税務訴訟資料第２７２号（順号１３７７４）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税額等の更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和４年１１月１８日棄却・控訴
判決
原告一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
山中健児
延増拓郎
岸聖太郎
同訴訟復代理人弁護士松井健祐
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁鹿児島税務署長
中元眞吾
同指定代理人別紙指令代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 鹿児島税務署長が平成３０年１２月１９日付けで原告に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度（以下「平成２９年３月期事業年度」という。）の法人税に係る更正処分のうち所得金額４５３万１６０２円及び還付金額８３２４万５４６５円を超える部分を取り消す。
２ 鹿児島税務署長が平成３０年１２月１９日付けで原告に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度（以下「平成２９年３月期課税事業年度」という。）の地方法人税に係る更正処分のうち課税標準法人税額６７万９０００円及び納付すべき税額２万９８００円を超える部分を取り消す。
３ 鹿児島税務署長が平成３０年１２月１９日付けで原告に対してした過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、非営利型法人（法人税法２条９号の２に規定するものをいう。以下同じ。）に該当する一般財団法人である原告が、①原告のＢ株式会社（以下「Ｂ」という。）に対する金銭の貸付けに係る利息を収益事業から生じた所得に含めず、②法人税の額から原告が保有する預貯金等に係る利子及び配当等に課された所得税の額を控除して法人税等の確定申告をしたことに対し、鹿児島税務署長が、①上記金銭の貸付けは収益事業に該当するため、原告には貸付利息に係る法人税を納付する義務があり、②法人税法６８条２項の規定に基づき、法人税の額から上記利子及び配当等に課された所得税の額を控除することはできないとして、平成２９年３月期事業年度の法人税の更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）、平成２９年３月期課税事業年度の地方法人税の更正処分（以下「本件地方法人税更正処分」といい、本件法人税更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をしたところ、原告が被告に対し上記確定申告額を超える部分についての本件各処分の取消しを求める事案である。
なお、この判決において、①所得金額又は納付すべき税額が増加する方向及び還付金額が減少する方向をプラス、②所得金額又は納付すべき税額が減少する方向及び還付金額が増加する方向をマイナスと見て、ある金額よりも、①プラスの方向の部分を「超える部分」、②マイナスの方向の部分を「超えない部分」と表記する。
２ 関係法令等の定め
（１）法人税法（平成２９年法律第４号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）
ア 法人税法２条６号は、公益法人等とは別表第二に掲げる法人をいう旨規定し、別表第二は、公益法人等として、一般財団法人（非営利型法人に該当するものに限る。）、一般社団法人（非営利型法人に該当するものに限る。）、公益財団法人及び公益社団法人（以下、公益財団法人及び公益社団法人を併せて「公益法人」という。）などを掲げている（以下、「公益法人等」とは、同号に定義されたものをいう。）。
イ 法人税法２条９号の２は、非営利型法人とは一般社団法人又は一般財団法人（公益社団法人又は公益財団法人を除く。）のうち、次に掲げるものをいう旨規定している。
（ア）その行う事業により利益を得ること又はその得た利益を分配することを目的としない法人であってその事業を運営するための組織が適正であるものとして政令で定めるもの（イ）その会員から受け入れる会費により当該会員に共通する利益を図るための事業を行う法人であってその事業を運営するための組織が適正であるものとして政令で定めるもの
ウ 法人税法２条１３号は、収益事業とは、販売業、製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて行われるものをいう旨規定している。
エ 法人税法４条１項は、内国法人は、この法律により、法人税を納める義務がある旨規定している（ただし、公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業を行う場合に限る。）。
オ 法人税法７条は、内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、同法５条の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さない旨規定している。
カ 法人税法６８条１項は、内国法人が各事業年度において所得税法１７４条各号に規定する利子及び配当等（以下「利子及び配当等」という。）の支払を受ける場合には、これらにつき同法の規定により課される所得税の額は、政令で定めるところにより、当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除する旨規定している。
キ 法人税法６８条２項は、前項の規定は、内国法人である公益法人等又は人格のない社団等が支払を受ける利子及び配当等で収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生ずるものにつき課される同項の所得税の額については、適用しない旨規定している。
（２）法人税法施行令（平成２８年政令第１４６号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）
ア 法人税法施行令５条１項本文は、法人税法２条１３号に規定する政令で定める事業は、同項１号ないし４号に掲げる事業（その性質上その事業に付随して行われる行為を含む。）とする旨規定し、同項３号は、金銭貸付業のうち同号イないしチに掲げるもの以外のもの（以下「金銭貸付業」という。）と規定している。
イ 法人税法施行令５条２項本文は、同項１号ないし４号に掲げる事業は、前項に規定する事業に含まれないものとする旨規定し、同条２項１号は、公益法人が行う前項各号に掲げる事業のうち、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（以下「公益法人認定法」という。）２条４号に規定する公益目的事業に該当するものと規定している。
（３）所得税法（平成２８年法律第３９号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）
所得税法１１条１項は、同法別表第一に掲げる内国法人が支払を受ける利子及び配当等については、所得税を課さない旨規定し、同法別表第一に掲げる公共法人等として、公益法人を規定している。
（４）本件税制改正の概要（乙２９、３７～３９）
ア 公益法人制度改革の趣旨及び経緯
民法（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下「整備法」という。）による改正前のもの。以下「旧民法」という。）３４条は、主務官庁の許可を得て社団法人又は財団法人を設立することができる旨規定していた（以下、同条に基づき設立された社団法人及び財団法人を「旧公益法人」といい、このような制度を「旧公益法人制度」という。）。
旧公益法人制度については、明治２９年の旧民法制定以来抜本的な見直しが行われておらず批判があったところ、旧公益法人制度の諸問題に対処するとともに、民間非営利部門の活動を促進するため、旧公益法人制度が見直されることとなり、平成１８年、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（以下「一般法人法」という。）、公益法人認定法及び整備法が成立し（以下、これらの法律を「公益法人関連三法」といい、これに基づく制度改革を「公益法人制度改革」という。）、平成２０年１２月１日から施行された。
すなわち、公益法人制度改革の基本的枠組みは、従前の旧公益法人の設立に係る許可主義を改め、法人格の取得と公益性の判断を分離することとし、公益性の有無にかかわらず準則主義（登記）により簡便に設立することができる一般的な法人制度を創設すること及び各官庁が裁量により公益法人の設立許可等を行う主務官庁制を抜本的に見直し、民間有職者から成る委員会の意見に基づき、一般的な非営利法人について目的、事業等の公益性を判断する仕組みを創設することとされた。
その結果、上記公益法人関連三法において、登記のみで設立することができる法人として、一般社団法人及び一般財団法人（以下「一般社団・財団法人」という。ただし、後記する公益法人を除く。以下、特に断りのない限り同じ。）が新たに設けられ、更にそのうち、民間有識者から成る委員会の答申に基づき、行政庁（内閣総理大臣又は都道府県知事）による公益性の認定を受けた法人として、公益法人が新たに設けられることとなった。
イ 公益法人制度改革に伴う本件税制改正
公益法人制度改革により法人格の取得と公益性の判断を分離することとなったことなどに伴い、これに対応した税制改正（以下「本件税制改正」という。）として、要旨、以下の内容の改正が行われた。
（ア）法人税法の改正
ａ 公益法人
旧公益法人については、従前、その公益性に鑑み、基本的には非課税としつつ、利益を得ることを目的とする営利法人との課税のバランスを確保する観点から、営利法人と競合関係にある収益事業を営む場合に限り、収益事業から生じた所得に対して法人税を課する、いわゆる収益事業課税方式が適用されていた。
公益法人制度改革に伴う本件税制改正により、公益法人については、収益事業課税方式をベースとして、以下の改正がされた。
（ａ）公益法人は、法人税法別表第二の「公益法人等」の範囲に追加され、これにより収益事業を行う場合等に限り法人税の納税義務を負う（同法４条１項）とともに、各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得のみについて法人税が課せられることとなった（同法７条）。
（ｂ）公益法人が行う公益目的事業（公益法人認定法２条４号）については、収益事業の範囲から除外された（法人税法施行令５条２項１号）。
（ｃ）公益法人の収益事業に属する資産のうちから公益目的事業のために支出した金額を収益事業に係る寄附金の額とみなして（みなし寄附金制度）、損金算入限度額までの損金算入を認めることとされた（法人税法３７条５項、法人税法施行令７７条の３）。
ｂ 一般社団・財団法人
これに対し、一般社団・財団法人は、本件税制改正により収益事業課税を行うものと全所得課税を行うものとに区分し、前者（収益事業課税を行う一般社団・財団法人）については非営利型法人（法人税法２条９号の２）とされ、後者（全所得課税を行う一般社団・財団法人）については普通法人（同条９号）とされた。
非営利型法人については、公益法人と同様に法人税法別表第二の「公益法人等」の範囲に追加され、これにより収益事業を行う場合に限り、法人税の納税義務を負う（同法４条１項）とともに、各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得のみについて法人税が課されることとなった（同法７条）。ただし、一般社団・財団法人については、法人が有する公益性に着目した措置である軽減税率やみなし寄附金制度の適用はないこととされた。
（イ）所得税法の改正
ａ 旧公益法人については、従前、所得税法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの）別表第一第一号に掲げる「公共法人等」である内国法人に該当するとされ、その支払を受ける預貯金の利子及び配当等については、所得税を課さないこととされていた（同法１１条１項）。また、同法別表第一第一号に掲げる「公共法人等」以外の内国法人が国内において利子及び配当等の支払を受けるときは、所得税の納税義務が課され、所得税が源泉徴収（以下、源泉徴収された所得税を「源泉所得税」ということがある。）されることとされた（同法１７４条、２１２条３項）。
ｂ 公益法人制度改革に伴う本件税制改正により、公益法人については、所得税法別表第一に掲げる「公共法人等」の範囲に追加され、その支払を受ける利子及び配当等について所得税が課税されないこととされた（同法１１条１項、別表第一）。他方で、公益法人を除く一般社団・財団法人については、非営利型法人も含めて、同法別表第一に掲げる「公共法人等」の範囲に追加されず、その支払を受ける利子及び配当等について所得税が課税され、これが源泉徴収されることとされた。
３ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠（証拠の表記は、枝番を含む場合がある。以下同じ。）及び弁論の全趣旨により容易に認定することのできる事実。なお、証拠を挙げていない事実は、当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告は、昭和５０年４月●日に旧民法３４条の規定に基づき財団法人Ｃとして設立され、平成２０年１２月１日に、整備法の施行により一般法人法の規定による一般財団法人として存続することとなり、整備法４２条１項所定の特例財団法人となった。原告は、平成２３年７月２８日に財団法人Ｄに名称変更した。
その後、原告は、平成２４年１月●日に財団法人Ｅ（以下「Ｅ」という。）を吸収合併して、財団法人Ｆに名称変更した後、平成２６年４月１日に現在の名称に変更するとともに、通常の一般財団法人に移行した。その上で、原告は、同年５月１２日付けで、鹿児島税務署長に対し、同年４月１日に一般財団法人に法人区分を変更した旨の届出をし、この際、併せて非営利型法人に該当する旨の届出をした。
なお、平成２６年４月１日以降、原告の代表理事は甲であり、原告の主たる事務所の所在地は、「鹿児島市●●」（以下、当該住所地を「本件所在地」という。）である。（甲１、乙３、４）。
イ Ｂは、昭和３年４月●日に設立された、温泉、ホテル、旅館、ドライブイン、展望台、レストラン、遊園地等の観光事業の経営等を目的とする株式会社である。
なお、Ｂの代表取締役は、原告の代表理事を務める甲である。また、Ｂの本店の所在地は、「鹿児島市●●」であり、原告の本件所在地と同一である。（乙５）
（２）原告の事業等
ア Ｅ及びＢは、平成２３年３月３０日付けで、Ｅが所有する東京都世田谷区●●所在の土地をＢに賃貸する旨の土地使用契約を締結した。上記土地使用契約に基づく土地の賃貸料は、年間４２９万３０００円であった。（乙６）
その後、原告は、上記土地使用契約に係るＥの契約上の地位を承継した。
イ 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２６年５月３０日付けで、同年４月１日から収益事業として、上記土地使用契約に係る不動産貸付業（以下「本件不動産貸付業」という。）を開始する旨を記載した収益事業開始届出書を提出した。（乙１０）
ウ 原告は、収益事業以外の事業（以下「非収益事業」ということがある。）として、学生寮の運営管理、表彰・奨学金の育英事業、美術館・工芸館の運営管理等の事業を行っているところ、平成２６年４月１日以降、これらの原告の非収益事業又は非収益事業に属する預貯金等を含む資産から生ずる利子及び配当等（以下「本件預貯金利子等」という。）について所得税が課され、本件預貯金利子等の支払を行う者から所得税が源泉徴収されている。（乙８、９）
（３）本件金銭貸付等
原告は、Ｂに対し、平成２８年４月１日付け金銭消費貸借契約（以下、「本件貸付契約」といい、同契約に係る契約書を「本件契約書」という。）に基づき、２億３０００万円を貸し付けた（以下、本件貸付契約に係る金銭の貸付けを「本件金銭貸付」といい、本件金銭貸付に係る利息を「本件貸付利息」という。）。本件貸付契約の内容は、要旨、以下のとおりであった。（乙７・７枚目）
ア 金額２億３０００万円
イ 貸付日平成２８年４月１日
ウ 弁済期平成２９年３月３１日
エ 弁済方法持参又は送金
オ 利率年１．６％（年３６５日日割計算）
カ 利息支払方法上記オに規定する利率による利息を、各半期末日までにその半期分を持参又は送金して支払う。
キ 遅延損害金年１４．０％（年３６５日日割計算）
（４）前２期分の確定申告等
ア 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２７年６月３０日、平成２７年３月期（平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度及び課税事業年度をいう。以下、他の事業年度及び課税事業年度についても同様に表記する。）の収益事業に係る法人税等の確定申告書を提出した。（乙１１）
イ 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２８年７月１日、平成２８年３月期の収益事業に係る法人税等の確定申告書を提出した。（乙１２）
ウ なお、原告は、平成２７年３月期及び平成２８年３月期（以下、これらの期を併せて「前２期」という。）分の各確定申告（以下「前２期分の確定申告」という。）における収益事業に係る収入として、本件不動産貸付業に係る賃貸料（４２９万３０００円）のみを申告し、本件貸付利息については申告しなかった。
エ 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２９年３月１３日、前２期分の各法人税について、当該法人税の額から本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の控除がされておらず、当該法人税の額が過大であったなどとして、還付金額をそれぞれ１４０４万９６２８円及び１億１６４６万８８８２円とするよう求める更正の請求をした。（乙１５、１６）
オ 鹿児島税務署長は、原告の上記各更正の請求に対して、平成２９年４月１４日付けで、上記の源泉所得税の額が非収益事業に属する資産から生じたものであることから、法人税法６８条２項により法人税の額から所得税の額を控除することはできないとして、それぞれ更正をすべき理由がない旨の通知処分をした。（乙１７、１８）
カ 原告は、上記各通知処分を不服として、国税不服審判所長に対し、平成２９年７月７日付けで審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成３０年３月２２日付けで、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（乙２０）
キ 原告は、鹿児島地方裁判所に対し、平成３０年９月２５日、前記各通知処分の取消し及び更正処分の義務付けを求める訴えを提起したが、鹿児島地方裁判所は、令和２年６月１０日、上記原告の訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分を却下し、その余の請求をいずれも棄却する旨の判決をし、上記判決の控訴審である福岡高等裁判所宮崎支部も、令和３年１月１３日、原告の控訴を棄却する旨の判決をした。（乙２）
（５）本件確定申告
ア 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２９年６月３０日（同年７月３日受付）、別表１及び別表２の各「確定申告」欄のとおり、平成２９年３月期分の法人税等の確定申告書（以下「本件確定申告書」といい、本件確定申告書に係る申告を「本件確定申告」という。）を提出した。（甲２の１、乙１）
イ 原告は、本件確定申告において、収益事業から生じた所得として本件不動産貸付業に係る賃貸料（４２９万３０００円）のみを申告し（本件確定申告書７枚目「固定資産運用益」欄参照）、本件貸付利息については申告せず、かつ、法人税の額から本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の控除がされるべきであるとして、８３９２万５１１５円の還付を求める内容の申告をした（ただし、訂正後の金額は８３２４万５４６５円。以下訂正の前後を問わず「本件還付金額」という。）。（甲２）
（６）本件調査の経緯
ア 鹿児島税務署の乙（以下「本件調査担当者」という。）は、原告に対し、平成２９年８月以降、本件確定申告に係る調査を行った（以下、「本件調査」というが、原告は、後述のとおり本件調査が国税通則法（以下「通則法」という。）２４条等に規定する調査（以下「税務調査」という。）として行われたこと自体を争うとともに、その適法性を争っている。）。
イ 本件調査担当者は、本件調査において、丙税理士（以下「丙税理士」という。）の事務所（以下「本件税理士事務所」という。）に臨場し、同所において丁税理士（以下「本件税理士」という。）から原告の事業概況を聴取した。
また、本件調査担当者は、原告の経理責任者である戊（以下「本件経理責任者」という。）から、「平成２８年度の正味財産増減計算事業毎内訳書」、「通帳の写し（普通預金利息）」、「利息計算書の写し（定期預金利息）」、「配当金計算書の写し（受取配当金）」、「支払利息通知書の写し（社債利息）」及び「土地使用契約書の写し」等の関係資料（以下、本件調査において提出された資料を総称して「本件関係資料」ということがある。）の提出を受けるなどした。（乙２２）
ウ 原告は、鹿児島税務署長に対し、丙税理士に対し平成２９年３月期分の法人税及び地方法人税等に係る税務代理を委任する旨の税務代理権限証書（乙１９。以下「本件代理権限証書」という。）を提出していたが、平成３０年１２月１３日付けで、誤って本件代理権限証書を提出したとして、これを取り下げる旨を記載した「税務代理権限証書の取下書」（乙２８。以下「本件取下書」という。）を提出した。なお、本件税理士は、丙税理士の子であり、本件税理士事務所の所属税理士である。（甲１７、乙４７）
（７）本件各処分等
ア 鹿児島税務署長は、原告に対し、平成３０年１２月１９日付けで、別表１の「更正処分等」欄及び別表２の「更正処分」欄のとおり、本件各処分をした。（甲３）
イ 原告は、本件各処分を不服として、国税不服審判所長に対し、平成３１年３月１１日付けで審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和２年３月３日付けで、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲４、１３）
ウ 原告は、令和２年９月１１日、本件各処分の取消しを求めて本件訴えを提起した。（顕著な事実）
４ 被告の主張する法人税及び地方法人税の税額並びに過少申告加算税の額
被告が本件訴訟において主張する本件各処分の根拠及び適法性は、別紙「本件各処分の根拠及び適法性」のとおりである。
なお、上記別紙で用いた略語は本文においても用いる。
５ 争点及び争点に関する当事者の主張
本件における争点は、①本件税制改正の合憲性（争点１）、②本件金銭貸付の収益事業該当性（争点２）、③本件各更正処分の適法性（争点３）、④本件調査の適法性（争点４）、⑤本件賦課決定処分の適法性（争点５）であり、これらの争点に関連する部分を除き、原告は、その余の被告主張の課税及び計算関係を争うことを明らかにしていない。
（１）本件税制改正の合憲性（争点１）
（被告の主張）
ア 原告は、公益法人制度改革に伴う本件税制改正は、憲法１４条１項に反し違憲である旨主張するが、租税法の分野における取扱いの区別は、その立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された区別の態様が上記目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これが同項に違反するということはできない。
これを本件税制改正により改正された所得税法１１条１項及び別表第一についてみるに、公益法人については利子及び配当等に所得税を課さないこととした一方で、非営利型法人については利子及び配当等に所得税を課すこととしたものであり、公益法人と非営利型法人とでは利子及び配当等に所得税を課すか否かについて区別がされている。
しかし、公益法人と非営利型法人とでは、公益性の程度に差異があるといえるから、公益性の高い公益法人と公益法人ほどには公益性が高いとはいえない非営利型法人において、課税における区別をした上で、その区別の内容として、収益事業により生じた所得に限り課税する点や、法人税率については同一の取扱いとしながら、利子及び配当等については、公益法人については公益的役割を促進する要請から非課税とし、非営利型法人については適正な課税を確保する要請から課税するという区別を設けることについては、合理性がある。
したがって、所得税法１１条１項及び別表第一が憲法１４条１項に違反しないことは明らかであり、原告の主張は失当である。
イ 財産権に対して加えられる規制が憲法２９条２項にいう公共の福祉に適合するものとして是認されるべきものであるかどうかは、規制の目的、必要性、内容、その規制によって制限される財産権の種類、性質及び制限の程度等を比較考量して判断すべきである。
これを本件税制改正により改正された所得税法１１条１項及び別表第一についてみるに、その立法目的は、公益目的事業活動を促進しつつ、適正な課税の確保を図ることにあるから、その立法の規制目的が公共の福祉に合致するものである上、公益性が高いとまではいえない非営利型法人について、適正な課税の確保の要請を優先させたことについて必要性及び合理性が認められるから、立法府の判断が合理的裁量の範囲内であることは明らかである。
ウ 原告は、所得税法１１条１項及び別表第一を改正するのであれば、併せて法人税法６８条も改正し、非営利型法人についても利子及び配当等について所得税が源泉徴収された場合には、その所得税の額を法人税の額から控除することができるようにする必要があった旨主張する。
しかし、法人税法６８条１項及び２項については、非営利型法人に係る利子及び配当等について全くの非課税とする趣旨ではない上に、所得税法１１条１項及び別表第一において、非営利型法人を利子及び配当等が非課税となる公共法人等に含めなかったことは合憲であり、その結果、同法２１２条３項の規定により、非営利型法人の非収益事業から生じた利子及び配当等についての所得税が源泉徴収の対象となったことについて、何らそしりを受けるいわれはないから、法人税法６８条１項及び２項を改正する必要もない。
エ 以上のとおり、公益法人制度改革に伴う本件税制改正は違憲である旨の原告の主張には理由がない。
（原告の主張）
ア 公益法人制度改革に伴う本件税制改正により、法人税法においては、公益法人であっても非営利型法人であっても、法人所得については非課税とされているにもかかわらず、所得税法１１条１項及び別表第一においては、他の法人所得と異なり利子及び配当等に関しては、公益法人については所得税を非課税とし、非営利型法人については所得税を課税する区別をしているが、このような区別は、著しく不合理であることが明白であり、憲法１４条１項に違反する。
原告は、非営利型法人に該当するが、公益法人認定法が規定する収支相償の基準以外の公益法人の認定基準についても満たすことが可能であるにもかかわらず、収支相償の基準を満たすことが困難であるため、公益法人の認定を受けていない。なぜなら、収支相償の基準は、永続的な公益目的事業の存続を事実上不可能とするものであり、むしろ公益目的事業の妨げとなっているからである。実際に、被告が定める公益法人の認定基準が公益活動を阻害することから、原告のような専ら公益目的事業を営む法人が、公益法人の認定を受けず非営利型法人として存在しているという実態がある。このような公益目的事業を永続的に行う公益への貢献が最も高い類型の法人が、公益法人の認定を受ける選択をすることができず、非営利型法人を選択している状況下において、公益法人にのみ上記のとおり税制上の優遇を与え、非営利型法人に対し課税を強化することは、公益目的事業を推進することになるものではない。本件税制改正は、公益目的事業の推進と適正な課税の確保の要請との調整を図るという立法目的に資するものではなく、公益法人制度改革が促進しようとした公益活動の障害となるものであって、むしろ立法目的に反するものである。
イ 被告は、公益法人制度改革にかこつけて税収の増大と課税の強化のみを目的として、法人税において非課税とされている非営利型法人の利子及び配当等に対して所得税を課税することとしたものであり、法人所得に対しては法人税法により課税すべきであるとの租税法の基本原則に反する立法をした。その結果、原告のように公益目的事業を行い多大な貢献をしてきた本件税制改正前から存続する法人に対し、永続的な事業の継続を不可能又は著しく困難にさせた。
このように本件税制改正は、立法目的の正当性を欠くか、立法目的が正当であったとしても、その目的との関連で不合理であることが明白であって憲法２９条２項に反し違憲である。
ウ なお、被告は、憲法における三権分立を否定し、租税法については三権分立の制約の枠外にあるかのような主張をするが、このような主張に表れているとおり憲法を軽視する思想を有しているのであり、憲法違反を回避すべき自覚もなく、ただ課税の強化のみを目的として本件税制改正をした。したがって、本件税制改正は、憲法尊重擁護義務に違反し、また財産権を侵害するものとして違憲である。
（２）本件金銭貸付の収益事業該当性（争点２）
（被告の主張）
ア 法人税法上、公益法人等については、各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得についてのみ法人税を課税することとされているところ、公益法人等が行う事業が法人税法施行令５条１項各号に掲げられた各事業に該当し、収益事業といえるかどうかを検討するに当たっては、事業に伴う財貨の移転が役務等の対価の支払として行われる性質のものか、また、当該事業が、公益法人等以外の法人の一般的に行う事業と競合するものか否か等の観点を踏まえた上で、当該事業の目的、内容、態様等の諸事情を社会通念に照らして総合的に検討して判断するのが相当である。
これを本件についてみると、原告は、Ｂから、平成２８年１０月３１日に１８４万５０４１円、平成２９年３月３１日に１８３万３６４３円（合計３６７万８６８４円）の振込入金を受けているところ、上記各金額は、原告がＢに対してした２億３０００万円の本件金銭貸付の対価として支払われた本件貸付利息相当額である。
また、企業は、営利事業を目的とし、様々な企業活動を遂行するに当たって自己資金が不足する場合には、金融機関等からの借入れにより資金を調達し、金融機関等に対し借入金に対する利息を支払うことが一般的である。他方で、金融機関等においては、企業に資金を貸し付け、当該貸付金に係る利息収入を得ることによって経営を維持している。これらの事情を考慮すれば、本件金銭貸付は、公益法人等以外の法人の一般的に行う事業と競合するものということができる。
さらに、本件金銭貸付は、原告が、Ｂに対し、２億３０００万円を貸し付け、年間で３６８万円（２億３０００万円×年１．６パーセント（年３６５日日割計算））もの利息を得るというものであるほか、公益法人等以外の法人が資金を貸し付けたことにより得た利息は、法人税の課税対象となる（法人税法４条）ことを併せ考慮すれば、本件金銭貸付は、法人税法施行令５条１項３号に規定する金銭貸付業に該当し、法人税法２条１３号の收益事業に該当するというべきである。
イ これに対し、原告は、本件金銭貸付は、法人税法２条１３号に規定する「継続して事業場を設けて行われるもの」という要件を満たしていないから収益事業に該当しない旨主張するが理由がない。すなわち、同号に規定する「継続して事業場を設けて行われるもの」との要件は、臨時的・一時的にのみ行われる事業を、収益事業から除外する趣旨で定められているものと解される。このことからすれば、同号に規定する「事業場を設け」るとは、その事業の拠点となる物的施設を設けていることをいい、当該収益事業のために特別に物的施設を設けることを要するものではなく、公益目的事業を行っている施設を収益事業の拠点としても使用していれば、当該施設の設置をもって、「事業場を設けて行われるもの」との要件を満たすものと解すべきである。原告は、「鹿児島市●●」（本件所在地）に所在する法人であり、本件所在地は、原告が平成２６年５月３０日付けで鹿児島税務署長に対して提出した収益事業開始届出書（乙１０）の「本店又は主たる事務所の所在地」欄や本件契約書（乙７・７枚目）の債権者の住所欄に記載されている上、原告が実際に本件所在地に事務所を設けていることからすれば、原告は収益事業の拠点となる物的施設を設けているというべきである。
また、原告は、Ｂとの間で、金銭消費貸借契約を複数回締結し、少なくとも平成２６年４月１日に４億３０００万円、平成２７年４月１日に２億８０００万円、平成２８年４月１日に２億３０００万円という多額の資金を３年間にわたって継続して貸し付けている。
したがって、本件金銭貸付は、法人税法２条１３号に規定する「継続して事業場を設けて行われるもの」に該当する。
ウ 原告は、本件金銭貸付はその収益を公益目的事業に充てており、収益自体を目的とするものではないことから収益事業に該当しない旨主張するが、そもそも、法人税法上、非営利型法人が事業の収益を公益目的事業に充てている場合について、当該収益を非課税とする旨の規定はないのであるから、原告の主張には理由がない。
また、公益法人等が行っている事業が収益事業に該当するか否かは、当該事業に伴う財貨の移転が役務等の対価の支払として行われる性質のものであるか、また、当該事業が公益法人等以外の法人が一般的に行う事業と競合するものか否か等の観点を踏まえた上で、当該事業の目的、内容、態様等の諸事情を社会通念に照らして総合的に検討して判断するのが相当である。したがって、事業の収益を公益目的事業に充てているか否かは、収益事業該当性の判断に何ら影響を与えるものではない。
さらに、法人税法は、公益法人の収益事業に属する資産から公益目的事業のために支出した金額を、収益事業に係る寄附金とみなして、損金算入限度額までの額を損金算入することができる旨規定しているところ、同規定は、事業の収益を公益目的事業のために支出していたとしても、当該事業が収益事業に該当することを前提とした規定であることは明らかである。
エ 以上のとおり、本件金銭貸付は収益事業に該当するから、原告の主張には理由がない。
（原告の主張）
ア 鹿児島税務署長は、原告がＢに対し平成２６年４月１日以降継続的に金銭の貸付けを行っており、本件金銭貸付は、法人税法施行令５条３号に掲げる金銭貸付業に該当するとともに、法人税法２条１３号に規定する収益事業に該当するとして、本件貸付利息の合計額３６７万８６８４円について、平成２９年３月期の所得金額に加算しているが、以下のとおり違法である。
被告の主張によれば、所得税の対象となる利子及び配当等は、公益目的事業に属する資産である社債・有価証券から生じた利子及び配当等であるところ、その公益目的事業に属する資産は、社債、有価証券だけではなく預金、貸付金、建物や土地等も含まれており、これには原告のＢに対する本件金銭貸付に係る貸付金も含まれることになる。本件金銭貸付は、社債や有価証券と同様に公益目的事業を行うための財源を利息収入として調達するための手段の一つであり、それは、原告が旧民法３４条下で旧公益法人であった当時から、また特例財団法人になってからも、継続して財源確保の手段として行っていたものであった。しかも、この期間中、一貫して税法上も、法人税、所得税ともに非課税の取扱いを受けていた。
それにもかかわらず、被告は、源泉徴収した本件預貯金利子等に係る所得税の額を還付しない理由を、源泉徴収された所得税の対象となる利子・配当等の所得は、公益目的事業に属する資産である社債や有価証券から生じた所得であるからとしながら、公益目的事業に属する資産から生じた本件貸付利息については、金銭の貸付けは収益事業である金銭貸付業であるから、本件貸付利息は公益目的事業に属する資産ではないという判断をし、矛盾した認定をしている。
このように、鹿児島税務署長は、鹿児島県から公益目的事業のための財産として認可を受け監督され続けてきた原告の財産に対し、６０年以上にわたって執られた措置に反して、源泉徴収の対象となった本件預貯金利子等を生じさせる社債や有価証券については公益目的事業に属する資産であるとする一方で、何の根拠もなく、Ｂに対する本件金銭貸付に係る貸付金が、収益事業（金銭貸付業）に属する資産に該当するとの矛盾する判断をしたものである。
イ また、法人税法２条１３号は、収益事業について「事業場を設けて行われるもの」と規定しているが、原告は、Ｂに対する本件金銭貸付に関し、店舗その他の事業活動の拠点となる一定の場所は設けておらず、本件金銭貸付は、「事業場を設けて行われるもの」に該当しない。
ウ さらに、法人税法２条１３号は、収益事業の内容について政令で定める旨規定し、これを受けて法人税法施行令５条１項３号は、金銭貸付業を規定している。
金銭貸付業に該当するといえるためには、①収益を目的として、②業として反復継続的に行われる行為であることが必要であると解される。
しかし、原告のＢに対する本件金銭貸付は、利息を分配するなどの営利目的ではなく、原告が営む教育事業等の公益目的事業に充てることを目的とするものであり、収益自体を目的とするものではない。加えて、原告は、不特定多数の者に対して金銭の貸付けを行っているものではなく、原告自身が主要株主に位置付けられているＢに対して、年に一度金銭の貸付けを行っているだけであり、貸付行為を反復継続しているものでも、業として貸付行為を行っているものでもない。また、本件貸付利息が、原告が提供する役務等の対価の支払として行われる性質のものではないし、本件金銭貸付が同種の金融事業と競合するものでもない。
エ したがって、原告のＢに対する本件金銭貸付が、金銭貸付業に該当し、これが収益事業に該当するとしたことは違法である。
（３）本件各更正処分の適法性（争点３）
（原告の主張）
ア 非営利型法人である原告の法人所得については、法人税法において非課税とされている以上（法人税法７条、２条６号別表第二）、本件預貯金利子等に対する所得税は、本質的には法人所得であって本来徴収すべきものではなく、これらの所得に対して源泉徴収方式で徴収された所得税の額（本件還付金額）については、原告に還付すべきものであった。
したがって、鹿児島税務署長が原告に対する本件還付金額の還付を拒絶する内容の本件各更正処分をしたことは、その裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用したものであり違法である。
イ 公益法人制度改革に伴う税制改正の基本的方向を示した「新たな非営利法人に関する課税及び寄附金税制についての基本的考え方」（甲６）においても指摘されたとおり、「非営利法人」といえども、「会員からの会費を活動の原資として専ら会員共通の利益を目的とした共益的事業活動を行う非営利法人」から「その事業活動が営利法人と実質的にほとんど変わらない非営利法人」に至るまで、様々な態様のものが想定されるのであって、これらの非営利の一般法人に対する課税を検討するに当たっては、「非営利法人の組織運営や事業活動の目的・内容等の実質面に着目しつつ、これに対応した適正な法人所得課税のあり方を検討する必要がある」ものである。そもそも、原告は、被告の定義した「非営利型法人」であり、公益法人と同等の公共性を持つ。加えて、原告の組織運営や事業活動の目的・内容等をみると、原告は、奨学、育英、教育、啓もう、人材育成支援等の社会貢献、地域貢献といった公益事業を目的としており、事業によって利益を得ること、また、その得た利益を分配することを目的としない法人であって、組織運営に関しても公益目的支出計画に沿って適切に行っており、当然、残余財産の帰属についても定款で制約を設けている。このように、原告が、目的や事業の点において公益法人と同等の実態を有することに鑑みれば、原告に対して本件預貯金利子等について便宜的手段として所得税の源泉徴収を行い、原告からの本件還付金額の還付の求めを否定することは、正に公益性・公共性を根拠に非課税を定める所得税法１１条及び法人税法７条の趣旨にも反するものであるから、本件各更正処分は、著しく不合理な処分である。
鹿児島税務署長としては、本件預貯金利子等を法人所得であるとみなす法人税法の解釈を採用して、これに対する所得税を非課税とすべきであったのであり、原告が本件確定申告においてした本件還付金額の還付の求めに対し、その還付をすべきであった。それにもかかわらず、鹿児島税務署長は、所得税法の一部の条文の文理解釈のみを根拠として、原告の還付の求めを否定し、本件各更正処分をしたものであるが、その判断には、法の解釈を誤り、その裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法がある。
（被告の主張）
ア 租税法律主義（課税要件法定主義）の下、課税要件の全ては法定されており、租税法においては、行政庁の自由裁量を認める規定を設けることは、原則として許されない。また、租税法は強行法規であるから、課税要件が充足されている限り、法律の根拠に基づくことなしに、租税の減免や徴収の猶予を行うことは許されないと解されている。
そうすると、税務署長は、調査により申告の誤りや課税漏れ等の課税要件を充足することが明らかになった事実を確認・把握した場合には、納税者が自ら修正申告をしない限り、更正処分により納税者がした確定申告の内容を是正するほかなく、税務署長に更正をしないこととする裁量はない。
そして、法人税法６８条２項の規定上、本件確定申告において、法人税の額から本件預貯金利子等に課された所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額を還付することもできないのであるから、鹿児島税務署長がした本件各更正処分が、その裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用したものでないことは明らかである。
イ 原告は、収益事業以外から生じた本件預貯金利子等に対して課された源泉所得税についても、本件還付金額を当然に還付すべきである旨主張する。しかし、このような主張が、本件預貯金利子等から源泉徴収された所得税が、過誤納金に該当するとして、通則法５６条に基づき鹿児島税務署長に対し還付を求める趣旨の主張であるのであれば失当である。すなわち、源泉所得税の納税に関しては、国と法律関係を有するのは支払者（源泉徴収義務者）のみであって、受給者（源泉徴収される者）との間には直接の法律関係を生じないものとされているから、本件預貯金利子等から源泉徴収された所得税の納税については、原告（源泉徴収される者）は、国との間に直接の法律関係がないため、当該源泉徴収された所得税の額について、原告が国に対し還付を求めることはできない。
したがって、原告の主張には理由がない。
（４）本件調査の適法性（争点４）
（被告の主張）
ア 税務調査に係る質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上の定めがない実施の細目については、質問検査の必要性と相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限のある税務職員の合理的な選択に委ねられている。原告は、本件について税務調査が行われた事実自体を争う趣旨の主張をしているが、本件調査が通則法２４条等に規定する税務調査に該当することは明らかであるし、本件においては、通則法７４条の９に規定する通知（以下「事前通知」という。）がされていたと評価することができること、及び本件調査担当者が行った本件調査が税務調査に該当するものであることから、原告の主張は失当である。
イ 原告は、丙税理士を税務代理人とする本件代理権限証書を提出していたものであるところ、本件代理権限証書は、原告の代表理事名で押印がされた上で、本件経理責任者によって鹿児島税務署長宛てに提出されたものである。これによれば、原告から丙税理士に対する税務代理権の授与行為があったと認められる。本件調査担当者が事前通知をしたのは、丙税理士ではなく本件税理士であるが、同税理士は本件税理士事務所の所属税理士（税理士法施行規則８条２号ロ）であったのであるから、上記事前通知は適法である。
すなわち、本件調査担当者は、平成２９年８月１日、本件確定申告の内容を確認するため本件税理士に対して事前通知をした上で、本件調査を開始したものであるが、①本件税理士が、本件調査に先立って本件税理士事務所の所属税理士として、本件経理責任者から非営利型法人の所得税の額等の還付について質問を受けていただけではなく、鹿児島税務署に対して問合せを行ったこと、②本件税理士が、鹿児島税務署において本件調査担当者から事前通知を受けた際、同月２１日に本件調査担当者が本件税理士事務所に訪問する旨の日程調整をしたこと、③本件税理士が、同日、本件税理士事務所において本件調査担当者に対し資料を渡したり、原告の事業概況等を説明したりしていたことなどからすれば、本件税理士は、対外的にも丙税理士が税務代理をする原告に関する案件について、自ら対応していたものである。そして、本件税理士がこれらの対外的な対応を行ったのは、所属する本件税理士事務所を開業する丙税理士からの命を受けてのことであった。
本件調査担当者が、本件税理士に対し事前通知を行えば、調査手続の透明性及び納税義務者の予見可能性を確保するという事前通知の趣旨に欠けるところはないのであるから、上記事情に照らせば、本件税理士に対する事前通知をもって、通則法７４条の９に規定する事前通知がされたと評価することができる。
ウ 仮に、本件税理士に対する事前通知を通則法７４条の９所定の事前通知であるとまで評価することができなかったとしても、上記のとおり事前通知の趣旨に欠けることはないため、当該瑕疵が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当程度を超えて濫用にわたるなど、重大な違法を帯びるものとは認められないから、当該瑕疵は本件各処分の取消原因にはならない。
エ 原告は、本件において税務調査がされていない旨主張するが、本件調査担当者は、複数回にわたり本件経理責任者から原告の本件預貯金利子等に関する本件関係資料を収集しているものである。また、本件調査担当者は、本件調査において、銀行に対する原告の預貯金の調査（以下「銀行調査」ということがある。）についても実施しているところ、行政指導の場合には、銀行調査を行うことはない。そして、本件調査担当者は、原告から収集した本件関係資料を検討するとともに、法人税法６８条及び２条１３号等の解釈をし、同法６８条２項の規定上、平成２９年３月期分の法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、本件金銭貸付は法人税法施行令５条１項３号に規定する収益事業に該当し、本件貸付利息は収益事業から生じた所得であると判断して、平成３０年１２月７日、本件経理責任者に対し、本件調査の結果を説明した上で、同月１９日付で本件各処分をするに至ったものである。したがって、本件調査担当者の一連の行為は、通則法２４条に規定する税務調査に当たる。
オ 以上によれば、本件調査は、通則法２４条に規定する税務調査であり、また、本件調査が適法に行われていることは明らかである。
（原告の主張）
ア 税務調査を欠き、又は税務調査に著しい違法性が存在する場合には、それに基づく更正処分等は違法であり、取り消すべきものと解される。被告は、そもそも税務調査が行われた事実がないにもかかわらず、事後的にその事実があった旨主張し、それを裏付けるために、税務代理人でもない本件税理士に対し、本件調査の事前通知をしたとか、鹿児島税務署又は同税理士の本件税理士事務所で調査の事前通知を行ったなどと虚偽の事実を主張している。それ以外にも、被告の主張によれば、本件調査担当者は、後述のとおり他に例のない法令及び行政通達に違反する行為を行ったものである。
イ すなわち、原告は、本件確定申告の内容について、本件税理士に見解を求めたところ「例がなく難しい。」とのことであったから、税理士を選任することなく、原告の本件経理責任者のみで対応することとしたのであり、原告が本件税理士及び丙税理士に対し、本件確定申告について税務代理権を付与したり、同税理士らがこれを承諾した事実はない。原告が提出した本件代理権限証書は、本件確定申告書を提出した際に間違えて、原告の意思に反して提出されたものであるし、原告はその後にこれを撤回しているのであるから、本件代理権限証書には、税務代理権の授与行為としての効力はなく、本件調査担当者がしたとする本件税理士に対する事前通知の効力もない。
それにもかかわらず、本件調査担当者は、平成２９年８月頃、本件確定申告の内容に関し本件税理士に対し連絡したものであるが、その際、本件税理士から本件調査担当者に対し、原告の税務代理人ではない旨通知されたと考えるのが自然である。
そうすると、本件調査担当者が、本件税理士に対し、本件調査に係る税務調査の事前通知を行い、同税理士がこれを受けるということは通常想定することができない。本件においては、本件調査担当者が、納税義務者である原告に対し、税務調査の事前通知を行うことが困難な事情はないし、そもそも税務署において税務調査の事前通知を行うこと自体通常ではない。
したがって、本件調査担当者の平成２９年８月１日に鹿児島税務署の事務室において本件税理士に対し事前通知を行った旨の供述は、虚偽であることが明白であるから、本件調査について税務調査の事前通知が行われた事実はない。
ウ また、本件調査担当者は、原告の本件確定申告について税務調査を行ったと供述するが、そのような事実はない。行政通達には、実地の調査については、納税義務者の管理する場所（事務所等）に臨場して質問検査を行う旨記載されているが、本件調査担当者が、納税義務者である原告の管理する事務所等に臨場して質問検査を行った事実はない。実際の運用上、税務調査においては、納税義務者の管理する場所を訪問して調査の事前通知を行い、税務調査を行うことを明確に伝え、調査の対象法人、調査税目、調査対象期間、調査の場所、用意すべき資料等を伝えることとされている。その後、調査場所に臨場する日程を調整し、その日程に臨場して税務調査を行うのが通常であるが、本件調査担当者が、原告に対して調査の事前通知をした事実はなく、その後も、原告の事務所を訪問したこともないのであり、本件調査担当者の上記供述は、行政通達及び実際の運用にも反している。
このほか、本件調査担当者が、本件調査の結果を通知する直前まで本件税理士の本人確認をせず、その結果、税務代理権のない本件税理士を丙税理士と誤認したまま本件調査を終了したこと、本件調査担当者が、本件経理責任者に対し、「過少申告加算税については、自分は課税する認識はなかった」旨述べていたことなどからすれば、本件調査担当者自身も税務調査を行っているという認識自体がなかったというべきであり、このことからしても、本件調査が税務調査として行われた事実はない。
本件調査担当者が行っていたのは、税務調査ではなく行政指導にすぎないものであったというべきである。仮に本件調査が行政指導にすぎないものであるとしても、本件調査担当者は、原告に対し、行政指導を執ように行って、原告の本件還付金額の還付の求めの取下げを促し、それに応じないことを理由に本件各処分を行い、さらには、行政指導にすぎない行為であったものを、事後的に税務調査であったなどと仮装したものである。これらの行為は、行政手続法における、①行政指導に応ずるか否かの任意性（同法３２条１項）、②行政指導に従わないことによる不利益取扱いの禁止（同条２項）、③行政指導に従う意思がない旨表明した場合の行政指導の禁止（同法３３条）及び④行政指導の趣旨の明確な明示（同法３５条１項）に反するものである。
エ したがって、本件各処分は、適法な税務調査に基づかずに行われたものであり、重大な違法があるから取り消されるべきである。
（５）本件賦課決定処分の適法性（争点５）
（原告の主張）
ア 本件各更正処分は違法であるから、これを前提とする本件賦課決定処分も違法であり取り消されるべきである。
イ また、過少申告加算税は、「納付すべき税額」について課されるものであるが、原告には「納付すべき税額」は存在しないから、本件賦課決定処分は違法である。すなわち、原告は、非営利型法人であり、非収益事業から生じた利子・配当等には、法人税が課税されないにもかかわらず、本件預貯金利子等に対する所得税として８３９２万５１１５円が源泉徴収されたことから、本件確定申告において本件還付金額の還付を請求したものである。
これに対し、鹿児島税務署長は、法人税法６８条２項を適用して本件還付金額の還付を認めなかったのであるから、被告の論理からすれば、原告は、上記８３９２万５１１５円について所得税として納付すべき義務を負うのであり、法人税としては納付すべき義務がないことになる。そうすると、原告には、更正による法人税額の変更はないから、「納付すべき税額」自体も存在しないことになる。
それにもかかわらず、鹿児島税務署長は、原告に対し、法人税について「納付すべき税額」があることを前提に、本件賦課決定処分をしたものであるが、その前提を誤っており違法である。
ウ 原告が本件確定申告により本件還付金額の還付を求めたのは、非収益事業から生ずる本件預貯金利子等については、法人税が非課税であるにもかかわらず、所得税が源泉徴収されているという矛盾が生じているからである。この点については、本件税制改正により新たに生じた特殊な問題であり、先例も法令解釈通達もなく、専門家も問題点を指摘しているところである。そこで、原告は、納付済みの源泉所得税の還付を求める方法として、本件確定申告をしたものであり、原告が納付済みの源泉所得税を本件確定申告の税額の基礎としなかったことには、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある。
エ 税務当局は、通常、提出された申告書に計算誤り、転記誤り、記載漏れ又は税法の適用の誤りがあると思料される場合には、その誤り等を指摘して自発的な見直しを要請した上で、必要に応じて修正申告書の提出を要請している。その際、税務当局は、修正申告書を提出しないと「税務調査になる」、「加算税が賦課される」等も指摘することが通例である。本件調査担当者が、上記のような通常の対応をしていれば、原告は、当然、本件確定申告書の内容を訂正したはずであり、本件賦課決定処分も回避することができたはずである。ところが、本件調査担当者は、上記のような通常の対応をせず、原告をして本件確定申告書の修正を行う機会を喪失させた。その結果、原告は、本件調査担当者からの執ような行政指導に従って本件確定申告をしたものであり、本件確定申告をしたことについては、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある。
オ 以上によれば、本件については、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」が存在するものであって、このことからしても、本件賦課決定処分は違法である。
（被告の主張）
ア 原告は、本件について、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある旨主張するが、要するに、公益法人制度改革に伴う本件税制改正が違憲無効であること、及び本件各更正処分が違法であることを前提として、「正当な理由」があると主張するものにすぎず、同号に規定する「正当な理由」に該当し得る「真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情」について何ら主張立証していない。
したがって、原告に通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
イ また、原告の主張の趣旨は、判然としないものがあるが、要するに、原告が本件確定申告書において還付を求めた本件還付金額は、鹿児島税務署長から原告に実際に還付されておらず、原告は本件還付金額を納付する必要がないから、原告には「納付すべき税額は存在しない」と主張しているものと解される。しかし、過少申告加算税の計算の基礎となる納付すべき税額には、還付金相当額を税として徴収する場合における追徴額を含み、この還付金は現実に納税者が受領したか否かは問わないと解するのが相当である。そうすると、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税額の計算の基礎となる税額は、本件貸付利息等に係る法人税の額１０９万６８００円（通則法２８条２項３号イ）と原告が本件確定申告において還付を求めた所得税の額８３２４万５４６５円（同号ロ）を合計した８４３４万２２００円（通則法１１９条に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）となるから、原告に「納付すべき税額」が存在することは明らかである。
ウ さらに、原告は、本件調査担当者からの執ような行政指導に従って本件確定申告をしたものであり、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」が存在する旨主張するが、本件調査担当者が本件経理責任者に対して本件確定申告書の訂正を促したのは、原告の申告内容を前提として誤記載と考えられた部分にすぎないのであって、本件確定申告書の内容が正しかったにもかかわらず、本件調査担当者の訂正要求によって誤った内容となったものではないから、本件調査担当者が本件経理責任者に対して本件確定申告書の記載内容を訂正するように促したことは、同号に規定する「正当な理由」が存在する事情にはなり得ない。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件税制改正の合憲性（争点１）について
（１）本件税制改正後の所得税法１１条１項及び別表第一は、公益法人が支払を受ける利子及び配当等については所得税を課さない旨規定するのに対し、非営利型法人を含む内国法人が、利子及び配当等の支払を受けるときは、これらについて課された所得税を納付する義務を負い（同法５条３項、７条１項４号）、同法２１２条３項によれば、その支払を受ける際に所得税が源泉徴収されることになるものである。
他方で、非営利型法人を含む公益法人等は、収益事業を行う場合に限り法人税を納付する義務を負い（法人税法４条１項、７条）、収益事業から生じた所得以外の所得については、各事業年度の所得に対する法人税が課されないこととなるものである（同法４条１項ただし書）。
そして、法人税法６８条１項は、内国法人が各事業年度において利子及び配当等の支払を受ける場合には、これらにつき課される所得税の額を当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除する旨規定するが、同条２項は、公益法人等が支払を受ける利子及び配当等で収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生ずるものにつき課される同条１項の所得税の額については、同項の規定を適用しない旨規定している。
法人税法６８条１項が上記のとおり所得税額控除の制度を定めたのは、内国法人が支払を受ける利子及び配当等に対し法人税が課された場合、利子及び配当等について源泉徴収される所得税との関係で、同一課税主体による二重課税が生ずることから、これを排除する趣旨で利子及び配当等に係る所得税の額を当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除することとしたものと解される。
そうすると、法人税法６８条１項において、公益法人等の各事業年度の所得に対する法人税の額から控除する所得税の額は、法人税が課される所得について源泉徴収されたものに限られると解され、法人税が課されない利子及び配当等について所得税が源泉徴収された場合には、当該所得税の額は法人税の額から控除することはできないと解される。
そして、原告は、非営利型法人であり本件預貯金利子等については、所得税の納税義務を負いこれが源泉徴収されることとなるが（所得税法５条３項、７条１項４号、２１２条３項）、本件預貯金利子等が収益事業から生じた所得以外の所得であることからすると、法人税が課されないものであるから（法人税法４条１項ただし書、７条）、本件預貯金利子等について源泉徴収された所得税の額は、法人税法６８条１項の規定によっては、原告の法人税の額から控除することはできないというべきである。
（２）これに対し、原告は、本件預貯金利子等に係る源泉所得税を還付すべきであると主張し、その前提として、原告のような非営利型法人に対し利子及び配当等に所得税を課税することを内容とする本件税制改正が、そもそも違憲である旨主張する。
しかしながら、仮に、原告の主張するように本件税制改正が違憲であったとしても、上記（１）に説示したところによれば、これにより本件預貯金利子等に対する所得税の額を法人税の額から控除し、それでも控除しきれない部分について還付を受けることができることになる法律上の根拠はないというべきである。
また、利子及び配当等に対する所得税は源泉徴収の方法によるところ（所得税法１８１条１項、２１２条３項）、このような源泉徴収等による国税の納税義務は、源泉徴収等をすべきものとされる所得の支払時に成立し、その成立と同時に特別の手続を要しないで税額が確定することとされている（通則法２条２号、１５条２項２号、３項２号）のであり、本件預貯金利子等に対する所得税についても、原告に対しこれを支払うのと同時に、その支払者につき所得税を徴収して国に納付する義務が生ずるとともに、税額が確定するものである。そうすると、源泉徴収された利子及び配当等に対する所得税については、法人税法６８条、７４条１項３号、７８条１項に定める場合を除いて、これを利子及び配当等の受領者である内国法人に直接還付すべき法的根拠はないというべきであるし、現行法令上、そのような内容を定めた規定も見当たらない。
したがって、原告の上記主張は、その前提を欠くものといわざるを得ず、失当である。
（３）アなお、事案に鑑み、本件税制改正が憲法に違反する旨の原告の主張について念のため検討するに、前記第２の２（４）に認定したとおり、公益法人制度改革に伴う本件税制改正により、非営利型法人は、法人税法においては、公益法人と同様に同法別表第二の「公益法人等」の範囲に追加され、収益事業を行う場合に限り法人税の納税義務を負う（同法４条１項）のに対し、所得税法においては、公益法人と異なり、同法別表第一に掲げる「公共法人等」の範囲に追加されず、その支払を受ける利子及び配当等について所得税が課税されることとなったものであり、この点において、公益法人と原告を含む非営利型法人とは区別されていることが認められる。
イ 原告は、上記区別が憲法１４条１項及び２９条２項に違反する旨主張するところ、憲法１４条１項に基づく法の下の平等の保障は、憲法の最も基本的な原理の一つであり、課税権の行使を含む国の全ての統治行動に及ぶものであるが、国民に対し絶対的な平等を保障したものではなく、合理的理由のない差別を禁止する趣旨のものであって、国民各自の事実上の差異に相応して法的取扱いを区別することは、その区別が合理性を有する限り、何ら上記規定に違反するものではない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同年１０月１１日大法廷判決・刑集４巻１０号２０３７頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年５月２７日大法廷判決・民集１８巻４号６７６頁等参照）。
ところで、憲法は、国民がその総意を反映する租税立法に基づいて納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要とする（８４条）一方、課税要件及び租税の賦課徴収の手続の内容について特に定めることをせず、これを法律の定めるところに委ねている。
租税は、今日では、国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え、所得の再分配、資源の適正配分、景気の調整等の諸機能をも有しており、国民の租税負担を定めるについて、財政・経済・社会政策等の国政全般からの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく、課税要件等を定めるについて、専門技術的な判断を必要とすることも明らかであって、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的判断に委ねるほかはなく、裁判所は、基本的にはその裁量的判断を尊重せざるを得ないものというべきである。
したがって、裁判所は、その租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された課税要件等の定めが同目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これを憲法１４条１項に違反するものということはできないものと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。
ウ 上記解釈を踏まえて検討するに、公益法人制度改革は、旧公益法人について、明治２９年の旧民法制定以来抜本的な見直しが行われず、主務官庁の許可主義の下で法人の設立が簡便でないこと、公益性の判断基準が不明確であること、公益性の高い法人から営利性の高い法人まで様々なものが存在し課税の公平性を害することなどといった批判があったことから、このような旧公益法人制度の諸問題に適切に対処するとともに、民間非営利部門の活動を促進するために行われたものである。
公益法人制度改革によって、従前の旧公益法人の設立に係る許可主義を改めて法人格の取得と公益性の判断が分離されることとなった。すなわち、公益性の有無にかかわらず準則主義（登記）により簡便に法人格を取得することができるようにするために、一般社団・財団法人制度が創設され、そのような一般社団・財団法人のうち行政庁がその目的、事業等の公益性を判断したものを公益法人と認定することとされたものである（乙２９、３７～３９）。
そして、本件税制改正は、公益法人制度改革を受けて、公益法人が行う公益目的事業に係る活動が果たす役割の重要性に鑑み、当該活動を促進するとともに、適正な課税の確保を図るため、公益法人に関する所得税、法人税等の課税についての必要な措置その他所要の税制上の措置を講ずるために制定されたものであり（公益法人認定法５８条、甲７）、このような目的自体は正当である。
エ 次に、本件税制改正は、上記目的を達成するために、公益法人に対し利子及び配当等について所得税を非課税としたのに対し、非営利型法人については、利子及び配当等について所得税を課税するという取扱い上の区別を設けているものである。
公益法人制度改革は、前記のとおり旧公益法人制度の諸問題に適切に対処するとともに、民間非営利部門の活動を促進することを目的とするものであるから、本件税制改正において、公益法人のみならず非営利型法人についても、収益事業により生じた所得に限り課税することでその公益的役割も促進させることとしたこと自体には、合理性があるということができる。他方で、本件税制改正は、公益法人等が行う公益目的事業活動を促進することのみならず、適正な課税を確保するという目的もあるところ、非営利型法人と公益法人とでは、公益性の程度に差があることから、税負担についても差異を設けることとし、非営利型法人については、利子及び配当等に対し所得税を課税することとしたものであると解される。すなわち、公益法人については、高い公益性を確保するための制度上の担保があるのに対し、非営利型法人については、公益目的事業の受け皿となる反面、公益性を担保する制度上の仕組みがなく準則主義により簡便に設立することが可能であり行為規範や事業に対する監督が最小限度にとどまっているという違いがあることや、非営利型法人の中にも営利法人に近い事業活動を行っているものもあることから、公益法人に比して適正な課税を確保する必要性があるということができる（乙２９、３６～３８）。これらの事情に照らせば、上記区別は正当なものとして是認することができるというべきである。そうすると、上記区別が本件税制改正の目的との関連で著しく不合理であることが明らかであるということはできない。
したがって、本件税制改正が憲法１４条１項に違反するものであるとはいえない。
オ また、本件税制改正が上記のとおりの理由で合理的なものであることからすると、本件税制改正による上記課税の区別は、公共の福祉に適合するものといえるから、これが憲法２９条２項に違反するものであるということもできない。
カ これに対し、原告は、原告を含む非営利型法人にとって、利子及び配当等は事業の財源となる所得であり、これに課税することは、その存続を不可能とするものであって、本件税制改正は合理性を欠くものである旨主張するが、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等に所得税を課することにより、その存続がおよそ不可能になると認めるに足りる証拠はない。
このほか原告は、本件税制改正が、課税強化のみを目的としたものであり租税法の基本原則に反する立法であるとか、憲法尊重擁護義務に違反するなどとも主張するが、独自の見解に基づくものといわざるを得ずいずれも失当である。
（４）したがって、原告の主張はいずれも採用することができない。
２ 本件金銭貸付の収益事業該当性（争点２）について
（１）認定事実
前記前提事実、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実を認めることができる。なお、この認定に反する証拠は、その限度で採用することができない。
ア 原告は、Ｂに対し、平成２６年４月１日付け金銭消費貸借契約に基づき４億３０００万円を貸し付けた。上記金銭消費貸借契約の内容は、要旨、以下のとおりであった。（乙７・５枚目）
（ア）金額４億３０００万円
（イ）貸付日平成２６年４月１日
（ウ）弁済期平成２７年３月３１日
（エ）弁済方法持参又は送金
（オ）利率年１．６％（年３６５日日割計算）
（カ）利息支払方法上記（オ）に規定する利率による利息を、各半期末日までにその半期分を持参又は送金して支払う。
（キ）遅延損害金年１４．０％（年３６５日日割計算）
イ 原告は、Ｂに対し、平成２７年４月１日付け金銭消費貸借契約に基づき２億８０００万円を貸し付けた。上記金銭消費貸借契約の内容は、要旨、以下のとおりであった。（乙７・６枚目）
（ア）金額２億８０００万円
（イ）貸付日平成２７年４月１日
（ウ）弁済期平成２８年３月３１日
（エ）弁済方法持参又は送金
（オ）利率年１．６％（年３６５日日割計算）
（カ）利息支払方法上記（オ）に規定する利率による利息を、各半期末日までにその半期分を持参又は送金して支払う。
（キ）遅延損害金年１４．０％（年３６５日日割計算）
ウ 原告は、Ｂに対し、平成２８年４月１日付け本件貸付契約に基づき、２億３０００万円を貸し付けた（本件金銭貸付）。
エ 前記イの金銭消費貸借契約に係る契約書及び本件契約書の債権者（原告）の「住所」欄には、「鹿児島県鹿児島市●●」と記載されており、上記住所は本件所在地と同一である。（甲１、乙７）
オ 原告名義のＧ銀行本店営業部の普通預金口座には、Ｂから、平成２８年１０月３１日に１８４万５０４１円、平成２９年３月３１日に１８３万３６４３円の合計３６７万８６８４円の振込入金がされた。（乙１３）
カ 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２９年６月３０日、本件確定申告書を提出したが、本件確定申告書に記載された原告の収益事業から生じた所得には、本件不動産貸付業に係る賃貸料（４２９万３０００円）のみが記載されており（乙１・７枚目「固定資産運用益」）、本件金銭貸付に係る本件貸付利息に関する記載はなかった。
（２）検討
ア 上記（１）に認定したところによれば、原告は、Ｂから、平成２８年１０月３１日に１８４万５０４１円、平成２９年３月３１日に１８３万３６４３円（合計３６７万８６８４円）の振込入金を受けていることが認められるところ、上記各金額は、原告が本件調査担当者に提出した平成２９年３月期分の「受取利息明細」と題する書面の「貸付金利息Ｂ（株）」欄の「利息額」欄に記載されている金額と一致すると認められるから（乙１４・１１枚目）、原告がＢに対し本件貸付契約に基づき貸し付けた２億３０００万円に対する対価として支払われた本件貸付利息であると認められる（なお、原告もそのこと自体は積極的に争っていない。）。
イ 次に、原告のような非営利型法人についても、収益事業から生じた所得については、法人税が課されるところ、法人税法２条１３号は、収益事業とは、販売業、製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて行われるものをいう旨規定し、これを受けて法人税法施行令５条１項３号は、同法２条１３号に規定する政令で定める事業として金銭貸付業を掲げているものである。
そして、法人税法２条１３号に規定する「継続して事業場を設けて行われるもの」との要件は、通常相当期間にわたり継続して行われるもの又は定期的に若しくは不定期に行われる事業であって、一定の場所・施設を設けて行うものをいい、臨時的、一時的に行われる事業については、これを収益事業から除外する趣旨で定められたものと解される（乙３３、３４）が、同号に規定する「事業場」を設けるとは、その収益事業を行うために特別の施設を設けることまでを要するものではなく、既存の施設を利用して収益事業を行う場合も含まれると解するのが相当である。
前記前提事実（１）及び前記認定事実エに認定したとおり、原告は、本件所在地である「鹿児島市●●」に事務所を設けているものであり、原告が平成２６年５月３０日付けで鹿児島税務署長に対して提出した収益事業開始届出書（乙１０）の「本店又は主たる事務所の所在地」欄や本件契約書の債権者の住所欄に本件所在地がいずれも記載されていることに照らせば、原告は、本件所在地にある事務所を、収益事業の拠点となる物的施設である「事業場」として設けているということができる。
ウ また、前記認定事実アからウまでに認定したとおり、原告は、Ｂに対し、本件金銭貸付（２億３０００万円）のほかに、平成２６年４月１日に４億３０００万円、平成２７年４月１日に２億８０００万円もの多額の金銭を継続して貸し付けていることが認められる。
そうすると、原告がＢに対してした本件金銭貸付は、法人税法２条１３号に規定する「継続して事業場を設けて行われる」ものに該当するというべきであり、原告は本件貸付利息を収益事業から生じた所得として、本件確定申告において申告すべきであったということができる。
（３）アこれに対し、原告は、Ｂに対する本件金銭貸付に関し、店舗その他の事業活動の拠点となる一定の場所は設けておらず、「事業場を設けて行われるもの」に該当しない旨主張する。しかし、上記説示したとおり「事業場」を設けるとは、その収益事業を行うために特別の施設を設けることを要するものではないと解され、原告が本件所在地において事務所を設けて事業活動を行い、その一環として本件金銭貸付を行っている以上、「事業場を設けて行われるもの」に該当するから、原告の上記主張は採用することができない。
イ また、原告は、本件金銭貸付は、グループ企業であるＢに対する貸付けであり、不特定多数の者を相手方とするものではないから、法人税法施行令５条１項３号に掲げられた金銭貸付業に該当しない旨主張するところ、原告が行う本件金銭貸付が、金銭貸付業に該当するか否かは、当該事業が公益法人等以外の法人の一般的に行う事業と競合するものか否か等の観点を踏まえた上で、当該事業の目的、内容、態様等の諸事情を社会通念に照らして総合的に検討して判断するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同２０年９月１２日第二小法廷判決・裁判集民事２２８号６１７頁の趣旨を参照）。
本件金銭貸付は、原告がＢに対し多額の金銭を約定利息を付して貸し付けたというものであるところ、このような金銭の貸付けは、銀行などの金融機関が一般企業に対して通常業務として行う融資と何ら異ならないものであり、公益法人等以外の法人が一般的に行う事業と競合するものである。
この点について、原告は、不特定多数の者に対して金銭の貸付けを行っているものではなく、原告自身が主要株主に位置付けられているＢに対して、年に一度金銭の貸付けを行っているだけであり、貸付行為を反復継続しているものでも、業として貸付行為を行っているものでもない旨主張する。
しかし、法人税法施行令５条１項３号に規定する金銭貸付業は、営利企業との競業関係の有無のみならず課税上の公平の維持等の専ら税制固有の理由から収益事業として規定されたものであるから（乙３３、３４）、必ずしも貸金業法等にいう「貸金業」のような登録を受けて営業を行う者に限る必要はないというべきであり、特定又は少数の者に対して貸し付けるものであっても、その貸付けが継続している限りは金銭貸付業に当たると解するのが相当である。
前記のとおり、原告がＢに対し３年間継続して本件金銭貸付を含む多額の金銭の貸付けを行っていることに照らせば、本件金銭貸付は法人税法施行令５条１項３号に規定する金銭貸付業に該当するというべきであり、原告がＢ以外の不特定多数の者に対し金銭の貸付けを行っていないとしても、そのことによって前記認定判断が左右されるものではない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
ウ このほか原告は、公益目的事業の資産から生じた本件貸付利息は、そもそも収益事業から生じた収益に該当しないとか、本件貸付利息については、その収益を公益目的事業に充てており、収益自体を目的とするものではないことから収益事業から生じた所得に該当しないなどの主張をするが、法人税法上、原告の主張する事情をもって、当該収益を非課税とする旨の規定はないのであるから、原告の主張は独自の見解に基づくものであり採用することができない。
３ 本件各更正処分の適法性（争点３）について
（１）原告は、非営利型法人である原告の法人所得については、法人税法において非課税とされている以上（同法７条、２条６号別表第二）、本件預貯金利子等に対する所得税は、本質的には法人所得に対する課税であり本来徴収すべきものではなく、これらの所得に対して源泉徴収方式で徴収された所得税については、原告に還付すべきものであって、鹿児島税務署長が原告に対し本件還付金額の還付を拒絶する内容の本件各更正処分をしたことは、その裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用したものであり違法である旨主張する。
しかしながら、原告の主張は、要するに非営利型法人の利子及び配当等に対し所得税を課税することが不合理であることを主張するにとどまるものであり、これを内容とする本件税制改正が違憲であるということができないことは、前記１に説示したとおりである。
そして、本件税制改正が違憲ではない以上、課税庁としては、憲法８４条が規定する租税法律主義の下、課税要件が充足されている限り、税の減免や徴収の猶予を行う自由はなく、法律で定められたとおりの税額を徴収すべき義務を負うことになるものである。また、課税庁は、調査により申告の誤りや課税漏れ等の課税要件を充足することが明らかになった事実を確認・把握した場合には、納税者が自ら修正申告をしない限り、更正処分により納税者がした確定申告の内容を是正するほかなく、税務署長において、更正をしないこととする裁量はないというべきである。
本件においては、鹿児島税務署長としては、法人税法６８条２項の規定上、本件確定申告において、法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額を還付する法的根拠もなかったものである。
したがって、鹿児島税務署長がした本件各更正処分が、その裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものであったということはできないから、原告の上記主張は採用することができない。
（２）これに対し、原告は、原告が目的や事業の点において公益法人と同等の実態を有することに鑑みれば、鹿児島税務署長としては、本件預貯金利子等を法人所得であるとみなす旨の法人税法の解釈を採用して、本件預貯金利子等に係る源泉所得税を還付すべきであったのであり、これをしなかった鹿児島税務署長の判断には、裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法がある旨主張する。
しかし、原告が公益法人と同等の実態を有しているとしても、飽くまで公益法人として認定を受けたものではなく、非営利型法人として活動を行う旨の事業形態を選択したものであるから、その課税上の取扱いは、公益法人制度改革に伴って行われた本件税制改正に基づく改正後の所得税法及び法人税法の規定に服するものといわざるを得ない。原告の上記主張は、単に立法政策の当否を論ずるものにすぎず、現行法上不可能な解釈を鹿児島税務署長に強いるものであるというほかない。このほか原告は、鹿児島税務署長の判断に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法がある旨るる主張するが、いずれも独自の見解に基づくものであり、失当である。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
４ 本件調査の適法性（争点４）について
（１）認定事実
前記前提事実、証拠（掲記の証拠のほかは、甲１６、１７、乙４１、証人戊、証人丁、証人乙（以下、これらの者の証言を証拠として掲記する場合には、「証人戊」などという。））及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実を認定することができる。なお、この認定に反する証拠は、その限度で採用することができない。
ア（ア）本件経理責任者は、平成２３年から原告の経理を担当しており、平成２５年から平成２６年にかけて、原告が一般財団法人に移行する際に、経理業務の他に上記移行に係る手続や主務官庁である鹿児島県との応対等も担当していた。
（イ）本件経理責任者は、鹿児島税務署長に対し、平成２６年５月１２日、同年４月１日付けで原告が非営利型法人に法人区分を変更した旨記載した異動届出書を提出した。（乙４）
（ウ）原告においては、公益法人制度改革に伴う本件税制改正が不当であり、本件預貯金利子等に係る源泉所得税については、法人所得が非課税で納税額が０円と確定した段階で還付されるべきであると考えられていた。
これを受けて、本件経理責任者は、鹿児島税務署長に対し、平成２９年３月１３日、原告の前２期分の本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の還付を求める内容の更正の請求書を提出した。（乙１５、１６）
なお、原告では、丙税理士に対し、Ｂを中心としたグループ関連法人の税務代理を委任していたところ、原告の前２期分の確定申告書の提出に際しては、丙税理士に対し税務代理を委任する旨の税務代理権限証書がいずれも添付されており、上記各申告書の１枚目「税理士署名押印」欄には同税理士の記名押印がされていた。（乙１１、１２、証人戊【調書２、１１頁】）
（エ）鹿児島税務署長は、原告に対し、平成２９年４月１４日付けで、上記各更正の請求に対しては、その更正をすべき理由がない旨の通知をした。（乙１７、１８）
イ（ア）本件経理責任者は、平成２９年６月期限の本件確定申告書を作成するに際し、前２期分の確定申告において、一旦確定申告を行った上で、利子及び配当等に係る源泉所得税の額の還付を求める内容の更正の請求をしていたものを一度の手続で行うことを企図し、本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の還付を求める内容で、本件確定申告を行うことを考えた。（証人戊【調書１、１８頁】）
（イ）本件経理責任者は、本件税理士に対し、上記（ア）のとおりの内容で本件確定申告を行うことの是非について相談した。
本件税理士は、鹿児島税務署に対し、平成２９年３月６日に電話をし、非営利型法人に対し、非収益事業の資金を原資とする利子及び配当等に対し所得税が課されているところ、当該所得税の額の還付を受けるための手続について教示を求める質問をした。翌日、鹿児島税務署の担当者が、本件税理士に対し、法人税法６８条２項、７８条１項の規定により、公益法人等が支払を受ける利子及び配当等の収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生ずるものにつき課される所得税の額については、所得税の額の控除及び還付の適用はない旨回答したところ、本件税理士は、「やっぱり還付できないですか、了解しました。」と述べた。
本件税理士は、本件経理責任者に対し、相談された申告内容では、還付を受けることが難しいのではないかとの回答をした。その結果、本件経理責任者が自ら本件確定申告書を作成することとなり、本件税理士は、例年の確定申告とは異なり、本件確定申告書に丙税理士名義の記名押印をしないこととなった。（乙４３、４８、証人戊【調書１８、１９頁】、証人丁【調書１、２、１２頁】）
（ウ）原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２９年７月３日、別表１及び別表２の各「確定申告」欄のとおり本件確定申告書を提出した。（甲２、乙１）
なお、本件確定申告書の１枚目の「税理士署名押印」欄は空白となっていたが、本件確定申告書の提出に際し、原告は、丙税理士に平成２９年分の税務代理を委任する旨記載し原告代表者印が押印された本件代理権限証書を提出した。（乙１、１９）
ウ（ア）本件調査担当者は、平成２９年７月中旬頃、本件確定申告の内容について税務調査を行うため、本件代理権限証書の内容を確認した上で、本件代理権限証書に記載された本件税理士事務所に日程調整のための電話をした。
本件税理士は、上記電話に際し不在にしていたため、本件調査担当者に対し、税理士の「丁」と名乗り折り返し電話をした。応対した本件調査担当者は、本件税理士を丙税理士と誤認したまま、原告に対する本件調査についての日程調整を依頼した。その際、本件税理士が本件調査担当者に対し、本件代理権限証書の提出の有無について確認したところ、本件調査担当者は、原告から本件代理権限証書が既に提出されている旨回答した。（証人丁【調書２頁】、証人乙【調書４、５頁】）
（イ）本件税理士は、本件代理権限証書の提出の有無を原告に確認した上で、本件調査担当者に対し、原告代表者の意向として特に調査等を行うことなく前２期分について更正の請求を却下したのと同様の処理をしてほしいとの回答をした。これに対し、本件調査担当者は、本件確定申告書が提出されたことに伴う調査であるので、本件調査のための日程の確保に協力するよう再度願い出た。（乙４３、証人乙【調書５頁】）
（ウ）本件税理士が本件経理責任者に対し本件調査担当者からの連絡内容を伝えたところ、本件経理責任者は、自ら対応するとして本件調査担当者に対し直接電話をし、前２期分についての更正の請求に際しては、資料の提出のみで処理されたので、今回も調査を受ける必要がないと判断したとして、調査を行うことについて再検討を願いたい旨の連絡をした。
本件調査担当者は、上司と相談した上で、本件経理責任者に対し、本件確定申告の内容について調査が必要である旨重ねて説明した。その結果、本件調査担当者が、本件税理士事務所に臨場するとともに、原告の経理資料等については同所に送付することとなり、本件経理責任者に対する聴取は基本的に電話で行うこととなった。（乙４３、証人丁【調書５、６頁】）
（エ）これを受けて、本件調査担当者が、本件税理士に対し、本件調査について日程調整の電話をしたところ、本件税理士が別件で鹿児島税務署に来署する予定があるとのことだったので、その際に日程の調整をすることとなった。
本件調査担当者は、平成２９年８月１日、鹿児島税務署に来署した本件税理士に対して、平成２９年３月期分の法人税及び地方法人税に係る本件調査の事前通知をするとともに、本件調査の実施日を同月２１日とすることで調整した。（乙２１、４３、証人乙【調書７、８頁】）
（オ）本件調査担当者は、平成２９年８月２１日午前９時３０分頃、本件税理士事務所に臨場し、本件税理士から原告の事業概況を聴取するとともに、原告の経理資料の提出を依頼した。（乙２１、４２）
エ（ア）本件調査担当者は、平成２９年８月２８日、本件経理責任者から、「平成２８年度の正味財産増減計算事業毎内訳書」、「通帳の写し（普通預金利息）」、「利息計算書の写し（定期預金利息）」、「配当金計算書の写し（受取配当金）」、「支払利息通知書の写し（社債利息）」及び「土地使用契約書の写し」等の本件関係資料の提出を受けた。（乙２２）
（イ）本件調査担当者は、平成２９年９月２１日付けで、株式会社Ｆ銀行鹿児島支店に対し銀行調査を行うこととし、「取引状況等の照会について（預貯金等関係用）」と題する書面（同日付け鹿児島法第８５４号）を送付し、同年１０月２５日、同支店から、「取引別残高一覧照会（口座別）」と題する資料等の提出を受けた。（乙２３）
（ウ）本件調査担当者は、平成２９年９月２１日付けで、株式会社Ｈ銀行鹿児島支店に対し銀行調査を行うこととし、「取引状況等の照会について（預貯金等関係用）」と題する書面（同日付け鹿児島法第８５４号）を送付し、同年１０月３０日、同支店から、原告の預貯金に関する資料の提出を受けた。（乙２４）
オ（ア）本件調査担当者が、原告から提出された本件確定申告書記載の金額を、税務署の電算システムに入力したところ、同記載内容に誤記・計算間違い等の記載ミスがあることに気付いた。そこで、本件調査担当者は、本件経理責任者に対し、本件確定申告書に誤記・計算間違いがあることから修正が必要である旨連絡し、本件確定申告書の控えと本件経理責任者自身の印を持参するように依頼した。
（イ）本件経理責任者が、平成２９年１１月２９日に鹿児島税務署に来署したところ、本件調査担当者は、本件経理責任者に対し、訂正箇所の説明をしこれを確認させた上で、その了解を得て本件経理責任者の印を押した。
上記訂正が終わった際、本件調査担当者は、本件経理責任者に対し、「これで上司に提出します。」と述べた。
（甲２、１６、証人戊【調書５頁】、証人乙【調書１１頁】）
カ（ア）本件調査担当者は、鹿児島税務署内での審理・決裁において本件確定申告の内容について不明確な事項や解明すべき事項があると指摘されたことから、本件経理責任者に対し、追加資料の提出が必要である旨電話で連絡し、平成３０年２月６日、原告の本件預貯金利子等や本件貸付利息等に関する資料の提出を求め、同月１３日、本件経理責任者から、「総勘定元帳」、「現金預金勘定の明細」、「受取利息明細」及び「Ｇ銀行口座の利息計算書」の提出を受けた。（乙１４、４５、４６、証人乙【調書１１頁】）。
（イ）本件調査担当者は、本件経理責任者に対し電話で連絡し、平成３０年４月１９日、本件経理責任者から、平成２６年度及び平成２７年度の正味財産増減計算書等の提出を受けるとともに、原告の事業に係る会計処理について回答を得た。（乙２５）
（ウ）本件調査担当者は、鹿児島税務署内の部内決裁の過程において、本件貸付利息が収益事業から生じた所得に該当する可能性がある旨指摘されたことから、本件経理責任者に対し、平成３０年５月頃、本件金銭貸付等の内容について確認したい旨連絡し、同月１４日、本件経理責任者から、平成２６年４月１日から３か年分の「貸付金の総勘定元帳」及び本件契約書等の金銭消費貸借契約書の写しの提出を受け、これらの資料の内容について、本件経理責任者から事情を聴取した。（乙７、８、１３）
キ（ア）本件調査担当者は、本件経理責任者に対し、本件調査の結果を伝える旨連絡し、平成３０年８月２０日、Ｂの２階会議室に臨場し、本件経理責任者、原告の監事であるＩ及び本件税理士に対し、平成２７年３月期分から平成２９年３月期分までの法人税の調査結果の説明を行った。
（イ）本件調査担当者が本件経理責任者に対してした説明は、要旨、①原告には貸付金があり、金銭貸付業は収益事業に該当するため、本件貸付利息は課税対象であること、②事業税の減算があること、③上記（ア）の各期分について約４０万円の追徴税額があること、④原告がした本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の還付は否認し、更に過少申告加算税が賦課されること、⑤上記（ア）の各期分について修正申告をするよう促すことを内容とするものであった。
（ウ）これに対し、本件経理責任者らは、本件調査担当者に対し、そもそも税務調査を受けたという認識がないこと、本件還付金額に対し過少申告加算税が賦課されることに不満があることなどを述べた。
（エ）本件経理責任者らの指摘について、本件調査担当者は、税務調査を行っている認識であったと述べた上で、過少申告加算税の賦課については自身も認識しておらず、上司から指摘されて初めて認識した旨述べた。
（オ）本件経理責任者は、前記（ア）の各期分の修正申告を拒絶するとともに、「修正申告について」の教示文の受取を拒否した。
（乙２６、証人戊【調書６、７頁】、証人丁【調書７、８頁】、証人乙【調書１２、１３頁】）
ク（ア）本件経理責任者及び本件税理士は、平成３０年９月３日、Ｂの顧問税理士であるＪ税理士を伴って鹿児島税務署を訪れ、本件調査担当者と面談をした。
本件経理責任者らは、本件調査担当者に対し、本件調査において事前通知がされたことや、本件調査が正しい手順で行われたか否かについて確認するなどしたが、本件調査担当者はいずれも問題がなかった旨の認識を述べた。
もっとも、本件調査担当者は、本件税理士から、前２期分については、対象となる期間や税目等を明示して調査を行う旨の追加の宣言をしていないのではないかとの指摘を受けて、平成２９年３月期分のみ事前通知をしたことを認め、その後、上司と相談して前２期分については修正申告を促すなどの処理を行わないこととした。（乙４３、証人丁【調書１７、１８頁】、証人乙【調書１５、１６頁】）
（イ）原告は、鹿児島税務署長に対し、平成３０年１０月１８日付けで、本件調査については事前通知を受けておらず税務調査自体を受けたという認識がないこと、鹿児島税務署が税務調査を行ったというのであれば、その手法と根拠となる資料の明示を求めることなどを内容とする内容証明郵便を送付したが、鹿児島税務署長から回答はなかった。（甲１６）
（ウ）本件調査担当者は、平成３０年１２月７日、本件経理責任者に電話し、平成２９年３月期分に係る調査結果の説明をした上で、本件各処分を行う旨伝えた。（乙２７）
ケ 原告は、鹿児島税務署長に対し、平成２７年３月期分から平成３０年３月期分までについて、丙税理士に対し税務代理を委任していないにもかかわらず、誤って本件代理権限証書を提出したとして、平成３０年１２月１３日付けでこれを取り下げる旨記載した本件取下書を提出した。（乙２８・３枚目）。
コ 鹿児島税務署長は、原告に対し、平成３０年１２月１９日付けで、別表１の「更正処分等」欄及び別表２の「更正処分」欄のとおり、本件各処分をした。（甲３の１及び３の２）
（２）認定事実の補足
ア 原告は、本件調査について事前通知がされたこと自体を否認するところ、上記（１）に認定したとおり、本件調査担当者は、本件税理士に対し、平成２９年８月１日に同税理士が鹿児島税務署に来署した際に、本件調査の事前通知をしたことが認められる。その理由については、以下のとおりである。
すなわち、本件調査担当者は、上記認定事実に沿う証言をするところ、その事前通知に至る経緯等の証言内容は具体的なものであるし、かつ、本件調査担当者は、本件税理士から指摘されて平成２９年３月期分以外の前２期分については事前通知をしていないことを認め、そのことを調査報告書に記載した旨の自らに不利な事実についても証言等をしているものである（乙４１、４３、証人乙【調書１５、１６頁】）。このことは、本件調査担当者の証言内容・態度の真摯性を基礎付けるものであるということができる。
また、本件調査担当者の証言内容を積極的に裏付けるものとして、調査手続チェックシート（本表）（乙２１）及び調査手続チェックシート（事前通知用）（乙４２。以下、これらのチェックシートを併せて「本件各チェックシート」という。）があるが、本件各チェックシートには、平成２９年８月１日に「同意のある税務代理人」に対し「実地調査の実施、税目、期間」等を通知した旨の記載があることが認められる。
本件各チェックシートは、本件調査担当者において、事前通知等に係る手続項目を履行した際に、各手続項目ごとに記載する様式となっているものであり、鹿児島税務署を含む全国の税務署において日常的に用いられているものであると認められる上に（乙４１、５３、証人乙【調書２、３頁】）、各手続項目の履行について上司が確認した旨の印が押されていることに照らせば、本件各チェックシートに記載された手続内容については、基本的にそのとおり履行されたと認めることができる（なお、本件税理士は、本件各チェックシートが、後日日付を遡らせて作成したものである旨の証言をするが、これを裏付ける的確な証拠はない。）。
これに加えて、前記（１）ク（ア）に認定したとおり、事前通知を受けたとされる本件税理士自身も、平成３０年９月３日に鹿児島税務署を訪れて本件調査担当者と面談した際に、修正を促された平成２７年３月期分から平成２９年３月期分までのうち、前２期分については事前通知を受けていない旨主張していたが、平成２９年３月期分についてはそのような主張をしていないものであり（乙４３）、このことは本件調査担当者の上記証言内容とも符合する。
これらの事情に照らすと、本件調査担当者の上記証言は、信用することができるというべきであり、これによれば、本件調査担当者が、本件税理士に対し、平成２９年８月１日に本件調査の事前通知をした事実を認めることができる。
イ これに対し、本件税理士は、原告の上記主張に沿うように、本件調査担当者から平成２９年８月１日に事前通知を受けたことは、「絶対にあり得ないこと」である旨証言する（証人丁【調書４頁】）。
しかしながら、本件税理士の上記証言は、信用性ある証拠に基づく前記認定事実に反するものである。また、本件税理士は、平成２９年３月頃、非営利型法人の利子及び配当等に係る所得税の額の還付の可否について、鹿児島税務署に問い合わせた事実の有無に関し、「絶対にあり得ない」旨証言していたものであるが、被告代理人から反対尋問において、平成２９年３月６日に本件税理士が鹿児島税務署に対し上記の点について質問した事実がある旨記載された応接簿（乙４８）を示された上で、上記問合わせの事実の有無について質問されるや、応接簿の同記載内容が事実としてあったことを認める旨の矛盾した証言をし、更にはそもそも当時の記憶自体が減退している旨証言しているものである（証言丁【調書１１、１２、１５頁】）。
これらの事情に照らせば、平成２９年８月１日に本件調査の事前通知を受けた事実はない旨の本件税理士の上記証言は、採用することができない。
ウ このほか原告の前記主張を裏付ける的確な証拠はないからこれを採用することはできず、前記のとおり、本件調査担当者は、本件税理士に対し、平成２９年８月１日に同税理士が鹿児島税務署に来署した際に、本件調査の事前通知をしたことが認められる。
（３）検討
ア 前記（１）の認定事実を踏まえて本件調査の違法性の有無について検討するに、税務調査に係る質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の客観的必要性があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解すべきであり（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁参照）、このような税務調査の手続の性質に照らせば、税務調査の手続の単なる瑕疵は、更正処分の違法性に影響を及ぼさないものと解すべきであって、当該税務調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当と認められる限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その更正処分には取消原因があるものと解するのが相当である。
イ 通則法７４条の９に規定する事前通知は、納税義務者又は当該納税義務者について税務代理人がある場合には当該税務代理人に対しても行うことができるものであるところ（同条１項、３項）、前記（１）ウ（ア）及び（エ）に認定したところによれば、本件調査担当者は、本件代理権限証書を確認した上で、本件税理士に対し、平成２９年８月１日に事前通知をして適法に本件調査を開始したものであり、その後にされた本件調査の手続の内容に照らしても、これが刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当と認められる限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるような場合に該当すると認めることはできない。
ウ これに対し、原告は、本件代理権限証書が誤って鹿児島税務署に提出されたものである旨主張し、そもそも本件代理権限証書に記載された丙税理士に対し税務代理権を授与したことはなく、本件調査は違法である旨主張する。
前記（１）イ（ウ）に認定したところによれば、本件確定申告書の１枚目の「税理士署名押印」欄は空白となっていたことが認められるところ、このことは原告の上記主張に沿うものであるということができる。
しかしながら、原告は、本件確定申告に際し、丙税理士に税務代理を委任する旨の本件代理権限証書を提出していたものであり、本件代理権限証書については、原告代表者印が押されていたことが認められる。そして、原告代表者の印は、同代表者から権限の委任を受けたＢの経理部長が押印したものであり（証人戊【調書１７、１８頁】）、このことからすると、本件代理権限証書は、真正に成立したものと認められる。そして、真正に成立した本件代理権限証書によれば、原告は、丙税理士に対し、上記のとおり税務代理権を授与したと認めることができる。
なお、原告は、鹿児島税務署長に対し、平成３０年１２月１３日付けで、誤って本件代理権限証書を提出したとして本件取下書を提出したことが認められるが、これにより丙税理士に対する税務代理権の授与の効果が遡って消滅し、その結果、過去に適法に行われた本件調査が違法なものになるとは解されない。
エ また、原告は、本件税理士に対し、税務代理権を授与した事実もない旨主張するところ、前記（１）イ（ウ）及びウ（ア）に認定したとおり、本件確定申告書と併せて提出された本件代理権限証書に記載された税理士は、丙税理士であり、更に本件調査担当者自身も、本件税理士を丙税理士と誤認して、本件調査を行ったことが認められる。
しかしながら、本件税理士は、平成２９年当時、本件税理士事務所の所属税理士として登録されていたものである（乙４７）。税理士法２条３項及び税理士施行規則８条２号ロの規定によれば、所属税理士は、登録先の税理士又は税理士法人の補助者として、税理士事務所に勤務し、又は当該税理士法人に所属し、その業務に従事する旨規定されているのであり、実際に、本件税理士は、丙税理士に報告・相談をしながら、実質的な業務を自ら処理していたことが認められる（証人丁【調書１８、１９頁】）。そうすると、本件税理士は、本件税理士事務所の所属税理士として、丙税理士の業務を補助する権限を有していたということができる。
そして、本件確定申告書に丙税理士の記名押印がなかったとしても、同時に提出された本件代理権限証書には、「上記の代理人に税務代理を委任した事項（中略）に関して調査が行われる場合には、私（当法人）への調査の通知は、当該代理人に対して行われることに同意します。」と記載され、これにチェックが記入されているものである。この記載内容からすれば、原告は、丙税理士に対し、本件調査に関し代理権を授与したと認められるし（乙１９）、本件税理士は、原告の税務代理人である丙税理士の業務を補助するものとして、本件調査に関する権限を有していたと認めることができる。
以上に説示したところによれば、本件調査担当者は、本件調査に関し代理権を有する丙税理士の補助者である本件税理士に対し、適法に本件調査の事前通知をしたということができるから、これに基づき行われた本件調査に瑕疵があるということはできない。
オ この点をおくとして、仮に原告から丙税理士に対する税務代理権の授与に関し内部的に何らかの瑕疵があったとしても、前記（１）に認定したとおり、①原告が本件確定申告書の提出と併せて丙税理士に税務代理権を授与した旨の本件代理権限証書を提出していたこと、②本件調査担当者が、本件代理権限証書の記載内容を確認した上で、本件税理士に対し、平成２９年８月１日、本件調査の事前通知をしたこと、③本件税理士と丙税理士が親子であり、かつ、本件税理士が本件税理士事務所の所属税理士としてその業務を補助していた事実があること、④本件税理士が本件調査担当者の求めに応じて、同月２１日、本件税理士事務所において原告の経営状況について説明するなど本件調査に協力していたこと、⑤本件税理士が、平成３０年８月２０日に行われた本件調査担当者からの本件調査の結果の説明に立ち会い、本件調査担当者の説明内容について質問をしたり意見を述べたりしていたことなどの事情が認められる。
これらの事情に照らせば、本件調査において、本件税理士は原告から税務代理権を授与された税務代理人であるかのごとく振る舞っていたと評価することができ、かつ、本件調査担当者をしてそのように信じたことに無理からぬ事情があるというべきであるから、その代理権の授与に関し何らかの内部的な瑕疵があったとしても、本件調査担当者が、本件税理士に対し、事前通知をした上で本件調査を行ったことが、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当と認められる限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるような場合に該当すると認めることはできない。
カ 以上によれば、原告の前記主張はいずれも採用することができない。
（４）ア次に、原告は、本件調査が税務調査として行われた事実はなく、行政指導として行われたものにすぎない旨主張するが、前記（１）から（３）までに認定説示したとおり、本件調査担当者は、権限ある本件税理士に対し事前通知をした上で本件調査に着手したものであり、本件調査の内容も、本件税理士及び本件経理責任者から任意に本件関係資料の提出を求めただけではなく、行政指導として行われることがない銀行調査が行われ、原告の預貯金に関する資料を入手したものであることからすれば、本件調査が税務調査として行われたものであることは明らかである。
イ これに対し、原告は、①本件調査担当者は、本件調査において、原告の事務所を訪問しておらず、行政通達及び実際の運用にも反していること、②本件調査担当者は、本件調査の結果を通知する直前まで、本件税理士の本人確認をせず、その結果、税務代理権のない同税理士を丙税理士と誤認したまま本件調査を終了したこと、③本件調査担当者が、本件経理責任者に対し、「過少申告加算税については、自分は課税する認識はなかった」旨述べていたことなどをもって、本件調査が税務調査として行われたものではないか、又は本件調査に瑕疵がある旨主張する。
ウ しかしながら、通則法７４条の９及び７４条の１１に規定する「実地の調査」については、税務職員が納税義務者の支配・管理する場所等に臨場して質問検査を行うことが原則であるとしても、税務調査に係る質問及び検査の実施場所等の選択は、社会通念上相当な限度の範囲内で税務職員の合理的な判断に委ねられていると解され、課税実務上も納税義務者や税務代理人の要請により、税務代理人の事務所に臨場し質問及び検査等を実施することもあるとされているものである（乙５２）。そして、上記①については、本件調査担当者が、権限ある本件税理士と日程等を調整した上で、本件税理士事務所に臨場して本件調査に着手したことは前記認定事実のとおりであり、これによれば、本件調査担当者が納税義務者である原告の事務所に臨場していないからといって、これが税務調査として行われたものではないということはできない。
この点をおくとして、仮に本件調査担当者がした本件調査の手続細目について、一部行政通達に沿わない部分があったとしても、これが刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当と認められる限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるような場合に該当するものであったと認めることはできない。
エ また、前記②についても、本件税理士が本件税理士事務所の所属税理士であり、丙税理士を補助してその業務を実質的に行っていたことからすれば、本件調査担当者において、十分な確認をすることなく、本件税理士を丙税理士と誤認して本件調査を行った事実があるとしても、これをもって上記重大な違法があるということはできない。
オ そして、前記③についても、本件調査担当者が、原告が指摘する発言と同趣旨の発言をしたことが認められるものの、本件調査担当者による同発言は、本件確定申告において原告が求めていた本件還付金額の還付を否認した場合にも過少申告加算税が賦課されることになる旨の認識がなかった旨を述べるにとどまるものであり、これをもって、本件調査担当者において、そもそも本件調査が税務調査として行ったものであるとの認識を欠いていたことを裏付けるものであるということもできない。
カ したがって、原告の前記主張は、いずれも採用することができない。
（５）以上によれば、本件調査担当者がした本件調査は適法に行われたものであると認められるし、仮に本件調査に関し何らの瑕疵があったとしても、これが本件各更正処分の取消事由となる重大な違法に該当すると認めることもできない。
５ 小括
以上によれば、鹿児島税務署長が、平成２９年３月期分の法人税の額から所得税の額を控除しなかったこと及び本件貸付利息を収益事業から生じた所得であると認定したことについて、法律の解釈適用の誤りや計算過程の誤りは認められず、本件調査に取消事由となる瑕疵があるとも認められないから、本件各更正処分は適法である。
６ 本件賦課決定処分の適法性（争点５）について
（１）ア原告は、本件賦課決定処分については、そもそも「納付すべき税額」は存在しない旨主張するところ、その趣旨は判然としない部分があるが、要するに本件各更正処分が違法であることを前提に、本件賦課決定処分についても違法であると主張するものと解される。しかし、前記説示したとおり、本件各更正処分は適法であるから、これが違法であることを前提とする原告の上記主張には理由がないというべきである。
イ すなわち、通則法６５条１項は、「更正に基づき第３５条第２項の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。」旨規定しているところ、同項にいう「第３５条第２項の規定により納付すべき税額」とは、通則法３５条２項２号によれば、「更正通知書に記載された第２８条第２項第３号イからハまで（更正により納付すべき税額）に掲げる金額（その更正により納付すべき税額が新たにあることとなつた場合には、当該納付すべき税額）」であるとされている。
そして、当該納付すべき税額は、①「その更正前の納付すべき税額が更正により増加するときは、その増加する部分の税額」（通則法２８条２項３号イ）、②「その更正前の還付金の額に相当する税額がその更正により減少するときは、その減少する部分の税額」（同号ロ）、③「純損失の繰戻し等による還付金額に係る第５８条１項（還付加算金）に規定する還付加算金があるときは、その還付加算金のうちロに掲げる税額に対応する部分の金額」（同号ハ）を合計した金額をいうとされている。
これらの規定によれば、過少申告加算税の計算の基礎となる「納付すべき税額」には、還付金の額に相当する税額を含むものと解するのが相当であり、この還付金は現実に納税者が受領したか否かは問わないというべきである（乙３２）。
これによれば、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税額の計算の基礎となる「納付すべき税額」は、本件貸付利息等に係る法人税の額である１０９万６８００円（通則法２８条２項３号イ）と原告が本件確定申告において還付を求めた所得税の額である８３２４万５４６５円（同号ロ）とを合計した８４３４万２２００円（通則法１１９条に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）となることが認められる。
したがって、本件賦課決定処分について「納付すべき税額」がない旨の原告の上記主張は、採用することができない。
ウ なお、原告は、被告の論理からすれば、原告は、本件確定申告において還付を求めた本件還付金額については、所得税として納付すべき義務を負うのであり、法人税としては納付すべき義務がない旨指摘しており、その趣旨は判然としないが、本件において、法人税としては過少申告加算税額の計算の基礎となるべき「納付すべき税額」がない旨の主張をしているものとも解される。
しかし、上記説示したとおり、過少申告加算税額の計算の基礎となる「納付すべき税額」には、還付金の額に相当する税額が含まれるものであるから、原告が源泉徴収された所得税額である８３２４万５４６５円の還付を求めている以上、これが法人税として徴収されたものでないとしても、「納付すべき税額」として過少申告加算税の計算の基礎となることは明らかである。
エ したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（２）ア次に、原告は、本件においては、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
そこで検討するに、過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、主観的責任の追及という意味での制裁的な要素は重加算税に比して少ないものである。
そして、通則法６５条４項１号は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて「正当な理由」があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同号にいう「正当な理由」があると認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
イ 原告は、非収益事業から生ずる本件預貯金利子等については、法人税が非課税とされているにもかかわらず、所得税が源泉徴収されているという矛盾が生じていることから、納付済みの源泉所得税の額を還付する方法として、本件確定申告をしたものであり、原告が納付済みの源泉所得税を本件確定申告の税額の基礎としなかったことには、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
しかし、一般に納税者が租税法規の解釈を誤り、その結果、過少申告となった場合については、納税者の主観的な事情に基づく法律解釈の誤りにすぎないものであり、これをもって通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」があると認めることはできないと解される。原告の上記主張は、単に立法政策の当否を論ずるものにすぎず、独自の見解に基づく誤った法律解釈によるものであることは前記に説示したとおりであり、これが同号に規定する「正当な理由」に該当しないことは明らかである。
ウ また、原告は、本件調査担当者からの執ような行政指導に従って本件確定申告をしたものであり、本件確定申告をしたことについては、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
しかしながら、本件調査が違法であるということができないことは、前記説示のとおりであるし、本件調査担当者が原告に対し、執ような行政指導を行ったと認めるに足りる証拠もない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
エ さらに、原告は、税務当局は、確定申告書に計算誤り、転記誤り、記載漏れ又は税法の適用の誤りがあると思料される場合には、その誤り等を指摘して自発的な見直しを要請するのが通常の対応であるにもかかわらず、本件調査担当者は、このような通常の対応をせず、原告をして本件確定申告書の修正を行う機会を喪失させたと主張し、これをもって通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
しかしながら、申告納税方式によるものとされている国税においては、納付すべき税額は納税者のする申告により確定することを原則とし、最終的にどのような納税申告をすべきかは、納税者の判断と責任に委ねられているものであり、原告が指摘するような税務当局の対応は、適法な課税を確保するために行政サービスの一環として行われているものにとどまるというべきである。
これに加えて、前記４（１）ア及びイに認定した事実によれば、所得税法及び法人税法の規定上、本件預貯金利子等に係る源泉所得税の額の還付を求めることができないにもかかわらず、原告が誤った法の適用を内容とする本件確定申告をしたことは、原告自らの判断と責任の下において行われたものであり、この点について、本件調査担当者の責めに帰すべき事由は何ら存しない。すなわち、原告は、過去に前２期分について同様の還付を求める内容の更正の請求をし、これらについて更正をすべき理由がない旨の通知を受けていたものであるし、本件確定申告書を作成した本件経理責任者も、本件税理士に相談しこのような申告内容が認められることが難しいことを認識していた上で、原告独自の法解釈に固執してあえて本件確定申告をしたものである。それにもかかわらず、本件調査担当者の本件調査における言動を逐一取り上げて、これを論難してみても、原告において誤った法の適用を内容とする本件確定申告をしたこと自体に変わりはないのであるから、これをもって、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」があると認めることはできない。
オ なお、前記４（１）オに認定したとおり、本件調査担当者が本件経理責任者に対し本件確定申告書の記載内容について訂正を求めた事実があることが認められるが、本件調査担当者が訂正を求めた内容は、本件確定申告書の誤記・計算間違い等の形式的事項に関するものにとどまっていたものであるし、これを超えて、本来適切な法の適用を内容とする申告内容を、誤った法の適用を内容とする申告内容に訂正するよう促したものではないから、これをもって通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」があるということもできない。
カ したがって、原告の上記主張はいずれも採用することができない。
第４ 結論
以上によれば、本件各更正処分は適法であり、これを前提とする本件賦課決定処分も適法であるところ、原告の平成２９年３月期分の法人税、地方法人税及び過少申告加算税の額は、いずれも本件各処分における金額と同額となる。
よって、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官小西圭一
裁判官和田崇寛
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・（別紙）
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•▲高橋紀
・子・
福田和哉
指定代理人目録
今貴健
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西本今橋洋中嶋野友暉
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寺本
史．郎
章義
鈴木
尾野泰ヽ洋
以上
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別紙
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件法人税更正処分について
（１）本件法人税更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する平成２９年３月期分の所得金額及び納付すべき税額は、次のとおりである。
ア 所得金額７３１万２４８６円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）及び（ウ）の金額を加算し、（エ）ないし（カ）の金額を減算した金額である。
（ア）確定申告における所得金額４５３万１６０２円
上記金額は、本件確定申告書に記載された所得金額（乙１「１」欄）と同額である。
（イ）貸付金利息収入として益金の額に算入される金額３６７万８６８４円
上記金額は、本件貸付利息相当額として、原告が平成２８年１０月３１日に１８４万５０４１円及び平成２９年３月３１日に１８３万３６４３円を受領した金額の合計金額であり、平成２９年３月期分の益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）過大に減算していた市民税の還付金の額１万４１００円
上記金額は、原告が本件確定申告書において市民税の還付金は益金の額に算入されないとして所得金額から減算した金額であり（乙１・３枚目「１８」欄）、原告は上記還付金の額を収益に計上しておらず所得金額を過大に減算していることから、平成２９年３月期分の所得金額に加算すべき金額である。
（エ）過大に加算していた法人税及び地方法人税額５６万７４００円
上記金額は、原告が本件確定申告書において法人税及び地方法人税は損金の額に算入されないとして所得金額に加算した金額であり（乙１・３枚目「２」欄）、原告は上記法人税及び地方法人税の額を租税公課として費用に計上しておらず所得金額を過大に加算していることから、平成２９年３月期分の所得金額から減算すべき金額である。
（オ）過大に加算していた県民税及び市民税の額１６万８１００円
上記金額は、原告が本件確定申告書において県民税及び市民税の額は損金の額に算入されないとして所得金額に加算した金額であり（乙１・３枚目「３」欄）、原告は上記県民税及び市民税の額を租税公課として費用に計上しておらず所得金額を過大に加算していることから、平成２９年３月期分の所得金額から減算すべき金額である。
（カ）事業税の損金算入額１７万６４００円
上記金額は、原告が平成２９年３月期分として納付した事業税の額であり、原告は上記事業税の額を租税公課として費用に計上していないことから、平成２９年３月期分の損金の額に算入すべき金額である。
イ 所得金額に対する法人税額１０９万６８００円
上記金額は、前記アの所得金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項並びに租税特別措置法４２条の３の２第１項（平成３１年法律第６号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５）を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額０円
法人税法６８条２項により法人税の額から本件預貯金利子等に課された所得税の額を控除することはできないため、法人税額から控除される所得税額は０円である。
エ 納付すべき法人税額１０９万６８００円
上記金額は、前記イの金額と同額であり、原告が納付すべき法人税額である。
オ 既に納付の確定した法人税額△８３２４万５４６５円
上記金額は、本件確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」欄の「計」欄（「２７」欄）に記載された金額（乙１・１枚目）と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額８４３４万２２００円
上記金額は、前記エの金額に前記オの金額を加算した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）であり、原告が本件法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額である。
（２）本件法人税更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する平成２９年３月期分の法人税の所得金額及び納付すべき法人税額は、前記（１）ア及びエのとおりであり、本件法人税更正処分の所得金額（甲３の１・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「１」欄）及び納付すべき法人税額（甲３の１・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「１」欄及び「１８」欄）は、いずれも前記（１）の各金額と同額であるから、本件法人税更正処分は適法である。
２ 本件地方法人税更正処分について
（１）本件地方法人税更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の平成２９年３月期分の地方法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額は、次のとおりである。
ア 課税標準法人税額１０９万６０００円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（ア）確定申告における基準法人税額６７万９６５０円
上記金額は、本件確定申告書別表一（一）に記載された基準法人税額（乙１・１枚目「３２」欄）と同額である。
（イ）基準法人税額の増加額４１万７１５０円
上記金額は、法人税の所得金額の増加額（前記１（１）ア（イ）及び（ウ）の金額の合計金額３６９万２７８４円から同（エ）ないし（カ）の金額の合計金額９１万１９００円を差し引いた金額である２７８万円〔ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額〕）に法人税法６６条１項及び２項並びに租税特別措置法４２条の３の２第１項（平成３１年法律第６号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の１５）を乗じて計算した金額であり、平成２９年３月期分の地方法人税の基準法人税額に加算すべき金額である。
イ 課税標準法人税額に対する地方法人税額４万８２２４円
上記金額は、前記アの課税標準法人税額に地方法人税法１０条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の４．４の割合）を乗じて計算した金額である。
ウ 納付すべき地方法人税額４万８２００円
上記金額は、通則法１１９条に基づき、前記イの金額の１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額であり、原告が納付すべき地方法人税額である。
エ 既に納付の確定した地方法人税額２万９８００円
上記金額は、本件確定申告書別表一（一）に記載された金額（乙１・１枚目「４０」欄）と同額である。
オ 差引納付すべき地方法人税額１万８４００円
上記金額は、前記ウの金額から前記エの金額を控除した金額であり、原告が本件地方法人税更正処分により新たに納付すべき地方法人税額である。
（２）本件地方法人税更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する平成２９年３月期分の地方法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額は、前記（１）ア及びウのとおりであり、本件地方法人税更正処分の課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額（甲３の２・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「３」欄及び「１２」欄）は、いずれも前記（１）の各金額と同額であるから、本件地方法人税更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件賦課決定処分の根拠
前記１（２）のとおり、本件法人税更正処分は適法であるところ、原告が本件法人税更正処分に伴い新たに納付すべき法人税の額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれを計算の基礎としなかったことに、通則法６５条４項１号に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
そうすると、本件法人税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記１（１）カの差引納付すべき法人税額８４３４万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額８４３万４０００円に、差引納付すべき法人税額８４３４万２２００円から本件確定申告の法人税額６７万９６５０円（乙１「１３」欄）を差し引いた８３６６万円（ただし、同項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額４１８万３０００円を加算した１２６１万７０００円である（通則法６５条1 項及び２項）。
（２）本件賦課決定処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する本件法人税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記（１）のとおりであり、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲３の１・１枚目「この通知により納付すべき又は減少（－印）する税額」欄の「過少申告加算税」欄）は、前記（１）の金額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。以上
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...... ..
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法人税に係る課税処分等の経緯
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別表1
（単位：四
．
，
.
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・一、
区，分
年月
日·
所得金額
納付すべき
過少申告
・
•．
。．
法人税額
加算税
確定申告
平成29年6月30日
·4, 5_31, 602
△-83. 245, 465
-
'
.
更正処分等平成30年12月19日
7Â 312, 486
1, 096, 800
12, 6 It 000
審査請求
平成31年3月12日
'
.
全部取消し
裁決.. 令和2 年3月3日
｝棄却
（注
「納付すべき法人税額」欄の△印は、還付金の額に相当する税額を意味する。•地方法人税に係る課税処分等の縫緯
．地
納方
付法す人
べ税
き額
．．塁少申告
．区分
年月日．
課税標準法人税額
．．
算税
確定申告
平成29年6月30日
・
679、000
29,800
一
．．
更正処分
平成30年12月l9日
1. 096, 000
48,200
•一
審査請求
平成31年3月12日
全部取消し
裁決
令和2 年3月3日
·.棄却
別表2
・（単位：円）
．．
．．
ヽ•
ヽヽ
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13774.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。