税務訴訟資料第２６９号－１２０（順号１３３４３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（今治税務署長事務承継者千葉南税務署長）
令和元年１１月２１日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士江川功
同中嶋三雄
同山下清兵衛
同山下功一郎
同田代浩誠
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁今治税務署長事務承継者
千葉南税務署長
小山成一
指定代理人別紙１代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 今治税務署長が原告に対し平成２７年６月８日付けでした平成２３年７月１日から平成２４年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額６７７２万２８００円を超える部分、納付すべき地方消費税額１６９３万０７００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
２ 今治税務署長が原告に対し平成２７年６月８日付けでした平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額７９９８万９７００円を超える部分、納付すべき地方消費税額１９９９万７４００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３ 今治税務署長が原告に対し平成２７年６月８日付けでした平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額９５７８万６０００円を超える部分、納付すべき地方消費税額２４９７万１０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２６年２月４日以降に東京国税局又は高松国税局の職員から受けた調査（以下「本件調査」という。）において、消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下、特段の断りのない限り、同改正前の消費税法を「法」という。）３０条７項に規定する当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除（以下「仕入税額控除」という。）に係る帳簿及び請求書等（以下「帳簿等」ということがある。）を提示しなかったことにより、同項にいう「帳簿等を保存しない場合」に当たることを理由に、今治税務署長（処分行政庁）から、平成２７年６月８日付けで、当該課税期間に係る仕入税額控除は認められないとして、消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため、これらの処分（ただし、更正処分については請求の趣旨に各記載の税額を超える部分）の各取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法、消費税法施行令（平成３１年政令第９９号による改正前のもの。以下同じ）及び国税通則法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下「通則法」という。）の定めは、別紙２に記載のとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告は、遊技場の経営等を目的とする株式会社であるところ、平成２３年７月１日から平成２４年６月３０日までの課税期間、平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税期間及び平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの課税期間（以下、それぞれ「平成２４年６月期」、「平成２５年６月期」及び「平成２６年６月期」といい、これらを併せて「本件各課税期間」という。）の消費税等について、別表１－１～３の各「確定申告」欄記載の年月日に確定申告をした。
（２）原告は、平成２６年２月４日から平成２７年６月１日までの間、東京国税局又は高松国税局の職員から本件調査を受け、帳簿等の提出を求められたが、この間、本件調査への対応を拒み、帳簿等を提出しなかった。
本件調査の経過は、別紙３記載のとおりである（同別紙において定義した略語は、本文においても用いる。）。
（３）本件訴訟に至る経緯等
ア 今治税務署長（事務承継前の処分行政庁）は、原告に対し、平成２７年６月８日付けで、本件各課税期間の消費税等について更正処分（以下、それぞれの課税期間ごとに、「平成２４年６月期更正処分」、「平成２５年６月期更正処分」及び「平成２６年６月期更正処分」といい、これらを併せて「本件各更正処分」という。）及びこれらに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課処分」といい、本件各更正処分と合わせて「本件各処分」という。）をした。
本件各更正処分は、原告が本件調査において帳簿等の提示の求めに応じなかったことにより、法３０条７項の「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」（以下「保存しない場合」ということがある。）に該当するため、同条１項の規定による仕入税額控除は認められないことを理由とするものであり、本件各処分に係る「消費税及び地方消費税の更正通知書並びに加算税賦課決定通知書」（以下「本件各処分通知書」という。）の更正の理由欄には、別紙４のような記載があった（なお、別紙４は平成２４年６月期更正処分に係るものであるが、控除できない税額を記載した部分を除き、平成２５年６月期更正処分及び平成２６年６月期更正処分についても同様の記載がされている〔甲１の１～３〕。）。
イ 原告は、本件各処分を不服として、平成２７年８月６日、異議申立てをした（乙９０）が、高松国税局長は、同年１０月２日付けで、原告の異議申立てを棄却する旨の異議決定をした（甲３）。
ウ 原告は、平成２７年１１月４日、審査請求をした（乙９１）が、国税不服審判所長は、平成２８年１０月２１日付けで、原告の審査請求を棄却する旨の裁決をし（甲４）、同裁決は原告に対し同年１１月２日に送達された。
エ 原告は、平成２９年４月２６日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各処分の適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠に関する被告の主張は別紙５記載のとおりであるところ、後記４記載の争点に関する部分を除き、原告はこれを争わない。
４ 本件の争点及び当事者の主張の要旨
本件の争点は、（１）本件が法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たるか（争点（１））、（２）本件各更正処分に理由提示違反その他の違法があるか（争点（２））、（３）過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるか（争点（３））であり、これらに関する当事者の主張の要旨は別紙６記載のとおりである（同別紙において定義した略語は、本文においても用いる。）。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、本件の事実関係に照らし、（１）原告は、帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとはいえず、法３０条７項の「保存しない場合」に該当するため、仕入税額控除を定めた同条１項の適用を受けることができないこと、（２）本件各更正処分に理由提示違反その他の違法があるとはいえないことから、本件各更正処分は適法であり、また、（３）過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるとはいえないことから、本件各賦課処分も適法であり、したがって、原告の請求はいずれも理由がなく、棄却すべきであると判断する。その理由の詳細は、以下のとおりである。
１ 争点（１）（本件が法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たるか）について（１）消費税の納付すべき税額は、納税義務者である事業者が課税期間ごとにする「課税資産の譲渡等についての確定申告」により確定することが原則とされており（法４５条１項、通則法１６条１項１号）、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長等の調査したところと異なる場合に限り、税務署長等の処分により確定する（通則法１６条１項１号、２４条及び２５条）。
このような申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで、事業者は、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付けられており（法５８条）、国税庁、国税局又は税務署の職員（以下「税務職員」という。）は、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとされ（通則法７４条の２第１項３号）、税務職員の検査を拒み、妨げ、又は忌避した者に対しては罰則が定められていて（通則法１２７条）、税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようにされている。
法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けているのは、その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしていることが明らかである。そして、事業者が国内において課税仕入れを行った場合には、課税仕入れに関する事項も法５８条により帳簿に記録することが義務付けられているから、税務職員は、上記の帳簿を検査して上記事項が記録されているかどうかなどを調査することができる。
法３０条７項は、法５８条の場合と同様に、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿又は請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合又は同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそのいずれかを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。同条１０項の委任を受けて同条７項に規定する帳簿又は請求書等の保存に関する事項を定める消費税法施行令５０条１項は、法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者が、同条７項に規定する帳簿又は請求書等を整理し、所定の日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならないことを定めているが、これは、国税の更正、決定等の期間制限を定める通則法７０条が、その４項において、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正、決定等をすることができると定めているところと符合する。
法３０条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿又は請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿又は請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。
以上によれば、事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２第１項３号に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については適用されないものというべきである（本件各最高裁判決〔別紙６の１（２）〕参照）。
（２）以上を踏まえ、本件において原告が帳簿等の提示の求めに応じなかったことが、法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たるか否かについて検討する。
ア 別紙３記載の事実によれば、本件調査の経過の概要は、次のとおりである。
（ア）平成２６年２月４日午前９時、東京局担当者が、通則法７４条の９第１項に定める事前通知をすることなく、本件調査のため原告事務センターに臨場したところ、原告の税務代理人である乙税理士は、事前通知をせずに調査を実施する理由を尋ね、その回答が得られないと見るや、事前通知をしない理由が説明できない調査は違法であるなどと述べ、調査に応じなかった。そして、同日午後の電話で、乙税理士は、東京局担当者に対し、本件調査の手続が違法であることについて文書を送付するので、東京国税局長名の文書により回答されたい旨を述べた。（別紙３の１（１））
（イ）平成２６年３月１７日、原告の代理人であるとする本件法律事務所１の丙弁護士ら（同弁護士らの税務代理権限証書は同年４月１６日に提出された。）が、本件通知書１を送付した。本件通知書１には、本件調査に当たって事前通知をしなかったことが通則法７４条の１０に該当し適法であるとする具体的な根拠（以下「通則法７４条の１０該当の根拠」という。）について、文書により回答を求める旨が記載されていた（別紙３の１（４））。
そして、同年４月９日に行われた東京局担当者と丙弁護士ら及び乙税理士との面談においても、同税理士は、通則法７４条の１０該当の根拠等を文書で回答するよう求める一方、原告代表者が東京局担当者と直接会うことについては拒否した（別紙３の１（６））。
その後、東京局担当者と丙弁護士との間で数回にわたり電話による交渉が続けられたが、原告代表者及び乙税理士は、同弁護士による説得に応じず、本件通知書１に対する文書での回答がされない限り東京局担当者との面談にも応じることができないとした（別紙３の１（８）～（１２））。
（ウ）平成２６年６月１２日、東京局担当者は、①本件調査のため同月２０日午前１０時に原告事務センターへ臨場する旨、②当日には、本件各課税期間の法人税及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類を提示し、調査に応じられたい旨が記載された本件連絡票１を送付した（別紙３の１（１３））。
これに対し、乙税理士は、同月１３日の電話で、東京局担当者が当初は事前通知をせずに調査を行おうとしたにもかかわらず、なぜ今になって本件連絡票１を送付したのかを文書で回答するよう求め、かかる回答がない限り調査に応じないなどと述べた上、担当者の変更を要求した。さらに、同月３０日、ほぼ同趣旨の内容が記載された丙弁護士作成の本件連絡文書が送付された。（別紙３の１（１４）、（１７）ア）
（エ）平成２６年７月、東京局担当者が人事異動により交替し、新しい調査担当者と丙弁護士との間で電話による交渉が続けられたが、原告代表者及び乙税理士の、本件通知書１に対する東京国税局長名の文書回答がない限り面談に応じられないとの態度は、依然として変わらず、同弁護士だけで東京局担当者と会うことも同税理士から固く禁じられていた（別紙３の１（１９）、（２０））。
東京局担当者は、同年８月２９日の電話で、丙弁護士に対し、事前通知を行わない理由を説明する義務はなく、文書又は口頭での回答をする予定はないことを説明した上、同年９月１９日を調査に応ずるための調整の回答期限として検討を求めた。しかし、同期限を経過しても原告代表者及び乙税理士の態度に変化は見られなかったため、同年１０月２日に原告事務センターへ臨場することとした。（別紙３の１（２１）、（２２））
これに対し、乙税理士は、同年９月２９日の電話で、上記の日程では対応できない、現在の調査担当者は本件調査に当初から関与していないから状況を分かっておらず、窓口として不適当であるなどと述べた。上記の日程は丙弁護士の都合も悪かったため、調査日は同月１０日に変更することとされた。（別紙３の１（２３）、（２４））
（オ）平成２６年１０月、原告の本店所在地は千葉県茂原市から愛媛県今治市に移転し、税務署への異動届出書（ただし、連絡先については千葉県市原市の原告事務センターと記載）が提出されたことから、高松国税局において本件調査を行うこととなった（別紙３の１（２５）、（２６）、２（１））。
乙税理士は、高松局担当者に対し、同年１１月２７日の電話で、本件通知書１に対する回答がない限り調査を受けない旨を述べ、同年１２月１５日の電話でも、同趣旨の発言をするとともに、今治税務署でなく高松国税局が調査を行うことについて異論を述べた（別紙３の２（１）、（２））。
（カ）平成２７年２月６日、高松局担当者は、同月１８日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票２を送付した（別紙３の２（３））。
これに対し、乙税理士は、同月１０日の電話で、本件通知書１に対する文書による回答がされるまでは話は進まない、同税理士の業務予定との関係でも、早くとも同年７月１日までは無理であるなどと述べ、また、同年２月１６日の電話でも、原告代表者が怒っており、東京国税局長がお詫びをするか、通則法７４条の１０該当の根拠についての東京国税局長名の文書による回答がない限り調査に応じる状況にない、高松局担当者と話す気はないから東京局担当者を連れてきてほしいなどと述べた（別紙３の２（４）、（５））。
高松局担当者は、本件連絡票２に予告したとおり、同月１８日午前１０時に原告事務センターへ臨場したが、乙税理士は、電話で、不法侵入であるから直ちに退去されたいなどと述べ、調査に応じなかった（別紙３の２（６））。
（キ）平成２７年２月２５日、高松局担当者は、同年３月４日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票３を送付した（別紙３の２（７））。
これに対し、乙税理士は、同月２６日の電話で、同年７月以降でないと対応できない旨を述べ、また、同年３月２日の電話でも、今回原告の敷地内に入ったら、職権乱用、不法侵入等の可能性があるから忠告するなどと述べた（別紙３の２（８）、（９））。
高松局担当者は、本件連絡票３に予告したとおり、同月４日午前１０時に原告事務センターへ臨場したが、同センター入口のドア前に現れた乙税理士は、敷地外に出るよう要請し、調査に応じなかった。その後、高松局担当者は、原告代表者の自宅へ臨場し、同代表者の妻が対応したが、同代表者は不在であった。（別紙３の２（１０））。
（ク）平成２７年３月９日、高松局担当者は、同月１９日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票４を送付した。本件連絡票４には、今後も調査の進展が図られないと思われる場合は、やむを得ず高松局担当者で独自に調査を進める旨が記載されていた。（別紙３の２（１１））。
これに対し、乙税理士から、同月１１日の電話で、上記の日程では対応できない旨の連絡があったほか、原告の代理人であるとする本件法律事務所２の丁弁護士ら（これら３名のうち、戊弁護士及びＢ弁護士についてのみ、同年４月２０日に税務代理権限証書が提出された。）が、同年３月１６日到達の本件通知書２を送付した。本件通知書２には、①同月４日の原告事務センターへの臨場を遺憾とする旨のほか、②高松局担当者が同日、原告代表者の自宅を訪れたことや、対応した同代表者の妻に対する態度、自宅周辺等の探索をしたことに対し、抗議をする旨、③本件連絡票４において連絡を受けた同月１９日の調査は、原告代表者が海外出張中のため対応できない旨などが記載されていた。（別紙３の２（１２）、（１３）、（２６））
これを受けて、高松局担当者は、本件調査の実施日を同年４月１日に変更することとし、同日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票５を送付した。そして、同日、高松国税局の併任命令を受けた東京国税局の本件調査の担当者（併任担当者）が原告事務センターへ臨場したところ、その直後に到着した乙税理士が住居等侵入を主張して警察への同行を要求し、調査に応じなかった。（別紙３の２（１４）、（１７））
（ケ）平成２７年４月２日、高松局担当者は、同月８日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票６を送付した。本件連絡票６には、今後も調査の進展が図られない場合は、税法上、青色申告の承認の取消処分の対象となり、また、消費税の仕入税額控除を否認せざるを得ない可能性もある旨が記載されていた。（別紙３の２（１８））
これに対し、丁弁護士らは、同月６日到達の本件通知書３を送付した。本件通知書３には、上記の日程では調査の対応ができない旨や、高松局担当者が同日に原告事務センター又は原告代表者の自宅に立ち入ることがあれば、所轄警察へ通報せざるを得ない旨が記載されていた（別紙３の２（１９））。
併任担当者は、本件連絡票６に予告したとおり、同月８日午前１０時に原告事務センターへ臨場したが、応対した乙税理士は、代理人から事前に通知しているとおりであり本日は帰られたい旨及び市原警察署の生活安全課へ任意で赴かれたい旨を述べ、調査に応じなかった（別紙３の２（２０））。
（コ）平成２７年４月１０日、高松局担当者は、同月１５日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票７を送付した。本件連絡票７には、今後も帳簿書類の提示がなければ、法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿の備付け等が法令の規定に従って行われていないものとして、青色申告の承認の取消処分の対象となる場合があり、また、消費税の仕入税額控除を否認せざるを得ない場合もある旨が記載されていた。（別紙３の２（２１））
これに対し、乙税理士は、同月１３日の電話で、東京国税局の職員が高松国税局の職員として税務調査をできる理由を文書で回答されたい、現在の担当者には調査をさせない、当初担当していた主査を高松国税局の職員として連れて来られたいなどと述べた。また、Ｂ弁護士は、同日の電話で、上記の日程では原告側の都合がつかないと述べたが、その理由の詳細については聴いていないとした。さらに、丁弁護士らは、同月１４日到達の本件通知書４（本件通知書３と同趣旨のもの。）を送付した。（別紙３の２（２２）、（２３））
併任担当者は、本件連絡票７に予告したとおり、同月１５日午前１０時に原告事務センターへ臨場したが、応対した原告の従業員は、弁護士から文書で通知したとおり本日は対応できない旨を述べ、調査に応じなかった（別紙３の２（２４））。
（サ）平成２７年４月１６日、高松局担当者は、同月２２日午前１０時に本件調査のため原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票８を送付した。本件連絡票８には、消費税の仕入税額控除の否認等について本件連絡票７と同趣旨の内容が記載されていた。（別紙３の２（２５））
高松局担当者は、本件連絡票８に予告したとおり、同月２２日午前１０時に原告事務センターへ臨場したが、受付の内線電話で応対した男性は、尋ねられても身分を名乗らず、本日は対応しかねる旨を述べ、敷地内からの退去を要求し、調査に応じなかった（別紙３の２（２８）ア）。
高松局担当者は、同日の電話で、Ｂ弁護士に対し、短時間でも調査に対応できる日はないか、また、原告代表者が不在でも帳簿書類を確認することはできないかの確認を依頼し、また、戊弁護士に対し、独自で調査を進めていること、原告が帳簿書類の提示に一切応じていないため、消費税の仕入税額控除の否認の問題があることを説明した（別紙３の２（２８）イ、ウ）。
戊弁護士及びＢ弁護士は、同月２７日到達の本件通知書５を送付した。本件通知書５には、同月２２日に高松局担当者が原告代表者の自宅を訪問したことなどに対する抗議と、訪問した担当者の氏名等を文書で回答されたい旨が記載されていた。この点については、後日、高松局担当者が、上記各弁護士に対し、同月２２日に原告代表者の自宅を訪問した事実はない旨説明した。（別紙３の２（２９）、（３１）ア、（３４））
（シ）平成２７年４月２８日、高松局担当者は、本件調査のため原告事務センターへ臨場したいことから、同年５月１１日から同月１５日までの間で都合の良い日を連絡されたい旨の本件連絡票９を送付した。本件連絡票９には、消費税の仕入税額控除の否認等について本件連絡票７及び８と同趣旨の内容が記載されていた。（別紙３の２（３０））
これに対し、戊弁護士は、同月１１日の電話で、東京局担当者が当初に行った調査についての文書による回答がない限り、協力できない旨を回答した。高松局担当者は、上記の依頼に係る同月１５日までに本件調査に協力する時間を１時間でも取れないということであれば、高松局担当者が独自に行った調査の結果を説明しなければならないため、日程調整について近日中に連絡する旨を伝えた。（別紙３の２（３１））
戊弁護士及びＢ弁護士は、同月１８日到達の本件通知書６を送付した。本件通知書６には、原告は信頼関係が十分ではない高松国税局の調査には対応できないが、原告の本店所在地管轄の今治税務署が行う調査であれば、これに応じる準備があるなどと記載されていた（別紙３の２（３３））。
高松局担当者は、同月１９日の電話で、Ｂ弁護士に対し、高松局担当者による調査が終了したので、その調査結果の説明を受けるかどうかについて原告の意思確認をするよう依頼し、また、同月２５日の電話で、戊弁護士に対しても、同趣旨の依頼をした（別紙３の２（３４）、（３６））。
（ス）その後も、高松局担当者と戊弁護士及びＢ弁護士との間で電話連絡が続けられたが、同弁護士らは、平成２７年５月２８日、原告代表者が親族に不幸があり今治に帰っているとの理由で同代表者と連絡が取れなくなり、同年６月１日の時点でも、まだ連絡が取れない状態であった（別紙３の２（３７）、（３８））。
戊弁護士は、同月５日の電話で、高松局担当者に対し、原告は今後訴訟になることを想定し、同月１日付けで本店を移転することになり、その登記手続が済むまでは、調査結果の説明を原告代表者が直接受けるかについても決められない状況である旨を述べた。高松局担当者は、同弁護士に対し、同年５月２５日に調査結果の説明をしたい旨連絡して以降、相当期間留保していたが、一向に連絡がない状況であり、これまでの調査対応等の経緯を踏まえると、調査結果の説明を聞く意思がないと認定する、したがって、調査終了の際の手続は終了し、今後は法令に基づき処理する旨を伝えた。（別紙３の２（４０））
イ 上記アの各事実によれば、原告は、本件調査担当者（東京局担当者、高松局担当者及び併任担当者）が平成２６年２月４日に本件調査に着手してから平成２７年５月までの約１年４か月もの長期間にわたり、本件調査への対応を拒み続けたものである。その間、本件調査担当者は合計７回にわたり原告事務センターに臨場したが、事前通知なく実施した初回の臨場を除けば、いずれも事前に実施日を予告する連絡票（本件各連絡票）を送付しており、これらの連絡票には、調査の目的が法人税及び消費税等の申告内容の確認であることや、調査の対象となる課税期間や提示すべき帳簿等が明確に示されていた。また、本件調査担当者は、原告代表者が海外出張中であるなど合理的な理由が示された場合は、実施日を変更するなどして対処していたものであり（上記ア（ク））、そのほかの場合は、税務代理人であった乙税理士が数か月先まで業務で多忙であるなどと主張するのみで、当該実施日に対応が困難であるとする具体的な理由を示さず、代替日程の候補も提示しなかったため、予告した日のとおりに臨場を実施したものである。なお、乙税理士は、本件調査担当者の原告事務センターへの臨場時に少なくとも３回は同センターで応対していることに照らせば（上記ア（キ）～（ケ））、同税理士の立会いの下に短時間の調査を実施することは可能であったといえる。
また、本件調査担当者は、乙税理士のほか、丙弁護士（本件法律事務所１）、戊弁護士及びＢ弁護士（本件法律事務所２）との間でも多数回にわたり電話で連絡を取り、調査への協力を促すとともに、原告代表者等との面談の日程調整を求めたが、乙税理士及び丙弁護士らとの面談が平成２６年４月９日に１回実施されたのみで（上記ア（イ））、原告代表者と直接に会うことは１回もできず、同税理士との面談も拒否され続け、上記各弁護士と会うことすら、同税理士の強い意向により実施できなかったものである。
そして、このように原告が本件調査担当者に対する非協力の態度を取り続けた理由は、初回の臨場に当たり事前通知をしなかったことに関する通則法７４条の１０該当の根拠について、東京国税局長名による文書での回答を求めたのに、その応答が得られなかったというものである。しかし、同条は、税務署長等が調査の相手方である納税義務者の申告若しくは過去の調査結果の内容又はその営む事業内容に関する情報その他国税庁等が保有する情報に鑑み、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合に適用されるものであり、上記のような情報の性質上、これを当該納税義務者に開示することは想定されていないというべきである。それにもかかわらず、原告は、本件調査担当者から上記の回答要求に対する応答をする予定はない旨の説明を受けても、本件調査の終了時に至るまで、同様の回答要求を繰り返し行い、その応答を得なければ調査に対応しないとの態度を取り続けたものである。
以上によれば、本件調査担当者による長期間にわたる帳簿等の提示の求めに対し、原告において、これに応じ難いとする合理的理由はなかったにもかかわらず、帳簿等の提示を拒み続けたものと認めるほかない。そうすると、原告が税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたということはできず、本件は法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たるというべきである。
（３）原告の主張に対する検討
ア 原告は、本件調査担当者の原告に対する帳簿等の提示の求めは適法にされたものではない旨を主張する。具体的には、本件調査担当者において、仕入税額控除の否認の仕組みを教示すべき実務慣行等に反して当該仕組みの説明をせず、原告が仕入税額控除の否認により極めて多額の課税処分を受ける旨の認識を欠いていることを知りながら、かかる認識の欠如に対する実効性の伴わない形式的な提示の求めを繰り返したなどと主張するものである。
しかしながら、そもそも、税務職員が通則法７４条の２第１項３号に基づく消費税に関する調査に係る質問検査権を行使するに当たり、仕入税額控除の否認の仕組みを教示すべきことを定める法令の規定はなく、その教示を欠く帳簿等の提示の求めが違法となる根拠はない。また、前記（１）のとおり、申告納税方式の下において、税務職員が行う帳簿書類の検査に対し事業者がこれに応じることは、申告納税を行う納税義務者の当然の義務であって、その検査を拒んだ場合に被ることとなる税務上の不利益を告知されるか否かにかかわらず、事業者は検査に応じるべきこととなるのであり、そうすると、原告の主張する上記のような事情が仮に存するとしても、その事情が、本件調査担当者の帳簿等の提示の求めに対し原告においてこれに応じ難いとする理由になるものとは、直ちに認め難い。
以上に加えて、原告が仕入税額控除の否認により極めて多額の課税処分を受ける旨の認識を欠いていたとの主張に関しても、本件調査については、東京局担当者が調査を開始した平成２６年２月４日から、税の専門家である乙税理士が原告の代理人として関与していたほか、原告から委任を受けた弁護士ら（東京局担当者の調査については丙弁護士ら、高松局担当者の調査については戊弁護士及びＢ弁護士）が関与していたものであり、また、前記（１）で説示した解釈（税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たるとする解釈）は、平成１６年の本件各最高裁判決により既に明らかにされていたのであるから、仕入税額控除の否認について了知することができない状況にあったとは認め難い。そして、本件調査の経過をみても、高松局担当者は、原告が本件調査に応じない状態が続く場合には消費税の仕入税額控除を否認せざるを得ない可能性がある旨を記載した連絡票を合計４度にわたり送付し（本件連絡票６～９、上記（２）ア（ケ）～（シ））、戊弁護士に対しては、電話で、原告が帳簿等を一切提示しないため、消費税の仕入税額控除の否認の問題が生じる旨を告げていたのであるから、原告において実際に仕入税額控除の否認についての認識を欠いていたものとも認め難い。なお、これに反する原告代表者の陳述（甲２３の４、５）は、上記の説示に照らし、採用することができない。
イ 原告は、文理上、帳簿等を「提示しない」ことは「保存しない」ことと全く別の概念であり、累積的な課税を排除するという消費税制度の本質に照らせば、帳簿等を「保存しない場合」という法３０条７項の文言は厳格に解釈すべきであるから、「提示しない」場合を含めて解釈することは租税法律主義に反する旨を主張する。
しかしながら、前記（１）に説示したとおり、法が採用する申告納税制度の趣旨及び仕組み並びに法３０条７項の趣旨に照らし、事業者が税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合が、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たると解するものであって、同項の「保存しない場合」の解釈として事業者が帳簿等を提示しない場合がこれに含まれると解するものではない。そして、前記（２）イに説示したとおり、同アのような本件調査の経過を踏まえると、本件調査担当者による長期間にわたる帳簿等の提示の求めに対し、これに応じ難いとする合理的理由はなかったにもかかわらず、原告は帳簿等の提示を拒み続けたのであるから、原告が税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたということはできないとしたものである。
以上によれば、前記（１）及び（２）イの判断が租税法律主義に反するものでないことは明らかであるから、原告の上記主張は採用することができない。
ウ 原告は、本件各最高裁判決の事案は、仕入税額控除の否認の仕組みについての説明教示が再三にわたって行われており、納税義務者は、提示をしなければ仕入税額控除を否認されることを知りながら帳簿等の提示に応じなかった事案であるのに対し、本件は、仕入税額控除の否認の仕組みについての説明教示が行われなかった事案であるから、本件各最高裁判決とは事案を異にする旨を主張する。
しかしながら、本件調査担当者が原告に対し仕入税額控除の否認の可能性があることについて本件連絡票６～９に記載するなどして説明していたことは上記アで説示したとおりである。また、前記（２）のとおり、本件については、本件調査に係る事実関係に照らし、本件調査担当者による帳簿等の提示の求めに応じ難いとする合理的理由はなかったにもかかわらず、原告が帳簿等の提示を拒み続けたと認められるため、税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたといえないとしたものであって、本件各最高裁判決と事実関係の詳細は異なるとしても、合理的理由なく帳簿等の提示を拒み続けたという点では基本的な事実関係を共通にするものといえる。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
エ 原告は、①事前通知をせずに実施された平成２６年２月４日の調査につき、通則法７４条の１０該当の根拠を回答するよう原告が求めていたにもかかわらず、東京国税局や本件調査担当者はこれを一切無視していたから、原告には調査に応じ難いとする理由があった、②原告が本件通知書６（別紙３の２（３３））を送付し、本件調査を受け入れる旨を申し入れたことに照らせば、原告が帳簿等を提示しなかったと認めることは時期尚早であった旨を主張する。
しかし、上記①については、通則法７４条の１０該当の根拠に関する原告の回答要求に対して東京国税局や本件調査担当者が応答しなかったからといって、原告が本件調査に応じない合理的理由があるとはいえないことは、前記（２）イに説示したとおりである。
また、上記②については、本件通知書６は平成２７年５月１４日付けで作成され、高松国税局に送付されたものである（別紙３の２（３３））ところ、そもそも原告は、前記（２）のとおり、本件調査が平成２６年２月４日に開始されてから本件通知書６を送付するまでの約１年３か月という長期間にわたり、度重なる本件調査担当者の原告事務センターへの臨場や、原告代表者等との面談の機会を得るための働きかけにもかかわらず、本件調査への対応を拒み続けたものである。そして、本件調査担当者は、平成２７年３月９日に送付した本件連絡票４において、今後も調査の進展が図られなければ独自に調査を進める旨を告知し（前記（２）ア（ク））、その後、独自調査を進めていることを同年４月１６日に原告代理人である戊弁護士に伝え（同（サ））、さらに、本件連絡票９を送付後の同年５月１１日には、同弁護士に対し、同月１５日までに本件調査に協力する時間を１時間でも取れないなら独自調査の結果を説明することになる旨を伝えている（同（シ））のであるから、戊弁護士及びＢ弁護士が本件通知書６を作成した同月１４日の時点では、本件調査担当者による独自調査は終了し、調査結果の説明を残すのみとなっていたものであり、原告においてもこれを了知していたものである。しかも、本件連絡票６の記載内容は、信頼関係が十分ではない高松国税局の調査には対応できないが今治税務署が行う調査であればこれに応じる準備があるなどというものであって（前記（２）ア（シ））、高松国税局が原告の当時の本店所在地を管轄する正当な権限をもって本件調査を実施していたことに照らせば、本件連絡票６が本件調査に対応しようとする原告の真摯な意思を表明するものとは到底認め難いものであったといえる。
以上によれば、本件連絡票６の送付をもって原告が帳簿等を提示しなかったとはいえないことの根拠とする原告の上記主張は、採用することができない。
オ 以上のとおり、原告の上記主張は、いずれも採用することができない。
２ 争点（２）（本件各更正処分に理由提示違反の違法があるか）について
（１）行政手続法１４条１項本文が、不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立人に便宜を与える趣旨に出たものと解される。そして、同項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該処分の根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照）。
これを本件についてみるに、前記１（１）のとおり、事業者が、法３０条７項に規定する帳簿等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２第１項３号に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項に定める仕入税額控除の規定は適用されないことになると解されるのであるから、行政手続法１４条１項本文に基づいて本件各更正処分の理由を提示するに当たっては、本件各更正処分が法３０条７項を根拠とするものであることや、同条１項の規定が適用されないことにより原告に課せられる税額等を明らかにすることに加え、本件の事実関係の下において、原告が本件調査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったといえる根拠を明らかにする必要があるというべきである。
そして、本件各処分通知書に記載された更正の理由（別紙４）には、①本件各更正処分の根拠が法３０条７項であるとした上で、②調査担当職員が、平成２６年１１月２７日以降、原告に対し、文書により８回、事務所への臨場により６回、また、乙税理士を通じて文書及び電話により、消費税等の確定申告の基となった帳簿書類の提示を求めたが、同税理士からは調査理由を文書で回答しない限り調査に応じない旨の発言があり、原告から帳簿等は提示されなかった旨、③原告は災害その他やむを得ない事情により帳簿等を保存できなかったことを証明していない旨、④これらは、法３０条７項に規定する「保存しない場合」に該当し、原告の当該課税期間の課税仕入れ等に係る税額を控除することはできない旨が記載されていることが認められる。そうすると、本件各更正処分の根拠となる法条及び課せられる税額に加え、本件の事実関係の下において、原告が本件調査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったといえる根拠が明らかに示されているものといえるから、これらの記載により、処分の名宛人である原告は、不服の申立てをするに当たって処分行政庁がいかなる事実及び根拠法令に基づき本件各更正処分をしたのかを推知することができる。
そうすると、本件各処分通知書における更正の理由の記載は、行政手続法１４条の趣旨に沿うものといえるから、理由の提示に違法があるということはできない。
（２）これに対し、原告は、本件各処分通知書における理由の提示に違法があるとする根拠について次の各主張をするが、以下のとおり、いずれも採用することができない。
ア 原告は、本件各処分通知書には、帳簿等の提示がないために法３０条７項の「保存しない場合」に当たる旨しか記載されていないため、原告が帳簿等を提示しなかったことがなぜ「保存しない場合」に当たるのか、法解釈に関する記載に欠ける旨を主張する。
しかしながら、前記（１）のとおり、行政手続法１４条による理由の提示は、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨から求められるものであるから、理由の提示に当たって「保存しない場合」の意味をどの程度明らかにすべきかについても、本件各更正処分の根拠法令の内容等を踏まえ、こうした趣旨に照らし判断すべきものである。そして、本件各最高裁判決は、前記１（１）のとおり、事業者が税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存しなかった場合も法３０条７項にいう「保存しない場合」に該当する旨を明らかにしたものであり、これらの判決が民事判例集等に登載された判例として広く知られるものであることを踏まえると、原告に対する本件各更正処分の理由の提示に当たって、本件各最高裁判決に示された上記の法令解釈を本件各処分通知書に記載しなくても、行政手続法１４条の上記趣旨を踏まえた理由の提示に欠けるところはないというべきである。
イ 原告は、本件各最高裁判決は、適法な帳簿等の提示の求めに対し応じ難い理由がないのに提示しなかったことが法３０条７項の「保存しない場合」に当たるために必要であると解しているが、本件各処分通知書には帳簿等の提示の求めの適法性やその求めに応じ難い理由の有無に関する記載がない旨を主張する。
しかしながら、本件各最高裁判決は、法３０条７項の「保存しない場合」の解釈について、事業者が税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存しなかった場合も「保存しない場合」に該当する旨を明らかにしたものであり、「適法な帳簿等の提示の求めに対し、応じ難い理由がないのに提示しなかったこと」を同項に該当するための要件であると判断したものではない。
なお、原告の上記主張について、本件各処分通知書に記載された事実関係をもって「税務職員による検査に当たって適時に帳簿等を提示することが可能なように態勢を整えて保存しなかった場合」になぜ当たるのかが、帳簿等の提示の求めの適法性やその求めに応じ難い理由の有無に関する説明を欠くために不明である、との趣旨であると善解するとしても、前記（１）のような本件各処分通知書における記載内容に照らせば、同記載は、調査担当職員による帳簿書類の提示の求めが適法なものであることを当然の前提としており、また、当該事情が調査担当職員の求めに応じ難いとする合理的理由に当たらないことを含意しているものと理解されるから、やはり、行政手続法１４条の趣旨を踏まえた理由の提示に欠けるということはできない。
ウ 原告は、法３０条７項ただし書の「災害その他やむを得ない事情」は仕入税額控除を否認する規定（同項本文）が適用される場合の宥恕規定であるが、本件各処分通知書ではこれを同項本文にいう「保存しない場合」の要件として取扱う誤りを犯している旨を主張する。
しかしながら、本件各処分通知書の記載を全体として見れば、同通知書における理由の提示が、原告による法３０条７項ただし書所定の事情についての証明がないため、仕入税額控除が否認される（同項本文に従い、同条１項の規定が適用されない）旨をいう趣旨であることは明らかである。そうすると、本件各処分通知書における理由の提示に原告が主張する誤りがあるということはできない。
エ 原告は、本件各処分通知書における理由の提示には、本件調査担当者が帳簿等の提示を求めたことや、原告が帳簿等を提示しなかったことに関する具体的な事実関係の記載が皆無であり、自然的事実関係として特定されていない旨を主張する。
しかしながら、前記（１）のとおり、本件各処分通知書には、調査担当職員が、平成２６年１１月２７日以降、原告に対し、文書により８回、事務所への臨場により６回にわたって帳簿書類の提示を求めた旨及びこれらの求めに対し原告から帳簿等の提示はなかった旨が記載されているところ、上記の「文書」が本件連絡票２から９までを示すものであり、「事務所への臨場」が平成２７年２月１８日から同年４月２２日までの６回にわたる原告事務センターへの臨場を示すものであることは明らかであるから、原告の不服申立ての対象となるべき具体的事実関係の記載に欠けるとはいえず、行政手続法１４条の趣旨に反するということはできない。
オ そのほか、原告は、本件各処分通知書について、①原告が最終的に「今治税務署の調査であれば応じる」旨の申出をしたこと等の記載がない、②本件調査が終了した際に原告に対する調査結果の説明がされなかった理由が記載されていない、③原告が本件調査に応じなかった理由は、「事前通知なく行われた本件調査の初日の臨場に関する通則法７４条の１０該当の根拠について回答を求め、その回答がない限り調査に応じない」とするものであるが、本件各処分通知書には「調査理由を回答しない限り」と記載されており、重大な事実誤認がある旨を主張するが、いずれも、本件について行政手続法１４条の趣旨から求められる理由の提示の具体的内容（前記（１））と関わりのない事柄を問題とするにすぎず、理由の提示の違法性に係る判断を左右するものとはいえない。
３ 本件各更正処分の適法性に関する原告のその余の主張について
（１）原告は、本件調査の終了に当たり、本件調査担当者は原告に対し通則法７４条の１１第２項に定める調査結果の説明を行わなかったから、本件各更正処分は違法である旨主張する。
しかしながら、前記１（２）アの事実関係によれば、本件調査担当者は、平成２７年５月１９日から同年６月５日までの間、原告の代理人である戊弁護士及びＢ弁護士に対し、調査結果の説明についての日程調整を依頼するとともに、原告代表者自身が調査結果の説明を受けるか否かの確認を依頼していたにもかかわらず、同弁護士らは同年５月２８日から原告代表者と連絡を取ることができなくなり、ようやく連絡がついた同年６月５日には、原告は、今後訴訟になることを想定して本店所在地を移転することとし、その登記手続が済むまでは調査結果の説明を原告代表者が直接受けるかについても決められない状況であるとして、上記の日程調整等の依頼に応じなかったものである（前記１（２）ア（シ）、（ス））。そして、以上が、本件調査担当者による調査が終了し、本件連絡票６～９等で予告されたとおり仕入税額控除の否認を理由とする更正処分等を受けることが予測されるという状況の中で行われたものであり、平成２６年１０月１日付けで愛媛県今治市に移転したばかりの本店所在地を再び移転することとしたものであることも考慮すると、原告は、本件調査担当者による調査結果の説明を忌避する目的で、あえて本件調査担当者による調査結果の説明に関する日程調整等の依頼に応じなかったものと推認される。
このような経緯に照らすと、原告は、通則法７４条の１１第２項に定める調査結果の説明を受ける機会を自ら放棄したと認められるから、本件調査担当者が調査結果の説明を行わなかったことは本件各更正処分の違法事由とならないというべきである。
（２）原告は、①本件調査担当者が仕入税額控除の否認の仕組みについて説明教示をしなかったことは、税務調査における「消極的誤指導」に当たり、その結果行われた本件各更正処分は信義則違反又は禁反言の法理により違法となる、②原告が仕入税額控除の否認の仕組みについて知識がなく、帳簿等の不提示を続けても多額の課税処分を受けることなどないものと誤信していることを知りながら、殊更に、仕入税額控除の否認の仕組みを教示せず、不意打ちで巨額の課税処分を行ったことは、裁量権の濫用に該当する旨主張する。
しかしながら、前記１（３）アで説示したとおり、本件調査担当者は、原告が本件調査に応じない状態が続く場合には消費税の仕入税額控除を否認せざるを得ない可能性がある旨を記載した連絡票を合計４度にわたり送付するなどして、原告が本件調査に応じるよう説得を続けていたのであり、原告が主張するような「消極的誤指導」や不意打ちによる課税処分が行われたことを認める余地はないというべきである。なお、本件においては、法３０条７項の「保存しない場合」に当たるために同条１項による仕入税額控除が認められず、その結果として、「納税申告書に記載された課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるとき」（通則法２４条）に当たることを理由として本件各更正処分がされたのであるから、本件各更正処分は裁量処分とはいえず、原告の上記②の主張はその前提においても失当である。
（３）以上のとおり、本件各更正処分の違法をいう原告の上記主張は、いずれも採用することができず、本件各更正処分は適法である（なお、そのほかにも原告は本件各更正処分の違法について縷々主張するが、上記に説示したところに照らし、いずれも採用することができない。）。
４ 争点（３）（過少申告がされたことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があるか）について
（１）当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる場合」とは、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１０月２４日第三小法廷判決・民集６０巻８号３１２８頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２７年６月１２日第二小法廷判決・６９巻４号１１２１頁参照）。
（２）本件で原告が過少申告となったのは、法３０条７項の「保存しない場合」に当たると判断され、仕入税額控除を定める同条１項が適用されないこととされたためであるところ、このように「保存しない場合」に該当することとされたのは、前記１（２）で説示したとおり、本件調査担当者による帳簿等の提示の求めに対し、これに応じ難いとする合理的理由がなかったにもかかわらず、原告が帳簿等の提示を拒み続けたことから、税務職員による帳簿等の検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとはいえないものと評価されたことによるものである。こうした経緯等を踏まえると、本件において、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとは、到底いうことができないから、通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められる場合」に当たらないことは明らかである。
（３）以上によれば、本件各賦課処分は適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官清水知恵子
裁判官進藤壮一郎
裁判官田中慶太は差支えにより署名押印することができない。
裁判長裁判官清水知恵子
（別紙１）
代理人目録
齋藤章隆、吉留伸吾、赤羽洋幸、今成剛、野本寛之、森西ひとみ
以上
（別紙２）
○消費税法（平成二七年法律第九号による改正前のもの）
（仕入れに係る消費税額の控除）
第三十条事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、国内において行う課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の第四十五条第一項第二号に掲げる課税標準額に対する消費税額（以下この章において「課税標準額に対する消費税額」という。）から、当該課税期間中に国内において行つた課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に百八分の六・三を乗じて算出した金額をいう。以下この章において同じ。）及び当該課税期間における保税地域からの引取りに係る課税貨物（他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。以下この章において同じ。）につき課された又は課されるべき消費税額（附帯税の額に相当する額を除く。次項において同じ。）の合計額を控除する。
一国内において課税仕入れを行つた場合当該課税仕入れを行つた日
二保税地域から引き取る課税貨物につき第四十七条第一項の規定による申告書（同条第三項の場合を除く。）又は同条第二項の規定による申告書を提出した場合当該申告に係る課税貨物（第六項において「一般申告課税貨物」という。）を引き取つた日
三保税地域から引き取る課税貨物につき特例申告書を提出した場合（当該特例申告書に記載すべき第四十七条第一項第一号又は第二号に掲げる金額につき決定（国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定をいう。以下この号において同じ。）があつた場合を含む。以下同じ。）当該特例申告書を提出した日又は当該申告に係る決定（以下「特例申告に関する決定」という。）の通知を受けた日
（第二項から第六項まで略）
７ 第一項の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（同項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額の合計額が少額である場合その他の政令で定める場合における当該課税仕入れ等の税額については、帳簿）を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れ又は課税貨物に係る課税仕入れ等の税額については、適用しない。ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかつたことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない。
８ 前項に規定する帳簿とは、次に掲げる帳簿をいう。
一課税仕入れ等の税額が課税仕入れに係るものである場合には、次に掲げる事項が記載されているもの
イ 課税仕入れの相手方の氏名又は名称
ロ 課税仕入れを行つた年月日
ハ 課税仕入れに係る資産又は役務の内容
ニ 第一項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額
（第二号略）
９ 第七項に規定する請求書等とは、次に掲げる書類をいう。
（別紙２）
一事業者に対し課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。以下この号において同じ。）を行う他の事業者（当該課税資産の譲渡等が卸売市場においてせり売又は入札の方法により行われるものその他の媒介又は取次ぎに係る業務を行う者を介して行われるものである場合には、当該媒介又は取次ぎに係る業務を行う者）が、当該課税資産の譲渡等につき当該事業者に交付する請求書、納品書その他これらに類する書類で次に掲げる事項（当該課税資産の譲渡等が小売業その他の政令で定める事業に係るものである場合には、イからニまでに掲げる事項）が記載されているもの
イ 書類の作成者の氏名又は名称
ロ 課税資産の譲渡等を行つた年月日（課税期間の範囲内で一定の期間内に行つた課税資産の譲渡等につきまとめて当該書類を作成する場合には、当該一定の期間）
ハ 課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容
ニ 課税資産の譲渡等の対価の額（当該課税資産の譲渡等に係る消費税額及び地方消費税額に相当する額がある場合には、当該相当する額を含む。）
ホ 書類の交付を受ける当該事業者の氏名又は名称
（第二号以下略）
○消費税法施行令（平成三一年政令第九九号による改正前のもの）
（課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿等の保存期間等）
第五十条法第三十条第一項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条第七項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から二月（清算中の法人について残余財産が確定した場合には一月とする。次項において同じ。）を経過した日から七年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない。ただし、財務省令で定める場合に該当する同条第七項に規定する帳簿又は請求書等については、同日から五年間を超えて保存することを要しない。（第二項以下略）
（別紙２）
○国税通則法（平成二七年法律第九号による改正前のもの）
（当該職員の所得税等に関する調査に係る質問検査権）
第七十四条の二国税庁、国税局若しくは税務署（以下「国税庁等」という。）又は税関の当該職員（税関の当該職員にあつては、消費税に関する調査を行う場合に限る。）は、所得税、法人税、地方法人税又は消費税に関する調査について必要があるときは、次の各号に掲げる調査の区分に応じ、当該各号に定める者に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件（税関の当該職員が行う調査にあつては、課税貨物（消費税法第二条第一項第十一号（定義）に規定する課税貨物をいう。第四号イにおいて同じ。）又はその帳簿書類その他の物件とする。）を検査し、又は当該物件（その写しを含む。次条から第七十四条の六まで（当該職員の質問検査権）において同じ。）の提示若しくは提出を求めることができる。
（第一号及び第二号略）
三消費税に関する調査（次号に掲げるものを除く。）次に掲げる者
イ 消費税法の規定による消費税の納税義務がある者若しくは納税義務があると認められる者又は同法第四十六条第一項（還付を受けるための申告）の規定による申告書を提出した者
ロ イに掲げる者に金銭の支払若しくは資産の譲渡等（消費税法第二条第一項第八号に規定する資産の譲渡等をいう。以下この条において同じ。）をする義務があると認められる者又はイに掲げる者から金銭の支払若しくは資産の譲渡等を受ける権利があると認められる者四消費税に関する調査（税関の当該職員が行うものに限る。）
次に掲げる者
イ 課税貨物を保税地域から引き取る者
ロ イに掲げる者に金銭の支払若しくは資産の譲渡等をする義務があると認められる者又はイに掲げる者から金銭の支払若しくは資産の譲渡等を受ける権利があると認められる者（第二項以下略）
（納税義務者に対する調査の事前通知等）
第七十四条の九税務署長等（国税庁長官、国税局長若しくは税務署長又は税関長をいう。以下第七十四条の十一（調査の終了の際の手続）までにおいて同じ。）は、国税庁等又は税関の当該職員（以下同条までにおいて「当該職員」という。）に納税義務者に対し実地の調査（税関の当該職員が行う調査にあつては、消費税等の課税物件の保税地域からの引取り後に行うものに限る。以下同条までにおいて同じ。）において第七十四条の二から第七十四条の六まで（当該職員の質問検査権）の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求（以下「質問検査等」という。）を行わせる場合には、あらかじめ、当該納税義務者（当該納税義務者について税務代理人がある場合には、当該税務代理人を含む。）に対し、その旨及び次に掲げる事項を通知するものとする。
一質問検査等を行う実地の調査（以下この条において単に「調査」という。）を開始する日時
二調査を行う場所
三調査の目的
四調査の対象となる税目
五調査の対象となる期間
六調査の対象となる帳簿書類その他の物件
七その他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項
（第二項以下略）
（事前通知を要しない場合）
第七十四条の十前条第一項の規定にかかわらず、税務署長等が調査の相手方である同条第三項第一号に掲げる納税義務者の申告若しくは過去の調査結果の内容又はその営む事業内容に関する情報その他国税庁等若しくは税関が保有する情報に鑑み、違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合には、同条第一項の規定による通知を要しない。（調査の終了の際の手続）
第七十四条の十一税務署長等は、国税に関する実地の調査を行つた結果、更正決定等（第三十六条第一項（納税の告知）に規定する納税の告知（同項第二号に係るものに限る。）を含む。以下この条において同じ。）をすべきと認められない場合には、納税義務者（第七十四条の九第三項第一号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に掲げる納税義務者をいう。以下この条において同じ。）であつて当該調査において質問検査等の相手方となつた者に対し、その時点において更正決定等をすべきと認められない旨を書面により通知するものとする。
２ 国税に関する調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合には、当該職員は、当該納税義務者に対し、その調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む。）を説明するものとする。
（第三項以下略）
第百二十七条次の各号のいずれかに該当する者は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
一第二十三条第三項（更正の請求）に規定する更正請求書に偽りの記載をして税務署長に提出した者
二第七十四条の二、第七十四条の三（第二項を除く。）、第七十四条の四（第三項を除く。）、第七十四条の五（第一号ニ、第二号ニ、第三号ニ及び第四号ニを除く。）若しくは第七十四条の六（当該職員の質問検査権）の規定による当該職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又はこれらの規定による検査、採取、移動の禁止若しくは封かんの実施を拒み、妨げ、若しくは忌避した者
三第七十四条の二から第七十四条の六までの規定による物件の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類その他の物件（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出した者
（別紙３）
本件調査の経過
１ 東京国税局による本件調査の状況
（１）平成２６年２月４日の状況（乙２～４）
ア 東京国税局の本件調査の担当者（以下「東京局担当者」という。）は、平成２６年２月４日午前９時、原告に対する税務調査のため、千葉県市原市に所在する原告の事務所（平成２９年１０月３１日に原告の本店が移転した後は、原告の本店所在地。以下「原告事務センター」という。）及び原告の店舗である同市所在のパチンコ店（以下「Ｃ店」という。）に臨場した。
イ 原告事務センターにおける東京局担当者と原告側とのやり取りは、要旨次のとおりであった。
（ア）東京局担当者は、原告事務センターの２階にある個室において、原告の財務経理本部経理部のＤ部長代理（以下「Ｄ部長代理」という。）及びＥ課長（以下「Ｅ課長」という。）と面談し、原告のありのままの状況を確認するため事前に連絡せず臨場した旨、原告事務センターのほかＣ店にも東京局担当者が臨場している旨を伝え、原告代表者の承諾が得られたらＣ店の開店前の状況を確認したい旨要請したところ、Ｄ部長代理は、乙税理士・公認会計士（以下「乙税理士」という。）に連絡してからの対応となる旨回答した。また、東京局担当者が原告代表者の所在等について確認したところ、Ｄ部長代理は、原告代表者はまだ原告事務センターに出社しておらず、不在である旨回答した。
（イ）Ｄ部長代理及びＥ課長は、一旦退出した後に財務経理本部管理部のＦ部長を伴って再度入室した。Ｄ部長代理は、乙税理士に電話をし、電話を替わった東京局担当者は、同税理士に原告の税務調査を行いたい旨伝えた。
（ウ）乙税理士は、東京局担当者に対し、事前通知を行わずに調査を実施する理由を尋ねた。東京局担当者が、事前通知を行わない理由については回答することができない旨を述べると、同税理士は、①事前通知を行わない理由が説明できない調査は違法である、②原告の調査には自分が立ち会う必要があるが、本日は午後７時から８時くらいでないと原告事務センターに赴くことができない、③今後は弁護士と一緒に話を進めることになる、④弁護士とともに東京国税局へ赴くことは可能であるが、調査はその後にしてもらいたい、⑤とにかく違法調査であるから原告事務センターの敷地内から退去されたい旨を述べた。
（エ）東京局担当者は、乙税理士に対し、弁護士との相談後に連絡して欲しい旨、また、東京局担当者から原告代表者に直接連絡を取り、調査の目的などを説明したい旨を依頼したが、同税理士は、原告代表者との連絡は同税理士を通してもらいたい旨を回答した。東京局担当者は、乙税理士に対し、これから原告事務センター及びＣ店から退去することを伝えた上、同税理士の連絡先となる電話番号（固定電話）を聴取し、同日午前１０時から１１時までの間にかけ直す旨を伝えたところ、同税理士は、自身はその頃外出しているが、事務員に伝えてもらえればすぐ折り返す旨を回答した。
（オ）東京局担当者は、Ｄ部長代理らに対し、乙税理士との上記電話の内容を伝えた上で、東京局担当者が直接原告代表者に連絡をすることを同税理士が拒否しているため、原告代表者に、東京局担当者が通常の法人税等の税務調査のために臨場したこと、正規の手続に沿ったものであることを伝えてもらいたい旨依頼したところ、Ｄ部長代理がこれを了承したため、午前９時５０分、原告事務センターから退去した。
ウ Ｃ店における東京局担当者と原告側とのやり取りは、要旨次のとおりであった。
（ア）東京局担当者は、開店準備中のＣ店において、店舗責任者（店長の代理）と面談し、原告事務センターに臨場している東京局担当者からの連絡があるまで待機させてほしい旨を依頼したところ、同店のコンテナ部屋を案内され、そこで待機した。
（イ）その後、原告事務センターに臨場している東京局担当者から店舗敷地外に退去するよう指示があったため、午前９時４０分、Ｃ店から退去した。
エ 原告事務センターから退去した後の東京局担当者と乙税理士等との電話の状況は、要旨次のとおりであった（この項では、２４時制で記載する。）。
（ア）１０時４５分、東京局担当者は、前記イ（エ）のとおり乙税理士から聴取した電話番号に電話をかけたが、「お客様の都合により通話が出来なくなっております。」とのメッセージが流れた。
（イ）１０時５０分、東京局担当者は、Ｄ部長代理に電話をし、乙税理士と連絡を取ることができない旨を伝え、同税理士に東京局担当者の携帯電話へ連絡するよう伝えてほしい旨を依頼した。Ｄ部長代理は、東京局担当者が聴取した電話番号は乙税理士の事務所（以下「乙事務所」という。）の電話番号である旨述べた上、１１時３０分に同税理士から電話をもらうことになっているので、その際に伝える旨回答した。
（ウ）１１時２０分、東京局担当者は、乙事務所に電話をかけたが、上記（ア）と同様のメッセージが流れた。その後、１１時３０分を過ぎても、乙税理士からは連絡がなかった。
（エ）１１時５０分、東京局担当者がＤ部長代理に電話をしたところ、同部長代理は、①乙税理士から電話があり、今後の対応は全て同税理士に任せるよう話があった、②同税理士に対し、東京局担当者の伝言（が教えてもらった番号では電話がつながらないこと、携帯電話に連絡してほしいこと）を伝えたが、電話がつながらないことは分かっていたようである、③東京局担当者から原告代表者への伝言（前記イ（オ））については、同税理士が全て対応するということなので、原告代表者には連絡していない旨回答した。その後も、乙税理士からは連絡がなかった。
（オ）１３時３３分、東京局担当者は、Ｄ部長代理に電話をし、乙税理士が本日１９時に原告事務センターに赴くことができる旨の話があったため（前記イ（ウ）②）、同税理士に確認してほしい旨依頼した。
（カ）１４時２２分、乙税理士から東京局担当者の携帯電話に非通知で電話があった。
ａ 乙税理士の発言内容は要旨次のとおりであった。
（ａ）弁護士と相談した結果、今夜１９時に原告事務センターに赴くことはない。
（ｂ）本件調査手続が違法であることについて、東京国税局長宛ての内容証明又は配達証明の文書を提出するから、同局長名で文書により回答されたい。文書で回答がないと協力できない。
（ｃ）弁護士が税務代理権限証書を提出するので、今後の原告の窓口は、乙税理士ではなく弁護士になる。
（ｄ）原告代表者に、東京局担当者が原告の税務調査に来た事実は伝えており、原告代表者から委任を受けている。
ｂ 東京局担当者は、乙税理士に対し、先ほど教えてもらった電話番号ではつながらないので、別の連絡手段を教えてほしいと依頼したが、同税理士は、上記ａ（ｂ）のとおり提出予定の東京国税局長宛ての文書の中に、同税理士又は弁護士の連絡先を明記する旨回答したのみで、それ以外の回答はなかった。
ｃ 上記ａ（ｂ）の発言に対して、東京局担当者が、国税局長名での文書回答はできない旨回答したところ、乙税理士は、「どうして、あなたは局長でもないのにそのようなことが言えるんですか。」と発言した後、一方的に電話を切った。
（キ）１７時５分、東京局担当者は、Ｄ部長代理に対し、電話で、本日１９時に東京局担当者が会社に臨場する話はなくなった旨を伝えた上、東京局担当者が税務調査で臨場した件について、原告代表者に必ず伝えてほしい旨依頼し、同部長代理はこれを了解した。
（２）平成２６年２月１８日の状況（乙５）
乙税理士は、原告から全ての国税に係る質問検査権の執行に関して委任を受けた旨の平成２６年２月７日付け税務代理権限証書を配達証明付郵便にて送付し、同郵便は同月１８日に東京国税局に到達した。
（３）平成２６年３月１０日の状況（乙６）
東京局担当者は、乙税理士に対し、電話で連絡をしたところ、同税理士は、本件調査については弁護士から税務代理権限証書と税法解釈に関する文書を内容証明で出しているはずであり弁護士に連絡されたい旨を述べた。これに対し、東京局担当者が、弁護士からの書類が届いていないことを伝えると、しばらくして乙税理士から電話があり、①弁護士からの文書はこれから提出する、②東京国税局長名での文書による回答を要求する、③文書での回答のほか、全面的な担当者の交替がないと調査は無理である旨を発言した。
（４）平成２６年３月１７日の状況（乙７）
Ｇ法律事務所（以下「本件法律事務所１」という。）の丙弁護士（以下「丙弁護士」という。）及びＨ弁護士（以下「Ｈ弁護士」といい、両弁護士を併せて「丙弁護士ら」という。）は、平成２６年３月１４日付けの通知書（以下「本件通知書１」という。）を配達証明付書留郵便にて送付し、本件通知書１は同月１７日に東京国税局に到達した。
本件通知書１には、要旨、①本件調査に当たって通則法７４条の９により行われるべき事前通知はされておらず、同法７４条の１０に該当する具体的な根拠も示されていないことから、これについて文書により回答を求める旨や、②本件調査については丙弁護士らが受任したので、今後、原告及びその関係者に対する連絡は差し控えられたい旨が記載されていた。
（５）平成２６年４月１日の状況（乙９）
東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、税務代理権限証書の提出を依頼するとともに、同弁護士との面談を申し入れたところ、同月９日に面談が行われることとなった。
（６）平成２６年４月９日の状況（乙１０）
東京局担当者は、本件法律事務所１で、丙弁護士ら及び乙税理士と面談し、原告の税務調査への協力を要請したところ、乙税理士が、平成２６年２月４日に東京局担当者が原告の本店所在地（当時の本店所在地は、千葉県茂原市）に臨場しなかった理由及び本件調査が事前通知を要しない事例に該当する根拠（通則法７９条の１０が適用される根拠）について、東京国税局長名での文書による回答がない限り調査には協力できない、原告代表者は東京局担当者と会いたくないと言っているなどと述べた。
（７）平成２６年４月１６日の状況（乙１１）
丙弁護士らは、平成２６年３月１２日付けで原告から税務代理の委任を受けた旨の税務代理権限証書を普通郵便にて送付し、同郵便は同年４月１６日に東京国税局に到達した。
（８）平成２６年４月２１日の状況（乙１２、１３）
東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、税務代理権限証書が届いたことを告げた上、再度の面談を申し入れたところ、同弁護士は、乙税理士の日程を確認した後連絡する旨回答した。
（９）平成２６年４月２４日の状況（乙１４、１５）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、原告代表者と乙税理士のいずれも、文書での回答がないのに会いに来てもしょうがない、文書での回答が先決であるなどと強硬であるため、現在調整中であると述べた。
（10）平成２６年５月１４日の状況（乙１６～１８）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、原告代表者と乙税理士に説得をしているが進んでいない、同弁護士だけで東京局担当者と会うことも乙税理士から難色を示されている旨を述べた。
（11）平成２６年５月２７日の状況（乙１９）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、前回の電話以降、調整は進展していない旨を述べた。
（12）平成２６年６月６日の状況（乙２０）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、２回ほど話をしているがなかなか頑固で、乙税理士が頑固なので原告代表者もという感じで、進展していない旨を述べた。
（13）平成２６年６月１２日の状況（乙２１）
東京局担当者は、原告に対する同日付けの連絡票（以下「本件連絡票１」という。）を、丙弁護士に宛てて、簡易書留にて発送した。本件連絡票１には、①本件調査のため、平成２６年６月２０日午前１０時に、原告事務センターへ臨場する旨、②当日には、本件各課税期間の法人税及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類を提示し、調査に応じられたい旨が記載されていた。
（14）平成２６年６月１３日の状況（乙２２）
乙税理士は、東京局担当者に対し、電話で、要旨以下のとおり述べ、本件調査への協力を拒否した。
ア 本件連絡票１の内容については協力できない。
イ 当初は事前通知をすると調査の実効性が得られないとして事前通知をせずに調査を行おうとしたにもかかわらず、なぜ今更、事前通知をした上で調査を行おうとするのか。当初の状況と現在とでどのように変わったのかを文書で回答されたい。かかる回答がない限り、調査に応じない。
ウ いずれにしても、こんなに短いタイミングで対応できるわけがなく、対応できるのは早くとも９月以降であろう。東京局担当者が丙弁護士と会って話をすることは了承する。
エ 担当者が変わらない限り、調査は無理だと思う。
（15）平成２６年６月１８日の状況（乙２３、２４）
東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、同弁護士との面談を要請した。
（16）平成２６年６月２５日の状況（乙２５）
丙弁護士は、東京局担当者に対し、電話で、①原告代表者及び乙税理士と協議したが、同人らは、本件通知書１に対する文書による回答を要求するという態度を崩していない、②東京国税局長宛てに書面を送付するので、確認の上、連絡されたい旨を述べた。
（17）平成２６年６月３０日の状況（乙２６、２７）
ア 丙弁護士は、平成２６年６月２５日付けの「ご連絡」と題する文書（以下「本件連絡文書」という。）を送付し、同文書は同月２６日に東京国税局に到達した。本件連絡文書には、①本件通知書１に対し、東京国税局長名の文書により回答を求める旨、②同年４月９日の東京局担当者の説明では、同年２月４日に事前通知なく行われた行為について違法性がないと明言したが、そうであれば、同日当時においては、事前連絡をすれば行為の目的が達成できないおそれがあったことになるから、今回同じ目的の下に、連絡をした上で執行したとしても、もはや当初の目的を達成することは困難であり、本件連絡票１において要請しているのは、何ら意味のない不必要な執行である旨の記載がある。
イ 東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、本件連絡文書を受領したことを告げるとともに、同弁護士との面談の日程調整を求めたが、同弁護士は、乙税理士は同弁護士が単独で東京局担当者と会うことを了承しておらず、もし東京局担当者と会うことになったときには同税理士も同席したいとのことなので、日程を確認して再度連絡する旨回答した。
（18）平成２６年７月９日の状況（乙２８）
東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、人事異動により本件調査の担当者（主査）が変更する旨を伝えた。
（19）平成２６年７月２５日の状況（乙２９、３０）
東京局担当者（変更後の主査）は、丙弁護士に対し、電話で、本件調査の担当者が全て入れ替わったことを伝え、改めて面談の日程調整について依頼した。
（20）平成２６年８月５日の状況（乙３１、３２）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、原告代表者及び乙税理士から、従前より要求している本件通知書１に対する東京国税局長名の文書回答がない限り、面談に応じられないと、かなり強い口調で言われており、同弁護士だけが東京局担当者と会うことも同税理士から固く禁じられている旨を述べた。
（21）平成２６年８月２９日の状況（乙３３）
東京局担当者と丙弁護士との電話連絡において、同弁護士は、前回の電話以降、２度ほど説得しているが中々厳しく、本件通知書１への東京国税局長名の文書による回答がない限り前に進めない状況である旨を述べた。
これに対し、東京局担当者は、①事前通知を行わなかった理由を説明しなければならないという法律上の規定はなく、文書又は口頭での回答を行うことは考えていないので、税務調査に応じてもらえるよう調整を願いたい旨、②平成２６年９月１９日を回答期限とし、期限までに回答がない場合や税務調査の日程を確保できない場合は、直接、原告代表者及び乙税理士の意思を確認させてもらいたい旨を述べた。
（22）平成２６年９月２２日の状況（乙３４）
東京局担当者は、前回の電話において回答期限としていた平成２６年９月１９日を経過したため、丙弁護士に電話をしたが、同弁護士は、原告代表者と乙税理士の両方を呼んで２度ほど話したが、結構頑なで、今までと同様、文書による回答がない限り、税務調査には応じないとの態度を維持している旨を述べた。東京局担当者は、具体的な日程を取って調査を進めたく、同年１０月２日午前１０時に原告事務センターへ臨場する旨を伝えた。
（23）平成２６年９月２９日の状況（乙３５）
乙税理士は、東京局担当者に対し、電話で、①平成２６年１０月２日の税務調査は乙税理士も原告も対応できない、②現在の主査（電話の相手方である東京局担当者）は、同年２月の時点で本件調査に関与していないから状況を分かっておらず、窓口として不適当である、③今回は丙弁護士が海外出張中であるから自身が代理として連絡をしたが、今後は同弁護士と連絡されたい旨を述べた。
（24）平成２６年１０月１日の状況（乙３６、３７）
丙弁護士は、東京局担当者に対し、電話で、平成２６年１０月２日の原告の税務調査については、同弁護士が海外出張中であり都合が悪い、税務調査には同弁護士も同席させてもらいたい旨を述べた。そのため、東京局担当者は、同日の税務調査を中止することとし、同月１０日午前１０時に調査の日程を変更する旨を伝えた。
（25）平成２６年１０月７日の状況（乙３８）
丙弁護士は、東京局担当者に対し、電話で、平成２６年１０月１日付けで原告の本店所在地を愛媛県今治市に移転する旨を伝えた。東京局担当者は、丙弁護士に対し、本店移転登記の完了した日付及び税務署への異動届出書の有無を確認されたい旨依頼した上、同月１０日に原告事務センターへ臨場することは取りやめる旨を伝えた。
（26）平成２６年１１月６日の状況（乙３９）
ア 東京局担当者は、丙弁護士に対し、電話で、①原告の本店移転登記と税務署に対する異動届出書（なお、同届出書においても原告事務センターが連絡先とされていた。）の提出の確認が出来たこと、②本件調査の今後に関し、東京国税局と高松国税局のいずれが担当するかについては改めて連絡することを伝えた。
イ 乙税理士は、東京局担当者に対し、電話で、①原告の本店所在地が東京国税局の管轄外へ移転した以上、原告の税務調査について東京局担当者には職務権限がなく、東京局担当者が丙弁護士等へ連絡する法的根拠もない旨を述べた。
２ 高松国税局による本件調査の状況
（１）平成２６年１１月２７日の状況（乙４０）
高松国税局の本件調査の担当者（以下「高松局担当者」という。）は、乙税理士に対し、電話で、原告の法人税等の調査の件で連絡した旨を伝えたところ、同税理士は、東京国税局長宛てに配達証明で文書（本件通知書１）を出しており、その回答がない限り調査を受けない旨を述べ、調査の日程調整に応じなかった。
（２）平成２６年１２月１５日の状況（乙４１）
高松局担当者は、乙税理士に対し、電話で、本件調査に協力するよう要請したが、同税理士は、①文書による回答を求めているにもかかわらず、その返事がないのにそんな話はできない、②東京局担当者が行った行為は、特別公務員の刑法違反になるおそれがある、③単に管轄が高松に移ったから高松国税局が調査をやるという簡単な話ではない、今治市に移ったのだから今治の税務署がすればいいのになぜ高松国税局が調査をするのか、高松局担当者が巻き込まれたいなら高松国税局にも文書を出す、などと述べた。
（３）平成２７年２月６日の状況（乙４２）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票２」という。）を原告の連絡先である原告事務センターに宛てて、配達証明付書留郵便にて発送した。本件連絡票２には、要旨以下のとおりの記載がある。
ア 本件調査について、平成２６年２月４日から東京局担当者が担当していたが、原告は同年１０月１日付けで本店所在地を異動したことから、同日以後の調査担当者は高松局担当者となる。
イ 本件調査について、原告の協力が得られず、全く進展していない。
ウ 本件調査のため、平成２７年２月１８日午前１０時に、原告事務センターへ高松局担当者が臨場する。当日には、本件各課税期間の法人税等及び消費税等の確定申告の基となる全ての帳簿書類を提示し、調査に応じられたい。
（４）平成２７年２月１０日の状況（乙４３）
乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、①本件連絡票２の内容については協力できない、本件通知書１に対する文書による回答がされるまでは話は進まない、②現在は確定申告期であり、その後も公認会計士の業務で忙しいため、平成２７年７月１日までは無理であり、同日以降も話ができるか分からない旨を述べた。
（５）平成２７年２月１６日の状況（乙４４）
乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、①納税者（原告代表者）から非常に問題のある状況だと言われており、納税者はものすごく怒っている、②最初、通則法７４条の１０の状況であったから事前通知をしなかったと言ったのに、その後、事前通知をしてもう１回やるというのは論理的矛盾である、③人に失礼なことをしておいて、詫びもせず、職務は執行させてくれというのは虫が良すぎる、東京国税局長がお詫びをするか、通則法７４条の１０に該当すると判断した理由について東京国税局長名で文書で回答されたい、④文書による回答がない限り調査に応じる状況になく、それは原告代表者も同意見である、⑤高松局担当者と話す気はないから、東京局担当者を連れてきてほしいなどと述べた。
（６）平成２７年２月１８日の状況（本件連絡票２に係る臨場。乙４５、４６）
ア 高松局担当者は、午前１０時に原告事務センターへ臨場し、Ｅ課長に案内されて面接室で待機し、原告代表者の所在を尋ねたが、同課長からは、原告代表者とは連絡がつかない旨の回答を得た。
Ｅ課長は、本件調査については全て乙税理士に一任している旨を述べて同税理士に連絡を取り、同課長と電話がつながった同税理士は、高松局担当者に対し、同担当者の行為は職権濫用であり不法侵入であるから直ちに退去されたいなどと述べ、調査に応じなかった。
高松局担当者は、Ｅ課長に対し、高松国税局の職員が原告事務センターに臨場したことを原告代表者に伝えてほしいと依頼し、午前１０時２０分に同センターから退去した。
イ 高松局担当者は、午前１１時１５分に原告代表者の自宅へ臨場したが、原告代表者が不在とのことで、同人と面談することができなかった。
（７）平成２７年２月２５日の状況（乙４７）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票３」という。）を原告事務センターに宛てて、配達証明付書留郵便にて速達で発送した。本件連絡票３には、本件調査のため、平成２７年３月４日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい旨が記載されていた。
（８）平成２７年２月２６日の状況（乙４８）
乙税理士は、高松局担当者に電話をかけ、統括主査が会議中であると知ると、会議から呼ぶよう要請し、電話対応者に断られると、本件連絡票３で連絡を受けた平成２７年３月４日は確定申告で忙しくて対応できない、その後は上場企業の決算で忙しく、７月以降でないとだめである旨を述べた。
（９）平成２７年３月２日の状況（乙４９）
乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、①本件連絡票３の内容については対応できない、会社の方も自身も対応できる状態ではない、②高松局担当者は軽く考えているようであるが、行政法だけではなく刑事法でも争えるよう用意している、今回原告の敷地内に入ったら、職権乱用、不法侵入、信用毀損の可能性があるから忠告するなどと述べた。
（10）平成２７年３月４日の状況（本件連絡票３に係る臨場。乙５０、５１）
ア 高松局担当者は、午前１０時に原告事務センターへ臨場し、同センター入口の内線電話で原告代表者の所在を尋ねたところ、原告代表者は不在であるが税理士が来ているので対応する旨の回答を受け、その後、入口のドア前に現れた乙税理士から、原告の敷地内から出るよう要請されたため、同センターから出て、同センター前の路上に移動した。同税理士は、①今日は応対できる者が誰もいない、②原告の意向により、高松局担当者が原告代表者と直接話をすることはできない、③原告代表者から、今度、弁護士が替わると聞いており、その弁護士が今後の窓口となるかもしれない旨を述べた。
イ 高松局担当者は、午前１０時４５分頃、原告代表者の自宅へ臨場したところ、原告代表者の妻（原告の監査役）を名乗る女性が対応したが、原告代表者は不在とのことで、同人と面談することができなかった。
（11）平成２７年３月９日の状況（乙５２）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票４」という。）を原告事務センターに宛てて、配達証明付書留郵便にて発送した。本件連絡票４には、①本件調査のため、平成２７年３月１９日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい、②今後も調査の進展が図られないと思われる場合は、やむを得ず当方で独自に調査を進める旨が記載されていた。
（12）平成２７年３月１１日の状況（乙５３）
乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、①本件連絡票４の内容については多忙につき対応できない、臨場しても前回同様の結果となる、②原告代表者と会うことはできない、前回から間もなくの連絡はおかしいなどと述べた。
（13）平成２７年３月１６日の状況（乙５４）
Ｉ法律事務所（以下「本件法律事務所２」という。）の丁弁護士（以下「丁弁護士」という。）、戊弁護士（以下「戊弁護士」という。）及びＢ弁護士（以下「Ｂ弁護士」といい、上記２名と併せて「丁弁護士ら」という。）は、平成２７年３月１３日付けの通知書（以下「本件通知書２」という。）を配達証明付書留郵便にて速達で送付し、本件通知書２は同月１６日に高松国税局に到達した。本件通知書２には、①乙税理士が事前に原告代表者等の都合がつかない旨伝えていたにもかかわらず、高松局担当者が平成２７年３月４日に原告事務センターへ臨場したことは遺憾である、②しかも、高松局担当者２名は、本件連絡票３に記載のない原告代表者の自宅を訪れ、対応した原告代表者の妻に、身分証を示すことなく威圧的な態度を示した上、自宅周辺及び駐車場まで探索しており、プライバシーへの配慮を欠く、③原告は、このような高松国税局の一連の対応に対して強く抗議するものであり、今後このような態様での原告事務センター及び原告代表者の自宅への訪問は厳に控えられたい、④本件連絡票４において連絡を受けた平成２７年３月１９日の税務調査は、原告代表者が海外出張中のため対応できない、⑤今後、本件に関する問合せは全て丁弁護士ら宛てにされたい旨が記載されていた。
（14）平成２７年３月２７日の状況（乙５５）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票５」という。）を原告事務センターに宛てて、配達証明付書留郵便にて速達で発送した。本件連絡票５には、①本件調査のため、平成２７年４月１日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい、②今後も税務調査の進展が図られない場合は、やむを得ず税法に基づく一定の対応をすることがある旨が記載されていた。
（15）平成２７年３月３０日の状況（乙５６）
乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、①本件連絡票５が原告事務センターへ送付され、代理人の弁護士に送付されていないことは問題である、②原告代表者との面談はできない、③今度、原告事務センターや原告代表者の自宅へ臨場すれば、弁護士が不法侵入として警察へ連絡して法的行動に出るなどと述べた。
（16）平成２７年３月３１日の状況（乙５７、５８）
戊弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、本件通知書２のとおり、原告に対する文書は同弁護士宛てに送付するよう要請した（Ｊが不在であったため、電話対応者に伝言を依頼した。）。
高松局担当者（Ｊ）は、戊弁護士に対し、電話で、上記要請について、同弁護士から税務代理権限証書が提出されていないことを指摘し、同証書を今治税務署に対して提出するよう依頼した。
（17）平成２７年４月１日の状況（本件連絡票５に係る臨場。乙５９）
高松国税局の併任命令を受けた東京国税局の本件調査の担当者（以下「併任担当者」といい、東京局担当者及び高松局担当者と併せて「本件調査担当者」という。）が、本件調査のため、午前１０時に原告事務センターへ臨場したところ、Ｄ部長代理ほか１名が応対し、高松局担当者が臨場したら警察に通報するよう乙税理士から指示を受けている旨を述べた。そこで、併任担当者が退去しようとしたところ、原告事務センターに到着した乙税理士が住居等侵入を主張して警察への同行を要求したため、同税理士及び原告の従業員とともに五井交番へ赴いたが、警察官から特段の意見や要請はなかった。なお、併任担当者は、乙税理士に対し、高松国税局の身分を提示するとともに東京国税局の併任である旨を説明したところ、同税理士はその法的根拠を尋ねるなどした。
（18）平成２７年４月２日の状況（乙６０の１～３）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票６」という。）を原告事務センター及び乙事務所に宛てて、配達証明付書留郵便にて発送し、これらの郵便は、原告事務センターには平成２７年４月３日に、乙事務所には同月４日に配達された。本件連絡票６には、①本件調査のため、平成２７年４月８日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい、②今後も調査の進展が図られない場合は、税法上、青色申告の承認の取消処分の対象となり、また、消費税の仕入税額控除も否認せざるを得ない可能性もある旨が記載されていた。
なお、この時点で、丁弁護士らの税務代理権限証書が提出されていなかったため、同弁護士らには本件連絡票６は送付されなかった。
（19）平成２７年４月６日の状況（乙６１、６２）
ア 丁弁護士らは、平成２７年４月４日付けの通知書（以下「本件通知書３」という。）を配達証明付書留郵便にて速達で送付し、本件通知書３は同月６日に高松国税局に到達した。本件通知書３には、①原告は、本件連絡票６により連絡された同月８日は税務調査のための対応ができない、②高松局担当者が同日に原告事務センター又は原告代表者の自宅に立ち入ることがあれば、所轄警察へ通報せざるを得ない、③本件に関する問合せは全て丁弁護士ら宛てにされたい旨が記載されていた。
イ 戊弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、既に提出している「税理業務開始通知書」とは別に書面を提出する必要があるのかを尋ね、高松局担当者の説明を聞いて、税務代理権限証書を提出する旨述べた。
（20）平成２７年４月８日の状況（本件連絡票６に係る臨場。乙６３）
ア 併任担当者が、本件調査のため、午前１０時に原告事務センターへ臨場したところ、乙税理士及び原告の従業員１名が応対し、同税理士は、代理人から事前に通知しているとおりであり本日は帰られたい旨及び市原警察署の生活安全課へ任意で赴かれたい旨を述べ、調査に応じなかった。
イ 併任担当者は、その後、市原警察署生活安全課へ赴いたところ、生活安全課長からは、①警察としては、法律に基づいて行動している国税側に対してどうこうできるものではない旨伝えている、②今後も原告側から通報等があれば、最寄りの警察が出動せざるを得ないが、原告側には、国税側は法律に基づいたものである旨伝えていく旨の発言があった。
（21）平成２７年４月１０日の状況（乙６４の１及び２）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票７」という。）を原告事務センター及び乙事務所に宛てて、配達証明付書留郵便にて速達で発送し、原告事務センターに宛てた郵便は平成２７年４月１１日に配達された。本件連絡票７には、①本件調査のため、平成２７年４月１５日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい、②今後も帳簿書類の提示がなければ、法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿の備付け等が法令の規定に従って行われていないものとして、青色申告の承認の取消処分の対象となる場合があり、また、消費税の仕入税額控除も否認せざるを得ない場合もある旨が記載されていた。
なお、この時点においても、丁弁護士らの税務代理権限証書が提出されていなかったため、同弁護士らには本件連絡票７は送付されなかった。
（22）平成２７年４月１３日の状況（乙６５、６６）
ア 乙税理士は、高松局担当者に対し、電話で、配達証明郵便が留守の間に届いているがその内容は何かと尋ね、高松局担当者は、平成２７年４月１５日に原告事務センターへ臨場する旨の本件連絡票７を送付したと回答した。これに対し、同税理士は、①日曜日に配達証明を送ったりして、何を考えているのか、常識がない、②郵便物は取りに行かないし、原告にも取りに行かせない、そうすると、今度は、高松局担当者は連絡もなく勝手に上がりこんだということになる、③東京国税局の職員名簿に掲載されている職員が、高松国税局所属の職員として税務調査ができる理由を文書で回答されたい、④現在の担当者には調査をさせない、併任できるのなら、当初担当していた主査を高松国税局の職員として連れて来られたい、⑤当日（４月１５日）は、自身の仕事が入っており、対応は不可能である、⑥自身のスケジュールは相当先でないとだめであるなどと述べた。
イ Ｂ弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、本件連絡票７による平成２７年４月１５日の調査は、会社（原告）側の都合がつかない旨を述べた。これに対し、高松局担当者が、都合がつかない具体的な理由を尋ねたところ、同弁護士は「お受けできないの、一点で」あり、理由の詳細は聴いていない旨を回答した。また、高松局担当者が税務代理権限証書の提出を促したところ、同弁護士は、提出する旨回答した。
（23）平成２７年４月１４日の状況（乙６７）
丁弁護士らは、平成２７年４月１３日付けの通知書（以下「本件通知書４」という。）を配達証明付書留郵便にて速達で送付し、本件通知書４は同月１４日に高松国税局に到達した。本件通知書４には、①原告は、本件連絡票７により連絡された同月１５日は税務調査のための対応ができない、②高松局担当者が同日に原告事務センター又は原告代表者の自宅に立ち入ることがあれば、所轄警察へ通報せざるを得ない、③本件に関する問合せは全て丁弁護士ら宛てにされたい旨が記載されていた。
（24）平成２７年４月１５日の状況（本件連絡票７に係る臨場。乙６８）
併任担当者は、本件調査のため、午前１０時に原告事務センターへ臨場したところ、原告の従業員がこれに応対した。同従業員は、①弁護士から文書で調査は受けられないと送付しているはずで、本日は対応できない旨、②全て弁護士に任せている旨を述べ、調査に応じなかった。
（25）平成２７年４月１６日の状況（乙６９の１及び２）
高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票８」という。）を原告事務センター及び乙事務所に宛てて、配達証明付書留郵便にて速達で発送し、原告事務センターに宛てた郵便は平成２７年４月１７日に配達された。本件連絡票８には、①本件調査のため、平成２７年４月２２日午前１０時に、原告事務センターへ臨場するので、調査に応じられたい、②今後も帳簿書類の提示がなければ、法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿の備付け等が法令の規定に従って行われていないものとして、青色申告の承認の取消処分の対象となる場合があり、また、消費税の仕入税額控除も否認せざるを得ない場合もある旨が記載されていた。
なお、この時点においても、丁弁護士らの税務代理権限証書が提出されていなかったため、同弁護士らには本件連絡票８は送付されなかった。
（26）平成２７年４月２０日の状況（乙７０）
戊弁護士及びＢ弁護士は、今治税務署長に対し、原告に対する全ての国税に係わる質問検査権の執行に関する税務代理権限証書を提出した。
（27）平成２７年４月２１日の状況（乙７１）
平成２７年４月１０日に乙事務所宛てに発送した本件連絡票７（前記（２１））が、保管期間の経過を理由に高松国税局へ返送された。
（28）平成２７年４月２２日の状況（本件連絡票８に係る臨場。乙７２～７４）
ア 高松局担当者は、本件調査のため、午前１０時に原告事務センターへ臨場したところ、応対したＥ課長から受付で待機するよう指示され、待っていると、身分を名乗らない男性が受付の内線電話により応対した。男性は、尋ねられても身分を名乗らず、本日は対応しかねる旨を述べ、敷地内からの退去を要求し、調査に応じなかった。
イ 高松局担当者は、午前１０時１０分、Ｂ弁護士に対し、電話で、１時間や２時間だけでも調査に対応できる日はないか、また、原告代表者が不在でも帳簿書類を確認することはできないかを、原告代表者に確認されたい旨依頼した。
ウ 高松局担当者は、午後２時２０分、戊弁護士に対し、電話で、上記イと同趣旨の依頼をするとともに、原告が本件調査に応じない理由について尋ねた。同弁護士は、①調査に応じられない理由として、原告は、（ａ）東京国税局による調査の時のトラブルについて、東京国税局長名での文書回答がない、（ｂ）納税地を移転したのだから、東京国税局の調査を一旦終了して、新たに調査すべきである、（ｃ）なぜ、今治税務署の職員ではなく、高松国税局の職員が調査に来るのかなどと言っている、②今の状態では、税務調査にも原告代表者との面談の要請にも応じられない旨を述べた。高松局担当者は、①現在、独自で調査を進めており、調査した結果を、後日、戊弁護士に説明するようになること、②本件連絡票８にも記載したとおり、原告が帳簿書類の提示に一切応じていないため、消費税の仕入税額控除の否認の問題があるとともに、法人税の青色申告の承認が取消しになるおそれがあることを説明した。
（29）平成２７年４月２７日の状況（乙７５）
戊弁護士及びＢ弁護士は、平成２７年４月２４日付けの通知書（以下「本件通知書５」という。）を配達証明付書留郵便にて送付し、本件通知書５は同月２７日に高松国税局に到達した。本件通知書５には、①同月２２日午前１０時３０分頃、高松局担当者少なくとも２名が、事前通知をすることなく原告代表者の自宅を訪問し、身分証を示すことなく、名前だけを名乗り、インターフォン越しに応対していた原告代表者の妻に対して威圧的な態度で「外へ出て顔を見せて」と述べるなどして家人を畏怖せしめ、また自宅周辺を俳徊し、何かを探索するような行動をとり続け、約１５分間、自宅及びその周辺に留まった、②上記行動をとった高松局担当者全員の氏名及び職階を文書で回答されたい旨が記載されていた。
（30）平成２７年４月２８日の状況（乙７６の１～３、７７）
ア 高松局担当者は、原告に対する同日付け連絡票（以下「本件連絡票９」といい、本件連絡票１～８と併せて「本件各連絡票」という。）を原告事務センター、乙事務所及び本件法律事務所２に、それぞれ配達証明付書留郵便にて発送し、同センター及び同法律事務所に宛てた郵便は、平成２７年４月３０日に配達された。本件連絡票９には、①本件調査のため、原告事務センターへ臨場したいことから、同年５月１１日から同月１５日までの間で都合の良い日を同月８日午後５時までに、高松局担当者まで連絡されたい、②臨場する時間帯は、午前８時半から午後５時までの間であれば何時からでも構わない、③今後も帳簿書類の提示がなければ、法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿の備付け等が法令の規定に従って行われていないものとして、青色申告の承認の取消処分の対象となる場合があり、消費税の仕入税額控除も否認せざるを得ない場合もある旨が記載されていた。
イ 平成２７年４月１６日に乙税理士宛てに発送した本件連絡票８（前記（２５））が、保管期間の経過を理由に高松国税局に返送された。
（31）平成２７年５月１１日の状況（乙７８、７９）
ア 高松局担当者が、戊弁護士に対し、電話で、本件連絡票９に記載した本件調査の日程について確認したところ、同弁護士は、東京局担当者が当初に行った調査についての文書による回答と原告代表者の自宅に来た職員名についての文書による回答がない限り、協力できない旨を回答した。これに対し、高松局担当者は、本件通知書５に記載されている平成２７年４月２２日には誰も原告代表者の自宅に行っていないことを指摘した上、本件連絡票９において依頼をした同年５月１５日までに本件調査に協力する時間を１時間でも取れないということであれば、独自の調査の結果を調査結果の説明という形で納税者と税務代理人に説明しなければならないため、日程調整について近日中に戊弁護士に連絡する旨説明した。
イ 平成２７年４月２８日に乙事務所宛てに発送した本件連絡票９（前記（３０）ア）が、保管期間の経過を理由に高松国税局に返送された。
（32）平成２７年５月１２日の状況（乙８０）
戊弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、①原告宛ての文書について、原告と乙税理士に送付せずに、代理人である同弁護士又はＢ弁護士のみに送付されたい、②前日の平成２７年５月１１日に高松局担当者が言及した独自調査の結果の説明（前記（３１）ア）についての連絡も、上記弁護士らにされたい旨を述べた。
（33）平成２７年５月１８日の状況（乙８１）
戊弁護士及びＢ弁護士は、平成２７年５月１４日付けの通知書（以下「本件通知書６」という。）を配達証明付書留郵便にて送付し、本件通知書６は同月１８日に高松国税局に到達した。本件通知書６には、①原告は、高松国税局との信頼関係が十分とはいえない現況に鑑み、高松国税局が行う税務調査には対応できない、②原告は、全ての税務署が行う調査の対応を拒むものではなく、原告の本店所在地管轄の今治税務署が行う調査であれば、これに応じる準備がある、③本件通知書５に対して回答されたい旨が記載されていた。
（34）平成２７年５月１９日の状況（乙８２）
高松局担当者は、Ｂ弁護士に対し、電話で、①受領した本件通知書６には、本件通知書５（平成２７年４月２２日に原告代表者の自宅に臨場した職員の氏名を明らかにするよう求めるもの）に対する回答がない旨記載されているが、同日は高松国税局の職員は誰も原告代表者の自宅へ行っておらず、そのことは前の週（平成２７年５月１１日。前記（３１）ア）に戊弁護士に回答済みである、②高松局担当者による調査が終了したので、その調査結果の説明を近日中に行いたい、③調査結果は、原則として納税者に説明するようになっており、調査結果の説明を受けるかどうか原告の意思確認をされたい旨を伝えた。Ｂ弁護士は、本件通知書６の趣旨につき、高松国税局ではなく、今治税務署の職員が調査に来るのであれば協力できるかもしれないというのが原告の意思である旨を述べた。
（35）平成２７年５月２１日の状況（乙８３）
戊弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、税務調査の担当者を今治税務署の職員に変更してもらえるのであれば、税務調査に協力できると原告代表者から聞いているので、担当者の変更を検討されたい旨要請した。
（36）平成２７年５月２５日の状況（乙８４）
高松局担当者は、戊弁護士に対し、電話で、①今治税務署の職員への担当者の変更はできない、②本件調査が終了したため、法令に基づき調査結果の説明を行いたい、③調査結果の説明は、納税者に対して納税地にて口頭で説明することが原則であるが、原告代表者から高松局担当者に直接電話して「調査結果の説明については戊弁護士に一任します」と言ってもらうなど、納税者が調査結果の説明を聞くことを税務代理人に委任することが確実に確認できれば税務代理人でも構わない旨を説明した。
（37）平成２７年５月２８日の状況（乙８５）
Ｂ弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、①調査結果の説明に関して原告に電話したが、原告代表者の親族に不幸があったため、原告代表者は今治に帰っているとのことで、連絡がとれていない状態である、②今週中の回答は難しいため、来週早々に回答したい旨を述べた。
（38）平成２７年６月１日の状況（乙８６）
Ｂ弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、①調査結果の説明に関する意思確認については、原告代表者がつかまらず、今治から戻っているかも分からず、原告の経理担当や乙税理士を通じて確認の要請をしているが、その返事がまだない、②原告代表者の親族に不幸があったのは本当のようである旨を述べた。
（39）平成２７年６月４日の状況（乙８７）
高松局担当者は、本件法律事務所２に電話をかけたが、戊弁護士及びＢ弁護士の両者とも外出中であったため、応対者に折り返しの電話を依頼した。
（40）平成２７年６月５日の状況（乙８８）
戊弁護士は、高松局担当者に対し、電話で、①原告は今後、訴訟になることを想定し、平成２７年６月１日付けで本店の移転をすることになった、②もっとも、公安委員会の風営法の関係があり、所轄の警察に本店移転をしても支障がないかを確認した上で登記手続を行うと聞いている、③調査結果の説明を原告代表者が直接受けるか否かについては、「今はそういう状況ではない」との指示を受けている、④調査結果を聴く意思がないというわけではなく、登記手続が終わったら説明を聞くので、その機会を設けてほしい旨を述べた。
高松局担当者は、戊弁護士に対し、①同年５月２５日に調査結果の説明をしたい旨連絡して以降、相当期間留保していたが、一向に連絡がない状況であり、これまでの調査対応等の経緯を踏まえると、調査結果の説明を聞く意思がないと認定する、②したがって、調査終了の際の手続は終了し、今後は法令に基づき処理をする旨を伝えた。
以上
（別紙４）
更正の理由
消費税法第３０条第１項は、課税標準額に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除することを規定していますが、同条７項の規定により、当該課税仕入れ等の税額の控除に係る同条第８項に規定する帳簿及び同条第９項に規定する請求書等の保存があった場合にのみ適用することとされています。
当国税局の調査担当職員（以下「調査担当職員」といいます。）は、調査において、平成２６年１１月２７日以降、貴社に対して文書により８回、貴社の事務所に臨場することにより６回、また、貴社の税務代理人である乙（以下「乙税理士」といいます。）を通じては、文書により４回、電話により２回、消費税及び地方消費税の確定申告の基となった帳簿書類の提示を求めました。
しかし、調査担当職員の再三にわたる国税通則法第７４条の２第１項第３号に基づく帳簿書類の提示の求めに対し、乙税理士からは調査理由を文書で回答しない限り調査に応じない旨の発言があり、貴社から、消費税法第３０条８項に規定する帳簿及び同条第９項に規定する請求書等をはじめとする消費税及び地方消費税の確定申告の基となった帳簿書類は提示されませんでした。
なお、貴社は、調査担当職員に対して、災害その他やむを得ない事情により消費税法第３０条第８項に規定する帳簿及び同条第９項に規定する請求書等を保存することができなかったことを証明することはなく、これらの事情があることも認められませんでした。
これらのことは、消費税法第３０条第７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当しますので、貴社の当課税期間の課税仕入れ等に係る税額９５１，４８６，１８３円を控除することはできません。
以上
（別紙５）
本件各処分の適法性に関する被告の主張
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の本件各課税期間に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税等の額は、次のとおりである。
（１）平成２４年６月期更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表２①欄）
２５４億８０２２万７０００円
上記金額は、原告の平成２４年６月期の消費税等の確定申告書（以下「平成２４年６月期確定申告書」という。）の①「課税標準額」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表２②欄）
１０億１９２０万９０８０円
上記金額は、消費税法２９条（本件各課税期間のうち平成２６年３月３１日までの課税資産の譲渡等については平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により、前記アの金額に税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表２④欄）
０円
平成２４年６月期に係る控除対象仕入税額については、法３０条７項にいう「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、同条１項は適用されない。
エ 納付すべき消費税額（別表２⑨欄）
１０億１９２０万９０００円
上記金額は、前記イの金額と同額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した本税額（別表２⑩欄）
６７７２万２８００円
上記金額は、平成２４年６月期確定申告書の⑨「差引税額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表２⑪欄）
９億５１４８万６２００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
キ 地方消費税の課税標準額（別表２⑬欄）
１０億１９２０万９０００円
上記金額は、前記エの金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表２⑮欄）
２億５４８０万２２００円
上記金額は、地方税法７２条の８３（本件各課税期間のうち平成２６年３月３１日までの課税資産の譲渡等については平成２４年法律第５９号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、前記キの金額に税率１００分の２５を乗じた金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表２⑯欄）
１６９３万０７００円
上記金額は、平成２４年６月期確定申告書の⑳「譲渡割額（納税額）」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表２⑰欄）
２億３７８７万１５００円
上記金額は、前記クの金額から前記ケの金額を差し引いた金額である。
サ 納付すべき消費税等の額（別表２⑱欄）
１１億８９３５万７７００円
上記金額は、前記カの金額と前記コの金額との合計額であり、原告が新たに納付すべき消費税等の額である。
（２）平成２５年６月期更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表２①欄）
２１８億１５７９万８０００円
上記金額は、原告の平成２５年６月期の消費税等の確定申告書（以下「平成２５年６月期確定申告書」という。）の①「課税標準額」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表２②欄）
８億７２６３万１９２０円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、前記アの金額に税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表２④欄）
０円
平成２５年６月期に係る控除対象仕入税額については、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たり、同条１項は適用されない。
エ 納付すべき消費税額（別表２⑨欄）
８億７２６３万１９００円
上記金額は、前記イの金額と同額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した本税額（別表２⑩欄）
７９９８万９７００円
上記金額は、平成２５年６月期確定申告書の⑨「差引税額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表２⑪欄）
７億９２６４万２２００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
キ 地方消費税の課税標準額（別表２⑬欄）
８億７２６３万１９００円
上記金額は、前記エの金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表２⑮欄）
２億１８１５万７９００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記キの金額に税率１００分の２５を乗じた金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表２⑯欄）
１９９９万７４００円
上記金額は、平成２５年６月期確定申告書の⑳「譲渡割額（納税額）」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表２⑰欄）
１億９８１６万０５００円
上記金額は、前記クの金額から前記ケの金額を差し引いた金額である。
サ 納付すべき消費税等の額（別表２⑱欄）
９億９０８０万２７００円
上記金額は、前記カの金額と前記コの金額との合計額であり、原告が新たに納付すべき消費税等の額である。
（３）平成２６年６月期更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表２①欄）
２２０億８２５５万６０００円
上記金額は、原告の平成２６年６月期の消費税等の確定申告書（以下「平成２６年６月期確定申告書」という。）の①「課税標準額」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表２②欄）
１０億１８３７万２６８４円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額を合計した金額である。
（ア）課税標準額に対する消費税額
６億４８３９万７１２０円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、前記アの金額のうち平成２６年３月３１日以前の課税資産の譲渡等に係る課税標準額１６２億０９９２万８０００円に税率１００分の４を乗じて算出した金額であり、平成２６年６月期確定申告書の付表１「旧・新税率別、消費税額計算表兼地方消費税の課税基準となる消費税額計算表」（以下「付表１」という。）の②「消費税額（税率４％適用分Ｂ）」欄と同額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額
３億６９９７万５５６４円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、前記アの金額のうち、平成２６年４月１日以降の課税資産の譲渡等に係る課税標準額５８億７２６２万８０００円に税率１００分の６．３を乗じて算出した金額であり、平成２６年６月期確定申告書の付表１の②「消費税額（税率６．３％適用分Ｃ）」欄と同額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表２④欄）
０円
平成２６年６月期に係る控除対象仕入税額については、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たり、同条１項は適用されない。
エ 納付すべき消費税額（別表２⑨欄）
１０億１８３７万２６００円
上記金額は、前記イの金額と同額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した本税額（別表２⑩欄）
９５７８万６０００円
上記金額は、平成２６年６月期確定申告書の⑨「差引税額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額（別表２⑪欄）
９億２２５８万６６００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
キ 地方消費税の課税標準額（別表２⑬欄）
１０億１８３７万２６００円
上記金額は、前記エの金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
ク 納付すべき譲渡割額（別表２⑮欄）
２億６１９３万３９００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額を合計した金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
（ア）納付すべき譲渡割額
１億６２０９万９２７５円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記キの金額のうち、平成２６年３月３１日以前の課税資産の譲渡等に係る地方消費税の課税標準額６億４８３９万７１００円に税率１００分の２５を乗じた金額である。
（イ）納付すべき譲渡割額
９９８３万４６５８円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記キの金額のうち、平成２６年４月１日以降の課税資産の譲渡等に係る地方消費税の課税標準額３億６９９７万５５００円に税率６３分の１７を乗じた金額である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表２⑯欄）
２４９７万１０００円
上記金額は、平成２６年６月期確定申告書の⑳「譲渡割額（納税額）」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額（別表２⑰欄）
２億３６９６万２９００円
上記金額は、前記クの金額から前記ケの金額を差し引いた金額である。
サ 納付すべき消費税等の額（別表２⑱欄）
１１億５９５４万９５００円
上記金額は、前記カの金額と前記コの金額との合計額であり、原告が新たに納付すべき消費税等の額である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の本件各課税期間における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、前記１で述べたとおりであるところ、本件各更正処分における原告の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、いずれも同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件各賦課処分の根拠について
期限内申告書が提出された場合において、更正がされ、当初の申告に係る税額より更正後の税額が上回ることとなったときには、その更正により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課することとされている（通則法６５条１項）。そして、更正により納付すべき税額が、その国税に係る期限内申告額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算することとされている（通則法６５条２項）。
前記２のとおり、本件各更正処分は適法であるところ、本件各更正処分により、原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、以下に述べるとおりである。
（１）平成２４年６月期
１億７４１７万００００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２４年６月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１１億８９３５万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した１億１８９３万５０００円及び新たに納付すべき税額１１億８９３５万７７００円のうち期限内申告税額８４６５万３５００円を超える部分に相当する金額１１億０４７０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した５５２３万５０００円の合計金額である。
（２）平成２５年６月期
１億４３６２万０５００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２５年６月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９億９０８０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した９９０８万円及び新たに納付すべき税額９億９０８０万２７００円のうち期限内申告税額９９９８万７１００円を超える部分に相当する金額８億９０８１万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した４４５４万０５００円の合計金額である。
（３）平成２６年６月期
１億６７８９万３５００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２６年６月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１１億５９５４万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した１億１５９５万４０００円及び新たに納付すべき税額１１億５９５４万９５００円のうち期限内申告税額１億２０７５万７０００円を超える部分に相当する金額１０億３８７９万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した５１９３万９５００円の合計金額である。
４ 本件各賦課処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記３で述べたとおりであるところ、これらの金額は、本件各賦課処分における過少申告加算税の額とそれぞれ同額であるから、本件各賦課処分はいずれも適法である。以上
（別紙６）
当事者の主張の要旨
１ 争点（１）（本件が法３０条７項にいう帳簿等を「保存しない場合」に当たるか）について（被告の主張）
（１）納付すべき消費税の額を算定するに当たっては、課税売上高に係る消費税額から仕入れに係る消費税額を控除する（仕入税額控除。法３０条１項）ところ、これは、法６条により非課税とされるものを除き、国内において事業者が行った資産の譲渡等に対して消費税を課する結果、取引の各段階で課税されて税負担が累積することを防止するため、課税仕入れに係る消費税額を控除することによって前段階の取引に係る消費税額を控除するものである。
そして、法３０条７項は、事業者が課税仕入れに係る帳簿等を「保存しない場合」には、当該保存がない課税仕入れに係る仕入税額控除を適用しない旨定めることから、事業者が法３０条１項により仕入税額控除を受けるためには、課税仕入れが行われ、かつ、当該課税仕入れの事実を証明するための帳簿等を保存していることが必要である。
（２）法３０条７項は、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提としており、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同条８項１号所定の事項が記載されている帳簿及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそのいずれをも検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、仕入税額控除に係る同条１項の規定を適用することができることを明らかにするものと解される。そのため、法３０条７項の規定の反面として、事業者が帳簿等を保存していない場合には仕入税額控除が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広くかつ薄く資産の譲渡等に課税するという消費税について適正な税収を確保するには、上記の帳簿等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると解される。
このようなことからすれば、法３０条７項にいう帳簿等の「保存」とは、単なる物理的な帳簿等の保管にとどまるものではなく、税務職員による検査における帳簿等の提示要求に対し、当該事業者がその保存の有無及びその記載内容を確認し得る状態に置くことをも意味する趣旨であると解することが相当であるから、事業者が、法５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、通則法７４条の２に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については適用されないというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月２０日第二小法廷判決・裁判集民事２１５号１００５頁参照。以下、上記の各最高裁判決を併せて「本件各最高裁判決」という。）。
（３）本件調査の経緯は前提事実（２）のとおりであるところ、平成２６年２月４日に東京局担当者が本件調査に着手して以降、複数回にわたる原告事務センターへの臨場及び税務代理人らに対する再三にわたる電話応答などにおいて、帳簿等を提示して調査に協力するよう求めたり、原告代表者と直接面談することを求め、本件各調査票においても、原告事務センターへ臨場する日時を定めて、当該日において法人税や消費税等の帳簿等を提示して税務調査に協力するよう求めていたものである。
このように、本件調査担当者は、原告に対して再三にわたり帳簿等の提示を求めたのに対し、原告は、帳簿等を提示せず、調査に応じなかったものである。これは、たとえ原告がその当時において帳簿等を物理的に保管していたとしても、税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していたとはいえないから、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たるというべきである。
また、原告は、本件調査が通則法７４条の１０に該当する具体的な根拠を示した東京国税局長名の文書による回答がないことを理由に、税務調査に応じず帳簿等の提示を拒み続けたものであるところ、このような理由が法３０条７項ただし書に規定する「災害その他やむを得ない事情」に当たらないことは明白である。
したがって、本件においては、法３０条７項に該当するから、同条１項の仕入税額控除の規定は適用されない。
（原告の主張）
（１）文理上、帳簿等を「提示しない」ことは「保存しない」ことと全く別の概念であり、累積的な課税を排除するという消費税制度の本質に照らせば、帳簿等を「保存しない場合」という法３０条７項の文言は厳格に解釈すべきであり、「提示しない」場合を含めて解釈することは憲法８４条の定める租税法律主義に反する。
（２）本件各最高裁判決の事案は、仕入税額控除否認の仕組みの説明教示が再三にわたって行われており、納税者は、提示をしなければ仕入税額控除を否認されることを知りながら提示に応じなかった事案であり、客観的状況から帳簿等の不保存が強く推認されるか、又は不保存とされても仕方のないものであったのに対し、本件は、帳簿等を保存していたにもかかわらず、本件調査担当者の原告に対する仕入税額控除否認の仕組みの説明教示がなく、原告は、仕入税額控除が否認されることは全く予測しておらず、知らなかった故に不提示を続けたものであって、仮に説明教示があり、仕入税額控除否認の仕組みを知っていれば直ちに提示に応じた事案であるから、本件各最高裁判決の事案とは本質的・基本的な部分で事案を異にするものであり、本件に適用されるべきではない。
（３）仮に、本件に本件各最高裁判決が妥当するとしても、本件各最高裁判決は、税務職員から適法に帳簿等の提示を求められ、これに応じ難い理由がなかったにもかかわらず提示しなかったことをもって法３０条７項の「保存しない場合」に該当するとされたものと理解すべきところ、以下のとおり、本件調査担当者の原告に対する帳簿等の提示の求めは適法にされたものではない。
すなわち、①本件調査担当者は、仕入税額控除否認の仕組みを教示すべき実務慣行等に反し、当該仕組みを説明しなかった。また、②本件調査担当者は、原告が仕入税額控除の否認により約３８億円という極めて多額の課税処分を受ける旨の認識を欠いていることを認識しながら、具体的な時期を示した上で帳簿等の提示を催告し、また、最終的に約３８億円という多額の課税処分を受けるという不利益を受けてもなお提示しないかという最終的な選択を示しての催告をしなかったから、憲法３１条が定める適正手続の保障に反する。そして、③原告に送付された本件各連絡票は、上記①及び②で示したような仕入税額控除否認の仕組みの説明教示等を伴うものでなく、実効性の伴わない形式的な提示の求めを繰り返したにすぎず、真に帳簿等の提示を求める意図であったとはいえないものであって、通則法７４条の２第１項を質問検査権行使の為ではなく多額の課税の目的のために用いたものであって、同項の趣旨に反するものである。
このように、本件調査担当者の原告に対する帳簿等の提示の求めは適法にされたものではないから、本件は、本件各最高裁判決と異なり、「保存しない場合」に当たると解されるべきではない。
（４）上記（３）のとおり、本件各最高裁判決は、適法な帳簿等の提示の求めがあったことのほか、これに応じ難いとする理由がなかったにもかかわらず帳簿等を提示しないことをもって「保存しない場合」に該当するものとしていると解されるべきところ、①原告が平成２７年５月１４日付け通知書（本件通知書６。別紙３の２（３３））を送付し、本件調査を受け入れる旨を申し入れたことに照らせば、原告が帳簿等を提示しなかったと認めることは時期尚早であるし、②原告が、本件調査担当者が本件調査に着手した平成２６年２月４日の調査につき通則法７４条の１０の事前通知を要しない場合に該当するとした根拠について回答するよう求めていたにもかかわらず、東京国税局や本件調査担当者はこれを一切無視していたから、原告には調査に応じ難いとする理由があった。
したがって、この点からも、本件は、本件各最高裁判決と異なり、「保存しない場合」に当たると解されるべきではない。
２ 争点（２）（本件各更正処分に理由提示違反の違法があるか）について
（原告の主張）
不利益処分における理由提示は、課税当局の恣意を抑制し、納税者に対し不服申立ての便宜を与えるため、納税者が理解し得るように、十分適切に行われるべきところ、本件各処分通知書における本件各更正処分の理由の提示は、以下のとおり、不適切かつ不十分な記載しかされていないから、違法である。
（１）本件各処分通知書には、帳簿等の提示がないために法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たる旨しか記載されていないため、原告が帳簿等を提示しなかったことがなぜ「保存しない場合」に当たるのか、法解釈に関する記載に欠ける。したがって、原告は処分行政庁が「保存しない場合」についてどのような解釈をしたのかを全く理解することができない。
（２）法３０条７項ただし書の「災害その他やむを得ない事情」は仕入税額控除否認の規定が適用されない場合の宥恕規定であるが、本件各処分通知書ではこれを「保存しない場合」の課税要件として取扱う誤りを犯している。
（３）本件調査担当者が帳簿等の提示を求めたことや、原告が帳簿等を提示しなかったことに関する具体的な事実関係の記載が皆無であり、自然的事実関係として特定されていない。
（４）本件においては、原告は、最終的に「今治税務署の調査であれば応じる」旨の申出をしているが、かかる申出があったことや申出に応じない理由の記載がない。
（５）本件各最高裁判決は、適法な帳簿等の提示の求めに対し応じ難い理由がないのに提示しなかったことが法３０条７項の「保存しない場合」に当たるために必要と解しているが、本件各処分通知書にはこれらに関する記載がない。
（６）本件調査が終了した際にその結果の説明がされていないが、調査結果の説明は、調査手続の一環として極めて重要な手続であるから、本件各処分通知書にはこれを行わなかった合理的理由を記載すべきであるのに、こうした記載がされていない。
（７）原告が本件調査に応じなかった理由は、本件調査の初日の調査について「事前通知を要しない事例に該当する根拠について回答を求め、回答がない限り調査に応じない」とするものであるが、本件各処分通知書には「調査理由を回答しない限り」と記載されており、重大な事実誤認がある。
（被告の主張）
本件各処分通知書には、本件調査において、本件調査担当者の再三にわたる帳簿等の提示の求めに対し、原告は帳簿等を提示しなかったことから、法３０条７項にいう「保存しない場合」に当たるとして、同条１項の仕入税額控除は適用されないという判断過程及び処分の根拠が示され、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与えるという行政手続法１４条１項の趣旨に沿う十分な記載がされている。確かに、法３０条７項の「保存しない場合」についての解釈において、本件各最高裁判決は重要な位置づけを有するが、だからといって、本件各最高裁判決の判決要旨そのもの、又は、当てはめとして判示で示された内容そのものを本件に引き直した記載を逐一せずとも、行政手続法１４条１項の趣旨が害されるものではない。したがって、本件各処分通知書における本件各更正処分の理由の提示に不備はなく、違法ではない。
３ 本件各更正処分の適法性に関するその他の主張について
（原告の主張）
（１）本件調査担当者は、本件調査を終了するに当たり、通則法７４条の１１第２項が定める調査結果の説明を行わなかったから、本件各更正処分は違法である。
（２）本件各更正処分は、本件調査担当者が原告の仕入税額控除否認の仕組みの不知を認識しながら、当該否認の仕組みを説明教示せずに帳簿等の提示を求め、帳簿等の提示がないことをもって仕入税額控除を否認して行われたものであるところ、本件調査担当者が仕入税額控除否認の仕組みについて説明教示しなかったことは、原告にとって帳簿等の不提示によっても仕入税額控除が否認されたと言われたも同然であり、その説明教示がなかったことは税務調査段階における「消極的誤指導」として「誤指導」に相当し、その結果行われた本件各更正処分は信義則違反又は禁反言の法理により違法となる。
（３）課税当局による帳簿等の提示の求めに対して提示しないことが法３０条７項の「保存しない場合」に該当するか否か、該当するとして仕入税額控除を否認するか否かの判断は、事実上、課税当局による極めて広範囲な裁量権の行使に基づくものであるところ、処分行政庁は、原告が、税務代理人も含めて、仕入税額控除否認の仕組みについて知識がなく、帳簿等の不提示を続けても多額の課税処分を受けることなどないものと誤信していることを知りながら、殊更に、仕入税額控除否認の仕組みを教示せず、仕入税額控除否認の可否が調査対象となっていることを秘匿し、真に提示を求める意思のない形式的な提示の求めを繰り返し、具体的な課税処分の告知もせず、帳簿等の提示の求めの期限を定めた催告もせずに、原告及び税務代理人の誤信に乗じるかのように、帳簿等の不提示という手続違反により、不意打ちで、本来あり得ない巨額の課税処分を行ったものであり、公正を旨とする国税局としてあり得ない暴挙・軽挙であって、裁量権の濫用に該当する。
（被告の主張）
（１）通則法７４条の１１第２項が定める調査結果の説明は、常に行わなければならないものではなく、合理的な理由があるときは調査結果の説明をしないことも許される。本件調査担当者が原告の税務代理人である戊弁護士及びＢ弁護士に対して再三にわたり調査結果の説明の日程調整等を依頼したにもかかわらず、原告からは日程等についての回答がなかったことや、原告が愛媛県今治市に本店所在地を移転させた後、再び本店所在地を移転させることを計画していたことに照らすと、原告は、本件調査担当者からの調査結果の説明を拒否し、調査結果の説明の後に予想される処分行政庁からの課税処分の回避を画策していたのであり、調査結果の説明を聞く意思はなかったと判断される。
そうすると、調査結果の説明を行わずに本件各更正処分をしたことに合理的な理由があるから、何ら違法な点はない。
（２）本件調査担当者は、本件調査において、原告及び税務代理人らに対し、１年３か月もの間、再三にわたり帳簿書類の提示を求めるとともに、本件連絡票７から９までにおいて、帳簿書類の提示がない場合には消費税の仕入税額控除についても否認せざるを得ない旨を記載して、これを原告に送付していた。それにもかかわらず原告が帳簿等を提示しなかったため、処分行政庁は、同各連絡票に記載された通り、消費税の仕入税額控除を否認する内容の本件各更正処分を行ったのであるから、本件調査の過程において、原告が主張する「消極的誤指導」などと評価される事実は一切認められない。
（３）本件各更正処分は裁量処分ではない。また、本件各更正処分に至った経緯は上記（２）のとおりであって、原告に対する本件各更正処分は法３０条７項を適用した結果にすぎない。裁量権の濫用をいう原告の主張は前提を誤ったものであるし、内実としても理由がない。
４ 争点（３）（過少申告がされたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか）について
（原告の主張）
本件調査担当者が、本件調査の過程において、原告や税務代理人が仕入税額控除の仕組みや多額の課税のことを知らない旨認識しながら、その説明教示を行わなかったことは、通則法６５条４項の「正当な理由」に該当する。
（被告の主張）
そもそも、通則法６５条４項は、納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合をいうのであるから、申告後の事情はこれに当たらない。また、本件調査の過程において、本件調査担当者は、原告に対して、再三にわたり帳簿等の提示を求めるとともに、その提示がされない場合には消費税の仕入税額控除を否認する旨の説明をしているから、原告が主張する事実は認められない。仮に原告が主張する事情を前提としても、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」には、納税者側の主観的な事情、法の不知、解釈の誤りは含まれないから、原告の主張は失当である。
以上
別表１本件各更正処分等の経緯
別表１－１平成２４年６月課税期間更正処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
①
納付すべき
地方消費税額
②
納付すべき
消費税等の額
③（①＋②）
過少申告
加算税の額
確定申告
平成24年8月23日
25,480,227,000
951,486,183
67,722,800
16,930,700
84,653,500
－
更正決定
平成27年6月8日
25,480,227,000
1,019,209,000
254,802,200 1,274,011,200
174,170,000
異議申立て
平成27年8月4日
全部の取消し
異議決定
平成27年10月2日
棄却
審査請求
平成27年11月2日
全部の取消し
審査裁決
平成28年10月21日
棄却
別表１－２平成２５年６月課税期間更正処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
①
納付すべき
地方消費税額
②
納付すべき
消費税等の額
③（①＋②）
過少申告
加算税の額
確定申告
平成25年8月23日
21,815,798,000
792,642,163
79,989,700
19,997,400
99,987,100
－
更正決定
平成27年6月8日
21,815,798,000
872,631,900
218,157,900 1,090,789,800
143,620,500
異議申立て
平成27年8月4日
全部の取消し
異議決定
平成27年10月2日
棄却
審査請求
平成27年11月2日
全部の取消し
審査裁決
平成28年10月21日
棄却
別表１－３平成２６年６月課税期間更正処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
①
納付すべき
地方消費税額
②
納付すべき
消費税等の額
③（①＋②）
過少申告
加算税の額
確定申告
平成26年8月27日
22,082,556,000
922,586,679
95,786,000
24,971,000
120,757,000
－
更正決定
平成27年6月8日
22,082,556,000
1,018,372,600
261,933,900 1,280,306,500
167,893,500
異議申立て
平成27年8月4日
全部の取消し
異議決定
平成27年10月2日
棄却
審査請求
平成27年11月2日
全部の取消し
審査裁決
平成28年10月21日
棄却
別表２本件各課税期間に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税等の額（単位：円）
区分
平成２４年６月
課税期間
平成２５年６月
課税期間
平成２６年６月
課税期間
消費税
課税標準額
①
25,480,227,000
21,815,798,000
22,082,556,000
課税標準額に対する消費税額
②
1,019,209,080
872,631,920
1,018,372,684
控除過大調整税額
③
控除税額
控除対象仕入税額
④
返還等対価に係る税額
⑤
貸倒れに係る税額
⑥
控除税額小計（④＋⑤＋⑥）⑦
控除不足還付税額（⑦－②－③）
⑧
差引税額（②＋③－⑦）
⑨
1,019,209,000
872,631,900
1,018,372,600
既に納付の確定した本税額
⑩
67,722,800
79,989,700
95,786,000
差引納付すべき消費税額
（⑨－⑧－⑩）
⑪
951,486,200
792,642,200
922,586,600
地方消費税
地方消費税の
課税標準となる
消費税額
控除不足
還付税額（⑧）⑫
差引税額（⑨）⑬
1,019,209,000
872,631,900
1,018,372,600
譲渡
割額
還付額（⑫×25％）
⑭
納付額（⑬×25％）
⑮
254,802,200
218,157,900
261,933,900
既に納付の確定した譲渡割額
⑯
16,930,700
19,997,400
24,971,000
差引納付すべき譲渡割額
（⑮－⑭－⑯）
⑰
237,871,500
198,160,500
236,962,900
納付すべき消費税等の合計額（⑪＋⑰）⑱
1,189,357,700
990,802,700
1,159,549,500
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13343.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。