税務訴訟資料第２５９号－２３９（順号１１３５２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（川越税務署長）
平成２１年１２月１８日棄却・控訴
判決
原告甲
法定代理人成年後見人乙
被告国
代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁川越税務署長
東野登代次
指定代理人荒井秀太郎
嶺山登
宮崎浩彰
中坪敬治
山﨑康裕
太田智法
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 川越税務署長が平成１９年２月１６日付けでした原告の同１５年分以後の所得税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 川越税務署長が平成１９年２月１６日付けで原告に対してした同１５年分から同１７年分までの所得税の各更正処分のうち、同１５年分については総所得金額１４２万９０５５円を超える部分、同１６年分については総所得金額２３万６２４８円、分離課税長期譲渡所得１１９万５６２５円及び還付金の額に相当する税額１５万８２６０円を超える部分、同１７年分については総所得金額３０万８６６９円及び還付金の額に相当する税額１５万８２６０円を超える部分並びに上記各年分の所得税に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 川越税務署長が平成１９年２月１６日付けで原告に対してした同１５年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間、同１６年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間及び同１７年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の各決定処分並びに上記各課税期間の消費税及び地方消費税に係る無申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、川越税務署長から、平成１９年２月１６日付けで同１５年分以後の所得税に係る青色申告の承認の取消処分、同年分から同１７年分まで（以下「本件各係争年分」という。）の所得税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分並びに同１５年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１５年課税期間」という。）、同１６年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１６年課税期間」という。）及び同１７年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１７年課税期間」といい、平成１５年課税期間及び平成１６年課税期間と併せて、「本件各係争課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税（以下、両者を併せて「消費税等」という。）の各決定処分並びに無申告加算税の各賦課決定処分を受けたところ、上記各処分は、いずれも違法であるとして、これらの取消しを求めている事案である。
１ 前提事実
本件の前提となる事実は、次のとおりであり、当事者間に争いのある事実は、各末尾記載の証拠及び弁論の全趣旨により認定した。
(1) 当事者等
ア 原告は、不動産貸付業等を営んでいる者である。平成２１年３月１４日、原告について後見開始の裁判が確定し、原告の長男である乙（以下「乙」という。）が成年後見人に選任された。
イ 有限会社Ａは、本店所在地を原告の肩書住所地と同一とし、不動産貸付業を主たる目的として昭和５７年６月５日に設立された会社である。同社は、原告及び乙が発行済株式の総数を有する法人税法２条１０号に規定する同族会社であり、原告が代表取締役、乙が取締役となっている。（乙８、１９）
(2) 原告の所得税及び消費税等に係る申告等
ア 原告は、昭和５６年３月３日、川越税務署長に対し、同年分以後の所得税の申告を青色申告によりたい旨の所得税の青色申告承認申請書を提出し、青色申告の承認を受けた。（乙１）
イ 原告は、本件各係争年分に係る所得税について、青色申告による計算に基づき、別表１「課税の経緯（所得税）」の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告書をそれぞれ提出したが、本件各係争課税期間に係る消費税等については申告しなかった。（乙２から７）
(3) 青色申告承認取消処分並びに所得税及び消費税等に係る処分
ア 川越税務署長は、原告に対し、平成１９年２月１６日付けで、同１５年分以後の所得税の青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）をした。（乙９）
イ 川越税務署長は、原告に対し、平成１９年２月１６日付けで、本件各係争年分に係る所得税について、別表１「課税の経緯（所得税）」の各「更正処分及び賦課決定処分」欄記載のとおり、各更正処分（以下「本件所得税更正処分」という。）及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件所得税賦課決定処分」という。）をした。（乙１０から１２）
ウ 川越税務署長は、原告に対し、平成１９年２月１６日付けで、本件各係争課税期間の消費税等について、別表１「課税の経緯（消費税等）」の各「決定処分及び賦課決定処分」欄記載のとおり、各決定処分（以下「本件消費税等決定処分」という。）及び無申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分」といい、本件青色申告承認取消処分、上記イの所得税に係る各処分及び上記消費税等に係る各処分を併せて「本件課税処分」という。）をした。（乙１３から１５）
(4) 原告の不服申立ての経緯
ア 原告は、本件課税処分を不服として、平成１９年４月１７日付けで、川越税務署長に対して異議申立てを行ったが、同年７月９日付けで、同申立てを棄却する決定がされた。（乙１６の１から３まで、１７）
イ 原告は、上記アの決定を不服として、平成１９年８月６日付けで国税不服審判所長に対して審査請求を行ったが、同２０年７月３０日付けで同審査請求を棄却する旨の裁決がされた。（乙１８の１及び２、１９）
(5) 本件訴えの提起
原告は、平成２１年１月３０日、本件訴えを提起した。
(6) 被告の主張する本件課税処分の根拠及び計算方法
ア 本件所得税更正処分の根拠
(ア) 平成１５年分
原告の不動産所得に係る総収入金額を原告が所有し、又は共有する別紙物件目録記載の各物件（以下「本件各賃貸物件」という。）の賃貸借に係る賃貸料収入（原告が共有するＡ貸家については、原告の共有持分に係る部分。以下、併せて「本件賃貸料収入」という。）の平成１５年分である８９８３万４１３１円と認め（乙２９）、同金額に後記(エ)の基準で選定した原告の同業者（以下「比準同業者」という。）の総収入金額に占める所得金額の割合の平均値（以下「平均所得率」という。）である３２．１１％を乗じた２８８４万５７３９円を不動産所得の金額とし、これに原告の給与所得３５万円を加えた２９１９万５７３９円から所得控除合計額２３０万６８９０円を控除して総所得金額２６８８万８０００円（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）とした。そして、上記総所得金額に所定税率を乗じた７４５万８５６０円から定率減税額２５万円を控除して納付すべき税額を７２０万８５００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
(イ) 平成１６年分
原告の不動産所得に係る総収入金額を本件賃貸料収入の平成１６年分である８６０６万７１３４円と認め（乙３０）、同金額に比準同業者の平均所得率である３１．９０％を乗じた２７４５万５４１５円を不動産所得の金額とし、これに原告の事業所得の金額３６万円及び雑所得の金額１３３万０２８７円を加えた２９１４万５７０２円から所得控除合計額１４５万２０００円を控除して総所得金額を２７６９万３０００円（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）とした。また、原告の分離長期譲渡所得の金額を１１９万５０００円（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と認め、上記総所得金額及び分離長期譲渡所得の金額に所定税率を乗ずるなどした７９３万５６６０円から源泉徴収税額１５万８２６０円及び定率減税額２５万円を控除して納付すべき税額を７５２万７４００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
(ウ) 平成１７年分
原告の不動産所得に係る総収入金額を本件賃貸料収入の平成１７年分である８０１７万２０００円と認め（乙３１）、同金額に比準同業者の平均所得率である３１．３３％を乗じた２５１１万７８８７円を不動産所得の金額とし、これに原告の事業所得の金額２２万６５８０円及び雑所得の金額１５７万３０４８円を加えた２６９１万７５１５円から所得控除合計額９９万５２００円を控除して総所得金額を２５９２万２０００円（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）とした。そして、上記総所得金額の金額に所定税率を乗じた７１０万１１４０円から源泉徴収税額１５万８２６０円及び定率減税額２５万円を控除して納付すべき税額を６６９万２８００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
(エ) 比準同業者の抽出方法等
比準同業者の抽出方法については、川越税務署長が、関東信越国税局長から、埼玉県富士見市内の個人で、本件各係争年分について、次のａからｄまでのいずれの条件にも該当する者全部の報告を求める旨の指示を受け（以下、この抽出条件を「本件抽出条件」という。）、機械的に本件抽出条件に該当する者をすべて抽出した。そして、別表２から４までのとおり報告した結果に基づき、本件各係争年分ごとに抽出された比準同業者の平均所得率を求めた。（乙３４、３５の１から３）
ａ その年分の暦年を通じて、不動産貸付業のうち建物貸付業を継続して営んでいる者であること。
ｂ 所得税の申告において青色申告の承認を受けており、青色申告決算書を提出している者であること。
ｃ 年間の収入の金額が、次の範囲内にある者であること。
(a) 平成１５年分４４９１万７０６５円以上１億７９６６万８２６２円以下
(b) 平成１６年分４３０３万３５６７円以上１億７２１３万４２６８円以下
(c) 平成１７年分４００８万６０００円以上１億６０３４万４０００円以下
ｄ 次の(a)及び(b)のいずれにも該当しない者であること。
(a) 災害等により、経営状態が異常であると認められる者
(b) 税務署長からの更正又は決定処分がされている者のうち、次のいずれかに該当する者
① 当該処分について国税通則法又は行政事件訴訟法の規定による不服申立期間又は出訴期間の経過していないもの
② 当該処分に対して不服申立てがされ、又は訴えが提起されて現在審理中であるもの
イ 本件所得税賦課決定処分の根拠
(ア) 平成１５年分
本件所得税更正処分のうち平成１５年分に係る処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額６６４万円（国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに国税通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額６６万４０００円に、同条２項の規定に基づき、原告が新たに納付すべきこととなった税額（６６４万円）のうち５０万円を超える部分に相当する金額である６１４万円に１００分の５の割合を乗じて計算した金額３０万７０００円を加算し、同年分の過少申告加算税の金額を９７万１０００円と算定した。
(イ) 平成１６年分
本件所得税更正処分のうち平成１６年分に係る処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額７３４万円（同更正処分に係る納付すべき税額７１９万０３００円と確定申告における還付金の額に相当する税額１５万８２６０円の合計額で国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに国税通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額７３万４０００円に、同条２項の規定に基づき、原告が新たに納付すべきこととなった税額（７３４万円）のうち５０万円を超える部分に相当する金額である６８４万円に１００分の５の割合を乗じて計算した金額３４万２０００円を加算し、同年分の過少申告加算税の金額を１０７万６０００円と算定した。
(ウ) 平成１７年分
本件所得税更正処分のうち平成１７年分に係る処分により、原告が新たに納付すべきこととなった税額６２６万円（同更正処分に係る納付すべき税額６１０万３４００円と確定申告における還付金の額に相当する税額１５万８２６０円の合計額で国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに国税通則法６５条１項の規定に基づき、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額６２万６０００円に、同条２項の規定に基づき、原告が新たに納付すべきこととなった税額（６２６万円）のうち５０万円を超える部分に相当する金額である５７６万円に１００分の５の割合を乗じて計算した金額２８万８０００円を加算し、同年分の過少申告加算税の金額を９１万４０００円と算定した。
ウ 本件消費税等決定処分の根拠
(ア) 平成１５年課税期間
平成１５年課税期間における原告の課税売上高を本件賃貸料収入の同期間分である３４７５万８１３０円と認定し（乙２９）、同金額に１０５分の１００を乗じた３３１０万２０００円（国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を課税標準額とし、上記課税標準額に消費税率１００分の４を乗じた１３２万４０８０円を上記課税標準額に対する消費税額とし、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当するとして、控除対象仕入税額を０円とし、納付すべき税額を１３２万４０００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
また、上記納付すべき税額と同額を地方消費税の課税標準とし、これに地方消費税の税率１００分の２５を乗じた３３万１０００円（地方税法２０条の４の２第３項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を納付すべき地方消費税額とした。
(イ) 平成１６年課税期間
平成１６年課税期間における原告の課税売上高を本件賃貸料収入の同期間分である３５１７万４６６０円と認定し（乙３０）、同金額に１０５分の１００を乗じた３３４９万９０００円（国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を課税標準額とし、上記課税標準額に消費税率１００分の４を乗じた１３３万９９６０円を上記課税標準額に対する消費税額とし、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当するとして、控除対象仕入税額を０円とし、納付すべき税額を１３３万９９００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
また、上記納付すべき税額と同額を地方消費税の課税標準とし、これに地方消費税の税率１００分の２５を乗じた３３万４９００円（地方税法２０条の４の２第３項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を納付すべき地方消費税額とした。
(ウ) 平成１７年課税期間
平成１７年課税期間における原告の課税売上高を本件賃貸料収入の同期間分である３２３１万６９７０円と認定し（乙３１）、同金額に１０５分の１００を乗じた３０７７万８０００円（国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を課税標準額とし、上記課税標準額に消費税率１００分の４を乗じた１２３万１１２０円を上記課税標準額に対する消費税額とし、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当するとして、控除対象仕入税額を０円とし、納付すべき税額を１２３万１１００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）と算出した。
また、上記納付すべき税額と同額を地方消費税の課税標準とし、これに地方消費税の税率１００分の２５を乗じた３０万７７００円（地方税法２０条の４の２第３項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）を納付すべき地方消費税額とした。
エ 本件消費税等賦課決定処分の根拠
(ア) 平成１５年課税期間
本件消費税等決定処分のうち平成１５年課税期間に係る処分により、原告が新たに納めることとなった税額１６０万円（消費税額１２８万７１００円と地方消費税額３２万１７００円の合計額で国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに国税通則法６６条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて２４万円と算定した。
(イ) 平成１６年課税期間
本件消費税等決定処分のうち平成１６年課税期間に係る処分により、原告が新たに納めることとなった税額１５９万円（消費税額１２７万３５００円と地方消費税額３１万８３００円の合計額で国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに国税通則法６６条１項の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて２３万８５００円と算定した。
(ウ) 平成１７年課税期間
本件消費税等決定処分のうち平成１７年課税期間に係る処分により、原告が新たに納めることとなった税額１４７万円（消費税額１１７万６９００円と地方消費税額２９万４２００円の合計額で国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に、国税通則法６６条１項の規定に基づき、１００分の１５の割合を乗じて２２万０５００円と算定した。
２ 争点
(1) 本件青色申告承認取消処分の適法性
(2) 本件賃貸料収入が原告に帰属するか。
(3) 推計課税の必要性
(4) 推計課税の合理性
(5) 原告が消費税等の納税義務を負うか。
(6) 課税仕入れに係る消費税額の控除の要否（消費税法３０条７項の適用の有無）
３ 当事者の主張
(1) 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（被告の主張）
ア 青色申告の承認を受けた納税者は、所得税法施行規則５６条から６４条までに定められている帳簿書類を備え付け、記録し、保存すべき義務を負い（所得税法１４８条１項）、上記帳簿書類の保存がない場合には、青色申告の承認は取り消されるものとされている（同法１５０条１項）。そして、申告納税制度の下において適正かつ公平な課税を実現するために不可欠な帳簿等の正確な記帳を推進するという青色申告制度の趣旨に照らすと、同法１４８条１項所定の保存等の義務は、青色申告の基礎としての適格性を有する帳簿書類の保存等をすべきことをいうのであって、ただ単に帳簿書類が存在すればよいというではなく、同法２３４条に規定する税務職員の質問検査権が行使された場合、税務職員において閲覧検討し、帳簿書類が青色申告の基礎としての適格性を有するものか否かを判断し得るよう、いつでも提示することができる状態で保存等をしておくことを意味するものと解される。したがって、青色申告をした納税者が税務職員の適法な帳簿書類の提示要求に対して正当な理由なく帳簿書類の提示を拒否するため、帳簿書類の備付け、記録及び保存が正しく行われていることを税務署長において確認することができないときは、帳簿書類の備付け、記録及び保存がないものとして、同法１５０条１項１号に規定する青色申告承認の取消事由に該当するものというべきである。
イ 本件では、調査担当者らが、原告の申告に係る所得金額が適正なものであること及び原告が消費税等の課税事業者に該当することを確認する必要があったため、本件各係争年分の原告の所得税の申告に係る帳簿書類等を調査することとし、平成１８年４月７日から同年１２月１４日までの約９箇月間にわたり、原告及び原告の代理人である乙に対して、何度も電話をしたり原告の自宅を訪れるなどして、調査への協力を要請し帳簿書類等の提示を求めたが、乙は、必ずしも必要的でない税理士丙（以下「丙税理士」という。）の立会いを要求した上、丙税理士と連絡が取れないなどとして税務調査に協力せず、さらに、母である丁（以下「丁」という。）の入院を理由に税務調査に難色を示し、調査担当者らが「半日でいい」などと乙の立場に配慮して日程調整をしようとしても、一方的に税務調査への協力及び帳簿書類等の提示を拒否したのであって、このような乙の対応等からすれば、原告の代理人である乙は、正当な理由なく帳簿書類等の提示を拒否したと認められるから、原告において帳簿書類等の備付け、記録及び保存がなかったものとして、所得税法１５０条１項１号所定の取消事由があるということができる。よって、本件青色申告承認取消処分は適法である。
（原告の主張）
原告は、高齢であり、平成２１年３月１４日には後見開始の裁判がされたため、原告の成年後見人に選任された乙は、原告の財産管理等を行わなければならなくなった。そこで、乙は、調査担当者らに対し、原告を同行することなく事務処理を行うことのできる態勢が整うまで調査を延期してほしいと求めたのであって、正当な理由なく税務調査に協力しなかったのではない。したがって、原告に所得税法１５０条１項１号所定の取消事由があるということはできない。
(2) 争点(2)（本件賃貸料収入が原告に帰属するか）について
（被告の主張）
本件各賃貸物件が原告の所有又は原告と乙との共有であること、本件各賃貸物件の賃貸借契約において本件賃貸料収入の振込先が原告名義の口座に指定されていたことからすれば、本件賃貸料収入は原告に帰属するというべきである。
（原告の主張）
本件各賃貸物件の賃貸借契約の賃貸人は、有限会社Ａ等（以下、併せて「関連法人」という。）であり、原告は、本件各賃貸物件について所有権又は共有持分権を有しているにすぎず、本件賃貸料収入の振込先が原告名義の口座となっているのも、固定資産税の振替口座が原告の口座となっていることから振替事務の効率化を図ったものにすぎない。また、関連法人は本件賃貸料収入をその所得として計上及び申告をしており、原告は平成１５年の有限会社Ａからの給与を給与所得として申告しているから、本件賃貸料収入を原告の所得として課税すると二重課税となる。
以上のことからすれば、本件賃貸料収入は、関連法人に帰属しており、原告に帰属するものではないというべきである。
(3) 争点(3)（推計課税の必要性）について
（被告の主張）
所得税法１５６条の規定するいわゆる推計課税は、推計の必要性がある場合に認められるものであるところ、本件では、前記(1)の被告の主張で述べたとおり、原告の代理人である乙は、正当な理由なく税務調査に協力せず帳簿書類等の提示を拒否したのであって、このような状況では、川越税務署長において、原告の本件各係争年分の不動産所得の金額を実額で把握することは不可能である。したがって、本件においては、推計課税の必要性が認められる。（原告の主張）
前記(1)の原告の主張で述べたとおり、乙は、調査担当者らに対し、原告を同行することなく事務処理のできる態勢が整うまで調査を延期してほしいと求めたのであり、税務調査に協力しなかったのではないから、本件において、推計課税の必要性は認められない。
(4) 争点(4)（推計課税の合理性）について
（被告の主張）
本件所得税更正処分における比準同業者の抽出方法は、前提事実(6)ア(エ)のとおりであるところ、川越税務署長は、本件抽出条件に該当する者を機械的した抽出したものであって、その過程に恣意が介在する余地はなく、本件抽出条件の内容も同業者の類似性を判別する基礎的要件を欠くものではない。また、本件抽出条件に該当する者は、いずれも青色申告者であり、経営状態が異常であると認められる者や更正等に対して不服申立て等をしている者が除外されているから、その収入金額及び必要経費の算出根拠となる資料の正確性も十分に担保されている。さらに、本件抽出条件により抽出された本件各係争年分における比準同業者の各件数も平均化するに足りる合理的なものである。
以上のことからすれば、原告の不動産所得の金額を推計する方法は合理的なものというべきである。
（原告の主張）
本件抽出条件の定める年間収入金額には４倍以上の幅がある上、その幅の選択にも恣意性が介在する余地がある。また、別表２から４までの各業者が本件抽出条件に該当するすべての者か否かも不明である。さらに、本件抽出条件に該当する比準同業者の所得率には、平成１５年で０．４５％から６８．７５％まで、同１６年で１１．７５％から６７．６６％まで、同１７年で－１１．５６％から６３．７５％までという大きな幅が存在しているから、比準同業者の平均所得率も合理的なものということはできない。
(5) 争点(5)（原告が消費税等の納税義務を負うか）について
（被告の主張）
本件各係争課税期間に係る基準期間の課税売上高は、平成１５年課税期間に係る基準期間である同１３年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１３年課税期間」という。）において３２８３万４６５０円、平成１６年課税期間に係る基準期間である同１４年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１４年課税期間」という。）において３５３７万３４８７円、平成１７年課税期間に係る基準期間である平成１５年課税期間において３４７５万８１３０円であり、平成１５年課税期間に係る基準期間及び平成１６年課税期間に係る基準期間の課税売上高が３０００万円を、平成１７年課税期間に係る基準期間の課税売上高が１０００万円をそれぞれ超えることから、原告には消費税法９条（平成１５年課税期間及び平成１６年課税期間については、平成１５年法律８号による改正前のもの）の適用はなく、原告は本件各係争課税期間の消費税等を納税する義務を負うというべきである。（原告の主張）
被告の主張する課税売上高の大部分は関連法人の課税売上高として計上しており、これを原告の課税売上高として消費税等を課税するのは二重課税となるし、仮に、本件賃貸料収入を原告の課税売上高とするとしても、平成１５年課税期間に係る基準期間である平成１３年課税期間の課税売上高及び平成１６年課税期間に係る基準期間である平成１４年課税期間の課税売上高はいずれも３０００万円未満であり、平成１７年課税期間に係る基準期間である平成１５年課税期間の課税売上高は１０００万円未満であるから、原告は、本件各係争課税期間の消費税等を納税する義務を負わないというべきである。
(6) 争点(6)（課税仕入れに係る消費税額の控除の要否［消費税法３０条７項の適用の有無］）（被告の主張）
ア 消費税法３０条７項は、当該課税期間の課税仕入れに係る帳簿等を保存しない場合には、同条１項による課税仕入れに係る消費税額控除の規定を適用しないものとしているが、これは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、帳簿等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためである。このような法の趣旨に照らすと、同条７項にいう帳簿等の「保存」とは、事業者が同法施行令５０条１項の定めるとおり、同法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していることを意味するものと解される。
イ 本件では、前記(1)の被告の主張で述べたとおり、原告の代理人である乙が、正当な理由なく税務調査に協力せず帳簿書類等の提示を拒否したのであり、原告が消費税法６２条に基づく税務職員による帳簿及び請求書等の検査に当たり、適時に提示することが可能なように態勢を整えてこれらを保存していたということはできない。したがって、本件は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、課税仕入れに係る消費税額控除の適用はないというべきである。
（原告の主張）
前記(1)の原告の主張で述べたとおり、乙は、調査担当者らに対し、原告を同行することなく事務処理のできる態勢が整うまで調査を延期してほしいと求めたにすぎず、税務調査に協力しなかったのではないから、原告について課税仕入れに係る消費税額控除の適用を排除するのは、不可能を強いるものであって違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 事実経過
証拠（乙１９から２６まで）及び弁論の全趣旨を総合すると、次の事実が認められる。
(1) 川越税務署長による調査指示
川越税務署長は、平成１８年３月下旬ころ、川越税務署所部係官戊特別国税調査官（以下「戊特官」という。）及び同Ｂ係官（以下「Ｂ係官」といい、戊特官と併せて「Ｂ係官ら」という。）に対し、原告の不動産所得の金額が適正に計算され申告されているか否か、及び原告が消費税等の課税事業者に該当するか否かの調査を命じた。
(2) 平成１８年４月７日
Ｂ係官は、平成１８年４月７日午前１０時４０分ころ、調査の事前通知の趣旨で原告の自宅に電話したところ、原告が電話に出た。Ｂ係官は、自らの官職、氏名等を告げた上、本件各係争年分の原告の所得税の調査のために原告の自宅を訪問するので本件各係争年分の所得税の申告に係る帳簿書類等を用意してほしい旨を伝えた。これに対し、原告が、乙に任せてある旨を述べたため、Ｂ係官は、乙や関与税理士である丙税理士が調査に同席していないと原告の不動産所得の収支等の内容が不明で調査が進展しないと判断し、原告に対して、乙及び丙税理士と相談して調査日程を調整の上、同月１０日に連絡してほしいと依頼し、川越税務署の電話番号及び連絡先として自らの氏名を再度伝えた。
Ｂ係官が、同日午後１時４０分ころ、再び原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。乙は、Ｂ係官に対し、原告が要領を得ないので原告に対する電話の内容を教えてほしい旨を述べたので、Ｂ係官は、乙に対し、本件各係争年分の原告の所得税の調査のために原告の自宅を訪問するので所得税の申告に係る帳簿書類等を用意しておいてほしい旨を伝えた上、同月１４日、同月１７日又は同月１８日のいずれかの都合がつく日を丙税理士と相談して日程を調整し、同月１０日に連絡してほしいと依頼した。また、Ｂ係官は、乙に対し、原告が取締役である有限会社Ａの主たる目的が不動産貸付業であることから、原告の所得税の調査に関連して有限会社Ａについても事情を聞くことがある旨を伝えた。その際、Ｂ係官が、乙に対し、丙税理士への連絡をどうするかを尋ねたところ、乙は、丙税理士には自分で連絡する旨を回答した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(3) 平成１８年４月１１日及び同月１７日
Ｂ係官は、平成１８年４月１１日午後４時ころ、原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。Ｂ係官は、乙に対して、調査日程について尋ねたところ、乙において丙税理士と連絡が取れない旨を述べたため、丙税理士と連絡が取れ次第、Ｂ係官あてに調査日程の連絡をしてほしいと依頼した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかったため、Ｂ係官は、同月１７日午後４時２０分ころ、原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。Ｂ係官は、乙に対し、調査日程について尋ねたところ、乙は、丙税理士と連絡が取れない旨を回答した。そこで、Ｂ係官は、乙に対し、丙税理士と連絡が取れない状況が長く続いているため取りあえず丙税理士の立会いなしで調査に協力し、所得税の申告に係る帳簿書類等を提示してほしいと依頼したが、乙は、丙税理士の立会いなしでは調査に協力することはできない旨を述べた。その際、乙は、原告の体調が優れないため、原告の自宅に電話をすると、乙の携帯電話に転送されること、丙税理士には、月１回の割合で申告書類を見てもらっており、丙税理士の４月の監査は８日の土曜日であったが、５月における監査の日程はまだ決まっていないことなどを述べた。そこで、Ｂ係官は、もう少し待つので丙税理士と連絡が取れ次第、調査日程を連絡してほしいと依頼した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(4) 平成１８年４月２７日
Ｂ係官は、平成１８年４月２７日午後４時５分ころ、原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。Ｂ係官は、乙に対して、調査を行う日程について尋ねたが、乙は、まだ丙税理士と連絡が取れず、５月の丙税理士の監査の日程もまだ決まっていない旨を述べた。そこで、Ｂ係官は、同月８日に調査日程を連絡してほしいと依頼した。
Ｂ係官は、乙が丙税理士には自分で連絡すると言っていたものの、丙税理士と連絡が取れないとして調査日程がなかなか決まらなかったため、自ら丙税理士に連絡を試みることとし、乙との電話を終えた後、原告の本件各係争年分の所得税青色申告決算書（不動産所得用）のいずれにも記載されていた丙税理士の川越市内の事務所の電話番号に電話をした。しかし、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながり、Ｂ係官は、留守番電話に伝言を録音することなく、電話を切った。
しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(5) 平成１８年５月１０日
Ｂ係官は、平成１８年５月１０日午前１０時５０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたところ、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったため、Ｂ係官あてに連絡してほしい旨と川越税務署の電話番号を告げて、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(6) 平成１８年５月１１日
Ｂ係官は、平成１８年５月１１日午前９時４０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をした。しかし、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながり、Ｂ係官は、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。Ｂ係官は、丙税理士の事務所の留守番電話である旨のメッセージが流れなかったことと、同月１０日に留守番電話に伝言を録音したにもかかわらず、丙税理士から連絡がなかったことから、架電先が丙税理士であることの確信が得られなかったため、留守番電話に伝言を残すことを控えた。
Ｂ係官は、同日午後１時２５分ころ、原告の自宅に電話したところ、原告の配偶者である丁が電話に出て、乙は不在である旨を述べた。Ｂ係官は、乙の方が丁よりも連絡等の相手として適当であると考え、丁に対して、乙からＢ係官あてに連絡をしてほしい旨を伝えたが、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(7) 平成１８年５月１８日
Ｂ係官は、平成１８年５月１８日午後４時３０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながり、Ｂ係官は、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。その後、Ｂ係官は、原告の自宅に電話したが、誰も電話には出なかった。
(8) 平成１８年５月１９日
Ｂ係官は、平成１８年５月１９日午後４時２０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながり、Ｂ係官は、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。その後、Ｂ係官が原告の自宅の電話番号に電話したが、誰も電話には出なかった。
(9) 平成１８年５月２５日
その後も原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかったため、Ｂ係官らは、原告の自宅に臨場することとし、平成１８年５月２５日午前１１時ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には丁が在宅していたものの、Ｂ係官らを家の中に上げなかったため、丁と立ったまま話をした。
丁は、乙が不在である旨を述べたため、Ｂ係官らは、丁に対し、調査日程を早急に決めたい旨を乙に伝えてほしいと依頼したところ、丁は、原告は脳梗塞の後遺症で税務のことは分らないこと、丁自身も税務のことは全く分からないこと、税務等は乙が行っているので乙に聞いてほしいことなどを述べた。そこで、Ｂ係官らは、上記のような丁の対応から、乙が調査への応対を任されており、乙を調査の窓口にするのが最適であると考え、原告あての「所得税の調査について」と題する平成１８年５月２５日付け文書（乙２２）を丁に手交し、丁から原告又は乙に渡すように依頼し、原告の自宅を辞去した。上記文書には、同年６月１日の午前１０時ころに原告の所得税の調査のため原告の自宅に臨場する予定であることなどが記載されていた。また、Ｂ係官らは、同日午後１時３０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所に臨場したが、丙税理士は不在であった。
(10) 平成１８年５月２６日
Ｂ係官は、平成１８年５月２６日午前１１時５０分ころ及び同日午後３時５５分ころの２回、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、いずれにおいても丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながり、Ｂ係官は、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。
(11) 平成１８年５月２９日
乙は、平成１８年５月２９日午前１０時３０分ころ、Ｂ係官に電話し、丙税理士とは連絡が取れず、同年６月１日に調査を行うのは都合が悪いこと、同年５月２０日の土曜日に月１回の丙税理士の監査があり、その際、丙税理士に今回の調査の話をしたものの、調査日程を決めるまでには至らなかったことなどを述べた。これに対して、Ｂ係官は、最初に連絡してから１月半以上経過しており、もう待てる段階にはない旨を告げた上、原告の所得税の申告に係る帳簿書類等が原告の自宅にあるのであれば、丙税理士の立会いがなくても帳簿書類等の提示を受け、調査を進めさせてもらいたいなどと調査への協力を依頼し説得したが、乙は、丙税理士の立会いがなければ調査に協力することはできない旨を述べた。そこで、Ｂ係官は、調査日程として、同年６月２日、同月５日、同月６日又は同月７日のいずれか都合のよい日を連絡してほしいと依頼した。その際、Ｂ係官は、今まで連絡してほしい旨を依頼しながら、結局、連絡がなかったことが度重なっていたことから、乙に対して、必ず連絡するよう強く依頼した。
(12) 平成１８年５月３１日
乙は、平成１８年５月３１日午前９時３０分ころ、Ｂ係官に電話をし、丙税理士と連絡は取れたが、調査に係る日程の話をしていないこと、丙税理士は同年６月の初めは秋田の方へ出掛ける予定であることなどを述べた。そこで、Ｂ係官は、乙に対し、所得税の調査に協力し申告に係る帳簿書類等を提示してほしいと依頼するとともに、調査に協力することができる日時を早急に決定し、Ｂ係官あてに連絡するよう強く求めた。
(13) 平成１８年６月２日
Ｂ係官は、平成１８年６月２日午前９時２０分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったため、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。
Ｂ係官は、同日午前９時２５分ころ、原告の自宅に電話をしたところ、原告が電話に出た。Ｂ係官は、最初の調査連絡以降、相当時間が経過しているので、調査日程を早く決めたい旨を述べたが、原告からは要領を得た回答がされなかったため、乙と話をするのが相当であると考え、乙から電話をしてほしい旨を伝えた。
乙は、同日午前１１時５５分ころ、Ｂ係官に電話をし、丙税理士と連絡が取れないこと、同年５月２０日に月１回の丙税理士の監査があり、その際、丙税理士に今回の調査の話をしたが、調査日程を決めるまでには至らなかったことなどを述べた。これに対し、Ｂ係官は、日程調整した上で調査に協力し所得税の申告に係る帳簿書類等を提示してほしいなどと依頼したが、乙は、丙税理士の立会いなしでは調査に応じられないと述べるのみであった。そこで、Ｂ係官は、乙に対し、同月１３日午前１０時ころに原告の自宅に再度臨場する旨伝えたところ、乙が了承したので、電話を終えた。
(14) 平成１８年６月１２日
乙は、平成１８年６月１２日午前９時２０分ころ、Ｂ係官あてに電話したが、Ｂ係官が不在であったため、電話に出た他の職員に対して、明日のＢ係官の訪問に応ずることはできない旨を述べた。そこで、上記職員が原告に対して訪問に都合の良い日を尋ねたところ、乙は、丙税理士と連絡が取れないため日程の予定がつかない旨を述べた。
Ｂ係官は、同日午後１時５分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったため、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。そして、Ｂ係官は、これまでの原告、丁、乙及び丙税理士の対応から、電話による依頼では何ら進展がないと想定され、日程の決定のみでも直接面接して強く調査への協力を依頼しなければならないと判断し、同月１３日に原告の自宅に臨場することとした。
(15) 平成１８年６月１３日
Ｂ係官らは、平成１８年６月１３日午前１０時ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には丁が在宅していたが、丁は、Ｂ係官らを家の中に上げなかったため、Ｂ係官らは立ったまま話をすることとなった。丁が、乙は不在である旨を述べたため、Ｂ係官らは、丁に対し、Ｂ係官あてに連絡してほしい旨を乙に伝えるよう依頼し、同日午前１０時５分ころ、原告の自宅を辞去した。なお、Ｂ係官らは、乙が居住するマンションにも臨場してみたが、乙は不在であった。
(16) 平成１８年６月２０日
Ｂ係官は、平成１８年６月２０日午前９時ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったため、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。
その後、Ｂ係官が原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出た。Ｂ係官は、丁に対し、乙からＢ係官あてに連絡をしてほしい旨を伝えた。
Ｂ係官は、同日午前１１時２０分ころ、乙から架かってきた電話において、乙に対し、同月２６日午前１０時ころに原告の自宅に行くので、調査に協力し、原告の本件各係争年分の所得税の申告に係る帳簿書類等を提示してほしいと依頼した。
(17) 平成１８年６月２６日
Ｂ係官らは、平成１８年６月２６日午前９時５５分ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には、乙が在宅していたものの、乙は、Ｂ係官らを家の中に上げなかったため、Ｂ係官らは立ったまま話をすることとなった。
Ｂ係官らは、乙に対し、再度調査協力を依頼し、本件各係争年分の所得税の申告に係る帳簿書類等を提示するように依頼したが、乙は、丙税理士の立会いなしでは調査に応じられない旨を繰り返し述べて、帳簿書類等を提示しなかった。そこで、Ｂ係官らは、乙に対し、調査の日程については２か月以上も前から調整を依頼しており、このまま先延ばしにすることはできない旨を繰り返し説明した上、積極的に丙税理士と早期に連絡を取って日程を決定し連絡するように重ねて依頼し、同日午前１０時２５分ころ、原告の自宅を辞去した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(18) 平成１８年７月１９日
Ｂ係官が平成１８年７月の人事異動により竜ケ崎税務署に異動したため、以後、戊特官と川越税務署所部係官Ｃ（以下「Ｃ係官」といい、戊特官と併せて「Ｃ係官ら」という。）が継続して原告の調査を担当することとなった。
Ｃ係官らは、同月１９日午前９時５５分ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には、丁が在宅していたが、丁は、Ｃ係官らを家の中に上げなかったため、Ｃ係官らは立ったまま話をすることとなった。丁は、Ｃ係官らに対し、乙は不在であること、丙税理士は昨日か一昨日に自宅に来たことなどを述べた。Ｃ係官らは、丁に対し、担当がＢ係官からＣ係官に代わったこと及び調査日程の調整を長い間依頼しており、連絡を待っているが誰からも連絡がない旨を説明し、乙からＣ係官あてに連絡をしてほしい旨を伝えて、同日午前１０時５分ころ、原告の自宅を辞去した。
Ｃ係官は、同日午後２時ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったため、前記(6)と同様の配慮から、留守番電話に伝言を録音することなく電話を切った。
しかし、その後も、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(19) 平成１８年７月２７日、同月３１日及び同年８月１日
Ｃ係官は、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなく、調査が進展しないことから、丙税理士とも連絡を取ることとし、平成１８年７月２７日午後１時３０分ころ、同月３１日午後４時４５分ころ及び同年８月１日午後４時５０分ころの３回にわたり、丙税理士の事務所の電話番号に電話したが、上記のいずれにおいても丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながった。そこで、Ｃ係官は、Ｃ係官あてに連絡してほしい旨を、自己の氏名や川越税務署の電話番号とともに留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(20) 平成１８年８月４日
Ｃ係官は、平成１８年８月４日午後４時４５分ころ、原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出て、乙が不在である旨を述べたので、Ｃ係官は、丁に対し、改めて連絡する旨を伝えた。その後、Ｃ係官は、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話したが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったので、Ｃ係官あてに連絡してほしい旨を、自己の氏名や川越税務署の電話番号とともに留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(21) 平成１８年８月７日
Ｃ係官は、平成１８年８月７日午後２時４５分ころ、原告の自宅に電話をしたところ、丁が電話に出て、乙が不在である旨を述べたので、改めて連絡する旨を伝えた。また、Ｃ係官は、同日午後４時４５分ころ、川越市内の丙税理士の事務所の電話番号に電話をしたが、丙税理士は電話に出ず、留守番電話につながったので、Ｃ係官あてに連絡してほしい旨を、自己の氏名や川越税務署の電話番号とともに留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(22) 平成１８年８月９日及び同月１０日
Ｃ係官は、平成１８年８月９日午後１時５分ころ、原告の自宅に電話したところ、原告が電話に出た。Ｃ係官は、原告に対し、所得税の調査に協力してほしい旨を依頼したが、原告は、乙に聞いてほしいなどと述べ税務調査については乙と協議するよう求めた。そこで、Ｃ係官は、原告に対し、Ｃ係官から電話があったこと及び乙からＣ係官あてに連絡してほしいことを乙に伝えるよう依頼した。ところが、その日の夕方になっても、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかったため、同日午後５時ころ、Ｃ係官は、原告の自宅に電話したものの、乙は不在であった。そこで、Ｃ係官は、電話に出た丁に、翌日に乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を乙に伝えるよう依頼したが、同月１０日午後５時ころになっても、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡はなく、Ｃ係官が、同日午後５時１５分ころ、原告の自宅に電話をしたものの、誰も電話に出なかった。
(23) 平成１８年８月１１日
Ｃ係官らは、平成１８年８月１１日午前１１時２０分ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には、乙が在宅していたが、乙は、Ｃ係官らを家の中に上げなかったため、Ｃ係官らは立ったまま乙と話をすることとなった。乙は、Ｃ係官らに対し、丙税理士から多忙のために時間が取れないと言われ、税務調査を受ける予定を組むことができなかったので川越税務署に電話しなかったこと、丙税理士は、川越税務署から１度も連絡を受けていないと言っていることなどを述べた。
その際、Ｃ係官らは、乙に対し、原告の確定申告等について再度確認したところ、乙は、原告は１年半ほど前に脳梗塞を患って以来、申告等を理解することができず、乙が原告の財産管理及び申告手続等を行っていることなどを述べた。
Ｃ係官らが乙に税務調査に協力するよう要請すると、乙は、従前と同様、税理士の立会いなしでは税務調査に応じられない旨を繰り返し述べた。しかし、その後も、Ｃ係官らにおいて、丙税理士の立会いがなくても、調査に協力し、本件各係争年分の原告の所得税の申告に係る帳簿書類等を提示してほしい旨を繰り返し依頼したところ、乙は、原告に代わって原告の税務調査を受けることを了承し、同年９月１日午前１０時から原告の自宅において調査が行われることとなった。
(24) 平成１８年８月２５日
ところが、乙は、平成１８年８月２５日午後４時４０分ころ、Ｃ係官に電話し、丁が検診で乳がんの宣告を受け、同月２８日にＤ病院に行くことになったこと、そのため、来週の予定が立たないことなどを伝えた。そこで、Ｃ係官は、乙に対し、丁が病院に行った後に状況を連絡してほしいと依頼したが、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(25) 平成１８年８月３０日
乙からＣ係官あての平成１８年８月２９日付け書面（乙２３）が川越税務署の時間外収受箱に投函されており、上記書面には、原告が脳梗塞で体調を崩してしまったため乙において原告の調査に応じるだけの十分な用意がないこと、原告のリハビリと丁の治療に専念したいので現在は調査に対する協力は困難な状況にあることなどが記載されていた。
(26) 平成１８年８月３１日
Ｃ係官は、平成１８年８月３１日午後４時５分ころ及び同日午後５時１０分ころの２回、状況を乙に直接確認する目的で、原告の自宅に電話したが、いずれの電話にも誰も出なかった。そこで、Ｃ係官は、乙の状況を確認するなどの目的で、同年９月１日に原告の自宅に臨場することとした。
(27) 平成１８年９月１日及び同月５日
Ｃ係官らは、平成１８年９月１日午前１０時ころ及び同日午前１１時ころの２回、原告の自宅に臨場し、呼び鈴を押したものの、各回とも誰も出て来なかった。また、Ｃ係官は、同日午後５時ころに原告の自宅に電話し、同月５日午後５時１５分ころにも原告の自宅に電話したが、いずれも誰も電話に出なかった。
(28) 平成１８年９月６日
Ｃ係官は、平成１８年９月６日午前９時２０分ころ、原告の自宅に電話したが、誰も電話に出なかった。そこで、Ｃ係官らは、同日午後１時３０分ころ、原告の自宅に臨場した。原告の自宅には、丁が在宅していたが、丁は、Ｃ係官らを家の中に上げなかったため、Ｃ係官らは立ったまま話をすることとなった。丁は、Ｃ係官らに対し、乙は不在であり、行き先や帰宅時刻も不明である旨を述べた。そのため、Ｃ係官らは、丁に対し、翌日午前８時３０分ころにＣ係官に連絡してほしい旨を乙に伝えるよう依頼し、同日午後１時４０分ころ、原告の自宅を辞去した。しかし、同月７日の連絡依頼の時間になっても、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(29) 平成１８年９月７日
Ｃ係官が、平成１８年９月７日午前８時４５分ころ、原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出た。丁は、前日に税務署から依頼された内容は乙に伝えたこと、電話をしても乙の電話が留守番電話になってしまうことなどを述べた。そこで、Ｃ係官は、丁に対し、再度、乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を乙に伝えるよう依頼した。すると、同日午前８時５０分ころ、乙からＣ係官あてに電話があり、乙は、Ｃ係官に対し、前記(25)の８月２９日付書面のとおり、現在は協力することができる状態ではないなどと述べた。これに対し、Ｃ係官は、税務調査に協力して原告の所得税の申告に係る帳簿書類等を提示してほしい旨を繰り返し依頼し、来週の日程を調整してＣ係官あてに連絡してほしい旨を伝えて、午前９時５分ころ電話を終えた。
(30) 平成１８年９月８日
平成１８年９月８日午前８時３５分ころ、乙からＣ係官あてに電話があり、乙は、調査の日程を組める状態ではない旨を述べ、Ｃ係官から、来週の日程が組めないとの趣旨かを尋ねられたのに対し、とにかく日程が組める状態ではない旨を述べて一方的に電話を切った。そこで、Ｃ係官が、同日午前８時３７分ころ、原告の自宅に電話し直したところ、丁が電話に出て、乙は不在である旨を述べたが、Ｃ係官は、乙が一方的に電話を切ったこともあり、伝言等を依頼せずに電話を切った。
Ｃ係官らは、同日午後３時４０分ころ、原告の自宅に臨場したところ、原告の自宅には丁が在宅していた。丁は、それまでと同様、Ｃ係官らを家の中に上げなかったため、いつものように、Ｃ係官らは立ったまま話をすることとなった。丁が、乙はＰＴＡの会合に出席しており不在である旨を述べたので、Ｃ係官らは、丁に対し、原告の所得税の調査に協力し、申告に係る帳簿書類等を提示してほしい旨を乙に伝えるよう依頼し、丁に対して、平成１８年９月８日付けの「所得税の調査について」と題する文書（乙２４）を手交し、同文書を乙に渡してほしい旨を伝えて、午後３時４５分ころ、原告の自宅を辞去した。上記文書には、同月１２日の午前１０時ころに原告の所得税の調査のためＣ係官が原告の自宅に臨場する予定であることなどが記載されるとともに、今後とも調査の進展が図れない場合には、税務署において独自に調査を進める場合があることなどが記載されていた。
(31) 平成１８年９月１１日
平成１８年９月１１日午前８時３０分ころ、乙からＣ係官あてに電話があり、乙は、原告のリハビリ及び丁の治療のため依然として税務調査への協力は困難である旨を述べた。これに対し、Ｃ係官は、丁の入院まで２週間あるので午前又は午後の半日でもよいから調査に協力してほしいなどと述べて、繰り返し調査への協力を依頼したが、乙は、調査を受けることができない状態である旨を述べるのみであった。そこで、Ｃ係官は、乙に対し、再度、調査への協力を依頼した上、乙において税務調査に協力してもらえない場合には税務署側で調査を進めることになる旨を説明した。
(32) 平成１８年９月２６日、２７日、２９日及び同年１０月２日
Ｃ係官は、平成１８年９月２６日午前９時４５分ころ、同日午後５時ころ及び同月２７日午後５時ころの３回、原告の自宅に電話したが、いずれの電話にも誰も出なかった。また、Ｃ係官は、同月２９日午前９時ころ及び同年１０月２日午前９時１５分ころにも、原告の自宅に電話したが、いずれにおいても誰も電話に出ず、その際には、留守番電話につながったため、Ｃ係官あてに連絡をしてほしい旨を告げて電話を切った。しかし、その後も、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(33) 平成１８年１０月３日
Ｃ係官は、平成１８年１０月３日午前９時ころ、原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。Ｃ係官は、半日程度でもよいので都合をつけて税務調査に協力するよう依頼したが、乙は、多忙であるため調査に協力する時間を取ることは無理であるなどと述べた。
また、Ｃ係官は、乙に対し、原告が税務署に提出している不動産の決算書からでは、消費税等の申告が必要であるか否かを判断することができないため今回の調査においては必要に応じて消費税等の調査も行う予定であること、仮に消費税等の申告が必要な場合で、このまま調査協力が得られず、帳簿書類等が提示されない場合には、課税仕入れに係る消費税額控除の適用がなく通常よりも多額の消費税等を納付することとなることなどを告げて帳簿書類等の提示を求めた。これに対して、乙は、原告は消費税の申告はしていると思うこと、原告の収入を集計した書面や原告の預貯金通帳の写しなどを丙税理士に手渡していることなどを述べた。そこで、Ｃ係官は、収入の集計の基になったものを確認することも調査作業になるなどとして再度調査への協力を依頼したが、乙は、調査協力ができる状態ではないなどとしてこれに応じず、電話を切ろうとした。そのため、Ｃ係官は、このまま調査協力をせず帳簿書類等を提示しない場合には税務署側で調査を進め、原告の所得税の青色申告の承認の取消しが行われることもあること、原告において消費税の申告及び納税が必要な場合には、課税仕入れに係る消費税額控除の適用がなく、通常より負担の重い計算が行われることもあることなどを説明した上、調査に協力することができる日程を調整して連絡するよう依頼した。しかし、その後も原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(34) 平成１８年１０月１０日及び同月１２日
Ｃ係官は、平成１８年１０月１０日午前１０時ころ及び同月１２日午後４時３５分ころの２回、原告の自宅に電話したが、いずれにおいても誰も電話に出ず、留守番電話につながったので、改めて連絡をする旨を留守番電話に録音し、電話を切った。
(35) 平成１８年１０月１７日
Ｃ係官は、平成１８年１０月１７日午前９時ころ、原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出た。丁が、乙は不在である旨を述べたことから、Ｃ係官は、丁に対し、改めてＣ係官の方から連絡する旨を伝えた。
(36) 平成１８年１０月１８日及び同月１９日
Ｃ係官は、平成１８年１０月１８日午前８時４５分ころ及び同月１９日午後４時５５分ころの２回、原告の自宅に電話したが、いずれにおいても誰も電話に出ず、留守番電話につながった。そこで、Ｃ係官は、乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(37) 平成１８年１０月２５日
Ｃ係官らは、平成１８年１０月２５日午後３時ころ、原告の自宅に臨場し、呼び鈴を押したものの、誰も応対に出てこなかったため、乙あての平成１８年１０月２５日付けの「所得税及び消費税の調査について」と題する文書（乙２５）を原告の自宅の郵便受けに投函し、同日午後３時１０分ころ、原告の自宅を辞去した。上記文書には、同月２６日午後５時までに、調査日程を調整しＣ係官あてに連絡してほしいこと、同年４月７日以来、原告の所得税及び消費税等の調査に協力してもらっていないこと、帳簿書類等の提示がないと青色申告の承認取消しや課税仕入れに係る消費税額控除が認容されない場合があることなどが記載されていた。しかし、その後も、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(38) 平成１８年１１月３０日
Ｃ係官は、平成１８年１１月３０日午後１時１０分ころ、原告の自宅に電話したところ、乙が電話に出た。Ｃ係官は、乙に対し、税務署の現在までの調査状況によると、原告は消費税等の申告が必要になると認められること、前記(37)の１０月２５日付文書に記載してあるとおり、このまま税務調査への協力を得られず、帳簿書類等が提示されない場合は、青色申告の承認取消しや課税仕入れに係る消費税額控除の適用ができなくなることを説明し、原告の所得税の調査へ協力を依頼したが、乙は、丙税理士に全部任せてあるので自分では分からない旨を述べた。そこで、Ｃ係官は、乙に対し、税務署からも丙税理士に何度も連絡してみたが連絡が来ないことを伝えた上、乙からも丙税理士にＣ係官あてに連絡するよう話してほしい旨を依頼したところ、乙は、同文書を丙税理士に見せること、丙税理士からＣ係官あてに連絡するように話すことを回答した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(39) 平成１８年１２月５日
Ｃ係官は、平成１８年１２月５日午後４時ころ、原告の自宅に電話したところ、誰も電話に出ず、留守番電話につながったので、乙からＣ係官あてに連絡してほしいことを留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後も、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(40) 平成１８年１２月６日
Ｃ係官は、平成１８年１２月６日午後５時ころ、原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出て、乙は不在である旨を述べた。そこで、Ｃ係官は、丁に対し、翌７日の朝に乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を乙に伝えるよう依頼したが、同月８日になっても、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(41) 平成１８年１２月８日
Ｃ係官は、平成１８年１２月８日午後５時５分ころ、原告の自宅に電話したところ、原告が電話に出て、乙は不在である旨を述べた。Ｃ係官は、原告に対し、原告の所得税及び消費税等の調査に協力してほしい旨を依頼したが、原告は、自分は高齢であるため何も分からないから乙に聞いてほしいなどと述べた。そのため、Ｃ係官は、原告に対し、Ｃ係官から電話があったこと及び乙からＣ係官あてに連絡してほしいことを乙に伝えるよう依頼した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(42) 平成１８年１２月１１日
Ｃ係官は、平成１８年１２月１１日午前１０時ころ、原告の自宅に電話したところ、丁が電話に出て、乙は不在である旨を述べた。Ｃ係官は、丁に対し、乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を伝えるよう依頼したが、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(43) 平成１８年１２月１３日
Ｃ係官は、平成１８年１２月１３日午前１１時４０分ころ、原告の自宅に電話したが、誰も電話に出ず、留守番電話につながったので、乙からＣ係官あてに連絡してほしい旨を留守番電話に録音し、電話を切った。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
(44) 平成１８年１２月１４日
Ｃ係官らは、平成１８年１２月１４日午後１時１５分ころ、原告の自宅に臨場したところ、原告の自宅には乙が在宅していた。乙は、初めてＣ係官らを家の中に入れ、Ｃ係官らは乙と家の中で座って話をした。
Ｃ係官らは、乙に対し、本件各係争年分の帳簿書類等を提示してほしいこと、丙税理士の立会いがなくても、帳簿書類等を提示してもらえれば、提示された書類で乙が分からない部分のうちＣ係官らにおいて説明可能な部分があるかもしれないことなどを話して、繰り返し原告の税務調査に協力するよう依頼した。しかし、乙は、丙税理士に任せてあり、丙税理士の立会いがなければ調査に協力することはできない旨を述べ、帳簿書類等を提示しようとはしなかった。そこで、Ｃ係官らは、乙に対し、調査に協力せず帳簿書類等を提示しない場合には、青色申告の承認取消しや課税仕入れに係る消費税額控除が適用されないこともあり得る旨を繰り返し説明したが、乙は、丙税理士が対応しないのでどうにもならないなどと述べるのみで帳簿書類等を提示しようとはしなかった。そのため、Ｃ係官らは、乙に対し、同日付けの「所得税及び消費税の調査について」と題する書面（乙２６）を手交した上、原告には本件各係争課税期間の消費税等の申告及び納税の義務があること、有限会社Ａにおける経理処理等が不明であるため調査を行う必要があること、調査に協力してもらえない場合には税務署側で調査を進めて調査額を算定することになることなどを話して再度税務調査への協力を依頼した。すると、乙は、丙税理士は税務署において調査額を算定し更正又は決定処分を行うのを待っていると思われる旨を述べた上、税務署の更正処分又は決定処分があったとしても必ずしもそれに従わなくてはならないものではない趣旨の発言をした。なお、上記文書には、同年４月７日以来、原告の所得税及び消費税等の調査に協力してもらっていないこと、原告に消費税等の納税義務があること、帳簿書類等の提示がないと青色申告の承認取消しや課税仕入れに係る消費税額控除が認容されない場合があることが記載されていた。
Ｃ係官らは、乙に対し、丙税理士の意向はともかく、調査の当事者は原告であり、調査により税額が増加した場合の税負担は原告が負うことになるなどと告げたところ、乙は、Ｃ係官らの発言内容を理解した上、丙税理士に任せたいと考えている旨を述べた。そこで、Ｃ係官らは、乙に対し、乙の意思で調査に協力せず帳簿書類等を提示しないと考えてよいかを尋ねたところ、乙は、そのように理解してよい旨を回答した。
そのため、Ｃ係官らは、乙に対し、税務署側で調査を進め、結果を後日知らせることになる旨を伝え、乙においてこれを承知したため、同日午後２時１０分ころ、原告の自宅を辞去した。しかし、その後、原告、乙及び丙税理士のいずれからも連絡がなかった。
２ 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
(1) 青色申告制度は、適式に帳簿書類を備え付けてこれに取引を忠実に記載し、かつ、これを保存する納税者に対して青色申告書による申告を承認し、青色申告書を提出した納税者に対しては、推計課税を認めないなどの納税手続上及び所得計算上の特典を与えることにより、申告納税制度の下において帳簿書類基礎とした正確な申告を奨励しようとするものであって、所得税法は、青色申告の承認を受けた者は、財務省令（同法施行規則５６条から６４条まで）所定の帳簿書類を備え付けて、これに取引を記録し、かつ、その帳簿書類を保存しなければならないこととした上で（同法１４８条１項）、税務職員が、所得税の調査のため必要があるときは、納税義務者の帳簿書類を検査することができ（同法２３４条）、税務署長も、青色申告の承認を行うに当たって、青色申告の承認を申請した者の帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令で定めるところに従って行われていることを確認し（同法１４５条）、青色申告の承認を受けている者に対しても、必要があると認めるときは、帳簿書類について必要な指示をすることができるものとし（１４８条２項）、税務署長は、帳簿書類等の備付け、記録又は保存が上記財務省令で定めるところによって行われていない場合には、青色申告の承認を取り消すことができるものとしている（同法１５０条１項１号）。このような青色申告制度の趣旨及び所得税法の各規定からすると、同法１４８条１項は、青色申告の承認を受けた者に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、青色申告の承認を受けた者が税務職員の検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合には、同法１４８条１項の規定に違反し、同法１５０条１項１号に該当するというべきである。
(2) これを本件についてみるに、乙は、平成１５年ころから原告の営む不動産賃付業に関する事務の引継ぎを始め、同１６年２月２９日に原告が脳梗塞を発症して以降は、本件各賃貸物件、その賃料等の入出金及び原告名義の預貯金口座の管理を行うようになり、原告の所得税の申告に関して必要な原告名義の預貯金口座の通帳の写し等を、原告の青色申告決算書や確定申告書の作成を行っていた丙税理士に手渡すなどしていたこと（前記１(33)、乙１９）、乙は、原告の税務調査の全般を通じて、Ｂ係官ら又はＣ係官らと応対し、同１８年８月１１日には、自らが原告に代わって原告の税務調査を受けることを了承したほか（前記１(23)）、同年１２月１４日には、Ｃ係官から、帳簿書類等が提示されない場合には青色申告の承認取消しがあり得ることや調査によって税額が増加した場合の税負担は原告が負うことになるなどと告げられた上、乙の意思で調査に協力せず帳簿書類等を提示しないと考えてよいかと尋ねられたのに対し、そのように理解してよい旨を回答していること（前記１(44)）、原告も、Ｂ係官に対し、自分の税務等は乙に任せている旨を述べ（前記１(2)）、丁も、Ｂ係官に対し、原告に関する税務等は乙が行っているので乙に聞いてほしい旨を述べていること（前記１(9)）などからすれば、乙は、原告の代理人として、原告に代わって原告の財産管理や税務処理を行っていたと認めるのが相当であり、これを覆すに足りる証拠はない。
そして、前記１の各認定事実によれば、Ｂ係官ら又はＣ係官らが、原告の申告に係る所得金額が適正なものか否か、及び原告が消費税等の課税事業者に該当するか否かを確認する必要があったため、本件各係争年分の原告の所得税の申告に係る帳簿書類等を調査することとし、平成１８年４月７日から同年１２月１４日までの約９箇月間にわたり、原告及び原告の代理人である乙に対して、何度も電話をしたり原告の自宅を訪れたりして、原告に関する税務調査に協力し帳簿書類等を提示するよう要請したが、乙は、税務職員による調査に税理士の立会いを必要とする法令上の根拠はないのに、丙税理士の立会いに固執し、丙税理士と連絡が取れないなどとして税務調査に協力せず、さらに、丁の入院を理由に税務調査に応ずることは難しいとした乙に対して、調査担当者らが、乙の状況に配慮し、半日でもよいので調査日程を調整してほしいと依頼したにもかかわらず、乙は、一方的に税務調査への協力及び帳簿書類等の提示を拒否したことが認められる。これらの事実によれば、乙は、正当な理由なく、Ｂ係官ら及びＣ係官らの税務調査を拒否したというべきであり、他に乙が調査担当者らの税務調査を拒否することに正当な理由があったことを認めるに足りる証拠はない。他方、Ｂ係官ら及びＣ係官らの原告に関する税務調査が違法であったことをうかがわせる事情は見当たらない。
(3) 以上のことからすれば、原告は、調査担当者らによる調査に当たって適時に帳簿書類等を提示することが可能なように態勢を整えてこれを保存することをしていなかったというべきであり、原告には所得税法１５０条１項１号の取消事由に該当する事由が存在したものということができる。よって、本件青色申告承認取消処分は適法であるというべきである。
３ 争点(2)（本件賃貸料収入が原告に帰属するか）について
(1) 原告は、本件賃貸料収入は関連法人の所得として申告されており、これを原告に帰属するとして課税することは二重課税になるなどとして、本件賃貸料収入は原告に帰属するものではないと主張する。
しかし、本件各賃貸物件は、原告が所有するもの又は原告が乙との共有するものであること（乙２７、弁論の全趣旨）、本件各賃貸物件の賃貸借契約においては、本件各賃貸物件の賃料の振込先は原告名義の口座と指定され、現に同口座に振り込まれていたこと（乙１９、２８）、原告が本件賃貸料収入の帰属先の一つとして主張する有限会社Ａは、本店の所在地を原告の住所地と同一地とし、原告及び原告の長男である乙が発行済株式の総数を保有する同族会社であって、原告が代表取締役となり、乙が取締役となっている会社であること（前提事実）、原告は本件訴訟において本件賃貸料収入が関連法人の所得として申告されているとしてこれが関連法人に帰属する旨を主張しながら、同主張を裏付ける資料を何ら提出しないことからすれば、本件賃貸料収入は、原告に帰属するものと推認するのが相当である。
(2) また、原告は、本件所得税更正処分のうち平成１５年分に係る処分について、本件賃貸料収入を原告の不動産所得に係る収入としながら同年に原告が株式会社Ａから得た給与に課税することは二重課税になると主張するが、本件賃貸料収入に係る不動産所得と原告の給与所得とは所得の発生原因を異にする別個のものであるから、本件賃貸料収入を課税の対象としながら原告が株式会社Ａから得た給与に課税することが二重課税になるということはできない。
(3) 以上によれば、本件賃貸料収入は原告に帰属するものと認められる。
４ 争点(2)（推計課税の必要性）について
前記２(2)で説示したとおり、原告の代理人である乙は、正当な理由なく税務調査に協力せず帳簿書類等の提示を拒否したのであって、このような状況では、川越税務署長において、原告の本件各係争年分の不動産所得の金額を実額で把握することは不可能であるから、本件においては、推計課税の必要性が認められることは明らかであって、これに反する原告の主張は採用することができない。
５ 争点(3)（推計課税の合理性）について
(1) 本件で被告が行った推計の方法は、前記第２の１(6)アのとおりであるところ、前記３で判示したとおり、本件賃貸料収入は原告に帰属し、証拠（乙３４）及び弁論の全趣旨によれば、本件各係争年分の本件賃貸料収入の金額は、別表５の本件各係争年分の「計」欄記載の各金額であること、被告が前記第２の１(6)ア(エ)記載の方法で比準同業者を選定したこと、本件各係争年分の比準同業者のそれぞれの収入金額、所得金額及び所得率並びに平均所得率が別表２から４までの各表記載のとおりであることが認められる。
(2) 上記(1)の事実によれば、川越税務署長による比準同業者の選定基準は、業種の同一性、場所の近接性、規模の近似性などにより同業者の類似性が確保されており、また、比準同業者は、いずれも青色申告者であり、経営状態が異常であると認められる者や更正等に対して不服申立て等をしている者が除外されているから、その収入金額及び必要経費の算出根拠となる資料の正確性も十分に担保されている。さらに、本件各係争年分の比準同業者の各件数は、別表２から４までの各表記載のとおり、平成１５年分が３７件、同１６年分が３５件、同１７年分が４６件であって、これらの件数は、各年分の平均値を求めることによって各比準同業者間に通常存在する程度の営業条件等の個別性を捨象し、平均化するに足りる程度の合理的な件数であるといえる。また、川越税務署長は、関東信越国税局長の指示に基づき、本件抽出基準のすべてに該当する者全部を機械的に抽出したことが認められるから（第２の１(6)ア(エ)、乙３４）、その抽出過程も、川越税務署の恣意が介在する余地のない合理的な方法が採られているといえる。
この点、原告は、本件抽出条件の定める年間収入金額の範囲が４倍以上の幅があることから、本件抽出条件により比準同業者を抽出して行われた推計は合理性を欠く旨主張するが、本件抽出条件は、年間の収入金額の範囲を原告の収入金額の２分の１以上２倍以内の範囲としたものであり、収入金額が上記のような範囲内にある同業者であれば、事業規模において類似性を有するものといえるから、原告の上記主張は採用することができない。
また、原告は、抽出された比準同業者の所得率に相当の幅があるとして推計の方法が合理性を欠くと主張する。確かに、抽出された比準同業者の所得率には、平成１５年では０．４５％から６８．７５％までの、同１６年では１１．７５％から６７．６６％までの、平成１７年分では－１１．５６％から６３．７５％までの幅がそれぞれ存在するが、被告の採用するいわゆる比率法による推計の方法では、その性質上、同業者に通常存在する程度の営業条件等の差異は、その計算の過程において捨象されるものと考えられるのであって、上記のような所得率の開差が上記の推計自体を不合理ならしめる程度に顕著な差異であることを認めるに足りる証拠はない。
さらに、原告は、比準同業者の抽出に恣意が介在する余地があると主張するが、本件全証拠によっても、比準同業者の抽出に課税庁の恣意が介在したことをうかがわせる事情は見当たらない。
(3) 以上のことからすれば、川越税務署長が本件賃貸料収入に本件各係争年分の比準同業者の平均所得率を乗じて原告の不動産所得の金額を推計する方法は合理的なものというべきである。
６ 争点(5)（原告が消費税等の納税義務を負うか）について
本件消費税等決定処分は、本件各係争課税期間における本件各賃貸物件の貸付けを課税対象とし、同期間における本件賃貸料収入を課税標準とするものであるところ、前記３で述べたところによれば、原告が本件各賃貸物件の貸付けに係る対価である本件賃貸料収入を享受する者ということができるから、本件各賃貸物件の貸付けに係る消費税等については、原告が納税する義務を負うというべきである（消費税法１３条、地方税法７２条の７９）。
そして、証拠（乙２９、３２、３３）及び弁論の全趣旨によれば、平成１５年課税期間に係る基準期間である平成１３年課税期間の原告の課税売上高は３２８３万４６５０円であること、平成１６年課税期間に係る基準期間である平成１４年課税期間の原告の課税売上高は３５３７万３４８７円であること及び平成１７年課税期間に係る基準期間である平成１５年課税期間の原告の課税売上高は３４７５万８１３０円であることが認められるから、原告は、消費税法９条１項（ただし、平成１５年課税期間及び平成１６年課税期間については平成１５年法律８号による改正前のもの）により消費税等の納税義務が免除される者には該当せず、本件各係争課税期間における本件各賃貸物件の貸付けに係る消費税等の納税義務を負うというべきである。
７ 争点(6)（課税仕入れに係る消費税額の控除の要否［消費税法３０条７項の適用の有無］）について
(1) 申告納税制度の下においては、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで、消費税法５８条は、事業者に、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付け、同法６２条は、税務職員が、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとしている。そうすると、同法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けているのは、その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしていることは明らかであって、同法３０条７項も、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提とし、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそれらを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものと解される。このような同条７項の趣旨及び内容に照らすと、事業者が、同法施行令５０条１項の定めるとおり、同法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、税務職員による検査に当たって適時にこれらを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである。
(2) これを本件についてみると、前記２(2)で述べたとおり、原告の代理人である乙は、正当な理由なく帳簿書類等の提示を拒否したと認められるから、原告において、税務職員による帳簿書類等の検査に当たり、適時に提示することが可能なように態勢を整えてこれらを保存していたということはできず、消費税法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない」場合に当たり、本件各係争課税期間においては、原告に対し課税仕入れに係る消費税額控除の適用はないというべきである。
８ 本件所得税更正処分の適法性
前記５(1)で述べたとおり、本件各係争年分の本件賃貸料収入の金額は、平成１５年分は８９８３万４１３１円、同１６年分は８６０６万７１３４円、同１７年分は８０１７万２０００円であると認められるところ、前記３のとおり、上記各収入はいずれも原告に帰属するというべきであり、前記４及び５のとおり、本件所得税更正処分において川越税務署長の行った不動産所得の金額の推計については、その必要性及び合理性が認められる。そして、弁論の全趣旨によれば、本件所得税更正処分は、上記の点を除く部分についても、いずれも適法なものと認められるから、原告が納付すべき所得税額は、前記第２の１(6)アのとおり、平成１５年分については７２０万８５００円、同１６年分については７５２万７４００円、同１７年分については６６９万２８００円であると認められ、いずれの金額も本件所得税更正処分における本件各係争年分の納付すべき税額を上回るから、本件所得税更正処分はいずれも適法であるというべきである。
９ 本件所得税賦課決定処分の適法性について
前記８に述べたとおり、本件所得税更正処分は適法であるところ、原告は、本件各係争年分の所得税を過少に申告していたものであり、過少に申告していたことについて国税通則法６５条４項に規定する正当な理由は認められないから、前記第２の１(6)イのとおり行われた本件所得税賦課決定処分は適法である。
１０ 本件消費税等決定処分の適法性
証拠（乙２９から３１）によれば、本件各係争課税期間における本件賃貸料収入の金額は、平成１５年課税期間においては３４７５万８１３０円、平成１６年課税期間においては３５１７万４６６０円、平成１７年課税期間においては３２３１万６９７０円であると認められるところ、前記６及び７のとおり、原告は本件各係争課税期間における本件各賃貸物件の貸付けに係る消費税等の納税義務を負い、課税仕入れに係る消費税額控除の適用はないというべきであって、弁論の全趣旨によれば、本件消費税等決定処分は、上記の点を除く部分についても、いずれも適法なものと認められるから、原告が納付すべき消費税等の額は、前記第２の１(6)ウのとおり、平成１５年課税期間については合計１６５万５０００円（消費税額１３２万４０００円、地方消費税額３３万１０００円）、平成１６年課税期間については合計１６７万４８００円（消費税額１３３万９９００円、地方消費税額３３万４９００円）、平成１７年課税期間については合計１５３万８８００円（消費税額１２３万１１００円、地方消費税額３０万７７００円）であると認められ、いずれの金額も本件消費税等決定処分の本件各係争課税期間について納付すべき消費税等の税額を上回るから、本件消費税等決定処分はいずれも適法であるというべきである。
１１ 本件消費税等賦課決定処分の適法性
前記１０に述べたとおり、本件消費税等決定処分は適法であるところ、原告が本件各係争課税期間の消費税等の申告をしていなかったことについて国税通則法６６条１項に規定する正当な理由は認められないから、前記第２の１(6)エのとおり行われた本件消費税等賦課決定処分も適法である。
１２ 結論
以上によれば、原告の本件各請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官杉原則彦
裁判官品田幸男
裁判官角谷昌毅
別表１
課税の経緯（所得税）
（単位：円）
内訳
区分
年月日
総所得金額
事業所得の金額不動産所得の金額給与所得の金額
雑所得の金額
分離課税長期
譲渡所得の金
額
納付すべき
税額
過少申告
加算税額
確定申告平成16年3月11日
1,429,055
1,079,055
350,000
－
更正処分及び
賦課決定処分平成19年2月16日
27,675,212
27,325,212
350,000
6,646,100
971,000
異議申立平成19年4月17日
1,429,055
1,079,055
350,000
異議決定平成19年7月9日
（棄却）
審査請求平成19年8月6日
1,429,055
1,079,055
350,000
平成
年分
審査裁決平成20年7月30日
（棄却）
確定申告平成17年3月14日
236,248
360,000
△1,497,468
1,373,716
1,195,625
△158,260
－
更正処分及び
賦課決定処分平成19年2月16日
28,234,725
360,000
26,544,438
1,330,287
1,195,625
7,190,300
1,076,000
異議申立平成19年4月17日
236,248
360,000
△1,497,468
1,373,716
1,195,625
△158,260
異議決定平成19年7月9日
（棄却）
審査請求平成19年8月6日
236,248
360,000
△1,497,468
1,373,716
1,195,625
△158,260
平成
年分
審査裁決平成20年7月30日
（棄却）
確定申告平成18年3月2日
308,669
226,580
△1,490,959
1,573,048
△158,260
－
更正処分及び
賦課決定処分平成19年2月16日
25,324,325
226,580
23,524,697
1,573,048
6,103，400
914,000
異議申立平成19年4月17日
308,669
226,580
△1,490,959
1,573,048
△158,260
異議決定平成19年7月9日
（棄却）
審査請求平成19年8月6日
308,669
226,580
△1,490,959
1,573,048
△158,260
平成
年分
審査裁決平成20年7月30日
（棄却）
１ 「不動産所得の金額」欄の△印は、損失金額を示す。
２ 「納付すべき税額」欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
別表１
課税の経緯（消費税等）
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
仕入税額控除の額
納付すべき消費税額
納付すべき
地方消費税額
無申告加算税額
確定申告
決定処分及び
賦課決定処分
平成19年2月16日
32,179,000
1,287,100
321,700
240,000
異議申立
平成19年4月17日
－－
異議決定
平成19年7月9日
（棄却）
審査請求
平成19年8月6日
－－
平成
年課税期間
審査裁決
平成20年7月30日
（棄却）
確定申告
決定処分及び
賦課決定処分
平成19年2月16日
31,839,000
1,273,500
318,300
238,500
異議申立
平成19年4月17日
－－
異議決定
平成19年7月9日
（棄却）
審査請求
平成19年8月6日
－－
平成
年課税期間
審査裁決
平成20年7月30日
（棄却）
確定申告
決定処分及び
賦課決定処分
平成19年2月16日
29,423,000
1,176,900
294,200
220,500
異議申立
平成19年4月17日
－－
異議決定
平成19年7月9日
（棄却）
審査請求
平成19年8月6日
－－
平成
年課税期間
審査裁決
平成20年7月30日
（棄却）
別表２
建物貸付業の類似同業者（平成１５年分）
類似
同業者
①収入金額
円
②所得金額
円
③所得率
％
129,710,950
30,210,936
23.29
122,873,362
31,061,396
25.27
110,909,513
46,145,955
41.60
98,640,000
28,916,719
29.31
92,988,000
23,220,429
24.97
92,002,247
22,602,932
24.56
88,324,781
34,671,030
39.25
84,900,700
13,572,474
15.98
80,851,946
14,238,681
17.61
71,382,382
17,488,608
24.49
68,958,420
33,651,728
48.80
64,669,658
21,238,405
32.84
64,223,547
24,776,387
38.57
61,746,070
24,193,991
39.18
58,850,203
21,940,769
37.28
57,754,623
24,914,458
43.13
56,320,809
15,813,661
28.07
55,956,860
15,671,336
28.00
54,328,858
15,595,448
28.70
52,843,550
36,332,101
68.75
52,840,957
8,849,977
16.74
52,736,480
23,197,902
43.98
51,890,597
14,707,760
28.34
51,775,146
14,339,711
27.69
51,547,652
234,994
0.45
51,379,482
21,661,578
42.15
50,271,314
22,645,844
45.04
49,991,482
5,271,592
10.54
49,940,730
11,498,165
23.02
49,893,239
11,581,503
23.21
49,187,100
11,068,690
22.50
49,093,277
15,085,711
30.72
47,696,945
32,003,046
67.09
47,257,349
10,511,001
22.24
46,419,900
24,226,829
52.19
46,079,572
21,556,505
49.78
45,124,418
11,624,437
25.76
合計
1,188.09
平均
32.11%
別表３
建物貸付業の類似同業者（平成１６年分）
類似
同業者
①収入金額
円
②所得金額
円
③所得率
％
129,194,833
33,908,019
26.24
120,676,176
24,669,097
20.44
104,003,186
26,060,456
25.05
99,060,000
26,266,585
26.51
94,243,547
23,346,741
24.77
93,728,663
39,257,241
41.88
92,988,000
28,664,677
30.82
70,306,402
28,559,711
40.62
69,751,884
33,726,697
48.35
63,168,161
25,029,573
39.62
63,113,586
14,135,478
22.39
60,550,996
19,650,746
32.45
57,518,891
25,850,565
44.94
56,200,000
23,597,810
41.98
55,341,013
13,960,550
25.22
55,098,498
16,827,141
30.54
54,141,367
15,451,871
28.53
53,469,811
10,434,646
19.51
52,901,708
7,801,360
14.74
51,875,618
12,635,277
24.35
51,409,329
14,066,998
27.36
50,758,368
20,519,661
40.42
50,622,087
21,067,957
41.61
49,327,097
13,309,006
26.98
48,549,824
14,566,587
30.00
48,412,016
8,819,916
18.21
46,980,017
11,995,013
25.53
46,478,078
-5,457,781
-11.75
46,428,200
21,178,739
45.61
46,343,008
16,031,349
34.59
45,918,900
18,690,505
40.70
44,120,344
10,572,207
23.96
43,816,440
29,646,991
67.66
43,570,909
14,925,576
34.25
43,168,747
26,990,463
62.52
合計
1,116.60
平均
31.90%
別表４
建物貸付業の類似同業者（平成１７年分）
類似
同業者
①収入金額
円
②所得金額
円
③所得率
％
135,050,673
38,596,012
28.57
115,445,778
19,764,387
17.12
104,625,526
26,476,247
25.30
99,240,446
31,183,596
31.42
94,502,200
31,001,147
32.80
92,719,792
16,116,079
17.38
91,933,080
35,537,525
38.65
78,053,185
21,100,877
27.03
70,275,499
22,793,951
32.43
70,223,751
33,750,683
48.06
67,305,228
9,938,237
14.76
61,844,087
22,292,272
36.04
61,660,000
22,112,588
35.86
55,766,227
22,530,833
40.40
56,100,417
15,182,380
27.55
54,441,619
14,108,110
25.91
53,280,960
16,875,083
31.67
53,201,326
10,969,266
20.61
52,927,480
13,926,788
26.31
51,778,719
13,082,405
25.26
51,063,927
21,974,845
43.03
50,940,447
19,874,950
39.01
50,117,415
23,277,967
46.44
50,005,610
13,378,958
26.75
48,473,540
12,948,856
26.71
48,134,180
12,186,371
25.31
47,855,245
-5,542,642
-11.59
46,131,570
22,064,911
47.83
45,670,001
36,470
0.07
45,625,187
4,958,294
10.86
44,865,479
6,462,279
14.40
44,617,128
17,292,714
38.75
44,443,145
15,722,538
35.37
43,691,571
18,611,582
42.59
43,270,113
18,392,685
42.50
42,855,770
21,171,026
49.40
42,743,166
24,015,256
56.18
42,474,711
17,030,793
40.09
42,398,728
7,104,321
16.75
42,245,466
7,614,960
18.02
41,968,944
16,503,846
39.32
41,580,000
17,861,589
42.95
41,269,737
17,192,511
41.65
40,938,735
26,100,261
63.75
40,862,402
12,869,526
31.49
40,629,462
12,402,162
30.52
合計
1,441.28
平均
31.33%
別表５
収入金額一覧表
（単位：円）
順号
本件各賃貸物件
平成15年分
平成16年分
平成17年分
Ｅ
14,678,851
12,656,584
10,762,220
ＦＡ館
15,297,000
16,546,360
15,270,000
ＦＢ館
8,158,750
6,759,840
6,183,620
Ｇ
33,916,710
32,672,330
30,039,430
Ｈ
1,890,000
1,890,000
1,890,000
Ｉ
8,266,090
7,774,760
8,172,660
Ａ貸家
1,440,000
1,440,000
1,440,000
Ｊ駐車場
1,159,200
1,481,220
1,418,400
Ｋ駐車場
1,244,600
1,312,160
1,286,500
Ｌ駐車場
3,782,930
3,533,880
3,709,170
計
89,834,131
86,067,134
80,172,000
（別紙）
物件目録
順号
所在又は
家屋番号
地目又は
種類
地積又は
床面積(㎡)
所有者及び持分
住居表示等
略称
1 川越市
宅地
284.00 甲（1/1）
2 川越市
宅地
141.13 甲（1/1）
3 川越市
共同住宅
店舗
812.20 甲（1/1）
川越市
Ｅ
4 富士見市
宅地
367.00 甲（1/1）
5 富士見市
共同住宅
事務所店舗
726.73 甲（1/1）
富士見市
ＦＡ館
6 川越市
宅地
200.01 甲（1/1）
7 川越市
共同住宅
193.76 甲（1/1）
川越市
8 川越市
宅地
135.05 甲（1/1）
9 川越市
共同住宅
129.18 甲（1/1）
川越市
ＦＢ館
10 富士見市
宅地
879.16 甲（1/1）
11 富士見市
共同住宅
店舗事務所
1,681.82 甲（1/1）
富士見市
Ｇ
12 富士見市
山林
109.00 甲（1/1）
13 富士見市
店舗事務所
79.48 甲（1/1）
富士見市
Ｈ
14 富士見市
宅地
496.19 甲（1/1）
15 富士見市
共同住宅
226.06 甲（1/1）
富士見市
Ｉ
16 富士見市
宅地
132.32 甲（4/5）
乙（1/5）
17 富士見市
宅地
89.25 甲（4/5）
乙（1/5）
18 富士見市
居宅
96.87 甲（4/5）
乙（1/5）
富士見市
Ａ貸家
19 富士見市
畑
306.00 甲（1/1）
20 富士見市
宅地
206.80 甲（1/1）
21 富士見市
畑
148.00 甲（1/1）
22 富士見市
山林
109.00 甲（1/1）
23 富士見市
畑
792.00 甲（1/1）
富士見市
Ｌ駐車場
24 富士見市
宅地
496.19 甲（1/1）
25 富士見市
宅地
9.58 甲（1/1）
富士見市
Ｋ駐車場
26 富士見市
宅地
101.52 甲（1/1）
27 富士見市
畑
106.00 甲（1/1）
富士見市
Ｊ駐車場
28 Ｅ、ＦＡ館、ＦＢ館、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ａ貸家、Ｌ駐車場、Ｋ駐車場及び
Ｊ駐車場
本件各賃貸物件
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11352.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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