税務訴訟資料第２６１号－６５（順号１１６５５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（豊島税務署長）
平成２３年３月２５日棄却・控訴
判決
原告甲
訴訟代理人弁護士西垣内堅佑
馬場宏平
被告国
代表者法務大臣江田五月
処分行政庁豊島税務署長
藤原修志
指定代理人玉田康治
西田昭夫
橋本泰彦
伊藤英一
髙橋直樹
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 豊島税務署長が原告に対して平成１８年９月２２日付けでした平成１４年分以後の所得税に係る青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 豊島税務署長が原告に対して平成１８年９月２２日付けでした平成１４年分の所得税に係る更正処分のうち還付金の額に相当する税額６３０万１８３４円を下回る部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分（同１９年２月２０日付け異議決定によりいずれもその一部が取り消された後のもの）を取り消す。
３ 豊島税務署長が原告に対して平成１８年９月２２日付けでした平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち還付金の額に相当する税額７４７万８６８６円を下回る部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分（同１９年２月２０日付け異議決定によりいずれもその一部が取り消された後のもの）を取り消す。
４ 豊島税務署長が原告に対して平成１８年９月２２日付けでした平成１６年分の所得税に係る更正処分のうち還付金の額に相当する税額８３９万５６９７円を下回る部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分（同１９年２月２０日付け異議決定によりいずれもその一部が取り消された後のもの）を取り消す。
５ 豊島税務署長が原告に対して平成１８年９月２２日付けでした平成１７年分の所得税に係る更正処分のうち還付金の額に相当する税額９１７万７９３６円を下回る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（同１９年２月２０日付け異議決定によりいずれもその一部が取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、病院を経営し、所得税法１４３条に規定する青色申告の承認を受けていた原告が、青色の申告書により、平成１４年分、同１５年分及び同１６年分（以下「本件３年分」という。）並びに同１７年分（以下、本件３年分と併せて「本件各年分」という。）の各所得税の申告をしたのに対し、豊島税務署長が、原告の同１４年分の帳簿書類等に仮装の記載があったとして、青色申告の承認を取り消した上、本件各年分の所得税について、それぞれ更正処分をするとともに、過少申告加算税又は重加算税の各賦課決定処分をしたことから、原告が、上記青色申告の承認取消処分、上記各更正処分及び上記各賦課決定処分の各取消しを求める事案である。
２ 前提事実
本件の前提となる事実は、次のとおりである。証拠により容易に認めることができる事実等は、その旨付記しており、それ以外の事実は、当事者間に争いがない。
(1)ア原告は、医師の資格を有し、東京都豊島区に所在する病床数２５のＡ病院（以下「本件病院」という。）を経営する個人事業者である。原告は、昭和４０年に豊島税務署長から所得税法１４３条に規定する青色申告の承認を受け、以後、青色の申告書により所得税の確定申告を行っていた。
イ 乙（以下「乙」という。）は、原告の妻であり、本件病院において「部長」と呼ばれ、事務全般を取りまとめている者である。（甲９）
また、丙は、原告及び乙の二女である。（甲２０）
(2) 原告は、本件３年分の各所得税について、豊島税務署長に対し、それぞれの法定申告期限内に、別表１－２から１－４までの各「確定申告」欄記載の内容により確定申告をし、その際、以下の各金額について、それぞれ事業所得の金額の計算上必要経費に算入した。（乙８の１から３まで、乙１２、１３、１５の１から４まで、乙１６、１７、２４の１及び２、乙３１）
ア 平成１４年分の所得税の確定申告
(ア) 丁（以下「丁」という。）、戊（以下「戊」という。）、Ｂ（以下「Ｂ」という。）、Ｃ（以下「Ｃ」といい、丁、戊及びＢと併せて「丁ら４名」という。）、Ｄ（以下「Ｄ」という。）、Ｅ（以下「Ｅ」という。）、Ｆ（以下「Ｆ」といい、Ｄ及びＥと併せて「Ｄら３名」という。）、Ｇ（以下「Ｇ」という。）及び丙に対する各給料の額の合計額２５３２万６９４４円（別表２－９－１）
(イ) 乙が大阪市淀川区所在の「Ｈ」（以下「Ｈ」という。）において気功の講習を受けるために支出した会費等（以下「Ｈ関連支出」という。）の額１９０万７９２０円（別表２－７－１）
(ウ) Ｉ医師政治連盟（以下「Ｉ医政連」という。）の会費の額３万２０００円（別表２－１０－１）
イ 平成１５年分の所得税の確定申告
(ア) 丁、Ｄら３名、Ｇ、Ｊ（以下「Ｊ」という。）、Ｋ（以下「Ｋ」といい、Ｊと併せて「Ｊら２名」という。）及び丙に対する各給料の額の合計額１６７９万３０６７円（別表２－９－１）
(イ) Ｈ関連支出の額１３３万７３００円（別表２－７－２）
(ウ) Ｉ医政連の会費の額６万４０００円（別表２－１０－２）
ウ 平成１６年分の所得税の確定申告
(ア) Ｄ、Ｅ、Ｇ及び丙に対する各給料の額の合計額１４３７万２１９３円（別表２－９－１）
(イ) Ｈ関連支出の額２５９万１３３７円（別表２－７－３）
(ウ) Ｉ医政連の会費の額６万２０００円（別表２－１０－３）
(エ) 有限会社Ｌ（以下「Ｌ」という。）に依頼した調査に関連して支出した交通費、通信費、調査費及び雑費（以下「Ｌ関連支出」という。）の額１２００万円
(3) 原告は、平成１７年分の所得税について、豊島税務署長に対し、法定申告期限内に、別表１－５の「確定申告」欄記載の内容により確定申告をしたが、平成１７年９月１３日以降、豊島税務署の所部職員（以下「本件調査担当職員」という。）により、所得税に係る調査（以下「本件調査」という。）を受け、その中で、同年分の帳簿書類等の提示を繰り返し求められたにもかかわらず、これに応じなかった。
(4)ア豊島税務署長は、平成１８年９月２２日、原告に対し、平成１４年分以後の所得税に係る青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色取消処分」という。）をするとともに、本件各年分の所得税の各更正処分（ただし、平成１７年分の更正処分については、所得税法１５６条の規定に基づく推計による。）、本件各年分の所得税の過少申告加算税の各賦課決定処分及び本件３年分の所得税の重加算税の各賦課決定処分をした。（甲１の１から４まで、乙４）
イ 原告は、平成１８年１１月２０日付けで、豊島税務署長に対し、前記アの各処分に対する異議申立てをした。
これに対し、豊島税務署長は、同１９年２月２０日付けで、本件青色取消処分に対する異議申立てを棄却し、その他の各処分については、いずれもその一部を取り消す旨の決定をした。（乙１、５）（以下、上記異議決定により一部取り消された後の①本件各年分の所得税の各更正処分を「本件各更正処分」と、同②本件各年分の所得税の過少申告加算税の各賦課決定処分を「本件各過少申告加算税賦課処分」と、同③本件３年分の所得税の重加算税の各賦課決定処分を「本件各重加算税賦課処分」とそれぞれいい、上記①から③までの各処分を併せて「本件各更正処分等」と、上記②及び③の各処分を併せて「本件各賦課処分」とそれぞれいう。さらに、本件各更正処分、本件各過少申告加算税賦課処分、本件各重加算税賦課処分、本件各更正処分等及び本件各賦課処分について、特定の年分についていう場合には、それぞれ「平成○年分更正処分」、「平成○年分過少申告加算税賦課処分」、「平成○年分重加算税賦課処分」、「平成○年分更正処分等」及び「平成○年分賦課処分」と表記する。）
ウ 原告は、平成１９年３月１６日、国税不服審判所長に対し、本件青色取消処分及び本件各更正処分等（以下、これらを併せて「本件各処分」という。）に対する審査請求をした。
これに対し、国税不服審判所長は、同２０年６月１８日付けで、上記審査請求をいずれも棄却する裁決をした。（甲２、乙６）
エ なお、別表１－１から１－５までは、本件各処分の経緯をまとめたものである。
(5) 原告は、平成２０年１２月１６日、本件各処分の各取消しを求める本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
３ 争点
(1) 平成１４年分更正処分、平成１５年分更正処分及び平成１６年分更正処分（以下、これらを併せて「本件３年分更正処分」という。）の各適法性
ア 原告が本件３年分の所得税についてした各確定申告の適否
(ア) 本件３年分について、丁ら４名、Ｄら３名、Ｇ、Ｊら２名及び丙（以下、これらを併せて「本件各従業員」という。）に対して支払ったとする給料は虚偽のものであるか。
(イ) 平成１６年分について、Ｌ関連支出は虚偽のものであるか。
(ウ) 本件３年分について、Ｈ関連支出を必要経費に算入できるか。
(エ) 本件３年分について、Ｉ医政連の会費を必要経費に算入できるか。
イ 本件青色取消処分は適法か（平成１４年分について、原告に青色申告の承認の取消要件である「帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し」たこと（所得税法１５０条１項３号）が認められるか。）。
ウ 平成１４年分について、更正の期間制限を法定申告期限から７年間に延長する要件である「偽りその他不正の行為」（国税通則法７０条５項）が認められるか。
(2) 平成１４年分賦課処分、平成１５年分賦課処分及び平成１６年分賦課処分（以下、これらを併せて「本件３年分賦課処分」という。）の各適法性
本件３年分について、重加算税を課する要件である「隠ぺい」又は「仮装」（国税通則法６８条１項）が認められるか。
(3) 本件調査の適法性
本件調査に違法な点が認められるか。
(4) 平成１７年分更正処分等の適法性
平成１７年分について、推計の必要性及び合理性が認められるか。
４ 当事者の主張の要旨
（被告の主張）
(1) 原告が本件３年分の所得税についてした各確定申告について（争点(1)ア）
ア 原告が本件各従業員に対して支払ったとする給料が虚偽のものであること（争点(1)ア(ア)）
(ア) 丁ら４名、Ｄら３名、Ｊら２名及び丙が、平成１４年から同１６年までの間（以下「本件３年間」という。）に本件病院に勤務していた事実を認めることはできず、原告が給料を支払った事実も認められない。
また、Ｇが本件病院に勤務していたのは、平成１４年頃に１年ほど、月に多くとも４日であり、その給料は１回の勤務で１万円であったから、Ｇが原告から支払を受けた給料の金額として認められるのは、多くとも、同年についての年額４８万円である。
(イ) 原告が給料を支払った根拠として提出する給料袋、契約書、履歴書、源泉徴収票等は、いずれもその体裁自体が不自然である上、本人が作成したものであれば誤っているはずのない内容が誤っているなど、多くの点で信ぴょう性に欠けるものである。
(ウ) このように、原告が本件３年間に支払ったとする給料のうち、本件各従業員に対する支払分（Ｇに対する平成１４年分の４８万円を除く。）は、これが支払われた事実はなく、これを支払ったとする帳簿書類等の内容は虚偽のものであるから、原告の本件３年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない。
イ Ｌ関連支出が虚偽のものであること（争点(1)ア(イ)）
乙は、本件調査の当時には、Ｌ関連支出に係る領収証はなかった旨述べていたにもかかわらず、異議申立て以降になってから領収証が提出されるに至ったもので、同領収証に記載された住所地にＬの法人登記がされていないなど、その内容も不自然である。Ｌに依頼したという調査に係る調査報告書等も存在せず、Ｌ関連支出に係る調査の実体が認められないことからすれば、Ｌ関連支出は、その支払の事実がなく、原告が内容虚偽の領収証に基づき、虚偽の経理処理を帳簿書類等に記載したものであるから、原告の平成１６年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない。
ウ Ｈ関連支出が必要経費に算入できないこと（争点(1)ア(ウ)）
Ｈ関連支出は、乙がＨで気功を習得するために支出した講習代等であるところ、原告が医業を営む本件病院において、患者に対し、医療行為として認められていない気功を用いた療法を病院の業務の一環として施すことはあり得ず、乙が患者に気功を施した事実やそれにより報酬を得ている事実等を認めるに足りる証拠もない。
そうすると、Ｈ関連支出が、原告が営む事業（医師業）に係る所得を生ずべき業務に直接関係する支出であるということはできず、業務の遂行上必要と認められる支出であるということもできないから、これを原告の本件３年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない。
エ Ｉ医政連の会費が必要経費に算入できないこと（争点(1)ア(エ)）
Ｉ医政連は、医師が業務を行うために加入が強制され、又はＷ医師会に加入することにより加入が強制される団体ではない。そして、Ｉ医政連は、その目的及び活動内容からすると、それ自体が会員個々人の事業に直接影響を与える活動をしているものではないし、その会費も、Ｗ医師会の目的又は事業を達成するために、各種選挙においてＩ医政連が決定した相応の推薦候補への支持活動費等に使われるものであって、会員個々人の事業に直接還元される活動に使われるものでもない。
そうすると、Ｉ医政連の会費が、客観的に見て、原告の業務と直接の関係を有するものということはできず、業務の遂行上必要な支出であるということもできないから、これを原告の本件３年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない。
(2) 本件３年分について「隠ぺい」又は「仮装」が認められること（争点(1)イ及び(2))
ア 原告が本件３年分の事業所得の計算上必要経費に算入した従業員に対する給料及びＬ関連支出については、以下のとおり事実の仮装がされていた。
(ア) 平成１４年分及び同１５年分について、丁ら４名は、実際には本件病院に勤務しておらず、原告が給料を支払った事実はないにもかかわらず、あたかも給料を支払ったかのごとく、出金伝票が作成された。
(イ) 本件３年分について、Ｄら３名は、実際には本件病院に勤務していないにもかかわらず、あたかも勤務したかのごとく、タイムカードが作成されて記載され、この記載に対応した給料の支払があるかのごとく、賃金台帳、給料一覧表及び賞与試算表が作成された。
(ウ) 本件３年分について、Ｇは、実際には平成１４年中のみ、月に多くとも４日しか勤務していないにもかかわらず、本件３年間の毎月ほぼ月曜日から土曜日まで勤務したかのごとく、タイムカードが作成されて記載され、この記載に対応した給料の支払があるかのごとく、賃金台帳、給料一覧表及び賞与試算表が作成された。
(エ) 平成１５年分について、Ｊら２名は、実際には本件病院に勤務していないにもかかわらず、あたかも勤務したかのごとく、タイムカードが作成されて記載され、この記載に対応した給料の支払があるかのごとく、賃金台帳及び給料一覧表が作成された。
(オ) 本件３年分について、丙が実際に本件病院で勤務していない時間にあたかも勤務したかのごとく、タイムカードが作成されて記載され、この記載に基づいて、賃金台帳、給料一覧表及び賞与試算表が作成された。
(カ) 平成１６年分について、原告がＬに依頼したという調査には実体がなく、Ｌ関連支出に係る金額を支払った事実がないにもかかわらず、虚偽の領収証や振替伝票が作成された。
イ 原告は、前記アのように事実を仮装したところに基づき、虚偽の内容の総勘定元帳や本件３年分の各決算書を作成して事業所得の金額を過少に計算し、本件３年分の各確定申告書を提出したことが認められる。そして、上記仮装行為を主体的に行ったのが乙であったとしても、乙は、原告と同居し、共に本件病院に勤務している原告の妻であって、乙の行為は原告の行為と同視できるから、原告は、本件３年分において事実の「隠ぺい」又は「仮装」をしたということができる。よって、所得税法１５０条１条３号に基づき、平成１４年分以後の所得税に係る青色申告の承認を取り消した本件青色取消処分は適法である。また、原告に対しては、国税通則法６８条１項に基づき、本件３年分について重加算税が賦課されることになる。
なお、Ｊら２名及び丙に対する給料に係る仮装行為については、当初の各重加算税賦課決定処分の時には重加算税を賦課する根拠とされていなかったが、更正処分の取消訴訟における総額主義の立場から、賦課決定処分の取消訴訟において、租税実体法によって客観的に定まる税額の根拠として、処分時の過少申告加算税に代えて重加算税の主張をすることも許されるから、被告が本件訴訟において上記各仮装行為を本件各重加算税賦課処分の根拠として追加して主張することも許される。
(3) 本件調査が適法に行われたこと（争点(3)）
ア 本件調査に際し、本件調査担当職員が、税理士の立会いを忌避したことや、原告が税理士に連絡することを阻止したようなことはなく、かえって新しい税理士が選任される都度、問題点等を指摘し、帳簿書類等の提示を求めるなどしていたものである。また、申告の当事者である原告に対して帳簿書類等の提示を求めることは税務調査として当然のことであるから、本件調査担当職員が、原告が新しい関与税理士を選任していない時期に原告本人に対して平成１７年分の帳簿書類等の提示を行うように促したことにも、何ら違法はない。
イ 原告が、本件調査における帳簿書類等の返却に関して、本件病院の経理担当の従業員であったＭ（以下「Ｍ」という。）や関与税理士らにその受領を委任していたことは明らかであり、本件調査担当職員が原告から預かった帳簿書類等をＭらに返却したことに何ら違法はない。
(4) 平成１７年分について、推計の必要性及び合理性が認められること（争点(4)）
ア 推計課税の必要性について
原告は、本件調査担当職員から再三にわたり平成１７年分の帳簿書類等の提示を求められたにもかかわらず、正当な理由もなくその提示を一切せず、しかも、原告には本件調査に対する非協力的な態度が全般にわたって認められることから、豊島税務署長は、原告の同年分の事業所得の金額を実額で把握することができなかったものであり、原告の同年分の所得税について推計課税の必要性が存在したことは明らかである。
イ 推計の合理性について
本件において採用された本人比率による推計方法は、営業が通常継続的に行われることから、業種、業態、事業規模、事業場所等に大きな変更がない場合には、業界に共通の経済事情の特段の変動が認められない限り、比準年の比率と係争年の比率とに変更がないであろうと推認することができ、一般に個別的類似性の高いものとして合理的な推計方法であるということができる。
平成１７年分において、本件３年分と比して、原告が経営する本件病院について業種、業態、事業規模、事業場所等に特段の変化があったとは認められないところ、本件調査において把握し得た原告の平成１７年分の社会保険診療報酬、国民健康保険診療報酬及び社保公費利子補給（以下、これらを併せて「社保収入等」という。）を、原告の本件３年分における社保収入等の額が総収入金額に占める各割合の平均値である平均収入率で除して算定した金額に、原告の本件３年分の事業所得の金額が総収入金額に占める各割合の平均値である平均所得率を乗じて算定する方法により、原告の平成１７年分の事業所得の金額を推計することには、合理性があるというべきである。
(5) 平成１４年分更正処分等、平成１５年分更正処分等及び平成１６年分更正処分等（以下、これらを併せて「本件３年分更正処分等」という。）の適法性について
ア 本件３年分更正処分の適法性
(ア) 平成１４年分について、「偽りその他不正の行為」（国税通則法７０条５項）が認められること（争点(1)ウ）
国税通則法７０条５項１号にいう「偽りその他不正の行為」とは、税額を免れる意図の下に税の賦課徴収を不能又は著しく困難にするような何らかの偽計その他の工作を伴う不正な行為を行っているものをいう。
原告は、平成１４年中に本件病院に勤務した事実がない丁ら４名、Ｄら３名及び丙が、あたかも勤務したかのごとく、また、週１回程度しか本件病院に勤務していなかったＧが、これを超えて勤務したかのごとくタイムカードを作成して記載したり、あたかも給料を支払ったかのごとく出金伝票、賃金台帳、給料一覧表又は総勘定元帳を作成したりした上、これらに基づき虚偽の内容が記載された平成１４年分の確定申告書を提出して、税額の一部を免れたもので、このような行為が「偽りその他不正の行為」に該当することは明らかである。
そうすると、原告の平成１４年分の所得税の更正は、その法定申告期限から７年を経過する日まですることができる。
(イ) 前記(1)のとおり、本件各従業員に対する給料等を事業所得の金額の計算上必要経費に算入することはできず、また、前記(2)のとおり、本件青色取消処分は適法であるから、原告の本件３年分の所得税に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額は、別紙１のとおりとなるところ、これらの金額は、いずれも本件３年分更正処分における納付すべき税額又は還付金の額に相当する金額を上回る。
よって、本件３年分更正処分は、いずれも適法である。
イ 本件３年分賦課処分の適法性について
(ア) 前記アのとおり、本件３年分更正処分はいずれも適法であるところ、これにより原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件青色取消処分によってその適用が認められないこととなった貸倒引当金繰戻額と貸倒引当金繰入額及び青色申告特別控除額との差額に係る納付すべき税額に相当する部分を除いては、本件３年分更正処分の前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は存しない。
(イ) 本件３年分の加算税の対象となる税額は、別紙２の(1)アからウまでのとおり、平成１４年分につき７４０万２８００円、同１５年分につき４５５万５５００円、同１６年分につき９６１万９０００円であるところ、これらの金額は、いずれも本件３年分の各賦課決定処分における原告の本件３年分の加算税の対象となる税額と同額か、又はこれを上回る。
また、前記(2)のとおり、本件各従業員に対する給料等について国税通則法６８条１項の「隠ぺい」又は「仮装」が認められるから、過少申告加算税に代えて課されるべき本件３年分の重加算税の額は、別紙２の(2)アからウまでのとおり、平成１４年分につき２５９万円、同１５年分につき１５８万２０００円、同１６年分につき３１４万６５００円となるところ、これらの金額は、いずれも本件各重加算税賦課処分における重加算税の額をそれぞれ上回る。
さらに、原告の本件３年分の過少申告加算税の額及び重加算税の額の各合計額は、別紙２の(1)及び(2)のとおり、平成１４年分につき２５９万円、同１５年分につき１５８万４０００円、同１６年分につき３２１万４５００円であるところ、これらの金額は、いずれも本件３年分賦課処分における過少申告加算税の額及び重加算税の額の合計額をそれぞれ上回る。
よって、本件３年分賦課処分は、いずれも適法である。
(6) 平成１７年分更正処分等の適法性について
ア 前記(2)のとおり、本件青色取消処分は適法であり、また、前記(4)のとおり、平成１７年分につき推計の必要性及び合理性が認められるから、原告の同年分の所得税に係る納付すべき税額（還付金の額に相当する税額）は、別紙３のとおり▲６８万５９３６円となるところ、この金額は、平成１７年分更正処分における納付すべき税額（還付金の額に相当する金額）を上回る。
よって、平成１７年分更正処分は適法である。
イ 前記アのとおり、平成１７年分更正処分は適法であるところ、これにより原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件青色取消処分によってその適用が認められないこととなった青色申告特別控除額に係る納付すべき税額に相当する部分を除いては、平成１７年分更正処分の前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は存しない。
原告の平成１７年分の過少申告加算税の額は、別紙４のとおり、１０３万４５００円であるところ、この金額は、平成１７年分過少申告加算税賦課処分における過少申告加算税の額と同額である。
よって、平成１７年分過少申告加算税賦課処分は、適法である。
（原告の主張）
(1) 原告が本件３年分の所得税についてした各確定申告が適正であること（争点(1)ア）
本件各処分は、Ｍを始めとする者らが本件病院に対する個人的怨恨を晴らすために虚偽の告発をしたことが原因でされたものであり、原告は、法に基づき適正な申告をした。
ア 本件各従業員に対する給料について（争点(1)ア(ア)）
(ア) 丁ら４名について
丁は、当時簿記２級を有しており、Ｍが経理の仕事をしないことから、その代役として、少なくとも平成１４年及び同１５年において、本件病院で事務に従事していた。また、戊及びＢは、それぞれ看護師の見習として本件病院に勤務していた。さらに、Ｃは、本件病院の４階に住み込んで本件病院に勤務し、調理を担当していた。
丁ら４名が本件病院に勤務していたことの裏付けとして、給料の支払時に使用した給料袋（甲１３の１から４まで）、契約書（甲１４の１）及び履歴書（甲１５の１から３まで）が存在する。
なお、丁ら４名に係るタイムカードや賃金台帳等がないのは、丁ら４名が常勤ではなかったためである。
(イ) Ｄら３名について
Ｄは、少なくとも本件３年間において、常勤ではなかったものの、本件病院に勤務して、コメガーゼ等の医療材料の作成を担当していた。また、Ｅは、本件３年間において、ヘルパーとして本件病院に勤務していた。さらに、Ｆは、かつて本件病院に入院していた患者の家政婦として働いていたこともあるが、少なくとも平成１４年及び同１５年においては、看護助手として本件病院に勤務し、寝ている患者を起こすなどの力の必要な作業を行っていた。
Ｄら３名が本件病院に勤務していたことの裏付けとして、Ｄ名義の申出書（甲１４の３）やＦ名義の覚書（甲１４の２）、平成１７年分の給与所得の源泉徴収票（甲１６の１及び２）が存在する。
(ウ) Ｇについて
Ｇは、薬剤師として、原則として週１回本件病院に勤務していたが、時間が空いているときはその他の日にも勤務しており、その分についての給与も支払われていた。Ｇがそのタイムカードに記録されている勤務時間に本件病院に勤務していたことの裏付けとして、平成１７年分の給与所得の源泉徴収票（甲１６の３）が存在する。
(エ) Ｊら２名は、平成１５年中に本件病院に勤務しており、その裏付けとして、タイムカード（乙５５の１及び２）及び賃金台帳（乙２３の６及び７）が存在する。
(オ) 丙について
丙は、大学生の頃から継続的に本件病院に勤務し、レセプトの請求を中心に、受付等業務全般に関与していた。
丙は、平成１５年１０月８日以前は原告と同居しておらず、原告と生計を一にしていたということはできないから、所得税法５６条の適用はなく、同日以前に丙に支払われた給与は、必要経費に算入されるべきである。また、同人は、原告と同居し始めた同日以降については、原告と生計を一にする親族であり、同１６年１２月３１日現在で年齢が１５歳以上で、同年中に６か月を超える期間、本件病院の業務に専ら従事していたから、平成１６年分について、同法５７条３項１号ロにより、５０万円が必要経費に算入されるべきである。
イ Ｌ関連支出について（争点(1)ア(イ)）
乙は、本件病院に勤務していたＮ（以下「Ｎ」という。）及びＭが本件病院に嫌がらせをすることから、従業員のＯ（以下「Ｏ」という。）の紹介により、ＬにＮ及びＭの行動、素性等の調査を依頼して、その費用を支払ったもので、その領収証（甲７の１から１２まで）を、Ｌの代表取締役であるＰから受領した。
Ｌ関連支出は、Ｎ及びＭの嫌がらせ行為により本件病院の経営に支障が生じる事態を解決するために支出した費用であるから、必要経費に算入されるべきである。
ウ Ｈ関連支出について（争点(1)ア(ウ)）
乙は、Ｈで習得した技能により、本件病院の患者や体調の悪い看護師に気功を施して病状を改善させ、患者の来院数の増加や看護師の業務推進に貢献した。したがって、Ｈ関連支出は、原告の総収入金額に係る売上原価等に関わる支出として、必要経費に算入されるべきである。
エ Ｉ医政連の会費について（争点(1)ア(エ)）
Ｉ医政連は、Ｗ医師会に加入する際に入会するもので、個別に入会を拒否することができないから、これに対する会費は、医師としての業務を遂行する上で実質的に避けることができない支出として、必要経費に算入されるべきである。
オ 以上のとおり、原告が本件３年分の所得税についてした各確定申告はいずれも適正なものであり、原告が帳簿書類について所得税法１５０条１項３号にいう「隠ぺい」や「仮装」を行ったことはないから、本件青色取消処分は違法であり（争点(1)イ）、本件３年分更正処分も違法である。
また、平成１４年分の所得税に係る更正は、その法定申告期限である平成１５年３月１５日から３年を経過した日以後においてはすることができず（国税通則法７０条１項）、原告について同条５項１号の「偽りその他不正の行為」もないから、同１８年９月２２日付けでされた平成１４年分更正処分は違法である（争点(1)ウ）。
(2) 本件各賦課処分の違法性について（争点(2)）
ア 前記(1)のとおり、本件３年分更正処分は違法であるから、本件３年分賦課処分も違法である。
イ また、原告が国税通則法６８条１項にいう事実の「隠ぺい」又は「仮装」をした事実はないから、本件各重加算税賦課処分は違法である。
仮に、本件において上記「隠ぺい」又は「仮装」があったとしても、それは、Ｍが、原告や乙からの再三にわたる指示にもかかわらず、原告らを困惑させるために帳簿書類等を用意しなかったことによるものである。一従業員にすぎないＭの行為を原告の行為と同一視することはできず、原告が上記「隠ぺい」又は「仮装」をしたということはできない。
さらに、本件訴訟において、原告に重加算税を賦課する根拠として、Ｊら２名及び丙に対する給料に係る「仮装」の主張を追加することを許せば、瑕疵ある手続を事後的に追完できることになり、納税者の手続保障の機会を奪うことになるから、上記主張の追加は、認められるべきではない。
(3) 本件調査の違法性について（争点(3)）
ア 税務調査において納税者の帳簿書類等を預かることは、法律上当然に認められた権限ではないのであるから、帳簿書類等を預かる場合には、少なくとも納税者の同意を得た上で、預り証を発行することが当然にされるべき手続である。しかし、本件調査担当職員は、原告からの要請があったにもかかわらず、預り証を発行せず、原告の同意のないまま帳簿書類等を持ち帰ったものであり、重大な手続違反がある。なお、被告が提出する預り証（乙６６の１及び２）に記載されている原告名義の署名は、いずれも原告の筆跡とは異なり、原告がしたものでないことは明らかであり、その末尾の押印も原告がしたものではない。
イ また、被告は、本件調査担当職員が預かっていた帳簿書類等の一部を、Ｍや関与税理士に返却したと主張しているが、原告は帳簿書類等の受領をＭらに委任しておらず、これらの書類は、本来であれば、原告本人に確認した上で、原告本人に返却すべきものである。
さらに、本件調査担当職員は、原告が新しい税理士を探しているにもかかわらず、そのことを考慮することなく、一方的に帳簿書類等の提示を求めてきた。
ウ このように本来履践すべき重要な手続を怠った場合には、適正手続の保障の観点から、これが行政処分の取消事由になるというべきであり、前記ア及びイのように適正な手続を経ていない本件調査に基づいてされた本件各処分は、取り消されるべきである。
(4) 平成１７年分について、推計課税の必要性がないこと（争点(4)）
原告及び乙が本件調査に意図的に非協力的な態度を取ったことはなく、むしろ、本件調査担当職員が、原告の求めにもかかわらず、本来交付すべき預り証を交付することなく帳簿書類等を持ち帰るなど、原告らに十分な説明をして理解を求めることなく本件調査を続けたものであり、本件において、推計課税の必要性はなかったから、平成１７年分更正処分等は違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 原告が本件３年分の所得税についてした各確定申告の適否について（争点(1)ア）
(1) 本件各従業員に対する給料及びＬ関連支出について（争点(1)ア(ア)及び(イ)）
ア 乙２５によれば、本件病院において経理を担当し、日々の伝票や帳簿書類等の作成を行っていたＭは、平成２１年６月１７日、東京国税局職員に対し、①丁ら４名、Ｄら３名、Ｊら２名及び丙が本件３年間に本件病院に勤務していた事実はなく、また、Ｇが本件病院に勤務していたのは平成１４年頃に週１回だけであったこと、②Ｌ関連支出に係る振替伝票やＬ名義の領収証等は虚偽のものであることなどの供述（以下「Ｍ供述」という。）をしたことが認められる。
これに対し、原告は、Ｍには本件病院に勤務していた頃から常軌を逸した行動が見られ、Ｍ供述は、本件病院に対する個人的怨恨を晴らすためにした虚偽のものである旨主張し、証人乙もこれに沿う供述をする。
そこで検討するに、Ｍ供述によれば、Ｍは、昭和６１年２月から平成２０年４月まで、本件病院で経理担当者として勤務していたことが認められ、これを覆すに足りる証拠はないところ、仮に、Ｍに原告が主張し証人乙が供述するような常軌を逸した行動が見られたのであれば、原告及び乙が経理担当という重要な職を長期間にわたりＭに任せていたことは不自然であるというほかなく、証人乙の供述のほかに、Ｍが在職中に原告や乙又は本件病院を陥れるような行動をしていたことを認めるに足りる的確な証拠もない。そして、乙２、３、７８、７９、証人乙によれば、原告及び乙は、本件調査においても、本件病院の経理担当者としてＭにその対応の一部を任せていたことが認められるのであり、その際、Ｍが本件調査担当職員に対し原告らに不利益となるような情報提供等をしたというような事実はうかがわれず、かえって、Ｍは、本件調査担当職員からの質問に対し、本件病院の経理担当者として、原告らの意に沿う趣旨の回答をしていたことが認められる。
そうすると、Ｍに常軌を逸した行動が見られたことや、Ｍが本件病院に対して個人的怨恨を持っていたことなどを根拠に、Ｍ供述が虚偽のものであるとか、全体的に信用性がないなどとする原告の主張は、その前提を欠くものというほかない。Ｍ供述は、本件病院の経理を担当していた者の供述として、極めて重要なものであるということができるから、その内容の信用性については、客観的な資料との整合性等の観点から、個別に検討すべきである。
イ 以上を前提に、原告が支払ったとする本件各従業員に対する給料及びＬ関連支出が虚偽のものであったか否かについて、以下検討する。
(ア) 丁ら４名に対する給料について
ａ 本件病院における従業員に対する給料の支払に関する事務について、①従業員の出退勤に係る勤務時間の管理は、基本的にはタイムカードで行われていたこと、②上記タイムカードに基づいて、各従業員の月別の給与の計算が行われ、従業員ごとに給与の月別支給額等を記載した賃金台帳及びこれを月ごとに取りまとめ従業員ごとに給与総額、控除額等を記載した給料一覧表（乙２４の１。以下「本件給料一覧表」という。）が作成されること、③毎年７月及び１２月に支給する賞与については、従業員ごとに基本給、賞与の支払額等を記載した賞与試算表（乙２４の２。以下「本件賞与試算表」という。）が作成されること、④上記給料及び賞与の支払合計額が、それぞれ総勘定元帳の「給料」勘定に記載されることは、当事者間に争いがない。
ｂ ところが、丁ら４名については、前記ａのような本件病院における通常の取扱いとは異なり、タイムカードが作成されておらず、賃金台帳もない上、本件給料一覧表にも記載がされていない一方で、他の従業員については作成されていない出金伝票（乙３１）が作成され、これに記載された金額がそのまま総勘定元帳の「給料」勘定（乙１２）に転記されている。
これについて、原告は、丁は経理担当として、戊及びＢはいずれも看護師の見習として、Ｃは調理担当として、それぞれ本件病院に勤務していたが、いずれも常勤ではなかったため、タイムカード等を作成しなかった旨主張する。しかし、上記出金伝票の「摘要」欄には、戊について「１０００×７×２０」、Ｂについて「２０００×８×２３」、Ｃについて「９００×５×２１」などの記載がそれぞれされており、これは、時給の額に１日当たりの勤務時間及び当該月の勤務日数を乗じたことを意味するものと解されるところ、これによれば、上記３名は、週に５日から６日程度、１日に５時間から８時間勤務していたものとされていることがうかがわれる。また、経理担当であったと原告が主張する丁の給料は月額３０万円とされており（乙３１）、同じく経理担当であったＭの給料が月額１０万円前後であったこと（乙２４の１）と比較しても相当に高額である。
そうすると、丁ら４名が常勤でなかったとの原告の主張は、上記の客観的な状況と整合しないものというほかなく、そのほかに、丁ら４名についてタイムカード等が作成されなかったことにつき合理的な説明はされていない。
ｃ 一方、丁ら４名に対する給料に関するＭ供述の内容は、以下のとおりである。
(a) 丁は、乙の知人であり、乙から頼まれた仕事をしていたようであるが、夜間に本件病院に出入りしていたため、その仕事の全てを把握しているわけではない。夜間勤務の看護師からは、丁が、乙に頼まれて、本件病院の屋上にあるプレハブの倉庫のような部屋（以下「本件プレハブ」という。）で、架空のタイムカードに時間を印字する作業等の仕事をしていることを聞いていた。
丁は、乙からの依頼で架空のタイムカードの作成等を行っていたのであるから、乙からいくらかの金員を受け取っていたとは思うが、丁の給料に係る出金伝票は、乙から人件費を増やすよう指示を受けてＭが作成したものであり、これに記載された金額が給料として丁に支払われたかどうかは分からない。
(b) 戊、Ｂ及びＣは、いずれも本件病院で勤務していたことはない。戊及びＢの名前は、本件病院に就職のための面接に来た者の履歴書にあった名前を参考に作出したものであり、Ｃの名前は、外来患者の名前を借用したものであると記憶している。
戊、Ｂ及びＣの給料に係る各出金伝票は、いずれも乙の指示で、人件費を増やすためにＭが作成したものである。
ｄ Ｍの前記ｃの供述内容は、極めて具体的であり、とりわけ丁に関しては、自分の知り得る範囲内の事実として誇張等することなく述べていることがうかがわれるのであり、その供述態度は真摯なものであるということができる上、その内容に特段不合理な点も認められない。
また、乙３２によれば、本件３年間（平成１４年７月から同年９月までの間を除く。）に本件病院において准看護師として勤務していたＱ（以下「Ｑ」という。）は、東京国税局職員に対し、丁ら４名のことは知らず、Ｑが本件病院に勤務していた上記期間中に丁ら４名が本件病院に勤務していたことはない旨、前記ｃのＭ供述と整合する内容の供述をしたことが認められる。Ｑは、本件病院には世話になったので迷惑をかけたくないとして、上記供述に係る聴取書（乙３２）への署名及び押印は拒否しているもので、Ｑが殊更に原告に不利益となるような虚偽の供述をする動機も本件各証拠上何ら見当たらない。
なお、Ｍ供述によれば、丁が架空のタイムカードに時間を印字する作業等をしていた本件プレハブには、エレベーターを使えば誰とも顔を合わせることなく行くことができるため、夜間勤務をしていた者の中で丁と面識がない者がいたとしても不思議なことではないというのであり、これを覆すに足りる証拠はないから、Ｑが丁のことを知らないとしても特段不自然であるということはできず、Ｍ及びＱの各供述内容に矛盾はないというべきである。
ｅ そして、本件病院において作成されていた住所録（乙２６。以下「本件住所録」という。）には、丁ら４名に関する記載がない上、甲２、乙２７から３０までによれば、原告が国税不服審判所に提出したとされる住所録等に記載された丁ら４名の各住所地に、丁ら４名がそれぞれ居住し、又は住民登録を行っていた事実は確認できないことが認められる。
さらに、丁ら４名が本件病院に勤務し給料の支払を受けていたことの裏付けとして原告が提出した給料袋（甲１３の１から４まで）、契約書（甲１４の１）及び履歴書（甲１５の１から３まで）については、①いずれも原本は見当たらないとされ、写しが提出されているにすぎないこと、②丁名義の契約書と履歴書に記載された各住所は、住居番号に食い違いがある上、いずれの住所地についても丁が住民登録を行っていた事実は確認できないこと（乙２７、７３）、③Ｃの履歴書に記載された住所地には、少なくとも同履歴書の作成日時とされている当時において建物その他の工作物が存在していなかったこと（乙７７の１から３まで）、④丁及びＣの履歴書にそれぞれ記載された生年月日と年齢が合致していないこと、⑤丁及び戊の履歴書における学歴欄には、それぞれ通常ではあり得ない就学年次や就学期間が記載されていたり、実在しない学校名が記載されていたりすることなど、不自然な点が多数見受けられるのであり、これらをもって、丁ら４名が本件病院に勤務し給料の支払を受けていたことの根拠となるものということは到底できない。
仮に、丁ら４名が実際に本件病院に勤務し給料の支払を受けていたのであるとすれば、原告において容易にその裏付けを示し得るのが通常であり、また、Ｍがあえてこれに反する供述をしたとしても、客観的証拠等によりそれが虚偽であることは直ちに露呈するものと考えられるところ、本件において、原告からそのような的確な反証がされていないことにも照らせば、前記ｃのＭの供述内容は信用できるというべきである。
ｆ 以上によれば、丁は、本件病院に出入りしていた者であるものの、乙の依頼で架空のタイムカードを作成するなどの不正な行為を請け負っていたことが認められ、これが本件病院の本来の業務と無関係のものであることは明らかであるから、仮に、原告から丁に何らかの金員が支払われていたとしても、これが所得税法３７条１項に規定する総収入金額を得るために直接要した費用又は所得を生ずべき業務について生じた費用には当たらないというべきであり、また、これを「給料」として支払ったとする出金伝票を作成し、これに記載した金額を総勘定元帳の「給料」欄に記載したことは、事実と異なる虚偽の内容を記載したことにほかならないというべきである。
そして、戊、Ｂ及びＣについては、本件病院で勤務したことがなく、上記３名に給料が支払われた事実もないにもかかわらず、乙の指示を受けたＭが、上記３名について給料を支払ったとする架空の出金伝票を作成し、これに記載した虚偽の金額を総勘定元帳の「給料」欄に記載したものと認められる。
(イ) Ｄら３名に対する給料について
ａ Ｄら３名については、Ｄ及びＥの平成１４年１月分から同１６年１２月分まで（同１４年１０月分から同年１２月分までを除く。）の各タイムカード（乙４１の１及び２）並びにＦの同１４年１月分から同年９月分までのタイムカード（乙４１の３）がそれぞれ存在し、これらに印字された記録によれば、上記各期間中、それぞれ本件病院において、Ｄにあってはほぼ毎週月曜日から金曜日又は土曜日まで勤務し、Ｅ及びＦにあってはそれぞれ月に１０回程度夜間を中心に勤務したとされており、これに基づいて、賃金台帳（乙２３の１から３まで）、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれの給料又は賞与の額が記載され、これらの金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されている。
ｂ(a) しかし、乙２５によれば、Ｍは、Ｄら３名について、①Ｄは、平成元年頃までは本件病院に勤務していたが、その後は勤務していないこと、②Ｅは、同１０年頃にヘルパーとして短期間本件病院に勤務していた者であること、③Ｆは、本件病院に入院していた患者が家政婦紹介所で紹介を受けて雇っていた家政婦であり、上記患者が死亡した同１４年頃以降は、別の患者の付添いをしていたこと、④このように、Ｄら３名が本件３年間に本件病院で勤務していたことはないことを供述していることが認められる。
(b) また、Ｄら３名の各タイムカード（乙４１の１から３まで）をＱのタイムカード（乙４４）と照らし合わせると、タイムカード上は、Ｅ及びＦがＱと共に夜間勤務を行っている日が多数存在し、ＤとＱの勤務時間が重なっている日も多数存在することが認められるところ、乙３２によれば、Ｑは、①Ｄ及びＥのことは知らず、看護師でもヘルパーでもそのような人物はいなかったこと、②Ｆは、本件病院に入院していた患者が雇っていた家政婦で、患者に付き添って夜間本件病院に泊まることはあったが、本件病院の従業員ではなく、一緒に夜間勤務をしたこともないことを供述していることが認められる。
(c) さらに、乙３８によれば、Ｄは、東京国税局職員に対し、①以前に何度か本件病院に勤務したり、本件病院の依頼を受けて自宅で外科手術用の器具にガーゼを巻き付ける作業をしたりしたことはあるが、平成５年以降は本件病院に勤務したことはないこと、②本件病院のタイムカード（乙４１の１）によれば、Ｄは、本件３年間（同１４年９月から同年１２月までを除く。）、平日にほぼ毎日、午前９時頃から午後５時頃まで勤務していたことになっているが、本件３年間は、Ｄの夫が主宰する会社に勤務して、常時その事務所で電話番や事務作業等をしており、本件病院で勤務することはあり得ないことを供述したことが認められるところ、Ｄが殊更に原告に不利益となるような虚偽の供述をする動機は本件各証拠上何ら見当たらない上、上記供述内容は、Ｄの夫の東京国税局職員に対する供述内容（乙４２）及びＤに係る課税状況等に関する板橋区長の回答内容（乙４３）とも整合している。
(d) 前記(a)から(c)までのＭ、Ｑ及びＤの各供述内容は、その根幹部分において矛盾することはなく、客観的な事実にも符合している。また、タイムカードについて、Ｍ供述によれば、乙の指示を受けて、Ｍが実際には本件病院に勤務していない者の名前を記載したタイムカードを作成し、丁、乙又はＲが本件プレハブにおいてこれにまとめて時間を印字していたというのであり、その供述内容は具体的であって、Ｑ及びＤの各供述と合致しないＤら３名に係るタイムカードが存在することの説明としても合理性がある。
そうすると、Ｍ、Ｑ及びＤの上記各供述内容は、いずれも信用できるというべきである。
ｃ Ｄ及びＥについては、本件住所録に氏名及び住所が記載されているものの、そこに記載された住所地にそれぞれの住民登録がされていた事実は確認できず（乙３３、３４）、原告が国税不服審判所長に提出したとされる住所録等に記載されたＤら３名の住所地にＤら３名の住民登録がされていた事実も確認できないのであり（乙３５から３７まで）、また、乙３８によれば、Ｄは、東京国税局職員に対し、本件住所録等に記載された上記各住所地に居住したことはない旨供述していることが認められる。
さらに、Ｄ及びＦが本件病院に勤務し給料の支払を受けていたことの裏付けとして原告が提出したＦ名義の覚書（甲１４の２）及びＤ名義の申出書（甲１４の３）には、①上記覚書に記載されたＦの住所地に住民登録がされていた事実は確認できないこと（乙３７）、②Ｄ自身が、上記申出書には全く身に覚えがなく、押印した覚えもない旨述べていること（乙７５）など、不自然な点が見受けられるのであり、これらをもって、Ｄ及びＦが本件病院に勤務し給料の支払を受けていたことの根拠となるものということは到底できない。
ｄ 以上によれば、Ｄら３名が本件病院で勤務したことはなく、給料が支払われた事実もないにもかかわらず、本件病院において、Ｄら３名に係る架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたものと認められる。
(ウ) Ｇに対する給料について
ａ Ｇについては、平成１４年１月分から同１６年１２月分まで（同１４年９月分から同年１２月分までを除く。）のタイムカード（乙４６）が存在し、これに印字された記録によれば、上記期間中、Ｇは本件病院においてほぼ毎週月曜日から土曜日まで、午前９時頃から午後５時頃まで（土曜日は午後３時頃まで）の間勤務していたとされており、これに基づいて、賃金台帳（乙２３の４）、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にその給料又は賞与の額が記載され、この金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されている。
ｂ しかし、乙４５によれば、Ｇは、東京国税局職員に対し、①本件病院には、平成１４年頃に１年ほど、薬剤師として、毎週ではないが週１回（月に多くとも４回）勤務しており、給料は１回の勤務で１万円であったこと、②毎週水曜日の午前９時３０分から午後４時までは、財団法人Ｓが運営するＴ内の健康相談室で勤務しており、本件病院で勤務することはあり得ず、前記ａのタイムカードに印字された記録は、Ｇが実際に勤務した時間を示すものではないことを供述したことが認められるところ、Ｇが殊更に原告に不利益となるような虚偽の供述をする動機は本件各証拠上何ら見当たらない上、上記供述内容は、上記健康相談室の診療日報及び出勤簿の記載内容（乙４７）とも整合している。
そうすると、Ｇの上記供述内容は信用できるというべきである。
ｃ これに対し、原告は、Ｇは本件病院の婦長であったＵ（以下「Ｕ」という。）の紹介により雇ったものであり、その際、Ｕとの間で交わした覚書（甲６）により給料をＵとＧとの間で配分していたため、Ｇに給料全額が渡らなかったものと思われる旨主張し、これは、賃金台帳等に記載されたＧの給料の額と実際にＧが受け取ったとする給料の額との差額は、Ｕが紹介料として受領したものであるとの趣旨と解される。しかし、前記ａのタイムカードの記録内容と前記ｂのＧの供述内容等との間に食い違いがあることの理由については、何ら説明されておらず、また、原告の上記主張によれば、Ｇが本件病院において勤務していないと供述している平成１５年及び同１６年についても、Ｕに紹介料が支払われていたことになり、明らかに不自然である。そして、Ｍ供述によれば、上記覚書自体が、本件調査を受けて、乙の指示により丁が作成したものであるというのであるから、原告の上記主張は、およそ採用できない。
ｄ 以上によれば、Ｇが本件病院で勤務したのは、平成１４年頃に１年ほど、週１回（月に多くとも４回）にすぎず、給料の支払を受けたのは、同年中に多くとも４８万円にとどまるものと認めるのが相当であるところ、Ｇが上記の期間及び頻度を超えて本件病院に勤務したことはなく、上記の金額を超えて給料の支払を受けた事実もないにもかかわらず、本件病院において、架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたものと認められる。
(エ) Ｊら２名に対する給料について
ａ Ｊら２名については、Ｊの平成１５年３月分から同年７月分までのタイムカード（乙５５の１）及びＫの同年８月分及び同年１０月分のタイムカード（乙５５の２）がそれぞれ存在し、これらに印字された記録によれば、上記各期間中、Ｊら２名はそれぞれ本件病院においてほぼ毎週月曜日から土曜日まで、午前９時頃から午後５時以降まで（土曜日は午後１時頃まで）の間勤務したとされており、これに基づいて、賃金台帳（乙２３の６及び７）、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれの給料又は賞与の額が記載され、これらの金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されている。
ｂ しかし、乙２５によれば、Ｍは、Ｊら２名について、いずれも架空の人物であり、Ｖという従業員が平成１５年３月に本件病院を一旦辞め、同年１１月に再度勤務を始めたが、その間の人件費を水増しするため、過去に本件病院に就職するために面接に来た者の履歴書を参考に、姓と名を組み合わせてＪら２名の名前を作成し、これを使用して経費計上した旨供述していることが認められる。
上記供述内容は、架空の人物であるＪら２名を作出した背景事情まで述べた極めて具体的なものであり、これを覆すに足りる証拠もない。そして、Ｊら２名については本件住所録にも記載がない。
そうすると、Ｍの上記供述内容は、信用できるというべきである。
ｃ 以上によれば、Ｊら２名が本件病院で勤務したことはなく、給料が支払われた事実もないにもかかわらず、本件病院において、Ｊら２名に係る架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表に虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたものと認められる。
(オ) 丙に対する給料について
ａ 丙については、平成１４年１月分から同１６年１２月分まで（同１４年１０月分から同年１２月分までを除く。）のタイムカード（乙５０）が存在し、これに印字された記録によれば、上記期間中、同人は本件病院において月に１０回程度の夜間勤務を中心に継続的に勤務していたとされており、これに基づいて、賃金台帳（乙２３の５）、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にその給料又は賞与の額が記載され、これらの金額を含む従業員に対する給料の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されている。
ｂ しかし、丙のタイムカードをＭ及びＱの各タイムカード（乙４４、５１）と照らし合わせると、タイムカード上は、丙とＭの勤務時間が重なっている日が複数存在し、また、丙がＱと共に夜間勤務を行っている日も多数存在することが認められるところ、乙２５によれば、Ｍは、丙がたまに窓口に座って対応をしていたことはあるものの、同人のタイムカードに記録された時間に勤務していた事実はない旨供述していることが認められ、また、乙３２によれば、Ｑも、丙が昼間の勤務時間帯に簡単な事務の手伝いをしていたことはあるものの、夜間勤務は一切していない旨供述していることが認められる。そして、とりわけＱについて、殊更に原告に不利益となるような虚偽の供述をする動機が本件各証拠上何ら見当たらないことは、前記説示のとおりであるから、Ｍ及びＱの上記各供述内容は信用できるというべきであり、これを覆すに足りる証拠はない。
ｃ 以上によれば、丙がそのタイムカードに記録された時間に本件病院で勤務した事実はないにもかかわらず、本件病院において、架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたものと認められる。
(カ) Ｌ関連支出について
ａ 平成１６年分の総勘定元帳の「交通費」、「通信費」、「調査研究費」及び「雑費」の各勘定（乙１５の１から４まで）には、それぞれ平成１６年１２月３１日の欄に１１２万５０００円、１５万円、９７５万円及び９７万５０００円の各金額（合計額１２００万円）が記載されている。
ｂ これについて、原告は、上記金額は、Ｌに依頼したＮ及びＭの行動、素性等の調査に関して支払った調査費である旨主張し、証人乙もこれに沿う供述をする。
しかし、証人乙によれば、上記調査に係る調査報告書等は存在せず、Ｏが調査内容を聞き取って作成したというメモ（甲２２）があるにすぎないというのであり、上記メモの内容に照らしても、上記調査の存在自体、極めて疑わしいものというほかない。
ｃ また、Ｌ関連支出については、いずれも平成１６年１２月３１日付けで、合計額１６００万円の振替伝票（乙５６。以下「本件Ａ伝票」という。）と同１２００万円の振替伝票（乙１６。以下「本件Ｂ伝票」という。）が作成されているところ、乙２５によれば、Ｍは、①本件Ａ伝票及び本件Ｂ伝票は、年末決算の際に、所得を少なく算出するため、いずれも乙の指示によりＭが作成したものであること、②当初本件Ａ伝票を作成したが、当時の顧問税理士からこれは経費として認められないと言われたことを乙に話したところ、総勘定元帳の金額を訂正して経費とするように指示を受け、乙から指示された金額を記載した本件Ｂ伝票を作成したことなどを供述していることが認められ、Ｍの上記供述内容は、極めて具体的であり、かつ、合理的で、客観的な資料とも整合しているということができる。
ｄ さらに、原告がＬに対して調査費を支払った際のものとして提出する領収証（甲７の１から１２まで）に記載された住所地に、Ｌの法人登記はされていない上（乙５９）、Ｍ供述によれば、Ｍは、上記領収証が乙の指示でＯが入手し作成したものであるということをＯから聞かされたというのであり、上記領収証が真正なものであるとは認め難い。
ｅ 以上によれば、原告がＬに調査費を支払った事実はないにもかかわらず、本件病院において、Ｌ関連支出に係る虚偽の振替伝票及び領収証が作成され、総勘定元帳に虚偽の金額が記載されたものと認められる。
ウ 前記イのとおり、丁ら４名、Ｄら３名、Ｇ（ただし、平成１４年分の４８万円を除く。）、Ｊら２名及び丙に対して支払ったとして、原告が本件３年分の事業所得の金額の計算上必要経費として算入した給料の額（以下「本件架空給料額」という。）並びにＬに依頼した調査に関して支払った調査費用として、原告が平成１６年分の事業所得の金額の計算上必要経費として算入したＬ関連支出の額は、いずれも事実と異なる虚偽のものであり、これらを必要経費に算入することはできないというべきである。
なお、丙が、遅くとも平成１５年１０月８日以降、原告及び乙と同居し生計を一にしていたことは、当事者間に争いがないところ、Ｑの供述（乙３２）によれば、丙が同１６年頃から本件病院において簡単な事務の手伝い等を行っていた可能性がうかがわれ、そうであるとすれば、平成１６年分について、事業に専従する親族がある場合の必要経費の特例等に関する所得税法５７条３項１号ロの規定の適用が問題となり得る。しかし、Ｑの供述における丙の稼働開始時期はあいまいであり、同１８年頃だと思うとするＭ供述とも食い違っているもので、丙が、同１６年について「当該事業に専ら従事する期間がその年を通じて６月を超える」（同条８項、同法施行令１６５条１項）ことを認めるに足りる的確な証拠はないものというほかないから、同法５７条３項１号ロの規定による事業専従者控除額５０万円を、原告の平成１６年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することもできないというべきである。
(2) Ｈ関連支出及びＩ医政連の会費について（争点(1)ア(ウ)及び(エ)）
ア 所得税法３７条は、その年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、事業所得の総収入金額に係る売上原価その他当該総収入金額を得るため直接に要した費用の額及びその年における販売費、一般管理費その他事業所得を生ずべき業務について生じた費用の額とする旨規定している。
そうすると、事業所得を生ずべき業務について生じた費用というためには、客観的に見て、事業所得を生ずべき業務に関連する支出であり、かつ、当該業務の遂行上必要と認められる支出であることを要するものと解するのが相当である。
イ Ｈ関連支出について
Ｈ関連支出は、乙がＨで気功を習得するために支出した講習代、交通費及び宿泊費であるところ、原告は、乙がＨで習得した技能により、本件病院の患者や体調の悪い看護師に気功を施して病状を改善させ、患者の来院数の増加や看護師の業務推進に貢献したとして、Ｈ関連支出は必要経費に算入されるべきであると主張する。
しかし、本件病院は、医師である原告が患者に医療行為を施すことをその中心的な業務としているものであるところ、仮に、乙が本件病院の患者に気功を施したことがあったとしても、乙は医師ではなく、また、気功は医療行為として承認されておらず、医業類似行為としても認められていないのであるから、これが本件病院の業務に含まれるものでないことは明らかである。そして、乙が本件病院の患者や看護師に気功を施して病状を改善させ、患者の来院数の増加や看護師の業務推進に貢献したことを認めるに足りる証拠もない。
そうすると、Ｈ関連支出が、客観的に見て、原告の事業所得を生ずべき業務に関連する支出であるということはできず、当該業務の遂行上必要と認められる支出であるということもできないから、原告の事業所得の金額の計算上、Ｈ関連支出を必要経費に算入することはできないというべきである。
ウ Ｉ医政連の会費について
原告は、Ｗ医師会に加入する際にＩ医政連に入会することを拒否することはできないから、これに対する会費は、医師としての業務を遂行する上で実質的に避けることができない支出として、必要経費に算入されるべきである旨主張する。
しかし、乙６７から７２までによれば、①Ｉ医政連は、Ｗ医師会の目的及び事業を達成するために必要な政治活動を行う政治団体であって、Ｗ医師会とは別個の団体であること、②豊島区の医師がＷ医師会やＩ医政連への加入を強制されていることはなく、Ｗ医師会に加入すればＩ医政連に加入したことになるものでもないこと、③現に、Ｗ医師会の会員であるがＩ医政連の会員ではない者も相当数いること、④Ｉ医政連から脱退することは自由であり、文書で届け出るだけでよいこと、⑤Ｉ医政連は、地方選挙や国政選挙に当たり推薦候補を決定して支持活動を行っているほか、議員の講演会や討論会を企画するなど、政治的な課題に関する研究を行っていること、⑥Ｉ医政連の会員が納入する会費は、上記⑤の活動の経費として使用されていることが認められる。
そうすると、原告の上記主張は、Ｗ医師会に加入するに当たりＩ医政連への入会を拒否できないとするその前提において失当である上、Ｉ医政連の上記目的や活動内容に照らせば、Ｉ医政連がその会員の事業に直接影響を与える活動をしているものではなく、その会費が会員の事業に直接還元される活動に使われるものでもないのであり、Ｉ医政連の会費は、客観的に見て、原告の事業所得を生ずべき業務に関連する支出であるということはできず、当該業務の遂行上必要と認められる支出であるということもできないから、原告の事業所得の金額の計算上、Ｉ医政連の会費を必要経費に算入することはできないというべきである。
(3) 以上のとおり、原告は、本件３年分の所得税に係る事業所得の金額の計算上、本件架空給料額、Ｌ関連支出、Ｈ関連支出及びＩ医政連の会費を必要経費に算入することはできないにもかかわらず、これらを必要経費に算入して、各確定申告をしたものであるから、本件３年分について、更正の事由が認められる。
２ 本件３年分における事実の「隠ぺい」又は「仮装」の有無について（争点(1)イ及び(2)）
(1) 国税通則法６８条１項は、「納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」は、当該納税者に対し、重加算税を課する旨規定しているところ、これは、同法６５条から６７条までに規定する各種の加算税を課すべき納税義務違反が事実の隠ぺい又は仮装という不正な方法に基づいて行われた場合に、違反者に対して課される行政上の措置であって、故意に納税義務違反を犯したことに対する制裁ではないから（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同４５年９月１１日第二小法廷判決・刑集２４巻１０号１３３３頁参照）、上記重加算税を課し得るためには、納税者が故意に課税標準等又は税額等の計算の基礎となる事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺい又は仮装行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に際し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまでを必要とするものではないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年５月８日第二小法廷判決・裁判集民事１５１号３５頁）。
そして、上記のような隠ぺい又は仮装の行為が納税者以外の者によってされた場合に、それが形式的に納税者自身の行為でないというだけで重加算税の賦課が許されないとすると、重加算税制度の趣旨及び目的を没却することになるから、第三者による隠ぺい又は仮装の行為が納税者本人の行為と同視できるときには、国税通則法６８条１項が適用されると解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁ほか参照）。
(2) また、所得税法１５０条１項３号は、青色申告の承認を受けた居住者が「その年における第１号に規定する帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し」た場合は、納税地の所轄税務署長は、その年まで遡って、その承認を取り消すことができる旨規定しているところ、ここにいう「隠ぺいし又は仮装して」の意義は、前記(1)で判示した重加算税の賦課の場合における「隠ぺいし、又は仮装し」の意義と同様に解するのが相当である。
(3)アこれを本件３年分の原告の所得税について見るに、①丁ら４名が本件３年間に本件病院で勤務したことはなく、又は本件病院の本来の業務に従事したことはないにもかかわらず、本件病院において、丁ら４名に対して給料が支払われたとする架空の出金伝票が作成され、これに記載された虚偽の金額が総勘定元帳の「給料」欄に記載されたこと、②Ｄら３名が本件３年間に本件病院で勤務したことはなく、給料が支払われた事実もないにもかかわらず、本件病院において、Ｄら３名が勤務していたものとして架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたこと、③Ｇが本件病院で勤務して給料の支払を受けたのは、平成１４年中に多くとも４８万円にとどまり、Ｇがこれを超えて給料の支払を受けた事実はないにもかかわらず、本件病院において、架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたこと、④Ｊら２名が平成１５年中に本件病院で勤務したことはなく、給料が支払われた事実もないにもかかわらず、本件病院において、Ｊら２名に係る架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表に虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたこと、⑤丙がそのタイムカードに記録された時間に本件病院で勤務した事実はないにもかかわらず、本件病院において、架空のタイムカードが作成され、これに基づいて、虚偽の賃金台帳が作成され、本件給料一覧表及び本件賞与試算表にそれぞれ虚偽の記載がされた上で、これらに記載された金額を含む従業員に対する給料等の合計額が、総勘定元帳の「給料」欄に記載されたことは、前記１(1)イ(ア)から(オ)までのとおりであり、また、原告が平成１６年にＬに対して調査費を支払った事実はないにもかかわらず、本件病院において、Ｌ関連支出に係る虚偽の振替伝票及び領収証が作成され、総勘定元帳に虚偽の金額が記載されたことは、同(カ)のとおりであって、これらが国税通則法６８条１項及び所得税法１５０条１項３号にいう「隠ぺい」又は「仮装」に当たることは明らかである。
イ そして、前記アの各行為について、原告は、Ｍが原告や乙を困惑させるためにしたものである旨主張するのであるが、Ｍが本件病院に対して個人的怨恨を持っていたなどの原告の主張が採用できないことは、前記１(1)アで判示したとおりであり、また、Ｍが独断で上記各行為に及ぶ動機は本件各証拠上何ら見受けられない。
したがって、前記アの各行為については、Ｍ供述のとおり、いずれも乙が自ら、又はＭを始めとする従業員等に指示して行っていたものと認めるのが相当であるところ、乙は、原告と同居する妻であり、本件病院の「部長」として事務を取りまとめていた者であって、このような乙の行為は、原告の行為と同視することができるものというべきである。
(4) なお、豊島税務署長は、原告に対する当初の各重加算税賦課決定処分に当たり、Ｊら２名及び丙に対する給料に係る各仮装行為については、重加算税を賦課する根拠としていなかったところ、原告は、被告が本件訴訟において上記各仮装行為を本件各重加算税賦課処分の適法性の根拠として主張することは許されない旨主張する。
しかし、課税処分の取消訴訟における実体上の審判の対象は、当該課税処分によって確定された税額の適否であり、課税処分における税務署長の判断に誤りがあっても、これにより確定された税額が総額において租税法規により客観的に定まる税額を上回らなければ、当該課税処分は適法な処分というべきものである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁参照）。したがって、課税処分の取消訴訟における審判の対象は、原則として、課税処分において税務署長が示した処分理由により制約を受けるものではないということができる。
そして、豊島税務署長は、丁ら４名、Ｄら３名及びＧに対して支払ったとされる給料につきそれぞれ仮装行為があったとして、本件３年分について各重加算税賦課決定処分をしたところ、原告は、本件各従業員に対しては帳簿書類等に記載されたとおり給料が支払われており、何らの仮装行為もないとして本件各重加算税賦課処分の適法性を争っているもので、本件訴訟において、被告が、Ｊら２名及び丙に対して支払ったとされる給料についても丁ら４名、Ｄら３名及びＧに関するものと同様の仮装行為があった旨の主張を追加することを許したとしても、原告に格別の不利益を与えるものではない。
そうすると、本件訴訟において、被告がＪら２名及び丙に対する給料に係る仮装行為を本件各重加算税賦課処分の適法性の根拠として主張することは、許されるというべきである。
(5) 以上によれば、本件青色取消処分は適法であり、また、本件架空給料額及びＬ関連支出の額に係る税額を重加算税の対象とすることにも、何ら違法はない。
３ 本件調査の適法性について（争点(3)）
(1) 証拠（該当箇所に付記したもの）及び弁論の全趣旨によれば、本件調査の経緯等について、以下の事実を認めることができる。
ア(ア) 本件調査担当職員は、平成１７年９月１３日、本件病院に臨場して、原告の顧問税理士であったＸ（以下「Ｘ税理士」という。）立会いの下、原告の所得税に係る調査を行った。本件調査担当職員は、本件３年分の帳簿書類等の提示を受けたが、同日中にその内容の検討が完了しなかったことから、上記帳簿書類等の一部（以下「本件帳簿書類等」という。）を原告から預かった。（乙２、乙７８、７９）
なお、本件帳簿書類等の借用に関しては、これを承諾する旨の平成１７年９月１３日付け預り証（乙６６の１。以下「本件預り証」という。）及び同写し（乙６６の２。以下「本件預り証写し」という。）が存在し、それぞれに原告名義の署名及び押印がされている。
(イ) 本件調査担当職員は、本件帳簿書類等を精査した結果、疑義が生じたとして、平成１７年１１月１１日、原告及び本件病院の経理担当者であるＭに対し、調査経緯の説明を行い、疑義の解明を依頼するとともに、平成１０年分から同１３年分についても調査の必要があるとして、上記各年分の帳簿書類等の提示を求めた。しかし、原告は、これに応じなかった。（乙２）
(ウ) 原告は、平成１７年１１月３０日、本件調査担当職員に電話をかけ、疑義があるとされた点の解明のために本件帳簿書類等の一部を返却してほしい旨述べた。そこで、本件調査担当職員は、同年１２月１日、豊島税務署を訪れたＭに対し、本件帳簿書類等のうち、総勘定元帳等を返却して、本件預り証写しの該当箇所にＭの押印を受けた。（乙２、６６の２、乙７８）
イ(ア) 本件調査担当職員は、平成１７年１２月９日、Ｘ税理士に代わって原告の関与税理士となったＹ（以下「Ｙ税理士」という。）に対し、前記ア(イ)と同様の説明をし、同月１６日、Ｙ税理士から説明を受けた。（乙２、８２）
(イ) 本件調査担当職員は、平成１８年１月１８日、豊島税務署を訪れたＹ税理士に対し、本件帳簿書類等のうち、預金通帳７冊を返却して、本件預り証写しの該当箇所にＹ税理士の押印を受けた。（乙２、６６の２、乙７８、８０）
(ウ) Ｙ税理士は、同１８年１月１９日、前記(イ)の預金通帳７冊を原告に交付した。なお、Ｙ税理士は、同日、辞任した。（乙２、８０）
ウ(ア) 本件調査担当職員は、平成１８年２月８日、Ｙ税理士に代わって原告の関与税理士となったＺ（以下「Ｚ税理士」という。）に対し、前記イ(ア)と同様の説明をするとともに、平成１０年分から同１３年分の帳簿書類等の提示を求め、また、本件帳簿書類等のうち未返却分について、早期に返却したい旨伝えた。（乙２、７８、８１、８３の１から３まで）
(イ) 本件調査担当職員は、平成１８年２月１５日、豊島税務署を訪れたＺ税理士に対し、本件帳簿書類等のうち未返却分を全て返却して、本件預り証及び本件預り証写しの受領者の欄に署名又は押印を受けるとともに、本件預り証の返却を受けた。（乙６６の１及び２、乙７８、８１）
(ウ) 本件調査担当職員は、平成１８年３月３１日、Ｚ税理士に対し、平成１７年分の帳簿書類等の提示を求めたが、その提示がされることはなく、Ｚ税理士は、同年５月８日に辞任した。（乙２）
エ 原告は、平成１８年５月１６日、同月１９日及び同年６月１３日、それぞれ本件調査担当職員に電話をかけ、新しい関与税理士を探しているところである旨述べた。これに対し、本件調査担当職員は、その都度、税理士の選任は別として、平成１７年分の帳簿書類等を提示するように求めたが、原告は、新しい税理士が決まるまで待ってほしい、又は準備中でありもう少し待ってほしい旨回答して、これに応じなかった。（乙２）
オ(ア) 本件調査担当職員は、平成１８年６月１６日、原告に電話をかけ、再度、平成１７年分の帳簿書類等を提示するよう求めたが、原告は、税理士が近々決まるので、その後連絡する旨回答した。（乙２）
(イ) 本件調査担当職員は、平成１８年７月４日、原告の関与税理士となったａに対し、調査経過を説明するとともに、平成１７年分の帳簿書類等の提示を求めたが、その提示はされず、同税理士は、同月６日に辞任した。（乙２）
カ その後も原告から平成１７年分の帳簿書類等の提示はなく、本件調査担当職員は、平成１８年９月１３日、本件病院に臨場したが、原告と面会することはできなかったため、本件病院の従業員に対し、同月２０日までに連絡がなければ、更正処分等を行うことになる旨の原告宛ての連絡票を交付した。（乙２）
キ 本件調査担当職員は、平成１８年９月１９日、原告の関与税理士となったｄに対し、調査経過等を説明した上、本件各年分の所得税の修正申告書の提出をしょうようしたが、同税理士はこれを拒否した。（乙２）
(2) 原告は、本件調査担当職員が本件帳簿書類等を預かるに際して、原告からの要請があったにもかかわらず、預り証を発行せず、原告の同意のないまま帳簿書類等を持ち帰ったものであり、重大な手続違反がある旨主張する。
ア しかし、本件帳簿書類等について、原告名義の署名及び押印がされた本件預り証及び本件預り証写しがあることは、前記(1)ア(ア)のとおりである。
これについて、原告は、原告が上記署名及び押印をしたことはなく、本件預り証及び本件預り証写しは偽造されたものである旨主張し、これに沿う内容の筆跡鑑定書（甲２３）を提出しているが、上記筆跡鑑定書は、飽くまでも原告が私的にその作成を依頼したものにすぎない上、適切な対照資料の選定等、その鑑定結果の信頼性を担保する前提条件を満たしているとは認め難いから、これをもって本件預り証及び本件預り証写しが偽造されたものであるということはできない。そして、乙８１によれば、Ｚ税理士は、本件病院のいずれかの者から本件預り証を受け取り、これを豊島税務署に持参して、本件調査担当職員から本件帳簿書類等のうち未返却分の返却を受けた旨明確に供述していることが認められ、本件各証拠によってもＺ税理士があえて虚偽の供述をする動機は何らうかがわれないから、本件病院において本件預り証が保管されていたことは明らかであるということができる。
イ また、前記(1)ア(ア)の認定事実のとおり、本件調査担当職員が本件帳簿書類等を預かった平成１７年９月１３日の調査には、Ｘ税理士が立ち会っていたものであるところ、仮に、原告が主張するように、原告の求めにもかかわらず本件調査担当職員が預り証の作成及び交付を拒んだのであるとすれば、Ｘ税理士がこれに抗議し、預り証が交付されない限り本件帳簿書類等の借用を認めないとの対応をすることが通常であると考えられるのであるが、そのような事実は本件各証拠によっても何らうかがわれず、かえって、乙８０によれば、Ｘ税理士に代わって原告の関与税理士となったＹ税理士は、当時、本件帳簿書類等の借用に関してトラブルとなっているとの認識はなかった旨述べていることが認められる。
ウ そして、本件調査が行われている期間中である平成１７年１２月に原告及び乙が豊島税務署長に対して再三にわたり送付した抗議の文書（乙６１から６４まで）においても、本件帳簿書類等の借用に当たり預り証の作成及び交付がされなかったことについては何ら言及されていないことや、本件各処分に係る異議申立て及び審査請求においてもこれについて何ら主張されていないこと（乙５、６）にも照らせば、本件調査担当職員が本件帳簿書類等を預かるに際して預り証を発行せず、原告の同意のないまま帳簿書類等を持ち帰ったとの原告の主張に係る事実を認めることはできない。
(3) また、原告は、本件帳簿書類等は原告本人に返却すべきものであり、原告から帳簿書類等の受領につき委任を受けていないＭや関与税理士に対して被告が本件帳簿書類等を返却したことは不当である旨主張する。
しかし、原告及び乙が平成１７年１２月８日頃に豊島税務署長に送付した抗議の文書（乙６２）には、同年１１月３０日に本件帳簿書類等の返却を受けようとしたことに関して、月末であることなどから原告、乙及びＭが忙しかったため、代理人に書類を取りに行かせることにした旨の記載があるところ、このことに照らせば、原告は、Ｍが多忙でなければＭに本件帳簿書類等を受領させる意思を有しており、また、原告が自ら本件帳簿書類等を受領することには必ずしも拘泥していなかったことがうかがわれるのであるから、同年１２月１日にＭが本件帳簿書類等の一部の返却を受けたことが、少なくとも原告の意思に反するものであったとは認められない。また、乙８０から８３まで（枝番を含む。）によれば、Ｙ税理士及びＺ税理士は、それぞれ原告から税理士法２条１項１号に規定する税務代理の委任を受け、本件病院において保管されていた本件預り証を豊島税務署に持参して、本件帳簿書類等の一部の返却を受けたことが認められ、Ｙ税理士及びＺ税理士がそれぞれ本件帳簿書類等の受領につき原告の委任を受けていたことは明らかである。
そうすると、被告が本件帳簿書類等をＭ、Ｙ税理士及びＺ税理士に返却したことに、何ら違法又は不当な点はないというべきである。
(4) さらに、原告は、原告が新しい税理士を探しているにもかかわらず、本件調査担当職員がそのことを考慮することなく、一方的に帳簿書類等の提示を求めてきたことは不当である旨主張するが、前記(1)の認定事実のとおり、本件調査担当職員は、税理士の本件調査への立会いを認め、新たな税理士が選任される都度、当該税理士に問題点等の指摘をして、帳簿書類等の提示を求めるなどしていたものであり、本件各証拠によっても、本件調査担当職員が税理士の本件調査への関与を不当に妨げた事実は何らうかがわれない。そして、青色申告の承認を受け、その備え付けている帳簿書類等に基づいて青色申告をしている原告に対し、税務調査の一環として帳簿書類等の提示を求めること自体が違法であるということは到底できず、そのことは、原告が新しい税理士を探している時期であったとしても、何ら変わるところはない。
よって、原告の上記主張は失当である。
(5) このほかに、本件調査の違法を基礎付ける事情は特段見当たらないから、本件調査に違法性はないというべきである。
４ 平成１７年分の所得税に係る推計課税の必要性及び合理性について（争点(4)）
(1) 推計課税の必要性について
ア 所得税法１５６条において推計課税が認められているのは、納税者が帳簿等の備付け等をしない場合や、税務調査に際し帳簿書類の提出を拒むなどした場合に、各種所得等の金額を直接証拠により認定できないとして国が課税を放棄することは、正しい申告をしている誠実な納税者と比較して、租税負担の公平を欠き到底許されないとの観点によるものであると解される。したがって、納税者が調査に協力しないため直接資料が入手できないような場合など、税務署長が十分な直接資料を入手することができず、直接資料に基づいて所得税法が規定する各種所得の金額の計算に関する規定によって所得金額を的確に算定することができないときには、推計の必要性があるということができ、推計課税をすることが許されるというべきである。
イ 原告は、原告及び乙が本件調査に意図的に非協力的な態度に出たことはなく、むしろ、本件調査担当職員が、原告らに十分な説明をして理解を求めることなく本件調査を続けたものであり、本件において、推計課税の必要性はなかった旨主張する。
しかし、本件調査の経緯等は、前記３(1)で認定したとおりであり、本件調査担当職員が、原告や関与税理士等に対し、繰り返し問題点等の指摘をするとともに、平成１７年分の帳簿書類等の提示を求めていたにもかかわらず、原告は、正当な理由もなく上記帳簿書類等の提示を一切しなかったもので、原告が本件調査に非協力的な態度を採っていたことは明らかである。そのため、豊島税務署長は、原告の同年分の事業所得の金額を実額で把握することができなかったものであるから、原告の同年分の所得税については、推計の必要性があるということができる。
(2) 推計の合理性について
ア 被告は、別紙３(1)アのとおり、本人比率による方法に基づいて、平成１７年分の原告の事業所得の金額を推計しているところ、営業は通常継続的に行われることから、個人事業者である納税者について、業種、業態、事業規模、事業場所等に大きな変更がない場合には、業界に共通の経済事情の特段の変動が認められない限り、比準年の比率と係争年の比率とに変更がないであろうと推認することができ、本人比率による推計方法は、一般に個別的類似性の高いものとして合理性があるということができる。
そして、本件各証拠によっても、平成１７年分において、本件３年分と比して、原告が経営する本件病院について業種、業態、事業規模、事業場所等に特段の変化があったとは認められず、また、業界に共通の経済事情の特段の変動があったとも認められない。
イ 被告は、本件調査において把握し得た原告の平成１７年分の社保収入等を、原告の本件３年分における社保収入等の額が総収入金額に占める各割合の平均値である平均収入率で除して算定した金額に、原告の本件３年分の事業所得の金額が総収入金額に占める各割合の平均値である平均所得率を乗じて算定する方法により、原告の平成１７年分の事業所得の金額を推計しているところ、この推計方法には合理性があるということができる。
(3) よって、平成１７年分更正処分について、推計課税の方法によったこと及びその推計の方法は適法であるということができる。
５ 本件３年分更正処分等の適法性について
(1) 本件３年分更正処分の適法性
ア 更正の期間制限について（争点(1)ウ）
(ア) 所得税の更正は、その法定申告期限であるその年の翌年の３月１５日（所得税法１２０条１項）から３年を経過した日以後においてはすることができないとされているところ（国税通則法７０条１項１号）、平成１５年分更正処分及び平成１６年分更正処分が上記期間内に行われていることは明らかである一方、平成１４年分更正処分は、平成１４年分の所得税の法定申告期限から３年を経過した日以後に行われていることから、更正の期間制限を延長する規定である同条５項の適用があるか否かが問題となる。
(イ) そこで検討するに、国税通則法７０条５項１号は、偽りその他不正の行為によりその全部又は一部の税額を免れ、若しくはその全部又は一部の税額の還付を受けた国税についての更正については、その法定申告期限から７年を経過する日まですることができると規定しているところ、「偽りその他不正の行為」とは、税額を免れる意図の下に税の賦課徴収を不能又は著しく困難にするような何らかの偽計その他の工作を伴う不正な行為を行っているものをいうものと解される。
そして、原告の平成１４年分の所得税につき、本件病院において、平成１４年中に実際には勤務していない者に係る架空のタイムカードが作成された上、これに基づき賃金台帳等に虚偽の金額が記載され、又は、実際には支払われていない給料について架空の出金伝票が作成されるなどしたことは、前記１(1)イ(ア)から(ウ)まで及び(オ)のとおりであり、原告は、上記のような虚偽の帳簿書類等に基づいて、実際には支払っていない給料の額を必要経費に算入し、同年分の所得税の確定申告をしたもので、これが「偽りその他不正の行為」に当たることは明らかである。
(ウ) そして、原告は、上記の「偽りその他不正の行為」により、平成１４年分の所得税の税額の一部を免れたのであるから、国税通則法７０条５項１号により、原告の同年分の所得税の更正は、その法定申告期限から７年を経過する日まですることができることになる。
したがって、平成１４年分更正処分は、更正をすることができる期間内にされたものであるということができ、この点につき、平成１４年分更正処分に違法はない。
イ 前記１及び２で判示したとおり、本件青色取消処分は適法であり、また、本件３年分の所得税の各確定申告において、原告が事業所得の金額の計算上必要経費に算入した本件架空給料額、Ｌ関連支出の額、Ｈ関連支出の額及びＩ医政連の会費の額は、それぞれ必要経費に算入することができないところ、原告の本件３年分の所得税に係る納付すべき税額等に関する被告の主張（別紙１）における税額の計算の過程等に、特段不合理な点は見当たらない。
(ア) なお、原告は、被告が主張する原告の本件３年分の事業所得に係る総収入金額のうち、社保収入等の算定について、原告が保険関係機関に請求した内容に誤りがあり減点された分を収入に入れることは不当である旨主張する。
(イ) しかし、別紙１における本件３年分の社保収入等は、保険関係機関等への調査により把握された収入金額を前提として、原告が実際に診療行為を行いその対価としての診療報酬の権利が確定した日と、当該報酬が実際に入金される日とにずれが生じていることから、本件３年分における期首及び期末の売掛金をそれぞれ算出した上で、各年の期首の売掛金についてはこれを各年の収入金額から減算し、各年の期末の売掛金についてはこれを各年の収入金額に加算することによって算定したものであり、原告が主張するように、診療報酬のうち保険関係機関に認められず減点された分を収入として加算したものではない。
そして、別紙１における上記のような本件３年分の社保収入等の算定は、所得税法３６条１項が定める権利確定主義に従ってされたものであるということができ、そこに何らの違法も認められない。
(ウ) したがって、原告の上記主張は失当である。
ウ 別紙１における原告の本件３年分の所得税に係るそれぞれの納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額は、いずれも本件３年分更正処分における納付すべき税額又は還付金の額に相当する金額を上回る。
エ よって、本件３年分更正処分は、いずれも適法である。
(2) 本件３年分賦課処分の適法性について
ア 前記(1)のとおり、本件３年分更正処分はいずれも適法であるところ、これにより原告が新たに納付すべき税額の計算となった事実のうち、本件青色取消処分によってその適用が認められないこととなった貸倒引当金繰戻額と貸倒引当金繰入額及び青色申告特別控除額との差額に係る納付すべき税額に相当する部分については、本件３年分更正処分の前における税額の計算の基礎とされていなかったことにつき、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるということができる一方で、それ以外の部分については、上記「正当な理由」があるということはできない。
そうすると、本件３年分の加算税の対象となる税額は、別紙２の(1)アからウまでのとおり、平成１４年分につき７４０万２８００円、同１５年分につき４５５万５５００円、同１６年分につき９６１万９０００円となるところ、これらの金額は、いずれも本件３年分賦課処分における原告の本件３年分の加算税の対象となる税額と同額か、又はこれを上回る。
イ また、前記２で判示したとおり、本件架空給料額及びＬ関連支出の額に係る税額は、国税通則法６８条１項による重加算税の賦課の対象となるものであり、過少申告加算税に代えて課されるべき本件３年分の重加算税の額は、別紙２の(2)アからウまでのとおり、平成１４年分につき２５９万円、同１５年分につき１５８万２０００円、同１６年分につき３１４万６５００円となるところ、これらの金額は、いずれも本件各重加算税賦課処分における重加算税の額を上回る。
ウ さらに、原告の本件３年分の過少申告加算税の額及び重加算税の額の各合計額は、別紙２の(1)及び(2)のとおり、平成１４年分につき２５９万円、同１５年分につき１５８万４０００円、同１６年分につき３２１万４５００円であるところ、これらの金額は、いずれも本件３年分賦課処分における過少申告加算税の額及び重加算税の額の各合計額を上回る。
エ よって、本件３年分賦課処分は、いずれも適法である。
６ 平成１７年分更正処分等の適法性について
(1) 平成１７年分更正処分の適法性について
ア 前記２及び４で判示したとおり、本件青色取消処分は適法であり、また、平成１７年分について、推計の必要性が認められ、かつ、本件において採用された本人比率による推計方法には合理性が認められるところ、原告の平成１７年分の所得税に係る納付すべき税額等に関する被告の主張（別紙３）における事業所得の金額の推計の過程や税額の計算の過程等に、特段不合理な点は見当たらない。
イ よって、平成１７年分更正処分は適法である。
(2) 平成１７年分過少申告加算税賦課処分の適法性について
ア 前記(1)のとおり、平成１７年分更正処分は適法であるところ、これにより原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件青色取消処分によってその適用が認められないこととなった青色申告特別控除額に係る納付すべき税額に相当する部分については、平成１７年分更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことにつき、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるということができる一方で、それ以外の部分については、上記「正当な理由」があるということはできない。
そうすると、原告の平成１７年分の過少申告加算税の額は、別紙４のとおり、１０３万４５００円となるところ、この金額は、平成１７年分過少申告加算税賦課処分における過少申告加算税の額と同額である。
イ よって、平成１７年分過少申告加算税賦課処分は、適法である。
７ 以上によれば、本件各処分に原告が主張するような違法はなく、本件各処分はいずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これらをいずれも棄却することとし、訴訟費用の負担につき、行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官杉原則彦
裁判官波多江真史
裁判官財賀理行
（別紙１）
原告の本件３年分の所得税に係る納付すべき税額等
(1) 平成１４年分（別表２－１－１）
ア 総所得金額
３３６２万２５１５円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得の金額
３３６０万４９１５円
上記金額は、次のａの金額から、ｂからｋまでの各金額を差し引き、ｌの金額を加算した後の金額である。
ａ 総収入金額
１億８６７５万１２６８円
上記金額は、原告が営む事業（医師業）に係る総収入金額であり、次の(a)及び(b)の各金額の合計額である。
(a) 「医収入」の金額
１億７２６２万２１９６円
上記金額は、原告が平成１４年分の総勘定元帳の「医収入」勘定に記載した金額の合計額１億６８８８万４５６９円（別表２－５－１）から、平成１３年１２月末における売掛金の額２６０４万１０３４円（別表２－６－１）を控除し、同１４年１２月末における売掛金の額２９７７万８６６１円（別表２－６－２）を加算した後の金額である。
なお、平成１４年１２月分の「医収入」の金額１３７２万６７５８円は、原告が総勘定元帳に記載した金額の合計額１４１７万０２７８円から、原告が「期末決算」として「雑収入」に振替処理を行った４４万３５２０円を差し引いた後の金額であり、上記振替処理を行った金額は、(b)の「雑収入」の金額に含まれている。
(b) 「雑収入」の金額
１４１２万９０７２円
上記金額は、原告が平成１４年分の総勘定元帳の「雑収入」勘定に記載した金額の合計額１４２０万２５６８円（別表２－５－１）から、平成１３年１２月末における売掛金の額１２万３０３５円（別表２－６－１）を控除し、同１４年１２月末における売掛金の額４万９５３９円（別表２－６－２）を加算した後の金額である。
ｂ 売上原価の額
２９３７万９７９２円
上記金額は、原告が平成１４年分の所得税の確定申告書（以下「平成１４年分確定申告書」という。）に添付した「平成１４年分所得税青色申告決算書（一般用）」（以下「平成１４年分決算書」という。）の「差引原価」欄に記載した金額と同額である。
ｃ 租税公課の額
１２０万７０４０円
上記金額は、原告が平成１４年分の総勘定元帳の「公租公課」勘定に記載した金額と同額である。
ｄ 旅費交通費の額
５０３万１６２０円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書の「旅費交通費」欄に記載した金額６１８万１５４０円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した交通費１１４万９９２０円（別表２－７－１）を控除した後の金額である。
ｅ 通信費の額
５４万３０４７円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書の「通信費」欄に記載した金額と同額である。
ｆ 接待交際費の額
１４０万６１０２円
上記金額は、原告が平成１４年分の総勘定元帳の「交際費」勘定に記載した金額の合計額（別表２－８）と同額である。
ｇ 福利厚生費の額
７５２万１７９９円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書の「福利厚生費」欄に記載した金額と同額である。
ｈ 給料賃金の額
７０７６万６９０７円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書の「給料賃金」欄に記載した金額９５０３万８８５１円から、丁ら４名、Ｄら３名、Ｇ及び丙に対して支払われたとする給料の額の合計額２５３２万６９４４円（別表２－９－１、２－９－４から２－９－７まで）を控除し、Ｇに対し実際に支払ったと認められる給料の額４８万円及び原告の集計誤り又は転記誤りの金額５７万５０００円（別表２－９－２）を加算した後の金額である。
ｉ 「別添計」の額
２０５１万１７７０円
上記金額は、次の(a)及び(b)の各金額の合計額である。
(a) 会費の額
１３３万０８５９円
上記金額は、原告が平成１４年分の総勘定元帳の「会費」勘定に記載した金額の合計額２１２万０８５９円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した会費の額７５万８０００円（別表２－７－１）及びＩ医政連に対して支払った会費の額３万２０００円（別表２－１０－１）を控除した後の金額である。
(b) 会費以外の額
１９１８万０９１１円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」に記載した会費以外の各金額の合計額と同額である。
ｊ 雑費の額
２３１万３６４３円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書の「雑費」欄に記載した金額と同額である。
ｋ 前記ｃからｊまで以外の経費の額
１５０１万７３８３円
上記金額は、原告が平成１４年分決算書に記載した経費の額のうち、前記ｃからｊまでを除く各経費の額の合計額（別表２－１－５）と同額である。
ｌ 貸倒引当金繰戻額
５５万２７５０円
上記金額は、原告が平成１３年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入した貸倒引当金勘定の金額であり（当該金額は、所得税法５２条３項の規定により、その繰入れをした翌年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入されるものである。）、原告が平成１４年分決算書の「繰戻額等・貸倒引当金」欄に記載した金額と同額である。
ｍ 貸倒引当金繰入額
０円
原告は、本件青色取消処分により、平成１４年分以降の青色申告の承認を取り消されているから、原告が貸倒引当金勘定に繰り入れた金額を、原告の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない（所得税法５２条２項参照）。
ｎ 青色申告特別控除額
０円
原告は、本件青色取消処分により、平成１４年分以降の青色申告の承認を取り消されているから、租税特別措置法２５条の２第１項に規定する青色申告特別控除の額を、原告の事業所得の金額から控除することはできない。
(イ) 雑所得の金額
１万７６００円
上記金額は、原告の平成１３年分の所得税の確定申告により生じた還付金４４８万４６０５円に係る還付加算金の金額であり、平成１４年４月、豊島税務署長が当該還付金と共に原告に対して支払ったものである。
イ 所得控除の額の合計額
１５１万６３６０円
上記金額は、次の(ア)から(ウ)までの各金額の合計額である。
(ア) 社会保険料控除の額
４８万３３６０円
上記金額は、原告が平成１４年中にｂ健康保険組合に対して支払った健康保険料の額である。
(イ) 老年者控除の額
０円
前記アのとおり、原告の平成１４年分の合計所得金額（総所得金額）は１０００万円を超えていることから、原告は、同年分において、所得税法（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）２条１項３０号に規定する老年者に該当しないので、老年者控除の額は０円となる。
(ウ) 前記(ア)及び(イ)以外の所得控除の額
１０３万３０００円
上記金額は、原告が平成１４年分確定申告書に記載した小規模企業共済等掛金控除の額６０万円、生命保険料控除の額５万円、損害保険料控除の額３０００円及び基礎控除の額３８万円の合計額と同額である。
ウ 課税総所得金額
３２１０万６０００円
上記金額は、前記アの総所得金額３３６２万２５１５円から前記イの所得控除の額の合計額１５１万６３６０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。課税総所得金額について以下同じ。）である。
エ 納付すべき税額
２５８万５６００円
上記金額は、次の(ア)の金額から、(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額について以下同じ。）である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額
９３８万９２２０円
上記金額は、前記ウの課税総所得金額３２１０万６０００円に所得税法８９条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の税率（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８号。ただし、同１７年法律第２１号による改正前のもの。以下「負担軽減措置法」という。）４条の特例を適用したもの）を乗じて算出した金額である。
(イ) 定率減税額
２５万円
上記金額は、負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(ウ) 源泉徴収税額
６５５万３５９４円
上記金額は、原告が平成１４年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額である。
(2) 平成１５年分（別表２－１－２）
ア 総所得金額
２６１２万５１８１円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得の金額
２６１０万２５８１円
上記金額は、次のａの金額から、ｂからｋまでの各金額を控除した後の金額である。
ａ 総収入金額
１億８３１８万３４００円
上記金額は、原告が営む事業（医師業）に係る総収入金額であり、次の(a)及び(b)の各金額の合計額である。
(a) 「医収入」の金額
１億７０００万６３４１円
上記金額は、原告が平成１５年分の総勘定元帳の「医収入」勘定に記載した金額の合計額１億７１３７万９１３０円（別表２－５－２）から、平成１４年１２月末における売掛金の額２９７７万８６６１円（別表２－６－２）を控除し、同１５年１２月末における売掛金の額２８４０万５８７２円（別表２－６－３）を加算した後の金額である。
(b) 「雑収入」の金額
１３１７万７０５９円
上記金額は、原告が平成１５年分の総勘定元帳の「雑収入」勘定に記載した金額の合計額１３０６万２８３６円（別表２－５－２）から、平成１４年１２月末における売掛金の額４万９５３９円（別表２－６－２）を控除し、同１５年１２月末における売掛金の額１６万３７６２円（別表２－６－３）を加算した後の金額である。
ｂ 売上原価の額
２３９４万４４０２円
上記金額は、原告が平成１５年分の所得税の確定申告書（以下「平成１５年分確定申告書」という。）に添付した「平成１５年分所得税青色申告決算書（一般用）」（以下「平成１５年分決算書」という。）の「差引原価」欄に記載した金額と同額である。
ｃ 租税公課の額
８万６１５０円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「租税公課」欄に記載した金額と同額である。
ｄ 旅費交通費の額
４５７万０４５０円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「旅費交通費」欄に記載した金額５４１万６７５０円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した交通費８４万６３００円（別表２－７－２）を控除した後の金額である。
ｅ 通信費の額
７５万２７２７円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「通信費」欄に記載した金額と同額である。
ｆ 接待交際費の額
２１９万６１９８円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「接待交際費」欄に記載した金額と同額である。
ｇ 福利厚生費の額
６８４万５３５９円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「福利厚生費」欄に記載した金額と同額である。
ｈ 給料賃金の額
６７４３万４９８１円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「給料賃金」欄に記載した金額８４１６万２９４８円から、丁、Ｄら３名、Ｇ、Ｊら２名及び丙に対して支払われたとする給料の額の合計額１６７９万３０６７円（別表２－９－１、２－９－４から２－９－８まで）を控除し、原告の集計誤りの金額６万５１００円（別表２－９－３）を加算した後の金額である。
ｉ 「別添計」の額
１７７２万６６７０円
上記金額は、次の(a)及び(b)の各金額の合計額である。
(a) 会費の額
１０９万５２３３円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」において会費として記載した１６５万０２３３円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した会費の額４９万１０００円（別表２－７－２）及びＩ医政連に対して支払った会費の額６万４０００円（別表２－１０－２）を控除した後の金額である。
(b) 会費以外の額
１６６３万１４３７円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」に記載した会費以外の各金額の合計額と同額である。
ｊ 雑費の額
４３７万４５８７円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書の「雑費」欄に記載した金額と同額である。
ｋ 前記ｃからｊまで以外の経費の額
２９１４万９２９５円
上記金額は、原告が平成１５年分決算書に記載した経費の額のうち、前記ｃからｊまでを除く各経費の額の合計額（別表２－１－５）と同額である。
ｌ 貸倒引当金繰戻額等
０円
原告は、本件青色取消処分により、平成１４年分以降の青色申告の承認を取り消されているから、貸倒引当金繰戻額、貸倒引当金繰入額及び青色申告特別控除額の各金額は、いずれも０円となる。
(イ) 雑所得の金額
２万２６００円
上記金額は、原告の平成１４年分の所得税の確定申告により生じた還付金６３０万１８３４円に係る還付加算金の金額であり、平成１５年４月、豊島税務署長が当該還付金と共に原告に対して支払ったものである。
イ 所得控除の額の合計額
１４８万４７４０円
上記金額は、次の(ア)から(ウ)までの各金額の合計額である。
(ア) 社会保険料控除の額
４５万４７４０円
上記金額は、原告が平成１５年中にｂ健康保険組合に対して支払った健康保険料の額である。
(イ) 老年者控除の額
０円
前記アのとおり、原告の平成１５年分の合計所得金額（総所得金額）は１０００万円を超えていることから、原告は、同年分において、所得税法（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）２条１項３０号に規定する老年者に該当しないので、老年者控除の額は０円となる。
(ウ) 前記(ア)及び(イ)以外の所得控除の額
１０３万円
上記金額は、原告が平成１５年分確定申告書に記載した小規模企業共済等掛金控除の額６０万円、生命保険料控除の額５万円及び基礎控除の額３８万円の合計額と同額である。
ウ 課税総所得金額
２４６４万円
上記金額は、前記アの総所得金額２６１２万５１８１円から前記イの所得控除の額の合計額１４８万４７４０円を控除した後の金額である。
エ 納付すべき税額
▲１３１万５３２６円
上記金額は、次の(ア)の金額から、(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額である（金額の前の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。納付すべき税額について、以下同じ。）
(ア) 課税総所得金額に対する税額
６６２万６８００円
上記金額は、前記ウの課税総所得金額２４６４万円に所得税法８９条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の税率を乗じて算出した金額である。
(イ) 定率減税額
２５万円
上記金額は、負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(ウ) 源泉徴収税額
７６９万２１２６円
上記金額は、原告が平成１５年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額である。
(3) 平成１６年分（別表２－１－３）
ア 総所得金額
３６５５万６２０３円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得の金額
３６５３万１１０３円
上記金額は、次のａの金額から、ｂからｋまでの各金額を控除した後の金額である。
ａ 総収入金額
１億９１９７万３７４６円
上記金額は、原告が営む事業（医師業）に係る総収入金額であり、次の(a)及び(b)の各金額の合計額である。
(a) 「医収入」の金額
１億８１２９万８８６３円
上記金額は、原告が平成１６年分の総勘定元帳の「医収入」勘定に記載した金額の合計額１億８１４６万８２６５円（別表２－５－３及び２－５－４）から、平成１５年１２月末における売掛金の額２８４０万５８７２円（別表２－６－３）を控除し、同１６年１２月末における売掛金の額２８２３万６４７０円（別表２－６－４）を加算した後の金額である。
(b) 「雑収入」の金額
１０６７万４８８３円
上記金額は、原告が平成１６年分の総勘定元帳の「雑収入」勘定に記載した金額の合計額１０７０万６６７５円（別表２－５－３及び２－５－４）から、平成１５年１２月末における売掛金の額１６万３７６２円（別表２－６－３）を控除し、同１６年１２月末における売掛金の額１３万１９７０円（別表２－６－４）を加算した後の金額である。
ｂ 売上原価の額
２５８１万８７０４円
上記金額は、原告が平成１６年分の所得税の確定申告書（以下「平成１６年分確定申告書」という。）に添付した「平成１６年分所得税青色申告決算書（一般用）」（以下「平成１６年分決算書」という。）の「差引原価」欄に記載した金額と同額である。
ｃ 租税公課の額
２２万５５５０円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「租税公課」欄に記載した金額と同額である。
ｄ 旅費交通費の額
５２１万５５９６円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「旅費交通費」欄に記載した金額７７４万３９９６円から、Ｌに依頼した調査に関連して支出したとする交通費１１２万５０００円及び乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した交通費１４０万３４００円（別表２－７－３）を控除した後の金額である。
ｅ 通信費の額
８６万１９５７円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「通信費」欄に記載した金額１０１万１９５７円から、Ｌに依頼した調査に関連して支出したとする通信費の額１５万円を控除した後の金額である。
ｆ 接待交際費の額
１６９万５１１６円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「接待交際費」欄に記載した金額と同額である。
ｇ 福利厚生費の額
６４９万２１５５円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「福利厚生費」欄に記載した金額６９７万２０９２円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した宿泊費の額４７万９９３７円（別表２－７－３）を控除した後の金額である。
ｈ 給料賃金の額
７１７７万６３６４円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「給料賃金」欄に記載した金額８６１４万８５５７円から、Ｄ、Ｅ、Ｇ及び丙に対して支払われたとする給料の額の合計額１４３７万２１９３円（別表２－９－１、２－９－５から２－９－７まで）を控除した後の金額である。
ｉ 「別添計」の額
１７７４万６０２７円
上記金額は、次の(a)から(c)までの各金額の合計額である。
(a) 会費の額
１２５万３６６８円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」において会費として記載した２０２万３６６８円から、乙がＨにおいて気功の講習を受けるために支出した会費の額７０万８０００円（別表２－７－３）及びＩ医政連に対して支払った会費の額６万２０００円（別表２－１０－３）を控除した後の金額である。
(b) 調査費の額
０円
原告が平成１６年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」において調査費として記載した９７５万円は、Ｌに依頼した調査に関連して支出したとする調査費であり、原告の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入することはできない。
(c) 会費及び調査費以外の額
１６４９万２３５９円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書に添付した「経費の内訳別添分」に記載した会費及び調査費以外の各金額の合計額と同額である。
ｊ 雑費の額
３８８万６８３３円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書の「雑費」欄に記載した金額４８６万１８３３円から、Ｌに依頼した調査に関連して支出したとする金額９７万５０００円を控除した後の金額である。
ｋ 前記ｃからｊまで以外の経費の額
２１７２万４３４１円
上記金額は、原告が平成１６年分決算書に記載した経費の額のうち、前記ｃからｊまでを除く各経費の額の合計額（別表２－１－５）と同額である。
ｌ 貸倒引当金繰戻額等
０円
原告は、本件青色取消処分により、平成１４年分以降の青色申告の承認を取り消されているから、貸倒引当金繰戻額、貸倒引当金繰入額及び青色申告特別控除額の各金額は、いずれも０円となる。
(イ) 雑所得の金額
２万５１００円
上記金額は、原告の平成１５年分の所得税の確定申告により生じた還付金７４７万８６８６円に係る還付加算金の金額であり、平成１６年４月、豊島税務署長が当該還付金と共に原告に対して支払ったものである。
イ 所得控除の額の合計額
１４２万５２００円
上記金額は、次の(ア)から(ウ)までの各金額の合計額である。
(ア) 社会保険料控除の額
４４万５２００円
上記金額は、原告が平成１６年中にｂ健康保険組合に対して支払った健康保険料の額である。
(イ) 老年者控除の額
０円
前記アのとおり、原告の平成１６年分の合計所得金額（総所得金額）は１０００万円を超えていることから、原告は、同年分において、所得税法（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）２条１項３０号に規定する老年者に該当しないので、老年者控除の額は０円となる。
(ウ) 前記(ア)及び(イ)以外の所得控除の額
９８万円
上記金額は、原告が平成１５年分確定申告書に記載した小規模企業共済等掛金控除の額６０万円及び基礎控除の額３８万円の合計額と同額である。
ウ 課税総所得金額
３５１３万１０００円
上記金額は、前記アの総所得金額３６５５万６２０３円から前記イの所得控除の額の合計額１４２万５２００円を控除した後の金額である。
エ 納付すべき税額
１５９万２３００円
上記金額は、次の(ア)の金額から、(イ)及び(ウ)の各金額を差し引いた後の金額である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額
１０５０万８４７０円
上記金額は、前記ウの課税総所得金額３５１３万１０００円に所得税法８９条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の税率を乗じて算出した金額である。
(イ) 定率減税額
２５万円
上記金額は、負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(ウ) 源泉徴収税額
８６６万６０９７円
上記金額は、原告が平成１６年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額である。（別紙２）
本件３年分の過少申告加算税の額及び重加算税の額
(1) 本件３年分の過少申告加算税の額
ア 平成１４年分（別表２－１１－１）
０円
平成１４年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額７４９万１０００円（別表１－２の「確定申告」欄の還付金の額に相当する税額６３０万１８３４円と「異議決定」欄の納付すべき税額１１８万９２００円との合計額。ただし、国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。新たに納付すべきこととなった税額について以下同じ。）のうち、同法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」、すなわち本件青色取消処分によって貸倒引当繰入額及び青色申告特別控除額の必要経費算入が認められないこととなった部分に対応する税額８万８２００円を控除した後の加算税の対象となる７４０万２８００円の全額が、後記(2)アの重加算税の対象となるため、過少申告加算税の対象となる税額及び過少申告加算税の額は、いずれも０円となる。
イ 平成１５年分（別表２－１１－２）
２０００円
上記金額は、平成１５年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額４５６万２７００円（別表１－３の「確定申告」欄の還付金の額に相当する税額７４７万８６８６円と「異議決定」欄の還付金の額に相当する税額２９１万５９４６円との差額）のうち、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」、すなわち本件青色取消処分によって貸倒引当金繰戻額と貸倒引当繰入額及び青色申告特別控除額との差額の必要経費算入が認められないこととなった部分に対応する税額７２００円を控除した後の加算税の対象となる４５５万５５００円から、後記(2)イの重加算税の対象となる税額４５２万７２００円（ただし、１万円未満の端数を切り捨てる前のもの）を控除した後の金額２万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。加算税の額の計算の基礎となる税額について以下同じ。）を基礎として、これに同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
ウ 平成１６年分（別表２－１１－３）
６万８０００円
上記金額は、平成１６年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９６１万９０００円（別表１－４の「確定申告」欄の還付金の額に相当する税額８３９万５６９７円と「異議決定」欄の納付すべき税額１２２万３４００円との合計額）の全額を加算税の対象となる税額として、後記(2)ウの重加算税の対象となる税額８９９万１６００円（ただし、１万円未満の端数を切り捨てる前のもの）を控除した後の金額６２万円を基礎として、これに国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した６万２０００円と、同条２項の規定により５０万円を超える部分に相当する全額１２万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額６０００円とを合計した金額である。
(2) 本件３年分の重加算税の額
ア 平成１４年分（別表２－１１－１）
２５９万円
上記金額は、前記(1)アの加算税の対象となる税額７４０万２８００円のうち、仮装の事実に基づいて計上された給料の額及び当該給料の額の否認に基づく老年者控除の適用否認額の合計額から社会保険料控除認容額を差し引いた部分にかかる税額７４０万円を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
イ 平成１５年分（別表２－１１－２）
１５８万２０００円
上記金額は、前記(1)イの加算税の対象となる税額４５５万５５００円のうち、仮装の事実に基づいて計上された給料の額に係る税額４５２万円を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。
ウ 平成１６年分（別表２－１１－３）
３１４万６５００円
上記金額は、前記(1)ウの加算税の対象となる税額９６１万９０００円のうち、仮装の事実に基づいて計上された給料の額及びＬ関連支出の額の合計額に係る税額８９９万円を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じて算出した金額である。（別紙３）
原告の平成１７年分の所得税に係る納付すべき税額等
（別表２－１－４）
(1) 総所得金額
３３３１万３００１円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 事業所得の金額
３３２９万０４０１円
上記金額は、原告の平成１７年分の社保収入等の合計額１億５３０６万１３４６円（別表２－２順号４）を、原告の本件３年分における社保収入等の額が総収入金額に占める各割合の平均値７８．０７％（別表２－３「平均値」欄順号６）で除して算出した金額１億９６０５万６５４６円に、原告の本件３年分の事業所得の金額が総収入金額に占める各割合の平均値１６．９８％（別表２－３「平均値」順号８）を乗じて算出した金額である。
イ 雑所得の金額
２万２６００円
上記金額は、原告の平成１６年分の所得税の確定申告により生じた還付金８３９万５６９７円に係る還付加算金の金額であり、平成１７年４月、豊島税務署長が当該還付金と共に原告に対して支払ったものである。
(2) 所得控除の額の合計額
１４７万２４３０円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 社会保険料控除の額
４４万５２００円
上記金額は、原告が平成１７年中にｂ健康保険組合に対して支払った健康保険料の額である。
イ 前記ア以外の所得控除の額
１０２万７２３０円
上記金額は、原告が平成１７年分の所得税の確定申告書（以下「平成１７年分確定申告書」という。）に記載した小規模企業共済等掛金控除の額６０万円、生命保険料控除の額４万７２３０円及び基礎控除の額３８万円の合計額と同額である。
(3) 課税総所得金額
３１８４万円
上記金額は、前記(1)の総所得金額３３３１万３００１円から前記(2)の所得控除の額の合計額１４７万２４３０円を控除した後の金額である。
(4) 納付すべき税額
▲６８万５９３６円
上記金額は、次のアの金額から、イ及びウの各金額を差し引いた後の金額である。
ア 課税総所得金額に対する税額
９２９万０８００円
上記金額は、前記(3)の課税総所得金額３１８４万円に所得税法８９条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の税率を乗じて算出した金額である。
イ 定率減税額
２５万円
上記金額は、負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
ウ 源泉徴収税額
９７２万６７３６円
上記金額は、原告が平成１７年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と同額である。（別紙４）
平成１７年分の過少申告加算税の額（別表２－１１－４）
平成１７年分の過少申告加算税の額
１０３万４５００円
上記金額は、平成１７年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額７１９万０３００円（別表１－５の「確定申告」欄の還付金の額に相当する税額９１７万７９３６円と「異議決定」欄の還付金の額に相当する税額１９８万７５９６円との差額）のうち、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」、すなわち本件青色取消処分によって青色申告特別控除額の必要経費算入が認められないこととなった部分に対応する税額１０万４０００円を控除した後の金額７０８万円を基礎として、これに同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額７０万８０００円と、同条２項の規定に基づき５４万８８００円を超える部分に相当する税額６５３万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３２万６５００円との合計額である。別表１－１
本件青色取消処分の経緯
区分
年月日
内容
本件青色取消処分
平成18年9月22日
－異議申立て
平成18年11月20日
－異議決定
平成19年2月20日
棄却
審査請求
平成19年3月16日
－裁決
平成20年6月18日
棄却
別表１－２
本件各更正処分等の経緯（平成１４年分）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
平成15年3月14日
平成18年9月22日
平成18年11月20日
平成19年2月20日
平成19年3月16日
平成20年6月18日
総所得金額①
4,922,269
31,143,374
4,922,269
29,848,915
4,922,269
事業所得の金額
②
4,922,269
31,143,374
4,922,269
29,848,915
4,922,269
内訳
給与所得の金額
③－－－－－
所得控除の額の合計額
④
1,774,680
1,274,680
1,774,680
1,516,360
1,774,680
社会保険料控除
⑤
241,680
241,680
241,680
483,360
241,680
小規模企業共済
等掛金控除
⑥
600,000
600,000
600,000
600,000
600,000
生命保険料・損害
保険料控除
⑦
53,000
53,000
53,000
53,000
53,000
老年者控除
⑧
500,000
500,000
500,000
内訳
基礎控除⑨
380,000
380,000
380,000
380,000
380,000
課税総所得金額
⑩
3,147,000
29,868,000
3,147,000
28,332,000
3,147,000
課税総所得金額
に対する税額⑪
314,700
8,561,160
314,700
7,992,840
314,700
定率減税額⑫
62,940
250,000
62,940
250,000
62,940
源泉徴収税額⑬
6,553,594
6,553,594
6,553,594
6,553,594
6,553,594
納付すべき税額
⑯
▲6,301,834
1,757,500
▲6,301,834
1,189,200
▲6,301,834
過少申告加算税
⑰－
84,500
51,500
重加算税⑱－
2,562,000
2,408,000
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。
別表１－３
本件各更正処分等の経緯（平成１５年分）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
平成16年3月15日
平成18年9月22日
平成18年11月20日
平成19年2月20日
平成19年3月16日
平成20年6月18日
総所得金額①
4,439,773
21,798,989
4,439,773
21,798,989
4,439,773
事業所得の金額
②
4,439,773
21,798,989
4,439,773
21,798,989
4,439,773
内訳
給与所得の金額
③－－－－－
所得控除の額の合計額
④
1,771,680
1,271,680
1,771,680
1,484,740
1,771,680
社会保険料控除
⑤
241,680
241,680
241,680
454,740
241,680
小規模企業共済
等掛金控除
⑥
600,000
600,000
600,000
600,000
600,000
生命保険料・損害
保険料控除
⑦
50,000
50,000
50,000
50,000
50,000
老年者控除
⑧
500,000
500,000
500,000
内訳
基礎控除⑨
380,000
380,000
380,000
380,000
380,000
課税総所得金額
⑩
2,668,000
20,527,000
2,668,000
20,314,000
2,668,000
課税総所得金額
に対する税額⑪
266,800
5,104,990
266,800
5,026,180
266,800
定率減税額⑫
53,360
250,000
53,360
250,000
53,360
源泉徴収税額⑬
7,692,126
7,692,126
7,692,126
7,692,126
7,692,126
納付すべき税額
⑯
▲7,478,686
▲2,837,136
▲7,478,686
▲2,915,946
▲7,478,686
過少申告加算税
⑰－
107,000
101,000
重加算税⑱－
1,274,000
1,263,500
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。
別表１－４
本件各更正処分等の経緯（平成１６年分）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
平成17年3月15日
平成18年9月22日
平成18年11月20日
平成19年2月20日
平成19年3月16日
平成20年6月18日
総所得金額①
5,062,279
35,559,214
5,062,279
35,559,214
5,062,279
事業所得の金額
②
5,062,279
35,559,214
5,062,279
35,559,214
5,062,279
内訳
給与所得の金額
③－－－－－
所得控除の額の合計額
④
1,721,680
1,221,680
1,721,680
1,425,200
1,721,680
社会保険料控除
⑤
241,680
241,680
241,680
445,200
241,680
小規模企業共済
等掛金控除
⑥
600,000
600,000
600,000
600,000
600,000
生命保険料・損害
保険料控除
⑦－－－－－
老年者控除
⑧
500,000
500,000
500,000
内訳
基礎控除⑨
380,000
380,000
380,000
380,000
380,000
課税総所得金額
⑩
3,340,000
34,337,000
3,340,000
34,134,000
3,340,000
課税総所得金額
に対する税額⑪
338,000
10,214,690
338,000
10,139,580
338,000
定率減税額⑫
67,600
250,000
67,600
250,000
67,600
源泉徴収税額⑬
8,666,097
8,666,097
8,666,097
8,666,097
8,666,097
納付すべき税額
⑯
▲8,395,697
1,298,500
▲8,395,697
1,223,400
▲8,395,697
過少申告加算税
⑰－
155,000
144,500
重加算税⑱－
2,810,500
2,807,000
棄却
（注）「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。
別表１－５
本件各更正処分等の経緯（平成１７年分）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
平成18年3月14日
平成18年9月22日
平成18年11月20日
平成19年2月20日
平成19年3月16日
平成20年6月18日
総所得金額①
6,107,966
30,249,632
6,107,966
29,794,616
6,107,966
事業所得の金額
②
6,107,966
30,249,632
6,107,966
29,794,616
6,107,966
内訳
給与所得の金額
③
－
－
所得控除の額の合計額
④
1,027,230
1,027,230
1,027,230
1,472,430
1,027,230
社会保険料控除
⑤－－－
445,200
－
小規模企業共済
等掛金控除
⑥
600,000
600,000
600,000
600,000
600,000
生命保険料・損害
保険料控除
⑦
47,230
47,230
47,230
47,230
47,230
老年者控除
⑧－－－－－内訳
基礎控除⑨
380,000
380,000
380,000
380,000
380,000
課税総所得金額
⑩
5,080,000
29,222,000
5,080,000
28,322,000
5,080,000
課税総所得金額
に対する税額⑪
686,000
8,322,140
686,000
7,989,140
686,000
定率減税額⑫
137,200
250,000
137,200
250,000
137,200
源泉徴収税額⑬
9,726,736
9,726,736
9,726,736
9,726,736
9,726,736
納付すべき税額
⑯
▲9,177,936
▲1,654,596
▲9,177,936
▲1,987,596
▲9,177,936
過少申告加算税
⑰－
1,084,000
1,034,500
重加算税⑱－－－－－棄却
（注）「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。
別表２－１－１～２－１１－４省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11655.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。