(1)監督手法
改正法の附帯決議では、フィンテックが急速に進展する中で、IT企業等を含む多様な参加者による金融サービスのイノベーション促進を支援する観点から、報告徴求・検査等が関係事業者等の活動やイノベーションを阻害しないこと等に留意することが求められている。こうしたことや、小規模な事業者も多く、利用者の金銭を預からない業務特性も踏まえ、事業者の負担軽減の観点から、主要なリスクであるシステムリスクや、利用者保護を図るための取組み状況について、機械的・画一的な運用に陥らないよう配慮しつつ、原則オフサイト・モニタリングによりモニタリングを実施するものとする。
(2)監督部局間の連携
登録電子決済等代行業者が、信用金庫法に基づき届出を行い信用金庫電子決済等代行業等を営む場合において、登録電子決済等代行業者の監督部局は、システムリスク管理態勢など電子決済等代行業者の業務運営に問題を認めた場合には、問題の状況等を関係する信用金庫電子決済等代行業者の監督部局等に、遅滞なく情報提供するなど、密接な連携を図ることで、電子決済等代行業者の事務負担の軽減を図るものとする。
情報提供に当たっては、その方法を問わず、遅滞なく行うよう努めるものとする。
(3)管轄財務局長権限の一部の管轄財務事務所長等への内部委任
電子決済等代行業者の主たる営業所又は事務所の所在地が財務事務所又は出張所の管轄区域内にある場合においては、管轄財務局長に委任した権限は、財務局長の判断により当該財務事務所長又は出張所長に内部委任することができるものとする。
なお、法令等に基づく申請書、届出書等は、管轄財務局長あて提出させるものとする。
(4)金融庁との調整
財務局長は、電子決済等代行業者の監督事務に係る財務局長への委任事項等の処理に当たり、以下に掲げる事項（その他の事項についても必要に応じ金融庁と調整することを妨げない。）については、あらかじめ金融庁と調整するものとする。なお、調整の際は、財務局における検討の内容及び処理意見を付するものとする。
①法第52条の61の16の規定による業務改善命令
②法第52条の61の17第１項の規定による登録の取消し又は業務の停止命令
(5)行政報告
財務局長は、各四半期末現在における電子決済等代行業者の状況について、翌月20日までに金融庁へ報告することとする。
また、財務局長は、電子決済等代行業者の監督に関し、以下の①から⑤までに掲げる場合は、その内容を遅滞なく金融庁に報告するものとする。加えて、以下の⑥に掲げる場合は、その内容を遅滞なく金融庁に報告するとともに、他の財務局あて関係資料を送付するものとする。その際は、当該取消しの日前30日以内の役員の氏名に関する資料もあわせて報告・送付するものとする。
①法第52条の61の４第１項による登録を行った場合
②法第52条の61の７第１項による廃業等の届出を受理した場合
③法第52条の61の14により報告及び資料の提出を求めた場合
④法第52条の61の16による業務改善命令を行った場合
⑤法第52条の61の17第１項の規定による業務停止命令を行った場合
⑥法第52条の61の17第１項の規定による登録の取消しを行った場合
(6)電子決済等代行業者が提出する申請書、届出書等における記載上の留意点
電子決済等代行業者が提出する申請書、届出書等において、役員等の氏名を記載する際には、氏を改めた者においては、旧氏及び名を括弧書きで併せて記載できることに留意する。