拠略〉）によれば，不知火海沿岸地区のJでは10ppm以上の者が約75％，50ppm以上でも約32％を占めるが，対象地区である鹿児島市では，22名中，10～20ppmが1名で他の21名は全員が10ppm以下であった。
（４） 「水俣病の原因と不知火海の有機水銀汚染・藤木素士，入鹿山且朗」（〈証拠略〉）の139頁には，昭和43年の水俣市の住民201名（患者57名，漁業従事者65名，一般住民79名）の調査によれば，患者の毛髪総水銀濃度の平均値は10・6ppm，最高値64・9ppm，最小値1・5ppmであり，漁業従事者の平均値は9・2ppm，最高値73・8ppm，最小値2・6ppm，一般住民の平均値は8・1ppm，最高値16・1ppm，最小値2・6ppmであった，昭和44年においては，漁業従事者の平均値は5・5ppm，最高値18・3ppm，最小値1・2ppmであった，昭和45年においては，漁業従事者の平均値は3・7ppm，最高値9・5ppm，最小値1・2ppmであった，と記載されている。
（５） 「水俣における保存臍帯のメチル水銀に関する研究・原田正純，藤野糺，樺島啓吉」（〈証拠略〉）によれば，乾燥し，ミイラ化していたうえ，いくつかには水銀製剤であるマーキュロクローム（赤チンキ）がついていた臍帯からメチル水銀を鑑定するのは大変であったが，水俣地区で生まれた住民の昭和10年から昭和46年までの保存臍帯97例を分析したところ，0・51～0・99ppmが16例，1・0～1・99ppmが9例，2・0ppm以上が12例で，最高は5・28ppmであり，これらの数値は昭和49年東京の0・11±0・03ppmと比べれば高く，環境のメチル水銀汚染の指標の一つとなり得るところ，臍帯のメチル水銀値の年度別変化のパターンは，被告Y1 水俣工場のアセトアルデヒド生産量のパターンと驚くほどよく一致し（このパターンの一致は，水俣湾のアサリ水銀値とアセトアルデヒド生産量でも同様にみられる。），アセトアルデヒドの生産が中止された昭和44年以降は0・5ppmを超えるものはないことが認められる。
（６） このように，昭和43年以降の水俣市住民の頭髪水銀値（全体と漁業従業者の平均，最高，最小の総水銀値，〈証拠略〉）及び水俣湾内の魚類中の水銀量（同）が著しく低下していることからすれば，昭和35年にサイクレーターが設置され，昭和41年7月にいわゆる完全循環方式が採用された後もアセトアルデヒド排水は工場外に排出され続け，それが排出されなくなるには昭和43年にアセトアルデヒドの生産が中止されるまで待つしかなかったことを示唆している。」
第３ 基本的事実から（責任の存否に関して）指摘できる事実
昭和34年末当時において，水俣病の原因物質の排出源は，被告Y1 水俣工場以外にあり得ないこと及び原因物質が有機水銀であることが高度の蓋然性をもって判明していたこと，有機水銀の定量分析は不可能であったとしても，被告Y1 水俣工場からの排水に微量の水銀が含まれていることの定量分析は，被告国，県にとって可能であり，また，被告Y1 が整備した排水浄化設備が水銀の除去を目的としたものではなかったことを容易に知り得たと指摘せざるを得ない。以下，これら事情を詳説する。
１ 原因物質の特定について
原判決「第六章第一基本的事実経過」の「三昭和三二年九月から有機水銀説まで」（第二分冊，一二五頁以下）〈編注・1966ページ上段13行目〉等での認定事実及びこれに当審において削除，付加した事実からすると，被告県の依頼で昭和31年8月組織された熊大研究班の昭和34年7月22日の研究報告会に至るまでの武内教授，喜田村教授らをはじめとする各種研究の成果，厚生省食品衛生調査会水俣食中毒部会の中間報告（同年10月6日）及び食品衛生調査会の厚生大臣への答申（同年11月12日）等によって，遅くとも同年11月末ころには，水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物であることは，高度の蓋然性をもって判明していたと認められる。
（１） この点について，昭和34年11月末当時においても，被告Y1 ，東京工業大学教授清浦雷作及び日本化学工業協会理事大島竹治らの熊大有機水銀説に対する批判的見解が存したこと，また，熊大研究班内においても宮川教授らによるタリウム説の主張が存したことは，原判決「第六章第一基本的事実の経過」の「三昭和三二年九月から有機水銀説まで」の「（２）（編注・「（２）」は「（二）」の誤り）熊大研究班の研究報告会」（原判決第二分冊一四四から一四六頁〈編注・1977ページ上段13行目から1978ページ下段3行目〉，特に，その末尾），「（４）（編注・「（４）」は「（四）」の誤り）熊大研究班の有機水銀説に対する批判」（一四八，一四九頁〈編注・1978ページ下段14行目から1980ページ上段8行目〉）で認定するとおりである。
（２） しかし，これらの見解は，いずれも有機水銀説を否定するに足りる合理性を有していなかった。すなわち，清浦教授は，昭和34年8月24日から29日にかけて水俣病の水銀濃度を測定し，その結果同湾の海水中の水銀濃度は他の同種工場が存する地域に比べて異常ではないとして，熊大の有機水銀説を批判したのであるが，この調査方法は海水だけしか検査していない点で十分な検査を行っているものとはいえず，また，同教授は自己の見解を同年11月10日「水俣湾内外の水質汚濁に関する研究（要旨）」（〈証拠略〉）と題する文書にまとめたが，同文書そのものにはデーターはほとんど添付されておらず，同文書中において「詳細なデータは現在整理中」と記載されていたが，後に，そのようなデータが公表された形跡はなく，同教授による他の地域との比較の仕方に科学的裏付があるのか極めて疑問が存すること等からすると，この批判は首肯し難い。
大島理事による批判的見解は，水俣，八代一帯に存した特攻隊と軍隊の弾薬集積所から水俣湾内に戦後投棄された爆薬・薬品から四エチル鉛，ヘキソーゲン，ピクリン等の化学薬物が昭和31年ころ流出したことが水俣病の原因ではないかとする説であるが，「終戦時K（L）に於ける軍需品処理について」（〈証拠略〉）によれば，L地区にあった旧海軍の弾薬が戦後駐留軍によって運搬撤去され，残存部品は某会社により買い取られ海路運搬されており，これらをK付近に海中に投棄した事実はないことが認められる。
水俣市衛生課は，このことを関係者から事情聴取して知っていたし，また，既に熊大研究班第一報掲載の喜田村教授らによる「熊本縣水俣地方に発生した原因不明の中樞神經系疾患について」（〈証拠略〉）によって調査報告されており，そして，大島理事から自説の証拠となる資料等は一切公表されることがなかったことからすると，責任ある意見であるのか疑わしいものであった。
（３） 次に，熊大研究班の宮川教授は，研究開始当初からタリウム説を唱え研究を重ねていたが，昭和33年4月16，17日に開催された水俣奇病研究発表会での同教授の研究経過報告及びそれまでの熊大研究班の研究結果によると，動物実験や罹患者の病理所見及び臨床所見等からも，この説を有力に根拠付けるデータが得られていたわけではなく，当時の熊大研究班内において有機水銀説と伍するほどの有力な見解ではなかったことが窺えるのである。
（４） なお，被告Y1 は有機水銀説に対する反論として，同社から無機水銀化合物の排出はあり得るが有機水銀化合物の排出はありえないことを前提に，水俣湾に有機水銀が存する可能性はない又は不明であるとして，熊大の有機水銀説を批判し，他にも被告Y1 と同種の工場があるのにそこでは被害が発生していないとか，同社では戦前から操業してきたのであるから，昭和29年に被害が突発したのは昭和28年から29年にかけて水俣湾に異変が起こったとしか考えられない，などと主張していた。
確かに，当時，熊大研究班においても，有機水銀化合物自体の排出源を特定できず，無機水銀の魚介類体内における有機化などが研究されていた。けれども，当時，水俣湾周辺住民はもちろん，熊大研究班の研究者も，有機水銀化合物が被告Y1の工場排水中に含まれていることを強く疑っていたが，被告Y1 の研究への非協力的態度ゆえに，工場内からの有機水銀化合物の排出を調査研究できなかったことがうかがわれるのである。
また，被告Y1 のこの反論は，一種の閉鎖された水域ともいえる水俣湾の特性，さらに，昭和28年ころから急増したアセトアルデヒドの生産に伴う流出水銀量の増大といった要素を無視したもので，さして意味のあるものではなかった。
（５） 以上の次第で，遅くとも昭和34年11月ころには，熊大の有機水銀説は最も有力にして合理性ある学問的研究結果として位置付けられていたことが認められ，したがって，昭和34年11月末ころには，被告国及び県において，水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物であると十分に特定し，かつ，認識できたと認められる。
付言するに，同年11月22日，厚生省の諮問機関である食品衛生調査会は，厚生大臣に対し，水俣病の主因はある種の有機水銀化合物であるとする答申を行い，翌13日，厚生大臣は，水俣病の原因を究明するために食品衛生調査会に設置されていた水俣食中毒部会がその目的を達したとして解散させているが，それは，水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物であると十分に特定したからであると考えられる。
２ 被告Y1 水俣工場の排水から原因物質排出に関して
（１） 原判決「第六章第一基本的事実経過」の「三昭和三二年九月から有機水銀説まで」の「5 水俣川河口付近海域の汚染の判明とそれに伴う対策等」の「（三）被告県による水俣川河口の調査」（第二分冊，一四一頁〈編注・1975ページ上段11行目〉）認定の復命書の存在からすると，昭和34年6月ころには，被告国・県も，被告Y1 の排水路の変更を認識していたものと認められる。
（２） 原判決「第六章第一基本的事実経過」の「四昭和三四年一二月以降原因の確定まで」の「3 水俣病の原因の確定」（第二分冊，一七四，一七五頁〈編注・1994ページ上段15行目から1995ページ上段1行目〉）及び「七メチル水銀に関する知見」の「3 水銀の定量分析法の変遷」（同一九〇頁から一九五頁〈編注・2003ページ下段13行目から2006ページ下段18行目〉）に認定のとおり，入鹿山教授らが，被告Y1 水俣工場のアセトアルデヒド施設で用いた触媒（無機水銀）からメチル水銀化合物の生成が推知されること，及び，被告Y1 水俣工場内の排水処理系統の水銀汚染の調査を行いアセトアルデヒド製造設備の精流塔廃液などからメチル水銀化合物（CH3Hg CL）を検出したと発表したのが昭和42年であり，喜田村教授らがガスクロマトグラフ法を用いてメチル水銀の副生過程を実証的に明らかにしたのは昭和41年であった。
これらからすれば，昭和34年11月当時において，アセトアルデヒド酢酸製造工程におけるメチル水銀の副生の機序についての科学的解明にはなお時間を要するものであったといえる。
（３） しかしながら，諸外国において，既に戦前からアセトアルデヒド製造工場の労働者に有機水銀中毒症が発生していたことは，スイスのツァンガー博士らによって報告されており，被告国及び県において，アセトアルデヒド製造工程において有機水銀化合物が生成される可能性があることを知り得たと認められるのである（この点，水俣病は，ツァンガー博士らが報告するメチル水銀の工場内曝露による有機水銀中毒症と異なり，魚介類を媒介とする有機水銀中毒症である点に特異性を有するものであり，ツァンガー博士らの報告はアセトアルデヒド製造工程におけるメチル水銀の副生のシステムを解明したものでもないが，アセトアルデヒド製造工場において有機水銀中毒症が発生した事実から少なくとも同製造工程において有機水銀化合物が生成される可能性があることは十分認識可能である。）。
また，水俣湾又は水俣川河口付近に存する化学工場はY1 水俣工場のみであり，大量の魚介類を有毒化せしめる有機水銀化合物という化学物質の流出源としてはY1 水俣工場しか考えられなかった。
そして，水俣湾及びその周辺海域の魚介類の捕獲，摂食自粛により，昭和31年11月以降新しい患者の発生がみられなかったところ，昭和33年9月にY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水経路が八幡プールを経て水俣川河口に排出するように変更されたが，その後である昭和34年に，水俣川河口付近及び不知火海沿岸で新たな水俣病患者が発生し始めた（被告国及び県も，同年6月ころには排水路の変更を認識し，また同年4月から11月にかけて水俣川河口付近や葦北郡D村での患者の発生が続いたことを認識していた。）。
他方で，被告Y1 は，熊大研究班の研究者らに対して工場内設備を見せることはもちろんその排水をも研究資料として提出することを拒んでいた。
そして，厚生省及び水産庁は，原因物質の排出源としてY1 水俣工場の排水が強く疑われるとの認識に基づき，同年11月通産省に対し，Y1 水俣工場の工場排水に対する適切な措置を講ずるよう要望した。
（４） これらの事実を総合して判断するならば，当時Y1 水俣工場における有機水銀の副生の機序は未だ科学的に解明されておらず，また魚介類の体内における有機化という考え方が有力であったとの事情を考慮しても，昭和34年11月末ころには，少なくとも水俣病の原因物質である有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物の排出源としてはY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水以外には考えられない状況であったのである。
そうすると，被告国及び県において，遅くとも昭和34年11月末ころには，少なくとも水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物であり，その排出源がY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水であることを，断定はできないにしても，高度の蓋然性をもって認識できた，あるいは認識できる状況にあったといわざる得ない。
３ 水銀の定量分析方法について
（１） 第六章第一「七メチル水銀に関する知見」の『3水銀の定量分析法の変遷』（原判決第二分冊一九〇から一九五頁〈編注・2003ページ下段13行目から2006ページ下段18行目〉）に認定のとおり，昭和34年11月末ころにあっては，本件Y1 工場排水中に含まれていたような微量な（メチル水銀等の）有機水銀を定量分析することはできなかった。
（２） しかし，当時においても，総水銀（水銀及びその化合物）についての定量
分析方法としてジチゾン比色法はあった。しかも，工業技術院東京工業試験所においては0・001ppmオーダーまで分析可能で，現に，その頃，通産省の依頼によって，東京工業試験所がY1 水俣工場の工場排水中の総水銀をジチゾン比色法によって定量分析し，検査結果を報告していたのである。
４ 被告Y1 が整備した排水浄化設備について
（１） 昭和34年12月19日，被告Y1 は工場排水の総合的浄化設備としてサイクレーターを設置し，翌20日からその運転を開始したが，前記「第2 基本的事実経過」の1項において認定した（原審基本的事実経過の「八 Y1 水俣工場排水中のメチル水銀量の変遷」の『Y1 水俣工場排水経路の変遷』を変更した部分）とおり，被告Y1が設置したサイクレーターは，そもそも水銀の除去を目的として設置したものでもなく，また，水銀の除去を期待し得るものでもなかった。したがって，サイクレーターの設置をもって水俣病を発症させる有害な物の除外に必要な設備が設置されたことにはならない。
そして，〈証拠略〉からすれば，多少の化学知識がある者が当該サイクレーターの設計図等を見れば，それが水銀の除去を目的とするものでもなく，また，その能力もないことを容易に了解できたというのである。また，この装置の製作に当たったM社に対して，被告国及び県からその効用及び効果について問合せや，資料等の請求はなかったのである。
（２） 被告Y1 は，昭和35年8月から昭和41年6月までの間はアセトアルデヒド排水について装置内循環方式を採用していたので，事故時や装置の定期点検時以外はこの排水が工場外に排出されることはなかったとか，昭和41年7月以降アセトアルデヒド酢酸の製造中止までの間は工場の全排水について完全循環方式を採用したのでメチル水銀化合物は一切工場外へ排出しなくなったと主張するようであるが，「第2基本的事実経過」の項で判示したとおり，被告Y1 の本件工場からは，少なくとも昭和41年6月までは，百間排水溝を通じてアセトアルデヒド排水がなお不知火海に排出されていた。
５ 要約
（１） 以上，要するに，当時Y1 水俣工場における有機水銀の副生の機序は未だ科学的に解明されておらず，また魚介類の体内における有機化という考え方が有力であったといった事情を考慮しても，昭和34年11月末ころにおいて，少なくとも水俣病の原因物質である有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物の排出源としてはY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水以外には考えられない状況であったこと，したがって，被告国及び県において，遅くとも昭和34年11月末ころには，少なくとも水俣病の原因物質である種の有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物の排出源がY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水であることを，断定はできないものの高度の蓋然性をもって認識できたということである。
（２） 被告Y1 が設置したサイクレーターは，水銀の除去を目的としたものでないところ，被告Y1 の，熊大関係者の工場内への立入りや排水採取の希望に応じないなどの原因究明に対する非協力的態度からすれば，被告国及び県が，被告Y1 の言い分をそのまま鵜呑みにしたとすれば，安易に過ぎたとした言いようがない。また，被告Y1 は，装置内循環方式を採用した昭和35年以降も，アセトアルデヒド排水が（ママ）なお不知火海に排出していたと言わざるを得ない。
第４ 被告国の責任
１ 水質二法
昭和34，35年当時，工場，事業場における汚水処理施設の整備の遅れ等から河川・海水面等の水質の汚濁問題が頻発するに至り，その対策のために，公共用水域の水質保全及び工場排水に関して，公共用水域の水質保全に関する法律及び工場排水等の規制に関する法律（以下前者を「水質保全法」，後者を「工場排水規制法」といい，両者を併せて「水質二法」という。いずれも昭和33年12月25日に公布され，昭和34年3月1日に施行されたが，昭和45年12月に公布された水質汚濁防止法の施行に伴って廃止された。）が制定されていた。
当裁判所は，この水質二法に基づき，被告国が被告Y1 水俣工場の排水を規制しなかったこと（工場排水に関する規制権限の不行使について）について，違法があると判断するものである。
（１） 水質二法の目的
ア 水質保全法は，従前制定されていた鉱山保安法等や本法と同時に制定された規制実施法である工場排水規制法の基本法たる性格を有し，経済企画庁長官において，公共用水域のうち水質の汚濁が原因となって関係産業に相当の損害が生じ，若しくは公衆衛生上看過し難い影響が生じ又はそれらのおそれがある場合に，一定の水域を「指定水域」に指定し（同法5条1項），同時に「水質基準」を設定することにより（同法5条2項），工場，事業場，鉱山・水洗炭業にかかる事業場，公共用地下水道及び都市下水路から「指定水域」に排出される水の汚濁の許容限度を明確にして（同法3条2項），産業の相互協和と公衆衛生の向上に寄与しつつ，公共用水域の水質保全を図ることを目的とする法律である。
イ 工場排水規制法は，製造業者等の用に供する施設のうち，汚水又は廃液の排出が水質汚濁の問題となる施設を，政令によって「特定施設」と定め（同法2条2項），特定施設を設置している者をして，指定水域に排水又は廃液を排出する際に，その水域に定められている「水質基準」を遵守せしめることとし（同法3条），さらに，特定施設の種類ごとに政令でその排水規制を担当する「主務大臣」を定め（同法21条），その主務大臣によって，公共用水域の水質の保全を図るために，必要な限度において，指定水域に排水する特定施設を設置している者に対し，特定施設の状況，汚水処理の方法，工場排水の水質等の報告を命じ（同法15条），工場排水等の水質が当該指定水域に係る水質基準に適合するかについて検討し，適合しないと認めるときは，特定施設設置業者に対し，汚水等の処理の方法の改善，特定施設の使用の一時停止その他必要な措置をとるべきことを命じ（同法12条），さらに必要によっては，立入検査や報告を徴収することによって（同法14条），指定水域への工場排水による汚濁の防止を図るものである。
（２） 水質二法による規制方法等
ア 水質保全法に基づき，経済企画庁長官は，水汚染が問題となっている水域の指定及び水質基準を設定することができ（同法5条1，2項），また，工場排水規制法に基づき，主務大臣において汚水の処理方法の改善命令等の必要な措置をとることができる（同法4条以下）。水質二法による規制は，[1]経済企画庁長官による水域の指定（水質保全法5条1項）と水質基準の設定（同条2項）がなされ，次いで[2]内閣の政令によって特定施設が定められる（工場排水規制法2条2項）とともに，排水規制担当の主務大臣が定められ（同法21条），[3]主務大臣と定められた通産大臣が排水規制を行うのであるから，通産大臣が[3]の排水規制をする前提として，[1]の指定水域及び水質基準が定められている必要がある（これらがない以上，主務大臣の定めもないから，通産大臣は排水を規制する権限を有しない。）。
イ 水質保全法は，その内容が高度の専門的技術的事項にわたることが多く，さらに，指定水域の指定，水質基準の設定が，水質審議会の議を経て，関係都道府県知事の意見を聞いてなされるもので，経済企画庁長官の権限の行使に関しての裁量の範囲は相当に広範であり，しかも，その行使には慎重な手続が規定されているといえる。
このように裁量に範囲が広範で，慎重な手続が規定されているのであるから，その不行使あるいは行使の遅延があったからといって，当，不当についてはともかく，特段の事情がない限り違法とならないことは，先に説示したとおりである。しかしながら，明らかに水質保全法5条1項の要件（公共用水域のうち，当該水域の水質の汚濁が原因となって関係産業に相当の損害が生じ，若しくは公衆衛生上看過し難い影響が生じているもの又はそれらのおそれのあるもの）に該当する公共用水域が存在し，また，指定水域の指定とともになされるべき当該指定水域に係る水質基準の設定にも格別の技術的困難がなく，かつ，重大な損害あるいは衛生上の危険など，指定，設定の必要が顕著であるなどの事情が認められる場合であるにもかかわらず，経済企画庁長官がその判断を誤って指定水域の規定をと（ママ），「産業の相互調和と公衆衛生の向上に寄与する」という同法の目的を達成できず，その結果，水質汚濁により国民の生命，身体が侵害されることになるが，このような場合の個々の国民の生命，身体の安全は，単なる反射的利益にとどまら（ママ）るものではないであろう。
したがって，このような場合であるにもかかわらず，指定水域の指定をせず，水質基準の設定をしないことは，個々の国民との関係において，法的義務の不作為と評価され，国賠法上違法と評価される場合もあり得るというべきである。
２ 水質二法による規制要件の存否等
上記の昭和34年11月末当時の諸般の事情を総合すると，以下のように，経済企画庁長官は，水質保全法5条1項，2項に基づき，水俣川河口から水俣湾にかけての水域を指定水域に指定し，かつ，その排水から水銀またはその化合物が工業技術院東京工業試験所によるジチゾン比色法によって検出されないことという水質基準を設定すべき具体的な作為義務があったと解さざるを得ない。
（１） 水質保全法という「指定水域」における「水質基準」とは，工場等から排出される水の汚濁の許容限度を定めるものである。したがって，水質基準を設定するためには，まず，特定の公共用水域を汚濁させる原因となっている物質（汚濁原因物質）が特定されていることが必要であり，その上で，当該汚濁原因物質が特定の工場等から排出されていることが判明していることも必要である。そして，排水の汚濁の許容限度を決定するためには，当該汚濁原因物質の定量分析方法が確立されていることが必要である。
また，工場排水規制法にいう「特定施設」の指定についても，当該施設が関係産業に相当な損害を与え，公衆衛生上看過し難い影響を発生させると特定できるに足りる汚水又は廃液を排出する施設であると認められることを要するが，その内容は，水質保全法について述べたのと同様である。
（２） 前記「基本的事実から（責任の存否に関して）指摘できる事実」に説示したとおり，遅くとも昭和34年11月末ころには，被告国及び県は，少なくとも水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物でる（ママ）こと，そして，その排出源がY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水であることを，断定はできないものの，高度の蓋然性をもって認識できる状況にあった。
（３） ことは海の汚染という広範囲な地域社会に及ぶ重大な公衆衛生上の問題であり，当時の状況は，昭和31年5月の公式発見以来，既に死亡者を含む多数の患者が発生していて，その被害拡大の防止には一刻の猶予も許されないという，非常事態ともいうべき危機的であったのであって，水俣湾周辺住民の生命，身体の安全は，単なる反射的利益にとどまら（ママ）るものではな（ママ）。そして，内閣による特定施設の指定は，指定水域の水質基準の設定と相俟って行われるものであるから，経済企画庁長官による水俣湾及び水俣川河口付近の指定水域化及び同水域に係る水質基準の定立がなし得たと認められる昭和34年12月末までに，内閣において，工場排水規制法2条2項に基づき，政令でY1 水俣工場のアセトアルデヒド酢酸製造施設を「特定施設」と定め，かつ，その主務大臣を通産大臣と定めるべき作為義務が発生していたものと認めるのが相当である。
なお，指定水域に係る水質基準とは工場等から排出される水の汚濁の許容限度であって，指定水域の水の汚濁の許容限度ではない。
しかるに，経済企画庁長官による水質基準の設定，内閣による特定施設の設定が行われたのは昭和44年に入ってからで，この時には，もはや被告Y1 水俣工場では旧来法でのアセトアルデヒド製造は停止されており，被告国の対応は遅きに失したと言わざるを得ない。
（４） 上記のような手続を履践するには，関係する省庁が多数にわたり，経済企画庁を中心に調整を進めるには，当然，かなりの時間を要するであろうし，また，昭和35年当時のことであるから，いわゆる公害問題に対する社会全体の認識及び取組みも，これまた現在とは比較にならないほど遅れていた。
しかし，これらの実務的問題，時代背景等を考慮しても，なお，先に指摘した事情からＵ（ママ）″すると，被告国が全体として水俣病に対する認識及び判断を誤り，これに対する対応措置が遅れたことは，行政裁量の範囲を逸脱したものとして，違法なものであったといわなければならない。
３ 結論
（１） 以上，【判示事項1】被告国において，前述のとおり昭和34年11月ころには被告Y1 のアセトアルデヒド酢酸製造施設が水俣病の原因物質であるところのある種の有機水銀化合物を排出していることが認識できたと認められ，したがって，被告国には水質二法に基づく工場排水の規制権限の行使を怠った過失があり，昭和35年1月以降に不知火海の魚介類を摂食して水俣病に罹患した者及び被害の拡大があった者に対して，損害賠償責任を負うとするのが相当ということである。
（２） 原告らは，出生後，長期間，水俣湾周辺地域で生活して，長年にわたって水俣湾産の魚介類を摂取し，昭和35年1月からしばらくして，関西方面に移住しているので，原告らにメチル水銀中毒があるとしても，被告国のこの不作為との因果関係の存在が問題となる。
しかし，基本的事実経過について当審で付加した「住民の水銀汚染」の項記載どおり，水俣地区付近の住民の毛髪水銀値や同海域の魚介類中の水銀濃度をみれば，被告Y1 値がアセトアルデヒド製造を中止した昭和43年まで，水俣市周辺住民の毛髪にはある程度の水銀含有量が維持され，生産中止を境として水俣市住民の頭髪水銀値及び水俣湾内の魚介類中の水銀値が目立って低下していることからみて，生産中止までは被告Y1 による不知火海へのメチル水銀化合物の排出は継続していたと考えざるを得ないことは，先に説示したとおりである。
本件患者らの陳述書によれば，当時水俣湾産の魚介類の摂取の自粛はかなり進んでいたものの，貧しさゆえあるいは情報伝達の不十分さから，本件患者ら一部の地域住民は，水俣湾及びその周辺海域で魚介類の捕獲，摂食を行っていたというのである。したがって，被告国において昭和34年12月の段階で早急に水俣湾及び周辺海域に水質基準を設定し，Y1 水俣工場の排水に対する規制を行っていれば，その後の水俣病患者の発生及び被害の拡大を具体的に防止できたものといえるから，被告国の不作為と本件患者らの被害発生とは因果関係があるといえる。
４ 補足的検討
（１） 水質基準を定立するには汚濁原因物質を工場排水等から検出して定量分析する技術が確立されていることが必要であるところ，昭和34年11月末ころには工場排水中に含まれる微量のメチル水銀等の有機水銀を定量分析することはできなかったことは，先に説示したとおりであるが，当時においても，総水銀（水銀及びその化合物）についての定量分析方法としてジチゾン比色法があって，工業技術院東京工業試験所においては0・001ppmオーダーまで分析可能であったことも，前述のとおりである。
被告Y1 水俣工場の排水が原因物質である有機水銀化合物の排出源であることが高度の蓋然性をもって認識されていたが，当時の科学的知見，技術が十分でなかったため，微量の有機水銀を定量分析することはできないので，被告Y1 の工場から有機水銀が排出していることは証明できず，仮に，この排水を規制するとすれば，規制する方法としては，無機水銀をも取り込んだ総水銀による規制しか行い得ないこと，このような加害について直接の証明がないのに規制するのが容易でないことは，いずれも被告国の主張するとおりである。
しかし，先に見た，当時の水俣病の実態，被告Y1 の有機水銀を含んだ排水による水俣湾周辺住民に対する加害，住民の不安等先に説示した事情からすると，直接の証明がないこと，さらに，規制を受ける被告Y1 の不利益及び「産業の相互協和」という法の趣旨を考慮したとしても，水俣病の発生という重大なる被害を防止するためには，総水銀による規制もやむを得ないとして対処するべきであった考（ママ）えざるを得ない。
上記のように，総水銀（水銀及びその化合物）についての定量分析は可能であったのであるから，無機水銀をも取り込んだ総水銀による規制は可能であったのである。そのような規制は過剰規制であるとの被告国の主張は，結局，この状況を放置することを是認せよということであって，上記のような事情を勘案すると採用できるところではない。
ジチゾン比色法によったとしても被告Y1 水俣工場の排水中の微量水銀の検出を問題とせざるを得ないから，検査機関をしては工業技術院東京工業試験所のみに委ねることになるところ，被告国はこの点を捉えて，試験所の定量分析は再現性のあるデータとはいえないから基準とはできないと主張しているが，この試験所において0・001ppmまで定量分析が可能であった事実を否定する根拠はなく，一刻も早く被害のこれ以上の発生を防止する必要性や，原因究明に非協力的な被告Y1 の態度等に鑑みれば，本件においてはこのような基準によることも許容されるというべきである。
（２） 被告国は，水質保全法が施行されたのは昭和34年3月1日のことであり，水質行政を担当することになった公務員にはこれまでの経験や蓄積もないため，いかにして全国の膨大な数にのぼる公共水域について同法を運用していくか試行錯誤を繰り返していた時期であり，また，調査基本計画の策定，指定水域の指定及び水質基準の設定についても水質審議会の議を経る必要があると定められているため，学識経験者で構成されている同審議会での審議の対応等に追われていて，昭和34年11月の時点で水俣湾周辺海域について水質基準を設定することは到底不可能であったと主張している。
確かに，経済企画庁長官にこの時点においてこの作為義務が発生していたとしてもその不作為が違法となるのは，この調査基本計画の定立及び水質調査に要する相当日数が経過してからであると考えられる。しかしながら，問題となっているのが水俣病という前代未聞の重大な公衆衛生上の被害であること，昭和31年5月の公式発見以来既に死亡者を含む多数の患者が発生しており，その発生拡大の防止には一刻の猶予も許されない状況があったこと，昭和31年以来の伊藤所長や熊大研究班らによる水俣湾及び水俣川河口付近の汚染及び被害の実態の調査結果，汚濁物質に関する科学的分析研究結果等多数の資料がそろっていたこと等の当時の状況に鑑みれば，非常事態ともいうべき水俣湾周辺の状態からして，経済企画庁において，調査基本計画の立案，水質審議会の審議等の手続を特に迅速に進めることにより，長くとも1か月程度あればこれらの手続を経て水俣湾及び水俣川河口付近への総水銀の排出の水質基準を定立すべきであり，また可能でもあったと考えられる。
（３） 経済企画庁長官において指定水域の指定及び水質基準の設定を行ったならば，Y1 水俣工場は排水停止により操業停止に追い込まれかねず，先に認定された程度の事実に基づきそのような強力な処置をとることは水質保全法が目的とする産業協和という点に反するとの反論もあろう。
しかし，Y1 水俣工場では昭和35年8月にはアセトアルデヒド排水について装置内循環方式を採用し，建前上は同排水を外部に排出していないわけである。そうだとすると，Y1 水俣工場において，外部への排水停止が必ずしも工場の操業停止につながるものではなかったことになるうえ，当時の状況に鑑みれば，水質二法に基づく排水規制を行うことで，一時的に被告Y1 が操業停止に追い込まれるとしても不知火海沿岸住民の生命，健康の安全を図ることはもとより，環境汚染の継続及び拡大を防止し，沿岸住民の福利を図るためにはやむを得ない規制として是認されるべきものであったと考えられる。
第５ 被告県の責任
１ 熊本県漁業調整規則
昭和34年当時，熊本県漁業調整規則（昭和26年熊本県規則第31号。以下本項において単に「調整規則」ともいう。）が存在し，同規則32条は，水産動植物の繁殖保護に有害な物を遺棄し，又は漏せつするおそれがあるものを放置することを禁じ，知事が，その違反者に対して除害に必要な施設の設置を命じ，又は既に設けた除害施設の変更を命じうる権限を付与していた。
当裁判所は，昭和34年11月当時の水俣湾周辺の状況からすれば，熊本県知事が調整規則32条の規制権限を行使する要件は充足しており，そして，当該規制権限の行使は被害の発生及び拡大防止に有効であって，且つ，他にとるべき手段がなかったから，熊本県知事において規制権限を行使すべき職務上の法的義務があり，熊本県知事には熊本県漁業調整規則による工場排水の規制権限の行使を怠った過失があり，被告熊本県は，昭和35年1月以降に不知火海の魚介類を摂食してメチル水銀中毒症に罹患した者に対しては損害賠償責任を負うのが相当と判断する。
（１） 本規定の目的
調整規則32条は，漁業法65条及び水産資源保護法4条に基づいて制定されたもので，その趣旨とするところは，水産資源の保護培養，すなわち，漁業生産力を将来にわたって持続的に維持拡大していくための資源として水産動植物の繁殖保護を図ることにある。
（２） 調整規則による規制方法等
ア 調整規則32条に基づいて除害設備の設置又はその変更を命じるためには，[1]水産動植物の繁殖保護に有害な物を特定し，[2]次に，有害な物を遺棄し，又は漏せつする虞があるものを放置する者を特定し，[3]かつ，除害設備の設置又はその変更を命ずべき作為義務を課する前提として，有害な物を定量分析し得る技術が必要である（定量分析出来なければ，そもそも規制することなど不可能である。）。
イ 調整規則は，漁業の発展に寄与するという公益的な見地に出たものであり，熊本県知事は水産動植物の繁殖保護を図るという観点から権限を行使すべきで，それ以外の目的のためにこの権限を行使することは許されないとの見解が，本件では採用できないことは，後記のとおりである。
２ 調整規則32条による規制権限行使の要件の充足等
前記「基本的事実から（責任の存否に関して）指摘できる事実」に説示したとおり，被告県は，被告国と同様，遅くとも昭和34年11月末ころには，水俣病の原因物質がある種の有機水銀化合物又はその有機化前の水銀化合物であり，その排出源がY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水であることを，断定はできないものの，高度の蓋然性をもって認識できる状況にあった。
そして，昭和34年11月末ころには，Y1 水俣工場のアセトアルデヒド排水は，調整規則32条1項にいう水産動植物の繁殖保護に有害な物を遺棄し又は漏せつするおそれがあるものに該当していたと認められる。
（１） Y1 水俣工場の排水が「有害な物」に該当することは明らかである。すなわち，調整規則の趣旨に鑑みれば，調整規則32条が適用される典型例は，直接，水産動植物を斃死させ，その成長を阻害し，又は産卵や種苗等の育成に悪影響を及ぼす場合であろうが，本件のように魚介類を摂取することによって人体被害が発生し，魚介類等の水産動植物をしてその水産資源としての価値を損ねる場合にも，その適用があるというべきである。
メチル水銀は，高等動物の神経系統を障害するが，その媒介をする魚介類自体にはほとんど作用を及ぼさないという特徴を有する。このように，メチル水銀は，魚介類を直接斃死させこ（ママ）とはないが，それを蓄積した魚介類を摂食した人間に中枢神経系疾患をもたらすという意味で魚介類の水産資源としての価値を損ねるものである。したがって，被告Y1 水俣工場からの排水により汚染された水俣湾及びその周辺海域の魚介類がメチル水銀中毒症の原因であると判断できるときは，同排水は調整規則32条1項にいう「水産動植物の繁殖保護に有毒な物」に該当するといえる。
（２） 熊本県知事が調整規則32条2項によって有害物質を遺棄又は漏せっ（ママ）するおそれのあるものを放置する者に対して行い得る規制は，有害な物の除害設備の設置命令又は既にある除害設備の変更命令である。
そうすると，熊本県知事に対して除害設備の設置又はその変更を命ずべき作為義務を課するには，予め有害な物を定量分析することが必要である。この点，被告国に対する責任において検討したように，昭和34年11月末ころにおいては工場排水中の微量な有機水銀化合物を定量分析する方法は未だなく，有機水銀化合物のみを除害する設備の設置を命ずることはできなかった。しかしながら，総水銀については工業技術院東京試験所においてジチゾン比色法により0・001ppmレベルまでの定量分析が可能であったのであるから，当時において，水銀又はその化合物の除害に必要な設備の設置又は変更を命ずることは可能であったと認められる。
３ 結論
昭和34年11月ころには上記規制権限を行使し得う（ママ）る要件が充足されていたとすれば，サイクレーターの設置等の被告Y1 による自主的な排水浄化設備の不備を明らかにして，新たに有効な除外設備の設置又は既存設備の変更を命じるための1か月の期間を要したとしても，熊本県知事は，昭和34年12月末において，調整規則32条2項所定の除害設備設置命令等の排水規制権限を行使すべきことはそれが可能であり，そして，被告国の責任において説示したように，水俣病の被害の甚大さや事態の切迫性等に鑑みれば，総水銀についての除害設備の設置を命ずる法的義務もあったと考えざるを得ない。しかるに，熊本県知事は同規制権限を行使しなかった。したがって，【判示事項1】熊本県知事には熊本県漁業調整規則による工場排水の規制権限の行使を怠った過失があり，被告熊本県は，昭和35年1月以降に不知火海の魚介類を摂食してメチル水銀中毒症に罹患した者に対しては損害賠償責任を負うと解するのが相当である。
４ 補足的検討
（１） 昭和34年11月末当時の諸般の事情に徴すると，水俣病という前代未聞の重大な公衆衛生上の被害が発生しておりその被害拡大防止のためにはもはや一刻の猶予も許されない状況にあったこと，かかる緊急事態下において，当該規制権限の行使が被害の発生及び拡大防止に有効であって，かつ，他にとるべき手段がないとすれば，個々の住民の生命，健康の保護は単に同規定の反射的利益であるに止まるものではない。
よって，熊本県知事は，個々の住民に対する関係で，調整規則32条の規制権限を行使すべき職務上の法的義務が発生する場合があったということである。
調整規則は漁業の発展に寄与するという公益的な見地に出たものでそれ以外の目的のために右権限を行使することは許されないとの見解は，この点から，採用できない。
（２） 被告Y1 は，昭和34年12月20日から工場排水の総合的浄化設備としてサイクレーターの運転を開始したが，これが水銀の除去を期待し得るものでなかった。サイクレーターの効用について，当時被告Y1 の言い分を信じるしかなく，実際の効果については知る由もなかったとの考え方は，被告Y1 のこれまでの態度からとり得ないことは，先に説示したとおりである。したがって，被告Y1 によるサイクレーターの設置をもって被告県の除害設備設置命令の作為義務が免除されることにはならない。
また，被告Y1 は循環装置を設置したものの，その後，少なくとも昭和41年6月まで，百間排水溝を通じてアセトアルデヒド排水がなお不知火海に排出されていたのであるから，被告Y1 のこの排水循環装置の設置をもって被告熊本県が除害設備設置命令を行う必要がなかった旨の主張は採用できず，被告熊本県の上記作為義務が免除されることにはならない。
第６ 補足的検討
原告らは，被告国，県が国賠法上の損害賠償責任を負う根拠としての違法事由として，当審が認めた水質二法，調整規則による規制権限の不行使のほかに，被告国・県に，[1]被害の拡大・放置・切り捨てという不法行為責任，[2]被告Y1 の有機水銀垂れ流しに国側が加担したという不法行為責任，[3]担当公務員が，被告Y1 の原告らに対する加害行為を防止すべく，食品衛生法，熊本県漁業調整規則30条に基づく規制権限などを適切に行使すべき義務を怠った不作為，さらには，仮に実定法上の義務がなかったとしても，行政指導により排水を規制すべき法的義務（作為義務）があったのにこれを怠った違法，さらに，営造物の管理責任を主張している。除斥期間の起算点あるいは損害額等について，別異の法律効果が生じる可能性もあるので，補足的に，原告ら主張のその余の違法事由についても検討を要するところで，以下に説示するとおり，いずれの主張も認めることはできない。
１ 一般的行政指導について
行政指導をなさないことが行政庁の義務の懈怠となることは原則としてないが，国民の生命，身体，健康に対する差し迫った重大な危険が発生していながら，それが既存の法令がおよそ想定していないような事態のために，適切に対応する法令がなく，それに対応するための新たな立法措置を待っていては国民の生命，身体，健康に対する切迫した危険が現実化するおそれが濃厚であるという事態があり，組織規範上の所掌事務からみて，関係者に対して，被害回避のための行政指導をなし得る立場にある行政庁が，この事態を認識した場合に，被害回避のための関係者の自主的対応には期待できないが，この行政庁が合理的根拠を示して被害回避のための一定の行政指導をしたならば，関係者においても通常それに従うであろうと推測することができる事情があり，そのような行政指導をすることを行政指導の相手方以外の国民においてもおしなべて期待しているといった極めて限定された状況がまったく，想定されなくもない。
そのような場合に，当該行政庁が関係者に対し被害回避のための必要最小限度の指導勧告をなし，あるいはその他適切な行政措置をとることが，国民に対する義務ともなり，それを怠ったがために当該国民に損害が発生したときは国家賠償責任を負うこととなる場合もあるであろう。しかし，本件では，行政指導の不作為の違法性を論じるまでもなく，被告国については水質二法の権限を行使しなかった点に賠償責任が認められ，被告県については熊本県漁業調整規則32条の権限を行使しなかった点に賠償責任が認められるのであるから，行政指導が適切であったかどうかの点については，もはや判断をする必要がないところである。
２ 食品衛生法（昭和47年法律第108号による改正前のもの。以下本項において単に「法」ともいう。）について
現代社会にあっては，環境汚染，加工食品の多量生産などによって，一旦，事故が発生した場合に，広範囲に，また，多数に被害が及ぶおそれが潜在してある。したがって，行政機関が国民の生命，財産，健康を守るために，積極的な食品衛生行政を行うことは強く期待されており，その意味では，食品衛生法は，単なる消極的警察取締法規にとどまらないであろう。
しかしながら，本件においては，以下に述べるように，被告国・県に食品衛生法に基づいて規制すべき作為義務があったとはいえない。
すなわち，昭和34年11月当時において，水俣湾の魚介類は，法4条の有毒食品に該当し，かつそのことを告知した方が望ましかったとはいえるが，法4条は，被告国・県に告知義務を課したものではないから告知しなかったことにつき違法であるとはいえないし，また，行政指導等により，告知したのとほぼ同様の効果が達成されていたことは，基本的事実関係において認定した漁民に対する指導等から窺えるところである。
また，法17条についていえば，この規定は調査に関するものであるが，既に法4条の有毒食品に該当していたのであるから，もはや調査義務違反の問題は生じない。また，22条が規定しているのは，食品関係の営業及び営業者に対する各種の規制及び取締りであって，漁民らの自家摂取はその規制ないし取締りの対象外である（法2条7項但書）から，食品衛生法による規制がなされていたとしても漁民などの自家摂取にはその法的効果は及びようもないところ，原告らの陳述書などによれば，本件各患者は，魚介類を自家摂取していたというのであるから，同条による規制の有無と本件患者らの発症との間には因果関係が認められないというほかない。
３ 漁業法，熊本県漁業調整規則30条
漁業法は，漁業生産力を発展させ，あわせて漁業の民主化を図ることを目的とする法であり，調整規則30条1項における漁業許可取消等の要件である「漁業調整その他公益上必要があると認めるとき」とは，漁業法65条の「漁業取締その他漁業調整のため」又は水産資源保護法4条の「水産資源の保護培養のために必要があると認めるとき」に準じて解釈されるべきものであるから，これらの法令を根拠として魚介類の品質管理，安全性を目的とした規制を行うことを法は予定していないというべきである。
その理由は一審判決の当該記載部分のとおりであるから，これを引用する。以上のとおりであるから，漁業法及び熊本県漁業調整規則30条を根拠とする原告らの主張は採用できない。
４ 毒物及び劇物取締法，労働基準法，犯罪捜査権限，営造物の管理責任
これらの法令及び責任を根拠とする原告らの主張が採用できないことは，一審判決の当該記載部分のとおりであるから，これを引用する。
５ その他
原告らは，[1]被告国は，単に発生した損害賠償責任を履行しないというのではなく，意図的にその救済を懈怠し，かつ，原因究明を妨害し，原告らがその罹患者であることを意図的に否定してきたが，そのことによって被った原告らの固有の精神的損害に対する賠償責任がある，[2]被告国・県に対し，被告Y1 の有機水銀垂れ流しを放置したのみでなく，それを容易ならしめる積極的な行為を行ったことは，被告Y1 に対する幇助あるいは共同不法行為と評価できるし，被告Y1 への加担は被告国の政策に基づくものであり，被告Y1 とは客観的に関連性を有しているから，被告Y1とともに被告国・県は共同不法行為の責任があるとも主張している。
しかしながら，前記認定の事実，すなわち，水俣病の原因物質であるメチル水銀化合物が，Y1 水俣工場のアセトアルデヒド製造工程において副生されたことが熊本大学の入鹿山教授らによって解明されたのは昭和42年に入ってからであること，海水中に含まれる微量のメチル水銀量を測定する技術が開発されたのは昭和43年に入ってからであること，水俣湾の魚介類を摂取しないようにとの行政指導は昭和31年から行われ，それなりの成果を上げていたこと，被告県は認定患者に対する被告Y1の支払いに関し，県債を発行して支援してきたのである。
現時点で振り返れば被告国・県の取った対策に不十分な点があったことは否定できないものの，前記不作為の違法による損害賠償義務を越えて，原告ら主張のような作為的・積極的な違法行為があったとまではいうことはできず，よって，これらの点に関する原告らの主張は失当である。
また，その他，原告らは，営巣物の管理責任あるいは緊急避難的行政行為論に基づく請求などをしているが，これらの点についての判断を要しないことは，原判決の説示あるいは行政指導に関する判示と同様である。
（除斥期間について）
第１ 概要
当裁判所は，被告Y1 に関しては，同被告の本訴に対する対応に鑑み，原告らの請求について除斥期間の適用は要せず，また，原告らの一部の者に除斥期間が経過して損害賠償請求権が消滅したとの被告国及び県の主張に関しては，除斥期間の起算点は，原審と同様，水俣湾周辺地域から転居してから4年を経過した時点をもって相当とするも，原審とは異なり，認定請求申請をもって，訴えの提起と同視するのを相当と判断するものである。
第２ 民法724条後段について
民法724条後段に規定する20年の期間が除斥期間であることは，原判決が引用している最高裁判決（平成元年12月21日，民集43巻12号2209頁）によって，先例として確定している。
これは，同条前段の消滅時効の起算点が損害及び加害者を被害者側が知るという主観的事情に依拠しているため，時として数十年を経過した後でも損害賠償請求が可能となり，加害者の法的地位がきわめて不安定な状態におかれ，また，長期間の経過により証拠が散逸するなど加害者側の防衛も著しく困難になることに鑑み，一定の時の経過によって法律関係を確定し加害者の法的地位を安定させることを主たる目的としたものと解せられる。
そうだとすると，【判示事項3】除斥期間経過による消滅の効果は絶対的なものではなく，また，およそ加害者において除斥期間の経過による利益を放棄し得ないものでもないと解するが相当で，除斥期間の経過後，加害者である被告において除斥期間の主張をしていないことが，積極的に除斥期間の経過による利益を放棄する意思を有していることによると認められる場合は，裁判所は除斥期間の規定を適用すべきでないとするのが相当である。
第３ 被告Y1 関係
被告Y1 は，被告国・県と異なり，一審時から除斥期間の経過による権利消滅の主張をしていなかったが，このことは，一審判決で同被告についても除斥期間の適用がなされてからも変わっておらず，一審判決の当該説示部分につき当審で準備書面等で言及もしない。また，水俣病に関しては，昭和48年に被告Y1 と患者団体との間で補償協定が成立し，認定を受けた患者については同協定に基づいて補償問題が解決されてきたもので，被告Y1 と患者との問題は，第1次的には行政認定によって解決されてきたこと，棄却認定を受けても再度申請し直す例も多いこと，申請から処分までに相当の日時を要しているところ，当審において除斥期間が問題となっている原告の全員は，認定申請をしたが棄却あるいは留保中の者ばかりであり，本件損害賠償請求訴訟は，このような原告らがメチル水銀中毒に罹患しているとして提起したものであることなど，本件での特別な事情，経緯からみて，被告Y1 が除斥期間の主張をしないのは，除斥期間の規定による利益を積極的に放棄する意思を表明しているものであると認められる。
そうであれば，被告Y1 に関しては，除斥期間の規定の適用の有無を判断することを要せず，これを適用しないのが相当である。
第４ 被告国及び県の関係
１ 本件で，原告らが汚染地域から転居してから4年経過した時点をもって除斥期間の起算点とすること，転居時期については，年を以て特定する者と月を以て特定する者があるが，いずれについても当該年の12月末日までには転居したことが認定できるから，その日を転居時期とすることについては，【判示事項4】原判決の説示するところを引用する。この場合に，除斥期間の適用が問題となる原告らは，次のとおりである。
記
患者番号患者氏名転居時期訴訟提起日認定申請日
15 〈略〉昭和25年12月昭和57年10月28日昭和48年
16 〈略〉昭和31年 8月同上昭和49年
17 〈略〉昭和33年10月同上
24 〈略〉昭和34年同上
32 〈略〉昭和34年同上
33 〈略〉昭和33年同上
34 〈略〉昭和34年同上
39 〈略〉昭和38年4月昭和59年6月21日
41 〈略〉昭和33年3月昭和60年5月29日昭和59年
44 〈略〉昭和35年同上昭和60年
45 〈略〉昭和30年9月昭和60年12月20日昭和49年
46 〈略〉昭和29年6月同上昭和60年
47 〈略〉昭和29年6月同上昭和60年
48 〈略〉昭和33年昭和60年10月14日
49 〈略〉昭和34年3月同上昭和49年
50 〈略〉昭和36年6月同上
51 〈略〉昭和39年昭和63年2月8日
52 〈略〉昭和32年同上昭和62年
53 〈略〉昭和37年同上昭和62年
54 〈略〉昭和39年同上
56 〈略〉昭和39年同上
58 〈略〉昭和39年11月同上
59 〈略〉昭和35年同上昭和62年
２ 前記各患者の転居時期から4年を経過した時点を除斥期間の起算点とすると，〈略〉（患者番号15），〈略〉（同16），〈略〉（同41），〈略〉（同44），〈略〉（同
45），〈略〉（同46），〈略〉（同47），〈略〉（同49），〈略〉（同52），〈略〉（同53）及び〈略〉（同59）については，本訴提起までに20年が経過していることになる。
３ 被告国及び県は，遅発性水俣病は仮説に過ぎないから，水俣湾周辺地域から転居してから4年を経過した時点をもって除斥期間の起算点とする理由はなく，また，水俣病の認定申請は訴え提起と同視できないと主張する。
遅発性水俣病は仮説に過ぎないとの被告国，県の主張は，直ちに採用しがたいところであるが，仮に，被告国，県の主張のとおりだとしも（ママ），そのような有力な仮説が存在する以上，除斥期間の起算点について考慮せざるを得ず，結局，原審で採用した水俣湾周辺地域から転居してから4年を経過した時点をもって除斥期間の起算点とするのが相当である。
４ 【判示事項5】救済法または補償法（公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法又は公害の健康被害の補償等に関する法律）の適用を求めて行政認定の申請を行う行為は，メチル水銀中毒を原因として発生した被害の補償，補填を目的とするという点では，私法上の損害賠償請求と共通の性質を有するもので，被害の回復を求める明確な意思を有しており，実際に権利行使を行ったという点においては損害賠償の請求と同等に評価しうるものといえる。
したがって，認定申請は，除斥期間の経過による請求権の消滅を阻止するという点では，これを裁判外の権利行使として取り扱うことは許されるというべきである。しかも，行政認定がなされてその給付を受けることになれば，損害賠償請求をする必要性は事実上なかったことからすれば，被害者の行政認定申請行為を損害賠償請求権の裁判外における権利行使と同視し，これによって損害賠償請求権が保存されたとしても何ら不当とはいえないものである。
５ そして，最高裁判所第3小法廷平成4年10月20日判決の趣旨によれば，【判示事項5】除斥期間の定められている損害賠償請求権を保存するには，相手方の責任を問う意思を裁判外で明確に告げることをもって足り，裁判上の権利行使をするまでの必要はないと解せられるところ，〈略〉（患者番号15），〈略〉（同16），〈略〉（同45），〈略〉（同49）の4名がなした行政認定申請行為は，除斥期間内における権利の保存行為であって，これによって除斥期間の満了は阻止されたことになるから，右原告らは，除斥期間の満了前に裁判外で本件損害賠償請求権を保存したことになるというべきである。
６ 以上によれば，〈略〉（同41），〈略〉（同44），〈略〉（同46），〈略〉（同47），〈略〉（同52），〈略〉（同53）及び〈略〉（同59）の7名については除斥期間が経過しており，たとえ同患者らが水俣病に罹患していたとしても，民法724条後段により，被告国及び県との関係で損害賠償請求権は消滅している。
被告国及び県は，〈略〉（患者番号40）が胎児性水俣病罹患を主張しているため，出生日が起算日となると主張しているが，〈証拠略〉によれば，同人は出生後も水俣湾周辺地域に住み，昭和39年に大阪へ転居したことが認められるから，加害行為が止んだ時は，昭和39年と認められる。したがって，同人について，未だ除斥期間が経過していない。
７ よって，除斥期間が経過したと認められる前記各患者に対応する別紙結果一覧表の除斥期間経過欄の原告らの被告国及び県に対する請求はいずれも理由がない。
（まとめ）
第１ 以上のとおり，昭和34年末において，被告国には水質二法によるY1 水俣工場のアセトアルデヒド排水の規制権限の行使を怠った過失が，被告熊本県には熊本県漁業調整規則32条による前記同様の工場排水処理設備に関する規制権限の行使を怠った過失が認められ，昭和35年1月以降において，水俣湾沿岸の魚介類を摂食してメチル水銀中毒症に罹患し，又はその被害を拡大させられたと認められる患者らに対して，国家賠償法1条1項に基づいてその損害を賠償すべき責任がある。
第２ 昭和35年以降のメチル水銀の排出量がそれ以前の時期に比べてどれ位の量であり，それが本件患者らのメチル水銀中毒症の発症，拡大にどれ位寄与しているのかは，本件患者らが水俣湾沿岸を離れた時期とも関連して，困難な問題である。特に，昭和35年ころを境として魚介類の水銀値が低下していることから窺われる排出水銀量の低下や，水銀曝露後かなりの期間が経過してから発症することがある遅発性水俣病の点を考えると，患者発生と被害の拡大については，昭和35年以降に摂取した魚介類の影響によるというよりも，それより以前に摂取した魚介類の影響が大きいのではないかと推測される。
しかしながら，被告Y1 が昭和43年に生産を停止するまでメチル水銀の流出が止むことがなかったのも事実であり，この昭和35年以降のメチル水銀の流出が患者発生と被害の拡大に関係ないといえないことも，また，当然である。
第３ 被告ら相互間の責任関係
本件において，メチル水銀中毒症を発生させたのは被告Y1 であり，被告国・熊本県には，担当公務員が水俣病の発生，拡大を防止すべき義務がありながら，権限を行使しなかった不作為責任があるのであって，両者は不真正連帯の関係にあるところ，昭和35年以降に流出したメチル水銀が本件患者らの症状に与えたと推測される状況や，被告国・県の担当公務員の本件に対する対応等を考慮すると，被告国・県の責任はそれぞれ被告Y1 の4分1程度であると認めるのが相当である。したがって，被告国及び県は，自らが損害賠償責任を負う患者らに対しては，被告Y1 に認められる後記損害賠償義務のうちの4分の1の範囲において，これと不真正連帯の関係に立つ損害賠償義務をそれぞれ負担することになる。
（メチル水銀中毒症の病像）
第１ 総論
１ メチル水銀中毒罹患を理由とする損害賠償請求事件において，要件としての因果関係の存在につき，請求権者がなすべき因果関係の立証の程度は，特別の定めがない以上，通常の民事訴訟における場合と異なるものではない。そして，訴訟上の因果関係の立証は，一点の疑義も許されない自然科学的証明ではないが，経験則に照らして全証拠を総合検討し，特定の事実が特定の結果発生を招来した関係を是認し得る高度の蓋然性を証明することで，その判定は，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得ることを必要とする。
本件で問題となっているメチル水銀中毒症（いわゆる水俣病）の起因性についても，「相当程度の蓋然性」さえ立証すれば足りるとすることはできず，1審原告の病状がメチル水銀の影響によるものであることについて，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得る高度の蓋然性を証明することが必要である。
２ 本件メチル水銀中毒症が，被告Y1 の水俣工場におけるアセトアルデヒド製造工程内で副生されたメチル水銀化合物が工場排水に含まれて排水され，水俣湾の魚介類を汚染し，上記汚染されたメチル水銀化合物を保有する魚介類を多量に摂取したことにより，即ち食物連鎖により惹起された中毒性神経系疾患であることは，当事者間に争いがなく，そして，本件メチル水銀中毒症は，メチル水銀に汚染された魚介類を経口摂取した結果メチル水銀が体内の血管を流れることによって生じる中毒性神経系疾患であるから，特に脳が侵されるなど，部位により程度の差はあるにせよ全身にわたってその影響が及ぶのであって，身体の一カ所だけが障害を受けるといったことはない。
したがって，原則として，ある特定の症状のみが単独で現われたり，身体の左右一方あるいは上下半身の一方のみに症状が現れるということはない（特にこのことは急性激症型の場合に顕著である。）。
３ しかし，メチル水銀中毒に起因する障害の程度は，当然，重度なものから軽度なものまで多様であり，障害の現れかたも典型的な全ての症状を呈するものからそうでないものまでいろいろな段階がある。
さらに，すべての症状があらわれる重篤な患者の典型例はともかく，その症状は，人により障害を受けやすい部位が異なることもあろうし，症状に軽重がみられたり，所見のとりかたに難易があったりして，個々人の症状は多様であると考えられる。
また，一度障害を受けた脳の当該箇所そのものは二度と元には戻らないにしても，障害を受けた脳の部分の機能を他が代替して機能の障害が軽減し，症状が好転するといったことがあることにも留意する必要がある。
すなわち，本件メチル水銀中毒症に特徴的な症状があり，その症状に関連した検査項目の結果には充分留意する必要があるものの，数多くの検査項目のすべてに異常が出ていないとか，検査結果に変動があるという理由のみで，直ちに中毒症状を否定するのは相当でないであろう。
したがって，どのような症状あるいは検査結果をもってメチル水銀中毒症に罹患していると認められるかは極めて困難ということになる。
そして，本件訴訟において，「水俣病」の認定の基準としての52年判断条件の当否について，双方が激しく争っている。
４ ところで，メチル水銀の慢性中毒による身体的障害の程度は，重篤なものからそうでないものまでなだらかに連続的に存在するであろうし，また，罹患の事実が容易に，確実に認められるものから，その点の判断が微妙なものまで多様である。
そうすると，救済法あるいは補償法の立法目的，その運用がメチル水銀中毒罹患者を早期に広く救済しようとしているかどうかはともかくとして，46年事務次官通知あるいは52年判断条件は，端的に言って，救済法あるいは補償法における認定要件を設定したものと理解するべきであろう。
すなわち，補償協定により，一旦，「水俣病」と認定されれば，Ａランク1800万円，Ｂランク1700万円，Ｃランク1600万円の慰藉料と，各ランクに応じた所定の手当の支給を受けうるものとされているところ，52年判断条件は，患者群のうち補償金額を受領するに適する症状のボーダーラインを定めたものと考えるべきであろう。
上記のとおり，本判示において，「水俣病」ではなく，できるだけ「メチル水銀中毒症」あるいは「本件メチルに起因する症状」との文言を用いることとしたが，それは，「水俣病患者」という言葉が，ややもすると「（救済法あるいは，公健法において）認定された水俣病患者」の意味で使用されるので，本件がメチル水銀中毒による被害についての不法行為に基づく損害賠償請求事件であることを意識してのことである。
５ そうすると，本件で問題となっている病像論は，52年判断条件とは別個に，被告Y1 水俣工場から排出されたメチル水銀中毒被害についての不法行為に基づく損害賠償請求事件であるから，前述のとおり，民事訴訟における被害の立証として，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得る高度の蓋然性の証明は，いかなる知見，経験則に基づいてなされるべきか，また，メチル水銀中毒症によるどの程度の症状について，賠償請求が認められるべきかという問題ということになる。
もっとも，原判決が指摘するとおり，健康被害がメチル水銀中毒に起因する程度も零パーセントから百パーセントまで連続的に分布していると考えられるので，判決による場合にはボーダーライン前後で，結果的に悉皆的判断とならざるを得ない。また，本件患者らが訴える症状がメチル水銀中毒に起因すると認められた場合に，本来であれば，症状による連続性を損害額に反映させることができるが，本件では，加齢等から症状がメチル水銀中毒に起因するかについて不確定要素があること等からそのようなことはできなかった。
第２ 前提事実
１ 体内に摂取されたメチル水銀は，神経系を障害するが，大脳の後頭葉鳥距野（視野の中枢），頭頂葉中心後回領域（感覚の高次中枢），側頭葉の横回領域（聴覚の高次中枢）の各部位，小脳の虫部及び半球の双方の部位を強く障害し，感覚障害及び運動障害を引き起こすことは，原，被告ら間で争いがないところ，〈証拠略〉によれば，メチル水銀による末梢神経の損傷は少なく，メチル水銀中毒を原因とする感覚障害の原因は，主として，大脳皮質が損傷されることにある（いわゆる中枢説）と推認される。
２ すなわち，初期に急性激症型で死亡した患者の解剖結果も，注意深く検討しても，末梢神経に目立った病変は見つからなかった（〈証拠略〉）とされている。そして，昭和46年発行の英文の教科書（〈証拠略〉）には，初期の水俣病患者の全ての剖検例において，大脳皮質の中心後にさまざまな程度の病理学的変化が認められ，病理解剖の結果と臨床所見を分析すれば，水俣病の重要な臨床像は大脳皮質，小脳皮質，被殼の病巣によるものであろうと思われる，と記載されており，ハンター・ラッセルの報告（〈証拠略〉），いわゆるスウェーデン・レポート（〈証拠略〉），WHO環境保健クライテリア（昭和51年発行，〈証拠略〉・平成2年発行，〈証拠略〉），臨床神経ハンドブック（〈証拠略〉）などによれば，諸外国のメチル水銀中毒の研究者の間では，メチル水銀中毒の感覚障害は末梢神経障害に起因するというよりも，大脳皮質障害で説明できると解されていることは，原告らが主張するとおりである。
３ ところで，四肢末梢に感覚障害がある場合に，その原因としては，[1]末梢神経に異常がある，[2]末梢神経から脳（中枢）までの情報伝達過程に異常がある，[3]情報を受けとる脳に異常がある，の3つの場合が考えられる。
末梢神経に異常があるかどうかは，腱反射をみれば判るが，水俣湾沿岸の患者には，腱反射の消失あるいは減弱は少なく，腱反射は正常または亢進が多い（〈証拠略〉）。
これは，メチル水銀中毒による末梢神経の損傷はほとんどないが，損傷されてもその程度は少なく，末梢神経の異常が感覚障害の原因でないこと，したがって，腱反射は正常であるあるいは亢進しているからといって，そのこと自体から，当該患者がメチル水銀中毒症ではないと判断するのは相当でないことを示している。また，情報伝達過程に異常があるかどうかは，筋電計による検査や頸椎狭窄の有無などで調べるが，メチル水銀中毒の場合，伝導速度に異常がなかった（〈証拠略〉）のである。
４ したがって，本件患者らの感覚障害は，もっぱら，大脳皮質が障害されたことによると推認される。
感覚障害は，大きく分けて，表在感覚，深部感覚，複合感覚と3つに分けられるのであるが，大脳皮質（頭頂項葉中心後回の体性感覚野）に障害があると，大きな特徴として，複合感覚（識別感覚）の障害が表われる（〈証拠略〉）。
この点について，阪南中央病院の舌先の2点識別覚の検査結果を示す別表「二点識別覚閾値の散布図（舌先）」（〈略〉）及び「二点識別覚閾値の度数分布比較（舌先）」（〈略〉）によれば，メチル水銀の曝露を受けたグループと，そうではない対象群との識別感覚の異常の差異は，一目瞭然といってもさしつかえないほどである。
（〈証拠略〉の浴野の検査も同様の結果を示している。）。
５ したがって，複合感覚に障害を受けていれば，それだけで大脳皮質に障害を受けたことに起因する感覚障害で，メチル水銀中毒の影響によるものと推認してさしつかえないであろう。
ただ，舌を含む顔面は脳と直結しており，これらの部位に異常があれば，脳の異変と関連していると推認して誤りはない。
しかし，指先や手足などの部位の神経は頸椎や腰椎などを経由しているから，それらの箇所で狭窄などの影響を受けた結果の障害であるかを吟味する必要がある。また，老齢からくる頸椎狭窄によって，感覚障害が出現することにも留意する必要がある。
第３ 判断の準拠
上記のようなメチル水銀中毒に起因する感覚障害に鑑み，メチル水銀化合物により汚染された水俣湾の魚介類を多量に摂取したとによる中毒性の神経障害を請求原因とする本件において，本件患者らが訴えている症状が被告Y1 が排出したメチル水銀中毒に起因すると推認できる準拠を次のとおりとして誤りがないと考える。
１ まず，当然ながら，水俣湾周辺地域において上記汚染された魚介類を多量に摂取していたことの証明がなされる必要がある。
２ 次に，上記のようなメチル水銀によって生じる症状を考慮すると，【判示事項2】いわゆるメチル水銀曝露に加え，次の3要件のいずれかに該当する者は，メチル水銀に起因する障害が生じている患者と認定してさしつかえない。
（１） 舌先の2点識別覚に異常のある者及び指先の2点識別覚に異常があって，頸椎狭窄などの影響がないと認められる者。
（２） 家族内に認定患者がいて，四肢末梢優位の感覚障害がある者。
（３） 死亡などの理由により2点識別覚の検査を受けていないときは，口周辺の感覚障害あるいは求心性視野狭窄があった者。
３ 上記判断準拠は，次のような考慮による。
（１） 上記のメチル水銀による感覚異常の機序からすると，複合感覚を検査する2点識別覚の検査において，舌先に異常があるものは当然に，また，指先に異常がある者については，頸椎狭窄などの影響がないと認められた者について，メチル水銀中毒患者であると判断できる。
（２） メチル水銀中毒により，四肢末梢優位の感覚障害が生じることもよく知られているが，四肢末梢優位の感覚障害はメチル水銀中毒以外の原因によっても生じうるものであるから，四肢末梢優位の感覚障害があることのみによっては，高度の蓋然性をもって，当該患者がメチル水銀中毒であるとまではいえないであろう。しかし，曝露歴が認められ，同一食生活を送っていた家族内に認定患者が発生している場合には，四肢末梢優位の感覚障害の存在のみで，当該患者がメチル水銀中毒患者であると認めてさしつかえないであろう。
よって，家族内に認定患者がいて，四肢末梢優位の感覚障害がある者は，特別の事情のない限り，その症状は本件メチル水銀に起因すると推認される。
（３） 平成9年のA病院の検査以前に死亡した患者らは，2点識別覚の検査を受けていないから，上記2つの基準に依拠することができない。
したがって，この場合には四肢末梢の感覚障害の有無を基準とすることになるのであるが，前述したとおり四肢末梢優位の感覚障害はメチル水銀中毒以外の原因によっても生じうるところではある。しかしながら，末梢神経のうち，顔面の神経は，その伝導経路の途中に頸椎，腰椎などを通っていないから，加齢その他の原因による頸椎狭窄などの影響を受けることはない。したがって，口周辺に感覚障害が存在した死亡患者については，メチル水銀中毒により障害を受けていたと認定することとする。
同様に，求心性視野狭窄もメチル水銀中毒の存在を強く疑わせるものであるから，視野狭窄が存した患者も，メチル水銀中毒により障害を受けていたと認定する。
ただし，この障害が，糖尿病や脳卒中など他の原因によると認められる場合及び解剖により脳に病変がなかったときは，当該障害はメチル水銀中毒に起因するものであるとはいえない。そこで，死亡などの理由により2点識別覚の検査を受けていないときは，口周辺の感覚障害あるいは求心性視野狭窄がある者は，メチル水銀中毒により障害を受けていたと認定することとする。
第４ 準拠についての補足
１ 運動障害，構音障害，難聴などは，本判決においては，メチル水銀中毒罹患の有無の判定に関しては基準としては採用しない（四肢末梢の感覚障害は，家庭内に認定患者がいる場合には基準とするが，そうでないときは基準としない。視野狭窄と口周囲の感覚障害は，平成9年のA病院の検査を受けていない患者については基準とするが，そうでないときは基準としない。）。ただし，これらは慰謝料額の算定に際しては大きな要素となるものであるから，これら各障害の有無についても検討する。
２ 本件のような公害訴訟において，疫学が重要な役割を果たすことは原告らの主張するとおりであるが，それはあくまで一般的にその症状がメチル水銀に起因している可能性が高いというにとどまり，個別の当該患者が，高度の蓋然性をもって，メチル水銀中毒症に罹患しているとまで認定することはできない。
したがって，疫学から見て四肢末梢の感覚障害のある者はメチル水銀中毒症に罹患していると認定すべきであるとの原告らの主張は採用することはできないのであって，当裁判所による準拠が相当であると判断する。
３ 被告らは，同一家族内であっても，個人によって魚介類の摂取量に差があるから，家族内に認定患者がいても，本件患者が多量に摂取したとは言えない旨主張する。
確かに，「阿賀野川流域の有機水銀中毒，椿忠雄〈証拠略〉」によれば，26例の患者の内訳は，性別では男23名，女3名であり，年齢別では9歳以下は0名，10～19歳が1名であって，女性と子供が少なく，性と年齢に偏りがあったことが認められる。しかし，同時に〈証拠略〉及び「阿賀野川沿岸の有機水銀中毒の疫学的研究，椿忠雄ほか〈証拠略〉」，「新潟に起こった有機水銀中毒，近藤喜代太朗ほか〈証拠略〉」によれば，新潟水俣病で主役を演じたニゴイはあまり美味でなく，市販できないのでほとんど漁師が自家消費しており，全患者とも多量に摂取していて，多い者は1日3食とも食べていた例があるところ，女性や子供は多数の小骨を持つニゴイを好まず，あまり食べなかったことが認められるのであって，このことが成年男子に患者が集中している原因と考えられるところ，これに反して，昭和35年当時の水俣湾沿岸においては貧困などの理由から採った魚介類を家族が等しく主食としていた例が少なからず見られる（原告らの陳述書）のであって，新潟と水俣ではその食生活において事例を異にするものである。
したがって，水俣においては，家族は同一食生活を送っていたと推認して差し支えなく，このような家族内に認定患者が発生している場合に，上記（１）の曝露歴を考慮すれば，四肢末梢優位の感覚障害の存在のみで，当該患者がメチル水銀中毒患者であると認めてさしつかえないと考える。
第５ 判定方法
具体的にどのような資料に基き準拠をあてはめるかについては，次のとおりとする。
１ まず，曝露を受けた水銀量については，曝露直後の毛髪などが採取されていないから毛髪水銀量の検査によることはできないところ，そのことにつき原告らには何の責任もない。
したがって，今となっては，居住時期，魚介類の摂取量などについては原告らの陳述（本人尋問，陳述書など）によるしかない。
２ 複合感覚障害
複合感覚障害の有無を調べるには，舌及び指先の2点識別覚の検査が有用であるから，A病院の平成9年の検査を受けた39名の患者については，上記検査結果によって異常の有無を判別することとする。
ただ，舌先の場合は脳から直接神経が出ているから合併症の問題はまず考慮しなくてよいが，親指の場合は途中で頸椎を通っているから，頸椎狭窄などの影響がないかを検討する必要がある。
３ それ以外の障害
四肢末梢優位の感覚障害，口周囲の感覚障害及び視野狭窄，運動障害，構音障害，難聴などについては，審査会の検診結果，A病院の検査及びその他の検査の結果を総合して検討することとする。
第６ A病院の検査の一般的証明力について
被告らにおいて，疑問を呈しているので，A病院の検査の一般的証明力について検討しておくこととする。
１ A病院のB医師を中心とする医師たちは，昭和53年から毎年1回患者たちの検査を行ない，水俣病問題研究と題する研究誌（〈証拠略〉）を発行するなどして研究活動をしていた。
A病院が行った，主として昭和61年から62年にかけて行われた検査（第1回目検査）と，平成9年に行われた検査（第2回目検査）が証拠として本訴で提出されている。
第1回目検査は，水俣病検診センターで用いられている検診録を参考にして考えられた検査項目についてなされ，第2回目検査は，2点識別覚などの知覚検査につきなされている。
得られた所見や数値には，加齢の影響が加わっているものや，理論的にあり得ないものもある（たとえば聴力検査での骨導値と気導値の逆転）が，B医師の証言によれば，理論的にあり得ないものでも，出てきた所見は所見として，あるいは数値は数値として記載し，加齢の影響や不自然な測定結果をどう判断するかは後の問題であるとの姿勢で検査に臨んだとのことである。
（１） 具体的検査方法は，知覚異常や運動失調はB医師やC医師が担当し，被検査者に見えないようにして刺激を加え，その刺激もランダムにしたり，痛覚の検査では刺激の圧力を一定にし，かつ数値化できるように，分銅式の定量型知覚計を用いたりしている。
視野などは眼科医とゴールドマン視野計を使用した検査技師が担当し，聴力検査は耳鼻科医師が診察と同時に自動オージオメーターを使用して，気導系と骨導系の検査をおこない，伝音性と感音性の鑑別を行っている。
なお，視野図の中にはマリオットの盲点が書かれていないものもある。しかし，求心性視野狭窄の検査に関していえば，マリオットの盲点は疾患の判定にさほど重要でないともいえるから，視野図にマリオットの盲点の記載がないことが視野の検査そのものの信頼性を損なうとまではいえないであろう。また，骨導値と気導値の逆転（理論的には，骨導値は常に気導値より低い。）も，直ちに，理論的にありえないことが判明するようなことが記載してあること自体，検査結果に手を加えずにありのままに記載したことの証左といえ，また，審査会の検診においても同様に20デシベル逆転の測定結果がでているものもあり（〈証拠略〉），それが聴力検査の信頼性に疑問を抱かせるものとはいえない。
（２） 次に，A病院でなされた知覚障害や運動失調の検査について検討するに，得られた所見がメチル水銀中毒に起因するとのB医師らの意見，あるいは同医師がどのような見地からの判定したかといったことはともかくとして，所見そのものをB医師らがどのような検査方法によって得たかについて見るに，なるほど，B，Cの両医師は，神経内科の認定医の資格を取得してはいないが，神経内科的所見そのものはメチル水銀中毒に特異的なものではないことからすれば，専門医でなくとも，検査項目につき勉強し，経験を積んだ医師であれば，所見そのものを採ることは充分可能であると認められる。
そして，両医師は，メチル水銀中毒についての多数の論文を読み，熊本大学の原田教授，新潟大学の白川教授ら水俣病の研究者と一緒に患者の診察を診たりして研鑽を積み，また，多数のメチル水銀中毒の症状を訴える患者の診察をしている。よって，A病院で採られた所見そのものの存否についての検査結果については，信用性を疑うべき理由はない（なお，同じ患者をB医師らが診たあと，交替して原田教授，白川教授が診たときの，所見の有無の取り方に特に差はなかった。）。
（３） 構音障害の検査について，滑らかに発音しているかどうかを見るためにラリルレロとラ行の発音をさせることに，特に問題があるともいえない。
眼球運動障害の検査の滑動性追従運動に関し，A病院では指標の速さを0.3ヘルツの周波数で行っているが，この点も，0.5ヘルツに比べ指標の移動が早い分だけ追従が困難になり，検査結果に異常が出やすいということであるから，0.3ヘルツで取られた検査結果であることに留意して評価，判定すれば良いといえ，検査結果の波形そのものに問題がある訳ではない。
ただ，眼球運動異常の有無の結論部分で，B医師らは滑動性眼球運動異常を重視しているかのようであるが，衝動性眼球運動は小脳の異常に特異的であるのに対し，滑動性眼球運動は多様な原因で発症することからすれば，メチル水銀中毒罹患の有無を考察するにあたっては，滑動性眼球運動より衝動性眼球運動を重視すべきである。しかしながら，この点も，得られた結果に対しどのように評価するかといった問題であって，波形といった検査結果そのものを左右するものではない。
（４） このように，B医師たちの採った検査方法や検査項目は妥当なものと考えられ，また，得られた測定結果をもとにした総合判定については，他原因や症状の組み合わせをどうするかといった見方の相違から，審査会の結論と違いはあるのであるが，症状の有無や測定結果そのものについていえば，審査会の検診結果とA病院の検査結果とはさほど大きな差はない。
そうだとすると，A病院の検査結果は審査会の検診と同様の証拠価値があると認めるのが相当である（B医師らが，被告国らの認定制度の運用に対し批判的立場をとっているのは，各人の医師としての信念に従って行動している結果と考えられ，そのことから，直ちにA病院の検査における数値や所見のとり方一般についての信用性が害されるとはいえない。）。
２ 平成9年度の2点識別覚の検査について
平成9年の検査は，知覚異常に的を絞って，B医師とC医師が中心となって行ったもので，そのときの検査項目と検査方法は〈証拠略〉に詳しいが，その中の2点識別覚の検査内容について要約すると，
（１） 2点識別覚は，ノギスを使用し，触っていることがわかる程度の圧迫を加え，目隠しをして，同時に与えられた2点刺激に対して，これを被検査者が2点と認識できる最少の2点間距離を計るもので，途中で1点刺激を加えたりしながら検査し，2点を1点と回答したときは，それより2mm広いところから再度1mmづつ下げていき，少なくとも3回は閾値に到達するまで繰り返す。
（２） 2点識別覚の検査は，前例が少なく，文献によっても何をもって正常値とするかが確立していないと考えたB医師らは，自分たちでコントロール群を選んで比較検討しようと考え，対照群として，患者群の約2倍の人数である78名の，同年齢程度のA病院の患者や職員，その家族などを選定して（〈証拠略〉），同一の検査を行い，対照群の検査結果を正常値として患者群の検査結果と比較して患者群の異常の程度を判定した。
（３） 上記測定結果の数値が別表「二点識別覚閾値の散布図（舌先）」（〈証拠略〉）及び「二点識別覚閾値の度数分布比較（舌先）」（〈証拠略〉）であって，対象群と患者群は際だって特徴のある分布をなしている。
なお，平成9年の検査結果をまとめた「水俣病知覚検診報告書」（〈証拠略〉）には，具体的数値の検査結果とともに，判定結果として異常の程度を＊，＊＊，＊＊＊で記載している。これは，対象群の平均値をμとし，標準偏差をσとするとき，＊は「μ＋≦＊〈μ＋2σ」あるいは「μ－2σ〈＊≦μ－σ」，＊＊は「μ＋2σ≦＊＊〈μ＋3σ」あるいは「μ－3〈＊＊≦μ－2σ」，＊＊＊は「μ＋3σ≦＊＊＊」あるいは「＊＊＊≦μ－3σ」としたものである。
（個別原告についての判断）
第１ 個別的因果関係の判断
本件患者がメチル水銀中毒に罹患しているかの判断は，上記に説示したメチル水銀中毒症の症状の知見及び経験則から導かれる準拠を前提に判断した。その結果は，別添の凡例及び患者番号1ないし59（48は欠番）の分冊のとおりである。
第２ 慰謝料額及び相続関係
１ 本件メチル水銀中毒症に罹患していることが認められた場合の慰謝料額についても，別添の上記分冊に，上記判断部分に続いて各患者ごとに摘示した。
２ 昭和35年1月以降，被告国，県の責任は，共同不法行為者として，被告Y1 と（不真正）連帯して賠償責任を負うが，その限度は，前述したように，被告Y1 の4分の1の限度である。
３ 慰謝料額の算定において考慮した事情は，大略次のような点である。
感覚障害，運動障害，求心性視野狭窄，構音障害，難聴などの症状は，メチル水銀中毒症によくみられるものであるから，上記診断準拠に基づき，メチル水銀中毒症に罹患していると認められる患者に，これらの症状があるときは，加齢の点及び頸椎狭窄などの既往症の存否に留意したが，特別の事情がない限り，これらの症状はメチル水銀中毒に起因すると判断した。
各患者の障害の程度については，求心性視野狭窄（その程度が中程度以上の障害であるか，その可能性があるか，視野狭窄がないか），感覚障害（その範囲と程度が中程度以上の障害であるか，そうでないか），運動障害，構音障害，難聴などに留意したが，これらの症状に加齢や既往症が相当程度寄与していると認められる場合は，その点を考慮した。
第３ 弁護士費用
被告らに負担を命ずべき弁護士費用は，原審と同様に，本件各患者毎に一律50万円が相当で，この金額を賠償責任を負う被告らに連帯して負担することを命じることとした。
なお，個別判断の記載は，相続関係が錯綜していて明確でないが，この弁護士費用も，被告らの不真正連帯債務であって，請求を認容された本件患者毎に50万円を限度として支払いを受け得るとの趣旨である。
第４ 総額
認容額は上記の慰謝料額に弁護士費用を合計した額となるところ，別紙結果第1，第2表に掲記の原告らは，そこに「認容額欄」に記載されているとおりの認容額となる。これを整理すると別紙結果一覧表のとおりである。
第５章被告Y1 の平成11年（ネ）第4203号事件についての判断
第１ 原審が認容した額（遅延損害を含む）について，原告らは，仮執行の宣言の付された原判決の執行力ある正本に基づき，その全額について仮執行して，遅くとも平成6年11月5日以前に，遅延損害金をも含めた認容額相当の給付及び執行費用の支払いを受けた（〈証拠略〉）。
当審において，別紙返還等申立結果一覧表第1の1記載の原告欄記載の各原告は，原審の認容された賠償請求を取り消され，請求棄却となった原告であり，同表第1の2の原告欄記載の各原告は，原審での認容額を減額された。
その結果，被告Y1 に対して，同表第1の1，2記載の原告らは，認容額の全部あるいはその一部として給付を受けた分の返還並びにそれに相当する執行費用を賠償する義務があり，その限度で，被告Y1 の民訴法260条2項に基づく請求は理由がある。
第２ よって，別紙返還等申立結果一覧表第1の1，2記載の原告欄記載の各原告に対して，同表の「返還等負担額」記載の額及びこれらに対する平成6年11月5日から完済に至るまで年5分の割合による金員の支払いを命じる。
第３ 上記の原告らを除く別紙返還等申立結果一覧表第2記載の原告らは，原審と同額あるいはこれを上回る額の損害賠償請求が認容されているので，これら原告らに対する被告Y1 の返還請求等は理由がない。
第６章結論
第１ 以上の次第で，原告らの被告Y1 に対する損害賠償請求は，別紙結果第1，2表の原告欄記載の各原告に対応する同表「Y1 関係認容額」欄記載の各金員及びこれに対する同表記載の各起算日から完済に至るまで年5分の割合による金員を求める限度で理由があるのでこれを認容し，同各表原告欄記載の各原告のその余の請求及びその余の原告らである結果第3表記載の原告らの請求は，いずれも理由がないので棄却する。
第２ 次に，原告らの被告国，県に対する損害賠償請求は，別紙結果第1表の原告欄記載の各原告に対応する同表「国・県関係認容額」欄記載の各金員及びこれに対する同表記載の各起算日から完済に至るまで年5分の割合による金員を支払を求める限度で理由があるのでこれを認容し，同第1表の原告欄記載の各原告のその余の請求及び同第2，3表の原告欄記載の各原告の請求は，いずれも理由がないので棄却する。
第３ 本件は，原告ら，被告Y1 の双方から控訴がなされ，原審の判断が正当とされる部分もあるが，原告が多数であり，承継関係もあって，権利関係が極めて複雑となっているので，すべて変更し，新たに判断した。
請求の一部が認容された原告らについて整理すると，別紙「各原告認容金額一覧表」のとおりであり，より簡明に，本件患者について，1審の結果も含めて整理すると，別紙「結果一覧表」のとおりである。
第４ 平成11年第4203号事件における被告Y1 の請求についての判断は，上記のとおりである。
第５ なお，仮執行については，原審で請求の一部が認容された原告らは，上記のとおり，その全額について金員の交付を受けていることなどの事情を考慮し，被告国，県に対してはこれを付さないこととし，また，被告Y1 の民訴法260条2項の申立が認容された分についても同様にこれを付さないこととする。
第６ 以上の次第で，主文のとおり判決する。
（裁判官岡部崇明古川行男鳥羽耕一）
当事者目録〈略〉
請求金額目録
（患者である原告において，弁護士費用を含め一律の3300万円の損害賠償を請求している。訴訟承継があったので，患者本人であった原告と承継した原告，さらには双方を兼ねる原告がある。原告番号に枝番が付されていない原告が患者原告で，付されているのが承継原告である。その詳細並びに起算日の記号の意味は，本表の末尾に記載してある。）
原告番号原告氏名請求額（円）起算日
（〈略〉承継人）
1－2 〈略〉 8,250,000 Ａ
1－3 〈略〉 8,250,000 Ａ
1－4 〈略〉 8,250,000 Ａ
1－5 〈略〉 8,250,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を各1/4相続
（〈略〉及び〈略〉承継人）
2－2＝3－3 〈略〉11,000,000 Ａ
2－3＝3－4 〈略〉11,000,000 Ａ
2－4＝3－5 〈略〉11,000,000 Ａ
2－5＝3－6 〈略〉11,000,000 Ａ
2－6＝3－7 〈略〉11,000,000 Ａ
2－7＝3－8 〈略〉11,000,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）と〈略〉の損害（3300万円）をいずれも各1/6相続
4 〈略〉33,000,000 Ａ
5 〈略〉33,000,000 Ａ
6 〈略〉33,000,000 Ａ
7 〈略〉33,000,000 Ａ
8 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉及び〈略〉承継人）
9－3＝10－2 〈略〉16,500,000 Ａ
9－4＝10－3 〈略〉16,500,000 Ａ
9－5＝10－4 〈略〉16,500,000 Ａ
9－6＝10－5 〈略〉16,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）と〈略〉の損害（3300万円）の合計をいずれも各1/4相続
11 〈略〉33,000,000 Ａ
12 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉の相続人兼承継人）
13－2－3＝14 〈略〉66,000,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続人及び〈略〉相続人亡〈略〉承継人として全額相続並びに本人分損害（3300万円）
（〈略〉相続人，承継人）
15－2 〈略〉11,000,000 Ａ
15－3 〈略〉2,750,000 Ａ
15－4 〈略〉1,375,000 Ａ
15－5 〈略〉1,375,000 Ａ
15－6 〈略〉5,500,000 Ａ
15－7 〈略〉5,500,000 Ａ
15－8 〈略〉5,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）につき，相続人である亡〈略〉につき承継が生じた。〈略〉相続人である〈略〉の相続分合計8/24及び〈略〉，〈略〉，〈略〉が各1/6並びに〈略〉相続人亡〈略〉承継人である〈略〉が1/12，〈略〉，〈略〉が各1/24相続
（〈略〉承継人，全部相続）
16－2 〈略〉33,000,000 Ａ
17 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉承継人）
18－2 〈略〉24,750,000 Ａ
18－4 〈略〉1,375,000 Ａ
18－5 〈略〉1,375,000 Ａ
18－6 〈略〉1,375,000 Ａ
18－7 〈略〉1,375,000 Ａ
18－8 〈略〉1,375,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を〈略〉が3/4，その余の承継人が各1/24相続（〈略〉承継人）
19－2 〈略〉16,500,000 Ａ
19－3 〈略〉16,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を各1/2相続
20 〈略〉33,000,000 Ａ
21 〈略〉33,000,000 Ａ
22 〈略〉33,000,000 Ａ
23 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉承継人）
24＝31－4 〈略〉38,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/6と本人の損害（3300万円）の合計
25 〈略〉33,000,000 Ａ
26 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉承継人）
27－2 〈略〉23,100,000 Ａ
27－3 〈略〉3,300,000 Ａ
27－4 〈略〉3,300,000 Ａ
27－7 〈略〉3,300,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を〈略〉が7/10，その余の原告が各1/10相続（〈略〉承継人）
28－2 〈略〉16,500,000 Ａ
28－3 〈略〉5,500,000 Ａ
28－4 〈略〉5,500,000 Ａ
28－5 〈略〉5,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を〈略〉が1/2，その余の原告が各1/6相続
29 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉承継人兼本人）
30＝18－3 〈略〉34,375,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/24と本人の損害（3300万円）の合計（〈略〉承継人）
31－2 〈略〉5,500,000 Ａ
31－3 〈略〉5,500,000 Ａ
31－7－2 〈略〉5,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分各1/6。〈略〉は〈略〉承継人亡〈略〉承継人（〈略〉承継人兼本人）
32＝31－5 〈略〉38,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/6と本人の損害（3300万円）の合計33＝31－6 〈略〉38,500,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/6と本人の損害（3300万円）の合計（〈略〉承継人）
34－2－3 〈略〉11,000,000 Ａ
34－2－4 〈略〉11,000,000 Ａ
34－2－5 〈略〉11,000,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の承継分と亡〈略〉の承継分の合計額1/3相続
35 〈略〉33,000,000 Ａ
（〈略〉承継人）
36－2 〈略〉16,500,000 Ａ
36－3 〈略〉4,125,000 Ａ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を原告〈略〉が1/2，原告〈略〉が1/8相続
37 〈略〉33,000,000 Ｂ
38 〈略〉33,000,000 Ｂ
39 〈略〉33,000,000 Ｂ
（〈略〉承継人兼本人）
40＝52－3 〈略〉38,500,000 Ｂ，Ｆ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/6と本人の損害（3300万円）の合計
41 〈略〉33,000,000 Ｃ
42 〈略〉33,000,000 Ｃ
43 〈略〉33,000,000 Ｃ
44 〈略〉33,000,000 Ｃ
45 〈略〉33,000,000 Ｄ
（〈略〉承継人兼本人）
46＝47－2 〈略〉49,500,000 Ｄ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）の相続分1/2と本人の損害（3300万円）の合計（〈略〉承継人）
47－3 〈略〉8,250,000 Ｄ
47－4 〈略〉8,250,000 Ｄ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を各1/4相続
49 〈略〉33,000,000 Ｅ
50 〈略〉33,000,000 Ｅ
51 〈略〉33,000,000 Ｆ
（〈略〉承継人）
52－2 〈略〉16,500,000 Ｆ
52－4 〈略〉5,500,000 Ｆ
52－5 〈略〉5,500,000 Ｆ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を原告〈略〉が1/2，その余の原告が各1/6相続
53 〈略〉33,000,000 Ｆ
54 〈略〉33,000,000 Ｆ
55 〈略〉33,000,000 Ｆ
56 〈略〉33,000,000 Ｆ
57 〈略〉33,000,000 Ｆ
（〈略〉相続人）
58－2 〈略〉16,500,000 Ｆ
58－3 〈略〉8,250,000 Ｆ
58－4 〈略〉8,250,000 Ｆ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を各1/4相続
（〈略〉承継人）
59－2 〈略〉24,750,000 Ｆ
59－3 〈略〉1,178,572 Ｆ
59－5 〈略〉1,178,572 Ｆ
59－26 〈略〉235,715 Ｆ
（内訳）
〈略〉の損害（3300万円）を原告〈略〉が3/4，同〈略〉，同〈略〉が1/28，〈略〉が1/140相続
注1 遅延損害金起算日の記号の意味
「Ａ」は，被告Y1 については「昭和57年12月10日」
被告国・県については「昭和57年12月11日」
「Ｂ」は，被告Y1 については「昭和59年8月29日」
被告国・県については「昭和59年8月30日」
「Ｃ」は，被告Y1 については「昭和60年10月24日」
被告国・県については「昭和60年10月25日」
「Ｄ」は，被告Y1 については「昭和61年1月8日」
被告国・県については「昭和61年1月9日」
「Ｅ」は，被告Y1 については「昭和61年11月23日」
被告国・県については「昭和61年11月23日」
「Ｆ」は，被告Y1 については「昭和63年4月14日」
被告国・県については「昭和63年4月15日」
注2 原告番号の意味
原告番号の後に「－」は相続もしくは承継があったこと及び相続人もしくは承継人の番号を，また，「＝」は，本人もしくは枝番の付されたものであれば別の患者を承継していることを表している。したがって，「2－2＝3－3」は，原告番号「2」の患者と同「3」の患者2名を相続もしくは承継した相続人もしくは承継人であること，そして，原告番号「2」の関係では，枝番「2」であり，原告番号「3」の関係では枝番「3」との意味である。
返還等申立表 [注]承継前の原告が含まれている
一審原告求債権支払額（円）執行費用支払額（円）合計額（円）
〈編注・原告番号で示
す。〉
1－2 三三八三四九一三五〇〇〇三四一八四九一
1－3 三三八三四九一三五〇〇〇三四一八四九一
1－4 三三八三四九一三五〇〇〇三四一八四九一
1－5 三三八三四九一三五〇〇〇三四一八四九一
2 3－2 一七一〇五〇三六六二五〇〇一七一六七五三六
3－3 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
3－4 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
3－5 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
3－6 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
3－7 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
3－8 一一二七〇七三三三〇〇〇一一六〇〇七三
4 七一六〇二四六五一五〇〇七二一一七四六
5 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
6 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
7 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
8 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
9－3 10－2 五一七一二八八四六五〇〇五二一七七八八
9－4 10－3 五一七一二八八四六五〇〇五二一七七八八
9－5 10－4 五一七一二八八四六五〇〇五二一七七八八
9－6 10－5 五一七一二八八四六五〇〇五二一七七八八
一審原告求債権支払額（円）執行費用支払額（円）合計額（円）
11 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
12 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
13－2 14 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
17 一三五二四九一三五八五〇〇一三五八三四一三
18－2 一〇一四三六八三五四〇〇〇一〇一九七六八三
18－4 五六三五三五二三〇〇〇五八六五三五
18－5 五六三五三五二三〇〇〇五八六五三五
18－6 五六三五三五二三〇〇〇五八六五三五
18－7 五六三五三五二三〇〇〇五八六五三五
18－8 五六三五三五二三〇〇〇五八六五三五
19－2 三五八〇一二二四二〇〇〇三六二二一二二
19－3 三五八〇一二二四二〇〇〇三六二二一二二
20 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
21 五五六九〇七九五一五〇〇五六二〇五七九
22 一三五二四九一三五八五〇〇一三五八三四一三
23 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
24 31－4 一一五三五九五四五四〇〇〇一一五八九九五四
25 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
26 七一六〇二四六五一五〇〇七二一一七四六
27 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
29 一三五二四九一三五八五〇〇一三五八三四一三
30 18－3 一四〇八八四四九五八五〇〇一四一四六九四九
31－2 一一九三三七二三三〇〇〇一二二六三七二
31－3 一一九三三七二三三〇〇〇一二二六三七二
一審原告求債権支払額（円）執行費用支払額（円）合計額（円）
31－7－2 一一九三三七二三三〇〇〇一二二六三七二
32 31－5 一一五三五九五四五四〇〇〇一一五八九九五四
33 31－6 一一五三五九五四五四〇〇〇一一五八九九五四
34－2 五一七一二八八四六五〇〇五二一七七八八
34－3 一七二三七六一三五五〇〇一七五九二六一
34－4 一七二三七六一三五五〇〇一七五九二六一
34－5 一七二三七六一三五五〇〇一七五九二六一
35 一〇三四二五七九五四〇〇〇一〇三九六五七九
37 一二七九〇八八五五八五〇〇一二八四九三八五
38 六七七一六四三五一五〇〇六八二三一四三
39 六七七一六四三五一五〇〇六八二三一四三
42 九四〇四三六九五一五〇〇九四五五八六九
43 九四〇四三六九五一五〇〇九四五五八六九
50 一一八三五五九六五四〇〇〇一一八八九五九六
51 一一二四二〇五四五四〇〇〇一一二九六〇五四
54 五九五一六七四五一五〇〇六〇〇三一七四
55 八五九六八六二五一五〇〇八六四八三六二
56 五九五一六七四五一五〇〇六〇〇三一七四
57 一一二四二〇五四五四〇〇〇一一二九六〇五四
結果第 1 表
＊印は，承継人及び承継分を含む原告である。
起算日の符号については本表末尾に注記してある。
原告番号原告氏名Y1 関係認容額国・県関係認容額起算日
1－2 ＊〈略〉 1,625,000 500,000 Ａ1－3 ＊〈略〉 1,625,000 500,000 Ａ1－4 ＊〈略〉 1,625,000 500,000 Ａ1－5 ＊〈略〉 1,625,000 500,000 Ａ2－2＝3－3 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ2－3＝3－4 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ2－4＝3－5 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ2－5＝3－6 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ2－6＝3－7 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ2－7＝3－8 ＊〈略〉 2,833,333 833,333 Ａ
4 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
5 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
6 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
7 〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ａ
8 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ａ9－3＝10－2 ＊〈略〉 3,750,000 1,125,000 Ａ9－4＝10－3 ＊〈略〉 3,750,000 1,125,000 Ａ9－5＝10－4 ＊〈略〉 3,750,000 1,125,000 Ａ9－6＝10－5 ＊〈略〉 3,750,000 1,125,000 Ａ
11 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ａ
12 〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ａ16－2 ＊〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ａ
17 〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ａ18－2 ＊〈略〉 4,875,000 1,500,000 Ａ18－4 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ18－5 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ18－6 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ18－7 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ18－8 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ19－2 ＊〈略〉 3,250,000 1,000,000 Ａ19－3 ＊〈略〉 3,250,000 1,000,000 Ａ
20 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
21 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
22 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
23 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ24＝31－4 ＊〈略〉 7,250,000 2,250,000 Ａ
25 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ａ
26 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ａ27－2 ＊〈略〉 4,550,000 1,400,000 Ａ27－3 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ27－4 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ27－7 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ
29 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ30＝18－3 ＊〈略〉 6,770,833 2,083,333 Ａ31－2 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ31－3 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ31－7－2 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ32＝31－5 ＊〈略〉 7,250,000 2,250,000 Ａ33＝31－6 ＊〈略〉 5,250,000 1,750,000 Ａ34－2－3＝34－3 ＊〈略〉 2,166,666 666,666 Ａ34－2－4＝34－4 ＊〈略〉 2,166,666 666,666 Ａ34－2－5＝34－5 ＊〈略〉 2,166,666 666,666 Ａ
35 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ36－2 ＊〈略〉 2,250,000 750,000 Ａ36－3 ＊〈略〉 562,500 187,500 Ａ
37 〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ｂ
38 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ｂ
39 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｂ
40 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｂ
43 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ｃ
45 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ｄ
49 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ｅ
50 〈略〉 8,500,000 2,500,000 Ｅ
51 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｆ
54 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｆ
55 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｆ
56 〈略〉 4,500,000 1,500,000 Ｆ
57 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ｆ
注1 原告番号の意味は，「請求金額一覧表」の注に記載してある。
注2 遅延損害金起算日の符号の意味
「Ａ」は，被告Y1 については「昭和57年12月10日」
被告国・県については「昭和57年12月11日」
「Ｂ」は，被告Y1 については「昭和59年8月29日」
被告国・県については「昭和59年8月30日」
「Ｃ」は，被告Y1 については「昭和60年10月24日」
被告国・県については「昭和60年10月25日」
「Ｄ」は，被告Y1 については「昭和61年1月8日」
被告国・県については「昭和61年1月9日」
「Ｅ」は，被告Y1 については「昭和61年11月23日」
被告国・県については「昭和61年11月23日」
「Ｆ」は，被告Y1 については「昭和63年4月14日」
被告国・県については「昭和63年4月15日」
結果第 2 表
＊印は，承継人及び承継分を含む原告である。
起算日の符号については本表末尾に注記してある。
原告番号原告氏名Y1 関係認容額国・県関係認容額起算日
41 〈略〉 6,500,000 0 Ｃ
44 〈略〉 4,500,000 0 Ｃ
46＝47－2 ＊〈略〉 9,750,000 0 Ｄ
47－3 ＊〈略〉 1,625,000 0 Ｄ
47－4 ＊〈略〉 1,625,000 0 Ｄ
53 〈略〉 6,500,000 0 Ｆ
59－2 ＊〈略〉 3,375,000 0 Ｆ
59－3 ＊〈略〉 160,714 0 Ｆ
59－5 ＊〈略〉 160,714 0 Ｆ
59－26 ＊〈略〉 32,142 0 Ｆ
注1 原告番号の意味は，「請求金額一覧表」の注に記載してある。
注2 遅延損害金起算日の符号の意味
「Ｃ」は，被告Y1 については「昭和60年10月24日」
被告国・県については「昭和60年10月25日」
「Ｄ」は，被告Y1 については「昭和61年1月8日」
被告国・県については「昭和61年1月9日」
「Ｆ」は，被告Y1 については「昭和63年4月14日」
被告国・県については「昭和63年4月15日」
結果第 3 表
（請求全部棄却の分）
原告番号原告氏名
13－2，13－3－2＝14 〈略〉（相続分，本人分ともに棄却）
15－2 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－3 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－4 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－5 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－6 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－7 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
15－8 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
28－2 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
28－3 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
28－4 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
28－5 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
42 〈略〉（本人分のみのところすべて棄却）
52－2 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
52－4 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
52－5 〈略〉（承継分のみのところすべて棄却）
58－2 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
58－3 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
58－4 〈略〉（相続分のみのところすべて棄却）
注「52－3〈略〉」は，承継分は棄却となったが，本人分が認容されたので，この表の対象にはならない。
注1 原告番号の意味は，「請求金額一覧表」の注に記載してある。
注2 遅延損害金起算日の符号の意味
「Ａ」は，被告Y1 については「昭和57年12月10日」
被告国・県については「昭和57年12月11日」
「Ｂ」は，被告Y1 については「昭和59年8月29日」
被告国・県については「昭和59年8月30日」
「Ｃ」は，被告Y1 については「昭和60年10月24日」
被告国・県については「昭和60年10月25日」
「Ｄ」は，被告Y1 については「昭和61年1月8日」
被告国・県については「昭和61年1月9日」
「Ｅ」は，被告Y1 については「昭和61年11月23日」
被告国・県については「昭和61年11月23日」
「Ｆ」は，被告Y1 については「昭和63年4月14日」
被告国・県については「昭和63年4月15日」
返還等申立結果一覧表
第1 返還義務負担原告ら（被申立人）
1 原告（原告番号）返還等負担額（執行費用負担分を含む）
（１）〈略〉（14） 1039万6579円（２）〈略〉（42） 945万5869円注全額返還義務負担を原告ら。給付を受けた額と執行費用として取り立てた額の全額について支払い義務を負う。
2 原告（原告番号）返還等負担額（執行費用負担分を含む）
＊（１）〈略〉（1－2） 79万8490円＊（２）〈略〉（1－3） 79万8490円＊（３）〈略〉（1－4） 79万8490円＊（４）〈略〉（1－5） 79万8490円（５）〈略〉（8） 319万1832円（６）〈略〉（11） 319万1832円＊（７）〈略〉（18－2） 239万3869円＊（８）〈略〉（18－4） 13万2991円＊（９）〈略〉（18－5） 13万2991円＊（10）〈略〉（18－6） 13万2991円＊（11）〈略〉（18－7） 13万2991円＊（12）〈略〉（18－8） 13万2991円（13）〈略〉（22） 319万1832円
（14）〈略〉（25） 318万2332円
（15）〈略〉（29） 319万1832円
＊（16）〈略〉（18－3＝30） 332万4823円
（17）〈略〉（33） 319万1832円
（18）〈略〉（51） 530万1878円
（19）〈略〉（55） 265万4688円
（20）〈略〉（57） 265万4689円
注
当審の認容額は，〈略〉については400万円，その余の原告らもしくは被承継人については，患者本人について，1審よりも200万円が減額されているところ，患者本人について返還等の額の計算は以下のとおりである。
（１） 減額分相当額の元本及びその遅延損害金として受領した分が返還額となるところ，その額は，受領金額との比例計算で直ちに算出できる。
すなわち，患者本人である原告〈略〉の場合を例とすると次のとおりとなる。1034万2579円(受領した元本及びその遅延損害金)×200万円／650万円(1審認容額)＝318万2332円
（２） 執行費用については，原審で認容された額の執行費用と当審で認容された額の執行費用の差額が損害になるところ，（18）〈略〉が1万1550円，その余の原告ら（承継がある分は被承継人）の負担額は，9500円である。
（３） （１）と（２）の合計額が返還義務を負う金額となる。なお，＊の付いている原告らは，承継人である。すなわち，（１）〈略〉，（２）〈略〉，（３）〈略〉，（４）〈略〉は，〈略〉の相続人（相続分各1/4）であり，（７）〈略〉，（８）〈略〉，（９）〈略〉，（10）〈略〉，（11）〈略〉，（12）〈略〉，（16）〈略〉は，〈略〉の相続人（相続人は〈略〉が18/24，その余の原告らが1/24）であり，〈略〉は，自身の200万円の減額分が加算されている。
第2 申立がすべて棄却される原告ら
上記第1項に記載されている原告らを除く被申立人となっている原告ら。なお，承継関係が省略されていることは，返還等申立表と同じである。
各原告認容金額一覧表
＊印は，承継人及び承継分を含む原告であり，その内訳は「請求金額目録」に記載してある。
起算日の符号については本表末尾に注記してある。
原告番号原告氏名対Y1 対国・県起算日
1－2 ＊〈略〉1,625,000 500,000 Ａ
1－3 ＊〈略〉1,625,000 500,000 Ａ
1－4 ＊〈略〉1,625,000 500,000 Ａ
1－5 ＊〈略〉1,625,000 500,000 Ａ
2－2＝3－3 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
2－3＝3－4 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
2－4＝3－5 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
2－5＝3－6 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
2－6＝3－7 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
2－7＝3－8 ＊〈略〉2,833,333 833,333 Ａ
4 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
5 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
6 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
7 〈略〉8,500,000 2,500,000 Ａ
8 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ａ
9－3＝10－2 ＊〈略〉3,750,000 1,125,000 Ａ9－4＝10－3 ＊〈略〉3,750,000 1,125,000 Ａ9－5＝10－4 ＊〈略〉3,750,000 1,125,000 Ａ9－6＝10－5 ＊〈略〉3,750,000 1,125,000 Ａ
11 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ａ
12 〈略〉8,500,000 2,500,000 Ａ
16－2 ＊〈略〉8,500,000 2,500,000 Ａ
17 〈略〉8,500,000 2,500,000 Ａ
18－2 ＊〈略〉4,875,000 1,500,000 Ａ
18－4 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ
18－5 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ
18－6 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ
18－7 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ
18－8 ＊〈略〉 270,833 83,333 Ａ
19－2 ＊〈略〉3,250,000 1,000,000 Ａ
19－3 ＊〈略〉3,250,000 1,000,000 Ａ
20 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
21 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
22 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
23 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
24＝31－4 ＊〈略〉7,250,000 2,250,000 Ａ
25 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ａ
26 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ａ
27－2 ＊〈略〉4,550,000 1,400,000 Ａ
27－3 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ
27－4 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ
27－7 ＊〈略〉 650,000 200,000 Ａ
29 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ａ
30＝18－3 ＊〈略〉6,770,833 2,083,333 Ａ
31－2 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ
31－3 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ
31－7－2 ＊〈略〉 750,000 250,000 Ａ
32＝31－5 ＊〈略〉7,250,000 2,250,000 Ａ
33＝31－6 ＊〈略〉5,250,000 1,750,000 Ａ
34－2－3＝34－3 ＊〈略〉2,166,666 666,666 Ａ34－2－4＝34－4 ＊〈略〉2,166,666 666,666 Ａ34－2－5＝34－5 ＊〈略〉2,166,666 666,666 Ａ
35 〈略〉 6,500,000 2,000,000 Ａ
36－2 ＊〈略〉2,250,000 750,000 Ａ
36－3 ＊〈略〉 562,500 187,500 Ａ
37 〈略〉8,500,000 2,500,000 Ｂ
38 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ｂ
39 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｂ
40 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｂ
41 〈略〉6,500,000 0 Ｃ
43 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ｃ
44 〈略〉4,500,000 0 Ｃ
45 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ｄ
46＝47－2 ＊〈略〉9,750,000 0 Ｄ
47－3 ＊〈略〉1,625,000 0 Ｄ
47－4 ＊〈略〉1,625,000 0 Ｄ
49 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ｅ
50 〈略〉8,500,000 2,500,000 Ｅ
51 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｆ
53 〈略〉6,500,000 0 Ｆ
54 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｆ
55 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｆ
56 〈略〉4,500,000 1,500,000 Ｆ
57 〈略〉6,500,000 2,000,000 Ｆ
59－2 ＊〈略〉3,375,000 0 Ｆ
59－3 ＊〈略〉 160,715 0 Ｆ
59－5 ＊〈略〉 160,715 0 Ｆ
59－26 ＊〈略〉 32,142 0 Ｆ
注1 原告番号の意味は，「請求金額一覧表」の注に記載してある。
注2 遅延損害金起算日の符号の意味
「Ａ」は，被告Y1 については「昭和57年12月10日」
被告国・県については「昭和57年12月11日」
「Ｂ」は，被告Y1 については「昭和59年8月29日」
被告国・県については「昭和59年8月30日」
「Ｃ」は，被告Y1 については「昭和60年10月24日」
被告国・県については「昭和60年10月25日」
「Ｄ」は，被告Y1 については「昭和61年1月8日」
被告国・県については「昭和61年1月9日」
「Ｅ」は，被告Y1 については「昭和61年11月23日」
被告国・県については「昭和61年11月23日」
「Ｆ」は，被告Y1 については「昭和63年4月14日」
被告国・県については「昭和63年4月15日」
結果一覧表
患者番号患者氏名1審認容額（万円）当審対Y1 認容額対国・県認容額
1 〈略〉 850 650 200
2 〈略〉 650 850 250
3 〈略〉 850 850 250
4 〈略〉 450 650 200
5 〈略〉 650 650 200
6 〈略〉 650 650 200
7 〈略〉 650 850 250
8 〈略〉 650 450 150
9 〈略〉 850 850 250
10 〈略〉 450 650 200
11 〈略〉 650 450 150
12 〈略〉 650 850 250
13 〈略〉 0 0 0
14 〈略〉 650 0 0
15 〈略〉除斥期間 0 0
16 〈略〉除斥期間 850 250
17 〈略〉 850 850 250
18 〈略〉 850 650 200
19 〈略〉 450 650 200
20 〈略〉 650 650 200
21 〈略〉 350 650 200
22 〈略〉 850 650 200
23 〈略〉 650 650 200
24 〈略〉 650 650 200
25 〈略〉 650 450 150
26 〈略〉 450 450 150
27 〈略〉 650 650 200
28 〈略〉 0 0 0
29 〈略〉 850 650 200
30 〈略〉 850 650 200
31 〈略〉 450 450 150
32 〈略〉 650 650 200
33 〈略〉 650 450 150
34 〈略〉 650 650 200
35 〈略〉 650 650 200
36 〈略〉 0 450 150
37 〈略〉 850 850 250
38 〈略〉 450 650 200
39 〈略〉 450 450 150
40 〈略〉 0 450 150
41 〈略〉除斥期間 650 除斥期間
42 〈略〉 650 0 0
43 〈略〉 650 650 200
44 〈略〉除斥期間 450 除斥期間
45 〈略〉除斥期間 650 200
46 〈略〉除斥期間 650 除斥期間
47 〈略〉除斥期間 650 除斥期間
49 〈略〉除斥期間 650 200
50 〈略〉 850 850 250
51 〈略〉 850 450 150
52 〈略〉除斥期間 0 除斥期間（0）
53 〈略〉除斥期間 650 除斥期間
54 〈略〉 450 450 150
55 〈略〉 650 450 150
56 〈略〉 450 450 150
57 〈略〉 850 650 200
58 〈略〉 0 0 0
59 〈略〉除斥期間 450 除斥期間
合計 27600 31950 8800二点識別覚閾値の散布図（舌先）〈略〉
二点識別覚閾値の度数分布比較（舌先）〈略〉
各被相続人相続関係図〈略〉
（編注・別添個別的因果関係判断については省略）
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報48巻12号2821頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。