税務訴訟資料第２７１号－１２０（順号１３６２２）
鹿児島地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（伊集院税務署長）
令和３年１０月２７日棄却・控訴
判決
当事者の表示別紙１当事者目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
伊集院税務署長が平成３０年９月２５日付けで原告に対してした原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下「本件更正処分」という。）のうち還付金の額に相当する消費税の額８８２万０８７９円を超える部分及び還付金の額に相当する地方消費税の額２３８万０２３７円を超える部分並びに同処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件各処分」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、特定非営利活動法人である原告が、●●市から交付された補助金等につき、これを特定収入として消費税法６０条４項所定の控除対象仕入税額の調整をすることなく仕入税額控除を施して消費税等の確定申告をしたところ、伊集院税務署長から同項所定の調整をして控除対象仕入税額を減額すべきであることなどを理由に本件各処分を受けたため、その一部の取消しを求める抗告訴訟である。
１ 関係法令の定め等
消費税法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下「法」という。）、同法施行令（平成３０年政令第１３５号による改正前のもの。以下「施行令」という。）及び特定非営利活動促進法のうち、本件に関係する規定は、別紙２関係法令の定めのとおりである（なお、同別紙における略語は本文でも用いることがある。）。
（１）消費税の課税の対象
消費税の課税の対象となる資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう（法４条１項、２条１項８号）。国内において行われる資産の譲渡等のうち、住宅の貸付けや土地の譲渡など一定のものについては、消費税を課さないこととされており（法６条１項、別表第１）、このような非課税とされるものを除いた資産の譲渡等を課税資産の譲渡等という（法２条１項９号）。
（２）仕入税額控除
仕入税額控除とは、所定の課税標準（課税資産の譲渡であれば、その対価の額）に税率を乗じて得た金額（課税標準額に対する消費税額）から、当該課税期間中に国内で行った課税仕入れ（事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けること〔法２条１項１２号〕）、特定課税仕入れ及び当該課税期間における保税地域からの課税貨物の引取り（以下、これらを併せて「課税仕入れ等」という。）に係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）を控除する制度である（法３０条）。
（３）国、地方公共団体等に対する仕入額控除の特例
国又は地方公共団体の特別会計、法別表第三に掲げる法人等について、資産の譲渡等の対価以外の収入（政令で定める収入を除く。以下「特定収入」という。）があり、その合計額が僅少でない場合として政令で定める場合に該当する課税期間については、その課税期間における課税標準額に対する消費税額から控除することができる控除対象仕入税額は、通常の方法により計算した控除対象仕入税額から、特定収入に係る課税仕入れ等の税額を控除した残額とするという仕入税額控除の特例が設けられている（法６０条４項）。
２ 前提事実
次の事実は、いずれも当事者間に争いがないか、掲記した証拠等によって容易に認定することができる。
（１）当事者
原告は、●●市の観光振興等を目的とする特定非営利活動法人である（争いがない。）。原告の定款（甲１２）５２条は、原告が解散をしたときの残余財産につき、特定非営利活動促進法１１条３項に掲げる者、すなわち、国、地方公共団体、公益社団法人、公益財団法人等のうち総会の議決を経て選定したものに帰属する旨規定している（同法３２条１項参照）。
（２）原告に対する補助金交付に関する経緯等
ア ●●市は、●●市補助金等交付規則（平成１７年規則第４８号。以下「本件規則」という。）（乙２）及び●●市商工業及び観光振興奨励補助金交付要綱（以下「本件要綱」という。）（乙３）を定めており、そのうち本件に関係する規定は、別紙３本件規則等の定めのとおりである。
イ ●●市は、原告に対し、平成２７年１１月２日、食の拠点エリア直売所整備事業に対する補助（本件要綱２条、同別表参照）として補助金１億円を交付する旨決定し（乙５）、平成２８年７月２２日までに同金員を交付した（以下、この金員を「本件補助金」という。）（争いがない。）。
（３）本訴に至る経緯
ア 確定申告
原告は、平成２９年５月３０日、本件課税期間の消費税等につき、別表「確定申告」欄記載のとおり、消費税の控除不足還付税額を８８２万０８７９円、地方消費税の還付すべき譲渡割額を２３８万０２３７円とする確定申告をした（甲２）。
イ 本件各処分
伊集院税務署長は、平成３０年９月２５日、原告に対し、別表「更正処分等」欄記載の計算に基づき、差引納付すべき消費税額を５７３万７２００円、差引納付すべき地方消費税の譲渡割額を１５４万８１００円とする本件更正処分及びこれに伴う過少申告加算税額を１０６万７０００円とする本件賦課決定処分をした（甲３）。
ウ 審査請求
原告は、同年１２月２３日、本件各処分を不服として国税不服審判所に対して審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和元年１０月２８日、当該審査請求を棄却する旨の裁決をし（甲４）、その裁決書謄本は、同年１１月８日頃、原告に対して送達された（甲５、弁論の全趣旨）。
エ 本訴提起
原告は、令和２年４月３０日、本訴を提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５のほか、別紙４本件各処分の根拠及び適法性に記載のとおりである。
被告は、本件補助金を含む１億００９７万１３１０円が特定収入（法６０条４項）に該当するとして、これに係る課税仕入れ等の税額５８８万９９９３円を控除対象仕入税額から控除している。
４ 争点
（１）原告が法６０条４項の適用対象となる事業者であるか（争点１）
（２）本件補助金が施行令７５条１項２号所定の「出資金」に該当するか（争点２）
５ 争点に対する当事者の主張
（１）争点１（法６０条４項の適用対象）
（被告の主張）
原告は、特定非営利活動法人であって、法別表第三に掲げる法人とみなされ（特定非営利活動促進法７０条２項）、法６０条４項の適用対象になる。このことは、原告に法３０条１項ないし２項のいずれが適用されるかによって左右されない。
（原告の主張）
ア 法６０条４項が「課税仕入れ等の税額（第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。…）の合計額」の計算方法について調整を施していることに照らせば、同項は法３０条２項所定の要件を充足した事業者に限って適用されると解すべきであるところ、本件課税期間の原告については、法３０条２項所定の要件を満たさず、同条１項が適用されるのであるから、法６０条４項は適用されない。
イ また、原告が本件補助金により建築した建物を第三者に賃貸して得た賃料収入に対して消費税が課せられており、原告を法６０条４項の想定する最終消費者と位置付けることができないことや、原告の活動実態が特定収入の概念がない一般社団法人と異なるところがないことに照らしても、原告に法６０条４項を適用すべきではない。
（２）争点２（本件補助金の「出資金」該当性）
（原告の主張）
本件補助金は原告の作成した貸借対照表において資産の部における正味財産の部において当期正味財産増減額として処理されていること、本件補助金により取得した不動産は本件規則２１条により処分が制限されること及び原告が解散した場合に当該不動産は残余財産として補助金を交付した●●市に帰属することに鑑みれば、本件補助金は、実質的に出資金としての性格を有するものといえるから、施行令７５条１項２号所定の「出資金」に該当する。（被告の主張）
本件補助金は、●●市が原告に対しその事業を営むための資本として財産を拠出したものではないし、その交付により原告の会員となるものでもないから、施行令７５条１項２号所定の「出資金」には該当しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（法６０条４項の適用対象）について
（１）原告は、特定非営利活動法人であり（前提事実（１））、特定非営利活動促進法７０条２項により法６０条４項所定の「別表第三に掲げる法人」とみなされるから、同項の適用対象となる。
（２）原告は、法６０条４項が「課税仕入れ等の税額（第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。…）の合計額」の計算方法について調整を施していることを指摘して、法３０条２項所定の要件を充足しない限り、法６０条４項は適用されないとの解釈を前提として、法３０条１項の適用を受ける原告には法６０条４項は適用されない旨主張する。しかし、同項の文理に照らしても、原告の上記指摘に係る部分は、単に前出の法文の定義規定を引用するものと解するほかなく、その他に原告の上記解釈の根拠となるべき法条は全く見当たらない。かえって、同項は、消費税額から控除することができる課税仕入れ等の税額の合計額について「第三十条から第三十六条までの規定にかかわらず、これらの規定により計算した場合」における当該課税仕入れ等の税額の合計額から特定収入に係る課税仕入れ等の税額として計算した金額を控除した残額に相当する金額とする旨規定しているところ、同項について、法３０条１項が適用される事業者への適用を除外する、あるいは、同条２項が適用される事業者に限定して適用することをうかがわせる定めは何ら見当たらない。このことからすれば、同項のみならず、同条１項所定の仕入税額控除についても法６０条４項所定の特定収入の特例が適用されると解するのが相当である。
（３）原告は、原告が本件補助金により建築した建物を第三者に賃貸して得た賃料収入に対して消費税が課せられており、原告を法６０条４項の想定する最終消費者と位置付けることができないとか、原告の活動実態が一般社団法人と異なるところがないなどとも主張する。しかしながら、法６０条４項は、「課税標準額に対する消費税額…から控除することができる課税仕入れ等の合計額」の計算方法を定める規定なのであるから、原告が本件補助金により建築した建物を第三者に賃貸して得た賃料収入に対して消費税が課せられているからといって、そのことを理由に原告について同項の適用を除外すべきであるとは解し得ないし、一般社団法人にも法６０条４項の適用があるのであるから（法別表第三の１号参照）、原告の活動実態が一般社団法人と異なるところがないとしても、そのことを理由に原告に同項が適用されないということもできない。
２ 争点２（本件補助金の「出資金」該当性）について
原告は、本件補助金が特定収入の除外事由である「出資金」（施行令７５条１項２号）に該当する旨主張する。
しかしながら、出資金とは、共同の事業のために拠出される金銭であって、その目的となる事業の成功を図るために用いられるものをいうと解されるところ、本件規則、本件要綱及び原告の定款を総覧しても、●●市が原告の事業に共同参画するために本件補助金を交付したとは認められないのであって、このことに徴すると、原告の主張する諸事情を踏まえても、本件補助金が施行令７５条１項２号所定の「出資金」に該当すると認めるに足りず、その他にこれを認めるに足りる証拠はない。
３ 本件各処分の適法性について
これまで述べたところに加えて、本件全証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分の根拠及び適法性については、別紙４に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠は見当たらない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
鹿児島地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官坂庭正将
裁判官宍戸崇
裁判官溝口翔太
（別紙１）
当事者目録
原告特定非営利活動法人Ａ
同代表者理事甲
同訴訟代理人弁護士小豆野貴昭
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁伊集院税務署長
原田周一
被告指定代理人田中規平
岩下良一
黒田哲弘
陣内均
森川崇弘
上敷領誠
堀竜太朗
寺本史郎
佐藤芳美
濱謙吾
嶋野友二
鈴木章義
一丸聖
以上
（別紙２）
関係法令の定め
１ 法
（１）２条（定義）
１項この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。８号資産の譲渡等事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供…をいう。
９号課税資産の譲渡等資産の譲渡等のうち、第六条第一項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものをいう。
１２号課税仕入れ事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供…を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもの…に限る。）をいう。
（２）４条（課税の対象）
１項国内において事業者が行つた資産の譲渡等には、この法律により、消費税を課する。
（３）６条（非課税）
１項国内において行われる資産の譲渡等のうち、別表第一に掲げるものには、消費税を課さない。
（４）３０条（仕入れに係る消費税額の控除）
１項事業者…が、国内において行う課税仕入れ…若しくは特定課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の第四十五条第一項第二号に掲げる課税標準額に対する消費税額（以下この章において「課税標準額に対する消費税額」という。）から、当該課税期間中に国内において行つた課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に百八分の六・三を乗じて算出した金額をいう。以下この章において同じ。）、当該課税期間中に国内において行つた特定課税仕入れに係る消費税額…及び当該課税期間における保税地域からの引取りに係る課税貨物…につき課された又は課されるべき消費税額…の合計額を控除する。〔各号省略〕
２項前項の場合において、同項に規定する課税期間における課税売上高が五億円を超えるとき、又は当該課税期間における課税売上割合が百分の九十五に満たないときは、同項の規定により控除する課税仕入れに係る消費税額、特定課税仕入れに係る消費税額及び同項に規定する保税地域からの引取りに係る課税貨物につき課された又は課されるべき消費税額（以下この章において「課税仕入れ等の税額」という。）の合計額は、同項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める方法により計算した金額とする。
１号当該課税期間中に国内において行つた課税仕入れ…につき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下この号において「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものにその区分が明らかにされている場合イに掲げる金額にロに掲げる金額を加算する方法
イ 課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る課税仕入れ等の税額の合計額
ロ 課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ、特定課税仕入れ及び課税貨物に係る課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算した金額
２号前号に掲げる場合以外の場合当該課税期間における課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算する方法
６項…第二項に規定する課税期間における課税売上高とは、当該事業者が当該課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等の対価の額…の合計額…をいい、第二項に規定する課税売上割合とは、当該事業者が当該課税期間中に国内において行つた資産の譲渡等…の対価の額の合計額のうちに当該事業者が当該課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合をいう。
（５）６０条（国、地方公共団体等に対する特例）
４項国若しくは地方公共団体（特別会計を設けて事業を行う場合に限る。）、別表第三に掲げる法人又は人格のない社団等…が課税仕入れを行〔う〕…場合において、当該課税仕入れの日…の属する課税期間において資産の譲渡等の対価以外の収入（政令で定める収入を除く。以下この項において「特定収入」という。）があり、かつ、当該特定収入の合計額が当該課税期間における資産の譲渡等の対価の額…の合計額に当該特定収入の合計額を加算した金額に比し僅少でない場合として政令で定める場合に該当するときは、…当該課税期間の課税標準額に対する消費税額…から控除することができる課税仕入れ等の税額（第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。以下この項及び次項において同じ。）の合計額は、第三十条から第三十六条までの規定にかかわらず、これらの規定により計算した場合における当該課税仕入れ等の税額の合計額から特定収入に係る課税仕入れ等の税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した残額に相当する金額とする。〔後段省略〕
（６）別表第一（第六条関係）
１号土地…の譲渡及び貸付け…
１３号住宅（人の居住の用に供する家屋又は家屋のうち人の居住の用に供する部分をいう。）の貸付け…
（７）別表第三（第三条、第六十条、附則第十九条の三関係）
１号次の表に掲げる法人〔一部抜粋〕
名称：一般社団法人
根拠法：一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）
２ 施行令
７５条（国、地方公共団体等の仕入れに係る消費税額の特例）
１項法第六十条第四項に規定する政令で定める収入は、次に掲げる収入とする。１号借入金及び債券の発行に係る収入で、法令においてその返済又は償還のため補助金、負担金その他これらに類するものの交付を受けることが規定されているもの以外のもの（第六号及び次項において「借入金等」という。）
２号出資金
３号預金、貯金及び預り金
４号貸付回収金
５号返還金及び還付金
６号次に掲げる収入（前各号に掲げるものを除く。）
イ 法令又は交付要綱等（国、地方公共団体…から資産の譲渡等の対価以外の収入を受ける際にこれらの者が作成した当該収入の使途を定めた文書をいう。）において、次に掲げる支出以外の支出（ロ及びハにおいて「特定支出」という。）のためにのみ使用することとされている収入
（１）課税仕入れに係る支払対価の額（法第三十条第一項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額をいう。第四項において同じ。）に係る支出
（２）法第三十条第一項に規定する特定課税仕入れに係る支払対価の額並びに同項に規定する特定課税仕入れに係る消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額（これらの税額に係る附帯税の額に相当する額を除く。）の合計額（第四項において「特定課税仕入れに係る支払対価等の額」という。）に係る支出
（３）課税貨物の引取価額（課税貨物に係る第五十四条第一項第二号イに掲げる金額をいう。第四項において同じ。）に係る支出
（４）借入金等の返済金又は償還金に係る支出
ロ 国又は地方公共団体が合理的な方法により資産の譲渡等の対価以外の収入の使途を明らかにした文書において、特定支出のためにのみ使用することとされている収入
３項法第六十条第四項に規定する政令で定める場合は、当該課税期間における資産の譲渡等の対価の額（法二十八条第一項に規定する対価の額をいう。次項及び第六項において同じ。）の合計額に当該課税期間における法第六十条第四項に規定する特定収入（以下この条において「特定収入」という。）の合計額を加算した金額のうちに当該特定収入の合計額の占める割合が百文の五を超える場合とする。
３ 特定非営利活動促進法
（１）１１条（定款）
３項第一項第十二号に掲げる事項中に残余財産の帰属すべき者に関する規定を設ける場合には、その者は、特定非営利活動法人その他次に掲げる者のうちから選定されるようにしなければならない。
１号国又は地方公共団体
２号公益社団法人又は公益財団法人
３号…学校法人
４号…社会福祉法人
５号…更生保護法人
（２）３２条（残余財産の帰属）
１項解散した特定非営利活動法人の残余財産は、合併及び破産手続開始の決定による解散の場合を除き、所轄庁に対する清算結了の届出の時において、定款で定めるところにより、その帰属すべき者に帰属する。
（３）７０条
２項特定非営利活動法人は、消費税法（昭和六十三年法律第百八号）その他消費税に関する法令の規定の適用については、同法別表第三に掲げる法人とみなす。
以上
（別紙３）
本件規則等の定め
１ 本件規則
（１）１条（趣旨）
この規則は、補助金等に係る予算の執行の適正化を図るため、法令、条例又は他の規則に特別の定めのあるもののほか、補助金等の交付の申請、決定等に関する事項その他補助金等に係る予算の執行に関する基本的事項を定めるものとする。
（２）１０条（補助事業等及び間接補助事業等の執行）
１項補助事業者等は、法令、条例及び規則（以下「法令等」という。）の定め並びに補助金等の交付の決定の内容及びこれに付した条件その他市長の命令及び指示に従い、善良な管理者の注意をもって補助事業等を行わなければならず、補助金等の他の用途への使用…をしてはならない。
（３）２１条（財産の処分の制限）
補助事業者等は、補助事業等により取得し、又は効用の増加した次に掲げる財産を、市長の承認を受けないで、補助金等の交付の目的に反して使用し、譲渡し、交換し、貸し付け、又は担保に供してはならない。…
１号不動産及びその従物
２ 本件要綱
（１）１条（趣旨）
この要綱は、商工業及び観光の振興を図るため、商工会議所…、商工会…及び観光特産品協会又はその他市長が適当と認めた者（団体を含む。）が行う事業に対し、市長が予算の範囲内において交付する補助金（以下「補助金」という。）について、●●市補助金等交付規則（平成１７年●●市規則第４８号。以下「規則」という。）に定めるもののほか必要な事項を定めるものとする。
（２）２条（補助金の対象事業、対象経費及び補助率等）
補助金の交付の対象となる事業（以下「補助事業」という。）及び対象となる経費並びにこれに対する補助率等は、別表のとおりとする。
（３）別表（第２条関係）〔一部抜粋〕
補助事業名：食の拠点エリア直売所整備事業
事業項目：〔空欄〕
補助対象経費：食の拠点エリア直売所の整備に要する経費
以上
（別紙４）
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
（１）課税標準額２９１５万９０００万円
課税標準額は、本件課税期間における課税資産の譲渡等の対価の額であるところ、本件課税期間における課税資産の譲渡等の対価の額については、２９１５万９０９１円となる。なお、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項により、国税の課税標準を計算する場合には、その額に１０００円未満の端数があるときは、その端数を切り捨てることとなるため、本件課税期間の課税標準額は、２９１５万９０００円となる。（争いがない。）
（２）消費税の課税標準額に対する消費税額１８３万７０１７円
消費税の課税標準額に対する消費税額は、上記（１）の課税標準額２９１５万９０００円に、法２９条に規定する税率１００分の６．３を乗じて算出し、１８３万７０１７円となる。
（３）特定収入割合７７．６パーセント
本件補助金の１億円に加え、①平成２８年度Ａ事業に係る補助金７５万円（乙２０）、②平成２８年度ＮＰＯ法人Ａ運営事業に係る補助金２７万０３４０円（３０万１０００円のうち返納をした３万０６６０円を除いた額）のうち、租税公課に充てた金額９万７６５０円を除く１７万２６９０円（乙２１、２４）及び③原告が、平成２９年３月６日付けで受取補助金勘定に計上している、地域観光資源磨き上げ事業に係る公益社団法人Ｂから受領した助成金４万８６２０円（乙２２）の合計額９７万１３１０円についても、特定収入に該当することとなる。
そして、法６０条４項に基づき、上記（１）の本件課税期間の課税資産の譲渡等の対価の額２９１５万９０９１円に、本件課税期間の特定収入の合計額１億００９７万１３１０円を加算すると、１億３０１３万０４０１円となり、その額のうち、特定収入の合計額１億００９７万１３１０円の占める割合を計算すると、７７．６パーセントとなり、本件課税期間の特定収入割合は、５パーセントを超えることとなる。
（４）控除対象仕入税額４９２万０６９３円
ア 原告の特定収入割合は５パーセントを超えているため、仕入税額控除の特例として、法６０条４項が適用される結果、控除対象仕入税額が調整されることとなる。
イ そして、施行令７５条４項１号の規定により、本件課税期間における仕入れに係る消費税額の計算につき、特定収入１億００９７万１３１０円に係る課税仕入れ等の税額５８８万９９９３円を、控除対象仕入税額から控除することとなる。
ウ また、原告は、本件課税期間から法９条１項の納税義務の免除の規定を受けていないことから、法３６条１項の規定により、消費税の納税義務が免除されていた期間中に国内で譲り受けた課税仕入れに係る棚卸資産１７７万６０３６円（税込金額）（乙２５、２６）に係る消費税額１０万３６０３円が、本件課税期間の仕入税額控除の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額とみなされる。
エ したがって、本件課税期間における控除対象仕入税額は、本件確定申告書に記載した控除対象仕入税額１０７０万７０８３円（甲２）から、特定収入に係る調整額５８８万９９９３円を減算し、棚卸資産に係る消費税額１０万３６０３円を加算して算出すると、４９２万０６９３円となる。
（５）控除不足還付税額３０８万３６７６円
控除不足還付税額は、上記（２）の課税標準額に対する消費税額１８３万７０１７円から、上記（４）の控除対象仕入税額４９２万０６９３円を控除し、３０８万３６７６円となる。
（６）差引納付すべき消費税額５７３万７２００円
本件課税期間の差引納付すべき消費税額は、上記（５）の控除不足還付税額３０８万３６７６円と本件確定申告書における控除不足還付税額８８２万０８７９円（甲２）との差額である５７３万７２０３円となる。
なお、通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てると、５７３万７２００円となる。
（７）譲渡割額（還付額）８３万２１０３円
本件課税期間の譲渡割額については、上記（５）の控除不足還付税額３０８万３６７６円に地方税法（平成２４年法律第６９号による改正前のもの。以下同じ。）７２条の８３が規定する税率６３分の１７を乗じて算定すると、８３万２１０３円となる。
（８）差引納付すべき譲渡割額１５４万８１００円
差引納付すべき譲渡割額は、上記（７）の譲渡割の還付額８３万２１０３円と本件確定申告書における譲渡割の還付額２３８万０２３７円（甲２）との差額１５４万８１３４円から、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てると、１５４万８１００円となる。
（９）差引納付すべき消費税等の税額７２８万５３００円
差引納付すべき消費税等の税額は、上記（６）の差引納付すべき消費税額５７３万７２００円と上記（８）の差引納付すべき譲渡割額１５４万８１００円の合計額７２８万５３００円となる。
２ 本件更正処分の適法性
以上のとおり、本件課税期間の消費税の控除不足還付税額及び地方消費税の譲渡割額（還付額）は、それぞれ３０８万３６７６円及び８３万円２１０３円であるところ、納付すべき税額がこれらと同額であるとする本件更正処分は、適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠
過少申告加算税の額について、①通則法６５条１項に基づき、前記１（９）の差引納付すべき消費税等の税額７２８万円（同法１１８条３項により１万円未満の端数金額を切り捨てたもの。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した７２万８０００円と、②同法６５条２項の規定に基づき、前記１（９）の差引納付すべき消費税等の税額７２８万５３００円から、５０万円（同条３項２号の規定により計算される期限内申告税額△１１２０万１１１６円と５０万円とのいずれか多い金額）を控除した６７８万円（同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てたもの。）に、１００分の５の割合を乗じて算出した３３万９０００円とを合計した１０６万７０００円となる。
４ 本件賦課決定処分の適法性
以上のとおり、本件更正処分に伴って原告に賦課される過少申告加算税の根拠及びその金額は適正であって、原告に通則法６５条４項１号に規定する正当な理由があるとも認められない。したがって、本件賦課決定処分は適法である。
以上
別表
（単位：円）
区分
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
裁決
課税標準額
29,939,000
29,159,000
29,939,000
棄却
消費税額
1,886,204
1,837,017
1,886,204
仕入税額控除の額
10,707,083
4,920,693
10,707,083
納付すべき消費税額
△8,820,879
△3,083,676
△8,820,879
納付すべき
地方消費税額
△2,380,237
△832,103
△2,380,237
過少申告加算税の額
1,067,000
－
(注)上記表のうち△印は、還付金の額に相当する額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13622.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。