税務訴訟資料第２６７号－５６（順号１３００５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（新宿税務署長事務承継者中野税務署長）
平成２９年４月１１日認容・確定
判決
原告
Ｇ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
高木施文
松葉知久
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
新宿税務署長事務承継者中野税務署長
福住豊
同指定代理人
別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■■付けで原告に対してした原告の平成９年９月１日から平成１０年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分（還付すべき金額が■■■■■■■円を下回る部分）並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
２ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■■付けで原告に対してした原告の平成１０年９月１日から平成１１年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■■円を超える部分（還付すべき金額が■■■■■■円を下回る部分）並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
３ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■■付けで原告に対してした原告の平成１１年９月１日から平成１２年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■■■■■■■■■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
４ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■■付けで原告に対してした原告の平成１２年９月１日から平成１３年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■■■■■■■■■■■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
５ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■■付けで原告に対してした原告の平成１３年９月１日から平成１４年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■■■■■■■■■■■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
６ 新宿税務署長が平成■■■■■■■■日付けで原告に対してした原告の平成１４年９月１日から平成１５年８月３１日までの事業年度の法人税の更正（平成■■■■■■■■付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち、所得金額■■■■■■■■■■■円及び納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定（同日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
７ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文同旨
第２ 事案の概要
本件は、■■■■■■■■■に本店を置く兄弟会社（原告と親会社を同じくする会社）から幼児向け英語教材を輸入して我が国の国内で販売する内国法人である原告が、平成９年９月１日から平成１０年８月３１日までの事業年度（以下「平成１０年８月期」といい、原告の他の事業年度についても同様の表現をする。）、平成１１年８月期、平成１２年８月期、平成１３年８月期、平成１４年８月期及び平成１５年８月期（以下、これらを併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の申告をしたところ、新宿税務署長（以下「原処分行政庁」という。）から、上記の幼児向け英語教材を輸入する取引について、租税特別措置法（平成１０年８月期から平成１３年８月期までについては平成１３年法律第７号による改正前のもの、平成１４年８月期については平成１４年法律第７９号による改正前のもの、平成１５年８月期については平成１６年法律第１４号による改正前のもの。以下、これらの改正前のものを包括して「措置法」という。）６６条の４第１項の規定により、同条２項の規定する独立企業間価格で行われたものとみなされて、平成１６年１１月２４日付けで原告の本件各事業年度の法人税の更正（以下「本件各更正処分」という。また、本件各更正処分のうち、平成１０年８月期の法人税に係る更正を「平成１０年８月期更正処分」といい、他の更正についても同様の表現をする。）及び過少申告加算税の賦課決定（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、本件各更正処分において同項１号ロの規定する再販売価格基準法によりされた独立企業間価格の算定に誤りがあるなどとして、本件各更正処分（平成■■■■■■■■付け裁決（以下「本件裁決」という。）により一部取り消された後のもの）のうち申告額（平成１３年８月期については平成■■■■■■■■付けの更正により変更された納付すべき税額）を超える部分（還付すべき金額については申告額を下回る部分）及び本件各賦課決定処分（本件裁決により一部取り消された後のもの）の取消しを求める事案である。
なお、本判決で使用する略語等の主なものは、別紙２「略語等一覧表」のとおりである。
１ 関係法令等の定めと移転価格税制の仕組み
（１）関係法令等の定め
本件の主な関係法令等の定めは、別紙３「関係法令等の定め」記載のとおりである（本件で適用される条項につき数次の改正がされているが、本件との関係において実質的な差異が生じないものについては、最も新しいもののみ記載した。）。なお、以下、租税特別措置法施行令（平成１０年８月期から平成１３年８月期までについては平成１３年政令第１４１号による改正前のもの、平成１４年８月期及び平成１５年８月期については平成１６年政令第１０５号による改正前のもの）を、これらの改正前のものを包括して「措置法施行令」と、租税特別措置法関係通達（法人税編）（平成１０年８月期から平成１３年８月期までについては平成１４年２月１５日付課法２－１通達による改正前のもの、平成１４年８月期については平成１５年２月２８日付課法２－７通達による改正前のもの、平成１５年８月期については平成１６年１２月２０日付課法２－１４通達による改正前のもの）を、これら改正前のものを包括して「旧措置法通達」と、租税特別措置法関係通達（法人税編）（平成２３年１０月２７日課法２－１３による改正後のもの）を「新措置法通達」と、国税庁長官制定の平成１３年６月１日付け「移転価格事務運営要領」（平成１７年４月２８日査調７－３ほかによる改正前のもの）を「旧事務運営指針」と、同じく、国税庁長官制定の平成１３年６月１日付け「移転価格事務運営要領」（平成１９年６月２５日査調７－２１ほかによる改正後のもの）を「新事務運営指針」と、それぞれいう。
（２）我が国における移転価格税制の仕組み（乙１、乙１１８）
ア 移転価格税制の基本的な仕組み
我が国における移転価格税制は、我が国の法人が「特殊の関係」にある外国法人（国外関連者）との間で取引（国外関連取引）を行った場合に、その法人がその国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないとき、又はその法人がその国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは、その法人の所得の計算において、その取引が独立企業間価格で行われたものとみなすというものである（措置法６６条の４第１項）。この場合における国外関連取引者に支払う対価の額と当該国外関連取引に係る独立企業間価格との差額は、法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されず（同条４項）、その結果、国外関連取引の実際の取引価額のいかんにかかわらず、例えば、国外関連者に対する資産の販売の場合には、独立企業間価格に満たない部分に相当する金額が益金に算入され、国外関連者からの資産の購入の場合には、独立企業間価格に相当する金額が原価とされることになる。
イ 移転価格税制に関する概念等
（ア）国外関連者とは、外国法人で、当該法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式の総数又は出資の総額の１００分の５０以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係のあるものをいう（措置法６６条の４第１項）。
なお、上記のような特殊の関係にないものを、非関連者という。
（イ）国外関連取引とは、法人が、昭和６１年４月１日以後に開始する事業年度において、当該法人に係る国外関連者との間で行った資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引をいう（措置法６６条の４第１項）。
（ウ）独立企業間価格とは、国外関連取引が措置法６６条の４第２項各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じて、当該各号に定める方法により算定した金額をいう（措置法６６条の４第２項）。
（エ）移転価格税制の適用対象となる法人は、原則として、我が国において当該法人の当該事業年度の所得に対する法人税及び解散による清算所得に対する法人税について納税義務のある法人である（措置法６６条の４第１項）。
ウ 独立企業間価格の算定
（ア）独立企業間価格について定めた措置法６６条の４第２項は、同項１号において、国外関連取引の典型的な取引形態として「棚卸資産の販売又は購入」を取り上げ、同取引形態に係る取引に関する独立企業間価格の算定方法を定め、同項２号において、それ以外の取引形態についても同様の方法により独立企業間価格を算定する旨規定している。
（イ）措置法６６条の４第２項１号は、棚卸資産の販売又は購入に係る取引に関する独立企業間価格の算定方法として、次のようなものを規定している。
ａ 独立価格比準法（措置法６６条の４第２項１号イ）
特殊の関係にない売手と買手が、国外関連取引に係る棚卸資産と同種の資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法
ｂ 再販売価格基準法（措置法６６条の４第２項１号ロ）
国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下「再販売価格」という。）から、通常の利潤の額を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法
ｃ 原価基準法（措置法６６条の４第２項１号ハ）
国外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額を加算して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法
ｄ ａからｃまでに掲げる方法（以下「基本三法」という。）に準ずる方法その他政令で定める方法
ただし、ｄの方法は、基本三法を用いることができない場合に限り用いることができる。
エ 再販売価格基準法
（ア）再販売価格基準法（措置法６６条の４第２項１号ロ）とは、国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（再販売価格）から通常の利潤の額（当該再販売価格に通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。以下同じ。）を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。
（イ）上記の「通常の利益率」とは、国外関連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を、特殊の関係にない者（非関連者）から購入した者（再販売者）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下「比較対象取引」という。）に係る当該再販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該収入金額の合計額に対する割合（以下、原告が行う取引に係る同様の割合も含めて「売上総利益率」という。）をいう（措置法施行令３９条の１２第６項本文）。ただし、比較対象取引と当該国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には、その差異により生ずる割合の差につき必要な調整（以下、この差異により生ずる割合の差についての調整を「差異調整」という。）を加えた後の割合とする（同項ただし書）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/88360/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13005.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。