税務訴訟資料第２５９号－１５３（順号１１２６６）
名古屋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号過少申告加算税賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（昭和税務署長）
平成２１年９月９日棄却・控訴
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士立岡亘
吉野彩子
後藤昭樹
太田博之
中村勝己
服部千鶴
太田成
水野吉博
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分行政庁昭和税務署長
川瀨良三
同指定代理人遠田真嗣
竹内寛和
上田正勝
林亮二
浅野真哉
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が原告に対し平成１９年２月２６日付けでした平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１７年事業年度」という。）の法人税に係る確定申告において、新株予約権に係る収益を計上せず、その後、同収益を計上して修正申告をしたため、処分行政庁から平成１９年２月２６日付けで過少申告加算税の賦課決定（以下「本件決定」という。）を受けたところ、確定申告において同収益が平成１７年事業年度の益金に当たるものとして税額の計算の基礎とされていなかったことについては、国税通則法６６条４項の「正当な理由」があると主張して、本件決定の取消しを求める事案である。
本件で引用する関連法令等の条項は、別紙「関連法令等」記載のとおりである。
１ 前提事実（争いがないか、証拠上明らかである。）
(1) 新株予約権に関する事実関係
ア Ｂ投資事業組合（以下「本件組合」という。）は、株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）が発行する株式、新株予約権等に投資することを目的として、平成１７年４月１６日に成立した民法上の組合であり、原告は、出資口数１９０２口を保有する本件組合の非業務執行組合員である（以下、本件組合に係る組合契約を「本件組合契約」という。）。
本件組合契約においては、①各組合員の出資金は１口につき２２万１０００円とし、本件組合の費用に充当するため、出資金額の２％の諸手数料及びそれに賦課される消費税相当額を含め、１口につき２２万５６４１円を払込金とすること（６条１項）、②組合員は、各自の出資金を、平成１７年９月３０日までに１口につき１０００円、同日以降１口につき２２万４６４１円を新株予約権の行使を希望する都度組合口座に入金して払い込むものとすること（同条２項）、③本件組合の事業年度は、毎年４月１日から３月３１日までとし、第１期事業年度は平成１７年４月１６日から平成１８年３月３１日までの期間とすること（１７条１項）、④決算期において、実現売買損益等を含むすべての期間損益の決算がなされ、組合員は各自の組合持分に応じて割り当てられ、純損が発生した場合は翌期に繰り越されること（２２条１項）、⑤業務執行組合員は、各決算期ごとに、組合員に割り当てられた組合財産を取得原価相当分の全部又は一部も含め、その裁量により分配することができること（同条２項）、⑥上記の定めにかかわらず、本件組合契約６条２項に従い、組合員が出資金の全額を払い込んだ場合には、当該組合員と業務執行者が別途定める場合を除き、新株予約権を直ちに行使し、発行された株式を当該組合員に現物分配すること（同条３項）などが合意された。
イ Ｃは、平成１７年４月２６日開催の取締役会において、商法２８０条ノ２１第１項に基づき、株主以外の者である本件組合に対し、概要次のとおり特に有利な条件で、名称を「株式会社Ｃ第３回新株予約権」とする新株予約権（以下「本件新株予約権」という。）を発行することについて、同年６月２９日開催の定時株主総会に付議する旨を決議し、同株主総会において、本件新株予約権の発行が決議された。
(ア) 新株予約権の目的たる株式の種類及び数Ｃ普通株式１億１６７０万株（新株予約権１個につき１万株）
(イ) 発行する新株予約権の総数１万１６７０個
(ウ) 新株予約権の発行価額１個につき１０００円
(エ) 新株予約権の発行価額の総額１１６７万円
(オ) 新株予約権の申込期日平成１７年８月１１日
(カ) 新株予約権の発行日平成１７年８月１１日
(キ) 新株予約権の行使に際し払込みをなすべき額１個につき２２万円（１株につき２２．００円）
(ク) 新株予約権の行使に際して払込みをなすべき額の総額２５億６７４０万円
(ケ) 新株予約権の行使期間平成１７年８月１２日から平成２０年８月１１日まで
ウ 原告は、原告の出資口数に係る出資金に充てるため、本件組合に対し、平成１８年３月１５日に４億１８４４万円、同月２４日に１０００万円、同月２７日に７２万９１８２円の合計４億２９１６万９１８２円を振り込んだ（同合計金額は、本件組合契約の定める１口当たりの払込金額２２万５６４１円に１９０２口を乗じた金額に相当する。）。
エ 本件組合は、平成１８年３月１６日、本件組合契約に基づき、原告の出資口数に相当する本件新株予約権１９０２個をＣに対して行使し、同月２３日、Ｃの株券１９０２万株の交付を受け、同日、同株券を原告に分配した（なお、４０２万株は原告に交付され、１５００万株はＤ銀行名古屋支店内貸金庫に預り保管された。）。
(2) 課税の経緯等
課税の経緯等は、次に記載するほか、別表記載のとおりである。
ア 原告は、平成１８年２月２７日、処分行政庁に対し、平成１７年事業年度の法人税について、所得金額を０円、法人税額を０円とする確定申告書を法定申告期限までに提出した（以下、この確定申告を「本件確定申告」という。）。
イ 原告は、平成１９年２月５日、処分行政庁に対し、本件新株予約権に係る収益を９億８７２１万５９８２円、所得金額を９億７２８４万６９７８円、法人税額を２億９１２１万３８００円とする修正申告書を提出した（以下、この修正申告を「本件修正申告」という。）。
ウ 処分行政庁は、本件修正申告を受けて、平成１９年２月２６日、原告に対し、過少申告加算税４３６５万６５００円を賦課する旨の本件決定をした。
国税通則法６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、その修正申告又は更正によって納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を賦課すること、同条２項は、前項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とすることをそれぞれ規定しているところ、本件決定においては、本件修正申告によって新たに納付すべきこととなった税額２億９１２１万円（１万円未満切捨て）に１００分の１０の割合を乗じて得たを２９１２万１０００円と、５０万円を超える部分に相当する２億９０７１万円につき１００分の５の割合を乗じて得た１４５３万５５００円とを合計した４３６５万６５００円を過少申告加算税として賦課したものである。
２ 争点及びこれに関する当事者の主張
本件の争点は、原告が本件確定申告において本件新株予約権に係る収益を平成１７年事業年度の益金に当たるものとして税額の計算の基礎としていなかったことについて、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があると認められるか否かであり、これに関する当事者の主張は、次のとおりである。
（原告の主張）
(1) 原告は、平成１８年４月以降に、本件組合の業務執行組合員から第１期事業年度（平成１７年４月１６日から平成１８年３月３１日まで）に係る収支決算書の送付を受けた。この収支決算書には、本件組合が保有していた本件新株予約権について、平成１８年３月３１日までにすべて行使済みであり、同日時点で株券預り証に基づき保管中の株券を除き、各組合員に対する未分配財産はないことが記載されていた。
また、平成１８年９月１日ころ、本件組合の業務執行組合員から、本件新株予約権の価値について、Ｅ株式会社がブラック・ショールズモデルに基づいて算定したところ、１個当たり５２万００４１円であるとの通知を受けた。
原告が、本件新株予約権について、権利行使により取得した株式に関する株券が交付された時期は、平成１８年３月である。
(2) 原告は、本件新株予約権につき、その時価額と発行価額及びその取得に要する諸費用額との差額（経済的利益）について益金計上することになるが、本件組合の場合は、当該組合事業に係る損益を毎年１回以上一定の時期において計算し、かつ、当該法人への個々の損益の帰属が当該損益発生後１年以内であることから、法人税基本通達１４－１－１の２（以下「本件通達」という。）のただし書が適用され、本件新株予約権に係る収益の帰属は、本件組合の計算期間を基として計算されることになる。そして、計算期間終了の日（本件組合については平成１８年３月３１日）は、原告の平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１８年事業年度」という。）に属するから、本件新株予約権に係る収益は平成１８年事業年度に計上すればよいことになる。
原告の事業年度と本件組合の事業年度にずれがあったため、原告の平成１７年事業年度に係る確定申告期限（平成１８年２月末日）までに、本件新株予約権に係る収益の算定が具体的には困難であることもあり（費用、経費、報酬等の原告の負担が明らかになるのは、平成１８年３月３１日以降のことである。）、原告としては、当然の経理処理をしたものであって、このような経理処理は本件通達にも合致する。
(3) なお、被告は、本件通達のただし書は任意組合の組合事業に係る「利益」又は「損失」が当該組合に生じることを前提とするものであり、本件新株予約権については、原告が平成１７年８月１１日に取得しこれにより発生する利益は原告に帰属するのであり、本件組合に「利益」又は「損失」が生じたものではないから、本件通達のただし書の適用はないと主張する。
しかし、原告は、Ｃから本件新株予約権を付与されたわけではなく、本件組合がＣから付与された本件新株予約権を、組合財産の分配として付与されたものであり、本件組合は、決算期に実現売買損益等を含むすべての損益の収支決算をしていたから、仮に、被告が主張するように原告が分配財産としての本件新株予約権を取得したのが平成１７年８月１１日であったとしても、原告に対する組合財産の分配が確定するのは、第１期事業年度の末日である平成１８年３月３１日である。しかも、原告は、本件新株予約権を行使して取得した株式１９０２万株のうち１５００万株について、平成２０年８月１０日まで第三者へ売却（譲渡）することが禁止され、その間は本件組合に同株券を預託することになっていたから、少なくともこの１５００万株について、平成１７年事業年度に係る本件確定申告において、その利益を計上することは困難である。
(4) したがって、原告が、本件確定申告において、本件新株予約権に係る収益を平成１７年事業年度の益金に当たるものとして税額の計算の基礎としていなかったことについては、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるから、本件決定は違法である。
（被告の主張）
(1) 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反があれば、原則として、その違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であるところ、過少申告加算税を賦課しないこととする国税通則法６５条４項の「正当な理由」とは、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうのであって、これには、過少申告について納税者の税法の不知又は誤解であるとか、納税者の単なる主観的な事情に基づくような場合までを含むものではないと解すべきである。
(2) 法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額であるとされているところ（法人税法２２条２項）、内国法人が有利な発行価額で有価証券を取得した場合、上記有価証券の時価と払込金額との差額は、当該払込時点における、当該法人の受贈益として益金に計上される。したがって、新株予約権が有利発行された場合、当該新株予約権の払込時における時価と払込金額との差額が、当該払込時における受贈益として課税の対象となるのである。
(3) 本件組合は、平成１７年８月１０日、Ｆ株式会社から一時的に１２００万円の資金提供を受け、その資金により、各組合員から本件新株予約権の発行価額に相当する出資金の払込みを受ける前の平成１７年８月１１日に、すべての組合員の出資口数に相当する１万１６７０個の本件新株予約権を取得した。そして、本件組合は、取得した本件新株予約権に係る会計処理において、平成１７年８月１１日付けで、補助元帳の各組合員別の「新株予約権」勘定に各組合員の出資口数に応じて払込金額を振り分け、以後、当該補助元帳において本件新株予約権を各組合員別のものとして管理していた。原告についても、同日付けで１９０万２０００円、１９０２個相当分が割り当てられている。
以上のような事実関係によれば、原告が本件新株予約権を取得したのは、平成１７年８月１１日と認めるのが相当である。そして、本件新株予約権を取得したことにより発生する利益は当然に原告に帰属することになるから、本件新株予約権に係る収益は平成１７年事業年度に計上すべきである。
(4) 原告は、本件新株予約権に係る収益について本件通達のただし書が適用され、平成１８年事業年度の益金に計上すればよいと判断したことなどを国税通則法６５条４項の「正当な理由」であると主張する。
しかし、本件通達のただし書は任意組合の組合事業に係る「利益」又は「損失」が当該組合に生じることを前提とするものであり、上記のとおり、原告が平成１７年８月１１日に本件新株予約権を取得し、これにより発生する利益は当然に原告に帰属するのであり、この過程において原告の資金が本件組合を経由したとしても、本件組合に「利益」又は「損失」が生じたものではないから、本件新株予約権に係る収益について本件通達のただし書の適用はない。原告が「正当な理由」として主張するところは、本件新株予約権に係る収益が本件組合の事業から生ずるものか否かの判断における原告の法の不知又は誤解にすぎない。
(5) 以上のとおり、原告が、本件確定申告において、本件新株予約権に係る収益を平成１７年事業年度の益金に当たるものとして税額の計算の基礎としていなかったことについては、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められず、同条１項、２項に基づいてされた本件決定は適法である。
第３ 争点に対する判断
１ 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１０月２４日第三小法廷判決・民集６０巻８号３１２８頁参照）。
２(1) 新株予約権証券ないし新株予約権証券が発行されない新株予約権は、法人税法上「有価証券」に該当し（法人税法２条２１号、法人税法施行令１１条２号、証券取引法２条１項６号）、内国法人が有利な発行価額で新株その他これに準ずるものを取得した場合の有価証券の取得価額については、その有価証券の払込みに係る期日における価額とするものとされているから（法人税法施行令１１９条１項３号）、内国法人が有利な発行価額で新株予約権を取得した場合、その払込みに係る期日における時価がその取得価額となり、時価と払込金額（発行価額）との差額については当該法人の受贈益として益金に計上すべきこととなる。
(2) これを本件についてみると、前記前提事実に証拠（甲６、甲７の１、２、乙３、８～１７）及び弁論の全趣旨を総合すれば、次の事実が認められる。
ア 本件組合は民法上の組合であり、本件組合契約においては、組合財産は組合員らの共有とし、各組合員はその出資口数の割合に応じて案分した持分を有するものとされている（２０条）。
イ 本件組合は、各組合員から本件新株予約権の発行価額に相当する出資金の払込みを受ける前に、Ｆ株式会社から一時的に１２００万円の資金提供を受け、平成１７年８月１１日、Ｃに対し、本件新株予約椎の発行価額の総額である１１６７万円を支払って、全組合員の出資口数に相当する１万１６７０個の本件新株予約権を取得した。
本件組合は、取得した本件新株予約権に係る会計処理において、平成１７年８月１１日付けで、補助元帳の各組合員別の「新株予約権」勘定に各組合員の出資口数に応じて払込金額を振り分け、原告についても、同日付けで１９０万２０００円、１９０２個相当分が割り当てられた。本件組合は、以後、当該補助元帳において本件新株予約権を各組合員別のものとして管理した。
ウ 原告は、原告の出資口数に係る出資金に充てるため、本件組合に対し、平成１８年３月１５日から同月２７日までの間に合計４億２９１６万９１８２円を振り込み、本件組合契約の定める１口当たりの払込金額２２万５６４１円に１９０２口を乗じた金額に相当する金員の支払を終えた。
エ 本件組合は、原告が上記ウの払込金の支払を完了する前の平成１８年３月１６日、本件組合契約に基づき、原告の出資口数に相当する本件新株予約権１９０２個をＣに対して行使し、同月２３日、Ｃの株券１９０２万株の交付を受け、同日、４０２万株を原告に対し交付し、１５００万株を原告のためにＤ銀行名古屋支店内貸金庫に預り保管した。
オ 原告は、平成１８年９月１日付けで、本件組合から、第１期事業年度（平成１７年４月１６日から平成１８年３月３１日まで）に係る収支決算書の送付を受けた。同収支決算書においては、収入として、組合員からの受入出資金等が計上され、支出として、Ｃに支払った本件新株予約権の発行価額相当額１１６７万円、行使価額２５億６７４０万円、その他旅費交通費等の運営経費が計上されていたが、本件新株予約権を有利な発行価額で取得したことによる収益は計上されていなかった。
なお、同収支決算書に添付された書面には、参考情報として、Ｅ株式会社が作成した平成１７年８月１５日付けの報告書によれば、同会社がブラック・ショールズモデルを基に算定した本件新株予約権の価値は１個当たり５２万００４１円である旨記載されていた。
(3) 上記事実関係によれば、本件組合は、平成１７年８月１１日、本件新株予約権の発行価額の総額を支払って、全組合員の出資口数に相当する１万１６７０個の本件新株予約権を取得したところ、各組合員は、本件組合の取得した本件新株予約権について、その出資口数の割合に応じて案分した持分を有することになるものである。そして、本件組合は、本件新株予約権を取得すると同時に、これを原告を含む各組合員の個別財産として管理していたのであり、本件組合の第１期事業年度に係る収支決算書には、本件新株予約権を有利な発行価額で取得したことによる収益は計上されていなかったものである。こうした事情の下においては、本件組合の各組合員は、本件組合が本件新株予約権を取得すると同時に、その出資口数に相当する本件新株予約権を取得したものと評価するのが相当である。
なお、本件組合契約６条２項によれば、組合員は本件組合に対し平成１７年９月３０日までに１口につき１０００円を払い込むものと定められており、原告がこの払込み義務を履行したのは平成１８年３月１５日以降であるが、上記のとおり、本件組合は払込み義務の履行、未履行にかかわらず平成１７年８月１１日時点において本件新株予約権を原告の個別財産としで管理していたのであるから、払込み義務の未履行の事実は原告が本件新株予約権を取得した時期に何ら影響を与えるものではないというべきである。
(4) したがって、原告は、平成１７年８月１１日にその出資口数に相当する１９０２個の本件新株予約権を取得し、その時点で、本件新株予約権の時価とその発行価額との差額について、受贈益を得たものということができる。
そして、その受贈益の金額を、前記(2)オのブラック・ショールズモデルにより算定した本件新株予約権の１個当たりの価値（時価）を基に計算すると、その金額は、次の計算式のとおり、９億８７２１万５９８２円となり、これは本件修正申告において計上した本件新株予約権に係る収益の金額と合致するものである。
（５２万００４１円《時価》－１０００円《発行価額》）×１９０２《個数》＝９億８７２１万５９８２円
３ 原告は、本件新株予約権に係る収益について本件通達のただし書が適用され、平成１８年事業年度の益金に計上すればよいと判断したことなどを国税通則法６５条４項の「正当な理由」であると主張する。
しかしながら、本件通達のただし書は、任意組合の組合事業に係る「利益」又は「損失」が当該組合に生じ、その利益又は損失が分配割合に応じて各組合員に分配されることを前提とする規定であるところ、前記のとおり、本件新株予約権に係る収益は、各組合員が本件新株予約権を時価よりも低い金額で取得したことによる受贈益であって、本件組合の事業によって本件組合に生じた利益が分配されるものではないから（前記のとおり、本件組合の第１期事業年度に係る収支決算書には、本件新株予約権を有利な発行価額で取得したことによる収益は計上されていない。）、本件新株予約権に係る収益について、本件通達のただし書が適用される余地はない。原告が本件新株予約権に係る収益について本件通達のただし書が適用されると考えていたとしても、それは原告の主観的な事情による法の不知ないし法解釈の誤りにすぎないというべきである。
また、本件新株予約権の価値は、前記２(2)オの平成１７年８月１５日付けの報告書により算定されていたのであるから、原告が本件組合からその通知を受けたのが平成１８年９月になってからであったとしても、原告において平成１７年事業年度の法人税の確定申告期限（平成１８年２月末日）までにこの価額を調査することは可能であったものと認められる。
なお、原告は、本件新株予約権を行使して取得した株式１９０２万株のうち１５００万株について、平成２０年８月１０日まで第三者へ売却（譲渡）することが禁止され、その間は本件組合に同株券を預託することになっていたことを理由に、少なくともこの１５００万株について平成１７年事業年度に係る本件確定申告においてその利益を計上することは困難である旨主張するが、前記２(1)で述べたとおり、内国法人が有利な発行価額で新株予約権を取得した場合、時価と払込金額との差額を当該法人の受贈益として益金に計上すべきことになるのであって、新株予約権を行使して得た株式を譲渡することができるか否かは上記受贈益の算定に直接影響するものではないから、原告の主張は失当である。
４ そうすると、原告が本件確定申告において本件新株予約権に係る収益を平成１７年事業年度の益金に当たるものとして税額の計算の基礎としていなかったことについては、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たるものということはできないから、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
第４ 結論
以上によれば、本件修正申告を受けて、国税通則法６５条１項、２項に基づいてされた本件決定は適法と認められるから、原告の請求は理由がないというべきである。
よって、主文のとおり判決する。
名古屋地方裁判所民事第９部
裁判長裁判官増田稔
裁判官前田郁勝
裁判官杉浦一輝
（別紙）
関連法令等
１ 国税通則法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）
６５条１項期限内申告書（還付請求申告書を含む。第３項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第１項ただし書の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき第３５条第２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
２項前項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
４項第１項又は第２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となつた事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
２ 商法（平成１７年法律第８７号による改正前のもの）
２８０条ノ２１第１項株主以外ノ者ニ対シ特ニ有利ナル条件ヲ以テ新株予約権ヲ発行スルニハ定款ニ之ニ関スル定アルトキト雖モ其ノ新株予約権ニ付テノ前条第２項第１号、第２号及第４号乃至第８号ニ掲グル事項並ニ各新株予約権ノ最低発行価額（無償ニテ発行スル場合ニハ其ノ旨）ニ付第３４３条ニ定ムル決議アルコトヲ要ス此ノ場合ニ於テハ取締役ハ株主総会ニ於テ株主以外ノ者ニ対シ特ニ有利ナル条件ヲ以テ新株予約権ヲ発行スルコトヲ必要トスル理由ヲ開示スルコトヲ要ス
２項前項ノ決議ハ新株予約権ニシテ決議ノ日ヨリ１年内ニ発行価額ノ払込（無償ニテ新株予約権ヲ発行スル場合ニハ発行）ヲ為スベキモノニ付テノミ其ノ効力ヲ有ス
３ 法人税法（２条２１号につき、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）２条２１号有価証券証券取引法（昭和２３年法律第２５号）第２条第１項（定義）に規定する有価証券その他これに準ずるもので政令で定めるものをいう。
２２条２項内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
４ 法人税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの）
１１条法第２条第２１号（有価証券の意義）に規定する政令で定める有価証券は、次に掲げるものとする。
２号証券取引法（昭和２３年法律第２５号）第２条第１項第１号から第１０号まで（定義）に掲げる有価証券に表示されるべき権利（当該有価証券が発行されていないものに限る。）１１９条１項内国法人が有価証券の取得をした場合には、その取得価額は、次の各号に掲げる有価証券の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
３号有利な発行価額で新株その他これに準ずるものが発行された場合における当該発行に係る払込みにより取得をした有価証券（株主等として取得をしたものを除く。）その有価証券の当該払込みに係る期日における価額
５ 証券取引法（平成１８年法律第６５号による改正前のもの）
２条１項この法律において「有価証券」とは、次に掲げるものをいう。
６号株券又は新株予約権証券
６ 法人税法基本通達
１４－１－１の２（任意組合等の組合事業から生ずる利益等の帰属の時期）
法人が組合員となっている組合事業に係る利益金額又は損失金額のうち分配割合に応じて利益の分配を受けるべき金額又は損失の負担をすべき金額（以下１４－１－２までにおいて「帰属損益額」という。）は、たとえ現実に利益の分配を受け又は損失の負担をしていない場合であっても、当該法人の各事業年度の期間に対応する組合事業に係る個々の損益を計算して当該法人の当該事業年度の益金の額又は損金の額に算入する。
ただし、当該組合事業に係る損益を毎年１回以上一定の時期においで計算し、かつ、当該法人への個々の損益の帰属が当該損益発生後１年以内である場合には、帰属損益額は、当該組合事業の計算期間を基として計算し、当該計算期間の終了の日の属する当該法人の事業年度の益金の額又は損金の額に算入するものとする。
（（注）は省略）
別表
課税の経緯
平成１７年１月１日から平成１７年１２月３１日までの事業年度分
（単位：円）
区分
項目
金額等
所得金額
確定申告
(H18.2.27)
（期限内）
法人税額
所得金額
972,846,978
修正申告
(H19.2.5)
法人税額
291,213,800
過少申告加算税
の賦課決定処分
(H19.2.26)
過少申告加算税の額
43,656,500
異議申立て
(H19.4.6)
過少申告加算税の額
全部取消し
異議決定
(H19.7.2)
棄却
審査請求
(H19.7.26)
過少申告加算税の額
全部取消し
裁決
(H20.7.24)
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11266.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。