税務訴訟資料第２６３号－７８（順号１２２０２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国(品川税務署長）
平成２５年４月１８日棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
品川税務署長
北島秀晃
同指定代理人
岡村寛子
茅野純也
宮代智雅
股村裕文
福川真
牧迫洋行
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 品川税務署長が平成２２年７月３０日付けで原告に対してした原告の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 品川税務署長が平成２２年７月３０日付けで原告に対してした次の各処分をいずれも取り消す。
(1) 原告の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の所得に対する法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金につき１０９７万０５９３円を下回る部分
(2) 原告の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の所得に対する法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金につき１０９６万９６８７円を下回る部分
(3) 原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の所得に対する法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金につき７１６万５２１５円を下回る部分
３ 品川税務署長が平成２２年７月３０日付けで原告に対してした原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額０円及び納付すべき地方消費税額０円をそれぞれ上回る部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、品川税務署長から、①法人税法１２６条１項に規定する帳簿書類の備付け、記録及び保存をしていなかったとして法人税の青色申告の承認の取消処分（以下「本件取消処分」という。）を、②本件取消処分により、平成１８年３月期（平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度をいい、以下、他の事業年度についても同様の表現をする。）、平成１９年３月期及び平成２０年３月期において生じた欠損金額に相当する金額を翌事業年度以後の事業年度に繰り越して損金の額に算入することを認めないとする法人税更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）を、③消費税法３０条７項に規定する課税仕入れの税額の控除に係る帳簿及び請求書等の保存をしておらず、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの課税期間（以下「平成２０年３月課税期間」という。）における課税仕入れの税額の控除の適用がないとして、平成２０年３月課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）並びに④消費税等の過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件取消処分、本件法人税更正処分及び本件消費税等更正処分と併せて、以下「本件各処分」という。）をそれぞれ受けたため、原告は税務調査において帳簿書類等（原告に関する法人税法１２６条１項に規定する帳簿書類並びに消費税法３０条７項に規定する課税仕入れの税額の控除に係る帳簿及び請求書等をこのように総称する。以下同じ。）を提示したなどと主張して、本件各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
別紙１関係法令の定めのとおり（なお、同別紙の注意書き等は以下においても同じである。）
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 当事者等
ア 原告は、平成●年●月●日に設立された、本店所在地を東京都品川区、目的をコンピューターのソフトウエアの研究、開発、製造及び販売等、資本金の額を４０００万円とする株式会社である。（乙１)
イ 有限会社Ｂ（以下「Ｂ社」という。）は、平成●年●月●日に設立された、本店所在地を東京都大田区、目的をコンピューターのソフトウエアの研究、開発、製造及び販売等、資本金の額を３００万円とする株式会社である。Ｂ社の代表取締役は原告代表者、取締役は原告代表者の妻であり、Ｂ社の上記本店所在地は、原告代表者の自宅と同一である。（乙２)
(2) 原告の青色申告の承認
原告は、平成●年●月●日、設立当時の所轄税務署長である八王子税務署長に対し、同年８月２８日から平成５年３月３１日までの事業年度以後の法人税の確定申告書を法人税法１２１条所定の青色申告により提出することについて申請をし、その承認を受けた。（乙３)
(3) 原告の法人税及び消費税等の確定申告
ア 原告は、法定申告期限内の平成１８年５月３０日、品川税務署長に対し、青色申告書である確定申告書を提出して、平成１８年３月期の法人税について、所得金額をマイナス３４７万０４２３円、翌期へ繰り越す欠損金の額を１０９７万０５９３円とする青色申告による確定申告をした。（乙４)
イ 原告は、法定申告期限内の平成１９年５月２８日、品川税務署長に対し、青色申告書である確定申告書を提出して、平成１９年３月期の法人税について、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を１０９６万９６８７円とする青色申告による確定申告をした。（乙５)
ウ 原告は、法定申告期限内の平成２０年５月２６日、品川税務署長に対し、青色申告書である確定申告書を提出して、平成２０年３月期の法人税について、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を７１６万５２１５円とする青色申告による確定申告をした。（乙６)
エ 原告は、法定申告期限内の平成２０年５月２６日、品川税務署長に対し、平成２０年３月課税期間の消費税等について、課税標準額に対する消費税額を６２３万９３６４円、控除対象仕入税額を６２３万９３３６円、納付すべき消費税等の合計額を０円とする確定申告をした。（乙７)
(4) 本件各処分に至る経緯
ア 税務調査の着手
品川税務署及び大森税務署の調査担当職員（以下、これら調査担当職員を総称して「本件担当職員」という。）は、平成２０年１０月１日、原告及びＢ社の法人税及び消費税等について、連携して税務調査（以下「本件調査」という。）に着手した。（乙８)
イ 本件取消処分
品川税務署長は、平成２２年７月３０日、原告が帳簿書類等を提示せず、本件調査に協力しないことが法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿書類の備付け、記録及び保存をしていない場合に該当するとして、平成１８年３月期以後の青色申告の承認について本件取消処分をし、平成２２年８月３日、原告に通知した。（甲１)
ウ 本件法人税更正処分
品川税務署長は、平成２２年７月３０日、本件取消処分に伴い、原告の平成１８年３月期の欠損金の額は青色申告による確定申告をした事業年度において生じた欠損金の額に該当しないこととなり、同欠損金の額につき法人税法５７条１項の適用はなく、平成１９年３月期以後の事業年度に繰り越して控除することはできないことから、平成１８年３月期の法人税については、所得金額をマイナス３４７万０４２３円、翌期へ繰り越す欠損金の額を７５０万０１７０円とし、平成１９年３月期の法人税については、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を７４９万９２６４円とし、平成２０年３月期の法人税については、所得金額を０円、翌期へ繰り越す欠損金の額を３６９万４７９２円とする本件法人税更正処分をし、平成２２年８月３日、原告に通知した。（甲３、６、７)
エ 本件消費税等更正処分及び本件賦課決定処分
品川税務署長は、平成２２年７月３０日、原告が帳簿書類等を提示しないことが消費税法３０条７項に規定する課税仕入れの税額の控除に係る帳簿及び請求書等の保存をしていない場合に該当するとして、平成２０年３月課税期間の消費税等について、課税標準額に対する消費税額を６２３万９３６４円、控除対象仕入税額を０円、納付すべき消費税等の合計額を７７９万９１００円とする本件消費税等更正処分及び過少申告加算税の額を１１４万３５００円とする本件賦課決定処分をした。（甲２)
(5) 不服申立て
ア 原告は、平成２２年９月２１日、品川税務署長に対し、本件各処分の取消しを求める異議申立てをしたところ、品川税務署長は、同年１２月２０日、原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。（甲９)
イ 原告は、平成２３年１月１８日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求める審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、同年７月７日、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲１０)
(6) 本訴の提起
原告は、平成２４年１月１３日、本訴を提起した。（顕著な事実）
３ 被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性
別紙２被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性のとおり
４ 争点及びこれに対する当事者の主張の要旨
本件の争点は、原告が本件担当職員に対し帳簿書類等を提示したか否か、仮に帳簿書類等を提示しなかった場合、提示しなかったことにつき原告に正当な理由があるか否かである。これらの点に関する当事者の主張の要旨は、下記のとおりである。
(1) 被告
ア 本件担当職員は、平成２０年１０月１日に本件調査に着手して以降、約１年９か月にわたり、原告代表者に対し、本件調査への協力と帳簿書類等の提示を求めた。
この間、原告代表者は、本件担当職員が臨場の日の日程調整のために原告代表者に架電した際、折り返し連絡をする旨を約束しておきながらこれをせず、本件担当職員が数回架電してようやく連絡をするといった不誠実な対応に終始し、かつ、本件担当職員が原告代表者に配慮して臨場の日の日程調整をしても、原告代表者は、出張や会議があるなどとして、何度も臨場の予定日の直前でその変更を申し立て、本件担当職員に会おうとしなかった。また、原告代表者は、本件担当職員が何度も帳簿書類等の提示を求めたにもかかわらず、帳簿書類等を預けている原告の関与税理士と連絡が取れない、関与税理士が多忙であるなどと述べて、帳簿書類等を提示しなかった。
イ 原告代表者は以上のような対応に終始して、調査を忌避し帳簿書類等の提示を拒んだものであるが、他方で、原告は関与税理士に依頼して平成２１年３月期の法人税の確定申告を行っているのであり、原告代表者が多忙であることや、帳簿書類等を預けている関与税理士と連絡が取れないこと等の事情は、原告が帳簿書類等を提示しなかったことの正当な理由とはならない。
ウ 原告は、平成２０年１１月２８日に本件担当職員に対して帳簿書類等を提示したとか、本件担当職員が、原告代表者からの郵送での帳簿書類等の受渡しの申出を拒否したなどと主張するが、このような事実はない。
原告代表者は、同年１２月１０日、関与税理士に預けている帳簿書類等を直接関与税理士から本件担当職員に郵送させる旨を述べたが、帳簿書類等が一向に郵送されてこなかったため、本件担当職員は、平成２１年１月１５日、原告代表者に対し、その旨を伝えるとともに、原告代表者又は原告の責任のある者が直接引き渡すように求めたものであり、そのことは適切な職務行為であって、郵送での帳簿書類等の受渡しの申出を拒否したと評価されるようなものではないし、その後、原告から帳簿書類等の郵送に関して何らの申出もなかったものである。
(2) 原告
ア 原告代表者は、平成２０年９月１日から平成２２年６月１３日までの間、海外や国内のＩＣカードシステムの打合せのため東京にいないことが多く、東京にいても準備のために多忙であり、本件担当職員に対し、帳簿書類等を提示することがなかなかできなかった。
イ しかし、原告代表者は、平成２０年１１月２８日、原告事務所において本件担当職員と面談し、必要な帳簿書類等を提示した。
ウ 原告代表者は、平成２０年１１月１０日から同月１４日までの不在期間中に本件担当職員から電話があった旨の伝言を受け、同月１７日、札幌から架電し、本件担当職員に対し、東京を離れているので対応できない旨伝え、郵送での帳簿書類等の受渡しを申し出たところ、本件担当職員は、これを拒否した。
原告代表者は、平成２２年５月１８日、交通事故に遭遇し、この時にも、本件担当職員に対し、郵送での帳簿書類等の受渡しを申し出たが、本件担当職員は、これを拒否した。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実に加え、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実を認めることができる。
(1) 平成２０年の本件調査への協力依頼等の経緯（乙８)
ア 本件担当職員は、平成２０年１０月１日、本件調査のため、原告事務所及び原告代表者の自宅に臨場したが、原告代表者は不在であった。本件担当職員は、応対した原告従業員に対し、臨場した旨を原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。
本件担当職員は、原告の関与税理士である乙税理士（以下「乙税理士」という。）の事務所に架電したが、応答した者に対し、乙税理士であるか否かを尋ねたところ、同人は、違う旨答えた。本件担当職員は、同じ電話番号に再度架電したが、留守番電話に切り替わり、乙税理士と話をすることができなかった。
イ 平成２０年１０月６日、原告代表者から本件担当職員に電話があったため、本件担当職員が本件調査のため臨場したい旨伝えると、原告代表者は、同月中は出張があるとして臨場の日を同年１１月以降にしてほしい旨述べ、同年１１月４日に都合のつく日の連絡をする旨述べた。
ウ 原告代表者は、平成２０年１１月４日、本件担当職員に架電し、業務上のトラブルが生じ、また、原告従業員が入院したので、臨場の日を延期してほしい旨述べた。そこで、本件担当職員は、原告代表者に対し、臨場の日を同月１７日からの週で調整するよう求めた。
エ 原告代表者は、平成２０年１１月１７日、本件担当職員に架電し、同月２６日まで東京にいないため、臨場の日は同月２８日にしてほしい旨述べた。そこで、本件担当職員は、同日に臨場する旨伝え、併せて乙税理士に連絡を取るよう求めた。
原告代表者が、その際、本件担当職員に対し、郵送での帳簿書類等の受渡しを申し出た事実は認められない。
オ 本件担当職員は、平成２０年１１月２８日、原告事務所に臨場して、原告代表者に対し、原告の事業内容、決算報告書及び申告書を作成して提出するまでの原告内における経理処理の流れ及び乙税理士の関与状況等について聴取したが、原告代表者は、帳簿書類等は乙税理士に預けているとしてこれを提示しなかった。本件担当職員は、原告代表者に対し、乙税理士から原告の帳簿書類等を取り寄せ、同年１２月９日までに提示するよう求めた。
カ 本件担当職員は、平成２０年１２月９日、原告事務所に架電したが、原告代表者は不在であったため、電話に出た原告従業員に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。
キ 原告代表者は、平成２０年１２月１０日、本件担当職員に架電し、乙税理士から品川税務署に原告の帳簿書類等を直接郵送する旨述べた。しかし、乙税理士は、原告の帳簿書類等を郵送しなかった。
(2) 平成２１年の本件調査への協力依頼等の経緯（乙８)
ア 平成２１年１月１５日、原告代表者から本件担当職員に電話があったため、本件担当職員は、原告代表者に対し、品川税務署に帳簿書類等が届いていない旨伝えるとともに、税務調査等の際に直ちに帳簿書類等を提示することができないのは作成・保存していないことと同じであるとして、同月２７日までに帳簿書類等を用意するよう求めた。
なお、本件担当職員は、帳簿書類等の受渡しにおけるトラブル防止の観点から、乙税理士が品川税務署に直接郵送することは極力避け、原告代表者又は原告の責任のある者から原告事務所において引渡しを受けたいとして、その協力を求めたところ、原告代表者は、検討する旨述べた。
イ 原告代表者は、平成２１年２月２日、本件担当職員に架電し、乙税理士と連絡が取れていないので帳簿書類等を用意することができない旨述べた。
本件担当職員は、税務調査等の際に直ちに帳簿書類等を提示することができないのは作成・保存していないことと同じであり、同月６日に原告事務所に臨場する旨伝えた。
ウ 原告代表者は、平成２１年２月４日、本件担当職員に架電し、乙税理士と連絡が取れていないので帳簿書類等を用意できておらず、臨場の日として予定されている同月６日も都合が悪くなりそうである旨述べた。本件担当職員は、原告代表者に対し、一層の努力を求めるとともに、帳簿書類等がないと調査することができない旨伝えた。
エ 原告代表者は、平成２１年２月６日、本件担当職員に架電し、会議の予定が入ったため臨場の日を延期してほしい旨述べたので、本件担当職員は、臨場の日を同月１３日に延期した。
オ 原告代表者は、平成２１年２月９日、本件担当職員に架電し、同月１３日の臨場の時刻を調整している旨述べたので、本件担当職員は、原告代表者に対し、一層の努力を求めるとともに、同日を帳簿書類等の提示期限とし、この日までに提示がなければ、独自に調査を行う旨伝えた。
カ 本件担当職員は、平成２１年２月１０日、原告事務所を訪問したが、原告代表者が不在であったため、原告従業員に対し、帳簿書類等の用意を求める書面を渡して、その内容を原告代表者に伝えるよう求めた。
キ 原告従業員は、平成２１年２月１２日、本件担当職員に架電し、上記カの書面の内容を原告代表者に伝えた旨述べた。
ク 原告代表者は、平成２１年２月１３日、本件担当職員に架電し、会議の予定が入ったことや、乙税理士と連絡が取れず、帳簿書類等を用意することができないことを理由に、臨場の日を延期してほしい旨述べた。
本件担当職員は、原告代表者に対し、同月２０日を帳簿書類等の提示期限とし、この日までに提示がなければ独自に調査を行う旨伝えた。
本件担当職員は、架電後、原告代表者の自宅を訪問したが、原告代表者が不在であったため、同月２０日を帳簿書類等の提示期限とする旨記載した書面を郵便受けに投函した。
ケ 原告代表者は、平成２１年２月２０日、本件担当職員に架電し、乙税理士と連絡が取れず、帳簿書類等を用意することができない旨述べたので、本件担当職員は、帳簿書類等の提示がないと消費税等の課税仕入れの税額の控除が認められない旨伝えた。
コ 原告代表者は、平成２１年２月２３日、本件担当職員に架電し、乙税理士と連絡が取れない旨述べた。本件担当職員は、原告代表者に対し、これまで何度も期限を定めて帳簿書類等の提示を求めているにもかかわらず、帳簿書類等の提示をしないので、独自に調査を行う旨伝えるとともに、今後も帳簿書類等を用意する努力を続けるよう求めた。
サ 原告代表者は、平成２１年２月２６日、本件担当職員に架電し、乙税理士と連絡が取れない旨述べたので、本件担当職員は、このまま帳簿書類等を取り寄せられないと原告が不利益な処分を受けることになる旨伝えた。
シ 原告代表者は、平成２１年３月２日、本件担当職員に架電し、臨場の日を同月６日にしてほしい旨述べたので、本件担当職員は、同日に臨場する旨伝えた。
ス 本件担当職員は、平成２１年３月６日、原告事務所に臨場したが、原告代表者は、乙税理士と連絡が取れない旨述べ、帳簿書類等の一部のみしか提示しなかった。
セ 原告代表者は、平成２１年３月１７日、本件担当職員に架電し、別の税理士に原告の関与税理士となってもらうように折衝しており、乙税理士にも帳簿書類等を返却してもらいたい旨留守番電話で伝えた旨述べた。
ソ 本件担当職員は、平成２１年５月７日、原告代表者に架電し、乙税理士に預けている帳簿書類等以外の帳簿書類等を借りたい旨依頼し、訪問の日を同月１５日に調整するよう求めた。
タ 本件担当職員は、平成２１年５月１３日、乙税理士の自宅を訪問したが、乙税理士が不在であったため、同月２０日を帳簿書類等の提示期限とする旨記載した書面を郵便受けに投函した。
チ 本件担当職員は、平成２１年５月１３日から同月２０日まで、複数回にわたり、原告事務所や原告代表者の自宅に架電したが、電話はつながらなかった。
ツ 本件担当職員は、平成２１年５月２１日、原告事務所に架電し、電話に出た原告従業員に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。
さらに、本件担当職員は、同日、乙税理士の自宅を訪問したが、乙税理士が不在であったため、同月２８日を帳簿書類等の提示期限とする旨記載した書面を郵便受けに投函した。しかしながら、乙税理士は、本件担当職員に対し、帳簿書類等を提示せず、連絡も全くしなかった。
テ 本件担当職員は、平成２１年６月２９日、同月３０日及び同年７月１日等、複数回にわたり、原告事務所に架電し、電話に出た原告従業員に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。
しかしながら、原告代表者は、本件担当職員に対し、連絡をしなかった。
ト 本件担当職員は、平成２１年８月２１日、同月２８日を帳簿書類等の提示についての連絡期限とする旨記載した書面を原告代表者宛てに郵送した。
ナ 平成２１年８月２８日、原告代表者から本件担当職員に電話があったため、本件担当職員は、原告代表者に対し、同年９月２５日に原告事務所に臨場する旨伝えた。
ニ 原告代表者は、平成２１年９月１７日、本件担当職員に架電し、同月２５日は出張で臨場に応じられない旨述べた。その後も、原告代表者は、臨場予定日が近づくと臨場の日を延期してほしい旨述べ、臨場予定日は、同年１０月２日、同月９日、同月２３日と延期された。
ヌ 原告代表者は、平成２１年１０月２３日、本件担当職員に架電し、親族が病気なので同日の臨場を延期してほしい旨述べたので、本件担当職員は、臨場を延期することとし、後日連絡をするよう求めた。
(3) 平成２２年の本件調査への協力依頼等の経緯（乙８)
ア 本件担当職員は、平成２２年４月５日、同月７日、同月１３日、同月１６日及び同年５月１０日、原告事務所に架電し、電話に出た原告従業員に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼したが、原告代表者は、折り返し連絡をしなかった。
イ 原告代表者は、平成２２年５月１８日、本件担当職員に架電し、交通事故に遭遇したので、本件調査のうちＢ社に関するものについて、臨場の日の調整をしたい旨述べた。原告代表者が、この時、本件担当職員に対し、郵送での帳簿書類等の受渡しを申し出た事実は認められない。
ウ 本件担当職員は、平成２２年５月２７日、原告代表者の自宅に架電し、電話に出た原告の妻に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。また、本件担当職員は、同年７月２６日及び同月２８日、原告事務所に架電し、電話に出た原告従業員に対し、本件担当職員に連絡をするよう原告代表者に伝えてほしい旨依頼した。しかしながら、原告代表者は、本件担当職員に対し、連絡をせず、帳簿書類等も提示しなかった。
(4) 本件各処分
品川税務署長は、平成２２年７月３０日、本件各処分をした。（甲１ないし３、６、７)
２ 原告の主張について
(1) 平成２０年１１月２８日の帳簿書類等の提示の有無
原告は、本件担当職員が平成２０年１１月２８日に原告事務所に臨場したとき、帳簿書類等を提示した旨主張する。
しかしながら、原告が同日に帳簿書類等を提示したことを認めるに足りる証拠はない。
(2) 郵送での受渡しの拒否の有無
原告は、原告が郵送での帳簿書類等の受渡しを申し出たにもかかわらず、本件担当職員がこれを拒否したため、帳簿書類等を本件担当職員に提示することができなかった旨主張する。しかしながら、上記１(1)エ及び(3)イで認定したとおり、原告の主張する平成２０年１１月１７日及び平成２２年５月１８日に、原告がかかる申出をした事実は認められない。また、上記１(1)キのとおり、原告が平成２０年１２月１０日に原告の帳簿書類等について乙税理士から品川税務署に直接郵送する旨述べたことは認められるが、結局、乙税理士は帳簿書類等を郵送しなかったものであり、本件担当職員が郵送での帳簿書類等の受渡しを拒否したわけではない。
なお、上記１(2)アのとおり、本件担当職員が平成２１年１月１５日に原告代表者又は原告の責任のある者が直接帳簿書類等を引き渡すように協力を求めた事実は認められるが、あくまでも要望にとどまるものであって、郵送での帳簿書類等の受取りを拒否したわけではない。
(3) したがって、原告の主張はいずれも採用することができない。
３ 本件取消処分の適法性
(1) 青色申告の承認を受けている法人の帳簿書類の備付け等の義務
ア 法人税法が採用する申告納税制度が適正に機能するためには、納税義務者たる法人等が帳簿書類を備え付け、これに全ての取引を正確に記帳し、これを基礎として申告を行うことが必要である。そこで、同法は、法人等に対し、帳簿書類の備付け等を義務付け（同法１５０条の２第１項）、申告の正確性を担保する手段として、税務職員に対し、法人の帳簿書類を検査する権限を付与し（同法１５３条）、この検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はこの検査に関し偽りの記載をした帳簿書類を提示した者に対する罰則を定めている（同法１６２条２号及び３号）。そして、同法は、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励する趣旨で、一定の帳簿書類を備え付けている者に限って、税務署長の承認を受けて青色申告をすることを認め、上記の者に対し課税手続や税額計算等に関する各種の特典を与えている。青色申告の承認を受けている法人は、同法１５０条の２第１項とは別に、同法１２６条１項によって帳簿書類の備付け等が義務付けられているが、その帳簿書類が上記の検査の対象となることは当然のことである。
税務署長は、青色申告の承認を行うに当たって、青色申告の承認を申請した法人の帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令で定めるところに従って行われていることを確認し（同法１２３条）、青色申告の承認を受けている法人に対しても、帳簿書類について必要な指示をすることができ（同法１２６条２項）、この指示に従わなかった法人や、帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載した法人に対しては、青色申告の承認を取り消すことができるとされている（同法１２７条１項２号及び３号）。また、税務署長は、青色申告に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、更正をすることができるとされている（同法１３０条１項本文）。さらに、同法の委任を受けた法人税法施行規則５９条１項は、青色申告の承認を受けている法人は、帳簿書類を７年間保存しなければならないと規定しているが、この保存期間は、国税通則法７０条５項（平成２３年法律第１１４号による改正前のものをいう。以下同じ。）所定の更正の制限期間に符合するものである。これらの各規定は、全て、税務職員が、青色申告の承認を受けた法人の帳簿書類を適時に検査することができるように、その備付け、記録及び保存がされるべきことを当然の前提としているものということができ、そのようにして上記検査の円滑な実施が確保されることは、青色申告制度の維持に不可欠なものということができる。
イ そうすると、法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号の「帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていなかった場合」に該当するものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
(2) 本件への当てはめ
上記１で認定したとおり、本件担当職員は、平成２０年１０月１日に本件調査を開始して以降、２年近くにわたり、原告代表者に対して本件調査への協力依頼をし、帳簿書類等の提示を求めているが、原告代表者は、本件担当職員の電話連絡にも不誠実な対応をし、本件担当職員が臨場の日を一旦決めても出張や会議等を口実にその延期を求め、本件担当職員の臨場を殊更拒んでいる。そして、原告代表者は、本件担当職員から帳簿書類等の提示を求められても、乙税理士に預けていること等を理由にこれに応じず、乙税理士も、本件担当職員と接触すらしないものである。
したがって、原告は、本件調査において適法に帳簿書類等の提示を求められながら、正当な理由なくこれに応じようとせず、帳簿書類等の提示を拒否し続けたものであり、そのため、本件担当職員がその備付け、記録又は保存が正しく行われているか否かを確認することができなかったのであって、本件調査に対して適時に帳簿書類等を提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類等を保存していなかったものといわざるを得ず、同法１２７条１項１号に該当するというべきである。
よって、このような原告に対し、同条２項の規定に基づき、同条１項１号に該当する旨を本件取消処分に係る通知書に付記してした（甲１）本件取消処分は適法である。
４ 本件法人税更正処分の適法性
法人税法５７条１項は、確定申告書を提出する法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定し、同条１１項は、同条１項の規定は、同項の法人が欠損金額の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する旨規定しているところ、本件取消処分は適法であるから、平成１８年３月期以降の事業年度につき同項の規定は適用されない。
そうすると、原告の平成１８年３月期、平成１９年３月期及び平成２０年３月期の法人税における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、別紙３法人税における所得金額等のとおりであり、これは本件法人税更正処分における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額（甲３、６、７）といずれも同額であるから、本件法人税更正処分はいずれも適法である。
５ 本件消費税等更正処分の適法性
(1) 課税仕入れに係る消費税額の控除と帳簿等の保存
ア 消費税の納付すべき税額は、納税義務者である事業者が課税期間ごとにする課税資産の譲渡等についての確定申告により確定することが原則とされており（消費税法４５条１項、国税通則法１６条１項１号）、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長等の調査したところと異なる場合等に限り、税務署長等の処分により確定する（国税通則法１６条１項１号、２４条及び２５条）。
このような申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで、事業者は、政令で定めるところにより、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付けられており（消費税法５８条）、税務職員は、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとされ（同法６２条）、税務職員の検査を拒み、妨げ、又は忌避した者に対しては罰則が定められ（同法６５条４号）、税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようになっている。
同法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けているのは、その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしており、上記申告納税制度の趣旨・仕組み、上記各規定の趣旨からすれば、同法５８条は、事業者に対し、政令で定めるところにより、帳簿を備え付け、これに所定の事項を記録し、かつ、税務職員による検査に当たって適時に提示することが可能なように態勢を整えて保存しなければならないことを規定しているものと解するのが相当である。
イ 消費税法３０条１項は、事業者が、国内において課税仕入れを行った場合には、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間における課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額の合計額を控除するものとしているが、他方、同条７項は、「第１項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ（中略）の税額については、適用しない」と規定している。
同項は、同法５８条の場合と同様に、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしている（なお、事業者が国内において課税仕入れを行った場合には、課税仕入れに関する事項も同法５８条により帳簿に記録することが義務付けられている。）ものであり、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそのいずれも検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。同条１０項の委任を受けて同条７項に規定する帳簿及び請求書等の保存に関する事項を定める消費税法施行令５０条１項は、同法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者が、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、所定の日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならないことを定めているが、この保存期間は、国税通則法７０条５項所定の更正の制限期間に符合するものである。
消費税法３０条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿及び請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿及び請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。
ウ 以上によれば、事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁参照）。
(2) 本件への当てはめ
前記３(2)のとおり、本件担当職員は、社会通念上当然に要求される程度の努力を行って適法に帳簿等の提示を求めたにもかかわらず、原告が正当な理由なくこれを拒否し続けたため、帳簿等の保存の有無及びその記載内容を確認することができなかったものであって、原告は、本件調査に対して適時に帳簿書類等を提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類等を保存していなかったものといわざるを得ない。そして、当該保存をすることができなかったことについて災害その他のやむを得ない事情は見当たらないから（なお、原告は、当時多忙であったと主張するが、仮にそのような事実が認められたとしても、災害その他のやむを得ない事情と同視することはできない。）、消費税法３０条７項に基づき同条１項の課税仕入れに係る税額の控除をすることはできないものというべきである。
そうすると、原告の平成２０年３月課税期間の課税標準額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額は別紙４平成２０年３月課税期間の課税標準額等のとおりであり、本件消費税等更正処分における課税標準額、納付すべき消費税額及び地方消費税額に係る納付すべき譲渡割額（甲２）といずれも同額であるから、本件消費税等更正処分は適法である。
６ 本件賦課決定処分の適法性
本件消費税等更正処分は適法であるところ、原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額７７９万９１００円（別表６⑬欄参照）については、その計算の基礎となった事実のうちに、これを計算の基礎としなかったことについて国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認められるものがあるとは認められない。
したがって、同条１項の規定に基づき、本件消費税等更正処分に伴って賦課される過少申告加算税は、地方税法附則９条の９第１項及び３項の規定により本件消費税等更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額の合計額７７９万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額７７万９０００円と、同条２項の規定に基づき、原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額の合計額７７９万円のうち、５０万円を超える部分に相当する税額７２９万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３６万４５００円との合計額である１１４万３５００円となり、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲２）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
７ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官日暮直子
裁判官佐野義孝
別紙１
関係法令の定め
(1) 法人税法の定め
ア 法人税法（平成２２年法律第６号による改正前のものをいう。以下同じ。）５７条１項は、確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定し、同条１１項（平成１９年３月期以前については、平成１９年法律第６号による改正前の１０項をいう。）は、同条１項の規定は、同項の内国法人が欠損金額の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する旨規定している。
イ 法人税法１２１条１項は、内国法人は、納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、中間申告書、確定申告書及び清算事業年度予納申告書並びにこれらの申告書に係る修正申告書を青色の申告書により提出することができる旨規定している。
ウ 法人税法１２６条１項は、同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない旨規定している。
エ 法人税法１２７条１項１号は、同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき、その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていなかった場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨規定し、この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなす旨規定している。
また、同法１２７条２項は、税務署長は、同条１項の規定による取消しの処分をする場合には、同項の内国法人に対し、その取消しの処分の基因となった事実が同項各号のいずれかに該当するかを付記した書面によりその旨を通知する旨規定している。
オ 法人税法１５３条１項は、法人の納税地の所轄税務署の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人に質問し、又はその帳簿書類その他の物件を検査することができる旨規定している。
(2) 消費税法の定め
ア 消費税法３０条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のものをいう。以下同じ。）は、事業者が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨規定し、同条７項は、同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れの税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れの税額については、適用しない旨規定し、ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない旨規定している。
イ 消費税法５８条は、事業者は、政令で定めるところにより、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等又は課税仕入れに関する事項を記録し、かつ、当該帳簿を保存しなければならない旨規定している。
ウ 消費税法６２条１項は、事業者の納税地を所轄する税務署の当該職員は、消費税に関する調査について必要があるときは、納税義務がある者等に質問し、又はその者の事業に関する帳簿書類その他の物件を検査することができる旨規定している。
(3) 法人税法施行規則の定め
法人税法施行規則（平成２３年財務省令第３０号による改正前のもの。）５９条１項は、法人税法１２１条１項の承認を受けている内国法人は、次に掲げる帳簿書類を整理し、７年間、これを納税地（下記ウに掲げる書類にあっては、当該納税地又は下記ウの取引に係る法施行地内の事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地）に保存しなければならない旨規定している。
ア 法人税法施行規則５４条に規定する帳簿並びに当該青色申告法人の資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引に関して作成されたその他の帳簿
イ 棚卸表、貸借対照表及び損益計算書並びに決算に関して作成されたその他の書類
ウ 取引に関して、相手方から受け取った注文書、契約書、送り状、領収書、見積書その他これらに準ずる書類及び自己の作成したこれらの書類でその写しのあるものはその写し
(4) 消費税法施行令の定め
消費税法施行令５０条１項は、消費税法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない旨規定している。
以上
別紙２
被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性
ア 本件取消処分の根拠及び適法性
原告は、本件調査において、本件担当職員が約１年９か月にわたり、調査への協力及び帳簿書類等の提示を何度も求めたにもかかわらず、取引先に対する請求書の控え及び経費関係の領収書の一部を提示するのみで、帳簿書類等は原告の関与税理士に預けており、原告事務所には保管していない旨の回答に終始し、帳簿書類等を提示しなかった。
このように、税務職員が適法に帳簿書類等の提示を求めたにもかかわらず、原告が原告事務所には保管していない旨の回答に終始し、帳簿書類等を提示しなかったことは、税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類の備付け、記録及び保存をしていなかったものと同視され、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当するから、同条２項の規定に基づき、同条１項１号に該当する旨を本件取消処分に係る通知書に付記して行った本件取消処分は適法である。
イ 本件法人税更正処分の根拠及び適法性
(ア) 本件法人税更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成１８年３月期、平成１９年３月期及び平成２０年３月期の法人税における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額等は、それぞれ次のとおりである（なお、所得金額に「△」を付したものは、欠損金額を表す。以下同じ。）。
ａ 平成１８年３月期（別表１－１)
(ａ) 所得金額（別表１－１順号①、別表２－①ア）
△３４７万０４２３円
上記金額は、原告が平成１８年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１８年３月期確定申告書」という。）に記載した所得金額と同額である。
(ｂ) 所得金額に対する法人税額（別表１－１順号②）
０円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
(ｃ) 法人税額から控除される所得税額等（別表１－１順号③）
３４円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
(ｄ) 納付すべき法人税額（別表１－１順号④）
△３４円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
(ｅ) 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表１－１順号⑤、別表２－①エ）
７５０万０１７０円
上記金額は、本件法人税更正処分前の翌期へ繰り越す欠損金の額１０９７万０５９３円（別表２－①ウ）から、本件取消処分に伴い翌期へ繰り越すことができない欠損金の額３４７万０４２３円（上記(ａ)）を控除した金額である。
ｂ 平成１９年３月期（別表１－２)
(ａ) 所得金額（別表１－２順号①、別表２－②ア）
０円
上記金額は、原告が平成１９年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１９年３月期確定申告書」という。）に記載した所得金額と同額である。
(ｂ) 所得金額に対する法人税額（別表１－２順号②）
０円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
(ｃ) 法人税額から控除される所得税額等（別表１－２順号③）
６４５円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
(ｄ) 納付すべき法人税額（別表１－２順号④）
△６４５円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
(ｅ) 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表１－２順号⑤、別表２－②エ）
７４９万９２６４円
上記金額は、前記ａ(ｅ）の翌期へ繰り越す欠損金の額７５０万０１７０円から、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額９０６円（別表２－②イ）を控除した金額である。
ｃ 平成２０年３月期（別表１－３）
(ａ) 所得金額（別表１－３順号①、別表２－③ア）
０円
上記金額は、原告が平成２０年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成２０年３月期確定申告書」という。）に記載した所得金額と同額である。
(ｂ) 所得金額に対する法人税額（別表１－３順号②）
０円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
(ｃ) 法人税額から控除される所得税額等（別表１－３順号③）
２６８５円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
(ｄ) 納付すべき法人税額（別表１－３順号④）
△２６８５円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
(ｅ) 翌期ヘ繰り越す欠損金の額（別表１－３順号⑤、別表２－③エ）
３６９万４７９２円
上記金額は、前記ｂ(ｅ)の翌期へ繰り越す欠損金の額７４９万９２６４円から、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額３８０万４４７２円（別表２－③イ）を控除した金額である。
(イ) 本件法人税更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成１８年３月期、平成１９年３月期及び平成２０年３月期の所得金額、納付すべき法人税額（還付すべき税額）及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、前記(ア)で述べたとおりであるところ、本件法人税更正処分における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額といずれも同額であるから、本件法人税更正処分はいずれも適法である。
ウ 本件消費税等更正処分の根拠及び適法性
(ア) 本件消費税等更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２０年３月課税期間の課税標準額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額は、次のとおりである。
ａ 課税標準額（別表３順号①）
１億５５９８万４０００円
上記金額は、原告が平成２０年３月課税期間の消費税等の確定申告書の課税標準額に記載した金額と同額である。
ｂ 課税標準額に対する消費税額（別表３順号②）
６２３万９３６４円
上記金額は、原告が平成２０年３月課税期間の消費税等の申告書の消費税額に記載した金額と同額である。
ｃ 控除対象仕入税額（別表３順号⑤）
０円
上記金額は、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当することから、同法３０条１項の適用ができないことによるものである。
ｄ 納付すべき消費税額（別表３順号⑥）
６２３万９３００円
上記金額は、前記ｂの金額から前記ｃの金額を差し引いた金額である（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）。
ｅ 地方消費税（譲渡割）の課税標準となる消費税額（別表３順号⑨）
６２３万９３００円
上記金額は、前記ｄの納付すべき消費税額と同額である（地方税法７２条の７７第２号、７２条の８２）。
ｆ 納付すべき譲渡割額（別表３順号⑩）
１５５万９８００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記ｅの金額に１００分の２５の税率を乗じて算出した金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(イ) 本件消費税等更正処分の適法性
原告の平成２０年３月課税期間の消費税の課税標準額、納付すべき消費税額及び地方消費税額に係る納付すべき譲渡割額は、前記(ア)で述べたとおりであるところ、本件消費税等更正処分における課税標準額、納付すべき消費税額及び地方消費税額に係る納付すべき譲渡割額といずれも同額であるから、本件消費税等更正処分は適法である。
エ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
(ア) 本件賦課決定処分の根拠
前記ウのとおり、本件消費税等更正処分は適法であるところ、原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額７７９万９１００円（別表３⑬欄参照）については、その計算の基礎となった事実について、これを計算の基礎としなかったことについて国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認められるものがあるとは認められない。したがって、同条１項の規定に基づき、本件消費税等更正処分に伴って賦課される過少申告加算税は、地方税法附則９条の９第１項及び３項の規定により本件消費税等更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額の合計額７７９万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額７７万９０００円と、同条２項の規定に基づき、原告が新たに納付すべきこととなった消費税等の額の合計額７７９万円のうち、５０万円を超える部分に相当する税額７２９万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３６万４５００円との合計額である１１４万３５００円となる。
(イ) 本件賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件消費税等更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、上記(ア)のとおり１１４万３５００円であるところ、これは本件賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。以上
別紙３
法人税における所得金額等
(1) 平成１８年３月期（別表４－１)
ア 所得金額（別表４－１順号①、別表５－①ア）
△３４７万０４２３円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した所得金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４－１順号②）
０円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表４－１順号③）
３４円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表４－１順号④）
△３４円
上記金額は、原告が平成１８年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表４－１順号⑤、別表５－①エ）
７５０万０１７０円
上記金額は、本件法人税更正処分前の翌期へ繰り越す欠損金の額１０９７万０５９３円（別表５－①ウ）から、本件取消処分に伴い翌期へ繰り越すことができない欠損金の額３４７万０４２３円（上記ア）を控除した金額である。
(2) 平成１９年３月期（別表４－２)
ア 所得金額（別表４－２順号①、別表５－②ア）
０円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した所得金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４－２順号②）
０円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表４－２順号③）
６４５円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表４－２順号④）
△６４５円
上記金額は、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額(別表４－２順号⑤、別表５－②エ）
７４９万９２６４円
上記金額は、前記(1)オの翌期へ繰り越す欠損金の額７５０万０１７０円から、原告が平成１９年３月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額９０６円（別表５－②イ）を控除した金額である。
(3) 平成２０年３月期（別表４－３)
ア 所得金額（別表４－３順号①、別表５－③ア）
０円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した所得金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４－３順号②）
０円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した法人税額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額等（別表４－３順号③）
２６８５円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した法人税額から控除される所得税額等と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表４－３順号④）
△２６８５円
上記金額は、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した納付すべき法人税額（還付すべき税額）と同額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金の額（別表４－３順号⑤、別表５－③エ）
３６９万４７９２円
上記金額は、前記(2)オの翌期へ繰り越す欠損金の額７４９万９２６４円から、原告が平成２０年３月期確定申告書に記載した繰越欠損金の当期控除額３８０万４４７２円（別表５－③イ）を控除した金額である。
以上
別紙４
平成２０年３月課税期間の課税標準額等
ア 課税標準額（別表６順号①）
１億５５９８万４０００円
上記金額は、原告が平成２０年３月課税期間の消費税等の確定申告書の課税標準額に記載した金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表６順号②）
６２３万９３６４円
上記金額は、原告が平成２０年３月課税期間の消費税等の申告書の消費税額に記載した金額と同額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表６順号⑤)
０円
上記金額は、消費税法３０条７項に規定する「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当することから、同法３０条１項の適用ができないことによるものである。
エ 納付すべき消費税額（別表６順号⑥）
６２３万９３００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）。
オ 地方消費税（譲渡割）の課税標準となる消費税額（別表６順号⑨）６２３万９３００円上記金額は、前記エの納付すべき消費税額と同額である（地方税法７２条の７７第２号、７２条の８２）。
カ 納付すべき譲渡割額（別表６順号⑩）
１５５万９８００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記オの金額に１００分の２５の税率を乗じて算出した金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
以上
別表１－１～１－３、２、３、４－１～４－３、５及び６省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12202.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。