平成２７年３月２７日判決言渡
平成２４年（行ウ）第１６０号法人税更正処分等取消請求事件（甲事件）平成２４年（行ウ）第２２４号法人税更正処分等取消請求事件（乙事件）平成２５年（行ウ）第６２０号法人税更正処分等取消請求事件（丙事件）主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 甲事件
日本橋税務署長が，原告Ｐ１株式会社に対し，平成２２年１０月２９日付けでした，平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額２７億２４２８万１１００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 乙事件
(1) 日本橋税務署長が，原告Ｐ２株式会社に対し，平成２２年１１月２４日付けでした，平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額８３２４万３８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
(2) 日本橋税務署長が，原告Ｐ２株式会社に対し，平成２２年１１月２４日付けでした，平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
(3) 日本橋税務署長が，原告Ｐ２株式会社に対し，平成２４年３月２７日付けでした，平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額２２０９万９２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 丙事件
日本橋税務署長が，原告Ｐ２株式会社に対し，平成２５年３月２９日付けでした，平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額１億６０９１万３５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
甲事件は，日本橋税務署長が，原告Ｐ１株式会社に対し，平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税につき，同原告がＰ３から譲り受けた有限会社Ｐ４の出資持分につき受贈益の計上漏れがあるなどとして，更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたことについて，同原告が，上記受贈益を所得金額に加算することは違法である旨主張して，上記更正処分のうち申告額を超える部分及び上記過少申告加算税の各取消しを求める事案である。
乙事件及び丙事件は，日本橋税務署長が，原告Ｐ２株式会社に対し，平成１７年１月１日から同年１２月３１日まで，平成１８年１月１日から同年１２月３１日まで，平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの各事業年度に係る法人税につき，同原告がＰ３などから譲り受けた有限会社Ｐ４の出資持分につき受贈益の計上漏れがあるなどとして，更正処分（ただし，平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度については増額更正後のもの。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，上記増額更正処分と併せてされたものを含む。）をしたことについて，同原告が，上記受贈益や受取配当等の益金不算入額の過大額を所得金額に加算する点などにおいて違法がある旨主張して，上記各更正処分のうち申告額を超える部分及び上記各過少申告加算税の各取消しを求める事案である。
（本判決における略語は，文中記載のもののほか，別紙２略語一覧表の例による。また，別紙３以下で用いた略語は，本文においても同様に用いる。）
１ 関係法令等の定め
別紙３「関係法令等の定め」記載のとおり。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか，文中記載の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実）
(1) 当事者及び関係者等
ア 原告Ｐ１株式会社（原告Ｐ１）
原告Ｐ１は，昭和２２年１１月２１日に設立された，酒類食料品の卸売等を業とする資本金３５億円の株式会社であり，平成１７年３月３１日，資本金を３億５０００万円から上記額に増資し，その発行済株式総数が７００万株となった。
イ 原告Ｐ２株式会社（原告Ｐ２）
(ア) 原告Ｐ２は，大正７年１月２５日に合名会社として設立された，不動産賃貸等を業とする資本金３０００万円の会社である。
(イ) 原告Ｐ２は，平成１８年７月１０日，合名会社から株式会社に組織変更するとともに，商号をＰ５合名会社からＰ６株式会社に変更し，平成１９年８月１日，Ｐ４社を吸収合併した。その後，原告Ｐ２は，平成２２年１２月１日，商号を現在のＰ２株式会社に変更した。
ウ 有限会社Ｐ４（Ｐ４社）
(ア) Ｐ４社は，平成２年６月８日に有限会社として設立された，不動産賃貸を業とする資本金１億円の会社である。Ｐ４社は，上記イ(イ)のとおり，平成１９年８月１日，原告Ｐ２に吸収合併されて解散した。
(イ) Ｐ４社は，設立と同時に，Ｐ７（Ｐ８の父。から，①同人が当時保有していた原告Ｐ１の株式２００万３６４０株のうち２００万株と，②東京都中央区α×番▲所在の土地及び同土地上に存する建物のそれぞれ持分７分の６の各現物出資を受け，当該土地及び建物に付随するＰ７に係るＰ９銀行本店からの借入金４億円を承継した上，Ｐ７から４６００万円の払込みを受けた。そして，Ｐ７は，Ｐ４社の出資持分９万９９９５口（１口につき金額１０００円）を取得した。また，Ｐ４社は，Ｐ８から，５０００円の払込みを受け，同人は，同社の出資持分５口を取得した。
(ウ) Ｐ４社は，上記(イ)の原告Ｐ１の株式２００万株を，１株当たり２５円，合計５０００万円の帳簿価格による現物出資として受け入れ，また，上記(イ)の土地及び建物の各持分を合計４億３９９万５０００円の帳簿価格による現物出資として受け入れており，上記(イ)の４６００万円及び５０００円の各払込み並びに借入金の承継と併せて，資産の合計を５億円，負債の合計を４億円，資本金を１億円とし，出資口数を１０万口として設立された。
(エ) 以上の設立の経緯により，Ｐ４社の設立当時における本件出資持分は，Ｐ７が９万９９９５口（額面金額９９９９万５０００円），Ｐ８・５口（額面金額５０００円）であった。
エ Ｐ３
Ｐ３は，Ｐ７の妻であり，Ｐ８の母である。
オ Ｐ８
Ｐ８は，Ｐ３の子であり，平成１７年３月３１日から平成１８年３月２０日までの間，原告Ｐ１，原告Ｐ２及びＰ４社の代表者を務めていた。
カ Ｐ１０
Ｐ１０は，Ｐ８の子であり，原告Ｐ１の取締役及び原告Ｐ２の代表者を務め，平成１７年３月３１日当時，原告Ｐ１の株式を５万株，原告Ｐ２の出資持分を２０００口保有していた。
キ Ｐ１１株式会社ほか１２社（本件１３社）
本件１３社は，原告Ｐ１の取引会社であり，原告Ｐ１に対して長年にわたってビール・日本酒等の酒類を卸してきた有力な取引先である。
(2) 本件に至るまでの経緯
ア Ｐ７から本件１３社に対する本件出資持分の譲渡
(ア) Ｐ７は，平成３年１２月５日，本件１３社に対し，保有する本件出資持分９万９９９５口のうち合計５万２０００口を，１社当たり４０００口でそれぞれ売却した。その売買代金は，１口につき額面金額の１０００円，１社当たり４００万円，合計５２００万円であった。
上記の結果，譲渡後のＰ７の本件出資持分は，４万７９９５口となり，Ｐ８の本件出資持分５口と併せて，両名の本件出資持分は４万８０００口，その出資割合は４８パーセントとなった。また，本件１３社の出資割合は，１社当たり４パーセント，合計で５２パーセントとなった。
(イ) Ｐ４社は，同日，定款を改正し，同社の出資持分の譲渡を制限する旨の規定を設けた（弁論の全趣旨）。
(ウ) 本件１３社は，後記(5)の出資持分譲渡（本件１３社出資持分譲渡）までの間，Ｐ４社から毎期配当金を受領していたが，社員総会等については，一度も出席することなく，白紙委任状又は決議案に全て賛成する趣旨の委任状を提出していた。
イ Ｐ７からのＰ３の相続
Ｐ７は，平成３年▲月▲日，死亡し，同人が保有していた本件出資持分４万７９９５口は，Ｐ３が相続した。この相続後，Ｐ４社の出資者及びその出資持分は，Ｐ３が４万７９９５口，本件１３社が合計５万２０００口（１社当たり４０００口），Ｐ８が５口の合計１０万口となった。
ウ Ｐ７の相続に係る処分及び裁判等（乙４の１及び２）
(ア) Ｐ７の相続人であるＰ８及びＰ３ほか２名は，Ｐ７の死亡によって開始した相続に係る相続税の申告をするに当たり，同人の相続財産のうち本件出資持分４万７９９５口の価額の評価について，評価通達１８８及び１８８－２を適用して，Ｐ４社の保有する資産である原告Ｐ１の株式２００万株の価額を配当還元方式によって評価し，かつ，現物出資された各資産の時価と帳簿価額との評価差額に対しては５１パーセントの法人税が課せられることになるから，これを差し引いてＰ４社の資産の価額を評価すべきであるとして，法人税相当額をＰ４社の資産額から控除した上で本件出資持分１口当たりの単価を算出し，同単価に基づいて相続税額を算定して相続税の申告をした。
これに対し，芝税務署長は，Ｐ４社が保有する原告Ｐ１の株式の価額については，類似業種比準方式によって評価すべきであり，また，現物出資された資産の時価と帳簿価額との評価差額に対して法人税が課せられるのは会社を清算する遠い将来のことであって，相続時において差し引かれるべき法人税額は微少なものにすぎず，法人税相当額をＰ４社の資産額から控除する必要はなく，上記相続税の申告額は過少であるとして，これについて更正処分をするとともに，過少申告加算税の賦課決定処分をした。
(イ) Ｐ７の上記相続人らは，芝税務署長に対し，上記(ア)の各処分は，評価通達に違反し，Ｐ７の相続財産の評価を誤った違法があるとして，上記(ア)の更正処分のうち申告額を超える部分及び上記(ア)の過少申告加算税の賦課決定処分（いずれも，裁決により取り消された部分を除く。）の取消しを求める訴えを提起した（以下「Ｐ７相続税事件」という。）。
Ｐ７相続税事件について，当庁平成１２年（行ウ）第９０号同１６年３月２日判決（乙４の１）は，上記各処分は適法であるとして，Ｐ７の相続人らの請求をいずれも棄却し，その控訴審判決である東京高等裁判所平成１６年（行コ）第１２３号同１７年１月１９日判決（乙４の２）も，上記各処分は適法であるとして，Ｐ７の相続人らの控訴をいずれも棄却し，同判決は確定した。
(3) その後の本件出資持分の譲渡の状況
ア Ｐ３は，平成１７年３月３１日，原告Ｐ１に対し，本件出資持分２万４０００口を譲渡し，また，原告Ｐ２に対し，本件出資持分２万３９９５口を譲渡した（以下，Ｐ３から原告Ｐ１への出資持分の譲渡を「本件Ｐ３出資持分譲渡１」といい，Ｐ３から原告Ｐ２への出資持分の譲渡を「本件Ｐ３出資持分譲渡２」といい，併せて「本件Ｐ３各出資持分譲渡」という。）。その内容は後記(4)のとおりである。
イ 本件１３社は，平成１７年１０月から同年１２月にかけて，原告Ｐ２に対し，それぞれ本件出資持分を譲渡した（以下，総称して「本件１３社出資持分譲渡」といい，本件Ｐ３各出資持分譲渡と併せて「本件平成１７年各譲渡」という。）。その内容は後記(5)のとおりである。
ウ 原告Ｐ１は，平成１８年３月２０日，Ｐ３から譲り受けた上記アの本件出資持分２万４０００口を原告Ｐ２に譲渡した（以下「原告Ｐ１出資持分譲渡」という。）。その内容は後記(6)アのとおりである。
エ Ｐ８は，平成１８年３月２０日，その保有していた本件出資持分５口を原告Ｐ２に譲渡した（以下，「本件Ｐ８出資持分譲渡」といい，原告Ｐ１出資持分譲渡と併せて「本件平成１８年各譲渡」という。また，本件平成１７年各譲渡及び本件平成１８年各譲渡を併せて「本件各譲渡」という。）。その内容は後記(6)イのとおりである。
(4) 本件Ｐ３各出資持分譲渡について
ア 本件Ｐ３出資持分譲渡１
(ア) Ｐ３は，平成１７年３月１２日付けで，「有限会社Ｐ４出資持分買取依頼のお願い」と題する書面により，原告Ｐ１に対し，Ｐ３が保有する本件出資持分２万４０００口の買取りを依頼し，Ｐ３及び原告Ｐ１は，同月２５日付けで，Ｐ３が本件出資持分２万４０００口を代金９億４１６４万円（１口につき３万９２３５円）で原告Ｐ１に売却し，同社がこれを買い受ける旨の売買契約を締結した。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/85238/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12643.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。