税務訴訟資料第２６２号－２５６（順号１２１０６）
函館地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税・源泉所得税課税取消請求事件
国側当事者・国
平成２４年１２月６日棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
被告
国
同代表者法務大臣
滝実
同指定代理人
相澤聡
同
新庄正義
同
植田秀史
同
島尻裕士
同
畠山高典
同
池田圭
同
西谷英二
同
谷地田満
同
岡直之
同
梶昌宏
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 函館税務署長が原告に対し平成２１年６月２９日付けでした原告の平成１６年１１月１日から平成１７年１０月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１３２３万７３６８円、差引所得に対する法人税額（納付すべき税額）３９７万１０００円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 函館税務署長が原告に対し平成２１年６月２９日付けでした原告の平成１７年１１月１日から平成１８年１０月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１５１７万７９４４円、差引所得に対する法人税額（納付すべき税額）４５５万３０００円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 函館税務署長が原告に対し平成２１年６月２９日付けでした原告の平成１８年１１月１日から平成１９年１０月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、欠損金額９５３万７１９９円、還付すべき法人税額３３６３円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 函館税務署長が原告に対し平成２１年６月２９日付けでした平成１６年１月から同年６月までの期間の源泉徴収に係る所得税の納税告知処分及び重加算税の賦課決定処分（ただし、裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、函館税務署長が原告に対して平成２１年６月２９日付けでした、平成１６年１１月１日から平成１９年１０月３１日までの３事業年度にわたる法人税の各更正処分及び重加算税の各賦課決定処分並びに平成１６年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税告知処分及び重加算税の賦課決定処分（ただし、平成２２年６月２５日付け裁決によりその一部が取り消された後のもの）につき、原告が取消しを求める事案である。
１ 前提事実
(2)及び(4)の事実は当事者間に争いがない。その余の事実は各項目記載の証拠及び弁論の全趣旨により認められる。
(1) 原告は、本店を函館市に置き、水産物の輸入、加工及び販売並びに化粧品の原材料の輸入及び販売等を業とする会社である。
甲（以下「甲」という。）は、平成１８年１月３０日から原告の代表取締役を務めており、その前は原告の総務部長を務めていた。乙（以下「乙」という。）は、平成１６年１月３０日以前から原告の代表取締役を務めている。
（甲３、４）
(2) 原告は、平成１６年１１月１日から平成１７年１０月３１日まで、同年１１月１日から平成１８年１０月３１日まで及び同年１１月１日から平成１９年１０月３１日までの各事業年度（以下事業年度期末月により「平成１７年１０月期」などといい、これらを併せて「本件各事業年度」という。）につき、別紙３本件法人税各更正処分等の経緯（以下「別紙３」という。）順号①記載のとおり、法人税の確定申告をし、平成１８年１０月期につき、同②記載のとおり、その修正申告をした。
これに対し、函館税務署長（以下「原処分庁」という。）は、同②記載のとおり、平成１７年１０月期につき減額更正処分をし、平成１８年１０月期につき過少申告加算税の賦課決定処分をした。さらに、原処分庁は、本件各事業年度につき、同③記載のとおり、法人税の更正処分及び重加算税の賦課決定処分（以下「本件法人税各更正処分等」という。）をした。
原処分庁は、本件法人税各更正処分等に当たり、本件各事業年度の所得金額の計算上原告が損金の額に算入した減価償却費等につき、架空のものであるなどとして否認した（別紙５本件各事業年度の法人税の所得金額及び法人税額（以下「別紙５」という。）順号２から４まで参照）。
原告は、本件法人税各更正処分につき、別紙３順号④記載のとおり、審査請求をしたが、同⑤記載のとおり、棄却裁決を受けた。
(3) 本件法人税各更正処分等に当たって否認された減価償却費に関する経緯は次のとおりである。
ア 原告は、平成１５年３月３１日から平成１６年５月１４日までの間、別紙１本件漁業権に係る仮払金の計上状況及び支出の態様等（以下「別紙１」という。）の日付欄、相手科目欄、摘要欄及び仮払金計上額欄各記載のとおり、その一部につき相手科目を現金及び預金として、その余につき相手科目を借受金として、仮払金を計上した。
原告は、同年１０月２０日付けで、上記仮払金のうち６億円を、パラオ共和国に所在する株式会社Ｂ（英語表記はＢである。以下「Ｂ」という。）から取得したとする、同国においてホワイトクレー（石灰石から微量に採取できる美白材）の採取、リン鉱石の採掘、マグロ漁業などの事業を行うことができる権利（以下「本件漁業権」という。）に振り替え、これを無形固定資産として計上した。
本件漁業権につき、原告は、本件各事業年度において、次のとおり減価償却費を所得金額の計算上損金の額に算入した（法人税法施行令１３条８号ロ、同法施行令４８条１項４号）。平成１７年１０月期６０００万円
平成１８年１０月期６０００万円
平成１９年１０月期４０００万円
（乙４、２３の２、２４の２、２５の２、３７）
イ 原告は、平成１７年１２月２０日付けで、パラオ共和国に所在するＣ（英語表記はＣである。以下「Ｃ」という。）から、同国産ホワイトクレーの日本における独占販売権（以下「本件営業権」という。）を買った（以下「本件営業権売買契約」という。）。その契約書（以下「本件営業権売買契約書」という。）には、独占販売権の対価は３０万米ドル、支払方法として同年７月１０日の仮契約締結時に５万米ドル、同年１２月２０日の本件営業権売買契約に係る裁判所承認時に５万米ドルなどと記載されていた。
原告は、同年７月２９日から平成１８年１０月３１日までの間、別紙２の表１の計上日欄、営業権計上額欄及び相手科目欄各記載のとおり（なお、表１順号３５の詳細は、表２の計上日欄、仮払金計上額欄及び相手勘定欄各記載のとおりであり、表２順号５の詳細は、表３記載のとおりである。）、本件営業権の売買代金として合計１億５６９１万２６７１円を分割で支払ったとして、平成１７年１０月期及び平成１８年１０月期において、これを無形固定資産として計上した。
本件営業権につき、原告は、本件各事業年度において、次のとおり減価償却費を所得金額の計算上損金の額に算入した（法人税法施行令１３条８号ヲ、同法施行令４８条１項４号）。平成１７年１０月期７８万２２３５円
平成１８年１０月期１８６８万０８３３円
平成１９年１０月期３１３８万２５３３円
（甲１１の２、１１の４、乙１の１から１の３まで、３、４、２３の２、２４の２、２５の２）
(4) 原処分庁は、原告に対し、別紙４本件納税告知処分等の経緯（以下「別紙４」という。）の表１順号①及び表２記載のとおり、平成１６年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税告知処分及び重加算税の賦課決定処分をした。
原告は、上記各処分につき、別紙４の表１順号②記載のとおり、審査請求をし、同③及び別紙４の表３記載のとおり、一部取消しの裁決を受けた（以下一部取消し後の上記各処分を「本件納税告知処分等」といい、本件法人税各更正処分等と併せて「本件各更正処分等」という。）。
(5) 本件納税告知処分等の対象となった支出の経過は次のとおりである。
ア 原告は、平成１６年４月１２日、２５００万円を、原告名義のＤ信用金庫当座預金口座から引き出し（別紙１順号１３の仮払金がこれに当たる。）、甲名義で、株式会社Ｅ証券（当時の商号・Ｆ証券株式会社）名義のＧ銀行函館支店普通預金口座へ振り込んだ。
原告は、同月１９日、１０００万円を、原告名義のＨ銀行普通預金口座から引き出し（別紙１順号１５の仮払金がこれに当たる。）、甲名義で、株式会社Ｅ証券名義の上記普通預金口座へ振り込んだ。
（乙４、８、３３から３６まで）
イ Ｅ証券株式会社名義の上記普通預金口座に振り込まれた合計３５００万円（以下「本件仮払金」という。）は、甲名義の同社顧客口座に入金され、株式の購入等に費消された。（乙３５）
２ 主な争点
(1) 本件漁業権は実在する資産か（争点１）
(2) 本件営業権の対価として支払われた金員は正当なものであるか（争点２）
(3) 本件仮払金は甲に対する賞与に該当するか（争点３）
３ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点１（本件漁業権は実在する資産か）
（原告の主張）
Ｂは、平成１４年１２月１日付けで、原告に対し、本件漁業権を代金６億円で売った（以下「本件漁業権売買契約」という。）。原告は、この契約に基づき、Ｂに対し、売買代金を支払うことで本件漁業権を取得した。
したがって、本件漁業権は実在する資産である。
（被告の主張）
ア 本件漁業権売買契約は存在しない。
イ 仮に同契約締結の事実が認められたとしても、次のとおり同契約は無効である。まず、その契約書（以下「本件漁業権売買契約書」という。）における売主欄の署名者丙は、Ｂから、同契約の締結権限を授与されていないので、Ｂに同契約の効力は帰属しない。また、同契約の内容は不明確であること、原告が同契約に基づく権利を取得し義務を履行した事実が全くないことから、同契約は原告とＢとの間の通謀虚偽表示によるものであり、無効である。
さらに、原告が本件漁業権を取得してこれを行使するためにはパラオ共和国から外国投資許可証の交付を受ける必要があるところ、原告はその交付を受けておらず、本件漁業権を取得していない。
ウ 本件漁業権の対価の支出はない。
すなわち、本件漁業権に振り替えられた仮払金についてみると、現金及び預金から支出して仮払金に計上している１億０４２８万円は、その支払先を明らかにする証ひょうもなく、相手先が不明であるほか、一部については、甲名義の顧客口座に振り込むなどしており、Ｂに対する支払とはいえない。また、その余の５億円については単なる帳簿上の会計処理により仮払金を計上しているにすぎず、現金等の支出の事実がない。
エ 以上によれば、原告は、本件漁業権を取得しておらず、本件漁業権は架空の資産である。
(2) 争点２（本件営業権の対価として支払われた金員は正当なものか）
（原告の主張）
本件営業権の売買代金は２億円であり、原告は、平成１７年７月２９日から平成１８年１０月３１日まで、本件営業権の売買代金として合計１億５６９１万２６７１円を分割で支払い、平成１７年１０月期及び平成１８年１０月期において、これを無形固定資産として計上した。したがって、原告が本件営業権の対価として支払った金員は正当なものである。（被告の主張）
ア 本件営業権の対価は３０万米ドルである。
イ 本件営業権の対価とする支払のうち、①１１５５万１０００円（別紙２の表１順号１及び５）が本件営業権売買契約に基づく支払であること、②３０９万２２５０円（別紙２の表１順号１０及び１６）が研究開発費であることは認められる。
しかし、③その余の支払に係る１億４２２６万９４２１円（別紙２の表１順号２から４まで、６から９まで、１１から１５まで、１７から３５まで）については、いずれも現金の支出先が不明であるか、又は支払根拠が不明であり、本件営業権の対価としての支払の事実が認められない。原告は、この１億４２２６万９４２１円に係る部分につき、営業権の対価としての支払の事実がないにもかかわらず、あたかも支払の事実があるかのように装って架空の資産を計上し、これに係る減価償却費を本件各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入したものである。
よって、上記③に係る減価償却費は、原告の本件各事業年度の所得金額の計算上、損金の額に算入されない。
ウ 本件営業権売買契約は、平成１８年２月ころまでに失効し、無効となったと推認されるが、仮に本件営業権売買契約が失効していなかったとしても、本件営業権は、本件各事業年度において、いまだ事業の用に供されていない。したがって、上記①部分に係る減価償却費は、本件各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入されない。
エ 本件営業権の対価として計上されているもののうち研究開発費として認められるもの（上記②）は、平成１８年１０月期の所得金額の計算上上研究開発費として損金の額に算入されるから、減価償却費としては損金の額に算入されない。
(3) 争点３（本件仮払金は甲に対する賞与に該当するか）
（原告の主張）
甲は、本件仮払金について、原告に対し、平成１７年３月３１日に２５００万円、同年４月３０日に７９０万円、同年９月２９日に２１０万円を弁済した。原告は、これを仮受金として処理し、本件仮払金と相殺した。したがって、本件仮払金は、甲に対する賞与に当たらない。（被告の主張）
ア 本件仮払金は、甲に対する賞与に当たる。
イ 仮に甲が本件仮払金につき弁済したならば、遅くとも仮払金の本件漁業権への振替が行われた平成１６年１０月２０日までに、本件仮払金の弁済が行われたはずである。しかし、原告が同日までに仮払金を減少させる処理をしたのは、同年４月３０日の５６万４０００円の処理のみであり、ほかに仮払金を減少させる処理をしていない。したがって、甲は、原告に対し、本件仮払金を弁済していない。
ウ また、平成１６年１０月期末の仮払金残高は４１５４万３０００円であるところ、このうち３７５４万３０００円は、同月１日に計上された現金支出に対応するものであると考えられる。そうすると、その余の仮払金残高は４００万円にすぎず、本件仮払金３５００万円に満たないことから、上記３５００万円は本件漁業権の一部として計上されたというべきである。したがって、原告の主張する相殺処理には理由がない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１について（本件漁業権は実在する資産か）
(1) 原告は、Ｂの代表者はパラオ共和国大統領補佐官丁（以下「丁」という。）であり、その秘書官の丙が同社の窓口となっていたので、本件漁業権売買契約書は丙により署名され、真正に成立したものであり、同契約書によって本件漁業権売買契約が存在する旨主張するものと理解される（甲１８、２０）。
そこで、上記契約書の成立の真正（同契約書はＢの意思に基づき作成されたものか。）について検討する。
(2) 各項目記載の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 本件漁業権売買契約書の内容はおおむね下記のとおりであり、原告の署名欄には乙の署名があり、Ｂの署名欄には「丙」と筆記体で記載されている。（甲８の１、８の２、乙２９の１から２９の３まで）
記
Ｂは、以下の条件で、原告と基本的相互協力契約を締結する。
目的Ｂがパラオ共和国において計画するすべての事業に対する資金提供及び協力資金総額６億円
契約期間契約時から１５年間
両当事者は、上記基本的相互協力契約を締結し、事業のために相互協力することを約束する。
イ Ｂは、パラオ共和国の株式登録機関に登記されている企業、同国の行政府組織のいずれにも属さない。（乙４４から４５の２まで）
ウ 「丙」は、日本国籍を有しており、昭和６１年５月１０日以来函館市内に住民登録をしている。（乙４６）
本件営業権売買契約書（原文）の原告代表者乙の署名欄には、「丙」と筆記体で記載されている。（甲１１の１、乙１の１）
パラオ共和国内に所在するＩが平成１９年４月に原告に対して荷物を送付した際、荷受人欄には原告と並んで「丙」と記載されていた。（乙４８）
エ 甲は、本件各更正処分等に係る平成２１年４月１６日の税務調査の際、原処分庁の調査担当者に対し、本件漁業権売買契約は口頭契約であり、契約書は存在しない旨申述して、本件漁業権売買契約書を提示しなかった。その後、同年８月以降の審査請求時になって、本件漁業権売買契約書を提示するに至った。（甲３の１、乙２・３枚目）
オ パラオ共和国憲法によれば、同国コロール州は、その陸地より１２海里までの範囲内にあるすべての生物及び非生物資源の独占的な所有権を有する。同州は、Ｂに対し、同州におけるホワイトクレーの採取、リン鉱石の採取、マグロ漁業、ナマコ養殖等の事業を行い得る権利を付与していない。（乙５２、５３）
カ 本件営業権売買契約書（原文）には、パラオ共和国高等裁判所の認証印が付されている。（甲１１の１、乙１の１）
(3) 前記前提事実及び上記(2)認定事実に基づき検討する。
ア Ｂはパラオ共和国の株式登録機関に登記されている企業、行政府組織のいずれでもないことから、同社は実在しない可能性が高い。
イ 上記(2)ウによれば、「丙」は原告代表者乙の代理人であること、「丙」は原告の従業員であることがうかがわれ、これらの事実に加え、「丙」が原告の所在地である函館市の住民であることも併せて考えると、「丙」、「丙」、「丙」は、同一人である丙（以下「丙」という。）であることが推認され、さらに、丙は、原告の事業に従事する者であると認められる。そして、本件漁業権売買契約書（原文・甲８の１、乙２９の１）と本件営業権売買契約書（原文・甲１１の３、乙１の１）の「丙」の署名は筆跡が類似していることが認められるところ、本件漁業権売買契約書の同署名は、丙がした可能性が高い。
ウ さらに、原告は、パラオ共和国との契約及び許可関係には、全て丁のサインが必要であり、丁のサインの後に同国の高等裁判所の認証が付されて、初めて契約及び許可が成立する旨主張する（甲２０）。実際、本件営業権売買契約書（原文）には、同国高等裁判所の認証印がある。しかし、本件漁業権売買契約書には丁の署名及び同国高等裁判所の認証のいずれもなく、同契約書の形式面においても疑義がある。
エ 本件漁業権売買契約は、その売買代金が６億円という巨額の契約であるにもかかわらず、同契約書の条項は抽象的なものにとどまる。
オ 以上に指摘した事情に加え、これまでＢが丙に対し本件漁業権売買契約の締結権限を授与したことを示す証拠が一切提示されていないこと、本件漁業権売買契約書が被告に対し提示されるまでの経緯、パラオ共和国のうちコロール州がＢに対し本件漁業権を付与していないことなども併せて考えれば、同契約書は、Ｂの意思に基づいて作成されたということはできず、真正に成立したものとはいえない。
(4) 以上によれば、本件漁業権売買契約書によって、本件漁業権売買契約があったことは認められず、そのほか本件全証拠によってもこれを認めるに足りない。
(5) 次に、本件漁業権の対価の支払の有無について検討する。
原告は、平成１５年３月３１日から平成１６年５月１４日までの間に計上した仮払金（別紙１参照）のうち６億円を本件漁業権に振り替えている。しかし、別紙１順号１から３までの仮払金は、その支払先等の具体的内容を明らかにする証拠はなく、同１３及び１５の仮払金（本件仮払金）は、甲名義の株式会社Ｅ証券顧客口座に入金され、株式の購入等に費消されている。また、証拠（乙３７）によれば、その余の仮払金は相手科目を仮受金として計上され、次いで資本金勘定に振り替えられており、これらの処理は帳簿上の操作にすぎないことが認められる。そうすると、別紙１記載のとおり計上された仮払金が本件漁業権の対価に充てられたと認めることは困難である。
他方、原告は、本件漁業権の対価の支払の裏付けとして、いずれも額面２億円のＢ名義の領収書２通（甲９の１から１０の２まで）を提出する。しかし、これらの領収書を見ると、これに署名しているのは丙と認められる上、その記載によっても、何の対価に関する領収書であるのかは全く明らかにならない。そもそも、証拠（乙２・４枚目）によれば、甲は、本件各更正処分等に係る平成２１年４月１６日の税務調査の際、原処分庁の調査担当者に対し、本件漁業権の対価の支払に関する領収証等はない旨申述していたことが認められるところ、上記領収書２通が提出された経緯は不自然というほかない。これらの事情を踏まえると、上記領収書２通は、本件漁業権の対価の支払の裏付けとして採用することができない。
以上によれば、本件漁業権の対価の支払があったとは到底認められない。
(6) 結局、本件漁業権売買契約があったことは認められない。また、本件漁業権の対価の支払があったとも認められない。したがって、本件漁業権は架空の資産というほかない。
２ 争点２（本件営業権の対価として支払われた金員は正当なものであるか）
(1) 前記前提事実及び認定事実並びに証拠（甲１１の１、乙１の１）によれば、本件営業権売買契約書（原文）には、独占販売権の対価は３０万米ドルと記載されており、丁のサイン及びパラオ共和国高等裁判所の認証が付されていることが認められる。このような契約書が存在するにもかかわらず、原告は、本件営業権の実際の対価は２億円である旨主張するが（乙２・４枚目参照）、これを認めるに足りる証拠はない。本件営業権の対価は、本件営業権売買契約書記載のとおり３０万米ドルと認めるのが相当である。したがって、これを超える部分は、本件営業権の対価の支払とはいえない。
(2) 本件営業権の対価とする支払について検討する。
ア 別紙２の表１順号１及び５に係る支出は、証拠（甲１７の４、乙５から７まで）によれば、原告名義口座から出金され丁名義口座へ外国送金されたものであることが認められる。上記支出は、本件営業権売買契約書に記載されている平成１７年７月１０日に５万米ドル、同年１２月２０日に５万米ドルなどの支払方法とおおむね合致するので、本件営業権の対価として正当な支払と認めるのが相当である。
イ 別紙２の表１順号１０及び１６に係る支出は、証拠（甲１７の１５、１７の２１、乙１９から２２まで）によれば、「コスメ商品企画及び製作業務委託料」「Ｍ試験費用」として、原告名義口座から出金されＪ株式会社名義口座へ振り込まれたものであることが認められる。上記支出は、その名目に照らし、研究開発費と認められるものの、本件営業権の対価の支払とは認められない。
なお、同支出は、研究開発費として、その支出した事業年度の損金の額に算入される。
ウ 別紙２の表１順号２、３、６、７、９、１２から１５まで、１９から３０までに係る支出は、証拠（甲１６の１０、１７の６、乙５、８）によれば、その一部（順号６、７、９）につき原告名義口座から出金されたものであることは認められるが、その支出先及び支出内容は本件全証拠に照らしても不明である。上記支出は、本件営業権の対価の支払とは認められない。
エ 別紙２の表１順号４、１７、３１、３３に係る支出は、証拠（甲１７の２５、１７の２６、乙５、１０から１２まで）及び弁論の全趣旨によれば、原告名義口座から出金され丙名義口座へ振り込まれたものであることが認められるが、本件全証拠に照らしても、その支出内容は不明であり、また、原告の事業に従事する丙とＣとの関連性は不明である。したがって、丙に対する振込みがＣに対する支払とはいえず、上記支出は本件営業権の対価の支払とは認められない。
オ 別紙２の表１順号３２及び同順号３５のうち表２順号１から４までに係る支出は、証拠（乙５、１３から１７まで）及び弁論の全趣旨によれば、原告名義口座から出金されＫ名義口座へ外国送金されたものであることが認められるが、本件全証拠に照らしても、その支出内容は不明であり、また、ＫとＣとの関連性は不明である。したがって、Ｋに対する外国送金がＣに対する支払とはいえず、上記支出は本件営業権の対価の支払とは認められない。
カ 別紙２の表１順号１８に係る支出は、証拠（乙８）によれば、原告名義口座から株式会社Ｌ名義口座に振り込まれたものであることが認められるが、本件全証拠に照らしても、その支出内容は不明であり、また、同社とＣとの関連性は不明である。したがって、株式会社Ｌに対する振込みがＣに対する支払とはいえず、上記支出は、本件営業権の対価の支払とは認められない。
キ 別紙２の表１順号８に係る支出は、証拠（乙５、１８）によれば、原告名義口座から出金され乙名義で株式会社Ｅ証券の口座へ振り込まれたものであることが認められる。上記支出は、本件営業権の対価の支払とは認められない。
ク 別紙２の表１順号３５のうち表２順号５（その詳細は表３のとおりである。）に係る支出は、未精算の旅費交通費等に係る仮払金を本件営業権に振り替えたものにすぎない（乙４参照）から、これがＣに対する支払とはいえず、本件営業権の対価の支払とは認められない。
ケ 別紙２の表１順号１１に係る支出は、甲が本件各更正処分等に係る審査請求時に答述したところ（甲３の１・２０頁）によれば、何ら根拠のないものであることが認められ、上記支出の一部取消しに係る表１順号３４も、何ら根拠のないものであることが認められる。これらは、本件営業権の対価の支払とは無関係である。
(3) 以上によれば、前記(2)ア、イを除いたその余の支払に係る１億４２２６万９４２１円（別紙２の表１順号２から４まで、６から９まで、１１から１５まで、１７から３５まで）については、いずれも現金の支出先が不明であるか、又は支払根拠が不明であり、本件営業権の対価としての支払の事実が認められない。原告は、上記１億４２２６万９４２１円に係る部分につき、営業権の対価としての支払の事実がないにもかかわらず、あたかも支払の事実があるかのように装って架空の資産を計上し、これに係る減価償却費を本件各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入したものと認められる。したがって、上記減価償却費は、本件各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入されない。
また、前記(2)アに係る支払は、本件営業権の対価として正当なものと認められるが、これまでの検討を踏まえると、本件営業権売買契約に基づく独占販売権の対価３０万米ドルにつき、原告は前記(2)アに係る支払（１０万米ドル相当額）以外の支払をしていないと認められる。甲も、本件各更正処分等に係る審査請求時にこれに沿う答述をしている。そして、原告がＣとの間で本件営業権に関する取引をしたことを認めるに足りる証拠はないところ、本件営業権は、本件各事業年度において、いまだ事業の用に供されていないと認めるのが相当である。そうすると、この正当な支払に係る減価償却費も、本件各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入されない。
さらに、前記(2)イに係る支払は、平成１８年１０月期の所得金額の計算上研究開発費として損金の額に算入されるから、減価償却費としては損金の額に算入されない。
以上のとおり、前記(2)アからケまでの本件営業権に係る減価償却費は、原告の本件各事業年度の所得金額の計算上、損金の額に算入することはできない。
３ 争点３（本件仮払金は甲に対する賞与に該当するか）
(1) 甲は、本件仮払金を株式の購入等の個人的用途に費消しており、本件仮払金は、原告の甲に対する臨時的な給与たる性質を有するものといえ、所得税法１８６条１項２号ロ所定の賞与に該当すると認められる。
(2) 原告は、甲が本件仮払金について原告に対し弁済した合計３５００万円を仮受金として処理し、これを本件仮払金と相殺したので、本件仮払金は賞与に当たらない旨主張する（甲２２）。
確かに、証拠（甲７の１、７の３から７の８まで、乙４、４３）によれば、仮受金科目と仮払金科目との間で、平成１７年３月３１日に２５００万円、同年４月３０日に７９０万円、同年９月２９日に少なくとも２１０万円の振替処理がされていることが認められる。しかし、平成１５年３月３１日から平成１６年５月１４日までの間に計上された仮払金（本件仮払金を含む。別紙１参照。）のうち６億円は、同年１０月２０日に本件漁業権に振り替えられている。そして、証拠（乙４）によれば、同年１０月期末の仮払金残高は４１５４万３０００円であること、このうち３７５４万３０００円は同月１日に計上された現金支出に対応するものであり、その余の残高は４００万円にすぎないことが認められる。そうであるとすれば、本件仮払金は、同月２０日に本件漁業権の一部として資産計上され、もはや同月期末の仮払金残高中に本件仮払金は含まれていないと解するのが相当である。また、仮受金科目（乙４３）を精査しても、仮受金科目と仮払金科目との間で合計３５００万円の振替処理がされている前後を通じ、実際に甲が原告に対し３５００万円相当額を弁済してこれを仮受金としたことはうかがわれない。
以上によれば、上記相殺処理によって、本件仮払金が甲に対する賞与に当たらないと解することはできず、原告の主張は理由がない。
第４ 結論
以上の検討及び原告が特段争わない部分を前提とすると、本件各更正処分等の内容は別紙５及び別紙４の表３に記載のとおりとなるといえるので、本件各更正処分等は適法である。よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。函館地方裁判所民事部
裁判長裁判官鈴木尚久
裁判官矢口俊哉
裁判官宍戸崇
別紙１・２省略
（別紙３）
本件法人税各更正処分等の経緯
（単位：円）
順号
①②③④⑤
事業年度
区分
確定申告
第一次調査
による処分
本件法人税
各更正処分等
審査請求
裁決
年月日
平成18年1月31曰
平成20年6月23日
平成21年6月29日
平成21年8月18日
平成22年6月25日
処理の態様
申告
（減額）更正
更正
－所得金額
23,880,216
13,237,368
78,640,970
13,237,368
納付すべき税額
7,163,900
3,971,000
23,591,900
3,971,000
重加算税－－
5,747,000
－
平成17年10月期
過少申告加算税
－－－－
棄却
年月日
平成19年1月31日
平成20年6月10日
平成21年6月29日
平成21年8月18日
平成22年6月25日
処理の態様
申告
修正申告
更正
－所得金額
△13,072,056
15,177,944
85,245,407
15,177,944
納付すべき税額
△80
4,553,000
25,573,400
4,553,000
重加算税－－
7,357,000
－
平成18年10月期
過少申告加算税
－
657,500
－
657,500
棄却
年月日
平成20年1月31日
平成21年6月29日
平成21年8月18日
平成22年6月25日
処理の態様
申告
更正
－所得金額
△9,537,199
21,873,544
△9,537,199
納付すべき税額
△3,363
6,558,500
△3,363
重加算税－
2,296,000
－
平成19年10月期
過少申告加算税
－－－
棄却
注１：「納付すべき税額」欄の△印は、還付すべき税額を表す。
２：平成１８年１０月期の平成２０年６月１０日付け修正申告に係る過少申告加算税の賦課決定処分は、平成２０年６月２３日付けで行われている。（別紙４）
本件納税告知処分等の経緯
（表１）
（単位：円）
順号
①②③
区分
納税告知処分等
審査請求
裁決
年月日
平成21年6月29日
平成21年8月18日
平成22年6月25日
課税漏れ支払金額
60,000,000
35,000,000
追徴本税額
20,806,500
12,233,796
重加算税の額
5,362,000
4,280,500
不納付加算税の額
548,000
（表２）
（上記納税告知処分等に係る追徴本税額等の内訳）
（単位：円）
月分
支払確定年月日所得者氏名
課税漏れ
支払金額
追徴本税額
重加算税の額不納付加算税の額
平成16年4月30日
甲
35,000,000
12,217,596
平成16年1月から6月
平成16年5月20日
甲
10,000,000
3,105,600
5,362,000
－
平成18年1月から6月平成18年1月11日
乙
15,000,000
5,483,304
－
548,000
合計
60,000,000
20,806,500
5,362,000
548,000
（表３）
（裁決による取消後の納税告知処分等に係る追徴本税額等の内訳）
（単位：円）
月分
支払確定年月日所得者氏名
課税漏れ
支払金額
追徴本税額
重加算税の額不納付加算税の額
平成16年1月から6月平成16年4月30日
甲
35,000,000
12,233,796
4,280,500
－
合計
35,000,000
12,233,796
4,280,500
（別紙５）
本件各事業年度の法人税の所得金額及び法人税額
（単位：円）
項目
順号
平成17年10月期
平成18年10月期平成19年10月期
本件法人税各更正処分前の所得金額
13,237,368
15,177,944
△9,537,199
漁業権に係る架空減価償却費否認額
60,000,000
60,000,000
40,000,000
営業権に係る架空減価償却費否認額
403,602
16,648,558
28,453,883
営業権に係る減価償却費否認額
378,633
2,032,275
2,928,650
繰越欠損金損金算入否認額
5,000,000
パラオ経費否認額
880,785
加算額
加算額の合計額
（２ないし６の合計額）
65,782,235
79,561,618
71,382,533
研究開発費認容額
2,945,000
事業税認容額
5,022,900
5,381,300
漁業権売却益否認額
20,000,000
為替差損認容額
9,711,750
減算額
減算額の合計額
（８ないし11の合計額）
7,967,900
35,093,050
所得金額の増減額
（７-12）
65,782,235
71,593,718
36,289,483
所得金額
（１＋13）
79,019,603
86,771,662
26,752,284
所得金額に対する法人税額
（14×30%）
23,705,700
26,031,300
8,025,600
法人税額から控除される所得税額等
3,363
納付すべき税額（15－16）
（差引所得に対する法人税額）
23,705,600
26,031,200
8,022,200
注１：「本件法人税各更正処分前の所得金額」欄の△印の金額は、欠損金額を表す。２：「所得金額に対する法人税額」欄の金額は、順号14の金額（通則法118条１項の規定に基づき千円未満の端数を切り捨てた後の金額）に法人税率（30%）を乗じて算出した金額である。３：「納付すべき税額」欄の金額は、通則法119条１項の規定に基づき百円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12106.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。