税務訴訟資料第２７３号（順号１３８８０）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
令和５年９月８日棄却・控訴
判決
原告Ａ特定目的会社
同代表者取締役甲
同訴訟代理人弁護士別紙１代理人目録１のとおり
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁麹町税務署長
佐藤寿一
同指定代理人別紙１代理人目録２のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 麹町税務署長が令和３年３月３０日付けで原告に対してした原告の平成２８年１月１日から同年１０月３１日まで（以下「平成２８年１０月期」という。）の課税期間の消費税額等及び地方消費税額等の更正処分のうち、納付すべき消費税額がマイナス１２億６６７９万２５５９円を超える部分及び納付すべき地方消費税額がマイナス３億４１８３万２９１２円を超える部分並びに同消費税額等及び地方消費税額等に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 麹町税務署長が令和３年３月３０日付けで原告に対してした原告の平成２８年１０月期の事業年度の法人税額等の更正処分のうち、所得金額がマイナス２億６４６６万２４５１円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額が３億０７３８万０５５５円を超える部分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
本件は、原告が、処分行政庁（麹町税務署長）が原告に対してした、①平成２８年１０月期の課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）、②平成２８年１０月期の事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税額等の更正処分（以下「本件法人税更正処分」といい、本件消費税等更正処分と併せて「本件各更正処分」といい、本件各更正処分と本件賦課決定処分を併せて「本件処分」という。）を不服として、被告を相手に、請求の趣旨記載のとおり、本件処分の一部の取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め
本件に関係する法令は、別紙２－１ないし２－６のとおりである。なお、消費税法（昭和６３年法律第１０８号）については、以下、特別の記載がない限り、平成２８年法律第１５号による改正前のものを指す。
（１）消費税について
ア 事業者が、国内において行う課税仕入れ（事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けることをいう。消費税法２条１項１２号）については、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０８分の６．３を乗じて計算した金額をいう。平成２４年法律第６８号３条による改正前の消費税法３０条１項）を控除する（以下「仕入れ控除」という。）。
イ 事業者のうち、その課税期間に係る基準期間（法人については原則としてその事業年度の前々事業年度をいう。消費税法２条１項１４号）における課税売上高が１０００万円以下である者については、その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等につき、消費税を納める義務を免除される（消費税法９条１項。この免除を受ける事業者を以下「免税事業者」という。）。ただし、当該事業者が、その基準期間における課税売上高が１０００万円以下である課税期間につき、消費税法９条１項の適用を受けない旨を記載した届出書（以下「消費税課税事業者選択届出書」という。）をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、当該提出をした事業者が当該提出をした日の属する課税期間の翌課税期間以後の課税期間中に国内において行う課税資産の譲渡等については、この限りでない（同条４項）。また、消費税課税事業者選択届出書を提出した事業者が、同条４項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、その旨を記載した届出書（以下「消費税課税事業者選択不適用届出書」という。）をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない（同条５項）。
ウ 棚卸資産の仕入れ控除に関する特例
免税事業者は、免税事業者となった課税期間の初日の前日において当該前日の属する課税期間中に国内において譲り受けた課税仕入れに係る棚卸資産を有しているときは、当該課税仕入れに係る消費税額は、当該課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ額の税額に含まれない（消費税法３６条５項）。
（２）法人税について
棚卸資産に該当する資産は減価償却資産に該当しないことから、同資産について減価償却をすることはできない（法人税法施行令１３条）。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記証拠〔書証は特記しない限り枝番を含む。以下同じ。〕及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、争いのない事実であっても便宜上証拠を掲記することがある。）
（１）当事者等
ア 原告は、資産の流動化に関する法律（平成１０年法律第１０５号。以下「資産流動化法」という。）に基づき、平成２２年３月●日に設立された特定目的会社であり、後記ウのＢ社のグループ会社（以下単に「グループ会社」と、これによって構成されるグループを「Ｂグループ」とそれぞれいうことがある。）である（乙６、弁論の全趣旨）。
原告は、平成２２年１２月１７日、処分行政庁に対し、適用開始課税期間を平成２２年３月●日から同年１２月３１日までとする消費税課税事業者選択届出書を提出し、平成２８年１０月期に至るまで消費税の課税事業者であった（乙７）。
イ Ｃ投資法人（以下「本件投資法人」という。）は、投資信託及び投資法人に関する法律に基づき、平成２４年１１月●日に設立された投資法人である（乙８）。
ウ 米国所在のＢ（以下「Ｂ社」という。）は、物流不動産に特化した米国のＲＥＩＴ（不動産投資信託会社）としてニューヨーク証券取引所に上場している法人であって、Ｂグループの最終持株会社である（乙１０）。
エ 株式会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）は、平成１４年５月●日に設立されたグループ会社であり、賃貸用の先進的物流施設開発について、用地の選定・取得から施設開発・竣工後の管理・運営までの一貫したサービスを提供している（乙９、１１）。
オ Ｅ株式会社（以下「本件資産運用会社」という。）は、平成２４年６月●日に設立された、Ｄ社の１００％子会社であり、本件投資法人から資産運用委託を受けている（乙１２、１３）。
（２）本件で問題となっている物流施設に関する取引等の経緯
ア 原告は、平成２４年６月２９日付けで、独立行政法人Ｆ（以下「Ｆ」という。）から、●●の約８万㎡の宅地（後記イの本件物流施設の敷地。以下「本件土地」という。）を代金約５０億円で取得した（乙１４の４、弁論の全趣旨）。
イ 原告は、平成２７年４月３０日付けて、Ｇ株式会社（以下「Ｇ」という。）との間で、原告を発注者、Ｇを請負者とする、物流施設「ＨⒶ」（本件土地上に建築される鉄骨造６階建の倉庫。以下「本件物流施設」という。）に係る設計・施工請負契約を代金２０７億３６００万円（消費税込み）で締結した（乙１、１７）。
ウ 原告と本件投資法人は、平成２７年１２月１４日付けで、原告が本件投資法人に対して、本件物流施設の取得に関する優先交渉権（以下「本件優先交渉権」という。）を与える旨の覚書を締結した（乙２０）。
エ 原告は、平成２８年２月５日付けで、Ｉ信託銀行株式会社（以下「Ｉ信託銀行」という。）との間で貸付金額を１４５億円とする金銭消費貸借契約を締結し、同年９月１５日付けで、同契約に基づく同額の貸付けが予定返済期日を平成３２年１月１５日とする約定で実行された（以下「本件借入れ」という。乙２４、２５）。
オ 原告と株式会社Ｊ（以下「Ｊ」という。）は、平成２８年８月２９日付けで、原告がＪに対して、平成２９年１月１日から１０年間、本件物流施設の一部を賃貸する旨の定期建物賃貸借契約を締結した（乙２６）。
カ 原告は、平成２８年９月１日、Ｇから本件物流施設の引渡しを受けた（ただし、書面上の日付は同月１５日である。乙２７、弁論の全趣旨）。
キ 原告は、平成２８年１０月２４日、処分行政庁に対し、同年１１月１日から平成２９年１０月３１日までの課税期間について、消費税課税事業者選択不適用届出書を提出した（乙３、弁論の全趣旨）。
ク 原告及びＫ株式会社（以下「Ｋ」という。）は、平成２９年４月２８日付けで、原告がＫに対して、同年８月１日から５年間、本件物流施設の一部を賃貸する旨の定期建物賃貸借契約を締結した（甲２７の１、乙３１）。
ケ 原告及びＬ株式会社（以下「Ｌ」という。）は、平成２９年５月３１日付けで、原告がＬに対し、同年８月１日から１年１０か月間、本件物流施設の一部を賃貸する旨の定期建物賃貸借契約を締結した（乙２）。
コ 原告は、平成２９年５月３１日付けで、本件資産運用会社に対し、本件物流施設に関して「優先交渉期間の開始に関するご通知」と題する書面（以下「本件優先交渉期間開始通知書」という。）を交付した。（乙３２）
サ 本件資産運用会社は、平成２９年６月２０日付けで、原告に対し、本件投資法人が本件物流施設の信託受益権を３８３億円で購入することを希望する旨の購入意向表明書を交付した（甲４）。
シ 原告及びＩ信託銀行は、平成２９年７月２４日付けで、原告を当初委託者兼当初受益者、Ｉ信託銀行を受託者、本件物流施設及び本件土地を信託不動産とする不動産管理処分信託契約（以下「本件信託契約」という。）を締結した（乙３３）。
ス 原告及び本件投資法人は、平成２９年７月２４日付けで、原告が本件投資法人に対し本件信託契約に基づく信託受益権（以下「本件受益権」という。）を同年８月１日又は両者が別途合意する日に４０１億９９６８万円で譲渡すること等を約した受益権譲渡契約を締結し、同年８月１日、同契約に基づき、原告は、本件投資法人に本件受益権を上記金額で譲渡した（乙３４、弁論の全趣旨）。もっとも、当該譲渡契約による売上金については、原告が当時免税事業者であったこと（前記キ）から、消費税等の納付義務はない。また、上記金額を原資として、同日、本件借入れは返済された（乙５、３６、弁論の全趣旨）。
セ 原告は、平成２９年８月２８日、処分行政庁に対し、同年９月１日から同年１２月３１日までの課税期間について、消費税課税事業者選択届出書を提出した（乙３５、弁論の全趣旨）。
（３）原告における本件土地及び本件物流施設の会計上の取扱い
原告は、上記（２）の間、一貫して本件土地及び本件物流施設を（完成前は建設仮勘定として）「固定資産」に分類して貸借対照表に記載するとともに、本件物流施設に係る賃料を「不動産賃貸収入」として売上高に、本件物流施設に係る減価償却費を「不動産賃貸原価」として営業費用にそれぞれ分類して損益計算書に記載していた（乙５、２３）。
（４）原告の平成２８年１０月期における各申告
ア 原告は、本件課税期間の消費税等について、確定申告書に別表１の「確定申告」欄のとおり記載して法定申告期限までに処分行政庁に提出した（乙４）。同申告は、原告が平成２８年１０月期においては免税事業者ではなく（前記（１）ア）、かつ、本件物流施設が固定資産であることから本件物流施設に係る仕入れ控除が認められるという前提で、実質的にはこの仕入れ控除による消費税３億４０００万円余の還付を求める内容であった。
イ 原告は、本件事業年度の法人税について、青色の確定申告書に別表２の「確定申告」欄のとおり記載して法定申告期限までに処分行政庁に提出した（乙５）。同申告においては、本件物流施設が減価償却資産であるという前提でその減価償却費の損金処理をする内容であった。
（５）本件処分
ア 処分行政庁は、本件物流施設は棚卸資産に該当するから、これを本件課税期間の末日に有し、翌課税期間において免税事業者となった原告については、消費税法３６条５項の規定により本件物流施設に係る仕入れ控除は認められないとして、令和３年３月３０日付けで、本件課税期間の消費税等について、別表１の「本件消費税等更正処分等」欄のとおり、本件消費税等更正処分及び本件賦課決定処分をした（甲１）。
イ 処分行政庁は、令和３年３月３０日付けで、本件物流施設は棚卸資産に該当するから、本件物流施設に係る減価償却費を計上することができないとして、本件事業年度の法人税について別表２の「本件法人税更正処分」欄のとおり、本件法人税更正処分をした（甲２）。
（６）審査請求
原告は、本件処分を不服として令和３年６月２３日付けで、国税不服審判所長に対して審査請求をしたが、令和４年１月２６日、同審査請求を取り下げた（乙４３、４４）。
（７）本件訴えの提起
原告は、令和３年１０月２６日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
４ 本件処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
（１）消費税等及び法人税について
被告が本訴において主張する原告の本件課税期間に係る納付すべき消費税額等は別表３のとおりであり、原告の本件事業年度に係る納付すべき法人税等の額は別表４のとおりであって、いずれも別表１及び別表２記載の本件各更正処分と同額であるから、本件各更正処分は適法である。なお、原告は、後記５の争点に関する部分を除き、上記各別表の内容を争うことを明らかにしない。
（２）過少申告加算税について
本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額等の税額に関しては、その基礎となった事実につき、原告がこれを計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められないから、原告は新たに納付すべき消費税額等の合計額１５億９４３３万円（別表３の⑰記載の金額から同法１１８条３項に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した１億５９４３万３０００円に、新たに納付すべき消費税額等の税額１５億９４３３万８８００円のうち５０万円を超える部分に相当する金額（１５億９３８３万円）に１００分の５の割合を乗じて算出した７９６９万１５００円を加算した２億３９１２万４５００円であり（以下「過少申告加算税に係る被告の主張」という。）、これは本件賦課決定処分の金額（別表１の「過少申告加算税の額」欄記載の金額）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
５ 争点及び争点に関する当事者の主張
本件の主たる争点は、本件物流施設が棚卸資産に該当するか否かであり、この点に関する当事者の主張の要旨は、以下のとおりである。
（被告の主張の要旨）
（１）棚卸資産の意義
棚卸資産に該当するか否かは、「当該事業者が当該資産を販売目的で保有していたか否か」によって判断するのが相当であるところ、特定目的会社における販売目的の有無は、①特定目的会社の役割、②資産の流動化の具体的な計画、③資産が譲渡されるまでの経緯等を踏まえて総合的に判断するのが相当である。
（２）本件物流施設の棚卸資産該当性
ア Ｂグループにおける原告の役割は本件物流施設を開発し、本件投資法人に販売することであった。
イ 原告は、本件物流施設を取得後、短期間で本件投資法人に販売することを計画していた。このことは、平成２７年１月２１日に原告が関東財務局長に提出した資産流動化計画（乙１４の３）の記載、原告が本件借入れについて１４５億円を３年４か月で返済するとしていたこと、Ｉ信託銀行の担当者が作成した稟議書の記載等から認められる。
ウ 本件投資法人が、本件物流施設を本件投資法人に販売することが予定されている旨ウェブサイトに掲載していたこと、原告がＧから本件物流施設の引渡しを受けた時点でＪとの賃貸借契約等によって目標としていた安定稼働率をおおむね満たしていたと認められること、原告がＧから本件物流施設の引渡しを受けるのに先立って本件投資法人に本件優先交渉権を付与している経緯等からすれば、原告は本件投資法人に販売することを目的として本件物流施設を保有していたものと認められる。
（原告の主張の要旨）
（１）棚卸資産の意義
棚卸資産とは、「通常の営業過程において販売するために保有する財貨」であり、飽くまで、保有主体が業として反復継続して販売するものに限られる。すなわち、棚卸資産該当性は、保有主体が不動産販売業者に当たるか否かという保有主体の業務の内容を中心としながら、当該保有主体の主観を踏まえて決定される。保有主体に販売する目的以外の目的が存在する資産、売却するか賃貸するか自己使用するかが未定の資産、又は時価の変動を見て有利な時期を見計らって売却するという類型の資産は、通常の営業過程において販売するものではないから「棚卸資産」には当たらないというべきである。
このような場合に、棚卸資産として減価償却が許されないこととなれば、財務諸表上、特定目的会社の収益が常に過大に表示されることとなり、企業会計原則を損なうこととなる。
また、資産の会計上の分類は、経営判断により決定された資産の保有目的に沿って行われるから、会計上の分類への介入は経営判断への介入にほかならず、適法な経営判断により行われた資産の保有目的からすれば当該資産が企業会計上は棚卸資産に分類されない事案では、裁判所がその経営判断に介入することは許されない。
（２）本件物流施設の棚卸資産該当性
ア 原告は不動産販売業を営む者ではないし、本件物流施設を賃貸する目的を有していたのであって、販売する目的を有していたとしても、「通常の営業過程において販売する目的」で本件物流施設を保有していたわけではない。
原告は、本件物流施設を売却して借入金を返済し、配当を行うのみではなく、本件物流施設を賃貸し続けて、賃料収入を原資として借入金を返済し配当する想定もしており、実際、Ｊ、Ｋ及びＬに賃貸して賃料を得ていた。
イ 原告（Ｂグループ）は、本件物流施設を必ず本件投資法人へ販売して借入金を返済する予定であったわけではなく、グループ外の第三者に売却したり、持分の一部のみをその他の投資家に売却したりする等の選択肢の中から、最適なものを選択している。本件物流施設が竣工から短期間で売却に至ったのは、当時の市況等によってたまたまそうなったにすぎない。
ウ Ｂグループの運用物件の処分状況を見ても、より短期間に物件を売却することができた多数の事案があるし、他の不動産信託に係る事案を含めても、これらの物件についてはいずれも固定資産として取り扱われて、消費税及び法人税の申告がされていたにもかかわらず、課税庁はこれを追認している。本件のみこれと異なる特別な扱いをする理由はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実に加え、掲記各証拠及び弁論の全趣旨を総合すると、次の事実が認められる。
（１）一般的な特定目的会社を活用した資産流動化スキーム
ア 一般的に、資産の流動化（証券化ともいう。）とは、オリジネーター（不動産、債権等の資産を保有する企業）が、当該資産の所有権等の財産権を、特定の資産の保有等を目的として設立され又は運営される法人、組合又は信託であるＳＰＶ（特別目的事業体。本件では資産流動化法に基づいて設立された特定目的会社である原告がこれに該当する。）に移転して、当該資産の管理・処分により得られる将来のキャッシュフローを原資に資金調達を行うことをいう（乙４５）。
イ 資産の流動化のＳＰＶとして法人を利用する場合、オリジネーターがその所有する資産の所有権等の財産権をＳＰＶに移転し、ＳＰＶが、株式、社債若しくはコマーシャルペーパー等の発行、資金の借入れ又は匿名組合契約等に基づく出資の受入れ等により投資家から調達した資金により、オリジネーターに対して当該資産の代金を支払い、ＳＰＶは当該資産の管理又は処分により得られる金銭をもって、投資家に対して、株式等については利益の配当及び償却のための取得又は残余財産の分配をし、社債、コマーシャルペーパー又は資金の借入れ等については債務の履行等をする（乙４５）。
ウ 資産の流動化には資産流動化型、資産運用型及び開発型の類型があるが、このうち開発型は、ＳＰＶが開発の主体となり、建設資金を金融機関からの借入れにより調達し、更地の開発や再開発等を進める方式であり、ＳＰＶが土地を取得して稼働物件を建設することを前提条件として、その想定された稼働物件の将来の収益や売却代金を返済財源とした証券を発行し、投資家がその証券を購入するスキームであり、資金調達の段階では投資対象の物件が存在しないという特徴がある（乙４６、４７）。
エ 特定目的会社は、単に資産を管理し、その資産から生み出すキャッシュフローを投資家に分配するための存在である。特定目的会社が他の業務を行って損失を出すと投資家に不測の損害を及ぼすことがあるため、特定目的会社は、あらかじめ内閣総理大臣（又は内閣総理大臣から権限を委任された金融庁長官若しくは金融庁長官から上記権限を更に委任された財務局長若しくは財務支局長。資産流動化法２９０条１項、５項）に届け出た資産流動化計画に従って業務を行うこととされ（資産流動化法４条１項）、資産の流動化に関する業務とその附帯業務のみに業務範囲が限定されている（資産流動化法１９５条１項）（乙４８）。
オ 不動産の証券化は、期限を決めて行う資金調達手段であるから、証券化の終了時には特定目的会社等は清算され、証券化に要した負債を返済するために資金を調達することになる。その手段としては、証券化の対象になっている不動産を売却する方法等があるが、対象となる不動産を証券化する時点で有利な売却先をあらかじめ見込んでおいて、証券化の期間中に売却する場合もある（乙４９）。
（２）原告及び関係会社等及びその役割分担について
ア 原告は、資産流動化法に基づき、平成２２年３月●日に、Ｂ社のグループ会社として設立された特定目的会社である。なお、原告の代表者は、Ｄ社に勤務している者である。（乙６、１４の１、前提事実（１）ア、弁論の全趣旨）。
イ Ｄ社は、本件物流施設後の完成後に入居するテナントをその完成前から募集していた（弁論の全趣旨）。
ウ 本件投資法人は、世界最大規模の物流不動産の開発・所有・運営会社であるＢグループをスポンサーとする物流施設特化型の不動産投資信託であり、投資方針において、その特徴として、Ｂグループが開発するＡクラス物流施設に重点投資すること、Ｂグループによる全面的なサポートを得て、同グループが開発した物件の取得について優先的に情報の提供を受けたり、優先交渉権を付与されたりしていること等を明記している（乙１０）。
エ Ｂグループ（このエにおいては本件投資法人と本件資産運用会社を含まない。）の一般的役割分担（乙１０）
本件投資法人は、役割を分担する形で、本件投資法人及び本件資産運用会社とＢグループとが相互に補完し、互いの価値向上に寄与する協力体制を構築しており、それぞれの役割は以下のとおりである。
（ア）Ｂグループは、主に、物流不動産開発の役割及び本件投資法人の保有資産を含むグループ保有物件の管理についてプロパティ・マネージャーの役割を担う。
（イ）本件投資法人は、安定稼働中の又は安定稼働が見込まれる物流施設を適切な売買条件で取得し、保有することにより、物流不動産保有の役割を担う。
（ウ）本件資産運用会社は、本件投資法人が保有する物流施設につき、安定的な運用の役割を担う。
オ Ｂ社、Ｄ社、本件投資法人及び本件資産運用会社は、平成２５年１月１０日付けで、Ｂ社による本件投資法人の不動産等の取得、保有及び運営における支援等に関するスポンサー・サポート契約（以下「本件サポート契約」という。）を締結した。その要旨は、以下のとおりである（乙１５）。
（ア）Ｂ社は、Ｂグループが保有し又は今後開発する日本国内の対象物流施設（投資基準に適合する物流施設）であって、Ｂグループが管理するもののうち、本件投資法人の投資基準を満たし、本件投資法人による取得に適するとＢ社が判断した対象物流施設（以下「取得推奨対象物流施設」という。）について、自ら又はＢ社以外の取得推奨対象物流施設の所有者、取得推奨対象物流施設に係る信託受益者若しくはその他取得推奨対象物流施設を処分する権限を有する者（以下「取得推奨対象物流施設所有者等」という。）をして、本件投資法人及び本件資産運用会社に対し、毎年１０月末日までに、当該取得推奨対象物流施設に関する情報（以下「取得推奨対象物流施設情報」という。）を第三者に先立ち優先的に提供する。本件資産運用会社は、取得推奨対象物流施設情報の提供を受けた場合、当該取得推奨対象物流施設の取得を検討するか否か及び想定される売買条件を決定し、その結果をＢ社又は取得推奨対象物流施設所有者等に通知しなければならない。本件資産運用会社が、取得推奨対象物物流施設の取得を検討する旨を通知した場合、本件投資法人及びＢ社は、当該通知の翌月末までに、本件投資法人及びＢ社又はグループ会社若しくは取得推奨対象物物流施設所有者等との間で、優先交渉権の内容を記載した覚書（以下「優先交渉権覚書」という。）を締結できるよう誠意をもって協議し、また、Ｄ社及び本件資産運用会社は、優先交渉権覚書の締結に尽力する。（第２条）
（イ）Ｂ社は、優先交渉権覚書を締結した物件につき、売却準備が整ったと判断した時点において、本件資産運用会社にその旨通知する。Ｂ社は、優先交渉権覚書の締結日から当該通知後２か月を経過する日までの間、取得推奨対象物流施設情報を自ら又はグループ会社をして第三者に提供してはならず、また、取得推奨対象物流施設の売却その他処分に関する交渉を自ら又はグループ会社をして第三者と行ってはならない。本件投資法人は、所定の不動産鑑定業者の中から１者を指名して取得推奨対象物流施設の不動産鑑定評価を取得する。売買契約の売買価格は、原則として、上記不動産鑑定評価の鑑定評価額とする。（第３条）
（ウ）本件投資法人は、第２条から第５条までに定める業務の提供を受けて取得した対象物流施設について、Ｄ社にプロパティ・マネジメント業務を委託する（第６条）。
（３）本件の経緯
ア 原告及びＤ社は、平成２４年６月２９日付けで、原告がＤ社に対し、ＨⒶプロジェクトに関する業務を委託する旨の業務委託契約を締結した。委託された業務は、本件土地の取得、建物の設計等、資産流動化計画に基づく出口戦略の策定、本件土地の処分及び本件土地の維持管理その他の事務並びに原告の会計、法定帳簿の作成及び納税申告に関連する一切の事務等である。（乙１４の２）
イ 原告は、平成２４年６月２９日、Ｆとの間で、平成２７年５月末日を引渡予定日として、本件土地の取得に係る土地譲渡契約を締結した（前提事実（２）ア、乙１４の４、弁論の全趣旨）。
ウ 本件投資法人の平成２５年６月１日から同年１１月３０日まで期間に係る「第２期資産運用報告」には、「現在開発中又は今後開発開始予定の物件に関し、スポンサー・サポート契約により将来の物件取得機会を確保」している「開発中・計画中物件（例）」として本件物流施設が記載されていた。なおこの中には注２として「上記物件は、本書の日付現在（判決注・第２期決算発表のあった平成２６年１月１７日頃と考えられる。）では本投資法人が取得することが確定しているわけではありません。また、これらのうちの優先交渉権の付与を受けている物件も含め、今後これらの物件を取得できる保証はありません。」と他よりポイントの小さな活字で記載されていた。（甲２０、乙１６）
エ 原告は、平成２７年１月２１日、関東財務局長に対し、資産の流動化の業務に係る業務の開始の届出及び資産流動化計画を提出した。同計画は、要旨、以下の内容であった。（乙１４の１及び３、弁論の全趣旨）
（ア）本件土地の処分の方法
不動産市況の変化、経済状況の変化等を踏まえ、取締役の決定により、第三者への売却を予定する。
（イ）資産流動化計画の概要
ａ 原告はＦとの間で、本件土地を購入する。
ｂ 原告は、本件土地を取得するために、必要な資金の借入れを行う。原告は、社債を発行し、借入れを実行することにより、上記借入金の弁済を行うことを予定している。
ｃ 原告は、Ｄ社との間で本件土地の管理処分委託契約を締結し、Ｄ社は本件土地の管理に当たる予定である。
ｄ 原告は、本件土地の収益及び売却代金から社債及び借入れの元利金を支払い、出資に対し配当し、かつ残余財産の分配を行うことを予定している。
ｅ 原告は、利害関係人の事前承諾を得て資産流動化計画を変更した上、請負人との間で請負契約を締結し、本件土地上に開発建物を建設し取得する可能性がある。
オ 原告は、平成２７年４月３０日、Ｇとの間で、原告を発注者、Ｇを請負者とする本件物流施設に係る設計・施工請負契約を締結した。同契約には、原告は、Ｇの事前の書面による承諾なしに、同契約に基づく権利又は義務を第三者に譲渡し又は承継させてはならない旨、ただし、譲渡又は承継の予定先が本件投資法人である場合にはＧは特段の事情がない限り承諾する旨が定められた。なお、この条項については、当初、権利義務の譲渡について、発注者である原告はＧに対する通知で足り、請負人であるＧは原告の承諾を要するとされていた文案であったところ、Ｇの法務部から不平等である旨指摘されたことを踏まえて交渉した結果、上記のような内容になったものである。（前提事実（２）イ、乙１７、５９）。
カ 原告は、平成２７年５月１３日、関東財務局長に対して、資産流動化計画変更届出書を提出した。同届出書には、原告が本件物流施設をエンド・テナントに賃貸することを予定し、その賃料収益及び本件物流施設の処分等により得られる金銭から社債の元利金を支払い又は借入金の弁済を行い、出資に対し配当及び残余財産の分配を行う予定である旨が記載されていた。（乙１、弁論の全趣旨）
キ 原告は、平成２７年１０月３０日付けで、本件投資法人及び本件資産運用会社に対し、本件サポート契約に基づき、取得推奨対象物流施設として本件物流施設に関する情報を提供する旨記載した「物件情報提供書（ＨⒶ）」を交付した（乙１８）。
ク 本件資産運用会社は、平成２７年１１月１８日付けで、原告に対し、本件サポート契約に基づき、上記キの物件情報提供書において情報提供を受けた本件物流施設について、一定の条件で取得を検討する意向があることを表明する旨を記載した「取得検討意向書（ＨⒶ）」を交付した（乙１９）。
ケ 原告と本件投資法人は、平成２７年１２月１４日付けで、原告が本件投資法人に対して本件優先交渉権を与える旨の覚書を締結し、原告は本件投資法人に対し、原告が売却の準備が整ったと判断した時点において、本件資産運用会社に対してその旨の通知を行う旨が定められた。本件投資法人及び本件資産運用会社は連名で、同日付けで、グループ会社から、本件物流施設ほか６件（いずれも「Ｈ」の名称が付されている物件である。）の優先交渉権を取得した旨のプレスリリースを行った。（前提事実（２）ウ、乙２０、２１）。
コ 本件投資法人の平成２７年６月１日から同年１１月３０日までの期間に係る「第６期資産運用報告」には、「概ね１年以内に投資基準を満たすことが見込まれる物件について優先交渉権を取得し適切なタイミングで取得を検討」している「優先交渉権取得物件」１２件の一つとして本件物流施設が記載されていた。なお、この中には注として「平成２８年１月１９日現在、本投資法人が取得することが確定しているわけではありません。また、これらのうちの優先交渉権を取得している物件も含め、今後これらの物件を取得できる保証はありません。」と他よりポイントの小さな活字で記載されていた。（甲２４、乙２２）
サ 原告は、平成２８年２月５日付けで、Ｉ信託銀行との間で本件借入れに係る金銭消費貸借契約を締結した。同契約においては、原告が本件借入れの残高全額を返済するために本件土地及び本件物流施設を売却する際には、その売却の主要条件をＩ信託銀行等に事前に書面により通知し、その承諾を得なければならないとされていたが、売却の相手方がＢ社の直接又は間接に運営又は出資する法人であることなどを条件に、売却する旨の通知で足り、かつ、Ｉ信託銀行らの承諾が不要とされていた。（前提事実（２）エ、乙２４）
シ 本件借入れに先立ち、Ｉ信託銀行が行った稟議の際に作成された稟議書には、概要以下のような記載があった（乙６２）。
（ア）返済財源は資産売却資金である。
（イ）本件物流施設の安定稼働後は傘下ＲＥＩＴ（本件投資法人）への売却がメインシナリオである。
（ウ）返済方法は期限一括返済であり、出口戦略は本件投資法人への売却がメインシナリオ、リファイナンスがサブシナリオである。
（エ）不動産ファイナンス部の所見としては、本件物流施設の取得については本件投資法人に優先交渉権が付与されており、「出口戦略が明確である」。
（オ）Ｂグループは平成２３年以降、Ｂ社にて調達するクレジットファシリティ（事前承認済みのローンの一種）を利用して日本での施設開発を進めており、竣工・安定稼働後は本件投資法人に順次売却し、売却代金を新たな開発資金に充当するという流れを確立している。
（カ）出口シナリオの蓋然性は、メインシナリオは本件投資法人への売却であり、京阪神エリアにおける過去ＲＥＩＴ取得事例１１例の具体的な売買価格等からみてもキャピタルロスを生じない価格での売却には十分蓋然性があり、本件投資法人の決算説明資料においても本件物流施設は将来のパイプライン候補物件（現在開発中又は今後開発開始予定の物件）として明示され、決算説明後の平成２７年１２月には優先交渉権の付与が公表されており、出口シナリオは明確である（６行の本文のほか、上記１１例の一覧表が掲載され、本件資産運用会社の資産運用報告の写しが引用されている。）。これに対して、サブシナリオはリファイナンスである（記載が２行あるにとどまり、リファイナンスの蓋然性は認め得るとするものの、具体的な調査・検討は記載されていない。）。
（キ）Ｄ社財務部からは、２年強で売却するのがメインシナリオで、多少リーシング（施設の建設、テナント誘致、運営等の業務）に時間がかかったとしても、３年以内には売却となる可能性が極めて高いとの説明を受けている。
ス 本件稟議書の作成者の一人であるＩ信託銀行の乙氏は、原告のアセットマネージャーであり、Ｄ社の財務部のマネージャであった丙氏から口頭で説明を受けた内容（開発した物件をＲＥＩＴに売却して次の開発を行っていくという、いわゆる「資産循環モデル」）を基に上記稟議書を記載した（乙６３、６９）
セ 原告とＪは、平成２８年８月２９日付けで、原告がＪに対して、平成２９年１月１日から１０年間、本件物流施設のうち１階から５階までの倉庫・事務所部分を月額約１億４７４６万円（消費税・共益費別）の賃料で賃貸する旨の定期建物賃貸借契約を締結した（前提事実（２）オ、乙２６）。
ソ 原告は、平成２８年９月１日、Ｇから本件物流施設の引渡しを受けた（前提事実（２）カ、乙２７、弁論の全趣旨）。
タ 原告及びＫは、平成２９年４月２８日付けで、原告がＫに対して、同年８月１日から５年間、本件物流施設の６階の倉庫・事務所部分の一部を月額約１７８４万円（消費税・共益費別）の賃料で賃貸する旨の定期建物賃貸借契約を締結した（前提事実（２）ク、甲２７の１、乙３１）。
チ 原告及びＬは、平成２９年５月３１日付けで、原告がＬに対し、同年８月１日から１年１０か月間、本件物流施設の６階の倉庫部分の一部を月額約３３０万円の賃料（消費税・共益費別）で賃貸する旨の建物一時使用目的賃貸借契約及び定期賃貸借契約を締結した（前提事実（２）ケ、乙２）。
ツ 原告は、平成２９年５月３１日付けで、本件資産運用会社に対し、本件物流施設の売却の準備が整ったと判断した旨を記載した本件優先交渉期間開始通知書を交付した（前提事実（２）コ、乙３２）。
テ 本件資産運用会社は、平成２９年６月２０日付けで、原告に対し、本件土地及び本件物流施設を一体の不動産として信託受益権化することを条件として、本件投資法人が本件物流施設を３８３億円で購入することを希望すること等を記載した購入意向表明書を交付した（前提事実（２）サ、甲４）。
ト 原告は、平成２９年６月２８日付けで、本件資産運用会社及び本件投資法人に対し、本件物流施設を３８３億円で売却する意向がある旨の売渡意向表明書を交付した（甲５、弁論の全趣旨）。
ナ 原告及びＩ信託銀行は、平成２９年７月２４日付けで、本件信託契約を締結した（前提事実（２）シ、乙３３）。
ニ 原告及び本件投資法人は、平成２９年７月２４日付けで、本件受益権を同年８月１日又は別途合意する日に４０１億９９６８万円（本件建物に係る消費税等１８億９９６８万円込み）で譲渡すること等を約した受益権譲渡契約を締結し、同年８月１日、同契約に基づき、原告は、本件投資法人に本件受益権を上記金額で譲渡した（前提事実（２）ス、乙３４）。
（４）監査意見
原告は、本件土地及び本件物流施設を企業会計上の「固定資産」に計上していたが、本件処分の対象となる平成２８年１０月期の計算書類については、独立監査人である有限責任Ｍ監査法人からいわゆる無限定適正意見を受けており、同監査法人から本件物流施設を棚卸資産に計上すべきという指摘を受けたことはなかった。原告の平成２８年１０月期の監査を担当した丁会計士は、資産流動化法では基本資産を長期保有することになっているため、分譲マンションのように明確な短期販売を目的としたものでない限り、原則として固定資産に該当すると考えていた。（乙６５、６６）
（５）同種事案の取扱い
ア 東京国税局が調査したところによると、本件投資法人設立後令和３年１２月までの間に本件投資法人が取得し、かつ、平成２４年１月１日以降に竣工された物件３７件は、いずれも各物件の竣工後、短期間で、Ｂグループの各特定目的会社等から取得したものである。他方、上記期間内に本件投資法人がＢグループのＮ特定目的会社から優先交渉権を取得した１件については、後に本件投資法人がこれを返上し物件を取得していない。なお、平成２４年１月より前に竣工された物件については、竣工後、２年以上が経過した後に本件投資法人が取得した不動産が２０件ある。また、Ｂグループが開発した物件のうち、「ＨⒷ」及び「ＨⒸ」はＢグループ外の法人に売却されている。（乙５８、弁論の全趣旨）
イ 原告が、令和４年６月頃、不動産投資信託に係る網羅的な情報サイトから、物流施設のうちＲＥＩＴの保有に係る案件を確認の上で、それらの案件のうち鑑定評価額で上位１００件の事例を機械的に抽出して調査したところ、全ての事例において、特定目的会社は当該物流施設を固定資産等として扱っており、棚卸資産としていたものはなかった（甲２１、弁論の全趣旨）。
（６）調査時における関係者の説明内容
ア 本件投資法人の戊氏は、調査時に、本件投資法人は賃貸収入が主な目的であるため、賃料収入が見込めるものである場合は購入を検討することとなっており、その購入基準の一つは安定稼働率（テナントの入居割合）９０％が見込まれることであったと説明した（乙６４）。
イ 原告は、東京国税局の担当者からの質問への回答として、本件物流施設に係る流動化計画において流動化期間を５０年としているが、これは資産流動化法５条２号、資産流動化法施行令３条３号所定の最長期間を申請したというにすぎず、実際には、資金計画においても３年から５年で借換えを繰り返していくのが業界のプラクティスであることから、５０年分の資金計画は作成していないと回答した。また、原告は、本件物流施設を長期保有する目的があると主張していたものの、これを裏付ける本件物流施設の取得や譲渡に当たっての意思決定に関する資料は保有しておらず、その理由として、限られた人数で多数のプロジェクトを管理していることから、稟議書や議事録、報告書等の作成は行っていないと回答した。（乙７４）。
２ 棚卸資産該当性の判断枠組み
（１）棚卸資産の定義に関する各種規定
ア 消費税法２条１項１５号、消費税法施行令４条、法人税法２条２０号及び法人税法施行令１０条においては棚卸資産の種類が例示されているが、その例示されたものについての定義等の定めは税法上にはなく、棚卸資産の定義については、企業会計の定義を借用すべきものと解される（甲９、乙５３）。同様に、特定目的会社の計算に関する規則２６条、２７条は、固定資産とは区別される流動資産の例として「商品（販売の目的をもって所有する土地、建物その他の不動産を含む。）」としているが、この意義についても企業会計の定義を借用すべきものと解される。
イ 各会計基準等
（ア）企業会計原則及び企業会計原則注解は、要旨以下のとおり定める（甲１２）。
ａ 企業会計は、企業の財政状態及び経営成績に関して、真実な報告を提供するものでなければならない（第一の一）。
ｂ 企業会計は、すべての取引につき、正規の簿記の原則に従って、正確な会計帳簿を作成しなければならない（第一の二）。
ｃ 商品、製品、半製品、原材料、仕掛品等のたな卸資産は、流動資産に属するものとし、企業がその営業目的を達成するために所有し、かつ、その加工又は売却を予定しない財貨は、固定資産に属するものとする（注１６）。
ｄ 現金預金、市場性ある有価証券で一時的所有のもの、取引先との通常の商取引によって生じた受取手形、売掛金等の債権、商品、製品、半製品、原材料、仕掛品等の棚卸資産及び期限が１年以内に到来する債権は、流動資産に属するものとする（第三の四（一）のＡ）。
ｅ 建物、建築物、機械装置、船舶、車両運搬具、工具器具備品、土地、建物仮勘定等は、有形固定資産に属するものとする（第三の四（一）のＢ）。
（イ）金融庁企画市場局作成の「財務諸表等の用語、様式及び作成方法に関する規則」の取扱いに関する留意事項について（財務諸表等規則ガイドライン）は要旨、以下のとおり定める（甲１７）。
１５－５規則第１５条第５号の商品とは、商業を営む会社が販売の目的をもって所有する物品であって、当該企業の営業主目的に係るものをいい、販売の目的をもって所有する土地、建物その他の不動産とは、不動産の売買、あっ旋等を業とする会社が販売の目的をもって所有する土地、建物その他の不動産をいう。
（ウ）企業会計審議会が作成した「企業会計原則と関係諸法令との調整に関する連続意見書第四」には要旨、以下のような記載がある（甲１８）。
「（棚卸資産の範囲）
貸借対照表に棚卸資産として記載される資産の実体は、次のいずれかに該当する財貨又は用役である。
（イ）通常の営業過程において販売するために保有する財貨又は用役
（中略）
不動産売買業者が販売目的で保有する土地、建物等は法律上不動産であるが、通常の販売の対象となる財貨であるから棚卸資産を構成する。（後略）」
（エ）企業会計基準第９号「棚卸資産の評価に関する会計基準」は、要旨以下のとおり定める（乙５６）。
ａ １．本会計基準は、棚卸資産の評価方法、評価基準及び開示について定めることを目的とする。
ｂ ２．棚卸資産の評価方法、評価基準及び開示に関しては、「企業会計原則」及び「原価計算基準」に定めがあるものの、本会計基準が優先して適用される。
ｃ ３．（前略）棚卸資産は、商品、製品、半製品、原材料、仕掛品等の資産であり、企業がその営業目的を達成するために所有し、かつ、売却を予定する資産のほか、売却を予定しない資産であっても、販売活動及び一般管理活動において短期的に消費される事務用消耗品等も含まれる。
なお、売却には、通常の販売のほか、活発な市場が存在することを前提として、棚卸資産の保有者が単に市場価格の変動により利益を得ることを目的とするトレーディングを含む。
ｄ ３０．（前略）本会計基準では、棚卸資産の範囲に関しては、連続意見書第四の考え方及びこれまでの取扱いを踏襲し、企業がその営業目的を達成するために所有し、かつ、売却を予定する資産のほか、従来から棚卸資産に含められてきた販売活動及び一般管理活動において短期間に消費される事務用消耗品等も棚卸資産に含めている（第３項参照）。このように、本会計基準では、棚卸資産の範囲を従来と変えることなく、その評価基準を取り扱っている。
（２）棚卸資産に該当するか否かの判断基準
ア 上記各会計基準等は、不動産のうち棚卸資産・商品・流動資産について、表現ぶりは異なるものの、おおむね、企業が営業過程において販売目的で保有するものと定めており、その保有目的において、固定資産等とは別の勘定科目に分類されている。
イ 企業等が取得する不動産については、自己使用する場合もあれば、投資目的で保有する場合もあれば、販売による収益を得る目的で取得する場合もあり、賃貸と売却等複数の用途で取得することもあり得る。また、一旦取得した不動産についても、保有中にその目的を変更することもあり得る。しかしながら、企業会計上、複数の目的がある場合に、当該不動産をいずれの勘定科目にも分類しない扱いや、複数の勘定科目を併記する扱いは想定されていないから、結局のところ、その主たる目的によって勘定科目の分類を決めざるを得ない。
ウ 上記の会計基準によれば、棚卸資産は、基本的に「商品」、すなわち営業活動としての販売によって利益を得るために取得・保有するものとしての意味付けが重視されているものと解される。
そうすると、棚卸資産とは、営業活動としての販売をすることを主たる目的として取得・保有するものと解すべきである。そして、かかる目的の有無については、①保有主体の属性、②保有主体の事業目的、③保有に至った経緯、④取得時の当該資産の使用・収益・処分等に係る方針（売却か自己利用か投資か）、⑤（保有後に仕訳を変更した場合には）保有後に変更を合理的とすべき事情の有無・内容等の客観的事実により類型的に判断されるべきである。
エ 勘定科目の分類は、第一次的には取引の主体がその判断で行うものであるが、企業会計原則が、企業会計は企業の財務状態及び経営成績に関して真実な報告を提供するものと定め、また、企業会計は、全ての取引につき、正規の簿記の原則に従って、正確な会計帳簿を作成する旨定めていること（前記（１）イ（ア））、さらに、当該勘定科目の分類は当該保有者の租税債務の有無及び範囲に影響することに照らせば、資産の保有者が第一次的にその勘定科目の分類を行うとしても、保有者が本来の保有目的と異なる勘定科目の分類を行ったり、保有目的が複数ある場合に保有者がその目的を恣意的に選択し得るものと解することはできず、少なくとも第三者との関係においては、上記ウで述べた点に従い、客観的類型的に判断されるべきものである。
オ 会計基準の中には、不動産売買業者が販売目的のために保有する土地、建物等を棚卸資産とする旨定めるもの（前記（１）イ（イ）、（ウ））があるが、これらは明らかに棚卸資産に該当するものを明示的に列挙したにすぎないものと解され、不動産を棚卸資産として取得し保有し得る主体を不動産売買業者に限定する実質的な理由はないというべきである。この点、特定目的会社の計算に関する規則において、流動資産として分類されるものに「商品（販売の目的をもって所有する土地、建物その他の不動産を含む。）」と掲記されている（２７条１項１号ホ）こと及び日本公認会計士協会が作成した特定目的会社に係る監査上の実務指針（乙６０）にも、「特定目的会社の採用した会計方針が、取引の実態を適切に反映しているか検討する。例えば、特定資産たる不動産の保有目的（販売用不動産又は固定資産）等の判断は、資産流動化計画及び関連文書における具体的な事業計画の内容等に留意する。」（６頁）と記載されていることなどに照らせば、特定目的会社の所有する不動産がおよそ棚卸資産に該当し得ないということはできないし、そのような会計慣行があるということもできない。
カ また、企業等がその事業において不動産の販売を一回しか行わないことが想定される場合であっても、当該企業等の主たる事業を全体としてみたときに、当該一回の販売による収益に大きく依存する蓋然性が高いことが当初から想定されているときには、当該不動産の取得及び販売そのものが当該企業の主たる営業活動ということにほかならないから、このような場合には、当該不動産の取得及び保有は営業活動としての販売目的であると認めるについて妨げはないものというべきである。
キ 以上述べた点に照らし、棚卸資産該当性の基準に関する原告及び被告の主張は、上記と異なる限度でいずれも採用することができない。
３ 本件物流施設の棚卸資産該当性について
（１）原告の属性及び事業目的
前記のとおり、原告は、Ｂグループの一員である特定目的会社であり（認定事実（２）ア）、本件物流施設を売却することによる収益を配当することを主たる目的としている（認定事実（２）オ、（３）エ、カ）。特定目的会社は、資産を管理するための器にすぎず、生産活動等には従事し得ない（認定事実（１）エ、資産流動化法１９５条１項）から、本件物流施設を取得しても、自ら物流業をする等の自己使用はそもそも想定されていない。また、本件物流施設の信託受益権の譲渡の金額と本件物流施設の賃料の金額とを比較すれば（認定事実（３）セ、タ、チ、テ参照）、原告の主たる収益源が前者であることは明らかであり、原告の主たる事業は本件物流施設の取得後の売却による収益に依存しているということができるから、本件物流施設の販売は、その営業活動としての販売に当たるということができる。なお、原告が特定目的会社であること及び一回のみの販売であることが、本件物流施設を棚卸資産と解する上での支障にならないことは、前記２（２）オ及びカで説示したとおりである。
（２）本件物流施設を保有した経緯、取得時の方針
Ｂグループにおいては、各特定目的会社が施設の取得・保有をする器となる一方、上記各社とＤ社が業務委託契約を結んで、Ｂ社がテナントを募集する等して物件の収益力を高めることとし、他方で、Ｂグループからの物件の取得・運用を投資方針とする本件投資法人がサポート契約を通じて各特定目的会社から優先交渉権を付与され、本件資産運用会社が上記各社から優先的に物件に関する情報を取得するものとされている。こうして、本件投資法人や本件資産運用会社を含めたＢグループ内において、物件の取得から処分・管理・運用までを通じて収益を上げる一連のスキームが作られており、実際、Ｂグループで建設した物流施設の大半は本件投資法人に売却等されている（認定事実（２）、（５）ア）。そうすると、Ｂグループにおいては、当初から、原告のような特定目的会社は、資金を調達の上、取得した物流施設を原則として本件投資法人に売却することが前提にされ、かつ、それ自体が各特定目的会社の主目的とされていることが認められる。例外として少数の実例はある（認定事実（５）ア）が、それらの物件についても本件投資法人に優先交渉権が付与されていることに照らせば、それらの事案も含めて、少なくとも物件の取得当初においては、本件投資法人に対する販売がその主たる目的とされていたものと評価することの妨げになるものではない。
実際、本件においても、原告は、資産流動化計画において、本件土地及び本件物流施設を取得後売却することとしていた（認定事実（３）エ、カ）ところ、本件サポート契約により本件投資法人に優先的に物件を売却すべき義務を負うＤ社との間で本件土地の処分や出口戦略に関する業務委託契約を締結し（認定事実（２）オ、（３）ア）、実際、本件資産運用会社に対して優先して情報を提供したり、本件投資法人に対して優先交渉権を付与したりし（認定事実（３）キ、ケ）、これを受けて、本件投資法人においても本件物流施設を取得する見込みであることを対外的にアピールしており（認定事実（３）ウ、ケ、コ）、Ｄ社への業務委託を通じてテナントを募集し（認定事実（３）ア）、テナントを入居させた上での本件投資法人に本件土地及び本件物流施設を売却する旨の出口戦略をメインシナリオとしてＩ信託銀行に説明して本件借入れを受けている（認定事実（３）シ、ス）。また、関係者との契約内容や説明内容を見ても、本件物流施設の請負契約や本件借入れの際にも本件投資法人への処分については相手方の改めての同意を不要とする旨の条項が設けられる（認定事実（３）オ、サ）などしており、原告が、他のＢグループの案件と同様、当初から、本件投資法人に売却することを前提に本件物流施設の取得をしたことは明らかである。
なお、原告は本件物流施設の売却前にテナントとの間で賃貸借契約を締結している（認定事実（３）セ、タ、チ）が、その後「売却の準備が整った」ことを理由に本件投資法人に通知していること（認定事実（３）ツ）、本件投資法人が安定稼働率（テナントの入居割合）９０％の物件を取得する方針を定めていること（認定事実（６）ア）に照らすと、これは、本件物流施設を保有し続けて賃料収入自体を収益とするためというよりは、売却の準備のため、すなわち、安定稼働率を高めてその価値を向上させるためのものであるといえ、飽くまで当初からの売却目的を達成するための一過程にすぎず、自己保有をも目的としていたことの裏付けとはならないものというべきである。
原告は、本件物流施設は本件投資法人への売却が決まっていたわけではないと主張するものの、実際に、本件投資法人への売却以外の出口戦略について、原告内で具体的に検討したり、他の売却等の相手を探したりしたとの主張立証は一切されておらず、そのような資料もない（認定事実（６）イ）。むしろ、前記認定事実によれば、当初からの既定路線に沿って各種契約がされていることは優に認めることができ、取得後に本件物流施設の保有目的が変更されたことをうかがわせる事情は認められない。
（３）以上のとおり、特定目的会社である原告は、設立当初から本件投資法人に販売することを主たる目的として、購入した本件土地上に本件物流施設を建設したものであり、購入・建設後のその目的が変更されたこともない。よって、原告は、営業活動としての販売をすることを主たる目的として本件物流施設を取得し、保有していたものと認められるから、本件物流施設は棚卸資産に該当するものというべきである。
４ 原告の主張について
（１）原告は、棚卸資産として減価償却が許されないこととなれば、財務諸表上、特定目的会社の収益が常に過大に表示されることとなり、企業会計原則を損なうこととなると主張する。
しかしながら、上記３までに説示したとおり、各種企業会計上の規定を見る限り、物流施設たる建物を固定資産とするか、棚卸資産とするかについてはその目的によって分類することが想定されているところ、販売目的で取得した資産（すなわち棚卸資産）を当該目的を維持したまま賃貸して賃料を得ている状態で事業年度をまたいで保有した場合、現に賃料を得ているとの一事をもって、当該資産を固定資産にすべきであるとか、減価償却をしなければならないと定めた規定はない。なお、棚卸資産にすることによって減価償却による損金処理はできなくなるものの、当該資産を売却した際には、その取得原価は減価償却前の資産価格とすることが可能であり、かつ、棚卸資産においては当該処理を行うことが想定されていることも考慮すれば、かかる処理によって直ちに、企業会計原則が損なわれるとか特定目的会社の収益が全体として過大に評価されるということもできない。
（２）原告は、企業会計上の分類は、経営判断により決定された資産の保有目的に沿って行われることから、当該経営判断が適法にされている場合には、裁判所が企業会計上の分類に介入することは経営判断に介入することとなり許されないと主張する。
しかしながら、前記のとおり、棚卸資産該当性は、原告がその経営判断として本件物流施設を主として販売する目的で取得・保有していたという事実認定を踏まえて判断されたものであって、裁判所が原告の経営判断に介入したものではない。また、原告が実態として本件物流施設を販売目的で取得・保有していたにもかかわらず、これを固定資産として分類することを、経営判断の名の下に正当化する余地がないことはいうまでもない。なお、特定目的会社の採用した会計方針が取引の実態を適切に反映しているか検討すべきことについては、会計監査の際にも留意すべき点として挙げられている（前記２（２）オ）ところである。
（３）原告は、他の不動産流動化に係る事案を含めても、これらの物件についてはいずれも固定資産として消費税及び法人税の申告がされていたところ、課税庁はこれらを追認しており、本件のみこれと異なる特別な扱いをする理由はないと主張する。
しかしながら、納税申告は、納税者が所轄税務署長に納税申告書を提出することによって完了する行為であり（国税通則法１７条ないし２２条参照）、税務署長による申告書の受理及び申告税額の収納は、当該申告書の申告内容を是認することを何ら意味するものではない（同法２４条及び最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
加えて、本件において、他の同種事例と異なる取扱いがされたことの当否についても、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、のち上記表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の上記表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかといった事情を考慮して、納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合でなければ、本件処分を違法とすることは相当でないというべきである（上記昭和６２年最高裁判決）。これを本件についてみると、税務官庁が、積極的に本件のような事例において不動産流動化の対象となるべき物件を固定資産に分類する旨の見解を示したという事情は見当たらない。また、税務官庁が、納税者による当該物件の固定資産への分類を否定し、それが棚卸資産に該当する旨主張して更正処分をするためには、原告が本訴で再三強調するとおり、被告が当該処分の適法性についての主張立証責任を負うことに照らせば、税務官庁において取引の経緯等に関する詳細な調査等を実施する必要があるから、税務官庁が同種事案においてかかる調査をせずに（あるいはした結果）更正処分をしなかったからといって、そのこと自体から、本件物流施設の固定資産該当性が裏付けられるとか、税務官庁が同種事案における固定資産該当性を追認していると評価することはできない。同様の理由で、原告（あるいはＢグループ）において、本件も同種事案と同様に本件物流施設に係る仕入れ控除が認められると期待したとしても、その信頼を保護しなければ正義に反するといえるような事情は認められないものというべきである。
５ 本件各処分の適法性について
（１）前記３のとおり、本件物流施設は棚卸資産であり、本件処分に係るその余の事実（金額やその計算経緯等）については当事者間に争いがないから、原告の本件課税期間における消費税等の額は別表３のとおりであり、本件事業年度に係る法人税等の額は別表４のとおりであると認められる。そして、これらはいずれも本件各更正処分の金額と同額であるから、本件各更正処分は適法というべきである。
（２）過少申告加算税の賦課処分について、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは「真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる」場合をいう（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１０月２４日第三小法廷判決・民集６０巻８号３１２８頁参照）ところ、原告が本件物流施設を棚卸資産としてその税額算定の根拠としなかったことについて、原告は、自ら販売目的で本件物流施設を建設し取得した後に短期間で本件投資法人に販売した上で、それまでの間に本件物流施設を賃貸していたことなどから固定資産であると考えて申告をしたにすぎず、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情がある場合には該当しない。なお、Ｂグループ等を含め、同種事業において過去に納税者が固定資産に分類した不動産について棚卸資産に該当することを前提に更正処分等を受けたことがないとしても、前記のとおり、税務官庁において同種建物が固定資産に該当するといった見解を公表していた等の事情は見当たらないから、単に同種の前例がないということによっては上記判断が左右されることはない。
そして、その額については、過少申告加算税に係る被告の主張のとおりであると認められるから、本件賦課決定処分は適法である。
６ 結論
以上によれば、本件処分は適法であり、原告の請求は全て理由がないから、これらをいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官岡田幸人
裁判官横地大輔
裁判官藤本思帆音
別表１
消費税等に係る更正処分等の経緯
（単位：円）
課税
期間
区分
確定申告
本件消費税等更正処分等
審査請求
裁決
平成
年
月課税期間年月日等
期限内
令和3 年3 月30 日
令和3 年6 月23 日
令和4 年1 月26 日
課税標準額
674,000
674,000
全部の取消し
取下げ
控除対象仕入税額
1,266,835,021
11,293,194
納付すべき消費税額
△ 1,266,792,559
△ 11,250,732
納付すべき地方消費税額
△ 341,832,912
△ 3,035,911
過少申告加算税の額
-
239,124,500
（注）「△」は還付金の額に相当する税額を表す。
別表２
平成２８年１０月期の法人税に係る更正処分等の経緯
（単位：円）
事業
年度
区分
確定申告
本件法人税更正処分
審査請求
裁決
平成
年
月期年月日等
期限内
令和3 年3 月30 日
令和3 年6 月23 日
令和4 年1 月26 日
所得金額
△ 264,662,451
△ 149,413,002
全部の取消し
取下げ
納付すべき税額
翌期へ繰り越す欠損金
307,380,555
192,131,106
過少申告加算税の額
-
※所得金額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が欠損金額であることを表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13880.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。