税務訴訟資料第２７３号（順号１３８８８）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正請求に対する更正すべき理由がない旨の通知処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和５年９年２７日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、令和●●年（○○）第●●号、令和５年３月３０日判決、本資料２７３号・順号１３８４０）
判決
控訴人（原審原告）一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
同山中健児
同延増拓郎
同岸聖太郎
同松井健祐
被控訴人（原審被告）国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁鹿児島税務署長
吉田清
被控訴人指定代理人別紙指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 鹿児島税務署長が令和２年１２月４日付けで控訴人に対してした、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
３ 鹿児島税務署長は、控訴人の平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税額について、還付金額を８８５４万６２２６円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要（略称は原判決のものを用いる。）
１ 本件は、非営利型法人（法人税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）２条９号の２）に該当する一般財団法人である控訴人が、鹿児島税務署長（処分行政庁）に対し、平成３１年４月１日から令和２年３月３１日までの事業年度の法人税の確定申告をした後、支払を受けた利子及び配当等（法人税法６８条１項）について源泉徴収された所得税の額に係る税額控除を適用し、これにより控除しきれなかった金額の還付を求める旨の更正の請求（本件更正請求）をしたところ、同署長から更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件通知処分）を受けたことから、本件通知処分の取消しを求めるとともに、同署長が上記更正の請求の内容のとおりの更正処分をすることの義務付けを求める事案である。
原審は、処分行政庁が、本件更正請求につき更正すべき理由がないとしてした本件通知処分は適法であるとして、本件通知処分の取消請求を棄却し、本件通知処分が適法であり取り消されるべきものではないことからすると、更正処分の義務付けの訴え（本件義務付けの訴え）は不適法であるとして、これを却下する旨の判決（原判決）をした。
控訴人は原判決を不服として控訴した。
２ 関係法令の定め、前提事実並びに争点及び当事者の主張は、以下のとおり補正するほかは、原判決「事実及び理由」中の「第２事案の概要」１から３までに記載のとおりであるからこれを引用する。
（１）原判決２頁１７行目の「別紙２」を「原判決別紙２」と改める。
（２）原判決３頁５行目の「変更した。」を「変更した上で、同年５月１２日付けで、鹿児島税務署長に対し、同年４月１日に一般財団法人に法人区分に変更した旨の届出をした。」と改める。
（３）原判決３頁２５行目の「に関する法律（」の次に「同年法律第４８号。」を、同４頁１行目の「に関する法律（」の次に「同年法律第４９号。」をそれぞれ加える。
（４）原判決４頁２０行目の「公益性認定の基準」を「公益認定の基準」と改める。
（５）原判決８頁１３行目の末尾を改行して、以下のとおり加える。
「法人税は法人の所得にかかるが、この場合の所得とは、一定の利益計算（収入マイナス経費及び損金）で算出された利益の額を所得としている。よって、所得税における所得と法人税における所得は同質ではなく、税の申告方法も課税のあり方も全く異なる。
被控訴人は、法人が対象となる利子・配当の所得税に関して、そのホームページにおいて、「法人税の額から控除することができる」と記載している。また「法人が支払を受ける利子・配当等などに係る所得税等の額の全額は、原則として所得税額控除の対象となる」と記載している。さらに「控除する所得税等の額がその事業年度の法人税額より多い場合には、その控除しきれなかった金額は還付されます。」と記載している。控訴人は、上記法改正後１年目から８年目までの全ての事業年度において、納付すべき法人税がゼロであり、当然控除できる利子・配当収入へ課税された所得税額がその事業年度の法人税額（ゼロ）よりも多いから、その控除されなかった金額については、還付がされなければならない。」
（６）原判決８頁２０行目の末尾に「被控訴人は、自身のホームページに還付について記載しながら、改正した所得税法において、控訴人のような非営利型法人に対して、その利子・配当収入に課税・徴税する一方、徴税された税金の還付が受けられないように法改正をしたことになる。」と加える。
（７）原判決９頁１行目の「している。」の次に「被控訴人は、参議院議員村田享子による令和５年４月４日付け「非営利型一般財団法人に対する課税の在り方に関する質問主意書」に対する同月１４日付け答弁書において、公益法人等の収益事業外所得について、法人税の対象として所得税（課税標準額）を算定した上で法人税額を算出していない旨回答し、法人税について、収入から経費を控除した課税標準額を確定し、その課税標準額に定められた税率を乗じて税を確定し納付するという大原則を否定するような答弁をしている。また、控訴人は、総合課税制度に基づき申告する権利を侵害するという問題点について、国会議員を通じて、「財団の金融所得をより公共性の高い事業に回せるよう、非収益事業について確定申告を設けてはどうか」と財務省主税局に問い合わせたところ、同局担当者も、「現在内閣府で検討している公益法人改革（令和６年改正予定）に加えて現行の関連税法を改正するしかないが、大幅な改正になるので各方面の調整が困難ではないか」旨回答した。このように、被控訴人担当者は、本件訴訟における被控訴人の主張とは異なり、控訴人の利子・配当等所得や利息収入に確定申告制度を設けていないという問題点を理解し、法改正の必要性を認めている。」を加える。
（８）原判決９頁５行目の末尾を改行して、以下のとおり加える。
「所得税により源泉徴収された税は、所得が法人に帰属するものであっても飽くまでも所得税とするとの被控訴人の主張は、上場株式等の譲渡益と利子・配当の所得とを損益通算するとする被控訴人のホームページ上の解説と矛盾し、法理として破錠している。被控訴人が、所得税法の下で源泉徴収した税金を所得税として取り切りにして、法人税非課税である非営利型法人である控訴人に還付しないことは矛盾した行為であることが明らかである。そして、この矛盾は、被控訴人が、公益法人関連三法の制定に合わせて改正された法人税法及び所得税法について、憲法の精神に基づき適正に合理性をもって改正しなかったことの証左となる。」
（９）原判決９頁１９行目の「原告にとって、」から同頁２０行目の「公益財団法人になると、」までを「特に、控訴人のように、大規模な公益事業を永続的に実施するためには、公益目的事業によってある程度収益を得て運転資金を積み立て、更新投資や新規投資のために内部留保をすることが必要である。学生寮や美術館・工芸館を所有する控訴人にとっては、このような内部留保は事業や財団自体の存続において必要不可欠である。それにもかかわらず、被控訴人は、公益法人に求められる収支相償について、利益がゼロ又はマイナスであることを求め、利益があれば１年で解消しなければならない運用をしているものであって、このような運用の下で、控訴人が公益財団法人を選択した場合、」と改める。
（10）原判決９頁２４行目の「ことになる。」の次に「収支相償原則と公益目的事業財産の収益権の剝奪は、所有権に不可欠な構成要素である収益権（民法２０６条）を著しく制限するものである。」を加える。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、本件通知処分は適法であるから、同処分の取消しを求める控訴人の請求は理由がなく、また、本件通知処分は適法であり取り消されるべきものではないから、本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３７条の３第１項２号の要件を欠くものとして不適法であると判断する。その理由は、以下のとおり補正するほかは、原判決「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」１及び２に記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）原判決１５頁２行目の末尾を改行して、以下のとおり加える。
「控訴人は、法人が対象となる利子・配当の所得税に関して、被控訴人はホームページにおいて、「法人税の額から控除することができる」と記載しているほか、「法人が支払を受ける利子・配当等などに係る所得税等の額の全額は、原則として所得税額控除の対象となる」と記載しながら、改正した所得税法において控訴人のような非営利型法人に対して、その利子・配当収入に課税・徴税する一方、徴税された税金の還付が受けられなくなるように、総合課税制度を受ける権利を侵害する内容の法改正をしたものである旨主張する。
しかし、控訴人が指摘するホームページの記載は、国税庁のホームページの「タックスアンサー（よくある税の質問）」というサイトの記載であると思われるが（乙１６）、同サイトの記載は、例えば、「Ｎｏ．５７６０所得税額控除」の項目のとおり、「法人が支払を受ける利子等、配当等、給付補てん金、賞金などに係る所得税等の全額は、原則として所得税額控除の対象となります。」というように、法人税法６８条を根拠とした一般的・原則的な取り扱いを記載しているにすぎないもので、同条２項が適用される場合の取扱いについては、特段の記載をしていないものと理解できる。そしてまた、上記イで説示したことに照らせば、控訴人が主張するように、法人の所得については総合課税が原則であり、納税者に総合課税制度により納税することができる権利が保障されているということもできない。」
（２）原判決１７頁２２行目の末尾を改行して、以下のとおり加える。
「控訴人は、税の専門家において、非営利型法人の利子・配当等の所得に対する課税を疑問視しているとして、中里実教授の意見（甲１１、１２）及び成道秀雄教授の意見（甲２０）を提出する。
しかし、前者は、非営利型の一般社団法人、一般財団法人といっても、実際の事業が公益性の強いものである場合もあり得るから、よりきめの細かい対応が必要であるという見地から、現行の制度には疑問の余地があり、将来的により調和のとれた制度の構築を期待するという趣旨を述べたものであり、後者は、公益法人について、金融資産収益について非課税とされていることのバランスから、非営利型法人の金融資産収益も利益の配分としてあるいは残余財産の分配として外部流失されない限りにおいて、非課税とされるべきである趣旨を述べたものであるが、いずれも立法論としての意見の表明であると理解することができ、これをもって、源泉徴収された所得税について取り切りにする立法が直ちに不合理であると結論付けることはできないから、控訴人の主張の根拠となるものとはいえない。」
（３）原判決１８頁３行目の「また、」の次に「控訴人は学生寮や美術館・工芸館といった施設を所有しており、これらを維持管理するために内部留保をする必要があるという事情を踏まえても、」を加え、同頁５行目の「証拠」を「的確な証拠」と改める。
（４）原判決１８頁８行目の末尾を改行して、以下のとおり加え、同頁９行目の冒頭の「(オ）」を「（カ）」と改める。
「（オ）控訴人は、国会議員の質問主意書に対する答弁書（甲１６の２）において、被控訴人は、収益事業外の利子・配当収入については、法人税の対象として所得税（課税標準額）を算定した上で法人税額を算出していないことを自認して、税体系の根本的な仕組みを否定するような答弁をしていると主張する。しかし、上記答弁書の記載は、質問主意書による質問の趣旨が必ずしも明らかではないという留保の下で、法人税法６条による一般的な取扱いについて答弁したものであり、これをもって、本件訴訟における被控訴人の主張等との間に矛盾があるということはできない。
さらに、控訴人は、国会議員を通じてした問合せに対する財務省主税局の担当者の発言をもって、控訴人の利子・配当等の所得や利息収入に確定申告制度を設けていないという問題点を理解し、法改正の必要性を認めたものであると主張する。しかし、上記の主税局担当者の発言は、控訴人のどのような問合せに対するものであるのか明らかではなく、回答者の地位・権限や回答の趣旨も不明である上に、その回答は立法論に関するものであって、控訴人の主張する公益法人関連三法の制定に伴う立法の違憲性の根拠となるものではない。
したがって、控訴人の上記主張はいずれも採用することができない。」
２ 結論
よって、本件通知処分は適法であるとして同処分の取消請求を棄却し、本件義務付けの訴えは不適法であるとして、これを却下した原判決は相当であって、本件控訴は理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第５民事部
裁判長裁判官 木納敏和
裁判官 和久田道雄
裁判官 真辺朋子
〔PDF 6頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13888.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。