主文
原判決を破棄する。
本件を東京高等裁判所に差し戻す。
理由
上告代理人○○○ほかの上告受理申立て理由第４，第５について
１ 原審の確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
（１） 昭和62年当時，上告人Ｘ1は，上告人Ｘ3会社（当時の商号はＣ社。以下「上告会社」という。）及びその関連会社のＤ社（当時の商号はＡ社。以下「Ａ社」という。）の代表者であり，上告人Ｘ1の長男である上告人Ｘ2は，上告会社の役員であり，その関連会社のＢ社の代表者であった。上告会社及びＡ社は，順調に営業活動を行っていた。
（２） 昭和62年２月当時，上告会社の発行済株式数は100万株であり，株主の保有株式数の内訳は，上告人Ｘ1が８万0200株，上告人Ｘ2が4000株，Ｂ社が80万株，Ｅ社が９万3000株，その余の株主が２万2800株であった。
（３） 上告会社は，300万株の新株を発行することとし，昭和62年２月９日に開催された取締役会において，発行価額を１株当たり500円として，上告人Ｘ1に200万株，上告人Ｘ2に84万株，Ｂ社に16万株の新株を割り当てる旨の決議をした。同決議に基づき割当てを受けた者は，同年３月11日，新株に係る払込みをし，これを引き受けた。
（４） 上告人Ｘ2は，昭和62年３月26日，Ｅ社に対し，上記（３）のとおり引き受けた新株84万株のうち18万7000株を１株当たり500円で譲渡した。
（５） 上告会社は，上告人Ｘ1に対し，その保有するＡ社株式について１株当たり1200円で，昭和62年３月30日に90万株を，同月31日に23万株を，それぞれ譲渡した。
（６） 上告人Ｘ1は，昭和62年５月12日，Ｂ社に対し，前記（３）のとおり引き受けた新株200万株を１株当たり500円で譲渡した。
（７） 被上告人武蔵府中税務署長は，平成３年３月12日，上告人Ｘ1に対し，昭和62年分の所得税について，[1] 前記（３）のとおり引き受けた新株の時価と発行価額との差額が上告人Ｘ1の一時所得に当たること，[2] 前記（５）のとおり譲り受けたＡ社株式の時価と譲受け価額との差額が上告会社からの賞与として上告人Ｘ1の給与所得に当たること，[3] 前記（６）の株式譲渡により上告人Ｘ1に譲渡所得が生じたこと，以上を理由として増額更正（以下「本件更正１」という。）をした。
（８） 被上告人武蔵府中税務署長は，平成３年３月12日，上告人Ｘ2に対し，昭和62年分の所得税について，前記（３）のとおり引き受けた新株の時価と発行価額との差額が上告人Ｘ2の一時所得に当たることを理由として増額更正（以下，同更正のうち審査裁決により一部取り消された後のものを「本件更正２」という。）をした。なお，同裁決は，前記（４）の株式譲渡により上告人Ｘ2に譲渡所得が生じたと認定した。
（９） 被上告人新宿税務署長は，平成３年３月18日，前記（７）[2]のとおり上告会社が上告人Ｘ1に対し賞与を支給したと解されるとして，上告会社に対し，昭和62年３月分の源泉徴収による所得税の納税の告知（以下，同告知のうち審査裁決により一部取り消された後のものを「本件告知」という。）をした。
（10） 所得税法施行令（平成10年政令第104号による改正前のもの。以下同じ。）84条１項は，発行法人から有利な発行価額による新株を取得する権利を与えられた場合における当該権利に係る所得税法36条２項の収入金額とすべき価額は，当該権利に基づく払込みに係る期日における新株の価額から当該新株の発行価額を控除した金額によると規定している。
そして，国税庁長官の発出した昭和45年７月１日付け直審（所）30（例規）「所得税基本通達」（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）は，当該新株若しくはこれに係る旧株が証券取引所に上場され，又はそれらの株式に気配相場がある場合以外の場合における所得税法施行令84条１項に規定する「払込みに係る期日における新株の価額」について，売買実例のあるものにあっては，最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額とし（同（４）イ），売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるものにあっては，当該価額に比準して推定した価額とし（同（４）ロ。以下，同（４）ロの定める評価の方式を「類似法人比準方式」という。），それらに該当しないものにあっては，当該払込みに係る期日又は同日に最も近い日におけるその株式を発行する法人の１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とする（同（４）ハ）と定めている。
上告会社及びＡ社の各株式は，非上場株式で気配相場もなかった。
（11） 国税庁長官の発出した昭和44年５月１日付け直審（法）25「法人税基本通達」（平成12年課法２−７による改正前のもの）６−１−４（３）は，有利な発行価額で新株が発行された場合におけるその１株当たりの価額について，新株又は旧株が証券取引所に上場されている場合以外の場合には，その新株の払込期日において当該新株につき同通達９−１−11から９−１−15までに準じて合理的に計算される価額によることとしている。そして，法人税基本通達（平成２年直法２−６による改正前のもの）９−１−14（３）は，「売買実例のあるもの」及び「売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの」に該当しない非上場株式で気配相場のないものの価額は，「当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」によることとしている。さらに，同通達９−１−15は，法人が非上場株式で気配相場のないもの（売買実例のあるものを除く。）について法人税法（平成17年法律第21号による改正前のもの）33条２項の規定を適用する場合において，事業年度終了の時における当該株式の価額につき，国税庁長官の発出した昭和39年４月25日付け直資56，直審（資）17「相続税財産評価に関する基本通達」（なお，平成３年課評２−４，課資１−６により，題名が「財産評価基本通達」に改められた。以下「評価通達」という。）の178から189までの例によって算定した価額によっているときは，課税上弊害がない限り，所定の条件を付してこれを認めるものとし，この条件の一つとして，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり，当該株式の発行会社が有する土地を相続税路線価ではなく時価により評価するものとしている。
（12） 上告会社及びＡ社は，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）178に定める大会社に該当するところ，評価通達（平成６年課評２−８，課資２−113による改正前のもの）179（１）は，取引相場のない大会社の株式の価額は，類似業種比準価額によって評価し，納税義務者の選択により，１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価することができる旨を定めている。そして，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185は，上記の１株当たりの純資産価額を，課税時期における各資産を同通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額及び同通達186−２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額（以下「法人税額等相当額」という。）を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とすると定めている。
（13） 上記の法人税額等相当額は，昭和59年４月１日から同62年３月31日までは，次のアの金額からイの金額を控除した残額に57％を乗じて計算した金額とされ（評価通達（昭和62年直評11，直資２−103による改正前のもの）186−２），同年４月１日から平成元年３月31日までは，同残額に56％を乗じて計算した金額とされている（評価通達（平成元年直評７，直資２−206による改正前のもの）186−２）。
ア 課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
イ 各資産の帳簿価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
２ 本件は，[1] 上告人Ｘ1が，主位的に本件更正１のうち申告額を超える部分の取消しを，予備的に同部分のほかに申告額を下回る一定部分の取消しを，[2] 上告人Ｘ2が本件更正２の一部の取消しを，[3] 上告会社が本件告知の取消しを，それぞれ求める事案である。
３ 原審は，次のとおり判断して，本件更正１，本件更正２及び本件告知を適法であるとした。
（１） 通達は，国民に対して拘束力を有する法規とは異なるものであるが，租税実務における通達に基づく画一的な取扱いは，納税者間の公平，納税者の便宜及び徴税費用の節減という見地からみて合理的なものというべきである。したがって，通達の定めが租税法規に照らして合理性を有する限り，当該租税法規の適用に当たっては，通達の定めに従った解釈，運用を行うのが相当である。
（２） 上告会社及びＡ社の各株式については，所得税基本通達（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）イの適正と認められる売買実例価額はなく，また，同（４）ロの定める類似法人比準方式により評価することが合理的であるとはいえない。
（３） 評価通達の定める取引相場のない株式の評価方法は一般的に合理性を有するから，所得税基本通達（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）のイ及びロに該当しない場合には，法人税基本通達（平成２年直法２−６による改正前のもの）９−１−15に準じ，評価通達178から189までの例によって評価を行うことができると解される。
したがって，上告会社及びＡ社の各株式の評価については，評価通達の定めに従い，類似業種比準価額による評価と１株当たりの純資産価額による評価との選択が認められるべきであり，これらの評価方法により算定される価額の低い方をもって評価すべきであるところ，１株当たりの類似業種比準価額は，昭和62年３月時点の上告会社の株式については4823円であり，同年５月時点の同株式については7580円であり，同年３月時点のＡ社の株式については5984円である。
（４） ところで，評価通達が，純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除する背景には，相続による事業の円滑な承継に配意し，非上場株式についてできるだけ緩く評価することができる方法を採る必要があるとの政策的な配慮があり，このような配慮の要求されない所得税や法人税については，他に合理的な理由がない限り，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185によって処理すべきことにはならず，結局，通常の取引において法人税額等相当額を控除することを考慮要素として考えることが，取引当事者の合理的な意思に合致するかどうかに帰着する。通常，営業活動を順調に行って存続している会社の株式について，譲渡人は譲渡利益の獲得等を目的とし，譲受人は株式を保有して事業拡大や含み益の増加による株価の上昇を期待して，取引価額を交渉するものとみられるから，このような当事者にとっては，会社の清算を前提とした法人税額等相当額を控除した純資産価額で株式を売買する取引は通常考えられず，これを控除することは不合理である。そうすると，順調に営業活動を行っていた上告会社及びＡ社の１株当たりの純資産価額の算定に当たって，法人税額等相当額を控除しないことをもって違法ということはできない。
このようにして算定した１株当たりの純資産価額は，昭和62年３月時点及び同年５月時点の上告会社の株式についてはいずれも9309円であり，同年３月時点のＡ社の株式については4778円である。
（５） したがって，１株当たりの価額については，昭和62年３月時点の上告会社の株式は4823円と，同年５月時点の同株式は7580円と，同年３月時点のＡ社の株式は4778円と，それぞれ評価するのが相当である。
これに基づいて，上告人Ｘ1の一時所得（同月に引き受けた上告会社の新株の時価と引受価額との差額に係るもの），給与所得（同月に上告会社から譲り受けたＡ社株式の時価と譲受け価額との差額に係る賞与）及び譲渡所得（同年５月にした上告会社株式の譲渡に係るもの）を算定して納付すべき同年分の所得税額を計算すると，本件更正１における税額を上回り，上告人Ｘ2の一時所得（同年３月に引き受けた上告会社の新株の時価と引受価額との差額に係るもの）及び譲渡所得（同月にした上告会社株式の譲渡に係るもの）を算定して納付すべき同年分の所得税額を計算すると，本件更正２における税額と同じであり，上記の上告人Ｘ1に対する賞与相当額に基づき上告会社の納付すべき同月分の源泉徴収による所得税額を計算すると，本件告知における税額と同じである。
４ しかしながら，原審の上記３（４），（５）の判断は是認することができない。その理由は，次のとおりである。
所得税法施行令84条１項は，発行法人から有利な発行価額による新株を取得する権利を与えられた場合における当該権利に係る所得税法36条２項の収入金額とすべき価額は，当該権利に基づく払込みに係る期日における新株の価額から当該新株の発行価額を控除した金額によると規定している。そして，所得税基本通達（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）は，上記期日における新株の価額について，当該新株が非上場株式で気配相場や売買実例がなく，類似法人比準方式により評価することができない場合には，上記期日又はこれに最も近い日における発行法人の１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とする旨を定めている。同通達の定めは，株式の低額譲受けに係る給与所得の金額及び株式の譲渡に係る譲渡所得の金額を計算するために株式の価額を評価する場合において，当該株式が非上場株式で気配相場や売買実例がなく，類似法人比準方式により評価することができないときにも妥当するものと解されるが，このような一般的，抽象的な評価方法の定めのみに基づいて株式の価額を算定することは困難である。
他方，評価通達の定める非上場株式の評価方法は，相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性を有し，課税実務上も定着しているものであるから，これと著しく異なる評価方法を所得税及び法人税の課税において導入すると，混乱を招くこととなる。このような観点から，法人税基本通達（平成２年直法２−６による改正前のもの）９−１−15は，評価通達の定める非上場株式の評価方法を，原則として法人税課税においても是認することを明らかにするとともに，この評価方法を無条件で法人税課税において採用することには弊害があることから，１株当たりの純資産価額の計算に当たって株式の発行会社の有する土地を相続税路線価ではなく時価で評価するなどの条件を付して採用することとしている。このことは，所得税課税においても同様に妥当するというべきである。したがって，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を所得税課税においてそのまま採用すると，相続税や贈与税との性質の違いにより課税上の弊害が生ずる場合には，これを解消するために修正を加えるべきであるが，このような修正をした上で同通達所定の１株当たりの純資産価額の算定方式にのっとって算定された価額は，一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして，所得税基本通達（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。
ところで，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185が，１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除するものとしているのは，個人が財産を直接所有し，支配している場合と，個人が当該財産を会社を通じて間接的に所有し，支配している場合との評価の均衡を図るためであり，評価の対象となる会社が現実に解散されることを前提としていることによるものではない。したがって，営業活動を順調に行って存続している会社の株式の相続及び贈与に係る相続税及び贈与税の課税においても，法人税額等相当額を控除して当該会社の１株当たりの純資産価額を算定することは，一般的に合理性があるものとして，課税実務の取扱いとして定着していたものである。
所得税基本通達については平成12年課資３−８，課所４−29による改正により，法人税基本通達については平成12年課法２−７による改正により，所得税及び法人税の課税における１株当たりの純資産価額の評価に当たり法人税額等相当額を控除しないことが規定されるに至ったのであって，それらの改正前の昭和62年当時に，評価通達（平成２年直評12，直資２−203による改正前のもの）185が定める１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人税額等相当額を控除する部分が，所得税課税における評価に当てはまらないということを関係通達から読み取ることは，一般の納税義務者にとっては不可能である。取引相場のない株式の取引は，法人税額等相当額を控除した純資産価額を上回る価額でされることもあり得るが，一般にその取引の当事者は上記関係通達の定める評価方法に関心を有するものであり，その評価方法が取引の実情に影響を与え得るものであったことは否定し難く，これとかけ離れたところに取引通念があったということはできない。
したがって，営業活動を順調に行っている会社の株式であっても，法人税額等相当額を控除して算定された１株当たりの純資産価額は，昭和62年当時において，一般には通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして，所得税基本通達（平成10年課法８−２，課所４−５による改正前のもの）23〜35共−９（４）にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。このように解釈される上記「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」によって株式の価額を評価して所得の金額を計算することは，所得税法及び所得税法施行令の解釈として合理性を有するということができる。
そうであるとすると，【判示事項】昭和62年３月又は５月における上告会社及びＡ社の１株当たりの純資産価額の評価において，両社が順調に営業を行っていることのみを根拠として，法人税額等相当額を控除することが不合理であって通常の取引における当事者の合理的意思に合致しないものであるということはできず，他に上記控除が上記の評価において著しく不合理な結果を生じさせるなど課税上の弊害をもたらす事情がうかがわれない本件においては，これを控除して１株当たりの純資産価額を評価すべきである。
５ 以上と異なる原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違反がある。論旨はこの趣旨をいうものとして理由があり，原判決はすべて破棄を免れない。そして，上告会社及びＡ社の株式について，１株当たりの純資産価額（法人税額等相当額を控除したもの）と類似業種比準価額の低い方をもって評価し，これに基づいて上告人らの納付すべき税額を算定させるため，本件を原審に差し戻すこととする。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
（裁判官上田豊三濱田邦夫藤田宙靖堀籠幸男）
〔参考〕第２審（東京高裁平成12年（行コ）第248号平成14年１月30日判決）
主文
１ 本件控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は，控訴人らの負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２（１）被控訴人武蔵府中税務署長に対する控訴人Ｘ1の請求
[1] 主位的請求
被控訴人武蔵府中税務署長が控訴人Ｘ1に対し，平成３年３月12日付けでした同控訴人の昭和62年分の所得税に係る更正処分のうち，納付すべき税額1001万2900円を超える部分を取り消す。
[2] 予備的請求
被控訴人武蔵府中税務署長が控訴人Ｘ1に対し，平成３年３月12日付けでした同控訴人の昭和62年分の所得税に係る更正処分のうち，還付金に相当する金額7283万8237円を超える部分を取り消す。
（２） 被控訴人渋谷税務署長に対する控訴人Ｘ2の請求
被控訴人武蔵府中税務署長（被控訴人渋谷税務署長が承継）が控訴人Ｘ2に対し，平成３年３月12日付けでした同控訴人の昭和62年分の所得税に係る更正処分（ただし，平成７年７月４日付けの裁決によって一部取り消された後のもの）のうち，納付すべき税額４億2595万0600円を超える部分を取り消す。
（３） 被控訴人新宿税務署長に対する控訴人Ｘ3（Ｃ社）（控訴会社）の請求被控訴人新宿税務署長が控訴会社に対し，平成３年３月18日付けでした昭和62年３月分の支払給与に係る納税告知処分（ただし，平成７年７月４日付けの裁決によって一部取り消された後のもの）を取り消す。
３ 訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人らの負担とする。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
（１） 控訴人Ｘ1は，控訴会社及びその関連会社であるＤ社（旧商号Ａ社）の代表者であり，控訴会社の株主である。
控訴人Ｘ2は，同Ｘ1の長男で控訴会社の役員で，その株主でもあり，かつ，控訴会社の関連会社Ｂ社の代表者である。
（２） 本件は，被控訴人らが，昭和62年分の控訴人らの所得税の課税に関して，[1] 控訴会社が控訴人Ｘ1に対して，控訴会社が保有するＡ社の株式（Ａ社株）を譲渡したこと，[2] 控訴会社が，昭和62年３月に新株を300万株（本件新株）発行したところ，控訴人Ｘ1に対してうち200万株を，控訴人Ｘ2に対してうち84万株をいずれも１株500円で発行したこと，[3] 控訴人Ｘ1が控訴会社の株式200万株（Ｘ1譲渡株）をＢ社に，控訴人Ｘ2が控訴会社の株式18万7000株（Ｘ2譲渡株）をＥ社にそれぞれ一株500円で譲渡したことをとらえて，被控訴人らが，[1]につき，Ａ社株の譲渡が低額譲渡に当たり，時価と譲渡価額との差額が控訴人Ｘ1に対する賞与であるとして，[2]につき，新株の時価と発行価額との差額が控訴人Ｘ1及び同Ｘ2らの一時所得になるとして，[3]につき，控訴人Ｘ1及び同Ｘ2に譲渡所得が発生しているとして，控訴人Ｘ1及び同Ｘ2に対して更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（控訴人Ｘ2の[3]の譲渡所得に関しては，更正処分においては譲渡所得の認定はされていなかったが，裁決において譲渡所得の認定がされ，被控訴人渋谷税務署長も，本訴において，同譲渡所得を同控訴人の所得金額に加算して主張している。）を，控訴会社に対し，控訴人Ｘ1賞与に係る源泉所得税の納税告知をしたのに対して，控訴人らがこれらの更正処分等の取消しを求めた事案である。
なお，控訴人Ｘ1及び控訴会社は，[1]は賞与に当たらないとして，主位的には，更正処分のうち申告に係る納付すべき税額1001万2900円を超える部分の取消しを，控訴会社は告知処分の取消しを求め，予備的に，控訴人Ｘ1は，[1]が賞与に当たるとしても，賞与額は16億5432万円，源泉徴収額は10億2403万6584円であるから，還付金に相当する金額は7283万8237円となると主張して，更正処分のうち同還付金に相当する額を超える部分の取消しを求めた（控訴会社は，予備的に，10億8066万5177円を超える部分について納税告知処分の取消しを求めているが，これは告知処分の一部の取消しを求めるものであるから，予備的請求として掲記しない。）。また，控訴人Ｘ2に対する更正処分は，被控訴人武蔵府中税務署長がしたのであるが，納税地の変更に伴い，その権限と事務は被控訴人渋谷税務署長がこれを承継した。
（３） 原審は，控訴人Ｘ1の主位的請求及びその余の控訴人らの請求をいずれも棄却し，控訴人Ｘ1の予備的請求を却下したので，控訴人らが控訴した。
２ 「前提となる事実」，「本件各更正処分等の適法性に関する主張」及び「争点に関する当事者の主張」
当審における当事者の主張を次のとおり付加するほか，原判決の「事実及び理由」第二の一，二及び四に摘示のとおりであるから，これを引用する（ただし，原判決添付の別紙一一二を本判決別紙〈略〉のとおり改め，原判決13頁８行目（編注・訟務月報47巻９号（以下月報巻号省略）2794ページ下段17行目）の「ただし」から10行目〈編注・2795ページ上段１行目〉の「いう。」までを「別紙〈略〉数額対比表の『Ｘ1原処分』」欄記載のとおり。」に，15頁１行目〈編注・2795ページ上段17行目〉の「九一六九株」を「九一六〇株」に，同２行目〈編注・2795ページ上段18行目から下段１行目〉の「七五〇五円」を「七四〇五円」にそれぞれ改める。）。
（１） 本件新株の引受けにかかる所得の帰属について
[1] 控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株を取得したか否か
ア 控訴人らの主張
（ア） Ｘ1譲渡株の帰属について
控訴人Ｘ1は，Ｘ1譲渡株を昭和62年３月11日に引き受け，その後，同年５月12日にはＢ社へ移動をしており，この間わずか２か月である。
しかも，昭和62年当時のＢ社は，経営実績が僅か２年の会社であって，営業損益も赤字であり，金融機関からの借入れの実績にも乏しく，通常の金融の常識からみると，10億円の新規借入申込みは拒絶されるとみなければならない会社であった。このような状況下で，控訴人Ｘ1は，一たん銀行から融資を受けて，その債務をＢ社に承継させ，本件新株200万株を本来の取得者であるＢ社に取得させようと企図したのである。銀行としても，控訴人Ｘ1が連帯保証契約を締結し，連帯債務者として引き続き銀行に対して責任を負うことを前提に，債務者の名義をＢ社に変更することを承諾したのであり，このようにして，初めてＢ社の資金調達や200万株の取得が可能になったのである。したがって，実際にＢ社が１か月後に融資を受けられたとしても，そのことをもって，当初から融資を受けられたものと認定することは，融資本来の在り方に反するとともに現実を無視するものである。
そして，Ｂ社は，ももともと控訴会社の創業者である控訴人Ｘ1が死亡した後も安定的に株式を保有する目的で設立された会社であるから，単に本件新株をＢ社が取得したからといって，それ自体Ｂ社の目的に沿うものであり，奇とすべきではないのである。そして，昭和62年３月の中旬及び同年４月の中旬に異変が起きて，相続税対策として株式を移動させたという事実もない。したがって，Ｂ社が200万株を取得したことを特別な相続税対策であるとするのは，Ｂ社の位置づけを見誤っている。なお，当時控訴会社とＡ社との合併・上場という構想はなく，それが４月に中止されたために，本件新株200万株はＢ社に移動されたということもないのである。このことは，会社の合併，上場という事柄の性質上，会社を挙げて準備を進め，取締役会で十分な検討を経なければ実現しないのであるから，控訴人Ｘ1が，創業者利益を獲得するつもりであったが，その方針を相続対策に変更したというような個人的な思い付きで，これを実行したり，中止したりするという性質の問題ではないのであって，このことに照らしても，合併や上場が予定されていなかったことは明らかというべきである。
上記の事情からすると，Ｘ1譲渡株は当初からＢ社が取得したものというべきである。
（イ） 稟議書等の証拠能力について
ａ 質問検査権の行使について
〈証拠略〉（本件各聴取書）及び〈証拠略〉（本件各稟議書等）は，次のとおり被控訴人らに，質問検査権の行使につき違法があるので，証拠としての能力に疑問がある。
i 所得税法234条１項は「調査につき必要があるとき」に質問し検査することができると規定しているところ，ここにいう「調査に必要があるとき」とは，客観的に調査の必要があるときであると解されている。そして，調査の相手方について，同項３号は，１号に掲げられた「納税義務がある者，納税義務があると認められる者」等に「金銭若しくは物品の納付をする義務があったと認められる者若しくは当該義務があると認められる者又は同号に掲げる者から金銭若しくは物品の給付を受ける権利があると認められる者」に対して，調査ができることを規定しているが，これらの者に対する調査（いわゆる反面調査）は，特に必要がある場合のほかは，同項１号に掲げる者に対する調査（いわゆる本人調査）によって十分な資料の取得収集ができなかった場合にのみできるものと解されている。本件に係る調査において，担当したＦ調査官は，その必要部分についてほとんど調査を終了していたのであり，また，控訴人Ｘ1の株式の取得及び譲渡に係わる所得を中心に調査を行うことを目的にしていたことからすると，Ｆ調査官が行った控訴人Ｘ1やその関係会社の取引銀行等に対する調査は，「調査の必要性」の観点からして，不当・違法な調査といえる。
さらに，大蔵省通達では，直接金融機関について調査を行わなければ，適正な課税ができ難いと認められる場合にのみ，金融機関に対して調査をすることができ，その対象も納税者等で特定した者の帳簿書類等だけであるとしている。本件で，Ｆ調査官は，調査によって控訴人Ｘ1が株式を動かした背景が理解できたこと，及び銀行の稟議書等は課税関係には影響しないと述べていることに照らすと，Ｆ調査官の行った調査は違法性が高いということになる。そして，稟議書等は，その目的に照らし，調査の対象になり難いものであり，銀行としては，稟議書に対する検査については，これを拒否しているところでもある。本件で，被控訴人らが本件各稟議書等を取得していることからすると，調査担当者が通常の方法で入手したとは到底考えられず，極めて違法性の高い行為による取得の可能性が高い。
ii また，調査は，質問を受ける者のいる場所及び帳簿書類その他の物件の所在する場所において権限を行使すべきものと解されるところ，本件各聴取書における質問検査は，調査の日から相当経過した後に，しかも遠く離れた場所で行われたのであるから，不相当な調査であり，特に稟議書に関する検査は，許された調査の範囲を逸脱しているものとして，違法である。
ｂ 本件各稟議書等の信用性について
本件において，Ｇ銀行，Ｈ銀行，Ｉ銀行から融資に当たって本件各稟議書等が提出されているが，これらの書類は，いずれも本部決裁を受けるための資料として，融資案件についての意思形成を円滑適切に行うために作成された文書であるところ，当時はいわゆるバブル期で，銀行においては，一般的に無謀で杜撰な融資が行われ，形式さえ整えば良いとされていた時期で，書類の記載も厳密なものとはいえず，本件で融資にかかわった銀行も，厳密な調査や査定をないがしろにしていたものといえるから，そもそも本件各稟議書等の記載内容には信用性がないといわざるを得ない。しかも，本件では，控訴会社のメインバンクであるＪ銀行の稟議書等が提出されていない上，提出された本件稟議書等の記載も，本件新株をＢ社に譲渡した理由については，Ｇ銀行及びＩ銀行は，おおむね相続税対策が理由であるとし，Ｈ銀行は，控訴人Ｘ1が創業者利益を受けられなくなって金利負担に耐えられなくなったことが理由であるとしている等，その内容もまちまちであって，到底信用できないものである。その上，その内容として記載されている金利負担に耐えられないとの点についても，負担金利より配当金の方が多額であることに照らせば，そのこと自体が事実に反しているのである。
（ウ） 実質課税の原則違反について
控訴人Ｘ1は，本件新株を10億円で取得して10億円でＢ社に移動させているにすぎず，何の利得も伴っていないのであるから，所得税法12条等の実質課税の原則に照らしても，本件においては，本件新株をＢ社が取得したと認めるべきである。
イ 被控訴人らの主張
（ア） Ｘ1譲渡株の帰属について
Ｘ1譲渡株については，昭和62年２月９日開催の控訴会社の臨時取締役会において，控訴人Ｘ1に本件新株のうち200万株を，１株当たりの発行価額500円で第三者割当として割り当てることが決議され，控訴人Ｘ1は，当該決議に基づき，払込期日である同年３月11に払い込みをして有効に引き受け，その後の同年５月12日，Ｂ社に発行価額と同額で譲渡したのである。
Ｂ社が控訴人Ｘ1の保証により資金調達することは，当初から可能であったこと，各銀行としても，控訴会社が多額の含み資産を有しており，本件新株を担保として取得できれば，融資の担保としては十分過ぎるものであったのであるから，控訴人Ｘ1が融資の受けられないＢ社に代わって本件新株を一旦引き受けたにすぎないものとみることはできない。また，Ｂ社が引き受けることを予定していたのであれば，一旦控訴人Ｘ1が融資を受けた後，Ｂ社が，控訴人Ｘ1から資金を借り受けて本件新株を引き受ければ足りるのであるから，控訴人らの主張は極めて不自然というべきである。
そして，控訴人Ｘ1は，Ｘ3（Ｃ社）の株式の上場をあきらめ，Ａ社のみの単独上場の構想に変更して，両社上場による創業者利益の獲得を断念し，相続税対策の一環として，一度取得したＸ1譲渡株をＢ社に譲渡したのであるから，控訴会社とＡ社の合併・上場という構想は虚構のものであるとする控訴人らの主張は失当である。
（イ） 本件各稟議書等の証拠能力について
ａ 質問検査権の行使について
所得税法234条１項の質問検査については，「国税庁，国税局または税務署の調査権限を有する職員において，当該調査の目的，調査すべき事項，申請，申告の体裁内容，帳簿等の記入保存状況，相手方の事業の形態等諸般の具体的事情にかんがみ，客観的な必要性があると判断される場合には，職権調査の方法として，同条１項各号規定の者に対し質問し，またはその事業に関する帳簿，書類その他当該調査事項に関連性を有する物件の検査を行う権限を認めた趣旨であって，この場合に質問検査の範囲，程度，時期，場所等実体法上特段の定めのない実施の細目については，右にいう質問検査の必要があり，かつ，これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な程度にとどまるかぎり，権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解すべきである。」（最高裁昭和48年７月10日第３小法廷決定・刑集27巻７号1205頁）から，控訴人らの主張は独自の見解であり，失当である。
本件の場合，控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株を取得し，その２か月後にＢ社に譲渡した目的ないし事情を解明しないことには，適正な課税の判断ができないという必要性から，取引銀行に対する反面調査を実施したのであり，このような調査担当者の判断は，実質課税の実現のためにも必要なものであるから，何ら違法性は存しない。また，控訴人らは，本件各稟議書等が違法性の高い行為により取得されたものと主張するが，当該主張を裏付ける具体的証拠もなく，単なる憶測を述べるにすぎないのであって，失当である。さらに，質問検査の時期場所に関する控訴人らの主張も，前記最高裁判決に照らし失当である。
ｂ 本件各稟議書等の信用性について
稟議書は，一般に，銀行が億単位の融資の申込みを受けた際に，担当者が融資を受ける目的や返済計画等を申込者から聞き出して，部内決裁を経て融資の可否を決定するために作成するのであるから，当然のことながら，申込者から聞き出した事項が記載されているのである。銀行の担当者が稟議書に虚偽の事実を記載して融資が決定されたとすると，その後，債務者が返済不能等の事態に陥った場合には，必然的に担当者が虚偽の事実を稟議書に記載したことが発覚してしまうことは明らかであり，そのことは，各銀行の担当者が十分承知しているのである。
また，貸出協議書等は，金融機関内部の資料とはいえ，多額の金銭の貸出しに関する資料となるものであるから，全く根拠のない虚偽の事実が記載されるとは一般的には考え難く，ましてや，控訴会社が株式の上場を計画しており，その際の創業者利益の確保が目的であるという内容であれば，なおさらそのような重大な事項について事実に反する記載をするなどということは，常識的にみて考えられないのである。現に，本件においても，銀行の担当者は，控訴会社から聞き出した事項について記載しているのであって，信用性が高いとみるべきであり，この点からも，銀行の稟議書の記載内容は信用されるべきである。
さらに，本件新株の発行に際して，控訴人Ｘ1が，創業者利益を確保するという観点から割当がされたこと，その後，事情の変更によりＢ社に譲渡することとなったという点においては，いずれの記載も一致しているのである。控訴人らは，控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株をＢ社に譲渡した理由に係る各銀行の稟議書の記載について，その内容がまちまちであるとも主張するが，控訴人Ｘ1は，金利負担に耐えられなくなったこと及び相続税対策の両方の理由により，Ｂ社に本件新株を譲渡することにしたというのが真相であるから，一方の理由だけが記載されているからといって，その信用性に影響を及ぼすものではない。
なお，控訴人らは，当時の融資の実態について主張するが，具体的根拠に欠け，論理も飛躍していて失当である。
（ウ） 実質課税の原則違反について
被控訴人らは控訴人Ｘ1が実質的にＸ1譲渡株を取得したとして課税しているのであるから，実質課税の原則に反することはない。
[2] 事務管理について
ア 控訴人らの主張
株式申込み・引受けが財産法上の行為であって，事務管理の対象となり得るものであることは疑いのないところ，本件の場合，当時のＢ社が新たに10億円の融資申込みをしても，融資を受けることは困難であったことから，控訴人Ｘ1が一時Ｂ社のために本件新株を引き受けて払込みをし，できるだけ早期にＢ社に名義を移すつもりでいたのであって，そのために，控訴人Ｘ1は，Ｂ社の銀行借入れの保証人となって借入れを容易にし，本件新株の引受価格と同一価格によってこれをＢ社に引き渡したこと，その期間が短期間であること，同額での取得であることからすると，控訴人Ｘ1のした新株の申込み及び引受けについては，事務管理が成立しているというべきである。また，事務管理行為は，事務管理者が事務管理行為の効果として，本人のために受け取った金品をそのまま本人に引き渡したというものであり，事務管理者に担税力を生じる余地はない。そして，控訴人らのこの点に関する主張に変遷はなく，一貫しているのである。
イ 被控訴人らの主張
控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株を引き受けたのは，同人自身の創業者利益の確保などを目的として，自らの計算においてしたものであるから，事務管理が成立する余地はない。このことは，控訴人Ｘ1が「相続税対策としてうまくいった」と述べていることからして，明らかである。また，控訴人らのＸ1譲渡株の引受け及び譲渡をめぐる原審における控訴人らの主張は，再三変遷しており，この点も，控訴人らの上記事務管理に係る主張に理由がないことを物語るものである。
（２） 控訴人Ｘ2がＥ社に譲渡したＸ2譲渡株の帰属について
[1] 控訴人らの主張
Ｘ2譲渡株は，本件新株の発行が法的に瑕疵ある手続であったため，本来の株主であるＥ社から抗議を受け，直ちに控訴人Ｘ2の取得部分から引き渡したのであり，本来ならば新株発行手続全体のやり直しがなされるべきところ，新株取得のための銀行の融資決定も既にされていたので，手続をやり直すのではなく，控訴人Ｘ2取得分からＥ社に引き渡すという便宜的手法が採用されたのであるから，Ｘ2譲渡株については，控訴人Ｘ2が取得した株式であるとみなされるべきではない。仮に，法律的に当該手続き上の瑕疵があっても新株発行自体は有効であるとしても，今後の取締役会や株主総会の運営ひいては控訴会社の信用保持と企業の発展を考えるときには，控訴会社とすれば，Ｅ社の申出を無視し，何らの是正措置を取らないということはできないのである。かような観点からすると，控訴人Ｘ2がＥ社と協議の上，その了解を得て控訴人Ｘ2譲渡株をＥ社に譲渡することは，経済的合理性の観点からも不合理不自然なものではない。
また，本件新株の発行手続の瑕疵の是正方法としても，本件の処理は妥当なものである。株主総会を開き全面的に手続をやり直すということは，とりもなおさず商業登記上の記載も変更するということであるから，そのような措置を避けたいと考えるのは，企業運営上当然のことである。こうして，３月12日から僅か２週間後の３月26日に是正措置が採られたのである。
なお，控訴人Ｘ1には，Ｅ社の常務取締役であり，控訴会社の非常勤取締役であるＫに対し，臨時取締役会の開催通知をしているとの明確な記憶が有るわけではなく，仮に通知しているとしても，簡単な議題を見て理解したことと実際に経過を聞いてみて理解したことの間に乖離があるのは当然であるから，Ｋ取締役が３月上旬の非常勤役員の会合での説明を聞いて，事の重大さを認識したとみるのが自然である。また，控訴人らは，Ｅ社の抗議の時期に関する主張を変更したことがあるものの，これは調査の過程で事実が確定していった結果であるから，主張の変更とまではいえないものである。
[2] 被控訴人らの主張
控訴人らの主張する本件新株発行手続の法的瑕疵とは，新株発行事項の広告又は株主への通知の欠缺を指すものと解されるところ，本件新株の払込期日（昭和62年３月11日）については，商法280条の３の２により，その２週間前の同年２月25日からが通知期間となるから，株主に対する通知前にその通知の欠缺が問題とされるはずはなく，当該通知の欠缺とＸ2譲渡株とは何ら関係がない。
また，Ｅ社からの抗議の時期に関しては，昭和62年３月上旬に催した非常勤役員を含めた役員会の席上，Ｅ社より就任しているＫ取締役が，本件新株発行の件について初めて報告を受けた旨主張を変更するに至ったという経緯があり，このように，合理的理由を示し得ないまま主張を変遷させること自体，その主張が事実に基づかないものであることを物語るものである。加えて，控訴人Ｘ1は，Ｋ取締役にも昭和62年２月９日開催の臨時取締役会の開催通知をしたと供述しているのであるから，Ｅ社は，当該取締役会の開催の際に，本件新株発行の件を認識していたはずであり，上記通知の欠缺等と控訴人Ｘ2譲渡株とは何ら関係がなく，本件新株発行手続の瑕疵を是正するためにＥ社への譲渡がされたとの控訴人らの主張が事実に反するものであることは明らかである。
さらに，控訴人Ｘ2によるＥ社への譲渡は，本件新株発行が有効なものであることを前提として，事後的にその持ち株割合を回復するためにされたものであり，その結果，Ｅ社は，本件新株発行により2.3パーセントにまで低下した持ち株割合を，Ｘ2譲渡株の譲渡を受けることにより，７パーセントにまで回復したものである。しかも，控訴人らの主張する本件新株の発行手続の瑕疵は，株主総会の通知の欠缺，新株発行の通知の欠缺等の瑕疵であるところ，控訴人らの取った措置によっても，瑕疵の是正にはなっていないのである。
したがって，控訴人Ｘ2譲渡株のＥ社への譲渡が本件新株発行の手続上の瑕疵の是正のために行われたものでないことは明らかであるから，上記控訴人らの主張は失当である。
（３） 売買実例について
[1] 控訴人らの主張
株式の価額につき，所得税基本通達23〜35共−９（本件所得税通達）（４）イは，売買実例のあるものについては，最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額と定めているところ，この「適正」という基準の意義は，価格の適正さということよりも，取引形態が利害関係のからまない公正な取引かどうかを検討するものというべきで，そう理解しなければ，結局，本件所得税通達（４）ロの類似法人比準方式又は同通達（４）ハの純資産価額方式の問題となり，売買実例を認めるという基準が何の規範性も持たなくなることに帰する。そうであれば，「売買実例」とは，結局，特別な利害関係のない相手という第三者性が確保される場合には，特別に不合理に実態と離れた価額でない限り，売買実例として尊重されるべきである。
この点について，国税庁法人税課長監修に係る「コンメンタール法人税基本通達」は，「純然たる第三者間において種々の経済性を考慮して定められた取引価額は，たとえ上記したところと異なる価額であっても，一般に常に合理的なものとして是認されることはいうまでもない。」としているのである。
本件では，売買の相手方は，Ｈ銀行及びＬ銀行で，いずれもメインバンクではなく，通常の取引先であって安定株主でもなく，控訴会社及びＡ社とは特別な関係を有していなかったのである。また，その価額についても，Ｍ證券が算定し，大蔵大臣に提出した有価証券通知書に添付された株価算定書として確認されていること，関係者においても適切な価額として理解された価額であることからして，１株1200円という価額が特別に不合理な実態と離れた価額とはいえない。したがって，Ｈ銀行等への売買価額をもって，売買実例としてみなされる適正な価額というべきである。
[2] 被控訴人らの主張
本件所得税通達（４）イの「適正と認められる価額」の趣旨は，たとえ第三者間の取引といえども，必ずしも適正な価額でされるとは限らないことから，価額が適正か否かの検討が必要であることを意味していることは明らかである。つまり，控訴人らの主張する利害関係のからまない取引とは，本件において，控訴人らが売買実例として主張する取引の相手方であるＨ銀行のように，取引の相手方が資本関係等の外形的な面において特殊関係にない場合を指しているものと思料されるが，外形的な面において特殊関係にない取引の相手方が，何らの利害関係もからまずに，常に適正な価額により取引するとは限らないから，当然，価額が適正か否かを検討する必要性はあるのである。
また，仮に，控訴人ら主張のとおり，「適正」という基準は，価格の適正さということよりも，取引形態が利害関係のからまない公正な取引かどうかを検討するものと解する余地があるとしても，控訴人らが売買実例として挙げるＨ銀行等への譲渡は，他の金融機関等と同程度の株式をＨ銀行及びＬ銀行にも保有して貰い，安定株主を増やすとともに，将来にわたる当該銀行との円滑な取引を期待してされたという側面があることを否定しきれないのであって，必ずしも，通常の株式の譲渡と同様の条件で譲渡が行われたものではないと考えられる。この意味でのある種の利害関係があればこそ，１株当たり1200円という，時価評価額に比して著しく低い価額で同銀行等に譲渡されたものと認められるのであって，控訴会社からＨ銀行等への譲渡は，利害関係のからまない公正な取引とはいえず，両者間における取引価額を売買実例としての適正な価額とみることはできない。
「コンメンタール法人税基本通達」は，「種々の経済性を考慮して定められた取引価額」であることを前提に，合理的なものとして是認される旨解説しているところ，この趣旨を尊重しても，利害関係のからまない公正な取引とはいえない控訴会社からＨ銀行等への譲渡における価額が，「種々の経済性を考慮して定められた取引価額」として合理的なものとは是認できないのである。
この点，控訴人らが売買実例と主張する１株当たり1200円の価額は，Ｍ證券の鑑定書（〈証拠略〉）に記載されている評価額によるものであるところ，当該鑑定書の算定データは，控訴会社の第22期及び第23期という古い事業年度の資本合計及び当期利益が使われている。また，当該鑑定書におけるＭ證券の意見は，純資産価額方式を採用して算定しているが，純資産価額を時価評価せず簿価で評価しており，Ａ社が所有している土地について，実際より低く計算されている。控訴会社は，含み益が１株当たり１万0130円を超えることが明らかになっていたにもかかわらず，これをはるかに下回る1200円と算定した上で，Ｈ銀行等に譲渡したものであり，かかる売買価額を「適正と認められる価額」といえないことは明らかである。
（４） 法人税等相当額の控除について
[1] 控訴人らの主張
ア 非上場株式を純資産価額方式で算定するということは，総資産から総債務を差し引いて，株式総数で除するということである。この純資産価額方式は，簿価純資産価額方式と時価純資産価額方式とに分類され，前者は，決算貸借対照表上の純資産を発行済株式総数で除したものを１株の価額とする方式であり，後者は，現時点で会社を解散し清算を行うと仮定した場合に，１株に対して払い戻されるであろう額をもって１株の価額とするものである。このうち簿価純資産価額方式は，資産の実態を反映せず，企業価値を示すものではないので，不適切であるといえる。そして，非上場株式を所有する株主の株式に対する価値観を支えているのは，残余財産分配請求権の価値といえるから，時価評価については，再調達価格ではなく，処分価格によるべきことになる。処分価格による時価評価をするとなれば，清算出費は当然控除されるべきものとなる。他方，処分価格による時価評価は，評価益が資産として評価されることになるから，会社内部に留保されることのない法人税等相当額は，資産から控除すべきことになる。このように評価益が計上される場合には，その評価益に対する法人税等相当額を控除することによって，株主に公平感を与えるのである。
イ 非上場株式の評価に当たり，評価益という未実現の利益を株主の資産として評価することは，未実現の利益に課税することであって，未実現利益非課税の原則に反することになる。したがって，未実現の利益を資産に計上するならば，それに見合う法人税相当額を控除するのは当然の措置なのである。そして，評価益は，その全額が株主に帰属するものではなく，その中には，法人税として国に帰属すべき部分，事業税その他地方税として地方公共団体に帰属すべき部分も含まれているから，これら株主に帰属しない部分を取り除く必要があり，法人税等相当額控除の趣旨は，まさに実質課税の原則により，評価差額のうち株主に帰属しない部分を取り除く措置でもある。
ウ 所得税課税において，取引相場のない株式の評価をする場合においても，本件所得税通達（４）イ，ロに該当しない場合には，法人税基本通達９−１−15（本件法人税通達）により，相続税財産評価通達（評価通達）178から189−６までの例によって評価を行うべきところ（なお，法人税基本通達６−１−４により，本件法人税通達は有利な発行価額による株式の引受けの際にも適用される。），（ア）本件法人税通達は，法人税等相当額について控除しないと定めてはおらず，かえって，財産評価通達を準用していることからすると，これを控除しない理由はないこと，
（イ） 法人税基本通達６−１−４は，有価証券の評価損における株価の算定方法を定めた同通達９−１−11から９−１−15までを準用するに際し，「合理的に計算される価額」との留保を付けているが，同文言が「法人税等相当額を控除しないで計算する」との趣旨であれば，「合理的に計算される」という曖昧な表現ではなく，「法人税等相当額を控除しないで」と明確に表現すれば足りるのであるから，上記「合理的に計算される」が「法人税等相当額を控除しないで計算する」との意味であるということはできないこと，（ウ）法人税基本通達６−１−４は，本件法人税通達が策定される前から「合理的に計算される価額」との文言を用いていたのであるから，この文言は，法人税基本通達９−１−14に対して向けられたものであり，本件法人税通達を対象としたものではないこと，（エ）法人税施行令68条２号ロによれば，「有価証券を発行する法人の資産状態が悪化している場合」には，評価損を計上することができるが，その場合であっても，法人税基本通達９−１−９は更生手続の開始決定があった場合をも適用の対象とし，法人税基本通達９−１−９の（２）は，法人の解散を前提としない場合にも，本件法人税通達を適用して法人税等相当額の控除を行うのであるから，本件法人税通達が会社の存続を前提とした場合にも適用されること，以上のことからすると，法人税相当額の控除は，非上場株式の売買を行う場合の株式の適正取引価額の判定にも適用されるべきである。
そうであれば，本件においては，純資産価額方式により本件新株及びＡ社株を評価するのであるから，法人税等相当額を控除すべきことになる。
エ なお，相続の場合であっても当該法人の清算が常に予定されているわけではなく，また，株主事業主といえども，有利発行による株式取得や低額譲渡した株式の評価が予想以上に大きい場合には，所得税の納税のために当該法人を清算することもあり得るから，事業承継というのは相続開始のときだけに起こる問題ではなく，営業譲渡，合併，株式の移動といった形で日常的に行われているのである。そうすると，評価通達が，法人株主として相続したことに伴い相続税を納付するに当たって，当該法人を清算せざるを得ない場合もあり得ることや，事業承継を円滑に行わせることに配慮したものともいえない。そして，評価通達は，贈与税にも適用されるのであるから，株式の取得が積極的意思によるものか否かは，法人税等相当額の控除をすべきか否かの基準とはならない。
オ さらに，法人税相当額の控除が，株主事業主と個人事業主との間の異なる所有形態を経済的に同一の条件に置き換えるものであり，法人株主である相続人が会社の資産を自己のために自由に利用あるいは処分したい場合には，会社を解散ないし清算することにより，被相続人が所有していた株式数に見合う財産を手にするほかないところ，その場合に，法人の清算所得があったときには，その清算所得に対して法人税等が課されるため，個人事業者が直接に事業用資産を所有している場合に比して法人税等相当額分だけ実質的な取り分が減少することになる。しかし，会社が清算した状態というのは，個人事業主にとっては，その事業用資産を売却した状態であり，その場合には，法人が支払うべき法人税等相当額に相当する譲渡所得税及び地方税の支払義務が発生するので，この意味においては，株主事業主と個人事業主との条件は同一であるというべきである。
カ また，被控訴人らの主張によれば，非上場で気配相場もない株式を有利発行の引受け・払込みにより取得したときは，その評価に当たっては法人税等相当額は控除しないが，時が経過して発行法人の資産状態が悪化して特別清算・破産・和議，会社整理等の事態に立ち至って評価損を計上することが認められる段階に至れば，評価の基準そのものまでも変更し，法人税等相当額の控除をも認めるということになるところ，そもそも，法人税法において，評価損を計上するときの評価の仕方・基準と，その株式を取得したときの評価の仕方・基準を変えるという二重基準を導入することに合理性は存在しないのであるから，法人税等相当額の控除は，取得の時点における評価から認められなければならない。
[2] 被控訴人らの主張
ア 株式，特に市場において取引されない非上場株式の価格を評価する方法は，常に一定のものがあるわけではなく，評価の目的により違い得るものであり，また，それぞれの評価場面により方法も異なっている。課税の場合，大量に発生する課税対象について，国が迅速に対応しなければならないという課税技術上の観点から，いわば国と国民との関係を律することを目的に，それぞれの課税の場面（税目）に応じた合理的な価格の算定を示すことにより，それぞれの課税の場面における納税者間の公平性及び一貫性を図っているのである。こうした意味で，私人間の具体的個別的な利害対立を解決し，当事者に適正な経済的利益を享受させようという理念から，その評価に当たっては，株主等間における公平という点に配慮し，利害関係者間の調整を図ることを要請される商事事案（株主から株式買取請求がなされた場合等）とは異なるのである。
相続税の課税の場合においては，個人事業として事業用財産を直接支配している場合と，個人事業と変わらない程度の小規模でありながらも会社組織として事業用資産を間接支配している場合との両者について，相続が発生した場合には，両者の相続税の課税価格の算定に当たって，経済的に同一条件に置き換えた上で評価の均衡を図ることが要請され，評価益に対する法人税等相当額を控除するという方法が採用されたのである。しかし，このような扱いをしたそもそもの趣旨は，相続という特殊性から，相続による事業の円滑な承継にも配意する必要があり，相続を起因とする中小企業の事業承継に対し，非上場株式の評価についてできるだけ緩く評価できる方法はないか，また，緩く評価するに当たり，これを相当とする何らかの理由付けがないかということが検討された結果であり，中小企業の事業承継者などの相続税負担の軽減という政策的配慮に基づくものなのである。
イ 相続税が，相続又は贈与という，相続人にとっては，静的・消極的ないし偶発的な事態の発生に基づく被相続人から相続人への財産の移転に着目し，相続人の所有に帰することとなった財産に担税力を求め，相続人か所有する財産の価額そのものを課税標準とするものであることから，相続財産の評価が相続人の税負担に直結するため，相続財産の評価については様々な斟酌がなされており，このような斟酌のひとつとして，純資産価額方式による株式の評価に際し，法人税等相当額を控除することとしているのである。
しかし，所得税ないし法人税の課税は，取引から生ずる利益（所得）に着目し，そこに担税力を求めて課税するのであって，相続税の課税における上記のような要請がないことから，特段の事情のない限り，法人税ないし所得税についてまで，その財産評価につき，法人税等相当額を控除するとの斟酌をする必要がないのである。言い換えれば，一般に，順調に事業活動を行って利益を生み出している会社の株式を売買取引する場合の買い手は，現在の会社の営業状態や財産状況を基本に，今後更なる事業の発展による利益の増大に伴う配当受領への期待や評価益の更なる増大，また，評価益の増大に伴う更なる株価の上昇により，将来の株式譲渡の際の譲渡益の獲得への期待などを総合的にみて，現在の１株当たりの価額を意識して取引するものと考えられるのであって，現時点で解散した場合に発生するであろう清算所得に対する法人税等の潜在的債務までをも意識し，今すぐ解散した場合にどれだけの残余財産の分配を享受できるかとの観点に立って取引価格を決定するものとは考え難い。
したがって，評価益に対する法人税等相当額を負債に算入して株式を評価すべき根拠は認められない。
ウ 本件法人税通達は，非上場株式の評価損の計上を行う場合の取扱いを定めたものであるところ，非上場株式の売買を行う場合の適正取引価額の判定にも準用されることについては，控訴人ら主張のとおりであるが，前記のことから，純資産価額方式により取引価額を定める場合には，そのことについて合理的な理由があると認められるときを除き，評価益に対する法人税等相当額を控除しないで純資産価額を計算すべきものである。そして「合理的な理由がある場合」とは，本件法人税通達が，本来株式の評価損を計上する場合に適用することを前提として定められたものであることに鑑みれば，非上場株式の売買を行う場合であっても，評価損を計上する場合のように，評価株式の発行法人が，評価損を計上できる場合に匹敵するような状況に陥っているという特段の事情がある場合に限定して控除を認める趣旨と解すべきであるから，本件の場合が「合理的な理由がある場合」と認めるべき特段の事情がある場合に該当しないこと，つまり，評価益から法人税等相当額を控除してまで，評価額を低額に評価すべき特段の事情が存しないことは明らかである。
エ 法人税基本通達６−１−４（３）は，法人税基本通達９−１−11から９−１−14まで及び本件法人税通達に準じて「合理的に計算される価額」との留保を付けているので，本件法人税通達が評価通達の定めによる評価を認めているものの，純資産価額方式により評価する場合，法人税等相当額を控除することの合理性についても当然検討が必要であるところ，その検討結果として，本件のような法人の存続を前提とした株式取引の場合には，法人を清算するようなことは予定されていないので，相続による企業承継を考慮する必要はなく，法人税等相当額を控除することに合理性は認められないのである。
オ 控訴人らは，法人税基本通達６−１−４（３）の末尾の「合理的に計算される価額」との文言は，本件法人税通達の策定前から用いられているので，本件法人税通達に対して向けられたものではないとも主張する。しかし，法人税基本通達６−１−４（３）の末尾の「合理的に計算される価額」の文言が，本件法人税通達の策定前から用いられていたのは事実としても，現行（及び本件における所得税の更正処分の対象となった昭和62年当時）の同通達（３）の「（１）及び（２）以外の場合その新株又は出資の払込期日において当該新株につき９−１−11から９−１−15までに準じて合理的に計算される額」との定めにおける「合理的に計算される価額」の表現が，本件法人税通達にも向けられていることは一目瞭然であるから，控訴人らの上記主張は失当である。
カ 法人税基本通達９−１−９にいう法人税等相当額の控除が認められる場合とは，更生会社のように法的に特殊な状況下にありながらも存続する場合であって，本件において問題とされている控訴会社やＡ社のように営業活動を順調に行って存続している会社であることを前提としているものではないことは明らかである。つまり，本件のように営業活動を順調に行って存続している会社の株式の譲渡取引の場合，そもそも譲渡取引の当事者のうち，譲渡者は譲渡利益の獲得等を目的とするのであり，一方，株式を取得する当事者は，上記のとおり，そのまま株式を保有することにより，今後の更なる事業の拡大や含み益の増加による株価の上昇を期待して取引価額を交渉するのが一般的であるから，このような取引の場合においてまで，その取引時における株価の評価に当たり，法人を清算した場合の法人税等相当額まで加味することは実情にそぐわないのである。
そもそも本件法人税通達が適用されるのは，「法人が非上場株式の評価損の計上」をする場合であり，法人が行った非上場株式の売買に係る時価を評価するためのものではなく，加えて，非上場株式等の評価損の計上が認められるには，極めて厳しい条件が付されていること，及びその条件を概観することにより明らかなとおり，評価損計上時点における株式発行法人の営業状態について極めて異常な状況にある場合を想定しているといわざるを得ず，仮に破産しているような会社を想定すれば明らかなとおり，実際には評価差額が生じる可能性はほとんどなく（生じる可能性があるとすれば，控訴人らも例に挙げる更生会社の場合が考えられるが），仮に生じたならば，そのような異常な状況に陥っている場合に限り，評価差額（清算所得）に対する法人税等相当額を控除することによって，事態に応じた適正な株式の評価額が算定できるように配慮されているのである。
したがって，本件法人税通達は，上述のような異常な状況の場合のみを射程として評価通達に制限を加えた上で適用されることは明らかであり，本件のような，何ら異常な状況に陥っていない発行法人に係る非上場株式の売買の場合にまで，評価差額から法人税等相当額を控除することを予定しているものではない。
キ さらに，法人税基本通達６−１−４（３）の定めにおいて，同通達９−１−14及び本件法人税通達を準用するに当たり，「合理的に計算される額」との留保が付されていることの意味は，法人税基本通達６−１−４（３）の場合において本件基本通達を準用するに当たっては，本件法人税通達が評価通達の定めによる評価を認めているものの，純資産価額方式により評価する場合に，法人税等相当額を控除することの合理性についても当然検討することが必要であることを示唆しているものであり，本件法人税通達をそのまま無条件に適用するものではないのであるから，同一の取引に対して異なる取扱いをするのであれば二重基準ということになるが，取得した株式を評価する場合と，評価損を計上する場合とで異なる取扱いをすることは，控訴人らの主張するような二重基準には該当しない。
ク 控訴人らは，評価に二重基準を導入することに合理性など存在しないとも主張するが，評価損を計上する場合と，取得した株式を評価する場合とで取扱いを異にすることがそもそも二重基準に該当しないことは上記のとおりである上，評価損を計上する場合と，取得した株式を評価する場合とでは，株式の評価の対象となる会社の状況は全く異なるので，法人税等相当額の控除を認めないことを原則とし，例外的に評価損を計上できる場合のように，評価の対象となる会社が異常な状況の場合のみ控除を認めるという異なる取扱いをすることは，むしろ合理性があるというべきであるから，控訴人らの主張は独自の見解に基づくものであり，失当というべきである。
（５） 純資産価額方式による計算上の問題に関する主張について
[1] 控訴人らの主張
ア 純資産価額方式による場合の棚卸資産の評価は，評価通達４−２及び同通達133により，時価評価ではなく簿価評価によるべきであり，不動産販売業者の所有する販売を目的とする土地等は，その実質がまさに棚卸資産に該当し，通常の固定資産である土地等として評価するよりも棚卸資産として評価する方が実態に合致しているという点から定められたものであるから，これにより，原判決が認定した純資産価額方式による評価にはＡ社株については63億円の評価益が過大に評価され，本件新株についても同様の問題が発生する。
イ 控訴人Ｘ2譲渡株は，本件新株と同額であるのに対し，控訴人Ｘ1譲渡株の譲渡価額は，新株引受時4283円が事業年度を異にしたことにより，わずか２か月内で1.57倍の7576円に値上がりしたことになるが，みなし譲渡課税は，資産の所有期間中の値上がり益に対する課税である趣旨からして，事業年度を異にする計算技術上の簡便法の採用であれば，期間分配し，２か月／12か月で計算するべきである。[2] 被控訴人らの主張
ア 評価通達を準用する旨を定めた本件法人税通達（２）は，株式の発行会社が土地を有する場合には，１株当たりの純資産価額の計算に当たっては，当該事業年度終了の時における価額（時価）によることと明記しており，たとえ，評価通達４−２及び同133において簿価による旨の定めがあるとしても，本件法人税通達においては，土地が棚卸資産である場合の例外は定めていないのであるから，控訴人らの主張は失当である。
イ なお，類似業種比準方式により株式を評価する場合には，評価の対象となる月の類似業種の株価に，評価時点の直前の事業年度末の評価会社の１株当たりの配当金額，利益金額及び純資産価額に基づく数値を乗じて計算することとなっていること，控訴人Ｘ1が新株引受けにより取得してからＢ社に議渡するまでの２か月間に，評価会社である控訴会社の決算期が到来し，控訴会社の業績が前年よりも急激に上昇している時期であったことにより，純資産価額も大幅に増加したこと等が，評価額の大幅な増加の要因として挙げられるが，類似業種比準方式により株価を評価する場合には，その評価方式の反映として，評価会社の決算期を境に，このような評価額の増減は当然のこととして生じ得るのである。そして，当該計算方式は，評価会社の決算期を異にしたことによる期間配分をする考え方を採用しているものではないから，控訴人らの主張は失当である。
（６） 控訴人Ｘ1の予備的請求について
[1] 控訴人Ｘ1の主張
ア 控訴人Ｘ1の昭和62年分所得税の確定申告について更正処分がされたのは，平成３年３月12日付けで，国税通則法23条１項の更正の請求の期限をはるかに徒過しており，更正処分の内容とされた認定賞与の加算は，確定申告時において，控訴人Ｘ1にとって予測不可能な事柄であったから，国税通則法所定の更正の請求手続では，納税者の権利が適切に保障されないばかりか，支払者である控訴会社に対する認定賞与に係る源泉徴収税額の納税告知処分がなされる前に，支給を受けたとされるであろう賞与の金額とそれに伴う源泉徴収税額を受給者が自ら認識して確定申告をしておいて，法定申告期限から１年以内に，納付すべき税額が過大であることを発見して更正の請求をすべきであるというのは，受給者である納税者に不可能を強いるものであり，適切ではない。
イ また，本件のように，給与の支払者が納税告知処分の適否を争っており，受給者がその納税告知に係る給与の額を加算した（所得税の）更正処分を争っていて，２つの訴えが併合審理されている場合には，支払者に対する納税告知に係る給与の額及び源泉徴収税額と，受給者に対する更正処分のうち当該納税告知処分において認定されている給与の額及び源泉徴収税額とは，本来一致するものであるから，２つの訴えの当事者が別々であっても，その点についての判断は一致すべきものであり，その認定された給与の額・源泉徴収税額が，支払者に対する納税告知とは異なる旨の判決がなされる場合には，受給者に対する更正処分は，その判決内容に従って訂正されるべきであり，その訂正の結果における計算上，受給者の確定申告における納付すべき税額を下回る結果となっても，納税者の権利救済の確実性及び紛争の１回解決という訴訟経済の観点から，控訴人Ｘ1の予備的請求にも訴えの利益があるものとして，本案判決がなされるべきである。
[2] 被控訴人らの主張
ア 控訴会社においては，当該賞与に係る源泉所得税の法定納期限到来まで若しくは控訴人Ｘ1の所得税の確定申告期限までに源泉徴収漏れに気付き，控訴人Ｘ1においては，所得税の確定申告期限まで若しくはその１年後の更正の請求期限までに納付すべき税額の過大に気付き，それぞれ正当な源泉徴収税額の納付，正当な所得税の確定申告若しくは１年以内の更正の請求ができたはずであるから，原判決の内容が納税者に不可能を強いる結果となるものとはいえない。
控訴人らの主張は，結局は，被控訴人らによる更正処分及び納税告知処分をきっかけとして，初めて源泉徴収漏れ若しくは納付すべき税額が過大であることを知ることができるとの前提に立ったものであって，控訴会社及び控訴人Ｘ1が注意義務を怠ったことにより，然るべき期限までに当初から正当な（又は予備的請求において正当と自認する）数額をもって確定申告をしなかったこと若しくは更正の請求をしなかったことが更正の請求の機会を失うこととなった原因であるということを看過したものである。
イ また，たとえ，本件のように源泉所得税の納税告知処分と所得税の更正処分が同時に併合して争われている場合であっても，更正処分の取消訴訟において，納税者は申告に係る課税標準等及び納付すべき税額以下の部分についてまでの取消しを求めることは許されず，その部分については取消しを求める訴えの利益がないというべきである。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所も，控訴人らの本訴請求のうち，控訴人Ｘ1の主位的請求及び控訴人らのその余の請求は理由がないのでいずれも棄却すべきであり，控訴人Ｘ1の予備的請求は不適法であるから却下すべきであると判断する。その理由は，次のとおり訂正・付加するほか，原判決の「事実及び理由」第三に説示のとおりであるから，これを引用する。
１ 原判決の訂正
（１） 原判決115頁２行目〈編注・2834ページ上段14行目〉の「〈証拠略〉」の次に「〈証拠略〉」を，同119頁１行目〈編注・2835ページ下段13行目〉の末尾に続けて「これらの記載は，各銀行の担当者が，控訴会社の経理部長Ｎから聴取したことを基礎に記載したものである。」をそれぞれ加え同120頁末行〈編注・2836ページ下段４行目〉の「審議書」を「稟議書」に改める。
（２） 同142頁２行目〈編注・2844ページ下段18行目〉の「〈証拠略〉」の次に「〈証拠略〉」を，３行目〈編注・同前〉の「〈証拠略〉」の次に「〈証拠略〉」を加える。
（３） 同144頁８行目〈編注・2845ページ下段16行目〉の「合計額」の次に「の平均額」を加え，９行目〈編注・同ページ下段18行目〉の「評価額」の次に「1499.1円を基に，前記845.33円と1499.1円との平均額」を加える。
（４） 同145頁３行目及び８行目〈編注・2846ページ上段６行目及び13行目〉の各「四月」をそれぞれ「九月」に改める。
（５） 同152頁６行目〈編注・2849ページ上段５行目から６行目〉の「権利行使日等又は権利行使日等」を「当該払込みに係る期日又は同日」に改める。
（６） 同168頁７行目〈編注・2855ページ下段８行目〉の冒頭から169頁９行目〈編注・2856ページ上段８行目〉の末尾までを次のとおり改める。
「純資産価額は，株式の価額を評価する１つの方式である純資産価額方式によって算出される価額を指すものであり，その方式は，基本的には，株式の価額を，会社の総資産から総負債を控除したものを発行済株式総数で除して求めるものである。
ところで，純資産価額を求めるについて，評価通達185は，１株当たりの純資産価額は，課税時期における各資産を評価した価額の合計額から，課税時期における各負債の金額及び評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除した金額を，課税時期における発行済株式数で除して計算した額と定めている〔なお，法人税基本通達９−１−15は，法人が，気配相場のない株式の評価損の損金算入（法人税法33条２項）にあたって，当該株式の価額を評価通達によって算定しているときは，課税上弊害のない限り，条件を付した上で，法人税法上も是認する旨規定している。法人税等相当額控除〕。このように評価通達が，純資産価額の算定にあたって法人税額等相当額を控除するに至った背景には，相続による事業の円滑な承継に配意し，相続を起因とする中小企業の事業承継につき，非上場株式の評価についてできるだけ緩く評価できる方法をとる必要があるとの政策的な配慮が存在したのであり，その理由付けとして，個人事業として事業用財産を直接支配している場合と個人事業と変わらない程度の小規模でありながらも会社組織として事業用資産を間接支配している場合との両者について，相続が発生した場合には，両者の相続税の課税価格の算定に当たって経済的に同一条件に置き換えた上で評価の均衡を図ることが付加されたのである。しかし，評価通達においても，そのような政策的な配慮の必要のない場面，例えば評価会社が有する株式等の純資産額の計算（評価通達186−３）においては，評価益に対する法人税等相当額の控除はしていないのである。このように相続税を課税する場合であっても，政策的配慮の必要のないときは，法人税等相当額の控除がされるわけではないことに照らすと，純資産価額の算定に当たって，常に評価通達185によって処理することが予定されていることにはならないと言わざるを得ない。このことは，相続税を課税する場合における政策的配慮を要求されない所得税や法人税については，他に何らかの合理的な理由がない限り，評価通達185によって処理すべきことにはならないということになる。そして，そのような理由は，結局のところ，課税において要求されている「通常取引されると認められる価額」の判断において，通常の取引において法人税額等相当額を控除することを考慮要素として考えることが，取引当事者の合理的な意思に合致するか否かに帰着するものということになる。
そこで，この点について更に検討するに，非上場株式であって気配相場のない株式については，その価値の実現は，上場している株式等とは異なり，残余財産の分配にあることからすると，そのような株式を取引するに当たって，当事者は，当該会社が清算した後の価値に相当する価額に注目し，清算所得に対する法人税等を控除することを考慮しているものといえなくはない。しかしながら，通常，営業活動を順調に行って存続している会社については，譲渡取引の当事者のうち，譲渡者は譲渡利益の獲得等を目的とし，株式を取得する当事者は，そのまま株式を保有することにより，今後の更なる事業の拡大や含み益の増加による株価の上昇を期待して取引価額を交渉するものとみることができる。そうすると，このような当事者にとっては，会社の清算を前提とした法人税額等相当額の控除した純資産価額で株式を売買するという取引は通常考えられないということができ，これらの当事者にとって，逆に法人税等相当額を控除することは不合理でもある。そうであれば，順調に営業活動を行っていた控訴会社やＡ社の株式の価額の算定に当たって，法人税等相当額を控除しないことをもって違法ということはできない。」
（７） 同183頁９行目〈編注・2861ページ下段９行目〉の「Ｘ1原処分欄」を「裁決欄」に，10行目〈編注・同ページ下段11行目〉の「右各金額は」から末行〈編注・同ページ下段13行目〉の「から」を，「Ｘ1更正処分における納付すべき税額は右『裁決欄』記載の額を下回り，Ｘ2更正処分及び本件告知処分の納付すべき税額は右『Ｘ2原処分』欄及び『本件告知処分等』欄の金額と同額であるから」に改める。
２ 控訴人らの当審における主張に対する判断
（１） Ｘ1譲渡株の引受けにかかる所得の帰属について
[1] Ｘ1譲渡株の帰属について
ア 控訴人らは，（ア）控訴人Ｘ1は，わずか２か月後にＢ社に株式を移動しているが，昭和62年３月，４月当時，控訴人Ｘ1からＢ社に株式を移動させなければならない事情の変化はなかったこと，（イ）当時Ｂ社は，銀行から融資を受けられる状況にはなく，控訴人Ｘ1が当初融資を受け，これをＢ社が承継して初めてＢ社への融資が可能となったこと，（ウ）Ｂ社は，控訴人Ｘ1が死亡した後も安定的に株式を保有するために設立した会社であり，Ｂ社が株式を保有することは，Ｂ社の目的に沿うものであること，以上のことから，本件新株は，当初からＢ社が取得したものであると主張する。
イ（ア）（ア）について
引用した原判決の認定した事実によれば，控訴会社の臨時取締役会において，控訴人Ｘ1に200万株，Ｂ社に16万株をそれぞれ割り当てることが決定され，それぞれ引き受けた株式に相当する金額が払い込まれたこと，控訴人Ｘ1は，200万株を引き受けた後，これをＢ社に譲渡し，その後，譲渡につき取締役会の承認を得たことが認められるので，控訴会社の取締役会が控訴人Ｘ1に割り当てる意思に基づいて，割当を実行したことは明らかであり，また，控訴人Ｘ1も，これに対応して払込みをしているのであるから，控訴人ら主張（ア）の事実をもって，控訴会社や控訴人Ｘ1が，当初からＸ1譲渡株をＢ社に割り当てる意思であったと推認することはできない。
（イ） （イ）について
当時Ｂ社が単独で融資を受けられる状況になかったとしても，控訴人Ｘ1の保証により融資を受けられたであろうことは，その後の融資がなされていることからして明らかであり，また，控訴人Ｘ1が融資を受けた金員をＢ社に貸与することによっても，新株の引受けが可能であったことからすると，当時，Ｂ社に10億円もの融資を受ける経営実績がなかったからといって，直ちに控訴人ら主張の事実を認めることはできない。
（ウ） （ウ）について
Ｂ社が控訴人ら主張のような目的によって設立された会社であったとしても，そのこと自体によって控訴人Ｘ1の新株取得を否定することはできない。
（エ） 以上に説示したところからすると，（ア）ないし（ウ）の事情を総合しても，前記控訴人ら主張の事実を認めることはできず，他にこの事実を認めるに足りる証拠はない。
[2] 本件各聴取書及び本件各稟議書等の証拠能力について
ア 質問検査権について
控訴人らは，本件各聴取書及び本件各稟議書等は，質問検査を行う際に要求される調査の必要性を欠いている上，本来対象外である本件各稟議書等の提出を受けていること，本件各聴取書については，質問検査の時期場所についても不適切であることからすると，質問検査権の行使につき違法があるので，証拠としての能力に疑問がある旨主張する。
ところで，所得税法234条１項の質問検査については，「国税庁，国税局または税務署の調査権限を有する職員において，当該調査の目的，調査すべき事項，申請，申告の体裁内容，帳簿等の記入保存状況，相手方の事業の形態等諸般の具体的事情にかんがみ，客観的な必要性があると判断される場合には，職権調査の方法として，同条１項各号規定の者に対し質問し，またはその事業に関する帳簿，書類その他当該調査事項に関連性を有する物件の検査を行う権限を認めた趣旨であって，この場合に質問検査の範囲，程度，時期，場所等実体法上特段の定めのない実施の細目については，右にいう質問検査の必要があり，かつ，これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な程度にとどまるかぎり，権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているもりと解すべきである。」（最高裁昭和48年７月10日第３小法廷決定・刑集27巻７号1205頁）とされている。
これを本件についてみると，控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株を取得し，その２か月後にＢ社に譲渡しているのであるから，適正な課税のために，その目的ないし事情を解明するために調査の必要性があったことは明らかであるし，また，そのために，調査担当者が質問をし，本件各稟議書等の提出を受けることは，その調査検査権の範囲内の行為であるということができるから，これらの行為が違法であるとは認められない。なお，控訴人らは，稟議書が違法性の高い行為により取得したものであると主張するが，これを認めるに足りる証拠はない。さらに，質問検査の時期場所に関する控訴人らの主張も，前記最高裁判決に照らせば，調査担当者に認められた調査検査権の範囲を逸脱しているとはいえず，違法性を有するものと評価することはできない。
イ 本件各稟議書等の信用性について
控訴人らは，本件各稟議書等の信用性がないとしてるる主張するが，引用した原判決の認定した事実によれば，本件各稟議書等は，Ｇ銀行，Ｈ銀行及びＩ銀行の各担当者が控訴会社の経理部長であるＮから聴取したことを記載したものであると認められ，Ｎがこれら銀行の担当者に対し，控訴人らの意向を無視して虚偽の事実を述べたことを認めるべき証拠はなく，その当時の控訴人らの思惑を述べたものと推認されるので，本件各稟議書等の記載内容は信用できないものではないというべきである。
[3] 実質課税の原則違反について
上記のとおり，控訴人Ｘ1がＸ1譲渡株を取得したものと認められるので，その取得した経済的な利益に課税することは当然であって，この点に関する控訴人らの主張は，採用することができない。
[4] 事務管理について
控訴人らは，控訴人Ｘ1がＢ社にＸ1譲渡株を引き渡した経緯，その期間が短期間であること，同額での取得であることからすると，控訴人Ｘ1のした新株の申込み及び引受けについては事務管理が成立していると主張するが，前記のとおり，Ｘ1譲渡株の引受けは，控訴人Ｘ1が自らの計算においてしたものと認められるのであるから，控訴人の主張は採用することができない。
（２） Ｘ2譲渡株の帰属について
[1] 控訴人らは，（ア）Ｘ2譲渡株は，本件新株の発行が法的に瑕疵ある手続であり，新株発行手続全体をやり直すべきところ，控訴人Ｘ2の新株取得分からＥ社に引き渡すという便宜的手法によって是正したのであるから，Ｘ2譲渡株については，当初から控訴人Ｘ2が取得した株式であるとみなされるべきではないこと，
（イ） その後の控訴会社の取締役会や株主総会の運営，信用保持と企業の発展を考えるときには，控訴会社とすれば，Ｅ社の申出に対し，何らの是正措置を取らないということはできなかったのであるから，経済的合理性の観点からも控訴人らのとった措置は不合理不自然なものではないこと，（ウ）本件新株の発行手続の瑕疵の是正方法としても，株主総会を開き全面的に手続をやり直すということは，とりもなおさず商業登記上の記載も変更し直すということであり，そのような措置を避けたいと考えるのは，企業運営上当然であること，以上のことからすると，Ｘ2譲渡株は，控訴人Ｘ2が引き受けたものではなく，Ｅ社が当初から引き受けたものとみるべきであると主張する。
[2]ア（ア）について
引用した原判決第三の一３（一）に説示のとおり，控訴会社において，本件新株発行手続に瑕疵が存在するとの認識があったとすれば，その是正のためには，株主割当とするか，発行価額を適正な価額として割当をやり直すしかなく，Ｘ2譲渡株をＥ社に譲渡することによっては，瑕疵は治癒されないのであるから，何ら解決策とならないのであり，本件新株発行手続の瑕疵を治癒するために譲渡の方法を採用したものとは認め難い。
イ （イ）について
控訴人らの主張する事情は，控訴人Ｘ2がＸ2譲渡株を取得した後，これをＥ社に譲渡してＥ社の持株割合を高めることによって是正できるのであるから，仮に（イ）の事情があったとしても，これをもって直ちに控訴人らの主張を認めることはできない。
ウ （ウ）について
仮に，新株発行手続に瑕疵があったとすれば，商業登記上の記載を変更することはやむを得ないのであって，それを避ける是正方法を採ることが企業運営上当然であるとはいえない。
[3]アなお，控訴人らは，控訴人Ｘ1には，Ｋ取締役に昭和62年２月９日の臨時取締役会の開催通知をしているとの明確な記憶が有るわけではない旨主張するが，控訴人らの主張によっても，今後の控訴会社における取締役会及び株主総会の運営や控訴会社の信用保持と今後の企業の発展を考えると，Ｅ社は無視できる存在ではないのであるから，控訴会社が取締役会の通知をしていないとは到底考えられない。
イ また，控訴人らは，仮に通知しているとしても，簡単な議題を見て理解したことと実際に経過を聞いてみて理解したことの間に乖離があるのは当然であると主張するが，このような乖離があったことを認めるに足りる証拠はない。
（３） 売買実例について
控訴人らは，本件所得税通達（４）イにいう「売買実例」とは，特別な利害関係のない相手方（純然たる第三者）という第三者性が確保される場合には，特別に不合理に実態と離れた価額でない限り，それは売買実例として尊重されるべきであるとして，本件において売買の相手方とされたＨ銀行及びＬ銀行は通常の取引先であって，控訴会社及びＡ社とは特別な関係を有していないこと，また，その価額1200円も，Ｍ證券が算定し，大蔵大臣に提出した有価証券通知書に添付された株価算定書として確認された価額であるから，不合理とはいえず，売買価額1200円をもって売買実例としてみなされる適正な価額というべきであると主張する。
しかし，本件所得税通達（４）イの「適正と認められる価額」の趣旨は，たとえ第三者との取引といえども，必ずしも適正な価額で取引されるとは限らないことから，第三者との取引であっても価額が適正か否かの検討も必要であることを意味しているものというべきである。そして，本件においては，引用した原判決の第三の二において説示するように，Ｈ銀行及びＬ銀行への譲渡は，他の金融機関等と同程度の株式を同銀行らにも保有して貰って，安定株主を増やすとともに，将来にわたる当該銀行との円滑な取引を期待してなされたという側面があることを否定しきれないのであって，必ずしも，通常の株式の譲渡と同様の条件で譲渡が行われたものではないといえるから，同各銀行との取引であることから直ちにその売買価額が適正と認められる価額であると認めることはできない。この点について，「売買実例」は，特別な利害関係のない相手方（純然たる第三者）という第三者性が確保された者との売買における価額であるとの解釈を採るとしても，上記のような事情のあるＨ銀行及びＬ銀行をもって，第三者性の確保された者に当たるということはできない。そして，控訴人ら主張の１株1200円の評価額はＭ證券の算定によるものであるが，同算定は控訴会社の第22期及び第23期という古い事業年度の資本合計及び当期利益を使用し，また，算定に当たって採用した純資産価額方式においては，純資産価額を時価評価せず簿価で評価していて，評価益が算定の基礎に含まれていないのであるから，Ｍ證券の算定した１株1200円の価額は合理的な価額と認めることはできない。したがって，かかる売買価額を「適正と認められる価額」とはいえない。
（４） 法人税額等相当額の控除について
[1] 控訴人らは，非上場株式の評価に当たり，評価益という未実現の利益を株主の資産として評価することは，未実現の利益に課税することであって，未実現利益非課税の原則に反することになるのであるから，未実現の利益を資産に計上するならば，それに見合う法人税相当額を控除するのは当然の措置である旨主張する。しかしながら，通常取引されると認められる株式の価額を算定するに当たって評価益を考慮することが直ちに評価益に課税することにはならないのであるから，これをもって未実現利益に対する課税ということはできないし，また本件における非上場株式の評価は，実際に譲渡されたＡ社株等についての実現した利益の算定のために行われたのであって，非実現利益に対する課税ではないのであるから，いずれにしても控訴人らの主張は理由がない。
[2] 控訴人らは，評価益は，その全額が株主に帰属するものではなく，その中には法人税として国に帰属すべき部分，事業税その他地方税として地方公共団体に帰属すべき部分も含まれているから，これら株主に帰属しない部分を取り除く必要があり，法人税等相当額控除の趣旨はまさに，実質課税の原則により，評価益のうち株主に帰属しない部分を取り除く措置でもあると主張する。
しかしながら，一般にある利益が課税の対象となったからといって，当該利益のうち税額に相当する額については利益として帰属しなかったと評価することはできないのであるから，評価益が法人税や地方税の対象になったとしても，これら税額に相当する額が株主に帰属しない利益であると評価することはできず，当然に評価益から差し引くべきであるとすることはできない。そして，このように扱ったとしても，形式にこだわらずその実質に従って課税すべきであるとする原則に反するものともいえない。したがって，控訴人らの主張は理由がない。
[3] 控訴人らは，非上場で気配相場もない株式を有利発行の引受け・払込みにより取得したときは，その評価に当たっては，法人税等相当額を控除しないが，時が経過して発行法人の資産状態が悪化して特別清算・破産・和議，会社整理等の事態に立ち至って評価損を計上することが認められる段階に至れば，評価の基準そのものまでも変更し，法人税等相当額の控除をも認めるという二重基準を導入することになり，不合理である旨主張する。
しかし，取得した株式を評価する場合と評価損を計上する場合とは場面を異にしているので，両場合において取扱いを異にすることは，二重基準を導入することにはならないというべきである。また，両場合において，評価の対象となる会社の状況も全く異なるので，取扱いを異にすることに合理性があるというべきであるから，控訴人らの主張は採用することができない。
（５） 純資産価額方式による計算上の問題に関する主張について
[1] 控訴人らは，純資産価額方式による場合の棚卸資産の評価は，評価通達４−２及び同通達133に基づき時価評価ではなく簿価評価によるべきである旨主張する。
しかし，評価通達を準用する旨を定めた本件法人税通達（２）は，株式の発行会社が土地を有する場合の１株当たりの純資産価額の計算に当たっては，当該事業年度終了の時における価額（時価）によることと明記しており，たとえ，評価通達４−２及び同通達133において簿価による旨の定めがあるとしても，本件法人税通達においては土地が棚卸資産である場合の例外は定めていないのであるから，控訴人らの主張は失当である。
[2] また，控訴人らは，Ｘ2譲渡株は本件新株と同額であるのに対し，Ｘ1譲渡株の譲渡価額は，新株引受時から事業年度を異にしたことにより，わずか２か月内で1.57倍に値上がりしたことになるが，みなし譲渡課税は，資産の所有期間中の値上がり益に対する課税である趣旨に照らして，期間分配し，２か月／12か月で計算するべきである旨主張する。
しかし，引用した原判決の認定した事実によれば，Ｘ1取得株の価額が，昭和62年３月では4823円であり，５月では7580円となっていることが認められるところ，このような値上がりは，控訴人Ｘ1が新株引受けにより取得してからＢ社に譲渡する２か月間に，控訴会社の決算期が到来し，控訴会社の業績も前年よりも急激に上昇している時期にあり，純資産価額も大幅に増加したことから，評価額が大幅に増加したものと推認することができるが，しかしその増加が期間の経過とともに増加したとも認められない本件では，これを期間配分する合理性を見出せないから，控訴人らの主張は採用することができない。
（６） 控訴人Ｘ1の予備的請求について
[1] 控訴人Ｘ1は，（ア）本件の場合，控訴人Ｘ1において，法定申告期限から１年以内に，納付すべき税額が過大であることを発見して更正の請求をすべきであるというのは，受給者である納税者に不可能を強いるものであり，適切ではない旨，（イ）本件のように，給与の支払者が納税告知処分の適否を争っており，受給者がその納税告知に係る給与の額を加算した（所得税の）更正処分を争っていて，２つの訴えが併合審理されている場合には，支払者に対する納税告知に係る給与の額及び源泉徴収税額と，受給者に対する更正処分のうち当該納税告知処分において認定されている給与の額及び源泉徴収税額とは本来一致するものであるから，受給者の確定申告における納付すべき税額を下回る結果となっても，納税者の権利救済の確実性及び紛争の１回解決という訴訟経済の観点から，控訴人Ｘ1の予備的請求にも訴えの利益があるものとして，本案判決がなされるべきである旨主張する。[2]ア（ア）について
控訴会社においては，当該賞与に係る源泉所得税の法定納期限到来まで若しくは控訴人Ｘ1の所得税の確定申告期限までに源泉徴収漏れに気付き，控訴人Ｘ1においては，所得税の確定申告期限まで若しくはその１年後の更正の請求期限までに納付すべき税額の過大に気付き，それぞれ正当な源泉徴収税額の納付，正当な所得税の確定申告若しくは１年以内の更正の請求ができたはずであるから，原判決の内容が納税者に不可能を強いる結果となるものとはいえない。
イ （イ）について
本件のように源泉所得税の納税告知処分と所得税の更正処分が同時に併合して争われている場合であっても，更正処分の取消訴訟において，納税者は申告に係る課税標準等及び納付すべき税額以下の部分についてまでの取消しを求めることは許されず，その部分については取消しを求める訴えの利益がないというべきである。よって，上記と同旨の原判決は相当であり，本件控訴は理由がないからいずれも棄却することとして，主文のとおり判決する。
（裁判官瀬戸正義遠山廣直河野泰義）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/62547/detail2/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報52巻11号3503頁。