福岡高判　平成19年6月19日

１事案の概要及び争点

本件は，不動産の賃貸業を営む青色申告の承認を受けたＸ（有限会社：原告，控訴人）の法人税につき，税務署長が増額更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行ったことから，Ｘがその取消しを求めた事案である。

（１）主な事実経過

アＸは，30期（平成11年９月１日から平成12年８月31日までの事業年度。以下同じ。）分，31期（同年９月１日から平成13年８月31日までの事業年度。以下同じ。）分及び32期（同年９月１日から平成14年８月31日までの事業年度。以下同じ。）分の法人税について，税務署長に対し，各期の決算報告書を添付して青色の確定申告書（以下，これらのうち31期分及び32期分の確定申告書を併せて「本件各当初申告書」といい，当該本件各当初申告書に基づく確定申告を「本件各当初申告」という。）をそれぞれ法定申告期限内に提出した。

イその後，Ｘは，税務署の税務調査を受けたことから，税理士Ａに相談したところ，Ａから，[1]30期分ないし32期分の上記確定申告に添付された決算報告書（以下「旧決算報告書」という。）は社員総会の承認を経ていないこと，[2]旧決算報告書において，本来損金に計上できない前期末以前に発生した有価証券の売却損を損金に計上していること，[3]保有している上場株式の価額が著しく低下しているので，評価換えをして評価損を損金に計上できるにもかかわらず，それがなされていないことを指摘された。

そこで，Ｘは，上記[2]及び[3]の問題点を踏まえて修正を加えた30期分ないし32期分の各決算報告書（以下「新決算報告書」という。）を作成した上，平成15年５月６日，社員総会を開催し，新決算報告書の承認を受けた。

ウＸは，税務署長に対し，同月９日，30期分ないし32期分の法人税につき，それぞれ新決算報告書を添付して青色の納税申告書（以下，これらのうち31期分及び32期分の申告書を併せて「本件各再度申告書」といい，当該本件各再度申告書に基づく確定申告を「本件各再度申告」という。）を提出した。なお，本件各再度申告書は，いずれも「修正申告書」と表記されていた。

エ税務署長は，Ｘに対し，31期分及び32期分（以下，併せて「本件各事業年度」という。）の法人税につき，増額更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った。

（２）主な争点及び当事者の主張

ア本件の主な争点は，[1]本件各当初申告の有効性及び本件各再度申告の法的性格，[2]有価証券評価損を本件各事業年度の損金の額に算入することができるか否か，[3]本件各更正処分に帳簿書類の調査を怠った違法があるか否か，[4]本件各更正処分に理由付記不備の違法があるか否かにあった。

イこれらのうち，争点[1]は，争点[2]以下についての判断の前提をなす法律問題として争われた。

すなわち，法人税法（以下「法」という。）74条１項柱書きは，内国法人は「確定した決算に基づき」申告書を提出しなければならない旨規定している。そして，Ｘは，同項の「確定した決算」とは商法上の確定した決算と解すべきであるところ，本件各当初申告書に添付された計算書類（旧決算報告書）は，社員総会の承認を要するにもかかわらずその承認を受けていない不適法なもので，商法（平成17年法律第87号による改正前のもの。以下同じ。）上の確定した決算とはいえず，無効であると主張し，このことを前提に，確定した決算である新決算報告書に基づいて有価証券評価損を本件各事業年度の損金の額に算入することができること（争点[2]関係）などを主張した。

これに対し，Ｙは，たとえ商法上の確定決算の手続に準拠しなかったとしても，確定申告自体が実質的に法人の意思に基づいてされたと認められる限り，税法上は法74条に基づく有効な申告として扱うべきであるところ，本件各当初申告は，Ｘの意思に基づいてされたと認められるから，旧決算報告書こそが法74条１項の確定した決算であり，本件各当初申告書は有効な確定申告であると主張し，これを前提に，旧決算報告書において資産の評価換えによる損金経理（法33条２項）がされていない以上，有価証券評価損を本件各事業年度の損金の額に算入することはできないこと（争点[2]関係）などを主張した。

２原判決及び本判決の要旨

（１）原判決の要旨

原判決は，争点[1]について要旨次のとおり判示するなどして，Ｘの請求を棄却した。

ア会社は，確定した決算に基づき所定の事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない（法74条１項）。この規定の趣旨は，会社の最高の意思決定機関である株主総会又は社員総会の承認を受けた決算を基礎として計算させることにより，それが会社自身の意思として，かつ正確な所得が得られる蓋然性が高いという点にある。そうすると同条１項の「確定した決算に基づき」とは，株主総会又は社員総会の承認を受けた決算書類を基礎として所得及び法人税額の計算を行う意味と解すべきである。

しかしながら，我が国の株式会社や有限会社の大部分を占める中小企業においては，株主総会又は社員総会の承認を経ることなく，代表者や会計担当者等の一部の者のみで決算が組まれ，これに基づいて申告がなされているのが実情であり，このような実情の下では，株主総会等の承認を確定申告の効力要件とすることは実体に即応しないというべきであるから，株主総会等の承認を経ていない決算書類に基づいて確定申告が行われたからといって，その申告が無効になると解するのは相当でない。

したがって，決算がなされていない状態で概算に基づき確定申告がなされた場合，当該確定申告は無効にならざるを得ないが，当該会社が，年度末において，総勘定元帳の各勘定の閉鎖後の残高を基に決算を行って決算書類を作成し，これに基づいて確定申告した場合は，当該決算書類につき株主総会又は社員総会の承認が得られていなくても，当該確定申告は無効とはならず，有効と解すべきである。

イそして，本件各当初申告は，本件各事業年度末において，総勘定元帳の各勘定の閉鎖後の残高を基になされた決算により作成された旧決算報告書に基づいて申告されたことが認められるから，本件各当初申告書の提出は，旧決算報告書につき社員総会の承認が得られていなくても，有効な確定申告であるというべきである。

（２）本判決の要旨

本判決は，争点[1]について，本件への当てはめ（上記(1)イ）の部分を次のとおり改めた以外は，原判決を引用するなどして，Ｘの控訴を棄却した。Ｘは，Ｘ代表者と同人の夫が取締役をし，同人ら及びその子ら３人が全出資持分を保有する同族会社であり，従来，社員総会を開催したこともなかったこと，本件各当初申告は，本件各事業年度末において，総勘定元帳の各勘定の閉鎖後の残高を基になされた決算により作成された旧決算報告書に基づいて本件各当初申告書が作成され，その申告書を提出することにより申告されたこと，しかし，税理士から問題点を指摘されたため，税理士の指導により，旧決算報告書に所要の修正を加えた新決算報告書を作成して，社員総会で承認したものであることが認められる。そうであれば，Ｘは，従来からのやり方に従って本件各当初申告書を提出したのであり，その有効性に何ら疑義を持つこともなかったのであって，税務署の調査がなければ事態はそのまま推移していたとしか考えられない。Ｘの主張は，新決算報告書に基づく本件各再度申告こそが税務申告であるというために旧決算報告書及びこれに基づく本件各当初申告の無効を主張しているにすぎず，採用の限りではない。

３検討

（１）問題の所在

法74条１項柱書きが，内国法人は「確定した決算に基づき」申告書を提出しなければならない旨規定している趣旨については，法人税の申告は，法人がその決算に基づく計算書類につき株主総会の承認，総社員の同意その他の手続による承認を得た後，その承認を受けた決算に係る利益の計算に基づいて税法の規定により所得の金額の計算を行うことなどを表明する点にあるとされている（武田昌輔編著・ＤＨＣコンメンタール法人税法第４巻4354ページ）。このように，法人税の確定申告が法人の「確定した決算」に基づくものでなければならないことは当然であるが，その決算が株主総会や社員総会の決議により承認されていることが当該確定申告が有効であるための絶対的な要件であるとまでいえるかについては問題がある。すなわち，同族会社のように特定の者によって支配されている法人の場合には，正規の株主総会等が必ずしも行われない実情があることから，上記決議がないままその決算に基づいてされた申告を無効とすることにはかなり問題があり，実際問題としては，そのような決議がない場合でも，法人の決算が組まれているときは，その決算に基づいてされた申告書は有効と解釈することが適当であるという指摘がされている（武田編著・前掲ＤＨＣコンメンタール法人税法第４巻4355ページ参照）。

（２）裁判例

この点についての主な裁判例をみると，まず，株主総会の承認決議を経ていない決算書に基づく申告がされた事例において，東京地方裁判所昭和54年９月19日判決（判例タイムズ414号138ページ）は，「法人税法が確定決算の原則（法74条１項）を導入している所以は，課税所得については会社の最高の意思決定機関である株主総会の承認を受けた決算を基礎として計算させることにより，それが会社自身の意思として，かつ正確な所得が得られる蓋然性が高いが故であるという趣旨に鑑みれば，たとえ商法上の確定決算上の手続に依拠せず，従つて商法上は違法であるとしても，確定申告自体が，実質的に，法人の意思に基づきなされたものと認められる限り，税法上は法74条に基づく有効な申告として扱うものと解するのが相当である。」と判示して当該申告を有効としている。

また，帳簿書類を押収されたため決算が確定できず，概算の決算に基づいて「仮申告書」及び「確定申告書」と題する書面を提出した事例において，大阪高等裁判所昭和53年６月29日判決（行裁例集29巻６号1230ページ，訟務月報24巻10号2149ページ）は，「被控訴人が当該年度分についての法人税の確定申告をする意思に基づいて適式にしたものであり（前記のような概算の決算に基づく確定申告も法の許容する適法な申告とみうることは，国税通則法施行令６条１項３号の規定に照らして明らかである。），控訴人においてもこれを右の趣旨の申告書として受理したものということができ，有効な確定申告というべきである。」と判示し，その上告審である最高裁判所昭和57年１月19日第三小法廷判決（税務訴訟資料122号１ページ）もこの判断を是認している。これらの裁判例は，いずれも，商法上の確定決算の手続に準拠しなかったとしても，確定申告自体が実質的に法人の意思に基づいてされたと認められる限り，税法上は有効な申告として扱うという立場を採るものであると思われる。

（３）本判決における判断

本判決は，前記２（１）アのとおり，法74条１項の「確定した決算に基づき」とは，株主総会又は社員総会の承認を受けた決算書類を基礎として計算を行う意味であることを前提としつつ，我が国の会社の大部分を占める中小企業における確定申告の実情を考慮すれば，「当該会社が，年度末において，総勘定元帳の各勘定の閉鎖後の残高を基に決算を行って決算書類を作成し，これに基づいて確定申告した場合は，当該決算書類につき株主総会又は社員総会の承認が得られていなくても，当該確定申告は無効とならず，有効と解すべきである。」と判断した。

このような解釈は，前記東京地裁昭和54年９月19日判決が，商法上の確定決算の手続を欠いている場合でも「確定申告自体が，実質的に，法人の意思に基づきなされたものと認められる限り」当該申告を有効としているのと同趣旨のものと解されるが，同判決に比べてより具体的な判断基準を示したものと評価することができよう。

また，本判決は，「決算がなされていない状態で概算に基づき確定申告がなされた場合は無効にならざるを得ない」とも判示しているところ，前記大阪高裁昭和53年６月29日判決も，「概算の決算に基づく確定申告も法の許容する適法な申告とみうる」とはしているが，決算すら行わずに概算による確定申告を行うことまで許容する趣旨ではないと思われるから，両判決の判断に矛盾はない。

（４）本判決の意義

本判決は，我が国の株式会社や有限会社の大部分を占める中小企業の実情を考慮し，決算についての株主総会又は社員総会の承認を一律に法人税の確定申告の効力要件とはせず，かかる承認を欠いている場合における確定申告の有効・無効について具体的な判断基準を示しており，今後の実務の参考になると思われるので紹介する。