電子決済等代行業の登録制度については、他の金融関連の諸制度とは異なり、人的構成要件は求めておらず、財産的基礎も純資産額が負値でないことのみを求めているなど、新規参入のハードルは非常に低く設定されており、個人や中小・零細企業が申請してくることも想定して制度設計がなされている。その趣旨は、IT企業等を含む多様な参加者による金融サービスのイノベーションを促進する観点にあり、規制は利用者保護を図る観点から必要最小限のものとなっている。
他方で、電子決済等代行業は、利用者と銀行との中間に位置し、決済指図の伝達や口座情報の取得・顧客への提供を行うことから、利用者保護を図るため、システムの安定性が求められる。
このため、電子決済等代行業者の監督においても、利用者保護を図る観点から、主要なリスクにフォーカスし、業容拡大に伴う体制の充実に向けた取組についてモニタリングを行っていくものとする。
電子決済等代行業は基本としてITを活用した業務であり、その主要なリスクは、システムリスクとなる。また、電子決済等代行業者と銀行間の連携（さらに電子決済等代行業再委託者が介在するケースもある。）に伴うリスクも存在することから、事業者間の利用者保護のための取組みも重要となる。したがって、電子決済等代行業者の監督に当たっては、システムリスク管理態勢及び利用者保護を図るための取組み態勢を中心にモニタリングを実施し、電子決済等代行業者が、システムの安定性や利用者保護を確保しつつ、技術の進展をリードし、利用者利便の向上に資するサービスを提供することを促していくものとする。