課税選択届出書の提出により納税義務の免除が制限されている場合であっても小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置(2割特例)の適用を受けられない場合があるとのことですが教えてください。
２割特例は、適格請求書発行事業者の令和５年10月１日から令和８年９月30日までの日の属する各課税期間において、免税事業者（「課税選択届出書」の提出により課税事業者となった免税事業者を含みます。）が適格請求書発行事業者となる場合に適用することができます（28年改正法附則51の２①）。
一方で、令和５年10月１日より前から「課税選択届出書」の提出により引き続き課税事業者となる同日を含む課税期間※、つまり、適格請求書等保存方式の開始前である令和５年９月30日以前の期間を含む課税期間の申告については、２割特例の適用を受けることはできません（28年改正法附則51の２①一）。
※適格請求書発行事業者の登録申請書を提出した事業者であって、「課税選択届出書」の提出により令和５年10月１日を含む課税期間の初日から課税事業者となる事業者（注）については、当該課税期間中に「消費税課税事業者選択不適用届出書」を提出することにより、「課税選択届出書」を失効させることができます（28年改正法附則51の２⑤）。
この場合、当該登録申請書の提出により、適格請求書発行事業者となった場合においては、登録日から課税事業者となり、当該課税事業者となった課税期間から２割特例を適用できることとなります。
なお、「消費税課税事業者選択不適用届出書」を提出しない場合であっても、令和５年10月１日を含む課税期間の翌課税期間以後については、基準期間の課税売上高が１千万円以下である場合には、問115≪２割特例の適用ができない課税期間①≫の課税期間に該当しない限り、２割特例を適用することができます。
（注）上記の「「課税選択届出書」の提出により令和５年10月１日を含む課税期間の初日から課税事業者となる事業者」とは、当該課税期間から初めて課税事業者となる事業者をいうのであり、「課税選択届出書」の提出により令和５年10月１日を含む課税期間より前の課税期間から課税事業者となっていた事業者は、該当しません。そのため、対象外となる事業者においては、令和５年10月１日を含む課税期間中に「消費税課税事業者選択不適用届出書」を提出したとしても、当該課税期間につき「課税選択届出書」を失効させることはできません。また、結果として当該課税期間においては２割特例を適用できないこととなります。
《消費税課税事業者選択不適用届出書の提出に係る特例》
（例）令和５年10月１日を含む課税期間を対象として課税選択届出書を提出した個人事業者が当該届出書を失効させる場合
令和４年分令和５年分令和６年分
登録日
(令和５年10月１日)
適格請求書
課税事業者適格請求書発行事業者
免税事業者発行事業者
⇒免税事業者（課税事業者）
（課税事業者）
課税事業者２割特例適用不可
登録申請書
遡って届出書を失効選択不適用⇒２割特例適用可
届出書
課税事業者
選択届出書※令和５年12月31日までに提出