(1)通達の見直しと事務ガイドラインの制定
平成10年６月の金融監督庁の発足を前に、旧大蔵省は、ルールに基づく透明かつ公正な金融行政への転換の一環として、金融関係の通達等の全面的な見直し等を行った上で、行政の統一的な運営を図るための法令解釈、部内手続き及び業務の健全性に関する着眼点等を、行政部内の職員向けの手引書である「事務ガイドライン」として取りまとめ、公表した。
(2)主要行等及び中小・地域金融機関向けの総合的な監督指針の策定
中小・地域金融機関（注１）については、平成15年３月に公表された「リレーションシップバンキングの機能強化に関するアクションプログラム」を踏まえ、平成16年５月、「中小・地域金融機関向けの総合的な監督指針」が策定された。
主要行については、「金融再生プログラム」（平成14年10月）等に基づき、平成17年３月末までに不良債権比率を半減させるという目標に向けた取組みを推進中であったことから、主要行向けの総合的な監督指針は、不良債権問題が終結した段階で、策定することとされた。
その後、不良債権問題の正常化という目標が達成され、金融行政が不良債権問題への緊急対応から脱却し、将来の望ましい金融システムを目指す未来志向の局面（フェーズ）へと移行していく節目を迎えたことを受けて、平成17年10月、利用者満足度が高く、国際的にも高い評価が得られるような金融システムの実現を目指し、主要行等（注２）を対象とした本監督指針が策定された。
これらは、中小・地域金融機関及び主要行等の監督を担う金融庁及び財務局の職員向けの手引書として、金融監督の基本的考え方、監督上の評価項目、事務処理上の留意点について、従来の事務ガイドラインの内容も踏まえ、体系的に整理したものである。
（注１）中小・地域金融機関とは、地方銀行、第二地方銀行、信用金庫及び信用組合を指すが、「中小・地域金融機関向けの総合的な監督指針」においては、労働金庫、信用保証協会についても規定している。
（注２）主要行等とは、いわゆる主要行及びSBI新生銀行、あおぞら銀行、ゆうちょ銀行を指す。
(3)検査・監督の見直しを踏まえた監督指針の改訂
平成20年には、サブプライムローン問題を発端としたアメリカ大手投資銀行の破綻や、これに連鎖したグローバルな金融危機の発生等の混乱が生じたものの、我が国の金融市場は概ね安定的に推移してきた。しかしながら、その後、少子高齢化による国内市場の縮小や世界的な低金利環境の継続、技術革新を通じた新たな競争等により、金融機関の経営環境は厳しさを増し、また、金融機関を巡るリスクの性質と所在の変化が加速している。こうした環境変化の下で、金融機関においては、自らの創意工夫により、持続可能なビジネスモデルを構築し将来にわたる健全性を確保し、また、将来を見据えた適切なコンプライアンス・リスク管理態勢を構築すること等の必要性がこれまで以上に高まっている。
金融庁においても、環境変化や新たな課題の発生に機動的・予防的に対応していく観点から、財務の健全性やコンプライアンス等に係る重大な問題発生の蓋然性等の将来を見据えた分析に基づく早め早めの対応を行うため、検査・監督のあり方について様々な見直しを行っている。
平成30年６月に、金融行政の基本的な考え方や検査・監督の進め方、当局の態勢整備について整理し「金融検査・監督の考え方と進め方（検査・監督基本方針）」を策定し、ここにおいて、金融機関のチェックリストによる形式的確認を改め、創意工夫を進めやすくする観点から、検査マニュアルは廃止することとしている。
また、同年７月には、金融機関の継続的なモニタリング等を効果的・効率的に行うための組織再編を行い、これまで立入検査を検査局、各種ヒアリング等を監督局が担当していた組織体制を変更し、オン・オフのモニタリングの一体化を進めている。
こうした見直しの一環として、令和元年12月に、金融検査マニュアルの廃止と併せて、本監督指針についても、上記の見直しを踏まえた必要な改正等を行っている。具体的には、実態把握や対話等を通じたオン・オフ一体のモニタリングのあり方や監督指針の位置付け等を改めて整理、過度に細かく特定の方法が記載されている等金融機関の創意工夫を妨げる可能性がある規定について修正等を行った。こうした点については、今後も引き続き検討していく。