税務訴訟資料第２７１号－２８（順号１３５３０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号重加算税賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（朝霞税務署長）
令和３年２月２６日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士田中寿一郎
恩田慶太
荒木佑輔
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁朝霞税務署長
齊藤隆志
同指定代理人石井広太朗
山元智晶
猪股翔太
近藤憲二
大谷和志
岩元亜紀子
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
朝霞税務署長が平成２９年１月２７日付けで原告に対してした別紙処分目録記載の各処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告が、原告の元常務取締役による虚偽の売買契約書の作成等の行為により売上の計上漏れがあったとして、法人税、復興特別法人税、消費税及び地方消費税（以下、併せて「法人税等」という。）の修正申告書を提出したところ、法人税等に係る重加算税の賦課決定処分を受けたことから、当該修正申告書の提出は「その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるなどと主張して、各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
２ 法令の定め
（１）平成２８年法律第１５号附則５４条３項により平成２９年１月１日前に決定申告期限等が到来した国税について適用される国税通則法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下「通則法」という。）６８条１項は、「第六十五条第一項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（同条第五項の規定の適用がある場合を除く。）において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠ぺいし、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠ぺいし、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に百分の三十五の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。」と規定していた。
（２）通則法６５条５項は、「第一項の規定は、修正申告書の提出があつた場合において、その提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは、適用しない。」と規定していた。
３ 前提事項（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告は、国内及び海外における不動産の売買、賃貸借、仲介、管理及び分譲並びに土地の造成等を目的とする株式会社である。
イ 乙（以下「乙」という。）は、平成３年４月に原告に入社し、平成１８年４月１日に原告の取締役に就任した後、平成２１年頃に原告の常務取締役に就任し、それ以降、原告の各支店を統括するエリア統括本部及び営業部門を統括する企画営業本部の責任者として、原告全体の不動産取引や契約等について決裁を行っていたほか、自身も原告において不動産取引に関する営業活動を行っていた者である。
乙は、平成２５年３月３１日、原告の取締役を退任したが、退任後も引き続き原告のエリア統括本部及び企画営業本部の責任者として原告の業務に従事していた。
乙は、平成２５年９月５日、原告の了承なく原告の所有する埼玉県朝霞市ａの土地（以下「ａの土地」という。）の一部を分筆し、当該一部を乙が代表取締役を務める株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）の名義とした事実等が発覚したことを契機として、原告に懲戒解雇された。
乙は、平成２７年１２月７日から同月２５日にかけて、後記（２）イ、ウ及び（３）イ、ウの本件各取引及びａの土地の無断分筆・移転登記に係る会社法（９６０条１項３号）違反、背任被告事件で起訴され、平成２８年１０月４日、さいたま地方裁判所において、懲役３年、執行猶予５年の判決を受けた（甲３０～３２）。
（２）本件土地１の売買等
ア 原告は、平成２４年１０月３日、売買により、埼玉県朝霞市ｂの各土地（以下、併せて「本件土地１」という。）の所有権の全部を取得した。
イ 原告は、株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）との間で、平成２４年１１月９日、本件土地１を代金４億９３１２万９０００円（ただし、契約書記載の面積と実測面積に差異が生じた場合には、契約書記載の単価により本件土地１の引渡時に精算する。）で売却する旨の売買契約を締結した（弁論の全趣旨。以下「本件取引１」という。）。
ウ 乙は、本件取引１に際し、「原告及び株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）が本件土地１を共有しており、原告がその持分を３億９３１２万９０００円で、Ｂがその持分を１億円で、それぞれＣに売却する」などの虚偽の内容の契約書（乙１５、１６）を作成し、Ｃに、平成２５年３月２５日及び同年８月２６日に各５０００万円をＢの口座に振り込ませるとともに、本件土地１の全部を代金３億９３１２万９０００円でＣに売却したかのような虚偽の内容の契約書写し（乙１７，乙４０の２）を作成して原告に備え付け、Ｃに示した虚偽の内容の契約書（乙１５、１６）の控えを原告に備え付けなかった。乙は、本件取引１の当時、Ｂの代表取締役を務めていた。
エ 原告は、Ｃに対し、平成２４年１２月１日、本件土地１を引き渡した。
（３）本件土地２の売買等
ア 原告は、平成２５年１月２６日から同月２７日にかけて、売買により、埼玉県朝霞市ｄの各土地（以下、併せて「本件土地２」という。）の所有権の全部を取得した。
イ 原告は、Ｃとの間で、平成２５年２月４日、本件土地２を代金８億８６００万円（ただし、契約書記載の面積と実測面積に差異が生じた場合には、契約書記載の単価により本件土地２の引渡時に精算する。）で売却する旨の売買契約を締結した（弁論の全趣旨。以下「本件取引２」といい、本件取引１と併せて「本件各取引」という。）。
ウ 乙は、本件取引２に際し、「原告、Ｂ及び株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）が本件土地２を共有しており、原告がその持分を７億２２５０万円で、Ｂがその持分を１億３３５０万円で、Ｄがその持分を３０００万円で、それぞれＣに売却する」などの虚偽の内容の契約書（乙２３～２５）を作成し、Ｃに、平成２５年５月８日に５３３５万円、平成２６年１２月５日に８０１５万円をそれぞれＢの口座に、平成２５年４月１９日に３００万円、同年８月２９日に２７００万円をそれぞれＤの口座に振り込ませるとともに、本件土地２の全部を代金７億２２５０万円でＣに売却したかのような虚偽の内容の契約書写し（乙２６）を作成して原告に備え付け、Ｃに示した虚偽の内容の契約書（乙２３～２５）の控えを原告に備え付けなかった。
乙は、本件取引２の当時、Ｂ及びＤの代表取締役を務めていた。
エ 原告は、Ｃに対し、平成２５年８月２９日、本件土地２を引き渡した。
（４）本件確定申告
ア 原告は、平成２５年８月２８日、原告の平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの事業年度（以下「平成２５年６月期」といい、他の事業年度又は課税期間についても、その終期に応じて同様に表記する。）の法人税等につき、乙が作成して原告に備え付けた虚偽の内容の契約書写しに基づき、本件取引１に係る売上は３億９３１２万９０００円に実測面積により精算された金額を加算した３億９４１０万０３２７円であることを前提として、納付すべき法人税額は７４９０万８５００円、納付すべき復興特別法人税額は７５０万２８００円、納付すべき消費税額は４９９１万６６００円、納付すべき地方消費税額は１２４７万９１００円である旨の各確定申告をした。
イ 原告は、平成２６年７月４日、平成２５年６月期の法人税等につき、本件各取引とは無関係な理由により、平成２６年６月９日に朝霞税務署から調査結果の説明等を受けた（乙３）上で、修正申告書（乙３３～３５）を提出し、納付すべき法人税額は７８７９万８０００円、納付すべき復興特別法人税額は７８９万１８００円、納付すべき消費税額は５０３５万７９００円、納付すべき地方消費税額は１２５８万９４００円である旨の修正申告をした。
ウ 原告は、平成２６年８月２７日、平成２６年６月期の法人税等につき、乙が作成して原告に備え付けた虚偽の内容の契約書写しに基づき、本件取引２に係る売上は７億２２５０万円に実測面積により精算された金額を加算した７億３９３７万９５８９円であることを前提として、納付すべき法人税額は９３４３万５４００円、納付すべき復興特別法人税額は９３５万２８００円、納付すべき消費税額は６６１５万１３００円、納付すべき地方消費税額は１６８５万２７００円である旨の各確定申告をした（以下、前記アの確定申告と併せて「本件確定申告」という。）。
（５）本件犯則調査等
ア 関東信越国税局調査査察部職員らは、Ｂに対する法人税法違反の嫌疑による犯則事件の調査（以下「本件犯則調査」という。）として、平成２７年１０月６日、原告の本社事務所に臨場し、原告の専務取締役である丙及び原告の取締役である丁（以下「丁」という。）に、乙の勤務状況及び本件各取引に係る契約内容等について確認するとともに（乙８）、乙が作成し原告に備え付けた虚偽の内容の契約書写し（乙１７、２６）の任意提出を受けて領置した（乙４０の１・２）。
イ 関東信越国税局調査査察部職員らは、本件犯則調査として、平成２８年２月２２日、原告の本社事務所に臨場し、本件各取引に係る売買代金のうち乙がＢ及びＤに振り込ませた合計２億６３５０万円（以下「本件着服金」という。）が原告の総勘定元帳に売上として計上されていない事実を確認した（乙４１）。
同日の関東信越国税局調査査察部の調査担当者は戊国税査察官（以下「戊」という。）及びＥ国税査察官であり、原告側では丁が対応した（乙４１、５８、弁論の全趣旨）。
（６）別件訴訟における乙の認諾等
ア 原告は、平成２６年４月１１日、乙及びＢ等を被告として、乙が原告の了承なく分筆した上でＢの名義としたａの土地について真正な登記名義の回復などを求める訴訟を提起していた（甲１１・６頁。以下「別件訴訟」という。）ところ、平成２７年１０月１３日、本件着服金２億６３５０万円の支払を求める損害賠償請求を追加した。
イ 乙は、平成２８年４月１日、別件訴訟において、本件着服金に係る上記損害賠償請求を認諾し（甲２３・５頁）、同年６月１日、本件着服金に遅延損害金を加えた３億０８４９万９１８０円を別件訴訟の原告訴訟代理人の口座に振り込み、当該訴訟代理人は、同月３日、上記振込額から弁護士報酬を控除した２億８５１１万７００８円を原告の口座に振り込んだ。
（７）本件修正申告等
ア 原告の丁、丙専務取締役、Ｆ経理部部長、Ｇ税理士、Ｈ税理士は、平成２８年４月２２日、朝霞税務署を訪れ、本件着服金について修正申告をする必要があるかなどについて相談した。朝霞税務署の担当職員は、同年５月１６日、Ｈ税理士に対し、一般的には、法人の役員による横領等の場合、被害発生事業年度において損害額を損金の額に算入するとともに、損害賠償請求権を益金の額に算入するのが一般的であり、被害発生事業年度に損害賠償請求権を益金の額に算入すべきであると考えられるが、調査等により新たな事実関係が把握された際には判断が変わる場合もあるなどと回答した（乙４２）。
イ 原告は、平成２８年５月２０日、平成２５年６月期の法人税等につき、同事業年度の売掛債権計上漏れとして２億６３５０万円、損害賠償請求権として２億６３５０万円を益金の額に、横領損失として２億６３５０万円を損金の額に、それぞれ算入した修正申告書（乙４３～４５）を提出し、納付すべき法人税額は１億４５６３万５８００円、納付すべき復興特別法人税額は１４５７万５６００円、納付すべき消費税額は５１１４万８０００円、納付すべき地方消費税額は１２７８万７０００円である旨の修正申告をした（以下「本件修正申告」という。）。
（８）本件賦課決定処分等
ア 朝霞税務署職員らは、平成２８年８月２２日、課税調査として原告の本社事務所に臨場し、丁から、本件修正申告に至る経緯や乙の当時の役職等について聴取した（乙９、４７）。
イ 朝霞税務署長は、平成２９年１月２７日、原告の平成２５年６月期の法人税等に係る本件修正申告に関し、本件修正申告は更正を予知しない修正申告には該当しないなどとして、法人税に係る納付すべき過少申告加算税額は４１４万５０００円、納付すべき重加算税額は８８８万３０００円、復興特別法人税に係る納付すべき過少申告加算税額は４１万４０００円、納付すべき重加算税額は８８万５５００円、消費税及び地方消費税に係る納付すべき重加算税額は３４万３０００円である旨の賦課決定処分をした（甲１～３。以下、平成２５年６月期の法人税等に係る重加算税の賦課決定処分（後記ウの変更決定処分による変更後のもの）を「平成２５年６月期賦課決定処分」という。）。
ウ 朝霞税務署長は、平成２９年１月２７日、本件土地２に係る損失は平成２６年６月期に発生したものと認められるなどとして、平成２５年６月期の法人税等に関し、納付すべき法人税額は１億０４０８万８４００円、納付すべき復興特別法人税額は１０４２万０８００円、納付すべき消費税額は５０６６万４９００円、納付すべき地方消費税額は１２６６万６２００円である旨の各減額更正処分を、法人税に係る納付すべき過少申告加算税額は０円、納付すべき重加算税額は８８５万１５００円、復興特別法人税額に係る納付すべき過少申告加算税額は０円、納付すべき重加算税額は８８万２０００円、消費税及び地方消費税に係る納付すべき重加算税額は１３万３０００円である旨の各変更決定処分をするとともに、平成２６年６月期の法人税等に関し、納付すべき法人税額は１億３２５４万１４００円、納付すべき復興特別法人税額は１３２６万３４００円、納付すべき消費税額は６６６８万４２００円、納付すべき地方消費税額は１６９８万９９００円である旨の各増額更正処分を、法人税に係る納付すべき重加算税額は１３６８万５０００円、復興特別法人税に係る納付すべき重加算税額は１３６万８５００円、消費税及び地方消費税に係る納付すべき重加算税額は２３万４５００円である旨の各賦課決定処分をした（甲４～９。以下、平成２６年６月期の法人税等に係る重加算税の賦課決定処分を「平成２６年６月期賦課決定処分」といい、平成２５年６月期賦課決定処分と併せて「本件賦課決定処分」という。）。
エ 原告は本件賦課決定処分につき再調査の請求をしたが、朝霞税務署長は、平成２９年６月２０日付けで、再調査の請求をいずれも棄却する旨の決定をした。
オ 原告は審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成３０年６月５日付けで、審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同月１２日以降にその裁決書謄本を原告に送付した（甲１２）。
カ 原告は、平成３０年１２月１２日、本件訴えを提起した（裁判所に顕著な事実）。
４ 争点
（１）本件犯則調査が通則法６５条５項にいう「調査」に当たるか
（２）本件修正申告が平成２５年６月期の法人税等との関係で「その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか
（３）本件修正申告が平成２６年６月期の法人税等との関係でも「修正申告書の提出があつた場合において、その提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか
（４）原告につき「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に当たるか
５ 争点に関する当事者の主張
（１）本件犯則調査が通則法６５条５項にいう「調査」に当たるか
（原告の主張）
ア 通則法６５条５項にいう「調査」は、通則法２４条にいう「調査」と同義に解するべきであり、同条にいう「調査」は課税調査を意味することから、通則法６５条５項にいう「調査」とは課税調査を意味し、犯則調査は含まれない。
課税調査は、各税法の定める国税の納付、賦課及び徴収が適正に行われるよう、納税義務者等に対して質問、検査等を行うものであって、通則法７章の２にその内容、手続等が定められている。
他方、犯則調査は、国税についての犯則があると認められる場合に、通告処分又は告発を終極の目的として、犯則事件の証拠を発見、収集するために行うものであって、形式的には行政手続であるが、実質的には刑事手続に近い性質を有し、本件犯則調査当時は国税犯則取締法にその内容、手続等が定められていた。
両調査は、根拠法の異なる全く別の手続であり、そもそもの手続理念が異なるものであることを考えると、通則法６５条５項の「調査」に課税調査と犯則調査の双方が含まれると考えることには非常に無理がある。
通則法においては、６５条５項のほかにも「調査」という文言が至る所に使われているが（２４条、３２条１項、７章の２等々）、それらの条項における「調査」はいずれも課税調査を意味しているのであって、６５条５項の「調査」のみが他の条項における「調査」と異なる概念であると解することは、法律の統一的解釈の見地から極めて不合理である。
国税庁の定めた平成２４年９月１２日付け課総５－９ほか９課共同「国税通則法第７章の２（国税の調査）関係通達の制定について（法令解釈通達）」（以下「調査通達」という。）１－１（１）は、通則法７章の２における「調査」が課税調査であることを明らかにしているところ、同じ通則法の中で「調査」という用語を別異に解することは不自然、不合理であるから、国税庁は、通則法６５条５項の「調査」についても同様に考えているものと解される。
イ 通則法６５条５項の「調査」とは、更正の対象となる確定申告を行った納税者に対して行われたものでなければならず、本件犯則調査はＢに対する調査であり、本件確定申告を行った原告に対する調査ではないことから、この点からも、本件犯則調査が通則法６５条５項の「調査」に該当するとはいえない。
（被告の主張）
ア 通則法６５条１項及び５項の趣旨等に鑑みれば、同項の「調査」には、当該国税について更正があるべきことを予知できる可能性のある「調査」であれば、いわゆる机上調査を含む税務調査全般が含まれると解されることはもちろんのこと、犯則調査も、課税庁が犯則調査により収集された資料を課税処分を行うために利用することができることにも照らせば、同項の「調査」に含まれると解するのが相当である。
イ また、犯則嫌疑者本人のみならず、その参考人その他の関係者に対する調査も、通則法６５条５項の「調査」に含まれると解するのが相当である。
ウ 本件犯則調査は、原告を対象とした課税調査ではないが、本件犯則調査により収集された本件各取引に係る虚偽の内容の契約書写し及び総勘定元帳等に基づき本件賦課決定処分がされていることから、通則法６５条５項にいう「調査」に該当する。
（２）本件修正申告が平成２５年６月期の法人税等との関係で「その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか
（原告の主張）
ア 通則法６５条５項の「更正があるべきことを予知してされたもの」であるというためには、①税務職員がその申告に係る国税の課税要件事実についての調査に着手し、その申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見したこと、②これによりその後調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうことが、単に主観的あるいは一般的抽象的な可能性にとどまらず、客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に達したこと、③納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で、④修正申告を決意し修正申告書を提出したものであること、が必要と解される。
イ 上記②の基準について
（ア）税務署長が更正するには、先行して課税調査が行われていなければならない（通則法２４条）。本件については、本件修正申告の時点で課税調査が行われていないことから、朝霞税務署長は法律上更正をすることができない。したがって、本件修正申告に係る申告書が提出された時点で、「更正に至るであろうことが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階」（以下「客観的確実時期」ということがある。）に達していたとはいえない。
（イ）この点をおくとしても、犯則調査が行われれば、必然的に課税調査に至るという手続的流れが法的に担保されているのでなければ、犯則調査において申告の不適正が明らかになったとしても、犯則調査の段階で客観的確実時期に達したということはできない。犯則調査により更正処分に相当する事案であることが明らかになった場合、調査を担当した査察官がその判断を税務署長に伝え、その犯則調査により取得した情報及び資料等を引き継ぎ、その結果、更正処分に至ることがあるが、それは飽くまで実務上の慣行として行われていることであって、犯則調査を担当した査察官がそのようにしなければならない法的義務を負っているわけではなく、その意味で、犯則調査から課税調査に移行することが法制度上担保されているわけではない。
したがって、仮に本件犯則調査により本件確定申告に申告漏れがあることが発見されていたとしても、その後朝霞税務署長による課税調査に基づく更正に必ず至るということが法的に担保されているわけではないから、本件修正申告の時点で、朝霞税務署長による更正のための環境が相当程度整っていたと客観的に判断することはできず、客観的確実時期に達していたとはいえない。
（ウ）朝霞税務署長は、原告から、乙による着服の事実と本件確定申告において本件着服金が計上されていないことを平成２８年４月２２日の税務相談において知らされたにもかかわらず、本件確定申告に関する課税調査に着手せず、本件修正申告の後、本件犯則調査からの引継ぎがあってようやく課税調査を開始し、課税調査においても一から関係書類の収集活動を行うなど、本件賦課決定処分に要した課税調査は約８か月間に及んだものであり、本件修正申告の時点において、更正の準備が相当程度整っていたと判断することはできず、客観的確実時期に達していたとはいえない。
ウ 上記③④の基準について
（ア）本件修正申告の時点で、先の申告が不適正であることが発覚し更正に至るであろうということは客観的確実時期に達していなかったのであるから、原告が更正に至るべきことを認識できるはずがなく、したがって、上記③の基準を充足しない。
（イ）本件において、原告がやがて更正に至るべきことを認識して修正申告を決意し申告書を提出したというためには、本件犯則調査により申告の不適正が発見されたこと等により、朝霞税務署長が更正を行うであろう状態にあったことを認識して本件修正申告を決意し申告書を提出したことが必要であるというべきところ、本件修正申告の時点では課税調査が行われておらず法律上更正を行うことができないから、本件において上記③④の基準が充足されることはない。
（ウ）これらの点をおくとしても、原告は、本件犯則調査とは無関係に自発的に修正申告を決意して本件修正申告に係る申告書を提出したものである。このことは、以下の点からも明らかである。
ａ 丁が、平成２８年２月２２日の本件犯則調査において、査察官から修正申告が必要である旨を伝えられた事実はない。丁は、査察官から修正申告の有無を聞かれただけであり、丁は質問の趣旨が分からないまま「申告しなきゃいけないんでしょうか」と尋ねたが、査察官は「うちは国税なので、課税権限がないので。」、「朝霞税務署が判断することです。」とだけ答えて帰っていった。
丁は、本件犯則調査がＢに対するものであることから、平成２８年３月３日に原告の顧問税理士であるＨ税理士から修正申告の必要性を伝えられるまで、本件着服金が原告の税金に関わるものではないと考えていた。
ｂ Ｈ税理士は、丁から平成２８年２月２２日の本件犯則調査の際のやり取りと乙による着服の事実を聞き、判例等の検討を行った結果、同年３月３日には原告が修正申告をしなければならないことを知ったが、その時点で、当面、関東信越国税局の関心はＢに対する犯則嫌疑にあり、朝霞税務署が課税調査に着手したわけではなく、課税調査に入っても更正に至るまでにはかなりの調査時間を要するであろうから、すぐに更正となることはないと考えていた。
ｃ Ｈ税理士その他の原告の顧問税理士らが原告の修正申告の必要性を認識してから本件修正申告がされるまでに約３か月の時間が経過したが、このことは、原告側が本件犯則調査が行われている間は朝霞税務署による課税調査に着手されることはないと考えていたからである。
ⅾＨ税理士その他の原告の顧問税理士らは、当然のことながら、課税調査に着手しない限り、法律上朝霞税務署長は更正を行うことができないことを知っており、このことを教えられていた原告も、課税調査に着手していない本件修正申告の時点では更正に至る状態にないと考えていた。
ｅ 仮に平成２８年２月２２日の本件犯則調査において修正申告が必要である旨の発言があったとしても、課税調査に着手していない本件修正申告の時点では朝霞税務署長による更正が行えない状態であったことに変わりはないから、原告が更正が行われるべき客観的状態に至っていると認識したことになるわけではない。
（被告の主張）
ア 通則法６５条５項の「更正があるべきことを予知してされたもの」であるというためには、①税務職員がその申告に係る国税の課税要件事実についての調査に着手してその申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見していること、②これによりその後調査が進行し当該申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至る可能性が生じたと認められる段階に達していること、③納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で、④修正申告を決意し修正申告書を提出したものであるか否かにより判断されるべきである。
イ これを本件についてみると、①関東信越国税局調査査察部の職員らが、平成２７年１０月６日に、本件犯則調査として原告の本社事務所に臨場し、乙の勤務内容及び本件各取引の経緯等を確認し、本件各取引に係る虚偽の内容の契約書写しを入手した時点で、原告の確定申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見したと認められる。
②そして、遅くとも、関東信越国税局調査査察部の職員らが、平成２８年２月２２日の本件犯則調査の際に、原告の総勘定元帳を調査し、本件着服金が原告の売上に計上されていない事実を確認した時点で、本件確定申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至る可能性が生じたと認められる。
③さらに、平成２８年２月２２日の本件犯則調査において、戊は、丁に対し、本件着服金に係る修正申告が必要である旨及び本件着服金が原告の売上と認定されれば重加算税が賦課されることがある旨を告げており、遅くともこの時点で、原告はやがて更正に至るべきことを認識したと認められる
仮に戊が丁に対して本件着服金につき修正申告が必要である旨説明したことがなかったとしても、戊から本件着服金に係る修正経理等の処理の有無について質問を受けた上、本件着服金が原告の売上と認定されれば重加算税が賦課されることもあることを告げられたという事実だけをもってしても、丁がやがて更正のあるべきことを予知したものと認められる。
④本件修正申告は平成２８年５月２０日にされたものであり、「更正があるべきことを予知してされたもの」でないとは認められない。
（３）本件修正申告が、平成２６年６月期の法人税等との関係でも「修正申告書の提出があつた場合において、その提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか（原告の主張）
ア 本件修正申告は、結果として平成２６年６月期の法人税等に係る課税基準の基礎となる額についても平成２５年６月期の法人税等に係るものとして行われたが、原告の行為は、事業年度の表記にかかわらず、本件確定申告から漏れた課税標準の基礎となる額全てに基づく納税を行うという意思に基づく、申告納税制度の趣旨にかなった申告行為であったのであるから、本件修正申告に係る申告書の提出により、平成２５年６月期の法人税等及び平成２６年６月期の法人税等の修正申告が行われたと考えるべきである。したがって、本件修正申告が上記（２）のとおり「更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たる以上、平成２６年６月期賦課決定処分も違法である。
イ 本件修正申告は、本件着服金の計上漏れがあったとして平成２５年６月期の法人税等の課税標準及び税額の増額修正を行ったものであり、本件修正申告書を提出した時点で重加算税免除の効果は発生している。
その後、平成２５年６月期の法人税等につき減額更正処分が、平成２６年６月期の法人税等につき増額更正処分が行われたが、本件修正申告のうち本件取引２の着服金に係る部分は平成２６年６月期の法人税等の増額更正処分によってそのまま平成２６年６月期に移動させられ、納税義務発生の根拠となったものであり、上記各更正処分は、所得等の帰属年度を変更したものにすぎず、平成２６年６月期の法人税等の確定の効果は、平成２６年６月期の確定申告及び本件修正申告によるものであると解することができる。そうであれば、本件修正申告は、本件取引２の着服金に係る課税標準及び税額を確定させるという申告の目的・効果を果たしたものといえ、本件修正申告が通則法６５条５項に該当する以上、納税者の自発的な修正申告を奨励するという同項の趣旨を守る観点から、上記各更正処分があったとしても、重加算税免除の効果が発生しないこととなると解することはできない。
したがって、本件修正申告に係る申告書の提出によって平成２６年６月期の法人税等に係る修正申告が行われたと評価することができなかったとしても、通則法６５条５項の趣旨から、当該申告書は平成２６年６月期の法人税等との関係でも同項の求める「修正申告書」に該当し、平成２６年６月期賦課決定処分は違法である。
（被告の主張）
原告は平成２６年６月期の法人税等について修正申告書を提出していないため、「修正申告書の提出があつた場合」に該当せず、通則法６５条５項は適用されない。
（４）原告につき「国税の課税標準等又は増額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に当たるか
（原告の主張）
法人内部において相当の地位と権限を有する者が、その権限に基づき、法人の業務として行った隠蔽仮装行為であり、全体として納税者たる法人の行為と評価できるものであれば、納税者自身が行った行為と同視してもよい場合があるかもしれないが、本件において、乙は、自己又は第三者の利益のために、虚偽の内容の契約書を作成し、本件各取引における売買代金額とその虚偽の内容の契約書上の売買代金額との差額を、原告名義の口座ではなく、自己が経営する会社の名義の口座に入金させたのであって、これらの一連の行為は、客観的にみて乙の権限内の行為とはいえず、これらの一連の違法行為を権限内の行為として原告の行った行為と同視することはできない。
したがって、本件確定申告は納税者たる原告が「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に該当しないから、本件賦課決定処分はいずれも違法である。
（被告の主張）
法人内部において相当の地位と権限を有する者が、その権限に基づき、法人の業務として行った仮装行為であって、全体として納税者たる法人の行為と評価できるものについては、納税者自身が行った行為と同視され、通則法６８条１項の重加算税の対象となるものと解するのが相当であり、少なくとも法人の事業活動において代表者に準ずるような包括的な権限を有する者が、その権限内において行った行為については、その仮装行為について、代表者自身がこれを認識し、あるいは認識する可能性があったか否かにかかわらず、法人自身の行為と評価されるものというべきである。
乙は、原告の常務取締役として、原告内で大きな影響力を持つ相応の地位に就いていた上、原告の不動産取引に係る業務について、代表者に準ずるような包括的な権限を有しており、その包括的な権限に基づいて行った不動産取引に係る不正行為は、原告自身の行為と評価すべきである。
したがって、本件確定申告は、原告の隠蔽仮装行為に基づくものであり、納税者たる原告が「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に該当する。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件各取引についての事実認定の補足説明等
（１）本件取引１の内容について
ア 原告は、訴状３頁において、本件取引１の内容につき、前記前提事実（２）イのとおり、原告がＣに本件土地１を代金４億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約を締結した旨の主張をし、被告がこれを認め（被告準備書面（１）６頁）、同内容を本件賦課決定処分の前提となる事実として主張する（被告準備書面（１）１０～１１頁）と、同事実を否認し、「ＢがＣに本件土地１の一部を金１億円で売却する旨の売買契約（乙１６）と、ＡがＣに本件土地１のうち上記部分を除く持分を金３億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約（乙１５）を締結し」た旨を主張し、訴状の記載を訂正するに至った（原告第三準備書面２、２２～２３頁）。
そこで、争点についての判断に先立ち、本件取引１の内容を前記前提事実（２）イのとおり認定した理由について補足して説明するとともに、その租税法上の評価について確認しておくこととする。
イ 乙は、原告から、本件土地１を代金４億９３１２万９０００円でＣに売却する旨の売買契約を締結する権限を授与されていたところ、Ｃに対しては、Ｂが原告から本件土地１の所有権の一部を譲渡された旨の虚偽の内容の売買契約書を示して、Ｂの本件土地１の持分（４億９０００万分の１億）を有しているかのように装った上で、原告及びＢが本件土地１を共有しており、原告がその持分（４億９０００万分の３億９０００万）を３億９３１２万９０００円で、Ｂがその持分（４億９０００万分の１億）を１億円で、それぞれＣに売却する旨の契約書（乙１５、１６）を作成してＣに記名押印させ、Ｃに代金のうち１億円を平成２５年３月２５日から同年８月２６日にかけてＢ名義の口座に振り込ませ、原告には、本件土地１の全部を代金３億９３１２万９０００円でＣに売却したかのような契約書写しを作成して備え付けていたものである（乙６、弁論の全趣旨）。
その契約内容の私法上の評価としては、①Ｃに示した契約書に記載されたとおり、ＢがＣに本件土地１の持分を代金１億円で売却する旨の売買契約と、原告がＣに本件土地１の残部の持分を代金３億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約がそれぞれ成立したという構成（以下「構成①」という。）、②原告に備え付けた契約書に記載されたとおり、原告がＣに本件土地１の全部を代金３億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約１本が成立したという構成（以下「構成②」という。）、③売買契約はそもそも成立していないという構成（以下「構成③」という。）、④前記前提事実（２）イのとおり、原告がＣに本件土地１の全部を代金４億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約１本が成立したという構成（以下「構成④」という。）が考えられるが、以下のとおり、構成①～③はいずれも採用できず、前記前提事実（２）イのとおり構成④を採用するのが相当である。
ウ 構成①について
乙がＣに示して記名押印させた契約書（乙１５、１６）に記載されたとおり、ＢがＣに本件土地１の持分を代金１億円で売却する旨の売買契約と、原告がＣに本件土地１の残部の持分を代金３億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約がそれぞれ成立したという構成①によると、Ｂは本件土地１の持分を有しないから、ＢとＣとの間の売買契約は他人物売買であり、債権的には有効であるが、Ｃは当該契約の目的物である本件土地１の所有権のうち４億９０００万分の１億を取得できず、当該持分は引き続き原告が有しているということになる。ＣがＢ名義の口座に振り込んだ１億円は、債権的には有効な売買契約上の義務の履行であるから、Ｃが債権不履行に基づき当該売買契約を解除し、又は詐欺に基づき取り消すまでは有効であり、当該代金が当然に原告に帰属するものとはいえず、原告に当該代金相当額の損害が生じているものともいえない。原告が本件土地１の持分４億９０００万分の１億を引き続き有していることを前提とすると、当該持分を原告からＣに移転する措置を取るまで、原告が１億円を乙から回収することは実質的に当該持分の価値の二重取りであり、原告に１億円相当の損害が生じたということはできない。
このような結論は、契約書の作成が乙による背任行為の一環であったという本件取引１の実質に照らし不当であり、①の構成は採用できない。
エ 構成②について
次に、乙が作成して原告に備え付けた契約書（乙１７、乙４０の２）に記載されたとおり、原告がＣに本件土地１の全部を代金３億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約１本が成立したという構成②によると、Ｃは本件土地１の所有権全部を取得することができる。他方、原告は、本件土地１の売買代金３億９３１２万９０００円全部を受領しているから、ＣがＢ名義の口座に振り込んだ１億円が当然に原告に帰属するものとはいえない。当該１億円は、本件土地１の売買に際し、乙がＣに欺いて詐取した金員であるということになり、Ｃの被害ではあっても、当然に原告の被害とはいえない。原告の被害は、原告が所有する本件土地１を時価よりも安価でＣに売却されたという取締役の善管注意義務違反による被害であり、本件土地１の時価を立証しない限り、ＣがＢ名義の口座に振り込んだ１億円が当然に原告の損害額とはいえない。
このような結論は、原告に帰属すべき売買代金の一部をＢ名義の口座に振り込ませたという乙の刑事裁判における構成（甲３０～３２）とも、時価の立証を要せず本件着服金が当然に原告の損害となる旨の原告が別訴で追加した請求の構成とも、平成２５年６月期に「売掛債権計上漏れ」があったとする本件修正申告の構成（乙４３）とも、本件賦課決定処分が前提とした構成（甲１～９）とも異なり、本件取引１の実質とも合致しない。
したがって、構成②は採用できない。
オ 構成③について
本件取引１につき原告とＣとの間で意思の合致がなく、売買契約が全く成立していないという構成③によると、Ｃは本件土地１の所有権を取得できず、他方、原告は本件土地１の所有権を引き続き有しているから、原告に損害はない。このような結論は本件取引１の実質に照らし不当であり、構成③は採用できない。
カ 構成④について
原告とＣは、本件土地１の全部を代金４億９３１２万９０００円で売買するという点で意思が合致しているから、乙が背任行為の一環として作成した契約書の記載内容にかかわらず、意思の合致のある限度で、原告がＣに本件土地１の全部を代金４億９３１２万９０００円で売却する旨の売買契約１本が成立したという構成④を採用するのが相当である。
構成④によれば、Ｃは本件土地１の所有権全部を有効に取得し、他方、原告は４億９３１２万９０００円の売買代金債権を有していたところ、その一部である１億円が原告の支配の及ばないＢ名義の口座に振り込まれ、Ｂ名義の口座を支配する乙に着服されてしまったのであるから、当該１億円は原告に発生した損害といえ、本件取引１の実質に沿った損害の認定が可能となる。
キ 構成④によれば、平成２４年１１月９日に本件取引１に係る売買契約が成立した時点で、原告は４億９３１２万９０００円の売買代金債権を取得する。
法人税法２２条の２第１項によれば、内国法人の資産の販売等に係る収益の額は、別段の定めがあるものを除き、その資産の販売等に係る目的物の引渡しの日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
したがって、４億９３１２万９０００円に実測面積により精算された金額を加算した本件土地１の販売に係る収益４億９４１０万０３２７円は、本件土地１の引渡日である平成２４年１２月１日の属する平成２５年６月期の益金の額に算入すべきであった。
ク 横領行為によって法人が損害を被った場合には、その損害はその損害を生じた事業年度における損金を構成し、他面、横領者に対して法人が取得した損害賠償請求権は同じ事業年度における益金を構成し、その損害賠償請求権の実現不能が明確となったときには、その事業年度における貸倒れによる損金として計上すべきである（最高裁昭和●●年（○〇）第●●号同４３年１０月１７日第一小法廷判決・裁判長民事９２号６０７頁）。
本件は、乙が原告の帰属すべき売買代金債権の一部を自己の支配するＢ名義の口座に振り込ませたという背任行為による損害であるが、平成２５年３月２５日にＣからＢ名義の口座に５０００万円が振り込まれた時点で、原告は同額の売買代金債権を失い、同額の損害賠償請求権を取得したことになるから、平成２５年６月期の益金及び損金の額にはそれぞれ同額が計上されるべきであった。
平成２５年８月２６日にＣからＢ名義の口座に５０００万円が振り込まれた時点で、原告は同額の売買代金債権を失い、同額の損害賠償請求権を取得したことになるから、平成２６年６月期の益金及び損金の額にはそれぞれ同額が計上されるべきであった。
ケ 平成２８年６月１日に乙が原告の請求を認諾して上記１億円を含む本件着服金を別件訴訟における原告訴訟代理人の口座に振り込んだ時点で、原告は同額の損害賠償請求権を失い、同額の現金（又は当該訴訟代理人に対する預かり金返還請求権）を取得したことになるから、平成２８年６月期の益金及び損金の額にはそれぞれ同額が計上されるべきであった。
コ 以上によれば、平成２５年６月期賦課決定処分が前提とした平成２５年６月期の益金及び損金の額の認定に誤りはない。
（２）本件取引２の内容について
ア 原告は、訴状５頁において、本件取引２の内容につき、前記前提事実（３）イのとおり、原告がＣに本件土地２を代金８億８６００万円で売却する旨の売買契約を締結した旨の主張をし、被告がこれを認め（被告準備書面（１）６頁）、同内容を本件賦課決定処分の前提となる事実として主張する（被告準備書面（１）１２頁）と、同事実を否認し、「ＢがＣに本件土地２の一部を金１億３３５０万円で売却する旨の売買契約（乙２４）と、ＤがＣに本件土地２の一部を金３０００万円で売却する旨の売買契約（乙２５）と、ＡがＣに本件土地２のうち上記各部分を除く持分を金７億２２５０万円で売却する旨の売買契約（乙２３）を締結し」た旨を主張し、訴状の記載を訂正するに至った（原告第三準備書面２、２３頁）。
しかし、上記（１）で本件取引１について検討したのと同様の理由により、本件取引２の内容についても、前記前提事実（３）イのとおりの構成による売買契約が成立したと認定するのが相当である。
イ 前記前提事実（３）イによれば、平成２５年２月４日に本件取引２に係る売買契約が成立した時点で、原告は８億８６００万円の売買代金債権を取得し、８億８６００万円に実測面積により精算された金額を加算した本件土地２の販売に係る収益９億０２８７万９５８９円は、本件土地２の引渡日である平成２５年８月２９日の属する平成２６年６月期の益金の額に算入すべきであった。
ウ 平成２５年４月１９日にＣからＤ名義の口座に３００万円が、同年５月８日にＣからＢ名義の口座に５３３５万円が、それぞれ振り込まれた時点で、原告は同額の売買代金債権を失い、同額の損害賠償請求権を取得したことになるが、本件取引２に係る収益を計上すべき時期は本件土地２の引渡日の属する平成２６年６月期であるから、平成２５年６月期の益金及び損金の額を修正する必要はない。
エ 平成２５年８月２９日にＣからＢ名義の口座に２７００万円が振り込まれた時点で、原告は同額の売買代金債権を失い、同額の損害賠償請求権を取得したことになるから、平成２６年６月期の益金及び損金の額には、それぞれ上記ウと併せた８３３５万円が計上されるべきであった。
オ 平成２６年１２月５日にＣからＤ名義の口座に８０１５万円が振り込まれた時点で、原告は同額の売買代金債権を失い、同額の損害賠償請求権を取得したことになるから、平成２７年６月期の益金及び損金の額にはそれぞれ同額が計上されるべきであった。
カ 平成２８年６月１日に乙が原告の請求を認諾して上記１億６３５０万円を含む本件着服金を別件訴訟の原告訴訟代理人の口座に振り込んだ時点で、原告は同額の損害賠償請求権を失い、同額の現金（又は当該訴訟代理人に対する預かり金返還請求権）を取得したことになるから、平成２８年６月期の益金及び損金の額にはそれぞれ同額が計上されるべきであった。
キ 以上によれば、平成２６年６月期賦課決定処分が前提とした平成２６年６月期の益金及び損金の額の認定に誤りはない。
２ 本件犯則調査が通則法６５条５項にいう「調査」に当たるか（争点（１））について（１）通則法６５条５項は、修正申告書の提出があった場合において、その提出が、その申告に係る国税についての「調査」があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときには、同条１項の規定を適用せず、過少申告加算税を課さないこととしている。
原告は、同条５項にいう「調査」は犯則調査を含まず、原告は本件修正申告前に課税調査を受けていないから、本件修正申告は「その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たり、同項の適用があるから、通則法６８条１項により重加算税を賦課することはできないと主張する。
（２）そこで検討すると、まず、通則法６５条５項は、「調査」の主体や根拠規定を限定しておらず、文言上、犯則調査を除外していない。
本件賦課決定処分当時、犯則調査は国税犯則取締法（明治３３年法律第６７号。平成２９年法律第４号による廃止前のもの）に規定され、収税官吏は、国税に関する犯則事件を調査するため必要があるときは、犯則嫌疑者若しくは参考人に対し質問し、犯則嫌疑者の所持する物件、帳簿、書類等を検査し、又はこれらの者において任意に提出した物を領置すること（１条１項）、参考人の所持する物件、帳簿、書類等を検査すること（同条２項）、公私の団体に照会して必要な事項の報告を求めること（同条３項）、臨検、捜索又は差押えをすること（２条１項）ができるとされていた。
平成２９年法律第４号による改正（平成３０年４月１日施行）により、国税犯則取締法が廃止されて犯則調査は国税通則法１３１条以下に規定されることとなり、同法７４条の２第１項柱書きの「税関の当該職員（税関の当該職員にあつては、消費税に関する調査を行う場合に限る。）」という文言が「税関の当該職員（税関の当該職員にあつては、消費税に関する調査（第百三十一条第一項（質問、検査又は領置等）に規定する犯則事件の調査を除く。以下この章において同じ。）を行う場合に限る。）」と改正された。これにより、同法では、７４条の２の属する７章の２（７４条の２～７４条の１３の４）において「調査」は犯則調査を含まないことが明確化されたが、６８条１項や６５条５項は６章に属し、７章の２に属さないから、これらの条項にいう「調査」は犯則調査を含むことを前提とした立法となっている。
この点について、同法では、２４条～２７条、３２条も７章の２に属しないが、これらの条項は、２７条（３２条５項において準用する場合を含む。）を除き、「その調査」と規定し、調査の主体を税務署長に限定しているから、そこでいう「調査」が犯則調査を含むか否かにかかわらず、税務署長以外の者のした犯則調査は含まない。また、２７条は「国税庁又は国税局の当該職員の調査」としているところ、そこでいう「当該職員」とは、特定の国税につき課税調査の権限を与えられている職員をいい、犯則調査を行う国税査察官を含まないと解されるから、そこでいう「調査」が犯則調査を含む否かにかかわらず、国税庁又は国税局の国税査察官のした犯則調査は含まない。（なお、これらの条項が更正処分や賦課決定処分を「調査により」行うこととした趣旨が更正処分や賦課決定処分の正確性を担保するためであることに照らすと、これらの条項にいう「調査」は、課税調査に限られ、犯則調査を含まないと解される。）
また、平成２９年法律第４号による改正前の国税通則法１２６条は「国税に関する調査（不服申立てに係る事件の審理のための調査及び国税の犯則事件の調査を含む。）」に関する事務に従事し又は従事していた者の秘密漏示に対する罰則を規定していたところ、この規定は同改正により１２７条に繰り下げられ、「国税に関する調査（不服申立てに係る事件の審理のための調査及び第百三十一条第一項（質問、検査又は領置等）に規定する犯則事件の調査を含む。）」に従事し又は従事していた者の秘密漏示に対する罰則に改められたが、これは、平成２２年法律第６号によりそれまで個別税法で規定されていた秘密漏示罪を国税通則法で一本化するに当たり、それまで解釈されていたとおりその対象に犯則調査に従事する者等を含むことを明文化したものであり、確認的な規定であった。このような立法経緯に照らしても、平成２８年法律第１５号による改正前の通則法６５条５項にいう「調査」は、文言上、犯則調査を除外していないことが明らかである。
（３）実質的にみても、通則法６５条５項が、修正申告が調査があったことにより更正を予知してされたものでないときは加算税を賦課しないこととした趣旨は、自発的に修正申告を決意し、修正申告書を提出した者に対しては、例外的に加算税を賦課しないこととすることにより、納税者の自発的な修正申告を奨励することにあると解されるところ、このような同項の趣旨からすれば、犯則調査により申告漏れの事実（更正処分の基礎となるべき事実）が税務官署に明らかになった後にされた修正申告は自発的な申告とはいえないから、同項の「調査」から犯則調査を除外すべき理由はない。
（４）以上によれば、通則法６５条５項の「調査」は、犯則調査を含むと解するのが相当である。
（５）通則法６５条５項の上記趣旨からすれば、確定申告書を提出した納税者以外の犯則嫌疑者に対する犯則調査により、当該納税者の申告漏れの事実（更正処分の基礎となるべき事実）が税務官署に明らかになった後にされた修正申告は自発的な申告とはいえないから、同項の「調査」に含まれる犯則調査を、確定申告書を提出した納税者を犯則嫌疑者とする犯則調査に限定すべき理由がない。
（６）さらに、通則法６５条５項の上記趣旨からすれば、ある国税に関する犯則事件の犯則調査の結果、他の国税の申告漏れの事実（更正処分の基礎となるべき事実）が税務官署に明らかになった後にされた修正申告は自発的な申告とはいえないから、同項の「調査」に含まれる犯則調査を、確定申告書を提出した国税と同一の国税に関する犯則調査に限定すべき理由はない。
（７）したがって、本件犯則調査が、原告の法人税、復興特別法人税、消費税及び地方消費税を対象とする課税調査でなく、Ｂの法人税法違反の嫌疑に基づく犯則調査であったとしても、本件犯則調査の結果、乙が本件各取引に係る真実の売買代金額を隠蔽し、原告が取得すべき本件着服金を乙の支配するＢ及びＤの口座に振り込ませて着服していたことにより、平成２５年６月期及び平成２６年６月期の原告の益金が本件確定申告において申告したよりも多額であったこと（更正処分の基礎となるべき事実）が税務官署（関東信越国税局）に明らかになったのであるから、本件犯則調査は、原告の平成２５年６月期及び平成２６年６月期の法人税等との関係において、通則法６５条５項の「調査」に当たる。
これと異なる原告の主張は採用できない。
３ 本件修正申告が平成２５年６月期の法人税等との関係で「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか（争点（２））
（１）通則法６５条５項の「更正があるべきことを予知してされたもの」であるというためには、①税務職員がその申告に係る国税の課税要件事実についての調査に着手し、その申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見したこと、②これによりその後調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうことが、単に主観的あるいは一般的抽象的な可能性にとどまらず、客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階（客観的確実時期）に達したこと、③納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で、④修正申告を決意し修正申告書を提出したものであること、が必要であると解するのが相当である。
（２）犯則調査により収集された資料を課税処分のために利用することは許されると解されており（最高裁昭和●●年（○〇）第●●号同６３年３月３１日第一小法廷判決・裁判集民事１５３号６４３頁）、本件犯則調査の時点において、国税庁の事務運営指針に基づき、国税局が実施した犯則調査の結果は、国税局又は税務署が課税処分を行うための基礎資料として、犯則嫌疑者や犯則調査に伴い課税処分が見込まれる関係法人等については調査連絡資料を、反面調査の過程で非違が把握された取引先等については各課部門事務連絡せんをそれぞれ作成して、最終的に課税処分を担当する税務署に送付するという実務慣行があったのであるから（乙５６、５７、証人戊）、一般に、国税局の職員が犯則調査に着手し、納税者の確定申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見した場合には、その後課税調査が進行し、先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうことは、単に主観的あるいは一般的抽象的な可能性にとどまらず、客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に至ったものと認めるのが相当である。
（３）本件においてこれをみると、関東信越国税局の職員らは、平成２７年１０月６日、本件犯則調査として原告の本社事務所に臨場し、原告における乙の地位及び本件各取引の経緯等を確認し、本件各取引に係る虚偽の内容の契約書写しを入手した（前記前提事実（５）ア）時点で、原告の確定申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見したと認められる。
（４）そして、関東信越国税局の職員らは、平成２８年２月２２日、原告の総勘定元帳を調査し、本件着服金が原告の売上に計上されていない事実を確認した（前記前提事実（５）イ）時点で、本件着服金は原告の益金として計上すべきであったにもかかわらず確定申告において計上されていなかったことを認識したのであるから、その後、本件犯則調査の結果が朝霞税務署に引き継がれれば、本件確定申告が不適正で申告漏れであったことが発覚し、朝霞税務署による課税調査を経て更正処分に至るであろうことについて、単に主観的あるいは一般的抽象的な可能性にとどまらず、客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階（客観的確実時期）に至ったものと認められる。
（５）原告は、平成２８年２月２２日の本件犯則調査に先立つ平成２７年１０月１３日時点で、別件訴訟において本件着服金２億６３５０万円の支払を求める損害賠償請求を追加していた（前記前提事実（６）ア）のであるから、この時点までに、真実の本件各取引の内容を把握し、乙に２億６３５０万円の損害賠償請求権を有していること、本件各取引に基づく真実の売買代金請求権は本件確定申告が基礎としていたものより２億６３５０万円分多額であったことを認識していたと認められる。
そして、原告は、遅くとも平成２８年２月２２日の本件犯則調査の時点までに、関東信越国税局の職員らが本件犯則調査により真実の本件各取引の内容を把握したことを認識したものと認められる（証人丁、証人戊）。
また、原告は、遅くとも平成２８年２月２２日の本件犯則調査の時点で、関東信越国税局の職員らが、原告の真実の本件各取引の内容に対応する申告をしてないことを把握したことを認識したものと認められる（証人丁、証人戊）。
そうすると、原告は、平成２８年２月２２日の本件犯則調査の時点で、更正処分の基礎となる事実関係（本件各取引に基づき原告に帰属すべき売上合計２億６５００万円を乙が着服し、そのことを原告が申告していないこと）を認識し、その事実関係を関東信越国税局の職員らが把握したことを認識したのであるから、更正処分がされることについて客観的に相当程度の確実性がある段階に達した後に、やがて更正処分に至るべきことを認識したものと認めるのが相当である。
（６）原告は、課税調査を経ない限り更正処分をすることはできないのであるから、課税調査前に「更正処分がされることについて客観的に相当程度の確実性がある段階」に達していたと判断することはできないし、課税調査前に「更正があるべきことを予知」することはあり得ないなどと主張する。
しかし、更正処分の基礎となる事実関係を国税局の職員らが把握した以上、税務署長は、国税局からその資料を引き継げば、その引継資料に基づく課税調査（机上調査）のみによって更正処分を行うことも可能なのであるから、課税調査前の段階であっても、「更正処分がされることについて客観的に相当程度の確実性がある段階」に達することは十分にあり得ることであり、そのことを納税者が認識していれば、「更正があるべきことを予知」したものと認めるのが相当である。原告の主張は採用できない。
（７）丁は、平成２８年２月２２日の本件犯則調査において、戊から修正申告が必要である旨の説明を受けたことはなく、戊から「Ａさんは、この件、申告されてますか」と聞かれ、「うちは、申告しなきゃいけないんでしょうか」と答えたところ、「うちは、国税なので、課税権限はないので。朝霞税務署が判断することです。」とだけ述べてすぐに帰ってしまった、原告代表者が修正申告を決意したのは、本件犯則調査により更正処分を予知したからではなく、別件訴訟において乙が請求を認諾し、賠償金が入ることが決まった平成２８年４月１日以降であり、更正処分がされることは全く考えていなかった、などと供述する（甲２３、乙９、証人丁）。
しかし、仮に平成２８年２月２２日の本件犯則調査の際のやり取りが丁の供述するとおりであったとしても（戊は、同日のやり取りについて丁と異なる内容の供述をしている。乙５８、証人戊）、同日の時点で、原告は、更正処分の基礎となる事実関係を認識し、その事実関係を関東信越国税局の職員らが把握したことを認識したのであるから、更正処分がされることについて客観的に相当程度の確実性がある段階に達した後に、更正処分に至るべきことを認識したものというべきであり、そのことは、租税法についての専門的知識を有しない丁や原告代表者が修正申告の必要性や更正処分の可能性についてどのような主観的認識を有していたのかによって左右されるものでないと解するのが相当である。
（８）原告は、平成２８年５月２０日、本件修正申告をした（前記前提事実（７）イ）が、客観的確実時期に達し、やがて更正に至るべきことを認識した上で、修正申告を決意し修正申告書を提出したものであるから、租税法についての専門的知識を有しない原告代表者が主観的にどのような理由、契機で修正申告を決意したかにかかわらず、「調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたもの」というべきであり、「更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるということはできず、通則法６５条５項に該当しない。
４ 原告につき「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に当たるか（争点（４））について
（１）通則法６８条１項は、過少申告をした納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対して重加算税を課することとしているところ、その趣旨は、納税者が過少申告をするにつき隠蔽又は仮装という不正手段を用いていた場合に、過少申告加算税よりも重い行政上の制裁を課すことによって、悪質な納税義務違反の発生を防止し、もって申告納税制度による適正な徴税の実現を確保しようとするものである。同項は隠蔽仮装行為の主体を納税者としているのであって、本来的には、納税者自身による隠蔽仮装行為の防止を企図したものと解される。しかし、納税者以外の者が隠蔽仮装行為を行った場合であっても、それが納税者本人の行為と同視することができるときには、形式的にそれが納税者自身の行為でないというだけで重加算税の賦課が許されないとすると、重加算税制度の趣旨及び目的を没却することになる（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
そして、法人の事業活動において代表者に準ずるような包括的な権限を有する者が、その権限内において行った行為については、その隠蔽仮装行為について、代表者自身がこれを認識し、あるいは認識する可能性があったか否かにかかわらず、法人自身の行為と評価されるものというべきである（広島高裁平成２６年１月２６日判決・訟月６１巻４号８１１頁参照）。
（２）これを本件についてみると、乙は、本件各取引当時、原告の常務取締役であり、原告の各支店を統括するエリア統括本部及び営業部門を統括する企画営業本部の責任者として、原告全体の不動産取引や契約等について決裁を行っていたほか、自身も原告において不動産取引に関する営業活動を行っていた者であり、原告の不動産の売買に関し代表者に準ずるような包括的な権限を有していたものである。
乙は、本件各取引に際し、真実の取引内容を隠蔽して内容虚偽の取引を仮装し、原告に帰属すべき売買代金の一部を自己の支配するＢ又はＤ名義の口座に振り込ませて着服したものであるが、これらの隠蔽仮装行為は、外形的には乙の職務権限の範囲内のものであったといえる。
そうすると、乙のした隠蔽仮装行為は、原告代表者がその隠蔽仮装行為を認識し又は認識し得たか否かを問わず、原告がした隠蔽仮装行為と評価するのが相当である。
（３）したがって、本件各取引につき、乙は真実の取引内容を隠蔽し、内容虚偽の取引を仮装し、原告の本件確定申告はその隠蔽し仮装したところに基づいて行われていたところ、乙のした隠蔽仮装行為は原告のした隠蔽仮装行為と評価できるから、本件確定申告は、「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」（通則法６８条１項）に当たる。
５ 結論
（１）以上によれば、本件は通則法６８条１項に基づき重加算税を賦課する要件を満たす。平成２５年６月期賦課決定処分のうち法人税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、平成２６年７月４日付け修正申告に係る納付すべき法人税額７８７９万８０００円（乙３３）と、本件修正申告から平成２９年１月２７日付け減額更正処分により減額された後の納付すべき法人税額１億０４０８万８４００円との差額２５２９万０４００円から通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた２５２９万円（甲４）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があるとは認められない。
したがって、平成２５年６月期賦課決定処分のうち法人税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（２）平成２５年６月期賦課決定処分のうち復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、平成２６年７月４日付け修正申告に係る納付すべき復興特別法人税額７８９万１８００円（乙３４）と、本件修正申告から平成２９年１月２７日付け減額更正処分により減額された後の納付すべき復興特別法人税額１０４２万０８００円との差額２５２万９０００円から通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた２５２万（甲５）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があると認められない。
したがって、平成２５年６月期賦課決定処分のうち復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（３）平成２５年６月期賦課決定処分のうち消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、平成２６年７月４日付け修正申告に係る納付すべき消費税及び地方消費税の額合計６２９４万７３００円（乙３５）と、本件修正申告から平成２９年１月２７日付け減額更正処分により減額された後の納付すべき消費税及び地方消費税の額合計６３３３万１１００円との差額３８万３８００円から地方税法附則９条の９第３項、通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた３８万円（甲６）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があるとは認められない。
したがって、平成２５年６月期賦課決定処分のうち消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（４）平成２６年６月期賦課決定処分のうち法人税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、本件確定申告に係る納付すべき法人税額９３４３万５４００円（乙３６）と、平成２９年１月２７日付け増額更正処分による納付すべき法人税額１億３２５４万１４００円（甲７）との差額３９１０万０６００円から通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた３９１０万円（甲７）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があるとは認められない。
したがって、平成２６年６月期賦課決定処分のうち法人税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（５）平成２６年６月期賦課決定処分のうち復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、本件確定申告に係る納付すべき復興特別法人税額９３５万２８００円（乙３７）と、平成２９年１月２７日付け増額更正処分による納付すべき復興特別法人税額１３２６万３４００円（甲８）との差額３９１万０６００円から通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた３９１万円（甲８）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があるとは認められない。
したがって、平成２６年６月期賦課決定処分のうち復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（６）平成２６年６月期賦課決定処分のうち消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分における納付すべき重加算税額は、本件確定申告に係る納付すべき消費税及び地方消費税の額合計８３００万４０００円（乙３８）と、平成２９年１月２７日付け増額更正処分による納付すべき消費税及び地方消費税の額合計８３６７万４１００円との差額６７万０１００円から地方税法附則９条の９第３項、通則法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた６７万円（甲９）を加算税の基礎として算出されたものであり、その中に正当な理由があると認められる部分（通則法６５条４項）や、隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかである部分（通則法６８条１項）があるとは認められない。
したがって、平成２６年６月期賦課決定処分のうち消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分は適法である。
（７）以上によれば、本件賦課決定処分はいずれも適法であり、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官 市原義孝
裁判官 西村康夫
裁判官 永田大貴
別紙
処分目録
朝霞税務署長が平成２９年１月２７日付けで原告に対してした、
１ 平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの事業年度の法人税に係る重加算税賦課決定処分（平成２９年１月２７日付け変更決定処分による変更後のもの）
２ 平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税事業年度の復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分（平成２９年１月２７日付け変更決定処分による変更後のもの）
３ 平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分（平成２９年１月２７日付け変更決定処分による変更後のもの）
４ 平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの事業年度の法人税に係る重加算税賦課決定処分
５ 平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの課税事業年度の復興特別法人税に係る重加算税賦課決定処分
６ 平成２５年７月１日から平成２６年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る重加算税賦課決定処分
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13530.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。