取引時確認、疑わしい取引の届出義務及び反社会的勢力との関係遮断に関する監督手法・対応に関しては、以下の（１）及び（２）によるほか、Ⅲ－３－１に準じるものとする。また、禁止行為に関しては、以下の（３）及び（４）に留意する。
(1)検査の結果、不祥事件等届出書等により、取引時確認義務及び疑わしい取引の届出義務を確実に履行するための内部管理態勢又は反社会的勢力との関係を遮断するための態勢に問題があると認められる場合には、必要に応じ法第52条の60の20に基づき報告を求め、重大な問題があると認められる場合には、法第52条の60の22に基づき、業務改善命令等を発出するものとする。
(2)さらに、取引時確認義務及び疑わしい取引の届出義務に違反するなど法令に違反し、又は著しく公益を害したと認められる場合には、法第52条の60の23に基づき、業務停止命令等を発出するものとする。また、反社会的勢力との関係を認識しているにもかかわらず適切な対応を行わなかった結果、法令に違反し又は著しく公益を害したと認められる場合も同様とする。
(3)金銭等の預託の禁止・財産の分別管理（法第52条の60の13・施行規則第34条の63の26）
電子決済等取扱業者は、施行規則第34条の63の26で定める場合を除き、いかなる名目によるかを問わず、その営む電子決済等取扱業に関して、顧客から金銭その他の財産の預託を受け、又は当該電子決済等取扱業者と密接な関係を有する者（施行令第16条の８の２）に顧客の金銭その他の財産を預託させてはならない。
電子決済等取扱業者が、電子決済等取扱業に関して顧客から金銭の預託を受ける場合、当該金銭の預託を受けた後直ちに、当該金銭を自己の固有財産と区分して管理し、かつ、委託銀行に交付する必要がある（施行規則第34条の63の26第４号）。
(4)法第52条の60の16に規定する禁止行為を防止するための態勢整備に関しては、以下の点に留意することとする。
①禁止行為を防止するための措置を講ずる責任を有する部署又は担当者を配置し、かつ、それらの部署又は担当者によって禁止行為の防止措置が適切に講じられているかを検証するための内部管理態勢が整備されているか。
②禁止行為を防止するために必要な研修の実施等の体制、顧客からの苦情に対応するための体制等に関する社内規則の策定及び社内周知が行われているか。
③禁止行為を防止するため、電子決済等取扱業に関する法令についての知識及び実務経験を有する者による定期的かつ必要に応じて適宜研修を実施しているか。
④禁止行為に係る顧客からの苦情受付窓口の明示、苦情処理担当部署の設置、苦情案件処理手順等の策定等の苦情対応態勢が整備されているか。