税務訴訟資料第２７０号－５０（順号１３４１０）
鹿児島地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正請求に対する更正すべき理由がない旨の通知処分取消等請求事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和２年６月１０日却下・棄却・控訴
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 鹿児島税務署長が平成２９年４月１４日付けで原告に対してした、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２８年３月３１日までの各事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分をいずれも取り消す。
２ 鹿児島税務署長は、原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２８年３月３１日までの各事業年度の法人税額について、還付金額を各１４０４万９６２８円及び１億１６４６万８８８２円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度（以下「平成２７年３月期」という。）及び同年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度（以下「平成２８年３月期」という。）に係る各法人税につき、いずれも更正の請求を行った（以下、両請求を併せて「本件各更正請求」という。）ところ、鹿児島税務署長（以下「処分行政庁」という。）からいずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下、両処分を併せて「本件各通知処分」という。）を受けたため、公益法人制度改革に伴う税制改正が憲法２９条、１４条等に違反し、違憲、無効であるなどと主張して本件各通知処分の取消しを求めるとともに、上記各事業年度に係る法人税額について、還付金額を平成２７年３月期は１４０４万９６２８円、平成２８年３月期は１億１６４６万８８８２円とする更正処分の義務付けを求める（以下「本件義務付けの訴え」という。）事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する主な法令（ただし、後記（２）及び（３）の公益法人制度改革に伴う税制改正後のものに限る。）は、別紙「関係法令の定め」に記載したとおりであるが、公益法人制度改革に伴う税制改正の概要等は次のとおりである。
（１）公益法人制度改革について
民法（平成１８年法律第５０号による改正前のもの。以下「旧民法」という。）３４条は、主務官庁の許可を得て公益法人を設立することができる旨定めていた（以下、同条に基づき設立した公益法人を「旧公益法人」という。）。
その後、旧公益法人等に係る法制度が見直され、これに代わるものとして、平成１８年５月に一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成１８年法律第４８号）、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成１８年法律第４９号。以下「公益法人認定法」という。）、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。以下「整備法」という。）がそれぞれ成立し、平成２０年１２月１日からこれらの法律が施行された。
これに伴い、既に設立されていた旧公益法人は、整備法により特例民法法人となり、移行期間内に、行政庁の認定を受けて公益法人認定法の規定による公益社団法人又は公益財団法人（以下、併せて「公益法人」という。）となるか、行政庁の認可を受けて一般社団法人又は一般財団法人（以下、両法人を併せて「一般社団・財団法人」という。）となることとされた（整備法４４条、４５条）。
（２）公益法人制度改革に伴う法人税法の改正
旧公益法人については、収益事業から生ずる所得に対してのみ課税するものとされていた（平成２０年法律第２３号による改正前の法人税法２条６号、４条１項、７条、別表第２）ところ、公益法人制度改革に伴って法人税法が改正され、公益法人については、旧公益法人と同様に、収益事業から生ずる所得に対してのみ課税することとされ、一般社団・財団法人については、非営利型法人に該当するものに限り、収益事業から生ずる所得に対してのみ課税することとされた（平成２０年法律第２３号による改正後の法人税法２条９号の２、４条１項、７条、別表第２）。
（３）公益法人制度改革に伴う所得税法の改正
旧公益法人が支払を受ける利子及び配当等については、所得税を課さないものとされていた（平成２０年法律第２３号による改正前の所得税法１１条１項、別表第１）ところ、公益法人制度改革に伴って所得税法が改正され、公益法人が支払を受ける利子及び配当等については、上記改正前と同様に課税しないこととされた一方で、一般社団・財団法人が支払を受ける利子及び配当等については所得税を課し、源泉徴収されることとなった（平成２０年法律第２３号による改正後の所得税法７条１項４号、１１条１項、１８１条、別表第１）。
２ 前提事実
次に掲げる事実は、いずれも当事者間に争いがないか、掲記証拠等により容易に認定することができる。
（１）原告は、奨学制度の運営、美術品の公開等による社会貢献及び地域貢献を目的として、昭和５０年４月●日に財団法人Ｂとして設立され、平成２０年１２月１日に特例民法法人に移行すると、平成２３年７月２８日に財団法人Ｃに名称を変更し、平成２４年１月●日に財団法人Ｄを吸収合併して財団法人Ａに名称を変更した後、平成２６年４月１日付けで一般財団法人に移行した上で、一般財団法人Ａに名称を変更した（乙１、２、弁論の全趣旨）。原告は、平成２７年３月期及び平成２８年３月期において、非営利型法人であった（乙１、弁論の全趣旨）。
（２）原告は、収益事業以外の事業として、学生寮の運営管理、表彰・奨学金の育英事業、美術館・工芸館の運営管理等の事業を行っているところ、これらの事業又はこれらの事業に属する資産から生ずる利子及び配当等について所得税が課され、利子及び配当等の支払を行う者から所得税が源泉徴収されている（乙３、弁論の全趣旨）。
（３）原告は、平成２７年６月３０日、処分行政庁に対し、平成２７年３月期の収益事業に係る法人税の確定申告書を提出した（争いがない。）。なお、上記確定申告書の「控除税額の計算」欄中の「所得税の額」欄に金額の記載はされていなかった（甲７）。
（４）原告は、平成２８年７月１日、処分行政庁に対し、平成２８年３月期の収益事業に係る法人税の確定申告書を提出した（争いがない。）。なお、上記確定申告書の「控除税額の計算」欄中の「所得税の額」欄に金額の記載はされていなかった（甲８）。
（５）原告は、平成２９年３月１３日、処分行政庁に対し、平成２７年３月期及び平成２８年３月期の各法人税について、当該法人税額から預貯金の利息及び受取配当金に係る所得税額の控除がされておらず、法人税額が過大であったなどとして、還付金額をそれぞれ１４０４万９６２８円及び１億１６４６万８８８２円とするよう求める更正の請求をした（本件各更正請求）（甲９～１２）。
（６）処分行政庁は、本件各更正請求に対して、同年４月１４日付けで、前期（５）の所得税額が収益事業以外の事業に属する資産から生じたものであることから、法人税法６８条２項により所得税額控除の適用はできないとして、それぞれ更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件各通知処分）をした（甲１１、１２）。
（７）原告は、本件各通知処分を不服として、同年７月７日付けで、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成３０年３月２２日付けで、これらの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同裁決書は同月３０日に原告に到達した（甲１３、乙３、弁論の全趣旨）。
（８）原告は、同年９月２５日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 争点及びこれに関する当事者の主張
（１）本件各通知処分の違法性（争点１）
（原告の主張）
非営利型法人である原告が受領する利子及び配当等については、公益法人に対する課税上の優遇措置を認めていた公益法人制度改革以前と同様に、本来所得税が課税されるべきではないにもかかわらず、平成２７年３月期及び平成２８年３月期に上記所得税が課されているところ、この課税は、後記アのとおり違憲、無効な法改正に基づくか、後記イのとおり処分行政庁の裁量権の逸脱・濫用に当たるから、上記課税相当額については原告に還付されるべきである。
そうすると、上記還付を認めない旨の処分行政庁による本件各通知処分は違法である。
ア 被告が、公益法人制度改革に伴って、非営利型法人に対し、利子及び配当等について所得税を課す旨、所得税法及び法人税法の改正したこと（平成２０年法律第２３号。以下「本件改正」という。）は、憲法１４条、２９条、２３条及び２６条１項に反し、違憲、無効である。
すなわち、被告は、本件改正に当たっては、当時、既に被告の認可を得て税法上の優遇措置という特典を受けている公益法人が、一般社団・財団法人への移行を選択しても上記特典を剥奪されないようにすることにより、公益事業に供するための貴重な財源を不当に租税として徴収されないよう所得税法及び法人税法を改正すべく、①所得税法１１条１項、別表第１について、その支払を受ける利子及び配当等につき所得税を課さない公共法人等に非営利型の一般財団法人を含める内容の改正をし、あるいは、②法人税法６８条について、非営利型の一般財団法人の利子及び配当等に対する源泉所得税を法人税額から控除し、それでも控除しきれない部分についてはこれを還付する内容の改正をする必要があった。
しかるに、被告は、税制調査会及び国会において十分な審議を経ることなく、上記①、②のいずれの改正も行わず、結果として、一般社団・財団法人の受領する利子及び配当等について、一律に、所得税法においては所得税を課して源泉徴収する一方で（前期１（３））、法人税法においては上記所得税額を法人税額から控除しないこと（法人税法６８条。なお、同条は本件改正の前後を通じて変更はない。）とした。このような改正は、所得課税として異常な制度設計であり、不合理極まりないものであって、法の下の平等に反し、財産権を侵害し、原告から奨学制度等を通じて援助を受ける学生の学問の自由及び教育を受ける権利をも侵害し、違憲である。
イ 原告が、事業を行って利益を得たり、その利益を分配したりすることではなく、奨学・育英・教育・啓蒙・人材育成支援等の社会貢献や地域貢献といった公益活動を事業の目的としていること、公益目的支出計画に基づいて適切に組織を運営していることからすれば、公益法人とも遜色ない実態を備えているといえる。このような原告が受領する利子及び配当等について所得税を課すことは、公益性の高い法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税を課さない旨定めた所得税法１１条１項の趣旨に反するものであるが、そうであるにもかかわらず、被告は、原告が受領する利子及び配当等について所得税を課している。
したがって、本件各更正請求はいずれも理由があるにもかかわらず、これらにつき更正をすべき理由がないものとした本件各通知処分は、処分行政庁の裁量権を逸脱又は濫用する違法な処分である。
ウ 以上のとおり、本件各更正請求はいずれも理由があるから、本件各通知処分はいずれも取り消されるべきである。
（被告の主張）
ア 原告の主張は、要するに、所得税法１１条１項及び別表第１が憲法に違反する旨をいうものであるところ、所得税法１１条１項及び別表第１は、対象者の活動が果たす公益的役割を促進する要請と、適正な課税を確保する要請との調整を図るという同条の正当な立法目的に照らし、必要かつ合理的なものであるから、憲法１４条１項及び２９条に違反しないし、何ら学生の学問の自由や教育を受ける権利を制限するものではないから、憲法２３条及び２６条１項にも違反しない。
イ 非営利型法人である原告は、法人税法６８条２項により、同条１項の適用対象から除外されているため、利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除することができないから、これについての還付を受けることはできない（同法７８条１項、７４条１項３号）。また、源泉所得税の納税に関しては、被告と法律関係を有するのは支払者（源泉徴収義務者）のみであって、受給者（源泉納税義務者）である原告との間には直接の法律関係を生じないから、被告が原告に対して源泉徴収された所得税を還付することはできない。そうすると、本件各更正請求に更正をすべき理由がないことは明らかであるから、本件各通知処分には裁量権の逸脱や濫用はない。
ウ したがって、本件各通知処分はいずれも適法である。
（２）本件義務付けの訴えの適法性（争点２）
（原告の主張）
上記（１）（原告の主張）で述べたとおり、本件各更正請求は理由があり、本件各通知処分が取り消されるべきものであることからすれば、本件において、処分行政庁に対し、還付金額を、平成２７年３月期につき１４０４万９６２８円、平成２８年３月期につき１億１６４６万８８８２円とする旨の更正処分を義務付けるべきである。
（被告の主張）
本件更正処分義務付けの訴えは、いわゆる申請型義務付けの訴えであるところ、上記（１）（被告の主張）で述べたとおり、本件各通知処分が適法である以上、本件更正処分義務付けの訴えは訴訟要件を欠き、不適法である。
第３ 争点に対する判断
１ 争点１（本件各通知処分の違法性）について
（１）原告は、被告が、税制調査会及び国会において十分な審議を経ることなく、①所得税法１１条１項、別表第１について、その支払を受ける利子及び配当等につき所得税を課さない公共法人等に非営利型の一般財団法人を含める内容の改正をし、あるいは、②法人税法６８条について、非営利型の一般財団法人の利子及び配当等に対する源泉所得税を法人税額から控除し、それでも控除しきれない部分についてはこれを還付する内容の改正をすべきであったにもかかわらず、これを怠って本件改正をしたところ、この立法行為が憲法１４条等に反し違憲、無効であるから、本件各処分通知も違法である旨主張する。
しかしながら、仮に、原告が主張するように本件改正が違憲、無効であったとしても、それによって原告を課税上優遇する旨の上記①、②の規定が創設されたものとみるべき法的根拠は何ら見当たらないし、その他に本件各更正請求に係る還付金を生ぜしめる法律関係を見いだすことはできない。そうすると、本件改正の違憲、無効を前提として本件各処分通知が違法となる旨の原告の主張は、その前提を欠くものであって、明らかに失当というべきである。
なお、本件改正により、結果として原告が課税上の優遇措置を受けられなくなったとしても、それによって直ちに、国民の憲法上の権利が違法に侵害されたことが明白であると評価することもできないから、本件改正という立法行為が憲法の規定に反するとも認め難いというべきである。
（２）また、原告は、その受領した利子及び配当等についての所得税の課税が所得税法１１条１項の趣旨に反するとした上で、本件各通知処分は処分行政庁の裁量権を逸脱又は濫用する違法な処分である旨主張する。
しかしながら、利子及び配当等に対する所得税の課税は源泉徴収によるところ（所得税法１８１条１項）、このような源泉徴収等による国税の納付義務は、源泉徴収等の要件の充足と同時に自動的に確定するのであって（国税通則法２条２号、１５条３項２号）、原告が利子及び配当等を受領したのと同時に所得税の納付義務が生じる（所得税法７条１項４号）。そして、利子及び配当等に関する非課税を定める所得税法１１条、別表第１は、原告が属する非営利型法人を適用対象から除外しているから、原告の受領する利子及び配当等に対して所得税を課したところで、同条やその趣旨に反するともいえない。そうすると、原告の上記主張はその前提を欠き、失当である。
（３）したがって、本件各更正請求につき、更正をすべき理由がないとした本件各通知処分はいずれも適法である。
２ 争点２（本件義務付けの訴えの適法性）について
本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号所定のいわゆる申請型義務付けの訴えに該当するところ、上記１で説示したとおり、本件各通知処分はいずれも適法であり、その取消請求は理由がないから、本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３７条の３第１項２号の要件を欠き、不適法である。
３ 結論
よって、本件義務付けの訴えは不適法であるから却下し、原告のその余の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
鹿児島地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官日景聡
裁判官宍戸崇
裁判官燒尾圭太
（別紙）
当事者目録
原告一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
延増拓郎
岸聖太郎
同訴訟復代理人弁護士山中健児
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁鹿児島税務署長
田代大丈夫
被告同指定代理人松原徹
西田健太
中島和彦
野村英雄
渡邉俊幸
山神暁恵
福田邦浩
溝口英治
寺本史郎
坂井貴司
亀井勝則
堂山道宏
森薗貴晴
以上
（別紙）
関係法令の定め
１ 法人税法
（１）２条（定義）
ア ６号
公益法人等別表第２に掲げる法人をいう。
イ ９号の２
非営利型法人一般社団法人又は一般財団法人（公益社団法人又は公益財団法人を除く。）のうち、次に掲げるものをいう。
（ア）イ
その行う事業により利益を得ること又はその得た利益を分配することを目的としない法人であつてその事業を運営するための組織が適正であるものとして政令で定めるもの（イ）ロ
その会員から受け入れる会費により当該会員に共通する利益を図るための事業を行う法人であつてその事業を運営するための組織が適正であるものとして政令で定めるもの（２）４条１項
内国法人は、この法律により、法人税を納める義務がある。ただし、公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業を行う場合、法人課税信託の引受けを行う場合又は第８４条第１項（退職年金等積立金の額の計算）に規定する退職年金業務等を行う場合に限る。
（３）５条（内国法人の課税所得の範囲）
内国法人に対しては、各事業年度（連結事業年度に該当する期間を除く。）の所得について、各事業年度の所得に対する法人税を課する。
（４）７条（内国公益法人等の非収益事業所得等の非課税）
内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、第５条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さない。
（５）６８条（所得税額の控除）
ア １項
内国法人が各事業年度において所得税法第１７４条各号（内国法人に係る所得税の課税標準）に規定する利子等、配当等、給付補塡金、利息、利益、差益、利益の分配又は賞金（次項において「利子及び配当等」という。）の支払を受ける場合には、これらにつき同法の規定により課される所得税の額…は、政令で定めるところにより、当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除する。
イ ２項
前項の規定は、内国法人である公益法人等又は人格のない社団等が支払を受ける利子及び配当等で収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生ずるものにつき課される同項の所得税の額については、適用しない。
（６）７４条１項（確定申告）
内国法人は、各事業年度終了の日の翌日から２月以内に、税務署長に対し、確定した決算に基づき次に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。
ア １号
当該事業年度の課税標準である所得の金額又は欠損金額
イ ２号
前号に掲げる所得の金額につき前節（税額の計算）の規定を適用して計算した法人税の額
ウ ３号
第６８条及び第６９条（所得税額等の控除）の規定による控除をされるべき金額で前号に掲げる法人税の額の計算上控除しきれなかつたものがある場合には、その控除しきれなかつた金額
（７）７８条１項（所得税額等の還付）
…確定申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に…第７４条第１項第３号（確定申告）に掲げる金額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した内国法人に対し、当該金額に相当する税額を還付する。
（８）別表第２公益法人等の表（第２条、第３条、第３７条、第６６条関係）名称
根拠法
（略）
（略）
一般財団法人（非営利型法人に該当
するものに限る。）
一般社団法人及び一般財団法人に関する
法律（平成１８年法律第４８号）
一般財団法人（非営利型法人に該当
するものに限る。）
（略）
（略）
公益財団法人
一般社団法人及び一般財団法人に関する
法律及び公益社団法人及び公益財団法人の
認定等に関する法律
公益社団法人
（略）
（略）
２ 所得税法
（１）７条１項
所得税は、次の各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める所得について課する。４号内国法人国内において支払われる第１７４条各号（内国法人に係る所得税の課税標準）に掲げる利子等、配当等、給付補塡金、利息、利益、差益、利益の分配及び賞金（２）１１条１項
別表第１に掲げる内国法人が支払を受ける第１７４条各号（内国法人に係る所得税の課税標準）に掲げる利子等、配当等、給付補塡金、利息、利益、差益及び利益の分配…については、所得税を課さない。
（３）１８１条１項（源泉徴収義務）
居住者に対し国内において第２３第１項（利子所得）に規定する利子等（以下この章において「利子等」という。）又は第２４条第１項（配当所得）に規定する配当等（以下この章において「配当等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その利子等又は配当等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない。
（４）別表第１公共法人等の表（第４条、第１１条、第７８条、附則第３６条関係）名称
根拠法
（略）
（略）
公益財団法人
一般社団法人及び一般財団法人に関する
法律（平成１８年法律第４８号）及び
公益社団法人及び公益財団法人の認定
等に関する法律（平成１８年法律第４９
号）
公益社団法人
（略）
（略）
３ 国税通則法
（１）２３条（更正の請求）
ア １項
納税申告書を提出した者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から５年（第２号に掲げる場合のうち法人税に係る場合については、１０年）以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し次条又は第２６条（再更正）の規定による更正（以下この条において「更正」という。）があつた場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる。
（ア）１号
当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し更正があつた場合には、当該更正後の税額）が過大であるとき。
（イ）２号
前号に規定する理由により、当該申告書に記載した純損失等の金額（当該金額に関し更正があつた場合には、当該更正後の金額）が過少であるとき、又は当該申告書（当該申告書に関し更正があつた場合には、更正通知書）に純損失等の金額の記載がなかつたとき。
（ウ）３号
第１号に規定する理由により、当該申告書に記載した還付金の額に相当する税額（当該税額に関し更正があつた場合には、当該更正後の税額）が過少であるとき、又は当該申告書（当該申告書に関し更正があつた場合には、更正通知書）に還付金の額に相当する税額の記載がなかつたとき。
イ ３項
更正の請求をしようとする者は、その請求に係る更正前の課税標準等又は税額等、当該更正後の課税標準等又は税額等、その更正の請求をする理由、当該請求をするに至つた事情の詳細その他参考となるべき事項を記載した更正請求書を税務署長に提出しなければならない。
ウ ４項
税務署長は、更正の請求があつた場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する。
（２）２４条（更正）
税務署長は、納税申告書の提出があつた場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する。
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13410.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。