税務訴訟資料第２７２号（順号１３７００）
福岡高等裁判所宮崎支部令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（伊集院税務署長）
令和４年４月１３日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・鹿児島地方裁判所、令和●●年（○○）第●●号、令和３年１０月２７日判決、本資料２７１号－１２０・順号１３６２２）
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 伊集院税務署長が平成３０年９月２５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち還付金の額に相当する消費税の額８８２万０８７９円を超える部分及び還付金の額に相当する地方消費税の額２３８万０２３７円を超える部分並びに同処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
以下、略称は、本判決で定めるもののほかは、原判決のものによる。
１ 本件は、特定非営利活動法人である控訴人が、●●市から交付された補助金等につき、これを特定収入として消費税法６０条４項所定の控除対象仕入税額の調整をすることなく仕入税額控除を施して、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間（本件課税期間）に係る消費税及び地方消費税（消費税等）の確定申告をしたところ、伊集院税務署長から同項所定の調整をして控除対象仕入税額を減額すべきであることなどを理由に消費税等の更正処分（本件更正処分）及び同処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（本件賦課決定処分）を受けたため、これらの処分（本件各処分）の一部の取消しを求める抗告訴訟である。
原審が控訴人の請求をいずれも棄却したところ、控訴人がこれを不服として本件控訴を提起した。
２ 関係法令の定め等、前提事実、本件各処分の根拠及び適法性に関する被控訴人の主張、争点並びに争点に関する当事者の主張は、下記（１）のとおり補正し、下記（２）に当審における控訴人の補充主張を加えるほかは、原判決の「事実及び理由」中「第２事案の概要」の１ないし５に記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）原判決の補正
ア 原判決２頁２１行目の「仕入額控除」を「仕入税額控除」と改める。
イ 原判決４頁１１行目の「審査請求を棄却」を「審査請求をいずれも棄却」と改める。
ウ 原判決６頁３行目の「その交付により」の次に「●●市が」を加える。
エ 原判決１０頁１６行目の「資産の譲渡等には」を「資産の譲渡等…には」と改める。
オ 原判決１３頁１行目の「、附則第十九条の三」を削る。
カ 原判決１４頁１４、１５行目の「百文の五」を「百分の五」と改める。
（２）当審における控訴人の補充主張
ア 法６０条４項は、課税標準額に対する消費税額から控除することができる課税仕入れ等の税額の説明として、括弧書きで「第３０条第２項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。」と法３０条２項を引用しており、法３０条２項の控除されるべき課税仕入れ等の税額を計算することを前提とした規定となっているから、法６０条４項が適用されるのは、法３０条２項で定める課税標準額に対する消費税から控除することができる課税仕入れ等の税額を計算する場合に限られると解するのが自然である。そして、法３０条２項が、課税売上高が５億円を超える場合又は課税売上割合が９５％未満の場合に採用される個別対応方式又は一括比例配分方式の選択適用の際に限定して控除されるべき課税仕入れの税額について定めている趣旨は、課税仕入れに含まれる消費税額が売上のコストとしての性質（対価性）を持つところ、課税売上高が大きい（５億円超）か課税売上割合が高くない団体においては、課税仕入れに係る消費税について売上のコストとしての性質（対価性）に鑑み、特定収入によって賄われた課税仕入れ税額を、通常の課税仕入れ税額のように課税売上に含まれる消費税額から控除しないこととすることで、特定収入によって賄われた課税仕入れについては、最終消費者として消費税を自己負担させる点にあるから、上記と異なり、課税売上高が５億円以下かつ課税売上割合９５％以上の団体の場合には、特定収入によって賄われた課税仕入れ税額についても、最終消費者として自己負担させるべきではないという価値判断が妥当するのであり、法３０条１項が適用される事業者（控訴人はこの事業者に該当する。）には、法６０条４項の適用はないと解すべきである。法６０条４項中、「第３０条から第３６条までの規定にかかわらず」との部分は、法３０条１項と２項を区別していないが、同部分の主語は、「課税標準額に対する消費税額…から控除することができる課税仕入れ等の税額…の合計額は」であり、控除すべき課税仕入れ等の税額を観念することができる法３０条２項を当然の前提としているのであり、法３０条１項ではそもそも控除すべき消費税額を観念できないから、法６０条４項中の「第３０条」に法３０条１項が含まれると解すべきではない。
イ 法６０条４項は、株式会社や合同会社のような営利目的の法人には適用がないところ、これは、非課税収入の割合が低い法人については、課税売上がないにもかかわらず不公平な仕入れ税額控除がされる危険性がないからであり、そうであるならば、法別表第三に該当する団体であっても、課税売上割合９５％以上の団体（控訴人はこの団体に該当する。）については、対価性のない収入を恒常的な財源として得ておらず、上記の危険性がないのであるから、対価性のない収入を恒常的に得ている団体に適用される規定である法６０条４項を適用すべきではない。また、法６０条は、国及び地方公共団体等に対する特例を定めた規定であるが、法６０条１項は、対価性のない収入を恒常的に得ている「国若しくは地方公共団体」に適用対象を限定しているし、法６０条３項は、法別表第三に掲げる法人のうち国又は地方公共団体に準ずる法人として政令で定めるもののみ、資産の譲渡等、課税仕入れ及び課税貨物の保税地域からの引取りを行った時期について、法６０条２項に準じて政令で定める旨規定しているから、法６０条４項が適用されるのは、国、地方公共団体及びそれらに準じる法人（控訴人はこの法人に該当しない。）のみに限られるべきである。
ウ 施行令７５条１項において、出資金が法６０条４項の特定収入に該当しないとされている趣旨は、出資金は一定の事業目的のために設立された法人の原資となる金銭で、当該法人の解散の際にはその金銭は出資者に残余財産として帰属することとなり、貸借対照表上においても資産勘定又は正味財産（資産から負債を差し引いた純資産）として計上されるものであることから、出資金は特定収入から外されるべきという点にある。本件補助金は、控訴人の事業目的のための原資となる金銭であり、控訴人の解散後は、特定非営利活動促進法１１条３項に掲げる者のうち総会の決議を経て選定した者に帰属することが控訴人の定款に定められていることから、これを交付した●●市に帰属する可能性が高く、控訴人の会計においても、特定の目的のみに使用できる資産として正味財産とされている（甲１３）から●●市が共同事業に参画するために本件補助金を交付したとは認められないとしても、出資金に該当するというべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、控訴人の請求はいずれも理由がないものと判断する。その理由は、下記２のとおり補正し、当審における控訴人の補充主張に対する判断を下記３に加えるほかは、原判決の「事実及び理由」中「第３当裁判所の判断」（以下「原判決第３」という。）の１ないし３に記載のとおりであるから、これを引用する。
２ 原判決の補正
原判決７頁１９行目の「認められない」の次に「（本件補助金の交付申請及び交付に係る書類〔乙４ないし７号証〕にも、本件補助金の交付により、●●市が控訴人の事業に参画することをうかがわせる記載はない。）」を加える。
３ 控訴人の補充主張に対する判断
（１）控訴人は、前記第２の２（２）アのとおり、法３０条１項が適用される事業者には、法６０条４項の適用はないと解すべきである旨主張するが、同主張に理由がないことは、前記補正して引用する原判決第３の１（２）のとおりである。
（２）控訴人は、前記第２の２（２）イのとおり、法６０条４項の適用対象とされている法別表第三に該当する団体であっても、課税売上割合９５％以上の団体については、対価性のない収入を恒常的に得ている団体に適用される規定である法６０条４項を適用すべきではない旨、法６０条４項が適用されるのは、国、地方公共団体及びそれらに準じる法人のみに限られるべきである旨主張するが、いずれも独自の見解であって採用できない。
（３）控訴人は、前記第２の２（２）ウのとおり、本件補助金は、控訴人の事業目的のための原資となる金銭であり、控訴人の解散後は、●●市に帰属する可能性が高く、控訴人の会計においても、特定の目的のみに使用できる資産として正味財産とされている（甲１３）から、●●市が事業へ共同参画するために本件補助金を交付したとは認められないとしても、出資金に該当するというべきであると主張する。しかし、本件補助金が施行令７５条１項２号所定の「出資金」に該当すると認めることができないことは、前記補正して引用する原判決第３の２のとおりであるから、控訴人の上記主張は理由がない。
第４ 結論
よって、上記判断と同旨の原判決は相当であって、本件控訴は理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。
福岡高等裁判所宮崎支部
裁判長裁判官 高橋亮介
裁判官 石山仁朗
裁判官 新城博士
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13700.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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