税務訴訟資料第２６５号－１７３（順号１２７５６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（浅草税務署長）
平成２７年１１月１９日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士萩原慎二
同鈴木元
同野田幹子
被告国
同代表者法務大臣岩城光英
処分行政庁浅草税務署長
倭文宣人
指定代理人青木朝子
同齋藤誠密
同小原弘行
同時任英俊
同野本寛之
同埀野里美
同青木雄弥
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が平成２４年１２月２５日付けでした原告に対する平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち翌期へ繰り越す欠損金４億０９１３万７００７円を下回る部分を取り消す。
２ 処分行政庁が平成２５年３月５日付けでした原告に対する平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち所得金額マイナス２億５０９５万２９５７円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金６億６００８万９９６４円を下回る部分を取り消す。
３ 処分行政庁が平成２５年３月５日付けでした原告に対する平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち翌期へ繰り越す欠損金４億８３８８万６０５４円を下回る部分を取り消す。
４ 処分行政庁が平成２５年３月５日付けでした原告に対する平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち翌期へ繰り越す欠損金４億１８４４万３５１７円を下回る部分を取り消す。
５ 処分行政庁が平成２５年３月５日付けでした原告に対する平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度の法人税の再更正処分のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）８４万５３８９円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金２億５０９５万２９５７円を下回る部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、別表１－１から１－４までに掲げる各株式（以下、併せて「本件各譲渡株式」という。）を上場された証券取引所の終値（以下、単に「終値」という。）よりも低額で譲渡し（以下「本件各譲渡」という。）、その譲渡価額と譲渡原価（帳簿価額）との差額を損金の額に算入し、また、別表２－１から２－３までに掲げる各株式（以下、併せて「本件各取得株式」という。）を終値よりも低額で譲り受けていたところ（以下「本件各譲受け」という。）、浅草税務署長から、本件各譲渡株式は具体的な根拠なく時価より低額で譲渡したものであるから、その譲渡価額と時価との差額（以下「本件各譲渡差額」という。）は寄附金の額に該当し、損金算入限度額を超える部分は損金の額に算入されず、また、本件各取得株式は具体的な根拠なく時価より低額で譲り受けたものであるから、その譲受価額と時価との差額（以下「本件各譲受差額」という。）は受贈益として益金の額に算入されるなどとして、法人税の更正処分ないし再更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことに対して、本件各譲渡及び本件各譲受けは適正な価額で行われたものであり、原告に本件各譲渡差額に相当する寄附金の額ないし本件各譲受差額に相当する受贈益は発生しないと主張して、上記各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）所得の金額の計算に関する定め
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされている（法人税法２２条１項）。そして、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とされている（同法２２条２項）。
また、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（法人税法２２条３項１号）のほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（同項２号）等とされている。
（２）有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する定め
内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額は、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入される。そして、譲渡利益額とは、その有価証券の譲渡に係る対価の額が譲渡に係る原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいい、譲渡損失額とは、その有価証券の譲渡に係る原価の額が譲渡に係る対価の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいうものとされている。（法人税法６１条の２第１項）
（３）寄附金に関する定め
内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額等を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（法人税法３７条１項）。そして、寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとされている（同条７項）ところ、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、上記寄附金の額に含まれる（同条８項）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠（枝番を含む。）により容易に認められる事実）
（１）原告等
ア 原告は、昭和４４年６月●日に設立された、ゴルフ場及びその付属施設の経営、レストラン、ホテル、喫茶店等の経営等を目的とする株式会社であり、代表取締役である甲が経営する企業グループ（以下「Ｂグループ」という。）に属している（乙６、９）。
イ 株式会社Ｃ（現在の商号は「株式会社Ｄ」。以下同じ。）、Ｅ株式会社（平成２４年７月１日にＢグループに属するＦ株式会社に吸収合併されている。以下同じ。）、Ｇ有限会社、学校法人Ｈ及び株式会社Ｉは、いずれも、Ｂグループに属している（乙９、１０、１４、１８、１９、２２、２６、２９）。
（２）本件各譲渡株式及び本件各譲渡差額に係る事実関係
ア 原告は、平成１９年９月２９日、株式会社Ｃに対し、別表１－１の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の株式（以下「本件譲渡株式１」という。）を同表の「②単価」欄記載の売買単価（１株当たりの売買価格をいう。以下同じ。）により、合計２億７９２７万２５００円で譲渡した（乙１１）。
イ 原告は、平成２０年９月１９日、Ｅ株式会社に対し、別表１－２の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の各株式（以下「本件譲渡株式２」という。）を同表の「②単価」欄記載の各売買単価により、合計１億１３７８万０７００円で譲渡した（乙１５）。
ウ 原告は、平成２０年９月３０日、Ｇ有限会社に対し、別表１－３の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の株式（以下「本件譲渡株式３」という。）を同表の「②単価」欄記載の売買単価により、合計６６００万円で譲渡した（乙２０）。
エ 原告は、平成２１年１２月３日、学校法人Ｈに対し、別表１－４の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の株式（以下「本件譲渡株式４」という。）を同表の「②単価」欄記載の売買単価により、合計２２００万円で譲渡した（乙２４）。
オ 本件各譲渡株式は、いずれも、株式会社Ｊ証券取引所ないし株式会社Ｋ証券取引所の上場株式であるところ、本件各譲渡は、いずれも、相対取引によってなされたものであり、その売買単価は、各譲渡日（譲渡日が取引所の休業日の場合は、直近の取引日）における終値（別表１－１から別表１－４までの各「④終値」欄記載のとおり。）よりも約１０％低額であった（乙１１、１３、１５、１７、２０、２１、２４、２５）。
（３）本件各取得株式及び本件各譲受差額に係る事実関係
ア 原告は、平成２０年７月９日、株式会社Ｉから、別表２－１の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の各株式（以下「本件取得株式１」という。）を同表の「②単価」欄記載の各売買単価により、合計１０５７万９４９１円で譲り受けた（乙２７）。
イ 原告は、平成２０年１２月２４日、株式会社Ｉから、別表２－２の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の各株式（以下「本件取得株式２」という。）を同表の「②単価」欄記載の各売買単価により、合計２１８６万０８００円で譲り受けた（乙３０）。
ウ 原告は、平成２１年３月１０日、株式会社Ｃから、別表２－３の「銘柄」欄及び「①株数」欄記載の各株式（以下「本件取得株式３」という。）を同表の「②単価」欄記載の各売買単価により、合計３８８５万８４１８円で譲り受けた（乙３３）。
エ 本件各取得株式は、いずれも、株式会社Ｊ証券取引所の上場株式であるところ、本件各譲受けは、いずれも、相対取引によってなされたものであり、その売買単価は、各譲受日における終値（別表２－１から別表２－３までの各「④終値」欄記載のとおり。）よりも約１０％低額であった（乙２７、２８、３０、３２～３４）。
（４）法人税の確定申告
ア 原告は、平成１９年１１月１９日、下館税務署長に対し、平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度（以下「平成１９年９月期」という。）に係る法人税の確定申告書（以下「平成１９年９月期確定申告書」という。）を提出した。原告は、平成１９年９月期確定申告書において、本件譲渡株式１の譲渡価額と譲渡原価（帳簿価額）との差額５４９４万４７８２円を有価証券売却損として損金の額に算入していた。（乙１、１２、弁論の全趣旨）
イ 原告は、平成２１年１月５日、下館税務署長に対し、平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度（以下「平成２０年９月期」という。）に係る法人税の確定申告書（以下「平成２０年９月期確定申告書」という。）を提出した。原告は、平成２０年９月期確定申告書において、本件譲渡株式２の譲渡価額と譲渡原価（帳簿価額）との差額合計７３４８万５９００円及び本件譲渡株式３の譲渡価額と譲渡原価（帳簿価額）との差額５１６０万円を有価証券売却損として損金の額に算入していた。（乙２、１６、弁論の全趣旨）
ウ 原告は、平成２１年１１月３０日、下館税務署長に対し、平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度（以下「平成２１年９月期」という。）に係る法人税の確定申告書（以下「平成２１年９月期確定申告書」という。）を提出した（乙３）。
エ 原告は、平成２２年１２月２４日、下館税務署長に対し、平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度（以下「平成２２年９月期」という。）に係る法人税の確定申告書（以下「平成２２年９月期確定申告書」という。）を提出した。原告は、平成２２年９月期確定申告書において、本件譲渡株式４の譲渡価額と譲渡原価（帳簿価額）の差額１７９万８６０６円を有価証券売却損として損金の額に算入していた。（乙４、８、弁論の全趣旨）。
オ 原告は、平成２３年１２月２８日、下館税務署長に対し、平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度（以下「平成２３年９月期」という。）に係る法人税の確定申告書（以下「平成２３年９月期確定申告書」という。）を提出した（乙５）。
（５）更正処分等及び不服申立ての経緯
ア 原告は、平成２４年４月●日付けで本店所在地を茨城県筑西市から東京都台東区に移転し、これに伴って、原告の所轄税務署長は、下館税務署長から浅草税務署長となった（乙６）。
イ 浅草税務署長は、平成２４年１２月２５日付けで、原告の平成１９年９月期、平成２０年９月期、平成２１年９月期、平成２２年９月期及び平成２３年９月期の法人税について、本件各譲渡株式は具体的な根拠なく時価より低額で譲渡したものであるから、本件各譲渡差額は寄附金の額に該当し、損金算入限度額を超える部分は損金の額に算入されず、また、本件各取得株式は具体的な根拠なく時価より低額で譲り受けたものであるから、本件各譲受差額は受贈益として益金の額に算入されるなどとして、別表３－１から別表３－５までの各「更正処分」欄記載のとおり、各更正処分をした（以下、この各更正処分を併せて「本件各更正処分」といい、平成１９年９月期に係るものを「平成１９年９月期更正処分」という。）（甲１）。
ウ 原告は、平成２５年２月２１日、東京国税局長に対し、本件各更正処分を不服として異議申立てをした。
エ 浅草税務署長は、平成２５年３月５日付けで、原告の平成２０年９月期、平成２１年９月期、平成２２年９月期及び平成２３年９月期の法人税について、受取配当等の益金不算入額の計算や、本件譲渡株式４に係る譲渡原価の計算に誤りがあるなどとして、別表３－２から別表３－５までの各「再更正処分」欄記載のとおり、各再更正処分をするとともに（以下、順次「平成２０年９月期再更正処分」、「平成２１年９月期再更正処分」、「平成２２年９月期再更正処分」及び「平成２３年９月期再更正処分」といい、これらを併せて「本件各再更正処分」という。また、平成１９年９月期更正処分と本件各再更正処分を併せて「本件各再更正処分等」という。）、平成２３年９月期の法人税について、過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）をした（甲２）。
オ 原告は、平成２５年４月１８日、東京国税局長に対し、本件各再更正処分及び本件賦課決定処分を不服として異議申立てをした。
カ 東京国税局長は、平成２５年５月１７日付けで、上記ウ及びオの異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした（甲３）。
キ 原告は、平成２５年６月１３日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分、本件各再更正処分及び本件賦課決定処分を不服として審査請求をした。
ク 国税不服審判所長は、平成２６年２月１３日付けで、上記キの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同月１９日付けで、その裁決書（謄本）を原告に送達した（甲４、５）。
（６）本件訴えの提起
原告は、平成２６年８月１４日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 被告の主張する本件各再更正処分等及び本件賦課決定処分の根拠及び適法性本件各再更正処分等及び本件賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙「課税の根拠及び適法性」に記載するとおりである。
４ 争点
本件の争点は、本件各再更正処分等及び本件賦課決定処分の適法性であり、具体的には、次の点が争われている。
（１）本件各譲渡差額を寄附金として損金算入限度額の限度で損金の額に算入することの適否（２）本件各譲受差額を受贈益として益金の額に算入することの適否
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件各譲渡差額を寄附金として損金算入限度額の限度で損金の額に算入することの適否）について
（被告の主張の要旨）
ア 資産の低額譲渡が行われた場合に、当該譲渡が法人税法２２条２項にいう資産の譲渡に当たることはいうまでもないが、この場合にも、当該資産には適正価額に相当する経済的価値が認められるのであって、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって、適正価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、同項が資産の無償譲渡も収益の発生原因となることを認めていることとの公平を欠くことになる。
したがって、法人税法２２条２項の趣旨に鑑みれば、資産の低額譲渡が行われた場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲渡の対価の額のほか、これと当該資産の適正価額との差額も含まれるものと解すべきである。
そして、関連会社間の相対取引における上場株式の適正価額については、特段の事情がない限り、上場された証券取引所における株価（譲渡日の終値）、つまり時価をもって、自由競争の原理によって形成された適正価額と認めるのが相当というべきである。
イ 有価証券の譲渡については、法人税法６１条の２第１項が、譲渡対価の額から譲渡原価の額を差し引いた譲渡損益の額を、同法２２条２項所定の「益金の額」又は同条３項所定の「損金の額」に算入する旨規定しているところ、同法６１条の２第１項は、有価証券の譲渡における益金の額又は損金の額の算定方法に関する同法２２条２項及び３項の特則ではあるものの、有価証券の譲渡において認識すべき収益の額について、同条２項所定の資産の譲渡に係る収益の額と異なる認識の仕方をすることを規定したものではないから、有価証券の低額譲渡の場合にも有価証券以外の資産の低額譲渡の場合と同様に、譲渡の対価の額と適正価額との差額が収益の額に含まれることに変わりはない。すなわち、有価証券の低額譲渡が行われた場合においては、当該有価証券の適正価額をもって法人税法６１条の２第１項１号に規定する「有価証券の譲渡に係る対価の額」とした上で、当該有価証券の譲渡損益の額を算出すべきものである。
ウ この点、本件各譲渡株式及び本件各取得株式の売買取引は、延べ２４銘柄の株式を対象として、２年余りの期間に７回にわたって行われているところ、取引の相手方はいずれもＢグループに属する法人であり、本件各譲渡株式及び本件各取得株式の売買価額は、いずれも終値を基に算出した金額の約９割に相当する金額となっている。
そして、原告は、本件各譲渡が適正な価額で行われたと述べるのみであり、なぜ、本件各譲渡株式の各売買価額が適正な価額であるといえるのかについては、何らの具体的根拠を述べておらず、相対取引における取引価額の算定根拠やその決定過程を何ら明らかにしていない。このことからすれば、本件各譲渡株式の売買価額は、Ｂグループに属する法人の間で、合理的な根拠なく恣意的に決定されたものとみるのが自然であり、対立した第三者間の取引において、需要と供給の競争原理が働いて現実の売買価額が決定されたものとは到底認められないというべきである。すなわち、本件において、譲渡日（本件譲渡株式１については、譲渡日の前日）における終値を基に算出した金額と異なる金額をもって、本件各譲渡株式の適正価額と認めるべき特段の事情が存するとはいえない。
したがって、本件各譲渡株式については、時価である終値を基に算出した別表１－１から１－４までの「⑤適正価額」欄の金額をもって適正価額と認めるのが相当であり、原告が収受した対価は当該適正価額より低額であるから、本件各譲渡は有価証券の低額譲渡に当たる。
そうすると、原告が収受した対価に加えて、本件各譲渡株式の適正価額と原告が収受した対価との差額である本件各譲渡差額も法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」に含めた上で、同項に規定する譲渡利益額ないし譲渡損失額を算出することとなる。換言すれば、本件各譲渡差額も、原告が収受した対価と同様に、本件各譲渡に係る原告の収益の額に含まれることとなる。その結果、原告が計上した有価証券売却損の額のうち本件各譲渡差額に相当する金額（すなわち、過大となった同項の「譲渡損失額」）は、損金の額に算入されないこととなる。
エ 本件各譲渡は有価証券の低額譲渡に当たり、譲渡価額と時価との差額が生じているところ、本件各譲渡に伴って、本件各譲渡差額に相当する経済的価値が、反対給付なしに、原告から譲渡の相手方に移転している。そして、本件各譲渡差額を対価なく相手方に移転することについての合理性は、原告が主張立証すべきであるところ、原告は当該合理性についても何らの主張立証をしていない上、そもそも、本件各譲渡株式の売買価額が、Ｂグループに属する法人の間で、合理的な根拠なく恣意的に決定されたものとみるのが自然であることからすれば、本件各譲渡株式を時価に比して低額で譲渡することや、原告が本件各譲渡差額につき、譲渡の相手方から反対給付を受けないことには、通常の経済取引として是認できる合理的な理由は存在しないというべきである。
したがって、本件各譲渡差額は、その経済的効果が贈与と同視し得るものといえ、法人税法３７条８項にいう「資産の譲渡の対価の額と当該資産のその譲渡の時における価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額」として寄附金の額に含まれることとなる。
したがって、本件各譲渡差額は、支出した寄附金の額として一旦は損金の額に算入されるが、寄附金の損金算入限度額を再計算した結果、当該限度額を超える部分の金額については、結果的に損金の額に算入されないこととなる。
オ なお、原告が挙げる法人税基本通達２－３－７（注）１は、新株の発行という取引形態に固有の事情を考慮して、その受贈益の判定のあり方を定めたものであって、一般的に、有価証券の取引価額が時価の９割相当額を超えていれば、当該価額は適正な価額の範囲内であるという考え方を示したものではない。
そのため、有価証券が時価より低い価額で売買された場合において、時価と取引価額との差額のうち、当該時価のおおむね１０パーセント相当額を超える金額のみが、寄附金の額となるとはいえない。
（原告の主張の要旨）
ア 関連会社間の取引については、一般に法人が合理的経済人又は独立した第三者として特別な関係にない取引先であったならば当然に採ったであろう取引形態を前提として、その取引の対価の適否を認定すべきものである。関連会社が運命共同体的関係にあるという理由だけをもって、関連会社個々の所得金額の計算を特別な観点から取り扱うことは許されない。
イ 証券取引所の相場は、始値、高値、安値、終値と刻々と変化していくのであるし、本件各譲渡株式の１か月間の株価を見ると、終値の最高値と最安値には２割程度の差異が生じているのであり、このような差異が生じる原因は、様々な要因によって決まってくるもので、一概に説明できるものではない。そのため、譲渡日の終値だけを適正な価額とするのは、株式の評価としては狭きに失するというべきであり、むしろ、終値は適正な価額を判断する際の一つの参考値にすぎないと解すべきである。
ウ 相対取引の際の株式の価額決定は、お互いの思惑や今後の予見的思慮等が働いて決定されるものであり、一概に説明できるものではない。そのため、本件各譲渡株式の譲渡価額の算定について、個別具体的かつ合理的な説明を求めることは不可能を強いるに近いものである。むしろ重要なのは、価額決定における事情ではなく、決まった価額が社会通念上相当な価額であるかどうかである。
この点、法人税基本通達２－３－７は、法人税法施行令１１９条１項４号が定める有利発行により取得した有価証券の取得価額に関する通達であるところ、同通達の注１は、社会通念上相当と認められる価額を下回るかどうかは、当該株式の価額と払込金額等の差額が当該株式の価額の概ね１０％相当額以上であるかどうかにより判定する旨定めている。
このように、上記通達は、社会通念上相当と認められる価額との考えを用いて、概ね１０％相当額以上であるかどうかで判定するという幅を持った判断を行っているのであり、このような幅を持たせた考え方を有価証券の譲渡において適用することに何ら不自然な点はない。
したがって、譲渡日の終値を時価とみるとしても、寄附金として評価されるべき金額は、取引価額と時価との差額のうち、時価の概ね１０％相当額を超えた部分に限られると解するべきである。
エ これを本件各譲渡についてみるに、本件各譲渡株式の譲渡価額は、いずれも、終値を基に算出した金額の約９割に相当する金額となっており、譲渡価額と時価との差額は、時価（譲渡日の終値）の約１０％相当額を超えていないのであるから、社会通念上相当と認められる価額による取引であり、不自然、不合理な取引であるとまではいえない。
したがって、原告は、本件各譲渡を適正な価額で行ったといえるのであるから、原告には本件各譲渡差額に相当する寄附金の額は発生しない。にもかかわらず、本件各譲渡差額に相当する寄附金が発生したとする浅草税務署長の判断は、法人税法２２条２項、３７条の解釈、適用を誤った違法なものである。
（２）争点（２）（本件各譲受差額を受贈益として益金の額に算入することの適否）について（被告の主張の要旨）
ア 関連会社間の相対取引における上場株式の適正価額については、特段の事情がない限り、上場された証券取引所における株価（譲受日の終値）、つまり時価をもって、自由競争の原理によって形成された適正価額と認めるのが相当というべきである。
そして、資産の低額譲受けにおいても、当該資産に適正価額に相当する経済的価値が認められることに変わりはないから、資産の低額譲渡の場合と同様に解すべきであり、有価証券の低額譲受けに係る対価の額と当該有価証券の譲受け時における適正な価額との差額相当額については、法人税法２２条２項に規定する「無償による資産の譲受け」があったものとして、当該有価証券の取得価額の一部を構成するとともに、当該事業年度の益金の額に算入すべきものと解するのが相当である。
したがって、資産の低額譲受けの場合に、益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲受価額と当該資産の適正価額との差額（受贈益の額）が含まれるものと解すべきである。
この場合において、当該差額が益金の額に算入される要件としては、当該差額があること、すなわち当該差額に相当する経済的な利益の移転があることをもって足りる。
イ この点、本件各譲渡株式及び本件各取得株式の売買取引は、延べ２４銘柄の株式を対象として、２年余りの期間に７回にわたって行われているところ、取引の相手方はいずれもＢグループに属する法人であり、本件各譲渡株式及び本件各取得株式の売買価額は、いずれも証券取引所の終値を基に算出した金額の約９割に相当する金額となっている。
そして、原告は、本件各譲受けが適正な価額で行われたと述べるのみであり、なぜ、本件各取得株式の各売買価額が適正な価額であるといえるのかについては、何らの具体的根拠を述べておらず、相対取引における取引価額の算定根拠やその決定過程を何ら明らかにしていない。このことからすれば、本件各取得株式の売買価額は、Ｂグループに属する法人の間で、合理的な根拠なく恣意的に決定されたものとみるのが自然であり、対立した第三者間の取引において、需要と供給の競争原理が働いて現実の売買価額が決定されたものとは到底認められないというべきである。すなわち、本件において、譲受日における終値を基に算出した金額と異なる金額をもって、本件各取得株式の適正価額と認めるべき特段の事情が存するとはいえない。
したがって、本件各取得株式については、時価である終値を基に算出した別表２－１ないし２－３の「⑤適正価額」欄の金額をもって適正価額と認めるのが相当であり、原告が交付した対価は当該適正価額より低額であるから、本件各譲受けは資産の低額譲受けに当たり、原告が交付した対価と本件各取得株式の適正価額との差額である本件各譲受差額は、受贈益として益金の額に算入すべきこととなる。
（原告の主張の要旨）
上記（１）（原告の主張の要旨）において述べたとおり、譲渡日の終値を時価とみるとしても、受贈益として評価されるべき金額は、取引価額と時価との差額のうち、時価の概ね１０％相当額を超えた部分に限られると解するべきである。
これを本件各譲受けについてみるに、本件各取得株式の譲受価額は、いずれも、終値を基に算出した金額の約９割に相当する金額となっており、譲受価額と時価との差額は、時価（譲受日の終値）の約１０％相当額を超えていないのであるから、社会通念上相当と認められる価額による取引であり、不自然、不合理な取引であるとまではいえない。
したがって、原告は、本件各譲受けを適正な価額で行ったといえるのであるから、原告には本件各譲受差額に相当する額の受贈益は発生しない。にもかかわらず、本件各譲受差額に相当する受贈益が発生したとする浅草税務署長の判断は、法人税法２２条２項の解釈、適用を誤った違法なものである。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件各譲渡差額を寄附金として損金算入限度額の限度で損金の額に算入することの適否）について
（１）前記前提事実のとおり、本件各譲渡株式は、いずれも、株式会社Ｊ証券取引所ないし株式会社Ｋ証券取引所の上場株式であるところ、本件各譲渡は、いずれも、原告が、Ｂグループに属する法人との間で、相対取引によってしたものであり、その売買単価は、別表１－１から別表１－４までの各「②単価」欄及び「④終値」欄記載のとおり、各譲渡日（譲渡日が取引所の休業日の場合は、直近の取引日）における終値よりも約１０％低額であった。
そこで、以下、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の益金の額又は損金の額に算入すべき金額について、資産の無償譲渡や低額譲渡がされた場合に関する法人税法の定めや、有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する法人税法の定めをみた上で、本件各譲渡差額を寄附金として損金算入限度額の限度で損金の額に算入することが適法であるといえるか否かについて検討することとする。
（２）資産の無償譲渡ないし低額譲渡に係る法人税法の定めについて
まず、資産の無償譲渡ないし低額譲渡に係る法人税法の定めについてみると、同法２２条は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、益金の額から損金の額を控除した金額とする旨定めた上（１項）、「…益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受け…に係る当該事業年度の収益の額とする。」と定め（２項）、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、資産の無償譲渡も収益の発生原因となるものとしている。その趣旨は、法人が資産を他に譲渡する場合には、その譲渡が代金の受入れその他資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲渡時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲渡の場合にも、当該資産には譲渡時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲渡の場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲渡の対価の額のほか、これと同資産の譲渡時における適正な価額との差額も含まれるものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁参照）。
他方、資産の低額譲渡の場合に上記の計算によって益金が計上されるとき、譲渡の対価の額と当該資産の譲渡の時における価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は損金計上の対象たる寄附金の額に含まれるのであるが（法人税法３７条８項）、寄附金の額について政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、損金の額に算入されない（同条１項）。これは、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金に算入するとすれば、法人税の減収を招き、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が、法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当ではない一方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、これを客観的に判定することが困難であることから、統一的な損金算入制度を設けたものと解される。
以上のとおり、法人税法は、資産の低額譲渡がされた場合、当該資産の譲渡の対価の額のほか、同資産の譲渡時における適正な価額との差額も益金の額に含めるべきものとした上で、その場合に寄附金に該当する金額については所定の限度でしか損金に算入しないという態度を取っているものである。
（３）有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入について
ア 法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」の意義について上記（２）のような法人税法の定めがある中、同法６１条の２第１項は、同法２２条２項又は３項の「別段の定め」として、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額は、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入するものとし、ここにいう譲渡利益額とは、その有価証券の譲渡に係る対価の額（同項１号）が譲渡に係る原価の額（同項２号）を超える場合におけるその超える部分の金額をいい、譲渡損失額とは、その有価証券の譲渡に係る原価の額（同項２号）が譲渡に係る対価の額（同項１号）を超える場合におけるその超える部分の金額をいう旨定めている。
そして、法人税法６１条の２第１項が、有価証券について資産の無償譲渡や低額譲渡に係る上記（２）で見た法人税法の定めと異なる取扱いを新たに行うとの趣旨で設けられたものとは解されないことに照らすと、同項１号の定める「譲渡に係る対価の額」は、同法２２条２項や同法３７条８項と整合的に解釈されるべきである。また、法人税法６１条の２第１項１号が同法３７条８項の定める「譲渡（中略）の対価の額」とは異なる「譲渡に係る対価の額」という多少の評価が介在する余地のある文言を用いていることにも照らすと、同法６１条の２第１項１号と同法３７条８項がそれぞれ定める「対価」についての解釈は異なり得るものといえる。
以上のような観点からすれば、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡時における適正な価額、すなわち、時価をいうものと解するのが相当である。
イ 証券取引所に上場されている株式の時価について
（ア）以上のとおり、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは譲渡時における時価をいうものと解すべきところ、時価とは、財産の客観的な交換価値をいうものと解され、それぞれの財産の現況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額をいうものと解される。
そして、時価は、低額譲渡や寄附金該当性についての判断基準として用いられるものであるため、課税の明確性や公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるものというべきであるところ、証券取引所に上場されている株式の公表されている価格は、市場を通じた不特定多数の当事者間の自由な取引によって成立した客観的なものであり、終値は一般に時価として広く認識され利用されているといえる。
したがって、株式が証券取引所に上場されている場合には、その株式の時価は、特段の事情がない限り、終値によるのが相当である。
（イ）この点、原告は、証券取引所の相場は、始値、高値、安値、終値と刻々と変化していくのであるし、本件各譲渡株式の１か月間の株価を見ると、終値の最高値と最安値には２割程度の差異が生じているのであり、このような差異が生じる原因は、様々な要因によって決まってくるもので、一概に説明できるものではないから、譲渡日の終値だけを時価とするのは、株式の評価としては狭きに失するというべきであり、むしろ、終値は、時価を判断する際の一つの参考値にすぎないと解すべきである旨主張する。
しかしながら、時価は、低額譲渡や寄附金該当性についての判断基準として用いられるものであるため、課税の明確性や公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるのであり、終値によって時価を算定することが合理性を有することは、先に述べたとおりである。そして、他に本件各譲渡株式の時価を終値によって算定すべきでないとする特段の事情を見出すことはできない。
したがって、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
（ウ）また、原告は、法人税基本通達２－３－７は、法人税法施行令１１９条１項４号が定める有利発行により取得した有価証券の取得価額に関する通達であるところ、社会通念上相当と認められる価額を下回るかどうかは、当該株式の価額と払込金額等の差額が当該株式の価額の概ね１０％相当額以上であるかどうかにより判定する旨定めており、このような幅を持たせた考え方を有価証券の譲渡において適用することに何ら不自然な点はないから、有価証券の譲渡価額と時価（譲渡日の終値）との差額が時価の概ね１０％を超えていない場合には、当該譲渡価額は、社会通念上相当と認められる価額であり、低額譲渡に当たらない旨主張しているものと解される。
しかしながら、法人税法施行令１１９条１項４号及び法人税基本通達２－３－７は、有価証券の発行という場合における取得価額の算定について定めたものであり、既に発行された有価証券の取引はこれと場合を異にするものである。
法人税基本通達２－３－７は、有価証券と引換えにされる払込額に関し、「有価証券の取得のために通常要する価額に比して有利な金額」は、当該株式の払込みの金額を決定する日の現況における当該発行法人の株式の価額に比して社会通念上相当と認められる価額を下回る価額をいうものとした上で、下回るかどうかは、当該株式の価額と払込金額等の差額が当該株式の価額のおおむね１０％相当額以上であるかどうかにより判定する旨定めるところ、差額がおおむね１０％相当額以上である場合に限り、上記「有利な金額」と判定することとしたのは、株式の証券取引所への新規上場の場合における払込金額等の決定方法等をも考慮したものとされている（乙３６）。この点につき、「有利な金額」について上記のような形で判定がされることとなったのは、株式の発行価額の決定時と発行時とに時期的差異があることや、発行時においてこれを引き受けることとなる投資家の需要見込みなどの不確定要素が存在するという、株式の発行における固有の事情を踏まえたものと解されるところ、既に発行されている株式について個別当事者が相対取引をするのはこれと場合を異にするのであるから、「有利な金額」の判定について上記のような定めがあるからといって、本件のような相対取引の場合にも同様に差額がおおむね１０％相当額以上の場合に限り低額譲渡と判断すべきことにはならないものというべきである。
したがって、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
ウ 以上を踏まえて、本件各譲渡についてみるに、原告は、本件各譲渡株式を別表１－１から別表１－４までの「③売買代金」欄記載の金額で譲渡したものであるところ、本件各譲渡株式の適正な価額（時価）は、各譲渡日（譲渡日が取引所の休業日の場合は、直近の取引日）の終値に基づいて計算した上記各別表の「⑤適正価額」欄記載の金額であるといえる。
したがって、法人税法６１条の２第１項の規定に基づいて損金の額に算入することができる本件各譲渡の譲渡損失額は、別表１－１から別表１－４までの「⑤適正価額」欄記載の金額から各譲渡原価（帳簿価額）を控除した金額ということになる。他方、原告の申告に係る本件各譲渡差額は、譲渡損失額に含まれないから、これを同項の規定に基づいて損金算入することはできない。
（４）本件各譲渡差額が寄附金の額に該当するか否かについて
ア 上記（３）において検討したとおり、本件各譲渡差額を法人税法６１条の２第１項の規定に基づいてそのまま損金の額に算入することはできないが、前記前提事実によれば、浅草税務署長は、本件各譲渡差額が寄附金の額に該当するものとして本件各再更正処分等を行っていると認められるから、以下、本件各譲渡差額が寄附金の額に該当するか否かについて検討することとする。
イ 法人税法３７条８項は、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、上記寄附金の額に含まれる旨定めている。
そして、一定の金額を超える寄附金の額の損金不算入を定めた法人税法３７条の趣旨は、前記（２）でみたとおりであり、これに加えて、同条７項が、寄附金の額とは、どのような名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を規定し、同条８項が同項に規定する場合も上記寄附金に含まれるとしていることからすれば、同項に定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないものを指すものと解するのが相当である。
ウ 以上の観点から本件についてみるに、先に述べたとおり、本件各譲渡は、いずれも、原告が、Ｂグループに属する法人との間で、相対取引によってしたものであり、その売買単価は、別表１－１から別表１－４までの各「②単価」欄及び「④終値」欄記載のとおり、各譲渡日（譲渡日が取引所の休業日の場合は、直近の取引日）における終値よりも約１０％低額であった。そして、原告は、相対取引の際の株式の価額決定は、お互いの思惑や今後の予見的思慮等が働いて決定されるものであり、一概に説明できるものではないため、本件各譲渡株式の譲渡価額の算定について、個別具体的かつ合理的な説明を求めることは不可能を強いるに近いものであると主張するにとどまり、本件各譲渡株式を各譲渡日における終値よりもいずれも約１０％低額で譲渡した理由を何ら明らかにしていないのであり、この点について経済取引として是認することができる合理的な理由の存在をうかがわせる事情は認められない。
したがって、本件各譲渡差額は、法人税法３７条８項が定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」と認められる金額に該当するものとして、寄附金の額に含まれるというべきである。
エ この点、原告は、法人税基本通達２－３－７が、社会通念上相当と認められる価額を下回るかどうかについて、当該株式の価額と払込金額等の差額が当該株式の価額の概ね１０％相当額以上であるかどうかにより判定する旨定めているから、譲渡日の終値を時価とみるとしても、寄附金として評価されるべき金額は、取引価額と時価との差額のうち、時価の概ね１０％相当額を超えた部分に限られると解するべきである旨主張する。
しかしながら、先に述べたとおり、法人税基本通達２－３－７は、法人税法施行令１１９条１項４号の定める「有価証券の取得のために通常要する価額に比して有利な金額」に該当するか否かを判定する上での実務上の取扱いについて定めたものであるところ、そもそも、上記「有利な金額」に該当するか否かの判定と法人税法３７条８項が定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」と認められるか否かの判定は異なるものであるから、法人税基本通達２－３－７の考え方を寄附金該当性に関する判定に用いることはできないというべきである。
したがって、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
（５）以上より、本件各譲渡差額を寄附金として損金算入限度額の限度で損金の額に算入することは、適法である。
２ 争点（２）（本件各譲受差額を受贈益として益金の額に算入することの適否）について（１）前記前提事実のとおり、本件各取得株式は、いずれも、株式会社Ｊ証券取引所の上場株式であるところ、本件各譲受けは、いずれも、原告が、Ｂグループに属する法人との間で、相対取引によってしたものであり、その売買単価は、各譲受日における終値（別表２－１から別表２－３までの各「④終値」欄記載のとおり。）よりも約１０％低額であった。
そこで、以下、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の益金の額又は損金の額に算入すべき金額について、資産の低額譲受けがされた場合に関する法人税法の定めをみた上で、本件各譲受差額を受贈益として益金の額に算入することが適法であるといえるか否かについて検討することとする。
（２）ア前記１（２）のとおり、法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、無償による資産の譲受けも収益の発生原因となるものとしているところ、その趣旨は、法人が資産を無償で譲り受ける場合には、譲受時における資産の時価に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲受時における時価より低い対価をもってする資産の低額譲受けの場合にも、当該資産には譲受時における時価に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって時価との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲受けの場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲受けの対価の額のほか、これと同資産の譲受時における適正な価額（時価）との差額も含まれるものと解される。
そして、時価は、先に述べたとおり、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるから、株式が証券取引所に上場されている場合には、その株式の適正な価額（時価）は、特段の事情がない限り、同取引所の終値によるのが相当である。
イ この点、原告は、譲受日の終値を時価とみるとしても、受贈益として評価されるべき金額は、取引価額と時価との差額のうち、時価の概ね１０％相当額を超えた部分に限られると解するべきである旨主張するが、上記主張が採用できないのは既に述べたとおりである。
（３）以上を踏まえて、本件各譲受けについてみるに、原告は、本件各取得株式を別表２－１から別表２－３までの各「③売買代金」欄記載の金額で譲り受けたものであるところ、本件各取得株式の適正な価額（時価）は、各譲受日の終値に基づいて計算した上記各別表の各「⑤適正価額」欄記載の金額であるといえる。
したがって、本件各譲受差額は、法人税法２２条２項の規定に基づき、受贈益として益金の額に算入すべきことになる。
（４）以上より、本件各譲受差額を受贈益として益金の額に算入することは適法である。
３ 本件再更正処分等の適法性
以上に述べたところに加え、弁論の全趣旨によれば、本件各再更正処分等及び本件賦課決定処分の根拠及び適法性は、別紙「課税の根拠及び適法性」に記載するとおりであると認められるから、本件各再更正処分等及び本件賦課決定処分はいずれも適法というべきである。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官徳井真
裁判官堀内元城
（別紙）
課税の根拠及び適法性
１ 平成１９年９月期更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成１９年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、次のとおりである。
なお、税額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が還付金額であることを表す。
（１）所得金額（別表４－１⑧欄）
０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表４－１①欄）
０円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表一（一）（乙１）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額の合計額（別表４－１④欄）
８６７８万１５００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額（別表４－１②欄）４３９４万円上記金額は、本件譲渡株式１の譲渡価額２億７９２７万２５００円（別表１－１の「③売買代金」欄の金額）と本件譲渡株式１の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額３億２３２１万２５００円（同表の「⑤適正価額」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲渡差額」欄の金額。本件各譲渡差額１。）であり、本件譲渡株式１を時価に比して低額で譲り渡したものであることから損金の額に算入されない金額である。
（イ）寄附金の損金不算入額の増加額（別表４－１③欄）
４２８４万１５００円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 寄附金の損金不算入額
４７８７万９０５６円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）支出した寄附金の額
５３９４万円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ特定公益増進法人等に対する寄附金額
１０００万円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表十四（二）（乙１）の「特定公益増進法人、認定特定非営利活動法人等に対する寄附金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱその他の寄附金額
４３９４万円
上記金額は、後記ウ（ア）の金額である。
（ｂ）寄附金の損金算入限度額
６０６万０９４４円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ一般寄附金の損金算入限度額
３０３万０４７２円
上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条〔平成２０年法律第２３号による改正前のもの。１及び３において同じ。〕１項、同法施行令７３条１項〔平成１９年政令第８３号による改正前のもの。１において同じ。〕１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
２５０万円
上記金額は、平成１９年９月期終了の時における原告の資本金等の額１０億円
の１０００分の２．５に相当する金額である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
３５６万０９４５円
上記金額は、上記アの０円に、確定申告において損金の額に算入された欠損金
の額９４７８万７３９７円（平成１９年９月期確定申告書別表四〔乙１〕の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）及び上記（ア）の４３９４万円を加算し、後記ｂの５０３万７５５６円、同ウ（ア）の４３９４万円及び同（３）の１２５万２０４０円を減算した金額と、上記（ａ）の５３９４万円との合計額１億４２４３万７８０１円の１００分の２．５に相当する金額である。
Ⅱ特定公益増進法人等に対する寄附金の損金算入限度額
３０３万０４７２円
上記金額の計算過程は、上記Ⅰと同様である（法人税法３７条４項、同法施行令７３条１項１号）。
ｂ 確定申告における寄附金の損金不算入額
５０３万７５５６円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表四の「寄附金の損金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額の合計額（別表４－１⑦欄）
８６７８万１５００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）損金の額に算入される寄附金の額（別表４－１⑤欄）
４３９４万円
上記金額は、本件譲渡株式１の譲渡価額２億７９２７万２５００円と本件譲渡株式１の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額３億２３２１万２５００円との差額（本件各譲渡差額１）であり、本件譲渡株式１を時価に比して低額で譲り渡したものであることから寄附金の額として損金の額に算入される金額である。
（イ）損金の額に算入される欠損金の額（別表４－１⑥欄）
４２８４万１５００円
上記金額は、原告の平成１７年１０月１日から平成１８年９月３０日までの事業年度に係る平成１９年９月期に繰り越す欠損金の額５億０３９２万４４０４円（平成１９年９月期確定申告書別表七（一）〔乙１〕の「控除未済欠損金額」の「計」欄に記載された金額）のうち、上記イの８６７８万１５００円から同（ア）の４３９４万円を減算した金額と同額であり、法人税法５７条１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの。５及び７において同じ。）の規定により、平成１９年９月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４－１⑨欄）
０円
上記金額は、上記（１）の所得金額に法人税法６６条１項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）並びに平成１８年法律第１０号による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条に定める税率を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税額等（別表４－１⑩欄）
１２５万２０４０円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（４）納付すべき法人税額（別表４－１⑪欄）
△１２５万２０４０円
上記金額は、上記（２）の金額から同（３）の金額を減算した金額である。
（５）既に納付の確定した法人税額（別表４－１⑫欄）
△１２５万２０４０円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「計」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表４－１⑬欄）
０円
上記金額は、上記（４）の金額から同（５）の金額を減算した金額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４－１⑭欄）
３億６６２９万５５０７円
上記金額は、平成１９年９月期確定申告書別表一（一）の「翌期へ繰り越す欠損金又は災害損失金」欄に記載された金額４億０９１３万７００７円から、上記（１）ウ（イ）の４２８４万１５００円を減算した金額である。
２ 平成１９年９月期更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成１９年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記１で述べたとおりであるところ、平成１９年９月期更正処分における所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記１の各金額と同額であるから、平成１９年９月期更正処分は適法である。
３ 平成２０年９月期再更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２０年９月期の所得金額（欠損金額）、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、次のとおりである。
なお、所得金額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が欠損金額であることを表す。
（１）所得金額（別表４－２⑧欄）
△２億１９９６万７８８５円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表４－２①欄）
△２億５０９５万２９５７円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表一（一）（乙２）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額の合計額（別表４－２⑥欄）
５０５２万０２７２円
上記金額は、次の（ア）ないし（エ）の金額の合計額である。
（ア）有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額（別表４－２②欄）
２９７８万７８８０円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ 本件譲渡株式２に係るもの
２２７８万７８８０円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額から（ｃ）の金額を減算した金額である。
（ａ）本件譲渡株式２を時価に比して低額で譲り渡したことにより損金の額に算入されない金額
１２５３万５２００円
上記金額は、本件譲渡株式２の譲渡価額の合計額１億１３７８万０７００円（別表１－２の「③売買代金」の「合計」欄の金額）と本件譲渡株式２の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額の合計額１億２６３１万５９００円（同表の「⑤適正価額」の「合計」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲渡差額」の「合計」欄の金額。本件各譲渡差額２。）であり、本件譲渡株式２を時価に比して低額で譲り渡したものであることから損金の額に算入されない金額である。
（ｂ）株式会社Ｌの株式に係る譲渡原価の過大額
１１１６万８０８０円
上記金額は、次のⅠの金額からⅡの金額を減算した金額である。
Ⅰ原告が損金の額に算入した譲渡原価の額
７３６３万円
上記金額は、原告が株式会社Ｌの株式（以下「Ｌ株式」という。）の譲渡原価として損金の額に算入した金額である（乙７）。
Ⅱ移動平均法により算出される譲渡原価の額
６２４６万１９２０円
上記金額は、原告が、譲渡原価の額の算出に当たって、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出方法につき、自ら選定した総平均法（法人税法施行令１１９条の２第１項〔平成２２年政令第５１号による改正前のもの。以下同じ。〕２号）によらなかったことから、同法６１条の２第１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの）２号及び同法施行令１１９条の７の規定により、移動平均法（同法施行令１１９条の２第１項１号）により算出した譲渡原価の額であり、Ｌ株式の取得価額の合計額８４４０万８０００円（原告が平成２０年９月期開始の時において保有していたＬ株式の帳簿価額７３６３万円〔上記Ⅰの金額と同額〕に、株式会社Ｌ及びＭ株式会社の株式交換〔Ｌ株式の譲渡前に行われたもの〕により、原告が保有していたＭ株式会社の株式２万６０００株に対して割り当てられたＬ株式１万３０００株〔乙１、２〕の帳簿価額１０７７万８０００円〔Ｍ株式会社の株式２万６０００株の帳簿価額と同額。乙１〕を加算した金額）を、当該株式の総数５万株（譲渡したＬ株式の株数３万７０００株と上記１万３０００株との合計株数）で除して算出した一単位当たりの帳簿価額１６８８．１６円に、譲渡した株数３万７０００株を乗じて算出した金額である。
（ｃ）Ｎ株式会社の株式に係る譲渡原価の増加額
９１万５４００円
上記金額は、別表２－１の順号１の「⑥譲受差額」欄の金額と同額であり、後記（イ）により、Ｎ株式会社の株式の帳簿価額が、同欄の金額だけ増加する結果、上記（ａ）の譲渡に係る同株式の譲渡原価の額に加算される金額である。
ｂ 本件譲渡株式３に係るもの
７００万円
上記金額は、本件譲渡株式３の譲渡価額６６００万円（別表１－３の「③売買代金」欄の金額）と本件譲渡株式３の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額７３００万円（同表の「⑤適正価額」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲渡差額」欄の金額。本件各譲渡差額３。）であり、後記第５の１で述べるとおり、本件譲渡株式３を時価に比して低額で譲り渡したものであることから損金の額に算入されない金額である。
（イ）益金の額に算入すべき受贈益の額（別表４－２③欄）
１１７万５４９９円
上記金額は、本件取得株式１の取得価額の合計額１０５７万９４９１円（別表２－１の「③売買代金」の「合計」欄の金額）と本件取得株式１の取得株式数に時価（終値）を乗じた金額の合計額１１７５万４９９０円（同表の「⑤適正価額」の「合計」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲受差額」の「合計」欄の金額。本件各譲受差額１。）であり、本件取得株式１を時価に比して低額で譲り受けたものであることから受贈益として益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）受取配当等の益金不算入額の過大額（別表４－２④欄）
２万１６９３円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 確定申告における受取配当等の益金不算入額
５２０万５９０１円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表四（乙２）の「受取配当等の益金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ｂ 受取配当等の益金不算入額
５１８万４２０８円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額の１００分の５０に相当する金額である（法人税法２３条〔平成２２年法律第６号による改正前のもの。３、５及び７において同じ。〕１項及び４項）。
（ａ）受取配当等の金額
１４９５万４６３５円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八（乙２）の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等」の「受取配当等の金額」欄に記載された金額と同額である。
（ｂ）受取配当等の金額から控除する負債利子等の額
４５８万６２１８円
上記金額は、次のⅠの金額に、Ⅱの金額がⅢの金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額である（法人税法施行令２２条１項〔平成２０年政令第１５６号による改正前のもの〕）。
Ⅰ負債利子等の額の合計額
１６８８万１４６６円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八の「負債利子等の額の計算」の「差引金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱ連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額
１２億９５２６万２５９３円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額」欄に記載された金額１２億７９９３万４４１４円に、次のⅰ及びⅱの金額を加算した金額である。
ⅰ平成１９年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該
当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額
３９０万円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八の「総資産の帳簿価額」の「前期末現在額」欄に記載された金額２６億７１０５万２０２２円のうち、①平成１９年９月期終了の時において、連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等（法人税法２３条１項）に該当するにもかかわらず、同別表八の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式及び出資等の帳簿価額」の「前期末現在額」欄に記載された金額（８億２８５７万７２６４円）に含められていないＯ株式会社の会員権及び入会金（株式に該当するもの）の帳簿価額８８０万円（乙１）から、②平成１９年９月期終了の時において、関係法人株式等（同項）に該当するにもかかわらず、同欄及び同別表八の「関係法人株式等の帳簿価額」の「前期末現在額」欄に記載された金額（１億２５４０万円）に重複して含められているＰ株式会社の株式の帳簿価額４９０万円（乙１）を減算した金額であり、平成１９年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当
しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額である。
ⅱ平成２０年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該
当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額
１１４２万８１７９円
上記金額は、上記（ア）ａ（ｂ）の１１１６万８０８０円から同（ア）ａ（ｃ）の９１万５４００円を減算し、同（イ）の１１７万５４９９円を加算した金額であり、平成２０年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額のうち、平成２０年９月期確定申告書別表八の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式及び出資等の帳簿価額」の
「当期末現在額」欄に記載された金額（４億５１３５万７１５０円）に含められていないことから、平成２０年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額である。
なお、原告は、平成２０年９月期終了の時においても、上記ⅰのＯ株式会社の
会員権及び入会金並びにＰ株式会社の株式を保有している（乙２）ところ、これらの帳簿価額（いずれも平成１９年９月期終了の時におけるものと同額）は、同別表八の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式及び出資等の帳簿価額」ないし「関係法人株式等の帳簿価額」の各「当期末現在額」欄に正しく記載されているから、加算ないし減算すべき金額はない。
Ⅲ総資産価額
４７億６７７４万７５７８円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八の「負債利子等の額の計算」の「総資産価額」欄に記載された金額４７億５６３１万９３９９円に、上記Ⅱⅱの１１４２万８１７９円（確定申告において、同欄に記載された金額に含められていない金額）を加算した金額である。
（エ）寄附金の損金不算入額の増加額（別表４－２⑤欄）
１９５３万５２００円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 寄附金の損金不算入額
２０５３万５２００円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）支出した寄附金の額
３２５３万５２００円
上記金額は、次のⅠないしⅢの金額の合計額である。
Ⅰ指定寄附金等の金額
１０００万円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表十四（二）（乙２）の「指定寄附金等の金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱ特定公益増進法人等に対する寄附金額
３００万円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表十四（二）の「特定公益増進法人等に対する寄附金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅲその他の寄附金額
１９５３万５２００円
上記金額は、後記ウの金額である。
（ｂ）寄附金の損金算入限度額
１２００万円
上記金額は、次のⅠないしⅢの金額の合計額である。
Ⅰ指定寄附金等の損金算入（限度）額
１０００万円
上記金額は、上記（ａ）Ⅰの金額と同額であり、法人税法３７条１項及び３項の規定により、平成２０年９月期の損金の額に算入される金額である。
Ⅱ一般寄附金の損金算入限度額
１００万円
上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条１項、同法施行令７３条１項〔平成２０年政令第１５６号による改正前のもの。３において同じ。〕１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
２００万円
上記金額は、平成２０年９月期終了の時における原告の資本金等の額８億円の
１０００分の２．５に相当する金額である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
０円
上記金額は、０円（上記アのマイナス２億５０９５万２９５７円に同（ア）の
２９７８万７８８０円、同（イ）の１１７万５４９９円及び同（ウ）の２万１６９３円を加算し、後記ｂの１００万円、同ウの１９５３万５２００円及び同（３）の１０７万２９０６円を減算した金額と、上記（ａ）の３２５３万５２００円との合計額がマイナス２億０９０４万０７９１円であるため。）の１００分の２．５に相当する金額である。
Ⅲ特定公益増進法人等に対する寄附金の損金算入限度額
１００万円
上記金額の計算過程は、上記Ⅱと同様である（法人税法３７条４項、同法施行令７３条１項１号）。
ｂ 確定申告における寄附金の損金不算入額
１００万円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表四の「寄附金の損金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（損金の額に算入される寄附金の額）（別表４－２⑦欄）１９５３万５２００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）本件譲渡株式２に係るもの
１２５３万５２００円
上記金額は、本件譲渡株式２の譲渡価額の合計額１億１３７８万０７００円と本件譲渡株式２の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額の合計額１億２６３１万５９００円との差額（本件各譲渡差額２）であり、本件譲渡株式２を時価に比して低額で譲り渡したものであることから寄附金の額として損金の額に算入される金額である。
（イ）本件譲渡株式３に係るもの
７００万円
上記金額は、本件譲渡株式３の譲渡価額の６６００万円と本件譲渡株式３の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額７３００万円との差額（本件各譲渡差額３）であり、本件譲渡株式３を時価に比して低額で譲り渡したものであることから寄附金の額として損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４－２⑨欄）
０円
上記金額は、上記（１）の所得金額に法人税法６６条１項（平成２０年法律第２３号による改正前のもの）に定める税率を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税額等（別表４－２⑩欄）
１０７万２９０６円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（４）納付すべき法人税額（別表４－２⑪欄）
△１０７万２９０６円
上記金額は、上記（２）の金額から同（３）の金額を減算した金額である。
（５）既に納付の確定した法人税額（別表４－２⑫欄）
△１０７万２９０６円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「計」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表４－２⑬欄）
０円
上記金額は、上記（４）の金額から同（５）の金額を減算した金額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４－２⑭欄）
５億８６２６万３３９２円
上記金額は、前記１（７）の３億６６２９万５５０７円に上記（１）の２億１９９６万７８８５円を加算した金額である。
４ 平成２０年９月期再更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２０年９月期の所得金額（欠損金額）、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記３で述べたとおりであるところ、平成２０年９月期再更正処分における所得金額（欠損金額）、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記３の各金額と同額であるから、平成２０年９月期再更正処分は適法である。
５ 平成２１年９月期再更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２１年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、次のとおりである。
（１）所得金額（別表４－３⑥欄）
０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表４－３①欄）
０円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表一（一）（乙３）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額の合計額（別表４－３④欄）
７１０万４７３７円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）益金の額に算入すべき受贈益の額（別表４－３②欄）
７０６万６１６５円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ 本件取得株式２に係るもの
２７７万３８００円
上記金額は、本件取得株式２の取得価額の合計額２１８６万０８００円（別表２－２の「③売買代金」の「合計」欄の金額）と本件取得株式２の取得株式数に時価（終値）を乗じた金額の合計額２４６３万４６００円（同表の「⑤適正価額」の「合計」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲受差額」の「合計」欄の金額。本件各譲受差額２。）であり、本件取得株式２を時価に比して低額で譲り受けたものであることから受贈益として益金の額に算入すべき金額である。
ｂ 本件取得株式３に係るもの
４２９万２３６５円
上記金額は、本件取得株式３の取得価額の合計額３８８５万８４１８円（別表２－３の「③売買代金」の「合計」欄の金額）と本件取得株式３の取得株式数に時価（終値）を乗じた金額の合計４３１５万０７８３円（同表の「⑤適正価額」の「合計」欄の金額）との差額（同表の「⑥譲受差額」の「合計」欄の金額。本件各譲受差額３。）であり、本件取得株式３を時価に比して低額で譲り受けたものであることから受贈益として益金の額に算入すべき金額である。
（イ）受取配当等の益金不算入額の過大額（別表４－３③欄）
３万８５７２円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 確定申告における受取配当等の益金不算入額
３２７万３７６９円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表四（乙３）の「受取配当等の益金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ｂ 受取配当等の益金不算入額
３２３万５１９７円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額の１００分の５０に相当する金額である（法人税法２３条１項及び４項）。
（ａ）受取配当等の金額
１０３２万３８７３円
上記金額は、平成２０年９月期確定申告書別表八（一）（乙３）の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等」の「受取配当等の金額」欄に記載された金額と同額である。
（ｂ）受取配当等の金額から控除する負債利子等の額
３８５万３４７８円
上記金額は、次のⅠの金額に、Ⅱの金額がⅢの金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額である（法人税法施行令２２条１項〔平成２１年政令第１０５号による改正前のもの〕）。
Ⅰ負債利子等の額の合計額
１４８９万８４９４円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「差引金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱ連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額
１１億１５８１万６７５５円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表八（一）の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額」欄に記載された金額１０億８５８９万４２３２円に、次のⅰ及びⅱの金額を加算した金額である。
ⅰ平成２０年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該
当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額
１１４２万８１７９円
上記金額は、前記３（１）イ（ウ）ｂ（ｂ）Ⅱⅱの金額であり、平成２１年９
月期確定申告書別表八（一）の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式及び出資等の帳簿価額」の「前期末現在額」欄に記載された金額（４億５１３５万７１５０円）に含められていないことから、平成２０年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額に
加算すべき金額である。
ⅱ平成２１年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該
当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額
１８４９万４３４４円
上記金額は、上記（ア）の７０６万６１６５円及び同ⅰの１１４２万８１７９
円の合計額であり、平成２１年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額のうち、平成２１年９月期確定申告書別表八（一）の「連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式及び出資等の帳簿価額」の「当期末現在額」欄に記載された金額（６億３４５３万７０８２円）に含められていないことから、平成２１年９月期終了の時における連結法人株式等及び関係法人株式等に該当しない株式等の帳簿価額に加算すべき金額
である。
Ⅲ総資産価額
４３億１４０２万１２４９円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「総資産価額」欄に記載された金額４２億８４０９万８７２６円に、上記Ⅱⅰの１１４２万８１７９円及び同Ⅱⅱの１８４９万４３４４円（確定申告において、同欄に記載された金額に含められていない金額）を加算した金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（損金の額に算入される欠損金の額）（別表４－３⑤欄）７１０万４７３７円
上記金額は、前記３（７）の５億８６２６万３３９２円のうち、上記アの０円に上記イの７１０万４７３７円を加算した金額と同額であり、法人税法５７条１項の規定により、平成２１年９月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４－３⑦欄）
０円
上記金額は、上記（１）の所得金額に法人税法６６条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。７及び９において同じ。）に定める税率を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税額等（別表４－３⑧欄）
６５万１４７８円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（４）納付すべき法人税額（別表４－３⑨欄）
△６５万１４７８円
上記金額は、上記（２）の金額から同（３）の金額を減算した金額である。
（５）既に納付の確定した法人税額（別表４－３⑩欄）
△６５万１４７８円
上記金額は、平成２１年９月期確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「計」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表４－３⑪欄）
０円
上記金額は、上記（４）の金額から同（５）の金額を減算した金額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４－３⑫欄）
４億０２９５万４７４５円
上記金額は、前記３（７）の５億８６２６万３３９２円から、確定申告において損金の額に算入された欠損金の額１億７６２０万３９１０円（平成２１年９月期確定申告書別表四の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）及び上記（１）ウの７１０万４７３７円を減算した金額である。
６ 平成２１年９月期再更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２１年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記５で述べたとおりであるところ、平成２１年９月期再更正処分における所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記５の各金額と同額であるから、平成２１年９月期再更正処分は適法である。
７ 平成２２年９月期再更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２２年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、次のとおりである。
（１）所得金額（別表４－４⑩欄）
０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表４－４①欄）
０円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表一（一）（乙４）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額の合計額（別表４－４⑥欄）
４８７万２７７３円
上記金額は、次の（ア）ないし（エ）の金額の合計額である。
（ア）有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額（別表４－４②欄）
１７９万８６０６円
上記金額は、本件譲渡株式４の譲渡価額２２００万円（別表１－４の「③売買代金」欄の金額）と本件譲渡株式４の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額２４４６万円（同表の「⑤適正価額」欄の金額）との差額２４６万円（同表の「⑥譲渡差額」欄の金額。本件各譲渡差額４。）のうち、本件譲渡株式４の譲渡により原告が有価証券売却損として損金の額に算入した金額（乙８）と同額であり、本件譲渡株式４を時価に比して低額で譲り渡したものであることから損金の額に算入されない金額である。
（イ）益金の額に算入すべき有価証券売却益の額（別表４－４③欄）
６６万１３９４円
上記金額は、本件各譲渡差額４の金額（２４６万円）から上記（ア）の金額を減算した金額である。
（ウ）受取配当等の益金不算入額の過大額（別表４－４④欄）
４万６７７８円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 確定申告における受取配当等の益金不算入額
２８６万３２９２円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表四（乙４）の「受取配当等の益金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ｂ 受取配当等の益金不算入額
２８１万６５１４円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額の１００分の５０に相当する金額である（法人税法２３条１項及び４項）。
（ａ）受取配当等の金額
１００４万５３６７円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表八（一）（乙４）の「その他株式等」の「受取配当等の額」欄に記載された金額と同額である。
（ｂ）受取配当等の金額から控除する負債利子等の額
４４１万２３３８円
上記金額は、次のⅠの金額に、Ⅱの金額がⅢの金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額である（法人税法施行令２２条１項〔平成２２年政令第５１号による改正前のもの〕）。
Ⅰ負債利子等の額の合計額
１４３４万２９９７円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「差引金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱ期末その他株式等の帳簿価額
１２億１９２０万３８３８円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表八（一）の「期末その他株式等の帳簿価額」欄に記載された金額１１億８２２１万５１５０円に、次のⅰ及びⅱの金額を加算した金額である。
ⅰ平成２１年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべ
き金額
１８４９万４３４４円
上記金額は、前記５（１）イ（イ）ｂ（ｂ）Ⅱⅱの金額であり、平成２２年９
月期確定申告書別表八（一）の「株式及び出資等」の「前期末現在額」欄に記載された金額（６億３４５３万７０８２円）に含められていないことから、平成２１年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額で
ある。
ⅱ平成２２年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべ
き金額
１８４９万４３４４円
上記金額は、上記ⅰの金額と同額であり、平成２２年９月期確定申告書別表八
（一）の「株式及び出資等」の「当期末現在額」欄に記載された金額（５億４７６７万８０６８円）に含められていないことから、平成２２年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額である。
Ⅲ総資産価額
３９億６３２１万３００５円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「総資産価額」欄に記載された金額３９億２６２２万４３１７円に、上記Ⅱⅰの１８４９万４３４４円及び同Ⅱⅱの１８４９万４３４４円（確定申告において、同欄に記載された金額に含められていない金額）を加算した金額である。
（エ）寄附金の損金不算入額の増加額（別表４－４⑤欄）
２３６万５９９５円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 寄附金の損金不算入額
２５４万５８７３円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）支出した寄附金の額
６４６万円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ特定公益増進法人等に対する寄附金額
４００万円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表十四（二）（乙４）の「特定公益増進法人等に対する寄附金額」欄に記載された金額と同額である。
Ⅱその他の寄附金額
２４６万円
上記金額は、後記ウ（ア）の金額である。
（ｂ）寄附金の損金算入限度額
３９１万４１２７円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ一般寄附金の損金算入限度額
１５１万３０４２円
上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条１項、同法施行令７３条１項〔平成２３年政令第３７９号による改正前のもの。９において同じ。〕１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
１２５万円
上記金額は、平成２２年９月期終了の時における原告の資本金等の額５億円の
１０００分の２．５に相当する金額である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
１７７万６０８５円
上記金額は、上記アの０円に、確定申告において損金の額に算入された欠損金
の額６５４４万２５３７円（平成２２年９月期確定申告書別表四の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）、上記（ア）の１７９万８６０６円、同（イ）の６６万１３９４円及び同（ウ）の４万６７７８円を加算し、後記ｂの１７万９８７８円、同ウ（ア）の２４６万円及び同（３）の７２万６０３７円を減算した金額と、上記（ａ）の６４６万円との合計額７１０４万３４００円の１００分の２．５に相当する金額である。
Ⅱ特定公益増進法人等に対する寄附金の特別損金算入限度額２４０万１０８５円上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条４項、同法施行令７７条の２第１項〔平成２３年政令第３７９号による改正前のもの。９において同じ。〕１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
１２５万円
上記金額の計算過程は、上記Ⅰⅰと同様である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
３５５万２１７０円
上記金額は、７１０４万３４００円（上記Ⅰⅱ参照）の１００分の５に相当す
る金額である。
ｂ 確定申告における寄附金の損金不算入額
１７万９８７８円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表四の「寄附金の損金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額の合計額（別表４－４⑨欄）
４８７万２７７３円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）損金の額に算入される寄附金の額（別表４－４⑦欄）
２４６万円
上記金額は、本件譲渡株式４の譲渡価額２２００万円と本件譲渡株式４の譲渡株式数に時価（終値）を乗じた金額２４４６万円との差額（本件各譲渡差額４）であり、本件譲渡株式４を時価に比して低額で譲り渡したものであることから寄附金の額として損金の額に算入される金額である。
（イ）損金の額に算入される欠損金の額（別表４－４⑧欄）
２４１万２７７３円
上記金額は、前記５（７）の４億０２９５万４７４５円のうち、上記イの４８７万２７７３円から同（ア）の２４６万円を減算した金額と同額であり、法人税法５７条１項の規定により、平成２２年９月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４－４⑪欄）
０円
上記金額は、上記（１）の所得金額に法人税法６６条１項に定める税率を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税額等（別表４－４⑫欄）
７２万６０３７円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（４）納付すべき法人税額（別表４－４⑬欄）
△７２万６０３７円
上記金額は、上記（２）の金額から同（３）の金額を減算した金額である。
（５）既に納付の確定した法人税額（別表４－４⑭欄）
△７２万６０３７円
上記金額は、平成２２年９月期確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「計」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表４－４⑮欄）
０円
上記金額は、上記（４）の金額から同（５）の金額を減算した金額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４－４⑯欄）
３億３５０９万９４３５円
上記金額は、前記５（７）の４億０２９５万４７４５円から、確定申告において損金の額に算入された欠損金の額６５４４万２５３７円（平成２２年９月期確定申告書別表四の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）及び上記（１）ウ（イ）の２４１万２７７３円を減算した金額である。
８ 平成２２年９月期再更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２２年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記７で述べたとおりであるところ、平成２２年９月期再更正処分における所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記７の各金額と同額であるから、平成２２年９月期再更正処分は適法である。
９ 平成２３年９月期再更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２３年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、次のとおりである。
（１）所得金額（別表４－５⑥欄）
０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表４－５①欄）
０円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表一（一）（乙５）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額（受取配当等の益金不算入額の過大額）（別表４－５②欄）４万７２２１円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を減算した金額である。
（ア）確定申告における受取配当等の益金不算入額
４００万８５０６円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表四（乙５）の「受取配当等の益金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
（イ）受取配当等の益金不算入額
３９６万１２８５円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額の１００分の５０に相当する金額である（法人税法２３条１項及び４項）。
ａ 受取配当等の金額
１１７８万３４５４円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表八（一）（乙５）の「その他株式等」の「受取配当等の額」欄に記載された金額と同額である。
ｂ 受取配当等の金額から控除する負債利子等の額
３８６万０８８３円
上記金額は、次の（ａ）の金額に、（ｂ）の金額が（ｃ）の金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額である（法人税法施行令２２条２項）。
（ａ）負債利子等の額の合計額
１２５５万７７８１円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「差引金額」欄に記載された金額と同額である。
（ｂ）期末その他株式等の帳簿価額
１０億５８６０万９８６６円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表八（一）の「期末その他株式等の帳簿価額」欄に記載された金額１０億２１６２万１１７８円に、次のⅠ及びⅡの金額を加算した金額である。
Ⅰ平成２２年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額
１８４９万４３４４円
上記金額は、上記７（１）イ（ウ）ｂ（ｂ）Ⅱⅱの金額であり、平成２３年９月期確定申告書別表八（一）の「株式及び出資等」の「前期末現在額」欄に記載された金額（５億４７６７万８０６８円）に含められていないことから、平成２２年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額である。
Ⅱ平成２３年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額
１８４９万４３４４円
上記金額は、上記Ⅰの金額と同額であり、平成２３年９月期確定申告書別表八
（一）の「株式及び出資等」の「当期末現在額」欄に記載された金額（４億７３９４万３１１０円）に含められていないことから、平成２３年９月期終了の時における期末その他株式等の帳簿価額に加算すべき金額である。
（ｃ）総資産価額
３４億４３１９万９５７２円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表八（一）の「負債利子等の額の計算」の「総資産価額」欄に記載された金額３４億０６２１万０８８４円に、上記（ｂ）Ⅰの１８４９万４３４４円及び同（ｂ）Ⅱの１８４９万４３４４円（確定申告において、同欄に記載された金額に含められていない金額）を加算した金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額の合計額（別表４－５⑤欄）
４万７２２１円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）寄附金の損金不算入額の過大額（別表４－５③欄）
１７７０円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を減算した金額である。
ａ 確定申告における寄附金の損金不算入額
４０１万７６３２円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表四の「寄附金の損金不算入額」欄に記載された金額と同額である。
ｂ 寄附金の損金不算入額
４０１万５８６２円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）支出した寄附金の額
１０００万円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表十四（二）（乙５）の「特定公益増進法人等に対する寄附金額」欄に記載された金額と同額である。
（ｂ）寄附金の損金算入限度額
５９８万４１３８円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ一般寄附金の損金算入限度額
２０７万８０４６円
上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条１項、同法施行令７３条１項１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
５０万円
上記金額は、平成２３年９月期終了の時における原告の資本金等の額２億円の
１０００分の２．５に相当する金額である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
３６５万６０９２円
上記金額は、上記アの０円に、確定申告において損金の額に算入された欠損金
の額１億４１０５万９５１９円（平成２３年９月期確定申告書別表四の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）及び上記イの４万７２２１円を加算し、同ａの４０１万７６３２円及び後記（４）の８４万５３８９円を減算した金額と、上記（ａ）の１０００万円との合計額１億４６２４万３７１９円の１００分の２．５に相当する金額である。
Ⅱ特定公益増進法人等に対する寄附金の特別損金算入限度額３９０万６０９２円上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額の２分の１に相当する金額である（法人税法３７条４項、同法施行令７７条の２第１項１号）。
ⅰ資本金等の額を基礎として計算した金額
５０万円
上記金額の計算過程は、上記Ⅰⅰと同様である。
ⅱ所得の金額を基礎として計算した金額
７３１万２１８５円
上記金額は、１億４６２４万３７１９円（上記Ⅰⅱ参照）の１００分の５に相
当する金額である。
（イ）損金の額に算入される欠損金の額（別表４－５④欄）
４万５４５１円
上記金額は、前記７（７）の３億３５０９万９４３５円のうち、上記イの４万７２２１円から同（ア）の１７７０円を減算した金額と同額であり、法人税法５７条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）の規定により、平成２３年９月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４－５⑦欄）
０円
上記金額は、上記（１）の所得金額に法人税法６６条１項に定める税率を乗じて計算した金額である。
（３）課税留保金額に対する税額（別表４－５⑧欄）
１３５万６５００円
上記金額は、課税留保金額１３５６万５０００円（次のアの金額からイの金額を減算した金額につき、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）の１００分の１０に相当する金額であり、原告が法人税法６７条１項（平成２３年法律第８２号による改正前のもの）に規定する特定同族会社に該当することから、同項の規定により、上記（２）の金額に加算される法人税額である。
ア 留保金額
１億４０９３万１０４１円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表三（一）（乙５）の「当期留保金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 留保控除額
１億２７３６万５１３８円
上記金額は、平成２３年９月期終了の時における資本金の額２億円の１００分の２５に相当する金額である５０００万円と、平成２３年９月期終了の時における利益積立金額のうち、平成２３年９月期の所得等の金額に係る部分の金額を除いた金額マイナス７７３６万５１３８円（平成２２年９月期再更正処分に係る更正通知書〔甲２の３〕の２枚目の「差引合計額」欄に記載された金額）との差額である（法人税法６７条５項）。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表４－５⑨欄）
８４万５３８９円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表４－５⑩欄）
５１万１１００円
上記金額は、上記（２）及び同（３）の金額の合計額から同（４）の金額を減算した金額（国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
（６）既に納付の確定した法人税額（別表４－５⑪欄）
△８４万５３８９円
上記金額は、平成２３年９月期確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「計」欄に記載された金額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表４－５⑫欄）
１３５万６４００円
上記金額は、上記（５）の金額から同（６）の金額を減算した金額（国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
（８）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４－５⑬欄）
１億９３９９万４４６５円
上記金額は、前記７（７）の３億３５０９万９４３５円から、確定申告において損金の額に算入された欠損金の額１億４１０５万９５１９円（平成２３年９月期確定申告書別表四の「欠損金又は災害損失金等の当期控除額」欄に記載された金額）及び上記（１）ウ（イ）の４万５４５１円を減算した金額である。
10 平成２３年９月期再更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２３年９月期の所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記９で述べたとおりであるところ、平成２３年９月期再更正処分における所得金額、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、前記９の各金額と同額であるから、平成２３年９月期再更正処分は適法である。
11 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
前記１０のとおり、平成２３年９月期再更正処分は適法であるところ、平成２３年９月期再更正処分により新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となった事実のうち、平成２３年９月期再更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるものはない。
したがって、平成２３年９月期再更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の額は、前記９（７）の差引納付すべき法人税額１３５万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１３万５０００円及び、当該差引納付すべき法人税額１３５万６４００円のうち５０万円を超える部分に相当する税額８５万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額４万２５００円の合計額１７万７５００円となる（国税通則法６５条１項及び２項）。
以上
別表１－１から別表１－４まで、別表２－１から別表２－３まで省略
別表３－１平成１９年９月期の法人税に関する経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告加算税
確定申告
平成19年11月19日
△1,252,040
409,137,007
－
更正処分
平成24年12月25日
△1,252,040
366,295,507
異議申立て平成25年２月21日
△1,252,040
409,137,007
異議決定
平成25年５月17日
棄却
審査請求
平成25年６月13日
△1,252,040
409,137,007
裁決
平成26年２月13日
棄却
（注）「△」は還付金額を表す。
別表３－２平成２０年９月期の法人税に関する経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告加算税
確定申告
平成21年１月５日
△250,952,957
△1,072,906
666,089,964
－
更正処分
平成24年12月25日
△219,989,578
△1,072,906
586,285,085
異議申立て平成25年２月21日
△250,952,957
△1,072,906
660,089,964
再更正処分平成25年３月５日
△219,967,885
△1,072,906
586,263,392
異議申立て平成25年４月18日
△250,952,957
△1,072,906
660,089,964
異議決定
平成25年５月17日
棄却
審査請求
平成25年６月13日
△250,952,957
△1,072,906
660,089,964
裁決
平成26年２月13日
棄却
（注）「△」は欠損金額又は還付金額を表す。
別表３－３平成２１年９月期の法人税に関する経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告加算税
確定申告
平成21年11月30日
△651,478
483,886,054
－
更正処分
平成24年12月25日
△651,478
403,015,010
異議申立て平成25年２月21日
△651,478
483,886,054
再更正処分平成25年３月５日
△651,478
402,954,745
異議申立て平成25年４月18日
△651,478
483,886,054
異議決定
平成25年５月17日
棄却
審査請求
平成25年６月13日
△651,478
483,886,054
裁決
平成26年２月13日
棄却
（注）「△」は還付金額を表す。
別表３－４平成２２年９月期の法人税に関する経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告加算税
確定申告
平成22年12月24日
△726,037
418,443,517
－
更正処分
平成24年12月25日
△726,037
346,852,315
異議申立て平成25年２月21日
△726,037
418,443,517
再更正処分平成25年３月５日
△726,037
335,099,435
異議申立て平成25年４月18日
△726,037
418,443,517
異議決定
平成25年５月17日
棄却
審査請求
平成25年６月13日
△726,037
418,443,517
裁決
平成26年２月13日
棄却
（注）「△」は還付金額を表す。
別表３－５平成２３年９月期の法人税に関する経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告加算税
確定申告
平成23年12月28日
△845,389
250,952,957
－
更正処分
平成24年12月25日
△845,389
205,792,796
異議申立て
平成25年２月21日
△845,389
250,952,957
再更正処分
平成25年３月５日
511,100
193,994,465
177,500
異議申立て
平成25年４月18日
△845,389
250,952,957
異議決定
平成25年５月17日
棄却
審査請求
平成25年６月13日
△845,389
250,952,957
裁決
平成26年２月13日
棄却
（注）「△」は還付金額を表す。
別表４－１平成１９年９月期に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
加算額
有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額
②
43,940,000
寄附金の損金不算入額の増加額
③
42,841,500
所得金額に加算すべき金額の合計額（②＋③）
④
86,781,500
減算額
損金の額に算入される寄附金の額
⑤
43,940,000
損金の額に算入される欠損金の額
⑥
42,841,500
所得金額から減算すべき金額の合計額（⑤＋⑥）
⑦
86,781,500
所得金額の合計額（①＋④－⑦）
⑧
所得金額に対する法人税額
⑨
法人税額から控除される所得税額等
⑩
1,252,040
納付すべき法人税額（⑨－⑩）
⑪
△1,252,040
既に納付の確定した法人税額
⑫
△1,252,040
差引納付すべき法人税額（⑪－⑫）
⑬
翌期へ繰り越す欠損金額
⑭
366,295,507
（注）「△」は還付金額を表す。
別表４－２平成２０年９月期に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
△250,952,957
加算額
有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額
②
29,787,880
益金の額に算入すべき受贈益の額
③
1,175,499
受取配当等の益金不算入額の過大額
④
21,693
寄附金の損金不算入額の増加額
⑤
19,535,200
所得金額に加算すべき金額の合計額（②＋③＋④＋⑤）
⑥
50,520,272
減算額損金の額に算入される寄附金の額
⑦
19,535,200
所得金額の合計額（①＋⑥－⑦）
⑧
△219,967,885
所得金額に対する法人税額
⑨
法人税額から控除される所得税額等
⑩
1,072,906
納付すべき法人税額（⑨－⑩）
⑪
△1,072,906
既に納付の確定した法人税額
⑫
△1,072,906
差引納付すべき法人税額（⑪－⑫）
⑬
翌期へ繰り越す欠損金額
⑭
586,263,392
（注）「△」は欠損金額又は還付金額を表す。
別表４－３平成２１年９月期に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
加算額
益金の額に算入すべき受贈益の額
②
7,066,165
受取配当等の益金不算入額の過大額
③
38,572
所得金額に加算すべき金額の合計額（②＋③）
④
7,104,737
減算額
損金の額に算入される欠損金の額
⑤
7,104,737
所得金額の合計額（①＋④－⑤）
⑥
所得金額に対する法人税額
⑦
法人税額から控除される所得税額等
⑧
651,478
納付すべき法人税額（⑦－⑧）
⑨
△651,478
既に納付の確定した法人税額
⑩
△651,478
差引納付すべき法人税額（⑨－⑩）
⑪
翌期へ繰り越す欠損金額
⑫
402,954,745
（注）「△」は還付金額を表す。
別表４－４平成２２年９月期に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
加算額
有価証券売却損のうち損金の額に算入されない金額
②
1,798,606
益金の額に算入すべき有価証券売却益の額
③
661,394
受取配当等の益金不算入額の過大額
④
46,778
寄附金の損金不算入額の増加額
⑤
2,365,995
所得金額に加算すべき金額の合計額（②＋③＋④＋⑤）
⑥
4,872,773
減算額
損金の額に算入される寄附金の額
⑦
2,460,000
損金の額に算入される欠損金の額
⑧
2,412,773
所得金額から減算すべき金額の合計額（⑦＋⑧）
⑨
4,872,773
所得金額の合計額（①＋⑥－⑨）
⑩
所得金額に対する法人税額
⑪
法人税額から控除される所得税額等
⑫
726,037
納付すべき法人税額（⑪－⑫）
⑬
△726,037
既に納付の確定した法人税額
⑭
△726,037
差引納付すべき法人税額（⑬－⑭）
⑮
翌期へ繰り越す欠損金額
⑯
335,099,435
（注）「△」は還付金額を表す。
別表４－５平成２３年９月期に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
加算額受取配当等の益金不算入額の過大額
②
47,221
減算額
寄附金の損金不算入額の過大額
③
1,770
損金の額に算入される欠損金の額
④
45,451
所得金額から減算すべき金額の合計額（③＋④）
⑤
47,221
所得金額の合計額（①＋②－⑤）
⑥
所得金額に対する法人税額
⑦
課税留保金額に対する税額
⑧
1,356,500
法人税額から控除される所得税額等
⑨
845,389
納付すべき法人税額（⑦＋⑧－⑨）
⑩
511,100
既に納付の確定した法人税額
⑪
△845,389
差引納付すべき法人税額（⑩－⑪）
⑫
1,356,400
翌期へ繰り越す欠損金額
⑬
193,994,465
（注）「△」は還付金額を表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12756.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。