税務訴訟資料第２６２号－１６９（順号１２０１９）
高松地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税の更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（坂出税務署長）
平成２４年８月８日棄却・控訴
判決
原告
甲
被告
国
同代表者法務大臣
滝実
処分行政庁
坂出税務署長
宮村健二郎
被告指定代理人
瀧聞香織
同
藤澤公明
同
吉田直人
同
川原久志
同
横山敏泰
同
増田宏之
同
濱孝幸
同
船井孝行
同
森岡実
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
坂出税務署長が平成２２年１１月１２日付けでした原告の平成１９年分所得税の更正処分のうち総所得金額１３６万２７８９円及び確定納税額マイナス６７万５８２６円を超える部分、原告の平成２０年分所得税の更正処分のうち総所得金額マイナス２４７７万８２４４円を超える部分及び原告の平成２１年分所得税の更正処分のうち総所得金額マイナス１５９５万０８１３円を超える部分並びに原告の平成１９年分所得税の過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、香川県綾歌郡Ｄ町●●及び●●の土地（以下「本件土地」という。）上に、別紙１物件目録記載の主である建物（以下「本件診療所建物」という。）を建築し、診療所を開設して医業を営んでいる原告が、平成１９年分ないし平成２１年分所得税につき、同じく本件土地上に併設され、うち１棟は原告及びその妻の、もう１棟は原告の次男の住居としてそれぞれ使用されている同目録記載の各附属建物（以下「本件住宅」という。）に係る費用を事業所得金額の計算上必要経費に、また、本件土地の造成工事のうち土工事（以下「本件土工事」という。）及び解体工事（以下「本件解体工事」といい、本件土工事と併せて「本件工事」という。）の費用を本件診療所建物及び本件住宅の取得価額に、それぞれ算入して確定申告をしたのに対し、坂出税務署長から本件住宅に係る費用を必要経費に算入することはできず、本件工事の費用も本件診療所建物及び本件住宅の取得価額に算入することはできないとして、平成１９年分ないし平成２１年分所得税についての各更正処分（以下、平成１９年分所得税についての更正処分を「平成１９年分更正処分」と、平成２０年分所得税についての更正処分を「平成２０年分更正処分」と、平成２１年分所得税についての更正処分を「平成２１年分更正処分」といい、これらを併せて「本件各更正処分」という。）及び平成１９年分所得税についての過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたため、本件各更正処分については、所得額の計算を誤った違法又は信義則違反があるとして、本件賦課決定処分については、申告が過少となったことにつき正当な理由があるとして、本件各更正処分等の取消しを求めた事案である。
１ 前提事実（当事者間に争いがないか、後掲証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告は、平成１９年１０月頃、本件土地上に、本件診療所建物及び本件住宅を建築し、同所において診療所を開設して医業を営んでいるところ、本件住宅のうち１棟には原告及びその妻が、もう１棟には原告の次男がそれぞれ居住している（乙１７、弁論の全趣旨）。
(2) 原告は、坂出税務署長に対し、平成１９年分所得税については平成２０年３月１７日に、平成２０年分所得税については平成２１年３月１６日に、平成２１年分所得税については平成２２年３月１５日に、別紙２－１ないし６のとおり、それぞれ確定申告書及び所得税青色申告決算書を法定申告期限内に提出し、確定申告をした（乙１ないし６）。
(3) 坂出税務署長は、平成２０年４月１４日付けで、原告の平成１９年分所得税について、一時所得金額の計算過程に誤りがあること等を理由として、別紙３「課税処分の経過等」の「減額更正処分」欄記載のとおり、所得税額等を減額する更正処分をした（以下「本件減額更正処分」という。甲１１）。
(4) 坂出税務署長は、平成２２年１１月１２日付けで、平成１９年分ないし平成２１年分所得税について、別紙３「課税処分の経過等」の「更正処分」欄記載のとおり、本件各更正処分等を行った（甲１ないし３）。
(5) 原告は、平成２２年１２月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等の全部取消しを求めて審査請求（以下「本件審査請求」という。）を行ったが（甲４）、３か月を経過しても裁決がなされなかったため、平成２３年４月１９日、本件訴訟を提起した（弁論の全趣旨）。
その後、国税不服審判所長は、平成２３年１２月１５日付けで本件審査請求をいずれも棄却するとの裁決を行った（乙２４）。
２ 被告が主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性
被告が主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性は、別紙４「本件各更正処分等の根拠及び適法性」記載のとおりである。
３ 争点
(1) 本件住宅に係る費用を事業所得金額の計算上必要経費に算入できるか。
(2) 本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅等の取得価額に算入できるか。
(3) 本件各更正処分通知書に附記された理由に不備があるか。
(4) 本件各更正処分が信義則に反するか。
(5) 平成１９年分所得税についての過少申告に正当な理由があるか。
４ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点(1)（本件住宅に係る費用を事業所得金額の計算上必要経費に算入できるか）について（被告の主張）
ア 平成２２年７月２９日に行われた税務調査（以下「本件調査」という。）における原告の供述内容からすると、本件住宅のうち１棟には原告及びその妻が、もう１棟には原告の次男がそれぞれ居住し、同人らが起臥寝食の場として利用しており、寝室又は居間において会計帳簿の作成が行われていたとしても、当該部屋は一時的又は臨時的に事業用に使用する部分に過ぎず、主として事業主である原告の家庭生活に使用されていると認められる。また、原告が開設している診療所の診療時間は、木曜午後、日曜及び祝日を除く午前８時３０分から午後１２時までと、午後２時から午後６時５０分までで、入院設備はなく、救急車等の受入れもしていないのであって、本件住宅が２４時間体制で患者に対応するための医師の宿直室及び待機場所として使用しているとはいえない。
したがって、本件住宅は、非事業用資産に該当し、本件住宅に係る費用は所得税法４５条１項１号に規定する「家事上の経費」に該当する。
イ 仮に、本件住宅の一部が事業の用に供されていたとしても、前記アのとおり、本件住宅は主として原告の家庭生活に使用されていると認められ、また、事業の用に供されている部分を家庭生活に使用されている部分と区分することはできないから、所得税法施行令９６条１号に規定する「家事上の経費に関連する経費の主たる部分が事業所得を生ずべき業務の遂行上必要であり、かつ、その必要である部分を明らかに区分することができる場合」に該当しない。
ウ なお、原告の国家公務員宿舎法に基づく無料宿舎との比較についての主張は、個人事業主として本件住宅を自己資産として所有する原告と職務に対する給与の一部として宿舎を無料貸与される国家公務員とは立場が異なり、比較に値しないから、失当である。
（原告の主張）
ア 本件住宅は、以下のとおり事業用資産であり、これに係る費用は必要経費に含めるべきである。
イ 本件住宅は、２４時間体制で患者に対応するための医師の宿直室であり、待機場所である。原告の診療所では、時間外診療のために必要な設備、医薬品を備えており、時間外診療にも対応している。
ウ 本件住宅は、独立した建物ではなく、本件診療所建物と廊下でつながっており、本件診療所建物と一体の構造になっている。
エ 本件住宅に居住しているのは、原告、その妻及び次男であるが、それぞれ医師免許を持っており、本件診療所建物及び本件住宅において、診療業務に従事している。
オ 民間診療所に併設された医師住宅を非事業用資産として、これに係る費用を必要経費に含めないことは、国家公務員宿舎法に基づき国立病院等の医師に対し無料で宿舎が貸与されていることと比較して不公平であり、憲法１４条に反する。
(2) 争点(2)（本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅等の取得価額に算入できるか）について
（被告の主張）
本件土工事は、「盛土２３０４．７７立方メートル花崗土２３０４．７７立方メートル重機運搬一式」を内容とするものであり、また、本件解体工事は、「既存硅畔コンクリート取壊し１２．５８立方メートル、既存床版、坂路取壊し３．７８立方メートル、コンクリートガラ処分１６．３６立方メートル」を内容とするものであり、本件工事の費用は土地の埋立て、土盛り、地ならしのために要した費用であるから、譲渡所得の計算上、土地の取得費に算入される。
そして、本件工事の費用が譲渡所得金額の計算上、土地の取得費に算入されることとの均衡からすると、事業所得金額の計算上も土地の取得価額に算入される。
（原告の主張）
ア 本件工事は、地震、水害等の災害に備えた、本件診療所建物及び本件住宅の基礎工事である。原告が開業している医院の敷地は、０．５メートルの冠水リスクがあり、災害時に機能不全に陥らないために、盛土が必要であった。
イ 本件工事の費用は、土地に含まれている瑕疵を補修するものであり、これによって土地価格は上昇しない。
ウ 本件土工事は、単なる埋立てやかさ上げではなく、構築物の一部として積んだものであるから、原告のとった会計処理は妥当なものである。
エ 所得税法３８条、所得税基本通達３８－１０は、憲法１３条に反する。
(3) 争点(3)（本件各更正処分通知書に附記された理由に不備があるか）について（被告の主張）
本件各更正処分は、各費用の存在、費消時期及び支払金額についての帳簿記載を覆すことなくそのまま肯定した上で、原告の必要経費又は減価償却費の計算上、各経費の属性に関する法的評価を修正したものに過ぎないから、帳簿書類の記載自体を否認するものではない。
平成１９年分所得税の更正通知書には更正処分の対象となった事実及びそれに対する法的評価を明確に判別ができる程度に更正の理由がそれぞれ記載されており、当該更正通知書記載の理由が理由附記制度の趣旨目的を充足するものといえることから、本件各更正処分の更正通知書に附記された更正の理由に不備はない。
（原告の主張）
本件各更正処分に係る各更正通知書には、本件住宅に係る費用を必要経費に含めないこと及び本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅の取得価額に含めないことにつき、原告が申告の誤りを具体的に理解できる程度の事実関係から法令の適用に至るまでの理論的な記載がない。
(4) 争点(4)（本件各更正処分が信義則に反するか）について
（原告の主張）
平成１１年１１月１９日に行われた高松国税局との交渉では、民間診療所に併設された医師住宅を事業用資産として認めるとの回答があった。
（被告の主張）
ア 税務署職員は、原告が主張するような回答を行っていない。また、原告が主張する前記交渉における高松国税局の回答は、具体的発言としては、「個々の例で税務署と相談してください。余りデラックスな建物はいけませんが。」というものと解されるところ、この発言は、高松国税局が民間診療所に併設された医師住宅を事業用資産として認めたものと解釈することはできない。
イ 仮に、原告の主張するような何らかの回答が行われていたとしても、高松国税局の一職員が、原告が主張する交渉の場での質問に対して回答したもので、その内容もあいまいであることから、税務官庁が信頼の対象となる公的見解を表示したとはいえない。また、原告がその表示を信頼して行動したことも、その表示に反する課税処分が行われ、原告が経済的不利益を受けたこともない。
したがって、本件各更正処分は信義則に反しない。
(5) 争点(5)（平成１９年分所得税についての過少申告に正当な理由があるか）について（原告の主張）
原告は、平成２０年３月１２日頃に坂出税務署１階で行われていた所得税申告の受付会場での応答に従って年金一時払いの申告をしたにもかかわらず、過少申告加算税を課されるのは妥当ではなく、憲法３９条に反する。
本件減額更正処分が平成２０年４月１４日に行われ、一時所得金額が５８８万６３５２円と算定されており、これは前記応答に従った金額である。
（被告の主張）
ア 原告が主張するような納税相談があったという事実は確認できない。
イ 仮に、原告が主張するような納税相談があったとしても、相談を受けた職員は、具体的な調査に基づかず、原告の一方的な申立てに基づきその申立ての範囲内で、納税申告をする際の参考とするために税務署の一応の判断を示したにすぎず、このことは、原告も当然認識し又は容易に認識し得たのであり、いかなる納税申告をすべきかは、原告の判断と責任に任されている。
したがって、平成１９年分所得税の過少申告について、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は存在しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（本件住宅に係る費用を事業所得金額の計算上必要経費に算入できるか）について
(1) 関係法令の規定
ア 所得税法３７条１項は、その年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、事業所得の総収入金額に係る売上原価その他当該総収入金額を得るために直接に要した費用の額及びその年における販売費、一般管理費その他事業所得を生ずべき業務について生じた費用の額とする旨規定している。
イ 所得税法４５条１項１号は、居住者が支出し又は納付する額のうち、家事上の経費及びこれに関連する経費で政令で定めるものの額は、その者の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入しない旨規定している。
ウ 所得税法施行令９６条は、所得税法４５条１項１号に規定する政令で定める経費について、家事上の経費に関連する経費の主たる部分が事業所得を生ずべき業務の遂行上必要であり、かつ、その必要である部分を明らかに区分することができる場合における当該部分に相当する経費のほか青色申告書を提出することにつき税務署長の承認を受けている居住者に係る家事上の経費に関連する経費のうち、取引の記録等に基づいて、事業所得を生ずべき業務の遂行上直接必要であったことが明らかにされる部分の金額に相当する経費以外の経費とする旨規定している。
(2) 当事者間に争いのない事実並びに後掲証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実
ア 本件調査において、原告は、次のとおり供述した（乙１２）。
(ア) 本件住宅及び本件診療所建物に係る各公共料金について事業用と家事用に分けることはできない。
(イ) 原告の診療所では、救急車等の受入れをしておらず、救急対応は行っていない。
(ウ) 本件住宅を住居部分と事業用部分に分けることはできない。
(エ) 本件住宅のうち原告が居住している棟については、寝室でパソコンを用いて会計帳簿を作成したり、居間で書類等の整理を行うことはあるが、診療や従業員の休憩等に使用することはない。
(オ) 本件住宅は、原告夫婦及びその次男の居宅として使用している。
イ 原告が開設している診療所の診療時間は、午前８時３０分から午後１２時までと、午後２時から午後６時５０分までで、木曜午後、日曜及び祝日は休診とされており、入院設備はない上原告の診療所では、救急車等の受入れをしておらず、救急対応は行っていない（乙１２、２５）。
ウ 本件住宅は、本件診療所建物と廊下でつながっている。
(3)アある支出が所得税法３７条１項に規定する必要経費として控除されるためには、それが事業活動と直接の関連を持ち、事業の遂行上必要な費用でなければならず、必要性の認定は、関係者の主観的判断を基準としてではなく、客観的基準に即してなされなければならない。
まず、原告は、本件住宅が医師の宿直室であり、緊急対応のための待機場所であると主張しているところ、前記(2)イの事実に照らせば、原告が緊急時のために特別な診療体制を整備しているとは認められず、当該主張はその前提を欠く。
そして、前提事実（前記第２の１）(1)のとおり、本件住宅には原告らがその住居として居住しており、本件住宅を住居部分と事業用部分に区分することはできないことからすると、本件住宅は主として原告、その妻及び次男の生活の本拠として使用されていると言わざるを得ず、本件住宅と本件診療所建物をつなぐ廊下が存することや仮に原告の供述どおり本件住宅の寝室又は居間で事業に係る会計帳簿の作成や書類の整理が行われることがあることを考慮しても、本件住宅に係る費用が、全体として原告の診療所の経営という事業活動と直接の関連があり、事業の遂行上必要な費用であるとは客観的に認めることはできない。したがって、本件住宅に係る経費は、家事上の経費ないしこれに関連する経費で所得税法施行令９６条に定められた経費に該当するといわざるを得ず、事業所得金額の計算上必要経費に算入することはできない。
イ 原告は、民間診療所に併設された医師の住宅に係る費用を必要経費に含めないことは、国家公務員宿舎法に基づき国立病院等の医師に対して無料で宿舎が貸与されていることと比較して不公平であり憲法１４条に違反するなどとして縷々主張するが、必要経費に含めるか否かの問題と宿舎の無償貸与の問題は次元を異にするものであり、原告の上記主張は主張自体失当である。
２ 争点(2)（本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅等の取得価額に算入できるか）について
(1) 関係法令等の規定
ア 所得税法施行令１２６条２号は、別段の定めがあるものを除き、自己の建設に係る減価償却資産の取得価額について、当該資産の建設のために要した原材料費、労務費及び経費の額と当該資産を業務の用に供するために直接要した費用の額の合計額とする旨規定している。
イ 所得税法３８条１項は、譲渡所得の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨規定している。
ウ 所得税基本通達３８－１０は、埋立て、土盛り、地ならし、切土、防壁工事その他土地の造成又は改良のために要した費用の額はその土地の取得費に算入するのであるが、土地についてした防壁、石垣積み等であっても、その規模、構造等からみて土地と区分して構築物とすることが適当と認められるものの費用の額は、土地の取得費に算入しないで、構築物の取得費とすることができる旨規定している（乙１４）。
(2)ア本件土工事は、盛土により本件土地をかさ上げすることを内容とするものであり、本件土地の形質の変更をもたらすものであって、また、本件解体工事は硅畔コンクリート、既存床版、坂路の取壊し及びコンクリートガラの処分を内容とするものであり、本件土工事を行うために必要な工事といえる（乙１３）から、本件工事は、土地の造成又は改良のための工事であるというべきである。
また、本件工事によって盛られた土は、本件土地と区分して構築物とすることが適当と認めることは到底できない。
したがって、本件工事に係る費用は土地の取得価額に算入され、自己の建設に係る減価償却資産の取得価額とは認められない。
イ これに対し、原告は、縷々主張し、本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅等の取得価額に算入すべきであるとするが、いずれも採用することはできない。
３ 争点(3)（本件各更正処分通知書に附記された理由に不備があるか）について
(1) 関係法令
所得税法１５５条２項は、税務署長は、居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額又は純損失の金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法２８条２項に規定する更正通知書にその更正の理由を附記しなければならない旨規定している。
(2) 納税者が行った青色申告に対し、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、当該更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁判所昭和６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁）。
(3) 本件各更正処分は、いずれも帳簿書類の記載自体を否認することなく、それを前提に、必要経費や減価償却費の計算について、原告とは異なる法的評価又は法的判断を加えて更正を行ったものである。
そして、平成１９年分更正処分に係る通知書には、「あなたは、診療所建物、電気設備及び給排水設備の取得価額に診療所建物と同じ地番に建設された居宅（以下『居宅』といいます。）に係る費用も含めたところで計算していますが、居宅に係る費用は所得税法第４５条《家事関連費等の必要経費不算入等》第１項第１号に規定する家事上の経費に該当しますので、これらの費用を除いたところで診療所建物、電気設備及び給排水設備の取得価額を算定（計算明細は、別添２『診療所建物・電気設備・給排水設備の取得価額計算表』のとおりです。）しました。」、「造成工事に要した費用のうち、別添３『造成費等に係る計算明細表』のとおり、土地擁壁、道路、駐車場及び排水工事の取得価額を算定しましたが、土工事の金額５，４３２，１８４円及び解体工事の金額１７２，４０７円は、所得税法第３８条《譲渡所得の金額の計算上控除する取得費》第１項に規定する『資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額』に該当するので、土地の取得費に算入され減価償却資産の取得価額には該当しません。」との記載があり、平成２０年分更正処分及び平成２１年分更正処分に係る各通知書にもこれと同旨の記載がある（甲１ないし３）。
これによれば、坂出税務署長が本件住宅に係る費用を必要経費に算入せず、本件工事の費用を本件診療所建物及び本件住宅の取得費に算入しなかった法律上の根拠が具体的に示されているものということができ、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足するものといえるから、所得税法１５５条２項の要求する更正理由の附記として欠けるところはないものというべきである。
(4) したがって、原告の主張は採用できない。
４ 争点(4)（本件各更正処分が信義則に反するか）について
(1) 租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、上記課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、法律による行政の原理なかんずく租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、上記法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて上記法理の適用の是非を考えるべきものである。そして、上記特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、のちに上記表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の上記表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという点の考慮は不可欠のものであるといわなければならない（最高裁判所昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決・集民１５２号９３頁）。
(2) 原告は、平成１１年１１月１９日に行われた高松国税局との交渉において、民間診療所に併設された医師住宅を事業用資産として認めるとの回答があったと主張する。
しかし、原告が上記主張の根拠とするものは、前記交渉における高松国税局の「個々の例で税務署と相談してください。余りデラックスな建物はいけませんが。」という発言（乙１２）であると解されるが、この発言をもって、高松国税局が民間診療所に併設された医師住宅を事業用資産として認めたものと解釈することはできず、高松国税局が民間診療所に併設された医師住宅を事業用資産と認めるとの公的見解を表示したとはいえないから、本件各更正処分が信義則に反するとはいえない。
したがって、原告の上記主張も採用できない。
５ 争点(5)（平成１９年分所得税についての過少申告に正当な理由があるか）について
(1) 関係法令等
ア 国税通則法６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正があったときは、当該納税者に対し、その更正に基づき同法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定し、同法６５条２項は、同条１項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定している。
イ 同法６５条４項は、同条１項又は２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する旨規定している。
(2) 国税通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁判所平成１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁）。
(3) 原告は、平成２０年３月１２日頃に坂出税務署１階で行われていた所得税申告の受付会場における税務署職員による応答に従って年金一時払いの申告をしたと主張する。しかし、これを認めるに足りる証拠はなく、原告が平成１９年分所得税について一時所得の金額を過少申告したことについて、真に原告の責めに帰することのできない客観的事情があるとはいえず、過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるともいえない。
したがって、平成１９年分所得税についての過少申告に正当な理由があるとはいえず、また、本件賦課決定処分が憲法３９条に違反するものでないことは明らかであるから、原告の上記主張も採用できない。
６ 本件各更正処分等の適法性について
(1) 本件各更正処分について
ア 原告は、平成１９年分所得税ないし平成２１年分所得税について、別紙２－１ないし３のとおり申告をし、うち事業所得に関しては、別紙２－４ないし６のとおり申告した。
イ 前記１ないし４を前提に、証拠（乙１ないし７、１０、１１、１３、１５ないし２３）に照らして検討すると、計算誤りや計上漏れも含め、別紙４「本件各更正処分等の根拠及び適法性」における被告主張のとおり、原告の上記各申告は修正されるべきであると認められる。
ウ そうすると、原告の平成１９年分の分離課税分を除く総所得額は８６３万５９０２円、所得控除の額の合計額は２９３万７７１０円となり、課税所得金額は５６９万８０００円となるから、これに対する税額は７１万２１００円となる。また、分離課税分の所得額は４６４万３４３１円であるから、これに対する税額は３２万５０１０円となる。そして、原告の平成１９年分の源泉徴収額は８９万０５８６円であるから、原告の平成１９年分所得税として納付すべき税額は、１４万６５００円となり、差引納付すべき税額は８２万２３００円となる。
平成２０年分の総所得額はマイナス３９０万１８３６円、平成２１年分の総所得額はマイナス７２３万４４２４円となる。
エ したがって、これらと一致する本件各更正処分はいずれも適法というべきである。
(2) 本件賦課決定処分について
前記５で認定判断したとおり、原告の平成１９年分所得税についての過少申告に正当な理由があるとは認められないところ、原告に対する過少申告加算税の税額は、別紙４「本件各更正処分等の根拠及び適法性」における被告の主張のとおり、８万１５００円となる。
したがって、これと同額である本件賦課決定処分は適法というべきである。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。高松地方裁判所民事部
裁判長裁判官横溝邦彦
裁判官髙原大輔
裁判官人見和幸
別紙１～２－６及び付表１－１～５省略
別紙３課税処分の経過等
（単位：円）
区分
確定申告
減額更正処分
更正処分
審査請求
裁決
年月
日平成20年3月17日平成20年4月14日平成22年11月12日平成22年12月24日総所得金額
△222,793
1,362,789
8,635,902
株式等の譲
渡所得金額
4,643,431
4,643,431
4,643,431
確定納税額
△565,516
△675,826
146,500
翌年に繰り越す
純損失の金額
－－－平成
年分
過少申告加算税
－－
81,500
全部の取消し
審査中
年月
日平成21年3月16日
平成22年11月12日平成22年12月24日
総所得金額△24,778,244
△3,901,836
株式等の譲
渡所得金額
確定納税額
△711,348
△729,008
翌年に繰り越す
純損失の金額
24,778,244
3,901,836
平成
年分
過少申告加算税
－
－
全部の取消し
審査中
年月
日平成22年3月15日
平成22年11月12日平成22年12月24日
総所得金額△15,950,813
△7,234,424
株式等の譲
渡所得金額
－
確定納税額
△701,961
△701,961
翌年に繰り越す
純損失の金額
40,729,057
11,136,260
平成
年分
過少申告加算税
－
－
全部の取消し
審査中
（注）総所得金額中の△は、負数を示し、確定納税額中の△は、還付金の額に相当する税額を示す。別紙４
本件各更正処分等の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する各年分の所得税に係る総所得金額、申告納税額等は、次のとおりである。
(1) 平成１９年分の所得税
ア 総所得金額
８６３万５９０２円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の金額の合計額（経常所得の金額。損失額）を(エ)の金額から控除し、２分の１の割合を乗じた金額である（所得税法施行令１９８条１及び２号参照）。
なお、以下の記述中△の金額は、負数（損失金額）を表す。
(ア) 事業所得の金額
△５８７万８９１５円
上記金額は、次のａの金額からｂ及びｃの合計額を減算した金額である。
ａ 確定申告額
△４３２万８９８０円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した事業所得の金額と同額である（乙１号証１枚目①欄）。
ｂ 減価償却費の必要経費算入額
１５４万３９３５円
上記金額は、原告が平成１９年１１月から使用を開始した診療所建物、診療所建物に係る電気設備及び給排水設備（以下「本件診療所建物等」という。）に係る減価償却費であり、事業所得の計算上、必要経費の額に算入されるべき金額である。
その内訳は、付表１－１のとおりである。
ｃ 計算誤りによる必要経費算入額
６０００円
上記金額は、原告が青色申告決算書において、売上金額から売上原価の額（乙４号証１枚目⑥欄）及び経費の合計額（乙４号証１枚目き欄）を差し引いた金額（乙４号証１枚目ぎ欄）につき、計算誤りがあり同金額が過少となっていたものであり、必要経費の額に算入すべき金額である。
(イ) 給与所得の金額
９２万１７７５円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した給与所得の金額と同額である（乙１号証１枚目⑥欄）。
(ウ) 雑所得の金額
２４万６４３２円
上記金額は、次のａ及びｂの金額を合計した金額である。
ａ 確定申告額
２４万１２３６円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した雑所得の金額と同額である（乙１号証１枚目⑦欄）。
ｂ 公的年金等に係る所得の計上漏れ額
５１９６円
上記金額は、原告の平成１９年分の公的年金等の収入金額１２０万５１９６円（乙１号証１枚目「キ」欄）から所得税法３５条４項（その読替え規定である租税特別措置法４１条の１５の３第１項）の規定による公的年金控除額１２０万円を控除した金額である。
(エ) 一時所得の金額
２１９８万２５１２円
上記金額は、Ａ保険株式会社（以下「Ａ保険」という。）が平成１９年中に原告に対し支払った一時金の合計額３９５１万３１５２円から、その収入を得るために支出した金額である累計払込掛金１７０３万０６４０円及び所得税法３４条に規定する特別控除額５０万円を控除した金額である（乙７及び８号証。付表２参照）。
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額（分離課税に係るもの）
４６４万３４３１円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙１号証３枚目ど欄参照）。
ウ 所得控除の額の合計額
２９３万７７１０円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額である。
(ア) 確定申告額
３０３万７７１０円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙１号証１枚目う欄参照）。
(イ) 医療費控除額の計算誤り
１０万円
上記金額は、所得税法７３条の規定において、支払医療費の金額から１０万円を控除するところ、当該１０万円を控除しなかったものであり、所得控除の金額から控除すべきものである。
エ 課税総所得金額
５６９万８０００円
上記金額は、上記アの総所得金額８６３万５９０２円から上記ウの所得控除の額の合計額２９３万７７１０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１０００円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
オ 課税される株式等に係る譲渡所得等の金額（分離課税に係るもの）
４６４万３０００円
上記金額は、上記イの株式等に係る譲渡等所得等の金額４６４万３４３１円である（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てた後のもの。）。
カ 申告納税額（確定納税額）
１４万６５００円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計金額から(ウ)の金額を控除した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額
７１万２１００円
上記金額は、上記エの課税総所得金額に所得税法８９条１項所定の税率を乗じて算出した金額である。
(イ) 課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額（分離課税に係るもの）３２万５０１０円
上記金額は、上記オの課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に措置法３７条の１１第１項（ただし、平成２０年４月法律第２３号により削除される前のもの。）の税率を乗じて算出した金額である。
(ウ) 源泉徴収税額
８９万０５８６円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙１号証１枚目げ欄参照）。
キ 差引納付すべき税額
８２万２３００円
上記金額は、上記カの金額から、更正前の還付金の額に相当する税額△６７万５８２６円（甲１１号証２枚目が欄・（Ⓑ更正後の額））を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(2) 平成２０年分の所得税
ア 総所得金額
△３９０万１８３６円
上記金額は、次の(ア)の損失金額のうち、(イ)及び(ウ)の金額の合計額（経常所得の金額）並びに(エ)の金額を控除しても、なお控除することができなかった金額である（所得税法施行令１９８条１及び２号）。
(ア) 事業所得の金額
△１４７８万００２０円
上記金額は、次のａの事業所得の金額にｂないしｄの合計額を加算した金額である。
ａ 確定申告額
△２８０９万０４８２円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した事業所得の金額と同額である（乙２号証１枚目①欄）。
ｂ 消費税等相当額の加算額
１０３１万８２０２円
上記金額は、原告が平成１９年１１月に使用を開始した本件診療所建物等の取得に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）相当額である（付表３参照）。原告は、消費税等の免税事業者であることから、事業用資産の取得価額の計算につき、消費税等については税込経理方式によりその全額を当該取得価額に算入しなければならないから、事業所得の計算上、当該金額を必要経費の額に算入することはできない（「平成元年３月２９日直所３－８ほか１（乙９号証）」の５参照）。
ｃ 固定資産税相当額の加算額
７７万４７８０円
上記金額は、原告が平成１９年１０月頃まで使用していた診療所建物等（以下「本件旧診療所等」という。）及び平成１９年１１月から開院した診療所等の土地・家屋に係る事業の用に供していない部分に係る固定資産税相当額である。
本件旧診療所等は、平成１９年１１月以降は、原告の事業の用に供しておらず、また、新たに開院したＤ町の診療所等の本件住宅対応部分は事業用資産とは認められず、事業所得の計算上、当該各金額を必要経費の額に算入することはできない（付表４－１参照）。
ｄ 減価償却費の加算額
２２１万７４８０円
上記金額は、原告が平成２０年分青色申告決算書において減価償却費として計上した金額（乙５号証１枚目⑱欄）のうち、本件診療所建物等の取得価額の金額にそれぞれ上記ｂの金額を加え、本件住宅に係る部分及び土地の取得価額とすべき部分を除いて再計算した減価償却費の額との差額である。
その内訳は、付表１－２のとおりである。
(イ) 給与所得の金額
８５万９２７０円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙２号証１枚目⑥欄）。
(ウ) 雑所得の金額
２４万６４３２円
上記金額は、次のａ及びｂの金額を合計した金額である。
ａ 確定申告額
２４万１２３６円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した事業所得の金額と同額である（乙２号証１枚目⑦欄）。
ｂ 公的年金等に係る所得の計上漏れ額
５１９６円
上記金額は、原告の平成２０年分の公的年金等の収入金額１２０万５１９６円（乙２号証１枚目「キ」欄）から所得税法３５条４項（その読替え規定である租税特別措置法４１条の１５の３第１項）の規定による公的年金控除額１２０万円を控除した金額である。
(エ) 一時所得の金額
９７７万２４８２円
上記金額は、Ａ保険が平成２０年中に原告に対し支払った一時金１７８７万５５３２円から、その収入を得るために支出した金額である累計払込掛金７６２万円を控除した金額及び原告の平成２０年度の固定資産税の前納報奨金のうち事業用の固定資産以外の固定資産に対する前納報奨金の金額１万６９５０円の合計金額から、所得税法３４条に規定する特別控除額５０万円を控除した金額である（乙７及び８号証。付表２及び４－１参照）。
イ 翌年に繰り越す純損失の金額
３９０万１８３６円
上記金額は、上記アの金額と同額であり、所得税法７０条１項の規定により、翌年以後３年分の確定申告書において総所得金額等から控除することができる金額である。
ウ 申告納税額（確定納税額）
△７２万９００８円
上記金額は、次の(ア)の金額から、(イ)及び(ウ)の合計金額を控除した後の金額である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額
０円
上記アのとおり、総所得金額が△３９０万１８３６円であることから、課税総所得金額に対する税額は、０円である。
(イ) 源泉徴収税額
７１万１３４８円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙２号証１枚目げ欄参照）。
(ウ) 源泉徴収税額の加算漏れ額
１万７６６０円
上記金額は、有限会社Ｂ及び株式会社Ｃからの給与収入に係る源泉所得税各８３９０円及び９２７０円の合計額であり、確定申告時に源泉徴収税額の欄に加算漏れをしていた金額である（乙１０及び１１号証）。
(3) 平成２１年分の所得税
ア 総所得金額
△７２３万４４２４円
上記金額は、次の(ア)の損失の金額のうち、(イ)（経常所得の金額）及び(ウ)の金額を控除しても、なお控除することができなかった金額である（所得税法施行令１９８条１及び２号参照）。
(ア) 事業所得の金額
△１３６０万７６６４円
上記金額は、次のａの事業所得の金額にｂ及びｃの合計額を加算した金額である。
ａ 確定申告額
△１６７７万９８９９円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した事業所得の金額と同額である（乙３号証１枚目①欄）。
ｂ 固定資産税相当額の加算額
７３万７０００円
上記金額は、本件旧診療所等及び平成１９年１１月から開院した診療所等の土地・家屋に係る事業の用に供していない部分に係る固定資産税相当額である。
本件旧診療所等は、平成１９年１１月以降は、原告の事業の用に供しておらず、また、新たに開院したＤ町の診療所等の本件住宅対応部分は事業用資産とは認められず、事業所得の計算上、当該金額を必要経費の額に算入することはできない（付表４－２参照）。
ｃ 減価償却費の加算額
２４３万５２３５円
上記金額は、原告が平成２１年分青色申告決算書において減価償却費として計上した金額（乙６号証１枚目⑱欄）のうち、本件診療所建物等の取得価額の金額からそれぞれ本件住宅に係る部分及び土地の取得価額とすべき部分を除いて、再計算した減価償却費の額との差額である。
その内訳は、付表１－３のとおりである。
(イ) 雑所得の金額
２４万６４３２円
上記金額は、原告が確定申告書に記載した金額と同額である（乙３号証１枚目⑦欄）。
(ウ) 一時所得の金額
６１２万６８０８円
上記金額は、Ａ保険が平成２１年中に原告に対し支払った一時金１１６１万５３０８円から、その収入を得るために支出した金額である累計払込掛金５００万円を控除した金額及び原告の平成２１年度の固定資産税の前納報奨金のうち事業用の固定資産以外の固定資産に対する前納報奨金の金額１万１５００円の合計金額から、所得税法３４条に規定する特別控除額５０万円を控除した金額である（乙７及び８号証。付表２及び４－２参照）。
イ 翌年に繰り越す純損失の金額
１１１３万６２６０円
上記金額は、前年から繰り越された金額（上記(2)イの金額）と当年において生じた損失金額（上記アの金額）の合計額であり、所得税法７０条１項の規定により、翌年以後３年分（平成２０年分に係るものは２年分）の確定申告書において総所得金額等から控除することができる金額である。
ウ 申告納税額（確定納税額）
△７０万１９６１円
上記金額は、原告が確定申告した金額と同額である（乙３号証１枚目さ欄参照。ただし、当該部分は記載漏れとなっている。）。
２ 本件各更正処分の適法性
(1) 平成１９年分の所得税
上記１(1)で述べたとおり、被告が適正に計算した原告の平成１９年分の所得税の総所得金額、株式等に係る譲渡所得等の金額及び申告納税額（確定納税額）は、それぞれ８６３万５９０２円、４６４万３４３１円及び１４万６５００円であるところ、この各金額は、平成１９年分更正処分の各金額といずれも同額であり、平成１９年分更正処分は、適正な計算に基づいてなされており適法である。
(2) 平成２０年分の所得税
上記１(2)で述べたとおり、被告が適正に計算した原告の平成２０年分の所得税の翌期へ繰り越す純損失の金額及び申告納税額（確定納税額）は、それぞれ３９０万１８３６円及び△７２万９００８円であるところ、この各金額は、平成２０年分更正処分の各金額といずれも同額であり、平成２０年分更正処分は、適正な計算に基づいてなされており適法である。
(3) 平成２１年分の所得税
上記１(3)で述べたとおり、被告が適正に計算した原告の平成２１年分の所得税の翌期へ繰り越す純損失の金額及び申告納税額（確定納税額）は、それぞれ１１１３万６２６０円及び△７０万１９６１円であり、この各金額は、平成２１年分更正処分の各金額といずれも同額であり、平成２１年分更正処分は、適正な計算に基づいてなされており適法である。
第２ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件賦課決定処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する平成１９年分更正処分に係る過少申告加算税額及びその計算根拠は、次のとおりである（甲１号証１０枚目・１１枚目及び付表５参照）。
(1) 通則法６５条１項により計算した金額
７万１０００円
上記金額は、平成１９年分更正処分により新たに納付すべきこととなった税額８２万２３００円のうちに、原告がした確定申告額を超えない部分に相当する金額１１万０３００円を控除した金額７１万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満を切り捨てた後のもの。）に、通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である（付表５⑪欄の金額）。
(2) 通則法６５条２項により加算する金額
１万０５００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、次のアの累積増差税額７１万２０００円（同③欄の金額）のうち、イの期限内申告税額３２万５０７０円（同⑥欄の金額）と５０万円のいずれか多い金額である５０万円を超える部分に相当する税額２１万円（同⑫欄の金額）（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額（同⑭欄の金額）である。
ア 累積増差税額
７１万２０００円
上記金額は、平成１９年分更正処分により加算税の対象となる金額７１万２０００円（同③欄の金額）である。
イ 期限内申告税額
３２万５０７０円
上記金額は、通則法６５条３項２号イの規定に基づき、同年分の所得税に係る源泉徴収税額８９万０５８６円から、同申告に係る還付金の額に相当する金額５６万５５１６円を控除した金額（同⑥欄の金額）である。
(3) 本件における過少申告加算税の額
８万１５００円
上記金額は、上記(1)の通則法６５条１項により計算した金額７万１０００円に、上記(2)の通則法６５条２項により加算する金額１万０５００円を加算した金額である（同⑮欄の金額）。
２ 本件賦課決定処分の適法性
(1) 過少申告加算税は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告又は更正がされ、当初の申告税額が法により納付すべき税額より結果的に過少になったときに、課されるものである（通則法６５条１項、２項）。
しかし、通則法６５条４項は、「第１項又は第２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となつた事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。」と規定している。
(2) 上記第５の２(1)のとおり、平成１９年分更正処分は適法であって、当該更正処分により新たに納付すべき税額（減額更正処分により減額された部分を除く。）の計算の基礎となった事実のうちに、原告が確定申告した税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項における正当な理由があると認められる事実はない。
よって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、上記１(3)のとおり８万１５００円であるところ、当該金額は、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲１号証１枚目過少申告加算税欄の金額）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12019.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。