主文
１ 原告が被告に対して平成28年３月16日付け「公有水面埋立法に基づく埋立承認の取消処分の取消しについて（指示）」（国水政第102号）によってした地方自治法245条の７第１項に基づく是正の指示に基づいて，被告が公有水面埋立法42条１項に基づく埋立承認（平成25年12月27日付沖縄県指令土第1321号，沖縄県指令農第1721号）を取り消した処分（平成27年10月13日付沖縄県達土第233号，沖縄県達農第3189号）を取り消さないことが違法であることを確認する。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
主文と同旨。
第２ 事案の概要
本件は，沖縄防衛局（本件埋立事業の主体は国であり，その実施を沖縄防衛局が担当した。）が，普天間飛行場代替施設を辺野古沿岸域に建設するため，平成25年12月27日，被告の前任者である仲井眞弘多沖縄県知事（以下，「前知事」という。）から公有水面埋立ての承認（平成25年12月27日付け沖縄県指令土第1321号，沖縄県指令農第1721号。以下，「本件承認処分」という。）を受けていたところ，被告が，平成27年10月13日，別紙１「取消処分の理由」記載のとおり，本件承認処分には公有水面埋立法（以下，「法」といい，単なる法の意味である場合には「」を付することにする。）４条１項１号及び２号の要件を欠いているのにされた違法の瑕疵があるとの理由により，本件承認処分の取消し（平成27年10月13日付け沖縄県達土第233号，沖縄県達農第3189号。以下，「本件取消処分」という。）をしたため，原告は，本件取消処分は，①法的瑕疵のない本件承認処分を取り消した点と，②取消制限により取り消すことのできない本件承認処分を取り消した点において，法42条１項及び３項並びに法４条１項に反して違法なものであるとして，地方自治法245条の７第１項に基づき，別紙２のとおり本件取消処分の取消しを求める是正の指示（国水政第102号。以下，「本件指示」という。）をしたものの，被告が，本件指示に基づいて本件取消処分を取り消さない上，法定の期間内に是正の指示の取消訴訟（同法251条の５）をも提起しないことから，同法251条の７に基づき，被告が本件指示に従って本件取消処分の取消しをしないという不作為の違法の確認を求めた事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定め（本件承認処分時のもの）は，別紙３「関係法令の定め」記載のとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実並びに掲記証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定できる事実）
⑴原告は，法を所管する国務大臣である。
被告は，法42条１項の承認権限を有する沖縄県知事である。
⑵沖縄防衛局は，キャンプ・シュワブ施設敷地内から辺野古崎とこれに隣接する大浦湾，辺野古湾の水域を結ぶ形で埋立地を造成し，普天間飛行場の代替施設及びその関連施設としての飛行場（以下，「本件新施設等」という。）を設置するものとして，平成25年３月22日，前知事に対し，沖縄県名護市辺野古沿岸域に本件新施設等を設置するため，別紙４記載の公有水面（以下，「本件埋立地」という。）埋立て（以下，「本件埋立事業」という。）の承認を求めて，公有水面埋立承認願書を提出した（同日付け沖防第1123号。〈証拠略〉。以下，「本件埋立出願」といい，その提出された書面を「本件願書」という。）。本件埋立事業の埋立ては，評価法２条２項１号ト，同法施行令１条，同別表第一の七の項第二欄の要件を満たす同法の第一種事業である。本件埋立事業の目的である本件新施設等である飛行場の建設については，その規模からして評価法の対象事業ではないが（評価法施行令１条別表第一の四項参照），評価条例の対象となっていた（同条例２条２項⑴別表５項）。
⑶前知事は，平成25年12月27日，国に対して，法に基づく法定受託事務として，次の留意事項（以下，「本件留意事項」という。）を付して，本件埋立地の埋立工事に関する埋立承認処分（同日付け沖縄県指令土第1321号，沖縄県指令農第1721号，本件承認処分。〈証拠略〉）をした。
ア 工事の施工について
工事の実施設計について事前に県と協議を行うこと。
イ 工事中の環境保全対策等について
実施設計に基づき環境保全対策，環境監視調査及び事後調査などについて詳細検討し県と協議を行うこと。なお，詳細検討及び対策等の実施に当たっては，各分野の専門家・有識者から構成される環境監視等委員会（仮称）を設置し助言を受けるとともに，特に，外来生物の侵入防止対策，ジュゴン，ウミガメ等海生生物の保護対策の実施について万全を期すこと。また，これらの実施状況について県及び関係市町村に報告すること。
ウ 供用後の環境保全対策等について
事業者である国は，米国政府と環境に関する特別な取決めを締結するなどの実効性のある方法により，米軍基地から派生する環境問題の未然防止と米軍基地周辺地域の生活環境及び自然環境の保全について万全を期すこと。また，併せて，国，県，関係市町村等を構成員とする協議会等を設置し，以下の事項を実施すること。
・本施設の供用に伴い米軍等が実施する環境保全対策の実施状況を定期的に把握する。
・本施設の供用に伴い航空機騒音や低周波音など環境保全上の問題等が生じ又は生じるおそれがある場合に改善対策を米軍と協議する。
エ 添付図書の変更について
申請書の添付図書のうち，公有水面埋立法規則第３条第５号（埋立に用いる土砂等の採取場所及び採取量を記載した図書），第７号（埋立地の用途及び利用計画の概要を表示した図面）及び第８号（環境保全に関し措置を記載した図書）を変更して実施する場合は，承認を受けること。
オ その他
埋立工事を竣功したときは，公有水面埋立法第42条第２項の規定に基づき，県知事に通知すること。
⑷国は，「日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約」（以下，「日米安全保障条約」という。）４条を根拠として設置された日米安全保障協議委員会における合意により，アメリカ合衆国軍（以下，「米軍」という。）海兵隊が駐留する沖縄県宜野湾市所在の普天間飛行場を移設・返還することになったことに伴い（〈証拠略〉），本件新施設等を沖縄県名護市辺野古沿岸域に設置するため，本件埋立事業を実施すべく本件承認処分を得たものである。なお，本件埋立事業の主体は国であり，本件埋立事業の実施を担当する沖縄防衛局がその手続を進めた。
本件新施設等の建設地は，沖縄県名護市辺野古崎周辺地区及びこれに隣接する水域であるが，当該辺野古崎周辺地区は，日米安全保障条約及び「日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定」（以下，「日米地位協定」という。）に基づき，米軍の施設及び区域（キャンプ・シュワブ）として提供されている（〈証拠略〉）。
⑸被告は，平成27年10月13日，本件承認処分には法４条１項１号及び同項２号の各要件に適合しないにもかかわらずこれらに適合するとした法的瑕疵があったとして，別紙１「取消処分の理由」記載の理由により，国に対し，本件承認処分の取消処分（同日付け沖縄県達土第233号，沖縄県達農第3189号，本件取消処分。〈証拠略〉）をした。
⑹原告は，被告のした本件取消処分は，本件承認処分に法的瑕疵がないにもかかわらず取り消した点，取消制限に係る法理に反している点において違法であるとして，平成28年３月16日，地方自治法245条の７第１項に基づき，被告に対し，別紙２の「是正の指示の理由」（以下，「本件指示理由」という。）を付して，本件取消処分の取消しを求める本件指示をした（〈証拠略〉）。
⑺被告は，本件指示に不服があるとして，平成28年３月23日，地方自治法250条の13第１項に基づき，国地方係争処理委員会に対して審査の申出をした（〈証拠略〉）。
⑻国地方係争処理委員会は，地方自治法250条の14第２項に基づき，次のとおりの見解を示し，本件指示が同法245条の７第１項の規定に適合するか否かについては判断せず，下記見解をもって審査の結論とする旨の決定（以下，「本件委員会決定」という。）をし，平成28年６月21日到達の書面において，これを原告及び被告に対して通知した（〈証拠略〉）。
記
本件指示にまで立ち至った一連の過程は，国と地方のあるべき関係からみて望ましくないものであり，国と沖縄県は，普天間飛行場の返還という共通の目標の実現に向けて真摯に協議し，双方がそれぞれ納得できる結果を導き出す努力をすることが，問題の解決に向けての最善の道であるとの見解。⑼被告は，本件指示に基づいて本件取消処分を取り消さない上，法定の期間内に是正の指示の取消訴訟（地方自治法251条の５）を提起せず，原告は，本件委員会決定の通知から30日（地方自治法251条の７第２項２号，同法251条の５第２項第１号）を経過した平成28年７月22日に本件訴訟を提起した。
３ 争点
本件では，原告は，本件取消処分を取り消すよう指示した本件指示に被告が従わない不作為の違法の確認を求めているところ，被告は，本件指示が地方自治法245条の７第１項所定の法定受託事務の処理が法令の規定に違反しているときとの要件を満たさずにされた違法なものである，すなわち本件取消処分は適法である旨主張し，その前提となる本件承認処分に対する取消権の発生要件たる本件承認処分の違法性（裁量の範囲内のものを含むと主張する。）について，取消しをする際にしたそれについての被告の判断に要件裁量等があり，その判断には裁量権の濫用・逸脱等はない，よって，本件承認処分は法４条１項１号及び同項２号の要件を充たしていないと認められるべきであるなどと主張する。これに対し，原告は，本件承認処分の取消権の発生要件たる本件承認処分の違法性について，被告の判断に要件裁量等はなく，前知事がした本件承認処分における法４条１項１号及び同項２号の要件の判断に裁量権の逸脱・濫用が認められない限り，取消権は発生しないところ，それはないとして，本件取消処分は取消事由がないのにされた違法なものであると反論し，また，何らかの瑕疵があるとしても，取消制限に反する旨主張している。よって，争点は次のとおりとなる（なお，被告は，本件請求は，平成28年３月23日経過時という過去の時点における法律関係の確認を求めるものであって，確認の利益がなく不適法である旨主張する。しかし，訂正された本件請求の趣旨及び請求の原因によれば，本件請求は現時点（口頭弁論終結時）において被告が本件指示に従わないことの違法の確認を求めていると解されるので，上記被告の主張には理由がない。
また，被告は上記訂正が訴えの変更に当たり，かつ，不当であると陳述する。しかし，訴状によれば，原告は，当初，請求の趣旨を本件指示に基づいて本件取消処分を「平成28年３月23日までに取り消さないことが違法であることを確認する。」としており，同日経過から現時点（口頭弁論終結時）に至るまでの不作為の違法の確認を求めていたと解されうるものであった。しかし，請求の原因においては，「被告が，本件指示に基づいて本件取消処分を取り消さない上，法定の期間内に是正の指示の取消訴訟（地方自治法251条の５）をも提起しないことから，同法251条の７に基づき，その不作為の違法の確認を求めた」（訴状16頁６行目から同頁９行目）としていて，地方自治法251条の７所定の不作為の違法確認の訴えを提起したものであることが明らかであるところ，同訴えは，口頭弁論終結時の不作為の違法を確認するものであり，その他訴状の記載からして，原告があえて上記平成28年３月23日経過時点以降の不作為の違法の確認を求める理由が見当たらないことからすれば，訴状の請求の趣旨の上記記載は無意味な誤記であることが訴状全体から認められると言うべきである。よって，同年８月４日付けの訴状訂正申立書により請求の趣旨が訂正されたと解されるので，上記被告の主張には理由がない。
⑴本件指示の違法性
ア 本件取消処分における取消権の発生要件（審理対象）及びその判断方法（争点１）
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出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報63巻6号1507頁。
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