主文
１ 被告が平成7年7月31日付けで原告に対してした，
(1) 平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度の法人税の更正処分のうち，所得金額を7億4341万3032円として計算した額を超える部分
(2) 平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度の法人特別税の更正処分のうち，課税標準法人税額を2億7091万1000円として計算した額を超える部分をいずれも取り消す。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は，これを10分し，その9を原告の負担とし，その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告が平成7年7月31日付けで原告に対してした，
１ 平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度の法人税の更正処分のうち，所得金額1億6589万8112円，納付すべき税額5315万5100円を超える部分
２ 平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度の法人特別税の更正処分のうち，課税標準法人税額5434万3000円，納付すべき税額135万8500円を超える部分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，被告が，原告の平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度における法人税及び法人特別税について，原告が株式を低廉な価額で取得したことにより発生した経済的利益を益金の額に算入すべきであるとして，更正処分をしたのに対し，原告がこれを不服として，上記各処分のうち申告額を超える部分の取消しを求めている事案である。
１ 法令の定め
法人税法（昭和40年法律第34号。ただし，平成4年法律第34号及び同年法律第39号による改正前のもの。以下同じ。）22条1項は，内国法人の各事業年度の所得の金額について，当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨規定する。
そして，同条2項は，内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨規定している。
２ 前提となる事実（これらの事実はいずれも当事者間に争いがない。）
(1) 原告（平成13年8月1日変更前の商号は平山企画株式会社）は，平成3年3月27日，平山不動産株式会社（以下「平山不動産」という。）の代表取締役であり，原告代表者Ａの父であるＢとの間で，同年10月20日に同社の発行済みの全株式4万株（以下「本件株式」という。）を譲り受ける旨の株式売買約定書（以下「本件売買約定書」といい，この約定書に係る本件株式の売買契約を「本件売買契約」という。）及び株式評価合意書（以下「本件評価合意書」という。）を取り交わし，また，同年3月20日，Ｂ及び平山不動産との間で，覚書（以下「本件覚書」という。）を取り交わした。
上記各文書の概要は，次のとおりである。
ア 本件売買約定書
ａ Ｂは，同人の所有する本件株式を原告に売り渡し，原告はこれを買い
受ける。
ｂ 本件株式の売買価額は，本件評価合意書に基づき，9億4328万円とする。
ｃ 原告は，平成3年3月27日に，Ｂに対し，売買代金の1割に当たる9432万8000円を手付金として支払い，同年10月20日に売買代金の残金8億4895万2000円を支払う。
ｄ Ｂは，上記残金の支払を受けると同時に，本件株式を原告に引き渡
す。ただし，実際の引渡しは，平山不動産の銀行借入金に対するＢの個人保証を解除した後とする。
イ 本件評価合意書
本件株式の評価に当たっては，複成原価法である純資産価額方式を採用
し，平山不動産の平成2年8月から同年12月までを1事業年度とみなし，次の評価事項等を加味して1株当たりの純資産価額を算出する。
ａ 減価償却資産については，平成2年12月現在の帳簿価額の70パーセント相当額で評価する。
ｂ 平山不動産が所有する別紙物件目録記載1の土地（以下「α土地」という。）及び同目録記載2の土地（以下「β土地」という。）については，相続税路線価（以下，単に「路線価」という。）で評価することとし，α土地については貸家建付地であることから27パーセント減額して3億3882万2000円と評価し，β土地については3億1878万円と評価する。
ｃ 平山不動産が所有する原告の株式12万株については，原告の平成2年7月期における資本金等の金額を基に，確定配当及び賞与を控除し，原告が所有する平山ビルサービス株式会社（以下「平山ビルサービス」という。）の株式の含み益を加算した金額に100分の50を乗じて評価する。
なお，平山ビルサービスの株式3万6000株は，7318万8000円と評価する。
ｄ 1株当たりの純資産価額の計算については，相続税評価額の計算明細書を使用して計算し，算出された相続税評価額による純資産価額から評価差額（相続税評価額による純資産価額から帳簿価額による純資産価額を控除した金額）の51パーセントを法人税額等相当額（清算所得に対する法人税，事業税，都道府県民税及び市区町村民税額をいう。以下同じ。）として控除し，本件株式1株当たりの価額を2万3582円とする（本件評価合意書添付の「第5表 1株当たりの純資産価額（相続税評価額）の明細書」による。）。
ウ 本件覚書
本件売買契約書に定める本件株式の売買代金9億4328万円は，平山不動産の平成2年12月31日現在の財務諸表に基づいて，本件評価合意書により算出されたものである。
本件株式の売買代金は，平山不動産の平成3年7月期の確定決算書が作成
され次第，同書における利益に基づいて修正し，過不足金は速やかに精算されるものとするが，当初の利益と同書における利益の差額が当初売買代金の5パーセント以内であるときはこの限りでない。
(2) 本件株式の売買に関する経緯等
ア 原告は，平成3年10月20日，本件売買契約書に従って，Ｂに残金を支払い，本件株式の引渡しを受けた。
イ 原告は，平成4年7月期決算報告書に，本件株式を投資有価証券9億4328万円として計上した。
ウ 本件評価合意書に基づいて作成した平山不動産の平成2年8月1日から同年12月31日までの決算書（以下「本件仮決算書」という。）記載の「当期利益」は20億6842万1308円であり，同社の平成3年7月期決算報告書（以下「本件決算報告書」という。）記載の「法人税等控除前当期利益」は20億2289万6197円である。なお，本件仮決算書の貸借対照表には，この段階では債務が確定してい
ないＢに対する役員退職金1億0150万円が「未払退職金」として負債の部に計上されている。
また，本件仮決算書によれば，資産の部に計上されている借室権利金は
3426万円である。
エ 以上のとおり，平山不動産の平成3年7月期の利益は，本件仮決算書の利益に比べ，4552万5111円減少したが，上記減少額は，本件売買契約書による本件株式の売買代金9億4328万円の5パーセントに相当する4716万4000円を下回ったため，Ｂと原告は，前記(1)ウの本件覚書に基づく過不足金の精算を行わないことで合意した。
オ さらに，本件株式に関しては，次の事実が認められる。
ａ 本件株式は，証券取引所に上場されておらず，気配相場のある株式に
も当たらない。
ｂ 本件株式には評価の参考となる売買実例はなく，本件株式は公開途上
にある株式でもなく，平山不動産と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額も見当たらない。
ｃ 平成2年7月期において，原告の期末現在の発行済み株式総数は20万株であり，そのうち平山不動産の持分は12万株である。
ｄ 平成2年7月期において，平山ビルサービスの期末現在の発行済み株式総数は4万株であり，そのうち原告の持分は3万6000株である。
(3) 課税処分等の経緯
アａ原告は，平成4年10月30日，被告に対し，原告の平成3年8月1日から平成4年7月31日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について，別表1の確定申告欄記載のとおり確定申告をした。
なお，原告は，いわゆる青色申告法人であり，本件事業年度の法人税
も青色申告によって行った。
ｂ これに対し，被告は，平成7年7月31日付けで，別表1の更正処分欄記載のとおり更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）を行うとともに，過少申告加算税の賦課決定処分を行った。
ｃ なお，本件法人税更正処分の通知書（以下「本件更正通知書」とい
う。）には，更正の理由として，次のとおり記載されていた。
「貴社はＢと平成3年3月27日に平山不動産株式会社の全株式を
943,280,000円で譲り受ける契約をし，平成3年10月20日に全株式を譲り受けていますが，当該株式価額の評価額の算定において，評価会社の保有する土地の評価を平成2年の路線価格を用い，全ての減価償却資産を簿価の70％で評価し，また，評価差額に対する法人税額等に相当する金額51％を控除する等の誤りが認められます。そこで，当該株式価額の算定について，当該株式は非上場株式で気配
相場がなく，売買実例等他の類似する株式もないこと，評価会社の保有する土地は下落傾向の強い地域であること等から土地の価額は平成3年分の路線価を時価として純資産方式で行い再計算したところ，1,531,044,000円となり当初の契約金額との差額587,764,000円が受贈益として計上もれとなりますので，同金額を当期の所得金額に加算しました。」
イａ原告は，平成4年10月30日，被告に対し，湾岸地域における平和回復活動を支援するため平成2年度において緊急に講ずべき財政上の措置に必要な財源の確保に係る臨時措置に関する法律（平成3年法律第2号）に基づき，原告の平成3年8月1日から平成4年7月31日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の法人特別税について，別表2の確定申告欄記載のとおり確定申告をした。
ｂ これに対し，被告は，平成7年7月31日付けで，別表2の更正処分欄記載のとおり更正処分（以下「本件法人特別税更正処分」という。）を行うとともに，過少申告加算税の賦課決定処分を行った（以下，本件法人税更正処分及び本件法人特別税更正処分を併せて，「本件各更正処分」という。
ウ 原告は，平成7年9月28日，国税不服審判所長に対し，上記ア及びイの各処分を不服として審査請求を行った。
これに対し，国税不服審判所長は，平成10年7月6日，上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（以下「本件裁決」という。）。
３ 本件各更正処分の根拠（適法性の主張）
被告が主張する原告の本件事業年度に係る法人税の所得金額は8億6449万7039円（このうち，本件株式の低額譲受けに係る受贈益は6億9859万8927円，その他の所得金額は1億6589万8112円），納付すべき税額（確定申告に係る法人税額を控除する前のもの）は3億2643万7800円であり，その計算根拠は，別表3のとおりである。
また，被告が主張する原告の本件課税事業年度に係る法人特別税の課税標準法人税額は3億1631万7000円，納付すべき税額（確定申告に係る法人特別税額を控除する前のもの）は790万7900円であり，その計算根拠は，別表4のとおりである。さらに，本件株式の低額譲受けに係る受贈益に関する被告の予備的主張に基づいて算定した原告の本件事業年度に係る法人税の所得金額は11億4387万3395円（このうち，本件株式の低額譲受けに係る受贈益は9億7797万5283円，その他の所得金額は1億6589万8112円）であり，原告の本件課税事業年度に係る特別法人税の課税標準法人税額は4億2819万2375円である。
これに対し，本件法人税更正処分は，所得金額を7億5366万2112円（このうち，本件株式の低額譲受けに係る受贈益は5億8776万4000円，その他の所得金額は1億6589万8112円）とするものであり，本件法人特別税更正処分は，課税標準法人税額を2億7475万4000円とするものであって，いずれも上記各金額を下回るから適法である。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/15149/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。