税務訴訟資料第２６３号－２０７（順号１２３３１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（上尾税務署長）
平成２５年１１月１２日棄却・控訴
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士山下清兵衛
北村美穂子
山下功一郎
田代浩誠
同補佐人税理士野口邦雄
被告
国
同代表者法務大臣谷垣禎一
処分行政庁
上尾税務署長
塩原義文
同指定代理人
大口紋世
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越すべき欠損金額が１８２７万８９０２円を下回る部分を取り消す。
３ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越すべき欠損金額が１１６９万４０７４円を下回る部分を取り消す。
４ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越すべき欠損金額が７０９万５１９４円を下回る部分を取り消す。
５ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税の額１６９万７３００円及び納付すべき地方消費税の額４２万４３００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
６ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税の額２１１万０６００円及び納付すべき地方消費税の額５２万７６００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
７ 上尾税務署長が平成２２年９月８日付けで原告に対してした平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税の額１９６万１５００円及び納付すべき地方消費税の額４９万０３００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、上尾税務署長が、原告に対する税務調査において帳簿書類等の提示を求めたものの原告がこれに応じなかったとして、原告に対し、①法人税法１２７条１項１号（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する「帳簿書類の備付け、記録又は保存が（略）行なわれていないこと」に該当することを理由に、法人税の青色申告の承認の取消処分をするとともに、②同取消処分を前提に、法人税につき欠損金の繰越控除を否認する更正処分をし、さらに、③消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（括弧内省略。以下同じ。）を保存しない場合」に該当することを理由に、同条１項の仕入税額控除の規定は適用されないとして、消費税及び地方消費税につき仕入税額控除を否認する更正処分並びに過少申告加算税賦課決定処分をしたところ、原告が、上記税務調査は違法であること、同税務調査に対する原告の対応は法人税法１２７条１項１号及び消費税法３０条７項に規定する各事由には該当しないこと等を理由に、上記各処分は違法であるとして、その取消しを求める事案である。なお、本判決における略語は、文中記載のもののほか、別紙２略語一覧表の例による。また、別紙３及び４で用いた略語は、本文においても用いることとする。
１ 関係法令等の定め
別紙３のとおり。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、文中記載の証拠（枝番号の記載は省略する。以下同じ。）及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実）
(1) 原告は、平成●年●月●日に設立された株式会社であり、標記の住所地に本店を置き、各種塗料の販売等を業としている。原告の代表取締役は甲であり、同人及びその妻が原告の発行済株式の全てを保有している。（甲１、１１）
(2) 乙税理士は、原告の設立以来の顧問税理士であり、原告の税務代理をしている（甲１、９、１１、１２）。
(3) 原告は、遅くとも平成１３年１２月期以降の法人税について、法人税法１２１条１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する青色申告の承認を受けて、青色申告をしていた（甲１）。
(4) 上尾税務署の職員である本件調査担当者らは、平成２１年８月１８日以降、原告に対する法人税及び消費税等に係る税務調査（本件調査）を行った。上尾税務署長は、本件調査の結果、原告につき、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由及び消費税法３０条７項に規定する同条１項の仕入税額控除規定の不適用事由に該当すると判断し、平成２２年９月８日付けで、原告に対し、本件各処分をした。
(5) 本件各処分及びこれに対する不服申立て等の経緯は、別表１ないし３に記載のとおりである。また、原告は、平成２４年３月１４日、本件各処分の取消しを求めて本件訴えを提起した。
３ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙４のとおりである。
なお、後記第３の争点以外の点や、争点に関する被告の主張が認められた場合の税額算定過程等については、当事者間に争いがない。
第３ 争点
１ 法人税法１２７条１項１号（青色申告の承認の取消事由）該当性
２ 消費税法３０条７項（仕入税額控除規定の不適用事由）該当性
第４ 争点に関する当事者の主張
１ 本件調査の経緯について
（被告の主張）
本件調査の経緯の概要は、次のとおりである。
(1) 本件調査担当者らは、平成２１年８月１８日、原告に臨場し、原告代表者及び乙税理士に対し、原告に対する法人税等の税務調査を実施したい旨伝え、調査への協力を要請したが、原告代表者及び乙税理士から、具体的な調査理由が開示されるまでは調査はさせない、同日の臨場当初は取引先のことで確認したいと言っていたにもかかわらず原告の調査を実施することは許されないなどとして、本件調査の実施を拒否された。
(2) その後も、本件調査担当者らは、本件調査の日程調整を依頼するため、平成２１年８月３１日、同年９月８日、同月１０日、同月１１日、同月１５日、同月２８日、同月３０日、同年１０月２１日、同月２２日、同月２７日、同月２９日、同月３０日、同年１１月５日、同月６日、同月２４日、同月２７日、同年１２月２日、平成２２年１月２０日、同月２５日、同月２７日、同年２月１日、同月３日、同月５日、同月８日、同月１５日、同年３月２４日、同年４月１９日及び同月２１日に乙税理士の事務所に電話をしたが、乙税理士の不在により、又は、乙税理士が、具体的な調査理由の開示がなければ原告代表者が調査に応じないと言っているとか、まだ日程調整中である旨述べるにとどまったことから、一向に本件調査が進展しなかった。そのため、本件調査担当者らは、同月２３日に原告代表者に直接連絡し、本件調査を実施するため同月２７日に臨場する旨告げ、同日臨場した上で、原告に対する法人税等の調査への協力及び帳簿書類の提示を依頼したが、原告代表者から拒否された。
(3) また、本件調査担当者らは、平成２２年５月１２日及び同月２０日、それぞれ原告宛ての通知文書を原告代表者に手交し、書面により、税務調査への協力及び臨場日時の通知並びに都合が悪い場合には対応可能な日程を連絡することの依頼をしたり、同年６月１１日、同月１８日、同月２３日、同年７月１２日及び同年８月２日にも、それぞれ原告宛ての通知文書を原告の郵便受けに投函又は郵送し、書面により、税務調査への協力及び対応可能な日程の連絡の依頼をするとともに、帳簿書類の提示がない場合には、結果として青色申告の承認が取り消されることになるほか、消費税の仕入税額控除ができなくなる可能性がある旨を説明したが、原告代表者から調査への協力及び帳簿書類の提示を拒否された。
(4) さらに、平成２２年５月２０日、同年６月４日、同月１８日、同月２９日、同年７月６日及び同年９月１日には、本件調査担当者らが原告に臨場し、原告代表者に対し、税務調査への協力を依頼するとともに、帳簿書類の提示を求め、提示がない場合、結果として青色申告の承認が取り消されることになるほか、消費税の仕入税額控除ができなくなる可能性がある旨を説明したが、調査への協力を得られず、帳簿書類の提示は拒否された。
原告は、同年７月６日の臨場の際、丙係官ら本件調査担当者らに対し、帳簿書類を保管していたとする段ボール箱の外観を見せたが、これは、外見上、帳簿書類を保管しているという状況だけを確認させることが目的であり、段ボール箱の中身を提示したわけではないから、帳簿書類を提示したものとはいえない。
(5) そして、本件調査担当者らは、平成２２年９月１日、原告に臨場した際、原告代表者に対し、同月７日までに本件調査へ協力する旨の連絡がない場合には、青色申告の承認の取消し及びこれに伴う法人税に係る更正並びに消費税等に係る仕入税額控除の否認の処理を進めることを告げた。
これに対し、原告が、電話で、被告側に対し、無条件で調査を受ける、すなわち帳簿書類の提示を行う旨を伝えたことはない。上尾税務署の丁総務課長（以下「丁総務課長」という。）は、同月３日、乙税理士からの電話を受け、「原告代表者はかなり折れてきている。私が説得して一緒に署まで行ってもいい。その際は、戊統括官だけではなく、法人課税第一統括官と副署長も同席してほしい。」旨を告げられたが、総務課長には法人課税部門の個別の調査について指揮命令する権限はなく、本件調査の日程や進め方について自己の判断で回答できる立場になかったことから、乙税理士に対し、調査の内容については回答できないので、要望を本件調査担当者らに伝える旨述べるにとどめたものであり、その際、
「９月７日の期限をなしにする」
などと発言したことはない。
その後、丁総務課長から上記電話の内容を聞いた本件調査担当者らは、あくまでも具体的な調査事由の開示を求めるものであって、本件調査への全面的な協力に応じるとの意思を伝えたものではないと判断し、そのほかにも、原告代表者及び乙税理士から本件調査に協力する旨の連絡がないまま、同月７日が経過したことから、本件各処分をすることとしたものである。（原告の主張）
本件調査の経緯の概要は、次のとおりである。
(1) 上尾税務署の丙係官及びＢ係官は、平成２１年８月１８日、原告又は関与税理士である乙税理士のいずれにも事前通知をしないまま、原告店舗を訪れ、原告代表者に対し、「お得意先のことで調べたいことがあるので帳簿を見させてもらいたい」と臨場の理由を告げた。原告代表者は、乙税理士に電話をし、乙税理士から「それは反面調査だから協力してあげなさい。」などと言われたため、丙係官らを別棟の応接室に通したところ、丙係官らは、前言を翻して原告に対する調査であると述べた。
その後到着した乙税理士は、丙係官らに対し、原告に臨場した法的根拠を質問したが、丙係官らも電話連絡を受けた戊統括官等も質問に答えられなかったことから、「本日はお引き取り願いたい。」旨を告げた。また、丙係官らは、調査理由について「所得金額の確認」と述べたのみで、具体的な理由は一切述べなかった。
(2) ２回目以降の調査においては、本件調査担当者らは、事前通知をしてから原告に臨場するようになったが、最初に突然来社しうそをついて調査しようとしたことや、法的根拠を知らなかったことについて、謝罪することはなく、調査理由についても、ただ「所得金額の確認」であるとの回答に終始した。
(3) 原告代表者は、もともと調査を拒否する考えはなかったことから、平成２２年７月６日、乙税理士の立会いの下、原告方で税務調査を受けるため、戊統括官及び丙係官に来てもらった。原告代表者及び乙税理士は、戊統括官らに対し、「所得金額の確認だけでなくもう少し具体的な理由を教えていただければ即座に帳簿書類の提示に応じる」旨を告げたが、回答を得られなかったことから、やむを得ず、「所得金額の確認」との理由だけでよいから調査に応じると伝えたが、戊統括官は、「今更言っても、もう遅い。」として調査する様子は全く見られなかった。そこで、原告代表者及び乙税理士は、帰ろうとする戊統括官らを、帳簿書類が保管されている場所に案内し、７年分の帳簿書類を年分の表示をした段ボール箱に各年に分けて整理したものを、積極的に提示した。すなわち、段ボール箱を開けて中に入っている帳簿を見せた上で、戊統括官に対して、「どうぞ他の段ボール箱も自由に開けて帳簿を見ていってください。」と言って調査を促した。しかし、戊統括官らは、保存状況は確認したものの、段ボール箱の中の帳簿書類を見ようとせずに帰った。
(4) その後、都合により調査日程の調整がつかなかったが、平成２２年９月１日、上尾税務署の担当者が原告を訪問し、原告代表者に対し、口頭で、同月７日までに連絡がなければ青色申告の取消し及び消費税の仕入税額控除の否認をする旨を告げた。
原告代表者から連絡を受けた乙税理士は、同月２日、国税庁納税支援室のＣ担当官に電話して相談したところ、すぐに上尾税務署に電話を入れるとの回答があった。
また、同月３日、原告代表者から無条件で調査を進めてもらうよう掛け合ってもらいたいとの連絡を受けた乙税理士は、戊統括官に電話をしたが、戊統括官は、その話を聞くことなく突然電話を切ってしまった。そこで、乙税理士は、やむを得ず、同日、上尾税務署の法人担当副署長に電話をし、電話口に出た丁総務課長に対し、戊統括官とのやり取りについて話をしたところ、「誠に申し訳ございません。改めて戊より電話をさせます。」との回答があった。また、乙税理士は、丁総務課長に対し、「無条件で調査に応じる。原告代表者を上尾税務署に連れて行く。日程調整してほしい。」と要請した、丁総務課長は、「その旨を協議します。平成２２年９月７日の期限はなしにします。」と回答した。
(5) しかし、戊統括官からの電話連絡がないまま、平成２２年９月８日に突然、上尾税務署の担当者が原告を訪れ、本件各処分の通知書が入った封筒を郵便受けに入れて帰った。
２ 本件調査（帳簿書類の提示要求）の適法性について
（原告の主張）
以下のとおり、本件調査は違法である。
(1) 違法な一般調査であること
質問検査権行使の拒否には刑事罰が定められていることからすれば、税務職員（国税庁、国税局又は税務署の職員をいう。以下同じ。）が質問検査権を行使する際には、法人税法１５３条、消費税法６２条１項に基づく質問検査権行使であることを明示しなければならない。本件調査は、質問検査権の行使である旨が明示されたことは一度もなく、法的根拠のない一般調査として違法である。また、このような法的根拠のない一般調査に基づいて何らかのペナルティを課すことはできない。
(2) 虚偽の調査目的を告げるなど社会的相当性を欠くこと
丙係官らは、平成２１年８月１８日、反面調査であると虚偽の調査目的を告げて原告社内に入った後、前言を翻して原告に対する調査である旨を告げたものである。このように、虚偽の調査理由を告げて、真の同意を得ることなく他者のプライバシー圏内に入ることは、社会的相当性を欠くものであって、違法である。
(3) 無予告調査の必要性を欠くこと
税務調査に当たり、質問検査の実施の日時場所の事前通知をすることは課税庁の法的義務である。平成１３年３月２７日付け国税庁長官発遣の「税務調査の際の事前通知について（事務運営指針）」は、税務調査に際しては、原則として、納税者に対して調査日時をあらかじめ通知することとし、例外的な無予告調査は、①業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等から見て、無予告調査でなければ申告内容等に係る事実の把握が困難であると想定される場合や、②事前通知により、調査忌避、妨害、帳簿書類等の破棄・隠ぺい等が予想される場合に限り行うものとしている。また、平成２３年法律第１１４号による通則法の改正により、税務調査に先立ち原則として事前通知を行わなければならないことが明文化されたが、同改正は、事前通知なしの調査が違法であることを確認したものといえる。さらに、税理士法３４条も事前通知の原則を定めている。
本件調査は、上記①、②のいずれの場合にも該当せず、無予告調査を行う必要性はなかったのに、無予告調査がされたものであり、質問検査権の裁量の範囲を超えたものであって、違法である。
(4) 具体的・客観的な調査理由の告知を欠くこと
質問検査権の行使は、納税者の真の同意に基づいて正当化されるものであるから、調査理由の開示は、その手続の適正を確保するために必要不可欠な要件である。特に青色申告者については、法律に基づき申告の正確性が担保されているのであるから、何らかの具体的な過少申告の疑いの理由を告知すべきである。
しかし、本件調査は、「所得金額の確認」という抽象的な理由の告知しかされず、具体的かつ客観的な調査理由が示されずに行われたものであり、違法である。
(5) 物理的に不可能な提示要求であること
本件調査では、数年分の帳簿書類の一括提示が求められていたが、これは物理的にも不可能な要求である。
（被告の主張）
以下のとおり、本件調査は、調査権限を有する本件調査担当者らにより、調査を行う必要があると判断された原告に対し、質問検査権に基づき適法に行われたものであり、これが違法である旨の原告の主張には理由がない。
(1) 本件調査は質問検査権に基づく調査であったこと
本件調査担当者らは、原告代表者らに対して、所得金額の確認である旨告げて帳簿書類の提示を求めるなど、質問検査権に基づき法人税等の調査を行っている。法人税法１５３条及び消費税法６２条１項には、質問検査権の行使であることを明示しなければならない旨の規定は存しないから、質問検査権を行使するに当たり、「質問検査権を行使する。」と述べなければならないというものではないし、日程調整を求める書面に、質問検査権の行使を示す事項が記載されていないことをもって、本件調査担当者らが質問検査権の行使をしていないことにはならない。
(2) 丙係官らは虚偽の説明をしていないこと
丙係官らは、原告に対し、平成２１年８月１８日に無予告で臨場した調査（以下「本件無予告調査」という。）の際、原告店舗及び原告事務室に客や従業員がいたことに配慮して、原告代表者に対し、臨場目的につき原告についての税務調査であるということをそのまま告げることを避け、確認したいことがあるので臨場した旨を告げ、その後、案内された別棟２階の原告応接室において、原告代表者が乙税理士及びＤ事務員を伴って戻って来た際、改めて臨場目的を問われたことから、原告に対する法人税等の税務調査のために臨場した旨伝え、調査への協力を要請した。このように、丙係官らが原告に対し、反面調査であると虚偽の調査目的を告げた事実はない。
(3) 無予告調査の実施及び調査理由の告知内容に違法はないこと
ア 税務調査に必要な質問検査の実施の日時場所の事前通知や、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知は、いずれも質問検査を行う上での法律上一律の要件とされているものではないから、税務職員の合理的な裁量に委ねられているというべきであり、税務職員が納税者に対してこれを行わなかったからといって、違憲ないし違法と解することはできない。
イ そして、本件調査に当たり、上尾税務署において、無予告調査の必要性を総合的に検討した結果、事前通知により事実の把握の困難性が予想されると判断して、原告に対して事前通知を行わずに臨場したものであり、このような無予告調査が事務運営指針に反するものではないし、合理的な裁量を逸脱したものでもない。
また、税理士法３４条は、税務調査の対象である納税者に対して日時場所を通知してその帳簿書類を調査する場合の規定であり、無予告調査を行うに当たり、税務代理権限証書を提出している税理士に対する事前通知がないからといって、それが同条に違反するものではない。
ウ また、丙係官らは、本件無予告調査において、原告代表者らに対し、原告に対する法人税等の税務調査を実施したい旨伝えるとともに、本件調査の理由につき、原告の所得金額の確認である旨告げており、同告知内容は、調査に際しての告知内容として、税務職員に認められた合理的な裁量の範囲内のものといえる。
３ 法人税法１２７条１項１号（青色申告の承認の取消事由）該当性について
（被告の主張）
(1) 法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号の趣旨及び解釈について
法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号の趣旨については、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁（以下「平成１７年最判」という。）が判示するとおりである。
すなわち、青色申告の承認を受けた法人において帳簿書類の備付け等が財務省令に従って行われていることを確認するためには、帳簿書類を閲覧、検査することが不可欠であるところ、これは納税者による帳簿書類の提示があって初めて可能となるものであるため、青色申告の承認を受けている納税者の帳簿書類の備付け等の義務は、税務職員の質問検査に応じてその帳簿書類を提示する義務をも当然に含んでいるものと解され、平成１７年最判も「法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、大蔵省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである。」などと判示している。そこで、平成１２年７月３日付け事務運営指針（平成１２年７月３日課法２－１０・課料３－１５・査調４－１２・査察１－３１）においても、「法第１２７条第１項第１号に規定する帳簿書類の備付け、記録又は保存（以下「帳簿書類の備付け等」という。）とは、単に物理的に帳簿書類が存在することのみを意味するにとどまらず、これを税務職員に提示することを含むものである。したがって、税務調査に当たり帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず調査対象者である法人がその提示を拒否した場合には、当該拒否は同号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当することになり、その提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。なお、帳簿書類の提示がない場合には、青色申告の承認の取消事由に該当する旨を告げて、帳簿書類を提示して調査に応ずるよう再三再四その説得に努める。この場合、調査対象者に対する説明等の応答の経過は、詳細に記録しておくことに留意する。」と定められている。当該事務運営指針は、平成１７年最判と同様の解釈に基づくものであり、合理的内容というべきである。
本件青色取消処分についても、事務運営指針にのっとって適正に行われており、何ら違法はない。
(2) 法人税法１２７条１項１号に該当すること
前記１（被告の主張）の本件調査の経緯のとおり、本件調査担当者らは、度重なる要請にもかかわらず原告代表者らから帳簿書類の提示がなかったことから、帳簿書類の提示がない場合には青色申告の承認の取消事由に該当する旨を告げて、帳簿書類を提示して調査に応じるよう、再三再四説得したが、平成２１年８月１８日から平成２２年９月７日に至るまで、原告代表者らから帳簿書類の提示はなかった（原告は同年７月６日に帳簿書類を提示したものではないし、同年９月３日に無条件で帳簿書類を提示する旨を明らかにしたものでもない。）。また、本件調査の経過に照らせば、帳簿書類の不提示について正当な理由があるとはいえない。このように、原告は、本件調査担当者らの適法な帳簿書類の提示要求に対し、正当な理由もなく帳簿書類の提示を拒否し続けたものであり、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しているとは認められず、原告には、法人税法１２７条１項１号に該当する事実があるから、上尾税務署長が原告に対してした本件青色取消処分は適法である。
（原告の主張）
(1) 法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号の解釈について
ア 租税法の解釈は、原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されない。そして、法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号は、「帳簿書類の備付け、記録又は保存」について規定するにすぎず、これに質問検査権行使に対する帳簿書類の提示を含めて解釈することは、租税法規の文理解釈の原則に反し、租税法律主義に違反するもので許されない。
イ そして、納税者は、争訟手続において、帳簿書類の保存の事実を主張立証することができるというべきであり、本件においては、その立証がされているから、同号には該当しない。
(2) 法人税法１２７条１項１号に該当しないこと
仮に法人税法１２７条１項１号に帳簿書類を提示しない場合が含まれるとしても、以下のことからすれば、原告の行為は同号に該当しない。
ア 本件調査は違法であること
前記２（原告の主張）のとおり、本件調査は違法である。
イ 原告は帳簿書類の提示要求に応じたこと
本件調査において、原告は、税務調査や帳簿書類の提示を拒否したことはなく、平成２２年７月６日及び同年９月３日には、本件調査担当者らの帳簿書類の提示要求に応じている。すなわち、原告は、同年７月６日、調査理由の開示を求めないで帳簿書類の提示に応じることとし、実際に、帳簿書類が保存されている場所へ調査担当者を案内し、各年に分けられた段ボール箱を示して、帳簿書類を提示したにもかかわらず、戊統括官らはこれを調査しようとしなかった。また、原告は、同年９月１日の態度表明要求を受けて、同月３日、乙税理士を通じて、丁総務課長に対し、無条件で調査を受け、帳簿書類を提示する旨を伝えたにもかかわらず、丁総務課長は、納税者支援調整官の立場にありながら苦情の解決・処理義務を怠り、乙税理士の上記回答を聞いた担当者の戊統括官及びＥ係官も、これをあえて無視して、提示拒否の外形を意図的に作出したものである。
なお、本件調査について、丙係官は、同年７月６日の臨場以後に原告から帳簿書類の提示がされると期待していた旨を証言するところ、その後に担当者が丙係官からＥ係官に変更し、同年９月１日に原告に対して税務調査に応じるかどうかの態度表明要求がされたのであるから、同日までの日程調整要求等は全てリセットされたというべきである。したがって、同日以降の原告の行動（具体的には同月３日の乙税理士と丁総務課長との電話による会話）が帳簿書類の提示拒否に該当するかどうかのみが問題となり、これが認められないのは上記のとおりである。
ウ 不提示と評価されるとしても、正当な理由があること
本件調査は、無予告で虚偽の調査理由を告げて開始された違法なものであるところ、原告が、なぜ虚偽説明をしてまで無予告調査をしたのかを知るため、調査理由の詳細を質問することは、納税者がその権利を守る上で当然のことである。これに対し、本件調査担当者らは、「所得金額の確認」との説明に終始し、自ら招いた納税者の信頼喪失を回復する努力をせず、原告が示した帳簿書類を確認しようともせず、さらに、原告側から電話で調査を受ける旨を伝えられたにもかかわらず調査をしなかった。
したがって、仮に原告が帳簿書類を提示しなかったと評価されるとしても、それは正当な理由に基づくものにほかならない。
４ 消費税法３０条７項（仕入税額控除規定の不適用事由）該当性について
（被告の主張）
(1) 仕入税額控除の趣旨及び要件について
消費税法３０条１項に規定する仕入税額の控除は、同法が、同法６条により非課税とされるものを除き、国内において事業者が行った資産の譲渡等（事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう。同法２条１項８号）に対して、広く消費税を課税する（同法４条１項）結果、取引の各段階で課税されて税負担が累積することを防止するため、前段階の取引に係る消費税額を控除することとしたものである。
申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならないため、事業者は、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付けられており（消費税法５８条）、税務職員は、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができ（同法６２条）、税務職員の検査を拒み、妨げ、又は忌避した者に対しては罰則が定められ、税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようにされている。
そして、同法３０条７項は、同法５８条の場合と同様に、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提として、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそのいずれをも検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、仕入税額控除に係る同条１項の規定を適用することができることを明らかにするものと解される。そのため、同条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿及び請求書等（以下「帳簿等」という。）を保存していない場合には仕入税額控除が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同年１２月２０日第二小法廷判決・裁判集民事２１５号１００５頁（以下、両判決を併せて「平成１６年各最判」という。）、平成１７年最判参照）。したがって、仕入税額控除が認められるためには、①課税仕入れ等に係る消費税額が真実存在することのみならず、②法定の事項を記載した仕入税額控除に係る帳簿等を納税者が保存していることが必要である。
また、同法３０条７項の趣旨を上記のように解する以上、納税者が、同項に規定する帳簿等を整理し、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、納税者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、帳簿等の保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額について、仕入税額控除は適用されないというべきである（平成１６年各最判、平成１７年最判参照）。したがって、消費税法３０条７項にいう「帳簿及び請求書等を保存」とは、単なる物理的な帳簿等の保存にとどまるものではなく、税務職員による適法な帳簿等の提示要求に対し、当該事業者がその保存の有無及びその記載内容を確認し得る状態に置くことをも意味する趣旨であると解するのが相当である。
なお、以上のとおり、同条１項に規定する仕入税額控除は、所定の帳簿等が保存されているときに限り適用されるものであって、仕入れの事実があれば当然に認められるべきものではない。また、同法上、同項に規定する課税仕入れ等に係る消費税額を実額又は推計のいずれかにより計算することなどは前提とされていない。したがって、推計等による仕入税額控除が認められるべきであるとする原告の主張には理由がない。
(2) 消費税法３０条７項に該当すること
前記１（被告の主張）の本件調査の経緯のとおり、本件調査担当者らは、原告に対し、本件調査において、再三再四、帳簿書類の提示を求めた上、課税仕入れに係る帳簿等の保存がなければ仕入税額控除が認められない旨の説明をしたにもかかわらず、税務調査への協力及び帳簿書類の提示をかたくなに拒否されたため、原告の帳簿書類等を確認できなかったものである。また、本件調査の経過に照らせば、帳簿書類の不提示について正当な理由があるとはいえない。そうすると、原告の帳簿等につき、消費税法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとは認められないから、同法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当する。
また、原告は、具体的な調査理由の開示及び事前通知をせずに臨場した理由の説明をしない限り、税務調査への協力及び帳簿書類の提示に応じないなどと申し立てて帳簿等の提示を拒み続けたものであり、同申立て内容が、同項に規定する「災害その他やむを得ない事情」に当たらないことは明白である上、原告はその他やむを得ない事情の存在を証明していない。したがって、当該保存がない帳簿等につき、同条１項の仕入税額控除の規定は適用されないというべきである。
（原告の主張）
(1) 仕入税額控除の趣旨及び要件について
ア 消費税法３０条７項にいう「保存」とは、その文理解釈上、保管を意味するのであって、税務調査の際の提示まで含むと解することはできない。また、仕入税額控除は、課税の累積を排除するものであり、消費税額を算定する上で本質的な要素であって、実体的な課税要件といえるところ、税務調査時における帳簿等の不提示という手続違反がこのような課税要件に影響を及ぼす理由はないし、そのような解釈は質問検査権の任意調査の性質にも反する。したがって、同項にいう「保存」に提示が含まれるとの解釈は、租税法律主義に違反するもので許されず、「保存」に提示は含まれないものと解すべきである。
イ そして、納税者は、争訟手続において、帳簿等の保存の事実を主張立証することができるというべきであり、本件においては、その立証がされているから、同項には該当しない。平成１６年各最判も、帳簿等の不提示は不保存を推認させるものと解したものであって、実際に帳簿等が保存されている場合にまで仕入税額控除の否認を認めたものではない。
ウ そもそも、消費税法３０条７項は、仕入消費税の支払に関する証明責任の規定であり、制裁規定ではない。すなわち、消費税に係る仕入税額控除の実体要件は、仕入消費税の仕入先への支払であり、帳簿等の保存という手続要件如何によって、仕入税額控除という実体的権利を喪失させることはできない。納税者は、訴訟において、仕入消費税の支払を証拠に基づき実額で立証（実額反証）することができ、その場合には仕入税額控除の否認は認められない。本件において、仕入消費税額が完済されていることに争いはないというべきであるし、領収証による立証も可能であるから、仕入税額控除を否認することはできない。また、売上げがある以上仕入れも当然に存在しており、所得税法や法人税法において仕入れが推計されているのと同様に、仕入高が判明しない場合には推計による仕入税額控除を認めるべきである。
仕入消費税を支払っているのに、仕入税額控除を否認するのは、二重課税をするものであって許されない。
(2) 消費税法３０条７項に該当しないこと
仮に消費税法３０条７項に帳簿等を提示しない場合が含まれるとしても、以下のことからすれば、原告の行為は同項に該当しない。
ア 本件調査は違法であること
前記２（原告の主張）のとおり、本件調査は違法である。
イ 原告は帳簿等の提示要求に応じたこと
前記３（原告の主張）(2)イのとおり、原告は、帳簿等の提示要求に応じている。
ウ 不提示と評価されるとしても、正当な理由があること
前記３（原告の主張）(2)ウのとおり、仮に原告が帳簿等を提示しなかったと評価されるとしても、それは正当な理由に基づくものにほかならない。
５ その他の主張
（原告の主張）
(1) 原告の行為が調査拒否と評価されるとしても、軽微な手続違反であり、これを理由に多額の税負担を強いる本件各処分は、比例原則に反する。
(2)本件消費税各更正処分の通知書には、理由が全く記載されていないから、理由附記の不備の違法がある。
（被告の主張）
(1) 上尾税務署長が本件各処分を選択したことについては、原告が度重なる本件調査担当者らの調査協力要請に対して拒否し続けたことなどに鑑みると、原告の受ける不利益の内容との権衡を勘案してもなお、処分の必要性の高さを基礎付ける具体的事情が認められ、比例原則違反による裁量権の逸脱、濫用の根拠となる事情が存在するとは解されない。
(2) 本件消費税各更正処分は、通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）その他の法律上、理由の附記が要求されているものではなく、その通知書に理由附記が行われていないことをもって違法とはいえないから、理由欠如の違法をいう原告の主張は失当である。
第５ 当裁判所の判断
１ 関係法令の規定の解釈について
(1) 法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号について
ア 法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない旨を定め、同法１２７条１項１号は、青色申告の承認を受けた内国法人につき、「その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行なわれていないこと」に該当する事実がある場合には、税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨を定めている。
イ 法人税法は、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励する趣旨で、一定の帳簿書類を備え付けている者に限って、税務署長の承認を受けて青色申告をすることを認め、上記の者に対し課税手続や税額計算等に関する各種の特典を与えているところ、青色申告の承認を受けている法人は、前記アのとおり、同法１５０条の２第１項とは別に、同法１２６条１項によって帳簿書類の備付け等が義務付けられているが、その帳簿書類が、申告の正確性を担保する手段である税務職員による検査（同法１５３条）の対象となることは当然のことである。そして、青色申告制度に関して法令上定められた帳簿書類の保存又は調査等についての諸規定は、全て、税務職員が、青色申告の承認を受けた法人の帳簿書類を適時に検査することができるように、その備付け、記録及び保存がされるべきことを当然の前提としているものということができ、そのようにして上記検査の円滑な実施が確保されることは、青色申告制度の維持に不可欠なものということができる。
そうすると、同法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（平成１７年最判参照）。
ウ 原告は、法人税法１２６条１項及び１２７条１項１号に規定する帳簿書類の備付け、記録又は保存に、質問検査権行使に対する帳簿書類の提示を含めて解釈することは、租税法律主義に反するもので許されない旨を主張する。しかし、同法１２６条１項及び１２７条１項１号に関する前記イの解釈は、同法に定める青色申告制度の仕組みや趣旨等を踏まえて、これらの規定の解釈として導かれるものであって、租税法律主義に反するものとはいえず、上記主張には理由がない。
また、原告は、納税者は、争訟手続において、帳簿書類の保存の事実を主張立証することができる旨を主張する。しかし、前記イのとおり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきであって、上記主張がこれと異なる趣旨をいうのであれば、採用することはできない。
(2) 消費税法３０条７項について
ア 消費税法３０条１項は、事業者が国内において課税仕入れを行った場合、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額の合計額を控除する旨を定め、同条７項は、同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ等の税額については適用しないが、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない旨を定め、さらに同条１０項の委任を受けた消費税法施行令５０条１項は、同法３０条１項の規定の適用を受けようとする者は、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、所定の期間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない旨を定めている。
イ 消費税法が採用する申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならないことから、事業者は、帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けられており（同法５８条）、その帳簿が税務職員による検査（同法６２条）の対象となり得ることは明らかである。そして、事業者が国内において課税仕入れを行った場合には、課税仕入れに関する事項も同法５８条により帳簿に記録することが義務付けられているから、税務職員は、上記の帳簿を検査して上記事頂が記録されているかどうかなどを調査することができる。同法３０条７項は、同法５８条の場合と同様に、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同法３０条８項所定の帳簿及び同条９項所定の請求書等を保存している場合において、税務職員がこれを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。
同条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿及び請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿及び請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。
以上によれば、事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである（平成１６年各最判参照）。
ウ 原告は、消費税法３０条７項に規定する帳簿等の保存に、質問検査権行使に対する帳簿等の提示を含めて解釈することは、租税法律主義に反するもので許されない旨を主張する。しかし、同項に関する前記イの解釈は、同法に定める申告納税制度、帳簿書類の備付け、記録及び保存義務並びに税務職員による検査制度の仕組みや趣旨等を踏まえて、同項の規定の解釈として導かれるものであって、租税法律主義に反するものとはいえず、上記主張には理由がない。
また、原告は、納税者は、争訟手続において、帳簿等の保存の事実を主張立証することができる旨を主張する。しかし、前記イのとおり、事業者が、同項に規定する帳簿等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たるものというべきであって、上記主張がこれと異なる趣旨をいうのであれば、採用することはできない。
さらに、原告は、消費税に係る仕入税額控除の実体要件は、課税仕入れに係る消費税の仕入先への支払であり、帳簿等の保存という手続要件如何によって、仕入税額控除という実体的権利を喪失させることはできないなどとして、納税者は、訴訟において、課税仕入れに係る消費税額を実額又は推計により主張立証することができ、その場合には仕入税額控除の否認は認められない旨を主張する。しかし、同法３０条７項は、「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」には、災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明しない限り、同条１項の仕入税額控除の規定を適用しないものと定めているのであって、上記主張のような解釈を採る余地はない。
２ 本件調査の経緯について
そこで、以上のような関係規定の解釈を踏まえて、本件について見ると、本件調査の経緯につき、文中記載の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次のとおりの事実を認めることができる。
(1) 本件調査の開始
上尾税務署長は、平成２１年７月下旬頃、原告の所得金額等を確認する必要があると認め、同署の法人課税第三部門に所属する戊統括官、丙係官及びＢ係官等に対し、原告に対する税務調査を行うよう命じた（乙１、弁論の全趣旨）。
(2) 平成２１年８月１８日
丙係官及びＢ係官（以下、この項において「丙係官ら」という。）は、平成２１年８月１８日、原告の税務調査のため、事前通知をすることなく、原告の本店所在地に臨場した。なお、原告の本店所在地の敷地内には、店舗部分及び事務室からなる建物と、応接室等からなる建物とがある（以下、特に区別せずに「原告本社」ということがある。）。
丙係官らは、原告本社の店舗又は事務室において、応対した原告代表者に対し、所属及び名前を名乗った上、確認事項があることから臨場した旨や帳簿書類を確認させてもらいたい旨を告げた。その後、丙係官らは、原告代表者に案内された別棟の応接室において、原告代表者及び原告代表者から税務職員が臨場したとの電話連絡を受けて到着した乙税理士に対し、原告の法人税等に係る税務調査のために臨場したこと、調査の理由は「所得金額の確認」であること、事前通知なしに臨場したのはこれまでの接触状況や現金の扱いの有無等を総合的に検討した結果であるが、その検討内容は調査対象者の選定に係るものであるため明らかにできないことを告げて、本件調査への協力を求めた。
これに対し、原告代表者及び乙税理士（以下、「原告代表者ら」ということがある。）は、丙係官らが臨場当初は得意先に係る反面調査であるとの虚偽を述べていたと主張して、それに対する不服を述べるとともに、調査の根拠条文や個別具体的な調査理由の開示を求めるなどして、調査への協力要請に応じず、丙係官らの辞去を求めた。
そこで、丙係官らは、同日の調査続行を断念し、乙税理士に対し、再度の臨場のための原告代表者との日程調整を依頼した上、原告本社を辞去した。（(2)につき、甲１１、１２、３１、３８、乙１、証人乙（以下「証人乙」という。）、丙（以下「証人丙」という。））（なお、原告は、丙係官らが臨場当初は得意先に係る調査すなわち反面調査であると告げた旨を主張し、原告代表者の陳述書（甲１１、３８）並びに乙税理士の証言及び陳述書（甲１２、３１）の内容も、これに沿うものである。しかし、①丙係官は、臨場当初は店舗内及び事務所内の客や従業員等の存在に配慮して税務調査である旨を明確に告げなかった旨を証言しており（乙１を含む。）、その内容に特に不自然な点はないし、ほかにも原告の上記主張を裏付ける客観的証拠はないこと、②丙係官らが、あえて、本来の目的（原告に対する税務調査）と異なり、第三者に係る税務調査である旨を告げる理由があったとは何らうかがわれないこと、③丙係官は、「取引先の状況」について確認させてもらいたい旨も告げたと証言するところ、原告代表者において、これをもって取引先を対象とする調査の趣旨であると誤解した可能性も否定できないこと、④原告の主張によれば、原告代表者は、丙係官らの臨場を受けて乙税理士にその旨を電話で連絡したところ、乙税理士から反面調査である旨を教示されたというのであり、乙税理士による電話での間接的な状況把握の際に、臨場の趣旨についての誤解が生じた可能性も否定できないこと等からすれば、原告主張の上記事実を認定することはできない。）
(3) 平成２１年８月３１日～平成２２年４月２１日
その後、戊統括官、丙係官又はＢ係官（以下、この項において「戊統括官ら」という。）は、原告に対する税務調査の日程を調整するため、平成２１年８月３１日、同年９月８日、同月１０日、同月１１日、同月１５日、同月２８日、同月３０日、同年１０月２１日、同月２２日、同月２７日、同月２９日、同月３０日、同年１１月５日、同月６日、同月２４日、同月２７日、同年１２月２日、平成２２年１月２０日、同月２５日、同月２７日、同年２月１日、同月３日、同月５日、同月８日、同月１５日、同年３月２４日、同年４月１９日及び同月２１日、乙税理士の事務所に電話をしたが、乙税理士が不在若しくは用務中であるとの理由で会話ができず、又は、乙税理士において、原告代表者との日程調整がついていない旨のほか、調査理由が「所得金額の確認」では足りず具体的な調査理由の開示がなければ調査には応じられないし、原告代表者も同様の意向である旨や、当初に無予告で臨場したこと等の本件調査の方法に対する不服を述べるなどしたことから、具体的な日程調整をするに至らなかった。この間、戊統括官らから乙税理士に対し、直接又はその事務所の事務員を通じて、具体的な調査候補日が複数回にわたり提示されたが、乙税理士は、そのいずれにも応じず、代わりの具体的な調査候補日を提示することもなかった。そこで、平成２１年４月２１日、戊統括官は、乙税理士に対し、電話で、原告代表者に対して直接連絡をする旨を告げた。（乙１、証人丙）
(4) 平成２２年４月２３日～６月２９日
ア 丙係官は、平成２２年４月２３日、原告代表者に電話をし、同月２７日に臨場する旨を告げた。
そして、戊統括官及び丙係官は、同日、原告本社に臨場し、対応した原告代表者に対し、平成２１年８月以降乙税理士に対して継続的に本件調査への協力依頼をしているが、調査理由の開示等について意見が対立し日程調整がつかなかったことから、原告代表者に直接説明するために臨場した旨を告げるとともに、原告の調査理由は「所得金額の確認」であることを説明し、本件調査への協力を要請した。これに対し、原告代表者は、原告の申告及び調査等については乙税理士に任せているため、乙税理士が調査を受け入れると判断しない限り調査には応じられない旨や、調査理由が「所得金額の確認」だけでは調査には応じかねる旨等を述べ、本件調査への協力には応じなかった。
イ 丙係官は、平成２２年５月１２日、同月２０日、同年６月１１日、同月１８日及び同月２３日付けで、
「法人税及び消費税等の調査について」と題する原告宛ての通知文書を作成し、これらを、原告代表者に対する手交、原告の郵便受けへの投函又は原告への郵送の方法により、原告に対して交付した。上記各文書には、①原告の法人税及び消費税等につき、これまで再三にわたり調査の依頼をしてきたが、未だ協力がなく調査が進展していない旨、②各文書記載の日時に臨場するので調査への協力を求める旨、③当日都合が悪い場合には、希望日を電話等により担当者宛てに連絡することを求める旨が記載されていた（ただし、同年５月２０日付け文書については①を除く。）。また、上記各文書のうち同年６月１１日付け、同月１８日付け及び同月２３日付け各文書には、④帳簿書類の提示がない場合には、法人税については青色申告の承認の取消処分の対象となるとともに、消費税については課税仕入れ等に係る帳簿及び請求書等の保存がないとみなされて仕入税額控除ができなくなる旨が記載されていた。さらに、上記各文書のうち同月１８日付け及び同月２３日付け各文書には、⑤臨場の際に、法人税については平成１７年１２月期から平成２１年１２月期までの各事業年度の青色申告に係る帳簿書類の提示を、消費税については平成１９年１２月課税期間から平成２１年１２月課税期間までの各課税期間の課税仕入れ等の事実を記入した帳簿及び同事実を証する請求書等の提示を求める旨が記載されていた。
また、丙係官、Ｂ係官又はＦ係官（以下、この項において「丙係官ら」という。）は、平成２２年５月１２日、同月２０日、同年６月４日、同月１８日及び同月２９日、原告本社に臨場し、本件調査への協力を求めた。
しかし、上記各文書で指定された日時について原告代表者らが都合が悪いと回答して代わりの候補日を示さなかったため臨場に至らなかったり、又は、丙係官らが原告本社に臨場しても、原告代表者が不在であったり、対応した原告代表者が具体的な調査理由の開示がなければ調査には応じられないとの意向を示したりして、結局、原告が本件調査への協力や帳簿書類の提示に応じることはなかった。
ウ この間、丙係官ら又は戊統括官は、原告代表者又は乙税理士に対し、電話によっても、本件調査への協力や調査日程の調整を継続的に求めていたが、原告代表者らは、具体的な調査理由の開示がなければ調査には応じられないとの意向を示すなどして、本件調査への協力に応じず、調査日程の調整も進まなかった。（(4)につき、甲１１、乙１、証人丙）
(5) 平成２２年７月６日
平成２２年６月２９日、戊統括官と乙税理士との電話により、同年７月６日を調査日とすることが決まった。
そこで、戊統括官及び丙係官（以下、この項において「戊統括官ら」という。）は、同日、原告本社に臨場し、原告側においては、原告代表者及び乙税理士が対応した。
原告代表者らが、調査担当者が当初反面調査と称して臨場したと主張してこれに対する不服を述べるとともに、具体的な調査理由や原告が調査対象となった理由の開示を求め、これがなければ本件調査への協力や帳簿書類の提示には応じられない旨を述べたのに対し、戊統括官らは、当初から原告を対象とする調査である旨を説明とするとともに、調査理由は「所得金額の確認」であり、それ以外に告げるべき理由はない旨を述べ、さらに、帳簿書類の提示を求め、これに応じない場合には、青色申告の承認の取消しや消費税の仕入税額控除の否認の対象となり、更正処分をすることになる旨を告げた。また、原告代表者らが、帳簿書類の保管状況を確認するよう求めたことから、戊統括官らが、保管状況だけではなく帳簿書類の中身を見せるよう求めたところ、原告代表者らは、先と同様に、具体的な調査理由の開示がなければ応じることはできない旨を述べた。
そこで、戊統括官らが、同日の調査の続行を断念し、近日中に法人税等の更正処分通知書を送付することとなる旨を告げて、原告本社を辞去しようとしたところ、原告代表者らは、戊統括官らに対し、原告の帳簿書類の保管状況を確認するように改めて求め、原告本社から車で数分を要する場所にある倉庫（以下「原告倉庫」という。）に戊統括官らを案内した。原告倉庫の２階において、原告代表者らは、戊統括官らに対し、数段に積み上げられた段ボール箱のかたまりを示し、平成１７年分ないし平成２１年分の５事業年度分の帳簿書類が保管されている旨を説明した。戊統括官らは、段ボール箱の外観は確認したものの、原告代表者らにおいて、段ボール箱の中身であるとする帳簿書類自体を取り出して提示することはなく、また、具体的な調査理由の開示がなければ帳簿書類の提示に応じることはできない旨のそれまでの姿勢を変更したわけでもなかったことから、同日の調査の続行は困難であると判断し、原告倉庫から辞去した。（(5)につき、甲１１、１２、３１、乙１、４、証人乙、丙）（なお、原告は、同日の調査につき、原告代表者らは戊統括官らに対し、段ボール箱を開けて中に入っている帳簿書類を見せた上で、他の段ボール箱も自由に開けて帳簿書類を見るよう告げて調査を促したものの、戊統括官らは段ボール箱の中の帳簿書類を見ようとせずに帰った旨を主張し、原告代表者の陳述書（甲１１）並びに乙税理士の証言及び陳述書（甲１２、３１）の内容も、これに沿うものである。しかし、①丙係官は、段ボール箱の中身の提示はなかったため、同日の調査は困難であると判断した旨を証言（乙１を含む。）し、その内容に特に不自然な点はないし、ほかにも原告の上記主張を裏付ける客観的証拠はないこと、②戊統括官らは、同日まで原告代表者らに対して繰り返し本件調査への協力や帳簿書類の提示を求めており、同日もその要請をしていたところ、原告代表者らから無条件で帳簿書類の提示がされたのに、あえてこれを放置して退席するとは考え難く、戊統括官らがこのような行動をとる理由があったとはうかがわれないこと、③後記(6)のとおり、同日以後も、本件調査担当者らは、原告代表者らに対し、本件調査への協力や帳簿書類の提示を繰り返し要請しており、原告代表者らも、従前どおり、具体的な調査理由の開示がなければこれには応じられないとの意向を示していたのであって、同日に限って無条件に帳簿書類の提示をしたとは考え難いこと等からすれば、原告主張の上記事実を認定することはできない。）
(6) 平成２２年７月６日後～９月１日
ア 平成２２年７月６日の臨場の後、本件調査の担当係官が、丙係官及びＢ係官から、Ｅ係官及びＧ係官に変更した。
イ Ｅ係官は、平成２２年７月１２日付け及び同年８月２日付けで、前記(4)イの①ないし⑤の各内容を記載した「法人税及び消費税等の調査について」と題する原告宛ての通知文書を作成し、これらを原告に郵送して交付した。
しかし、乙税理士から戊統括官又はＥ係官に対する電話で、上記文書で指定された各日時について原告の都合が悪いと回答があり、代わりの候補日も示されなかったため、臨場には至らなかった。また、その電話の際、乙税理士は、従前どおり、具体的な調査理由の開示を求めるとともに、本件調査の方法に対する不満を述べ、本件調査への協力や帳簿書類の提示に応じることはなかった。
ウ 戊統括官、Ｅ係官及びＧ係官（以下「戊統括官ら」という。）は、平成２２年９月１日、原告本社に臨場し、原告側においては原告代表者が対応した。
戊統括官らは、原告代表者に対し、調査担当者が替わった旨を告げ、本件調査への協力を要請するとともに、現在の状況では帳簿書類等の提示がなく確認できないことから、青色申告の承認の取消しとなり法人税の更正処分もされること、消費税については仕入税額控除が否認されて約６０００万円の納税義務が生じること等を説明した。これに対し、原告代表者は、従前とおり、具体的な調査理由の開示がなければ調査への協力はできない旨を述べた。そこで、戊統括官らは、調査理由は「所得金額の確認」でありそれ以外にはない旨を説明し、さらに、同月７日までに本件調査に全面的に協力するとの連絡がなければ、上記のとおりの処分をする処理を進める旨を告げた。（(6)につき、甲１１、１２、３１、３８、乙２、証人Ｅ（以下「証人Ｅ」という。））
(7) 平成２２年９月２日～本件各処分
ア 乙税理士は、平成２２年９月２日、国税庁の税務相談官に電話をし、本件調査に対する苦情を述べ、同相談官は、同日頃、上尾税務署の丁総務課長に電話をし、乙税理士から電話があった旨を伝えた。
イ また、乙税理士は、平成２２年９月３日、戊統括官に電話をし、国税庁の税務相談官に相談したことを告げ、同月１日の原告本社への臨場の件等について話をしたが、本件調査に応じる旨を告げることはなく、戊統括官は、途中で電話を切った。
さらに、乙税理士は、同月３日、上尾税務署の副署長宛てに電話をし、これに応答した丁総務課長に対し、戊統括官が電話を切ったことに抗議するとともに、原告代表者はかなり折れてきており、乙税理士が説得して原告代表者を上尾税務署に連れて行ってもよい旨、そのときには戊統括官だけでなく法人課税第一統括官及び副署長も同席してほしい旨を述べたことから、丁総務課長は、これを戊統括官に伝える旨を回答した。（なお、原告は、上記電話につき、乙税理士は、丁総務課長に対して、無条件で本件調査に応じる旨を告げ、その日程調整を依頼したものであり、丁総務課長は、これを了承し、同月７日の期限はなしにする旨を回答したと主張し、乙税理士の証言及び陳述書（甲１２、３１、３７、３９）の内容もこれに沿うものである。しかし、①丁総務課長は、このような会話の内容をいずれも明確に否定する証言（乙５を含む。）をしており、ほかにも原告の上記主張を裏付ける客観的証拠はないこと、②このとき乙税理士が無条件で調査に応じる意向であったのであれば、その前に戊統括官に電話をした際に、まずそのことを告げてしかるべきところ、原告の主張によってもそのような事実は存在しないこと、③仮に乙税理士が無条件で調査に応じる旨を告げたのであれば、丁総務課長及び本件調査担当者らがあえてこれを無視して、原告に対する課税処分手続を進めるとは考え難く、丁総務課長及び本件調査担当者らがこのような行動をとる理由があったとはうかがわれないこと、④総務課長であって個別事案の調査を担当していない丁総務課長において、回答期限の取消し等の本件調査の具体的内容について回答するとは考え難いこと等からすれば、原告主張の上記事実を認定することはできない。）
ウ 戊統括官らは、丁総務課長から上記の乙税理士の電話の内容を聞いたが、本件調査に全面的に協力するとの回答ではないと判断し、そのほかにも平成２２年９月７日までに原告代表者らからの連絡はなかったことから、本件各処分の手続を進めることとした。
そして、上尾税務署長は、同月８日付けで、本件各処分を行った。Ｅ係官及びＧ係官は、同日、原告本社に臨場し、原告代表者に対し、本件各処分をした旨を告げるとともに、その通知書を交付しようとしたが、原告代表者は、納得できないとしてその受取を拒否したため、Ｅ係官及びＧ係官は、これを原告の郵便受けに投函した。
エ 乙税理士は、平成２２年９月１０日、丁総務課長に対して電話をし、同月３日の電話の際に丁総務課長が戊統括官に電話させると言ったため、戊統括官からの電話を待っていたのに、本件各処分がされたなどとして、抗議をしたが、丁総務課長は、戊統括官に電話をさせるとは言っていないこと、同日の乙税理士からの申出の内容は戊統括官に伝えてあることを説明した。（(7)につき、甲１１、１２、３１、３７～３９、乙２、５、証人乙、丙、Ｅ、丁）
３ 本件調査（帳簿書類の提示の求め）の適法性について
前記２の認定事実のとおり、本件調査担当者らは、平成２１年８月１８日に原告本社に臨場して以降、平成２２年９月８日の本件各処分に至るまでの１年余りの間、原告に対し、原告本社に臨場して又は電話若しくは文書により、法人税等の税務調査（本件調査）への協力を繰り返し求め続けていたものであり、特に同年６月以降は、文書により又は臨場して、繰り返し明示的に、帳簿書類の提示がなければ法人税につき青色申告の承認の取消しの対象となるとともに消費税につき仕入税額控除の否認の対象となる旨を告げて、法人税の青色申告に係る帳簿書類及び消費税の課税仕入れ等の事実に係る帳簿等を提示するように求めていたものである。そして、本件調査における上記の帳簿書類（以下、特に明示しない限り、消費税については帳簿等を指すものとする。）の提示の求めは、以下のとおり、適法なものということができ、これに応じなかった場合には、法人税法１２７条１項１号該当性及び消費税法３０条７項該当性を肯定し得るものというべきである。
(1) 本件調査の性格について
原告は、本件調査は「質問検査権の行使」とはいえず、法的根拠のない一般調査として違法であり、これに基づいて何らかのペナルティを課すことはできない旨を主張する。その主張の趣旨は必ずしも明確ではないが、本件調査は法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づくものとはいえず、その過程でされた帳簿書類の提示を拒んだとしても、法人税に係る青色申告の承認の取消しの理由や消費税に係る仕入税額控除の規定の不適用の理由になるものではない旨をいうものと解される。
しかし、法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づく調査をするに当たって、「質問検査権の行使」である旨を告げなければならない旨の法令上の規定は存在せず、仮に本件調査担当者らがそのような告知をしなかったとしても、それだけで本件調査が法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づくものであることが否定されるわけではない。そして、前記２のとおり、本件調査は原告の法人税及び消費税等に関する調査として行われていたものであり、その調査に必要があるとして原告の帳簿書類の提示が求められていたのである上、本件調査担当者らは、原告代表者らに対し、その帳簿書類の提示の求めに応じなければ法人税に係る青色申告の承認の取消しや消費税に係る仕入税額控除の否認の対象となる旨を繰り返し明示的に告げていたのであって、このような帳簿書類の提示の求めの内容及び経緯に照らせば、この帳簿書類の提示の求めが、法人税法１２７条１項１号に基づく青色申告の取消しや消費税法３０条７項に基づく消費税に係る仕入税額控除の否認の基礎となり得る法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づく検査のためにされていたことは明らかであるし、原告においてもそのことを十分認識し得たものということができる。したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
(2) 本件調査の社会的相当性について
原告は、丙係官及びＢ係官（以下、この項及び次項において「丙係官ら」という。）は平成２１年８月１８日の臨場時に反面調査であると虚偽の調査目的を告げて原告本社内に入ったものであり、このような方法による調査は社会的相当性を欠き違法である旨を主張する。しかし、丙係官らが上記臨場時に得意先に係る調査ないし反面調査である旨を告げたと認められないことは前記２(2)のとおりであり、原告の上記主張は前提を欠き、採用することはできない。
なお、丙係官が同日中に原告に対する税務調査である旨を告げたことは原告も認めるところであり、その後も、本件調査は、一貫して原告に対する税務調査であることを前提にして進められていた。そうすると、原告は、帳簿書類を提示した場合にそれが原告に対する税務調査の目的で用いられることは当然に認識し得たのであるから、仮に上記臨場当初に丙係官らが原告主張のような発言をしたことがあったとしても、それが原告において以後の本件調査における帳簿書類の提示の求めを全て拒むことができる理由になるものということはできず、その意味においても、原告の上記主張を採用することはできない。
(3) 事前通知及び具体的・客観的な調査理由の告知を欠く点について
ア 法人税法１５３条及び消費税法６２条１項の規定は、国税庁、国税局又は税務署の調査権限を有する職員において、当該調査の目的、調査すべき事項、申請、申告の体裁内容、帳簿等の記入保存状況、相手方の事業の形態等諸般の具体的事情に鑑み、客観的な必要性があると判断される場合には、職権調査の一方法として、所定の者に質問し又は帳簿書類その他の物件の検査を行う権限を認めた趣旨のものであって、この場合の質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、上記の質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解され、また、実施の日時場所の事前通知、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知が質問検査を行う上での法律上一律の要件とされているものではないと解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁参照）。
イ 原告は、本件調査につき、「所得金額の確認」という抽象的な調査理由のみしか告知せず、具体的かつ客観的な調査理由を示さずにされたものであり、違法である旨を主張する。しかし、前記アのとおり、法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づく調査をするに当たり、調査の理由の個別的、具体的な告知をすることは、法律上一律の要件とされているものではなく、当該調査における質問検査の範囲、程度、時期等に応じて、税務職員の合理的な裁量に委ねられているものというべきである。
これを本件について見ると、本件調査担当者らが本件調査において具体的に検査の対象として言及したのは帳簿書類のみであるところ、原告は、法人税法１２１条１項に規定する青色申告の承認を受けて青色申告をしていた法人であり（前記前提事実(3)）、また、消費税につき課税仕入れに係る消費税額があるとして消費税法３０条１項に基づきこれを控除する内容の申告をしていたものであるから（甲９）、法人税法１２６条１項、１２７条１項１号及び消費税法３０条７項に基づき、申告の正確性を担保する手段である税務職員による検査の対象となることを前提として、法人税法１２６条１項に規定する帳簿書類及び消費税法３０条７項に規定する帳簿等を保存すべき義務を課されていたものである（前記１(1)イ、(2)イ）。しかるに、原告は、本件調査に至るまでの相当な期間、税務職員による帳簿書類の検査を受けたことはなかったことがうかがわれる（弁論の全趣旨）。そうすると、申告の正確性を担保する手段である税務職員による検査の対象となることを前提として帳簿書類を保存すべきことを定めた法人税法１２６条１項、１２７条１項１号及び消費税法３０条７項の趣旨に照らせば、原告については、保存している帳簿書類を検査する客観的な必要性を肯定し得る状況にあったということができる。そして、このような帳簿書類の検査の性質に照らせば、本件調査における帳簿書類の提示の求めについて、告げられた調査理由が「所得金額の確認」であり、それ以上に個別的、具体的な調査理由の開示がなかったとしても、帳簿書類を提示する原告に社会通念上不相当な不利益が生じるものとは考えられず、それが税務職員の合理的な裁量の範囲を超えるものともいえない。したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
ウ また、原告は、丙係官らが平成２１年８月１８日に事前通知なしに原告本社に臨場したことについて、質問検査権の裁量の範囲を超えたものであって、違法な無予告調査である旨を主張する。
しかし、前記アのとおり、法人税法１５３条及び消費税法６２条１項に基づく調査をするに当たり、実施の日時場所の事前通知をすることは、法律上一律の要件とされているものではなく、税務職員の合理的な裁量に委ねられているものというべきである。そして、丙係官らが同日に事前通知なしに臨場したのは、上尾税務署においてこれまでの接触状況や現金の扱いの有無等を検討した結果であるものと認められ（前記２(2)参照）、それが税務職員の合理的な裁量の範囲を超えるものとはいえないから、原告の上記主張を採用することはできない。また、原告は税理士法３４条違反も主張するが、同条は、あらかじめ日時場所を通知して帳簿書類を調査する場合の規定であって、事前通知なしに臨場して調査する場合の規定ではないから、同日の臨場について適用されるものではなく、同主張には理由がない。なお、前記２のとおり、本件調査において、本件調査担当者らは、同日の臨場以後、原告に対し、臨場調査の日程調整を繰り返し求めるとともに、臨場する日時を明示した通知文書等により帳簿書類の提示を求めていたものであり、原告は、あらかじめ調査の日時場所を知り得る状況の下で帳簿書類の提示を求められていたものである。そうすると、仮に同日に事前通知なしに臨場したことに何らかの瑕疵があったとしても、それが原告において以後の本件調査における帳簿書類の提示の求めを全て拒むことができる理由になるものということはできず、その意味においても、原告の上記主張を採用することはできない。
エ さらに、原告は、本件調査では数年分の帳簿書類の一括提示という物理的に不可能な要求がされていた旨を主張する。
確かに、本件調査においては、法人税については平成１７年１２月期から平成２１年１２月期までの各事業年度の青色申告に係る帳簿書類、消費税については平成１９年１２月課税期間から平成２１年１２月課税期間までの各課税期間の課税仕入れ等の事実に係る帳簿等の提示が求められていたものである（前記２(4)イ、(6)イ）。しかし、帳簿書類の提示の具体的方法まで指定されていたわけではなく、当該帳簿書類の分量や保存場所等に応じた適宜の方法による提示をすることを許容しない趣旨とは解されないから、上記のような提示の求めについて、物理的に不可能な要求ということはできず、原告の上記主張を採用することはできない。
(4) その他
以上のほかにも、本件調査における帳簿書類の提示の求めを違法とすべき事情は見当たらない。
４ 法人税法１２７条１項１号該当性について
(1) 原告が帳簿書類の提示の求めに応じたか否か等について
ア 前記２の認定事実のとおり、原告代表者らは、本件調査につき、本件調査担当者らが提示した調査日を拒否する一方で代わりの候補日を提示しないなどして日程調整に協力しなかった上、本件調査担当者らによる原告本社への臨場時や電話での連絡時には、本件調査への不満を述べるとともに、具体的な調査理由の開示がなければ本件調査への協力には応じられないとの対応に終始し、求められた帳簿書類の提示をしなかったことから、本件調査担当者らは、平成２１年８月１８日に原告本社に臨場してから平成２２年９月８日の本件各処分に至るまでの間、原告の帳簿書類の内容を確認することができなかったものである。
イ この点につき、原告は、平成２２年７月６日の臨場の際に、段ボール箱に入れられた帳簿書類を提示した旨を主張する。
しかし、前記２(5)のとおり、同日の臨場の際には、原告代表者らは、本件調査担当者らに対し、帳簿書類が保管されているとする段ボール箱の外観を確認させたにとどまり、その中身であるとする帳簿書類自体を提示したものではないから、同日の原告代表者らの対応をもって、本件調査担当者らによる帳簿書類の提示の求めに応じたものと認めることはできない。
ウ また、原告は、平成２２年９月１日の「態度表明要求」により、それまでの本件調査担当者らの要求は全てリセットされ、同日以降の原告の行動が帳簿書類の提示拒否に該当するかどうかのみが問題となる旨を主張する。
しかし、本件調査担当者らは、平成２１年８月１８日以降、原告に対し、本件調査への協力や帳簿書類の提示を繰り返し求め続けていたものであり、これに対する原告代表者らの対応を踏まえて、平成２２年９月１日、同月７日までに本件調査に全面的に協力するとの連絡がなければ本件各処分をする処理を進める旨を告げたのであるから、それまでの本件調査担当者らの要求が全てリセットされたなどといえないことは明らかであるし、税務職員による検査に当たって適時に提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していたかどうかの判断につき、本件調査全体を通じた帳簿書類の提示の求めに対する原告の対応が考慮の対象となるのは当然のことである。
そして、乙税理士は、同月３日、上尾税務署の丁総務課長に対し、電話で、原告代表者はかなり折れてきており、乙税理士が説得して原告代表者を上尾税務署に連れて行ってもよい旨を告げたものの、無条件で本件調査に応じると述べたとは認められないところ（前記２(7)イ）、それまで、原告代表者らは具体的な調査理由の開示がなければ本件調査への協力には応じられないとの対応に終始し、求められた帳簿書類を提示することもなかったことを考慮すれば、同日の電話については、原告が将来的に調査ないし提示に応じる姿勢に転じる可能性があることを示したという程度のものにとどまり、この電話をもって、原告が帳簿書類の提示の求めに応じたということはできない。なお、このことは、原告が帳簿提示の求めに応じたかどうかの問題であって、丁総務課長が苦情処理の職責を負っていたかどうかによって左右されるものではない。
エ そして、調査理由の開示の点を含めて本件調査における帳簿書類の提示の求めが適法であることは前記３のとおりであるし、そのほかにも原告が本件調査における帳簿書類の提示の求めに応じ難いとする理由が格別あったものとは認められない。
(2) 小括
以上によれば、原告は、本件調査担当者らから原告に対する税務調査において適法に帳簿書類の提示を求められ、これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、帳簿書類の提示を拒み続けたものということができる。そうすると、原告は、本件調査が行われた時点で所定の帳簿書類を保管していたかどうかにかかわらず、法人税法１５３条に基づく税務職員による帳簿書類の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべきであり、同法１２７条１項１号に該当する事実があるものということができる。
したがって、原告については、本件調査において帳簿書類の提示を求められていた平成１７年１２月期にさかのぼって、法人税に係る青色申告の承認の取消しの対象となる。
５ 消費税法３０条７項該当性について
前記３及び４のとおり、原告は、本件調査担当者らから原告に対する税務調査において適法に帳簿等の提示を求められ、これに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、帳簿等の提示を拒み続けたものということができる。そうすると、原告は、本件調査が行われた時点で所定の帳簿等を保管していたかどうかにかかわらず、消費税法６２条に基づく税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存することをしていなかったというべきであり、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たるものということができる。また、当該保存をすることができなかったことにつき、同項にいう「災害その他やむを得ない事情」の証明があったとはいえない。
したがって、原告については、本件調査において帳簿等の提示を求められていた平成１９年１２月課税期間から平成２１年１２月課税期間までの各課税期間につき、消費税法３０条１項の仕入税額控除の規定は適用されないものというべきである。
６ その他の原告の主張について
(1) 原告は、軽微な手続違反を理由に多額の税負担を強いる本件各処分は、比例原則に反する旨を主張する。
しかし、本件について法人税法１２７条１項１号該当性及び消費税法３０条７項該当性が認められるのは前記４及び５のとおりであるところ、上記各規定の趣旨に照らせば、それが軽微な手続違反であるといえないし、本件各処分は上記各規定により法律上導かれる結果であることからしても、本件各処分が比例原則に反して違法ということはできない。
(2) また、原告は、本件消費税各更正処分の通知書には理由が記載されていないから、理由附記の不備の違法がある旨を主張する。
しかし、本件消費税各更正処分当時、消費税の更正処分について理由を附記すべきことを定めた法令上の規定は存在しなかったから、通知書に理由が附記されていないことをもって、本件消費税各更正処分が違法であるということはできない。
７ 本件各処分の適法性について
本件各処分の根拠及び適法性につき、以上の点を除けば当事者間に争いはないから（前記第２の３）、本件各処分はいずれも適法ということができる。
第６ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官竹林俊憲
裁判官貝阿彌亮
別紙１
指定代理人目録
森本利佳福井聖二増尾博史角木渉
以上
別紙２
略語一覧表
消費税等
消費税及び地方消費税
法人税等
法人税、消費税等
本件調査
原告に対する法人税等の調査
平成１７年１２月期
原告の平成１７年１月１日から平成１７年１２月３１日
までの事業年度
平成１８年１２月期
原告の平成１８年１月１日から平成１８年１２月３１日
までの事業年度
平成１９年１２月期
原告の平成１９年１月１日から平成１９年１２月３１日
までの事業年度
平成２０年１２月期
原告の平成２０年１月１日から平成２０年１２月３１日
までの事業年度
平成２１年１２月期
原告の平成２１年１月１日から平成２１年１２月３１日
までの事業年度
本件各事業年度
平成１７年１２月期、平成１８年１２月期及び平成２１
年１２月期
平成１９年１２月課税期間
原告の平成１９年１月１日から平成１９年１２月３１日
までの課税期間
平成２０年１２月課税期間
原告の平成２０年１月１日から平成２０年１２月３１日
までの課税期間
平成２１年１２月課税期間
原告の平成２１年１月１日から平成２１年１２月３１日
までの課税期間
本件各課税期間
平成１９年１２月課税期間、平成２０年１２月課税期間
及び平成２１年１２月課税期間
本件青色取消処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成１７年１２月期以後の青色申告の承認の取消処分
平成１７年１２月期法人税
更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成１７年１２月期の法人税の更正処分
平成１８年１２月期法人税
更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成１８年１２月期の法人税の更正処分
平成２１年１２月期法人税
更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成２１年１２月期の法人税の更正処分
本件法人税各更正処分
平成１７年１２月期法人税更正処分、平成１８年１２月
期法人税更正処分及び平成２１年１２月期法人税更正
処分
平成１９年１２月課税期間
消費税更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成１９年１２月課税期間の消費税等の更正処分
平成２０年１２月課税期間
消費税更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成２０年１２月課税期間の消費税等の更正処分
平成２１年１２月課税期間
消費税更正処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成２１年１２月課税期間の消費税等の更正処分
本件消費税各更正処分
平成１９年１２月課税期間消費税更正処分、平成２０年
１２月課税期間消費税更正処分及び平成２１年１２月課
税期間消費税更正処分
本件消費税各賦課決定処分
上尾税務署長が原告に対し平成２２年９月８日付けでし
た平成１９年１２月課税期間、平成２０年１２月課税期
間及び平成２１年１２月課税期間消費税等の過少申告加
算税の賦課決定処分
本件消費税各処分
本件消費税各更正処分及び本件消費税各賦課決定処分
本件各処分
本件青色申告取消処分、本件法人税各更正処分、本件消
費税各更正処分及び本件消費税各賦課決定処分
丙係官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門の丙上席国税
調査官
Ｂ係官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門のＢ国税調査
官
戊統括官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門の戊統括国税
調査官
Ｈ統括官
本件調査時、上尾税務署法人課税第１部門のＨ統括国税
調査官
Ｆ係官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門のＦ上席国税
調査官
Ｅ係官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門のＥ上席国税
調査官
Ｇ係官
本件調査時、上尾税務署法人課税第３部門のＧ上席国税
調査官
本件調査担当者ら
以上の係官及び統括官の総称、又は、いずれかの複数係
官若しくは統括官をいう場合もある。
原告代表者
原告の代表取締役である甲
乙税理士
原告の税務代理をする乙会計法務事務所の訴外乙税理士
Ｄ事務員
原告の税務代理をする乙会計法務事務所のＤ事務員
通則法
国税通則法
以上
別紙３
関係法令の定め
第１ 法人税法関係
１ 法人税法１２６条１項（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）同法１２１条１項又は２項（青色申告）の承認を受けている内国法人は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない。
２ 法人税法１２７条１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に定める事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす。
１号その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行なわれていないこと。当該事業年度
２号～５号略
３ 法人税法１５３条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）１項国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人（連結親法人の納税地の所轄税務署又は所轄国税局の当該職員がその連結親法人の各連結事業年度の連結所得に対する法人税に関する調査について必要があるときは、連結子法人を含む。）に質問し、又はその帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録（略）の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）その他の物件を検査することができる。
第２ 消費税法関係
１ 消費税法３０条１項
事業者が、国内において行う課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の同法４５条１項２号に掲げる課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）及び当該課税期間における保税地域からの引取りに係る課税貨物（他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）につき課された又は課されるべき消費税額（附帯税の額に相当する額を除く。）の合計額を控除する。
１号国内において課税仕入れを行った場合当該課税仕入れを行った日
２号、３号略
２ 消費税法３０条７項
同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（同項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額の合計額が少額である場合その他の政令で定める場合における当該課税仕入れ等の税額については、帳簿）を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ又は課税貨物に係る課税仕入れ等の税額（「課税仕入れ等の税額」とは、同項の規定により控除する課税仕入れに係る消費税額及び同項に規定する保税地域からの引取りに係る課税貨物につき課された又は課されるべき消費税額をいう（同条２項）。）については、適用しない。ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない。
３ 消費税法施行令５０条１項
消費税法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月（清算中の法人について残余財産が確定した場合には１月とする。）を経過した日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない。ただし、財務省令で定める場合に該当する同条７項に規定する帳簿又は請求書等については、同日から５年間を超えて保存することを要しない。
４ 消費税法６２条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）１項国税庁の当該職員又は事業者の納税地を所轄する税務署若しくは国税局の当該職員は、消費税に関する調査について必要があるときは、次に掲げる者に質問し、又はその者の事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録（略）の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）その他の物件を検査することができる。
１号納税義務がある者、納税義務があると認められる者又は同法４６条１項の規定による申告書を提出した者
２号前号に掲げる者に金銭の支払若しくは資産の譲渡等をする義務があると認められる者又は同号に掲げる者から金銭の支払若しくは資産の譲渡等を受ける権利があると認められる者以上
別紙４
本件各処分の根拠及び適法性（被告の主張）
第１ 本件法人税各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件法人税各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度の所得金額及び納付すべき法人税額は、次のとおりである。
(1) 平成１７年１２月期（別表４及び５「平成１７年１２月期」）
ア 所得金額（別表４・順号④）△２４６万２６８８円
上記金額は、原告が平成１８年２月２８日に上尾税務署長に提出した平成１７年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年１２月期法人税確定申告書」という。）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑤）０円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額（別表４・順号⑥）３８円
上記金額は、法人税法６８条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）に規定する法人税額から控除される所得税の額であり、平成１７年１２月期法人税確定申告書の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
エ 差引合計税額（別表４・順号⑦）△３８円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額であり、平成１７年１２月期法人税確定申告書の「所得税額等の還付金額」欄に記載された金額と同額である。
オ 翌期へ繰り越すべき欠損金額（別表４・順号⑧）１５８１万６２１４円
上記金額は、法人税法５７条１項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）の規定に基づき翌事業年度に繰り越される欠損金額である。
本件青色取消処分に伴い、原告の平成１７年１２月期確定申告書は青色申告書以外の申告書となることから、法人税法５７条１０項（平成１９年法律第６号による改正前のもの。）に規定する「欠損金額（括弧内省略）の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し」との要件に該当しなくなったため、同項の適用はなく、翌事業年度に繰り越される欠損金額は、平成１３年１２月期から繰り越された青色欠損金額６５８万４８２８円と平成１４年１２月期から繰り越された青色欠損金額９２３万１３８６円との合計額である（別表５・順号⑬「平成１７年１２月期」欄参照）。
(2) 平成１８年１２月期（別表４及び５「平成１８年１２月期」欄）
ア 所得金額（別表４・順号④）０円
上記金額は、原告が平成１９年２月２８日に上尾税務署長に提出した平成１８年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１８年１２月期法人税確定申告書」という。）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑤）０円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額（別表４・順号⑥）２７円
上記金額は、法人税法６８条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）１項に規定する法人税額から控除される所得税の額であり、平成１８年１２月期法人税確定申告書の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
エ 差引合計税額（別表４・順号⑦）△２７円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額であり、平成１８年１２月期法人税確定申告書の「所得税額等の還付金額」欄に記載された金額と同額である。
オ 翌期へ繰り越すべき欠損金額（別表４・順号⑧）９２３万１３８６円
上記金額は、法人税法５７条１項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し、平成１９年法律第６号による改正前のもの。）の規定に基づき翌事業年度に繰り越される欠損金額であり、平成１４年１２月期から繰り越された青色欠損金額である（別表５・順号②「平成１８年１２月期」欄参照）。
(3) 平成２１年１２月期（別表４及び５「平成２１年１２月期」欄）
ア 所得金額（別表４・順号④）△４７４万４６３０円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算した金額である。
(ア) 申告所得金額（別表４・順号①）△４６３万２５０６円
上記金額は、原告が平成２２年３月１日に上尾税務署長に提出した平成２１年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成２１年１２月期法人税確定申告書」という。）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
(イ) 減価償却費の損金算入額（別表４・順号③）△１１万２１２４円
上記金額は、本件青色取消処分により、原告が平成１９年１２月期及び平成２０年１２月期において、損金の額に算入した租税特別措置法（平成２０年３月３１日以前のものは、平成２０年法律第２３号による改正前のもの、平成２２年３月３１日以前のものは、平成２２年法律第６号による改正前のもの。）６７条の５（中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例）の適用を受けられなくなったことにより、平成１９年１２月期の法人税更正処分及び平成２０年１２月期の法人税更正処分において損金の額に算入されなかった少額減価償却資産（別表６の順号①及び②の資産）の減価償却超過額の一部を平成２１年１２月期の損金の額に算入した金額（別表６の順号①及び②のそれぞれの事業年度の「平成２１年１２月期」の「当期償却額」欄に記載された金額の合計額）である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑤）０円
上記金額は、平成２１年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額（別表４・順号⑥）５４７円
上記金額は、法人税法６８条１項に規定する法人税額から控除される所得税の額であり、平成２１年１２月期法人税確定申告書の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
エ 差引合計税額（別表４・順号⑦）△５４７円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額であり、平成２１年１２月期法人税確定申告書の「所得税額等の還付金額」欄に記載された金額と同額である（別表４・順号⑦「平成２１年１２月期」欄）。
オ 翌期へ繰り越すべき欠損金額（別表４・順号⑧）０円
上記金額は、法人税法５７条１項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し、平成２２年法律第６号による改正前のもの。）の規定に基づき翌事業年度に繰り越される欠損金額である。
２ 本件法人税各更正処分の適法性
本件青色取消処分は、本文第４の３（被告の主張）のとおり適法であるところ、本件法人税各更正処分は、本件青色取消処分により、青色申告法人に限って適用することが認められている純損失の繰越控除の適用を受けられなくなったことを理由とするものである。そして、被告が本訴において主張する原告の本件法人税各更正処分に係る本件各事業年度における納付すべき法人税の額及び純損失の繰越控除の金額は、上記１のとおりであり、これらの各金額は、本件法人税各更正処分の金額（別表２の各事業年度の「更正処分」欄参照。）と同額であるから、本件法人税各更正処分はいずれも適法である。
第２ 本件消費税各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件消費税各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき税額は、それぞれ次のとおりである。
(1) 平成１９年１２月課税期間（別表７「平成１９年１２月課税期間」欄）
ア 課税標準額（別表７・順号①）４億２４６１万１０００円
上記金額は、原告が平成２０年２月２９日に、上尾税務署長に提出した原告の平成１９年１２月課税期間の消費税等の確定申告書（以下「平成１９年１２月課税期間消費税等確定申告書」という。）の「課税標準額①」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表７・順号②）１６９８万４４４０円
上記金額は、平成１９年１２月課税期間消費税等確定申告書の「消費税額②」欄に記載された金額と同額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表７・順号③）０円
仕入税額控除（消費税法３０条１項）は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ等については適用されないところ（消費税法３０条７項）、本文第４の４（被告の主張）のとおり、原告は、消費税に関する帳簿及び請求書等を一切提示しておらず、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当する。そのため、当該課税期間の課税仕入れ等に係る消費税額の控除は認められない。
エ 納付すべき消費税額（別表７・順号④）１６９８万４４００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
オ 既に納付の確定した消費税額（別表７・順号⑤）１６９万７３００円
上記金額は、平成１９年１２月課税期間消費税等確定申告書の「差引税額⑨」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表７・順号⑥）１５２８万７１００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成１９年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
キ 地方消費税の課税標準となる消費税額（別表７・順号⑦）１６９８万４４００円上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、上記エの金額と同額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑧）４２４万６１００円
上記金額は、上記キの地方消費税の課税標準となる消費税額に地方税法７２条の８３の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額（ただし、同法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表７・順号⑨）４２万４３００円
上記金額は、平成１９年１２月課税期間消費税等確定申告書の「納税額⑳」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑩）３８２万１８００円
上記金額は、上記クの金額から上記ケの金額を差し引いた金額（ただし、地方税法２０条の４の２第４項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成１９年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
サ 納付すべき消費税等の合計額（別表７・順号⑪）１９１０万８９００円
上記金額は、上記カの金額と上記コの金額との合計額であり、平成１９年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額と譲渡割額との合計額である。
(2) 平成２０年１２月課税期間（別表７「平成２０年１２月課税期間」欄）
ア 課税標準額（別表７・順号①）４億０１５７万６０００円
上記金額は、原告が平成２１年３月２日に、上尾税務署長に提出した原告の平成２０年１２月課税期間の消費税等の確定申告書（以下「平成２０年１２月課税期間消費税等確定申告書」という。）の「課税標準額①」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表７・順号②）１６０６万３０４０円
上記金額は、平成２０年１２月課税期間消費税等確定申告書の「消費税額②」欄に記載された金額と同額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表７・順号③）０円
仕入税額控除（消費税法３０条１項）は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ等については適用されないところ（消費税法３０条７項）、本文第４の４（被告の主張）のとおり、原告は、消費税に関する帳簿及び請求書等を一切提示しておらず、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当する。そのため、当該課税期間の課税仕入れ等に係る消費税額の控除は認められない。
エ 納付すべき消費税額（別表７・順号④）１６０６万３０００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
オ 既に納付の確定した消費税額（別表７・順号⑤）２１１万０６００円
上記金額は、平成２０年１２月課税期間消費税等確定申告書の「差引税額⑨」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表７・順号⑥）１３９５万２４００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成２０年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
キ 地方消費税の課税標準となる消費税額（別表７・順号⑦）１６０６万３０００円上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、上記エの金額と同額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑧）４０１万５７００円
上記金額は、上記キの地方消費税の課税標準となる消費税額に地方税法７２条の８３の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額（ただし、同法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表７・順号⑨）５２万７６００円
上記金額は、平成２０年１２月課税期間消費税等確定申告書の「納税額⑳」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑩）３４８万８１００円
上記金額は、上記クの金額から上記ケの金額を差し引いた金額（ただし、地方税法２０条の４の２第４項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成２０年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
サ 納付すべき消費税等の合計額（別表７・順号⑪）１７４４万０５００円
上記金額は、上記カの金額と上記コの金額との合計額であり、平成２０年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額と譲渡割額との合計額である。
(3) 平成２１年１２月課税期間（別表７「平成２１年１２月課税期間」欄）
ア 課税標準額（別表７・順号①）３億９４９５万６０００円
上記金額は、原告が平成２２年３月１日に、上尾税務署長に提出した原告の平成２１年１２月課税期間の消費税等の確定申告書（以下「平成２１年１２月課税期間消費税等確定申告書」という。）の「課税標準額①」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表７・順号②）１５７９万８２４０円
上記金額は、平成２１年１２月課税期間消費税等確定申告書の「消費税額②」欄に記載された金額と同額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表７・順号③）０円
仕入税額控除（消費税法３０条１項）は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ等については適用されないところ（消費税法３０条７項）、本文第４の４（被告の主張）のとおり、原告は、消費税に関する帳簿及び請求書等を一切提示しておらず、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当する。そのため、当該課税期間の課税仕入れ等に係る消費税額の控除は認められない。
エ 納付すべき消費税額（別表７・順号④）１５７９万８２００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
オ 既に納付の確定した消費税額（別表７・順号⑤）１９６万１５００円
上記金額は、平成２１年１２月課税期間消費税等確定申告書の「差引税額⑨」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表７・順号⑥）１３８３万６７００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成２１年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
キ 地方消費税の課税標準となる消費税額（別表７・順号⑦）１５７９万８２００円上記金額は、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、上記エの金額と同額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑧）３９４万９５００円
上記金額は、上記キの地方消費税の課税標準となる消費税額に地方税法７２条の８３の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額（ただし、同法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表７・順号⑨）４９万０３００円
上記金額は、平成２１年１２月課税期間消費税等確定申告書の「納税額⑳」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表７・順号⑩）３４５万９２００円
上記金額は、上記クの金額から上記ケの金額を差し引いた金額（ただし、地方税法２０条の４の２第４項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）であり、平成２１年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
サ 納付すべき消費税等の合計額（別表７・順号⑪）１７２９万５９００円
上記金額は、上記カの金額と上記コの金額との合計額であり、平成２１年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額と譲渡割額との合計額である。
２ 本件消費税各更正処分の適法性
本件において消費税の仕入税額控除が認められないことは、本文第４の４（被告の主張）のとおり適法であるところ、本件消費税各更正処分は、仕入税額控除の適用を受けられなくなったことを理由とするものである。そして、本訴において主張する原告の本件消費税各更正処分に係る各課税期間における納付すべき消費税額及び譲渡割額は、上記１のとおりであるところ、これらの各金額は、本件消費税各更正処分の納付すべき消費税額及び譲渡割額（地方消費税額）（別表３の各課税期間の「更正処分等」欄参照。）とそれぞれ同額であるから、本件消費税各更正処分はいずれも適法である。
第３ 本件消費税各賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件消費税各賦課決定処分の根拠
前記第２のとおり、本件消費税各更正処分はいずれも適法であるところ、原告は、本件調査において、本件調査担当者らから帳簿等の提示を求められたにもかかわらず、これを拒み続け提示をしなかったものであり、このことは、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当することから、消費税法３０条１項の適用を受けることはできない。そして、同項の適用を受けることができないことは通則法６５条４項に規定する「正当な理由」に該当せず、また、他に「正当な理由」に該当すると認められる事実も存在しない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、通則法６５条に基づき、次のとおり計算した金額である。
(1) 平成１９年１２月課税期間消費税の過少申告加算税の額（別表７「平成１９年１２月課税期間」欄・順号⑫）２７５万９０００円
上記金額は、①通則法６５条１項の規定に基づき、平成１９年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき税額１９１０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１９１万円と、②同法６５条２項の規定に基づき、前記第２の１(1)で述べた新たに納付すべき消費税等の額１９１０万８９００円のうち期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額である期限内申告税額に相当する金額２１２万１６００円を超える部分に相当する税額１６９８万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５の割合を乗じて算出した金額８４万９０００円との合計額である。
(2) 平成２０年１２月課税期間消費税の過少申告加算税の額（別表７「平成２０年１２月課税期間」欄・順号⑫）２４８万４０００円
上記金額は、①通則法６５条１項の規定に基づき、平成２０年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき税額１７４４万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１７４万４０００円と、②同法６５条２項の規定に基づき、前記第２の１(2)で述べた新たに納付すべき消費税等の額１７４４万０５００円のうち期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額である期限内申告税額に相当する金額２６３万８２００円を超える部分に相当する税額１４８０万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５の割合を乗じて算出した金額７４万円との合計額である。
(3) 平成２１年１２月課税期間消費税の過少申告加算税の額（別表７「平成２１年１２月課税期間」欄・順号⑫）２４７万１０００円
上記金額は、①通則法６５条１項の規定に基づき、平成２１年１２月課税期間消費税更正処分により原告が新たに納付すべき税額１７２９万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１７２万９０００円と、②同法６５条２項の規定に基づき、前記第２の１(3)で述べた新たに納付すべき消費税等の額１７２９万５９００円のうち期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額である期限内申告税額に相当する金額２４５万１８００円を超える部分に相当する税額１４８４万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に、１００分の５の割合を乗じて算出した金額７４万２０００円との合計額である。
２ 本件消費税各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記１(1)ないし(3)のとおりであり、これらの金額は、本件消費税各賦課決定処分の過少申告加算税の額（別表３の本件各課税期間の「更正処分等」欄参照。）とそれぞれ同額であるから、本件消費税各賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
別表１及び４～７省略
別表２
（単位：円）
事業
年度
区分
年月日
所得金額
繰越欠損金の
当期控除額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
べき欠損金額
確定申告
期限内
△ 2,462,688
―
△ 38
18,278,902
更正処分
平成22年9月8日
△ 2,462,688
―
△ 38
15,816,214
異議申立て
平成22年10月8日
△ 2,462,688
―
△ 38
18,278,902
異議決定
平成22年12月8日
審査請求
平成22年12月24日
△ 2,462,688
―
△ 38
18,278,902
審査裁決
平成23年9月13日
確定申告
期限内
3,369,578
△ 27
11,694,074
更正処分
平成22年9月8日
3,369,578
△ 27
9,231,386
異議申立て
平成22年10月8日
3,369,578
△ 27
11,694,074
異議決定
平成22年12月8日
審査請求
平成22年12月24日
3,369,578
△ 27
11,694,074
審査裁決
平成23年9月13日
確定申告
期限内
△ 4,632,506
―
△ 547
7,095,194
更正処分
平成22年9月8日
△ 4,744,630
―
△ 547
異議申立て
平成22年10月8日
△ 4,632,506
―
△ 547
7,095,194
再更正処分
平成22年12月8日
△ 20,066,804
―
△ 547
更正処分に係る
異議決定
平成22年12月8日
更正処分に対する
審査請求
平成22年12月24日
△ 4,632,506
―
△ 547
7,095,194
再更正処分に対する
異議申立て
平成22年12月24日
△ 4,632,506
―
△ 547
7,095,194
再更正処分
の取消し
平成23年1月24日
△ 4,744,630
―
△ 547
再更正処分に係る
異議決定
平成23年2月21日
再更正処分に対す
る審査請求
平成23年3月18日
△ 4,632,506
―
△ 547
7,095,194
審査裁決
平成23年9月13日
２ 「納付すべき法人税額」欄の△印は所得税等の還付金額を示す。
法人税の課税処分等の経緯
平成
年
月期
棄却
棄却
平成
年
月期
棄却
棄却
平成
年
月期
棄却
却下
（更正処分に係る審査裁決）棄却
（再更正処分に係る審査裁決）却下
（注）１「所得金額」欄の△印は欠損金額を示す。
別表３
（単位：円）
年月日
課税標準額
控除税額
納付すべき
消費税の額
納付すべき地
方消費税の額
過少申告
加算税の額
確定申告
期限内
424,611,000
15,287,056
1,697,300
424,300
更正処分等
平成22年9月8日
424,611,000
16,984,400
4,246,100
2,759,000
異議申立て
平成22年10月8日
424,611,000
15,287,056
1,697,300
424,300
異議決定
平成22年12月8日
審査請求
平成22年12月24日
424,611,000
15,287,056
1,697,300
424,300
審査裁決
平成23年9月13日
確定申告
期限内
401,576,000
13,952,426
2,110,600
527,600
更正処分等
平成22年9月8日
401,576,000
16,063,000
4,015,700
2,484,000
異議申立て
平成22年10月8日
401,576,000
13,952,426
2,110,600
527,600
異議決定
平成22年12月8日
審査請求
平成22年12月24日
401,576,000
13,952,426
2,110,600
527,600
審査裁決
平成23年9月13日
確定申告
期限内
394,956,000
13,836,720
1,961,500
490,300
更正処分等
平成22年9月8日
394,956,000
15,798,200
3,949,500
2,471,000
異議申立て
平成22年10月8日
394,956,000
13,836,720
1,961,500
490,300
異議決定
平成22年12月8日
審査請求
平成22年12月24日
394,956,000
13,836,720
1,961,500
490,300
審査裁決
平成23年9月13日
平成
年
月課税期間
棄却
棄却
消費税の課税処分等の経緯
区分
平成
年
月課税期間
棄却
棄却
平成
年
月課税期間
棄却
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12331.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。