税務訴訟資料第２７３号（順号１３８４０）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正請求に対する更正すべき理由がない旨の通知処分取消等請求事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和５年３月３０日却下・棄却・控訴
判決
原告一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
同山中健児
同延増拓郎
同岸聖太郎
同訴訟復代理人弁護士松井健祐
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁鹿児島税務署長
中元眞吾
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 鹿児島税務署長が令和２年１２月４日付けで原告に対してした、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 鹿児島税務署長は、原告の平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税額について、還付金額を８８５４万６２２６円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要
本件は、非営利型法人（法人税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）２条９号の２）に該当する一般財団法人である原告が、鹿児島税務署長に対し、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税の確定申告をした後、支払を受けた利子及び配当等（法人税法６８条１項）について源泉徴収された所得税の額に係る税額控除を適用し、これにより控除しきれなかった金額の還付を求める旨の更正の請求をしたところ、同署長から更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたことから、同通知処分の取消しを求めるとともに、同署長が上記更正の請求の内容どおりの更正処分をすることの義務付けを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定めは、別紙２のとおりである（同別紙中で定義した略称は、以下の本文においても同様に用いる。）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実のほか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実）
（１）原告
原告は、奨学、育英、教育、啓蒙及び人材育成支援を行うこと等を目的とする一般財団法人である。
原告は、昭和５０年４月●日、民法（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。以下「整備法」という。）による改正前のもの。以下「旧民法」という。）３４条に基づき財団法人Ｂとして設立され、平成２０年１２月１日の整備法の施行後は、一般財団法人として存続しつつ、同法に規定された特例財団法人に移行した。原告は、平成２４年１月●日、財団法人Ｃを吸収合併し、平成２６年４月１日、現在の名称に変更した。
原告は、法人税法２条９号の２の非営利型法人に該当する。
（甲１、乙３、４）
（２）公益法人制度改革の概要
ア 公益法人関連三法の制定
（ア）公益法人制度改革は、旧民法下の公益法人（以下「旧公益法人」という。）について、明治２９年の民法制定以来抜本的な見直しが行われておらず、主務官庁の許可主義の下、法人の設立が簡便でない、公益性の判断基準が不明確である、営利法人類似の法人が存続しているなどの問題が生じているとの批判があったことから、これらの問題に適切に対処するとともに、民間非営利部門の活動を促進するために行われたものである。
旧公益法人は、設立について許可主義が採用され、主務官庁の許可を得て設立することとされていたが（旧民法３４条）、公益法人制度改革により、法人格の取得と公益性の判断とを分離し、公益性の有無にかかわらず準則主義（登記）によって簡便に設立することのできる一般的な非営利法人制度が創設されるとともに、主務官庁による設立許可制度も見直され、一般的な非営利法人について目的、事業等の公益性を判断する仕組みが創設されることとなった。この基本的枠組みに基づき、新しい公益法人制度が設計され、平成１８年５月、関連する法律として、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（以下「一般社団・財団法人法」という。）、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（以下「公益法人認定法」という。）並びに整備法（以下、これらの法律を併せて「公益法人関連三法」という。）が制定された。
（イ）一般社団・財団法人法は、法人格の取得と公益性の判断を分離し、剰余金の分配を目的としない社団及び財団について、事業の公益性の有無にかかわらず準則主義（登記）によって法人格（一般社団法人及び一般財団法人。以下、併せて「一般社団・財団法人」という。）を取得することができる一般的な法人制度を創設するものである。
公益法人認定法は、行政庁（内閣総理大臣又は都道府県知事。以下同じ。）が、民間有識者から成る委員会の答申に基づき、一般社団・財団法人のうち公益性に係る一定の基準に適合するものを公益社団法人及び公益財団法人（以下、併せて「公益法人」という。）として認定する公益法人制度を創設するものである。
（ウ）公益法人は、一般社団・財団法人のうち、公益目的事業（公益法人認定法２条４号）の実施を主たる目的としていること、公益目的事業の実施に必要な経理的基礎及び技術的能力を有していること、当該法人の関係者に対して特別の利益を与えないこと、当該公益目的事業に係る収入がその実施に要する適正な費用を償う額を超えない（収支相償）と見込まれること、公益目的事業の比率が５０％以上と見込まれることなどの公益性認定の基準（同法５条各号）に適合することについて、行政庁の認定を受けた法人であり、同認定を受けた後も、同法第２章第２節が定める「公益法人の事業活動等」に係る規定（収支相償、５０％以上の公益目的事業比率等）を遵守することとされている。上記の基準や規定の遵守を確保するため、行政庁による報告の求め、検査、勧告、命令等の制度が設けられており（同法２７条１項、２８条１項、３項）、同法５条各号の定める基準に適合しなくなったり、「公益法人の事業活動等」に係る規定を遵守しなかったりしたときは、行政庁が当該公益法人の公益認定を取り消すことができることとされている（同法２９条２項）。
（乙８ないし１０）
イ 租税法の改正
（ア）公益法人制度改革によって廃止されることとなった旧公益法人は、その公益性に鑑みて基本的に法人税は非課税であったが、利益を得ることを目的とする営利法人に対する課税とのバランスを確保する観点から、営利法人と競合関係にある事業（収益事業）を営む場合に限り当該事業から生ずる所得に対して法人税が課されるという、いわゆる収益事業課税が適用されていた。
（イ）公益法人制度改革によって新たに設けられた公益法人は、公益目的事業を適正に実施し得る法人を認定する仕組みとされ、これを確保するための措置が採られていることから、①法人税法上は、収益事業課税を基本としつつ、公益目的事業から生ずる所得には課税しないこと、収益事業に属する資産のうちから公益目的事業に支出した金額は収益事業に係る寄附金の額とみなして損金算入限度額まで損金算入を認めること（みなし寄附金制度）、寄附金の損益算入限度額を拡大することなどが定められ、②所得税法上も、支払を受ける利子及び配当等（法人税法６８条１項）に係る所得税の源泉徴収をしないこととされた。
これに対し、公益法人を除く一般社団・財団法人は、法人制度としての公益性が担保されているわけではないことから、法人の実態や営利企業との課税のバランス等に配慮して課税することとされ、①法人税法上は、営利企業と異なる特性を有する非営利型法人につき営利企業と競合する収益事業を行う場合のみ課税する収益事業課税を適用し、みなし寄附金制度は適用しないこととされ、②所得税法上は、支払を受ける利子及び配当等に係る所得税の源泉徴収をすることとされた。
（乙８ないし１０）
（３）原告が支払を受けた利子及び配当等についての所得税の源泉徴収と、原告による確定申告及び更正の請求
ア 原告は、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）において支払を受けた利子及び配当等（以下「本件利子及び配当等」という。）についての所得税として、８９０９万２６７６円を源泉徴収された（弁論の全趣旨）。
イ 原告は、令和２年７月３１日、鹿児島税務署長に対し、本件事業年度の法人税について、所得金額を３６４万３１８６円、納付すべき法人税額を５４万６４００円とする確定申告を行い、同額を納付した（甲２）。
ウ 原告は、令和２年９月１４日、鹿児島税務署長に対し、本件事業年度の法人税の額から前記アのとおり源泉徴収された所得税の額を控除した後、控除しきれなかった金額として８８５４万６２２６円を還付金額とする旨の更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたが、同署長は、同年１２月４日、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）をした。
（４）原告の審査請求及び本件訴訟の提起
ア 原告は、令和３年３月１日、国税不服審判所長に対し、本件通知処分の取消しを求める審査請求をしたが、同所長は、同年１２月１７日、同審査請求を棄却する旨の裁決をし、原告は、同月２７日、同裁決に係る裁決書謄本を受領した（甲５、１４、１５）。
イ 原告は、令和４年６月２７日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 争点及び当事者の主張
本件の争点は、本件通知処分の適法性（争点１）及び更正処分の義務付けの訴え（以下「本件義務付けの訴え」という。）の適法性（争点２）であり、各争点に関する当事者の主張は、次のとおりである。
（１）争点１（本件通知処分の適法性）
（原告の主張）
ア 本件通知処分が裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものであること（ア）原告は非営利型法人であり、公益法人と同等の公共性を有する。すなわち、原告は、奨学、育英、教育、啓蒙、人材育成支援等の社会貢献、地域貢献を事業目的とし、事業によって利益を得たりこれを分配したりすることを目的としない法人であって、公益目的支出計画に従って適切に組織運営を行っている。このように、原告が目的や事業内容の公益性、公共性という点において公益法人と同等であるという実態に鑑みれば、本来は法人所得である原告の利子及び配当等に対して便宜的に所得税の源泉徴収を行いつつ、同所得税の額を法人税の額から控除しないことは、公益性、公共性を根拠として非課税を定める所得税法１１条及び法人税法７条の趣旨に反し、著しく不合理である。
したがって、鹿児島税務署長は、本件利子及び配当等を法人所得とみなして非課税とすべきであったところ、これをしなかった本件通知処分は、法の解釈を誤り、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものである。
（イ）法人の所得については、直接税として申告課税をすることが原則である。また、法人税法上は総合課税が原則であるから、所得税法上の分離課税制度をもって源泉徴収された所得税についても、確定申告により総合課税による税率が適用され、納付すべき法人税額が確定した後で、既納の法人税として控除されなければならない。しかし、鹿児島税務署長は、原告から源泉徴収した税金を所得税とみなし、法人税としての上記控除をしておらず、租税の趣旨、所得税及び法人税の原則並びに憲法２９条の趣旨に違反した取扱いをしている。また、原告のような非営利型法人に確定申告及び総合課税による税率の計算を認めないことは、公益法人との対比において差別的な取扱いであり、憲法１４条１項の平等原則にも違反する。
イ 公益法人関連三法の制定に伴う立法が違憲であること
（ア）公益法人関連三法の制定の際、旧公益法人のうち、高度の公共性、公益性を有する点で実態が共通する法人は、公益法人と非営利型法人とに区分されたが、収益事業以外から生ずる所得については同様に非課税とするかのような周知がされた。しかし、実際は、非営利型法人の収益事業以外から生ずる所得については、法人税は非課税とされたが、利子及び配当等についての所得税を源泉徴収しない旨の法改正がされず、源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除することも認めないという不合理かつ不備のある法改正となった。
原告の寄附財産は、設立者の寄附行為によって拠出され、公益事業に充てるために原告に帰属しているものであり、清算後残余財産の分配がされることはなく、原告が所有権者として使用、収益及び処分をする権限は失われているから、公共性の高い財産といえる。このように、収益事業以外から生じた利子及び配当等であるにもかかわらず、所得税を源泉徴収することは、収入に対して課税するという収得税の本質に矛盾する。
被告は、上記のとおり非営利型法人の収益事業以外から生じた利子及び配当等について所得税を源泉徴収するという不備のある法改正をする一方で、非営利型法人が利子及び配当等について源泉徴収された所得税について還付を受けられるように法人税法６８条を改正することを怠り、非営利型法人のみが上記のとおり所得税を源泉徴収されたままとなるという不合理な法整備を行った上、これを現在まで漫然と放置している。このような不合理かつ不備のある法制度の原因となった法改正及び立法不作為は、原告の財産権を侵害する違憲な行為である。また、これらの立法行為は、非営利型法人の利子及び配当等に課税し、公益法人との間で不合理な差別的行政処分を誘発することになるから、憲法１４条１項の定める平等原則にも違反する。
鹿児島税務署長は、上記のとおり違憲な法制度に基づき、原告による還付の請求を認めることなく本件通知処分を行ったものであるから、本件通知処分は違憲かつ違法である。
（イ）被告は、財団法人と社団法人の財政基盤の相違を意図的に無視して、財団法人の存続を担保する必要不可欠な財産運用益に課税している。
公益法人関連三法の制定前は、財団法人の財産運用によって得られる収入は当然に非課税であり、財団法人の事業は、所有する基本財産又は運用財産を運用して得られる運用益を財源として行われていた。そして、法改正後もこの状況に変化はないから、非営利型法人である財団法人の利子及び配当等について、公益財団法人と同様源泉徴収がされないような法環境が整備されるべきであったが、被告は、所得税法を改正しないという不作為により、原告が非営利型法人に該当するにもかかわらず、不合理な担税を強制した。
原告にとって、運用益を最大化することは財団法人として存続するための必須の条件であるところ、公益財団法人になると、収入が公益事業の実施に要する適正な費用より多額である場合は公益認定を取り消されて即時に解散することになり、これを避けて一般財団法人を選択しても、本件のような不当な課税徴収を受けて収入が大きく毀損することになる。したがって、公益法人関連三法の制定及びこれに伴う租税法の改正は、原告がいずれの選択をしてもその存続を危うくさせて財産権を侵害するものであり、違憲、違法である。
（被告の主張）
ア 本件通知処分が裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものではないこと法人税法６８条２項は、内国法人である公益法人等が支払を受ける利子及び配当等で収益事業以外の事業又はこれに属する資産から生ずるものについて課される所得税については、同条１項を適用しない旨規定する。原告は非営利型法人であるから、法人税法２条６号、別表第２の定める公益法人等に該当し、また、本件利子及び配当等は収益事業以外の事業に属する資産から生じたものであるから、本件利子及び配当等に係る所得税には、同法６８条２項により、同条１項が適用されず、本件事業年度の法人税の確定申告において、法人税の額から本件利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除することはできない。
したがって、鹿児島税務署長には、原告が主張するような税額の還付をする旨の更正処分をする裁量はなく、同更正処分をしなかった本件通知処分が、同税務署長の裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものでないことは明らかである。
イ 公益法人関連三法の制定に伴う立法が合憲であること
（ア）所得税法１１条１項、別表第１の趣旨は、対象者の活動が果たす公益的役割を促進する要請と適正な課税確保の要請との調整を図ることにあり、その立法目的は正当である。
上記規定は、公益性が高いと認められる者については利子及び配当等を非課税として公益的役割を促進する一方で、公益性が高いと認められない者については利子及び配当等に課税することとして、所得税法２１２条３項の源泉徴収によって適正な課税を図るものである。公益法人は、法令上明確化された厳格な公益認定の基準が定められ、公益目的事業を適正に実施し得る法人のみが認定を受け、存続することとされているが、非営利型法人は、一定の非営利性が要件として規定されているにすぎず、公益法人のように厳格な公益認定や存続の基準までは定められていないため、公益法人と同程度に公益性が高いとまではいえない。このように、公益法人と非営利型法人には公益性の程度に差異があるから、利子及び配当等について、公益法人においては公益的役割を促進する要請から非課税とし、非営利型法人においては適正な課税を確保する要請から課税するという区別をしたものであって、この区別は上記立法目的との関連で合理的なものといえる。
したがって、所得税１１条１項、別表第１は、憲法１４条１項に違反するものではない。
（イ）憲法２９条の財産権の保障との関係でも、前記（ア）の所得税法１１条１項、別表第１の立法目的は公共の福祉に合致するものである上、公益性が高いとまではいえない非営利型法人について適正な課税の確保の要請を優先させたことには必要性及び合理性が認められるから、立法府の判断は合理的裁量の範囲内である。
（ウ）法人税法６８条１項は、内国法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税が源泉徴収された場合に、更に法人税としての課税もされて二重課税となることを排除するものであり、当該利子及び配当等について非課税とする趣旨の規定ではない。そして、同条２項は、非営利型法人を含む公益法人等については、同法７条によってそもそも非収益事業から生じた所得が課税対象とされず、これに含まれる利子及び配当等についても二重課税が生じないことから、同法６８条１項の適用がないことを規定したものである。
そして、これまで主張したとおり、非営利型法人の非収益事業から生じた利子及び配当等が源泉徴収の対象となったことについて何ら問題はないから、法人税法６８条１項及び２項を改正する必要はない。
（エ）以上によれば、公益法人関連三法の制定に伴う立法が違憲である旨の原告の主張には理由がない。
（２）争点２（本件義務付けの訴えの適法性）
（原告の主張）
前記（１）で主張したとおり、本件通知処分は違法であり取り消されるべきものであるから、本件義務付けの訴えは適法である。
（被告の主張）
前記（１）で主張したとおり、本件通知処分は適法であり取り消されるべきものではないから、本件義務付けの訴えは不適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件通知処分の適法性）について
（１）本件通知処分が裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものであるか否かについて
ア 前提事実（１）のとおり、原告は非営利型法人（法人税法２条９号の２）に該当する一般財団法人であり、公益法人ではないから、所得税法別表第１に掲げる内国法人には該当しない。したがって、原告に同法１１条１項は適用されず、同法２１２条３項により、利子及び配当等の支払を受ける際に所得税が源泉徴収される。そして、原告は、非営利型法人であり公益法人等（法人税法２条６号、別表第２）に該当するから、同法６８条２項により、利子及び配当等に係る所得税の額を法人税の額から控除する旨を定める同条１項は適用されず、源泉徴収された所得税の額につき控除を受けることはできない。
したがって、鹿児島税務署長が、本件利子及び配当等に係る所得税の額を法人税の額から控除すべき旨を求める本件更正請求は理由がないものとして本件通知処分をしたことは、上記各規定に従った適法なものである。
イ 原告は、目的や事業内容の公益性、公共性という点において公益法人と同等であるという実態に鑑みれば、原告が支払を受けた利子及び配当等について所得税の源泉徴収を行い、同所得税の額を法人税の額から控除しないことは、所得税法１１条及び法人税法７条の趣旨に反する旨主張する。
しかしながら、前記アで判示したとおり、公益法人ではない原告に所得税法１１条を適用ないし準用する余地はなく、また、法人税法７条は、非営利型法人を含む公益法人等の収益事業から生じた所得以外の所得に対して法人税を課さない旨を定めるものであり、所得税法の規定によって源泉徴収の対象となる所得に対する非課税を定めるものではない。原告は、非営利型法人である原告と公益法人は、公益性、公共性の程度が同等である旨を主張するが、前提事実（２）アのとおり、公益法人は、設立に当たって法定の基準（公益法人認定法５条各号）に適合するものとして行政庁の公益認定を受ける必要がある上、設立後も、同法の定める事業活動等に係る規定（収支相償、５０％以上の公益目的事業比率等）の遵守が求められ（同法第２章第２節）、これらの基準又は規定の遵守を確保するため行政庁による報告の求め、検査、勧告、命令等の制度が設けられていて（同法２７条１項、２８条１項、３項）、上記基準に適合しなくなったり、上記事業活動等に係る規定を遵守しなかったりしたときは、行政庁が公益認定を取り消すことができるものとされているなど（同法２９条２項１号、２号等）、公益目的事業を適正に実施し得る法人であることが制度上担保されている。これに対し、非営利型法人は、飽くまで一般社団・財団法人の一種であり、非営利性に係る一定の要件を満たすものではあるが（法人税法２条９号の２、法人税法施行令３条１項、２項）、準則主義（登記）により主務官庁等による認定を受けることなく簡便に設立することができる上（一般社団・財団法人法１６３条）、事業活動等について公益法人のように行政庁の厳格な監督に服することもない。したがって、非営利型法人と公益法人は、公益性、公共性の程度が同等であるとはいえず、支払を受けた利子及び配当等についての所得税の源泉徴収の有無等の税法上の差異を設けることが不合理であるとはいえない。
原告は、法人税法６８条１項に基づき、本件利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除するべき旨主張する。しかしながら、同項は、内国法人が支払を受けた同一の利子及び配当等について、所得税法に基づく源泉徴収と法人税法に基づく課税との二重課税を防ぐ趣旨の規定であるところ、本件利子及び配当等については、法人税法７条の「収益事業から生じた所得以外の所得」として法人税が課税されていないのであるから（甲２、３の２）、源泉徴収との間で二重課税の問題が生ずることはなく、同法６８条１項を適用すべき前提を欠く。
したがって、原告の上記主張はいずれも採用することができない。
ウ 原告は、法人の所得について申告課税及び総合課税が原則であることを前提に、本件利子及び配当等について総合課税による税率を適用して、納付すべき法人税額を確定した上で、源泉徴収した所得税の額を控除すべきであり、これを許さないことは憲法１４条１項、２９条等に違反する旨主張する。
しかしながら、本件の課税及びこれを是認する本件通知処分が法人税法及び所得税法の規定に何ら違反するものでないことは前記アで判示したとおりである上、原告の主張を踏まえても、同規定に従って課税することが憲法の規定等に違反するものであるとはいえず、鹿児島税務署長において、規定の文理から離れて法人税法６８条１項に基づく控除をしないことが憲法の規定等に違反するものとも認められない。また、前記アで説示した公益法人と非営利型法人との間の制度上の差異からすれば、本件利子及び配当等につき所得税を源泉徴収して総合課税を認めないことが、公益法人との間で憲法１４条１項に違反する不合理な差別をするものということもできない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（２）公益法人関連三法の制定に伴う立法の合憲性について
ア 原告は、公益法人関連三法の制定に伴い、公益法人については収益事業以外から生ずる所得に対して非課税とされたのに対し、非営利型法人については利子及び配当等に源泉徴収による所得税の課税がされ、この所得税の額を法人税の額から控除して還付を求めることができない上、このような状態を是正するような立法措置が採られていないことが、憲法２９条が保障する財産権を侵害し、憲法１４条１項の平等原則にも違反する旨主張する。
イ しかしながら、次に述べるとおり、非営利型法人の利子及び配当等について所得税が源泉徴収され、同所得税の額につき法人税の額からの控除が認められず、このような状態を是正する措置が採られていないことは、憲法１４条１項又は２９条に違反するものとはいえない。
（ア）租税は、国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え、所得の再分配、資源の適正配分、景気の調整等の諸機能をも有しており、国民の租税負担を定めるに当たっては、財政、経済、社会政策等の国政全般からの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく、課税要件等を定めるについて、専門技術的な判断が必要である。したがって、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的判断に委ねるほかなく、裁判所は、基本的にはその裁量的判断を尊重せざるを得ないものというべきであるから、租税法の分野における取扱いの区別は、その立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された区別の態様が同目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することはできず、これを憲法１４条１項に違反するものということはできないものと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。
また、租税法と財産権の侵害との関係についても、租税法の上記の性質等に鑑みれば、当該租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された課税要件等の定めが同目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない場合は、公共の福祉に適合するものとして、憲法２９条２項に違反するものではないものと解するのが相当である。
（イ）前提事実（２）のとおり、公益法人関連三法の制定に伴う租税法の改正により、公益法人と異なり、原告を含む非営利型法人は、支払を受ける利子及び配当等について、収益事業と非収益事業のいずれから生ずるものであるか、収益事業と非収益事業のいずれに属する資産から生ずるものであるかを問わず源泉徴収による所得税が課されることとなった。このような課税上の取扱いの区別を設けた目的は、公益法人とそれ以外の一般社団・財団法人との公益性の差異を踏まえ、公益目的事業の促進と適正かつ公平な課税の実現との調整を図ることにあるものと解されるところ、このような立法目的は正当性を有するものといえる。
そして、前記（１）イでも判示したとおり、公益法人は、設立に当たって法定の基準（公益法人認定法５条各号）に適合するものとして行政庁の公益認定を受ける必要があり、設立後も、同法の定める事業活動等に係る規定の遵守が求められ（同法第２章第２節）、これらの基準及び規定の遵守を確保するため行政庁による報告の求め、検査、勧告、命令等の制度が設けられている上（同法２７条１項、２８条１項、３項）、これが確保されないときは、行政庁が公益認定を取り消すことができるものとされていて（同法２９条２項１号、２号等）、準則主義（登記）によって設立され、事業活動等について行政庁による厳格な監督に服さない一般社団・財団法人と比較して、高い公益性が保持されることが制度上担保されている。したがって、利子及び配当等に対する課税について、公益法人と非営利型法人も含む一般社団・財団法人との間で上記のような課税上の取扱いの区別を設けることは、上記立法目的との関連において著しく不合理であることが明らかであるということはできず、憲法１４条１項に違反するものではない。
また、上記のとおり、非営利型法人も含む一般社団・財団法人については、必ずしも高い公益性を保持する制度的な担保がされておらず、営利型法人に類似する事業活動を行っている法人もあることからすれば、非営利型法人の利子及び配当等について所得税を源泉徴収し、同所得税の額を法人税の額から控除することを認めないことは、適正かつ公平な課税の実現という立法目的において正当であり、具体的に採用された課税要件等の定めは、同目的との関連で著しく不合理であることが明らかであるとはいえず、公共の福祉に適合するものとして、憲法２９条２項に違反するものではない。
（ウ）そして、非営利型法人の利子及び配当等について所得税が源泉徴収され、同所得税の額につき法人税の額からの控除が認められないことが憲法の規定に違反するものでない以上、このような状態を是正する立法措置を採らないことについても、憲法の規定に違反するものということはできない。
（エ）原告は、公益財団法人を選択すると収支相償が求められ、他方で一般財団法人にとどまると本件のような不当な課税徴収を受けて収入が大きく毀損されるから、いずれの選択をしても原告の存続を危うくさせる公益法人関連三法の制定及びこれに伴う租税法の改正は、財産権を侵害するものであって違憲、違法である旨主張する。
しかしながら、これらの改正による課税が非営利型法人の財産権を違法に侵害するものでないことは前記（イ）で判示したとおりである。また、利子及び配当等への所得税の課税によって原告の存続が危うくなっていることを認めるに足りる証拠はない上、仮に所得税の課税によって財産的基盤が危殆に瀕するとしても、そのことから直ちに当該課税自体が違憲、違法となるものではない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（オ）その他、非営利型法人の利子及び配当等に対する課税に係る立法行為が違憲、無効である旨をいう原告の主張は、いずれも採用することができない。
（３）小括
以上からすれば、本件更正請求につき更正をすべき理由がないとした本件通知処分は適法である。
２ 争点２（本件義務付けの訴えの適法性）について
本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号のいわゆる申請型の義務付けの訴えであり、同訴えは、法令に基づく申請又は審査請求を却下し又は棄却する旨の処分又は裁決がされた場合において、当該処分又は裁決が取り消されるべきものであり、又は無効若しくは不存在であるときに限り、提起することができるとされているところ（同法３７条の３第１項２号）、前記１のとおり本件通知処分は適法であり取り消されるべきものではないから、本件義務付けの訴えは、同号所定の要件を欠くものであり、不適法である。
３ 結論
以上のとおりであるから、本件訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分は不適法であるから却下し、原告のその余の請求は理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 品田幸男
裁判官 片瀬亮
裁判官 下道良太
〔PDF 12～16頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13840.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。