税務訴訟資料第２７０号－８１（順号１３４４１）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（今治税務署長事務承継者千葉南税務署長）
令和２年８月２６日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、令和元年１１月２１日判決、本資料２６９号－１２０・順号１３３４３）
判決
控訴人株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士江川功
中嶋三雄
山下清兵衛
山下功一郎
田代浩誠
被控訴人国
同代表者法務大臣三好雅子
今治税務署長事務承継者
処分行政庁千葉南税務署長根本修
指定代理人別紙代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 訴訟費用は、控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 今治税務署長が控訴人に対し平成２７年６月８日付けでした①平成２３年７月１日から平成２４年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額６７７２万２８００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６９３万０７００円を超える部分並びに②過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３ 今治税務署長が控訴人に対し平成２７年６月８日付けでした①平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額７９９８万９７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１９９９万７４００円を超える部分並びに②過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 今治税務署長が控訴人に対し平成２７年６月８日付けでした①平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額９５７８万６０００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２４９７万１０００円を超える部分並びに②過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要（以下においては、特に断らずに原判決記載の略称を用いることがある。）
１ 本件は、控訴人が、平成２６年２月４日以降に東京国税局又は高松国税局の職員から受けた調査（本件調査）において、消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの（法））３０条７項に規定する当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除（仕入税額控除）に係る帳簿及び請求書等（帳簿等）を提示しなかったことにより、同項にいう「帳簿等を保存しない揚合」に当たることを理由に、今治税務署長（処分行政庁）から、平成２７年６月８日付けで、当該課税期間に係る仕入税額控除は認められないとして、消費税及び地方消費税（消費税等）に係る更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため、これらの処分（ただし、更正処分については控訴の趣旨に各記載の税額を超える部分）の各取消しを求める事案である。原判決は、上記各処分はいずれも適法であるとして控訴人の請求をいずれも棄却し、控訴人は、これを不服として本件控訴を提起した。
２ 関係法令の定め
本件に関係する法、消費税法施行令（平成３１年政令第９９号による改正前のもの）及び国税通則法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。通則法）の定めは、原判決別紙２に記載のとおりであるから、これを引用する。
３ 前提事実
前提事実は、次のとおり補正するほかは、原判決「事実及び理由」欄の第２の２（原判決３頁４行目から４頁１９行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。（原判決の補正）
（１）原判決３頁１４行目及び１５行目の各「提出」をいずれも「提示」と改める。
（２）同３７頁１８行目の「Ｄ部長代理は、」の次に「控訴人の顧問税理士である」を加える。
（３）同３８頁４行目の「理由が説明できない調査は違法である、」の次に「通則法７４条の拡大解釈をしているのではないか、」を加える。
（４）同３９頁２４行目の「が教えて」を「教えて」と改める。
（５）同４１頁７行目の「原告から」から８行目の「受けた旨の」までを「控訴人が、同税理士に対し、控訴人に対する全ての国税に係る質問検査権の行使に関して税理士法２条１項１号に規定する税務代理を委任する旨の」と改める。
（６）同４２頁１４行目の末尾に「また、東京局担当者は、乙税理士から、本件調査における質問検査権の行使が通則法の何条によるものかを問われ、７４条の２に基づくものである旨釈明した。」を加え、１６行目の「平成２６年３月１２日付け」から同行目から７行目の「受けた旨の」までを「控訴人が、丙弁護士らに対し、平成２６年２月４日以降に東京国税局から控訴人に対して通則法７４条の１０等を根拠として行われる質問検査権の行使に関する一切の件について税理士法２条１項１号に規定する税務代理を委任する旨の同年３月１２日付け」と改める。
（７）同４３頁１５行目の「本件調査」を「本件各課税期間についての法人税、復興特別法人税、消費税及び地方消費税、源泉所得税、復興特別所得税の調査」と、１６行目から１７行目の「本件各課税期間の法人税及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類を提示し、調査に応じられたい旨が記載されていた」を「本件各課税期間の法人税及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類（総勘定元帳、売上・費用・固定資産を管理する帳票類及びそれに類する物）（帳簿等）を提示し、税務調査に応じられたい旨、また、通則法７４条の２に規定されている質問検査権に対し、不答弁若しくは虚偽の答弁、検査の拒否・妨害若しくは忌避をした場合、又は、物件の提示又は提出依頼に対し、正当な理由なく、これに応じない場合は、同法１２７条に規定されている罰則が適用されることになる旨が記載されていた」とそれぞれ改める。
（８）同４５頁１０行目の「乙税理士から、」を「乙税理士、それぞれに確認したところ、いずれも」と改める。
（９）同４６頁１５行目の「同木弁護士」を「同弁護士」と改める。
（10）同４８頁４行目の「本件調査について、」の次に「東京局担当者が当初伺った平成２６年２月４日以来、」を、１２行目から１３行目の「同日以降も話ができるか分からない」の次に「、③そもそも、なぜ私のもとにも本件連絡票２を送ってこないのか、事前通知でしょ、そうであれば、私のもとにも送るべきである」を加える。
（11）同４９頁１６行目、５０頁１８行目、５１頁２０行目、５３頁１行目、５４頁７行目、５５頁２５行目の各「臨場するので、」の次にそれぞれ「本件各課税期間等の法人税、復興特別法人税、消費税及び地方消費税の確定申告並びに源泉所得税、復興特別所得税の納付の基となる全ての帳簿書類（総勘定元帳、売上・費用・固定資産を管理する帳票類及びそれに類する物）を提示していただき、税務」を加える。
（12）同５４頁９行目及び５６頁１行目の各「行われていないものとして、」の次にそれぞれ「同項本文の規定により、」を加え、５４頁１０行目及び５６頁２行目の各「消費税の仕入税額控除」の次にそれぞれ「について」を加える。
（13）同５５頁５行目の「また、」の次に「高松国税局の税理士監理官宛てに税理業務開始通知書が提出されるも、税務代理権限証書の提出はされていなかったため、」を加える。
（14）同５６頁７行目の「原告に対する」から８行目の「執行に関する」までを「控訴人が、同弁護士らに対し、控訴人に対する全ての国税に係る質問検査権の執行に関して税理士法２条１項１号の規定する税務代理を委任する旨の平成２７年４月１５日付け」と改める。
（15）同５８頁３行目の「③」の次に「当日は、本件各課税期間等の法人税、復興特別法人税、消費税及び地方消費税の確定申告並びに源泉所得税、復興特別所得税の納付の基となる全ての帳簿書類（総勘定元帳、売上・費用・固定資産を管理する帳票類及びそれに類する物）を提示していただき、税務調査に応じられたい、④」を、４行目の「行われていないものとして、」の次に「同項本文の規定により、」を、５行目の「消費税の仕入税額控除」の次に「について」を、１１行目の「同弁護士は、」の次に「依頼者と話をしたが、」をそれぞれ加える。
（16）同６１頁７行目の「処理をする旨を伝えた。」の次に「これに対し、戊弁護士は、調査結果を聞く意思がないということについては、そのようなことはない、これは記録に残しておいてほしい旨、また、調査結果の説明を聞かないとは一言も言っていない、それについては機会を設けてもらいたい旨述べた。」を加える。
４ 本件各処分の適法性に関する被控訴人の主張
本件各処分の適法性に関する被控訴人の主張は、原判決「事実及び理由」欄の第２の３（原判決４頁２０行目から２２行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
５ 本件の争点及び当事者の主張の要旨
（１）本件の争点及び当事者の主張の要旨は、後記（２）に当審における控訴人の主張を摘示するほかは、原判決「事実及び理由」欄の第２の４（原判決４頁２３行目から５頁３行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
（２）当審における控訴人の補充主張
ア 本件調査における帳簿等の不提示が法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たらず、また、帳簿等の提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があることについて
（ア）租税法律主義に反する解釈はとり得ないこと
事業者が消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２第１項３号に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たると解することは、提示しないことが「保存しない場合」に当たると拡張して解釈するものであり、消費税制度の本質や法３０条７項の意義に反し、そして、納税者の利益を害し、憲法８４条の定める租税法律主義に反するものであるからとり得ない。
すなわち、現行の消費税制度は、消費税が売上高税ではなく、付加価値税の性格を有するとして、課税の集積を避けるため、前段階税額控除方式（課税売上に係る税額から課税仕入れに係る税額を控除する方式）を採用し、課税仕入れの税額控除を行うことを本質、骨格とする累積排除型間接税としている。これに対し、法３０条７項は、帳簿等を保存しない場合に仕入税額控除を適用しないとするものであり、上記の消費税制度の本質、骨格に反し、例外的に本来控除すべき仕入消費税額を控除しないとするものであるから、法３０条７項所定の「保存」の文言については、納税者の利益のためにも拡張解釈は許されず、厳格に解釈すべきである。
最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁、最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同１６年１２月２０日第二小法廷判決・裁判集民事２１５号１００５頁（本件各最高裁判決）における上記解釈と同様の「適時保存」の解釈は、「保存」は「適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存する場合」でなければならないとする点では限定解釈であるが、「保存」に「提示」が含まれるとする点では拡張解釈であり、租税法律主義の要素である課税要件法定主義に反し、納税者の利益に反する不合理な解釈である。また、帳簿等を「保存しない場合」に「課税機関の調査における不提示」が含まれることについては、課税機関の調査の態様が提示の求め方（口頭か文書か）、相手方（本人か税務代理人か）、期間、回数、納税者側の都合、提示拒否の理由・仕方等、様々であり、いかなる場合に「保存しない場合」に該当するのかは極めて不明確であるから、上記解釈は租税法律主義の要素である課税要件明確主義にも反する不当なものであるといえる。
（イ）本件は本件各最高裁判決の事案とは異なる事案であること
本件各最高裁判決の事案は、平成３年８月発遣の取扱要領（内部通達）（以下「控訴人主張内部通達」という。）が存在していたこともあり、いずれの納税者も調査担当者から再三にわたり丁寧に仕入税額控除否認の仕組みの教示を受けており、不提示により仕入税額控除が否認されることになることを十分に承知した上で帳簿等の提示に応じなかったものであることから、当該仕入税額控除の否認は不意打ちには当たらず、納税者は課税を覚悟していたものであって、その客観的状況により帳簿等の保存のないことが強く推認されるか、保存がないものとされてもやむを得ないといえる事案であった。これに対し、本件は、所定の帳簿等を保存していたにもかかわらず、調査担当者から、再三にわたる帳簿等の提示の求めはあったものの、控訴人主張内部通達が廃止になっていたこともあり、帳簿等の不提示による仕入税額控除否認の仕組みの説明教示が十分にされず、そのため、控訴人において帳簿等の不提示により仕入税額控除が否認されることになることを知らずに帳簿等の提示の求めに応じず、その結果、不意打ち的に仕入税額控除を否認され、多額の課税処分を受けたというものであって、事案内容を全く異にしている。
そもそも、本件各最高裁判決が示す解釈は、仕入税額控除否認の仕組みの説明教示が十分にされ、納税者においてその仕組みを十分に理解していた場合に適用されるべきものであり、本件のように、国税局が納税者の仕入税額控除否認の仕組みを知らないことを認識しながら、制裁目的でその説明教示を行なわないような場合、すなわち、法３０条７項を制裁目的で使用するような場合に適用されるものではない。
高松局担当者が発した本件連絡票６ないし９は、仕入税額控除の否認の可能性があることについて触れたものとされているが、同各連絡票には、青色申告の承認の取消しについて「法人税法第１２７条第１項第一号」との根拠規定や帳簿書類の不提示がこれに該当する旨の明確な記載があるのに対し、仕入税額控除の否認については、帳簿等の不提示がその理由となることについて直接的な記載はないに等しく、根拠規定及び不提示が法３０条７項所定の「保存しない場合」に該当し、仕入税額控除が否認されることについての理由の記載はなく、極めて不十分なものとなっている。
結局、控訴人は、上記各連絡票によっても、仕入税額控除の否認により多額の課税がされることを了知しなかったものであるから、本件は本件各最高裁判決の事案とは重大な違いがあり、その解釈は適用されない。
（ウ）本件における帳簿等の不提示は、控訴人の「真意・意向」に反するものであり、法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではなく、また、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があること
控訴人代表者は、自らは経理や税務に疎いため、以前から乙税理士・公認会計士（乙税理士）と顧問契約を締結し、指導を得ていたものであり、本件調査については、当初より乙税理士が控訴人の税務代理人として全面的に関与して全てを取り仕切り、また、乙税理士の進言により、控訴人は、東京国税局による調査の際には丙弁護士（丙弁護士）を、高松国税局による調査の際には戊弁護士（戊弁護士）及びＢ弁護士（Ｂ弁護士）をも税務代理人に選任し、乙税理士及び各弁護士に全てを任せていた。特に、東京国税局による調査については、控訴人代表者は、乙税理士から、本件調査は事前通知のない調査であり違法である、事前通知を要しない事例に該当する根拠について東京国税局長の文書による回答を求めているが、回答がないから調査に応じる必要はないと聞かされた上、東京国税局の調査担当者は過誤を理由に異動させられ、調査はなくなったとさえ言われており、丙税理士からも連絡がなかったため、平成２６年１０月に調査臨場がある旨の話を聞くまでは、実際に調査はなくなったと思っていた。高松国税局による調査については、控訴人代表者は、乙税理士から、連絡票は正式な文書ではなく、効力がないから見ないで送り返しなさいと言われていたことから、これを注意して見ることはなく、調査臨場の際も、乙税理士から、会社にいない方がよいと言われたため、遊技場組合の会合や業務関連の出張等もあり、控訴人事務所にはおらず、また、連絡票による調査開始は午前１０時となっていたが、通常の出勤時間は午前１０時半過ぎであったため、それを早めて出勤することもしなかった。
このように、控訴人代表者は、乙税理士のマインドコントロール下にあって、全てを乙税理士や各弁護士に任せていた。
本件調査に対する対応については、控訴人代表者は、乙税理士主導の下、本件調査は事前通知がないから１００％違法な調査であると聞かされ、仕入税額控除否認の仕組みについても、同税理士から聞かされていなかったため、税務調査や帳簿等の提示の求めに応じなくても何ら問題は生じないものと錯誤し、誤信していた。高学歴で、知識・経験を誇示する乙税理士は、強烈な個性で、控訴人代表者に対し、繰り返し、何度も、確信的、断定的に本件調査が違法であることなどの説明をし、税務代理人である各弁護士までこれに同調し、追随していたため、控訴人代表者が乙税理士の述べることに疑いを抱くことはなかった。
控訴人代表者は、本訴係属後初めて、東京国税局の調査担当者（東京局担当者）や高松国税局の調査担当者（高松局担当者）が丙弁護士や戊弁護士、Ｂ弁護士に対して何度も調査の日程調整等を依頼していたこと及び控訴人代表者との面談を要望していたことを知ったが、乙税理士及び各弁護士からそのような国税局の動向、意向などを聞かされることはなかった。
控訴人代表者は、それでも調査が長引いており、平成２７年４月中旬ころには、丁弁護士（丁弁護士）から勝つ見込みは１０％であるとか、勝ったとしても必ずしっぺ返しがくるとか聞かされたことから、それでは負けも同じだと思い、調査を受ける気持ちになり、乙税理士及び各弁護士に対し、「さっさと調査を受けたい。」と述べ、直ちに調査に応じる意向を申し出たが、丁弁護士は、控訴人代表者に対し、「簡単に応じると、何か不正なことをしているのではないかと思われる。Ａはちゃんとした経理をしており、そこら辺のパチンコ屋とは違うところを見せてやる必要がある。落としどころが必要だ。実は既に用意している。」と述べ、今治税務署の調査であればこれに応じる準備があるとする内容の文書案を示して同文書を提出する旨述べた。この時、丁弁護士は、「今治税務署といってもどうせ東京国税局がくるだろうが、それでも仕方がないでしょう。」と述べていた。
また、丁弁護士は、上記文書の提出のタイミングについて、「任せてほしい。」と述べていたが、控訴人代表者は、さっさと調査を受けたいとの意向を示していたことから、そうはいっても１週間くらいのうちにはその文書を送付し、実際に調査が行われるものと思っていた。
しかし、その後、乙税理士から調査を受ける旨の話は出てこず、控訴人代表者は、どうなっているのかと思い、同税理士に尋ねてみると、文書は出しているが、国税局から返事が来ないとのことであった。
結局、上記内容の文書は、平成２７年５月１４日付けの本件通知書６として高松国税局宛てに送付されたが、これは控訴人代表者がさっさと調査を受けたいとの意向を表明してから既に１か月が経過した後のことであった。しかも、戊弁護士は、調査担当者から、同月２５日、電話で「今治税務署職員への担当者変更はお受けできない。」と断られたにもかかわらず、「お受けできないということですね。了解しました。」とだけ述べ、高松国税局の調査であっても受けることを申し出ず、そのため、本件調査の終了を認める結果となった。
控訴人代表者は、乙税理士や各弁護士から本件通知書６の送付や調査の終了があったことを聞かされておらず、危機感など全くないまま、そのうち調査が行われるだろうと思いつつ、平成２７年５月２８日ころ、１０年来続けていた毎年恒例の四国への帰省旅行に出かけた。
以上のとおり、乙税理士及びその他の税務代理人は、控訴人代表者に対し、税務調査に応じなくても何ら問題はない旨述べ、控訴人代表者を欺罔し、錯誤・誤信に陥れ、また、さっさと調査を受けたいとの控訴人代表者の意向に反し、国税局に対して時期に遅れた調査担当者の変更を求め、しかも、高松国税局の調査であっても応じる旨申し出なかったことは、税務代理人が納税者本人の真意・意向に反して帳簿等の提示を拒否したものであり、たとえ控訴人に帳簿等の不提示があったとしても、当該不提示は控訴人の真意に基づくものではないから、法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではなく、また、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるというべきである。
（エ）本件調査担当者は、控訴人に対して帳簿等の提示を求める際、控訴人が仕入税額控除を否認されることを知らないでいることを認識しながら、仕入税額控除否認の仕組みを説明教示しなかったから、本件調査における帳簿等の提示の求めは違法であり、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるといえること
仕入税額控除否認の仕組みの説明教示については、元々、再三にわたり行うべきとする控訴人主張内部通達があり、同通達が廃止された後も、このことは実務慣行ないし通例の処理手順（処理基準）となり、また、事務運営指針にもその趣旨が盛り込まれ、本件を除く全ての事例において説明教示がされていたのであるから、本件調査においてこれを行なわずに帳簿等の提示を求めることは課税の公平を失わせるものであり、憲法１４条の規定する法の下の平等に反するものとして違法となる。
また、調査担当者は、控訴人だけではなく、税務代理人である税理士及び各弁護士も、帳簿等を提示しないことにより仕入税額控除を否認され、多額の課税処分を受けることになることを知らないでいることを認識していたのであるから、法令の周知徹底を図り、仕入税額控除否認回避を図る機会を与えるためにも仕入税額控除否認の仕組みについて説明教示を行うべきであったのであり、これを行わずに帳簿等の提示を求めることは憲法３１条の規定する適正手続保障にも反するものといえ、違法であり、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるといえる。
控訴人の税務代理人である乙税理士は、税の専門家であったとしても、本来公認会計士で、税理士業務をしている者であり、また、控訴人の税務代理人である各弁護士は、税務事件を専門としては扱っていなかった上、本件は、所得税や法人税ではなく、やや特殊性のある消費税に関するものであり、しかも、申告納税に関する問題ではなく、税務調査における帳簿等の不提示により何十億円もの多額の仕入税額控除が一括否認されるという、通常では発生し得ない特殊かつ難解な解釈を伴う事案であったから、同人らが仕入税額控除否認の仕組みを知らないことはあり得て、実際に同人らはこれを知らなかった。このことは、本件各最高裁判決の存在についても同様である。
また、高松局担当者が発した本件連絡票６ないし９における記載が不十分であったことは前記（イ）のとおりであり、控訴人代表者は、税務代理人である乙税理士及び各弁護士の誰からも、帳簿等の提示を拒否し続ければ、計上し得る仕入税額の控除を否認され、多額の課税処分を受けることになることを説明されていなかった。
乙税理士及び各弁護士は、長期間、多数回にわたって国税局から繰り返し行われた税務調査への協力及び帳簿等の提示の求めに対し、違法調査である、あるいは、質問状等に対する国税局からの回答がないなどとして、これらに一切応じることなく、徹底して調査を拒否していたが、このこと自体、乙税理士及び各弁護士が仕入税額控除否認の仕組みを知らないでいたことを表しており、控訴人代表者が、調査中であるにもかかわらず、控訴人の本店所在地を東京国税局の管轄外の今治市に移転し、さらに、調査担当者の平成２７年３月４日の控訴人代表者宅への臨場や同年４月１日及び同月８日の控訴人の事務センターへの臨場につき、警察に事件として持ち込むなどしたことは、控訴人代表者が巨額の課税処分を受ける可能性があることを想定していなかったことを示すものである。
そして、乙税理士は、関与税理士として、控訴人の消費税額が各期１０億円前後、仕入税額控除額が各期９億円前後計上されていることを自ら申告に関与して知っていたのであるから、仕入税額控除否認の仕組みを知っていたのであれば、帳簿等の提示を拒否し続けるということはおよそあり得ないことであり、また、戊弁護士及びＢ弁護士は平成２７年４月２日付けの「また、消費税の仕入税額控除についても否認せざるを得ない場合もあります」との記載のある本件連絡票６を受け取った後も、戊弁護士は同月２２日高松局担当者から「消費税の仕入控除の問題」と言われた後も、いずれも多額の課税処分を受けることを前提とした行動に出ることはなかったが、これらのことは乙税理士及び各弁護士も仕入税額控除の否認により多額の課税があることを知らなかったことを裏付けている。
また、たとえ、申告納税方式の下においては、事業者が帳簿等の検査に応じることが義務であったとしても、本件調査においては、国税局は、そもそも、控訴人に税務調査を受けさせようとする真摯な意思、つまりは、帳簿等の検査を行おうとする真摯な意思がなく、制裁目的で、帳簿等の不提示の事実を作出するために、形だけの提示要請を繰り返し、仕入税額控除否認の仕組みを説明教示しなかったのであるから、控訴人の帳簿等の不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるといえる。なお、国税局側に真に控訴人に調査を受けさせようとする真摯な意思がなかったといえる理由は、①仕入税額控除否認の仕組みの説明教示や課税処分の具体的な告知を行うことが帳簿等を提示させる最も有効な手段であるにもかかわらず、当該説明教示等をしなかったこと、②当該説明教示は、実務慣行、通例の処理手順（処理基準）であり、事務運営指針に沿うものでもあって、他の全ての事例では行われていたが、本件調査においてはされていないこと、③当該説明教示は、これをしようとするなら、何度もあった乙税理士及び各弁護士との電話、面談等の機会に、また、控訴人の従業員等に対しては臨場の機会に、いつでも、容易にこれをすることができたこと、④特に丙弁護士からはこのまま不提示を続けたらどうなるのかと聞かれていたのであるから、その際に当該説明教示をすることができたこと、また、⑤乙税理士及び各弁護士から、数回にわたり、「令状があれば仕方がないが、任意であれば調査に応じない。」と言われた際も、当該説明教示をすることができたこと、⑥調査担当者は、税務代理人である乙税理士、各弁護士、そして、控訴人代表者のいずれもが仕入税額控除否認の仕組みを知らないでいることを認識しながら、これを理解させるような十分な説明教示をしなかったこと、⑦本件各連絡票のうち本件連絡票５ないし８は、１週間置きの急ペースで送付されたものであり、到底、納税者側の都合を配慮したり、考慮の時間的余裕を与えたりするものではなかったこと、⑧連絡票に仕入税額控除否認に関する記載がされたのは、平成２７年４月２日付けの本件連絡票６からであり、この送付は本件調査の終了のわずか１か月半前であったこと、⑨しかも、連絡票における説明教示は、法条の記載のない、極めて不十分なものであったこと、⑩調査担当者は、同月２２日、戊弁護士に対し電話で「消費税の仕入控除の問題と法人税の青色申告の取消しになるおそれがあります」と話した際、戊弁護士が多額の課税になることに気付いていないことを認識したはずであるが、本件各最高裁判決があることについても、「適時保存」の解釈についても、説明することはなかったこと、⑪最終的には、控訴人が、本件通知書６に対し、従来の全面拒否とは異なり、少なくとも今治税務署の調査であれば応じる旨申し出たのであるから、高松国税局としては、同国税局でなければならないことを説明した上、このまま帳簿等の不提出を続けると３８億円の課税をされることになる旨知らせれば、必ず控訴人において調査に応じたはずであるが、そのような説明や告知がされることはなかったこと、以上である。
（オ）控訴人は平成２７年５月１４日付けの本件通知書６により調査に応じる旨申し出ていたから、控訴人による帳簿等の不提示をもって法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではないこと
控訴人は、平成２７年５月１４日、国税局に対し、本件通知書６により、調査に応じる旨、申し出ていた。同申出は、調査担当者が本件連絡票９により予定期間として提示していた同月１１日から同月１５日までの間にされたものであり、仮に、当時、独自調査が終了し、調査結果の説明を残すだけといえる状況があったとしても、時期的に遅すぎるということはなく、国税局において控訴人の調査に応じる旨の申出を拒むことは許されない。
また、本件通知書６には「今治税務署であれば調査に応じる準備がある」との記載がされているが、これはそれまでの経緯があってのことであり、同記載があるからといって、控訴人に調査に対応しようとする真摯な意思がないとみるのは相当ではない。元々、本件調査は、前記（エ）のとおり、国税局が控訴人の仕入税額控除を否認して多額の課税をするという制裁目的でのものであり、帳簿等提示の要請も、調査拒否の実績を作出するために、アリバイ作り的に、実効性なく、形式的に繰り返されていたにすぎないのであり、国税局に真に控訴人に調査を受けさせようとする真摯な意思がなかったことこそ問題なのであって、そもそもの原因は国税局側にある。
したがって、本件通知書６による通知を調査申入れの拒否と解して調査を終了させたことは時期尚早であって許されず、控訴人の帳簿等の不提示をもって法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではない。
イ 本件各更正処分に理由提示違反の違法があることについて
行政手続法１４条１項本文が規定する不利益処分における理由の提示は、課税庁の恣意を抑制し、納税者に対し不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものであるから、納税者が理解し得るように、十分適切に行われるべきであるところ、本件各更正処分の理由の提示は、次のとおり、不適切かつ不十分な記載しかされていない本件各処分通知書によりされているから、違法であり、実体法上本件各更正処分の適法性が肯定されると否とにかかわらず、同各更正処分自体が違法となり、その取消事由となる。
（ア）最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁（以下「最高裁平成２３年判決」いう。）との関係
最高裁平成２３年判決は、行政手続法１４条１項本文が不利益処分をする場合に名宛人に提示しなければならないと規定する「理由」の程度につき、①当該処分の根拠法令の規定内容、②当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、③当該処分の性質及び内容、④当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると判示している。これに照らしたとき、本件各処分通知書記載の更正の理由には、上記①については、「適時保存」の法令解釈や、不提示が法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとする判断過程を、名宛人である控訴人に対し、税の専門家ではなくても分かるように記載する必要があるところ、これについての記載がない。そして、上記②については、仕入税額控除否認の仕組みを説明教示すべきであるとする控訴人主張内部通達が過去において存在し、処分基準に類するものとして公表され、同通達廃止後も、同通達による取扱いが実務慣行ないし通例の処理手順（処理基準）となり、事務運営指針にもその趣旨が盛り込まれ、本件を除く全ての事例において再三にわたって説明教示がされていたのであるから、帳簿等不提示による仕入税額控除否認の課税処分を行うためには、控訴人主張内部通達で定められていた説明教示を行なったとする事実を記載すべきであるが、これらについての記載がない。また、上記③については、本件は、帳簿等を作成保存していたにもかかわらず、帳簿等不提示による仕入税額控除否認の仕組みに関する知識がなく、調査担当者からも、当該仕組みについての説明教示がされなかったために、繰り返し行われた帳簿等の提示の求めに対して不提示を続け、その結果、いわば手続違背により制裁的に仕入税額控除を一括して否認され、実体に基づかない約３８億円の課税処分を受けたというものであり、他の全ての事例同様、再三にわたって仕入税額控除否認の仕組みの説明教示がされていれば、また、その後においても、更正金額や更正の理由の告知等がされていれば、控訴人は直ちに帳簿等の提示に応じ、課税を免れていたはずであることからすれば、本件各処分通知書の理由については、特に帳簿等の不提示がなぜ「保存しない場合」に当たるのか、これに関連して、仕入税額控除否認の仕組みの説明教示の状況、平成２７年５月１４日付けの本件通知書６による調査受入れの申出及びこれに対する調査担当者の対応状況、調査結果の説明がされなかった状況等について、控訴人が容易に理解できるように、また、納得することができるように、十分に記載しなければならなかったが、これらについての記載はない。さらに、上記④については、本件は、上記のとおり、帳簿等を作成保存していたにもかかわらず、帳簿等不提示による仕入税額控除否認の仕組みに関する知識がなく、調査担当者からも当該仕組みについての説明教示がされなかったことから、繰り返し行われた帳簿等の求めに対し、課税処分が行われるとは知らずに、初日の調査が予告なしの調査であったことから、税務代理人において事前通知を要しない事例に当たる根拠について文書による回答を求め、回答がない限り調査に応じないとして帳簿等の不提示を続け、その結果、仕入税額控除を一括否認されて、多額の課税処分を受けたというものであるから、調査担当者がいつ、誰に対し、どのような方法で帳簿等の提示を求めたのか、これに対し、控訴人側の誰が、いつ、どのように、いかなる理由で提示を拒否したのか、調査担当者は仕入税額控除否認の仕組みの説明教示を、いつ、誰に対し、どのように行ったのか、控訴人側は当該説明教示を了知したのか、これらのことを自然的事実として特定し得るように、具体的に記載すべきであったが、そのような記載はなく、ただ、調査担当者が、平成２６年１１月２７日以降、控訴人に対し、文書により８回、事務所への臨場により６回にわたり帳簿等の提示を求めた旨及びこれらの求めに対し控訴人から帳簿等の提示はなかったことが記載されているだけであり、必要な記載がされたとはいえない。加えて、控訴人は、調査担当者から平成２７年４月２８日付けの本件連絡票９により同年５月１１日から同月１５日までの間の都合のよい日を同月８日までに連絡されたいと依頼されたことに対し、同月１４日付けの本件通知書６によって「今治税務署であれば調査に応じる準備がある」と申し出ているのであるから、このような連絡票及び通知書の内容とともに、それでも調査担当者が調査を行わなかった理由を記載すべきであったが、これについての記載もされなかった。
そして、最高裁平成２３年判決の補足意見では、処分理由は、その記載自体から明らかでなければならず、単なる根拠法規の摘記は、理由記載に当たらないとされ、また、理由付記は、相手方に処分の理由を示すにとどまらず、処分の公正さを担保するものであるから、相手方がその理由を推知できるか否かにかかわらず、第三者においてもその記載自体からその処分理由が明らかとなるものでなければならないとされているが、本件各処分通知書の記載は、内容に乏しく、概括的には帳簿等の不提示があって、その不提示が法３０条７項の「保存しない場合」に当たると記載されているだけのものといえるもので、理由の記載として不十分であり、また、第三者においてもその記載自体からその処分理由が明らかとなるようなものとはなっていない。
（イ）本件各処分通知書記載の更正の理由には帳簿等の提示の求めの適法性やその求めに対し「応じ難いとする理由」がないことの記載がないこと
元来、更正処分通知書には、帳簿等の提示の求めに適法性があることや、その求めに対し「応じ難いとする理由」がないことについて、直接的な記載を要し、少なくとも、提示の求めに適法性があることや、その求めに対し「応じ難いとする理由」がないことが判断できるよう、提示の求めやこれに応じない具体的な事情を記載しなければならないところ、本件各処分通知書にはこれらの記載はなく、同各処分通知書の記載をもって、提示の求めの適法性が推定されるとか、「応じ難いとする理由」がないことを含意しているとみることはできない。
（ウ）本件各処分通知書記載の更正の理由には宥恕規定である「災害その他やむを得ない事情」が法３０条７項所定の「保存しない場合」の要件として記載されていること本件各処分通知書は、法３０条７項ただし書の「災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない。」との規定が宥恕規定であるにもかかわらず、あたかも「災害その他やむを得ない事情」がないことが同項本文の「保存しない場合」の要件であるかのように記載しており、誤った理由の提示をしている。
すなわち、本件各処分通知書は、本件調査担当者の帳簿等の提示の求めに対し、提示がなかった旨の記載の直後に、①「なお、貴社は、調査担当職員に対して、災害その他やむを得ない事情により消費税法第３０条第８項に規定する帳簿及び同条第９項に規定する請求書等を保存することができなかったことを証明することはなく、これらの事情があることも認められませんでした。」と記載した上で、②「これらのことは、消費税法第３０条第７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当しますので、貴社の課税仕入れ等に係る税額を控除することはできません」と記載しており、文脈からは、「災害その他やむを得ない事情」が証明されないことが法３０条７項の「保存しない場合」に当たること、つまり、課税の要件として記載されていることは明らかであり、法３０条７項ただし書の事情についての証明がないため、仕入税額控除が否認される旨をいう趣旨であるとは到底いえない。
（エ）本件各処分通知書記載の更正の理由に乙税理士の発言に関する誤った記載がされていること
本件各処分通知書には、乙税理士からは調査理由を回答しない限り調査に応じない旨の発言があり、（省略）帳簿書類は提示されませんでした」との記載があるが、乙税理士の発言内容は「事前通知なく行われた本件調査の初日の臨場に関する通則法７４条の１０該当の根拠について回答を求め、その回答がない限り調査に応じない」というものであり、重大な事実誤認となる記載となっているところ、同記載部分は、調査拒否、帳簿等の提示の求めに対する不提示の理由に関するものであり、本件各更正処分とは密接な関係があるから、本件各処分通知書による本件各処分は誤った理由を提示したものとして違法である。
ウ 本件各更正処分の適法性に関するその他の主張
（ア）本件調査担当者が、本件調査を終了するに当たり、通則法７４条の１１第２項所定の調査結果の説明を行わなかったことによる本件各更正処分の違法
通則法７４条の１１第２項は、更正処分前に納税義務者に対し更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む調査結果の内容を説明すべき義務を定めたものであり、これは憲法３１条の定める適正手続保障を具体化するものであって、行政手続法１３条（弁明機会の付与）と同法１４条（理由提示）の特則を定めるものである。平成２３年の国税通則法の改正は、通則法７４条の１１第２項（理由提示）及び第３項（修正申告勧奨と更正請求の教示）が最重要部分であり、課税庁が、調査結果の説明において、更正金額と更正理由を提示するとともに、修正申告の勧奨をし、納税者の弁明を聞いて、合意により租税債権を確定する制度が確立された。
理由提示と弁明の機会付与の義務は、憲法３１条、行政手続法１３条１項、同法１４条１項、通則法７４条の１１第２項により明文で求められるものであり、絶対的なものであって、省略することや、納税義務者がこれを放棄したとみなすことはできず、その手続が執られなかった更正処分は違憲、違法であり、取り消されなければならない。そして、本件調査においては、通則法７４条の１１第２項及び３項所定の手続はとられていない。控訴人に対して更正決定等をすべき額とその理由が告知され、事前に警告がされていたら、控訴人は必ず日程調整に応じたはずであるし、同条３項に従い修正申告の勧奨と更正請求の教示文が交付されていたら、これに応じていたはずであるから、本件各更正処分がされることはなかった。本件調査において、「約４０億円の更正処分を受けるか、日程調整に応じて、帳簿等の提示をするか」と間われたら、誰でも、帳簿等の提示の求めに応じたはずであり、更正処分前に更正決定等すべき額等が告知されないことは納税義務者に対して致命的な不利益を及ぼす。
したがって、控訴人に対し更正決定等すべき額及びその理由を含む調査結果の内容を説明せずにされた本件各更正処分は、違法であり、取り消されなければならない。
（イ）本件各更正処分は行政手続法３２条２項等に違反するものであること本件各更正処分は、行政指導による任意調査として日程調整要請をしながら、具体的な警告や帳簿提出命令（質問検査権行使）をせずに、不意打ちにより、約４０億円もの更正処分をしたものであり、行政手続法３２条２項に規定する「行政指導の不当連結の禁止」及び憲法３１条に定める適正手続保障に違反する。
本件各連絡票による要請は、行政指導としての要請以外には考えられないから、これに関して、控訴人に対して何らの不利益も課すことはできない。
また、本件各連絡票は、要請文であるが、控訴人に対し約４０億円の課税処分をせんがために作られた書面であり、質問検査権行使とは明示されていないから、その送付等は質問検査権の行使とはなり得ない。
なお、通則法７４条の９は、税務署長、国税局長等は税務調査の開始に当たり事前に調査開始の通知をしなければならないことを規定しているが、本件調査においては同条に従った通知はされていない。
エ 過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があることについて
本件については次の事情があり、過少申告がされたことについては、通則法６５条４項の「正当な理由」があるというべきである。
すなわち、本件については、①控訴人側は、仕入税額控除否認の仕組みを知らなかったが、帳簿等は作成して保存していたから、当該仕組みの説明教示がされれば、確実に帳簿等の提示の求めに応じていたこと、②本件調査担当者は、控訴人の税務代理人から何度も仕入税額控除否認の仕組みを知らないことを露呈するような発言を聞き、控訴人側が仕入税額控除否認の仕組みを知らないでいることを認識していたといえるが、法３０条７項を税額算定のためのものとしてではなく、制裁規定として利用するため、同仕組みについての説明教示を行わず、帳簿等の提示の求めを形式的なものにとどめたこと、③仕入税額控除否認の仕組みの説明教示は、納税者に対し、法令を周知徹底させ、一律かつ公平な課税の実現を図るために必要であり、有用であること、④仕入税額控除否認の仕組みの説明教示は、電話でも口頭でも、いつでも簡単にすることができること、しかし、⑤本件調査担当者は、電話による会話や、臨場の際、税務代理人はもとより、控訴人の従業員、代表者の妻（監査役）とも接触する機会が多々あったにもかかわらず、仕入税額控除否認の仕組みの説明教示を行なわなかったこと、⑥仕入税額控除否認の仕組みの説明教示を行うことは実務慣行、通例の処理手順（処理基準）、事務運営指針に根拠を有するものであって、これを行なわないことは、これらに反するものであり、他の全ての事例において、当該説明教示が行われていることからすれば、本件調査において当該説明教示を行なわないことは、納税者間の公平を失わせるものといえること、⑦仕入税額控除は、納税者にとっての恩恵的・政策的な特典ではなく、課税の累積回避の方式として認められた当然の制度であり、説明教示を行なって帳簿等が提示され、仕入税額控除が認められても、国庫に損失が生じることはないこと、⑧官公庁において不利益処分を課す場合には、たとえ制裁の規定があるときでも、具体的な教示、催告、告知を行うことが憲法１４条、３１条の要請するところであり、当然の事理であること、⑨納税義務者は、不利益処分がされる場合には、事前に説明教示、催告、告知がされることを期待し、信頼しているのであり、このような期待、信頼は、憲法１４条、３１条により保護されるべきであること、以上の事情がある。これらによれば、本件調査担当者は、控訴人や税務代理人らが仕入税額控除否認の仕組みを知らずに帳簿等の提示の求めに応じないことを認識していたのであるから、法令を周知徹底させ、一律かつ公平な課税の実現を図るために当該仕組みについて説明教示をすべきであり、また、行おうと思えば簡単にこれをすることができ、しかも、行ったとしても国庫に損失が生じるわけでもないにもかかわらず、実務慣行、通例の処理手順（処理基準）、事務運営指針に反して、制裁目的で、当該説明教示を行なわず、課税の公平を損なうような処理をしたのであって、このような場合は、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に準じて、通則法６５条４項の「正当な理由」があるというべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、本件の事実関係に照らし、①控訴人は、帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとはいえず、法３０条７項の「保存しない場合」に該当するため、仕入税額控除を定めた同条１項の適用を受けることができないこと、②本件各更正処分に理由提示違反その他の違法があるとはいえないことから、本件各更正処分は適法であり、また、③過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるとはいえないことから、本件各賦課処分も適法であり、したがって、控訴人の請求はいずれも理由がなく、棄却すべきであると判断する。その理由は、次のとおり補正し、後記２において当審における控訴人の補充主張について判断するほかは、原判決「事実及び理由」欄の第３の１から４まで（原判決５頁１４行目から２９頁１７行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）原判決６頁１４行目、２１行目、２３行目、７頁３行目、７行目の各「帳簿又は請求書等」をいずれも「帳簿及び請求書等」と、１８行目の「そのいずれかを」を「そのいずれをも」とそれぞれ改める。
（２）同１５頁２３行目の「約１年４か月」を「約１年３か月」と改める。
（３）同２０頁１３行目から１４行目の「基本的な事実関係を共通にするものといえる。」の次に「そして、法が採用する申告納税制度の趣旨及び仕組み並びに法３０条７項の趣旨に照らし前記１（１）の解釈をとるべきことは、本件についても、本件各最高裁判決の事案と同様にいえる。」を加える。
（４）同２１頁１６行目、２０行目から２１行目及び２３行目の各「本件連絡票６」をいずれも「本件通知書６」と改める。
（５）同２２頁６行目の「不服の申立人」を「不服の申立て」と改める。
（６）同２３頁１１行目の冒頭から１６行目の末尾までを次のとおり改める。「そうすると、本件各更正処分の根拠となる法条及び課せられる税額に加え、本件の事実関係の下において、控訴人が本件調査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったといえる根拠が明らかに示され、処分行政庁の判断過程を省略することなしに記載したものということができ、処分行政庁としては、上記のような内容の理由を記載することによって、更正における自己の判断過程を検証することができるのであるから、その判断の慎重、合理性を確保するという点について欠けるところはなく、上記のような記載をもって、処分行政庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的を損なうことはなく、また、処分の名宛人である控訴人においても、不服の申立てをするに当たって処分行政庁がいかなる事実及び根拠法令に基づき本件各更正処分をしたのかを推知することができる。」
（７）同２９頁３行目の「判決・」の次に「民集」を加える。
２ 当審における控訴人の補充主張について
（１）本件調査における帳簿等の不提示は法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たらず、また、帳簿等の提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるとの主張について
ア 事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等（帳簿等）を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２第１項３号に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については適用されないものと解すべきであり（本件各最高裁判決参照）、その理由は、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の１（１）（原判決５頁１６行目から７頁１８行目まで）に記載のとおりである。控訴人は、法３０条７項の規定する「帳簿及び請求書等を保存しない場合」につき、上記のように解することは、不当な拡張解釈であり、消費税制度の本質や法３０条７項の意義、そして、納税者の利益を害し、憲法８４条の定める租税法律主義に反するものであるとして、前記第２の５（２）ア（ア）のとおり主張する。
しかし、法が採用する申告納税制度の趣旨及び仕組み並びに法３０条７項の趣旨（原判決「事実及び理由」欄の第３の１（１）（原判決５頁１６行目から７頁８行目まで。ただし、補正後のもの。補正箇所を含む原判決の引用につき、以下同じ。）参照）に照らせば、上記のように解するのが相当であり、また、法令により帳簿書類の備付け、記録及び保存義務が課されていること並びに納税義務者が果すべき役割及び税務署長が果すべき役割（申告の審査、税務調査の実施等）は広く国民に知られ、法３０条７項は、同項所定の場合には同条１項を適用しない旨、疑問の余地のない明確な文言で定めていることを踏まえれば、上記のような解釈は国民にとって不意打ちとなるような不当な拡張解釈とはいえず、租税法律主義に反するものともいえない。
したがって、控訴人の上記主張は採用することができない。
イ また、控訴人は、前記アの解釈をとる本件各最高裁判決の事案は、いずれの納税者も調査担当者から再三にわたり丁寧に仕入税額控除否認の仕組みの教示を受けており、不提示により仕入税額控除が否認されることになることを十分に承知した上で帳簿等の提示に応じなかったものであることから、当該仕入税額控除の否認は不意打ちに当たらず、納税者は課税を覚悟していたものであって、その客観的状況により帳簿等の保存のないことが強く推認されるか、保存しないものとされてもやむを得ないといえる事案であったのに対し、本件は、所定の帳簿等を保存していたにもかかわらず、本件調査担当者から、再三にわたる帳簿等の提示の求めはあったものの、控訴人主張内部通達が廃止になっていたこともあり、帳簿等の不提示による仕入税額控除否認の仕組みの説明教示が十分にされず、そのため、控訴人において帳簿等の不提示により仕入税額控除が否認されることになることを知らずに帳簿等の提示の求めに応じず、その結果、不意打ち的に仕入税額控除を否認され、多額の課税処分を受けたというものであって、事案内容を全く異にしているから、前記アの解釈は本件には適用されないとして、前記第２の５（２）ア（イ）のとおり主張する。
しかし、この点についての認定判断は、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の１（３）ウ（原判決１９頁２４行目から２０頁１４行目まで）の説示のとおりであり、控訴人の上記主張は採用することができない。
ウ さらに、控訴人は、乙税理士及びその他の税務代理人は、控訴人代表者に対し、税務調査に応じなくても何ら問題はない旨述べ、控訴人代表者を欺罔し、錯誤・誤信に陥れ、また、さっさと調査を受けたいとの控訴人代表者の意向に反し、国税局に対して時期に遅れた調査担当者の変更を求め、しかも、高松国税局の調査であっても応じる旨申し出なかったことは、税務代理人が納税者本人の真意・意向に反して帳簿等の提示を拒否したものであり、たとえ控訴人に帳簿等の不提示があったとしても、当該不提示は控訴人の真意に基づくものではないから、法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではなく、また、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるというべきであるとして、前記第２の５（２）ア（ウ）のとおり主張する。
しかし、前記１の引用に係る原判決認定事実及び証拠（甲２４、２６～２８、乙４５、５０、６８。以上、枝番のあるものは枝番を含む。）によれば、本件調査における帳簿等の不提示は、これが乙税理士の指導によるものであったとしても、それ自体、全て控訴人代表者の了承によるものであり、控訴人の役員及び従業員においては、控訴人代表者の指示に基づいて動く立場にあって、本件調査担当者が臨場した際の対応を全て税務代理人らに一任し、調査への協力を断る方向で対応するとの方針も、控訴人代表者の指示によるもので、控訴人の方針であると認識し、これに従っていたことが認められるのであり、本件調査における帳簿等の不提示は控訴人の真意に基づくものではないとはいえない。
この点につき、控訴人は、上記のとおり、控訴人の上記対応は、乙税理士及びその他の税務代理人が税務調査に応じなくても何ら問題はない旨述べ、控訴人代表者を欺罔し、錯誤・誤信に陥れたことによるものであり、控訴人代表者は乙税理士のマインドコントロール下にあったとも主張する。
しかし、申告納税方式の下において、税務職員が行う帳簿書類の検査に対し事業者がこれに応じることは、納税義務者の当然の義務であるから、同義務を前提とする法３０条７項の適用において、控訴人主張の上記事由が同条項の適用を妨げるべき事由となるとはいえず、帳簿等の提示の求めに対し「応じ難いとする理由」となるものともいえない。また、控訴人は、控訴人の税務代理人らは、さっさと調査を受けたいとの控訴人代表者の意向に反し、国税局に対して時期に遅れた調査担当者の変更を求め、しかも、高松国税局の調査であっても応じる旨申し出ず、控訴人の真意・意向に反して帳簿等の提示を拒否した旨主張し、前記１の引用に係る原判決別紙３「本件調査の経緯」２（３２）から（４０）まで（原判決５８頁２２行目から６１頁７行目まで）摘示のとおり、①控訴人の税務代理人である戊弁護士が、平成２７年５月１２日、高松局担当者に対し、電話で、控訴人宛ての文書について、控訴人と乙税理士に送付せず、税務代理人である同弁護士又はＢ弁護士のみに送付されたい旨、前日の同月１１日に高松局担当者が言及した独自調査の結果の説明についての連絡も、上記弁護士らにされたい旨述べたこと、②戊弁護士及びＢ弁護士は、同月１４日付けの本件通知書６を配達証明付書留郵便にて送付し、同通知書は同月１８日に高松国税局に到達したが、同通知書には、控訴人は、高松国税局との信頼関係が十分とはいえない現況に鑑み、高松国税局が行う税務調査には対応できない、控訴人は、全ての税務署が行う調査の対応を拒むものではなく、控訴人の本店所在地管轄の今治税務署が行う調査であれば、これに応じる準備がある、本件通知書５に対して回答されたい旨が記載されていたこと、③高松局担当者は、同月１９日、Ｂ弁護士に対し、電話で、受領した本件通知書６には、本件通知書５（同年４月２２日に控訴人代表者の自宅に臨場した職員の氏名を明らかにするよう求めるもの）に対する回答がない旨記載されているが、同日は高松国税局の職員は誰も控訴人代表者の自宅へ行っておらず、そのことは前の週（同年５月１１日）に戊弁護士に回答済みである、高松局担当者による調査が終了したので、その調査結果の説明を近日中に行いたい、調査結果は、原則として納税者に説明することになっており、調査結果の説明を受けるかどうか控訴人の意思確認をされたい旨を伝えたところ、Ｂ弁護士は、本件通知書６の趣旨につき、高松国税局ではなく、今治税務署の職員が調査に来るのであれば協力できるかもしれないというのが控訴人の意思である旨を述べたこと、④戊弁護士は、同年５月２１日、高松局担当者に対し、電話で、税務調査の担当者を今治税務署の職員に変更してもらえるのであれば、税務調査に協力できると控訴人代表者から聞いているので、担当者の変更を検討されたい旨要請したこと、⑤高松局担当者は、同月２５日、戊弁護士に対し、電話で、今治税務署の職員への担当者の変更はできない、本件調査が終了したため、法令に基づき調査結果の説明を行いたい、調査結果の説明は、納税者に対して納税地にて口頭で説明することが原則であるが、控訴人代表者から高松局担当者に直接電話して「調査結果の説明については戊弁護士に一任します」と言ってもらうなど、納税者が調査結果の説明を聞くことを税務代理人に委任することが確実に確認できれば税務代理人でも構わない旨説明したこと、⑥Ｂ弁護士は、高松局担当者に対し、同月２８日、電話で、調査結果の説明に関して控訴人に電話したが、控訴人代表者の親族に不幸があったため、控訴人代表者が今治に帰っているとのことで、連絡がとれていない状態である、今週中の回答は難しいため、来週早々に回答したい旨述べ、同年６月１日、電話で、調査結果の説明に関する意思確認については、控訴人代表者がつかまらず、今治から戻っているかも分からず、控訴人の経理担当や乙税理士を通じて確認の要請をしているが、その返事がまだない、控訴人代表者の親族に不幸があったのは本当のようである旨述べたこと、⑦高松局担当者は、同月４日、本件法律事務所２に電話をかけたが、戊弁護士及びＢ弁護士の両者とも外出中であったため、対応者に折り返しの電話を依頼し、戊弁護士は、同月５日、高松局担当者に対し、電話で、控訴人は今後、訴訟になることを想定し、同月１日付けで本店の移転をすることになった、もっとも、公安委員会の風営法の関係があり、所轄の警察に本店移転をしても支障がないかを確認した上で行うと聞いている、調査結果の説明を控訴人代表者が直接受けるか否かについては、「今はそういう状況ではない」との指示を受けている、調査結果を聞く意思がないというわけではなく、登記手続が終わったら説明を聞くので、その機会を設けてほしい旨を述べ、⑧これに対し、高松局担当者が、戊弁護士に対し、同年５月２５日に調査結果の説明をしたい旨連絡して以降、相当期間留保していたが、一向に連絡がない状況であり、これまでの調査対応等の経緯を踏まえると、調査結果の説明を聞く意思がないと認定する、したがって、調査終了の際の手続は終了し、今後は法令に基づき処理をする旨を伝えたこと、これに対し、戊弁護士が、調査結果を聞く意思がないということについては、そのようなことはない、これは記録に残しておいてほしい旨、また、調査結果の説明を聞かないとは一言も言っていない、それについては機会を設けてもらいたい旨述べたこと、以上の事実が認められる。
しかし、上記事実の認定を超えて、上記税務代理人らの対応が控訴人代表者の意向を反映しない、独断によるものであったことや、乙税理士及び各税務代理人が控訴人の意向に反して帳簿等の提示を拒否したことについては、控訴人代表者の陳述書（甲２３の１～６、甲１３０）を含め、これを認めるに足りる的確な証拠はない。
したがって、控訴人の上記主張はいずれも採用することができない。
エ 控訴人は、本件調査担当者は、控訴人に対して帳簿等の提示を求める際、控訴人が仕入税額控除を否認されることを知らないでいることを認識しながら、仕入税額控除否認の仕組みの説明教示をしなかったが、このことは、他の全ての事案において同仕組みの説明教示がされていることに照らし、憲法１４条の規定する法の下の平等に反するものであり、また、これをせず、仕入税額控除否認回避を図る機会を与えないことは憲法３１条の規定する適正手続保障にも反するものであるから、本件調査における帳簿等の提示の求めは違法であり、不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるといえるとして、前記第２の５（２）ア（エ）のとおり主張する。
しかし、税務職員が通則法７４条の２第１項３号に基づく消費税に関する調査に係る質問検査権を行使するに当たり、仕入税額控除否認の仕組みを教示すべきことを定める法令の規定はなく、その教示を欠く帳簿等の提示の求めが違法となる根拠はない。そして、本件調査においては、①控訴人は、東京局担当者が調査を開始した平成２６年２月４日から、税務に関する専門家である乙税理士を税務代理人に選任するとともに、東京局担当者の調査については丙弁護士らを、高松局担当者の調査については戊弁護士及びＢ弁護士を、それぞれ本件調査における質問検査権の行使に関する一切の件につき税理士法２条１項１号の規定する税務代理人として選任し、これに関与させていたこと、②前記ア（ア）で説示した解釈、すなわち、税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たるとする解釈は、平成１６年の本件各最高裁判決により既に明らかにされていたこと、③そして、高松局担当者は、控訴人が本件調査に応じない状態が続く場合には消費税の仕入税額控除を否認せざるを得ない可能性がある旨記載した本件連絡票６ないし８を控訴人事務センター及び乙事務所宛てに（本件連絡票６ないし８については、丁弁護士らの税務代理権限証書が提出されていなかったため本件法律事務所２宛てに送付されていない。）、同様に否認の可能性がある旨記載した本件連絡票９を控訴人事務センター、乙事務所及び本件法律事務所２宛てにそれぞれ送付し（ただし、乙事務所宛てに送付した本件連絡票７ないし９は、いずれも保管期間の経過を理由に高松国税局へ返却された。）、さらに、戊弁護士に対しては、電話で、控訴人が帳簿等を一切提示しないため、消費税の仕入税額控除の否認の問題が生じる旨告げていたことが認められるのであり、これらの事実を踏まえたとき、仮に他の事案において仕入税額控除否認の仕組みについての説明教示がされていたとしても、本件調査において上記連絡票等による指摘ないし説明以上の教示説明がされなかったことが憲法１４条の定める法の下の平等に反するものとはいえないし、憲法３１条の定める適正手続保障に反するものともいえないことは明らかである。
控訴人は、本件は特殊な事案であり、税理士等、税の専門家であっても仕入税額控除否認の仕組みを知らないことはあり得て、現に乙税理士及びその他の税務代理人がこれを知らなかったことは同人らのとった対応に照らせば明らかである旨、また、本件連絡票６ないし９の仕入税額控除の否認に関する記載は極めて不十分なものであった旨主張する。
しかし、本件連絡票６ないし９における上記記載は、仕入税額控除否認の仕組みを説明するものではなくても、仕入税額控除が否認される場合があることを指摘するものとしては十分なものであるし、税の専門家である税理士であり、顧問税理士として控訴人の税務申告に関与し、控訴人の主張によっても、控訴人に係る消費税額が各期１０億円前後、仕入税額控除額が各期９億円前後であることを認識し、本件調査においては、終始強気の姿勢を崩すことなく、通則法の規定を挙げるなどして調査の違法性を主張したり、高松国税局の併任命令を受けた東京国税局の本件調査の担当者（併任担当者）が本件調査のため控訴人事務センターへ臨場した際には、併任の法的根拠を尋ねたりしていた乙税理士が、帳簿等の提出を拒み続ければ、どのような事態が予想されるかを検討しなかったとはおよそ考えにくく、また、調査の進展が図られない場合は、税法上、青色申告の承認の取消処分の対象となり、消費税の仕入税額控除も否認せざるを得ない可能性もある旨記載された本件連絡票６の送付を受けるなどした際、仕入税額控除否認の仕組みと否認される可能性のある仕入税額控除額とを確認しないということは通常では考えられないことであり、少なくとも乙税理士については、仕入税額控除否認の仕組みを知り、また、否認された場合の更正金額を認識すべき立場にあったことは明らかである。また、控訴人は、たとえ、申告納税方式の下においては、事業者が帳簿等の検査に応じることが義務であったとしても、本件調査においては、国税局は、そもそも、控訴人に税務調査を受けさせようとする真摯な意思がなく、制裁目的で、帳簿等の不提示の事実を作出するために、形だけの提示要請を繰り返し、仕入税額控除否認の仕組みを説明教示しなかったのであるから、控訴人の帳簿等の不提示には提示の求めに対し「応じ難いとする理由」があるといえる旨主張し、前記第２の５（２）ア（エ）のとおり、国税局側に真に控訴人に調査を受けさせようとする真摯な意思がなかったといえる理由につき主張する。
しかし、税務職員が通則法７４条の２第１項３号に基づく消費税に関する調査に係る質問検査権を行使するに当たり、仕入税額控除否認の仕組みを教示すべきことを定める法令の規定はなく、その教示を欠く帳簿等の提示の求めが違法となる根拠がないことは、前記説示のとおりであり、本件調査が平成２６年２月４日に開始されてから本件通知書６（平成２７年５月１４日付け）の送付を受けるまでの約１年３か月という長期間にわたり、本件調査担当者が控訴人事務センターへの臨場や、控訴人代表者等との面談の機会を得るために働きかけをし、継続的に本件調査への協力と帳簿類の提示を求めてきたことは、前記１の引用に係る原判決別紙３「本件調査の経過」摘示のとおりであって、これをもって制裁目的の、実効性の伴わない形式的な提示要求の繰り返しとみることはできない。
したがって、控訴人の上記主張はいずれも採用することができない。
オ 控訴人は、平成２７年５月１４日、国税局に対し、本件通知書６により、調査に応じる旨申し出ていたから、当時、国税局の独自調査が終了し、調査結果の説明を残すだけといえる状況があったとしても、時期的に遅すぎるということはなく、国税局において控訴人の調査に応じる旨の申出を拒むことは許されない、本件調査は、国税局が控訴人の仕入税額控除を否認して多額の課税をするという制裁目的でのものであり、帳簿等提示の要請も、調査拒否の実績を作出するために、アリバイ作り的に、実効性なく、形式的に繰り返されていたにすぎないのであり、国税局に真に控訴人に調査を受けさせようとする真摯な意思がなかったことこそ問題であって、そもそもの原因は国税局側にあり、したがって、本件通知書６による通知を調査申入れの拒否と解して調査を終了させたことは時期尚早であって許されず、控訴人の帳簿の不提示をもって法３０条７項所定の「保存しない場合」に当たるとされる「不提示」とみるべきではない旨、前記第２の５（２）ア（オ）のとおり主張する。
しかし、本件調査が平成２６年２月４日に開始されてから本件通知書６（平成２７年５月１４日付け）の送付を受けるまでの約１年３か月という長期間にわたり、本件調査担当者が控訴人事務センターへの臨場や、控訴人代表者等との面談の機会を得るために働きかけをし、継続的に本件調査への協力と帳簿類の提示を求めてきたが、控訴人がこれへの対応を拒み続けてきたことは前記エのとおりである。そして、本件調査担当者は、平成２７年３月９日に送付した本件連絡票４において、今後も調査の進展が図られなければ独自に調査を進める旨を告知し、その後、独自調査を進めていることを同年４月１６日に控訴人の税務代理人である戊弁護士に伝え、さらに、本件連絡票９を送付した後の同年５月１１日には、同弁護士に対し、同月１５日までに本件調査に協力する時間を１時間でも取れないなら独自調査の結果を説明することになる旨を伝えているのであるから、戊弁護士及びＢ弁護士が本件通知書６を作成した同月１４日の時点では、本件調査担当者による独自調査は終了し、調査結果の説明を残すのみとなっていたものであり、控訴人においてもこれを了知していたものということができる。しかも、本件通知書６の記載内容は、信頼関係が十分ではない高松国税局の調査には対応できないが今治税務署が行う調査であればこれに応じる準備があるなどというものであって、高松国税局が控訴人の当時の本店所在地を管轄する正当な権限をもって本件調査を実施していたことに照らせば、本件通知書６が本件調査に対応しようとする控訴人の真摯な意思を表明するものとは到底認め難いものであったといえる。以上は、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の１（３）エ（原判決２０頁２６行目から２１頁２２行目まで）説示のとおりである。
したがって、本件通知書６による調査受入れの申出が時期的に遅すぎるものとはいえず、国税局において控訴人の調査に応じる旨の申出を拒むことは許されないとの控訴人の上記主張は採用することができない。
なお、上記税務代理人らの対応が控訴人代表者の意向を反映しない、独断によるものであったことや、乙税理士及び各税務代理人が控訴人の意向に反して帳簿等の提示を拒否したことについては、控訴人代表者の陳述書（甲２３の１～６、甲１３０）を含め、これを認めるに足りる的確な証拠がないことは前記ウのとおりである。
また、控訴人は、上記のとおり、本件調査は、国税局が控訴人の仕入税額控除を否認して多額の課税をするという制裁目的でのものであり、帳簿等提示の要請も、調査拒否の実績を作出するために、アリバイ作り的に、実効性なく、形式的に繰り返されたにすぎないのであり、国税局に真に控訴人に調査を受けさせようとする真摯な意思がなかったことこそ問題であって、そもそもの原因は国税局側にあり、したがって、本件通知書６による通知を調査申入れの拒否と解して調査を終了させたことは時期尚早であって許されないとも主張するが、本件調査担当者による本件調査への協力要請や帳簿類の提示の求めをもって、制裁目的の、実効性の伴わない形式的な提示要求の繰り返しとみることができないことは前記エのとおりであり、控訴人の上記主張は採用することができない。
（２）本件各更正処分に理由提示違反の違法があるとの主張について
控訴人は、行政手続法１４条１項本文が規定する不利益処分における理由の提示は、課税庁の恣意を抑制し、納税者に対し不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものであるから、納税者が理解し得るように、十分適切に行われるべきであるところ、本件各更正処分の理由の提示は、不適切かつ不十分な記載しかされていない本件各処分通知書によりされているから、違法であり、実体法上本件各更正処分の適法性が肯定されると否とにかかわらず、同各処分自体が違法となり、その取消事由となるとし、前記第２の５（２）イ（ア）のとおり最高裁平成２３年判決が理由として適示すべきとする事由ごとに本件各処分通知書中の理由の記載の不備不足を指摘し、また、同（イ）ないし（エ）のとおり、本件各処分通知書記載の更正の理由に帳簿等の提示の求めの適法性やその求めに対し「応じ難いとする理由」の記載がされておらず、また、宥恕規定である「災害その他やむを得ない事情」が法３０条７項所定の「保存しない場合」の要件として挙げたり、乙税理士の発言につき誤った事実を記載したりする違法がある旨主張する。
しかし、これらの点についての認定判断は、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の２（原判決２２頁１行目から２６頁２０行目まで）に説示のとおりであり、控訴人の上記主張を踏まえても、同認定判断は左右されるものではない。
したがって、控訴人の上記各主張は、いずれも採用することができない。
（３）本件各更正処分の適法性に関するその他の主張について
ア 控訴人は、通則法７４条の１１第２項は、更正処分前に納税義務者に対し更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む調査結果の内容を説明すべき義務を定めたものであり、これは憲法３１条の定める適正手続保障を具体化するものであって、行政手続法１３条（弁明機会の付与）と同法１４条（理由提示）の特則を定めるものであるから、この手続を省略することや、納税義務者がこれを受ける機会を放棄したとみなすことはできないから、本件調査担当者が、本件調査を終了するに当たり、通則法７４条の１１第２項所定の調査結果の説明を行わずにされた本件各更正処分は違法であり、取り消されるべきであるとして、前記第２の５（２）ウ（ア）のとおり主張する。
しかし、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の３（１）（ただし、原判決２６頁２５行目から２７頁１９行目まで）が説示するように、本件調査担当者は、平成２７年５月１９日から同年６月５日までの間、控訴人の税務代理人である戊弁護士及びＢ弁護士に対し、調査結果の説明についての日程調整を依頼するとともに、控訴人代表者自身が調査結果の説明を受けるか否かの確認を依頼していたにもかかわらず、同弁護士らは同年５月２８日から控訴人代表者と連絡をとることができなくなり、ようやく連絡がついた同年６月５日には、控訴人は、今後訴訟になることを想定して本店所在地を移転することとし、その登記手続が済むまでは調査結果の説明を控訴人代表者が直接受けるかについても決められない状況であるとして、上記の日程調整等の依頼に応じなかったものであり、以上が、本件調査担当者による調査が終了し、本件連絡票６ないし９等で予告されたとおり仕入税額控除の否認を理由とする更正処分等を受けることが予測されるという状況の中で行われたものであり、平成２６年１０月１日付けで愛媛県今治市に移転したばかりの本店所在地を再び移転することとしたものであることも考慮すると、控訴人は、本件調査担当者による調査結果の説明を忌避する目的で、あえて本件調査担当者による調査結果の説明に関する日程調整等の依頼に応じなかったものと推認され、このような経緯に照らすと、控訴人は、通則法７４条の１１第２項に定める調査結果の説明を受ける機会を自ら放棄したと認められるから、本件調査担当者が調査結果の説明を行わなかったことは本件各更正処分の違法事由とならないというべきである。この点につき、戊弁護士は、平成２７年６月５日の電話での会話において、高松局担当者に対し、調査結果を聞く意思がないということはなく、このことは記録に残しておいてほしい旨、また、調査結果の説明を聞かないとは一言も言っておらず、その機会を設けてもらいたい旨述べたことが認められるが、上記経過等を踏まえれば、同事実は上記認定判断を左右するものとはいえない。
控訴人は、通則法７４条の１１第２項は、憲法３１条の定める適正手続保障を具体化するものであって、行政手続法１３条（弁明機会の付与）と同法１４条（理由提示）の特則を定めるものであるから、同条項の定める手続を省略することや、納税義務者がこれを受ける機会を放棄したとみなすことはできない旨主張するが、通則法７４条の１１第２項の定める調査結果の説明が主に納税者の利益のためのものであることからすれば、合理的な理由がある場合にまで例外を認めない絶対的な義務を定めたものということはできず（同項の規定ぶりも「説明するものとする。」という表現を用いている。）、納税者がこの利益を得る機会を自ら放棄しているといえる場合や、納税者側の行為等を原因として調査結果の説明という手続の速やかな履行が妨げられるような場合にまで、課税庁にその履行を義務付けたものと解することはできないから、控訴人の上記主張は採用することができない。
イ また、控訴人は、本件各更正処分は、行政指導による任意調査として日程調整要請をしながら、具体的な警告や帳簿提出命令（質問検査権行使）をせずに、不意打ちにより、約４０億円の更正処分をしたものであるから、行政手続法３２条２項に規定する「行政指導の不当連結の禁止」及び憲法３１条に定める適正手続保障に違反するとして、前記第２の５（２）ウ（イ）のとおり主張する。
しかし、前記１の引用に係る原判決別紙３「本件調査の経過」摘示のとおり、本件調査担当者は、本件調査の実施に当たって、その根拠法が通則法７４条の２であることを釈明し、平成２６年６月１２日付けで発送した本件連絡票１においては、①本件調査のため、同月２０日午前１０時に、控訴人事務センターへ臨場する旨、②当日には、本件各課税期間の法人税及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類（総勘定元帳、売上・費用・固定資産を管理する帳票類及びそれに類する物）を提示し、税務調査に応じられたい旨、そして、通則法７４条の２に規定されている質問検査権に対し、不答弁若しくは虚偽の答弁、検査の拒否・妨害若しくは忌避をした場合、又は、物件の提示又は提出依頼に対し、正当な理由なく、これに応じない場合は、同法１２７条に規定されている罰則が適用されることになる旨記載されていたのであるから、本件調査における帳簿等の提示要請が単なる行政指導による任意調査としてされたものではなく、質問検査権の行使としてされたものであることは明らかであり、また、同通知書による通知は同法７４条の９所定の通知とみることができる。
したがって、行政指導による任意調査しかされていないことを前提として本件各更正処分が行政手続法３２条２項及び憲法３１条に違反する旨主張する控訴人の上記主張は理由がなく、採用することができない。
（４）過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるとの主張について
控訴人は、本件調査担当者は、控訴人や税務代理人らが仕入税額控除否認の仕組みを知らずに帳簿等の提示の求めに応じないことを認識していたのであるから、法令を周知徹底させ、一律かつ公平な課税の実現を図るために当該仕組みについて説明教示をすべきであり、また、行おうと思えば簡単にこれをすることができ、しかも、行ったとしても国庫に損失が生じるわけでもないにもかかわらず、実務慣行、通例の処理手順（処理基準）、事務運営指針に反して、制裁目的で、当該説明教示を行なわず、課税の公平を損なうような処理をしたのであり、このような場合は、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に準じて、通則法６５条４項の「正当な理由」があるというべきであるとして、前記第２の５（２）エのとおり主張する。
しかし、本件につき、過少申告がされたということについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるとはいえず、本件各賦課処分は適法であるといえることは、前記１の引用に係る原判決「事実及び理由」欄の第３の４（１）及び（２）（原判決２８頁１８行目から２９頁１６行目まで）に記載のとおりである。
控訴人は、上記主張をするが、本件調査担当者が控訴人及び税務代理人に対し税務調査に応じず、帳簿等を提示しない場合には仕入税額控除の否認があり得ることを告知していたことや、少なくとも控訴人の税務顧問であり、本件調査における税務代理人であった乙税理士については、仕入税額控除否認の仕組みを知り、また、否認された場合の更正金額を認識すべき立場にあったこと、そして、本件調査への協力要請や帳簿類の提示の求めが、制裁目的での形式的なものにすぎないものであったとはいえないことは、前記（１）エの説示のとおりであり、控訴人の上記主張は理由がなく、採用することはできない。
第４ 結論
よって、控訴人の請求をいずれも棄却した原判決は相当であり、本件控訴は理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第９民事部
裁判長裁判官 小川秀樹
裁判官 廣田泰士
裁判官 和波宏典
（別紙）
代理人目録
齋藤章隆、山元智晶、猪股翔太、大鳥博之、木村快、海老澤祐維、上田貴大
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13441.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。