主文
原判決を破棄する。
被上告人の控訴を棄却する。
控訴費用及び上告費用は被上告人の負担とする。
理由
上告代理人＜略＞の上告理由について
一原審の適法に確定した事実関係は、次のとおりである。
１ 上告人は、歯科医を業とする者であるが、昭和五四年分の所得税につき、昭和五五年三月一五日付で、被上告人に対し、総所得金額を九四〇万六八五五円、税額を一一三万六九〇〇円とする確定申告をした。右確定申告において、上告人は、歯科医業に係る事業所得金額を算定するに当たり、社会保険診療報酬を二五〇三万六二四一円、その必要経費につき租税特別措置法（昭和六三年法律第一〇九号による改正前のもの。以下「措置法」という。）二六条一項の規定を適用して一八〇二万五五四九円、自由診療収入を一〇〇六万一〇〇〇円、その必要経費を七五一万五五五二円として計算していた。
２ 上告人が社会保険診療報酬の必要経費につき措置法二六条一項の規定を適用して確定申告をしたのは、次のような事情によるものであった。すなわち、上告人は、同項を適用して確定申告をするかどうかを判断するに当たり、社会保険診療報酬を得るために実際に要した経費の額（以下「実額経費」という。）を算出し、これと同項に基づいて算出した経費（以下「概算経費」という。）とを比較したのであるが、まず実額経費を算出するため、診療経費総額を自由診療収入分と社会保険診療報酬分に振り分ける計算過程において、診療総収入に対する自由診療収入の割合を出し、これを診療経費総額に乗じて自由診療収入分の必要経費を算出し、これを診療経費総額から差し引いて実額経費を算出すべきところ、誤って社会保険診療報酬に対する自由診療収入の割合を出し、これを診療経費総額に乗じて自由診療収入分の必要経費を算出し、これを診療経費総額から差し引いて実額経費を算出したため、自由診療収入分の必要経費を正しく計算した場合よりも多額に（すなわち、五三七万七七八二円となるべきところを七五一万五五五二円と）、実額経費を正しく計算した場合よりも少額に（すなわち、一九四八万八五〇八円となるべきところを一七三五万〇七三八円と）算出した。そして、右一七三五万〇七三八円と概算経費一八〇二万五五四九円とを比較し、後者を有利であると判断したため、社会保険診療報酬の必要経費として同項の規定を適用して確定申告をしていたものである。
３ その後、上告人は、右確定申告には自由診療収入の計上洩れがあったこともあって、昭和五六年七月二五日付で、被上告人に対し、総所得金額を一〇六四万六一九六円、税額を一四一万六七〇〇円とする修正申告をした。右修正申告において、上告人は、確定申告に係る自由診療収入に七三万一〇〇〇円を加えるとともに、自由診療収入分の必要経費についての計算の誤りを正してこれを五六〇万一五〇二円に減額し、他方、社会保険診療報酬の必要経費としては実額経費一九二六万四七八八円を計上した（したがって、事業所得の必要経費の合計は、確定申告においては二五五四万一一〇一円であったのが、修正申告においては二四八六万六二九〇円とされた。）。
４ これに対し、被上告人は、昭和五七年一月二〇日付で、上告人に対し、総所得金額を一一八八万五四三五円、税額を一九〇万一四〇〇円とする更正処分及び税額を二万四二〇〇円とする過少申告加算税の賦課決定処分（以下これらを「本件課税処分」という。）をした。本件課税処分は、上告人の修正申告のうち、社会保険診療報酬の必要経費を実額経費（一九二六万四七八八円）から概算経費（一八〇二万五五四九円）に改めたものである（したがって、事業所得の必要経費の合計は、二三六二万七〇五一円とされた。）。
二原審は、右事実関係のもとにおいて、上告人が確定申告において社会保険診療報酬の必要経費として概算経費を選択した場合には、その後修正申告においてこれを実額経費に変更することは許されないから、本件課税処分は適法であるとして、同処分を取り消した第一審判決を取り消して、上告人の請求を棄却した。三しかしながら、原審の右判断は是認することができない。その理由は次のとおりである。
措置法二六条一項は、医師又は歯科医師が社会保険診療報酬を有する場合において、事業所得金額の計算上、右報酬に係る必要経費としては、所得税法三七条一項等に基づく実額経費によることなく、右報酬に一定の標準率を乗じて算出する概算経費とする旨を規定し、措置法二六条三項は、同条一項の規定は、確定申告書に同項の規定により事業所得金額を計算した旨の記載がない場合には、適用しないと規定している。したがって、納税者である医師又は歯科医師が確定申告書において同項の規定により事業所得金額を計算した旨の記載をしていない場合でない限り、換言すれば、納税者である医師又は歯科医師が確定申告書において同項の規定により事業所得金額を計算した旨の記載をしている場合（すなわち、概算経費選択の意思表示をしている場合）には、同項が適用され、概算経費が事業所得金額の計算上控除されるべき社会保険診療報酬の必要経費となるのである。そして、この場合、実額経費の金額が概算経費の金額を上回っているかそれとも下回っているかということは、同項の適用を左右するものではなく、仮に実額経費の金額が概算経費の金額を上回っている場合でも、右概算経費が国税に関する法律の規定に基づく社会保険診療報酬の必要経費となるのである（最高裁昭和六〇年（行ツ）第八一号同六二年一一月一〇日第三小法廷判決・裁判集民事一五二号一五五頁参照）。
しかしながら、歯科医師の事業所得金額の計算上その診療総収入から控除されるべき必要経費は、自由診療収入の必要経費と社会保険診療報酬の必要経費との合計額であるところ、本件においては、診療経費総額を自由診療収入分と社会保険診療報酬分に振り分ける計算過程において、診療総収入に対する自由診療収入の割合を出し、これを診療経費総額に乗じて自由診療収入分の必要経費を算出し、これを診療経費総額から差し引いて社会保険診療報酬の実際の必要経費（実額経費）を算出すべきところ、誤って社会保険診療報酬に対する自由診療収入の割合を出し、これを診療経費総額に乗じて自由診療収入分の必要経費を算出し、これを診療経費総額から差し引いて実額経費を算出したため、自由診療収入分の必要経費を正しく計算した場合よりも多額に、実額経費を正しく計算した場合よりも少額に算出してしまい、そのため右実額経費よりも概算経費の方が有利であると判断して概算経費選択の意思表示をしたというのであるから（なお、本件記録によれば、右の誤りは本件確定申告書に添付された書類上明らかである。）、右概算経費選択の意思表示は錯誤に基づくものであり、上告人の事業所得金額の計算上その診療総収入から控除されるべき必要経費の計算には誤りがあったというべきである。
ところで、国税通則法一九条一項一号によれば、確定申告に係る税額に不足額があるときは修正申告をすることができるところ、本件においては、確定申告に係る自由診療収入の必要経費の計算の誤りを正せば、必然的に事業所得金額が増加し、確定申告に係る税額に不足額が生ずることになるため、修正申告をすることができる場合に当たることになる。そして、【判示事項】右修正申告をするに当たり、修正申告の要件を充たす限りにおいては（すなわち、確定申告に係る税額を増加させる限りにおいては）、確定申告における必要経費の計算の誤りを是正する一環として、錯誤に基づく概算経費選択の意思表示を撤回し、所得税法三七条一項等に基づき実額経費を社会保険診療報酬の必要経費として計上することができると解するのが相当である。本件修正申告において、上告人は、自由診療収入の必要経費を確定申告に係る七五一万五五五二円から五六〇万一五〇二円に減額し、社会保険診療報酬の必要経費を実額経費である一九二六万四七八八円に改め、確定申告に係る必要経費の総額二五五四万一一〇一円を二四八六万六二九〇円に減額したものであるから、税額を増加させるものであり、修正申告の要件を充たし、概算経費選択の意思表示の撤回が有効になされたものとして、本件修正申告は適法というべきである。したがって、本件修正申告における概算経費選択の意思表示の撤回を認めず、自由診療収入の必要経費については修正申告による金額としながら、社会保険診療報酬の必要経費については確定申告における概算経費の金額とすべきであるとした本件課税処分は違法であるところ、これを適法であるとした原判決には、法律の解釈適用を誤った違法があり、右違法は原判決の結論に影響を及ぼすことが明らかであるから、論旨は理由があり、原判決は破棄を免れない。そして、以上に述べたところからすれば、本件課税処分の取消しを求める上告人の本訴請求は正当として認容すべきものであるから、これと同旨の第一審判決は正当であり、被上告人の控訴は理由がないものとして、これを棄却すべきである。
よって、行政事件訴訟法七条、民訴法四〇八条、三九六条、三八四条、九六条、八九条に従い、裁判官全員一致の意見で、主文のとおり判決する。
（裁判官坂上壽夫安岡漏滿彦貞家克己園部逸夫）
上告代理人＜略＞の上告理由
○昭和六三年八月三一日付上告理由書（一）記載の上告理由
一原判決（その引用する第一審判決を含む。以下同じ）は、上告人が本件において社会保険診療報酬に係る必要経費の計算につき、確定申告の際選択した租税特別措置法（以下「措置法」という）二六条一項所定の概算による経費控除の方法を、修正申告において実額計算の方法に変更することは許されないとし、これと同一の見解にたって被上告人がなした本件更正処分等は適法であるとして、上告人の本件請求を棄却した。
しかしながら、原判決の右判断は、措置法二六条、国税通則法（以下「通則法」という）一九条、二三条の解釈を誤り、ひいて理由不備、審理不尽の違法がある。二１原判決は、判決理由の内容からみても、またその時間的接着性からみても、昭和六二年一一月一〇日に言渡された上告人いわき税務署長、被上告人I間の最高裁判所第三小法廷昭和六〇年（行ツ）第八一号通知処分取消請求事件（以下、この事件を「別件」という）についての判決（＜証拠略＞）に強い影響を受けていることがうかがわれるので、原判決の判断の不当を検討するに先立ち、まず別件最高裁判決の事実関係と判決理由を検討することにする。
２ 別件の事実関係はおおよそ次のとおりである。
別件被上告人（納税者）は耳鼻咽喉科医を業とする者であるが、昭和五四年分の社会保険診療報酬に係る事業所得の計算にあたり、確定申告書提出期限までに決算が終わらなかったため、措置法二六条一項の規定によって特例を適用して確定申告をしたところ、その後になって、別件被上告人は社会保険診療報酬につき、実額計算の方法によって計算すると必要経費の額が特例による計算よりも増加する結果、総所得金額が確定申告による総所得金額よりも減少することになるとして、別件上告人（税務署長）に対し更正の請求をした。これに対し別件上告人は、右更正の請求は更正の請求ができる場合に当たらないとして、別件被上告人に対し更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたというものである。
３ 別件最高裁判決は別件上告人の右処分を是認したものであるが、その理由とするところはおおよそ次のとおりである。
（一）措置法二六条一項は医師の社会保険診療報酬に係る必要経費の計算について、実額計算の方法によることなく一定の標準率に基づく概算による経費控除の方法を認めたものであり、納税者にとって、実際に要した経費の額いかんによっては、特例を適用することが有利になることもあり、また不利になることもある（以上の判示をAとする）。
（二）特例は確定申告書にその旨の記載がない場合には適用されないから、特例を適用するか、あるいは実額計算の方法によるかは、確定申告時における納税者の自由な判断に委ねられている（以上の判示をBとする）。
（三）「措置法二六条一項の規定により事業所得の金額を計算した旨を記載して確定申告をしている場合には、所得税法の規定にかかわらず、同項所定の率により算定された金額をもって所得計算上控除されるべき必要経費とされるのであり、同規定が適用される限りは、もはや実際に要した経費の額がどうであるかを問題とする余地はない」（以上の判示をCとする）。
（四）したがって、「納税者が措置法の右規定に従って計算に誤りなく申告している以上、仮に実際に要した経費の額が右概算による控除額を超えているとしても」、通則法二三条一項一号の定める更正の請求を要件たる「法律の規定に従っていないこと」または「計算に誤りがあること」のいずれにも該当せず、納税者は更正の請求をすることができない（以上の判示をDとする）。
（五）このように解しても「納税者としては、法が予定しているとおり法定の申告期限までに収支決算を終了してさえいれば、措置法二六条一項所定の概算による経費控除の方法と実額計算の方法とのいずれを選択するのが税負担の面で有利であるかは容易に判明することであるから、必らずしも納税者に酷であるということはできない」（以上の判示をEとする）。
（六）また、右のように解さないと「右のように所得計算の方法について納税者の選択が認められている場合において、その選択の誤りを理由とする更正の請求を認めることは、いわば納税者の意思によって税の確定が左右されることにもなり妥当でないというべきである」（以上の判示をFとする）。
別件最高裁判決は以上のように判示する。
４ すなわち、別件最高裁判決は、確定申告において特例の適用を選択した納税者が、その後実額計算による方が有利であるとして更正の請求をしても、それは更正の請求の要件に当たらないということを判断したものであり、更正の請求の要件の判断との関係を離れて、特例を適用するという選択の撤回そのものの可否を論じたものではない。また、修正申告における特例適用の撤回の要件を論じたものでもない。さらに、特例選択につき錯誤等瑕疵がある場合における選択の撤回の可否を判断したものでもない。
三そこで、次に本件につき事案の内容と原判決の判断を検討する。
１ 本件の事案はおおよそ次のとおりである。
上告人は歯科医業を営む者であるが、昭和五四年分所得税の確定申告について、社会保険診療報酬に係る事業所得の必要経費につき措置法二六条一項による特例の適用をした。その後になって、確定申告の際措置法二六条一項の規定を適用するかどうかの前提として実際に要した経費の額を算出して比較する過程で、社会保険診療報酬に係る必要経費の額を正しい必要経費の額より多く計算（計算違い）していたことが判明し、修正申告をする際、必要経費を実額計算の方法により算定した。ところが、被上告人は、上告人が確定申告において一旦特例による計算をする旨を記載した以上、修正申告においてはもはや実額計算の方法によることは許されないとして本件更正処分等をなしたものである（なお「本件においてはたまたま上告人の確定申告に収入の計上洩れがあったのであるが、かりに右計上洩れがなかったとしても、右計算違いの是正により実額計算の方法による必要経費の額が確定申告における必要経費の額より減少し、したがって総所得金額が確定申告におけるそれより増加するという関係にある。したがって、計上洩れの有無は以下の議論には直接の関係はない）。
２ 本件の事案の特色を別件との対比において要約すれば、まず第一に、本件は確定申告においてなした特例の適用を修正申告（更正の請求ではない）に際して撤回したということであり、第二に、上告人が確定申告において実額計算と特例適用による計算とのいずれが有利であるかを比較する前提として行なった実額計算の過程に誤りがあり、その結果、特例適用をしたということである。
３ ところで、原判決の理由はおおよそ次のとおりである。
（一）まず、別件最高裁判決の判示Aとほとんど同じ内容の判示をする（この判示をA´とする）。
（二）つぎに同判決の判示Bとほとんど同じ内容を判示する（この判示をB´とする）。
（三）納税者が確定申告において「措置法二六条一項の規定により事業所得の金額を計算した旨を記載した場合（以下のかっこ書きは省略。上告代理人）には、所得税法の規定にかかわらず、同項所定の率により算定された金額をもって所得計算上控除されるべき必要経費とみなされるものであることは同項及び同条三項の規定の文理上明らかであり、同条一項の規定が適用される限りは、もはや実際に要した経費の額がどうであるかを問題とする余地はない」（以上の判示も別件最高裁判決の判示Cとほとんど同じ内容である。これをC´とする）。
（四）「納税者が措置法の右規定に従って計算に誤りなく申告している以上、仮に実際に要した経費の額が右概算による控除額を上回っているとしても」そのことを理由として、一旦確定された概算による控除額をその後の修正申告において（同申告の要件の範囲内においてであれ）、実額計算の方法による額に変更することを許容すべき根拠はない（以上の判示をGとする）。
（五）なお「納税者が法定の申告期限までに収支決算を正しく終了してさえいれば、経費について、実額計算の方法と措置法二六条一項の規定を適用した概算による控除の方法とのいずれを選択するのが税負担の面で有利であるかは容易に判断し得るのであるから、右選択の誤りによる不利益を避けることができる」（以上の判示も別件最高裁判決の判示Eとほとんど同じ内容である。これを判示E´とする）（六）「右のように所得計算の方法について納税者の選択が認められている場合において、その選択の誤りを修正申告の機会に是正できるとすれば、いわば納税者の意思によって税の確定が左右されることにもなって妥当でないというべきである」（以上の判示をHとする）。
原判決は以上のように判示する。
４ 以上のように原判決の判決理由の論理構造は、判示G、同Hを除き別件最高裁判決のそれと（措辞に至るまでも）酷似しているのであるが、それを図示すると次のとおりとなる。
別件最高裁判決 A－B－C－D－E－F
原判決 A´－B´－C´－G－E´－H
５（一）原判決の判決理由のうち判示A´と同B´は特に問題とすべきところではない。
（二）しかしながら原判決の判示C´、同Gは、別件最高裁判決が別件被上告人の更正の請求が、更正の請求の要件に当たらないことを根拠づけた論理であるところの判示C、同Eと全く同じ論理により、本件の修正申告における特例選択の撤回が許されないことの論証をしようとしたものである。
（三）また別件最高裁判決の判示Eは、別件において別件被上告人が申告期限までに決意を終えていない点をとらえて判示しているのに対し、決算を済ませていたが申告の段階で計算違いがあった本件にも同様の論理を流用したものが原判決の判示E´である。
（四）別件最高裁判決の判示Fは選択の誤りを理由とする更正の請求を認めることは、納税者の意思によって税確定が左右されることにもなり、妥当でないと判示するものである。そして、原判決の判示Hは、修正申告についても全く同趣旨を判示する。しかしながら、徴税の確保、法的安定性という点から見て、更正の請求の場合と修正申告の場合とでは全く事情を異にするのであるから右の原判決の判示は不当である。
６（一）すなわち、原判決は本件が修正申告の場合に関するものであること、および確定申告における特例適用の過程に計算違い（錯誤）があることの二点を無視し、事案の異なる別件最高裁判決の論理を形式的に流用ないし借用したものである。したがって、何故に修正申告の場合にも、また何故に特例適用の判断の過程に錯誤がある場合においてさえも、特例適用の撤回ができないかについての理由付けを全く欠くといわざるを得ない。
（二）原判決には前記のとおり、措置法二六条、通則法一九条、
二三条の解釈を誤って、更正の請求と修正申告との法的性質の違い、その要件や効果の解釈を誤り、また本件確定申告における錯誤の存在を無視することにより、ひいて理由不備、審理不尽の違法に陥ったものといわざるを得ない。
四上告人は、本件訴訟において、修正申告においては本件特例適用についての選択の撤回は自由であること、とくに特例の選択が計算違いによる錯誤に基づく場合にはその撤回が認められるべきことを主張してきたのであるが、これをいま要約すれば次のとおりである。
１ 修正申告の場合における特例選択の撤回の自由
（一）納税者が納税申告書を提出することによって一旦確定した税額が過大であるとして、その減額を求める更正の請求においては、その要件は通則法二三条一項一号により、「法律の規定に従っていないこと」または「計算に誤りがあること」だけに制限されている。しかるに、修正申告はすでに確定した税額に影響を及ぼすことなく、ただこれが過少であるとしてその増額をする旨の申告であるから、通則法一九条一項には「先の納税申告書に記載した税額に不足額があるとき」という要件以外には何らの要件も付されていないのであるから、修正申告における本件選択の撤回は自由である。
（二）措置法の本件規定がもともと社会保険診療報酬に対する税負担の軽減という趣旨目的で制定されたものであることに鑑みれば、納税者が一旦確定申告において本件特例の適用を選択した場合においては、修正申告において、たといその選択が納税者に不利である場合においても、その撤回を認めず、適用を強制するというのは右立法趣旨に反する解釈であるといわなければならない。
（三）各租税法の規定には多くの種類の選択が規定されているが、その中には、ある年中の収入、必要経費、所得の額にかかわりなく、事前にかつ独立して選択を要する場合（これをかりに「独立選択」という）と、具体的な確定申告の中で、その計算の結果との関係で選択をする場合（これをかりに「付随選択」という）とがある。
独立選択はそれ自体として、独立の私人の公法行為たる性質を有し、その例として、例えばみなし法人の選択などが挙げられる。これらは、あらかじめ選択に関する意思表示をすることを要し、その後の確定申告等の際に判明することになる選択の結果の有利、不利を問わず適用されるものである。このように選択が具体的な確定申告等を離れて独立の意味を有する場合は、同時に、その選択の撤回等に関する手続規定が設けられている。
しかるに付随選択は選択自体が独立して私人の公法行為となるのではなく、それは収入、必要経費、諸控除などとともに、私人の公法行為たる確定申告の一構成要素にすぎないものである。付随選択においては、その撤回は確定申告の変更と運命を共にし、選択だけについて独立して撤回を論ずる必要はないといわなければならない。確定申告の構成要素たる付随選択も、他の構成要素と同様に、確定申告に対する更正の請求や修正申告の場合に、右の各要件のもとで、撤回等が認められることになるというべきである。そうして、本件の特別適用に関する選択の撤回等について特別の規定がないのは、その選択が独立の意味を有しない付随選択であって、確定申告自体に対する変更（更正の請求、修正申告）の規定により、その要件に従って撤回等ができることの証左である。
原判決は、本来一体として取り扱うべき確定申告の構成要素のうち、本件特例適用に関する選択のみについて、確定申告から独立して撤回等の可否を論じてこれを否定するのであるが、前記のとおり、右選択はそれ自体としては独立の公法行為とはいえず、したがって、独立してその撤回等の要件を論ずること自体においてすでに不当であると考える。
（四）かりに本件特例適用の選択自体を独立の意思表示（あるいはそれに類似の行為）と解するとしても、その解釈、すなわち意思表示の客観的表示から推測される表意者（納税者）の意思内容は、具体的な当該確定申告に記載された収入、必要経費、所得を前提として特例の適用を選択する趣旨であると解されるのであって、これらの具体的な額を離れて、およそ当該年度においては特例の適用を選択する趣旨とは解されない。また、納税者の主観的な内心の意思の内容もこれと同様である。
（五）措置法二六条三項によれば、納税者が本件特例の適用を受けるためには、その旨を確定申告書に記載することが要件とされているが、これは、一旦確定申告において右特例を適用せず実額計算によって申告した以上、もはや後日になって修正申告等の場合において新たに特例の選択をすることはできないという趣旨であり、それ以上に、一旦確定申告において特例を適用した以上、その後の修正申告においてその特例を適用することが強制され、選択の撤回を認めない趣旨をも含むものとは解されない。
２ 錯誤を理由とする特例選択の撤回
（一）確定申告において錯誤があった場合、その救済をいかにするかは、確定申告の法的性質論とも関連して一個の問題であるが、ここではとりあえず伝統的な立場に立って、確定申告は錯誤によりただちに無効となるのではなく、租税法に定める更正の請求という救済手続に従って、その主張をすべきであると解しておく。これによれば、錯誤により計算違いをした結果、税額が過大となった場合には更正の請求が認められることになる。
（二）本件の計算違いの内容は、それが更正の請求をする場合であってもその要件を満たすものであるから、修正申告においては、なおさらその救済が認められるべきものである。
（三）本件のように特例選択の前提において計算違いがあり、その結果錯誤に陥って特例を選択した場合においても、ただその撤回に関する規定がないことの故をもって撤回が認められないものとすれば、それは納税者にとって酷であり、納税者に一般不当利得返還の法理による救済を認められなければならないこととなるであろうが、もとより、右のような解釈が不当であるといわなければならない。（四）修正申告の場合に錯誤（計算違い）に関する規定がないのは、修正申告の場合には、税額を増額するものである限り自由に錯誤の主張を許し納税者を救済する趣旨であると解すべきである。
（五）かりに確定申告あるいは本件特例適用の選択が一般私法上の意思表示とは異なる性質のものであることを承認するとしても、そのことから直ちに錯誤による特例選択の撤回を修正申告の場合にも認めないことは、納税の確保のみの観点にとらわれた結果、納税者の権利救済を全く犠牲にし、その間の、バランスを失することになるといわざるを得ない。
以上
○昭和六三年八月三一日付上告理由書（二）記載の上告理由
原判決は、昭和五四年分所得税の更正処分の取消しを求めた上告人に対し、取消すべき理由がないとして棄却したものである。すなわち、歯科医を業とする上告人が、昭和五四年分所得税の所得金額計算の際、必要経費の算出について、租税特別措置法（昭和五五年法律第九号による改正前のもの、以下措置法という）二六条を適用して経費を計算（以下特例経費という）するか、所得税法の規定に従い実額計算にもとづいて経費を計算（以下実際経費という）するかの算出の過程で計算を誤ったため、措置法二六条を適用して確定申告を行い、後日この誤りを発見して経費計算を実額計算の方法に変更して申告した。
被上告人は、いったん措置法を選択した場合は、いかなる理由があろうとその後の修正申告で計算方法の変更は認められないと、国家公務員法九八条に違反（通達を無視）して更正したものである。
原判決は、措置法を選択した場合は所得計算上不利になる場合もあるが、「納税者が法定の申告期限までに収支決算を正しく終了していれば」、特例経費と実際経費のいずれが有利であるかは容易に判断し得るものであり、選択の誤りを修正申告の機会に是正できるとすれば、納税者の意思によって税の確定が左右されることになって妥当ではないと判示し、上告人の訴を棄却した。
しかしながら、原判決には、前提と結論の矛盾及び重大な事実誤認があり、国税通則法一九条、同二三条、所得税法七条、同二七条、措置法二六条の解釈・適用の誤りがあり、審理不尽、理由不備の違法がある。
右について、以下項を改めて詳論する。
第一点原判決には矛盾がある。
一原判決は、「原判決事実摘示のとおりであるから、これを引用する」（二丁表面、一一行）と、第一審判決の「診療報酬経費総額中自由診療等収入分と社会保険診療報酬分とを区分するための自由診療等収入の割合計算につき、誤って社会保険診療報酬を分母にしたため、結果的に－中略－誤算したこと」（第一審判決一五丁表面、一三行）の事実を引用、さらには、原判決四丁裏面、七行で、「本件のように、同条項を適用したことが、選択の判断資料とすべき実際に要した経費の額の算出過程における計算誤りに縁由する錯誤に基づく場合に」と上告人の主張を引用、すなわち本件が計算誤りにもとづいて措置法を適用したことを十分に認識している。
二原判決は、必要経費を自由診療分と社会診療分とに配分する際、上告人が計算を誤ったために措置法を適用したことを十分に認識しているにもかかわらず、「納税者が、右規定に従って誤りなく計算している以上実際経費がどうであるかを問題にする余地がない」（三丁裏面一二行）と判示している。
三すなわち、原判決には、計算誤りという前提条件を十分に認識しながら、判示は前提条件を無視するという矛盾があり、審理不尽の違法がある。
第二点原判決には重大な事実誤認がある。
一特例経費によるか実際経費によるかの判断に際して、#1必要経費を自由診療分と社会保険診療分（実際経費）とに区分する、#2特例経費を算出する、#3実際経費が多額であれば、実際経費を採用し、#4特例経費が多額であれば、特例経費と実際経費との差額を必要経費に加算する（措置法適用）、手順を踏むことになる。#1の必要経費を区分する際は、必要経費の総額から自由診療分の経費を控除して実際経費を算出することになっているが、自由診療分の経費は、必要経費に総収入金額に占める自由診療収入の割合を乗じて求める（分母を総収入金額とする）ことになっているところ、本件はこれを誤り、分母に保険収入金額を記入したために自由診療分への経費の持出しが多額となり、その分実際経費が少なくなって特例経費の方が多額になったので、措置法を適用したものである。
二原判決は、いったん確定された特例経費を、後の修正申告で実際経費に変更することを許容すべき根拠はないと判示（四丁表面、二行）し、その根拠は確定申告書に措置法の規定を適用した旨の記載がある場合は、特例経費が所得計算上控除される必要経費とみなされるので、「納税者が、措置法の右規定に従って計算に誤りなく申告している以上」（三丁裏面一二行）実際経費がどうであるかを問題にする余地がないとしている。
三また所得計算の方法について納税者の選択が認められている場合に、その選択誤りを修正申告の機会に是正できるとするのは、納税者の意思によって税の確定が左右されることになって妥当でないと判示（五丁裏面、一行）し、その根拠は、「法定の申告期限までに収支決算を正しく終了していれば」（五丁表面、九行）特例経費と実際経費のいずれを選択するのが税負担の面で有利であるかは容易に判断し得るのであるから、選択による不利益は回避できるとしている。
四原判決の判示は、二・三のいずれも、誤りなく措置法を選択した場合を前提としており、計算過程で計算を誤ったために措置法を適用した本件とは前提条件が異なる。すなわち、原判決には重大な事実誤認、審理不尽の違法がある。第三点原判決には、国税通則法一九条及び二三条の解釈の誤りがある。一国税通則法（以下通則法という）二三条一項一号は、次の場合に税務署長に対して更正の請求ができると規定している。
#1 課税標準及び税額が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき#2 当該計算に誤りがあったとき
本件の場合は、医師及び歯科医師用の青色申告決算書の三頁目（乙第七号証の三）の「５、必要経費の自由診療分と社会保険診療分への配分」において、必要経費から自由診療分を抽出する計算を行った際、総収入金額とすべき分母を、誤って保険収入金額を記入したため自由診療分の経費が多くなり、社会保険診療分の経費（実際経費）が少なくなったために措置法を適用したものである。
従って、本件が#2の要件に該当するのは勿論であるが、乙第七号証の三が医師及び歯科医師の措置法適用の判断資料として広く使用されている現状をみると、国税に関する法律の規定に従っていなかったということもできる。
いずれにしても、本件が課税標準及び税額が減少するケースであれば、税務署長に対して更正の請求ができることは明白であり、税務署長がこれを発見した場合は、更正の請求を待つまでもなく減額更正すべき性格のものである。
しかして、本件が課税標準及び税額が減少する場合に更正の請求ができるのであれば、申告によって当初申告の税額等が自動的に変更される修正申告（通則法一九条）ができることは当然の帰結というべきである。
まして、通則法一九条は修正申告の要件として「先の納税申告書に記載した税額に不足額があるとき」等一定の理由が列挙しているにとどまり、当初の申告で特定の計算式による課税標準等を算定した場合、修正申告でその計算式の変更を除外理由に規定しているわけでもなく、結果的に税額を増加させるものである限り修正申告として適法というべきであって、「所得税法の解釈上疑わしきは国民の利益に」とする判例（＜証拠略＞）は本件に最もよく適応するケースであるというべきである。
なお本件の場合は、必要経費の配分を行う際に計算を誤ったため、必要経費に、特例経費と誤つた実際経費との差額（以下誤差額という）を加算したものであるから、計算誤りを是正するには、必要経費に加算した誤差額を排除する、すなわち必要経費に加算した誤差額の分だけ所得金額が増加することになるので必ず増額修正となり、当初申告した税額が過大になる（更正の請求を必要とする）減額修正は、あり得ないケースである。
これを第一審判決の別紙三、事業所得（歯科医業）金額の計算内訳の表に、確定申告額の必要経費を実額計算に変更した場合のDを追加したものが別紙のとおりで、Aが確定申告額、Bが修正申告額、Cが原処分庁による更正額、DがAの確定申告の際に誤りなく実額計算を採用した場合の表であるが、申告もれの修正に関係なく所得金額が増加することが明らかであり、この変更によって増加する金額六七四、八一一円は、誤差額と必ず一致する（誤差額の内訳については甲第三号証参照）。二原判決は、措置法を適用したことが、実際に要した計算過程の計算誤りに縁由する錯誤にもとづく場合に、後の修正申告や更正の請求で計算方法の変更を認めないのは、昭和三九年一〇月二二日の最高裁判例を無視するものであるとの上告人の主張に対して、その最高裁の判示は本件には適切でないと判示（四丁裏面、一三行）し、その根拠は、右判示は本件と事案を異にするとしている。
三原判決の判示は、第一審判決の計算を誤った事実摘示を引用（二丁表面、一一行）、さらに「本件のように－中略－計算誤りに縁由する錯誤に基づく」と上告人の主張を引用（四丁裏面、七行）し、本件が実際経費の算出過程で計算誤りをしたことを認めながら、本件のように錯誤にもとづいて計算を誤った場合等の救済手段としてこそ通則法二三条の規定が存在するのに、同条を一顧だにしていない。四、現代の複雑な租税法体系の下では租税争訟も多岐にわたって全く同一の内容をもつ判例はごく稀であり、従って判例の解釈は、内容を吟味した上で十分に参考にすべきである。前掲最高裁判示は、確定申告書の記載内容の過認の是正について、#1原則は所得税法（現在は通則法）に定めた方法によるべきこと、#2例外として錯誤が客観的に明白かつ重大であり、納税者の利益を著しく害する特段の事情がある場合はその他の方法によることができる、と一義的には確定申告書の過誤は通則法に定めた方法（修正申告又は更正の請求）によってのみ是正できることを明らかにしたものであって、本件と十分に関連した事案であるというべきである。五、すなわち原判決には、通則法一九条及び二三条の解釈・適用の誤り、審理不尽、理由不備の違法がある。
第四点原判決には所得税法七条、二七条及び憲法一四条違背の違法がある。一、所得税法は、七条で「所得について課税する」とその範囲を、二七条二項で「その年中の総収入金額から必要経費を控除した金額」が事業所得の金額であると規定しており、これが所得金額の基本であり大原則である。また憲法一四条の法の下の平等は、租税面では、各人の能力に応じて租税を平等に負担するという応能負担原則であり、租税負担公平の原則である。
二その大原則を、一定の政策目的に沿うように特別の措置を講じたものが措置法である。所得税に関する措置法のうち課税強化を目的として定めた規定は、事業所得・譲渡所得の中に土地重課（二八条の四、二八条の五、三二条）があるが、同法とて所得があるから課税できるのであって、所得のないところに課税する規定ではない。
また、後述するみなし法人選択課税も、選択の結果納税者が不利になる場合もあるが、この規定とて所得のないところに課税する規定ではない。
三、原判決は、特例経費・実際経費のいずれの方法によって算出された所得も等しく法律上の課税標準であるから、所得のないところに課税することにはならないと判示（四丁裏面、三行）し、その根拠は、措置法二六条一項は、経費について実際経費と並んで標準率による特例経費を定めたもので、両者間に優劣があるわけではない（四丁裏面、一行）としている。
四、原判決の判示は、極論すれば、実際経費にもとづく所得が赤字であった場合にはその納税者の租税負担能力はゼロであるのに、いったん措置法を適用した場合は法律上の課税標準として、理論上の実のない所得に課税する結果となり、所得税法の所得金額の大原則、憲法の租税負担公平の原則にまっ向から反することになる。
五、原判決は所得税法七条、二七条及び憲法一四条に違背し、審理不尽、理由不備の違法がある。
第五点原判決には、措置法全体に対する解釈の誤りがある。
一、所得税に関する措置法は、二章二節に、不動産所得及び事業所得に関する特例を、一〇条から二八条の五まで規定している。
このうち、所得税の軽減を目的とするものに、次の特例がある。
一款特別税額控除及び特別償却
二款準備金
三款海外取引に係る課税の特例
三款の二鉱業所得の課税の特例
四款農業所得の課税の特例
二五条の三青色申告控除
二八条納付金の必要経費算入
二八条の二負担金の必要経費算入の特例
二八条の三転廃業助成金の特例
これらの特例は、#1 一六条二項の通気坑道及び排水坑道を取得した場合の特別償却、#2 二五条二項の免税対象外の肉用牛の売却にかかる課税の特例、のように「所得税法の規定にかかわらず－中略－することができる」と選択を要求した例外もあるが、選択に特に留意しなければならないほどの不利になる場合はない。また特別税額控除と特別償却のように同一範疇に属する優遇措置の中でいずれかを選択する規定もあるが、控除と償却の軽重を選択させるのみで、いずれも所得税を軽減する規定であることには相違ない。
所得税の軽減を目的とする規定には、前記以外には選択らしい文言はなく、条文中で「適用する」と言いきり、確定申告書の記載及び明細書の添付要件を付したのみである。
二、してみると措置法二六条は、その一項で「所得税法三七条の規定にかかわらず、社会保険診療報酬の金額を表の上欄に掲げる金額に区分して下欄の率を適用して計算した金額とする」と言いきり、三項で「確定申告書に記載しなければ適用しない」と確定申告書記載要件を付したのみであるから、所得税負担の軽減を目的とする他の規定となんら異なることはなく「確認規定」であって「選択」の規定ではない。
三、これに対して不利になる場合もあるものには、「二五条の二、みなし法人選択課税」のように見出し及び条文中に「選択」を明記し、選択の結果不利となる場合もありうることの注意を喚起しているが、この制度は次のとおりになっている。#1 あらかじめ届出がされた事業主報酬額を、給与所得として給与所得控除を認める（同条三項一号イ）
#2 その年の事業所得又は不動産所得の金額から事業主報酬額を控除した残額は、みなし法人所得として法人税率に相当する税率により所得税を計算する（同条二項一号）
#3 みなし法人所得の七割を事業主に対して配当をしたものとし、これを他の所得と総合して所得税額を計算し、配当控除を適用する（同条三項一号ロ）#4 事業主報酬額のうち過大と認められる部分には、法人税率に相当する税率よりも高い所得税を課する（同条五項）
つまり、個人事業主を法人形態に擬制して所得税を課する制度である。端的には、個人の事業所得及び不動産所得の金額のうち、事業主報酬の金額に対して給与所得控除を受けられる分だけ節税が可能となる。
これに対してその年分の所得金額が極端に減少した場合にはみなし法人損失を生じ、その年分だけで比較すればこの制度を利用せず一般の事業所得又は不動産所得として申告した方が有利になる。
しかし、この場合でもみなし法人損失については五年間の繰越（措置法施行令一七条の四）、一年間の繰戻（措置法施行令一七条の五）制度があり、通算すれば税率の差による有利不利の差はあるものの、所得のないところに課税する結果にはならないのである。
四、すなわち原判決には、措置法全体の構成を無視した、解釈の誤り・理不尽の違法がある。
第六点原判決には措置法二六条の解釈・適用の誤りがある。
一、措置法二六条は、従前は七二%であった経費率を、昭和五四年に七二%から五二%までの五段階に縮小したが、その他の修正は全く行われて居ない。すなわち、所得税の軽減を目的とする規定であることに変わりがないことは上告人の控訴審準備書面（一）一（五）で主張したところでもあり、また第五点に前述したところであるが、同条項が選択の規定でないことは以下によっても明白である。
第一に、措置法二六条にもとづく特例経費を適用するか、実額計算にもとづく実際経費によるかの選択は、#1 八条の四、配当所得の源泉分離選択課税、#2 二五条の二、みなし法人選択課税、におけるように、事前に、選択という特別の意思表示を要しないことである。
すなわち、#1の源泉分離選択課税の意思表示は配当の支払の日までに、#2のみなし法人選択課税の意思表示は、その年の前年一二月三一日までに所轄税務署長に届出ることを要し、選択する時点で、措置法を選択した方が有利か、所得税法の規定によった方が有利かは明らかではない。わずかに、前年ないし前々年の自らの所得及び税額とを対比しながら選択をすることを要し、選択をする時点では選択の結果がいずれが有利になるか不利になるかはあくまでも推測の域を出ない。そのために見出し及び条文中にも「選択」を明記し、選択の結果不利になる場合もありうることの注意を喚起している。
これに対し、措置法二六条は一項で「所得税法の規定にかかわらず－中略－乗じて計算した金額の合計額とする」と言いきり、三項で「確定申告書に記載しなければ適用しない」と言っているのみで「選択」の文言が一切入っていない。第二に、選択とは選ぶことをいい、そこには当然に思考を伴うはずである。措置法二六条を、確定申告の際に具体的に適用する場合には、乙第七号証の三の計算表を用いて、#1 必要経費を自由診療分と社会保険診療分（実際経費）とに区分し、#2 特例経費を算出し、#3 実際経費が多額であれば実際経費により、#4 特例経費が多額であれば特例経費と実際経費との差額を必要経費に加算する、という#3・#4の段階で初めて選択の必要性が出て来るのであるが、納税者がわざわざ自らが不利になる（例えば特例経費の方が多額であるのに実際経費の方を採用する）方を選択するとは到底考えられないところであるから、表の算式に従って誤りなく計算過程を辿って行けば当然に帰着する答えであり、そこには思考を伴わない、全く選ぶ余地のないもので、これは「選択」ではない。これを、あえて不利な方を選択したのであれば「計算誤り」又は「錯誤」以外にはありえないというべきである。第三に措置法二六条は、一項と三項が一見相反するまぎらわしい規定になっている。
このまぎらわしい規定を誤りなく適用するように国税庁長官が発した通達が措置法通達の七（＜証拠略＞）であるが、この通達は、「実際経費が特例経費を上回る者については、同法の規定を適用させないで一般の例により所得金額を計算して申告するよう指導するものとする」と、昭和三一年一月二五日に各国税局長あてに発遣している。この通達は、発遣以来三二年余を経た現在までその内容は変更されていないが、この通達からも同条三項が選択を要求しているのではなく、確認規定であることがより明白である。
もとより、通達は上級行政庁の下級行政庁に対する命令示達の一形式であって法律ではない。しかし日々の税務行政は通達に依拠して行われており、租税法の解釈・適用に関する大多数の問題は通達に即して解決されているのが通例であるから、通達は法源と同様の機能を果しているのが現状であり、まして措置法通達の七のように、租税法規の解釈が長期間にわたって公開され、継続している場合には、信義誠実の原則からもそこに行政先例法の成立を認めるべきであり、通達に反する行政処分は信義則にもとるというべきである（昭和四五・五・一二大阪地方四〇（行ウ）四八）。
二、原判決は、措置法を適用して所得を計算するか、実額計算の方法によるかは、確定申告時における納税者の自由な選択に委ねられていると判示（三丁裏面、一行）し、その根拠は、確定申告書に措置法の規定を適用した旨の記載がない場合には適用しないとされているから（三丁表面、一〇行）としている。
三、また原判決は、納税者が制度の利用を誤ったからといって、その是正を認めなければ制度の目的に反することにはならないと判示（五丁表面、五行）し、その根拠は、措置法二六条が所得計算の簡便化・記帳事務からの解放に資する一面もあり、同条項を選択した結果、実際に税負担上有利になったかどうかは同規定の適用を左右するものではない（五丁表面、四行）としている。
四、原判決は措置法二六条を「選択」の規定であると唯一に理解し、措置法通達の七を含む他の規定、選択に至る現実の計算過程を一切無視した上、同法の主日的である租税負担の経減をさておき、所得計算の簡便化・記帳事務からの解放に資する等枝葉末節の事柄を前面に立てて判示の根拠としている。
なるほど総収入金額のうちに自由診療所が全くなく、収入金額の全部が社会保険診療である医師の場合は＜証拠略＞の計算表を用いるまでもなく、同法を選択することによって所得計算簡の便化・記帳事務からの解放に資することもあるかもわからないが、#1 所得税法一四八条には青色申告者の帳簿書類の記録・保管義務を課し、#2 同法二三一条の二には青色申告以外の者の帳簿書類の記録・保管義務を課していることからすれば、記帳事務からの解放とは言葉のあやに過ぎず、けだし詭弁というべきである。なお、患者が健康保険証を持参するまでは社会保険の対象として扱わず自由診療報酬を徴求する慣習や、生命保険の嘱託医・診断書・自動車損害賠償責任保険にもとづく収入が措置法二六条の適用対象外の自由診療収入として取扱っている現在、自由診療が全くない医師等は非常に少ない存在といえる。しかして、収入金額を自由診療と社会保険診療に分けて記録する必要があるのみでなく、必要経費も克明に記録しなければ、大多数の医師は措置法二六条を適用できない。すなわち、所得計算の簡便化・記帳事務からの解放とは、現実を無視した机上の空論というべきである。
五、従って原判決は、措置法二六条の解釈・適用を誤り、所得税法一四八条及び二三一条の二の無視、審理不尽、理由不備の違法がある。
以上、上告の理由第一ないし第六点で述べたとおり、原判決には前提条件と結論の矛盾・重大な事実誤認があり、通則法一九条及び二三条、所得税法七条及び二七条、憲法一四条、措置法全体及び二六条の解釈・適用を誤った違法があり、右が判決に影響を及ぼすことは明らかである。また審理不尽、理由不備の違法があるので、原判決は破棄されるべきである。
以上
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/52764/detail2/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報36巻12号2333頁。