税務訴訟資料第２６０号－２１４（順号１１５７０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（芝税務署長事務承継者麹町税務署長）
平成２２年１２月１４日却下・棄却・控訴
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、芝税務署長が原告に対して平成１８年１０月３１日付けでした原告の平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分中の所得の金額３５３億５０５３万６６５０円及び納付すべき税額６８億４７０３万０３００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
２ 本件訴えのその余の部分に係る原告の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
芝税務署長が原告に対して平成１８年１０月３１日付けでした次の各処分を取り消す。
(1) 平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、欠損金額６３億０９７７万８８９６円及び翌期に繰り越す欠損金額１７４億６５０７万２２３５円を下回る部分
(2) 平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得の金額３４７億１２１９万８７６２円及び納付すべき税額６７億３３８６万５５００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分
第２ 事案の概要
本件は、原告がいわゆる総合商社等との間で締結した原油の価格を指標とするスワップ契約に基づき行った取引について、芝税務署長が、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度及び同年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度の法人税に関し、原告の申告に係る所得の金額の計算において法人税法６１条の５（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）第１項に規定するデリバティブ取引に係るいわゆるみなし決済利益額の益金の額への算入漏れがあるとして更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、後者の事業年度についてのもの）をしたことに対し、原告が、当該取引に係るみなし決済利益額は、同法６１条の６（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）第１項の規定により適法に繰延べの処理をしたものであるから、上記各処分は違法であるとして、それらの取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
(1) 法人税法６１条の５第１項は、内国法人がデリバティブ取引を行った場合において、当該デリバティブ取引のうち事業年度終了の時において決済されていないもの（以下「未決済デリバティブ取引」という。）があるときは、その時において当該未決済デリバティブ取引を決済したものとみなして財務省令で定めるところにより算出した利益の額又は損失の額に相当する金額（以下、前者を「みなし決済利益額」と、後者を「みなし決済損失額」といい、これらを併せて「みなし決済額」という。）は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨定める。
なお、ここにいうデリバティブ取引とは、金利、通貨の価格、商品の価格その他の指標の数値としてあらかじめ当事者間で約定された数値と将来の一定の時期における現実の当該指標の数値との差に基づいて算出される金銭の授受を約する取引又はこれに類似する取引であって、財務省令で定めるものをいい（同項参照）、具体的には、法人税法施行規則（以下「施行規則」という。）２７条の７（平成１７年財務省令第３２号による改正前のもの。以下同じ。）に掲げられた取引をいう。
(2) 法人税法６１条の６第１項及び２項は、内国法人が、資産の取得若しくは譲渡、負債の発生若しくは消滅、金利の受取若しくは支払その他これらに準ずるものに係る決済により受け取ることとなり、又は支払うこととなる金銭（以下「ヘッジ対象金銭」という。）の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額（同条１項２号。以下「金銭に係るヘッジ対象資産等損失額」という。）等を減少させるために同条２項に掲げるデリバティブ取引等（以下「デリバティブ取引等」といい、このような目的で行ったデリバティブ取引等を「ヘッジ取引」という。）を行った場合（当該デリバティブ取引等が当該金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させるために行ったものである旨その他財務省令で定める事項を財務省令で定めるところにより帳簿書類に記載した場合に限る。）において、当該デリバティブ取引等を行った時から事業年度終了の時までの間において当該金銭に係るヘッジ対象資産等損失額を減少させようとするヘッジ対象金銭等につき受取又は支払等がなく、かつ、当該デリバティブ取引等が当該金銭に係るヘッジ対象資産等損失額を減少させるために有効であると認められる場合等として政令で定める場合に該当するときは、当該デリバティブ取引等に係る利益額又は損失額（当該デリバティブ取引等の決済によって生じた利益の額又は損失の額、同法６１条の５第１項に規定するみなし決済額等をいう。）のうち当該金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させるために有効である部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項等の規定にかかわらず、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入しない旨定める。
そして、上記の帳簿書類への記載について定める財務省令である施行規則２７条の８（平成２２年財務省令第１３号による改正前のもの。以下同じ。）第１項は、財務省令で定める上記の帳簿書類に記載すべき事項は、デリバティブ取引等により金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させようとするヘッジ対象金銭及びそのデリバティブ取引等の種類、名称、金額、金銭に係るヘッジ対象資産等損失額を減少させようとする期間その他参考となるべき事項等（以下「ヘッジ対象等の明細」という。）とする旨定め、同条２項は、上記の財務省令で定めるところにより帳簿書類に記載した場合は、デリバティブ取引等を行った日において、そのデリバティブ取引等に係る契約の締結等に関する帳簿書類に法人税法６１条の６第１項に規定する旨及びヘッジ対象等の明細を記載した場合とする旨定める。
また、施行規則２７条の８第４項は、デリバティブ取引等を行った内国法人が、金利の変動、外国為替の売買相場の変動等の特定の事由（以下「特定事由」という。）によるその金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的でそのデリバティブ取引等を行った場合（法人税法施行令（平成２２年政令第５１号による改正前のもの。以下「施行令」という。）１２１条２項参照）において、その特定事由に係る部分の差額をもって同条１項のヘッジの有効性判定に用いるべき同項２号に規定するヘッジ対象金銭受払差額とするためには、そのデリバティブ取引等を行った日において、施行規則２７条の８第２項に規定する帳簿書類にその旨及びそのデリバティブ取引等によって減少させようとする損失の基因となるその特定事由を記載した場合でなければならない旨定める。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実、括弧内掲記の証拠又は弁論の全趣旨により容易に認定できる事実及び当裁判所に顕著な事実）
(1) 原告等（当事者間に争いなし）
ア 原告
原告は、石油製品の販売、ガスの輸入及び販売並びに電力の発電及び販売を主たる目的とする株式会社である。
原告は、平成１１年４月１日に「Ａ株式会社」から「Ｗ株式会社」に、平成１４年６月２７日に「Ｘ株式会社」に、平成２２年７月１日に現在のものに、それぞれ商号を変更した。
イ Ｙ株式会社
Ｙ株式会社（以下「本件子会社」という。）は、原告がいわゆる議決権株式を１００パーセント保有するその子会社であり、石油製品の製造及び販売を主たる目的とする株式会社である。
本件子会社は、平成１１年７月１日に従前のものからＺ株式会社に、平成１４年４月１日に上記のものに、それぞれ商号を変更した。
(2) 原告及び本件子会社の取引
ア 原告は、事業の一環として、需要家の工場、店舗等に必要な電力を賄うため、ⓐ（ⓐの略。Ａ重油や灯油（以下「Ａ重油等」という。）による電熱エネルギー供給システム）により、原告がＡ重油等を用いて発電した電力の販売又は発電設備を導入した需要家に対するＡ重油等の販売を行っている。
原告と需要家との間の上記の取引は、長期間にわたる継続的取引であるが、原告からの供給対象とされる電力又はＡ重油等の販売価格（契約対価）は、大部分の取引において固定価格とされている。
（以上、アにつき当事者間に争いなし）
イ 他方、原告は、平成１５年４月１日から平成１７年３月３１日までの当時、Ａ重油等を本件子会社から仕入れていたが、原告と本件子会社との間の仕入契約に係るＡ重油等を含む燃料油の仕入価格（ⓑ）は、以下の計算式上段のとおり子会社の輸入原油の在庫評価の平均価格（処理原油価格（ⓓ））に原告の銘柄別平均販売価格（ⓔ）を加えた上で２分した価格で構成されていたものが、平成１４年４月１日以降計算式下段に改定された（甲３の１及び２）。（計算式：ⓑ＝（ⓓ＋ⓔ）÷２＝（ⓔ－ⓓ）×０．５＋ⓓ
(3) 原油先物スワップ取引
原告は、ⓐに係る需要家との間の契約において定められる原告からの供給に係る期間及び数量に応じて、Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）等との間において、日本の輸入原油平均価格（ＪＣＣ）を用いた「変動価格売り」と「固定価格買い」の原油先物スワップ取引を、ヘッジ取引として実施することとし（ただし、ヘッジの対象が何であるかについては、争いがある。）、別表１記載の各契約を締結した（甲４の１及び２、弁論の全趣旨。以下、これらの各契約を併せて「本件各スワップ契約」といい、当該各契約に基づき行われた各取引を「本件各スワップ取引」という。）。
原告は、本件各スワップ契約の締結に際し、その定めた先物取引実施基準（以下「本件基準」という。）に基づき、本件各スワップ契約ごとに部長決裁書を作成していた。本件基準の策定に係る決裁に当たっては、決裁事項として、平成１３年７月以降に原告及び本件子会社が購入又は販売する製品（半製品）に関し先物取引を行う場合の実施基準を定めるものとされるとともに、本件基準に則して従前の原油購入にかかわる先物取引の管理体制を見直して原油関連及び製品関連の取引を一元的かつ総合戦略的に管理することとするものとされた上で、本件基準の対象となる先物取引について、「輸入製品（半製品）価格の平準化及び価格変動リスクの低減を目的として行う先物取引」として「想定される輸入採算メリットを確保することを前提に購入価格を固定化する為の取引」等が掲げられ、長期固定価格販売等を対象とした１年を超える先物取引等については別途りん議承認を取得すべきものとされ、また、「包括的管理体制の確立（原油購入に関わる先物取引との管理体制の一体化）」との標目の下に、報告体制及び本件子会社を含めての社内チェック体制についても定められており、以上の事項の決裁に係るりん議書には、原告の社長の押印のほか、本件子会社の社長の押印もされている。また、同年１０月１０日に開催された原告の先物取引委員会においては、ⓐに係る事業の進め方について、需要家との間で長期固定価格販売の契約を締結する際には、これを個別案件ごとにりん議の対象とし、先物スワップ取引により購入原油価格を固定するものとする旨の方針が定められた（甲５、甲６、乙４、乙５、乙７、乙１４、弁論の全趣旨）。
(4) 確定申告（甲８、弁論の全趣旨）
原告は、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「平成１６年３月期」という。）及び同年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度（以下「平成１７年３月期」という。）の各所得の金額の計算において、本件各スワップ取引のうち各事業年度終了の時において決済されていないもの（以下「本件各未決済スワップ取引」という。）を決済したものとみなして算出されるみなし決済利益額（平成１６年３月期につき４０億１８５７万１８５７円、平成１７年３月期につき２８８億１７２３万８１７７円）を益金の額に算入することなく、平成１６年３月期の法人税については、別表２の平成１６年３月期更正処分の「確定申告」欄の「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄記載の額を、平成１７年３月期の法人税については、同別表の平成１７年３月期更正処分の「確定申告」欄の「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄記載の額を、それぞれ青色の確定申告書に記載して、申告期限内に当該申告書を芝税務署長に提出した。
(5) 更正処分等
ア 芝税務署長は、平成１８年１０月３１日付けで、原告の平成１６年３月期における法人税について、所得の金額及び納付すべき税額を、別表２の平成１６年３月期更正処分の「第二次更正処分」欄の「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄記載のとおりとする更正処分（以下「平成１６年更正処分」という。）をした（甲１の１）。
イ 芝税務署長は、平成１８年１０月３１日付けで、原告の平成１７年３月期の法人税について、所得の金額及び納付すべき税額を、別表２の平成１７年３月期更正処分の「更正処分等」欄の「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄記載のとおりとする更正処分（以下「平成１７年更正処分」といい、平成１６年更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）をするとともに、過少申告加算税額を同別表の平成１７年３月期更正処分の「更正処分等」欄の「過少申告加算税額」欄記載のとおりとする過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成１７年賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をした（甲１の２）。
(6) 不服申立て
原告は、平成１８年１２月２２日、本件各更正処分等には、法人税法６１条の６第１項による本件各未決済スワップ取引に係るみなし決済利益額の繰延べを認めなかった違法があるとして、国税不服審判所長に対し、審査請求をした（甲８、弁論の全趣旨）。
国税不服審判所長は、平成２１年１月２２日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし（甲８）、原告は、同月２６日、前記裁決に係る裁決書の謄本の送付を受けた（弁論の全趣旨）。
(7) 本件訴えの提起
原告は、平成２１年７月２３日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各更正処分等の根拠及び適法性
本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５において述べるほか、別紙本件各更正処分等の根拠及び適法性に記載のとおりである。
４ 争点
(1) 平成１７年更正処分につき確定申告に係る金額を超えない部分の取消しを求める本件訴えの部分の適法性（争点(1)）
(2) 法人税法６１条の６が定める要件の該当性
ア 金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件（デリバティブ取引等は金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させるために行われなければならないとの要件（同条１項参照）のことをいう。以下同じ。）該当性（争点(2)）
イ 帳簿書類記載要件（デリバティブ取引等が金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させるために行ったものである旨その他財務省令で定める事項を財務省令で定めるところにより帳簿書類に記載しなければならないとの要件（同条１項、施行規則２７条の８第１項及び２項）のことをいう。以下同じ。）該当性（争点(3)）
ウ 有効性要件（デリバティブ取引等が金銭に係るヘッジ対象資産等損失額等を減少させるために有効であると認められなければならないとの要件（同条１項）のことをいう。以下同じ。）該当性について
(ア) 期末時及び決済時における有効性判定の要否及びその実施の有無（争点(4)）
(イ) 本件各スワップ取引の客観的有効性の有無（争点(5)）
(3) 訴訟における処分理由の追加の可否（争点(6)）
(4) 国税通則法６５条４項所定の「主当な理由」の有無（争点(7)）
５ 各争点についての当事者の主張の要旨
(1) 争点(1)（平成１７年更正処分につき確定申告に係る金額を超えない部分の取消しを求める本件訴えの部分の適法性）について
（原告の主張の要旨）
ア 申告納税方式の租税について、課税標準又は税額等は税務署長による更正によっても確定するところ（国税通則法２４条参照）、平成１７年更正処分は、本件各スワップ取引に係る増額更正と、その余の項目に係る減額更正とを併せて一個の処分としてなされているものであり、現に、国税不服審判所においては、減算された更正部分は確定したものであることを前提として、増額更正に係る項目による増額分全体を不服の対象として審理されたことは明白である。
そして、このような実質的減額更正処分部分の確定を前提とした増額更正部分の更正処分の取消しが認められないとすると、法定申告期限から５年を経過した後に裁判所による増額更正処分の取消し判決が確定したとしても、税務署長は、実質的減額更正処分を前提とした処分がなし得ないこととなるため、納税者は違法な増額更正処分を前提とした納税義務を負うという不合理な結果を招来することになり、ひいては減額更正に併せて不正な加算更正が同時に行われた場合に不正な加算更正の是正を求め得なくなってしまう。
このような違法な課税処分の残存は、納税者である原告に著しく不利益となることはもとより、行政処分を違法とする取消し判決の趣旨を没却し、法律による行政の原理の要請に反することになるのであるから、平成１７年更正処分に対する不服申立手続である本件訴訟においては、原告の平成１７年３月期の法人税の確定申告書に記載された所得の金額及び納税すべき税額を超えない部分の取消しを求める訴えは、適法な訴えとして認められるべきである。
イ 上記のように解しても、減額部分と増額部分が含まれている増額更正処分において増額部分に誤りがある場合、その増額部分は、課税庁の過誤による部分であるにすぎず、課税庁が誤った増額更正処分をしなければ、当該更正処分時点において、減額更正処分を行うことにより、国税通則法２４条、１６条１項１号の規定に基づき租税債務が確定していたのであるから、これを前提に申告額を超えない部分の取消しを認めたとしても、更正処分時点における減額の課税額が確定するにすぎないのであり、租税債務を可及的速やかに確定させるべきであるという国家財政上の要請に反するものではない。むしろ、その減額部分は、課税庁が、納税者の申告の過誤を是正した部分であるから、これが是正されるべきは当然である。
被告は、原告の主張は、課税訴訟における訴訟物理論における争点主義を前提とするものと解するほかないところ、総額主義が相当であるとして、原告の主張を論難する。しかしながら、課税処分取消訴訟の訴訟物に関する争点主義、総額主義という訴訟物論は、原告が設定し、特定した審理の対象である訴訟物の範囲を画する議論であって、増額部分と減額部分が含まれている増額更正処分について、申告額を超えない部分の取消しの可否の問題とは次元を異にするというべきである。
（被告の主張の要旨）
ア 更正の請求の制度が設けられた趣旨は、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は、法律が特に認めた場合に限る建前とすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべきであるという国家財政上の要請にこたえるものであり、かつ、納税義務者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないということにあると解されている（最高裁昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）が、申告後に増額更正が行われたことによって、改めて申告税額を超えない部分の取消しが求められることになったのでは、上記更正の請求の制度趣旨が没却されることは明らかであるから、更正処分のうち申告額を超えない部分について、更正の請求の手続を経ないで取消しを求めることは不適法と解すべきである。
そして、更正処分は、納税者の当該年又は年度分の課税標準等又は税額等を数額的・総額的に確定させる処分であって、個々の所得発生事実ごとにその税額を個別的に確定させる処分ではないから、増額更正処分における課税標準等の計算において、減算部分がある場合でも、その課税標準等の減算の限度において申告に係る課税標準等が変更され当該課税標準等が確定することなどない。したがって、増額更正処分において、課税標準等の減算の限度において申告に係る課税標準等が変更され、当該課税標準等が確定したとの原告の主張は失当である。
イ また、そもそも原告の主張は、課税訴訟における訴訟物理論における争点主義を前提とするものと解するほかないところ、国税通則法２４条ないし２９条等の規定に照らせば、いわゆる総額主義が相当と解するべきである。
ウ さらに、原告が確定申告書に記載した所得の金額及び納付すべき税額を超えない部分についての訴えの利益を有しないのは、最もその間の事情に通じているはずの原告自身が期限内に更正の請求をしなかったことによるものであって、判決の確定時期や更正処分の期間制限とは何ら関係がないから、その結果は原告に対して過当な不利益を強いるものでも不合理なものでもないのであって、税務署長による減額更正処分をすることができる期間が法定申告期限から５年以内に限られていること（国税通則法２４条及び７０条２項参照）を理由とする原告の批判は当たらない。
(2) 争点(2)（金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件該当性）について（原告の主張の要旨）
ア 原告は、本件子会社から仕入れる燃料油（Ａ重油等）の決済により将来支払うこととなるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失のうち、特に、当該燃料油の原価を構成する原油価格の変動によるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失額を減少させるために、本件各スワップ取引を行ったものである。すなわち、本件子会社は、産油国から原油を変動価格にて購入し、これを精製した上、原告に対し、処理原油価格（ⓓ）の変動価格等により構成されるⓑ価格をもって燃料油を販売しているところ、本件子会社は、原油価格の変動リスクを原告に転嫁し得るのに対し、ⓐ事業により需要家に対し燃料油を固定価格で販売する原告は、原油価格の変動リスクを負うこととなるため、燃料油の取得に係る決済により将来支払うこととなるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失のうち、特に、当該燃料油の原価を構成する処理原油価格（ⓓ）の変動によるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失額を減少させるために、ⓐに係る需要家との間の契約において定められる期間及び数量に応じて、Ｂ等との間において、日本の輸入原油平均価格（ＪＣＣ）を用いた「変動価格売り」と「固定価格買い」の原油先物スワップ取引である本件各スワップ取引を行ったのである。
したがって、そのヘッジ対象取引は、原告の本件子会社からの燃料油の仕入取引であり、本件各スワップ取引が金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件を充足することは明らかである。
イ 施行令１２１条２項に定めるいわゆる金銭の特定事由ヘッジは、特定事由による金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的で行うものであるので、当該特定事由の変動リスクが特定されていれば足り、その特定事由の変動リスクの詳細な理由を特定する必要はない。
原告は、本件子会社から燃料油の取得に係る決済により将来支払うこととなるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失額のうち、特に、当該燃料油の原価を構成する処理原油価格（ⓓ）の変動によるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失額を減少させるため、本件各スワップ取引を行ったものであり、ヘッジの対象を示す帳簿（甲６）によれば、それが当該燃料油の原価を構成する処理原油価格（ⓓ）のキャッシュフローの変動のみであることは明らかであるから、被告の主張はその前提において失当である。（被告の主張の要旨）
ア キャッシュフロー変動リスクを減少させるための、ヘッジ取引の対象となる当該特定の取引（以下「ヘッジ対象取引」という。）は、当該法人が行う将来金銭を受け取り又は支払うこととなる取引でなければならず、当然、他の法人が将来金銭を受け取り又は支払うこととなる取引をヘッジの対象としても、法人税法６１条の６の適用を受けることはできない。
本件では、ⓑ価格は、本件子会社における処理原油価格（ⓓ）に原告の銘柄別平均販売価格（ⓔ）を加え、それを２分した価格で構成されるから、本件子会社が購入する原油価格の変動分が原告に反映されるのは、せいぜい変動額の２分の１の金額にすぎないのであって、原告は当該契約により本件子会社が購入する原油の価格変動リスクの一部しか原告が負担しないことを当然認識していたはずである。また、ＪＣＣという原油平均輸入価格によって原告及び本件子会社に生じる原油価格の変動リスクを一元的にヘッジするという原告の立場からすれば、価格変動リスクのうちに原油価格の変動リスクの占める割合がせいぜい２分の１にすぎない本件子会社からＡ重油等を取得する取引をヘッジ対象取引とするより、原油価格の変動リスク全体を含む本件子会社の原油購入取引をヘッジ対象取引とする方がはるかに合理的というべきである。
そうすると、原告がＪＣＣという原油平均輸入価格をヘッジ手段としてⓑ価格に含まれる処理原油価格（ⓓ）の変動リスクをヘッジしたとの原告の主張は、原告の負担する当該処理原油価格（ⓓ）の変動リスクが本件子会社に生じる原油価格の変動リスクの一部であり、かつ、原告はそのことを認識していたという上記取引の実態から見て、極めて不自然な主張であり、原告が本件子会社に生じるリスクについても一元的かつ総合戦略的に管理することとして、本件子会社が原油を購入する取引をヘッジ対象取引としていたことは明らかである。
このように、原告は、本件子会社が原油を取得したことにより将来金銭を支払うこととなる取引をヘッジ対象取引としたのであって、原告が将来金銭を支払うこととなる取引をヘッジ対象取引としていないと認められるから、本件各スワップ取引は、金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件を満たさず、法人税法６１条の６の適用を受ける余地はないというべきである。
イ 原告が主張する金銭の特定事由ヘッジの場合とは、金銭に係るヘッジ対象資産等損失額に影響を与える事由の中から事由を特定して、当該事由による金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを抽出してヘッジ対象金銭受払差額の計算を行うという例外を定めた場合であるから、特定事由に該当する事由とは、例えば金利リスクや為替リスクなど金銭に係るヘッジ対象資産等損失額に影響を与えるリスクを明確に特定する事由でなければならない。
これを本件における処理原油価格（ⓓ）の変動リスクについてみると、ⓓとは、本件子会のであることは明らかである。
ウ なお、本件において帳簿書類記載要件を充足し、ヘッジ関係の検証が客観的に可能であったことは、公認会計士による監査、東京国税局による調査、更正処分及び国税不服審判所における裁決等において帳簿書類記載要件が何ら問題にされることなく、ヘッジ関係が検証されていたことからも明らかである。
（被告の主張の要旨）
法人税法６１条の６の規定を受けるためには、内国法人は、デリバティブ取引等を行った日において、ヘッジ対象等の明細等を帳簿書類に記載しなければならない（施行規則２７条の８第１項、２項）。かかる帳簿書類記載要件が定められた趣旨は、リスクヘッジ目的で行われるデリバティブ取引等は多種多様であり、これを行う者の意思による自由度が大きいため、ヘッジ対象取引とヘッジ手段との対応関係は、取引自体のみからは必ずしも明確に特定できるとは限らないところ、当初のヘッジ対象との関係で有効性要件を満たさなくなったデリバティブ取引等やそもそも投機目的で行われたデリバティブ取引等につき、たまたま有効性要件を満たすようなヘッジ対象取引があることを奇貨とした利益相当額又は損失相当額の繰延べを認めるべきではないことから、そのような法人の恣意性を排除する点にある。そして、この趣旨は、施行規則２７条の８に定めるヘッジ対象等の明細等を帳簿書類に記載されたところのみから明確に判別されることが担保されて初めて達成されるものであることからすれば、法人税法６１条の６の適用を受けようとする法人は、ヘッジ対象等の明細等を、帳簿書類に記載された内容のみから明確に判別することができるように記載しなければならないと解すべきである。
本件では、原告は、取引の目的がＡ重油等の原価の大部分を構成する原油代を固定するためであることを明記した上、契約相手、契約内容、契約条件及び契約理由を記載して、デリバティブ取引の詳細を明らかにしたとして、帳簿書類記載要件を満たした旨主張するが、その根拠は明らかではない。部長決裁書を根拠とするようにも思われるが、そこには、ヘッジ対象等の明細の一つであるヘッジ対象金銭に係る記載は一切存在しないのであって、帳簿書類記載要件を満たしたということはできない。
(4) 争点(4)（期末時及び決済時における有効性判定の要否及びその実施の有無）について（原告の主張の要旨）
ア そもそも、期末時及び決済時において有効性判定を行うことは、法人税法６１条の６の適用を受けるための要件ではない。すなわち、法人税法６１条の６が定める繰延ヘッジ処理による利益額等の繰延べができる要件のうち、デリバティブ取引等のヘッジの有効性に関する要件は、当該デリバティブ取引等がヘッジとして有効と認められるか否かという客観的要件のみであり、期末時及び決済時において現に有効性判定を行うことは法人税法上の要件とはされておらず、また、デリバティブ取引等のヘッジの有効性に関する要件については政令に委任しているものの（施行令１２１条の２参照）、有効性判定時期を政令に委任した規定はなく、期末時及び決済時に有効性判定を行うことは繰延ヘッジ処理の要件ではない。
また、法人税法６１条の６の趣旨が、ヘッジ取引の実態を正しく示し、かつ、ヘッジ対象となっている取引に含み益が生じ、他方、ヘッジ手段とされているデリバティブ取引等に含み損が生じて双方の含み損益が相殺関係にある場合であっても、含み損のあるデリバティブ取引等だけを決済して利益調整を行うという弊害を防止するという点にあることからすれば、仮に、期末時及び決済時における有効性判定の実施を繰延ヘッジ処理の適用要件とすると、ヘッジ取引の対象となっているものに含み益が生じ、他方、デリバティブ取引等に含み損が生じて双方の含み損益が相殺関係にある場合に、本来であれば、繰延ヘッジ処理によりデリバティブ取引等の含み損を繰り延べるべきであるにもかかわらず、法人が意図的に期末時において有効性判定を行わないことにより、繰延ヘッジ処理の適用を回避し、含み損のあるデリバティブ取引等のみなし決済額を損金の額に算入して、利益調整を行うことが可能になるなど、繰延ヘッジ処理の適用に法人の恣意を認めることになり、繰延ヘッジ処理の制度の趣旨を没却することになり妥当でない。
イ なお、仮に法人税法６１条の６の適用を受けるためには期末時及び決済時において現に有効性判定を行うことが必要とされるとしても、施行令１２１条における「法人税法６１条の６第１項に規定する利益額又は損失額」と「ヘッジ対象金銭受払差額」とを比較する方法とは、数学的な原理に照らして、その金額を算定する基本となる数値を比較すれば足りるというべきところ、原告は、本件各スワップ取引について、期末時に具体的な有効性判定割合の数値を算出していなかったものの、毎月、ヘッジ手段であるＪＣＣとヘッジ対象であるⓓの価格調査を実施し、常時両者を比較して、両者が高い相関関係にあることを確認しており、「法人税法６１条の６第１項に規定する利益額又は損失額」と「ヘッジ対象金銭受払差額」の基本となる数値を比較して有効性を判定したのであるから、施行令１２１条の有効性判定を行っていたといえる。
（被告の主張の要旨）
ア 法人税法６１条の６第４項は、「その他前３項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。」と定めており、同条１項の適用に関し必要な有効性判定を行う時期と方法を定めるものとして、施行令１２１条が定められているから、同条に従い期末時又は決済時に有効性判定を行うことは法人税法６１条の６の要件というべきである。
そして、客観的な有効性割合の基準について定める施行令１２１条の２は、当該有効性割合を算出する過程において期末・決済時価額（同条１号）又は期末・決済時金額（２号）を求めることを要求しているから、同条の規定は当然に施行令１２１条の規定を前提としているのであって、そうであれば、有効性判定の要件の中に、期末時及び決済時に有効性判定を行うことは当然の前提として包含されていると解すべきである。
そうすると、当該デリバティブ取引等について法人税法６１条の６の規定の適用を受けるためには、当該内国法人が期末時及び決済時においてデリバティブ取引等について有効性判定を行う必要があるというべきである。
イ 本件では、原告の平成１５年３月期における連結財務諸表の注記には、為替予約取引及び商品スワップ取引等については、当該取引とヘッジ対象である資産・負債又は予定取引に関する重要な条件が同一であり、ヘッジ開始時及びその後も継続して相場変動を相殺することが事前に想定されるため、主として有効性判定を省略している旨の記載があり、原告が前記取引等について有効性判定を省略していたことが明記されているから、原告が、少なくとも平成１５年３月３１日までは何ら有効性判定を行っていなかったことは明らかであるし、同年４月１日以後の期間においても、期末時及び決済時に有効性判定を行っていたとは認められない。
(5) 争点(5)（本件各スワップ取引の客観的有効性の有無）について
（原告の主張の要旨）
ア 原告が行った本件各スワップ取引の概要については、争点(2)イにおいて主張したとおりであるところ、法人税法６１条の６が委任する法人税法施行令１２１条の２に定める有効性判定割合の算定方法については、その分子の額、つまり法人税法６１条の６第１項に規定する利益額又は損失額については、決済損益額とみなし決済額の合計額とし、みなし決済額は、将来期間における固定価格を基礎として算出される。
そして、分母の額、すなわちヘッジ対象金銭受払差額については、その具体的な算定方法の明文規定を欠くものの、ヘッジ手段（分子）とヘッジ対象（分母）の金額算出方法の整合性を確保しなければ有効性判定の用をなさないことは当然の事理であるから、かかる観点から、既経過分のキャッシュフローと将来の見積キャッシュフローの合計額とし、将来の見積キャッシュフローは、将来期間における固定価格を基礎として算出されるべきである。
イ この点、被告は、「ヘッジ対象金銭受払差額」について、期末時及び約定時における実際のⓑ価格（変動価格）を将来期間に係る固定価格と見るべきであると主張する。
しかしながら、将来期間に係る固定価格とは、将来期間にわたる変動価格によるキャッシュフローと等価になるべく算出された価格、つまり、将来の変動価格の予想キャッシュフローを反映した価格であるのに対し、期末時及び約定時における実際のⓑ価格（変動価格）は、将来の変動価格の予想キャッシュフローを反映しないものであるから、一時点の変動価格を長期間の固定価格とみなす点で明らかに誤りである。
ウ このような原告の考え方に基づいて本件各スワップ取引について評価すると、その客観的有効性は認められるものである（詳細については、訴状の１０頁以下並びに原告の平成２１年１０月２８日付け準備書面(1)、平成２２年３月３日付け準備書面(3)の４６頁以下及び同年８月３１日付け準備書面(4)の３９頁以下参照）。
（被告の主張の要旨）
ア 施行令１２１条に基づくデリバティブ取引等に係るヘッジの有効性判定は、「期末時又は決済時における法人税法６１条の６第１項に規定する利益額又は損失額」と「ヘッジ対象金銭受払差額」とを比較して行うこととし、前者を後者で除した割合がおおむね１００分の８０から１００分の１２５までになっている場合にヘッジが有効とされる。
そして、上記有効性割合の分子の金額である期末時又は決済時における「デリバティブ取引等に係る法人税法第６１条の６第１項に規定する利益額又は損失額」とは、期末時又は決済時において法人税法６１条の６の規定により繰延べの対象となる利益額又は損失額に相当する金額のことであり、上記有効性割合の分母の金額である期末時又は決済時における「ヘッジ対象金銭受払差額」とは、ヘッジの対象とした取引のうち当該期末時又は決済時において未決済の取引を決済したことにより将来支払うこととなる金銭の額について、デリバティブ取引等を行ったときにおいて算出した金額と当該期末時又は決済時において算出した金額との差額を求めることによって計算される金額をいうと解するのが相当である。
なお、原告は、本件子会社から取得する燃料油の原価を構成する処理原油価格（ⓓ）の変動によるキャッシュフローの変動に伴って生ずるおそれのある損失額を減少させるために本件各スワップ取引を行ったものであり、施行令１２１条２項に定める金銭の特定事由ヘッジの場合に該当すると主張するが、かかる場合に該当しないことは争点(2)イで述べたとおりであるし、施行規則２７条の８第４項所定の記載事項を帳簿書類に記載していないのであるから、施行令１２１条２項の適用は認められない。
イ 原告は、自らが主張する判定方法によれば、本件各スワップ取引の客観的有効性は認められると主張するが、原告が主張する有効性判定の方法は、施行令１２１条に規定する判定方法と異なる独自のものであるから、その有効性を判定する前提において誤っているというべきである。
(6) 争点(6)（訴訟における処分理由の追加の可否）について
（原告の主張の要旨）
本件においては、税務調査、更正通知並びに国税不服審判所における審理及び裁決において、法人税法６１条の６が定めるその適用を受けるための形式的要件（①金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件、②帳簿書類記載要件、③期末時における有効性判定）は何ら問題とされたことはなく、むしろ形式的要件の充足を当然の理解として実質的要件の存否が論じられてきた。
しかしながら、その後における更正処分の取消訴訟というような段階において、上記の形式的要件に係る新たな処分理由が唐突に追加されたことは極めて不自然といわざるを得ない。
審査裁決の理由附記は不服審査段階における慎重な原処分庁、審査庁の判断を経たものであることから、課税庁を拘束する力は、青色申告の理由附記に係る処分理由の差替えよりも手厚く保護される必要があり、裁決の拘束力は主張制限にまで及ぶと解さざるを得ず、本件訴訟において新たな処分理由を提出することは、青色申告に係る更正処分理由附記及び審査裁決の理由附記の趣旨に反するものであり、その主張は制限されるべきである。
（被告の認否）
争う。
(7) 争点(7)（国税通則法６５条４項所定の「正当な理由」の有無）について（原告の主張の要旨）
ア 本件各更正処分のうち、本件各スワップ取引に係る部分は違法であるから、これに伴う過少申告加算税の賦課決定処分もまた違法である。
イ 繰延ヘッジ処理を定める法人税６１条の６は、平成１２年税制改正により導入されたものであるが、同改正は、企業会計におけるデリバティブ取引の時価評価及びヘッジ会計の趣旨を税法上に反映させたものであり、原告による本件各スワップ取引に係る有効性判定の方法は、企業会計基準に合致するものであるから、平成１２年税制改正の趣旨に何ら反しない合理的かつ適正な方法といえる。文献上も、税法上の処理と会計処理とは一致すべきものとされ、また、税務調査及び国税不服審判所における手続においても、各担当間において意見の一致をみないところであり、一部担当官は、原告による繰延ヘッジ処理による繰延べを正当と認められると述べていたのである。
したがって、原告が、本件各スワップ取引について、同取引が金銭に係るヘッジ対象資産等損失額を減少させるために有効と認め、本件未決済デリバティブ取引を決済したものとみなして会計処理した利益の全額の繰延べをし、益金の額に算入しなかったことには、国税通則法６５条４項所定の「正当な理由」があるから、過少申告加算税を賦課することは許されない。
（被告の主張の要旨）
過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的な不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であるところ、更正に基づき新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、その更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その部分については過少申告加算税を課さないこととしたのである。
このような規定の趣旨にかんがみると、過少申告加算税を課さないことに正当な理由があると認められる場合とは、真に納税者の責めに帰すことができない客観的な事情があり、上記過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解される（最高裁平成１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）から、単なる法の不知や誤解のような納税者の主観的事情にすぎない理由は、当該納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合とは認められず、過少申告加算税を課さないことについての正当な理由とはならない。
本件における原告の主張は、結局のところ、企業会計で認められる有効性判定はすべからく法人税法上も認められるべきであるという単なる法の誤解又は不知に基づくものにすぎず、そのような理由が原告に過少申告加算税が賦課されない正当な理由に当たらないことは上記のとおりである。また、従前の税務調査において調査担当者が原告の有効性判定について何らかの指摘をしなかったからといって、原告の有効性判定を肯認したことにはならないから、この点に関する原告の主張も前提を欠く。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（平成１７年更正処分につき確定申告に係る金額を超えない部分の取消しを求める本件訴えの部分の適法性）について
(1) 本件で問題とされている法人税のように納付すべき税額の確定の手続につき申告納税方式によるものとされている国税においては、納付すべき税額は、原則として納税者のする申告により確定し（国税通則法１５条、１６条１項１号、２項、法人税法７４条１項参照）、納税者が申告の内容を自己の利益に変更するためには、更正の請求の方法（国税通則法２３条、法人税法８０条の２等）によらなければならないものとされている。そして、申告納税制度が採られている国税において、確定申告書に記載された事項の過誤の是正につき更正の請求という特別の制度が設けられたのは、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るものとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと考えられるからであると解される（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。このような更正の請求の制度の趣旨に照らせば、申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の無効を主張することができるような特段の事情がある場合を除き、当該更正処分のうち申告に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を下回る部分については、上記更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないものというべきである（前掲昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決参照）。
本件では、前記第２・２の前提事実記載のとおり、原告は、平成１７年３月期の法人税について、所得の金額を３５３億５０５３万６６５０円とした上で、納付すべき税額を６８億４７０３万０３００円とする確定申告をしているところ、本件訴えにおいては、平成１７年更正処分のうち、所得の金額３４７億１２１９万８７６２円及び納付すべき税額６７億３３８６万５５００円を超える部分の取消しを求めているのであって、平成１７年３月期の確定申告に係る納付すべき税額及びその計算の前提となる所得の金額を超えない部分については、原告において確定申告書の提出により自ら納税義務の内容を確定させた部分についてその取消しを求めるものであるところ、原告は、平成１７年更正処分につき更正の請求の手続を執っておらず、また、平成１７年３月期の法人税の確定申告につき上記特段の事情があることの主張、立証はない。したがって、上記の部分の取消しを求める本件訴えの部分は、不適法であるといわざるを得ない。
(2) これに対して、原告は、減額部分と増額部分が含まれている増額更正処分において、申告額を超えない部分の取消しを求める訴えを適法と認めないと、違法な増額更正処分を是正できずに納税義務を負うという不合理な結論になるなどの不都合がある等の主張をする。
しかしながら、課税処分の取消しの訴えにおける実体上の審判の対象は、当該課税処分によって確定された税額の適否であり、課税処分における課税庁の課税標準の認定等に誤りがあっても、これにより確定された税額が総額において租税法規によって客観的に定まっている税額を上回らなければ、当該課税処分は適法なものというべきであり（最高裁平成●●年（○○）第●●号同４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁参照）、また、納税者は課税標準等に係る事情に最もよく通じていることに照らすと、自ら租税法規により定められた必要な手続を執って減額の更正を受けておけば足りるといえ、このような手続を執ることを求めることが酷とまではいえない。
よって、上記の原告の主張はいずれも採用することができない。
２ 法人税法６１条の６が定める要件の該当性について
(1) 争点(3)（帳簿書類記載要件該当性）について
ア(ア) 内国法人が繰延ヘッジ処理による利益額等の繰延べに係る法人税法６１条の６の規定の適用を受けるためには、デリバティブ取引等を行った日において、ヘッジ対象等の明細等を帳簿書類に記載しなければならない（同条１項、施行規則２７条の８第１項及び２項参照）。なお、当該デリバティブ取引等を行った内国法人が、金利の変動、外国為替の売買相場の変動等の特定事由によるその金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的でそのデリバティブ取引等を行った場合において、その特定事由に係る部分の差額をもって施行令１２１条１項のヘッジ対象金銭受払差類とするためには、そのデリバティブ取引等を行った日において、施行規則２７条の８第２項に規定する帳簿書類にその旨及びそのデリバティブ取引等によって減少させようとする損失の基因となるその特定事由を記載しなければならない（施行令１２１条２項、施行規則２７条の８第４項参照）。
(イ) ところで、各種のリスクに対するヘッジの在り方は、それぞれの内国法人の意図に基づいて決定されるものであるため、様々であり、また、いわゆる繰延ヘッジ処理についても、内国法人が、後日、その行ったデリバティブ取引等の中で関係法令が定める要件を満たすものを選んでその適用を受けようとするなど、法人の恣意性が働くおそれがある。
そこで、法人税法６１条の６及びその委任を受けた施行規則２７条の８は、内国法人が繰延ヘッジ処理の適用を受けようとする場合について、デリバティブ取引等を行った時点生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的で本件各スワップ取引を行ったとするものであり、それについて、施行令１２１条２項に定める特定事由によるその金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的でそのデリバティブ取引等を行った場合に該当すると解するとしても、ヘッジ対象金銭受払差額を上記の特定事由に係る部分の差額とするためには、施行規則２７条の８第４項の規定に従い、そのデリバティブ取引等を行った日において、帳簿書類に、特定事由によるその金銭の額の変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的でそのデリバティブ取引等を行った旨及びそのデリバティブ取引等によって減少させようとする損失の基因となるその特定事由を記載するべきであったところである。
しかるに、本件決裁書の記載がされた日及びその記載の内容に係る問題について既に述べたところに加え、原告が本件子会社からＡ重油等の仕入れを行う際の原価に当たるⓑはⓓのみから成るものではなく、かつ、ⓓの額は原油の輸入に係る価格のほかにも幾つかの流動的な要素によって決定されるものであるにもかかわらず、その記載においては、本件Ｅ分スワップ取引を行った目的（契約理由）は、Ｃ店向けｋＷリースの自家燃用に使用する一般Ａ重油の原価固定を行うとされているにすぎない。また、本件決裁書に添付されている受給部製品調達グループ作成のメモが本件決裁書の内容の一部を成すものと直ちに断じ難いことは前記のとおりであるほか、仮にこの点をおくにせよ、同メモにおける想定採算の計算は、原告と本件子会社との間の仕入契約における仕入価格とされていたⓑを基礎とするものではなく、主に原油の輸入に係る価格等を基礎とするものであり、その記載は、原告と本件子会社を経営上の観点から一体的にみた上で試算したところに係るものであると解するのが相当であって、証拠（甲８の別紙４）によれば、りん議の経過においても同様の基礎に立って検討されていたと認められる。そして、本件決裁書が作成されて決裁の手続が行われるに至った根拠については、本件Ｅ分スワップ取引が本件基準において基準の対象となる先物取引として掲げられている「輸入製品（半製品）価格の平準化及び価格変動リスクの低減を目的として行う先物取引」中の「想定される輸入採算メリットを確保することを前提に購入価格を固定化する為の取引」に該当すると判断されるとともに、契約の期間が１年を超えるものであったためであると推認されるところ、本件基準においては、本件子会社がする輸入に係る採算メリットをも考慮して先物取引を行うものとされるとともに、本件基準に則して本件子会社をも含めて原油関連及び製品関連の取引を一元的に管理するものとされていたものであり、このように原告と本件子会社とを経営上の観点から一体的に評価するという事情は、平成１３年１０月１０日の原告の先物取引委員会において定められたⓐに係る事業の進め方の方針においても前提とされていたものと推認されるところである。これらの点に照らすと、本件決裁書については、添付書類を含めてこれをみたとしても、原告の主張するところに沿って、「ⓑを構成するⓓの変動に伴って生ずるおそれのある損失の額のみを減少させる目的で本件Ｅ分スワップ契約を締結した」旨の記載や、損失の基因となるその特定事由である「ⓑを構成するⓓの変動リスク」について、帳簿書類へのものとして明確に記載されているとまで認めることには問題が残るものというべきである。
(ウ) よって、本件各スワップ取引については、帳簿書類記載要件を満たしているとはいえないから、この点に関する原告の主張は採用することができない。
(2) その余の争点について
以上によれば、争点(2)、(4)及び(5)について判断するまでもなく、本件において、本件各スワップ取引が法人税法６１条の６第１項が定める要件を満たすとはいえないことは明らかであり、同項に基づいて繰延ヘッジ処理による利益額等の繰延べの処理をすることはできないものというべきである。
３ 争点(6)（訴訟における処分理由の追加の可否）について
(1) 原告は、国税不服審判所における審査請求に対する裁決に至るまで、法人税法６１条の６が定めるその適用を受けるための形式的要件（①金銭に係るヘッジ対象資産等損失額ヘッジ要件、②帳簿書類記載要件、③期末時及び決済時における有効性判定）は何ら問題とされたことはなく、上記の裁決の拘束力により、本件訴えに至って初めて追加されたこの点に関する主張を制限すべきである旨主張する。
(2) 審査裁決書には裁決の理由を附記しなければならないところ（国税通則法１０１条１項、８４条４項及び５項参照）、このような理由の附記が必要とされる趣旨は、審査請求に対する裁決をする国税不服審判所長等の判断の慎重、公正を期し、その恣意を抑制するとともに、裁決の理由を明示することによって、審査請求人に当該処分の取消しの訴えの提起に関して判断資料を与える点にあると解されるが（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４９年７月１９日第二小法廷判決・民集２８巻５号７５９頁参照）、これを超えて、当該訴えにおける被告の主張を制限する効力を有するとまで解すべき根拠は見当たらない。
また、審査請求に対してされた裁決は関係行政庁を拘束する（国税通則法１０２条１項）ところ、これは、行政不服審査法４３条１項の規定と同趣旨のもので、原処分の取消し又は変更をした裁決の実効性を保障するため、かかる裁決がされた場合には、原処分庁を含む関係行政庁は、同一の事情の下でその裁決で排斥された原処分の理由と同じ理由で同一人に対し同一内容の処分をすることは許されないものとする旨定めたものと解するのが相当であり、審査請求を棄却した裁決にはかかる拘束力は生じないのであって（前掲昭和４９年７月１９日第二小法廷判決参照）、原処分を維持した裁決の結果になお不服があるとして提起された当該処分の取消しの訴えにおいて、被告が当該処分の適法性を根拠付けるためにする主張が裁決の理由中の判断と同一でなければならないと解すべき根拠は見当たらず、上記の裁決がそのような意味での拘束力を有するということはできない。
なお、原告は、青色申告に係る更正処分の理由の附記の制度の趣旨に反する旨にも言及するが、上記の制度の趣旨とするところは、審査裁決書における裁決の理由の附記の制度につき既に述べたところと基本的に同様のものと解するのが相当であり（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁ほか参照)原告が本件で追加することを問題とする各事由については、本件各更正処分において指摘されていた原告のいう実質的要件に係るものとともに、いずれも原告の平成１６年３月期及び平成１７年３月期の法人税についての法人税法６１条の６第１項の規定の適用の可否に関するもので、その適用があるものとする原告において熟知しているはずの事柄であることなどにかんがみれば、このような場合に被告に上記の各事由に係る主張の追加を許しても、本件各更正処分を争うにつき処分の相手方である原告に格別の不利益を与えるものではないから、被告において上記の各事由に係る主張を追加することが妨げられるとは解し難く、本件において上記と異なって解すべき他の事情は見当たらない。
(3) そうすると、他に被告の上記主張の追加を制限すべき事由が見当たらない本件においては、原告の主張を採用することはできない。
４ 争点(7)（国税通則法６５条４項所定の「正当な理由」の有無）について
(1) 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。
国税通則法６５条４項は、更正等に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその更正等の前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年(○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁各参照）。
(2) 本件では、原告は、申告期限内に、法人税法６１条の６第１項の適用を受けることができるとの前提の下に繰延ヘッジ処理により本件各未決済スワップ取引に係るみなし決済利益額を益金の額に算入しないで計算した所得の金額及び納付すべき税額をもって確定申告をしており、上記のみなし決済利益額に関する事実は平成１７年更正処分前の税額の計算の基礎とはされていなかったことになる。
そして、このことについては、原告が、本件各スワップ取引につき帳簿書類記載要件を含め繰延ヘッジ処理をするために必要な要件を満たすと判断していたからであると推認されるところ、関係法令の規定の文言及び前記２(1)に述べたところに照らすと、本件において原告が主張する事情を考慮しても、少なくとも帳簿書類記載要件に関し原告が上記のように判断したことについては、やはり、原告の主観的な事情にとどまるというべきであって、他に、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、既に述べた過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たるというべき事由があると認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
したがって、原告が、本件各未決済スワップ取引に係るみなし決済利益額に関する事実が平成１７年更正処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項所定の「正当な理由がある」と認めることはできないから、この点に関する原告の主張は採用することができない。
５ 本件各更正処分等の適法性
以上の検討並びに当事者間に争いのない事実及び弁論に全趣旨により認める事実を基に計算すると、別紙本件各更正処分等の根拠及び適法性記載のとおり、本件各更正処分等は、いずれも適法であるということができる。
第４ よって、本件訴えのうち平成１７年更正処分中の所得の金額３５３億５０５３万６６５０円及び納付すべき税額６８億４７０３万０３００円を超えない部分の取消しを求める部分は不適法であるからこれを却下し、本件訴えのその余の部分に係る原告の請求にはいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官中島朋宏
裁判官藤井秀樹
（別紙）
当事者目録
原告Ｆ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士西迪雄
同向井千杉
同富田美栄子
同渡邉和之
同小林幸弘
被告国
同代表者法務大臣仙谷由人
処分行政庁芝税務署長事務承継者麹町税務署長
小野好信
被告訴訟代理人弁護士長屋文裕
被告指定代理人今井学
同茅野純也
同高野紀子
同髙松公良
同根本千代美
同林貴之
（別紙）
本件各更正処分等の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１６年３月期及び平成１７年３月期の所得の金額及び納付すべき税額は、次のとおりである。
なお、所得の金額に「△」を付したものは、欠損金額を表す。
(1) 平成１６年３月期（別表３）
ア 所得の金額（別表３⑥欄）
△２２億９１２０万７０３９円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額である。
(ア) 芝税務署長が平成１７年４月２７日付けでした平成１６年３月期の法人税に係る更正処分（以下「平成１６年３月期第一次更正処分」という。）における所得の金額（別表３①欄）
△６５億５５５１万２３６２円
上記金額は、平成１６年３月期第一次更正処分に係る法人税額等の更正通知書の「更正又は決定の金額」欄に記載された所得の金額である。
(イ) 所得の金額に加算すべき金額（別表３⑤欄）
４２億６４３０万５３２３円
上記金額は、次のａないしｃの金額の合計額であり、所得の金額に加算すべきものである。
ａ 事業年度終了の時において決済されていない本件各スワップ取引に係るみなし決済利益額の益金算入額（別表３②欄）
４０億１８５７万１８５７円
上記の金額は、本件各スワップ取引のうち、平成１６年３月期の終了の時において決済されていないものについて、その時において決済したものとみなして算出したみなし決済利益額であり、法人税法６１条の５の規定により益金の額に算入すべき金額である。
ｂ 買換資産の圧縮積立金特別勘定の繰入限度超過額（別表３③欄）
２億３５３１万７２６０円
上記金額は、租税特別措置法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６５条の７第１項の表２２号上段に定める資産に該当する土地４９件を譲渡したことにつき、同法６５条の８第１項の規定を適用し、同項に定める特別勘定を設ける方法により経理して損金の額に算入した５９億６７２４万７０４４円のうち、同法６５条の７第１５項４号に定める差益割合の計算に誤りがあったことから、正当な差益割合に基づき再計算した当該特別勘定の繰入限度額５７億３１９２万９７８４円を超える金額であり、損金の額に算入されない。
ｃ 控除対象外国法人税の損金不算入額加算漏れ額（別表３④欄）
１０４１万６２０６円
上記金額は、原告が損金の額に算入した外国法人から受け取るロイヤリティに対して源泉徴収された法人税法６９条１項に規定する外国法人税の額の合計額であり、原告は同条の適用（外国税額の控除）を受けていることから、当該金額は同法４１条の規定により損金の額に算入されない。
イ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表３⑦欄）
１３４億４６５０万０３７８円
上記金額は、平成１６年３月期第一次更正処分に係る法人税額等の更正通知書の「更正又は決定の金額」欄に記載された翌期へ繰り越す欠損金の額１７７億１０８０万５７０１円から、上記ア(イ)により増加した平成１６年３月期の所得の金額４２億６４３０万５３２３円を控除した金額である。
(2) 平成１７年３月期（別表４）
ア 所得金額（別表４⑱欄）
６３５億２９４３万６９３９円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額から、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 確定申告における所得の金額（別表４①欄）
３５３億５０５３万６６５０円
上記金額は、原告が芝税務署長に対して平成１７年６月３０日に提出した平成１７年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年３月期確定申告書」という。）に記載された所得の金額である。
(イ) 所得の金額に加算すべき金額（別表４⑬欄）
３３５億６０２７万１４３１円
上記金額は、次のａないしｋの金額の合計額であり、所得の金額に加算すべきものである。
ａ 事業年度終了の時において決済されていない本件各スワップ取引に係るみなし決済利益額の益金算入額（別表４②欄）
２８８億１７２３万８１７７円
上記金額は、本件各スワップ取引のうち、平成１７年３月期の終了の時において決済されていないものについて、その時において決済したものとみなして算出したみなし決済利益額であり、法人税法６１条の５の規定により益金の額に算入すべき金額である。
ｂ 買換資産の圧縮積立金特別勘定の繰入限度超過額（別表４③欄）
１億１９７２万４１３６円
上記金額は、措置法６５条の７第１項の表２２号上段に定める資産に該当する土地６４件を譲渡したことにつき、同法６５条の８第１項の規定を適用し、同項に定める特別勘定を設ける方法により経理して損金の額に算入した１０２億５０２７万０７６８円のうち、当該土地６４件の譲渡の中に資産の譲渡利益の金額が０円となるため同項の適用を受けられない２物件が含まれていたこと及び同法６５条の７第１５項４号に定める差益割合の計算に誤りがあったことから、同法６５条の８第１項の対象となる土地６２件につき正当な譲渡対価の額及び差益割合に基づき再計算した当該特別勘定の繰入限度額１０１億３０５４万６６３２円を超える金額であり、損金の額に算入されない。
ｃ 売上商品原価の過大計上額（別表４④欄）
１１３０万６０４２円
上記金額は、原告が損金の額に算入した売上商品原価のうち、Ｇ店向けに電力を供給することを目的として設置した発電設備の排気管の延長工事に要した金額の合計額であり、減価償却資産の取得価額と認められるところ、償却費として損金経理をしていないことから、損金の額に算入されない。
ｄ 繰延資産の償却超過額（別表４⑤欄）
１５９５万３２２３円
上記金額は、原告が、平成１６年９月６日付けで販売活動費として損金の額に算入したＨ株式会社に対するソフトウエア・システムの開発費用負担金１９８０万４０００円のうち、法人税法３２条の規定により計算した償却限度額３８５万０７７７円を超える金額であり、損金の額に算入されない。同負担金は法人税法施行令１４条１項９号イ（平成１７年政令第９９号による改正前のもの）に規定する繰延資産に該当するものである。
ｅ 損金の額に算入されない事務諸費の金額（別表４⑥欄）
５４１１万００００円
上記金額は、原告が平成１７年３月期の損金の額に算入した事務諸費の金額のうち、原告が同年６月に事業の用に供した燃料電池実証試験機器の取得のために要した金額であり、減価償却資産の取得価額と認められるので、損金の額に算入されない。
ｆ 「経費処理した貯蔵品・前払費用」として所得の金額から減算した額の過大額（別表４⑦欄）
９７８万６３２２円
上記金額は、原告が平成１７年３月期確定申告書において「経費処理した貯蔵品・前払費用」として所得の金額から減算した金額のうち、平成１５年１１月１３日に南九州地区のⓘの調査に係る費用としてＩに対して前払した金額であり、当該調査は平成１６年３月２２日に役務の提供が終了し、当該金額は平成１６年３月期第一次更正処分において損金の額に算入されたことから、平成１７年３月期の損金の額に算入されない。
ｇ 特別修繕引当金超過額の損金算入額の過大額（別表４⑧欄）
５０５万３５５２円
上記金額は、原告が平成１７年３月期確定申告書において、所得の金額から減算した期首現在の特別修繕引当金超過額３６億１２５１万２２０４円と、所得の金額から減算すべき正当な期首現在の特別修繕引当金超過額３６億０７４５万８６５２円との差額であり、所得の金額から過大に減算されていることから、所得の金額に加算される。
ｈ 受取配当等の益金不算入額の過大額（別表４⑨欄）
８８７万７６００円
上記金額は、原告がＪ株式会社に対して同社株式を譲渡したことにより、法人税法２４条１項５号により利益の配当の額とみなされる金額につき、同法２３条１項に定める受取配当等の益金不算入の金額として所得の金額から減算した５３億６０３８万８２９８円と、正当な当該利益の配当の額とみなされる金額に基づき当該受取配当等の益金不算入の金額として所得の金額から減算すべき５３億５１５１万０６９８円との差額であり、益金不算入額として所得の金額から過大に減算されていることから、所得の金額に加算される。
ｉ 固定資産圧縮積立金認定損の過大額（別表４⑩欄）
２億３５３１万７２６０円
上記金額は、原告が平成１６年３月期に譲渡した措置法６５条の７第１項の表２２号上段に規定する資産の同表２２号下段に規定する買換資産として取得した土地及び減価償却資産について、同法６５条の８第７項及び同法６５条の７第１項の規定を適用して原告が損金の額に算入した同項に規定する圧縮限度額５９億６７２４万７０４４円と、損金の額に算入すべき正当な当該圧縮限度額５７億３１９２万９７８４円との差額であり、損金の額に算入されない（前記１(1)ア(イ)ｂ参照）。
ｊ 控除対象外国法人税の損金不算入額加算漏れ額（別表４⑪欄）１８５９万９７９６円上記金額は、次の(a)ないし(c)の金額の合計額である。
(a) 特定外国子会社等に係る控除対象外国法人税額の加算漏れ額
４１３万９５６２円
上記金額は、原告の措置法６６条の７第１項に規定する特定外国子会社等に該当するＫが納付した法人税法６９条１項に規定する外国法人税の額につき、措置法６６条の７第１項の規定により、原告の法人税法６９条１項に規定する控除対象外国法人税の額とみなして同項の適用を受けた金額であり、措置法６６条の７第３項の規定により益金の額に算入される。
(b) 租税条約による限度税率超過税額の加算漏れ額
１５１万６９１１円
上記金額は、原告が平成１６年９月６日付けで計上したアメリカ合衆国の法人であるＬから受け取るロイヤリティに対して源泉徴収された連邦所得税額９７万８５１１円、同年８月２３日付けで計上した同国の法人であるＭから受け取るロイヤリティに対して源泉徴収された連邦所得税額１５万２２９８円及び同年１０月２５日付けで計上した同国の法人であるＮから受け取るロイヤリティに対して源泉徴収された連邦所得税額３８万６１０２円の合計額であり、いずれも損金の額に算入されているが、当該ロイヤリティは所得に対する租税に関する二重課税の回避及び脱税の防止のための日本国政府とアメリカ合衆国政府との間の条約（平成１６年３月３０日条約第２号）１２条２項に規定する使用料に該当し、同条１項及び同条約３０条２項(b)(i)（ａａ）及び平成１６年３月３０日外務省告示第１１３号により同年７月１日以後にアメリカ合衆国で支払われ又は貸記される使用料の額に対して同国の租税は源泉徴収されないから、損金の額に算入されない。
(c) 控除対象外国法人税の損金不算入金額の加算漏れ額
１２９４万３３２３円
上記金額は、原告が損金の額に算入した外国法人から受け取るロイヤリティに対して源泉徴収された法人税法６９条１項に規定する外国法人税の額の合計額であり、原告は同条の適用（外国税額の控除）を受けていることから、当該金額は同法４１条の規定により損金の額に算入されない。
ｋ 繰越欠損金の当期控除過大額（別表４⑫欄）
４２億６４３０万５３２３円
上記金額は、原告が平成１７年３月期確定申告書において、所得の金額から減算した繰越欠損金の当期控除額１７７億１０８０万５７０１円と、所得の金額から減算すべき正当な繰越欠損金の当期控除額１３４億４６５０万０３７８円（前記(1)イ参照）との差額であり、所得の金額から過大に減算されていることから、所得の金額に加算される。
(ウ) 所得の金額から減算すべき金額（別表４⑰欄）
５３億８１３７万１１４２円
上記金額は、次のａないしｃの金額の合計額であり、所得の金額から減算すべきものである。
ａ 平成１６年３月期の終了の時において決済されていない本件各スワップ取引に係るみなし決済利益額の損金算入額（別表４⑭欄）
４０億１８５７万１８５７円
上記金額は、前記(1)ア(イ)ａのとおり、原告が、平成１６年３月期において、益金の額に算入すべき本件各スワップ取引のうち同期の終了の時において決済されていないものについてその時において決済したものとみなして算出したみなし決済利益額であり、施行令１２０条１項の規定により平成１７年３月期において損金の額に算入される。
ｂ 圧縮積立金特別勘定の益金算入額の過大額（別表４⑮欄）２億３５３１万７２６０円上記金額は、原告が平成１６年３月期に譲渡した措置法６５条の７第１項の表２２号上段に規定する資産に該当する土地４９件の買換資産として平成１７年３月期に同号下段に掲げる資産を取得して事業の用に供したことから、同法６５条の８第９項の規定により特別勘定から益金の額に算入した金額５９億６７２４万７０４４円のうち、前記(1)ア(イ)ｂのとおり、平成１６年３月期において原告が特別勘定に経理して損金の額に算入し、平成１７年３月期において益金の額に算入すべき限度額５７億３１９２万９７８４円を超える金額であり、所得の金額に過大に加算されていることから、所得の金額から減算される。
ｃ 貸倒引当金繰入限度超過額の過大額（別表４⑯欄）
１１億２７４８万２０２５円
上記金額は、原告が一括評価金銭債権に係る貸倒引当金繰入限度超過額として所得の金額に加算した１１億５７４１万６０７７円と、原告の貸倒引当金の実績繰入率の計算において計算の対象に含めていなかった平成１５年８月１日に合併した適格合併に係る被合併法人であるＯ株式会社及び同年１０月１日に合併した適格合併に係る被合併法人であるＰ株式会社における各実績を計算の対象に含めて算出された貸倒実績率により計算される所得の金額に加算すべき正当な繰入限度超過額２９９３万４０５２円との差額であり、所得の金額に過大に加算されていることから、所得の金額から減算される。
イ 所得の金額に対する法人税額（別表４⑲欄）
１９０億５８８３万０８００円
上記金額は、前記アの所得の金額（国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条に定める税率（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項による置き換え後のもの）を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額の特別控除額（別表４⑳欄）
１９億１１１０万８１６０円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 確定申告における法人税額の特別控除額（別表４あ欄）１９億９３０３万９０２４円上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された法人税額の特別控除額であり、試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額１０億７７６６万２２００円と情報通信機器等を取得した場合等における法人税額の特別控除額９億１５３７万６８２４円の合計額である。
(イ) 試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額の過大額（別表４ぃ欄）８１９３万０８６４円
上記金額は、原告が控除した試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額１０億７７６６万２２００円と、原告の平成１６年３月期の試験研究費の額に計上された減価償却費の金額及びⓙ設備負担金償却費の金額に誤りがあったこと並びに平成１７年３月期の試験研究費の額に計上された人件費の金額、減価償却費の金額及びⓙ設備負担金償却費の金額に誤りがあったことから再計算される正当な試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額９億９５７３万１３３６円との差額であり、法人税額から控除されない。
エ 法人税額から控除される税額（別表４い欄）
１８億１６８８万３６１９円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 確定申告における法人税額から控除される所得税額等（別表４ぅ欄）
１４億０７４１万３９６３円
上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税額等の金額である。
(イ) 法人税額から控除される外国税額（別表４う欄）
４億０９４６万９６５６円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ 確定申告における控除される外国税額（別表４ぇ欄）
３億５７６７万７４６８円
上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された法人税額から控除される外国税額の金額である。
ｂ 控除限度額増加に伴う控除される外国税額の増加額（別表４え欄）
５１７９万２１８８円
上記金額は、原告が平成１７年３月期確定申告書において、法人税額から控除した外国税額３億５７６７万７４６８円と、平成１７年更正処分により法人税法６９条１項に規定する控除限度額が３億５７６７万７４６８円から４億８９７２万０２５４円に増加したことに伴い法人税額から控除されるべき同項に規定する控除対象外国法人税の額４億０９４６万９６５６円との差額であり、法人税額から控除される。
オ 納付すべき法人税額（別表４ぉ欄）
１５３億３０８３万９０００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウ及びエの金額を控除した金額（国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
カ 既に納付の確定した本税額（別表４お欄）
６８億４７０３万０３００円
上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
キ 差引納付すべき法人税額（別表４か）
８４億８３８０万８７００円
上記金額は、前記オの金額から前記カの金額を控除した金額であり、原告が新たに納付すべき法人税額である。
２ 本件各更正処分の適法性
(1) 平成１６年更正処分
原告の平成１６年３月期の所得の金額及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記１(1)ア及びイのとおり、それぞれ△２２億９１２０万７０３９円及び１３４億４６５０万０３７８円であるところ、これらの各金額は、それぞれ、平成１６年更正処分における所得の金額を上回り、平成１６年更正処分における翌期へ繰り越す欠損金の額を下回るから、平成１６年更正処分は適法である。
(2) 平成１７年更正処分
原告の平成１７年３月期の所得の金額及び納付すべき法人税額は、前記１(2)ア及びオのとおり、それぞれ６３５億２９４３万６９３９円及び１５３億３０８３万９０００円であるところ、これらの金額は、平成１７年更正処分における所得の金額及び納付すべき法人税額を上回るから、平成１７年更正処分は適法である。
第２ 平成１７年賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 平成１７年賦課決定処分の根拠
前記第１・２(2)のとおり、平成１７年更正処分は適法であるところ、同処分により原告が新たに納付すべき法人税額については、その基礎となった事実について、原告がこれを計算の基礎としなかったことに、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、平成１７年３月期の法人税に係る過少申告加算税の額は、平成１７年更正処分により原告が新たに納付すべきこととなる税額８３億５０７８万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合（同法６５条１項に規定する割合）を乗じて算出した金額８億３５０７万８０００円である。
２ 平成１７年賦課決定処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する平成１７年更正処分に伴って賦課されるべき過少申告加算税の額は、前記１のとおり８億３５０７万８０００円であるところ、この金額は、平成１７年賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、同処分は適法である。
以上
別表２
本件各処分の経緯
平成１６年３月期更正処分
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額
翌期へ繰り越す欠損金過少申告加算税額
確定申
告平成16年6月30日△7,794,106,255
△489,077,093
18,543,635,764
－
第一次更正処分平成17年4月27日△6,555,512,362
△729,185,476
17,710,805,701
－
第二次更正処分平成18年10月31日△2,785,546,169
△729,185,476
13,940,839,508
－審査請
求平成18年12月22日△6,309,778,896
△729,185,476
17,465,072,235
－裁
決平成21年1月22日
棄却
平成１７年３月期更正処分等
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額
翌期へ繰り越す欠損金過少申告加算税額
確定申
告平成17年6月30日
35,350,536,650
6,847,030,300
－
更正処分等平成18年10月31日
63,086,017,137
15,197,813,300
835,078,000
審査請
求平成18年12月22日
35,350,536,650
6,847,030,300
－裁
決平成21年1月22日
棄却
（注）「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄の△印は、それぞれ欠損金額及び所得税額等の還付金額を示す。別表３
平成１６年３月期の所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金の額
（単位：円）
区分
金額
平成１６年３月期第一次更正処分における所得金額
①
△6,555,512,362
デリバティブ取引に係る利益相当額の益金算入額
②
4,018,571,857
買換資産の圧縮積立金特別勘定の繰入限度超過額
③
235,317,260
控除対象外国法人税の損金不算入額加算もれ額
④
10,416,206
所得金額に加算すべき金額（②＋③＋④）
⑤
4,264,305,323
所得金額
所得金額（①＋⑤）
⑥
△2,291,207,039
２ 翌期へ繰り越す欠損金の額
⑦
13,446,500,378
注：所得金額欄の「△」は、欠損金額を表す。
別表４
平成１７年３月期の所得金額及び納付すべき法人税額
（単位：円）
区分
金額
確定申告における所得金額
①
35,350,536,650
デリバティブ取引に係る利益相当額の益金算入額
②
28,817,238,177
買換資産の圧縮積立金特別勘定の繰入限度超過額
③
119,724,136
売上商品原価の過大計上額
④
11,306,042
繰越資産の償却超過額
⑤
15,953,223
損金の額に算入されない事務諸費の金額
⑥
54,110,000
「経費処理した貯蔵品・前払費用」として所得金額から
減算した額の過大額
⑦
9,786,322
特別修繕引当金超過額の損金算入額の過大額
⑧
5,053,552
受取配当等の益金不算入額の過大額
⑨
8,877,600
固定資産圧縮積立金認定損の過大額
⑩
235,317,260
控除対象外国法人税の損金不算入額加算もれ額
⑪
18,599,796
繰越欠損金の当期控除過大額
⑫
4,264,305,323
所得金額に加算すべき金額（②＋③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋
⑧＋⑨＋⑩＋⑪＋⑫）
⑬
33,560,271,431
デリバティブ取引に係る利益相当額の損金算入額
⑭
4,018,571,857
圧縮積立金特別勘定の益金算入額の過大額
⑮
235,317,260
貸倒引当金繰入限度超過額の過大額
⑯
1,127,482,025
所得金額から減算すべき金額（⑭＋⑮＋⑯）
⑰
5,381,371,142
所得金額
所得金額（①＋⑬－⑰）
⑱
63,529,436,939
２ 所得金額に対する法人税額
⑲
19,058,830,800
３ 法人税額の特別控除額（あ－ぃ）
⑳
1,911,108,160
(1) 確定申告における法人税額の特別控除額
あ
1,993,039,024
(2) 試験研究費の総額等に係る法人税額の特別控除額の過大額
ぃ
81,930,864
４ 法人税額から控除される税額（ぅ＋う）
い
1,816,883,619
(1) 確定申告における法人税額から控除される所得税額等
ぅ
1,407,413,963
(2) 法人税額から控除される外国税額（ぇ＋え）
う
409,469,656
ア 確定申告における控除される外国税額
ぇ
357,677,468
イ 控除限度額増加に伴う控除される外国税額の増加額
え
51,792,188
５ 納付すべき法人税額（⑲－⑳－い）
ぉ
15,330,839,000*
６ 既に納付の確定した本税額
お
6,847,030,300
７ 差引納付すべき法人税額（ぇ－え）
か
8,483,808,700
注：「＊」が付された金額は、100円未満の端数を切り捨てた金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2010/pdf/11570.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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