税務訴訟資料第２６７号－５（順号１２９５４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（朝霞税務署長）
平成２９年１月１３日棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
福島晃
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
朝霞税務署長
熊藤公平
同指定代理人
中野康典
羽鳥裕士
髙橋富士子
大平智子
佐々木浩二
野間隆一朗
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
朝霞税務署長が原告に対して平成２５年１１月２９日付けでした原告の平成２４年分の所得税に係る更正処分のうち、納付すべき税額マイナス２７４万２７７７円（還付金の額に相当する税額２７４万２７７７円）を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、東京都内の公立中学校の元教諭であり、平成１６年に地方公務員法上の分限免職処分を受けたところ、原告が同処分を不服としてその取消しを求めて提起した訴訟について、請求棄却判決が平成２４年に確定した。
本件は、原告が、東京都から上記分限免職処分に基づく退職手当を平成１６年に供託され、その際、所得税を源泉徴収されたが、分限免職処分を追認することになるから上記取消訴訟係属中は当該退職手当の支払を受けることはできなかったものであり、同退職手当は同訴訟の判決が確定した平成２４年分の所得であるとして、管轄税務署長に対し、控除しきれない源泉徴収税額が還付されるべきであるとする内容の平成２４年分の所得税の申告をしたところ、同税務署長（処分行政庁）が、原告に対し、同退職手当は平成１６年分の収入であり、平成２４年分の退職所得として源泉徴収税額を控除することはできないとして、同年分の所得税について更正及び過少申告加算税賦課決定の処分をしたため、原告が、処分行政庁の所属する被告国に対し、更正処分のうち申告額を上回る部分及び過少申告加算税賦課決定の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）退職所得に係る所得税の納税の仕組み
ア 退職所得とは、退職手当、一時恩給その他の退職により一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与（以下「退職手当等」という。）に係る所得をいう（所得税法（平成２４年法律第１６号による改正前のもの。以下同じ。）３０条１項）。
イ 退職所得に対しては、他の所得と区分して、退職所得金額を課税標準として所得税が課され、その課税標準となる退職所得の金額は、その年中の退職手当等の収入金額から、勤続年数等に応じて計算される所定の退職所得控除額を控除した残額の２分の１に相当する金額とされる（所得税法２２条、３０条２項ないし４項）。
ウ 居住者に対し国内において退職手当等の支払をする者は、その支払の際、その退職手当等について所得税を徴収し（源泉徴収）、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない（所得税法１９９条）。
エ ウにより徴収すべき所得税の額は、（ア）退職手当等の支払を受ける居住者がその支払を受ける時までに提出すべき「退職所得の受給に関する申告書」（所得税法２０３条）の記載内容に応じ、①イの退職所得金額に相当する金額を課税退職所得金額とみなして所定の税率を乗じる等して計算した場合の税額（支払済みの他の退職手当等がない旨の記載がある場合）又は②その税額からその支払済みの他の退職手当等につき源泉徴収された若しくは源泉徴収されるべき所得税の額を控除した残額に相当する税額（支払済みの他の退職手当等がある旨の記載がある場合）とされる（同法２０１条１項）が、（イ）退職手当等の支払を受ける居住者がその支払を受ける時までに「退職所得の受給に関する申告書」を提出していないときは、その支払う退職手当等の金額に１００分の２０の税率を乗じて計算した金額に相当する税額とされる（同条３項）。
（２）所得税の対象となる所得の帰属年分
その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収すべき金額とされる（所得税法３６条１項）。
（３）還付を受けるための申告と還付金等の時効消滅
ア 確定申告書の提出があった場合において、当該申告書に源泉徴収税額の控除不足額の記載があるときは、税務署長は、当該申告書を提出した者に対し、当該金額に相当する所得税を還付する（所得税法１３８条１項）。
イ 居住者は、その年分の所得税につき計算上控除しきれなかった源泉徴収税額（源泉徴収税額の控除不足額）がある場合には、確定申告書を提出すべき場合及び確定損失申告書を提出することができる場合を除き、アの還付を受けるため、税務署長に対し、確定申告書に記載すべき事項を記載した申告書を提出することができる（所得税法１２２条１項前段）。
ウ 還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって、時効により消滅し、その時効については、その援用を要せず、また、その利益を放棄することができない（国税通則法（以下「通則法」という。）７４条１項、２項、７２条２項）。
（４）過少申告加算税
ア 期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する（通則法６５条１項）。
イ 期限内申告書が提出された場合において、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額（その修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があったときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、アの過少申告加算税の額は、アにかかわらず、アにより計算した金額に、当該超える部分に相当する税額（その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする（通則法６５条２項）。
ウ 修正申告又は更正に基づき納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、修正申告又は更正に基づき納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額を控除して、ア又はイを適用する（通則法６５条４項）。
２ 前提事実
（１）原告の身分と免職処分
原告は、東京都小平市立中学校教諭として東京都の職員たる地方公務員であったが、東京都教育委員会から平成１６年２月●日付けで地方公務員法（平成２６年法律第３４号による改正前のもの。以下同じ。）２８条１項３号に基づく分限免職処分（以下「本件免職処分」という。）を受けた（乙１）。
（２）原告に対する退職手当の支給と源泉徴収
ア 東京都は、本件免職処分により、原告に対して、「職員の退職手当に関する条例」（昭和３１年東京都条例第６５号。乙１９。以下「退職手当条例」という。）に従った退職手当１３６４万８４５６円（以下「本件退職手当」という。）の債務を負うべきところ、原告は、これについて「退職所得の受給に関する申告書」を提出しなかった（乙５、６、弁論の全趣旨）。
イ 東京都は、本件退職手当から、上記１（１）ウ及びエ（イ）の所得税法１９９条、２０１条３項に基づき、所得税としてこれに１００分の２０を乗じた２７２万９６９１円を源泉徴収するとともに、住民税及び支給済みの解雇予告手当等も差し引いた１０２５万４５１５円を原告に提供しようとしたが、平成１６年５月２０日、原告からその受領を拒否されたとして、同日、民法４９４条に基づき、原告のために同額を東京法務局に供託した（乙２、３）。
ウ 東京都は、その頃、上記のとおり原告の所得税として徴収した２７２万９６９１円（以下「本件源泉徴収税額」という。）を国に納付した（乙７、弁論の全趣旨）。
（３）免職処分についての係争
ア 原告は、この間、地方公務員法４９条の２第１項に基づき、東京都人事委員会に対し、平成１６年４月２３日付けで、本件免職処分の取消しを求めて審査請求したが、東京都人事委員会は、平成１９年１月２６日付けで、これを棄却する旨の裁決をした（乙１０）。
イ 原告は、上記裁決を不服として、その頃、本件免職処分の取消しを求める訴えを東京地方裁判所に提起したが、同裁判所は、平成２２年４月２８日、原告の請求を棄却する旨の判決を言い渡した（乙１１）。
原告は、上記第１審判決に対して控訴したが、東京高等裁判所は、平成２３年６月３０日、その控訴を棄却する旨の判決を言い渡した（乙１２）。
原告は、上記控訴審判決に対して上告及び上告受理の申立てをしたが、最高裁判所は、平成２４年２月１６日付けで、その上告を棄却するとともに上告審として受理しない旨決定して原告に通知し、これにより、上記第１審判決が確定した（乙１３）。（以下、このイの一連の訴訟を「別訴」といい、上記の最高裁判所の決定を「別訴最高裁決定」という。）
（４）原告による退職手当の受領と納税申告
ア 原告は、平成２４年中に上記（２）イの本件退職手当に係る供託金の還付を受けた（弁論の全趣旨）。
イ 原告は、平成２５年３月７日、本件退職手当は平成２４年分の所得であるとして、本件退職手当額１３６４万８４５６円から所得税法所定の退職所得控除額１０８０万円を控除した残額２８４万８４５６円の２分の１に相当する金額である１４２万４２２８円を退職所得金額に、本件源泉徴収税額２７２万９６９１円を源泉徴収税額に、それぞれ計上した上、他の所得及び源泉徴収税額を含めて計算すると、納付すべき税額はマイナス２７５万５１２７円である（還付金の額に相当する税額が２７５万５１２７円である）とする内容の同年分の所得税の確定申告書を、管轄の朝霞税務署長に提出した（乙１４。以下「本件当初申告」という。）。
ウ 原告は、平成２５年１１月５日、平成２４年分の所得税について、上記イの確定申告書の退職所得金額及び源泉徴収税額以外の部分を訂正し、これに基づき計算し直した納付すべき税額はマイナス２７４万２７７７円である（還付金の額に相当する税額が２７４万２７７７円である）とする内容の修正申告書（以下「本件修正申告書」という。）を、朝霞税務署長に提出した（乙１５。以下「本件申告」という。）。
（５）原告に対する所得税更正等処分
朝霞税務署長（処分行政庁）は、原告に対し、平成２５年１１月２９日付けで、原告の平成２４年分の所得税について、本件退職手当は平成１６年中の退職所得と認められることから、原告の平成２４年分の退職所得の金額は零円であり、本件源泉徴収税額を同年分の所得税額から差し引くことは認められないとして、これに基づき計算した納付すべき税額はマイナス５万６２３６円である（還付金の額に相当する税額が５万６２３６円である）とする更正（以下「本件更正処分」という。）とともに、過少申告加算税３７万７５００円を賦課する決定（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と合わせて「本件更正等処分」という。）をした（乙１６）。
（６）所得税更正等処分についての係争
ア 原告は、朝霞税務署長に対し、平成２６年１月２８日付けで本件更正等処分について異議申立てをしたが、朝霞税務署長は、原告に対し、同年３月２５日付けでこれを棄却する旨の決定をした（乙１７）。
イ 原告は、国税不服審判所長に対し、平成２６年４月２４日、本件更正等処分の取消しを求める審査請求をしたが、国税不服審判所長は、原告に対し、平成２７年１月２３日付けでこれを棄却する旨の決定をした（甲１）。
ウ 原告は、朝霞税務署長の所属する被告国に対し、平成２７年７月２３日、本件更正等処分の取消しを求める本件訴えを提起し、その後、本件更正処分のうち取消しを求める部分を本件申告を超える部分に限る旨の請求の減縮をした（当裁判所に顕著な事実）。
３ 主な争点と当事者の主張
本件の主な争点は、（１）本件退職手当は原告の所得金額の計算上平成１６年と平成２４年のいずれにおいて収入すべき金額か（本税関係）及び（２）原告が本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として本件申告をしたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」か否か（過少申告加算税関係）であり、これらに関する当事者の主張は、以下のとおりである。
（１）本件退職手当は原告の所得金額の計算上平成１６年と平成２４年のいずれにおいて収入すべき金額か（争点１）
（被告の主張）
ア 所得税法３６条１項が、その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において「収入すべき金額」とすると定め、「収入した金額」とするとしていないことからすれば、同法は、現実の収入がなくても、その収入の原因となる権利が確定した場合には、その時点で所得の実現があったものとして、その権利確定の時期の属する年分の課税所得を計算するという建前（いわゆる権利確定主義）を採用しているものと解される。いかなる場合に上記の収入の原因となる権利が確定するかについては、各種の取引ごとにその特質を考慮して決定せざるを得ないものと解されるが、現実の収入がなくても、収入となるべき権利が発生した後、これを法律上行使することができるようになり、権利実現の可能性を客観的に認識することができる状態になったときは、権利が確定したといい得るものと解される。
原告は、平成１６年２月●日付けで本件免職処分を受け、発令通知を受けたのであるから、これをもって地方公務員としての職を免じられ、退職したものと認められるところ、東京都の職員については、退職手当条例において、退職手当は職員が退職した場合に支給するとの支給要件及び支給額の具体的な算定方法が定められ、分限免職処分の場合は、普通退職の場合の退職手当の規定に従って支給額が定められ、退職する職員において何らの手続を要することなく決定されることとなる。そうすると、本件退職手当の支給を受ける権利は、原告が本件免職処分を受けたことによって確定したというべきであるから、本件退職手当は原告が本件免職処分を受けた平成１６年分の退職所得に該当することとなり、別訴において原告の請求を棄却する旨の判決が確定した平成２４年分の退職所得に該当しない。
イ 原告は、本件免職処分は平成２４年２月１６日まで未確定であり、平成１６年時点において、本件退職手当の支給を受ける権利が発生していたとはいえないと主張する。
しかし、本件免職処分のような行政処分には、いわゆる公定力が働くのであり、権限のある機関によって取り消されるまでは、効力のあるものとして、相手方はもちろん、何人もこれを否定できないのであるから、仮に被処分者が処分の取消しを求めて争ったとしても、そのことから直ちに当該処分の効力に変動が生ずるというものではない。したがって、原告が本件免職処分の取消訴訟を提起しても、単にそれだけの理由によって本件免職処分の効力に変動が生じるわけではなく、本件退職手当を受給できる権利が確定した事実にも変わりはない。
また、所得税基本通達３６－１０は、退職所得の収入金額の収入すべき時期を「その支給の基因となった退職の日によるものとする」としている。この取扱いは、退職手当等の性質によって決せられるものであるから、退職する者が公務員であっても民間会社に勤務する者であっても差異はなく、たとえ勤務先から解雇された者が、当該解雇が無効であるとして訴訟を提起している場合であっても、直ちに当該解雇がなかったものとなるわけではない。退職手当等については、当該解雇された者が望むにしろ望まないにしろ、法律上は、当該解雇によって受給する権利が発生し、その行使が可能となるのであるから、当該解雇の日が退職所得の収入金額の収入すべき時期となる。
他方、不動産所得の総収入金額の収入すべき時期について「賃貸借契約の存否の係争等に係る判決、和解等により不動産の所有者が受けることとなった既往の期間に対応する賃貸料相当額については、その判決、和解等のあった日」とする所得税基本通達３６－５（２）の取扱いは、当事者間で賃貸借契約の存否が争われている場合、賃貸人として権利実現の可能性を客観的にも認識し得る状態にあるとはいえないことを理由とするものと解され、権利者において権利実現の可能性を客観的に認識することができる状態にあるといえる退職所得に関して、その取扱いは妥当しない。
ウ 原告は、本件退職手当の受領を拒否し、供託金の還付を受けなかったのは、本件免職処分を追認したと解されないよう行ったものであると主張するが、たとえ供託金の還付を受けなかったとしても、原告に本件退職手当を受給する権利が発生し、その権利が実現していることが変わるものではない。
エ 原告は、本件の場合、確定申告が可能な期間を超えて訴訟が継続したような場合に、確定申告の機会も与えずに、本件退職手当を平成１６年の退職所得として確定させることは、著しく公平の観念に反し、裁判を受ける権利の侵害にもなる旨主張する。
しかしながら、結局のところ、本件では、原告は、単に税法の不知により、申告が可能な期間に本件退職手当を平成１６年分の所得として申告しなかったにすぎないというべきであるから、この原告の主張には理由がない。
オ 原告は、東京都及び小平市から本件退職手当の源泉徴収等の説明を一切受けておらず、原告がその判断と責任において本件退職手当を平成１６年において収入として申告するための前提を欠いているとも主張する。
しかしながら、申告納税制度の下において、納税者は、その年の所得総額について、自己の判断と責任において、課税標準等を決定し、定められた期限内に納付すべき税額等を申告しなければならないと解されているから、仮に、原告が、東京都及び小平市から、本件退職手当を平成１６年分の所得として申告する必要がある旨の説明を受けていなかったとしても、原告は自己の判断と責任において、課税標準等を決定し、定められた期限内に納付すべき税額等を申告しなければならなかったのであり、この原告の主張は失当である。
カ 被告が本訴において主張する原告の平成２４年分の所得税の還付金の額に相当する税額は、本件申告に計上された退職所得金額及び源泉徴収税額等を別表のとおり改めて計算した５万６２３６円（同表順号⑮）であり、この金額は、本件更正処分における還付金の額に相当する税額と同額であるから、本件更正処分は適法である。
（原告の主張）
ア 原告は、平成２４年に本件免職処分が確定したために供託されていた本件退職手当を受領したが、別訴最高裁決定が出されるまでは本件免職処分が有効となるのか無効となるのか未確定であり、平成１６年の時点において、当然に本件退職手当の支給を受ける権利が発生したとはいえない。
この点、被告は、裁判の確定を待つまでもなく退職手当を受給する権利を自由に行使できると主張する。しかし、原告は本件免職処分の無効を主張して争っていたのであり、本件退職手当を受給してしまうことは、同処分が有効であることを追認することになってしまうから、原告としては、訴訟の確定までは絶対に本件退職手当の支給を受けることはできない状態にあった。一般的に見ても、解雇の無効を訴訟で争っている場合に、当事者が訴訟確定前に自ら退職手当の支給を受けることはあり得ないことからも、平成１６年時点では、客観的に見て本件退職手当を受給する権利の実現が可能な状態になったとはいえない。
また、本件では、別訴係属中の係争段階においては、客観的に見れば、本件退職手当の受給については、法務局に供託することにより、係争当事者同士がこれを保留したものとみることができる（原告が勝訴すれば本件退職手当は支給されないことになるし、東京都が勝訴すれば本件退職手当が遡って支給されることになる。）。したがって、権利確定主義の立場からすれば、別訴の確定までは、客観的に見て本件退職手当を受給する権利の実現が可能になったとはいえない。
さらに、行政処分の公定力は、行政処分は権限ある機関によって取り消されるまでは一応の効力を否定されないというものにすぎず、被告の主張するように何人たりとも取り消されるまで効力を否定できず従わなければならない、というものではない。したがって、取消訴訟を起こしている原告との関係で公定力を理由として権利確定をいう被告の主張は失当である。
本件のように、退職そのものの効力が裁判で争われた場合には、不動産所得の総収入金額の収入すべき時期について「賃貸借契約の存否の係争等に係る判決、和解等により不動産の所有者等が受けることとなった既往の期間に対応する賃貸料相当額については、その判決、和解等のあった日」とする所得税基本通達３６－５（２）が類推適用され、退職手当の収入すべき時期については、判決のあった日（本件に即していえば別訴最高裁決定がされ第１審判決が確定した日）とされるべきである。
イ 通常の解雇事件であれば、訴訟で争ったとしても、確定申告が可能な５年の期間内に解雇の有効無効が確定するが、原告の場合、東京都の職員であったために、人事委員会の審査を経なければならず、本件免職処分が先例の少ない分限免職処分であったということもあって争点が多岐にわたり、別訴確定まで８年の期間を要してしまった。このような場合に、確定申告の機会も与えずに、本件退職手当を平成１６年の退職所得として確定させることは、著しく公平の観念に反する（訴訟で争うことを理由として不利益を課されたことになるので、憲法３２条で保障された裁判を受ける権利の侵害にもなる。）。
ウ 原告は、東京都及び小平市から本件退職手当の源泉徴収等の説明を一切受けておらず、原告がその判断と責任において本件退職手当を平成１６年において収入として申告するための前提を欠いている。
（２）原告が本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として本件申告をしたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」か否か（争点２）（原告の主張）
ア 仮に百歩譲って本件退職手当が平成１６年分の所得であったとしても、本件の場合、通則法６５条４項の「正当な理由」があり、過少申告加算税は賦課されないと解すべきである。
すなわち、本件のような場合にまで、通則法６５条４項の「正当な理由」がないとして、過少申告加算税の賦課を強制するとすれば、分限免職処分を争いつつ退職金の受領を強制することにもなりかねず、裁判を受ける権利のみならず、望まない受給を強制する点で内心の自由にも反するおそれがあるし、本件免職処分が行政訴訟で無効とされた場合には、原告は一旦受給を強制された本件退職手当全額を返納しなければならなくなり、その点でも原告に極めて酷な結果となり得る。行政処分を争ったがために申告の機会を逸したような場合に、過少申告加算税を課さないことが納税者間の不公平につながったり、過少申告を誘発するようなことにはなり得ず、過少申告加算税の制度趣旨からいっても、本件においては「正当な理由」があると解する方が、かえって納税者間の公平には資する。
なお、原告については、平成１６年の確定申告による還付の機会も逸しており、トータルでいえば損をしていることにも留意されるべきである。
イ また、原告が納税当局から受けた説明からも、本件においては通則法６５条４項の「正当な理由」があると解すべきである。
すなわち、原告は、本件当初申告前に朝霞税務署に本件退職手当の申告について相談している（以下「本件相談」という。）ところ、同税務署の乙（以下「乙」という。）の説明は、平成１６年の確定申告としては時効なのでできないが、平成２４年分の所得として申告することは可能という趣旨のものであり、原告は乙から、平成２４年の退職金の還付申告をしてみてくださいと指示を受けた。
このことからしても、原告は、税法の不知や誤解によって申告しなかったものとは認められず、原告は、上記の趣旨の説明に従って本件退職手当を平成２４年の所得として申告したものである。税務担当官の指導に従って確定申告を行った以上は、通則法６５条４項にいう「正当な理由」は認められる。
（被告の主張）
ア 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、この趣旨に照らせば、例外的に過少申告加算税が課されない場合として通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる場合」とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である。したがって、法の不知や納税者の主観的な事情に基づく単なる法律解釈の誤りは正当な理由とならないものというべきである。
イ 本件相談についての事実関係は、以下のとおりである。
（ア）乙は、平成２４年４月１７日に、朝霞税務署を訪れた原告から本件退職手当の確定申告についての相談を受け、その場での回答は保留し、後日、電話で回答することとしたが、この時点で、原告に対し、本件退職手当を平成１６年分の所得として確定申告することはできない旨と、仮に平成２４年分として確定申告ができるとすれば、本件退職手当の額が明らかになる書類、本件免職処分に係る裁判が確定した日を示す書類及び原告の勤続日数が明らかになる書類が必要となる旨とを伝えた。
（イ）乙は、翌同月１８日に原告に電話をし、本件退職手当を収入に計上すべき日は、退職の日であり、本件退職手当は、本件免職処分の行われた平成１６年分の所得に該当することから、平成２４年分として確定申告をすることはできない旨を回答した。
（ウ）同日、原告から乙に改めて電話があり、社会保険労務士（以下「社労士」という。）に相談したところ、退職の日は本件免職処分の取消しを求めた裁判が終了した日であるとの説明を受けたため、それも踏まえて、本件退職手当を平成２４年分として申告できないか検討してほしい旨申出があった。また、この際、原告からは異議申立てをすることも検討している旨の発言があった。
（エ）上記申出に対して、乙は、同月２０日に原告に電話をし、再度、（イ）と同旨の回答をしたところ、原告からは、「分かりました」との返答とともに、本件退職手当を平成２４年分の所得として申告する、異議申立てをするなどの発言があった。
ウ 本件相談の事実関係は上記イのとおりであり、担当職員が原告に対して「まずは２４年度の退職金の還付申告をしてみてください」との説明を行った事実や本件退職手当を平成２４年分の所得として申告することが可能である旨原告に対して説明した事実はない。
この点、原告自身、乙が説明したのが退職手当について確定申告するために必要となる書類にすぎなかったことを認めている。原告は、その説明について、平成２４年分の所得として申告することが可能であると自己に都合よく解釈して理解した上、朝霞税務署の判断は分かったけれども、自分としては、平成２４年分の申告としてはできないという結論を受け入れてあきらめるわけにはいかず、上級庁の判断でどうなるか分からないとして、本件退職手当を自らの判断で平成２４年分の所得として申告したというのである。
したがって、原告について、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、還付金の額に相当する税額を過大に申告していたことに、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たるとは到底いえず、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
エ 前記１の関係法令の定め（４）ア及びイに基づき原告に対して賦課される過少申告加算税の額は、（ア）本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２６８万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じた金額２６万８０００円と、（イ）本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２６８万６５００円と本件修正申告書の提出によって増加した税額１万２３００円の合計額２６９万８８００円のうち、５０万円を超える部分に相当する税額２１９万円（同じく１万円未満を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じた金額１０万９５００円との合計額３７万７５００円であり、この金額は本件賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件退職手当は原告の所得金額の計算上平成１６年と平成２４年のいずれにおいて収入すべき金額か）について
（１）「収入すべき時期」についての判断の枠組み
所得税法３６条１項が、その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額とするとしている趣旨は、現実の収入がなくても、その収入の原因となる権利が確定した場合には、その時点で所得の実現があったものとしてその権利確定の時期の属する年分の課税所得を計算するという建前（いわゆる権利確定主義）を採用しているものと解される。所得税法がこのような権利確定主義を採用したのは、もともと所得税は経済的な利得を対象とするものであるから、究極的には実現された収支によってもたらされる所得について課税するのが基本原則ではあるが、その課税に当たって常に現実収入の時まで課税することができないとしたのでは、納税者の恣意を許し、課税の公平を期し難いので、徴税政策上の技術的見地から、収入の原因となる権利の確定した時期をとらえて徴税することとしたものであり、その意味において、権利確定主義は、その権利について後に現実の支払があるであろうことを前提として、所得の帰属年度を決定するための基準であるにすぎない。権利確定主義の下において所得税を賦課徴収した後、課税対象が存在しないような事態が生じた場合には、結果的に所得なきところに課税したものとして、何らかの是正が要求されることとなるが、これは所得税の賦課徴収につき権利確定主義を採ることの反面であるといえる。（最高裁判所昭和４９年３月８日第二小法廷判決・民集２８巻２号１８６頁参照）
そして、いかなる時期に収入の原因となる権利が確定するかについては、所得税法や関係法令に特に規定がなく、収入の原因となる権利の発生の態様に様々なものがあることにも照らすと、収入の原因となる権利が確定する時期は、それぞれの権利の特質を考慮し決定されるべきものである（最高裁判所昭和５３年２月２４日第二小法廷判決・民集３２巻１号４３頁参照）ところ、現実の収入がなくても、収入となるべき権利が発生する原因となる事実関係が外観上存在し、かつ、当該権利を法律上行使することができ、権利実現の可能性を客観的に認識することができる状態に至ったときは、権利が確定したといい得るものと解することが相当である。
（２）検討
ア これを本件についてみるに、原告の本件退職手当に係る権利は、退職手当条例に基づくものであるところ、同条例によれば、上記権利は、退職したという事実があれば、同条例３条及び関連規定に従い、その支給時期と支給額が自動的に定まるものである（乙１９）。
しかるに、前提事実（１）のとおり、東京都教育委員会は、原告に対し、平成１６年２月●日付けで本件免職処分を行い、原告を免職する旨の発令通知書（乙１）を発したことから、外観上、原告については、退職手当条例に基づき、退職手当を請求する権利が発生することとなった。また、前提事実（２）のとおり、上記の退職手当の支給額は、退職手当条例に基づき、普通退職の場合の退職手当の規定（退職手当条例５条）に従って１３６４万８４５６円（本件退職手当）と定まるものであったところ、東京都は、上記の本件退職手当の金額から必要な控除をした金員につき、原告からその受領を拒否されたとして、同年５月２０日、原告のために東京法務局に供託した。
イ 上記アのような本件退職手当に係る権利の特質や、本件免職処分から本件退職手当の供託に至るまでの経緯に照らすと、本件退職手当については、原告の収入となるべき権利が発生する原因となる本件免職処分の存在という事実関係が外観上存在しており、かつ、その後になされた上記の供託の時点では、原告の本件退職手当に係る権利は一応の実現をみたことが客観的に認識することができる状態に至ったということができる。
したがって、本件退職手当の債権は、税法上は、本件免職処分がされたのと同じ平成１６年中に確定したというべきであり、本件退職手当は、原告の退職所得の金額の計算上、同年において収入すべき金額であると認められる。
（３）原告の主張について
ア 原告は、別訴最高裁決定が出されるまでは、本件免職処分が有効となるのか無効となるのか未確定であり、平成１６年の時点において、当然に本件退職手当の支給を受ける権利が発生したとはいえない旨主張する。
しかし、上記（１）で判示したとおり、所得税法の採用する権利確定主義の考え方は、納税者の恣意を排除し、課税の公平を期すための徴税政策上の技術的見地に根拠を置くものであることに照らすと、権利確定主義は、収入の原因となる権利の有無につき当事者間に紛争がある場合において、その紛争について裁判所の判断が示されるなどして最終的な決着を見るまでは収入の原因となる権利が確定しないものと扱うという内容を当然に含むものと解することはできない。
そして、本件で問題となっている退職所得に対する所得税の納付は、源泉徴収によるべきもので、その納税義務者が退職手当等の支払者であることからすれば、上記のように解したとしても、格別の不都合はなく、むしろ、納税義務者である退職手当等の支払者は、その支払を受けるべき者が退職したと認識しているにもかかわらず、税法上、退職手当等の債権の確定すべき時期をこれと異なるものとして擬律しようとする方が、源泉徴収による徴収納付を前提とする退職所得に係る所得税の税務関係に著しく混乱をもたらす解釈として、相当でないというべきである。
また、一方の退職手当等の支払を受ける者にとっても、もともと退職所得に対する所得税の納税義務者ではないのであるから、税法上退職手当等の債権が確定すべき時期について、上記のように取り扱ったとしても、その時点において自ら納税しなければならない等の不利益を被るわけではない。後に裁判等によりその取扱いが私法上の実体に沿わないことが確定した場合、不利益を被る者の救済はその時点で図られるべきものと解するのが相当であって、当初の納税（徴収納付）段階から私法上の実体に適合した内容の納付を実現しようとすることは、権利確定主義の建前にも合致しないというべきであることは、上記（１）で判示したとおりである。
上記の原告の主張は、私法上の債権の確定の問題と税法上の債権の確定の問題とを混同するものというべきであり、採用することができない。
イ 所得税基本通達３６－５（２）は、不動産所得について、基礎となる賃貸借契約の存否の係争等が存在する場合に、判決、和解等のあった日をもって既往の賃貸料相当額を収入すべき時期であるとしている（乙２１）ところ、原告は、この通達を本件に類推適用すべきである旨主張する。
しかしながら、上記通達の規定は、賃貸人において、賃貸借期間の満了や賃借人の義務違反による賃貸借契約の解除等を理由に賃貸借契約が終了したものとして、明渡請求をしたことから、当事者間の賃貸借契約の存否が争われている場合に関するものであり、収入となるべき権利（賃料請求権）が発生する原因となる事実関係が外観上存在するという状況にはないという点で、本件とは事案を異にする。また、そもそも不動産所得は、収入の原因となる権利を有する者である賃貸人が納税義務者となって申告納税方式により納付すべき税額を確定すべき収入であって、退職所得とは納税義務者の立場が異なる。これらのことに照らすと、上記通達を退職所得に類推すべき素地に欠けるというべきである。
したがって、上記の原告の主張は採用することができない。
ウ（ア）原告は、本件のように別訴に還付金等の請求権の時効期間を超える長期間を要した場合に、確定申告の機会も与えずに、本件退職手当を平成１６年の退職所得として確定させることは、著しく公平の観念に反する旨主張する。
（イ）しかしながら、もとより源泉所得税について徴収・納付の義務を負う者は源泉徴収の対象となるべき所得の支払者とされ、その納税義務は、当該所得の受給者に係る申告所得税の納税義務とは別個のものとして成立、確定し、これと並存するものであり、源泉所得税の徴収・納付に誤りがある場合、支払者は国に対し当該誤納金の還付を請求することができる一方、受給者は、何ら特別の手続を経ることを要せず直ちに支払者に対し、本来の債務の一部不履行を理由として、誤って徴収された金額の支払を直接に請求することができるというように、源泉所得税と申告所得税との各租税債務の間には同一性がなく、源泉所得税の納税に関しては、国と法律関係を有するのは支払者のみで、受給者との間には直接の法律関係を生じないものとされている。確定申告上の源泉徴収税額の控除の規定は、申告により納付すべき税額の計算に当たり、算出所得税額から源泉徴収の規定に基づき徴収すべきものとされている所得税の額を控除することとし、これにより源泉徴収制度との調整を図る趣旨のものと解されるのであり、その税額の計算に当たり、源泉所得税の徴収・納付における過不足の清算を行うことは、所得税法の予定するところではない。（最高裁判所平成４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁参照）
そうすると、仮にある所得に係る源泉徴収に誤りがあったとしても、当該所得の受給者において、本来控除されるべきである源泉徴収税額の還付を国から受けるため確定申告の方法によることのできる場合そのものに、そもそも一定の限界が画されているものというべきであって、所得税の源泉徴収をされたことにより受給者に生じた不利益が、全て確定申告によって救済されるべきであると前提すること自体、根拠に乏しいものといわざるを得ない（仮に、本件において、原告の主張するように、本件退職手当が原告の所得の計算上平成２４年において収入すべき金額であると解したとしても、そのときには本件源泉徴収税額が平成１６年において源泉徴収されたことが誤りであったことになるから、その場合においても、上記最高裁判所判決の判示するとおり、その過不足の清算を、申告により納付すべき税額の計算に当たって行うこと自体が、所得税法の予定するところではないものと解される。）。
（ウ）この点、証拠によれば、原告は、平成１６年分の所得税について本件退職手当以外の所得に係る確定申告を済ませていたというのである（甲２の１頁）から、原告は、別訴最高裁決定によって別訴の請求棄却判決が確定した時点で、当該申告に係る「課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定した」ものとして、通則法２３条２項１号に基づき、その確定した日の翌日から起算して２月以内に、平成１６年分の所得税の計算に本件退職手当及び本件源泉徴収税額を含めるよう申し立てる更正の請求をしていれば、これが容れられる可能性もあったものと解される。
その意味で、平成２４年まで東京都との間で公務員労働関係の存否について争っていた原告について、本件源泉徴収税額の一部の還付を受けるための救済の方法が存在しなかったともいい切れない。
（エ）そうすると、いずれにしても、本件退職手当を平成１６年の退職所得として擬律することをもって、直ちに著しく公平の観念に反するとはいえず、前記（ア）の原告の主張は採用の限りでない。
エ 原告は、東京都及び小平市から本件退職手当の源泉徴収等の説明を一切受けておらず、原告がその判断と責任において本件退職手当を平成１６年において収入として申告するための前提を欠いていると主張する。
しかしながら、退職所得に対する所得税は、以上に判示してきたように、そもそも申告納税方式によって納付すべき税額の確定する性質のものでなく、確定申告をすることが当然予定されているものでもないから、申告のための説明を受けることが必要であると前提している点において既に失当である。
（４）小括
以上によれば、本件退職手当は、原告の所得の金額の計算上、平成２４年において収入すべき金額であるとは認められないから、これを同年において収入すべき金額であるとしてされた本件申告について、本件更正処分が誤りがあるものとして税額を更正したことは正当である。
そして、本件更正処分において原告の平成２４年分の所得税の計算の基礎とされた事実のうち上記以外の点は、原告において争うことを明らかにしないから、これを自白したものとみなし、そうすると、本件更正処分は適法である。
２ 争点２（原告が本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として本件申告をしたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」か否か）について（１）「正当な理由」についての判断の枠組み
過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。このような過少申告加算税の趣旨に照らせば、通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である。（最高裁判所平成１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）
当初から申告することが必要的である場合以外における還付を受けるための申告についても、過大な還付請求の発生を防止し、適正な還付請求の実現を図ることが要請されるというべきであるから、過少申告加算税の上記の趣旨は、同様に当てはまるものと解するのが相当である（通則法６５条１項も、還付請求申告書（その定義につき同法６１条１項２号、国税通則法施行令２６条参照）が提出された場合においても、過少申告加算税を課し得ることを当然の前提としている。）。
（２）認定事実
そこで、これを本件についてみると、前記第２の２の前提事実並びに証拠（甲２、乙２０）及び弁論の全趣旨とよれば、原告が本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として申告するに至った経緯について、以下の各事実が認められる（殊に以下のイないしエの本件相談の経緯については、原告側、被告側とも、上記各書証において概ね認識が一致している。）。
ア 原告は、平成２４年２月１６日付けの別訴最高裁決定の通知を受けた後、本件退職手当に係る供託金の還付を受けた。
イ 原告は、平成２４年４月１７日、本件退職手当に係る供託書の写しや別訴最高裁決定の決定書等を持参して、管轄の朝霞税務署に赴き、個人課税第●部門の乙に対し、別訴の経緯の要旨とともに、本件退職手当及び本件源泉徴収税額を同年分か平成１６年分に遡って「確定申告」をすることができないかとの旨の相談をした。
これに対し、乙は、本件退職手当を平成１６年分の所得として確定申告をすることはできない旨とともに、平成２４年分の所得として確定申告をすることができるかは確認するが、仮にできたとしても、その場合には、本件退職手当の額が明らかになる書類、別訴が確定した日を示す書類及び原告の勤続日数が明らかになる書類が必要となる旨を、原告に伝えた。
ウ 乙は、翌平成２４年４月１８日、原告に架電し、本件退職手当を収入に計上すべき日は退職の日であり、平成２４年分の所得としても確定申告をすることはできない旨を伝えた。
これを聞いた原告は、知人の社労士に相談した後、同日中に乙に電話を折り返し、社労士から、原告の退職の日は別訴の終了の日であり、平成２４年分の申告をすることができるはずであると聞いたので、再度検討してほしい旨を伝え、乙はこれを引き取った。
エ 乙は、平成２４年４月２０日、再度、原告に架電し、前々日の回答と同様で、本件退職手当を平成２４年分の所得とは認めることができない旨を伝えた。
すると、原告は、税務署の判断としては分かった旨を述べた上で、上級庁の判断を仰ぎたいとの趣旨で、本件退職手当を平成２４年分の所得として申告し、これに対する税務署の対応に不服があれば「異議」を申し立てる旨を乙に通告した。
オ 原告は、平成２５年３月７日に至って、平成２４年分の所得税についての申告書中に本件退職手当及び本件源泉徴収税額を計上する内容の本件当初申告をし、その後、これら以外の一部の点につき朝霞税務署が修正申告を慫慂したのに応じる形で、同年１１月５日に本件修正申告書を提出した（本件申告）。
（３）検討
上記（２）に認定した各事実によれば、原告は、乙から、本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として申告することはできない旨をはっきりと伝えられていたにもかかわらず、これに納得せず、上級庁の判断を仰ぎたいと考えて、平成２４年分の所得税の申告書に本件退職手当及び本件源泉徴収税額を計上する内容の本件申告をしたものと認められ、本件源泉徴収税額の一部の還付請求が認められない可能性を十分に認識しつつ、本件申告をしたものというべきである。原告は、税務担当官の指導に従って本件申告をした旨主張するが、平成２４年分の所得税の申告書に本件退職手当及び本件源泉徴収税額を計上した点について、この主張に沿う事実を認めることはできない。
そうすると、原告は、自ら過大な還付請求となるリスクを負って本件源泉徴収税額の一部の還付を請求する内容の本件申告をしたといえるものであり、過大な還付請求の発生を防止し、適正な還付請求の実現を図るという、還付を受けるための申告についての過少申告加算税の趣旨に照らしても、原告に対し過少申告加算税を課することが不当又は酷になるとはいえない。
原告は、本件のような場合にまで、過少申告加算税の賦課を強制するとすれば、退職金の受領を強制することにもなりかねないので、原告にとって極めて酷な結果となり得る旨主張する。しかし、本件の原告のような立場の者の救済を考えるべきであるとしても、雇用契約関係又は公務員労働関係に係る係争の終了の時に退職手当等を収入すべきものとして解決すべき事柄とはいえないことは、前記１に判示したとおりであるし、税法上の権利の確定と私法上の金員の受領とは別個の事柄であって、税法上権利が確定したというべき時に、私法上直ちにその権利を行使してその対象である金員を受領しなければならないというものでもなく、上記の原告の主張には論理の飛躍があり、採用することはできない。
（４）小括
以上によれば、原告が本件退職手当を平成２４年において収入すべき金額として本件申告をしたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められないから、過大な還付請求の実質を有する本件申告について、本件賦課決定処分が過少申告加算税を課したことは正当である。
そして、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額は、前記第２の３（２）の被告の主張エのとおり正しく計算された金額であると認められるから、本件賦課決定処分は適法である。
３ 結論
よって、本件更正等処分はいずれも適法であり、原告の請求は全て理由がないからこれを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官平山馨
裁判官馬場潤
別表本訴における被告の主張額
（単位：円）
区分
順号
金額
総所得金額（②＋③）
①
344,907
事業所得の金額
②
△1,118,693
内訳
給与所得の金額
③
1,463,600
退職所得金額
④
所得控除の合計額
（⑥＋⑦＋⑧＋⑨）
⑤
976,615
医療費控除の額
⑥
148,325
社会保険料控除の額
⑦
348,290
生命保険料控除の額
⑧
100,000
内訳
基礎控除の額
⑨
380,000
課税総所得金額（①－⑤）
⑩
課税退職所得金額
⑪
課税総所得金額に対する税額
⑫
課税退職所得金額に対する税額
⑬
源泉徴収税額
⑭
56,236
還付金の額に相当する税額
（〔⑫＋⑬〕－⑭）
⑮
△56,236
過少申告加算税の額
⑯
377,500
（注）「事業所得の金額」欄の△印は、損失の金額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/12954.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。