当社は、ハンドメイド作家が作成した雑貨を仕入れ、小売店に販売する事業を営んでいる法人です。これまで免税事業者でしたが、令和5年10月1日から適格請求書発行事業者となり、令和6年9月期について初めて消費税の確定申告を行います。このような場合、消費税の納付税額を軽減できる2割特例や、簡易課税制度も適用できると思いますが、どのような方法により消費税の申告を行えばよいのでしょうか。
ご質問の場合、消費税の申告方法は、仕入控除税額について実額で計算する「一般課税」、業
種ごとに決められたみなし仕入率を適用し仕入控除税額を計算する「簡易課税制度」、そして、
適格請求書等保存方式を機に免税事業者から適格請求書発行事業者となった方を対象に、売上
税額の２割を納税額として計算する「２割特例」による方法があります。
貴社の行っている事業は、「卸売業」に該当し、簡易課税制度を適用して申告する場合、90％
のみなし仕入率が適用されることになりますので、２割特例を適用するよりも、消費税の納付
金額が少なくなると考えられます。
２割特例については、適用を受ける旨を確定申告書に付記することで適用できますが、簡易
課税制度は、原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに、「消費税簡易課
税制度選択届出書」を提出する必要があります（注１・２）。しかし、免税事業者が登録日から課税
事業者となる経過措置の適用を受ける場合には、その登録日の属する課税期間から簡易課税制
度の適用を受ける旨を記載した届出書をその課税期間中（注３）に提出すれば、その課税期間から、
簡易課税制度の適用を受けることができることとされています。
したがって、ご質問のような前提のもと、令和６年９月期の申告について簡易課税制度の適
用を選択する場合には、課税期間の末日（令和６年９月30日）までに「消費税簡易課税制度選
択届出書」を提出する必要があります。
なお、多額の設備投資などがあり、課税仕入れ等に係る消費税額が課税売上げに係る消費税
額を上回る場合、一般課税であれば還付税額が生じますが、簡易課税制度や２割特例を適用し
ている場合には、通常、還付税額が生じることはありませんので、その点も踏まえ申告方法を
ご検討ください。
（注）１簡易課税制度は、課税期間の基準期間における課税売上高が5,000 万円以下である
場合に限り、適用することができます。
２簡易課税制度の適用を受けている事業者は、事業を廃止した場合を除き、２年間継
続して適用した後でなければ、その適用をやめることはできません（適用を開始した
課税期間の初日から２年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、「消費
税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出することはできません。）。
３課税期間の末日が日曜日、国民の祝日に関する法律に規定する休日その他一般の休
日、土曜日又は12月29日、同月30日若しくは同月31日であったとしても、これらの日
の翌日とはなりませんのでご留意ください。
（参考）免税事業者が登録日から課税事業者となる経過措置についての詳細については、問
７《免税事業者が令和５年10月１日から令和11年９月30日までの日の属する課税期間中
に登録を受ける場合》を、簡易課税制度を選択する場合の手続等についての詳細につい
ては、問９《簡易課税制度を選択する場合の手続等》を、それぞれご参照ください。
事業区分みなし仕入率該当する事業
卸売業(他の者から購入した商品をその性質、形状を変更しない
第１種事業 90％
で他の事業者に対して販売する事業)をいいます。
小売業(他の者から購入した商品をその性質、形状を変更しない
第２種事業 80％で販売する事業で第１種事業以外のもの)、農業・林業・漁業（飲
食料品の譲渡に係る事業）をいいます。
農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業を除く）、鉱業、
建設業、製造業（製造小売業を含みます。）、電気業、ガス業、
第３種事業 70％熱供給業および水道業をいい、第１種事業、第２種事業に該当
するものおよび加工賃その他これに類する料金を対価とする役
務の提供を除きます。
第１種事業、第２種事業、第３種事業、第５種事業および第６
種事業以外の事業をいい、具体的には、飲食店業などです。
第４種事業 60％
なお、第３種事業から除かれる加工賃その他これに類する料金
を対価とする役務の提供を行う事業も第４種事業となります。
運輸通信業、金融・保険業、サービス業（飲食店業に該当する
第５種事業 50％事業を除きます。）をいい、第１種事業から第３種事業までの事
業に該当する事業を除きます。
第６種事業 40％不動産業