主文
１ 原決定を取り消す。
２ 佐賀地方裁判所が，同裁判所平成14年（ヨ）第79号，同第86号，平成15年（ヨ）第３号各工事差止仮処分命令申立事件について，平成16年８月26日にした仮処分決定をいずれも取り消す。
３ 相手方らの上記各仮処分命令申立事件に係る申立てをいずれも却下する。
４ 申立費用は，原審及び当審とも相手方らの負担とする。
理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 抗告人
主文同旨
２ 相手方ら
（１） 本件抗告をいずれも棄却する。
（２） 抗告費用は，抗告人の負担とする。
第２ 事案の概要
１ 本件の要旨及び審理経過
有明海において漁業を営む債権者ら106名は，その有する漁業権，漁業を営む権利（以下「漁業行使権」という。），人格権，環境権及び自然享受権が，国営諫早湾土地改良事業（以下「本件事業」という。）の工事によって侵害されていると主張し，佐賀地方裁判所に，抗告人を債務者として，各権利に基づく妨害排除請求権を被保全権利とする，主位的には本件事業の工事を続行してはならない旨の，また，予備的には潮受堤防の排水門の開門調査が行われ，本件事業と有明海の漁業不漁との関係が明らかにされるまでの間，本件事業の工事を続行してはならない旨の上記基本事件に係る申立てをそれぞれした。佐賀地方裁判所は，平成16年８月26日，上記申立てのうち，別紙当事者目録記載の相手方ら（以下「相手方ら」という。）46名の漁業行使権に基づく妨害排除請求権を被保全権利とする申立て（以下「本件申立て」という。）を認容して，抗告人に本案の第一審判決言渡しに至るまで本件事業の工事を続行してはならない旨の仮処分決定（以下「本件仮処分決定」という。）をしたが，その余の債権者らの申立てをいずれも却下した。これに対し，抗告人が保全異議の申立てをしたところ，原審は，平成17年１月12日，本件申立てに係る本件仮処分決定を認可する旨の原決定をした。そこで，抗告人は，同月26日，原決定及び本件仮処分決定の取消し並びに本件申立ての却下を求めて本件保全抗告を申し立てた。
２ 前提となる事実（当事者間に争いがない事実及び各項中又は各項末尾の括弧内に掲記した疎明資料により一応認めることができる事実）
（１） 有明海は，南北に長く，深く入り組んだ面積約1700平方キロメートルの九州最大の内湾であり，平均水深は20メートルと浅く，大きな潮汐が存する。大潮時の最大潮差は中央部で５ないし６メートル，奥部で６ないし７メートルにもなる。九州最大の筑後川をはじめ，多くの河川が流入し，奥部や中央部東側には遠浅の干潟が広がっている（〈証拠略〉）。なお，本件事業着工前の諫早湾内の全干潟面積は約2900ヘクタールであった（〈証拠略〉）。
（２） 本件事業は，農林水産省を事業主体とし，農地造成及び高潮，洪水等に対する防災対策を可能とするために，諫早湾の湾奥に位置する長崎県高来町と吾妻町との間を長さ約７キロメートルの潮受堤防で結んで諫早湾の干潟と浅海域を締め切り（締め切られる湾奥部面積3550ヘクタール），さらに潮受堤防内に内部堤防を設け，潮受堤防と内部堤防の間の部分を調整池（1710ヘクタール）に，内部堤防の内側については干拓又は埋立てをし，1840ヘクタールの土地を造成するもの（〈証拠略〉）として，昭和61年12月２日付けで計画が策定された。
（３） その後，平成元年に着工された本件事業において，平成９年４月14日，潮受堤防の排水門を閉じた状態で，一枚扉体293基を２系統に分けて連続落下させる，いわゆる瞬時締切方式（一枚扉体角落とし）により潮受堤防を締め切るに至った。そして，この締切りにより諫早湾の約1550へクタールの干潟が消失した（〈証拠略〉）。このようにして平成４年10月に着工された高さ７メートルの潮受堤防建設工事は平成11年３月には完成し，潮受堤防の北部と南部に設けられた排水門からは調整池内の水が外側の諫早湾に排出される構造となっている。そして，標高がマイナスゼロメートル以下の諫早湾後背地への潮汐を遮断するため，満潮時には排水門を閉めて調整池内の水位を標高マイナス１メートルで管理し，干潮時には外潮位が調整池水位より低くなったときに排水門を開けて調整池水位を標高マイナス１メートルになるよう調整されていた。このように，調整池水位が標高マイナス１メートルに保たれることにより，洪水時でも調整容量が確保できる構造になっており，排水門の機能は，もっぱら調整池から外側の諫早湾への排水のみを考慮して，設計，設置されていた（〈証拠略〉）。
（４） 本件事業の環境影響評価は，昭和61年度及び平成３年度の２回にわたり作成されているが，その骨子は，「本事業による海生生物や漁業への影響は，ほぼ諫早湾内にとどまるものと予測される。」とする内容のものであった（〈証拠略〉）。
（５） ところが，平成12年のノリ養殖の大不作を契機として，平成13年２月24日から本件事業の工事が中断されるとともに，ノリ不作等対策関係調査検討委員会（以下「ノリ不作等検討委員会」という。）が設置された。そして，同年８月24日には，本件事業に関し，農林水産省九州農政局（以下「九州農政局」という。）の国営事業再評価第三者委員会から，環境への真摯かつ一層の配慮を条件に事業を見直されたい等の意見が出された。さらに，同年12月19日，ノリ不作等検討委員会は，有明海の環境悪化の原因についての情報を得る一環として，潮受堤防の排水門を開門しての調査（以下「開門調査」という。）の進め方についての考え方を示し，現実的な第１段階としては２か月程度の開門調査，次の段階として半年程度の開門調査，さらにそれらの結果を踏まえて数年の開門調査へと進むことが望まれるという見解を示した。その間，本件事業の工事は，中断されたままであったが，平成14年６月４日，上記見直し意見を受けて，干陸面積を約半分に縮小すること等を内容とする本件事業の変更計画が決定された。その結果，本件事業は，造成面積を942ヘクタール，調整池面積を2600ヘクタールとするものとなり，同年７月ころから変更計画に基づく工事が再開された。これと並行して，九州農政局は，平成14年度から平成15年度にかけて，上記ノリ不作等検討委員会の見解の趣旨等を踏まえ，本件事業が有明海の環境に及ぼしているとされる影響についてできる限り量的に推定することを目的として，[1]短期開門調査（諫早湾干拓調整池に調査のため，短期間海水を導入し，諫早湾などにおける水質，水位等の変化の観測），[2]干潟浄化機能調査（諫早干潟に類似した有明海に現存する干潟において，現地調査を行うとともに，干潟の物質循環を再現するコンピューター解析を行い，かっての諫早干潟の水質浄化機能を推定），[3]流動解析等調査（潮受堤防の締切以前における有明海全体の流動，水質等の状況を再現するコンピューター解析を行い，諫早湾干拓事業による流動，水質等の変化を推定）の手法を総合的に組み合わせて実施する開門総合調査（以下「開門総合調査」という。）を実施し，平成15年11月にはその結果を「諫早湾干拓事業開門総合調査報告書」（〈証拠略〉）にまとめた（〈証拠略〉）。
３ 争点
（１） 行政事件訴訟法44条と本件申立ての適法性の有無
（２） 相手方らの被保全権利の有無
（３） 本件事業による相手方らの被保全権利に対する侵害の有無
（４） 保全の必要性の有無
（５） 予備的申立ての適法性の有無
４ 争点に関する当事者の主張
（１） 争点（１）（行政事件訴訟法44条と本件申立ての適法性の有無）について
ア 抗告人の主張
（ア） 行政事件訴訟法44条は，「行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為については，民事保全法（平成元年法第九十一号）に規定する仮処分をすることができない。」と規定している。これは，公権力の行使に係る仮の救済制度は，行政作用を過度に阻害しないよう特別の配慮をする必要があることから，本案が民事事件であると行政事件であるとにかかわらず，行政権の発動を仮処分で阻止し得ないこととしたものである。
（イ） 本件事業は，埋立工事という事実行為ばかりではなく，行政処分をもその構成要素とする一連のものである。すなわち，本件事業は，干拓を主たる要素とする国営土地改良事業であるため，その前提として，公有水面埋立法42条１項に基づく都道府県知事による埋立ての承認を受ける必要がある。この承認は，本件事業の主体である農林水産大臣に，特定の公有水面を埋め立てて土地を造成し，土地改良法94条の８第３項に規定する配分通知書の交付を受ける者に，竣工通知の日において埋立地の所有権を取得させる権利を設定する行政処分である。そして，農林水産大臣が，公有水面埋立法42条１項に基づく承認を受けるためには，承認を求める埋立地の用途や設計の概要等を記載した願書を提出しなければならず（同法42条３項，２条２項３号，４号），この設計の概要については，[1]埋立地の地盤の高さ，[2]護岸，堤防，岸壁その他これらに類する工作物の種類及び構造，[3]埋立てに関する工事の施工方法，[4]公共施設の配置及び規模の概要を記載することが必要である（同法施行規則１条）。これらが埋立承認の内容となるが，その承認の要件は，「国土利用上適正且合理的ナルコト」又は「其ノ埋立ガ環境保全及災害防止ニ付十分配慮セラレタルモノナルコト」等である（同法42条３項，４条１項１号，２号等）。
また，本件事業は，土地改良法に基づく国営土地改良事業であるところ，当該事業は，同法94条の８に規定されている埋立予定地に造成される干拓地の配分を当然に予定している。そして，干拓地の配分は，行政処分たる配分通知書の交付によって実施されるべきであり（同法94条の８第５項），この行政処分も包括的に評価される行政作用である国営土地改良事業の一部分をなしているということができる。したがって，本件申立ては，公有水面埋立法42条１項の承認の内容である埋立てそのものを否定するものと評価することができ，かつ，本件事業そのものである干拓地の造成を実質的に否定するものとなる結果，配分通知の交付を実質的に阻止するものとなるから，同条の趣旨に照らし，不適法なものというべきである。
イ 相手方らの主張
（ア） 抗告人は，本件仮処分決定の審理時において，遅くとも原決定の審理時において，本件争点（１）の主張をできたはずである。したがって，抗告人が当審において本件争点（１）の主張をすることは，明らかに時機に遅れたものであり，相手方らの審級の利益も奪われることになるので，排斥されるべきである。
（イ） 本件事業は，公有水面埋立法の埋立免許に基づいてなされる埋立工事と同じものである。同法は，埋立免許の取得及び同免許に基づく埋立工事の主体について，地方公共団体等公の機関と私人とを何ら区別して取り扱っておらず，また，国等公の機関が行う埋立工事自体についても，特に私人が行う埋立工事とは異なった公権力性を付与する条項も設けていない。したがって，埋立工事は，公権力の主体たる公共団体が行う行為のうち，その行為によって直接国民の権利義務を形成し，又はその範囲を確定することが法律上認められているものとはいえず，また，行政庁の一方的な意思決定に基づき，特定の行政目的達成のために国民の権利自由に実力を加えて行政上必要な状態を実現させようとする権力的行為とはいえないから，「行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為」には該当しない。
また，埋立工事に先行する埋立免許処分についても，公有水面埋立法４条１項２号は，埋立免許事項として「其ノ埋立ガ環境保全及災害防止ニ付十分配慮セラレタルモノナルコト」と定めている。この審査及び認定業務については，埋立ての付近環境に及ぼす影響を，一種の公益保持という見地から，一般的，抽象的に審査，認定するに止まっている。環境被害を受ける個々の漁業者の漁業行使権に基づく差止請求権の存否といった点にまで立ち入って，個別的，具体的に審査，認定することまで要求されていると解することはできず，他に，同法には，漁業者の漁業行使権に基づく差止請求権を剥奪したことをうかがわせるに足りる条項は設けられていない。とすれば，同法所定の埋立免許は，免許取得者に公有水面の埋立権限を付与する効力を有するに止まり，漁業者の差止請求権を剥奪する効力を有するものではないと解され，かつ，相手方らの各差止請求権がいずれも公有水面埋立法に基づく免許によって剥奪される権利に含まれるものでないことは明らかである。本件の水面埋立免許に際し，環境被害の漁業者に対する影響について十分に考慮されていなかったことは明らかであり，また，公共工事に先行する行政庁の判断に認められる優越性の限界を超えることも明らかである。
しかも，本件において，相手方らが差止めを求めているのは，本案の第１審判決言渡しまでの一時的なものに止まり，行政作用を過度に阻害するものではないから，行政事件訴訟法44条の趣旨に何ら反しない。
さらに，公有水面埋立法上，道路法91条のような権利制限的規定はなく，事業者について国も私人も区別しておらず，埋立権は，その行使につき公益上の観点から制約を受けるものの，結局財産的な価値を有する私権にすぎないものと解されている。埋立ての実施は，かかる私権の行使であって，権力的な作用には該当しない。加えて，行政事件訴訟法44条は，公権力の行使にあたる行為が事実行為に先行することを予定しており，事実行為の後に公権力の行使にあたる行為がなされることを予定していないから，いまだ現実化していない干拓地の配分の通知という行政処分を取り出して行政事件訴訟法44条の適用を主張することはできない。
したがって，本件事業の工事を差し止めても，行政事件訴訟法44条の趣旨に反するものではなく，本件申立ては適法である。
（２） 争点（２）（相手方らの被保全権利の有無）
当事者の主張の概要は，当審における当事者の補足主張を次のとおり付加するほか，原決定が引用する本件仮処分決定添付の別紙１に記載のとおりであるから，これを引用する（ただし，１項の（３）の「各債権者の有する個別的権利」中，相手方ら以外の債権者に係る部分は除く。）。
ア 抗告人の主張
相手方らの本件申立ては，漁業行使権から派生する物権的請求権を被保全権利として，本件事業の工事のうち，実施中又は将来の工事（以下「本件残工事」という。）の差止めを求めるものである。したがって，本件事業全体ではなく，本件残工事が，相手方らの漁業行使権をどのように侵害し，又は侵害するおそれがあるかが検討されなければならない。相手方らが本件残工事の差止めを求める根拠は妨害予防請求権であるところ，これは，物権侵害の状態が発生するおそれがある場合に，その予防措置を求める請求権である。そこで，かかる妨害予防請求権が認められるためには，求める作為又は不作為が予防的措置であること，換言すれば，差止めによって権利への妨害が予防されるという関係にあることが，妨害予防請求権を認めるための当然の要件となる。
イ 相手方らの主張
（ア） 相手方らの漁業行使権に基づく差止請求が妨害排除請求権の発現かそれとも妨害予防請求権の発現かという概念的区別は重要ではない。物権的請求権の３つの分類は，多様な侵害を３つに分類したことに対応する多様な回復方法の一応の分類にすぎない。本件申立てによる差止請求の根拠は，妨害予防請求権に限定されたものではない。結局，本件申立てによる差止請求の正当性は，本件事業による侵害の具体的な態様に照らして，相手方らの漁業行使権の円満な状態を回復させるために，いかなる行為を抗告人に請求するのが適切かという観点から検証されなければならない。本件事業のような巨大公共工事の場合，変更工事それ自体が新たな被害をもたらすこともありうるので，単純な撤去によることは，方法として不適切である。相手方らの漁業行使権の円満な状態を回復し，将来の被害継続を避けるための適切な方策は，有明海再生に向けた本件事業の再検討と修正である。そして，その前提として，本件事業の凍結が必要不可欠となる。本件申立てによる差止請求を妨害予防請求権に基づくものとあえて限定し，本件事業を既に完了した部分と将来着工する部分とに峻別することを前提とした抗告人の工事分断論は，内実を伴わない恣意的な形式論理である。本件の侵害の特質を踏まえれば，相手方らの漁業行使権に基づく物権的請求権には，抗告人に対し，漁業被害を未然に，かつ将来的に最小限に抑えるための種々の工夫又はそのための事業計画の修正等を求めるため，現在進行中又は将来予定される本件事業の工事の差止めを求める権利を内包しているものである。
（イ） 有明海異変及びそれに伴ってノリ養殖，タイラギ漁などに生じた漁業被害について，抗告人は，環境基本法６条，11条，14条，19条，28条，水産資源保護法29条，水産基本法４条，９条，14条，15条，17条，自然再生推進法４条，15条，さらには，有明海及び八代海を再生するための特別措置に関する法律４条，12条，18条などの法条が定める義務に基づき，その原因を調査し，ひいては有明海の再生を行う義務を負っている。そして，開門調査が本件事業と有明海異変との関係を調査する上で最も有効な調査であることにかんがみると，抗告人が上記調査義務を果たすためには，本件事業の工事を凍結することが必須であり，結局，有明海再生の義務を果たすためにも，抗告人は，本件事業を凍結させる法的義務を負っていることになる。
（３） 争点（３）（本件事業による相手方らの被保全権利に対する侵害の有無）について
当事者の主張の概要は，当審における当事者の補足主張を次のとおり付加するほか，原決定が引用する本件仮処分決定添付の別紙２に記載のとおりであるから，これを引用する。
ア 抗告人の主張
（ア） 本件残工事との関係
本件仮処分決定及び原決定の判断の基礎となったノリ不作等検討委員会の見解，学者らの見解，漁民の実体験及び潮流の変化の実測データは，いずれも既に工事が終了した潮受堤防の設置との関係において検討されたものである。そして，本件残工事は，そのほとんどが陸上で行われる工事であり，これを続行することによって相手方らの権利を侵害するおそれはなく，少なくとも，著しい損害又は急迫の危険を生じさせるおそれはない。すなわち，本件事業のうち，既に平成11年に潮受堤防が完成し，同堤防により調整池の水位を標高マイナス１メートルに管理することによって，干拓地は陸地化されている。また，平成15年度までに，干拓地を囲む堤防も中央干拓地の前面堤防を除いてほぼ完成し，農地整備工事も半分程度進んでおり，全体として事業の進捗率は94パーセント（総事業費約2460億円に対する既施工工事の事業費が約2303億円）に達している。そして，本件残工事のうち主要な工事は，陸地での工事である前面堤防工事（進捗率83パーセント）と農地整備工事（進捗率45パーセント）である。陸上で行われる工事においては，必要に応じて，海域に影響を与えないよう十分な対策を講じ，実施するものであり，何ら海域に影響を及ぼすものではない。また，調整池等の水域で行われる工事についても，一般的に有明海沿岸地域でも行われている河川改修工事や港湾整備工事と同様な工事であり，濁りの発生・拡散が広範囲に及ぶような工事ではないことから，海域に特別な影響を与えるものではないし，必要に応じて海域環境に影響を与えないよう十分な対策を講じることから，何ら潮受堤防外の海域に影響を及ぼすようなものではない。なお，本件残工事の中には，環境への一層の配慮のために，平常時及び中小洪水時における調整池からの排水を潮受堤防の締切前のミオ筋（流路）に近づけることを目的とした施設の工事や潮受堤防の調整池側に「覆砂」及びヨシを植栽する工事までが含まれている。さらに，コンクリートを使用する工事に関しては，ノリ漁期以外に実施している。また，環境モニタリングを実施し，工事による影響の発生を監視するとともに，その調査結果は，各分野の学識経験者の指導・助言を受け，徹底した環境の監視を行っている。
このように，本件仮処分決定の差止対象である本件残工事は，何ら海域に影響を及ぼすものではない上，必要に応じて環境に影響を与えないような十分な対策を講じて実施しているから，本件残工事を続行することによって潮受堤防外で漁業を営む相手方らの漁業行使権を侵害するおそれはなく，少なくとも「著しい損害又は急迫の危険」を生じさせる可能性はない。
（イ） 本件事業との関係
以下のとおり，本件事業との関係においても，相手方らに漁業被害が生じたことを認めるには足りないといわなければならない。
ａ ノリ漁業を営む相手方らについて
そもそも，ノリの単価は需要と供給のバランスにより年ごとに変動するから，不作傾向にあるか否かの判断は，売上高ではなく，生産量を反映する共販枚数の比較によるべきである。そして，過去25年間の有明海沿岸４県におけるノリの共販枚数の実績を比較すると，潮受堤防が締め切られた平成９年度以降，広域的な気象等の影響で有明海以外の産地でもノリ不作であった平成12年度以外のすべての年度の共販枚数の実績が，上位10位以内となっており、潮受堤防の締切りがノリ生産に影響を与えているとは到底いえない。
相手方らの主張する平年作の売上高がいつからいつまでのどのような数値に基づき平均値を出したのか不明であるばかりでなく，相手方らは，潮受堤防の締切りにより被害が生じていると主張しているにもかかわらず，潮受堤防を締め切った平成９年度前後の１コマ当たり売上高又は売上高総額すら疎明していない。
また，基本事件債権者番号（以下「番号」という。）38，53及び62の相手方らは，平成９年度前後の１コマ当たり売上高を示し，平成10年度以降に被害が発生したと主張する。しかし，番号38の相手方Ｘ1の１コマ当たり売上高を見ると，気象等の要因でノリ不作であった平成12年度を除けば，平成10年度から平成14年度までの売上高は，平成７年度から平成９年度までの売上高よりも明らかに増加している。一方，番号53の相手方Ｘ2及び番号62の相手方Ｘ3の１コマ当たり売上高を見ると，同Ｘ2については平成５年度から，同Ｘ3については平成３年度から，それぞれ１コマ当たり売上高が明らかに減少している。より具体的に述べれば，同Ｘ3は，昭和62年度から潮受堤防の締切りの年である平成９年度までの１コマ当たりの平均売上金額108万円を平年作としているが，潮受堤防の締切前の昭和62年から平成８年度までの１コマ当たり売上高は，99万円，95万円，129万円，97万円，149万円，108万円，103万円，113万円，95万円，97万円となっており，この10年間で，平年作より低い年が６年もある。
さらに，相手方らは，品質の悪いノリには高値がつかないとして，本件事業の影響によって，ノリの品質が悪くなり損害が発生している旨主張する。しかし，昭和55年度から平成15年度までのノリ共販単価は，有明海以外の産地においても下落傾向にあり，また，有明海以外の産地との単価変動の傾向もほぼ同じように推移しており，このことからすれば，本件事業の影響という有明海独自の理由によって，ノリの共販単価が下落しているとはいえない。
平成12年度のノリ不作の原因について，ノリ不作等検討委員会の最終報告書は，「2000年度は12月に赤潮が発生してそのまま続き大不作をもたらした」とし，その要因として，「2000年度は11月初めに大量の雨が降って栄養塩が供給され，中旬は日射が非常に低かったが，下旬に高い日射が続き，これで赤潮が発生したのだが，発生後も12月から１月までその時期にしては高日射が続き，赤潮を終息させるような荒天もなく，赤潮が３月まで続いた。」としている。ノリ作期におけるこのような気象パターンは，平成12年度以外には出現しておらず，平成12年度のノリ不作の原因は，特異な気象条件に起因するものと考えるほうが自然である。
さらに，有明海以外のノリの主要な生産地である愛知県と兵庫県と有明海沿岸４県との共販枚数の推移を比較すると，３つの生産地とも，潮受堤防が締め切られた平成９年度から平成12年度にかけて共販枚数が減少し，その後回復しており，同様の推移を示している。特に，平成12年度は３つの生産地とも共販枚数が減少している。
以上によれば，広域的な気象，海象等の影響により，ノリの共販枚数が変動している蓋然性が高いのであって，潮受堤防の締切りが原因でノリ養殖に損害が生じているとする相手方らの主張には根拠がない。
ｂ タイラギ漁業を営む相手方らについて
有明海におけるタイラギ漁獲量の推移は，次のとおりである。すなわち，昭和60年には2379トン，昭和61年には5278トン，昭和62年には3355トンであったが，その後は持ち直し，平成２年には7343トンとなっている。その後，平成３年から平成５年にかけて減少し，平成６年には244トンまで激減している。しかし，平成８年に3786トンと増加し，潮受堤防の締切後の平成９年には3433トンと微減し，その後減少傾向にある。このように，タイラギの漁獲量は，経年的に見れば増加と減少を繰り返しているのであり，不漁傾向が指摘されたとしても，本件事業が原因でこの被害が生じたと認定することはできない。
番号42の相手方Ｘ4，番号49の相手方Ｘ5，番号72の相手方Ｘ6，番号73の相手方Ｘ7，番号74の相手方Ｘ8，番号75の相手方Ｘ9及び番号76の相手方Ｘ10は，いずれも福岡県の早米ヶ浦漁業協同組合に所属する者であるが，各個人の具体的なタイラギ漁獲量に関するデータを提示せず，別の漁業協同組合である三里漁業協同組合のタイラギ漁獲量の経年変化から被害を主張しているにすぎない。また，これらの相手方らが所属する福岡県早米ヶ浦漁業協同組合を含む大牟田南漁業地域の平成元年ないし平成15年のタイラギ漁獲量の経年変化から分かるように，大牟田南漁業地域では，潮受堤防が締め切られた平成９年には445トンのタイラギ漁獲量があり，統計データのある最近15年間で最も豊漁の年に当たっている。翌平成10年も15年間の平均漁獲量（160トン）にほぼ匹敵する156トンの漁獲量となっている。その後，平成11年以降は漁獲量の減少が顕著となっているが，平成15年は19トンとやや回復傾向が見られ，平成11年の漁獲量（21トン）に近づいている。このことからすれば，平成11年からタイラギが全く採れなくなったとの相手方らの漁業被害の主張は，客観的な事実と整合せず，信用しがたい。
番号97の相手方Ｘ11及び番号101の相手方Ｘ12は，いずれも諫早湾外である長崎県の島原半島に位置する長崎県有明町漁業協同組合（以下「有明町漁協」という。）に所属するが，各個人のタイラギ漁獲量に関するデータを提示せずに，諫早湾内に位置し，本件事業の損失補償の対象となっている小長井町漁業協同組合のタイラギ漁獲量の経年変化から被害を主張するのは不当である。
最新の研究成果をもっても，タイラギ漁獲量が減少している要因が特定されているわけではなく，底質，水質，気象等の物理・科学的な要因以外に，寄生虫，感染症等の生物学的な要因やタイラギ漁自体による漁獲圧などが複合的に影響していると考えるべきである。また，ノリ養殖に使用される肥料や活性剤（酸処理剤）が，底質や底生生物に悪影響を及ぼしていると指摘する科学者及び漁業者もいる。以上によれば，本件事業によって相手方らのタイラギ漁業に影響を与えたと認めるに足りる証拠はないというべきである。
ｃ 漁船漁業を営む相手方らについて
番号96の相手方Ｘ13，番号98の相手方Ｘ14，番号99の相手方Ｘ15，番号100の相手方Ｘ16，番号102の相手方Ｘ17及び番号103の相手方Ｘ18は，本件事業着手後又は潮受堤防の締切後に漁獲量が減少していると主張する。しかし，各年の漁獲量は全く示されておらず，以下のとおり，潮受堤防の締切前後において漁獲量に顕著な変化がない以上，本件事業が原因でその主張の漁業被害があったと認定することはできない。
（ａ） クチゾコ
有明海におけるクチゾコ（「クツゾコ」，「シタビラメ」，「うしのした」とも呼ばれる。）の漁獲量は，昭和59年をピークに減少傾向にあり，平成13年にはピーク時の約２割に減少しているが，潮受堤防の締切前後ではその漁獲量に顕著な変化は認められない。また，相手方らの所属する有明町漁協の昭和50年以降におけるクチゾコの漁獲量は，昭和60年代以降長期減少傾向が続いているものの，本件事業着手時の平成元年及び潮受堤防の締切時である平成９年の前後で顕著な変化は見られないことから，クチゾコの漁獲量の変動と本件事業とが無関係であることは明らかである。
（ｂ） ガザミ類
有明海におけるガザミ類の漁獲量は，昭和60年以降，長期的な減少傾向にあり，平成元年からは多少の増減はあるものの，潮受堤防の締切前後では顕著な変化は認められない。また，相手方らが所属する有明町漁協の昭和50年以降におけるガザミ類の漁獲量は，昭和60年のピーク以降長期減少傾向にあり，平成元年からは，多少の増減はあるものの，本件事業着手時の平成元年及び潮受堤防の締切時の平成９年前後で顕著な変化は見られない。このことからすれば，ガザミ類の漁獲量の変動と本件事業とが無関係であることは明らかである。
（ｃ） コウイカ類
有明海におけるコウイカ類の漁獲量は，昭和60年がピークで，その後は多少の減少傾向にあるものの，潮受堤防の締切前後で顕著な変化は見られない。また，相手方らの所属する有明町漁協の昭和50年以降におけるコウイカ類の漁獲量は，昭和62年以降は増減はあるものの回復傾向にある。このことからすれば，コウイカ類の漁獲量の変動と本件事業とは無関係であることは明らかである。
（ｄ） タコ類
有明海におけるタコ類の漁獲量は，ピーク時の昭和49年には2467トンであったものが，昭和57年までは減少傾向を示し，昭和60年以降は顕著な変化は認められない。このことなどに照らすと，経年的な不漁傾向が指摘されたとしても，潮受堤防の締切前後において顕著な変化がない以上，本件事業が原因で漁業被害があったと認定することはできない。また，相手方らの所属する有明町漁協の昭和50年以降におけるタコ類の漁獲量は，増減を繰り返しているが，昭和63年を境に長期的には回復傾向にある。このことからすれば，タコ類の漁獲量の変動と本件事業とは無関係であることが明らかである。
ｄ 採貝漁業を営む相手方について
主として採貝漁業を営む番号34の相手方Ｘ19は，具体的な漁獲量を示さず，単に実感を基に被害があった旨主張しているにすぎない。さらに，有明海におけるあさりの漁獲量は，昭和58年には９万0386トンであったものが年々減少し，平成３年には4088トンと昭和58年の５パーセントまで減少したが，その後，回復傾向を示いていた。しかし，平成７年の１万1105トン（昭和58年の12パーセント）から再び減少し，潮受堤防の締切りの翌年から再び増加傾向を示すなど，多少の増減はあるものの，潮受堤防の締切前後において顕著な変化は見られない。このことからすれば，経年的な不漁傾向が指摘されたとしても，本件事業が原因で漁業被害があったと認定することはできない。
ｅ 開門総合調査について
開門総合調査の結果等によれば，以下のとおり，本件事業の環境への影響は，ほぼ諫早湾内にとどまっており，有明海全体にはほとんど影響を与えていないという結果が得られている。なお，本件事業着手に先立って行われた環境影響評価と共通する項目については，ほぼその予測の範囲に収まっている。
すなわち，有明海の潮位及び潮流については，数値シミュレーショシでは，潮受堤防の存在により，潮位差（大潮時の満潮位と干潮位の差）は0.8〜1.5パーセント小さくなるとの結果を得ている。実際の観測データには，潮受堤防工事の前後で明らかな潮位差の変化は見られず，数値シミュレーションの予測の範囲内である。また，潮流についての数値シミュレーションでも，潮受堤防の影響は諫早湾周辺海域にとどまるとの結果となっている。諫早干潟の浄化機能については，佐賀県沖の泥質干潟における現地調査及び室内実験を基礎として構築した泥質干潟の生態系モデルにより，諫早干潟の水質浄化機能を推定し，これを組み込んだ有明海の水質の数値シミュレーションを行った。それによると，諫早干潟の水質浄化機能は，有明海に流入する窒素量の約0.5パーセントに相当するものであり，また，潮受堤防の有無による全窒素などの水質の差は，諫早湾外では有意とは認められない。さらに，現地観測データの分析によっても，潮受堤防の締切りに起因すると考えられるような水質の変化は見られない。貧酸素減少については，現地観測データから，調整池からの排水が有明海の広範囲かつ継続的な塩分躍層の主要な影響要因とはなっていないほか，諫早湾内とほぼ同時期に佐賀県沖でも貧酸素現象が観測され，酸素飽和度は佐賀県沖の北部海域で低くなる傾向が見られるとともに，佐賀県沖では1970年代から貧酸素減少が観測され，経年的な変化傾向も認められないことから，潮受堤防の締切りは，佐賀県沖における貧酸素減少の影響要因とはなっていない。底質については，数値シミュレーションでは，諫早湾湾口の一部に細粒化の傾向が見られたが，諫早湾内の他の部分や湾外では細粒化の傾向は見られない。また，観測データからは，諫早湾湾口付近の粒度について，一定の変化傾向は見られない。これらの結果を踏まえれば，赤潮や底生生物についても，諫早湾外についてはほとんど影響を与えていないことが間接的に示される。また，底生生物についていえば，観測データからは，諫早湾湾口付近の底生生物の個体数，種類数等から見て，潮受堤防の締切前後で変化は見られない。
以上のとおり，海洋生態学，河川工学，水環境工学，海洋工学，気象学，海岸工学，底生生物，沿岸生態系分野の多数の専門家及び関係県の水産研究機関の研究者の指導のもと，多数の現地データの分析や関係省庁と共同開発した数値シミュレーションモデルによる解析手法を用いた開門総合調査を行ったところ，本件事業の影響はほぼ諫早湾内にとどまり，諫早湾外の有明海全体にほとんど影響を与えていないという結果が得られている。
イ 相手方らの主張
（ア） 本件事業による漁業被害の実質
潮受堤防の締切以降，有明海沿岸では著しい漁業被害が生じている。すなわち，有明海沿岸の４県すべてにおいて，平成12年度のノリ養殖は著しい不作となった。そして，その後も有明海の種々の水域においてノリの生産枚数ないし生産額の減少傾向が生じている。また，タイラギの漁獲量も平成12年度以降激減しており，漁船の漁獲量も潮受堤防の締切以降平均５分の１から４分の１程度にまで減少した。そして，この漁業被害は，本件仮処分決定以降も継続している。平成16年度のノリ養殖においても，赤ぐされ病により，ノリの入札量，平均単価共に不調だった上，赤潮による栄養塩不足によって，平成17年１月中旬からは幅広い範囲で色落ちが確認されるようになった。また，タイラギ漁についても，生育調査で生きた貝が見つからなかったため，今期も休漁が決定している。このような本件事業に起因する漁業被害は，漁業従事者に多数の自殺者を出すなど極めて深刻なものとなっている。
（イ） 平成16年度の漁業被害
ａ ノリ養殖について
平成16年度は，ノリ漁期に入る前から複数の大型台風が有明海沿岸に上陸し，ノリ漁期に入ってからも台風の上陸が相次ぎ，しかも，その進入連路が有明海南部から北上するというルートを取った。過去の経験からして，このような年には，有明海の海水が大きくかくはんされるため，良質のノリが大量に収穫でき，例年の２倍近くの売上げが上がることが期待される状況にあった。にもかかわらず，以下のとおり，筑後川河口付近の一部の漁場で平年並みの漁獲高を上げることができたに止まり，その他の漁場では，平成12年度に次ぐ凶作になることが予測されており，被害は現在も進行中である。
（ａ） 大牟田・大和・荒尾地区（福岡県南部・熊本県北部）
秋芽については，１回目の摘採時に芽流れというノリの芽が網から脱落する症状に見舞われ，２回目の摘採では赤ぐされ病が蔓延したため，漁獲高は全くといっていいほど上がらなかった。漁民らが期待した冷凍網についても，栄養塩不足のため，１回目，２回目の摘採とも，品質はかなり落ちるものであった。冷凍網３回目の摘採に入る直前の平成17年１月10日ころからノリの色落ちの徴候が見られ，同月15日には，ノリは完全に色落ちしてしまった。そのため，昨年度に引き続き１コマ当たり40万円前後の漁獲高にしかならず，平成12年度の大凶作に次ぐ凶作になってしまった。
（ｂ） 柳川・大川地区
柳川・大川地区は，筑後川河口に近いこともあり，今期は平年並みの収穫が期待できる状況にある。しかし，前述のように，本来であれば，例年の約２倍の漁獲高が上がっても不思議ではない気象条件がそろっていた。しかし，平成17年１月中旬ころから沖の漁場の色落ちが始まり，筑後川河口付近の岸寄りの漁場で，色落ちしないうちに速やかにノリの摘採を行っているのが現状である。
（ｃ） 大浦・鹿島地区（佐賀県西部）
大牟田・荒尾地区と同様に，秋芽，冷凍網共に凶作で，年明け早々に網上げが始まり，今では多くの漁場が既に網上げを終えており，平成12年度に次ぐ凶作が見込まれる。
（ｄ） 川副地区（佐賀県東部）
従来，影響が少ない地域であったが，今期は，秋芽の段階から色落ちが始まり，現在，俗に炭ノリと呼ばれる色も味も極端に落ちる品質の悪いノリしか収穫できていない。それでも，枚数を稼ぐために，現在も網を上げずに冷凍網の摘採を行っているが，１枚当たりの単価が低いため，売上げの増加にはつながっていない。
ｂ タイラギ漁業について
今年度も海底のタイラギは生育しなかったため，タイラギ潜水漁業は休業となった。タイラギ漁業は今期も漁業として成り立つものではなく，多くのタイラギ漁民が生活のために海洋土木工事などの仕事で全国各地に出稼ぎに行っている。
ｃ あさり養殖について
平成16年８月上旬に赤潮が発生し，佐賀・長崎県境の有明海で養殖あさりが全滅した。
（ウ） 水産庁が平成16年４月に行った「有明海の漁業生産及び漁場環境に関する調査の結果について」によっても，相手方らの調査結果とほぼ符合しており，漁業被害が生じていることは明らかである。
（エ） 抗告人の主張に対する反論
ａ ノリ養殖について
（ａ） 抗告人は，有明海沿岸４県のノリの共販枚数の実績を比較して，ノリ養殖について被害が生じていない旨主張する。しかし，上記４県は，有明海沿岸以外の島原湾，八代海などの地域を含むものであり，比較の対象として適切でない。また，平成12年度を除いて，平成９年度以降のノリの共販枚数実績がすべて過去25年間のうちの上位10位以内に入っていることを理由として上げるが，その間には生産技術も向上しているものであるから，各年度の数値を単純に比較するのは不適切である。共販金額で見ると，平成９年以降，同年と平成13年を除いてすべて上位10位以内に入っておらず，金額的に豊作とはいえない。これは，質が悪く，単価が低かったことを示している。そして，潮受堤防の締切りによってノリ養殖に被害が生じたか否かは生産状況の傾向から判断すべきである。
すなわち，平成２年以降の福岡県地先有明海におけるノリの共販枚数は，ノリ養殖にとって歴史上でも稀な好天候であった平成13年度を除けば柳川・大川地区については，それまで増加傾向にあったのが，平成10年度以降明らかに減少傾向に転じており，大和・高田地区及び大牟田地区については，平成３年度以降横ばいであったのが，平成９年度以降明らかに減少傾向に転じている。特に大牟田地区の落ち込みは顕著である。
同様に，熊本県地先有明海におけるノリの共販枚数は，荒尾・牛水地区では，平成３年度以降はゆるやかな減少傾向であったが，平成９年度以降急激な減少に転じており，また，長洲地区では，平成３年度以降はゆるやかな増加傾向であったが，平成９年度以降急激な減少に転じている。
さらに，佐賀県のノリ養殖においては，平成12年度の大不作の影響を受けて，平成13年度以降，漁期を延ばすなどして漁獲高を確保している。これは，作柄が不十分である等の理由から共販回数を増やしたものであり，それだけ漁民が多くの労働を強いられていることを意味している。大浦地区を除く佐賀県の全域で，平成10年度ころから生産が長期低落傾向となっており，大浦地区では，共版への参加そのものが近年減少している。これは，漁民の努力により漁獲高を確保する余地すらないほど，本件事業による被害が極めて深刻であることを示している。
（ｂ） 抗告人は，平成12年度の不作の原因は特異な気象条件によるものであり，愛知県及び兵庫県でも有明海沿岸の４県と同様の推移をしていることをその根拠として主張している。しかし，兵庫県の平成11年度から平成12年度までの落ち込みは約9.6パーセントの減少にとどまり，全体的に見ても増加傾向であり，愛知県の平成11年度から平成12年度までの落ち込みは約18パーセントの減少にとどまっている。これに対し，有明海沿岸部のノリ共販枚数の減少は，福岡県柳川・大川地区が約46.2パーセントの減少，大和・高田地区が約61.2パーセントの減少，大牟田地区が約56.7パーセントの減少，荒尾地区が約56パーセントの減少，牛水地区が約41.7パーセントの減少であって，その激減ぶりは兵庫県や愛知県とはかけ離れている。このように，有明海沿岸部と他地区との共販枚数を比較すれば，有明海沿岸部でのノリ大不作の原因が本件事業にあることが明らかである。
ｂ タイラギ漁業について
抗告人は，有明海におけるタイラギの漁獲量は，経年的に見れば増加と減少を繰り返しているのであり，本件事業が原因で漁業被害があったとすることはできない旨主張する。しかし，潮受堤防締切後の不漁期には，それまでなかった漁獲高がゼロの年が連続して表れていること，同様に，生育中のタイラギが突然大量に死滅する，いわゆる立ち枯れという現象が頻発するようになったこと，以前の不漁期は，資源保護のために漁を控えていたことが理由であったのに対し，潮受堤防締切後の不漁期は，文字どおり漁獲高が上がらないことが理由であること，平成15年度の価格は過去最低であったこと等からして，漁業被害があったことは明らかである。
ｃ 漁船漁業について
抗告人は，クチゾコ，ガザミ類，コウイカ類及びタコ類について，潮受堤防締切時の平成９年前後において，漁獲量に顕著な減少はなく，本件事業による影響は認められない旨主張する。しかし，クチゾコ，ガザミ類及びコウイカ類については，本件事業が着手された平成元年を境に漁獲量が減少している。すなわち，平成９年前後で顕著な変化がないのは，平成元年の段階で既に被害が出つくしていたためであり，本件事業によって漁獲量の減少がもたらされたことに変わりはない。
（４） 争点（４）（保全の必要性の有無）について
当事者の主張の概要は，当審における当事者の補足主張を次のとおり付加するほか，原決定が引用する本件仮処分決定添付の別紙３に記載のとおりであるから，これを引用する。
ア 抗告人の主張
仮に，相手方らに被害が生じうるとしても，本件事業の公共性からすると，工事続行禁止を認めた場合の抗告人に生じる被害は，相手方らの被害に比してはるかに大きなものであるから，保全の必要性は否定されるべきである（さらに，事業の公共性を考慮して，受忍限度の範囲内であれば，違法性がなく被保全権利自体が否定される。）。
すなわち，本件事業により優良農地が確保されることになる。本件事業により造成される諫早湾干拓地の畑面積は647ヘクタール（県央地域合計の約３パーセント）であり，そこから生み出される農業粗生産額は年間45億円（同７パーセント）が見込まれている。また，本件事業は，防災機能の強化という目的を有している。諫早湾周辺地域は，極めて低平地であり，これまで幾度となく高潮，洪水の被害を受けるとともに，潮汐の影響及び既存堤防の排水樋門の前面におけるガタ土の堆積によるミオ筋の埋没によって，排水に制約を受けていた。本件事業により，潮受堤防を設置して高潮を防止するとともに，その内側に設けた調整池の水位を標高マイナス１メートルとなるよう管理することによって，潮汐の直接的な影響を受けなくするとともに，ガタ土の堆積が解消されることから，河川，排水路等から調整池への排水が速やかに行えることにより，洪水被害の軽減を図ることができる。このような本件事業の防災機能は，平成11年３月の潮受堤防の完成により，同年７月23日に発生した降雨や平成16年に相次いで来襲した台風16号，18号の際に，既にその効果が発揮されているところである。もっとも，本件残工事である南部承水路工事が完成するまでは排水路の断面が確保できないため，背後地の排水に対する完全な防災機能は発揮されない状態が続くことになる。
他方，相手方らの漁業行使権は財産権であり，もとより健康被害が生じているわけでもない。そして，抗告人が，本件事業を遂行する過程で，明白に漁業行使権が侵害される者に対しては損失補償により解決がされているのであるから，漁業行使権に影響があるか否かすら疑義がある相手方らの差止請求を認める余地はない。さらに，平成15年度までに本件工事に要した費用は，潮受堤防工事が約1183億円，内部堤防工事が約261億円，農地造成工事が約67億円となっているほか，本件工事の実施に必要な用地補償費，測量試験費等を加えると，既に支出した費用の総額は，約2303億円の巨額に上るところ，本件工事を中止するとなれば，以下のような巨額の損失が発生する。すなわち，農地造成が遅れれば，年間約45億円と試算される農業生産が困難となる。また，抗告人は，建設業者との間で締結した請負契約の解除等を余儀なくされ，これに伴い追加的な支払いが必要となる上，工事現場の保全工事にかかる経費を必要とする。その他，中央干拓地の一部については，既に農地としてほぼ完成（試験ほ場の実証，牧草の管理栽培を実施中）しているにもかかわらず，工事中の前面堤防は計画堤防高の3.5メートルに対して現状の盛り土高は1.5メートルであり，堤防としての機能を有しておらず，排水機場も未整備であることから，洪水が発生した場合には完成しつつある干拓地に湛水被害などが生じ，その復旧に新たに相当な費用と期間を要することとなる。このような損失は，相手方らが被る経済的損失に比してはるかに大きなものであることは明らかである。そもそも，相手方らが，その請求の根拠とする漁業行使権は財産権であり，その損害は，経済的損失として填補可能なものである。したがって，少なくとも，差止請求との関係では，本件残工事は，相手方らの受忍限度内のものというべきである。
イ 相手方らの主張
（ア） 相手方らの漁業行使権は，漁業を営む権利である以上，漁業に基づいて生きていくことまでその内容としているものであり，生命，身体，健康といった身体的人格権の側面も当然に含まれている。そして，本件事業による漁業行使権の侵害は，その身体的人格権の側面にまで及び，正に極限状態に達している。身体的人格権の侵害の場合には，被害の程度や侵害行為の態様のいかんを問わず，差止請求が可能であるとされているのであり，受忍限度論や利益衡量論によって差止めの可否を判断すべきではない。よって，抗告人が，保全の必要性に関し，本件事業による優良農地の確保及び防災機能の強化という公共性を評価すべき旨を主張している点は失当である。
（イ） 抗告人の主張する本件事業の防災機能は非常に疑わしく，高潮対策として既存堤防の嵩上げ，洪水対策として本明川の河川堤防の整備等，常時排水不良対策として排水ポンプの増強等の効果的な代替手段も認められる。そもそも，本件事業のような複式干拓方式により，防災及び優良農地造成という二つの目的を同時に実現することは不可能である。諫早湾低平地の農家に対して防災効果があるということで本件事業を進めてきたのであれば，これ以上工事を進めることは防災機能を減殺することになる。
（ウ） 本件申立てによる差止請求は，有明海再生に向けて本件事業を見直すための一時的な凍結にすぎないのであるから，これまで投下された資産が無駄になるということとは結びつかない。これに対し，本件事業による漁業被害は，個別の漁業被害を超えて，有明海全域に及ぶ漁民全体に深刻な被害を与えるものであり，抗告人が主張する経済的損失とは質的に異なり，比較にならないほど重大なものである。また，保全対策及び本件事業の中止に係る経費については，その経費の適正さについてそもそも疑問がある上，相手方らの被害と比較すると償うことができない損害であるとは到底いえない。湛水被害及び防災効果発現の遅延についても，被害発生の具体性が明らかでなく疑わしい。
（５） 争点（５）（予備的申立ての適法性の有無）について
当事者の主張の概要は，原決定が引用する本件仮処分決定添付の別紙４に記載のとおりであるから，これを引用する。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（行政事件訴訟法44条と本件申立ての適法性の有無）について
（１） まず，抗告人の争点（１）の主張について，相手方らは，時機に遅れた主張であり，審級の利益も奪われることになるとして，その却下を求めている。しかし，この争点（１）の主張によって特段審理の遅延をもたらすものでもなく，また，相手方らの審級の利益についても，当該主張との関係でそれほど相手方らに不利益を来すものとも認められない。したがって，相手方らの上記主張を採用することなく，抗告人の争点（１）の主張の当否について，判断する。
（２） 行政事件訴訟法は，「行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為」については，その３条２項で同法が定める抗告訴訟の一つである「処分の取消しの訴え」が提起できる旨を規定する一方，その仮の救済措置として，25条以下に行政事件訴訟における執行停止制度を設けている反面，44条で民事保全法に規定する仮処分をすることができない旨を定めている。そうすると，同じ法律が定める「行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為」という概念については，特段の理由がない限り，同一内容に解するのが相当であるばかりでなく，行政庁の行為について，行政事件訴訟の対象となる場合には仮の救済措置として執行停止制度が，その対象とならない場合には民事保全法上の仮処分がそれぞれ適用されるものと解すべきことになる。したがって，同法44条が定める「その他公権力の行使に当たる行為」とは，３条２項と同様に，「行政庁の一方的意思決定に基づき，特定の行政目的のために国民の身体，財産等に実力を加えて行政上必要な状態を実現させようとする権力的行為」をいうと解するのが相当である。
ところで，本件事業は，公有水面埋立法に基づく埋立工事である。同法42条１項は，国が埋立行為を行おうとするときは，当該官庁に都道府県知事の承認を受けるべきことを規定しているが，これに関して，同法による都道府県知事の免許を受けた私人が行う埋立工事とは異なる公権力性をこの承認に付与する条項は，何ら定められていない。そうすると，この承認は，上記免許と同様に，単に埋立権限を付与する処分にすぎない反面，この承認に基づく埋立行為そのものは，埋立権の作用として実施する事実行為にほかならないから，上記意味での権力的行為とは到底いいがたいことになる。また，都道府県知事の承認に当たっては，埋立行為が付近の環境に及ぼす影響についても審査事項とされるが，それは，公益保持という見地から一般的，抽象的に審査，認定するに止まり，環境被害を受ける個々の漁業者の漁業行使権に基づく差止請求権の存否といった点にまで立ち入って個別的，具体的に審査，認定することまで要求されていると解することはできない。しかも，上記承認によって，漁業者の漁業行使権に基づく差止請求権を剥奪したことをうかがわせるに足りる条項は，何ら定められていない。そうすると，上記承認は，漁業者の差止請求権を剥奪する効力を有するものではないと解される。そして，本件事業は，埋立工事後の土地を造成し，土地改良法94条の８に基づき，配分通知書の交付によって干拓地を配分することが予定されているが，それは，埋立行為の完成を前提とするものである。それ故，先行する埋立工事を差し止めることは，未だ現実化していない配分通知書の交付の効力を問題とするものではないから，必ずしもその行政処分を否定することにならないと考えられる。
したがって，【判示事項１】本件事業は行政事件訴訟法44条にいう「行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為」に該当するものではないから，その差止めを求める本件申立ては，適法である。
２ 争点（２）（相手方らの被保全権利の有無）について
（１） 相手方らの被保全権利の有無については，当審における当事者の補足主張に対する判断を次のとおり付加するほか，原決定が引用する本件仮処分決定５頁16行目冒頭から23頁16行目末尾までに記載のとおりであるから，これを引用する（ただし，本件仮処分決定の第３の１の（１）に記載されたもののうち，相手方らに係る記載以外の記載部分を除く。）。その結果，別紙「債権者（Ａ欄）の共同漁業権と区画漁業権一覧」記載のとおり，有明町漁協が有する漁業権である「南共第79号第１種共同漁業権」及び「南共第79号第２種共同漁業権」並びに福岡県有明海漁業協同組合連合会が有する漁業種である「有共第１号第１種共同漁業権」，「有共第１号第２種共同漁業権」，「農区第206号〜農区第211号第１種区画漁業権（ノリひび建養殖業）」及び「有区第２号〜有区第48号第１種区画漁業権（ノリ養殖業）」について，同別紙の債権者番号欄及び氏名欄記載の相手方らは，いずれもその漁業行使権を有している（〈証拠略〉）。
（２） 抗告人は，相手方らが求める本件事業の差止請求は，将来的な物権侵害のおそれを防止するための妨害予防請求権を根拠として初めて認められるものであるから，本件残工事が相手方らの漁業行使権を侵害するおそれがあることについての疎明が工事差止めの要件であると主張する。これに対し，相手方らは，その漁業行使権に基づく物権的請求権には，抗告人に対し，漁業被害を未然に，かつ将来的に最小限に抑えるための種々の工夫又はそのための事業計画の修正等を求めるため，現在進行中又は将来予定される工事の差止めを求める権利を内包しているものであり，あくまで本件事業の全体を差止めの対象として捉え，かつ，本件事業との関係で漁業行使権に対する侵害を問題としている。
しかし，ここで問題となっている物権的請求権については，返還請求，妨害排除，妨害予防のそれぞれの適用領域の厳密な概念的区別は重要ではないというべきである。すなわち，物権的請求権が認められる目的は，物権侵害に対してあるべき物権状態の確保にあるから，そのための具体的方法も，物権侵害の種類や態様に応じて多様なものとならざるを得ないことになる。これを三種に分類したのは，この多様な方法を一応分類したにすぎず，むしろ，これらは一つの物権的請求権の現れとして理解するのが正当であるから，上記三種の方法は，侵害の種類や態様によっては併存することもあり得るものと解するのが相当である。他方，本件で問題となっている漁業権及び漁業行使権については，漁業協同組合又は漁業協同組合連合会に漁業権が帰属し，組合員は，漁業協同組合の構成員の地位に基づいて漁業権の範囲内において漁業を営む権利を有することになる（漁業法８条）。このように，組合員の漁業行使権は，漁業権から派生する権利である以上，漁業権と同様に物権的性格を有することが一般的に認められている。したがって，第三者が漁業権行使の円満な状態を侵害したときは，組合員は，直接その第三者に対し，妨害排除ないし妨害予防の物権的請求権を行使できるものと解される。そして，水産動植物の採捕又は養殖の事業であるという漁業の特質からすると，漁業権ないし漁業行使権は，土地などの有体物の所有権ないしこれから派生する他物権などと異なり，特定の物に対して全面的かつ排他的な支配を及ぼすことを内容とするものではなく，一定の水面である特定海域を排他的に漁業に利用することを内容とするものである。このような権利の性質からすると，当該漁業権ないし漁業行使権に対する侵害としては，その利用を直接阻害することもさることながら，時々刻々と変動する当該海域の水質，底質，潮位，潮流などの漁業環境の悪化をもたらす人為的事象も当然にその対象としなければならない。その結果，上記のような漁業環境の特質からすると，漁業環境の悪化に対する改善請求には，現在の漁業環境の悪化に対する改善請求という妨害排除としての請求権と，将来の漁業環境の悪化に対する防止請求という妨害予防としての請求権が，上記のように併存することもあり得ると解するのが相当である。
しかし，この漁業環境の悪化に対して，直ちにこの妨害排除及び妨害予防の物権的請求権が発生するというものではなく，漁業環境の悪化の内容や程度，漁業環境の悪化による損害の有無や程度，人為的事象の内容（公共性ないし公益上の必要性の内容と程度）や態様，人為的事象と漁業環境の悪化との関連性，ひいては損害との関連性の有無や程度等を考慮して，はじめてそれぞれの物権的請求権の成否及び内容が決せられることになるのはいうまでもない。そして，この物権的請求権の成否及び内容を仮の地位を定める仮処分命令手続において判断するには，被保全権利及び保全の必要性について，民事保全法13条２項が定める疎明が必要であるが，本件のように行為の差止めを求める場合には，その事柄の性質上，これらの事由の疎明の程度としては，一般の場合に比べて高い，いわゆる証明に近いものが要求されることになるのもやむを得ないことである。また，同法23条２項が定める，「債権者に生ずる著しい損害又は急迫の危険を避けるためこれを必要とするとき」との要件が必要となることもいうまでもない。
本件において，抗告人が主張する差止請求権は，将来の工事によって発生するおそれのある侵害の防止という妨害予防を内容とするものであるのに対し，相手方らが主張する差止請求権は，既存の工事をも問題とするものであるから，妨害予防のみならず，妨害排除をもその内容とするものと解される。このような妨害排除及び妨害予防を内容とする物権的請求権が認められるためには，上記説示したとおりの要件が具体的に具備されなければならないことはいうまでもない。
そこで，この相手方らの請求内容を，このような妨害排除及び妨害予防の物権的請求権と解した上で，その成否について，以下判断を進めていくことにする。
３ 争点（３）（本件事業による相手方らの被保全権利に対する侵害の有無）について
（１） 事実関係
各項中又は各項末尾の括弧内に掲記した疎明資料により，以下の事実が一応認められる。
ア 有明海の漁業環境に関する調査・研究報告
（ア） ノリ不作等検討委員会
ａ 平成12年度のノリ大不作を契機として，平成13年２月，有明海沿岸４県（福岡県，佐賀県，長崎県，熊本県）におけるノリ養殖の不作等に関する調査及び研究の計画の樹立，適切な実施等を図るために設置された，有識者，漁業者等から成るノリ不作等検討委員会は，有明海におけるノリ不作等の状況の把握，原因究明に係る調査，研究の計画の樹立及びその適切な実施並びに調査及び研究成果の評価，その他必要な事項につき検討するとともに，ノリ不作等対策に係る提言を行うものとされた。そのため，ノリ不作等検討委員会は，農林水産省，水産庁，環境省，資源エネルギー庁，国土交通省及び長崎・佐賀・福岡・熊本の各県等から提出された膨大な資料を基に，約２年の間に10回の委員会を開催し，その他の部会や検討会を含めると20回以上の会合を開いて検討を重ねた（〈証拠略〉）。
ｂ 平成13年９月20日開催の第６回委員会において，「有明海のノリ不作の対策等に関する中間取りまとめ」が行われた。その中で，ノリ不作への対策について，有明海は閉鎖性が強い浅海内湾域であり，河川や用水路を通じた陸域からの栄養物質の負荷が大きい海域であること，有明海のＣＯＤ（科学的酸素要求量）が長期的な増加傾向を示すほか，近年では潮流に関して観測結果を解析中であるが，有明海の内外を問わず大潮時の潮位差の縮小や冬季の水温の上昇傾向が観察されるなど，有明海の漁業環境に変化が見られていること，平成12年度のノリ不作の主な原因は，大型珪藻の赤潮の広域的かつ連続的な発生にともなう養殖漁場での栄養塩濃度の低下による著しい色落ちであり，この赤潮は秋季の大量降雨に引き続く晴天の持続に高水温が加わったかなり異常な気象・海象によって発生したと考えられることなどが指摘され，また，二枚貝類漁業への対策について，二枚貝類の不漁は昨年度に急に起きた現象ではなく，種類や地域により差はあるが，アサリやタイラギをはじめとして1970年代半ば以降漁獲の減少が続いている。特にタイラギでは，年間を通した調査が実施された平成12年，平成13年と連続して夏季を中心に当歳貝の斃死現象が発生していること，底質の泥化，貧酸素水塊の発生など底層環境の変化が二枚貝資源の減少に関与していると考えられるが，生残の状況は海域によっても異なるほか、貝自体の生理的な状況の違い等も指摘されており，まだ，その原因を特定するに至っていないことが指摘された（〈証拠略〉）
ｃ 次に，平成13年12月19日開催の第７回委員会において，「諫早湾干拓地排水門の開門調査に関する見解」の取りまとめが行われた。その中で，有明海の環境変化として指摘されている，[1]水質浄化機能の喪失と負荷の増大，[2]流動の変化（潮位，流速，流向），[3]赤潮の増加，[4]貧酸素水塊の発生，[5]タイラギ，アサリ等の減少，生育不良及び稚貝の斃死，[6]諫早湾の底質の変化（細粒子化，浮泥の堆積）と底生生物の減少の６項目について検討を加え，赤潮の増加については，「1997年の締切以後，長崎，熊本両県では発生件数が増えており，その増加は西海区水産研究所の解析によれば統計的に有意である。福岡，佐賀両県では締切前後の発生件数に有意差はなく変化は認められない。長崎，熊本両県の発生件数の増加が締切後のどのような環境要因の変化によるものかは今後の検討を要しよう」と，また，貧酸素水塊の発生については，「締切で流動が低下し成層が起きやすくなり，負荷の増大が底質の酸素要求量の増大につながり，これらがあいまって水温の上昇時期に底層に貧酸素状態を現出させた可能性が考えられる」などと指摘している。その上で，特に開門調査について，「諫早湾干拓事業は重要な環境要因である流動および負荷を変化させ，諫早湾のみならず有明海全体の環境に影響を与えていると想定され，また，開門調査はその影響の検証に役立つと考えられる。現実的な第一段階として２ケ月程度，次の段階として半年程度，さらにそれらの結果の検討を踏まえての数年の，開門調査が望まれる。調査に当たって，開門はできるだけ長く，大きいことが望ましい。」と要約，指摘した（〈証拠略〉）。
ｄ さらに，平成14年３月27日開催の第８回委員会において，平成13年度中に報告された行政対応特別研究，国土総合開発事業調整費調査（以下「国調費」という。）などの調査の結果及びノリ作の豊凶要因等の分析が試みられるとともに，今後の対応が検討され，平成14年８月６日開催の第９回委員会における検討を踏まえて，平成15年３月27日開催の第10回委員会において，最終報告がとりまとめられた。その中で，ノリ不作等検討委員会は，特に，有明海の漁業環境について，以下のような点を指摘している（〈証拠略〉）。すなわち，
（ａ） 潮汐・流動については，「有明海は東シナ海につながっており，外海の影響を強く受けている。東シナ海は近年水温が平年より高い状況で，同時にその影響で比重が低く水位が上昇しており，長崎市で10センチメートル近く水位が上がっている。こういう外海の影響により，有明海の中でも高水温で水位が高い状況にある。さらに外海で潮差が減少傾向だが，これは有明海全体の潮差の減少につながっている。ただ，有明海の内部では外海での減少以上に潮差が減少している。湾口の口之津と湾奥の大浦を見ると，96年まではどちらもＭ２分潮の振幅が同じように小さくなっていたのに，諫早湾干拓地の潮受堤防が締め切られた97年では，湾口と湾奥の振幅比がわずかではあるが減少している。1979年と2001年の地形で比較した国調費のシミュレーション結果でもＭ２分潮の振幅が2001年にはわずかに減少し，その程度は大浦，三角，口之津の順であった。また，大潮の潮差についても湾口と湾奥の比の長期的な減少傾向が見られる。潮位と同時に潮時の早まり，満潮干潮の時間にも変化が見られる。水位の上昇，潮差の減少は干潮時の干出面積の減少につながり，有明海の干潟浄化機能の減少の可能性を意味する。
このような潮差の減少については[1]外海の潮汐振幅の減少，[2]東シナ海全体の平均水位の上昇に伴う湾内の平均水位の上昇，[3]諫早湾干拓地潮受堤防締切などによる海面の減少，がその原因として指摘されている。これらの寄与率について，潮汐の数値シミュレーション結果によるＭ２分潮の振幅比較によると，[2]は微小とされるが，[1]と[3]についてはいろいろの研究者による計算にはかなりの幅があり，さらに検討の余地があろう。いずれにしても数値シミュレーションにより推定された潮差の減少は数パーセントである。今後，潮位の観測結果等も踏まえて減少の実態を明らかにするとともに，この減少が水質や生態系にどの程度の影響をもたらしたかについて今後詳細な検討が必要である。
流動に関しては，表層付近の流速の観測で以前より減った，変化は見られない，あるいは若干速くなった，などさまざまな報告がある。国調費によるシミュレーションでも1979年と2001年との流速の変化は明瞭でない。流速はかなり地形などの局所的な影響を受けるし，恒流成分などは河川流量や風，さらには内部潮汐なども影響するので，断定的な結論を下すのは現段階では難しい。ただ，局所的には変化が明瞭に認められるところもある。諫早湾奥では堤防で止められたので流速が減少したのは当然だが，諫早湾口南側で潮受堤防完成後に上げ潮時の流速が若干落ち，また，諫早湾に入り込む流れが減少して北に向かう流れが主要なものになり，諫早湾口外側の北側では以前より流速が速くなったところもある。そして，下げ潮時にはこれを逆向きにした結果が見られる。このような諫早干拓地前面での局地的ではあるがかなり大きな流動の変化とこれに伴う水質，底質，生物の変化は有明海全体に影響を及ぼしたことが想定されるが，それがどの程度のものかは未解明の部分が多く，今後一層の調査・研究が必要である。」
（ｂ） 干潟については，「有明海では潮位，潮差，潮時の経年的な変化が見られ，また，長期的なＣＯＤの増加や透明度の上昇が起きている。近年は赤潮も増え，広範囲に継続する貧酸素水塊の形成も見られるようになった。これらを生じた原因は複合的なもので単一の要因で説明できるものではないであろうが，浄化機能の変化という点で干潟の変化は重要であろう。埋立・干拓等によって海岸線が前進すると，干潟が減少することになる。また，防潮堤の建設も干潟面積を減らす。さらに近年の潮位の上昇，潮差の減少に伴って，湾奥部を中心としてさらに干潟が減少している可能性がある。
環境省の調査では，1945年に26,600ヘクタールほどあった干潟が1978年には22,200ヘクタールほどと4,400ヘクタール減少しているが，この半分ほどは50年代後半，４割ほどは70年代に喪失している。また，喪失した面積の７割は福岡県と佐賀県である。1990年前後の調査ではさらに1,400ヘクタール弱が失われたが，この86パーセントは福岡県である。1997年には諫早湾の潮受堤防の締切により1,550ヘクタールの干潟が失われた。
このような干潟の喪失は特に湾奥での環境悪化の進展と無関係ではないであろう。」
（イ） 九州農政局の開門総合調査
ノリ不作等検討委員会の最終報告を受けて，九州農政局は，大学教授，有明海沿岸４県の水産研究機関の責任者などの専門家で構成する開門総合調査運営会議の指導・助言のもとに上記開門総合調査を実施したが，上記結果報告書における総合まとめの概要は，次のとおりである（〈証拠略〉）。
ａ 流動（潮位，潮流）
潮位については，数値シミュレーションから諫早湾外の有明海の大潮差（大潮時の満潮位と干潮位の差）に約３センチメートルから約７センチメートル（0.8パーセントから1.5パーセント）の差が現れたものの，観測データからは大潮差等の経時変化において，潮受堤防の影響によると考えられるような明らかな変化はみられなかった。潮流については，数値シミュレーションから潮受堤防による影響は諫早湾周辺海域にとどまっていた。このことから，潮受堤防の締切りは，諫早湾外の有明海の流動（潮位，潮流）に対する主要な影響要因とはなっていないものと考えられる。
ｂ 水質（水質と負荷）
化学的酸素要求量（ＣＯＤ），全窒素（Ｔ−Ｎ），全リン（Ｔ−Ｐ）については，数値シミュレーションからは，諫早湾外の有明海に有意な差はみられなかった。浅海定線調査や公共用水域測定の観測データからも，潮受堤防の締切前後で，これに起因すると考えられるような水質の変化は確認されなかった。このことから，潮受堤防の締切りは，諫早湾外の有明海の水質に対する主要な影響要因とはなっていないものと考えられる。
ｃ 貧酸素現象
現地観測と数値シミュレーションから，調整池からの排水が，諫早湾外の有明海の塩分躍層の形成について，主要な影響要因とはなっていないものと考えられる。諫早湾と佐賀県沖における現地観測，数値シミュレーション，浅海定線調査等の観測データの分析等から，潮受堤防の締切は，佐賀県沖における貧酸素水塊の影響要因とはなっていないものと考えられる。
ｄ 底質
数値シミュレーションからは，諫早湾湾口の一部で潮受堤防の有無により底質の細粒化がみられたものの，環境モニタリングからは，潮受堤防の締切前後で諫早湾湾口付近の底質の粒度に一定の変化傾向はみられなかった。
ｅ その他
数値シミュレーションにより，平成12年度ノリ期の有明海湾奥と諫早湾におけるクロロフィルａ濃度0.03mg／Ｌ以上（国調費調査における赤潮の発生指標）の発生面積を潮受堤防の有無により比較したところ，差はほとんどみられなかった。
f まとめ
数値シミュレーションと観測データの分析等により総合的な考察を行ったところ，検討項目により違いはあるものの，潮受堤防の締切りによる影響は，ほぼ諫早湾内に止まっており，諫早湾外の有明海全体にはほとんど影響を与えていないという結果が得られた。
（ウ） 短期開門調査時の水質環境調査
調査者は，潮受堤防の排水門を開門した際，島原半島をとりまくように広範囲において潮目現象が出現したことを，２度にわたって空から確認しており，これを踏まえて，諫早湾に潮受堤防が建設されたことにより，それまで有明海を反時計回りに環流していた海水の流れが，引き潮時に諫早湾から有明海に流出する海水が制限されたことに伴って弱まり，最奥部の表層水が停滞して外海水との交換率が低下し，そこに大規模な赤潮が発生しやすくなったとの調査結果を報告している（〈証拠略〉）。
（エ） 平成16年５月19日の行政対応特別研究
有明海の海洋環境の変化が生物生産に及ぼす影響の解明を目的にされた上記研究において，[1]有明海の流動変化については，年平均潮位及び年平均干潮位の上昇（特に平成７年から平成11年）を確認し，年平均潮差の減少を把握したこと，[2]水質環境については，浅海定線調査データの解析から，過去30年間に，有機物負荷量（ＣＯＤ）の増大，透明度の上昇などの変化が見られたこと，[3]貧酸素水塊については，発生地点は諫早湾内及び有明海北西部の干潟域周辺及び海底の窪地のよどみが形成される海域であることを特定したこと，[4]底質及び浮泥については，有明海奥西側と諫早湾において，粒子が細かい河川由来の粒子及び植物プランクトン由来の粒子が溜まり有機炭素含量が高く，貧酸素水塊が発生し，潮流の減少により浮泥の巻き上がりが減少し，透明度が増加することによって太陽光の透過が増し植物プランクトンが増加する傾向であること，[5]タイラギの減少要因について，平成11年以前の減少要因は底質の細粒化と過重な漁獲圧が主因であるが，平成12年以降はタイラギの立ち枯れから判断して，漁獲圧以外に減少要因があり，貧酸素水塊，大雨，食害，寄生虫，感染症などに疑いが持たれたが，特定の要因だけで広域的な斃死状況を説明することは困難であることなどが報告された（〈証拠略〉）。
（オ） 有明海・八代海研究者会議（平成16年６月12日）における発表有明海異変に至る原因仮説として，[1]底質の悪化（泥質化，汚泥化）や干潟の消失による二枚貝類をはじめとする底棲生物の減少であり，この減少が珪藻赤潮の頻発，海底への有機物の蓄積による一層の海底環境の悪化をもたらしており，[2]その他の人為的要因として，環境ホルモン等の環境汚染物質の問題やノリ養殖の過程で使用される酸処理剤の問題が，さらには，[3]自然的要因として，周期的な気候・海洋変動や地球温暖化が挙げられるとする発表や，本件事業が有明海の流動構造へ及ぼす影響の評価として，[1]期間中の潮位変動の減少率に較べて，潮受堤防の建設後は潮流が大幅（約21パーセントないし27パーセント）に減少していた，[2]潮流流速の減少率が，潮受堤防の締切りにより減少した干潟の面積が北部有明海（有明・長州ライン以北）に占める割合である約５パーセントと比較して非常に大きいことから，諫早湾への水塊の流出入が島原半島沿岸において集中的に生じていることが示唆されたなどとする発表がされた（〈証拠略〉）。
（カ） 学者の見解等
ａ 有明海の漁業環境について調査，研究を行ってきた学者の見解には，次のようなものがある。すなわち，[1]流動の変化（潮位・潮流）については，諫早湾外においても，潮受堤防の締切後は明らかに潮流が減少したとの実測結果が得られており，その約65パーセントを内部の効果が占め，その主因は諫早干拓にあるとする見解，潮汐の影響を検討するには大潮差ではなくＭ２分潮の変化を用いるのが適当であるところ，これによれば本件事業による地形の変化を原因とする潮汐の減少が認められるとする見解，平成15年10月から11月にかけての調査により，潮受堤防の締切りの影響と思われる有明海の潮流の大幅な減少を確認したが，これまで潮流変化の数値シミュレーションでは明確に現れていない現象であるとする見解など，[2]水質・干潟については，本件事業による干潟消滅のために干潟の浄化機能が喪失したことにより，有明海への負荷が増大したとする見解など，[3]貧酸素水塊については，潮受堤防の締切後は海水の交換が弱まり，さらに貧酸素水塊の形成とか赤潮の発生の条件を与えている可能性があるとする見解など，[4]底質については，諫早湾内にとどまらず有明海全域において，平成９年の潮受堤防の締切りをきっかけに劇的に変化（細粒化）したとする見解など，[5]赤潮については，潮受堤防の締切りにより潮位が変動して流速が低下し，それが筑後川からの流入した淡水の移流，鉛直混合を低下させて成層構造を起こしやすくしている原因ではないかとする見解，諫早湾内においては，潮受堤防の締切後，赤潮の発生件数が増加するなど，漁業環境の悪化が進んでいることから，これ以上の負荷をかけることには慎重にすべきであるとの見解など，本件事業と有明海の漁業環境の悪化との関連性を肯定的にみるものないしはこれを示唆するものが存在する。一方，赤潮発生増加の要因には，水温上昇，二枚貝の減少，潮位，潮流の変化が考えられるが，これらは有明海の自然環境の変化やなお未解明な変化によるものであり，さらに潮受堤防の締切前後を通じて，諫早湾湾口部でのプランクトン類の出現種類数，細胞数，個体数などに大きな変化はみられないことからしても，赤潮増加の要因と本件事業とを関連づけることは困難であるとする見解もある。（〈証拠略〉）。
ｂ 有明海で実際にノリ養殖業，貝採取業，漁船漁業等に従事する漁民の多くは，自らの日々の操業に伴う実体験として，潮受堤防の締切後は潮の流れが弱まった，海水の透明度が上がった，赤潮発生が頻発するようになり，しかも大規模になってきた，底質が悪化してヘドロ化してきた，さらには，本件事業とノリの生産量や魚介類の漁獲高の減少との間には関連性があると実感している（〈証拠略〉）。
イ 相手方らの漁業行使権に関連する魚介類等の漁獲高等の推移
（ア） ノリ養殖の生産量
ａ 漁業環境のノリ養殖における生産量に及ぼす影響を検討するに，抗告人はノリの共販枚数でもって判断するのが相当であると主張するのに対し，相手方はノリの共販枚数のみならず共販金額でもって判断するのが相当であると主張する。しかし，共販金額は，ノリの品質もさることながら，ノリの需要と供給という大きな要素によって変動するものといわなければならないから，この要素を除外することが困難である以上，一次的には共販枚数でもって上記影響の有無を判断するのが相当であり，共販金額は二次的なものとみるのが相当である。
ｂ そこで，まず，昭和54年度から平成16年度までの有明海沿岸４県のノリの共販枚数の推移をみるに，「有明海沿岸４県の乾のり共販実績」（〈証拠略〉）によれば，有明海沿岸４県（福岡（柳川・大川，大和・高田，大牟田），佐賀有明，長崎，熊本）の各漁連・漁協の乾ノリ共販枚数は，昭和55年から昭和62年までは上記期間の平均値を下回っていたが，平成になって平均値を下回ったのは，わずかに平成２年，平成８年及び平成12年（ただし，平成12年は上記期間中の最低値である。）にすぎない。他の年はいずれも平均値を上回っており，中でも平成６年は約41億枚，平成７年は約44億枚，平成９年は約42億枚，平成10年は約41億枚，平成13年は44億枚及び平成16年は約45億枚と平均値を大きく上回っている。次に，上記期間の共販金額をみるに，上記期間中で共販金額400億円を下回ったのは，昭和56年，昭和60年，昭和61年，平成２年，平成６年，平成12年（ただし，平成12年は上記期間中の最低値約271億円である。）及び平成14年にすぎない。他方，上記期間中の最高値は昭和54年の約537億円であるが，それについで平成５年及び平成９年の約518億円であり，平成13年も約498億円であった。なお，平成16年度の共販枚数が約45億枚，共販金額が約447億円という暫定値は，いずれも上記期間中の各平均値を上回っている（〈証拠略〉）。
ｃ 次に，ノリ養殖を営む相手方らが漁業行使権を有する福岡県地先有明海におけるノリの共販枚数及び共販金額の推移をみる。
このうち，大川漁協，上新田漁協，浜武漁協，沖端漁協及び西宮永漁協が属する柳川・大川地区については，「柳川大川の乾のり共販実績」（〈証拠略〉）によれば，平成元年以降，共販枚数が５億枚を下回ったのは平成12年（ただし，平成12年は共販枚数及び共販金額ともに上記期間中の最低値を記録している。）のみであり，６億枚を下回ったのも平成元年，平成２年，平成８年，平成11年及び平成15にすぎず，逆に，平成13年及び平成16年は，他の年にない７億枚以上の共販枚数であった。また，平成元年度以降の共販金額をみるに，共販金額が60億円を下回ったの平成12年と平成14年にすぎず，逆に，70億円を超えたのは平成元年，平成３年，平成４年，平成５年，平成８年ないし平成10年，平成13年及び平成16年である。特に，平成３年，平成４年及び平成13年は80億円を超えていた。
また，大和漁協が属する大和・高田地区及び唐岬漁協が属する大牟田地区については，「大和高田の乾のり共販実績」（〈証拠略〉。なお，平成16年度から大牟田漁連の共販実績が大和高田漁連の共販実績に含まれることになった。）によれば，平成元年以降，共販枚数が５億枚を下回ったのは平成12年（ただし，平成12年は共販枚数及び共販金額ともに上記期間中の最低値を記録している。）のみであり，６億枚を下回ったのは平成14年及び平成15年にすぎず，逆に，７億枚以上は平成元年，平成２年，平成８年，平成10年，平成11年及び平成16年であり，８億枚以上は平成３年ないし平成７年，平成９年及び平成13年であった。また，平成元年以降の共販金額をみるに，共販金額が60億円を下回ったのは平成12年と平成14年にすぎず，逆に，70億円を超えたのは平成元年ないし平成11年，平成１3年及び平成16年である。特に，平成元年，平成３年ないし平成５年，平成９年及び平成13年は100億円を超えていた。
なお，上記３地区と他の生産地である兵庫県及び愛知県との共販枚数及び共販金額の推移を比較すると，平成12年度は，いずれの地域も不作であったことが認められるものの，上記３地区の不作の程度は，他の地域と比較しても際だって顕著なものとなっている（〈証拠略〉）。
（イ） タイラギ漁業の漁獲量
タイラギ漁業を営む相手方らの一部が所属する早米ヶ浦漁協ほか大牟田漁協，三里漁協が漁業権を有する大牟田南漁業地域におけるタイラギの漁獲量の推移をみるに，「福岡県大牟田南漁業地域におけるタイラギ漁獲量の経年変化」（〈証拠略〉）によれば，平成元年は184トン，平成２年は360トン，平成３年は378トンと急激に増加した後，平成４年は234トン，平成５年は63トン，平成６年は29トンと急激に減少したが，平成７年になると113トン，平成８年は393トン，平成９年は445トンと急激に増加し，特に，平成９年は平成元年以降で最高の漁獲量を記録した。しかし，その後は激減し，平成11年は21トンに，さらに，平成12年から平成14年までは漁獲高がゼロとなり，平成15年はわずか19トンにとどまっている（〈証拠略〉）。このようにタイラギの漁獲量は，過去において激しく変動していることからすると，その傾向を見ることは困難であるが，現況においては，本件事業と平成11年以降の漁獲量の減少との関連性が疑われる。
なお，有明町漁協の組合員に関して有明町漁協（長崎県）タイラギ漁獲量の推移を表す統計資料は見当たらない。
（ウ） 漁船漁業の漁獲量
漁船漁業を営む相手方らが所属する有明町漁協（長崎県）のクチゾコ，ガザミ類，コウイカ類及びタコ類の漁獲量の推移は，以下のとおりである（〈証拠略〉）。
ａ クチゾコ
昭和60年及び昭和62年は50トン以上100トン未満であるが，昭和63年以降50トンを下回る傾向が平成15年まで続いている。しかし，昭和50年，昭和51年，昭和53年ないし昭和55年，昭和61年の漁獲量も同様に50トンを下回るものであった。このように各年の増減はあるものの，特定の傾向を指摘することは困難である。
ｂ ガザミ類
昭和60年の500トン以上をピークに平成元年の100トン未満までに大きく減少し，その後は，平成３年，平成10年及び平成14年の100トン前後をピークにそれぞれ増減を繰り返しているが，平成12年は過去19年間で最低の漁獲量であり，平成13年及び平成14年と増加した後平成15年には再び減少している。これからみると，平成12年度の不漁が指摘できるものの，全体としては，必ずしも特定の傾向を指摘することは困難である。
ｃ コウイカ類
昭和60年は200トン以上という際だって多い漁獲量であったが，昭和61年には約10トン未満に激減し，その後平成５年までは約20トン近くまでに，そして平成６年以降はそれ以上回復し，特に，平成10年及び平成11年は50トン以上の，また，平成15年は50トン近い漁獲量であった。これからみると，平成６年以降の漁獲量が減少傾向にあるものとは認められない。
ｄ タコ類
昭和63年は100トンを下回っていたが，平成元年及び平成２年は100トン以上となった後，平成５年から平成９年までは200トン近くかそれ以上となり，その後も平成12年の200トン以上と平成13年の100トン未満を除くと平成15年まで概ね100トンを超えている。これからみると，各年の増減はあるものの，特定の傾向を指摘することは困難である。
（エ） 採貝漁業の漁獲量
有明海におけるアサリの漁獲量は，昭和58年の９万0386トンをピークに昭和63年には２万トンを下回り，平成３年には4088トンにまで落ち込んだ。その後，平成７年に１万1105トンまで回復したが，１万トンを大きく下回る状況で推移しており，平成15年には１万トンに近いところまでに至っている。これからみると，昭和63年から現在までその減少傾向を指摘することは可能である（〈証拠略〉）。
ウ 本件事業の進捗状況，現在進行中及び今後予定される工事等
平成11年に潮受堤防が完成した後，平成15年度までに，干拓地を囲む堤防は中央干拓地の前面堤防を除いてほぼ完成し，農地整備工事も半分程度進んでおり，全体として事業の進捗率は約94パーセントに達している。そして，本件残工事としては，前面堤防工事（進捗率83パーセント），農地整備工事（進捗率45パーセント），南部承水路工事，小江排水樋管工事，小江堤防工事，中央排水機場等工事，北部承水路工事及び調整池周辺整備工事がある。それらの工事は，いずれも潮受堤防の内側で実施されるものであり，大部分が陸上での工事である（〈証拠略〉）。
（２） 本件事業と有明海の漁業環境の悪化との関連性の有無について
上記認定のとおり，有明海の漁業環境に関する調査・研究報告の中で，本件事業，特に潮受堤防の締切りと有明海の漁業環境の悪化について，これを消極的に評価するのは，本件事業の影響はほぼ諫早湾内に止まっており，諫早湾外の有明海全体にはほとんど影響を与えていないとする開門総合調査の結果報告及び赤潮増加の要因と本件事業とを関連づけることは困難であるとする学者の見解が主なものである。特に，ノリ不作等検討委員会の提言を受けて実施された開門総合調査においては，その見解を踏まえて，有明海の漁業環境の変化について多くの検討が加えられているから，その結果報告は，それなりの価値を有しているものと考えられる。しかしながら，上記認定の，開門総合調査の結果報告とは異なる，潮位，潮流に関する短期開門調査時の水質環境調査の結果報告や有明海・八代海研究者会議における発表内容，さらには学者の見解，水質に関する学者の見解，貧酸素水塊に関する行政対応特別研究の報告や有明海・八代海研究者会議における発表内容，底質に関する学者の見解，赤潮に関する行政対応特別研究の報告や学者の見解などと対比すると，当裁判所としては，現在のところ，開門総合調査の結果報告をそのまま採用することに，ためらわざるを得ないと考える。逆に，上記認定の，ノリ不作等検討委員会の見解，短期開門時の水質環境調査の結果報告，行政対応特別研究報告，有明海・八代港研究者会議における発表内容，学者の見解さらには日々有明海で漁業に従事する相手方ら漁民の実感などを総合すると，本件事業と有明海の漁業環境の変化，特に，赤潮や貧酸素水塊の発生，底質の泥化などという漁業環境の悪化との関連性は，これを否定できない。しかしながら，上記の各調査・研究報告の内容等をもってしても，本件事業が有明海の漁業環境の悪化にどの程度の関連性を有するのかについては，未だ不明といわなければならない。すなわち，現在のところ，本件事業と有明海の漁業環境の悪化との関連性については，これを否定できないという意味において定性的には一応認められるが，その割合ないしは程度という定量的関連性については，これを認めるに足りる資料が未だないといわざるを得ないのである。
（３） 本件事業とノリ養殖の生産量ないし魚介類の漁獲量の減少との関連性の有無について
ア 確かに，平成12年度のノリ養殖は記録的な不作であり，その意味で，相手方らが主張するように，本件事業との関連性が疑われるところである。しかし，上記認定の有明海におけるノリ養殖の生産量の過去25年間以上にわたる推移からみると，これが傾向的に減少しているとは未だ認められないから，ひいては，本件事業がノリ養殖の生産量の減少をもたらしているという意味での関連性も認められないことになる。特に，本件事業が開始し，継続している平成元年以降の有明海沿岸４県のノリの生産量をその共販枚数でみると，平成２年，平成８年そして平成12年の各年度以外の年度はいずれも過去25年間の平均値を上回っており，なかでも，平成６年，平成７年，平成９年，平成10年，平成13年及び平成16年の各年度とも平均値を大きく上回っているというのである。そうすると，のり養殖が気温，水温，天候などの自然環境に大きく左右されるものであることや，これらの生産量がノリ養殖に携わる人々の労苦によるところが大きいことはいうまでもないが，やはり，本件事業とノリ養殖の生産量の減少との関連性は，今のところ認めることはできないといわざるを得ない。
イ タイラギ漁の漁獲量については，上記認定からすると，大牟田南漁業地域という限られた範囲ではあるが，本件事業と平成11年以降の漁獲量の減少との関連性が疑われるところである。しかし，その減少の要因については，行政対応特別研究の報告にもあるように，多くのものが疑われており，特定の要因だけで説明することは困難であるといわれている。そうであれば，現在のところ，この漁獲量の減少と本件事業との関連性は，これを一応認めるには未だ十分でないといわなければならない。
ウ 漁船漁業の漁獲量については，クチゾコ，ガザミ類，コウイカ類，タコ類の漁獲量の推移は，上記認定のとおり特定の傾向を指摘することが困難か，あるいは，平成６年以降の漁獲量は減少傾向にあるものとは認められないというものである。そうすると，これらの漁獲量の推移と本件事業との関連性を一応認めるには未だ十分でないということになる。
エ 採貝漁業の漁獲量
上記認定のとおり，昭和63年から現在に至るまでの有明海のアサリの漁獲量は，その減少傾向を指摘することが可能であるから，その翌年の平成元年から着工された本件事業との関連性に疑いが生じることになる。しかし，それ以上に，これを一応認めるに足りる資料は，現在のところないといわざるを得ない。結局，採貝漁業におけるアサリの漁獲量の推移と本件事業との関連性を一応認めるには未だ十分ではないといわざるを得ないのである。
（４） まとめ
以上のとおり，【判示事項２】本件事業と有明海の漁業環境の悪化との関連性については，定性的にはこれを否定できないが，定量的にはこれを認めるに足りる資料が未だないといわなければならない。しかし，本件事業とノリ養殖の生産量や魚介類の漁獲量の推移との関連性については，まず，相手方らが主張するノリ養殖の生産量の減少ということ自体が認められないから，本件事業とノリ養殖の生産量の減少という相手方ら主張の漁業被害との関連性もこれを認めることができないことになる。また，魚介類の漁獲量の推移と本件事業との関連性についても，その一部の種類における漁獲量の減少と本件事業との関連性に疑いはあるものの，これとても，それ以上に関連性の存在を一応認めるまでには至っていないといわなければならない。
そうすると，潮受堤防の締切りを含めた本件事業と有明海の漁業環境の悪化との関連性について，上記説示した疎明があるということができるかは措くとしても，ノリ養殖の生産量や魚介類の漁獲量の減少という相手方らが主張する漁業被害と本件事業との関連性については，その疎明があるということはできない。すなわち，現在のところ，本件事業が有明海の漁業環境の悪化に対して及ぼし得る影響を通じて，相手方ら主張の漁業被害をもたらし得る種々の複合的な原因の一つとして，その可能性が考えられるというに止まるものと認めるのが相当である。その意味で，これらの原因について更に究明するために，本件事業を所管する九州農政局は，ノリ不作等検討委員会の提言に係る中・長期の開門調査を含めた，有明海の漁業環境の悪化に対する調査，研究を今後とも実施すべき責務を，有明海の漁民らに対して一般的に負っているものといわなければならない。特に，ノリ養殖の共販金額に代表される有明海の漁業生産額と本件事業による計画農業粗生産額，すなわち，有明海のノリ養殖が大不作であり，過去最低であった平成12年度の共販金額約271億円と平成16年度の共販金額約447億円との差は実に176億円であるのに対し，本件事業による計画農業粗生産額は，約2460億円もの巨費をかけながら，その２パーセントにも満たない年間約45億円というものである。費用対効果という面からこれを比べたとき，上記調査，研究を今後も実施すべき必要性が大きいことは明らかであろう。しかしながら，上記説示のとおり，本件事業と相手方らが主張する漁業被害との関連性があることについて，ひいては，本件事業による相手方らの漁業行使権に対する侵害があることについて疎明があるとはいいがたいので，その被保全権利である漁業行使権に基づく妨害排除及び妨害予防請求権についての疎明がないといわざるを得ないことになり，結局，相手方らが求める本件事業の差止めは，その余の点につき判断するまでもなく，理由がないことになる。
なお，相手方らは，当審において，環境基本法等の条項が定める義務でもって，抗告人が本件事業を凍結させる義務を負っていると主張するが，これらの条項に定められている義務が，具体的な本件事業の差止請求における被保全権利となるものでないことは，それらの条項の規定内容からして明らかである。上記主張も理由がない。
４ 結論
以上のとおり，相手方らの本件申立ては，その被保全権利についての疎明が未だないといわざるを得ないので，その余の点について判断するまでもなく，主位的申立て及び予備的申立てのいずれも理由がないことになる。したがって，これと異なり，相手方らの主位的申立てを認容した原決定及び本件仮処分決定をいずれも取り消して，本件申立てをいずれも却下するのが相当である。
よって，主文のとおり決定する。
（裁判官中山弘幸岩木宰伊丹恭）
別紙当事者目録〈略〉
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報53巻3号711頁。
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